POUVOIR JUDICIAIRE
A/1540/2022, A/3769/2023 LCI
JTAPI/656/2024
JUGEMENT
DU TRIBUNAL ADMINISTRATIF
DE PREMIÈRE INSTANCE
du 27 juin 2024
dans la cause
A______ SA, représentée par Me Nicolas CUENOUD, avocat, avec élection de domicile
contre
DÉPARTEMENT DU TERRITOIRE-OAC
EN FAIT
Plusieurs bâtiments sont cadastrés sur cette parcelle, notamment une habitation d'un logement d'une surface de 561 m2 (bâtiment n° 3______), à l'adresse route D______, situé dans la partie en zone à bâtir de la parcelle. Ce bâtiment, ainsi que la parcelle, sont classés, conformément à l'arrêté du ______ 1956 du Conseil d'État.
Cette parcelle est également incluse dans le périmètre du plan localisé de quartier n° 4______ (ci-après : PLQ n° 4______).
Le ______ 2012, le département du territoire (ci-après : le département) a délivré à A______ SA une autorisation de construire portant sur la transformation et l'aménagement d'une maison d'habitation à deux logements (DD 5______), laquelle est entrée en force.
Le ______ 2017, A______ SA a déposé une demande d'autorisation de construire complémentaire auprès du département portant sur la modification de la destination des locaux au rez-de-chaussée, ainsi que diverses modifications intérieures (DD 5______/2)
Le 12 septembre 2019, le département a procédé à un contrôle sur place.
Par courrier du 19 février 2020, le département a informé Monsieur E______, mandataire professionnellement qualifié (ci-après : MPQ) en charge du projet de la DD 5______ que lors d'un contrôle sur place précité, la collaboratrice de l'office du patrimoine et des sites (ci-après : OPS) avait constaté plusieurs irrégularités par rapport aux travaux autorisés selon la DD 5______ soit la création de larges ouvertures dans plusieurs cloisons du premier étage, la réfection de la galerie en bois côté sud, la suppression d'une volée d'escaliers et le déplacement des poteaux existants posés sur des dés de pierre (I-6______).
Cette situation était susceptible de constituer une infraction à l'art. 1 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI – L 5.05). Un délai de dix jours lui était imparti pour transmettre ses observations et explications quant aux faits constatés, toutes mesures et/ou sanctions justifiées par la situation étant réservées.
Le ______ 2020, le département a refusé de délivrer une autorisation de construire complémentaire DD 5______/2. Cette décision est entrée en force sans avoir été contestée.
Parallèlement, par décision du même jour adressée à M. E______, le département a ordonné le rétablissement d'une situation conforme au droit, soit à la DD 5______/1, dans un délai de 90 jours, compte tenu de la décision parallèle et du fait que les éléments réalisés sans droit ne pouvaient être maintenus en l'état. Une attestation globale de conformité, accompagnée des plans conformes à l'exécution, devait également lui parvenir dans le même délai.
Par ailleurs, une amende administrative de CHF 7'000.- lui était infligée. Son statut de professionnel de l'immobilier, le fait accompli devant lequel le département avait été mis, le caractère difficilement réversible de l'installation, la mesure de protection patrimoniale dont bénéficiait le bien et l'importance des irrégularités constatées sur les parcelles sous sa responsabilité en tant que MPQ (I-7______ et I-8______) avaient été pris en considération comme autres circonstances. Cette décision n'a pas été contestée et est entrée en force.
Par courrier du 25 mai 2020, une copie de la décision du ______ 2020 ordonnant la remise en état a été adressée à A______ SA.
Par décision du ______ 2020, prenant bonne note des explications de M. E______ du 4 septembre 2020 et constatant que l'ordre du ______ 2020 n'avait pas été respecté, le département a infligé à M. E______ une amende de CHF 500.-. Un nouvel ordre de remise en état dans un délai au 31 décembre 2020 a également été prononcé. Cette décision est entrée en force sans avoir été contestée.
Le ______ 2020, une demande d'autorisation de construire complémentaire DD 5______/3 a été déposée auprès du département afin de tenter de régulariser l'infraction I-6______, portant sur le changement d'affectation d'habitation (deux logements) en chambres d'hôtes, la mise en conformité et la création d'une cuisine.
Le 25 février 2021, F______ SA, soit une société sœur de A______ SA et mandataire dans le cadre de la DD 5______/3, a informé le département de la résiliation du mandat de M. E______ et des difficultés rencontrées pour récupérer auprès de lui les dossiers en cours d'instruction. Un délai était également sollicité afin de mettre à jour les dossiers restés en suspens en raison de l'incapacité du précédent mandataire de les traiter.
Le 5 mars 2021, A______ SA a été formellement informée du constat effectué sur place le 12 septembre 2019, ainsi que des éléments relevés par la collaboratrice de l'OPS. La société a été invitée à faire part de ses observations dans un délai de dix jours. Par ailleurs, suite à la cessation d'activité de M. E______, elle était invitée à annoncer un nouveau MPQ pour le suivi du dossier DD 5______/2 et des travaux réalisés sans autorisation.
Par courrier du 15 mars 2021, G______ SA, une société sœur de A______ SA et requérante de la DD 5______/3, a informé le département du fait que les dossiers laissés en suspens par le précédent mandataire allaient être repris par Monsieur H______ et qu'un délai était nécessaire afin d'assurer ce changement.
Par courrier du 18 mars 2021, par le biais de son conseil, A______ SA a annoncé au département que M. H______ avait repris le mandat de M. E______. Elle sollicitait également une prolongation du délai pour transmettre ses observations, laquelle a été accordée par le département.
Par courriel du 12 avril 2021, A______ SA a sollicité une nouvelle prolongation de délai de trois à six mois.
Le 24 juin 2021, une réunion s'est tenue au B______ en présence de représentants de l'OPS afin de passer en revue l'état des dossiers en cours.
Par courrier non daté, notifié le 28 mars 2022 à A______ SA, le département l'a informé qu'il allait notifier à M. H______ une décision de refus concernant la DD 5______/3. Rappelant que le projet soumis à l'examen était déjà réalisé et que les éléments réalisés sans droit ne pouvaient être maintenus en l'état, le département a prononcé un ordre de remise en état conformément à la seule autorisation en force, soit la DD 5______/1, dans un délai de 60 jours. Une attestation globale de conformité accompagnée des plans conformes à exécution devait lui parvenir dans le même délai. Cette décision pouvait être contestée dans un délai de 30 jours par devant le Tribunal administratif de première instance (ci-après: le tribunal).
Par décision du ______ 2022 adressée à M. H______, le département a refusé de délivrer l'autorisation de construire complémentaire DD 5______/3. Cette décision n'a fait l'objet d'aucun recours.
Par acte du 12 mai 2022, sous la plume de son conseil, A______ SA a formé recours auprès du tribunal contre la décision non datée lui ordonnant de rétablir une situation conforme au droit, concluant à titre préalable à ce qu'un délai lui soit octroyé pour compléter son recours et, à titre principal, à l'annulation de la décision précitée. Ce recours a été enregistré sous n° de cause A/1540/2022.
Les travaux déjà réalisés sur le bâtiment n° 3______ étaient à 80% conformes aux exigences posées dans le traitement de la DD 5______/3 et la remise en état était impossible. Une réunion était fixée pour le 20 mai 2022 en présence d'une collaboratrice du département afin de trouver une solution pour ce bâtiment et régulariser les travaux déjà effectués par le dépôt d'une éventuelle nouvelle demande d'autorisation complémentaire. L'ordre de remise en état était ainsi contraire au principe de proportionnalité.
La recourante ne contestait pas que les travaux réalisés l'avaient été sans droit. Le tribunal ne pouvait ainsi qu'admettre le fondement de la décision querellée.
Elle ne démontrait pas que les travaux réalisés étaient conformes aux exigences posées dans le traitement de la DD 5______/3 à hauteur de 80%. En outre, cette demande complémentaire avait fait l'objet d'un refus qui confirmait au contraire que le projet ne respectait pas, en l'état, les exigences légales. Par ailleurs, le SMS, dans le cadre de l'instruction de la complémentaire précitée, avait exigé des modifications du projet nécessaires au respect de la valeur patrimoniale du bâtiment et avait également précisé être opposé à certaines interventions réalisées sans autorisation de construire, sans pouvoir, en l'état, se prononcer sur les autres interventions réalisées. La recourante ne démontrait également pas l'impossibilité de procéder à la remise en état.
Malgré ses engagements, la recourante n'avait toujours pas déposé de nouvelle requête d'autorisation de construire complémentaire. Par ailleurs, la construction litigieuse avait fait l'objet d'un refus (DD 5______/3), lequel n'avait fait l'objet d'aucun recours, ce qui confirmait qu'elle n'était en l'état pas conforme au droit. La mesure prononcée poursuivait un but d'intérêt public, soit la protection du patrimoine, et la recourante ne faisait valoir aucun intérêt public ou privé qui pourrait prévaloir. Au surplus, toutes les conditions cumulatives exigées par la jurisprudence pour qu'un ordre de mise en conformité au droit soit valable étaient remplies.
Le ______ 2022, A______ SA a requis une nouvelle autorisation de construire complémentaire en vue de tenter de régulariser l'infraction I-6______, laquelle portait sur la transformation et le changement d'affectation en locaux d'exposition (DD 5______/4).
Au cours de l'instruction de la requête, plusieurs instances de préavis ont sollicité un certain nombre de compléments d'instruction de la part de la requérante, laquelle en a fourni en date du 21 avril 2023, par le biais de son mandataire.
De nouveau préavis ont été rendus, en particulier :
le 15 juin 2023, après avoir requis la production de documents supplémentaires (préavis du 22 septembre 2022), la direction des autorisations de construire (ci-après: DAC) a rendu un préavis défavorable. Les éléments supprimés en regard de l'autorisation initiale ne figuraient pas sur les plans (ils devaient figurer en jaune); les interventions sur les ouvrants ne correspondaient pas toujours en plan et élévation (art. 9 et 10A RCI). L'art. 52 al. 2 RCI n'était pas respecté (déjà demandé dans les complémentaires précédentes refusées). L'accessibilité selon l'art. 2 RACI n'était pas assurée ; le sanitaire de la salle d'exposition ne respectait pas l'art. 12 RACI. L'art. 49 LCI n'était pas respecté eu égard aux modifications de projet (vides d'étage). Au surplus, le préavis reprenait la précédente demande de compléments, soit la vérification de la cohérence entre coupes et plans, préciser la nature de l'élément construit au sous-sol, indiquer l'affectation de tous les locaux au rez-de-chaussée et compléter rigoureusement les dessins avec les éléments conformes au code couleur jaune-rouge (démolis-nouveaux) en regard des derniers plans autorisés ;
le 19 juin 2023, après avoir sollicité la production de pièces complémentaires, notamment le questionnaire de sécurité incendie, la police du feu a émis un préavis défavorable, relevant que le dossier n'était ni complet ni clair ;
le 29 juin 2023, l'office cantonal de l'énergie (ci-après: OCEN) a requis la poursuite de l'instruction ;
le 13 juillet 2023, l'office cantonal de l'eau (ci-après: OCEau) a requis la production de pièces complémentaires relatives aux raccordements, relevant que sa précédente demande de compléments était intégralement maintenue et que les documents enregistrés par l'OAC en avril 2023 n'y répondaient pas ;
le 6 septembre 2023, le service des monuments et des sites (ci-après: SMS) a requis la poursuite de l'instruction et la modification du projet. Il prenait connaissance des nouveaux documents déposés et rappelait que ceux-ci visaient à répondre aux demandes formulées dans son précédent préavis du 23 novembre 2022, dont le contenu reprenait les remarques, directives et recommandations émises dans son précédent préavis du 8 décembre 2020 établi dans le cadre de l'instruction de la DD 5______/2. Constatant le caractère peu explicite des pièces présentées, il rappelait qu'il avait organisé un rendez-vous avec le mandataire pour éclaircir certains points. La rencontre avait eu lieu dans les bureaux de l'OPS le 23 août 2023. Lors de cette séance, il avait été convenu que le mandataire fournirait directement à l'OPS des informations complémentaires par courriel (explications et/ou photographies des travaux déjà réalisés, proposition de teinte, etc.) Vu les bases légales en vigueur et dès lors que ces pièces complémentaires attendues n'étaient toujours pas fournies après deux semaines, il réitérait sa demande de compléments (et de projet modifié). Il se prononcerait de façon circonstanciées sur les autres options lorsque tout lui serait fourni. Pour cela, il convenait de se référer au contenu du préavis cité, de même qu'à celui du 8 décembre 2020, tout en ajoutant de façon claire et complète ce qui avait été réalisés depuis.
La partie « remarques » était libellé comme suit:
« Infractions : le service attend toujours en compléments que le contenu des diverses infractions liées à cette requête lui soit transmis. Il s'agit en effet d'évaluer la gravité des travaux réalisés sans autorisation sur les substances patrimoniales de ce bâtiment classé. Le service devait recevoir des explications par courriel.
Rez-de-chaussée : Comme demandé, le service attend toujours en complément un reportage photographique relatif au dispositif d'armoires qui semble disparaître dans le projet de future cuisine. Le service note que ces éléments ont été démolis en 2018. Voir les explications dans le document M______ – compléments d'informations SMS p. 5 - À ce stade, il ne se prononce pas.
Le service se déclare favorable au traitement réservé aux grandes portes d'entrées donnant sur la cour (façade nord). Il demande que l'expression générale de la « porte principale 1 » et de la « porte principale 2 » s'inspire de la porte en noyer qui sera réparée (partition, imposte vitrée, partie basse pleine, alignement par rapport au nu de façade, etc.). A propos de cette porte en noyer réparée, le service attend en complément des détails clairs et précis sur les interventions envisagées. Quoiqu'il en soit, pour l'ensemble, les volets devront être maintenus (voire reconstitués en cas de vétusté avérée). Le service note les explications dans le document M______ – complément d'information SMS, p. 11. À ce stade, il ne se prononce pas.
Le service confirme qu'il demande un projet modifié pour la grande porte centrale située sur la façade Sud. Il s'agira de revenir à la situation d'origine, avec une mise en œuvre répondant aux bases légales en vigueur. Le service note les explications dans le document M______ – complément d'information SMS, p. 13. La réponse n'est pas satisfaisante.
1er étage: le service prend acte que les travaux liés à la ventilation sont déjà tous réalisés. Eu égard à cette situation, il est défavorable aux diverses propositions soumises et attend que les divers éléments techniques métalliques (grilles, conduits, caissons, etc.) soient peints dans une teinte proche de la pierre (avec finition mate), ceci afin de minimiser au mieux leur présence visuelle. Le service devait recevoir des proposions de teintes par courriel.
Généralités et façades: le service demande que le sol de la cuisine s'inspire du sol ancien de l'entrée ou encore présent au 1er étage (carreaux de ciment de petite dimension avec cabochons, voire tomettes traditionnelles, etc.). La présence de carreaux de pierre de 80x80 cm pourrait être admise ailleurs au rez-de-chaussée. Quoiqu'il en soit, pour ces deux points, il s'agira de présenter en compléments des échantillons pour approbation. Le service devait recevoir des compléments d'information par courriel.
Le service regrette le caractère peu clair des indications relatives aux escaliers. Il attend des compléments propres aux interventions effectuées ou à venir, mais demande d'ores et déjà de ne pas utiliser de béton. Le service prend note que tout a déjà été réalisés. Il rappelle qu'il devait recevoir des compléments d'information par courriel (photos).
Le service regrette aussi le caractère peu clair des indications relatives aux nouveaux garde-corps. Il attend des compléments sur ce point, mais préconise de travailler avec des profils marchands simples et sobres (barre ou fer plat par exemple). Le service note les propositions dans le document M______ – complément d'informations SMS, p. 17. A ce stade, il ne se prononce pas.
Le service attend en complément des précisions sur les parquets présents dans le bâtiment, en particulier au 1er étage. Il conviendra de les documenter clairement. La présence du sol en bois intéressant (dessins, compositions, essence, etc.) en induira impérativement la conservation. Le service devait recevoir des compléments d'information par courriel.
L'importante question de la double-fenêtre intérieure fera l'objet d'un prototype in situ, qu'il conviendra de valider. Le service note la contre-proposition formulée dans le document M______ – complément d'information SMS, p. 16. A ce stade, il ne se prononce pas.
Le service se déclare peu convaincu par les propositions faites pour la grande fenêtre située au dernier niveau de la façade Ouest. Il attend un projet modifié où le vide de lumière se trouve divisé en quatre carreaux identiques. Il retient la présence de volets en bois aux lames verticales, mais demande en complément des informations relatives au mécanisme coulissant (proscrire les éléments épais, lourds et disgracieux). Le service note les propositions dans les documents M______ – GMPlans bâtiment 3______. A ce stade, il ne se prononce pas. »
La demande d'autorisation de construire complémentaire DD 5______/4 avait été enregistrée le ______ 2022 et était actuellement en cours d'instruction, de sorte qu'il se justifiait d'ordonner la suspension de la procédure jusqu'à droit connu quant au sort de cette demande.
Les principes avaient été discutés entre M. E______ et le département. S'agissant du bâtiment annexe, son affectation à des locaux techniques, le changement des portes extérieures et fenêtres des façades nord et sud du bâtiment principal, les travaux de renforcement des planchers et le remplacement des escaliers avaient été acceptés par le département, mais nécessitaient encore quelques précisions et détails. Un rapport d'ingénieur civil avait mis en évidence qu'au sous-sol, une voûte fissurée menaçait de rompre et de faire s'effondrer la partie du rez-de-chaussée située au-dessus, soit la cuisine du bâtiment, et qu'un problème structurel affectait la portée centrale du sommier. Ces problèmes avaient nécessité des travaux de renforcement et de déplacement de piliers. Au vu des travaux effectués, la remise en état conformément à la DD 5______/1 n'était pas possible, car si la voûte de renforcement était enlevée, la partie du bâtiment située au-dessus s'effondrerait. De même, le plancher renforcé ainsi que les poteaux déplacés assuraient aussi la stabilité structurelle du bâtiment et préservaient ainsi le bâtiment de l'effondrement. Les escaliers avaient été remplacés et les anciens escaliers étaient en partie détruits, compte tenu de leur mauvais état. Enfin, les portes façades nord et sud étaient dans un tel état de vétusté qu'elles n'assuraient aucune isolation.
Les coûts de remise en état s'élevaient à plus de CHF 1'000'000.-.
Cet ordre était contraire au principe de proportionnalité et l'intérêt public lésé n'était pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maitre d'ouvrage.
Relevant que le projet visait à tenter de régulariser des travaux de grande envergure effectués sans autorisation sur le bâtiment n° 3______ classé, la décision précisait que dans le cadre de son instruction, une grande partie des instances spécialisées interpellées avaient pu constater que le dossier était lacunaire, ce qui les avaient amenées à exiger la fourniture de pièces complémentaires, voire la modification du projet. La requérante avait été interpellée par courrier du 25 novembre 2022 et trois délais successifs lui avaient été octroyés pour qu'elle puisse s'exécuter par l'intermédiaire de son MPQ. Si de nouveaux documents avaient certes été produits en date du 21 avril 2023, force était de constater – à la lecture des nouveaux préavis rendus – que ceux-ci n'étaient de loin pas suffisants. Hormis les documents manquants, le département avait constaté qu'il était fait état d'incohérences entre les différents plans soumis à autorisation, alors que d'autres instances avaient pu mettre en évidence le fait que certains éléments du dossier n'étaient en l'état pas acceptables, comme par exemple les vides d'étages, les escaliers à certains endroits l'accessibilité aux personnes à mobilité réduite pour la DAC, ainsi que le traitement mis en œuvre sur la grande porte centrale, la grande fenêtre du premier étage, la ventilation et la cuisine pour le SMS. Les instances de préavisé consultées n'avaient pas pu se déterminer en connaissance de cause.
Par pli du 20 octobre 2022, le département a informé le tribunal ne pas s'opposer à la suspension de la procédure.
Par décision du 31 octobre 2022 (DITAI/484/2022), le tribunal a prononcé la suspension de la procédure n° A/1540/2022.
Par courrier du 13 novembre 2023, la recourante a sollicité le maintien de la suspension de la procédure.
Le 13 novembre 2023, le département a informé le tribunal que l'autorisation de construire complémentaire DD 5______/4 avait été refusé. Il sollicitait la reprise de l'instruction.
Par acte du 13 novembre 2023, sous la plume de son conseil, A______ SA a formé recours contre le refus de délivrance de l'autorisation de construire complémentaire DD 5______/4 auprès du tribunal, concluant à titre préalable à l'octroi d'un délai supplémentaire pour compléter son recours et, à titre principal, à l'annulation du refus d'autorisation de construire DD 5______/4 et à ce que celle-ci soit délivrée, le tout sous suite de frais et dépens. Ce recours a été enregistré sous n° de cause A/3769/2023.
Par acte du 18 décembre 2023, A______ SA a complété son recours dans le cadre de la procédure A/3769/2023.
Elle sollicitait du tribunal qu'il ordonne au département de produire l'intégralité du dossier d'instruction de la DD 5______/4, la réalisation d'une expertise judiciaire, l'audition de MM. H______, I______, J______ et K______ et la tenue d'un transport sur place.
Son MPQ avait pris connaissance de la décision querellée le 13 novembre 2023, par le biais de la plateforme AC-Démat, sans que celle-ci n'ait été formellement notifiée.
Il était normal que les différentes instances de préavis exigent la production de pièces complémentaires dans le cadre de l'instruction de demandes d'autorisation de construire. Il n'y avait également rien d'insolite à ce que des prolongations de délai soient requises par un MPQ.
Dans la première version du projet, sur les treize préavis rendus, sept étaient favorables au projet. S'agissant des six autres, des compléments avaient été requis par le département le 25 novembre 2022. Suite au dépôt des compléments, quatre instances avaient à nouveau demandé des compléments et la DAC, ainsi que la police du feu avaient émis des préavis défavorables.
Dans celui de la DAC, la référence à l'art. 52 al 2 RCI était un élément nouveau qui ne figurait pas dans le préavis du 22 septembre 2022. Compte tenu de la typologie existante, dont la préservation était imposée par le SMS, il n'était pas possible de modifier le projet dans le sens de cette norme. De telles modifications nécessiteraient impérativement une concertation avec le SMS. Il en était de même de la question de l'accessibilité. Le vide d'étage du rez-de-chaussée était imposé par la construction historique existante. Les travaux d'amélioration avaient été effectués mais les valeurs fixées par l'art. 49 LCI ne pouvaient être atteintes. Par ailleurs, ce préavis sollicitait également des pièces complémentaires, sans pour autant mettre un terme à l'instruction. Le second préavis de la police du feu sollicitait lui aussi des pièces complémentaires, sans mettre un terme à l'instruction. Par ailleurs, dans son précédent préavis, elle avait simplement requis la production du questionnaire et l'annonce du responsable de l'assurance qualité, ce d'autant que dans le cadre de l'instruction de la DD 5______/3, cette instance avait émis un préavis favorable. C'était en raison de la demande de l'office du logement et de la planification foncière (ci-après: OCLPF) consistant à modifier l'affectation de l'étage – passant de chambres d'hôtes à deux appartements – que le concept de sécurité incendie devait finalement être revu à nouveau.
Le contexte de la DD 5______, datant initialement de 2012, démontrait que la DD 5______/4 visait la mise en conformité d'un bâtiment historique classé, avec d'importantes et nombreuses contraintes techniques compliquant les travaux à entreprendre. La régularisation était ainsi complexe.
Les travaux réalisés étaient à 80% conformes avec les exigences posées dans le traitement de la DD 5______/3, dont les principes avaient été discutés et acceptés en collaboration avec les instances spécialisées.
La remise en état initial serait par ailleurs techniquement impossible et engendrerait des coûts totalement disproportionnés. La décision querellée contrevenait ainsi aux principes de proportionnalité, de la bonne foi et de l'intérêt public, lesquels commandaient d'achever la mise en conformité de ce bâtiment historique.
Les préavis rendus par le SMS dans le cadre des autorisations de construire complémentaires DD 5______/3 et 5______/4 démontraient que les affirmations de la recourante quant à un éventuel accord de principe relatif à différents travaux réalisés étaient éloignées de la réalité.
Dans son préavis du 8 décembre 2020, le SMS demandait un reportage photographique de la partie « local technique » et « chaudière », sans jamais indiquer qu'il acceptait le principe d'affecter l'annexe au bâtiment à des locaux techniques. Il demandait également que les trois portes d'entrée donnant sur la cour (façade Nord) soient conservées et s'opposait à ce que les nouvelles volées d'escalier soient en béton. Dans son préavis du 6 septembre 2023, le SMS soulignait qu'il se prononcerait de façon circonstanciée sur les autres options lorsque tout lui serait fourni. Il reprenait en outre les remarques qu'il avait formulées dans son préavis du 8 décembre 2020. Ainsi, le fait que les deux demandes complémentaires visant à régulariser les travaux avaient été refusées confirmait la non-conformité des travaux litigieux.
Le département avait été mis devant le fait accompli, de sorte que la recourante devait s'attendre à ce qu'il se préoccupe plus de rétablir une situation conforme au droit que d'éviter les inconvénients qui en découlaient pour elle.
Par ailleurs, cet ordre était nécessaire pour assurer le respect du droit, dès lors que les travaux litigieux n'avaient pas pu être régularisés malgré deux tentatives de la recourante. Il était en outre adéquat. Il n'y avait pas d'autres mesures moins incisives permettant d'atteindre le but recherché, soit le rétablissement d'une situation conforme au droit. La recourante n'en proposait d'ailleurs pas.
Concernant la voûte modifiée, il était disposé à renoncer à ordonner la remise en état de celle-ci, au vu des désordres statiques que cela pourrait engendrer sur le bâtiment. Il n'en était toutefois pas de même des poteaux déplacés au rez-de-chaussée ainsi que du renforcement du plancher. En effet, la nécessité de ces travaux ne ressortait pas du rapport de l'ingénieur du 12 novembre 2019, lequel n'examinait que l'état de la voûte au sous-sol. Le complément produit avait été rédigé par la recourante et non pas par un ingénieur, ce qui n'avait pas la même valeur. La nécessité de ces constructions pour assurer la stabilité structurelle du bâtiment n'était pas démontrée, de sorte que rien ne s'opposait à leur remise en état conformément à l'autorisation de construire initiale. Quant aux escaliers et portes-fenêtres, la recourante ne démontrait pas qu'il serait impossible de les remplacer à l'identique.
Il convenait de rappeler que le bâtiment concerné était classé, ce qui correspondait à la mesure de protection la plus forte. L'intérêt public à la préservation du patrimoine devait donc l'emporter.
Concernant l'argument financier de la recourante, hormis le fait que le montant invoqué n'était pas prouvé, il n'était pas établi que les coûts seraient insupportables au regard de sa situation financière.
Elle avait offert de prouver par témoins ainsi que par expertise judiciaire que le plancher renforcé ainsi que les poteaux déplacés assuraient la stabilité structurelle du bâtiment, de sorte qu'une remise en était initiale engendrerait un risque très élevé d'effondrement. Elle avait produit deux rapports démontrant la nécessité des travaux entrepris et le risque d'effondrement. Les escaliers étaient en très mauvais état, ce que démontraient les photographies annexées, de sorte qu'ils avaient dû être en partie détruits. Une remise en état n'était pas possible et contrevenait au surplus à l'art. 52 RCI.
La recourante n'expliquait pas en quoi la décision litigieuse allait à l'encontre des principes de proportionnalité, de la bonne foi et de l'intérêt public.
Dans un premier temps, la DAC avait demandé une modification du projet et des pièces complémentaires (préavis du 22 septembre 2022). Ensuite, vu les réponses apportées, elle s'était prononcée défavorablement au projet (préavis du 15 juin 2023). La remarque sur l'absence de mention préalable de l'art. 52 al. 2 RCI n'était pas problématique, dès lors qu'il était courant que ce ne soit qu'une fois en possession des données nécessaires qu'une instance se prononce définitivement sur la conformité d'un projet. Par ailleurs, cette disposition avait déjà été avancée dans le cadre de l'instruction des DD 5______/2 et 5______/3. En outre, selon les plans fournis, les éléments en cause (escaliers et portes) étaient en rouge, ce qui signifiait qu'ils étaient nouveaux et, par conséquent, non-soumis à la protection patrimoniale. Quant au respect de l'art. 49 LCI, sa remarque dénotait une grave méconnaissance de son dossier, puisque les locaux concernés (rez-de-chaussée) ne respectaient pas cette disposition en raison des faux-plafonds projetés (en rouge sur les plans de coupes B-B, D-D et D'-D') et non pas à cause d'éléments existants à conserver. Pour le reste, la recourante ne prétendait pas avoir répondu à satisfaction aux autres demandes formulées par cette instance et n'alléguait pas non plus que celles-ci n'étaient pas justifiées. S'agissant du préavis de la police du feu, le premier préavis se fondait sur un concept de protection incendie du 19 octobre 2020 qui prévoyait à l'étage des chambres d'hôtes conformément à la DD 5______/3, pour laquelle cette instance avait émis un préavis favorable, ainsi que sur le plan étage qui prévoyait la même affectation. Or, le second préavis s'était fondé sur le plan étage fourni dans un deuxième temps et qui prévoyait deux appartements, ce qui expliquait la position et les remarques de cette instance dans son préavis du 19 juin 2023. Le SMS avait demandé la modification du projet tout en précisant que ses remarques reprenaient celles déjà exprimées près de deux ans auparavant. Cette instance avait également exprimé être défavorable à certains aspects du projet (préavis du 23 novembre 2022). À la suite des compléments apportés par le MPQ, cette instance avait constaté qu'ils étaient peu explicites et que malgré la rencontre organisée avec ce dernier, les documents et explications convenus n'avaient toujours pas été fournis, raison pour laquelle elle avait maintenu sa position. Or, le recours était muet sur le contenu des préavis du SMS, dont il ressortait clairement que le défaut de collaboration de la recourante était récurrent et patent, et qu'en l'état, les travaux ne pouvaient être ni régularisés ni autorisés.
La recourante ne contestait pas que, comme l'avaient relevé plusieurs instances de préavis, les compléments exigés n'avaient toujours pas été fournis et que le dossier déposé comportait des lacunes et des incohérences. Elle ne remettait pas non plus en cause le temps écoulé depuis la réalisation des travaux, les nombreux délais accordés pour fournir les explications complémentaires requises ainsi que les vaines tentatives de régularisation qui avaient échoué, notamment en raison de son manque de collaboration. Elle devait donc supporter les conséquences de son comportement et le département était en droit de clore l'instruction du dossier, ce d'autant qu'il avait été mis devant le fait accompli.
Elle sollicitait la jonction des causes A/3769/2023 et A/1540/2022, dès lors que ces deux procédures se rapportaient à un complexe de fait similaire et que les moyens de preuve requis étaient en grande partie identiques, bien que les questions juridiques fussent distinctes.
Si les escaliers A et B figuraient en rouge sur les plans, c'était parce que le SMS avait exigé leur remplacement à l'identique et cela ne signifiait pas qu'ils n'étaient pas soumis à la protection patrimoniale. Ils devaient ainsi garder leur forme et emplacement, ce qui rendait impossible le respect de l'art. 52 al. 2 RCI. Les exigences de la DAC et du SMS étaient donc incompatibles, raison pour laquelle une concertation avec ces instances était nécessaire.
La lecture des plans coupe B-B, D-D et D'-D' démontrait que la hauteur du vide d'étage du rez-de-chaussée au niveau de la cuisine était de 245 cm. Cette hauteur était donc bien imposée par la construction historique, de sorte qu'il n'était pas possible de respecter l'art. 49 LCI.
Elle rappelait que le changement de concept de sécurité incendie découlait des exigences issues de la demande de l'OCLPF visant un changement d'affectation des chambres d'hôtes à l'étage par des appartements.
Concernant le prétendu défaut de collaboration, la chronologie des faits démontrait qu'elle avait connu de graves difficultés avec son ancien MPQ et qu'elle avait ensuite activement collaboré et essayé de trouver des solutions pour régulariser la situation, étant rappelé qu'une remise en état était impossible.
Son droit d'être entendu avait également été violé, dès lors qu'il convenait de lui permettre de répondre et fournir les compléments demandés par les instances précitées.
Il ne s'opposait pas à la jonction des procédures.
Le développement de la recourante au sujet de l'art. 52 al. 2 RCI était confus et s'écartait de celui figurant dans son complément au recours. Sa nouvelle argumentation était encore moins convaincante, puisqu'elle ne pouvait s'appuyer sur aucun document et qu'elle était contredite par les pièces du dossier. Au demeurant, un élément à construire, et donc inexistant, excluait l'existence d'une protection patrimoniale.
Les plans précités au sujet de l'art. 49 LCI démontraient qu'il était prévu de refaire les planchers donc l'épaisseur contribuait également à enfreindre la disposition précitée. Or, sans ces deux modifications, le vide d'étage respecterait les 2.5 m. Quoi qu'il en fut, les faux-plafonds à eux seuls péjoraient la situation.
Son développement visant à imputer son défaut de collaboration à son précédent MPQ était douteux, dès lors que de jurisprudence constante, le mandant endossait la responsabilité des actes de son mandataire et que l'absence de collaboration relevée portait sur la période où la recourante faisait appel à son nouveau MPQ.
Sous l'angle du droit d'être entendu, cette garantie n'incluait pas le droit de se prononcer sur le préavis établi par une autorité d'instruction à l'intention de l'autorité décisionnelle. Cela valait d'autant plus pour les procédures initiées sur requête de l'administré, lors de laquelle il était censé apporter tous les éléments pertinents.
EN DROIT
Le Tribunal administratif de première instance connaît des recours dirigés, comme en l’espèce, contre les décisions prises par le département en application de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI - L 5 05) (art. 115 al. 2 et 116 al. 1 de la loi sur l’organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 143 et 145 al. 1 LCI).
Interjetés devant la juridiction compétente, les actes de recours, qui contiennent la désignation de l'acte attaqué et les conclusions de la recourante, est recevable de ce point de vue, en application des art. 60 et 62 à 65 de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA - E 5 10).
La recourante sollicite la jonction de cause n° A/1540/2022 et n° A/3769/2023. Le département ne s'y oppose pas.
Selon l'art. 70 al. 1 LPA, l'autorité peut, d'office ou sur requête, joindre en une même procédure des affaires qui se rapportent à une situation identique ou à une cause juridique commune.
En l'occurrence, les causes n° A/1540/2022 et n° A/3769/2023 se rapportant à un complexe de faits connexes autour de l'infraction I-6______ et de sa régularisation, et opposant les mêmes parties, leur jonction sous la cause n° A/1540/2022 sera prononcée.
La recourante conteste l'ordre de remise en état prononcé par décision non datée du département, notifié à la recourante le 28 mars 2022, suite au refus de délivrance de l'autorisation de construire complémentaire n° DD 5______/3 ainsi que le refus de délivrance de l'autorisation de construire complémentaire n° DD 5______/4.
Selon l'art. 61 al. 1 LPA, le recours peut être formé pour violation du droit, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation (let. a), ou pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (let. b). En revanche, les juridictions administratives n'ont pas compétence pour apprécier l'opportunité de la décision attaquée, sauf exception prévue par la loi (art. 61 al. 2 LPA), non réalisée en l'espèce.
Il y a en particulier abus du pouvoir d'appréciation lorsque l'autorité se fonde sur des considérations qui manquent de pertinence et sont étrangères au but visé par les dispositions légales applicables, ou lorsqu'elle viole des principes généraux du droit tels que l'interdiction de l'arbitraire, l'égalité de traitement, le principe de la bonne foi et le principe de la proportionnalité (ATF 143 III 140 consid. 4.1.3 ; 140 I 257 consid. 6.3.1 ; 137 V 71 consid. 5.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 8C_763/2017 du 30 octobre 2018 consid. 4.2).
Saisi d’un recours, le tribunal applique le droit d’office. Il ne peut pas aller au-delà des conclusions des parties, mais n’est lié ni par les motifs invoqués par celles-ci (art. 69 al. 1 LPA), ni par leur argumentation juridique (cf. ATA/386/2018 du 24 avril 2018 consid. 1b ; ATA/117/2016 du 9 février 2016 consid. 2 ; ATA/723/2015 du 14 juillet 2015 consid. 4a).
L'objet du litige est principalement défini par l'objet du recours (ou objet de la contestation), les conclusions du recourant et, accessoirement, par les griefs ou motifs qu'il invoque. L'objet du litige correspond objectivement à l'objet de la décision attaquée, qui délimite son cadre matériel admissible (ATF 136 V 362 consid. 3.4 et 4.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_581/2010 du 28 mars 2011 consid. 1.5 ; ATA/1218/2017 du 22 août 2017 consid. 3b et l'arrêt cité). La contestation ne peut excéder l'objet de la décision attaquée, c'est-à-dire les prétentions ou les rapports juridiques sur lesquels l'autorité inférieure s'est prononcée ou aurait dû se prononcer (ATA/1218/2017 du 22 août 2017 consid. 3b ; ATA/421/2017 du 11 avril 2017 consid. 5 et les arrêts cités ; ATA/1145/2015 du 27 octobre 2015 consid. 4b).
À teneur de l'art. 59 let. b LPA, le recours n'est pas recevable contre les mesures d'exécution des décisions.
L'impossibilité de recourir contre les mesures d'exécution vise à soustraire au contrôle juridictionnel les actes qui, sans les modifier ni contenir d'éléments nouveaux, ne servent qu'à assurer la mise en œuvre de décisions exécutoires au sens de l'art. 53 al. 1 let. a LPA. Le contrôle incident de ces dernières s’avère par conséquent exclu (ATA/448/2007 du 4 septembre 2007 ; ATA/841/2004 du 26 octobre 2004 ; ATA/240/2004 du 16 mars 2004). La notion de « mesures » à laquelle se réfère le texte légal s'interprète largement et ne comprend pas seulement les actes matériels destinés à assurer l'application de décisions, mais également toutes les décisions mettant ces dernières en oeuvre (ATA/647/2017 du 13 juin 2017 consid. 2b ; ATA/314/2011 du 17 mai 2011 consid. 5 ; ATA/793/2010 du 16 novembre 2010).
Une décision de base ne peut en principe pas être remise en cause, à l’occasion d’une nouvelle décision qui exécute l’acte de base (Thierry TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2ème éd., 2018, p. 398 et 399 n. 1150). Le contrôle des décisions administratives en force est aussi en principe exclu, que ce soit par un tribunal ou par une autorité administrative, notamment à l’occasion d’une nouvelle décision qui exécute la décision de base (Thierry TANQUEREL, op. cit., p. 231 n. 640). Si un recours n’est pas formé contre une décision de principe, le requérant est forclos pour se prévaloir de sa non-validité au moment où il voudra mettre en cause les décisions prises en conséquence de cette première décision. La décision de principe ne peut donc pas être revue incidemment à l’occasion d’un recours contre des décisions d’exécution (ATA/1438/2017 du 31 octobre 2017 consid. 5b).
On ne saurait faire exception à ce principe que si la décision tranchant le fond du litige a été prise en violation d’un droit fondamental inaliénable et imprescriptible du recourant ou lorsqu’elle est nulle de plein droit (Stéphane GRODECKI/Romain JORDAN, Code annoté de procédure administrative genevoise, 2017, ad art. 59 n. 683 p. 180 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_622/2015 du 24 février 2016, consid. 4.1.1 ; ATA/834/2016 du 4 octobre 2016, consid. 2d).
Par conséquent, le recours interjeté contre l'ordre de remise en état suite au refus de l'autorisation de construire complémentaire n° DD 5______/3 sera déclaré irrecevable. Les arguments relatifs à l'impossibilité de remettre en état le bâtiment classé selon les plans autorisés de l'autorisation n° DD 5______ initiale ne sauraient ainsi être remis en cause aujourd'hui, ce d'autant que l'ampleur des travaux n'a manifestement pas réellement évolué de manière significative depuis le prononcé du premier ordre de remise en état.
Au demeurant, le tribunal se limitera à rappeler à la recourante que ce nouvel ordre de remise en état a été prononcé en raison du refus de délivrance de l'autorisation de construire complémentaire n° DD 5______/3, laquelle est entrée en force sans avoir été contestée, de sorte que comme l'affirme l'autorité intimée, les seuls travaux autorisés sont ceux de l'autorisation de construire initiale. Ceci étant dit, le tribunal de céans donnera toutefois acte à l'autorité intimée qu'elle renonce désormais à exiger la remise en état de la voute au sous-sol en raison des problèmes structurels.
Seul demeure ainsi litigieuse la question de la conformité du refus d'autorisation de construire complémentaire n° DD 5______/4.
À titre préalable, la recourante sollicite plusieurs actes d'instruction supplémentaires, soit la réalisation d'une expertise judiciaire au sujet des travaux réalisés et l'état du bâtiment, la tenue d'un transport sur place ainsi que l'audition de différents témoins.
Le droit d’être entendu, garanti par l’art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst. - RS 101), comprend notamment le droit pour les parties de produire des preuves pertinentes, d’obtenir qu’il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l’administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s’exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 142 II 218 consid. 2.3 ; 140 I 285 consid. 6.3.1). Ce droit ne s’étend toutefois qu’aux éléments pertinents pour décider de l’issue du litige et le droit de faire administrer des preuves n’empêche pas le juge de renoncer à l’administration de certaines preuves offertes et de procéder à une appréciation anticipée de ces dernières, en particulier s’il acquiert la certitude que celles-ci ne l’amèneront pas à modifier son opinion ou si le fait à établir résulte déjà des constatations ressortant du dossier (ATF 138 III 374 consid. 4.3.2 ; 131 I 153 consid. 3).
Le droit d'être entendu ne comprend pas le droit d'être entendu oralement (cf. not. art. 41 in fine LPA ; ATF 140 I 68 consid. 9.6.1 ; 134 I 140 consid. 5.3 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_668/2020 du 22 janvier 2021 consid. 3.3 ; 2C_339/2020 du 5 janvier 2021 consid. 4.2.2 ; ATA/1637/2017 du 19 décembre 2017 consid. 3d), ni celui d'obtenir l'audition de témoins (ATF 130 II 425 consid. 2.1 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_725/2019 du 12 septembre 2019 consid. 4.1 ; 2C_1004/2018 du 11 juin 2019 consid. 5.2.1). Ces principes s’appliquent également à la tenue d’une inspection locale en l’absence d’une disposition cantonale qui imposerait une telle mesure d’instruction, étant précisé qu’une telle disposition n’existe pas en droit genevois (ATF 120 Ib 224 consid. 2b ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_243/2013 du 27 septembre 2013 consid. 3.2.1 ; ATA/285/2021 du 2 mars 2021 consid. 2b).
Concernant la demande de comparution personnelle des parties, il sera relevé que la recourante, tout comme le département, a eu l’occasion de s’exprimer par écrit, d’exposer son point de vue et de produire toutes les pièces qu’elle estimait utiles à l’appui de ses allégués par le biais des écritures usuelles.
S’agissant de l’audition de MM. H______, I______, J______, et K______, en qualité de témoins, la recourante ne démontre pas en quoi cette mesure d’instruction aurait un intérêt pour le présent litige, ce d'autant plus que le dossier comporte en particulier déjà les rapports d'expertise de M. J______ ainsi que différents échanges entre le MPQ et le département. Il n’a pas davantage été démontré en quoi les auditions de M. I______ et K______ serait utile. En tout état, il semble que ces demandes d'audition visent à apporter des éléments au sujet de l'impossibilité de la remise en état du bâtiment n° 3______, mais comme exposé précédemment, dès lors que cet ordre ne peut aujourd'hui être contesté par le biais de la présente procédure, il n'y a aucune nécessité pour le tribunal de procéder à l'audition de ces personnes. Il en va de même de la demande d'expertise judiciaire au sujet des travaux réalisés et de l'état du bâtiment, dès lors que le dossier comporte déjà l'expertise de M. J______.
Partant, il n’y a pas lieu de procéder aux mesures d’instruction requises, celles-ci n'étant au demeurant pas obligatoires.
La recourante fait tout d'abord valoir un grief de nature formelle lié à la violation de son droit d'être entendu, dès lors qu'en prononçant la décision de refus d'autorisation de construire, le département l'aurait empêché de répondre et de fournir les compléments sollicités par les instances de préavis.
Le droit d’être entendu, dont les fondements juridiques ont été rappelés plus haut, est une garantie de nature formelle dont la violation entraîne, lorsque sa réparation par l’autorité de recours n’est pas possible, l’annulation de la décision attaquée sans égard aux chances de succès du recours sur le fond (ATF 137 I 195 consid. 2.2 ; 135 I 279 consid. 2.6.1 ; 135 I 187 consid. 2.2 ; arrêts du Tribunal fédéral 8C_529/2016 du 26 octobre 2016 consid. 4.2.1 ; 5A_681/2014 du 14 avril 2015 consid. 31 ; ATA/289/ 2018 du 27 mars 2018 consid. 2b). Ce moyen doit dès lors être examiné en premier lieu (ATF 137 I 195 consid. 2.2).
Le contenu du droit d’être entendu et les modalités de sa mise en œuvre sont déterminés en premier lieu par les dispositions de droit cantonal de procédure (arrêt du Tribunal fédéral 8C_615/2016 du 15 juillet 2017 consid. 3.2.1 et les références citées ; ATA/289/ 2018 du 27 mars 2018 consid. 2b). Il est concrétisé à l’art. 41 LPA, selon lequel les parties ont le droit d’être entendues par l’autorité compétente avant que ne soit prise une décision.
Le droit d’être entendu sert non seulement à établir correctement les faits, mais constitue également un droit indissociable de la personnalité garantissant à un particulier de participer à la prise d’une décision qui touche sa position juridique. Il comprend, en particulier, le droit pour la personne concernée de s’expliquer avant qu’une décision ne soit prise à son détriment, de fournir des preuves pertinentes quant aux faits de nature à influer sur la décision, d’avoir accès au dossier, de participer à l’administration des preuves, d’en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos. En tant que droit de participation, le droit d’être entendu englobe donc tous les droits qui doivent être attribués à une partie pour qu’elle puisse faire valoir efficacement son point de vue dans une procédure (ATF 138 II 252 consid. 2.2 ; 138 I 484 consid. 2.1 ; 138 I 154 consid. 2.3.2 ; 137 I 195 consid. 2.3.1 ; arrêts du Tribunal fédéral 8C_472/2014 du 3 septembre 2015 consid. 4.1 ; ATA/80/2016 du 26 janvier 2016 consid. 2). L’étendue du droit de s’exprimer ne peut pas être déterminée de manière générale, mais doit être définie au regard des intérêts concrètement en jeu. L’idée maîtresse est qu’il faut permettre à une partie de pouvoir mettre en évidence son point de vue de manière efficace (ATA/778/2018 du 24 juillet 2018 consid. 3a et les références citées).
La réparation d'un vice de procédure en instance de recours et, notamment, du droit d'être entendu, n'est possible que lorsque l'autorité dispose du même pouvoir d'examen que l'autorité inférieure (ATF 145 I 167 consid. 4.4 ; 142 II 218 consid. 2.8.1 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_240/2017 du 11 décembre 2018 consid. 3.2 ; 1B_556/2017 du 5 juin 2018 consid. 2.1). Elle dépend toutefois de la gravité et de l'étendue de l'atteinte portée au droit d'être entendu et doit rester l'exception. Elle peut cependant se justifier en présence d'un vice grave lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure (ATF 142 II 218 consid. 2.8.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 1B_556/2017 du 5 juin 2018 consid. 2.1) En outre, la possibilité de recourir doit être propre à effacer les conséquences de cette violation. Autrement dit, la partie lésée doit avoir le loisir de faire valoir ses arguments en cours de procédure contentieuse aussi efficacement qu'elle aurait dû pouvoir le faire avant le prononcé de la décision litigieuse (ATA/802/2020 du 25 août 2020 consid. 4c et les références cités).
Selon la maxime inquisitoire, qui prévaut en particulier en droit public, l'autorité définit les faits pertinents et ne tient pour existants que ceux qui sont dûment prouvés. Elle ne dispense pas pour autant les parties de collaborer à l'établissement des faits ; il incombe à celles-ci d'étayer leurs propres thèses, de renseigner le juge sur les faits de la cause et de lui indiquer les moyens de preuves disponibles, spécialement lorsqu'il s'agit d'élucider des faits qu'elles sont le mieux à même de connaître (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_728/2020 du 25 février 2021 consid. 4.1 ; 2C_1156/2018 du 12 juillet 2019 consid. 3.3 et les arrêts cités).
Lorsque les preuves font défaut ou s'il ne peut être raisonnablement exigé de l'autorité qu'elle les recueille pour les faits constitutifs d'un droit, le fardeau de la preuve incombe à celui qui entend se prévaloir de ce droit (cf. ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_27/2018 du 10 septembre 2018 consid. 2.2 ; 1C_170/2011 du 18 août 2011 consid. 3.2 et les réf. citées). Il appartient ainsi à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration de démontrer l'existence de ceux qui imposent une obligation en sa faveur (ATA/978/2019 du 4 juin 2019 consid. 4a ; ATA/1155/2018 du 30 octobre 2018 consid. 3b et les références citées).
Le département peut demander des renseignements ou des plans complémentaires, la modification de plans, la constitution de servitudes ou des calculs statiques (art. 13 al. 4 RCI).
En l'espèce, il convient d'emblée de relever que l'affirmation de la recourante selon laquelle elle n'aurait pas formellement reçu notification de la décision querellée – soit une éventuelle notification irrégulière (art. 47 LPA) –, ne déploie d'effet qu'en matière de computation des délais. Cela étant, cette question n'est pas déterminante en l'espèce, dès lors que la recevabilité du recours sur ce point n'est pas remise en cause par l'autorité intimée. Compte tenu de l'issue du litige, elle peut ainsi souffrir de rester indécise.
Les demandes de compléments formulées dans les derniers préavis des instances spécialisées consultées reprennent en substance différentes demandes de documents, déjà formulées lors de l'instruction des précédentes requêtes d'autorisations de construire complémentaires refusées. En outre, il faut également prendre en compte que malgré les demandes de compléments et de poursuite de l'instruction lors de la première volée de préavis, la recourante n'y a que très partiellement donné suite, à teneur des préavis de la seconde volée, notamment celui du SMS du 6 septembre 2023. Si elle prétend que cette situation serait de la faute de son précédent MPQ, elle perd cependant de vue que conformément à la jurisprudence, les actes du représentant sont opposables au représenté comme les siens propres ; ce principe vaut également en droit public (arrêt du Tribunal fédéral 2C_280/2013 du 6 avril 2013 ; ATA/1127/2020 du 10 novembre 2020 consid. 4c ; ATA/224/2020 du 25 février 2020 consid. 3b). La responsabilité du mandant ne saurait être dissociée de celle de son mandataire. Le premier est responsable des actes de celui qui le représente et répond de toute faute de ses auxiliaires (ATA/370/2015 du 21 avril 2015 consid. 6b ; ATA/140/2015 du 3 février 2015 et les références citées). Ainsi, dès lors qu'il s'agissait de l'instruction de la troisième tentative de la recourante de régulariser les mêmes travaux réalisés sans droit, le département pouvait raisonnablement partir du principe qu'une nouvelle transmission des demandes de compléments ne serait pas propre à modifier l'issue de l'instruction, ce d'autant plus que malgré de nombreux délais accordés pour transmettre les pièces complémentaires sollicitées par les instances de préavis puissent se déterminer, la recourante n'y a jamais donné suite à satisfaction, ce qui dénote un manque de collaboration de sa part. Quoi qu'il en soit, la recourante a été à même de formuler ses griefs à l'égard de la décision querellée, et notamment des derniers préavis et demandes de compléments, en toute connaissance de cause devant le tribunal de céans, de sorte qu'une éventuelle violation de son droit d'être entendu aurait, de toute façon, été guérie.
Partant, le grief est écarté.
La recourante critique la décision de refus d'autorisation de construire dans la mesure où les exigences imposées par les différentes instances de préavis dans le cadre de leurs demandes respectives de compléments ne seraient pas fondées.
A teneur de l'art. 1 al. 1 let. c LCI, sur tout le territoire du canton nul ne peut, sans y avoir été autorisé, démolir, supprimer ou rebâtir une construction ou une installation. L'al. 7 précise qu'aucun travail ne doit être entrepris avant que l'autorisation ait été délivrée.
Selon le système prévu par la LCI, les préavis des communes, des départements et des organismes intéressés n'ont qu'un caractère consultatif. L'autorité de décision, qui n'est pas liée par ces préavis, reste libre de s'en écarter pour des motifs pertinents et en raison d'un intérêt public supérieur (art. 3 al. 3 LCI). Néanmoins, lorsque la consultation d'une instance de préavis est imposée par la loi, son préavis a un poids certain dans l'appréciation qu'est amenée à effectuer l'autorité de recours et il convient de ne pas le minimiser (ATA/456/2022 du 3 mai 2022 consid. 4b; ATA/659/2017 du 13 juin 2017 consid. 4b ; ATA/318/2017 du 21 mars 2017 consid. 8c).
La délivrance d’autorisations de construire demeure de la compétence exclusive du département à qui il appartient de statuer en prenant en compte tous les intérêts en présence (ATA/259/2020 du 3 mars 2020 consid. 4b).
Le tribunal de céans observe une certaine retenue pour éviter de substituer sa propre appréciation à celle des commissions de préavis pour autant que l’autorité inférieure suive l’avis de celles-ci. Les autorités de recours se limitent à examiner si le département ne s’écarte pas sans motif prépondérant et dûment établi du préavis de l’autorité technique consultative, composée de spécialistes capables d’émettre un jugement dépourvu de subjectivisme et de considérations étrangères aux buts de protection fixés par la loi (ATA/332/2022 du 29 mars 2022 consid. 4b ; ATA/1098/2019 du 25 juin 2019 consid. 2e).
De jurisprudence constante, l'autorité administrative jouit d'un large pouvoir d'appréciation dans l'octroi de dérogations. Cependant, celles-ci ne peuvent être accordées ni refusées d'une manière arbitraire. Tel est le cas lorsque la décision repose sur une appréciation insoutenable des circonstances et inconciliable avec les règles du droit et de l'équité et se fonde sur des éléments dépourvus de pertinence ou néglige des facteurs décisifs. Quant aux autorités de recours, elles doivent examiner avec retenue les décisions par lesquelles l'administration accorde ou refuse une dérogation. Leur intervention n'est admissible que dans les cas où le département s'est laissé guider par des considérations non fondées objectivement, étrangères au but prévu par la loi ou en contradiction avec elle. Les autorités de recours sont toutefois tenues de contrôler si une situation exceptionnelle justifie l'octroi de ladite dérogation, notamment si celle-ci répond aux buts généraux poursuivis par la loi, qu'elle est commandée par l'intérêt public ou d'autres intérêts privés prépondérants ou encore lorsqu'elle est exigée par le principe de l'égalité de traitement, sans être contraire à un intérêt public (ATA/792/2022 du 9 août 2022 consid. 6e; ATA/639/2020 du 30 juin 2020 consid. 4d).
En l'espèce, comme le relève la recourante, le fait que le bâtiment n° 3______ est classé implique une nécessité de concertation entre les instances de préavis, notamment avec celle compétente en matière de patrimoine, afin d'éviter les incohérences. Outre le fait que selon le système de la LCI, cette cohérence est assurée par le département (art. 3 LCI), force est de constater que le préavis des instances compétentes en matière patrimoniale dispose ici d'une valeur primordiale.
En effet, il ne faut pas perdre de vue que la parcelle sur laquelle est érigé le bâtiment concerné est comprise dans le périmètre du PLQ n° 4______, dont le but est d'assurer la protection des bâtiments existants et des qualités naturelles, paysagères et architecturales du B______, au sens de l'art. 38 de la loi sur la protection des monuments, de la nature et des sites (LPMNS – L 4 05), tout en permettant la réalisation de droits à bâtir (art. 1 du règlement du PLQ n° 4______). En outre, à teneur de l'art. 3 du règlement du PLQ n° 4______, en règle générale, le caractère du site doit être préservé, notamment les bâtiments historiques classés qui s'y trouvent, ainsi que l'arborisation et les accès significatifs (al. 1). Tout projet d'aménagement, de construction ou de travaux divers doit être soumis à l'avis de la commission des monuments, de la nature et des sites (ci-après : CMNS ; al. 2). En cas de restauration, les structures porteuses de même que, en règle générale, les éléments architecturaux caractéristiques, les décors intérieurs et extérieurs des bâtiments, ayant une valeur patrimoniale, doivent être sauvegardés, dans les règles de déontologie applicables en la matière (art. 5 du règlement du PLQ n° 4______).
Or, il ressort du dernier préavis du SMS du 6 septembre 2023, lequel reprend la formulation du préavis du 23 novembre 2022 en y ajoutant des commentaires selon les compléments fournis par la recourante le 21 avril 2023, que malgré ces compléments, cette autorité n'est à ce jour soit pas favorable au projet, soit ne peut pas se déterminer. Cette instance a relevé dans son dernier préavis très détaillé les raisons pour lesquelles les pièces complémentaires produites le 21 avril 2023 étaient insuffisantes, malgré la séance du 23 août 2023, pour qu'elle se déterminer sur le projet et pour répondre aux précédentes demandes de compléments, notamment celles issues déjà des précédentes requêtes d'autorisations de construire complémentaires déposées par la recourante afin de tenter de régulariser les travaux litigieux.
Les critiques de la recourante par rapport au préavis de la DAC se concentrent autour du fait que ces exigences seraient impossibles à respecter vu les contraintes qu'impose la conservation de la valeur patrimoniale du bâtiment n° 3______. La recourante est cependant malvenue de se prévaloir de cet argument, dès lors que c'est en raison de l'absence de transmission d'informations suffisantes de sa part que l'instance compétente en matière de protection du patrimoine, soit le SMS, ne peut pas se déterminer sur cette nouvelle tentative de régularisation de la situation.
S'agissant du préavis de la police du feu, si cette instance avait certes validé le concept de protection incendie dans le cadre de l'instruction de la DD 5______/3, il ne faut pas perdre de vue que la DD 5______/4 porte sur un projet différent, de sorte que le concept précédemment validé ne saurait lui être simplement appliqué tel quel. Il est donc logique que la police du feu exige désormais un nouveau concept de protection incendie.
Selon ce qui précède, c'est sans verser dans l'arbitraire que le département a renoncé à la poursuite de l'instruction et a refusé de délivrer l'autorisation de construire complémentaire n° DD 5______/4 en l'absence d'éléments permettant de répondre aux remarques émises par les différentes instances de préavis, en particulier le SMS.
Entièrement mal fondé, le recours est rejeté et la décision confirmée.
En application des art. 87 al. 1 LPA et 1 et 2 du règlement sur les frais, émoluments et indemnités en procédure administrative du 30 juillet 1986 (RFPA - E 5 10.03), la recourante, qui succombe, est condamnée au paiement d’un émolument s'élevant à CHF 1'900- ; il est couvert par les avances de frais versées à la suite du dépôt du recours et totalisant la même somme. Vu l’issue du litige, aucune indemnité de procédure ne sera allouée (art. 87 al. 2 LPA).
PAR CES MOTIFS
LE TRIBUNAL ADMINISTRATIF
DE PREMIÈRE INSTANCE
prononce la jonction des procédures A/1540/2022 et A/3769/2023 sous le numéro de procédure A/1540/2022 ;
déclare irrecevable le recours interjeté le 12 mai 2022 par A______ SA contre la décision du département du territoire notifiée le 28 mars 2022 ;
déclare recevable le recours interjeté le 13 novembre 2023 par A______ SA contre la décision du département du territoire du ______ 2023 ;
le rejette ;
met à la charge de A______ SA un émolument de CHF 1'900.-, lequel est couvert par les avances de frais ;
dit qu’il n’est pas alloué d’indemnité de procédure ;
dit que, conformément aux art. 132 LOJ, 62 al. 1 let. a et 65 LPA, le présent jugement est susceptible de faire l'objet d'un recours auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (10 rue de Saint-Léger, case postale 1956, 1211 Genève 1) dans les trente jours à compter de sa notification. L'acte de recours doit être dûment motivé et contenir, sous peine d'irrecevabilité, la désignation du jugement attaqué et les conclusions du recourant. Il doit être accompagné du présent jugement et des autres pièces dont dispose le recourant.
Siégeant : Olivier BINDSCHEDLER TORNARE, président, Aurèle MULLER et Saskia RICHARDET VOLPI, juges assesseurs
Au nom du Tribunal :
Le président
Olivier BINDSCHEDLER TORNARE
Copie conforme de ce jugement est communiquée aux parties.
Genève, le
La greffière