POUVOIR JUDICIAIRE
C/16207/2018-1 CAPH/139/2021
ARRÊT
DE LA COUR DE JUSTICE
Chambre des prud'hommes
DU 23 JUILLET 2021
Entre
A______ SA, sise ______ (GE), appelante et intimée sur appel-joint, d'un jugement rendu par le Tribunal des prud'hommes le 22 avril 2020 (JTPH/152/2020), comparant par Me Yves MAGNIN, avocat, rue de la Rôtisserie 2, case postale 3809, 1211 Genève 3, en l'étude duquel elle fait élection de domicile,
et
Monsieur B______, domicilié ______ (VD), intimé et appelant sur appel-joint, comparant par Me Soile SANTAMARIA et Me Raphaël JAKOB, avocats, rue François-Versonnex 7, 1207 Genève, en l'étude desquels il fait élection de domicile,
CAISSE DE CHOMAGE C______, ______ (VD), partie intervenante, comparant en personne.
EN FAIT
A. Par jugement JTPH/152/2020 du 22 avril 2020, reçu le 23 avril 2020 par les parties, le Tribunal des prud'hommes (ci-après : le Tribunal), statuant par voie de procédure ordinaire, a, à la forme, déclaré recevables la demande formée le 10 décembre 2018 par B______ contre A______ SA (ch. 1 du dispositif), la demande reconventionnelle formée le 1er avril 2019 par cette dernière (ch. 2) ainsi que la demande d'intervention formée le 16 avril 2019 par la CAISSE DE CHOMAGE C______ (ch. 3), et irrecevable l'amplification de la demande reconventionnelle formée le 6 novembre 2019 (ch. 4).
Au fond, il a condamné A______ SA à payer à B______ les sommes brutes de 4'000 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er mars 2018 (ch. 5), de 4'000 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er avril 2018 (ch. 6), de 8'070 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er mai 2018 (ch. 7), de 8'164 fr. 35 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er juin 2018 (ch. 8), de 4'035 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er août 2018 (ch. 9), de 8'070 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er septembre 2018 (ch. 10) et de 6'018 fr. 20 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er octobre 2018 (ch. 11), dit que la somme de 8'096 fr. 35, devant revenir à la CAISSE DE CHOMAGE C______, devrait être déduite des montants précités (ch. 12), invité la partie qui en avait la charge à opérer les déductions sociales et légales usuelles (ch. 13), ordonné la mainlevée de l'opposition formée par A______ SA au commandement de payer, poursuite n 1______ (ch. 14), condamné cette dernière à payer à la CAISSE DE CHOMAGE C______ la somme nette de 8'096 fr. 35 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 16 juillet 2018 (ch. 15), ordonné à B______ de restituer à A______ SA le véhicule de fonction D______/3______ [marque, modèle] dès l'entrée en force du jugement (ch. 16), débouté les parties de toute autre conclusion (ch. 17) et dit que la procédure était gratuite et qu'il n'était pas alloué de dépens (ch. 18).
B. a. Par acte expédié le 25 mai 2020 au greffe de la Cour de justice, A______ SA appelle des chiffres 4 à 12, 14, 15 et 17 du dispositif de ce jugement, dont elle sollicite l'annulation.
Elle conclut, sur demande principale, au déboutement de B______ et de la CAISSE DE CHOMAGE C______ de toutes leurs conclusions, avec suite de frais et dépens. Sur demande reconventionnelle, elle conclut à ce que la Cour condamne B______ à lui payer 32'368 fr. avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2017 et 12'480 fr. 50 avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2018, prononce la mainlevée définitive de l'opposition formée par B______ le 31 août 2018 au commandement de payer, poursuite n 2______, condamne celui-ci à lui restituer la voiture D______/3______, sous la menace de la peine d'amende prévue par l'art. 292 CP, et à lui payer 14'470 fr. avec intérêts à 5% dès le 26 décembre 2018 (terme moyen) pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule précité du 26 mars 2018 au 6 novembre 2019, puis 25 fr. par jour du 7 novembre 2019 jusqu'à restitution du véhicule, avec suite de frais et dépens.
b. La CAISSE DE CHOMAGE C______ conclut à la confirmation du jugement entrepris.
c. Dans sa réponse du 29 juin 2020, B______ conclut au rejet de l'appel.
Il forme également un appel joint, concluant à l'annulation du chiffre 16 du dispositif du jugement et à ce que la Cour condamne A______ SA à lui payer la somme brute de 1'702 fr. 50 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er juillet 2018 ainsi que la somme de 22'000 fr.
d. A______ SA conclut au rejet de l'appel joint, avec suite de frais et dépens.
e. Par avis du 21 octobre 2020, les parties ont été informées de ce que la cause était gardée à juger, la CAISSE DE CHOMAGE C______ et B______ n'ayant pas fait usage de leur droit de dupliquer, respectivement de répliquer à la réponse à l'appel joint.
C. Les faits pertinents suivants ressortent de la procédure :
a. A______ SA est une société anonyme ayant son siège à Genève et dont le but est l'exploitation d'une entreprise de ventilation, de climatisation et d'entretien.
E______ (ci-après : E______) en est l'administrateur unique.
b. B______ a été engagé par A______ SA en qualité de délégué technico-commercial à compter du 8 février 2010, pour un salaire mensuel brut garanti de 2'500 fr. et de 2'000 fr. d'avance sur commissions, soit un total mensuel de 4'500 fr., auquel s'ajoutaient 10% du chiffre d'affaires traitées, étant précisé que le chiffre d'affaires minimum requis pour ce poste était de 250'000 fr. par année (hors matériel).
Il bénéficiait notamment d'un véhicule de fonction.
Le contrat prévoyait qu'en cas d'absence due à la maladie, l'employeur versait le salaire durant trois mois de la cinquième à la dixième année de service.
c. B______ a par la suite été promu directeur commercial.
d. Les parties s'opposent sur sa rémunération à compter de 2012.
A______ SA soutient avoir convenu avec B______ ainsi qu'un autre collaborateur, F______, d'un salaire déterminé uniquement en fonction des résultats enregistrés, avec le versement d'avances mensuelles.
B______ admet que des discussions ont eu lieu à cet égard mais conteste que celles-ci aient abouti à un accord conditionnant l'intégralité de son salaire aux résultats de l'entreprise. Il soutient qu'un salaire fixe était convenu, ainsi que le versement d'une prime en cas de bénéfice.
e. Tous les trois mois, B______ et F______ devaient transmettre à la responsable de la gestion et des finances, G______, leurs chiffres d'affaires sous forme de tableau.
Selon A______ SA, cela devait notamment servir à déterminer le salaire de l'employé.
B______ soutient quant à lui que la transmission des résultats trimestriels avait pour but de permettre d'évaluer l'avancement de son activité et de celle de F______.
f. De février à juillet 2012, le salaire mensuel brut de B______ a fluctué entre 9'500 fr. et 12'724 fr. 35, son salaire mensuel brut garanti, hors avances sur commissions, passant de 2'500 fr. à 7'300 fr.. en mai 2012, à 6'500 fr. en juin 2012 et à 5'000 fr. en juillet 2012.
Dès le mois d'août 2012, son salaire mensuel brut s'est élevé à 4'500 fr., passant à 6'000 fr. de septembre 2013 à mars 2014, puis à 8'000 fr. d'avril 2014 à avril 2016, à l'exception des mois de juin 2014, d'octobre 2014 et de mai 2015 où il s'est élevé à respectivement 10'970 fr., 13'000 fr. et 12'000 fr.
A compter du mois de mai 2016, son salaire mensuel brut s'est élevé à 8'070 fr.
Le témoin G______ a expliqué que l'augmentation mensuelle de 70 fr. à compter de mai 2016 avait eu lieu suite à un courrier reçu de l'Etat ou de l'OCIRT indiquant qu'il fallait augmenter les salaires.
g. Dans le courant de l'année 2017, E______ a proposé à B______ et F______ d'acquérir la société A______ SA.
Ces derniers ont ainsi entamé des pourparlers dans ce sens puis signé une promesse d'achat-vente en date du 20 décembre 2017.
h. Le 7 février 2018, E______ a informé ses deux collaborateurs qu'un potentiel repreneur était d'accord de racheter l'entreprise aux mêmes conditions, en conservant tous les employés, y compris eux-mêmes.
i. Par courriel du 20 octobre 2017, G______ a indiqué à B______ qu'elle était toujours en attente des chiffres concernant 2016 et le 1er trimestre 2017, ainsi que des corrections demandées concernant l'exercice 2015.
j. Le 30 janvier 2018, E______ a réclamé les décomptes correspondants aux exercices 2016 et 2017 à B______ et F______.
k. Par courriels du 12 février 2018, B______ a transmis les résultats du département de nettoyage pour les années 2016 et 2017.
l. Le 22 mars 2018, une réunion a eu lieu entre les parties et F______ afin de discuter de l'exercice comptable de la société pour l'année 2016.
m. A compter du 26 mars 2018, B______ et F______ se sont tous deux trouvés en incapacité de travailler pour cause de maladie.
B______ a recouvré sa pleine capacité de travail le 16 juillet 2018.
n. Il a bénéficié d'indemnités journalières versées par [l'assurance] H______ de 1'485 fr. 75 du 25 au 31 mai 2018, de 6'367 fr. 50 pour le mois de juin 2018 ainsi que de 3'183 fr. 75 du 1er au 15 juillet 2018, sur la base d'une assurance collective d'indemnités journalières en cas de maladie conclue par A______ SA dès le 1er janvier 2016. A teneur de cette police d'assurance, le versement d'indemnités journalières à hauteur de 80% du salaire était prévu dès le 61ème jour de maladie de l'employé et ce, durant une période maximale de 730 jours.
o. Par courriel du 27 mars 2018, E______ a demandé à B______ et F______ de lui indiquer si leurs équipes avaient des travaux planifiés pendant toute leur absence ou s'il devait personnellement prendre les mesures nécessaires à la planification de leurs journées.
p. F______ lui a répondu le jour-même que le travail n'était planifié que jusqu'à la fin de la semaine, soit durant trois jours.
q. Par courrier du 10 avril 2018, A______ SA a rappelé à B______ qu'en sa qualité de travailleur avec un statut particulier et donc des responsabilités particulières, il était contractuellement responsable de la bonne tenue de ses affaires. Elle s'attendait donc, suite à son e-mail du 27 mars 2018, à ce que toutes les dispositions nécessaires à la poursuite des bonnes affaires en cours soit assurée, ce qui n'était pas le cas. Elle le mettait ainsi en demeure de lui transmettre au plus tard le 13 avril 2018 à 19h l'ensemble des consignes, détails, directives, informations et/ou souhaits lui permettant d'assurer l'ensemble des obligations contractuelles qu'il avait prises et ce, afin de préserver les intérêts des collaborateurs, des clients et des fournisseurs et d'éviter de mettre la société en péril.
r. Le 11 avril 2018, A______ SA l'a informé que l'exercice comptable de la société pour l'année 2016 laissait apparaître un solde en sa faveur d'un montant avoisinant 70'000 fr., si bien que sa responsable de gestion et des finances avait procédé à une adaptation immédiate de son salaire afin de ne pas mettre en péril la stabilité financière de l'entreprise. Elle lui demandait de lui soumettre, d'ici au 20 avril 2018, une proposition d'arrangement pour procéder au réajustement des comptes. A défaut, elle se verrait contrainte de prendre toutes les mesures légales à sa disposition, y compris une éventuelle consignation des salaires.
s. B______ a ainsi perçu un salaire mensuel brut de 4'070 fr. pour le mois de février 2018, un montant de 4'000 fr. ayant été retenu sur son salaire.
Il a touché le même montant pour le mois de mars 2018.
t. Le 26 avril 2018, B______ a répondu à son employeuse qu'il se trouvait en incapacité de travail et que ses courriers des 10 et 11 avril 2018 représentaient une atteinte à sa personnalité. Il l'a par ailleurs mise en demeure de lui verser, dans un délai de dix jours, l'intégralité de son salaire pour les mois de février à avril 2018, à défaut de quoi il agirait par la voie de la poursuite. S'agissant du montant de 70'000 fr. avancé par A______ SA, il était fantaisiste et, en tout état de cause, contesté. Par contre, il avait droit à une participation au bénéfice de l'entreprise de l'année 2017 en sus de son salaire.
u. Le 30 avril 2018, A______ SA a indiqué à son employé qu'aucune suite ne serait donnée à son courrier du 26 avril 2018, dans la mesure où son salaire mensuel fixe n'avait jamais été de 8'070 fr. et où aucune gratification calculée sur le bénéfice de l'entreprise n'avait jamais été convenue.
v. Les parties se sont échangés de nombreux courriers, maintenant leurs positions respectives.
w. Le 6 juin 2018, B______ a fait notifier à A______ SA un commandement de payer, poursuite no 1______, portant sur la somme de 16'070 fr., correspondant au montant encore dû à titre de salaire pour les mois de février à avril 2018.
A______ SA y a fait opposition totale.
x. Selon un courriel interne à H______, daté du 9 juillet 2018, A______ SA avait indiqué à celle-ci que les assurés étaient, durant leur incapacité de travail à 100%, en train de prospecter pour des locaux professionnels en vue d'une activité indépendante.
y. Par courrier recommandé du 11 juillet 2018, B______ a résilié son contrat de travail la liant à A______ SA avec effet immédiat, au motif que cette dernière faisait pression sur lui de manière insoutenable depuis l'échec des pourparlers portant sur la reprise de la société, qu'elle avait réduit puis supprimé son salaire et qu'elle s'était opposée au paiement direct des prestations perte de gain par H______.
z. Le 31 août 2018, A______ SA a fait notifier à B______ un commandement de payer, poursuite n° 2______, portant sur la somme de 47'000 fr., correspondant au trop-perçu du salaire pour les années 2016 (35'000 fr.) et 2017 (12'000 fr.).
B______ y a fait opposition totale.
D. a. Le 2 juillet 2018, B______ a saisi l'Autorité de conciliation du Tribunal des prud'hommes d'une demande dirigée contre A______ SA en paiement de la somme totale de 112'446 fr. 20 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès diverses dates.
b. Au bénéfice d'une autorisation de procéder du 10 septembre 2018, il a introduit sa demande en paiement au Tribunal des prud'hommes le 10 décembre 2018, concluant à ce que A______ SA soit condamnée à lui payer une somme totale de 74'881 fr. 50, décomposée comme suit :
4'000 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 2018 à titre de solde du salaire du mois de février 2018;
4'000 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er avril 2018 à titre de solde du salaire du mois de mars 2018;
8'070 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mai 2018 à titre de salaire du mois d'avril 2018;
8'070 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2018 à titre de salaire du mois de mai 2018;
1'702 fr. 50 bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juillet 2018 à titre de solde du salaire du mois de juin 2018;
4'035 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er août 2018 à titre de solde du salaire du mois de juillet 2018;
8'070 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er septembre 2018 à titre de salaire du mois d'août 2018;
8'070 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er octobre 2018 à titre de salaire du mois de septembre 2018;
6'864 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er octobre 2018 à titre d'indemnités pour vacances non prises en nature;
et 22'000 fr. nets à titre d'indemnité pour tort moral.
B______ a également conclu au prononcé de la mainlevée de l'opposition au commandement de payer, poursuite n° 1______.
A l'appui de ses conclusions, B______ a notamment expliqué qu'il avait progressivement occupé une position de dirigeant, raison pour laquelle il percevait depuis mai 2016 un salaire mensuel de 8'070 fr. Il avait également été convenu qu'il recevrait une participation sur le chiffre d'affaires annuel de l'entreprise, participation qu'il renonçait à réclamer par économie de procédure et de moyens.
Son contrat de travail prévoyait le paiement intégral du salaire pendant trois mois en cas de maladie, de sorte que A______ SA lui devait 100% de son salaire, soit 8'070 fr., pour les mois d'avril, mai et juin 2018, sous déduction des montants versés par l'assurance.
Il avait également droit à une indemnité pour tort moral en raison des pressions injustifiées et des représailles qu'il avait subies de la part de son ancienne employeuse lorsque celle-ci avait diminué, puis supprimé son salaire lors des négociations portant sur le rachat de la société, respectivement après l'échec de ces pourparlers. A cela s'étaient ajoutées les démarches de A______ SA auprès de H______ visant à empêcher le versement des indemnités perte de gain et la notification d'un commandement de payer pour un "fantomatique" trop-perçu de salaire, ressenti comme une énième tentative de pression. Les éléments qui précèdent – à l'exception du commandement de payer – l'avaient conduit à résilier son contrat de travail avec effet immédiat, de sorte que la question du tort moral se superposait à celle d'une indemnité fondée sur l'art. 337c al. 3 CO par analogie, la démission devant dans cette situation être requalifiée de licenciement immédiat sans justes motifs. Il limitait toutefois sa prétention à 22'000 fr. afin qu'elle soit compatible avec une valeur litigieuse inférieure à 75'000 fr.
c. Par requête en intervention, la CAISSE DE CHOMAGE C______ a conclu à ce que le Tribunal dise qu'elle était subrogée à B______ dans ses droits à l'encontre de A______ SA à concurrence d'un montant net de 8'096 fr. 35 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 16 juillet 2018, correspondant aux indemnités de chômage qu'elle avait versées à B______ pour la période du 16 juillet au 31 août 2018, et condamne A______ SA à lui verser ce montant.
d. A______ SA a conclu au déboutement de B______ et de la CAISSE DE CHOMAGE C______ de toutes leurs conclusions, avec suite de frais et dépens.
Elle a formé une demande reconventionnelle, concluant, s'agissant des points encore litigieux en appel, à ce que le Tribunal condamne B______ à lui payer 32'368 fr. avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2017 et 10'618 fr. 50 avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2018, prononce la mainlevée définitive de l'opposition formée par B______ le 31 août 2018 au commandement de payer, poursuite n° 2______, condamne celui-ci à lui restituer la voiture D______/3______, sous la menace de la peine d'amende prévue par l'art. 292 CP, et à lui payer 9'275 fr. avec intérêts à 5% dès le 26 décembre 2018 (terme moyen) pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule précité du 26 mars 2018 au 1er avril 2019, puis 25 fr. par jour du 2 avril 2019 jusqu'à restitution du véhicule, avec suite de frais et dépens.
Elle a notamment allégué qu'elle avait proposé à B______ et F______ une rémunération en fonction des résultats enregistrés, correspondant à 90% du chiffre d'affaires par chantier du département "nettoyage d'installations de ventilation" et à 90% du bénéfice réalisé par chaque chantier du département "ventilation, climatisation & froid", sous déduction de l'ensemble des charges en termes de matériel et de main-d'œuvre ainsi que d'une participation aux frais généraux de la société au prorata du nombre d'employés des départements concernés, la garantie de salaire fixe n'étant pas modifiée. Ce mode de rémunération avait été accepté par les deux employés, sans formalisation écrite, en raison du climat de confiance qui régnait depuis plusieurs années entre les parties.
En 2016 et 2017, ceux-ci avaient toutefois perçu trop d'avances sur salaire, soit 64'736 fr. 15, respectivement 21'237 fr. B______ devait ainsi lui rembourser la moitié de ces montants, soit 32'368 fr. pour 2016 et 10'618 fr. 50 pour 2017.
B______ avait par ailleurs conservé indûment son véhicule de fonction, de sorte qu'il devait être condamné à le lui restituer et à lui verser un dédommagement pour l'appropriation et l'utilisation dudit véhicule depuis le 26 mars 2018.
e. B______ a conclu au déboutement de A______ SA des fins de sa demande reconventionnelle.
Selon lui, il n'avait pas perçu trop de salaire, dans la mesure où il bénéficiait d'un salaire fixe, qui s'élevait en dernier lieu à 8'070 fr., auquel s'ajoutait une part variable sur les résultats. L'éventualité d'un remboursement du salaire en cas de pertes n'avait par ailleurs jamais été évoquée, et un tel remboursement ne lui avait jamais été réclamé auparavant, quand bien même les chiffres de la société avaient été négatifs certaines années.
Son salaire ne lui ayant pas été versé, il avait valablement exercé son droit de rétention sur le véhicule mis à sa disposition par son employeuse et la prétention de celle-ci en dédommagement pour son appropriation et utilisation indue était donc infondée.
f. Par courrier du 23 août 2019, B______ a informé le Tribunal que le témoin G______ semblait se trouver dans un rapport d'extrême dépendance envers E______, dans la mesure où elle était officiellement domiciliée à l'adresse privée de celui-ci, alors qu'elle résidait en réalité en France. Il conviendrait ainsi de prendre en compte ce lien de dépendance dans l'appréciation de la valeur probante de son témoignage.
g. Lors de l'audience de débats d'instruction du 27 août 2019, A______ SA a amplifié ses conclusions, réclamant 12'950 fr. en lieu et place de 9'275 fr. à titre de dédommagement pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule D______/3______ du 26 mars 2018 au 27 août 2019.
h. Par ordonnance de preuve du même jour, le Tribunal a admis, comme moyens de preuve, les titres, l'audition des parties ainsi que l'audition de plusieurs témoins, dont F______.
i. Le Tribunal a entendu les parties ainsi que plusieurs témoins. Les faits pertinents suivants ressortent de leurs déclarations:
i.a B______ a notamment déclaré qu'il avait progressivement occupé une fonction de dirigeant, étant coresponsable du département nettoyage de ventilation avec F______, avec les mêmes responsabilités et le même salaire que lui à compter du second semestre 2012. Ils avaient ensuite également géré la vente d'installations de ventilation et de climatisation. Ils avaient deux équipes de quatre nettoyeurs à gérer, deux sous-traitants ainsi que des frigoristes selon les chantiers. Ils devaient également gérer les clients, s'occuper de valider les factures d'achats et donner des instructions pour la facturation des chantiers.
En 2012, la société était au bord de la faillite, de sorte qu'elle avait été restructurée et plusieurs collaborateurs avaient été licenciés. E______ lui avait alors demandé de faire un effort en acceptant une diminution de son salaire. Les finances de la société s'étaient peu à peu améliorées, si bien que son salaire avait été adapté à la hausse. Son salaire perçu dès avril 2012 était un salaire fixe. Dès cette date, une prime avait été convenue avec E______ en cas de bénéfice. Celle-ci représentait le montant du chiffre d’affaires, duquel étaient déduits les charges directes, y compris les salaires, les frais généraux calculés selon le nombre d'employés ainsi qu'une retenue de 10% en faveur de la société, cette prime devant être versée à parts égales entre lui-même et F______. Il n'était pas convenu qu'une part de salaire devait être remboursée en cas de perte. B______ n'avait touché une prime qu'en 2014, d'un montant de 5'000 fr., sur la base des résultats de 2013. Toutes les autres années, les résultats étaient négatifs lorsque toutes les charges étaient déduites, de sorte qu'il n'avait pas eu droit à une prime et n'en avait alors pas réclamé.
Il avait été question qu'il transmette les résultats trimestriellement, ceci afin de permettre d'évaluer l'avancement de leur activité. Par la suite, ces résultats avaient été transmis semestriellement. B______ et F______ faisaient ainsi un bilan intermédiaire pendant l'été, puis un bilan définitif en fin d'année. Lorsqu'ils disposaient des résultats définitifs, ils faisaient le point et ajustaient les chiffres, soit les frais généraux, pour avoir le résultat définitif, qui permettait d'établir l'attribution d'une éventuelle prime. Selon B______, E______ exagérait les charges de l'entreprise, de sorte que F______ et lui-même n'avaient pas droit à une prime. G______ faisait des vérifications sur les chiffres qu'il lui transmettait, car il y avait beaucoup de données, ce qui pouvait facilement donner lieu à des erreurs. Il lui transmettait les chiffres, qu'elle comparait ensuite avec les chiffres comptables dont elle disposait. Il avait accepté cette manière de faire, même s'il n'était pas toujours d'accord avec le résultat, notamment avec certaines corrections qui étaient demandées. F______ et lui-même avaient été retardés dans la transmission des chiffres 2016, dans la mesure où l'année 2017 avait été très chargée tant en travail qu'en émotions, car ils avaient parlé d'un éventuel rachat de la société.
En vue de ce rachat, B______ avait demandé à G______ d'avoir accès au livre de comptes au début de l'année 2018, ce qui lui avait été refusé. Il n'avait donc pas eu accès au grand livre. En février 2018, E______ lui avait indiqué avoir trouvé d'autres acheteurs pour la société.
Lorsque son salaire de février 2018 lui avait été versé avec une déduction de 4'000 fr., G______ l'avait informé que, compte tenu d'un manque de liquidités dans l'entreprise, elle avait effectué une déduction sur son salaire.
B______ avait été en arrêt de travail dès le 26 mars 2018 et avait été réellement malade. Le médecin lui avait dit qu'il souffrait d'épuisement. La situation de rachat éventuel de la société en plus du travail quotidien l'avaient mis dans un état d'angoisse et sa tension était élevée. De plus, il n'avait plus de salaire. Il n'avait pas recherché de locaux commerciaux pour une activité concurrente.
Le véhicule D______ était parqué devant chez lui et il avait déposé les plaques de circulation en décembre 2018, à la demande de A______ SA.
i.b. A______ SA, représentée par E______, a notamment déclaré qu'en 2012, elle avait proposé à B______ et F______ une méthode de rémunération différente devant être calculée sur la base du chiffre d'affaires du département nettoyage et sur le bénéfice du département climatisation, ventilation et froid commercial. La société ne retenait que 10% du chiffre d'affaires et du bénéfice, les 90% restants devant revenir aux deux employés. Il n'y avait pas de salaire fixe convenu, ces pourcentages représentant déjà des sommes importantes évaluée entre 6'000 fr. et 7'500 fr.
Lors de l'audience tenue dans la cause opposant F______ à A______ SA, cette dernière a indiqué que le pourcentage revenant aux employés était de 10%.
A______ SA considérait B______ et F______ comme des indépendants et leur aurait retenu des montants sur leur gain en cas de pertes. Ils n'avaient pas convenu des modalités spécifiques en cas de pertes, mais il était évident pour elle que s'il y en avait, celles-ci seraient compensées par une diminution des revenus de l'employé.
G______ avait une vision précise de la situation financière de l'entreprise, pour autant que les chiffres trimestriels lui soient transmis, ce qui n'avait plus été le cas depuis 2016. Celle-ci vérifiait les chiffres qui lui étaient transmis, lesquels comportaient souvent des erreurs. Elle confrontait les tableaux transmis par les employés avec les factures qu'elle avait payées pour la société. Elle leur versait les rémunérations convenues en fonction des chiffres transmis. B______ avait accepté cette manière de faire qui fonctionnait bien depuis des années.
Dès que G______ avait constaté que B______ avait trop perçu de salaire en 2016 et 2017, elle avait immédiatement réduit, de sa propre initiative, son salaire de février et mars 2018. Sur conseil de son précédent avocat, les salaires suivants n'avaient pas été versés.
En mars 2018, E______ avait convoqué B______ et F______ pour les informer qu'ils avaient trop prélevé de salaire et afin de voir comment ils pouvaient résoudre ce problème. Le lendemain de cette réunion, B______ était en incapacité de travail.
Tous les responsables avaient accès aux bilans et comptes de pertes et profits sur simple demande. Ils n'avaient jamais convenu que B______ pourrait avoir accès aux détails des frais généraux de l'entreprise. Celui-ci n'avait pas accès au grand livre, mais il ne l'avait sinon jamais empêché de consulter les livres comptables de la société.
Lorsqu'il s'était rendu compte que la banque ne validait pas la vente de l'entreprise à B______ et F______ au mois de février 2018, il avait accepté de rencontrer un autre potentiel acquéreur, qui lui proposait de racheter la société immédiatement.
i.c I______, comptable auprès de la fiduciaire s'occupant des affaires de A______ SA depuis une dizaine d'années, entendu en qualité de témoin, a notamment déclaré qu'à partir de 2012 ou 2013, E______ avait proposé à B______ et F______ une rémunération correspondant, à son souvenir, à 10% du chiffre d'affaires du nettoyage et 10% du bénéfice pour tous les autres départements, ceci représentant l'entièreté du salaire convenu. A______ SA lui avait commandé un rapport sur ce mode de rémunération, lequel devait servir à mesurer quel était le mode de rémunération le plus favorable pour les collaborateurs. Constatant que ce rapport était daté de 2014, le témoin a ensuite indiqué que l'accord pour le nouveau mode de rémunération avait dû être fait après la fin 2014.
F______ et B______ devaient transmettre leur chiffre d'affaires à G______ au moins une fois par année afin de vérifier si les avances de salaire qu'elle avait versées présentaient un delta avec la rémunération due sur le chiffre d'affaires et déterminer s'il existait un reliquat en faveur de A______ SA ou des deux collaborateurs. Celle-ci avait toutefois de la peine à obtenir les pièces, notamment les chiffres pour l'années 2016. Selon le témoin, les deux employés avaient accepté cette manière de faire "puisqu'ils n'avaient jamais réclamé pendant plusieurs années".
i.d G______, travaillant pour A______ SA depuis 2007, initialement comme employée de bureau puis en qualité d'assistante de direction depuis 2011, entendue en qualité de témoin, a notamment déclaré qu'elle habitait en France avant juillet 2019 et avait alors une adresse administrative chez E______. Ce dernier était son employeur, mais également un ami. Elle était partie en vacances avec lui et sa famille, mais n'avait pas de relation intime avec lui.
En 2012, elle avait assisté à une réunion avec E______, F______ et B______, lors de laquelle le premier avait proposé à ses deux collaborateurs de modifier les modalités de paiement de leur salaire à compter du 1er mai 2012. Les deux employés devaient garder 90% du chiffre d'affaires du département nettoyage et 90% du bénéfice des autres départements, les 10% restants devant être versés à A______ SA. Sur ce calcul, les charges étaient divisées au prorata du nombre d'employés de leur département. Cette méthode de rémunération devait s'élever à plus que 3'200 fr. B______ et F______ avaient accepté cette proposition, ce qui n'avait malheureusement pas été convenu par écrit en raison de la confiance qu'avait E______ en ses deux collaborateurs.
Il avait été convenu que F______ et B______ lui transmettraient leur chiffre d'affaires tous les trois mois afin qu'elle puisse faire un bilan de l'avance des salaires. Ils ne les lui transmettaient toutefois pas malgré ses relances. Elle vérifiait toujours les chiffres transmis, dans la mesure où ils comportaient beaucoup d'erreurs. Les vérifications finales se faisaient l'année suivante, lorsqu'elle avait terminé la comptabilité.
F______ et B______ lui avaient demandé beaucoup de documents en vue du rachat de la société. Elle leur avait notamment donné accès aux bilans révisés, les contrôles AVS, la taxation, les contrôles TVA et avait également établi un budget. Les précités n'avaient toutefois jamais eu accès aux grands livres intégraux, car elle devait demander l'autorisation de E______ à cet effet.
En 2017, F______ et B______ se comportaient en tant que chefs et ne transmettaient pas leurs chiffres dans la mesure où ils disaient racheter la société.
Lorsque F______ et B______ lui avaient transmis leurs chiffres pour les années 2015 (corrigés), 2016 et 2017, elle s'était rendue compte qu'elle leur avait trop versé pour les années 2016 et 2017. Lorsqu'elle leur avait donné les fiches de salaire à fin février 2018, elle leur avait expliqué que les chiffres facturés en février ne correspondaient pas à l'avance qu'elle devait leur verser. De plus, de nombreux clients ne payaient pas leurs factures et les deux employés ne faisaient rien pour encaisser cet argent, malgré ses demandes. Elle avait ainsi pris la décision de diminuer leur avance d'un montant de 4'000 fr. Elle avait effectivement versé durant des années une avance de 8'000 fr. à F______ et B______, car elle n'avait pas les décomptes finaux lui permettant de savoir qu'ils avaient trop perçu. L'augmentation de salaire avait commencé à partir de mars 2014. La perte existant en 2014 avait été reportée sur les chiffres de 2015 et, en 2015, le résultat était positif et avait été reporté sur les chiffres 2016.
En mars 2018, une réunion s'était tenue avec E______, F______ et B______ afin de discuter de divers points relatifs à la comptabilité de la société. Le lendemain de cette réunion, les deux employés étaient en arrêt maladie, laissant leur département sans planification. Elle s'était alors retrouvée avec quatre personnes sans travail et avait donc directement contacté les clients pour trouver des chantiers.
j. Par courrier du 11 octobre 2019, B______ a produit le procès-verbal d'audition de F______ et de A______ SA du 10 octobre 2019 dans la procédure C/4______/2018 et indiqué qu'il renonçait donc à l'audition de F______ dans la mesure de la recevabilité de cette pièce.
k. Lors des plaidoiries finales du 6 novembre 2019, A______ SA a modifié ses conclusions, réclamant désormais 12'480 fr. 50 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2018 à titre de trop-perçu de salaires en 2017, 14'470 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 26 décembre 2018 (date moyenne) pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule de fonction ainsi que 25 fr. par jour dès le 7 novembre 2019. Elle a persisté dans ses conclusions pour le surplus, de même que B______.
E. Dans le jugement querellé, le Tribunal a notamment retenu que l'amplification de la demande reconventionnelle intervenue le 6 novembre 2019 était irrecevable, dès lors qu'elle avait eu lieu bien après l'ouverture des débats principaux et que la demanderesse reconventionnelle n'avait pas invoqué de nova pour la justifier.
Il n'y avait par ailleurs pas lieu de tenir compte du procès-verbal d'audition de F______ du 10 octobre 2019, dans la mesure où celui-ci ne pouvait représenter une offre de preuve, s'agissant uniquement des propos tenus par le précité par-devant le Tribunal en lien avec la procédure qu'il avait initiée à l'encontre de A______ SA.
S'agissant de la rémunération de B______, les différentes déclarations des parties et des témoins étaient floues et certaines contradictoires, de sorte qu'il n'était pas possible de déterminer la rémunération de l'employé au regard de ces déclarations. Il convenait dès lors de rechercher la réelle et commune intention des parties. A ce sujet, il ressortait de leurs déclarations qu'elles avaient toutes deux eu l'intention de prévoir un salaire mensuel fixe, A______ SA ayant toutefois eu dans l'idée que le montant de ce salaire serait revu en fin d'année en fonction du résultat final, alors que B______ pensait que le revenu lié au chiffre d'affaires et au bénéfice constituait une rémunération variable, en sus de son salaire fixe. Les volontés intimes des parties divergeant totalement, il convenait d'interpréter leurs volontés selon le principe de la confiance.
A cet égard, le Tribunal a relevé qu'un mode de rémunération uniquement basé sur les chiffres de la société était très compliqué à effectuer pour des employés - qui ne disposaient pas d'une vision d'ensemble sur la situation financière de l'entreprise - et n'était pas réaliste, dès lors que les montants des salaires auraient dû être adaptés tous les mois ou tous les trois mois en fonction des chiffres obtenus, lesquels auraient encore dû faire l'objet de nombreux calculs afin de déduire les charges. Ce mode de rémunération n'était pas indiqué pour des employés, mais plutôt pour des indépendants, ce que B______ n'était pas, en dépit de ses grandes responsabilités. A cela s'ajoutait le fait que B______ et son collègue avaient toujours perçu une rémunération fixe durant de nombreuses années, soit un montant mensuel brut de 6'000 fr. dès septembre 2013 et 8'000 fr. dès avril 2014, sans qu'aucune adaptation de salaire n'ait été effectuée en fin d'année en fonction des résultats finaux réalisés par la société et ce, quand bien même les résultats n'avaient pas été positifs. Par conséquent, B______ ne pouvait que penser de bonne foi qu'il bénéficiait d'un salaire fixe. La volonté des parties était ainsi de prévoir un salaire fixe, lequel avait été convenu en dernier lieu à 8'070 fr., ainsi qu'une rémunération variable, laquelle devait se calculer selon les résultats de la société.
B______ n'avait ainsi pas reçu trop de salaire pour les années 2016 et 2017, de sorte qu'il ne devait rien rembourser à A______ SA à ce titre, laquelle devait au contraire encore lui verser du salaire.
En particulier, l'assurance perte de gain n'intervenant qu'au 61ème jour d'incapacité de travail, B______ avait droit au paiement de 8'070 fr. brut pour le mois d'avril 2018 et de 6'678 fr. 60 pour la période du 1er au 25 mai 2018, l'assurance perte de gain lui ayant versé 80% du salaire dès le 25 mai 2018, ce qui devait être considéré comme équivalent au régime minimum légal de l'art. 324a CO. Le fait que le contrat de travail prévoyait le paiement du salaire durant trois mois en cas de maladie ne trouvait plus application, au vu du contrat d'assurance perte de gain conclu par la suite. B______ n'avait ainsi pas droit au paiement de l'intégralité de son salaire du 24 mai 2018 au 30 juin 2018, celui-ci ayant été entièrement payé par les indemnités journalières.
La résiliation des rapports de travail avec effet immédiat le 11 juillet 2018 était justifiée, dans la mesure où l'absence de versement de tout salaire dès le mois d'avril 2018, en dépit des diverses réclamations de B______ dans ce sens, constituait un juste motif. Il avait donc droit à son salaire jusqu'au 31 août 2018, comme si les rapports de travail avaient pris fin de manière ordinaire.
S'agissant de la prétention de B______ tendant au versement d'une indemnité de 22'000 fr. pour tort moral, l'absence de versement du salaire n'avait pas eu lieu en vue de faire pression sur l'employé ou en guise de représailles, dès lors que A______ SA pensait intimement que la rémunération de B______ était uniquement basée sur les résultats de la société, raison pour laquelle elle avait cessé tout versement de salaire afin de combler l'écart existant entre les salaires versés et la perte effectuée. De plus, A______ SA avait trouvé un nouvel acheteur potentiel à son acquisition, de sorte qu'elle n'avait aucun intérêt à se livrer à des représailles à l'égard de son employé qui avait refusé le rachat. Par ailleurs, si l'absence de versement de salaire constituait certes une violation contractuelle, B______ ne prouvait pas que cette violation l'aurait atteint dans sa personnalité. Au contraire, il avait allégué que son atteinte à la santé était due à du surmenage suite aux évènements ayant entouré le rachat de la société, avec d'autres potentiels acheteurs, ainsi qu'au fait qu'il avait dû s'assurer, en parallèle, du suivi des affaires de la société. De plus, les événements propres au rachat de la société ne relevaient pas des rapports de travail et ne sauraient dès lors être pris en compte pour déterminer une éventuelle atteinte à la personnalité du travailleur. B______ ne prouvant pas la condition de l'atteinte illicite à sa personnalité par son ancienne employeuse, il n'avait pas droit au paiement d'un tort moral.
Enfin, l'employé disposait d'un droit de rétention sur son véhicule de fonction, l'autorisant à le conserver tant qu'il ne percevrait pas son salaire, dès lors qu'un rapport de connexité existait entre la créance salariale et l'objet retenu. A______ SA ne pouvait ainsi réclamer un dédommagement à son ancien employé pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule. En revanche et dans la mesure où le litige entre les parties était tranché par le jugement, B______ devait désormais restituer le véhicule à son ancienne employeuse, dès l'entrée en force du jugement. Le précité n'ayant aucun intérêt à ne pas restituer le véhicule, il pouvait être renoncé à le menacer des peines prévues à l'art. 292 CP.
EN DROIT
En l'espèce, la valeur litigieuse est supérieure à 10'000 fr., de sorte que la voie de l'appel est ouverte.
1.2 Déposé dans le délai utile de trente jours et selon la forme prescrite par la loi (art. 130, 131 et 311 CPC), l'appel est recevable.
Il en va de même de l'appel joint, formé dans la réponse à l'appel principal (art. 312 al. 2 et 313 al. 1 CPC),
1.3 La Cour revoit la cause avec un plein pouvoir d'examen en fait et en droit (art. 310 CPC), mais uniquement dans la limite des griefs qui sont formulés (ATF 142 III 413 consid. 2.2.4 et les références citées).
Dans la mesure où la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr., les maximes des débats (art. 55 al. 1 cum 247 al. 2 let. b ch. 2 CPC) et de disposition (art. 58 al. 1 CPC) sont applicables. La présente cause est en outre régie par la procédure ordinaire (art. 243 al. 1 et 2 a contrario CPC).
1.4 A juste titre, les parties ne remettent pas en cause la compétence des tribunaux genevois pour statuer sur le présent litige (art. 34 al. 1 CPC).
2.1 Selon l'art. 317 al. 1 CPC, les faits et moyens de preuve nouveaux ne sont pris en considération en appel que s'ils sont invoqués ou produits sans retard (let. a) et s'ils ne pouvaient pas être invoqués ou produits devant la première instance bien que la partie qui s'en prévaut ait fait preuve de la diligence requise (let. b). Les deux conditions sont cumulatives (ATF 144 III 349 consid. 4.2.1; arrêt du Tribunal fédéral 5A_436/2020 du 5 février 2021 consid. 4.3).
S'agissant des vrais nova, la condition de nouveauté posée par la lettre b est sans autre réalisée et seule celle d'allégation immédiate doit être examinée. En ce qui concerne les pseudo nova, il appartient au plaideur qui entend les invoquer devant l'instance d'appel de démontrer qu'il a fait preuve de la diligence requise, ce qui implique notamment d'exposer précisément les raisons pour lesquelles le moyen de preuve n'a pas pu être produit en première instance (ATF 144 III 349 consid. 4.2.1; arrêt du Tribunal fédéral 5A_436/2020 précité consid. 4.3).
2.2 En l'espèce, l'appelante a allégué sous le chiffre 13 que "[la rémunération de l'intimé] garantissait au minimum le montant du précédent salaire fixe" et cite certains passages des procès-verbaux d'audition des parties et des témoins. Or, si cet allégué est similaire à l'allégué 51a de la demande reconventionnelle, il excède celui-ci par la référence au "précédent" salaire fixe. Dans cette mesure seulement, il est nouveau et irrecevable, l'appelante n'ayant pas démontré avoir fait preuve de la diligence requise conformément à l'art. 317 al. 1 let. b CPC. Le reste du chiffre 13 ne constitue en revanche pas un allégué en tant que tel, mais une simple retranscription des procès-verbaux illustrant le propos de l'appelant, de sorte qu'il n'y a pas lieu de le déclarer irrecevable.
L'allégué 27 de l'appelante, selon lequel "[l]es deux collaborateurs avaient accès à l'ensemble des chiffres de l'entreprise", constitue une version positive de l'allégué 158 de la réponse à la demande reconventionnelle, indiquant qu'"[i]ls n'[avaient ] jamais eu accès aux livres de comptes de [l'appelante]". Il ne saurait par conséquent être déclaré irrecevable, de même que la citation du témoignage de G______, qui ne constitue que l'offre de preuve pour cet allégué et non un allégué en tant que tel.
En revanche, l'allégué 28 de l'appelante, selon lequel l'intimé recevait les informations nécessaires à la détermination de sa rémunération, n'a fait l'objet d'aucune allégation en première instance, le seul fait qu'il soit lié d'une manière générale à la rémunération de l'intimé n'étant à cet égard pas suffisant. Dans la mesure où l'appelante n'explique pas pour quelle raison elle aurait été empêchée de s'en prévaloir devant les premiers juges, cet allégué est irrecevable.
L'intimé lui fait quant à lui grief d'avoir écarté le procès-verbal d'audition de Alain CHAL et de l'appelante dans la cause C/4______/2018.
3.1.1 Selon l'art. 227 al. 1 CPC, la demande peut être modifiée si la prétention nouvelle ou modifiée relève de la même procédure et que l'une des conditions suivantes est remplie : la prétention nouvelle ou modifiée présente un lien de connexité avec la dernière prétention (let. a); la prétention adverse consent à la modification de la demande (let. b).
Aux débats principaux en revanche, la demande ne peut être modifiée que si les conditions fixées à l'art. 227 al. 1 sont remplies (art. 239 al. 1 let. a CPC) et si la modification repose sur des faits ou des moyens de preuve nouveaux (art. 230 al. 1 let. b CPC).
3.1.2 Selon l'art. 168 al. 1 CPC les moyens de preuve sont le témoignage (let. a), les titres (let. b), l'inspection 8let. c), l'expertise (let. d), les renseignements écrits (let. e) ainsi que l'interrogatoire et la déposition de partie (let. f).
Les titres sont des documents propres à prouver des faits pertinents (art. 177 CPC).
3.2.1 En l'espèce, la recevabilité de l'amplification des conclusions de l'appelante tendant au remboursement d'un trop-perçu de salaire pour l'année 2017 et au versement d'un dédommagement pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule de fonction à l'occasion des plaidoiries finales peut demeurer indécise, dès lors que ces prétentions sont en tout état rejetées (cf. infra consid. 4.2 et 7.2.3).
3.2.2 S'agissant du procès-verbal d'audition du 10 octobre 2019, c'est à tort que le Tribunal l'a écarté au motif qu'il ne pouvait représenter une preuve. En effet, cette pièce constitue un titre et donc un moyen de preuve au sens de l'art. 168 al. 1 let. b CPC. De plus, le Tribunal avait admis le témoignage de F______ comme moyen de preuve dans la présente procédure et l'intimé n'y a renoncé qu'en raison de la production du procès-verbal d'audition du 10 octobre 2019, dans la mesure où les faits sur lesquels F______ s'était prononcé à cette occasion étaient les mêmes que ceux sur lesquels il aurait été invité à témoigner dans la présente procédure.
Il sera par conséquent tenu compte de cette pièce.
4.1.1 Selon l'art. 322 al. 1 CO, l'employeur paie au travailleur le salaire convenu, usuel ou fixé par un contrat-type de travail ou par une convention collective.
Les parties peuvent convenir que le travailleur percevra une rémunération liée aux résultats de l'exploitation de l'entreprise (art. 322a CO). Cette forme est en principe complémentaire au salaire de base. Toutefois, les parties peuvent convenir d'une rémunération exclusivement liée au résultat de l'exploitation, pour autant qu'elle soit convenable au regard des services rendus (art. 349a al. 2 CO p.a.; arrêt du Tribunal fédéral 4A_435/2015 du 14 janvier 2016 consid. 2.1). Pour être convenable, la rémunération doit assurer au travailleur un gain lui permettant de vivre décemment, compte tenu de son engagement au travail, de sa formation, de ses années de service, de son âge et de ses obligations sociales ainsi que de l'usage de la branche (ATF 139 III 214 consid. 5.2; 129 III 664 consid. 6.1).
4.1.2 En présence d'un litige sur l'interprétation de clauses contractuelles, le juge doit rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices. Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes (ATF 144 III 93 consid. 5.2.2; arrêt du Tribunal fédéral 4A_498/2018 du 11 avril 2019 consid. 5.1.1).
Ce n'est que si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, qu'il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre, c'est-à-dire conformément au principe de la confiance. Les circonstances déterminantes à cet égard sont uniquement celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté, mais non pas les événements postérieurs (ATF 144 III 93 consid. 5.2.3; arrêt du Tribunal fédéral 4A_498/2018 précité consid. 5.1.2).
4.2 En l'espèce, l'appelante soutient que les parties ont convenu d'un revenu fondé uniquement sur les résultats - soit 90% du chiffre d'affaires du département "nettoyage d'installations de ventilation" et 90% du bénéfice réalisé par le département "ventilation, climatisation & froid" sous déduction de l'ensemble des charges - avec le versement d'avances, ce que démontrent selon elle les déclarations de son administrateur et des témoins G______ et I______. L'intimé admet que des discussions ont eu lieu à cet égard mais conteste que celles-ci aient abouti à un accord conditionnant l'intégralité de son salaire aux résultats de l'entreprise, soutenant qu'un salaire fixe était convenu avec en sus le versement d'une prime en fonction des résultats de l'appelante.
Il convient donc de rechercher la réelle et commune intention des parties sur la rémunération de l'intimé. A cet égard, le fait qu'elles adoptent chacune une position différente en procédure ne permet pas d'emblée d'écarter toute volonté réelle et commune sur ce point, contrairement à ce qu'a retenu le Tribunal, lequel s'est par ailleurs livré à une interprétation fondée sur le principe de la confiance en examinant néanmoins des éléments postérieurs à l'accord allégué, lesquels n'entrent en considération que dans le cadre de l'interprétation subjective.
En l'occurrence, l'administration des preuves n'a pas démontré que les parties avaient la volonté réelle et commune d'adopter un mode de rémunération fondé uniquement sur les résultats avec le versement d'avances, contrairement à ce que soutient l'appelant.
Si les témoins G______ et I______ ont déclaré qu'une telle rémunération aurait été convenue par les parties, celle effectivement perçue par l'intimé depuis 2012 démontre le contraire. En effet, le chiffre d'affaires et le bénéfice annuels de l'appelante n'ont à aucun moment donné lieu à un ajustement du salaire de l'intimé, comme cela aurait dû être le cas si le mode de rémunération allégué par l'appelante avait été convenu par les parties. Certes, les comptes des années 2016 et 2017 n'ont été transmis que tardivement au début de l'année 2018, de sorte qu'une éventuelle adaptation du salaire n'aurait pas pu avoir lieu avant 2018 pour ces années-là. En revanche, les résultats des années précédentes n'ont pas donné lieu à une adaptation systématique du salaire de l'intimé, par un versement complémentaire à celui-ci ou un remboursement du trop-perçu à l'appelante, l'intégralité des pertes et des bénéfices ayant au contraire été reportés sur les exercices suivants. A cela s'ajoute le fait que les bulletins de salaire désignent le montant versé mensuellement comme "salaire" et non comme "avance" et que les parties admettent n'avoir jamais discuté d'un éventuel remboursement d'un "trop perçu" de salaire. De plus, l'appelante a allégué dans ses écritures de première instance que la garantie d'un salaire fixe n'était pas modifiée par le mode de rémunération envisagé.
Dans ces conditions, les témoignages de G______ et de I______ ne suffisent pas à remettre en cause le mode rémunération appliqué durant plusieurs années par les parties. De plus, les déclarations de G______ sont à apprécier avec réserve, dans la mesure où elle est toujours employée par l'appelante et entretient une relation amicale avec son administrateur unique, avec lequel elle part même en vacances. Les déclarations du témoin I______ sont par ailleurs confuses, en tant qu'il a indiqué que le changement dans la rémunération de l'intimé était intervenu en 2012-2013, avant d'affirmer que l'accord pour le nouveau mode de rémunération avait dû être fait après la fin 2014. En outre, la nouvelle rémunération de l'intimé et de B______ était selon lui de 10% du chiffre d'affaires du département nettoyage et 10% du bénéfice des autres départements, ce qui ne correspond pas aux chiffres allégués, ni à ceux indiqués par la témoin G______.
Enfin, l'appelante s'est elle-même également montrée confuse au sujet du mode de rémunération qu'elle allègue, soutenant dans ses écritures qu'elle s'élevait à 90% du chiffre d'affaires et du bénéfice, sous déduction des charges, et déclarant en audience que ce pourcentage était de 10%. L'inconstance de ses propos constitue un indice supplémentaire de l'absence d'accord sur un tel mode de rémunération.
Au vu de ce qui précède, la rémunération convenue par les parties comportait à tout le moins une partie fixe, s'élevant en dernier lieu à 8'070 fr. bruts par mois, montant qui ne fait l'objet d'aucun grief motivé en appel. Cette volonté réelle des parties ressortant des circonstances du cas d'espèce, en particulier du salaire effectif perçu par l'intimé durant de nombreuses années, il n'est pas utile de procéder à une interprétation objective selon le principe de la confiance.
L'appelante a donc été déboutée à juste titre de ses prétentions en remboursement d'un trop-perçu de salaire et le jugement entrepris sera confirmé sur ce point.
Les chiffres 5 à 15 du dispositif de ce jugement seront également confirmés, l'appelante ne formulant aucun grief spécifique et motivé sur ces points, autre que celui examiné ci-dessus.
5.1 Selon l'art. 337 al. 1 1ère phrase CO, l'employeur et le travailleur peuvent résilier immédiatement le contrat en tout temps pour de justes motifs.
Si les justes motifs de la résiliation immédiate du contrat consistent dans son inobservation par l'une des parties, celle-ci doit réparer intégralement le dommage causé, compte tenu de toutes les prétentions découlant des rapports de travail (art. 337b al. 1 CO). Dans les autres cas, le juge apprécie librement les conséquences pécuniaires de la résiliation immédiate en tenant compte de toutes les circonstances (art. 337b al. 2 CO).
En cas de résiliation injustifiée, l'art. 337c al. 3 CO prévoit que le juge peut allouer au travailleur une indemnité dont il fixera librement le montant, en tenant compte de toutes les circonstances, mais sans dépasser l'équivalent de six mois de salaire.
Lorsque la résiliation immédiate émane du travailleur, celui-ci ne peut pas prétendre à une indemnité sur la base de l'art. 337c al. 3 CO; en revanche, s'il y a eu atteinte à ses droits de la personnalité (art. 328 CO), il peut réclamer une indemnité pour tort moral aux conditions de l'art. 49 CO (ATF 137 III 303 consid. 2.1.1; 133 III 657 consid. 3).
Dans son ATF 133 III 657, le Tribunal fédéral a tranché la question de l'application analogique de l'art. 337c al. 3 CO dans le cadre de l'art. 337b CO, celle-ci étant controversée. Après un examen des différents arguments des autorités cantonales et des auteurs de doctrine, le Tribunal fédéral a considéré que le texte de la loi indiquait clairement que le législateur avait voulu régler différemment deux situations distinctes. En effet, l'art. 337b CO avait trait à l'hypothèse de l'employé qui procédait à une résiliation immédiate justifiée, tandis que l'art. 337c CO concernait le cas de l'employeur qui résiliait avec effet immédiat sans justes motifs. La distinction entre les deux situations tenait ainsi tant à la personne dont émanait la résiliation qu'au caractère justifié – ou non – des motifs invoqués. Face à deux situations distinctes, le Tribunal fédéral ne décelait pas en quoi résiderait la "disparité choquante" invoquée par les partisans de l'application analogique de l'art. 337c al. 3 CO. A cela s'ajoutait que l'allocation d'une indemnité fondée sur l'art. 337c al. 3 CO reposait notamment sur la considération que le congé immédiat donné par l'employeur sans justes motifs portait atteinte à la réputation de l'employé, éléments qui faisait défaut dans l'hypothèse où la résiliation émanait du travailleur disposant de justes motifs. Cela justifiait derechef un traitement différencié des conséquences des deux types de congés. Enfin, l'indemnité fondée sur l'art. 337c al. 3 CO avait notamment une finalité punitive. Or, les dommages-intérêts punitifs, tels que les connaissaient des ordres juridiques comme les Etats-Unis, étaient étrangers au droit suisse. Par conséquent, il y avait lieu de retenir que l'art. 337c al. 3 CO prévoyait une règle d'exception qui méritait une application restrictive, ce qui excluait a fortiori son application par analogie.
5.2 En l'espèce, l'intimé soutient que l'art. 337c al. 3 CO doit s'appliquer, dans la mesure où il n'existe aucune raison que l'employé licencié immédiatement sans justes motifs puisse, pour cette seule raison, obtenir une indemnité à hauteur de un à six mois de salaire, mais que cette possibilité soit refusée à l'employé harcelé et poussé par nécessité à démissionner, pour qui le droit à une indemnisation devrait alors être soumis aux exigences plus sévères du tort moral.
Or, la question de l'application analogique de l'art. 337c al. 3 CO lorsque la résiliation immédiate émane du travailleur a déjà été tranchée par le Tribunal fédéral, qui l'a niée après un examen détaillé des divers avis doctrinaux et pratiques cantonales en la matière. Il n'appartient pas à la Cour de céans de remettre en cause la jurisprudence fédérale, de sorte que le grief de l'intimé est infondé.
En tout état de cause et comme l'a souligné notre Haute Cour, l'allocation d'une indemnité fondée sur l'art. 337c al. 3 CO repose notamment sur la considération que le congé immédiat donné par l'employeur sans justes motifs porte atteinte à la réputation de l'employé, élément qui fait défaut dans l'hypothèse où la résiliation émane du travailleur. Cela justifie dès lors un traitement différencié des situations susmentionnées, contrairement à ce que soutient l'intimé.
Le Tribunal n'a ainsi pas violé l'art. 337c al. 3 CO en refusant de lui allouer une indemnité de 22'000 fr..
Pour le surplus, l'intimé ne se plaint pas d'une violation des art. 328 et 49 CO.
Le jugement entrepris sera par conséquent confirmé en tant qu'il refuse l'octroi d'une indemnité pour tort moral.
6.1 Selon l'art. 324a al. 1 CO, si le travailleur est empêché de travailler sans faute de sa part pour des causes inhérentes à sa personne, telles que la maladie, l'employeur lui verse le salaire pour un temps limité, dans la mesure où les rapports de travail ont duré plus de trois mois ou ont été conclus pour plus de trois mois.
La durée du droit au salaire est de trois semaines pendant la première année de service (art. 324a al. 2 CO) puis, conformément à l'échelle bernoise généralement appliquée à Genève, de quatre mois de la dixième à la quatorzième année de service (Wyler/Heinzer, Droit du travail, 2019, p. 310-311).
Un accord écrit, un contrat-type de travail ou une convention collective peuvent déroger aux présentes dispositions à condition d'accorder au travailleur des prestations au moins équivalentes (art. 324a al. 4 CO).
Outre l'équivalence, un éventuel accord des parties doit respecter la forme écrite (cf. art. 11ss CO), laquelle couvrira les points essentiels du régime dérogatoire, à savoir les risques couverts, le pourcentage du salaire assuré, la durée des prestations, les modalités de financement des primes et, le cas échéant, le délai d'attente; un renvoi aux conditions générales d'assurance ou à un autre document tenu à disposition du travailleur est suffisant; l'accord doit être signé par les deux parties (ATF 131 III 623 consid. 2.5.1; arrêt du Tribunal fédéral 4A_228/2017 du 23 mars 2018 consid. 2.2).
Si l'exigence d'équivalence ou de forme écrite n'est pas satisfaite, le régime légal trouve application (arrêt du Tribunal fédéral 4A_98/2014 du 10 octobre 2014 consid. 4.2.1). Les exigences de forme représentent en effet une condition de validité de l'accord des parties (art. 11 al. 2 CO). Toutefois, l'exigence de la forme écrite a pour but de protéger le travailleur. Aussi, l'inapplicabilité d'un système conventionnel dérogatoire plus favorable au travailleur en raison du seul non-respect de la condition de la forme écrite aboutirait à un résultat inadapté. Dans une telle situation, le vice de forme doit être considéré comme guéri et conduire à l'application du régime dérogatoire (arrêt du Tribunal fédéral 4A_517/2010 du 11 novembre 2010 consid. 4.2 et 4.3).
L'employé peut commettre un abus de droit en réclamant le solde de son salaire alors qu'il a bénéficié de larges prestations de l'assurance (arrêt du Tribunal fédéral 4A_98/2014 précité consid. 4.2.1).
6.2 En l'espèce, l'intimé s'est trouvé en incapacité de travailler du 26 mars au 15 juillet 2018 alors qu'il se trouvait dans sa neuvième année de service, ce qui lui donnait droit, tant d'après son contrat de travail que selon le régime légal de base, au paiement de son salaire pendant trois mois.
L'appelante a toutefois conclu un contrat d'assurance collective prévoyant le versement d'indemnités journalières correspondant à 80% du salaire dès le 61ème jour de maladie de l'employé et ce, durant une période maximale de 730 jours. Il n'est pas contesté que cette dérogation au régime légal n'a pas fait l'objet d'un accord écrit entre les parties. Cela étant, dans la mesure où l'exigence formelle de l'art. 324a al. 4 CO tend à protéger les employés, le vice de forme doit être considéré comme guéri et conduire à l'application du système conventionnel dérogatoire lorsque celui-ci est plus favorable au travailleur que le régime de base.
En l'occurrence, aucune des parties ne conteste que l'appelante devait payer à l'intimé l'intégralité de son salaire durant le délai d'attente de 60 jours, soit jusqu'au 24 mai 2018. Selon l'assurance-collective conclue par l'appelante, 80% du salaire devait ensuite être versé entre le 25 mai et le 15 juillet 2018 par l'assurance. Le régime dérogatoire (droit à 100% du salaire pendant 2 mois, puis 80% pendant 1 mois et 3 semaines) est ainsi plus avantageux que le régime légal de base (droit à 100% du salaire pendant 3 mois) dans le cas d'espèce. Dans ces conditions, l'absence d'accord écrit ne saurait faire échec à l'application du système dérogatoire. C'est donc à bon droit que le Tribunal a débouté l'intimé de ses prétentions en paiement de la différence entre les indemnités journalières perçues en juin 2018 et le plein de son salaire.
Le jugement entrepris sera par conséquent confirmé sur ce point.
L'appelante fait quant à elle grief aux premiers juges de ne pas avoir assorti cette condamnation de la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP et de l'avoir débouté de sa prétention en dédommagement pour appropriation et utilisation du véhicule depuis le 26 mars 2018.
7.1.1 Selon l'art. 339a CO, au moment où le contrat prend fin, les parties se rendent tout ce qu'elles se sont remis pour la durée du contrat (al. 1). Le travailleur restitue notamment les véhicules à moteur et les permis de circulation (al. 2). Les droits de rétention des parties sont réservés (al. 3).
Ce droit de rétention dit "spécial" constitue une concrétisation du droit de rétention de l'art. 895 CC et les art. 895 à 898 CC lui sont applicables (Foëx, in Commentaire romand, Code civil II, 2017, n. 11 ad art. 895 CC).
Le créancier qui, du consentement du débiteur, se trouve en possession de choses mobilières appartenant à ce dernier, a le droit de les retenir jusqu'au paiement, à la condition que sa créance soit exigible et qu'il y ait un rapport naturel de connexité entre elle et l'objet retenu (art. 895 al. 1 CC). Le créancier qui n'a reçu ni paiement ni garantie suffisante peut, après un avertissement préalable donné au débiteur, poursuivre comme en matière de nantissement la réalisation de la chose retenue (art. 898 al. 1 CC).
7.1.2 Lorsqu'il rend une décision finale, le tribunal ordonne des mesures d'exécution sur requête de la partie qui a eu gain de cause (art. 236 al. 3 CPC). Lorsque la décision prescrit une obligation de faire, de s'abstenir ou de tolérer, le tribunal de l'exécution peut assortir la décision de la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP (art. 343 al. 1 let. a CPC). Selon l'art. 292 CP, celui qui ne se sera pas conformé à une décision à lui signifiée, sous la menace de la peine prévue au présent article, par une autorité ou un fonctionnaire compétents sera puni d'une amende.
La menace de la peine prévue à l'art. 292 CP constitue une règle de contrainte propre à favoriser l'exécution de la décision. Dans l'hypothèse où des circonstances font apparaître que celle-ci sera exécutée sans problème, il n'apparaît pas insoutenable de renoncer à menacer la partie qui succombe de la sanction prévue par cette norme pénale (arrêt du Tribunal fédéral 5A_839/2010 du 9 août 2011 consid. 6.3).
7.2.1 En l'espèce, la créance de l'intimé a été confirmée ci-dessus (cf. supra consid. 4.2 in fine) et la réalisation des conditions du droit de rétention n'est pour le surplus pas remise en cause par les parties, de sorte que celui-ci sera confirmé. L'intimé est ainsi en droit de retenir le véhicule litigieux jusqu'au paiement de sa créance par l'appelante conformément au jugement entrepris, ou de le faire réaliser aux conditions de l'art. 898 al. 1 CC.
Dans ces conditions, le Tribunal n'était pas fondé à condamner l'intimé à restituer le véhicule précité à l'entrée en force du jugement sans condition, dans la mesure où cela revient à le priver de son droit de rétention alors même qu'il ne serait pas nécessairement désintéressé à cette date.
L'intimé sera par conséquent condamné à restituer le véhicule dès réception du paiement intégral des montants dus conformément aux chiffres 5 à 13 du dispositif du jugement entrepris, sous réserve de la réalisation du véhicule conformément à l'art. 898 CC.
Le chiffre 16 du jugement entrepris sera par conséquent modifié dans le sens qui précède.
7.2.2 Il n'y a pas lieu d'assortir cette condamnation de la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP. L'intimé a en effet conservé le véhicule uniquement en raison de son droit de rétention et l'appelante n'avance aucun élément qui laisserait craindre que l'intimé ne se conformera pas à la présente décision, étant précisé que son allégation selon laquelle personne ne sait où se situe le véhicule concerné - sous-entendant qu'il aurait disparu - n'est étayée par aucune preuve et que la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP ne serait en tout état d'aucune aide pour restituer le véhicule dans un tel cas.
L'appelante sera par conséquent déboutée de sa conclusion sur ce point.
7.2.3 Enfin, l'appelante réclame le paiement d'un dédommagement au motif que l'intimé aurait conservé indûment le véhicule de fonction. Or, et comme exposé ci-dessus, l'employé était légitimé à le conserver tant que ses créances salariales n'étaient pas payées, ceci en vertu d'un droit de rétention. Dans ces conditions, la prétention en dédommagement de l'appelante est infondée, comme l'a retenu à juste titre le Tribunal.
L'appelante ne formule pour le surplus aucun grief à l'égard du raisonnement tenu par les premiers juges, de sorte que le jugement entrepris sera confirmé sur ce point.
En l'occurrence, compte tenu de la valeur litigieuse inférieure à 75'000 fr., il n'a, à juste titre, pas été perçu de frais judiciaires en première instance conformément aux dispositions légales applicables (art. 116 al. 1 CPC; art. 69 RTFMC; art. 19 al. 3 let. c LaCC), ni alloué de dépens (art. 22 al. 2 LaCC), de sorte qu'il n'y a pas lieu d'y revenir.
8.2 Les frais judiciaires d'appel seront arrêtés à 1'200 fr. (art. 95, 96, 104 al. 1 et 105 al. 1 CPC; art. 19 al. 3 let. c LaCC; art. 5 et 71 RTFMC) et mis à la charge de l'appelante qui succombe (art. 106 al. 1 CPC).
Il n'est pas perçu de frais d'appel joint dans la mesure où la valeur litigieuse de celui-ci n'excède pas 50'000 fr. (art. 19 al. 3 let. c LaCC et 71 RTFMC).
Il n'est pas alloué de dépens (art. 22 al. 2 LaCC).
PAR CES MOTIFS, La Chambre des prud'hommes, groupe 1 :
A la forme :
Déclare recevable l'appel interjeté le 25 mai 2020 par A______ SA contre le jugement JTPH/152/2020 rendu le 22 avril 2020 par le Tribunal des prud'hommes dans la cause C/16207/2018.
Déclare recevable l'appel joint formé le 29 juin 2020 par B______ contre ce même jugement.
Au fond :
Annule le chiffre 16 du dispositif de ce jugement et, statuant à nouveau sur ce point :
Ordonne à B______ de restituer à A______ SA le véhicule de fonction D______/3______ dès réception du paiement intégral des montants dus conformément aux chiffres 5 à 13 du dispositif du jugement entrepris, sous réserve de la réalisation du véhicule précité conformément à l'art. 898 CC.
Confirme le jugement entrepris pour le surplus.
Déboute les parties de toutes autres conclusions.
Sur les frais d'appel :
Arrête les frais judiciaires d'appel à 1'200 fr. et les met à la charge de A______ SA.
Condamne en conséquence A______ SA à verser 1'200 fr. à l'Etat de Genève, soit pour lui les Services financiers du Pouvoir judiciaire, à titre de frais judiciaires d'appel.
Dit qu'il n'est pas alloué de dépens d'appel.
Siégeant :
Monsieur Jean REYMOND, président; Monsieur Pierre Alain L'HÔTE, juge employeur, Monsieur Yves DUPRE, juge salarié; Madame Chloé RAMAT, greffière.
Indication des voies de recours et valeur litigieuse :
Conformément aux art. 72 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification avec expédition complète (art. 100 al. 1 LTF) par-devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière civile.
Le recours doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14.
Valeur litigieuse des conclusions pécuniaires au sens de la LTF supérieure ou égale à 15'000 fr.