TRIBUNAL CANTONAL COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC
Arrêt du 17 août 2018
Composition
Recourant
A.________ à ******** représenté par Me Stefan DISCH, avocat à Lausanne,
Autorité intimée
Département de l'économie, de l'innovation et du sport (DEIS), Secrétariat général, à Lausanne,
Autorité concernée
Service de la consommation et des affaires vétérinaires, Affaires vétérinaires, à Lausanne,
Objet
Divers
Recours A.________ c/ décision sur recours du Département de l'économie, de l'innovation et du sport (DEIS) du 16 février 2018 rejetant son recours contre la décision du vétérinaire cantonal du 31 octobre 2017 (retrait de patente de marchand de bétail pour une durée indéterminée)
Vu les faits suivants:
A. A.________ est l'administrateur de la société B.________ SA, qui a pour but l'exploitation de porcheries, l'élevage, l'engraissement, l'avancement et le commerce de porcs, la production et le commerce de viande, ainsi que tous conseils en élevage porcin. La société B.________ SA a exploité notamment des porcheries à ********, ******** et ********. A titre personnel, A.________ est titulaire d'une patente de marchand de bétail, valable du 1er décembre 2017 au 31 décembre 2019.
B. La porcherie exploitée par B.________ SA à ******** a fait l'objet d'une inspection, par le Service de la consommation et des affaires vétérinaires (ci-après: le SCAV), le 17 octobre 2012. L'exploitation s'est révélée conforme aux exigences légales, la société B.________ SA étant néanmoins rendue attentive au fait que, passée une période transitoire échéant le 31 août 2013, il convenait de s'assurer que les animaux puissent dans tous les cas avoir accès chaque jour à de l'eau et puissent s'occuper assez longtemps avec des matériaux appropriés. A la demande du SCAV, la société anonyme de prestations pour la production porcine (ci-après: la SSP) a effectué une visite de la porcherie de ******** le 5 novembre 2012. Elle y a constaté une surpopulation dans les box et des cas de cannibalisme. Sur la base d'un rapport de la SSP, le SCAV a rappelé à B.________ SA, le 17 décembre 2012, les normes relatives à la dimension des box, ainsi que la nécessité de prévoir des matériaux permettant aux porcs de s'occuper. Le 30 avril 2013, le SCAV a constaté que la porcherie de ******** était conforme à la réglementation. Le 21 septembre 2016, le SCAV a constaté que beaucoup de bouchons d'occupation ne fonctionnaient pas. Un porc présentait une queue rongée à sang, ce qui justifiait son isolement. Enfin, le SCAV a mis en évidence l'existence d'une fente du caillebottis trop large, nécessitant une réparation. Le 22 septembre 2016, le SCAV a enjoint B.________ SA à réparer le caillebottis usé, à soigner l'animal blessé et à s'assurer de la disponibilité de matériel d'occupation. Lors d'un contrôle le même jour, le SCAV a pu constater que les problématiques relevées étaient réglées. Le 13 décembre 2016, le SCAV a constaté que seuls 1/3 des boxes des porcs de plus de 60 kg disposaient de matériaux d'occupation en état de fonctionnement. Sur la base de ce constat, le SCAV a enjoint la société B.________ SA à s'assurer que du matériel d'occupation soit disponible en permanence. Un nouveau contrôle du SCAV le 16 août 2017 a permis de mettre en évidence que le matériel d'occupation était toujours insuffisant. Ce contrôle a révélé l'absence d'une quantité suffisante d'abreuvoirs. Ces manquements n'avaient pas été résolus lors d'une visite ultérieure du SCAV le 18 août 2017. A l'issue d'un nouveau contrôle le 5 octobre 2017, le SCAV a constaté que l'exploitation était désormais conforme aux exigences légales.
C. La porcherie exploitée par B.________ SA à ******** a fait l'objet d'un contrôle le 2 décembre 2016. Le SCAV a constaté que le matériel d'occupation à disposition des porcs était insuffisant dans plus de la moitié des boxes, en raison de problèmes d'humidité. Le 9 décembre 2016, le SCAV a enjoint B.________ SA à rendre disponible en tout temps le matériel d'occupation dans les boxes. Le SCAV a rappelé à B.________ SA qu'il était de son devoir de contrôler aussi souvent que nécessaire le bien-être de ses animaux et l'état de ses installations et réparer ces dernières si elles sont défectueuses et diminuent le bien-être des animaux. Lors d'un contrôle du 24 mars 2017, le SCAV a constaté que l'éclairage n'était pas enclenché. Un quart des occupations étaient manquantes. En outre, quatre jeunes cochons avaient la queue rongée au sang. Sous la menace des sanctions prévues par l'art. 292 CP, le SCAV a enjoint le 3 avril 2017 B.________ SA de fournir immédiatement aux porcs du matériel d'occupation adéquat et disponible en tout temps, de garantir immédiatement le bon fonctionnement de la minuterie de la porcherie afin d'assurer un éclairage d'au minimum 15 lux dans tous les boxes, de prodiguer immédiatement les soins adéquats aux animaux blessés et de veiller en tout temps à l'état de santé des animaux. Le 1er juin 2017, le SCAV a constaté des signes de cannibalismes sur trois porcs qui présentaient une queue rongée au sang. Le 7 juin 2017, le SCAV a rappelé à B.________ SA que les animaux blessés ou malades devaient être logés de manière appropriée, en aménageant un compartiment séparé. Un contrôle le 14 août 2017 a permis de constater que l'exploitation était désormais conforme à la réglementation. Le 18 août 2017, le SCAV a en revanche constaté qu'une pipette à eau dans le box infirmerie n'était pas fonctionnelle. Les rapports des 5 et 30 octobre 2017 font état de la conformité de l'exploitation à la réglementation.
D. La SSP a contrôlé l'exploitation de ******** le 5 novembre 2012 et y a constaté une suroccupation. L'exploitation de ******** a fait l'objet d'un contrôle du SCAV le 30 avril 2013, qui n'a pas révélé de manquement. A l'occasion de deux contrôles successifs les 7 et 12 septembre 2016, le SCAV a notamment constaté une surdensité de certains boxes (corrigée lors du contrôle du 12 septembre 2016) et l'insuffisance du matériel d'occupation dans trois boxes. Enfin, le SCAV a relevé la présence de caillebottis usés ou endommagés, qui devaient être réparés. Dans une décision du 23 septembre 2013, il a exigé de B.________ SA qu'elle remédie immédiatement à ces manquements. Lors d'un contrôle du 27 septembre 2016, le SCAV a pu constater que lesdits manquements avaient été corrigés. Un contrôle le 13 décembre 2016 n'a révélé aucune défaillance. A l'occasion d'un contrôle le 20 février 2017, le SCAV a mis en évidence que les dimensions des boxes mesurées jusqu'alors étaient erronées. Il en résultait une surpopulation. Le SCAV a par ailleurs constaté la présence d'un caillebottis abîmé. B.________ SA a été enjointe, le 6 mars 2017, à remédier à ces manquements. Un contrôle le 16 août 2017 s'est révélé conforme. Les 18 août et 5 octobre 2017, le SCAV a en revanche constaté que les exigences relatives aux soins à fournir aux animaux n'étaient que partiellement respectées au sein de la porcherie de ********.
E. Parallèlement aux contrôles effectués régulièrement dans le cadre des porcheries exploitées par la société B.________ SA, le SCAV a constaté que le taux de mortalité des animaux était supérieur à la moyenne. Le 7 octobre 2016, il a demandé à B.________ SA de faire appel à une organisation spécialisée dans le suivi sanitaire ou la gestion de troupeau. Il lui a par ailleurs demandé d'assurer un suivi de la densité des porcs détenus dans l'ensemble de ses porcheries et de lui transmettre les annonces de mise en place et d'abattage pour chacune de ses porcheries individuellement.
F. Le 18 août 2017, le SCAV a interdit à titre provisoire à B.________ SA de mettre en place de nouveaux porcelets dans l'ensemble de ses porcheries, de manière à prévenir une éventuelle surpopulation.
G. Le 24 août 2017, le SCAV a informé B.________ SA et A.________ qu'il envisageait de prononcer à leur encontre une interdiction de détention d'animaux de rente, en relation avec les nombreux manquements constatés en lien avec la protection des animaux. Le même jour, il a également informé A.________ de son intention de lui retirer sa patente de marchand de bétail. Le SCAV a ultérieurement dénoncé pénalement B.________ SA et A., relevant par ailleurs à cette occasion que B. SA avait transporté un porc accidenté pendant plusieurs heures en vue de le remettre à un abattoir du Canton du Jura, contrairement à son obligation de s'adresser aux abattoirs du Canton de Vaud.
H. A.________ et la société B.________ SA se sont déterminés le 25 septembre 2017. Ils ont exposé les mesures immédiates prises dans les porcheries. A.________ a indiqué vouloir cesser l'exploitation de ses trois porcheries. Il ne s'opposait dès lors pas à ce qu'une interdiction de détenir des porcs, et non tous les animaux de rente, soit prononcée à son encontre. Il s'est en revanche opposé au retrait de sa patente de marchand de bétail.
I. Le 24 octobre 2017, le SCAV a interdit, pour une durée indéterminée, à A.________ et à la société B.________ SA de détenir des animaux de l'espèce porcine. Cette décision n'a pas fait l'objet d'un recours et est dès lors entrée en force.
J. Le 31 octobre 2017, le SCAV a retiré à A.________ sa patente de marchand de bétail pour une durée indéterminée, en raison de violations de la loi sur la protection des animaux. Ce retrait s'étend à tous les animaux de rente.
K. A.________ a recouru à l'encontre de la décision du SCAV du 31 octobre 2017 auprès du Département de l'économie, de l'innovation et du sport (ci-après: le DEIS) en concluant, à titre principal, à son annulation, subsidiairement à sa réforme, en ce sens que seul un avertissement est prononcé à son encontre.
Le SCAV a conclu au rejet du recours. Invité à se déterminer, A.________ a maintenu ses conclusions.
L. Le 16 février 2018, le DEIS a rejeté le recours de A.________ et confirmé la décision du SCAV du 31 octobre 2017.
M. A.________ a recouru à l'encontre de la décision du DEIS du 16 février 2018 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal, en concluant à sa réforme, en ce sens que seul un avertissement lui est notifié. Il demande subsidiairement l'annulation de la décision du DEIS du 16 février 2018 et le renvoi de la cause au SCAV pour nouvelle instruction et nouvelle décision. A.________ a requis par ailleurs l'octroi, à titre préalable, de l'effet suspensif à son recours.
Invités à se déterminer sur la requête tendant à l'octroi de l'effet suspensif, le DEIS et le SCAV se sont opposés à son octroi.
Le 19 avril 2018, le juge instructeur a rejeté la requête d'effet suspensif, respectivement a retiré l'effet suspensif au recours.
Sur le fond, le DEIS et le SCAV, se référant à leur décision, ont conclu au rejet du recours.
Invité à répliquer, A.________ a maintenu ses conclusions.
N. Le Tribunal a statué par voie de circulation.
Considérant en droit:
La décision sur recours du DEIS peut faire l’objet d’un recours de droit administratif au sens des art. 92 ss de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; RSV 173.36). Interjeté en temps utile (art. 95 LPA-VD), le recours satisfait par ailleurs aux autres conditions formelles de recevabilité (art. 79 al. 1 LPA-VD, applicable par renvoi de l'art. 99 LPA-VD), de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
Le recourant sollicite la tenue d'une audience, de manière à pouvoir s'exprimer sur les mesures de correction entreprises et l'impact qu'aurait eu une telle décision de retrait de la patente de marchand de bétail sur sa situation et son avenir professionnel. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment pour le justiciable le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique (ATF 143 III 65 consid. 3.2; 143 V 71 consid. 4.1), mais il ne garantit pas le droit de s'exprimer oralement (ATF 134 I 140 consid. 5.3; arrêts TF 5A_540/2013 du 3 décembre 2013 consid. 3.1.1 non publié in ATF 140 III 1; 5A_543/2014 du 17 mars 2015 consid. 2.1). On ne voit en l'occurrence pas pour quelles raisons le recourant serait dans l'impossibilité d'exposer par écrit les conséquences induites par la décision attaquée. Il ne se justifie dès lors pas d'ordonner la mise en œuvre d'une audience.
Est litigieux le retrait au recourant de sa patente de marchand de bétail pour une durée indéterminée.
a) Le commerce de bétail est une profession réglementée, au sens de l'art. 20 de la loi fédérale du 1er juillet 1966 sur les épizooties (LFE; RS 916.40), formulé en ces termes:
"1 Le Conseil fédéral peut édicter des prescriptions de police des épizooties pour éviter la propagation d'épizooties dans l'exercice de professions, notamment le commerce professionnel du bétail.
2 Par commerce professionnel du bétail au sens de l'al. 1, on entend l'achat, la vente et l'échange professionnels, ainsi que le courtage des animaux des espèces équine, bovine, ovine, caprine et porcine. L'achat de ces animaux par des bouchers qui les abattront dans leur propre entreprise est également considéré comme du commerce professionnel du bétail. Ne sont pas réputées telles les mutations ordinaires du bétail que comportent l'agriculture, l'économie alpestre ou l'engraissement, ni la vente d'animaux élevés ou engraissés par l'intéressé lui-même.
3 Le Conseil fédéral réglemente les conditions à remplir pour l'exercice de la profession et la surveillance du commerce de bétail."
Le commerce de bétail est notamment réglé par les prescriptions de la section 7 de l'ordonnance fédérale du 27 juin 1995 sur les épizooties (OFE; RS916.401), qui regroupe les art. 34 à 37b OFE. A teneur de ces dispositions, les personnes qui font du commerce de bétail doivent être titulaires d'une patente de marchand de bétail, laquelle est délivrée à la double condition que le requérant ait suivi un cours d'introduction pour marchand de bétail et ait réussi l'examen (art. 34 al. 3 let. a OFE), et qu'il possède un local de stabulation dont l'emplacement, les installations, l'organisation et l'exploitation sont conformes aux règles de prévention des épizooties (art. 34 al. 3 let. b OFE). La patente, délivrée par le canton où le marchand de bétail a son siège commercial, a une durée de validité de trois ans (art. 34 al. 2 OFE).
Conformément à l'art. 35 al. 3 OFE, le renouvellement de la patente est refusé ou la patente déjà délivrée est retirée: si le marchand de bétail n'a pas de local de stabulation ou que ce local n'est pas conforme aux règles de prévention des épizooties (let. a); si le marchand de bétail ou son personnel a enfreint de façon grave ou réitérée la législation sur les épizooties, sur la protection des animaux, sur les denrées alimentaires, sur les produits thérapeutiques ou sur l'agriculture (let. b); le marchand n'a pas suivi le cours de formation continue ou s'il n'a pas repassé le cours d'introduction (let. c).
b) Le recourant soutient d'abord que les conditions d'application de l'art. 35 al. 3 OFE ne seraient pas réalisées. Même s'il ne conteste pas que l'exploitation des différentes porcheries de B.________ SA a donné lieu à plusieurs constats d'irrégularités en relation avec la protection des animaux, il soutient en substance que celles-ci ne sauraient lui être opposées en lien avec son activité de marchand de bétail qui serait indépendante.
Interprétée dans son sens littéral, l'art. 35 al. 3 let. b OFE n'exclut pas que le retrait soit justifié par des violations de la législation qui auraient été commises en lien avec une autre activité que celle de marchand de bétail à proprement parler. L'interprétation restrictive du recourant n'emporte pas non plus la conviction sous l'angle téléologique. En effet, du point de vue de la protection du bien-être des animaux, il paraît justifié d'éviter que des personnes qui ont eu par ailleurs un comportement répréhensible en lien avec des animaux puissent exercer l'activité de marchand de bétail. Pour les mêmes motifs, peu importe que les manquements à la législation aient été commis en lien avec d'autres animaux – en l'occurrence, des porcs – que ceux dont le recourant entend faire le commerce (soit essentiellement des chevaux et des bovins).
Certes, les violations de la LPA reprochées au recourant concernent toutes l'exploitation de porcheries. Le risque de récidive dans ce contexte est, du fait de la cessation de cette activité, considérablement réduit. La profession de marchand de bétail implique toutefois également la détention d'animaux. La possession d'un local de stabulation constitue d'ailleurs l'une des conditions d'octroi de la patente de marchand de bétail (art. 35 al. 3 let. b OFE, exigence à laquelle il n'est fait exception que lorsque le marchand de bétail livre ses animaux directement aux abattoirs, cf. art. 35 al. 5 OFE). Il s'ensuit que le risque d'atteinte au bien-être des animaux ne peut être exclu par la seule interdiction faite au recourant de détenir des animaux de l'espèce porcine. Or, la capacité de traiter le bétail avec ménagement est incontestablement un facteur essentiel pour apprécier l'aptitude d'un marchand de bétail à lutter contre les épizooties et ainsi concourir à atteindre le but de santé publique que vise la législation sur les épizooties. L'autorité intimée n'avait pas non plus à limiter les effets du retrait de la patente de marchand de bétail aux seuls animaux de l'espèce porcine, le commerce d'animaux de l'espèce bovine et équine étant suffisamment proche pour que la mesure s'étende à cette activité également. En sa qualité d'administrateur unique de la société B.________ SA, le recourant doit en outre être considéré comme le détenteur des animaux qui se trouvaient dans les porcheries exploitées par cette société. Il ne peut dès lors s'exonérer de sa responsabilité au motif qu'il exerçait la fonction d'administrateur, ce qu'il a d'ailleurs implicitement reconnu en ne recourant pas contre la décision du SCAV lui interdisant de détenir des animaux de l'espèce porcine.
Le recourant ne saurait donc tirer argument du fait que la décision se fonde sur des manquements constatés en lien avec l'exploitation des porcheries de B.________ SA.
c) Le recourant soutient en outre que le critère de gravité, respectivement de réitération des violations de la législation, ne serait en l'espèce pas rempli.
A cet égard, il convient d'examiner quelles sont les dispositions de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur la protection des animaux (LPA; RS 455) et de l’ordonnance fédérale du 23 avril 2008 sur la protection des animaux (OPAn; RS 455.1), dont le but est de protéger la dignité et le bien-être des animaux, qui sont visées par le comportement du recourant.
Outre les dispositions générales des art. 4 et 6 LPA, exigeant du détenteur qu'il nourrisse, prenne soin et garantisse l'activité et la liberté de mouvement des animaux, l'OPAn prescrit que les animaux doivent être détenus et traités de manière à ce que leurs fonctions corporelles et leur comportement ne soient pas gênés et que leur faculté d’adaptation ne soit pas sollicitée de manière excessive (art. 3 al. 1). Il revient au détenteur d’animaux de contrôler aussi souvent que nécessaire le bien-être de ses animaux et l'état des installations. Si celles-ci sont défectueuses et diminuent le bien-être des animaux, il doit les réparer sans délai ou prendre les mesures propres à assurer la protection des animaux (art. 5 al. 1).
Des défaillances en relation avec l'indisponibilité de matériaux d'occupation (cf. art. 44 OPAN, en vigueur depuis le mois d'août 2013) ont été relevées avec une récurrence relativement élevée, à l'occasion des contrôles successifs des 21 septembre 2016, 13 décembre 2016, ainsi que des 16 et 18 août 2017 dans la porcherie de ********, ainsi que les 2 décembre 2016 et 24 mars 2017, dans le cadre de l'exploitation de la porcherie de ********. Les manquements constatés concernaient de nombreuses bêtes, le matériel d'occupation étant parfois manquant dans plus de la moitié des boxes. Les directives techniques du 1er octobre 2014 élaborées par l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires concernant les aspects relatifs aux installations et les aspects qualitatifs pour la détention des porcs classent notamment l'indisponibilité du matériel d'occupation dans les manquements importants, nécessitant une intervention urgente (p. 18). Par ailleurs, au constat de fréquents cas de cannibalisme, s'ajoutent les problématiques des soins insuffisants apportés aux animaux blessés (n'ayant pas reçu de traitement ou n'ayant pas été isolés), ainsi que des défaillances constatées au niveau des éléments de sols (cf. art. 34 al. 2 OPAn), susceptibles d'engendrer des blessures aux animaux. S'y ajoutent enfin des problématiques plus ponctuelles d'éclairage insuffisant (cf. art. 33 al. 1, 2 et 4 OPAn), de surpopulation (cf. art. 10 OPAn), ainsi qu'en relation avec l'alimentation en eau (cf. art. 45 OPAn). L'ensemble des manquements précités, de par leur fréquence et leur gravité, ont eu incontestablement pour conséquence de réduire notablement le bien-être des animaux, ce d'autant plus que seules les prescriptions légales minimales étaient observées dans les trois porcheries en cause.
On relèvera en outre que la décision attaquée se fonde sur les mêmes faits que ceux ayant justifié la décision du 24 octobre 2017 faisant interdiction au recourant de détenir des animaux de l'espèce porcine, décision contre laquelle ce dernier n'a pas recouru en temps utile et qui est dès lors entrée en force. Même si les deux procédures sont indépendantes, le recourant ne saurait dès lors, sous l'angle de la bonne foi, remettre en cause dans le cadre du présent recours les manquements ayant donné lieu à l'interdiction de détenir des animaux de l'espèce porcine ou tenter d'en minimiser l'importance.
Il s'ensuit que l'autorité intimée a considéré à juste titre que les conditions de l'art. 35 OFE, en particulier l'exigence de gravité et de récurrence des manquements à la législation, étaient réunies.
L'autorité a prononcé le retrait de la patente de marchand de bétail du recourant pour une durée indéterminée.
Selon l'art. 34 al. 2 OFE, la patente de marchand de bétail n'est pas délivrée pour une durée indéterminée mais pour une durée limitée de trois ans. Ainsi, la patente retirée par la décision attaquée n'est valable que jusqu'au 31 décembre 2019. Quant à l'art. 35 al. 3 OFE, il prévoit que le renouvellement de la patente de marchand de bétail pour trois ans est refusé ou que la patente de marchande de bétail est retirée si l'une des conditions alternatives prévues aux lettres a à c sont remplies. Autrement dit, la législation ne prévoit pas la possibilité de refuser le renouvellement de la patente ou de retirer celle-ci pour une durée indéterminée (cf. dans le même sens arrêt de la Chambre administrative du Tribunal cantonal du Canton du Jura du 1er décembre 2009, publié in Revue jurassienne de jurisprudence [RJJ] 2009, p. 304, consid. 5). La mesure de retrait de la patente de marchand de bétail, qui est une activité soumise à autorisation, se distingue sur ce point de l'interdiction de détenir des animaux, laquelle peut être prononcée pour une durée déterminée ou indéterminée (art. 23 al. 1 LPA).
Dès lors, la décision attaquée n'est pas conforme à l'art. 35 OFE dans la mesure où elle prononce le retrait de la patente de marchand de bétail du recourant pour une durée indéterminée. La durée de la mesure de retrait ne peut en l'espèce excéder celle de validité de sa patente qui échoit le 31 décembre 2019.
Cela ne signifie pas pour autant que le recourant pourra automatiquement obtenir le renouvellement de sa patente de marchand de bétail à l'issue de ce délai. En effet, l'art. 35 OFE permettra cas échéant à l'autorité de refuser le renouvellement de celle-ci en se basant sur les motifs qui ont justifié la décision de retrait (RJJ 2009, p. 304 précité). Il appartiendra dès lors à l'autorité de première instance, lorsqu'elle sera cas échéant saisie d'une demande du recourant tendant au renouvellement de sa patente de déterminer si celui-ci remplit les conditions fixées par l'art. 35 OFE. Pour ce faire, elle devra notamment examiner si la sanction que constitue le retrait de la patente, respectivement le refus de son renouvellement qui est soumis aux mêmes conditions, a duré suffisamment longtemps pour produire son effet dissuasif (arrêt TF 2A.72/2005 du 6 mai 2005 consid. 4.1).
La décision attaquée viole donc l'art. 35 OFE dans la mesure où elle prononce le retrait de la patente du recourant pour une durée indéterminée.
Selon le recourant, la mesure litigieuse porterait atteinte au principe de la proportionnalité. Seul un avertissement aurait dû sanctionner les manquements constatés.
a) Le principe de proportionnalité commande que la mesure étatique soit nécessaire et apte à atteindre le but prévu et qu'elle soit raisonnable pour la personne concernée (ATF 140 I 257 précité consid. 6.3.1 p. 267 s.; ATF 140 II 194 consid. 5.8.2 p. 199).
La mesure litigieuse s'apparente à une sanction disciplinaire, dès lors qu'elle empêche le recourant d'exercer sa profession. Les mesures disciplinaires ne visent pas, au premier plan, à punir le destinataire, mais à l’amener à adopter à l’avenir un comportement conforme aux exigences de la profession et à rétablir le fonctionnement correct de celle-ci. En ce sens, les sanctions disciplinaires se distinguent des sanctions pénales. De plus, le principe de la proportionnalité doit être examiné à l’aune des intérêts publics précités. Ainsi, le choix de la nature et de la quotité de la sanction doit être approprié au genre et à la gravité de la violation des devoirs professionnels et ne pas aller au-delà de ce qui est nécessaire pour assurer les buts d’intérêt public recherchés. A cet égard, l’autorité doit tenir compte en premier lieu d’éléments objectifs, à savoir des conséquences que la faute a entraînées pour le bon fonctionnement de la profession en cause, et de facteurs subjectifs, tels que la gravité de la faute, ainsi que les mobiles et les antécédents de l’intéressé (arrêt TF 2P.133/2003 du 28 juillet 2003 consid. 4.2.1 et les références citées; arrêts GE.2017.0106 du 18 janvier 2018 consid. 2c; GE.2010.0105 du 30 mai 2011 consid. 6b/aa). Une interdiction de pratiquer est la sanction disciplinaire la plus grave. Elle n’est en principe admissible qu’en cas de récidive, lorsqu’il apparaît que des mesures moins incisives ne sont pas aptes à amener la personne concernée à respecter les règles professionnelles (arrêt TF 2P.318/2006 du 27 juillet 2007 consid. 12.1).
L’autorité de surveillance dispose d’un grand pouvoir d'appréciation, notamment pour ce qui concerne le choix de la sanction et sa quotité. Le Tribunal cantonal, qui s'impose une certaine retenue, n'intervient que si la sanction prononcée outrepasse le cadre du pouvoir d’appréciation et apparaît clairement disproportionnée (arrêt TF 2P.318/2006 du 27 juillet 2007 consid. 12.1; cf. également arrêt GE.2017.0072 du 9 novembre 2017 consid. 6a).
b) A titre liminaire, on précisera qu'il convient d'examiner si le retrait de la patente valable jusqu'au 31 décembre 2019, qui peut seul être prononcé à titre de sanction, est conforme au principe de la proportionnalité.
Le recourant soutient en premier lieu que la cessation de l'exploitation des porcheries ayant donné lieu aux manquements constatés, ainsi que l'interdiction de détenir des animaux de l'espèce porcine, suffisent à écarter tout risque de nouvelles atteintes au bien-être des animaux.
Le commerce de bétail est une activité réglementée par la législation sur les épizooties, qui a notamment pour but d'assurer la sécurité des denrées alimentaires d'origine animale et donc la santé publique. Il est vrai que le recourant n'a pas été sanctionné directement pour une violation de la LFE. Les règles relatives à la protection des animaux, dont le but est prioritairement de s'assurer que les animaux sont traités avec ménagement, visent également indirectement la lutte contre la propagation d'épizooties, les intérêts publics visés par la LPA et la LFE se recoupant dans une certaine mesure (cf. arrêt TF 2A.33/2005 du 24 juin 2005 consid. 2.3).
Il importe dès lors peu que le recourant ait été uniquement sanctionné pour des violations de la LPA et de son ordonnance. Pour les motifs déjà exposés plus haut (consid. 3c), la mesure ne paraît pas non plus disproportionnée parce qu'elle fait suite à des irrégularités constatées dans le cadre de l'exploitation de porcheries et non pas directement en lien avec l'activité de marchand de bétail du recourant.
c) Le recourant soutient que le prononcé d'un avertissement aurait été suffisant pour éviter que de nouvelles atteintes à la protection des animaux ne se reproduisent.
Comme le relève l'autorité intimée, les injonctions successives du vétérinaire cantonal, suite au constat de violations de la LPA dans le cadre des différentes porcheries exploitées par B.________ SA, revêtent la portée d'un avertissement, bien qu'elles ne contiennent pas de menace de retrait de la patente. Or, les remises à l'ordre du vétérinaire cantonal ont été dépourvues d'effets, les manquements, auxquels il a été certes remédié à brève échéance, s'étant reproduits à de fréquents intervalles.
L'autorité intimée n'a dès lors pas abusé de son pouvoir d'appréciation en considérant qu'un avertissement était en l'occurrence insuffisant pour amener le recourant à modifier son comportement.
d) On peut en revanche s'interroger sur la durée indéterminée de la mesure prononcée.
D'une manière générale, le retrait d'une autorisation administrative portant sur l'exercice d'une activité spécifique n'obéit pas à la même logique selon qu'il est prononcé pour une durée déterminée ou indéterminée. Ainsi, l'autorité pourra sanctionner un manquement ponctuel par un retrait de durée déterminée qui a pour finalité de dissuader l'intéressé de commettre à l'avenir de nouveaux manquements. Sa durée doit correspondre à ce qui est probablement nécessaire pour que la sanction produise cet effet dissuasif. Dans cette perspective, il y a lieu de tenir compte de ce qu'une sanction est d'autant plus durement ressentie qu'elle affecte plus gravement la personne concernée et que, partant, une durée d'autant plus courte suffira à produire l'effet escompté. C'est, en revanche, un retrait de durée indéterminée qui doit être prononcé lorsque les manquements qui dénotent chez l'intéressé une incapacité à exécuter correctement l'activité faisant l'objet de l'autorisation en question. Divers éléments peuvent entrer en ligne de compte pour l'appréciation du cas comme, par exemple, le manque de compétences, le défaut de certaines aptitudes, notamment l'absence de qualités morales ou caractérielles, ou encore des problèmes de santé physique ou psychique. Et les incidences de la mesure sur sa situation personnelle et économique ne sauraient avoir une importance décisive (arrêt TF 2A.72/2005 du 6 mai 2005 consid. 4.1; cf. également arrêt de la Chambre administrative du Tribunal cantonal du Canton du Jura du 1er décembre 2009 (Adm 63/2009) in RJJ 2009 p. 304ss, en particulier p. 308).
Selon l'art. 34 al. 2 OFE, la patente de marchand de bétail n'est pas délivrée pour une durée indéterminée mais pour une durée limitée de trois ans. Ainsi, la patente retirée par la décision attaquée n'est de toute manière valable que jusqu'au 31 décembre 2019. Il s'ensuit que l'art. 35 OFE ne permet pas de prononcer un retrait de la patente pour une durée indéterminée, ce qui conduit à la réforme de la décision pour ce motif.
Compte tenu de la durée déterminée de la validité de la patente, l'autorité devra examiner en fonction des principes jurisprudentiels rappelés ci-dessus à partir de quel moment, vu l'écoulement du temps, il sera à nouveau possible de délivrer une nouvelle patente après une décision de retrait (cf. sur ce point arrêt de la Chambre administrative du Tribunal cantonal du Jura précité, consid. 4.2). En l'occurrence, il apparaît que l'intention du vétérinaire cantonal était de sanctionner le recourant, dans le but de le dissuader de compromettre à nouveau le bien-être des animaux. N'est en effet pas en cause sa capacité générale à détenir des animaux, l'autorité intimée ayant d'ailleurs admis que le recourant puisse continuer à détenir des bovins et des chevaux. Il appartiendra dès lors à l'autorité de première instance, lorsqu'elle sera cas échéant saisie d'une nouvelle demande de patente du recourant, de déterminer si celui-ci remplit à nouveau les conditions pour la délivrance de celle-ci.
Il convient donc de réformer la décision sur ce point en ce sens que la patente valable pour une durée déterminée jusqu'au 31 décembre 2019 est retirée au recourant.
Le recourant soutient encore que le retrait de sa patente violerait sa liberté économique.
a) Selon l'art. 27 al. 1 Cst., la liberté économique est garantie. Elle comprend notamment le libre choix de la profession, le libre accès à une activité économique lucrative privée et son libre exercice (art. 27 al. 2 Cst.). Cette liberté protège toute activité économique privée, exercée à titre professionnel et tendant à la production d'un gain ou d'un revenu (ATF 134 I 214 consid. 3 p. 215 s.). Elle peut être invoquée tant par les personnes physiques que par les personnes morales (ATF 135 I 130 consid. 4.2 p. 135).
Comme tout droit fondamental, la liberté économique peut être restreinte. Aux termes de l'art. 36 al. 1 Cst., toute restriction d'un droit fondamental doit être fondée sur une base légale; les restrictions graves doivent être prévues par une loi (ATF 139 I 280 consid. 5.1 p. 284 et les références citées); les cas de danger sérieux, direct et imminent sont réservés. En outre, toute restriction d'un droit fondamental doit être justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui et être proportionnée au but visé (cf. art. 36 al. 2 et 3 Cst.).
b) Le recourant, du fait du retrait de sa patente de marchand de bétail, subit incontestablement une restriction à sa liberté économique. Le recourant ne contestant toutefois ni l'existence d'une base légale autorisant cette restriction, ni l'existence d'un intérêt public, il peut en l'occurrence être renvoyé aux développements effectués dans le cadre de l'examen de la conformité de la décision attaquée avec le principe de la proportionnalité. A cela s'ajoute que, comme exposé plus haut (consid. 4d), le recourant conserve la possibilité de déposer ultérieurement une nouvelle demande de patente de marchand de bétail.
Il suit de ce qui précède que le recours doit être admis partiellement et la décision attaquée réformée en ce sens que le retrait de la patente de marchand de bétail du recourant n'est pas prononcé pour une durée indéterminée. Compte tenu de l'admission partielle du recours, les frais doivent être réduits à 1'000 francs (art. 49 LPA-VD). Le recourant, qui obtient partiellement gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a par ailleurs droit à des dépens réduits, arrêtés en l'occurrence à 500 francs (art. 55 LPA-VD).
Par ces motifs
la Cour de droit administratif et public
du Tribunal cantonal
arrête:
I. Le recours est admis partiellement.
II. La décision du Département de l'économie, de l'innovation et du sport du 16 février 2018 est réformée en ce sens que la patente de marchand de bétail du recourant valable jusqu'au 31 décembre 2019 lui est retirée.
III. Un émolument réduit de 1'000 fr. (mille francs) est mis à la charge de A.________.
IV. Le Département de l'économie, de l'innovation et du sport versera à A.________ une indemnité de 500 fr. (cinq cents francs) à titre de dépens réduits.
Lausanne, le 17 août 2018
Le président: La greffière:
Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.
Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, 1000 Lausanne 14). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision attaquée.