POUVOIR JUDICIAIRE
A/4175/2015 LDTR
JTAPI/515/2016
JUGEMENT
DU TRIBUNAL ADMINISTRATIF
DE PREMIÈRE INSTANCE
du 24 mai 2016
dans la cause
Madame A______, représentée par B______ SA, avec élection de domicile
contre
DÉPARTEMENT DE L'AMÉNAGEMENT, DU LOGEMENT ET DE L'ÉNERGIE
EN FAIT
Madame A______ est propriétaire de la parcelle n° 1______, feuille 2_____, de la commune du C______, sur laquelle est érigé un immeuble d'habitation au D______.
Dans le courant 2009, l'ancienne propriétaire de cet immeuble avait effectué des travaux de rénovation dans un appartement de trois pièces au 1er étage, sans qu'aucune autorisation de construire n'ait été requise au préalable.
Suite à ces travaux, Mme A______ a acquis l'immeuble et a conclu un contrat de bail portant sur l'appartement précité avec Madame E______, prenant effet le 15 août 2009, pour un loyer annuel de CHF 17'400.-, plus CHF 1'800.- de charges,
Selon l'avis de fixation de loyer lors de la conclusion du nouveau bail du 4 août 2009 transmis à Mme E______, le loyer annuel payé par l'ancien locataire, Monsieur F______, était de CHF 11'280.- plus CHF 1'200.- de charges au 1er février 2008. Ce loyer, passé à CHF 17'400.-, correspondait ainsi à une augmentation de 54%.
En date du 3 juin 2013, Mme E______ a dénoncé au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie (ci-après : DALE) les travaux susvisés effectués en 2009.
Lors d'un contrôle effectué sur place le 3 janvier 2014, un inspecteur du DALE a constaté que les travaux suivants avaient notamment été réalisés dans l'appartement en cause: rénovation complète de l'espace cuisine et de la salle de bains, réfection complète de la peinture, des parquets et de l'installation électrique, pose de nouvelles vannes thermostatiques sur les radiateurs et changement des vitrages des fenêtres.
Par décision du 19 février 2014, le DALE a constaté que vu la nature et l'ampleur des travaux et eu égard à l'augmentation de loyer en découlant, il s'agissait de travaux d'entretien différés dans le temps soumis à la loi sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (mesures de soutien en faveur des locataires et de l'emploi) du 25 janvier 1996 (LDTR - L 5 20). Il a ainsi ordonné à Mme A______ de requérir une autorisation de construire.
Par acte formé le 24 mars 2014, Mme A______ a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : le tribunal) contre cette décision, concluant à son annulation et à ce qu'il soit constaté que les travaux n'étaient pas assujettis à la LDTR, qu'aucune autorisation de construire n'était nécessaire et, partant, qu'aucune infraction n'avait été commise.
Mme E______ a donné son congé pour le 15 juillet 2014.
En date du 20 novembre 2014, Mmes E______ et A______ ont signé des conclusions d'accord, prévoyant, une réduction de loyer de trois ans, et fixant les nouveaux loyers à CHF 1'020.- par mois du 15 août 2009 au 15 août 2012 (soit à CHF 12'240.- par année) et à CHF 1'440.- par mois du 16 août 2012 au 15 juillet 2014 (soit à CHF 17'280.- par année). Les loyers trop perçus étaient remboursés à Mme E______. Cet accord était compris "comme solde de tout compte". Un nouvel "avis de fixation du loyer lors de la conclusion d'un nouveau bail" a été signé entre les parties le 20 novembre 2014, reprenant les termes de l'accord trouvé.
Par jugement du 9 octobre 2014 (JTAPI/3______), le tribunal a rejeté le recours formé par Mme A______ le 24 mars 2014.
Compte tenu de la nature des travaux, de leur ampleur et de l'accroissement du confort existant, il s'agissait de travaux d'entretien différés dans le temps, assujettis à la LDTR et soumis à autorisation.
Ce jugement a été confirmé par arrêt de la Chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) du 12 mai 2015 (ATA/4______). Cet arrêt est entré en force.
Le 6 juillet 2015, Mme A______, par l'intermédiaire de la régie B______, a déposé une demande d'autorisation de construire en procédure accélérée relative aux travaux effectués dans l'appartement en question.
En date du 30 septembre 2015, dans le cadre de l'instruction de la demande d'autorisation, le service LDTR a émis un préavis favorable sous conditions, fixant le loyer après travaux à CHF 11'280.- l'an, soit à CHF 3'760.- la pièce l'an, soit le loyer avant travaux en juin 2009, "déjà au-dessus du plafond LDTR". Ce loyer devait être appliqué avec effet rétroactif dès la date de la prise d'effet du bail, soit le 15 août 2009, pour une durée de trois ans. Le calcul détaillé effectué par le service LDTR dans sa note technique prenait en compte un coût des travaux s'élevant à CHF 26'240.-.
Par décision APA 5______ du 27 octobre 2015, le DALE a accordé l'autorisation de construire requise, mentionnant sous son chiffre 4 que les conditions figurant dans le préavis du service LDTR du 30 septembre 2015 devaient être strictement respectées et faisaient partie intégrante de l'autorisation.
Par décision séparée du même jour (dossier I/6______), le DALE a ordonné à la propriétaire de rétablir, dans un délai de 30 jours, une situation conforme au droit en établissant les nouveaux contrats de bail à loyer dans le respect de la condition n° 4 de l'APA 5______ et en remboursant le loyer trop-perçu aux locataires concernés depuis la 1ère mise en location après travaux jusqu'à ce jour. Cette décision comporte également le prononcé d'une amende administrative de CHF 3'000.-.
Le 6 novembre 2015, Mme A______ a fait part de ses griefs sur ces décisions au DALE, afin de tenter un règlement à l'amiable. Le DALE n'y a pas donné suite.
Par acte du 30 novembre 2015, Mme A______, sous la plume de la régie B______, a recouru auprès du tribunal, concluant, sous suite de dépens, à l'annulation de la décision du DALE du 27 octobre 2015 rendue dans le dossier I/6______ et du point 4 de l'autorisation de construire APA 5______.
Comme cela ressortait d'un avis de majoration de loyer du 9 octobre 2007 notifié à M. F______ et produit par la recourante, il était prévu un loyer échelonné sur trois ans, à savoir un loyer annuel de CHF 11'280.- du 1er février 2008 au 31 janvier 2009, de CHF 11'760.- du 1er février 2009 au 31 janvier 2010, et de CHF 12'240.- dès le 1er janvier 2010. Le droit fédéral du bail primant le droit cantonal de la LDTR, le service LDTR, et conséquemment le DALE dans sa décision, devaient prendre en compte le dernier échelon acquis à la recourante de CHF 12'240.- et, subsidiairement, celui de CHF 11'760.-, vu qu'il était entré en vigueur le 1er février 2009, soit antérieurement au début du contrôle LDTR qui avait eu lieu le 15 août 2009.
Par ailleurs, l'ordre de rétablir un nouveau bail était infondé vu que Mme E______ n'était plus locataire de l'appartement concerné. Il en allait de même de la restitution des loyers trop perçus vu que le loyer annuel devait être fixé à CHF 12'240.-. Enfin, le contrôle rétroactif de trois ans étant terminé en date du 15 juillet 2014, le DALE ne pouvait contraindre depuis cette date la recourante à établir des nouveaux contrats de bail aux locataires subséquents à Mme E______, ni imposer un contrôle des loyers - et conséquemment une restitution de loyers trop perçus - pour ces derniers.
S'agissant de l'amende, elle est était injustifiée dans la mesure où les travaux incriminés n'avaient pas été effectués par la recourante, mais par le précédent bailleur. Subsidiairement, la recourante concluait à la réduction de l'amende à un montant de CHF 500.-.
Conformément à l'art. 11 al. 3 LDTR et aux faits établis par l'arrêt de la chambre administrative rendu dans la cause ATA/4______ susmentionnée, le loyer avant travaux était de CHF 11'280.-. S'agissant de l'ordre d'établir des nouveaux contrats de bail conformes au respect de la condition n° 4 de l'autorisation de construire, il visait uniquement à ce que les documents contractuels des locataires occupant actuellement l'appartement soient modifiés. S'agissant de l'ordre de restituer les loyers trop perçus, il était conforme à la jurisprudence et le fait qu'un accord privé avait été conclu n'était pas en de nature à influer sur la validité de cet ordre. Cet ordre pourrait toutefois probablement être partiellement réformé en ce qu'il ne pourrait concerner que la période de contrôle. S'agissant enfin de l'amende, c'était le gérant immobilier qui en était le destinataire, avec pour conséquence que la recourante n'avait pas la qualité pour la contester.
Par réplique du 23 février 2016, la recourante a persisté dans ses conclusions. Les échelonnements de loyers relevaient du droit fédéral et étaient définitivement acquis au bailleur. La chambre administrative avait commis une erreur de plume en mentionnant le montant de CHF 11'280.-. La recourante prenait note du fait qu'elle n'avait pas à conclure un nouveau contrat de bail avec Mme E______, mais il devait en être de même pour les locataires subséquents, le contrôle LDTR étant terminé lors du départ de Mme E______ le 15 juillet 2014. S'agissant de la restitution du trop perçu, la recourante rappelait que l'accord trouvé avec Mme E______ l'emportait en vertu de la primauté du droit fédéral. Quant au prononcé de l'amende, c'était de mauvaise foi que le DALE mentionnait qu'il était en réalité destiné à la régie B______.
Le 15 mars 2016, le DALE exposait notamment que le montant de CHF 11'280.- mentionné dans l'arrêt de la chambre administrative ne relevait pas d'une erreur de plume et avait par ailleurs été expressément admis par un représentant de la recourante lors d'une audience de comparution personnelle tenue devant le tribunal de céans. Le DALE persistait enfin à affirmer que l'amende avait été infligée au gérant d'immeuble.
EN DROIT
Le Tribunal administratif de première instance connaît des recours dirigés, comme en l’espèce, contre des décisions prises par le département en application de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI - L 5 05) et de la LDTR (art. 115 al. 2 et 116 al. 1 de la loi sur l’organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 45 al. 1 LDTR; art. 143 et 145 LCI).
Interjeté en temps utile et dans les formes prescrites devant la juridiction compétente, le recours est recevable au sens des art. 60 et 62 à 65 de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA - E 5 10).
Selon l'art. 61 al. 1 LPA, le recours peut être formé pour violation du droit, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation (let. a), ou pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (let. b).
En revanche, les juridictions administratives n'ont pas compétence pour apprécier l'opportunité de la décision attaquée, sauf exception prévue par la loi (art. 61 al. 2 LPA).
Cette loi a pour but de préserver l’habitat et les conditions de vie existants, ainsi que le caractère actuel de l’habitat dans les zones visées expressément par la loi (art. 1 al. 1 LDTR). La loi prévoit notamment à cet effet, tout en assurant la protection des locataires et des propriétaires d'appartements, des restrictions à la démolition, à la transformation et au changement d'affectation des maisons d'habitation (art. 1 al. 2 let. a LDTR). Plus spécifiquement, la LDTR vise à éviter la disparition à long terme de logements à usage locatif (arrêt du Tribunal fédéral 1P.406/2005 du 9 janvier 2006 consid. 3.3).
Selon l’art. 9 al. 2 LDTR, une autorisation de transformation ou de rénovation n'est accordée que si les logements transformés répondent quant à leur genre, leur loyer ou leur prix aux besoins prépondérants de la population.
Par besoins prépondérants de la population, il faut entendre les loyers accessibles à une majorité (art. 9 al. 3, 1ère phrase LDTR).
Depuis le 26 août 2011, ces loyers sont compris entre CHF 2'536.- et CHF 3'405.- la pièce par année (art. unique de l'ArRLoyers).
En vertu de l'art. 10 al. 1 LDTR, le département fixe, comme condition de l’autorisation, le montant maximum des loyers des logements après travaux.
L'art. 11 al. 1 LDTR énumère les critères que doit utiliser le département pour arrêter un loyer maximum, en considérant l'ensemble des travaux effectués, sous déduction des subventions octroyées, soit :
un rendement équitable des capitaux investis pour les travaux, calculé en règle générale sur les 70% au maximum de leur coût et renté à un taux de 0,5 point au-dessus de l'intérêt hypothécaire de 1er rang pratiqué par la Banque cantonale de Genève, en tenant compte de l'amortissement (let. a);
un amortissement calculé sur une durée de 18 à 20 ans, soit de 5,55% à 5% (let. b);
les frais d'entretien rentés en règle générale à 1,5% des travaux pris en considération (let. c);
les autres facteurs de hausse et de baisse à prendre en considération selon les articles 269 et suivants du CO (let. d).
L'art. 11 al. 2 LDTR précise que les loyers après transformation doivent répondre aux besoins prépondérants de la population lorsque les logements répondent eux-mêmes à ces besoins prépondérants quant à leur genre, leur typologie, leur qualité, leur prix de revient, le nombre de pièces ou leur surface.
Cependant, selon l'art. 11 al. 3 LDTR, si le loyer avant transformation ou rénovation dépasse le niveau des loyers répondant aux besoins prépondérants de la population, il est maintenu par le département au même niveau lorsqu'il apparaît qu'il permet économiquement au propriétaire de supporter le coût des travaux sans majoration de loyer.
Dans cette situation, il appartient au propriétaire de démontrer, par toutes pièces utiles, qu'il n'est pas en mesure de supporter économiquement le coût des travaux sans majoration de loyer (art. 5 al. 4 du règlement d'application de la LDTR [RDTR – L 5 20 01] ; Emmanuelle GAIDE et Valérie DEFAGO GAUDIN, La LDTR : démolition, transformation, changement d'affectation et aliénation. Immeubles de logement et appartements, 2014, p. 315).
Par pièces utiles, le département fait prioritairement référence à un calcul de rendement de l’immeuble. Subsidiairement, il peut être recouru à une étude comparative entre les loyers de l’immeuble et ceux résultant des statistiques publiées chaque année par le canton, étant précisé, qu’à année de construction égale, la limite au-delà de laquelle le propriétaire est présumé pouvoir supporter économiquement le coût des travaux sans majoration de loyer est fixée, sauf exception, au 3ème quartile. Le département tient compte, dans son appréciation, des autres facteurs de hausse et de baisse à prendre en considération au sens des art. 269 ss CO (cf. ATA/253/2011 du 19 avril 2011consid. 8).
Si le propriétaire ne produit pas les pièces permettant d'effectuer un calcul de rendement, voire d'appliquer la méthode des loyers du quartier ou la méthode relative, le département doit refuser sa demande de validation de hausse de loyer. Cette hausse devrait aussi être refusée s'il apparaît, au vu du dossier, que les loyers avant travaux sont surfaits (Mémorial du Grand Conseil 1999, p. 1087-1088).
L'application de l'art. 11 al. 3 LDTR est limitée aux cas des logements qui, sans être des logements de luxe sont loués à un prix qui apparaît, avant les travaux, comme abusivement élevé et qui correspond déjà à ce qui serait admissible après transformation. La réserve selon laquelle le blocage des loyers doit être économiquement supportable permettra à l'autorité de respecter le principe de la proportionnalité lors de l'application de cette disposition (cf. Mémorial, op. cit., p. 1087-1088; arrêt du Tribunal fédéral 1P.664/1999 consid. 6; MAUNOIR, La LDTR genevoise: les principes et quelques applications, in RDAF 2002 I p. 21).
Dans son préavis du 30 septembre 2015, le service LDTR a fixé le loyer annuel après travaux à CHF 11'280.- en prenant en considération le "loyer avant travaux retenu par l'ATA/4______".
La recourante considère que le DALE aurait dû au contraire tenir compte du loyer mentionné dans l'avis de majoration de loyer notifié le 9 octobre 2007 à M. F______, à savoir "le dernier échelon acquis" de CHF 12'240.-, voire subsidiairement celui de CHF 11'760.-, vu qu'il était "entré en vigueur le 1er février 2009".
L'argument de la recourante tiré de l'erreur de plume commis par la chambre administrative ne saurait ainsi être suivi.
L'avis de majoration de loyer du 9 octobre 2007, sur lequel se fonde la recourante, n'a au demeurant jamais été appliqué puisque le contrat de bail avec M. F______ avait pris fin le 11 mai 2009, comme la recourante l'a exposé.
C'est ainsi à bon droit que le DALE s'est basé sur le montant de CHF 11'280.- pour fixer le loyer de l'appartement antérieur aux travaux, établi dans un arrêt de la chambre administrative entré en force. A la pièce, il s'agit d'un montant de CHF 3'760.- l'an, soit un montant plus élevé que celui correspondant au maximum de la fourchette légale (soit CHF 3'405.-comme vu ci-devant), de sorte que c'est à bon droit que l'autorité intimée a fait application de l'exception prévue à l'art. 11 al. 3 LDTR.
Hormis la question du montant du loyer avant travaux, la recourante n'a formulé aucune critique précise quant au calcul effectué par le service LDTR sur la base de l'art. 11 al. 1 LDTR, ni ne remet d'ailleurs en cause l'application de l'alinéa 3 de cette disposition.
Elle n'a de surcroît pas allégué, encore moins établi, comme cela lui incombait, que le coût des travaux ne serait pas supportable sans majoration de loyer.
Il ressort de ce qui précède que le DALE n'a pas excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation en fixant le loyer annuel de l'appartement après travaux à CHF 11'280.-. Ce premier grief de la recourante doit ainsi être écarté.
Selon l’art. 44 LDTR, celui qui contrevient aux dispositions de la LDTR est passible des mesures et sanctions administratives prévues par les art. 129 à 139 LCI, sous réserve des peines plus élevées prévues par le Code pénal suisse du 21 décembre 1937 (CP - RS 311.0). Le département notifie aux intéressés par lettre recommandée les mesures qu’il ordonne. Il fixe un délai pour leur exécution (art. 130 LCI). Les propriétaires ou leurs mandataires sont tenus de se conformer aux mesures ordonnées par cette autorité (art. 131 LCI).
Parmi les mesures administratives à disposition de l’autorité compétente, figure l’ordre de remise en conformité (art. 129 let. e LCI). L’objectif d’une telle mesure est de rétablir une situation conforme au droit (ATA/260/2014 du 15 avril 2014 consid. 11a ; ATA/531/2012 du 21 août 2012 consid. 7c).
Une mesure visant les loyers, notamment le remboursement du trop-perçu de loyer et l’établissement d’un nouveau bail conforme aux conditions de l'autorisation de construire accordée, constitue une forme de remise en état au sens de l'art. 129 let. e LCI (ATA/260/2014 précité consid. 11a et les références citées ; ATA/531/2012 du 21 août 2012 consid. 7c).
La jurisprudence a en effet exposé que le propriétaire qui, en violation des règles applicables, ne dépose une demande d'autorisation de construire qu'après avoir exécuté les travaux, ne doit pas se retrouver dans une situation plus favorable que celui qui respecte la procédure prévue et se voit délivrer l'autorisation de construire avant la rénovation (arrêts 1C_184/2013 du 8 janvier 2014 consid. 2.1 ; 1C_496/2012 du 12 février 2013 consid. 3.2.2; 1C_468/2008 du 15 décembre 2008; 1P.20/2005 du 18 mars 2005 consid. 2.3.1).
L'obligation de droit public de rectifier le bail en vigueur pendant la durée du contrôle ne s'étend en revanche pas à la conclusion d'un nouveau bail après la période de contrôle (arrêts 1C_184/2013 précité consid. 2.1 et 2.2 ; 1C_496/2012 précité consid. 3.2; 1C_250/2010 du 26 août 2010 consid. 3.3; 1P_20/2005 du 18 mars 20015 consid. 2.3.2). En outre, l'obligation de rectifier les baux initiaux n'a pas pour effet de prolonger le contrôle étatique au-delà du délai légal, ni d'empêcher la recourante, si elle l'estime justifié, de majorer le loyer selon les règles du droit civil après la fin de la période de contrôle de trois ans (arrêt 1P.20/2005 précité consid. 2.3.2).
Cette interprétation s'inscrit dans la logique de la LDTR dont l'objectif est de maintenir le logement concerné dans la catégorie à laquelle il appartient. Si, à la fin de la période de contrôle, le bail non adapté au loyer fixé par l'autorité pouvait déployer ses effets, abstraction totalement faite de la mesure ordonnée en vertu de la loi cantonale, celle-ci aurait eu pour seul effet de retarder de trois ans seulement la sortie de l'objet immobilier de sa catégorie, ce qui viderait de son sens le mécanisme de la LDTR (arrêts 1C_496/2012 précité consid. 3.2.2 ; 1P.20/2005 précité consid. 2.3.2).
La jurisprudence rajoute que "certes, l'ordre de rectifier le bail initial peut avoir de facto une incidence sur la détermination du loyer admissible une fois l'objet immobilier sorti du contrôle cantonal, puisque le dernier loyer peut servir de critère dans la mesure prévue par les règles du droit fédéral du bail. Mais c'est ainsi tout au plus l'état de fait qui aura été orienté par la régularisation du bail initial. L'obligation d'inscrire dans le bail le loyer fixé par l'autorité administrative dans l'autorisation de rénover ne viole ainsi pas le principe de la primauté du droit fédéral (arrêt 1C_496/2012 du 12 février 2013 consid. 2.2 in SJ 2013 I p. 493 et les arrêts cités)" (arrêt 1C_184/2013 précité consid.2.1).
La recourante ne reproche pas au DALE d'avoir fixé la durée du contrôle LDTR sur une durée de trois ans avec effet rétroactif, et ce dès la date de la prise d'effet du bail de Mme E______, soit dès le 15 août 2009. Elle soutient en revanche, se fondant sur un arrêt de la chambre administrative du 8 mai 2012 (ATA/269/2012), qu'il serait infondé d'exiger, comme le fait le DALE, qu'un bail soit établi a posteriori, Mme E______ ayant quitté l'appartement concerné le 15 juillet 2014. Dans ses observations du 1er février 2016, le DALE a précisé que l'ordre qu'il avait donné visait uniquement à ce que les documents contractuels des locataires qui occupent actuellement l'appartement soient modifiés, et plus spécifiquement les avis de fixation de loyer, pour tenir compte du loyer fixé par l'autorisation de construire litigieuse. La recourante a répliqué que le DALE ne pouvait ordonner l'établissement d'un nouveau contrat de bail pour les locataires qui s'étaient succédés, subséquemment à Mme E______, dans la mesure où le contrôle LDTR de trois ans était terminé au moment oùlesdits locataires avaient conclu le bail.
Dans l'arrêt évoqué par la recourante (ATA/269/2012), la chambre administrative avait retenu, conformément à la jurisprudence précitée rendue par le Tribunal fédéral, que le loyer pris en compte pour une éventuelle majoration de loyer après la fin du contrôle cantonal devait être celui fixé par l'autorité cantonale compétente. On peut en effet lire dans cet arrêt le considérant suivant : "Ainsi que le Tribunal fédéral l’a jugé dans son arrêt 1P.20/2005 du 18 mars 2005 in SJ 2005 I p. 489, le montant du loyer fixé par le DCTI sert de base pour le calcul des hausses de loyer ultérieures, qui interviendraient après la sortie du régime de contrôle. Le but de la formule officielle, prévue par le droit fédéral, est de mettre le locataire en possession de toutes les données lui permettant d’une part, de déterminer l’importance de la hausse de loyer par rapport au dernier loyer des locataires antérieurs et d’autre part, de l’informer des voies de droit à sa disposition pour contester cette hausse. (…). L’autorité intimée était donc en droit d’exiger de la société propriétaire qu’elle communique aux locataires concernés le formulaire imposé par la loi, complété conformément aux conditions qu’elle avait posées dans son autorisation" (ATA/269/2012 consid. 5).
Conformément aux principes jurisprudentiels rappelés ci-dessus, le DALE était fondé à ordonner à la recourante, comme elle l'a fait dans la décision querellée, de rétablir une situation conforme au droit "en établissant les nouveaux contrats de bail à loyer dans le respect de la condition n° 4 de l'autorisation de construire APA 5______/1", étant précisé que, comme le DALE l'a relevé dans ses observations, cet ordre ne concerne que les locataires actuellement en place.
Seul ce mode de faire, qui ne viole pas le principe de la primauté du droit fédéral, permet de respecter l'objectif de la LDTR impliquant que le loyer fixé par le DALE après travaux serve de base de calcul pour les majorations de loyer subséquentes (cf. à cet égard arrêts 1C_184/2013 consid.2.1 ; 1C_496/2012 du 12 consid. 2.2).
Le Tribunal fédéral a précisé que la restitution des montants perçus en trop durant la période du contrôle apparaît comme une simple exigence de respect des conditions posées à l'autorisation de construire et ne nécessite pas de base légale plus spécifique, la répétition de l'indu (art. 63 al. 1 CO par analogie) faisant d'ailleurs partie des principes généraux du droit administratif, applicable sans base légale expresse ; la restitution du loyer trop perçu, ainsi que l'adaptation du bail qui en résulte pour cette période, ne violent donc pas le principe de la légalité et respectent également les principes d'intérêt public et de proportionnalité (ATF 1C_250/2010 précité consid. 3.2).
La recourante s'oppose au remboursement des loyers trop perçus à Mme E______ en faisant valoir les conclusions d'accord qu'elle a signées avec cette locataire, prévoyant un remboursement de loyer pour "solde de toute compte". La recourante soutient également que le DALE ne pouvait exiger une restitution de loyer pour trop perçu aux locataires subséquents à Mme E______ puisque le contrôle rétroactif de trois ans avait pris fin.
Il convient de rappeler qu'en application des principes jurisprudentiels énoncés ci-devant, la mesure ordonnée par le DALE est étrangère à la logique du contrat privé conclu entre le bailleur et le locataire, et vise à réinstaurer une situation conforme aux prescriptions légales du droit public.
De jurisprudence constante, si sous l'angle de la primauté du droit fédéral, les cantons ne peuvent pas intervenir dans les relations entre bailleur et locataire, ils demeurent cependant libres d'édicter des mesures destinées à combattre la pénurie sur le marché locatif et la LDTR/GE, en tant qu'elle soumet à autorisation la démolition, la transformation et la rénovation de maisons d'habitation et impose un contrôle de loyers, n'est pas contraire aux règles de droit civil fédéral qui régissent les rapports entre bailleurs et locataires (arrêt 4A_185/2008 du 24 septembre 2008, consid. 2.3 ; 4C.139/1996 du 13 mars 1997 consid. 3b/aa ; ATF 131 I 333 consid. 2.2).
Ceci implique que les loyers perçus de manière illégale soient restitués par le perturbateur qui les a encaissés. Si, conformément aux art. 3 et 9 LDTR, l'ancienne propriétaire avait sollicité une autorisation de construire du DALE avant d’effectuer les travaux de rénovation de l’appartement considéré, la recourante aurait dû, à teneur du droit fédéral privé, restituer les loyers versés en trop.
Le département est ainsi en droit d'ordonner au propriétaire de rembourser le trop perçu de loyer aux locataires ayant déjà quitté l'appartement concerné (E. GAIDE/ V. DEFAGO GAUDIN, op. cit., p. 482 qui se réfère à l'ATA/469/212 déjà cité).
Il ressort de ce qui précède que nonobstant les conclusions d'accord signées entre la recourante et Mme E______, le DALE était fondé à ordonner la restitution du trop-perçu au locataire concerné pendant la période de contrôle, cet ordre répondant à un intérêt public et à l'objectif poursuivi par la LDTR de rétablir une situation conforme au droit (cf. ATF 1C_250/2010 consid. 3.2; ATA/86/2006 du 14 février 2006 consid. 8).
En tant que la décision querellée mentionne, contrairement à la jurisprudence développée ci-devant, que le remboursement doit s'effectuer jusqu' "à ce jour", elle sera réformée pour ne concerner que la période de contrôle de trois ans, étant souligné que le DALE avait d'ailleurs proposé cette réformation dans ses observations.
La décision attaquée, rendue dans le dossier I/6______, comportait également le prononcé d'une amende.
A cet égard, le tribunal adhère à la position de la recourante qui considère qu'elle en est la destinataire. Cette décision, qui en sus du prononcé de l'amende, ordonne la conclusion d'un nouveau contrat de bail et la restitution du trop-perçu au locataire, ne saurait en effet être scindée et s'adresser à des destinataires différents. De deux choses l'une, soit l'intégralité de la décision est dirigée à l'encontre de Mme A______, soit elle l'est à l'encontre de la régie B______, thèse qui n'est soutenue par aucune des parties et qui ne saurait manifestement être le cas en l'espèce, la régie n'ayant agi dans le dossier qu'en qualité de représentante de la propriétaire. La régie ne pourrait d'ailleurs être condamnée au remboursement du trop perçu de loyer aux locataires en tant que ces loyers indus ne sont pas les siens (cf. à cet égard E. GAIDE/ V. DEFAGO GAUDIN, op. cit., p. 482, qui est d'un avis similaire).
Par conséquent, la recourante est bel et bien titulaire de la qualité pour recourir à son encontre (cf. art. 60 al. 1 let. a et b LPA).
Au terme de l'art. 137 al. 1 LCI, applicable par le renvoi de l'art. 44 LDTR, est passible d’une amende administrative de CHF 100.- à CHF 150'000.- tout contrevenant à la présente loi.
Selon la doctrine, une amende ne peut être ordonnée que contre les responsables par comportement, non contre les responsables par situation. En effet, l'amendé doit avoir commis une faute. Ainsi, le nouveau propriétaire d'un immeuble ne peut pas être amendé pour l'infraction commise par l'ancien propriétaire (E. GAIDE/ V. DEFAGO GAUDIN, op. cit., p. 477 et les réf. jurisprudentielles citées).
Il n'est pas contesté que la recourante est devenue propriétaire de l'appartement concerné après l'exécution des travaux.
Par conséquent, on ne saurait imputer à la recourante une faute, ne serait-ce que sous la forme d'une négligence. Dès lors, et en application de la jurisprudence et de la doctrine précitées, aucune amende administrative ne peut être ordonnée à son encontre, de sorte que la décision querellée sera réformée sur ce point.
Vu l'issue du litige, un émolument de CHF 1'000.-, à titre de frais de procédure, sera mis à la charge de la recourante, qui n'obtient que partiellement gain de cause (art. 87 al. 1 LPA et 1 et 2 du règlement sur les frais, émoluments et indemnités en procédure administrative du 30 juillet 1986 - RFPA - E 5 10.03).
Enfin, une indemnité de procédure de CHF 500.-, à la charge de l'autorité intimée, sera allouée à la recourante à titre de dépens (art. 87 al. 2 LPA et 6 RFPA).
PAR CES MOTIFS
LE TRIBUNAL ADMINISTRATIF
DE PREMIÈRE INSTANCE
déclare recevable le recours interjeté le 30 novembre 2015 par Madame A______ contre les décisions du département de l'aménagement, du logement et de l'énergie du 27 octobre 2015 (I/6______ et APA 5______);
admet partiellement le recours;
réforme la décision I/6______ en tant qu'elle doit ordonner le remboursement du loyer trop-perçu aux locataires concernés uniquement durant la période de contrôle;
annule l'amende administrative prononcée dans la décision I/6______;
confirme les décisions pour le surplus;
met à la charge de la recourante un émolument de CHF 1'000.-, lequel est partiellement couvert par l'avance de frais;
condamne l'État de Genève, pour lui le département de l'aménagement, du logement et de l'énergie, à verser à la recourante une indemnité de procédure de CHF 500.- à titre de dépens;
dit que, conformément aux art. 132 LOJ, 62 al. 1 let. a et 65 LPA, le présent jugement est susceptible de faire l'objet d'un recours auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (18, rue du Mont-Blanc, case postale 1956, 1211 Genève 1) dans les trente jours à compter de sa notification. L'acte de recours doit être dûment motivé et contenir, sous peine d'irrecevabilité, la désignation du jugement attaqué et les conclusions du recourant. Il doit être accompagné du présent jugement et des autres pièces dont dispose le recourant.
Siégeant : Michèle PERNET, présidente, Suzanne AUBERT-LEBET, Diane SCHASCA, Andreas FABJAN et Thierry ESTOPPEY, juges assesseurs.
Au nom du Tribunal :
La présidente
Michèle PERNET
Copie conforme de ce jugement a été communiquée aux parties.
Genève, le
Le greffier