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{T 0/2}
2A.202/2006 /svc

Arrêt du 27 novembre 2006
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Merkli, Président, Wurzburger
et Yersin.
Greffier: M. Vianin.

Parties
Administration fédérale des contributions,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (TVA), 3003 Berne,
recourante,

contre

X.________ SA, en liquidation,
c/o Me Doris Leuenberger, avocate,
intimée,

Commission fédérale de recours en matière de contributions, avenue Tissot 8, 1006 Lausanne.

Objet
taxe sur la valeur ajoutée; déduction de l'impôt préalable,

recours de droit administratif contre la décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions du 20 mars 2006.

Faits:
A.
La société X.________ SA, en liquidation (ci-après: la Société ou l'intimée), société anonyme sise à A.________, a été immatriculée dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) du 1er janvier 1995 au 30 septembre 2002. Sa faillite a été prononcée par jugement du 19 juin 2006. Selon l'inscription au registre du commerce, son but était: "achat, vente, exploitation d'un ou plusieurs avions d'affaires" et son capital social, entièrement libéré, se montait à 1'250'000 fr.
La société B.________ Inc., sise au Panama jusqu'au 4 mai 2001 (date à laquelle elle a transféré son siège à A.________, sa nouvelle raison sociale étant B.________ SA), était propriétaire d'un avion de type Y.________. Dans le but de faire effectuer des travaux sur cet appareil, B.________ Inc., agissant par son gérant C.________, s'est adressée à la société D.________ SA), société anonyme sise à E.________, active dans le domaine aéronautique et immatriculée dans le registre des assujettis à la TVA. Un protocole d'accord non daté a été établi. Selon ce document, D.________ SA s'engageait à effectuer des travaux de maintenance et de mise en conformité aux normes suisses de l'avion précité, consistant notamment à changer les moteurs et à modifier l'avionique. Les deux anciens moteurs étaient repris par D.________ SA pour le prix de 225'000 US $ (ch. VII du protocole d'accord). Les travaux devaient débuter le 14 décembre 1998 et la livraison intervenir au plus tard le 23 mars 1999 (ch. IX). Le prix total des travaux était fixé à 3'955'000 US $; à ce montant s'ajouterait le prix des travaux supplémentaires qui seraient découverts en effectuant ceux compris dans le forfait, pour autant que B.________ Inc. ait donné son accord à leur exécution (ch. VI). B.________ Inc. devait verser un acompte de 755'000 US $ le 1er juillet 1998, puis un acompte de 1'600'000 US $ lors du début des travaux et enfin le solde de 1'375'000 US $ (soit le prix total diminué des acomptes précités et du montant de la reprise des moteurs) lors de la livraison (ch. VIII). Finalement, les parties convenaient qu'un éventuel litige "pourrait être soumis" à la juridiction genevoise (ch. XI).
Le 15 janvier 1999, la Société et B.________ Inc. ont passé une "convention relative à la mise à disposition d'un avion", portant sur l'appareil de type Y.________, qui se trouvait alors dans les ateliers de D.________ SA, pour y subir les travaux précités. La convention était conclue pour une durée de 5 ans (le contrat étant reconductible, art. 7 de la convention). B.________ Inc. cédait l'usage exclusif de l'avion - dont elle demeurait propriétaire - à la Société, qui l'exploiterait pour son propre compte. L'avion devait être immatriculé en Suisse et basé à l'aéroport de Z.________ (art. 4). En contrepartie de la cession de l'usage de l'avion, la Société consentait un "investissement initial" de 6'500'000 US $ (TVA incluse), correspondant "à la prise en charge des factures de D.________ SA pour la transformation de l'avion" (art. 2 et 9). Cet investissement devait être amorti pendant la durée de 5 ans; par conséquent, pour le cas où la Société devrait être durablement et indûment privée de l'usage de l'avion, B.________ Inc. s'engageait à lui verser une indemnité correspondant à l'investissement initial réduit de manière linéaire en fonction de la durée pendant laquelle la Société avait pu user de l'appareil (art. 9). Par ailleurs, pendant toute la durée du contrat, la Société devait, à ses frais, entreprendre toutes démarches et faire exécuter tous travaux nécessaires pour que l'avion conserve les autorisations délivrées par les autorités compétentes (art. 2). Finalement, la modification du contrat était soumise à la forme écrite (art. 10). La convention était régie par le droit suisse et les tribunaux genevois étaient seuls compétents pour connaître d'un litige éventuel (art. 11).
Le 15 janvier 1999 également, la Société a passé une convention avec C.________ ainsi que son épouse ou leurs ayants droit. Selon le préambule, C.________ avait approché les actionnaires qui avaient repris la Société en leur offrant d'acquérir un paquet d'actions représentant au moins 20% du capital. Il leur avait proposé de faciliter l'exploitation de l'avion de marque Y.________ par la Société qui n'avait pas les moyens de financer les travaux de maintenance et de mise en conformité aux normes suisses dont il faisait l'objet. Dans ce but, il s'engageait à financer les travaux en question, en mettant à la disposition de la Société la somme de 6'500'000 US $. Cette somme serait créditée sur un compte courant d'associé au nom du prénommé; la créance ne devait pas porter intérêts (art. 6 de la convention). En contrepartie, la Société s'engageait à fournir à C.________, pendant la durée du contrat, soit durant 8 ans, les services d'un avion taxi pour ses déplacements internationaux, en lui accordant un droit d'usage prioritaire de l'avion, jusqu'à concurrence de 120 "heures block" par année (art. 1 et 8). Dans les limites de ce forfait, la Société prenait à sa charge la plus grande partie des frais d'exploitation de l'avion (art. 2 et 4). A la fin de chaque année, la Société établirait une facture d'un montant - indexable - de 600'000 fr., qui serait débité du compte courant de C.________. Finalement, cette convention était régie par le droit suisse et les tribunaux genevois étaient seuls compétents pour connaître d'un litige éventuel (art. 10).
Des montants de 755'000 US $, valeur le 2 juillet 1998, et de 1'600'000 US $, valeur le 24 décembre 1998, ont été virés sur un compte bancaire de D.________ SA, sommes correspondant aux acomptes du prix des travaux. Le second avis de crédit indique que le virement a été effectué sur ordre de B.________ Inc. Sur le premier figure l'indication manuscrite "B.________", dont l'auteur est vraisemblablement D.________ SA.
Des virements de 610'000 US $, valeur le 10 mars 1999, 1'300'000 US $, valeur le 10 mai 1999, 500'000 US $, valeur le 28 juillet 1999 et 1'350'000 US $, valeur le 2 novembre 1999, ont été effectués en faveur de D.________ SA. Les avis de crédit indiquent qu'il s'agit d'une "avance sur les travaux commandés par X.________" ou d'une "avance en faveur de X.________ SA" (10 mai 1999); celui du 2 novembre 1999 mentionne comme motif du paiement "X.________ S.A., solde factures". L'avis du 10 mai 1999 indique en plus que le donneur d'ordre est B.________ Inc.
La somme des montants virés était ainsi de 6'115'000 US $ (755'000 + 1'600'000 + 610'000 + 1'300'000 + 500'000 + 1'350'000).
Les 21, 22 juillet et 22 octobre 1999, D.________ SA a adressé à la Société trois factures et une note de crédit pour un montant total (arrondi) de 6'340'000 US $, TVA incluse. Selon D.________ SA, les factures ont été acquittées par B.________ Inc. Le montant de 6'340'000 US $, diminué du prix de reprise des anciens moteurs (225'000 US $), correspond à la somme des virements énumérés ci-dessus (6'340'000 ./. 225'000 = 6'115'000).
La Société a mis en compte à titre d'impôt préalable déductible la TVA facturée par D.________ SA.
A partir de la fin de l'année 2000, la Société a connu des difficultés financières qui l'ont empêchée de poursuivre ses activités. B.________ Inc. a résilié la convention du 15 janvier 1999. La convention conclue entre la Société et C.________ a également été dénoncée de manière anticipée. Ayant perdu l'usage de l'avion Y.________ ainsi que de l'autre appareil exploité par elle, la Société a cessé toute activité commerciale en janvier 2001. Elle a renoncé à faire valoir des prétentions à l'égard de B.________ Inc., C.________ faisant de même à son encontre.
B.
Dans le courant des mois de septembre et octobre 2002, l'Administration fédérale a procédé auprès de la Société à un contrôle portant sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1997 au 4ème trimestre 2000. Au terme de ce contrôle, elle a établi le décompte complémentaire no 221719, d'un montant de 678'481 fr. plus intérêts. Pour l'essentiel, la reprise provenait de ce que l'Administration fédérale n'avait pas admis en déduction l'impôt facturé par D.________ SA pour les prestations de maintenance et de mise en conformité aux normes suisses de l'avion Y.________. L'Administration fédérale a estimé, en effet, que les prestations en cause avaient été en réalité fournies non pas à la Société, mais à B.________ Inc.
Le décompte complémentaire a été confirmé par décision du 21 août 2003 et par décision sur réclamation du 14 décembre 2004.
Cette dernière décision a été déférée à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission de recours). La Société a exposé que la convention qu'elle avait conclue le 15 janvier 1999 avec B.________ Inc. constituait non pas un contrat de bail, mais un contrat de prêt à usage (art. 305 ss CO), l'usage de l'avion Y.________ ayant été cédé à titre gratuit. Le fait que la Société avait pris à sa charge les coûts de la mise en conformité aux normes suisses de l'avion Y.________ ne changeait rien au caractère gratuit de la mise à disposition de l'appareil, car il s'agissait de frais nécessaires à l'usage convenu de la chose prêtée. Par ailleurs, en s'engageant à assumer ces frais, la Société reprenait le contrat conclu entre B.________ Inc. et D.________ SA. Cette dernière avait manifesté son accord à la reprise du contrat en adressant les factures des travaux à la Société. Dès lors, la Société était bien la destinataire des prestations de D.________ SA et pouvait déduire l'impôt préalable facturé par cette dernière. Le fait que les travaux avaient été payés par un tiers, à savoir B.________ Inc., pour le compte de la Société, n'y changeait rien.
Par décision du 20 mars 2006, la Commission de recours a admis le recours et renvoyé la cause à l'Administration fédérale pour qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants. Elle a estimé que l'analyse des rapports de droit civil ne permettait guère de résoudre la question de savoir qui était matériellement le destinataire des prestations facturées par D.________ SA à la Société. En revanche, sous l'angle économique, il était clair que la Société avait bénéficié, tout comme B.________ Inc., des prestations en question. Dès lors, la situation matérielle, appréciée sous l'angle économique, se trouvait en accord avec les aspects formels (facturation), de sorte que la Société était en principe en droit de déduire à titre d'impôt préalable la TVA facturée. Toutefois, les factures en question, qui étaient établies en monnaie étrangère, n'indiquaient pas le montant de l'impôt en francs suisses, comme le prescrivaient les Instructions 1997 à l'usage des assujettis TVA. Comme il s'agissait d'un vice réparable, l'assujetti ayant la possibilité de régulariser la situation en se faisant délivrer un formulaire par le prestataire, le dossier devait être retourné à l'Administration fédérale pour qu'elle permette à la Société de procéder de la sorte et rende ensuite une nouvelle décision dans le sens des considérants.
C.
Agissant par la voie du recours de droit administratif, l'Administration fédérale demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler cette décision et de confirmer la décision sur réclamation du 14 décembre 2004. Elle dénonce une violation de l'art. 29 OTVA.
La Commission de recours a renoncé à déposer des observations. L'intimée n'a pas fait usage de la faculté qui lui a été accordée de se déterminer.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1.
1.1 Le prononcé par lequel une autorité renvoie la cause à l'autorité inférieure pour qu'elle rende une nouvelle décision constitue en principe une décision incidente. Il s'agit en effet d'une simple étape avant la décision finale qui doit mettre un terme à la procédure. Une décision de renvoi revêt en revanche le caractère d'une décision finale si elle tranche une question de principe de manière à lier l'autorité inférieure (ATF 129 I 313 consid. 3.2; 118 Ib 196 consid. 1b). Tel est bien le cas en l'espèce, dans la mesure où l'autorité intimée a jugé que l'intimée était la destinataire des prestations fournies par D.________ SA et qu'elle était en droit - à la condition que le vice de forme affectant les factures soit réparé - de déduire à titre d'impôt préalable la TVA facturée par cette dernière.
1.2 Dirigé contre une décision finale qui a été prise par une commission fédérale de recours (art. 98 lettre e OJ) et qui est fondée sur le droit public fédéral, le présent recours, qui a été déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi, est recevable en vertu des art. 97 ss OJ ainsi que des art. 54 al. 1 OTVA et 66 al. 1 de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA, entrée en vigueur le 1er janvier 2001; RS 641.20).
En vertu des art. 54 al. 2 OTVA et 66 al. 2 LTVA, l'Administration fédérale a qualité pour recourir (art. 103 lettre b OJ).
2.
L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée, entrée en vigueur le 1er janvier 1995, a été remplacée par la loi fédérale du même nom, du 2 septembre 1999, entrée en vigueur le 1er janvier 2001. Selon l'art. 93 al. 1 LTVA, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée s'applique dès lors au présent litige, qui porte sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1997 au 4ème trimestre 2000.
3.
3.1 L'art. 29 OTVA énonce les conditions générales de la déduction de l'impôt préalable. A son alinéa 1er, il dispose que, si l'assujetti utilise des biens ou des prestations de services pour l'un des buts indiqués au 2ème alinéa (parmi ceux-ci figurent les livraisons et les prestations de services imposables), il peut déduire, dans son décompte, notamment les montants d'impôt préalable que d'autres assujettis lui ont facturés, conformément à l'art. 28, pour des livraisons et des prestations de services.
Intitulé « Facturation et transfert de l'impôt », l'art. 28 OTVA dispose que l'assujetti qui effectue une livraison ou une prestation de services doit, lorsque le destinataire de la prestation assujetti à l'impôt le lui demande, établir une facture comportant les indications énumérées à l'al. 1.
L'ordonnance ne précise pas qui est le destinataire de l'opération (prestation de services ou livraison de bien), au sens de l'art. 28 OTVA.
3.2 Selon la doctrine, le destinataire de la prestation se détermine généralement d'après les règles contractuelles qui régissent l'opération. C'est donc en principe la personne qui s'est fait promettre la prestation (Rivier/Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, p. 88; Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer und von den entsprechenden Wirkungen auf das schweizerische Recht, th. Zurich, Berne 1999, p. 253; Ivo P. Baumgartner, in: Kompetenzzentrum MWST der Treuhand-Kammer [édit.], mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Munich 2000, n. 15 ad art. 38). Riedo précise toutefois que le droit de déduire l'impôt préalable ne dépend pas des formes de droit civil choisies par les parties, mais appartient au destinataire de la prestation qui supporte l'impôt préalable grevant celle-ci (critère matériel). Le but de la déduction de l'impôt préalable est en effet de permettre au destinataire de la prestation, qui l'utilise pour effectuer des opérations imposables, de dégrever celles-ci de la charge préalable (principe de la neutralité de l'impôt; Riedo, loc. cit.). Selon Baumgartner, en revanche, la détermination du destinataire ne peut se faire à l'aide de critères purement économiques, au vu de l'importance que revêt en droit de la TVA la manière dont les agents économiques apparaissent vers l'extérieur (cf. également Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 125: "le prestataire comme le destinataire de la prestation se déterminent sur la base des rapports externes"). Au demeurant, il n'importe pas de savoir qui effectue la contre-prestation: ce peut être le destinataire de la prestation ou un tiers qui le fait à sa place (Baumgartner, loc. cit.).
Si la prestation que s'est fait promettre le destinataire entre finalement dans le patrimoine d'un tiers, qui en est le bénéficiaire, c'est le (premier) destinataire qui a le droit de déduire l'impôt préalable (Rivier/Rochat Pauchard et Baumgartner, loc. cit., qui se réfèrent à la doctrine allemande). Selon Riedo, au contraire, lorsqu'un tiers se fait promettre une prestation en son propre nom, mais pour le compte du (véritable) destinataire, qui paie la facture et utilise la prestation dans un but donnant droit à la déduction, c'est ce dernier qui peut déduire l'impôt préalable, même s'il n'est pas partie au contrat conclu avec le prestataire (loc. cit.).
4.
4.1 La recourante reproche à l'autorité intimée d'avoir apprécié les faits de la cause sous l'angle purement économique, alors que, selon la jurisprudence, il n'y a lieu de s'écarter des formes de droit civil choisies par les parties qu'en présence d'une évasion fiscale. En s'en tenant aux formes choisies par les parties, la recourante relève que les prestations de maintenance et de mise en conformité aux normes suisses de l'avion de type Y.________ ont été effectuées sur la base d'un protocole d'accord conclu entre B.________ Inc. et D.________ SA. C'est B.________ Inc. également qui a effectué la contre-prestation et versé les 6'115'000 US $, en agissant pour son propre compte - puisqu'il s'agissait de l'exécution d'une de ses obligations contractuelles - et non pour le compte de l'intimée. Au demeurant, la recourante relève qu'il n'existait aucune relation contractuelle entre l'intimée et D.________ SA. L'intimée était en revanche liée à B.________ Inc., avec laquelle elle avait conclu un contrat de bail portant sur l'avion de marque Y.________, contre le versement de 6'500'000 US $. De l'avis de la recourante, l'intimée, utilisant à cet effet les fonds mis à disposition par C.________, a effectivement versé ce montant à B.________ Inc., et ce avant l'émission des factures qui lui ont été adressées par D.________ SA. Le versement de 6'500'000 US $ constitue ainsi la contre-prestation de la location de l'avion et non celle des prestations fournies par D.________ SA. L'intimée n'était pas la destinataire de ces dernières prestations, dont elle n'a pas payé le prix. La recourante en conclut que les factures qui lui ont été adressées par D.________ SA sont certes formellement valables - sous réserve de l'indication du montant de l'impôt en francs suisses -, mais ne correspondent pas à la situation matérielle, dans la mesure où la destinataire des prestations fournies par cette société était B.________ Inc. et non l'intimée. Elles auraient été établies dans le but de permettre à l'intimée de déduire l'impôt préalable, ce à quoi le véritable destinataire des prestations en question, B.________ Inc., ne pouvait prétendre en l'absence d'assujettissement à la TVA. La condition matérielle que l'assujetti ayant mis en compte l'impôt préalable ne soit pas seulement le destinataire des factures, mais aussi celui des opérations concernées faisant défaut, l'intimée ne pourrait bénéficier de la déduction.
4.2 Sans qu'il soit besoin de la qualifier de manière définitive - ce qui supposerait de déterminer, notamment, le droit qui la régit -, la convention conclue à une date indéterminée entre B.________ Inc. et D.________ SA s'apparente à un contrat d'entreprise au sens des art. 363 ss CO, en vertu duquel la première, propriétaire de l'avion et maître de l'ouvrage, a fait exécuter par la seconde des travaux de mise en conformité aux normes suisses de l'appareil.
En ce qui concerne la convention conclue le 15 janvier 1999 entre B.________ Inc. et l'intimée, soumise au droit suisse, il n'est pas nécessaire de déterminer s'il s'agit d'un contrat de bail (art. 253 ss CO) ou de prêt à usage (art. 305 ss CO). Il convient en revanche de relever que, selon les termes de cette convention, l'intimée s'est engagée à prendre à sa charge le coût des travaux de maintenance et de mise en conformité aux normes suisses effectués par D.________ SA (art. 2), son "investissement initial" de 6'500'000 US $ correspondant à la "prise en charge des factures de D.________ SA pour la transformation de l'avion" (art. 9). Ce faisant, l'intimée a repris les obligations de B.________ Inc. à l'égard de D.________ SA. Contrairement à ce qu'elle a affirmé dans son recours à l'autorité intimée, il apparaît en revanche exclu que l'intimée ait pris la place de B.________ Inc. dans le contrat conclu avec D.________ SA (transfert du contrat): la convention du 15 janvier 1999 ne prévoit nulle part une telle substitution. Du reste, un transfert du contrat ultérieur à la convention aurait nécessité de modifier celle-ci, ce qui ne pouvait se faire qu'en la forme écrite (art. 10). Or, aucun amendement à la convention ne figure au dossier et l'on ne saurait par conséquent voir dans le fait que D.________ SA a adressé ses factures à l'intimée un consentement donné par acte concluant au transfert du contrat. Ce comportement de D.________ SA peut tout au plus être interprété comme son consentement à la reprise des obligations de B.________ Inc. par l'intimée.
Les acomptes sur le prix des travaux effectués par D.________ SA ont été versés - respectivement le 2 juillet et le 24 décembre 1998 - par B.________ Inc. Après la conclusion de la convention du 15 janvier 1999, les versements ont été effectués - apparemment - toujours par B.________ Inc., mais pour le compte de l'intimée, ce qui est compréhensible si l'on considère qu'en vertu de la convention précitée, l'intimée avait repris les obligations de B.________ Inc. à l'égard de D.________ SA. Quant au fait que B.________ Inc. a continué à effectuer ces versements après cette date, il peut s'expliquer par les relations qui existaient entre C.________, d'une part, et B.________ Inc. ainsi que l'intimée, d'autre part. Par convention du 15 janvier 1999, celui-ci s'était engagé à mettre à la disposition de l'intimée la somme de 6'500'000 US $, qui devait lui permettre de payer les travaux de mise en conformité aux normes suisses de l'avion Y.________, conformément à l'engagement qu'elle avait pris le même jour vis-à-vis de B.________ Inc. Or, C.________ n'était pas seulement le gérant de B.________ Inc., mais également son principal actionnaire.
Ainsi, du point de vue du droit civil, l'intimée n'était pas partie au "contrat d'entreprise" conclu avec D.________ SA, mais elle a par la suite repris les obligations découlant de son exécution par l'"entrepreneur". Dans ces conditions, il n'y a rien d'insolite à ce que D.________ SA ait établi ses factures au nom de l'intimée.
Au demeurant, les prestations de D.________ SA devaient servir principalement à l'intimée, en lui permettant d'exploiter pour son propre compte l'avion à partir de Z.________, soit d'exercer une activité imposable au titre de la TVA. Il était d'ailleurs prévu que son "investissement initial" consistant à prendre à sa charge les coûts des travaux de mise en conformité aux normes suisses de l'appareil serait amorti pendant la durée (5 ans) du contrat passé avec B.________ Inc.
Au vu de ce qui précède, l'intimée n'était certes pas le "maître de l'ouvrage", qui s'était fait promettre les prestations de D.________ SA. En revanche, c'est elle qui devait - principalement - les utiliser, d'ailleurs pour exercer une activité soumise à la TVA. C'est elle aussi qui a effectué la contre-prestation, ou, plus exactement, c'est à elle que la contre-prestation doit être imputée. Par conséquent, force est d'admettre que l'intimée était la destinataire des opérations en question et que, dans cette mesure, les factures se trouvent en adéquation avec la situation matérielle.
Ainsi, l'on doit considérer que la recourante n'a pas établi de manière suffisante que les factures ne correspondaient pas à la situation matérielle. Il y a par conséquent lieu de s'en tenir aux factures pour déterminer le droit à la déduction de l'impôt préalable, sans méconnaître le caractère particulier du cas d'espèce.
La question de savoir si l'intimée était la seule destinataire des opérations en question, ou si le "maître de l'ouvrage", B.________ Inc., avait également cette qualité, peut demeurer indécise. En effet, dès le moment où D.________ SA a établi ses factures au nom de l'intimée, c'est elle seule qui peut déduire l'impôt préalable et il n'importe plus de savoir si B.________ Inc. remplissait également la condition matérielle de la déduction.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Le dossier doit être retourné à la recourante pour qu'elle donne la possibilité à l'intimée de corriger le vice formel affectant les factures et rende ensuite une nouvelle décision, conformément à l'arrêt de l'autorité intimée.
Succombant, la recourante - dont l'intérêt pécuniaire est en cause - doit supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1 et 2, 153 et 153a OJ).
L'intimée, qui ne s'est pas déterminée, n'a pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté et la décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions du 20 mars 2006 est confirmée.
2.
Un émolument judiciaire de 15'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties et à la Commission fédérale de recours en matière de contributions.
Lausanne, le 27 novembre 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: