Jurisprudence du Tribunal Cantonal Contact
N° dossier: CDP.2013.95
Autorité: CDP
Date décision: 02.09.2013
Publié le: 26.11.2013
Revue juridique:
Titre: Droit de l'environnement. Obligation de réaliser une expertise. Violation du droit d'être entendu. Accès limité au dossier, refus d'administrer des preuves, droit de réplique.
Résumé:
**Le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour une partie à un procès de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement à rendre. Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit par conséquent être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (ATF 137 I 195 cons. 2). Pour que le droit à la réplique soit garanti, il faut cependant que le tribunal laisse un laps de temps suffisant entre la remise des documents et le prononcé de sa décision, pour que la partie ait la possibilité de déposer des observations s'il l'estime nécessaire à la défense de ses intérêts (arrêt du TF du 21.01.2013 [2C_560/2012] cons. 4.4).
Le droit de consulter le dossier n'est toutefois pas absolu. En droit neuchâtelois, l'article 23 LPJA prévoit les cas dans lesquels l'autorité peut refuser l'accès à des pièces (al. 1) mais précise que la consultation par les parties de leurs propres mémoires, des documents qu'elles ont produits comme moyen de preuves, des décisions qui leur auraient été notifiées et des procès-verbaux relatifs aux déclarations qu'elles ont faites ne peut pas leur être refusée (al. 3).
En l'espèce, le Service et le Département ont violé le droit d'être entendu de la recourante en refusant de lui transmettre certaines pièces du dossier au motif que celles-ci lui avaient été notifiées par le passé (permis de construire) respectivement avaient été produites par elle (rapport d'impact), et lui étaient dès lors déjà connues. Le Département a en outre violé le droit d'être entendu de la recourante en lui transmettant une pièce le jour même du prononcé de sa décision au fond, sans lui laisser l'occasion de s'exprimer à son sujet.**
Articles de loi:
Art. 29 al. 2 CST.F/1999 Art. 23 al. 3 LPJA
A. La société en nom collectif X. a pour but l'exploitation d'une communauté d'exploitation agricole au lieu-dit […], à […]. Souhaitant regrouper ses activités, l'entreprise a entamé des démarches en vue de la construction d'un rural à stabulation libre pour bovins. Dans le cadre de cette procédure, la Chambre neuchâteloise d'agriculture et de viticulture (ci-après: la CNAV) a réalisé un rapport d'impact sur l'environnement le 2 juin 2008. Le 27 octobre 2008, le Service de la protection de l'environnement (actuellement : Service de l'énergie et de l'environnement [SENE]) a préavisé favorablement le projet de construction. Des permis de construire et de mise en conformité ont été accordés en juin 2009, juillet 2011 et août 2011.
Le 20 décembre 2011, la Commune de […] a attiré l'attention du Conseil d'État sur les nuisances générées par l'exploitation X. et sur les inquiétudes de la population à ce sujet, joignant à son courrier une pétition du 25 novembre 2011 munie de nombreuses signatures. Expliquant nourrir des doutes sur le traitement des animaux, la charge en engrais et les quantités d'affouragement importées, elle a demandé "aux instances compétentes" d'investiguer. Les 18 janvier et 23 février 2012, le Département de la gestion du territoire (ci-après: le département ou le DGT) a répondu à la commune que ses préoccupations étaient prises en compte mais qu'après une analyse de la situation par le SENE et le Service de l'agriculture (ci-après: SAGR) notamment, il apparaissait que l'exploitation X. répondait aux normes légales, étant précisé que les désagréments liés aux fréquentes coupes de fourrage et aux épandages d'engrais qui leur sont liés allaient diminuer dès la mise en service d'un silo tranché fin 2012.
Le 26 février 2012, une fuite de lisier s'est produite dans l'enceinte de l'exploitation X., nécessitant l'intervention de la police et du SENE. Par courrier du 15 mars 2012, la Commune de […] a réitéré ses craintes au DGT, les problèmes récents laissant selon elle à penser que les normes environnementales en vigueur et les conditions du rapport d'impact n'étaient pas respectées par l'entreprise, et qu'il existait un risque accru de pollution des sols et des eaux.
A la suite d'une séance réunissant, le 2 avril 2012, le chef du DGT et le conseiller communal en charge du dicastère du développement territorial, celui-là a confirmé aux autorités communales, dans un courrier du 17 avril 2012, qu'il allait demander au SENE d'imposer à l'entreprise X. "la réalisation d'une adaptation de l'étude d'impact sur l'environnement à la situation réelle globale et actuelle de leur domaine agricole".
Lors d'une séance avec les responsables de l'entreprise le 5 juin 2012, le SENE a informé ceux-ci qu'en raison des événements survenus en début d'année et des plaintes de la population, il envisageait de demander un suivi environnemental de la phase de réalisation au sens de l'article 46 al. 1 LPE. Sachant que des mesures d'amélioration avaient été prises, il souhaitait toutefois les entendre à ce sujet. Au terme de cet entretien, le chef du SENE a indiqué qu'il se procurerait les divers résultats des contrôles déjà réalisés et qu'il contacterait le SAGR pour connaitre sa position relative à l'investissement pour une citerne et un pendillard.
Par décision du 30 août 2012, le SENE a enjoint l'entreprise X. de commander un rapport d'expertise visant à établir si le projet de construction avait été réalisé dans les règles de l'art et en conformité avec le dossier et les plans approuvés, et si l'effet escompté des mesures prévues par le rapport d'impact de 2008 était atteint.
Le 19 septembre 2012, le mandataire de l'entreprise a demandé à consulter le dossier de la cause, que le SENE lui a envoyé le 28 septembre 2012 par courriel et pli recommandé; entre temps, le 26 septembre 2012, celui-là a adressé au DGT une déclaration de recours contre la décision du 30 août 2012. Il a motivé son recours le 10 octobre 2012, invoquant la violation du droit d'être entendu, au motif que le SENE ne lui avait pas permis de solliciter l'administration de preuves ni de se déterminer sur les résultats des contrôles qui devaient être versés au dossier après la réunion du 5 juin 2012, et qu'il lui avait transmis un dossier incomplet puisque les pièces numérotées de 1 à 4, la première page de la pétition du 25 novembre 2011 ainsi que les résultats précités manquaient à l'envoi du 28 septembre 2012.
Dans ses observations du 3 décembre 2012, le SENE a expliqué que les pièces n°1 à 4 correspondaient aux permis de construire et au rapport d'impact que l'entreprise avait en sa possession et dont elle avait en tout état de cause déjà eu connaissance de sorte qu'il n'était pas nécessaire de les lui transmettre à nouveau.Il a ensuite pris acte de l'absence involontaire de la première page de la pétition dont il a transmis une copie à la recourante sine die. Observant finalement que les résultats des contrôles déjà effectués sur l'exploitation par le SAGR n'étaient pas pertinents à ce stade de la procédure, le SENE a soutenu que les représentants de la recourante disposaient de tous les éléments utiles lors de l'entretien du 5 juin 2012 au cours duquel ils ont pu faire valoir leur point de vue et poser des questions, de sorte que leur droit d'être entendus avait été pleinement respecté. La recourante a déposé des contre-observations le 11 janvier 2013, maintenant ses allégués et refusant au surplus de compléter son recours au fond. Le 6 février 2013, le DGT a demandé au SAGR s'il avait procédé à des contrôles sur l'exploitation de la recourante et, cas échéant, si les résultats de ceux-ci avaient été communiqués à l'intéressée. Ledit service a répondu par l'affirmative à ces questions par courriel du 21 février 2013 reproduit dans un courrier du 4 mars 2013, lequel a été adressé en copie au mandataire de la recourante par courrier du 5 mars 2013.
Le 3 mars 2013, une quantité significative de lisier s'est à nouveau écoulée de la fosse à purin de l'exploitation X. et s'est déversée dans l'Arn et l'Areuse, provoquant une augmentation de la turbidité des eaux des Gorges de l'Areuse.
Par décision du 5 mars 2013 expédiée le 7 mars 2013, le DGT a rejeté le recours, retenant que l'entreprise X. avait eu l'occasion de faire valoir son point de vue et requérir l'administration de preuves durant la séance du 5 juin 2012 puis durant les mois qui ont suivi jusqu'à réception de la décision du 30 août 2012. Le département a considéré que l'absence, au dossier envoyé au mandataire de l'entreprise, de la première page de la pétition des riverains d'une part, et des permis de construire et de l'étude d'impact d'autre part, n'était pas de nature à violer le droit d'être entendu puisqu'il s'agissait d'éléments inutiles à la prise de décision respectivement de pièces connues de la recourante. Il a également relevé que les résultats du SAGR, qui n'avaient pas été versés au dossier car le SENE n'en avait pas requis la production, avaient été communiqués oralement aux responsables de la recourante après chaque contrôle de sorte qu'ils étaient déjà connus de celle-ci. Il résultait de ces considérations qu'elle disposait de tous les éléments pertinents pour faire valoir pleinement ses droits dans la procédure.
Tribunal cantonal, concluant à son annulation et au renvoi de la cause à
l'autorité intimée. La recourante soutient que son droit d'être entendue a été
violé par le SENE qui n'a pas procédé à l'instruction qu'il annonçait dans le
procès-verbal du 5 juin 2012 et qui ne lui a pas fait parvenir la totalité du
dossier, puis par le DGT qui ne lui a pas donné l'occasion de s'exprimer sur
les informations obtenues par lui du SAGR au sujet des contrôles effectués sur
son exploitation en 2012.
C. Invité à se déterminer, le département a déposé des observations le 11 juin 2013, concluant au rejet du recours, au retrait de l'effet suspensif et à la désignation d'un expert neutre par la Cour pour la réalisation du rapport d'expertise. Il précise avoir requis lui-même des renseignements au SAGR afin de vérifier les affirmations de la recourante et que, ceux-ci se révélant sans incidence sur la cause, il avait jugé inutile de demander à cette dernière de se déterminer à leur sujet, ce d'autant plus que la situation particulière ne souffrait pas que l'on retarde davantage la procédure.
D. Le SENE a pris position par courrier du 13 juin 2013. Requérant également le retrait de l'effet suspensif au recours, il insiste sur les risques que l'exploitation X. fait peser sur l'environnement et la nécessité de prendre des mesures rapidement. Il demande également que l'expert chargé de la réalisation du nouveau rapport soit désigné par l'autorité de recours, au besoin sur la base de propositions du SAGR.
C O N S I D E R A N T
en droit
1. Interjeté dans les formes et délai légaux, le recours est recevable.
2. a) Garanti par l'article 29 al. 2 Cst, le droit d'être entendu est à la fois une institution servant à l'instruction de la cause et une faculté de la partie, en rapport avec sa personnalité, de participer au prononcé de décisions qui touchent à sa situation juridique (ATF 135 II 286 cons. 5.1). Il englobe donc tous les droits qui doivent être attribués à une partie pour qu'elle puisse faire valoir efficacement son point de vue dans une procédure (ATF 132 II 485 cons. 3.2). En tant que garantie constitutionnelle de nature formelle, sa violation doit en principe entraîner l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès au fond (ATF 135 I 187 cons. 2.2).
b) Le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (ATF 136 I 265 cons. 3.2), de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat (ATF 132 II 485 cons. 3.2). Il garantit le droit pour une partie à un procès de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement à rendre. Selon la jurisprudence, il appartient en effet aux parties, et non au juge ou à l'administration, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part. Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit par conséquent être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (ATF 137 I 195 cons. 2 et les références; arrêt du TF du 26.06.2012 [8C_104/2012] cons. 3.1). Lorsque la partie est représentée par un avocat, l'autorité judiciaire n'est pas obligée de fixer un délai à la partie pour déposer d'éventuelles observations. On peut attendre de l'avocat à qui une détermination ou une pièce est envoyée pour information qu'il connaisse la pratique selon laquelle, s'il entend prendre position, il le fait directement ou demande à l'autorité de lui fixer un délai pour ce faire; sinon, il est réputé avoir renoncé à se prononcer (ATF 133 I 100 cons. 4.8; arrêt du TF du 18.12.2012 [1C_142/2012] cons. 2.2). Pour que le droit à la réplique soit garanti, il faut cependant que le tribunal laisse un laps de temps suffisant à l'avocat, entre la remise des documents et le prononcé de sa décision, pour qu'il ait la possibilité de déposer des observations s'il l'estime nécessaire à la défense des intérêts de son client (arrêt du TF du 21.01.2013 [2C_560/2012] cons. 4.4). Un délai d'un mois est suffisant à cet égard (arrêt du TF du 18.12.2012 [1C_142/2012] cons. 2.5).
c) Le droit de consulter le dossier n'est toutefois pas absolu et peut être limité dans la mesure où l'intérêt public, l'intérêt de tiers ou l'intérêt du requérant lui-même exigent que tout ou partie des documents soient tenus secrets (ATF 126 I 7 cons. 2b; arrêt du TF du 17.04.2013 [5A_163/2013] cons. 2). En droit neuchâtelois, l'article 23 al. 1 de la loi sur la procédure et la juridiction administrative (LPJA) prévoit que l'autorité ne peut refuser la consultation des pièces que si un intérêt public important l'exige (let. a), des intérêts privés importants, en particulier ceux des parties adverses, ou ceux d'une partie à n'être pas mise au courant de faits la concernant et dont la connaissance pourrait créer un préjudice, exigent que le secret soit gardé (let. b) ou si l'intérêt d'une enquête officielle en cours l'exige (let. c). Toutefois, la consultation par les parties de leurs propres mémoires, des documents qu'elles ont produits comme moyen de preuves, des décisions qui leur auraient été notifiées et des procès-verbaux relatifs aux déclarations qu'elles ont faites ne peut pas leur être refusée (art. 23 al. 3 LPJA).
3. La recourante reproche au SENE d'avoir violé son droit d'être entendue en ne procédant pas à la mesure d'instruction qu'il avait annoncée à l'issue de la séance du 5 juin 2012 tendant à recueillir les résultats des contrôles déjà effectués sur l'exploitation en 2012. Dans ses observations du 3 décembre 2012 au DGT, l'intimé s'est limité à indiquer que ces résultats constituaient des éléments dont il faudrait tenir compte ultérieurement, sans préciser s'ils avaient été ou non requis. Il y a lieu de constater que l'existence de ces contrôles et des résultats y relatifs a été portée à la connaissance du SENE lors de la séance du 5 juin 2012 par les représentants de la recourante qui entendaient par ce biais attester de la conformité de leur exploitation avec les normes en vigueur. Il ressort en effet du procès-verbal de cette séance que A.X. et B.X. ont fait état de contrôles réguliers réalisés "par l'ANAPI, par le service de l'agriculture, par le service vétérinaire et par le service de l'environnement". Or, il en ressort également que si le service intimé a indiqué aux précités que ces contrôles ne portaient pas sur tous les aspects de l'étude d'impact environnemental qui avait été faite et sur le suivi qui pouvait être demandé, il leur a aussi expressément déclaré qu'il se procurerait les "divers résultats de contrôle déjà réalisés étant entendu qu'il n'est pas pertinent de faire les choses à double" et contacterait le SAGR pour "connaitre sa position relative à l'investissement d'une citerne et d'un pendillard". Dès lors, en vertu de la confiance qu'elle pouvait mettre dans les propos tenus par le chef du SENE, la recourante pouvait de bonne foi s'attendre à ce que les résultats évoqués soient demandés, non seulement au SAGR mais aussi aux autres services ayant eu à contrôler ses installations, puis lui soient soumis pour détermination avant que le SENE ne prenne une quelconque décision. Ayant admis l'utilité de connaître ces résultats pour éviter de diligenter des mesures auxquelles il aurait déjà été procédé, le SENE ne pouvait pas ensuite en nier la valeur probante pour justifier de ne pas les avoir requis; ce d’autant qu’en nier la valeur probante sans les avoir requis frise l’absurde. S'il avait finalement choisi de renoncer à cette mesure d'instruction, l'intimé aurait dû en informer l'entreprise X. en lui laissant la possibilité de requérir d'autres moyens de preuve préalablement au prononcé de sa décision. Or, tel n'a pas été le cas en l'espèce. L'intimé devait par conséquent, avant de statuer, obtenir ces renseignements des services concernés et les transmettre à la recourante afin qu'elle puisse se prononcer à leur sujet. En ne le faisant pas, il a violé son droit d'être entendue dans la procédure ayant conduit à sa décision du 30 août 2012.
4. La recourante reproche également au SENE d'avoir violé son droit d'être entendue en ne transmettant par l'entier du dossier de la cause à son avocat lorsque celui-ci en a demandé la consultation le 19 septembre 2012. S'agissant des permis de construire et du rapport d'impact, le SENE et le DGT ont soutenu que, puisque ces documents avaient été adressés à la recourante qui en était la destinataire à l'époque de leur établissement, ils lui étaient déjà connus et n'avaient pas à lui être transmis à nouveau. Ce raisonnement n'est toutefois pas admissible en tant qu'il est contraire à l'article 23 al. 3 LPJA à teneur duquel l'autorité ne peut en tout état de cause pas refuser aux partie l'accès aux décisions qui leur auraient été notifiées et aux documents qu'elles ont produits comme moyen de preuves. En outre, une telle façon de procéder reviendrait à permettre à l'autorité primaire de composer à son gré le dossier officiel, excluant l'établissement exact de son contenu à une date donnée et privant l'autorité de toute possibilité de contrôle en cas de recours, ce qui n'est pas imaginable. Le SENE, qui a pris un temps certain pour envoyer le dossier, devait par conséquent remettre l'ensemble des pièces le composant lorsque celui-ci lui a été demandé, sans quoi il violait le droit d'être entendue de la recourante. A cet égard, la Cour de céans relèvera brièvement que, sur le vu de la jurisprudence claire en matière de droit à la consultation du dossier (cf. supra, cons. 2b), toute argumentation développée par l'autorité sur l'utilité et la pertinence des pièces litigieuses dans la genèse de la décision du 30 août 2012 n'est en l'espèce pas relevante.
Lorsque le mandataire de la recourante a adressé au département, le 26 septembre 2012, une déclaration de recours en application de l'article 36 al. 1 LPJA, l'affaire a été formellement transmise à l'autorité ainsi saisie (Schaer, Juridiction administrative neuchâteloise, ad art. 36, p. 161). A partir de ce moment, il incombait au département de faire en sorte que le mandataire de la recourante puisse consulter le dossier officiel intégral afin qu'il puisse motiver son recours en toute connaissance de cause. Partant, en ne lui mettant pas à disposition le dossier complet qui devait lui avoir été transmis par le SENE, le DGT a également violé le droit d'être entendue de la recourante.
5. La recourante se plaint enfin d'une seconde violation de son droit d'être entendue par le DGT, lui faisant grief de lui avoir transmis une copie de la lettre du SAGR du 4 mars 2013 et d'avoir rendu dans la foulée sa décision, sans lui laisser l'occasion de s'exprimer à son sujet. Le DGT a expliqué que ces pièces (sa demande du 06.02.2013 et la réponse du SAGR du 21.02.2013 par courriel et du 04.03.2013 par courrier) avaient été requises afin de vérifier les allégations de la recourante sur l'existence de ces contrôles et de savoir si leurs résultats avaient déjà été communiqués à l'intéressée, auquel cas leur production au dossier n'était pas utile en l'état. Il a en outre expliqué avoir jugé inopportun d'octroyer un délai à la recourante pour prendre position sur le résultat de cette mesure d'instruction dès lors que son avis sur la question était déjà clairement exprimé. Force est cependant de constater que l'échange de courriers entre le DGT et le SAGR, en particulier la réponse apportée par ce service, contient des affirmations nouvelles et fait état de nouvelles pièces susceptibles de revêtir un intérêt pour la cause (par exemple rapport de contrôle 2012 établi par l'ANAPI) et sur lesquels la recourante n'avait pas encore pu se déterminer. Partant, eu égard à la jurisprudence sur ce point (cf. supra, cons. 2b), le département aurait dû envoyer la lettre du SAGR en copie à la recourante et, si ce n'est lui en impartir un, à tout le moins lui laisser un délai suffisant pour déposer d'éventuelles observations. Or, il ressort du dossier que ce courrier a été adressé au mandataire de la recourante le 5 mars 2013, soit le jour même où le DGT a rendu la décision sur recours, laquelle a été envoyée le 7 mars 2013 et notifiée le lendemain. Ayant reçu le courrier litigieux le 6 mars 2013, l'avocat avait besoin de quelques jours ouvrables pour prendre connaissance de cette lettre, la soumettre à sa cliente, convenir avec celle-ci de l'opportunité de présenter des observations à son sujet et, cas échéant, de produire celles-ci ou à tout le moins de demander au DGT de lui accorder un délai pour ce faire. En envoyant sa décision le 7 mars 2013, soit le lendemain du jour où l'avocat a reçu la copie de la lettre du SAGR, le DGT a tranché trop rapidement et violé ainsi le droit d'être entendu de la recourante. Il sied de relever que seules des circonstances exceptionnelles, telle par exemple la nécessité d'agir rapidement afin de sauvegarder un important intérêt public gravement menacé auraient autorisé à faire l'économie du droit d'être entendu (ATF 135 I 279 cons. 2.6.5). Tel n'est toutefois pas le cas ici. Le risque évoqué par le DGT et le SENE (pollution des eaux de boisson d'une partie du canton), s'il n'est pas contesté, ne saurait revêtir un caractère à tel point sérieux, concret et imminent qu'il ne puisse pas tolérer qu'un délai de quelques jours soit octroyé à la partie contre laquelle une décision va être prise pour que celle-ci puisse faire valoir ses droits de procédure. Ceci d’autant après deux pollutions successives qui ne semblent guère avoir accéléré la présente procédure. En outre, il faut observer que rien n'empêchait par ailleurs le département d'agir, en cas d'urgence, en-dehors de l'expertise requise, par d'autres voies légales.
6. a) Il découle des considérants qui précèdent que tant le SENE que le DGT ont violé le droit d'être entendue de la recourante. La jurisprudence admet que la violation du droit d'être entendu peut être réparée lorsque le recourant a eu l'occasion de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'une pleine cognition, revoyant librement toutes les questions qui auraient pu être soumises à l'autorité inférieure si celle-ci avait normalement entendu la partie. Cependant, lorsque la décision relève essentiellement du pouvoir d'appréciation de l'autorité administrative, dont l'exercice n'est revu par l'autorité de recours que sous l'angle de l'excès ou de l'abus de pouvoir, sans contrôle de l'opportunité (art. 33 let. d LPJA), une violation grave du droit d'être entendu ne saurait être réparée du seul fait que l'intéressé a pu recourir. La réparation du vice est exclue s'il s'agit d'une violation particulièrement grave des droits d'une partie; en outre, elle doit rester l'exception (ATF 126 I 7 cons. 2). Les autorités administratives de recours s'estiment parfois libres de réexaminer sous tous ses aspects le bien-fondé des décisions des services qui leur sont subordonnés. Mais, comme la Cour de droit public, elles n'ont pas – en principe et sauf exception prévue par la loi – à revoir l'opportunité de la décision attaquée, l'article 33 let. d LPJA s'appliquant à toutes les autorités de recours. Aussi, le pouvoir d'examen défini par l'article 33 LPJA ne se confond-il pas avec le principe de l'application d'office du droit et l'obligation de constater d'office les faits (art. 43 al.1 LPJA). Dès lors, si l'autorité administrative de première instance possède, dans un cas d'espèce, un pouvoir d'appréciation et qu'aucune loi spécifique n'étend le pouvoir d'examen de l'autorité de recours à l'inopportunité de la décision prise, la violation du droit d'être entendu ne peut, en règle générale, pas être réparée par le dépôt d'un recours devant l'autorité administrative hiérarchiquement supérieure. Raisonner autrement reviendrait en effet à généraliser une pratique qui doit rester l'exception (RJN 2006, p. 257).
b) En l'occurrence, la violation du droit d'être entendu de la recourante par le SENE n'a pas pu être réparée devant l'instance administrative hiérarchiquement supérieure ni devant la Cour de céans puisque, à l'exception de la pétition, les pièces manquantes du dossier n'ont pas été transmises à la recourante qui n'a dès lors pas pu s'exprimer à leur sujet durant la procédure. En outre, ni le département ni le Tribunal cantonal, qu'aucune loi n'autorise à revoir les décisions en matière environnementale entreprises sous l'angle de l'opportunité (cf. art. 80a de la loi sur les eaux [LEaux]; RSN 731.101), ne disposaient d'une pleine cognition leur permettant de revoir librement toutes les questions qui auraient pu être soumises à l'autorité inférieure, dont la décision querellée relève essentiellement du pouvoir d'appréciation. Il résulte de ce qui précède que la décision querellée ainsi que celle du SENE du 30 août 2012, viciées, doivent être annulées et la cause renvoyée au service intimé pour que celui-ci complète à bref délai l'instruction dans le respect des garanties procédurales de la recourante avant de rendre une nouvelle décision.
7. Les requêtes tendant au retrait de l'effet suspensif n'ont plus d'objet.
8. Il est statué sans frais, les autorités cantonales n'en payant pas (art. 47 al. 2 LPJA).
La recourante, qui obtient gain de cause, a droit à des dépens (art. 48 LPJA). En l'absence d'un état des frais et des honoraires, ceux-ci sont fixés sur la base du dossier (art. 66 al. 2 par renvoi de l'art. 69 TFrais) à 2'000 francs, frais et TVA compris.
**Par ces motifs,
la Cour de droit public**
1. Admet le recours.
2. Annule les décisions du 30 août 2012 du Service de l'énergie et de l'environnement et du 5 mars 2013 du Département de la gestion du territoire.
3. Renvoie la cause au Service de l'énergie et de l'environnement (actuellement:Service de la faune, des forêts et de la nature [SFFN]) pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
4. Dit que les requêtes de retrait de l'effet suspensif sont sans objet.
5. Statue sans frais et ordonne la restitution de son avance de frais à la recourante.
6. Alloue à la recourante une indemnité de dépens de 2'000 francs, frais et TVA compris, à la charge de l'intimé.
7. Invite le Département du développement territorial et de l'environnement à statuer sur les dépens de première instance en faveur de la recourante.
Neuchâtel, le 2 septembre 2013