POUVOIR JUDICIAIRE
C/4853/2020 CAPH/2/2024
ARRÊT
DE LA COUR DE JUSTICE
Chambre des prud'hommes
DU LUNDI 15 JANVIER 2024
Entre
A______ SA, sise ______, appelante d'un jugement rendu par le Tribunal des prud'hommes le 13 juillet 2022 (JTPH/227/2022), représentée par Me Gabriel AUBERT, avocat, AUBERT NEYROUD, STÜCKELBERG & FRATINI, rue François-Versonnex 7, 1207 Genève,
et
Monsieur B______, domicilié ______, intimé, représenté par Me Yann LAM, avocat, MBLD Associés, rue Joseph-Girard 20, case postale 1611, 1227 Carouge.
EN FAIT
A. a. Par contrat de travail de durée indéterminée signé le 21 août 2007, B______ a été engagé en qualité de chef comptable, à compter du 3 septembre 2007 par C______ SA, devenue depuis A______ SA, société active dans le domaine de la gestion des déchets.
b. Le 1er janvier 2009, les parties ont signé un avenant au contrat de travail du 21 août 2007, par lequel B______ a été promu directeur administratif et financier de C______ SA, à compter du 1er janvier 2009.
L’avenant mentionne à son article 4, intitulé « rémunérations et avantages » : « En contrepartie de ses fonctions, Monsieur B______ percevra un salaire mensuel brut de CHF 10'300.-. A la rémunération ainsi calculée s’ajoutera un treizième salaire. Il sera calculé au prorata temporis si l'engagement de l'employé est intervenu en cours d'année civile. A cela s’ajoute un bonus fixé à CHF 24'000.- ». Le délai de congé était de six mois et le congé devait être donné par lettre recommandée avec avis de réception. Enfin, l’article 9 prévoyait que toute modification du contrat était soumise à la forme écrite.
c. En date du 5 janvier 2009, les parties ont signé un second avenant au contrat de travail remplaçant le premier, valable à compter du 1er janvier 2009. Le texte était identique à celui de l’avenant du 1er janvier 2009, à l’exception de l’article 5 concernant les modalités relatives aux vacances.
d. Durant les rapports de travail, le salaire mensuel brut de B______, versé 13 fois l'an, a progressivement augmenté. Il a été de 10'300 fr. en 2009 et 2010, de 11'462 fr. en 2011, de 12'350 fr. de 2012 à 2015, de 13'000 fr. en 2016 et 2017 et de 14'000 fr. dès 2018.
e. En sus de son salaire brut de base, B______ a perçu les montants bruts de 29'000 fr. en 2009, 24'000 fr. à titre de "salaire complémentaire, bonus" en décembre 2010, 10'000 fr. à titre de "commissions et bonus" en décembre 2011, 10'000 fr. à titre de "commissions et bonus" en mars 2012, 10'000 fr. à titre de "commissions et bonus, bonus 2012" en avril 2013, n'a rien perçu en 2014, puis a perçu 6'175 fr. à titre de "commissions et bonus, bonus ½ salaire" en juillet 2015, 10'000 fr. à titre de "commissions et bonus, bonus 2015" en mai 2016, 400 fr. à titre de "prime exceptionnelle, jubilé 10 ans" en septembre 2017, 20'000 fr. en 2018 et à nouveau rien en 2019 et 2020.
f. Le 20 mars 2017, A______ HOLDING SA a délivré à B______ un certificat de travail intermédiaire, portant sur la période du 3 septembre 2007 au 20 mars 2017, indiquant notamment qu'il entretenait d’excellentes relations professionnelles avec ses collègues, la direction générale et les administrateurs.
g. Courant 2017, A______ SA a racheté l’entreprise D______ SA, faisant ainsi doubler l'entreprise de taille.
h. A la suite de ce rachat, A______ SA a nommé E______, directeur de D______ SA, au poste de directeur financier de A______ SA, à compter du 1er avril 2017.
B______, qui espérait être nommé directeur financier, a été nommé directeur financier adjoint.
i. Durant l’été 2017, E______ a démissionné de son poste de directeur financier, avec effet au 31 octobre 2017, car son travail ne donnait pas satisfaction à son employeur et lui-même n'était pas satisfait de son environnement professionnel, n'étant pas d'accord avec certains choix stratégiques de son employeur. Il considérait que ses relations avec B______ avaient été très bonnes.
Dès lors, par décision du conseil d’administration du 6 septembre, B______ a été nommé au poste de directeur financier du groupe en remplacement de E______.
j. A______ SA et D______ SA disposaient chacune d’un programme de reporting différent, la première utilisant le logiciel F______ et la seconde le logiciel G______.
Ces deux systèmes n'étant pas compatibles, à la fin de l’été 2017, A______ SA a pris la décision de migrer le système comptable de toutes les entités appartenant anciennement à D______ SA sur le logiciel F______ déjà utilisé par A______ SA, la migration devant être terminée pour le 1er janvier 2019. La relative brièveté de ce délai a été la cause au sein de l'équipe controlling d'une pression importante.
Durant le processus d'intégration de D______ SA au système F______, les données de chaque logiciel étaient exportées sur un fichier Excel, puis retravaillées de manière à consolider le tout. Il s’agissait d’une tâche chronophage car les reporting comptables étaient effectués manuellement, ce qui générait une charge de travail supplémentaire.
Les fichiers de reporting étaient stockés sur un serveur de l’entreprise, auquel chaque collaborateur avait des droits d’accès en fonction de ses responsabilités. Les administrateurs informatiques disposaient de droits d’accès universels et des sauvegardes étaient effectuées régulièrement. Les collaborateurs pouvaient créer un répertoire personnel, qui restait accessible aux administrateurs informatiques.
Au cours du deuxième semestre 2018, A______ SA a demandé à B______ d'exclure H______, directeur du controlling, de sa fonction et d'assurer sa charge de travail.
k. A la fin de l'année 2018, A______ SA a décidé d'interrompre la migration de G______ vers F______, car de plus en plus de décalages avaient été constatés dans les reportings financiers liés à la gestion de deux systèmes et que les deux entités alémaniques de D______ SA n'étaient pas prêtes pour cette migration. A______ SA a alors décidé de mettre sur pied un nouveau système.
Cette décision a été une source de frustration importante pour les équipes du controlling, du fait que les collaborateurs avaient été fortement sollicités en 2018 pour réaliser la migration, et parce que le projet était presque terminé. A cela s'ajoutait que la communication sur les raisons de l'arrêt du projet de migration avait été déficiente, avec pour résultat que beaucoup de personnes avaient été démotivées et des départs s'en étaient suivis. Il avait donc fallu réaliser plus de travail avec moins de personnel, ce qui avait créé une surcharge de travail.
l. Le département finance rencontrait ainsi des difficultés, notamment concernant les dates de délivrance des reportings. B______ avait fait part de ses préoccupations à I______, administrateur délégué à la direction générale de A______ SA. Toutefois, les propos de B______ ne l'avaient pas alerté et il n'avait pas imaginé que B______ pourrait subir un burnout. La dernière fois qu’il avait vu B______ au bureau, ce dernier lui avait fait un signe de la main en souriant. Il avait ensuite disparu.
B______ avait fait part à J______, directrice du service contrôle de gestion qui était sa subordonnée, de ses préoccupations professionnelles, notamment du fait qu’il peinait à effectuer toutes les tâches qui lui étaient confiées, car les délais pour rendre les reportings étaient restés les mêmes malgré l’augmentation de la taille de l’entreprise, ce qui générait des retards. Selon J______ la période qui avait précédé le départ de B______ s’était avérée compliquée au niveau du climat social, l’ambiance étant tendue de façon générale, notamment en raison des licenciements liés au rachat de D______ SA par A______ SA.
K______, directrice des ressources humaines, n'avait pas vu de signaux d'alerte de la dégradation de la situation au sein de l'équipe financière dès 2018 due à une surcharge de travail. Cette situation avait eu pour conséquence une gestion du personnel plus tendue, avec des situations d'agressivité et de confrontation verbales entre collaborateurs. Selon K______, B______ était une personne agréable.
m. En janvier 2019, alors que le secteur controlling était en forte crise, A______ SA a engagé L______ en qualité de nouveau directeur controlling pour la mi-février 2019, afin de mettre en place un nouveau système.
Cet engagement a été annoncé à B______ le 31 janvier 2019.
n. B______ s’est trouvé en incapacité totale de travailler, pour cause de maladie, à compter du 1er février 2019.
o. Compte tenu de ce départ brutal, I______ et K______, ont tenté à plusieurs reprises de contacter B______ pour avoir de ses nouvelles.
p. Le 21 février 2019, M______, administrateur de A______ SA, a adressé un SMS à B______, indiquant espérer que celui-ci n'allait pas trop mal et lui demandant où se trouvaient les fichiers de reporting de 2018, qu’il ne parvenait pas à trouver sur le serveur.
q. Le 5 mars 2019, A______ SA a accusé réception des certificats médicaux couvrant la période du 1er février au 15 mars 2019. Elle a indiqué à B______ que, compte tenu de son absence soudaine et de son importance pour la bonne marche de l'entreprise, elle avait vainement cherché à le joindre à plusieurs reprises pour organiser son travail en son absence. Inquiète de cette rupture de dialogue et de n’avoir trouvé aucune information/fichiers sur les espaces communs du système informatique, elle a informé son employé avoir pris la décision, pour des raisons de sécurité, de suspendre ses accès, à l’exception de sa boîte email et de l’accès à ses dossiers, précisant qu'ils seraient réactivés à son retour. Elle a déploré cette rupture de dialogue et a dit vouloir rester à sa disposition et son écoute.
r. Par courrier du 8 mars 2019, B______ a demandé à A______ SA de lui communiquer un répertoire sécurisé avec la liste des personnes autorisées où il puisse transférer les éléments de son répertoire personnel. Il a précisé que les fichiers et dossiers placés dans celui-ci l’avaient été suite à une décision de la direction visant à priver H______ de l’accès aux dites informations.
s. L______ a mis deux mois à retrouver les éléments nécessaires pour toute l’année 2018 et pour toutes les entités du groupe car les documents retrouvés n'étaient pas exploitables et il n'avait pas pu accéder à la partie du disque dur dévolue à B______, car il lui avait été impossible d’obtenir un accès administrateur pour les logiciels de comptabilité et de gestion. Il avait alors réévalué le budget et reconstitué la comptabilité sociale. A fin mai 2019, il avait consolidé les comptes du premier trimestre 2019. Il avait ensuite recruté une nouvelle équipe de controlling. Il n’avait pas fait appel à un spécialiste pour récupérer les données de B______ car il avait consacré trop de temps à rechercher ces données et elles n’étaient plus nécessaires suite à son travail de refonte des systèmes de gestion. L’absence de ces données avait quand même été préjudiciable aux activités de A______ SA en 2019.
t. Par courrier du 12 avril 2019, B______ a communiqué à A______ SA les raisons l'ayant conduit à son arrêt pour cause de maladie. Il a expliqué qu'après douze année de bons et loyaux services, il avait vécu la nomination de E______ au poste de directeur financier en 2017 comme une trahison ("événement, que je qualifie de trahison"). Ensuite, en août 2018, contre son avis, la direction générale avait pris une série de décisions et de mesures qui avaient eu comme résultat de provoquer le départ du responsable IT et la dislocation du service controlling. Après la mise à l'écart du directeur du controlling, il avait repris la production des reportings mensuels dès septembre 2018 ce qui avait provoqué une surcharge de travail considérable. Il avait, à plusieurs reprises, alerté la direction générale et des ressources humaines des risques importants que ces nouvelles orientations concernant les domaines IT et controlling pouvaient avoir, mais n'avait pas été entendu. Le service du contrôle de gestion avait également été décimé à cause des décisions incompréhensibles de la direction générale. Le 31 janvier 2019, il avait vécu comme une nouvelle trahison ("2ème et dernière trahison que je subirai dans cette société") l'engagement, sans son consentement, de L______ en qualité de nouveau directeur du contrôle de gestion. Il a également indiqué : "Je vous fais part, de mon désaccord et je me dissocie de toutes les décisions prises par la direction générale du groupe depuis septembre 2018", soit la mise en sommeil de la migration G______ vers le F______ et la refonte du système de pilotage de N______. Il a également affirmé que le COMEX, qui était une instance de gouvernance du groupe, ne remplissait pas sa fonction. Enfin, il a regretté que la direction générale ne veuille pas prendre en compte le fait que la société O______ SA ne serait jamais rentable et qu'il était urgent de stopper ce foyer de perte pour enclencher une nouvelle dynamique. Il a terminé son courrier en indiquant : "Je suis très inquiet pour la pérennité financière du groupe, il est urgent de réagir".
u. Le 24 avril 2019, I______ a répondu à B______ que les éléments mentionnés dans son courrier du 12 avril 2019 avaient attiré toute son attention, qu'ils lui appartenaient et constituaient son point de vue. Il ne souhaitait pas, à ce stade, y apporter une contradiction, soulevant toutefois que les points mentionnés étaient de la responsabilité et entraient pleinement dans les prérogatives de B______. Il lui a ensuite fait part de son incompréhension quant à sa rupture de dialogue suite à l’annonce de son arrêt-maladie depuis le 1er février 2019. Il a indiqué avoir essayé de le joindre à plusieurs reprises pour prendre de ses nouvelles et organiser son absence, relevant que l'absence impromptue d'un CFO était pénalisante pour la bonne marche de l'entreprise. La rupture du dialogue dont il avait fait preuve compliquait encore d'avantage la situation en raison de l'absence d'information sur les dossiers en cours, les budgets, les états financiers et en particulier la clôture et la révision des comptes 2018, qui avaient dû être réalisées sans aucun support de sa part. Il lui a signifié une rupture de confiance liée à l'abandon de son poste du jour au lendemain, amplifié par son absence de communication. Face à cette situation, et afin d'assurer la bonne marche de l'entreprise, le conseil d'administration avait pris la décision de recruter un nouveau CFO et un terme serait mis à leurs rapports de travail à l'issue du délai de protection.
v. Le nouveau CFO a débuté son activité en mai 2019.
w. Par courrier du 26 juin 2019, A______ SA a indiqué à B______ que les accès au serveur de l’entreprise qu’il avait communiqués avaient révélé « des fichiers quasiment vides ou sans intérêt » et lui a imparti un délai de septante-deux heures pour répondre à vingt questions concernant la gestion financière de différentes entités du groupe.
x. Le 2 juillet 2019, B______ a répondu à A______ SA que son état de santé ne lui permettait pas de répondre à ses demandes et lui a demandé de respecter son arrêt-maladie ainsi que sa personnalité, précisant qu'il répondrait aux questions posées dès que son état de santé le lui permettrait.
y. Dans un rapport établi le 19 juillet 2019, la Dresse P______, mandatée par l’assurance perte de gain maladie de A______ SA a diagnostiqué chez B______ un état anxiodépressif avec somatisation, trouble de l’adaptation, réaction mixte anxieuse et dépressive. Elle a indiqué que l’état de B______ avait été causé par plusieurs facteurs en lien avec son activité professionnelle et que pour des raisons médicales, B______ ne pourrait pas reprendre son activité auprès de A______ SA.
z. Par courrier du 23 juillet 2019, K______ a demandé à B______ de bien vouloir répondre à au moins deux des questions posées dans le courrier du 26 juin 2019, soit l’emplacement du fichier Excel correspondant au budget 2019 et les règles appliquées pour la mensualisation et la consolidation du budget 2019.
aa. Par courrier daté du 30 juillet 2019, remis à l’office postal le 2 août 2019 et reçu par B______ le 5 août 2019, A______ SA a résilié le contrat de travail de B______, avec effet au 31 janvier 2020.
ab. Par pli du 8 janvier 2020, B______ s’est opposé à son licenciement et a demandé le versement de ses bonus depuis 2011, pour un total de 153'325 fr.
ac. Par courrier du 30 janvier 2020, A______ SA a maintenu sa position et demandé à B______ de lui restituer le matériel qui avait été mis à sa disposition.
ad. A______ SA a versé à B______ son dernier salaire à fin janvier 2020.
Aucun certificat de travail final n'a été remis à B______.
ae. Le 31 janvier 2020, le médecin-traitant de B______ a établi un certificat médical attestant de sa pleine capacité de travail dès le 1er février 2020, "sauf pour A______ SA".
af. B______ travaille pour un nouvel employeur depuis le 1er mars 2020.
B. a. Par demande déposée en vue de conciliation auprès de la juridiction des prud'hommes le 3 mars 2020, déclarée non conciliée le 8 juin 2020 et introduite au fond le 8 septembre 2020, B______ a conclu à ce que A______ SA soit condamnée à lui payer 111'325 fr. bruts, plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2016, à titre de bonus pour les années 2014 à 2019 ainsi que pour les mois de janvier et février 2020, 15'166 fr. bruts, plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er mars 2020, à titre de salaire pour le mois de février 2020, part du 13ème salaire incluse, et 68'666 fr. 64 nets, plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er mars 2020 à titre d'indemnité pour licenciement abusif. Il a également sollicité la délivrance d'un certificat de travail conforme au projet produit sous pièce 20 de son chargé et à la condamnation de la société au paiement d'une amende de 100 fr. par jour d'inexécution en cas de non-délivrance.
A l'appui de ses conclusions, B______ a allégué que le versement du montant de 24'000 fr. par année convenu en sa faveur à compter du 1er janvier 2009 n'était soumis à aucune condition, de sorte qu'il constituait un élément de salaire auquel il avait droit.
A______ SA lui ayant adressé son congé le 2 août 2019, bien que le courrier ait été daté du 30 juillet 2019, les rapports de travail s’étaient terminés fin février 2020 compte tenu du délai de congé de six mois prévu par le contrat de travail, et non à la fin janvier 2020. La société devait donc lui verser l’entier de son salaire pour le mois de février 2020.
Son congé lui avait été donné abusivement dans la mesure où c'était en raison d'une incapacité de travail causée par son employeur, soit une pression et un environnement de travail toxique, qu'il avait été licencié. De plus, le congé faisait suite à son courrier du 12 avril 2019 par lequel il avait expliqué à son employeuse les raisons pour lesquelles il avait dû se retirer pour cause médicale et l'avait invitée à réagir urgemment.
Enfin, il avait toujours travaillé à la pleine et entière satisfaction de son employeur. Un certificat intermédiaire élogieux lui avait d’ailleurs été remis en mars 2017. La société devait donc lui délivrer un certificat de travail final similaire, conforme à son projet produit sous pièce 20 dem., indiquant notamment qu'il avait entretenu "d'excellentes relations professionnelles tant avec ses collègues qu'avec la direction générale et les administrateurs du groupe".
b. A______ SA a conclu au déboutement de B______ de l’ensemble de ses conclusions.
Elle a allégué que le bonus mentionné dans le contrat de travail était de nature discrétionnaire et que B______ n'ayant jamais réagi au non versement de l’entier du montant prévu à titre de bonus, et cela durant huit ans, même s’il fallait retenir que le contrat de travail introduisait une obligation de verser un montant annuel fixe de 24'000 fr., B______ avait accepté tacitement une modification du contrat.
Les faits allégués par B______ fondant sa prétendue violation de son obligation de protéger sa personnalité n’étaient pas établis. L’arrêt-maladie de B______ était dû, selon le diagnostic médical, à un trouble de l’adaptation. En réalité, cette difficulté provenait, d’une part, de la nomination d’un autre directeur financier lors du rachat de la société D______ SA et, d’autre part, de l’engagement de L______ comme contrôleur de gestion. B______ avait qualifié ces deux évènements de trahisons alors que ces décisions étaient justifiées. Par ailleurs, durant son arrêt-maladie, B______ lui avait refusé l’accès à des documents qui lui étaient nécessaires. Enfin, lorsqu'il avait expressément déclaré, dans son courrier du 12 avril 2019, se dissocier de toutes les décisions prises par la société depuis septembre 2018, cela avait provoqué une rupture des liens de confiance.
En ce qui concernait le certificat de travail, A______ SA considérait que B______ n’avait pas donné satisfaction, l’avait traitée de traître et avait fait sécession dans l’entreprise, ce qui excluait la délivrance du certificat selon les termes sollicités.
c. A l'issue de l'administration des preuves, lors de l'audience du 18 mai 2022 du Tribunal, les parties ont plaidé et persisté dans leurs conclusions puis le Tribunal a gardé la cause à juger.
C. Par jugement JTPH/227/2022 du 13 juillet 2022, le Tribunal des prud'hommes, après avoir déclaré la demande formée par B______ recevable (ch. 1 du dispositif), a condamné A______ SA à verser à B______ les sommes brutes de 24'000 fr. avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 1er janvier 2015 (ch. 2), 17'825 fr. avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 1er janvier 2016 (ch. 3), 14'000 fr. avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 1er janvier 2017 (ch. 4), 23'500 fr. avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 1er janvier 2018 (ch. 5), 4'000 fr. avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 1er janvier 2019 (ch. 6), 24'000 fr. avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 1er janvier 2020 (ch. 7), 19'166 fr. (soit 15'166 fr. + 4'000 fr.) avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 1er mars 2020 (ch. 8), invité la partie qui en avait la charge à opérer les déductions sociales et légales usuelles (ch. 9), condamné A______ SA à verser à B______ la somme nette de 50'000 fr. avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 1er mars 2020 (ch. 10), ordonné à A______ SA de remettre à B______ un certificat de travail au contenu correspondant au projet produit sous pièce 20 dem. (ch. 11), débouté les parties de toute autre conclusion (ch. 12), arrêté les frais de la procédure à 2'001 fr. 60 (ch. 13), les a mis la charge de A______ SA (ch. 14), les a compensés partiellement avec l'avance de frais de 1'950 fr. effectuée par B______ qui restait acquise à l'Etat de Genève (ch. 5), a condamné A______ SA à verser la somme de 51 fr. 60 aux Services financiers du Pouvoir judiciaire de l'Etat de Genève (ch. 16) et à verser 1'950 fr. à B______ (ch. 17), dit qu'il n'était pas alloué de dépens (ch. 18) et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 19).
Le Tribunal a considéré que, le congé ayant été notifié à B______ le 5 août 2019, les rapports de travail avaient pris fin au 29 février 2020 de sorte qu'il avait doit à son salaire pour le mois de février 2020, soit un montant de 15'166 fr., part au 13ème salaire incluse, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 2020.
Il a, par ailleurs, retenu que le contrat de travail prévoyait le versement d’un élément de salaire fixe de 24'000 fr. par année, puisque ce versement n'était soumis à aucune condition, à compter du 1er janvier 2009 et que ce point n’avait fait l’objet d’aucune modification, l'employeuse n'ayant notamment pas annoncé à l'employé qu'elle entendait modifier le contrat de travail en sa défaveur et une acceptation tacite d'une modification du contrat étant exclue puisque l'employeur n'avait entre autre pas purement et simplement supprimé le montant mais avait versé des montants variables. B______ était donc en droit de percevoir l'entier de la somme de 24'000 fr. prévue contractuellement, soit notamment 4'000 fr. pour l'année 2020.
En outre, le Tribunal a considéré que le licenciement donné à B______ était abusif dès lors que le motif invoqué par A______ SA, soit la rupture de dialogue, voire l’abandon de poste, paraissait infondé et, partant, fictif. L'autre motif invoqué par l'employeuse en cours de procédure, soit l'opposition de B______ à sa hiérarchie n'apparaissait également pas fondé car elle n'en avait pas fait mention dans le courrier du 24 avril 2019, alors même qu'elle juge ce comportement inacceptable et qu'elle avait annoncé ne pas vouloir entrer en matière sur ces propos. Les premiers juges ont retenu qu'il était en revanche plausible que B______ ait été licencié à la suite de son incapacité de travail. Or, celle-ci avait été causée par ses conditions de travail, et en particulier la surcharge de travail et l’ambiance tendue, lesquelles étaient propres à causer un stress important pouvant entraîner une dépression et une incapacité de travail. Or, l'employeuse n'avait pas démontré ou allégué avoir pris des mesures pour améliorer la situation. L’existence d’un congé-représailles apparaissait également plausible dès lors que le licenciement avait eu lieu après le pli de l'employé dans lequel il faisait valoir des prétentions découlant du contrat de travail, à savoir qu'il demandait à son employeuse de réagir concernant ses conditions de travail. Enfin, l'employeuse avait manqué d’égards envers B______ durant le processus de licenciement, car il s'était vu annoncer celui-ci en période d’incapacité de travail et alors qu’il était encore protégé contre les congés en temps inopportun. En outre, l'employeuse lui avait transmis une certaine quantité de questions techniques avec un délai extrêmement bref pour répondre alors qu’il se trouvait en incapacité de travail. Une indemnité pour licenciement abusif correspondant à trois mois de salaire paraissait adéquate.
Enfin, s'agissant du certificat de travail, les premiers juges ont considéré que les éléments mentionnés dans le projet de certificat de travail produit sous pièce 20 dem. pouvaient être intégralement repris dans le certificat de travail. Ils ont notamment retenu qu'aucun témoin ni représentant de l'employeuse n'avaient déclaré avoir eu de mauvaises relations avec lui.
D. a. Par acte expédié le 14 septembre 2022 à la Cour de justice (ci-après : la Cour), A______ SA a appelé de ce jugement, qu'elle a reçu le 14 juillet 2022. Elle a conclu à son annulation, à ce qu'il lui soit donné acte de ce qu'elle admettait devoir à B______ la somme de 15'166 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 2020 – soit le salaire de celui-ci pour le mois de février 2020 – et de ce qu'elle admettait devoir délivrer à B______ un certificat de travail dans la teneur figurant à la pièce 20 dem., sous réserve que le membre de phrase "d'excellentes relations professionnelles tant avec ses collègues qu'avec la direction générale et les administrateurs du groupe" soit remplacé par "d'excellentes relations professionnelles avec ses collègues", B______ devant être débouté de toutes ses autres conclusions, sous suite de frais judiciaires et dépens.
b. Dans sa réponse du 8 novembre 2022, B______ a conclu au rejet de l'appel, sous suite de frais judiciaires et dépens.
c. Dans leurs réplique et duplique, les parties ont persisté dans leurs conclusions respectives.
d. Par avis du 13 février 2023, les parties ont été informées de ce que la cause était gardée à juger.
EN DROIT
1.2 La Cour revoit la cause en fait et en droit avec un plein pouvoir d'examen (art. 310 CPC). En particulier, elle contrôle librement l'appréciation des preuves effectuées par le juge de première instance et vérifie si celui-ci pouvait admettre les faits qu'il a retenus (art. 157 CPC en lien avec l'art. 310 let. b CPC; ATF 138 III 374 consid. 4.3.1).
Hormis les cas de vices manifestes, la Cour doit en principe se limiter à statuer sur les critiques formulées dans la motivation écrite contre la décision de première instance (ATF 142 III 413 consid. 2.2.4; arrêt du Tribunal fédéral 5A_111/2016 du 6 septembre 2016 consid. 5.3).
1.3 La valeur litigieuse étant supérieure à 30'000 fr., la présente procédure est soumise aux maximes des débats et de disposition (art. 55 CPC cum 247 al. 2 let. b ch. 2 CPC et 58 CPC). La procédure ordinaire est applicable (art. 219 et 243 CPC).
Il n'est pas contesté que les parties étaient liées par un contrat de travail au sens des art. 319 ss CO.
Bien que concluant à l'annulation du chiffre 8 du dispositif du jugement, l'appelante reconnait désormais que le contrat de travail entre les parties a pris fin au 29 février 2020 et ainsi devoir à l'intimé la somme de 15'166 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 2020, correspondant à son salaire pour le mois de février 2020.
Par conséquent, le chiffre 8 du dispositif du jugement sera confirmé à hauteur de 15'166 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 2020, le sort du solde, relatif au "bonus", étant examiné ci-après (cf. infra ch. 4).
4.1.1 Par le contrat individuel de travail, le travailleur s'engage, pour une durée déterminée ou indéterminée, à travailler au service de l'employeur et celui-ci à payer un salaire fixe d'après le temps ou le travail fourni (art. 319 al. 1 CO).
Le salaire est la rémunération que l’employeur est tenu de verser au travailleur pour les prestations ou le temps que celui-ci a consacré à son service. En principe, la rémunération est fixée dans le contrat individuel de travail (art. 322 CO).
La gratification est une rétribution spéciale versée par l’employeur en sus du salaire habituel à certaines occasions (art. 322d al. 1 CO).
Le droit suisse ne contient aucune disposition qui traite spécifiquement du "bonus" (ATF 145 V 188 consid. 5.2.2; 141 III 407 consid. 4.1). Il convient donc de déterminer, dans chaque situation et en fonction de la volonté des parties au moment de la signature du contrat et/ou lors des rapports de travail, s’il s’agit d’un élément du salaire (art. 322 CO) ou d’une gratification (art. 322d CO).
Savoir si les parties ont convenu d'un "bonus" déterminé ou objectivement déterminable et, partant, d'un salaire variable (art. 322a CO) ou, au contraire, d'un "bonus" indéterminé ou objectivement indéterminable et, partant, d'une gratification (art. 322d CO) est affaire d'interprétation de leurs manifestations de volonté, selon les principes jurisprudentiels usuels (arrêt du Tribunal fédéral 4A_230/2019 du 20 septembre 2019 consid. 4.1).
4.1.2 En droit suisse des contrats, la question de savoir si les parties ont conclu un accord est soumise au principe de la priorité de la volonté subjective sur la volonté objective. Lorsque les parties se sont exprimées de manière concordante, qu'elles se sont effectivement comprises et, partant, ont voulu se lier, il y a accord de fait. Si au contraire, alors qu'elles se sont comprises, elles ne sont pas parvenues à s'entendre, ce dont elles étaient d'emblée conscientes, il y a un désaccord patent et le contrat n'est pas conclu. Enfin, si les parties se sont exprimées de manière concordante, mais que l'une ou les deux n'ont pas compris la volonté interne de l'autre, ce dont elles n'étaient pas conscientes dès le début, il y a désaccord latent et le contrat est conclu dans le sens objectif que l'on peut donner à leurs déclarations de volonté selon le principe de la confiance; en pareil cas, l'accord est de droit (ou normatif) (ATF 144 III 93 consid. 5.2.1; 123 III 35 consid. 2b; arrêt du Tribunal fédéral 4A_643/2020 du 22 octobre 2021 consid. 4.1).
En procédure, le juge doit donc rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (art. 18 al. 1 CO ; interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices, sans s'arrêter aux expressions et dénominations inexactes dont elles ont pu se servir soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (art. 18 al. 1 CO; ATF 142 III 239 consid. 5.2.1; arrêt du Tribunal fédéral 4A_431/2019 du 27 février 2020 consid. 5.1). Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté réelle des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes (ATF 144 III 93 consid. 5.2.1; arrêt du Tribunal fédéral 4A_643/2020 du 22 octobre 2021 consid. 4.2.1). Cette interprétation subjective repose sur l'appréciation des preuves. Si elle s'avère concluante, le résultat qui en est tiré, c'est-à-dire la constatation d'une commune et réelle intention des parties, relève du domaine des faits (ATF 142 III 239 consid. 5.2.1; arrêt du Tribunal fédéral 4A_411/2020 du 9 février 2021 consid. 3.1.3 et les arrêts cités).
Si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre. Il s'agit d'une interprétation selon le principe de la confiance. Le principe de la confiance permet d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (ATF 144 III 93 consid. 5.2.3; arrêts du Tribunal fédéral 4A_411/2020 du 9 février 2021 consid. 3.1.3 et les arrêts cités et 4A_643/2020 du 22 octobre 2021 consid 4.2.2).
4.2 En l'espèce, il convient donc en premier lieu de rechercher quelle était la réelle et commune intention des parties concernant le "bonus" de 24'000 fr. figurant dans le contrat du 5 janvier 2009.
Indépendamment du libellé du contrat, qui prévoit "à cela s'ajoute un bonus fixé à 24'000 fr.", le comportement de l'appelante tout au long de la relation contractuelle permet de tenir pour établi qu'elle avait la volonté de verser, de manière discrétionnaire, une somme maximum de 24'000 fr. par année à l'intimé à titre de gratification au sens de l'art. 322d CC. En effet, hormis en 2009 et 2010 où l'appelante a versé 24'000 fr., et même 29'000 fr. en 2009, à l'intimé, dès l'année 2011 l'appelante n'a plus jamais payé la totalité de ce montant, voire n'a rien versé. Elle n'a, en outre, jamais communiqué à l'intimé quels étaient les critères sur lesquels elle s'était fondée pour calculer le montant des "bonus" versés, ou pour renoncer à tout versement, ce qui confirme qu'elle estimait qu'il s'agissait là d'un geste discrétionnaire sur lequel elle n'avait pas à donner d'explication. Le fait que l'appelante n'ait pas annoncé à l'intimé qu'elle entendait modifier le contrat de travail dans le sens d'une réduction de sa rémunération permet également de retenir qu'elle ne considérait pas cette annonce comme nécessaire, ce qui implique que, pour elle, le "bonus" n'était pas un élément du salaire contractuel.
Pour sa part, l'intimé ne s'est jamais prononcé sur la manière dont il avait compris la clause litigieuse lors de la conclusion du contrat. Tout au long de la procédure, il s'est limité à plaider que la clause était claire et sans condition de sorte qu'il avait droit au montant annuel de 24'000 fr. Toutefois, son comportement au cours des douze années de relations contractuelles permet de retenir qu'il avait compris et accepté, lors de la conclusion du contrat du 5 janvier 2009, que le versement du montant de 24'000 fr. était laissé à l'entière discrétion de l'appelante. En effet, alors même que l'appelante ne lui a jamais indiqué vouloir modifier le contenu du contrat, il ne lui a jamais reproché de ne pas lui avoir versé la totalité de 24'000 fr. entre 2011 et 2019. Si l'intimé avait réellement compris lors de la conclusion du contrat qu'il s'agissait d'un élément de son salaire devant lui être versé sans condition, il aurait alors, dès la première fois où l'appelante ne lui a pas versé la totalité des 24'000 fr., interpellé celle-ci pour lui réclamer le solde dû.
Par conséquent, bien que le contrat de travail du 5 janvier 2009 ait été maladroitement rédigé, il faut retenir au vu de leur comportement postérieur que la volonté réelle et commune des parties était qu'un montant pouvant atteindre 24'000 fr. par année soit versé par l'appelante à l'intimé de manière discrétionnaire.
Par surabondance, il sera relevé que le salaire de base de l'intimé a été régulièrement augmenté de manière tacite, aucune modification écrite du contrat du 5 janvier 2009 n'ayant été produite, sans que le travailleur ne s'en soit plaint, si bien que sa rémunération globale a toujours été supérieure à ce qui a été convenu dans le contrat du 5 janvier 2009, soit une salaire annuel brut de 157'900 fr. (10'300 fr. x 13 + 24'000 fr.). En effet, l'intimé a perçu un salaire annuel brut de 159'006 fr. (11'462 fr. x 13 + 10'000 fr.) en 2011, 180'550 fr. (12'350 fr. x 13 + 10'000 fr.) en 2012 et 2013, 160'550 fr. (12'350 fr. x 13) en 2014, 166'725 fr. (12'350 fr. x 13 + 6'175) en 2015, 179'000 fr. (13'000 fr. x 13 + 10'000 fr.) en 2016, 169'400 fr. (13'000 fr. x 13 + 400 fr.) en 2017, 202'000 fr. (14'000 fr. x 13 + 20'000 fr.) en 2018 et 182'000 fr. (14'000 fr. x 13) en 2019 et 2020 au prorata pour les mois de janvier et février.
Par conséquent, les chiffres 2 à 7, et le chiffre 8 à concurrence de 4'000 fr., du dispositif du jugement seront annulés et l'intimé sera débouté de ses conclusions en paiement d'un complément de bonus pour les années 2014 à 2020.
5.1.1 Selon l’art. 335 al. 1 CO, le contrat de travail conclu pour une durée indéterminée peut être résilié par chacune des parties. Celles-ci sont en principe libres de résilier le contrat sans motif particulier. Toutefois, le droit de mettre unilatéralement fin au contrat est limité par les dispositions sur le congé abusif au sens des art. 336 ss CO (ATF 136 III 513 consid. 2.3; arrêt du Tribunal fédéral 4A_215/2022 du 23 août 2022 consid. 4.1 et les arrêts cités).
5.1.2 La violation de ses obligations contractuelles par le travailleur est un motif légitime de licenciement.
A raison de son obligation de fidélité, le travailleur doit sauvegarder les intérêts légitimes de son employeur (art. 321a al. 1 CO).
Découlant de l'application du principe de la bonne foi, cette obligation impose au travailleur de s'abstenir de tout comportement susceptible de léser l'employeur dans ses intérêts légitimes. Elle comporte aussi, selon les circonstances et les responsabilités du travailleur, un devoir d'informer et de renseigner l'employeur afin que celui-ci puisse prendre toutes les mesures nécessaires au bon déroulement du travail (arrêt du Tribunal fédéral 4A_287/2017 du 13 octobre 2017 consid. 4.2.2). Les rapports de confiance sont à la base du contrat de travail et si ceux-ci sont ébranlés ou détruits, notamment en raison de la violation du devoir de fidélité du travailleur, ils peuvent même aller jusqu'à légitimer la cessation immédiate des rapports de travail (ATF 127 III 87 consid. 2c et les arrêts cités). Le devoir de fidélité persiste jusqu'à la fin du contrat de travail (ATF 128 III 271 consid. 4a).
Le respect du devoir de fidélité est apprécié avec une rigueur accrue pour les cadres supérieurs (ATF 127 III 86 consid. 2c), compte tenu du crédit particulier et de la responsabilité que leur confère leur fonction dans l'entreprise. Il a ainsi été jugé qu'un cadre qui manifestait clairement son intention de changer d'emploi aussi vite que possible peu après le début de son contrat de travail violait son devoir de fidélité (ATF 117 II 560 consid. 3a).
5.1.3 L'art. 336 al. 1 et 2 CO énumère des cas dans lesquels la résiliation est abusive.
Selon l’art. 336 al. 1 let. a CO, le congé est abusif lorsqu’il est donné par une partie pour une raison inhérente à la personnalité de l’autre partie, à moins que cette raison n’ait un lien avec le rapport de travail ou ne porte sur un point essentiel un préjudice grave au travail dans l’entreprise (ATF 127 III 86 consid. 2a citant Zoss, La résiliation abusive du contrat de travail, thèse, Lausanne, 1996, p. 173). La maladie est une raison inhérente à la personnalité au sens de la disposition précitée. Toutefois, si elle porte atteinte à la capacité de travail, la maladie n’est pas considérée comme une cause abusive de résiliation. Ainsi, la résiliation des rapports de travail en raison d’une incapacité prolongée perdurant au-delà du délai de protection de l’art. 336c CO n’est pas abusive, à moins notamment que l’incapacité ne trouve sa cause dans une violation de ses obligations par l’employeur (ATF 123 III 246 consid. 5; arrêt du Tribunal fédéral 4A_215/2022 du 23 août 2022 consid. 4.1 et les arrêts cités).
Est également abusif le congé donné par une partie parce que l'autre partie fait valoir de bonne foi des prétentions résultant du contrat de travail (art. 336 al. 1 let. d CO). Le fait que l'employé se plaigne d'une atteinte à sa personnalité ou à sa santé et sollicite la protection de l'employeur peut constituer une telle prétention (cf. art. 328 CO) (arrêt 4A_42/2018 du 5 décembre 2018 consid. 3.1). L'émission de ces prétentions doit avoir joué un rôle causal dans la décision de licenciement; à tout le moins doit-il s'agir du motif déterminant (ATF 136 III 513 consid. 2.6; arrêt 4A_310/2019 du 10 juin 2020 consid. 5.2).
Enfin, l'abus peut également résulter des modalités du licenciement. La partie qui veut mettre fin au contrat, même pour un motif légitime, doit exercer son droit avec des égards et s'abstenir de tout comportement biaisé ou trompeur. Une violation manifeste du devoir imposé par l'art. 328 al. 1 CO, en relation avec le licenciement, peut caractériser l'abus. Par contre, un comportement de l'employeur simplement discourtois ou indélicat est insuffisant car il ne ressortit pas à l'ordre juridique de sanctionner ces attitudes (arrêts du Tribunal fédéral 4A_50/2020 du 1er juillet 2020 consid. 2; 4A_240/2017 du 14 février 2018 consid. 3).
5.1.4 Pour dire si un congé est abusif, il faut se fonder sur son motif réel (ATF 136 III 513 consid. 2.3 ; arrêt du Tribunal fédéral 4A_368/2022 du 18 octobre 2022 consid. 3.1.2 et les références citées).
Pour qu'un congé soit abusif, il doit exister un lien de causalité entre le motif répréhensible et le licenciement. En d'autres termes, il faut que le motif illicite ait joué un rôle déterminant dans la décision de l'employeur de résilier le contrat. Lorsque plusieurs motifs de congé entrent en jeu et que l'un d'eux n'est pas digne de protection, il convient de déterminer si, sans le motif illicite, le contrat aurait tout de même été résilié: si tel est le cas, le congé n'est pas abusif (arrêt du Tribunal fédéral 4A_215/2022 du 23 août 2022 consid. 4.1 et les arrêts cités).
5.1.5 En application de l'art. 8 CC, c'est à la partie qui a reçu son congé de démontrer que celui-ci est abusif. Le travailleur doit établir le motif abusif, ainsi que le lien de causalité entre le motif abusif et la résiliation (arrêt du Tribunal fédéral 4A_240/2017 consid. 3). La jurisprudence a toutefois tenu compte des difficultés qu'il peut y avoir à apporter la preuve d'un élément subjectif, à savoir le motif réel de celui qui donne le congé. Le juge peut ainsi présumer en fait l'existence d'un congé abusif lorsque l'employé parvient à présenter des indices suffisants pour faire apparaître comme non réel le motif avancé par l'employeur. Si elle facilite la preuve, cette présomption de fait n'a pas pour résultat d'en renverser le fardeau. Elle constitue, en définitive, une forme de «preuve par indices». De son côté, l'employeur ne peut rester inactif; il n'a pas d'autre issue que de fournir des preuves à l'appui de ses propres allégations quant au motif du congé (ATF 130 III 699 consid. 4.1; arrêt du Tribunal fédéral 4A_368/2022 du 18 octobre 2022 consid. 3.1.2).
La résiliation n'a pas besoin d'être motivée pour être valable (art. 335 al. 2 CO ; ATF 125 III 70 consid. 2a). Ainsi, même en cas d'absence de motivation du congé, de motivation fausse ou incomplète, la motivation mensongère en tant que telle ne constituant pas un abus de droit, le fardeau de l'allégation et de la preuve reste à la charge du travailleur qui invoque le caractère abusif du congé (ATF 121 III 60 consid. 3c ; arrêt du Tribunal fédéral 4A_39/2023 du 14 février 2023 consid. 5).
5.2.1 En l'espèce, dans sa demande, l'intimé a fait valoir que le motif réel de son licenciement n'était pas une rupture des liens de confiance comme allégué par l'appelante mais le fait qu'il était en arrêt maladie et qu'il avait fait valoir des prétentions découlant du contrat de travail.
La décision de licencier l'intimé ayant été prise par l'appelante dès le 24 avril 2019, même si le licenciement n'a été valablement notifié à l'intimé qu'à la fin de la période de protection, seuls les événements antérieurs au 24 avril 2019 peuvent être mis en lien de causalité avec le licenciement de l'intimé.
5.2.2 Le Tribunal a retenu qu'il n'apparaissait pas fondé que l'appelante ait licencié l'intimé car il s'était opposé à sa hiérarchie dès lors que dans son courrier du 24 avril 2019 elle avait annoncé ne pas vouloir entrer en matière sur les propos tenus par l'intimé dans son courrier du 12 avril 2019 et n'avait pas justifié le licenciement de l'intimé par son opposition dans ce même courrier. Dès lors qu'un licenciement donné pour une raison valable n'a pas à être motivé, il n'est en soi pas suffisant que l'appelante n'ait pas fait mention du contenu du courrier du 12 avril 2019 de l'intimé lorsqu'elle lui a annoncé son intention de le licencier pour que l'on puisse retenir qu'il ne s'agirait pas là du, ou d'un, motif ayant réellement conduit au licenciement de l'intimé. A juste titre, l'appelante fait valoir qu'elle ne pouvait plus garder l'intimé à son service après que celui-ci lui ait clairement exprimé qu'il n'adhérait plus depuis plusieurs mois à la politique de l'entreprise. Outre que le contenu du courrier du 12 avril 2019 pourrait laisser penser que l'intimé n'avait plus l'intention de retourner travailler pour l'appelante ("2ème et dernière trahison que je subirai dans cette société"), l'intimé a indiqué ouvertement à l'appelante qu'il était désormais, et déjà depuis quelques mois, en désaccord sur sa manière de diriger la société, ce qui était propre à faire perdre à l'appelante la confiance qu'elle avait placée dans l'intimé. En effet, ce dernier n'étant pas un simple employé, mais un cadre supérieur de la société amené à mettre en application la politique du conseil d'administration, il était légitime que l'appelante attende de celui qui occupe le poste de CFO qu'il adhère à ses choix, qu'ils soient bons ou mauvais, afin de les appliquer. Le contenu du courrier du 12 avril 2019 de l'intimé était donc objectivement de nature à rompre le lien de confiance que l'appelante avait envers lui jusqu'alors.
Par ailleurs, contrairement à ce qu'a retenu le Tribunal, c'est à juste titre que l'appelante s'est permise de prendre contact avec l'intimé pour savoir où se trouvaient les reportings 2018. L'intimé a, en effet, cessé de travailler du jour au lendemain, de sorte que la reprise de son activité n'a pas pu être organisée. L'appelante a commencé par tenter de retrouver les données nécessaires à son activité sans l'aide de l'intimé. Or, il s'est avéré que si en théorie toutes les données auraient dû être accessibles sur le serveur, une partie d'entre elles avaient été stockées par l'intimé dans une partie privée, ce qui ne lui est pas reproché. C'est alors que l'appelante a tenté de prendre contact avec l'intimé pour savoir où se trouvaient les reportings 2018. Sachant que les informations étaient sur son serveur privé et étant toujours lié par un devoir de fidélité, l'intimé aurait dû – dans la mesure où son état de santé le lui permettait, ce dont l'appelante n'avait pas de raison de douter et qui n'est pas démenti par les éléments du dossier – répondre à cette demande, en soi légitime et non disproportionnée. Même si les informations auraient pu être récupérées par un informaticien-administrateur, c'est à bon droit que l'appelante a demandé à l'intimé s'il pouvait lui transmettre les informations situées dans sa partie privée, car ce dernier aurait pu lui reprocher par la suite d'y avoir pénétré sans son autorisation. Par conséquent, il ne peut pas être fait grief à l'appelante d'avoir pris contact avec l'intimé et c'est à juste titre que l'appelante reproche à ce dernier d'avoir cessé toute communication en violation de son devoir de fidélité puisque ce silence a eu pour conséquence d'entraver son activité.
Compte tenu de ce qui précède, les motifs avancés par l'appelante ayant conduit au licenciement de l'intimé sont réels et peuvent être mis en lien avec le licenciement de l'intimé, compte tenu notamment de leur proximité temporelle.
5.2.3 Au contraire, les motifs avancés par l'intimé, qui constitueraient selon lui les véritables motifs de son licenciement, ne peuvent être mis en lien de causalité avec celui-ci.
Tout d'abord, c'est à tort que les premiers juges ont considéré que dans son courrier du 12 avril 2019 l'intimé avait formulé des prétentions découlant de son contrat de travail. Dans ce pli, l'intimé s'est pour l'essentiel attaché à critiquer la manière dont était dirigée l'entreprise et a dit regretter que les organes de son employeuse ne l'aient pas écouté ou pris son avis sur certains nombres de décisions. Il n'a formulé aucune demande en lien avec ses conditions de travail. Il n'a notamment pas demandé à ce que du personnel supplémentaire soit engagé ou fait valoir qu'il n'entendait plus travailler autant qu'avant. Par ailleurs, les demandes de l'intimé tendant à ce que sa personnalité soit respectée, à savoir qu'on cesse de le contacter pendant son absence pour cause de maladie, ont été émises postérieurement au 24 avril 2019, de sorte qu'un lien de causalité avec son licenciement doit être nié.
En outre, rien ne permet de retenir que l'appelante aurait licencié l'intimé en raison de son absence pour cause de maladie si celui-ci n'avait pas écrit le courrier du 12 avril 2019. En effet, le 5 mars 2019, l'appelante indiquait encore à l'intimé qu'elle réactiverait ses accès à son retour. C'est donc bien en raison de la rupture des rapports de confiance et non de l'absence de l'intimé que son licenciement lui a été signifié. Dès lors, point n'est besoin d'examiner si c'est par la faute de l'appelante que l'intimé s'est trouvé en incapacité de travail.
5.2.4 Enfin, la manière dont l'appelante a procédé au licenciement de l'intimé n'est pas critiquable. Contrairement à ce qu'ont retenu les premiers juges, l'intimé ne s'est pas vu annoncer son licenciement alors qu'il était encore protégé contre les congés inopportuns puisque l'appelante a justement indiqué que son contrat ne serait résilié qu'à la fin de cette période de protection. On ne voit pas pour le surplus que l'annonce de la résiliation à venir aurait été plus difficile à recevoir par l'intimé que l'aurait été une résiliation donnée abruptement une fois la période de protection écoulée; le mode de communication privilégié par l'appelante avait à cet égard le mérite de ne pas entretenir l'intimé dans une situation incertaine et de lui permettre, s'il le souhaitait, d'entreprendre directement des démarches afin de retrouver le moment venu un nouvel emploi. Enfin, le fait que l'appelante ait demandé à l'intimé de lui transmettre des renseignements alors qu'il se trouvait en incapacité de travail ne trouve aucun lien avec la manière dont il a été licencié, l'intimé continuant d'être lié par ses obligations jusqu'à la fin des rapports de travail.
Par conséquent, la manière dont le congé a été donné à l'intimé ne permet pas de qualifier le licenciement d'abusif.
5.3 Compte tenu de ce qui précède, l'appelante possédait un, voire deux, motifs légitimes de mettre fin à sa collaboration avec l'intimé, de sorte que le licenciement de celui-ci n'est pas abusif.
Par conséquent, le chiffre 10 du dispositif du jugement querellé sera annulé et l'intimé sera débouté de ses conclusions en versement d'une indemnité pour licenciement abusif.
6.1 Selon l'art. 330a al. 1er CO, le travailleur peut demandeur en tout temps à l'employeur un certificat de travail portant sur la nature et la durée des rapports de travail, ainsi que sur la qualité de son travail et sa conduite.
Dans un certificat de travail complet, l’employeur doit apprécier la conduite du travailleur. On entend par là le comportement (terme utilisé dans la version allemande) au travail, ce qui comprend les relations et l’attitude du travailleur avec les supérieurs hiérarchiques, les collègues, les fournisseurs ou encore les clients, mais aussi la ponctualité, par exemple (Ordolli, CR CO I, 2021, n. 18 ad art. 330a CO).
Pour ce qui est des appréciations que supposent nécessairement les indications sur la qualité du travail et la conduite du travailleur, le certificat doit répondre à un certain nombre de principes qui découlent de sa finalité, respectivement de sa double finalité. D'une part, le certificat de travail est destiné à favoriser l'avenir économique du travailleur; à ce titre il doit être rédigé de manière bienveillante. D'autre part, il doit donner à de futurs employeurs une image aussi fidèle que possible des activités, des prestations et du comportement du travailleur; à ce titre, il doit être véridique et complet (ATF 136 III 510 in JdT 2010 I 437).
6.2 En l'espèce, l'appelante fait valoir qu'il ne peut être indiqué dans le certificat de travail que l'intimé a entretenu d'excellentes relations professionnelles avec la direction générale et les administrateurs du groupe dès lors que l'intimé l'a traitée de traitresse et a refusé de suivre ses instructions.
Contrairement à ce que plaide l'appelante, le fait que l'intimé lui ait fait part de son sentiment de trahison et qu'il n'était pas d'accord avec les décisions prises par la direction – sans toutefois qu'il soit avéré qu'il n'a pas suivi les instructions qui lui ont été données – ne permet pas de considérer que l'intimé n'a pas eu d'excellentes relations professionnelles avec la direction générale et les administrateurs du groupe pendant l'exécution du contrat. En effet, le comportement de l'intimé a été exempt de reproche pendant plus de dix ans d'activité. Par conséquent, le seul fait que l'intimé se soit ouvert à sa hiérarchie quant aux raisons de son absence, que ces raisons soient fondées ou non, ne permet pas de retenir que, globalement, ses relations n'étaient pas excellentes avec sa hiérarchie.
La teneur du certificat de travail dont la délivrance a été ordonnée est donc conforme à la réalité et le jugement doit être confirmé sur ce point.
En l'occurrence, le Tribunal a arrêté les frais judiciaires à 2'001 fr. 60 compte tenu de la valeur litigieuse supérieure à 75'000 fr. (art. 69 RTFMC), ce qui n'est pas critiqué en appel. Ils seront mis à hauteur de 1'800 fr. à la charge de l'intimé qui succombe majoritairement (art. 106 al. 1 CPC) aux termes du présent arrêt, n'ayant eu gain de cause que sur ses prétentions salariales pour le mois de février 2020 et l'établissement de son certificat de travail d'une valeur litigieuse symbolique de 1 fr. Par conséquent, les chiffres 14, 16 et 17 du dispositif du jugement seront annulés et l'appelante sera condamnée à verser 51 fr. 60 aux Services financiers du Pouvoir judiciaire de l'Etat de Genève et 150 fr. à l'intimé.
S'agissant d'un litige de droit du travail, c'est à raison que le Tribunal n'a pas alloué de dépens de première instance (art. 22 al. 2 LaCC).
7.2 En raison de la valeur litigieuse supérieure à 50'000 fr., des frais judiciaires doivent également être perçus pour la procédure d'appel (art. 114 let. c cum 116 al. 1 CPC; art. 19 al. 3 let. c LaCC; art. 71 RTFMC).
Ils seront arrêtés à 1'600 fr. (art. 71 RTFMC) et compensés avec l'avance du même montant effectuée par l'appelante, qui reste acquise à l'Etat de Genève (art. 111 al. 1 CPC). Compte tenu de l'issue du litige, ils seront mis intégralement à la charge de l'intimé à hauteur de 1'600 fr. et celui-ci sera condamné à verser ce montant à l'appelante au titre de remboursement des frais judiciaires d'appel (art. 111 al. 2 CPC).
Il ne sera pour le surplus pas alloué de dépens d'appel (art. 22 al. 2 LaCC).
PAR CES MOTIFS, La Chambre des prud'hommes :
A la forme :
Déclare recevable l'appel interjeté le 14 septembre 2022 par A______ SA contre le jugement JTPH/227/2022 rendu le 13 juillet 2022 par le Tribunal des prud'hommes dans la cause C/4853/2020.
Au fond :
Annule les chiffres 2 à 8, 10 et 14, 16 et 17 du dispositif du jugement entrepris et statuant à nouveau :
Donne acte à A______ SA de son engagement à verser à B______ la somme de 15'166 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 2020, l'y condamnant en tant que de besoin.
Met les frais judiciaires de première instance, arrêtés à 2'001 fr. 60 et compensés à hauteur de 1'950 fr. avec l'avance de frais de même montant versée par B______, à la charge de B______ à hauteur de 1'800 fr.
Condamne A______ SA à verser 51 fr. 60 aux Services financiers du Pouvoir judiciaire à titre de solde des frais judiciaires de première instance et 150 fr. à B______ au titre de frais judiciaires de première instance.
Confirme le jugement entrepris pour le surplus.
Déboute les parties de toutes autres conclusions.
Sur les frais d'appel :
Arrête les frais judiciaires d'appel à 1'600 fr., les met à la charge de B______ à hauteur de 1'600 fr. et les compense avec l'avance effectuée par A______ SA qui reste acquise à l'Etat de Genève.
Condamne B______ à verser 1'600 fr. à A______ SA au titre des frais judiciaires d'appel.
Dit qu'il n'est pas alloué de dépens d'appel.
Siégeant :
Monsieur Patrick CHENAUX, président; Monsieur Michael RUDERMANN, juge employeur; Madame Monique FLÜCKIGER, juge salariée; Madame Fabia CURTI, greffière.
Le président :
Patrick CHENAUX
La greffière :
Fabia CURTI
Indication des voies de recours et valeur litigieuse :
Conformément aux art. 72 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification avec expédition complète (art. 100 al. 1 LTF) par-devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière civile.
Le recours doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14.
Valeur litigieuse des conclusions pécuniaires au sens de la LTF supérieure ou égale à 15'000 fr.