POUVOIR JUDICIAIRE
C/16208/2018-1 CAPH/127/2021
ARRÊT
DE LA COUR DE JUSTICE
Chambre des prud'hommes
DU VENDREDI 16 JUILLET 2021
Entre
A______ SA, sise ______ (GE), appelante et intimée sur appel-joint, d'un jugement rendu par le Tribunal des prud'hommes le 22 avril 2020 (JTPH/153/2020), comparant par Me Yves MAGNIN, avocat, rue de la Rôtisserie 2, case postale 3809, 1211 Genève 3, en l'Étude duquel elle fait élection de domicile,
et
Monsieur B______, domicilié ______, France, intimé et appelant sur appel-joint, comparant par Me Soile SANTAMARIA et Me Raphaël JAKOB, avocats, rue François-Versonnex 7, 1207 Genève, en l'Étude desquels il fait élection de domicile.
EN FAIT
A. Par jugement JTPH/153/2020 du 22 avril 2020, reçu le 23 avril 2020 par les parties, le Tribunal des prud'hommes (ci-après : le Tribunal), statuant par voie de procédure ordinaire, a, à la forme, déclaré recevable la demande formée le 10 décembre 2018 par B______ contre A______ SA (ch. 1 du dispositif) ainsi que la demande reconventionnelle formée le 1er avril 2019 par A______ SA contre B______ (ch. 2) et déclaré irrecevable l'amplification de cette dernière formée le 6 novembre 2019 (ch. 3).
Au fond, il a condamné A______ SA à payer à B______ les sommes brutes de 4'000 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er mars 2018 (ch. 4), de 4'000 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er avril 2018 (ch. 5), de 8'070 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er mai 2018 (ch. 6), de 6'678 fr. 60 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er juin 2018 (ch. 7), de 4'823 fr. 45 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er novembre 2018 (ch. 8), de 8'070 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er décembre 2018 (ch. 9), de 8'070 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2019 (ch. 10), de 8'070 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er février (ch. 11) et de 14'403 fr. 55 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er février (ch. 12), invité la partie qui en avait la charge à opérer les déductions sociales et légales usuelles (ch. 13), ordonné la mainlevée de l'opposition formée par A______ SA au commandement de payer, poursuite n 1______ (ch. 14), ordonné à B______ de restituer à A______ SA le véhicule de fonction D______/2______ [marque, modèle] dès l'entrée en force du jugement (ch. 15), débouté les parties de toute autre conclusion (ch. 16) et dit que la procédure était gratuite et qu'il n'était pas alloué de dépens (ch. 17).
B. a. Par acte expédié le 22 mai 2020 au greffe de la Cour de justice, A______ SA appelle des chiffres 3 à 12 et 14 à 17 du dispositif de ce jugement, dont elle sollicite l'annulation.
Elle conclut, sur demande principale, au déboutement de B______ de toutes ses conclusions, avec suite de frais et dépens. Sur demande reconventionnelle, elle conclut à ce que la Cour condamne B______ à lui payer 32'368 fr. avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2017 et 12'480 fr. 50 avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2018, condamne celui-ci à lui restituer la voiture D______/2______, sous la menace de la peine d'amende prévue par l'art. 292 CP, et à lui payer 14'470 fr. avec intérêts à 5% dès le 26 décembre 2018 (terme moyen) pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule précité du 26 mars 2018 au 6 novembre 2019, puis 25 fr. par jour du 7 novembre 2019 jusqu'à restitution du véhicule, avec suite de frais et dépens.
b. Dans sa réponse du 13 juillet 2020, B______ conclut au rejet de l'appel.
Il forme également un appel joint, concluant à l'annulation du chiffre 15 du dispositif du jugement et à ce que la Cour condamne A______ SA à lui payer la somme brute de 1'702 fr. 50 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er juillet 2018 ainsi que la somme de 9'000 fr.
c. A______ SA conclut au rejet de l'appel joint, avec suite de frais et dépens.
d. Par avis du 21 octobre 2020, les parties ont été informées de ce que la cause était gardée à juger, B______ n'ayant pas fait usage de son droit de répliquer à la réponse à l'appel joint.
C. Les faits pertinents suivants ressortent de la procédure :
a. A______ SA est une société anonyme ayant son siège à Genève et dont le but est l'exploitation d'une entreprise de ventilation, de climatisation et d'entretien.
C______ en est l'administrateur unique.
b. B______ a été engagé par A______ SA à compter du 1er janvier 2008 en qualité de délégué technico-commercial pour un salaire mensuel fixe brut de 6'000 fr. ainsi qu'une participation variable sur le chiffre d'affaires annuel à compter de 250'000 fr.
Il bénéficiait notamment d'un véhicule de fonction.
Le contrat prévoyait qu'en cas d'absence due à la maladie, l'employeur versait le salaire durant trois mois de la cinquième à la dixième année de service et durant quatre mois dès la onzième année de service.
c. B______ a par la suite été promu directeur commercial et son salaire mensuel brut est passé à 7'500 fr. en 2010. En janvier 2010, il a également touché une commission de 1.5% sur le chiffre d'affaires de l'année 2009, soit 7'200 fr. 65 bruts. Il n'a plus touché de commission par la suite.
d. Les parties s'opposent sur sa rémunération à compter de 2012.
A______ SA soutient avoir convenu avec B______ ainsi qu'un autre collaborateur, E______, d'un salaire déterminé uniquement en fonction des résultats enregistrés, avec le versement d'avances mensuelles.
B______ admet que des discussions ont eu lieu à cet égard mais conteste que celles-ci aient abouti à un accord conditionnant l'intégralité de son salaire aux résultats de l'entreprise. Il soutient qu'un salaire fixe était convenu, ainsi que le versement d'une prime en cas de bénéfice.
e. Tous les trois mois, B______ et E______ devaient transmettre à la responsable de la gestion et des finances, F______, leurs chiffres d'affaires sous forme de tableau.
Selon A______ SA, cela avait uniquement pour but de déterminer le salaire des deux employés.
B______ a quant à lui déclaré que la transmission des bilans permettait de voir l'activité en fonction des chantiers et de vérifier que celle-ci n'était pas à la dérive.
f. En 2012, le salaire mensuel de B______ a diminué, passant à 6'950 fr. en mai 2012, à 6'000 fr. en juin 2012, à 5'000 fr. en juillet 2012, puis à 4'500 fr. entre août 2012 et août 2013.
Son salaire mensuel brut est ensuite passé à 6'000 fr. de septembre 2013 à mars 2014, puis à 8'000 fr. d'avril 2014 à avril 2016, à l'exception du mois d'octobre 2013 où il s'est élevé à 13'000 fr.
A compter du mois de mai 2016, son salaire mensuel brut s'est élevé à 8'070 fr.
Le témoin F______ a expliqué que l'augmentation mensuelle de 70 fr. à compter de mai 2016 avait eu lieu suite à un courrier reçu de l'Etat ou de l'OCIRT indiquant qu'il fallait augmenter les salaires.
g. Dans le courant de l'année 2017, C______ a proposé à B______ et E______ d'acquérir la société A______ SA.
Ces derniers ont ainsi entamé des pourparlers dans ce sens puis signé une promesse d'achat-vente en date du 20 décembre 2017.
h. Le 7 février 2018, C______ a informé ses deux collaborateurs qu'un potentiel repreneur était d'accord de racheter l'entreprise aux mêmes conditions, en conservant tous les employés, y compris eux-mêmes.
i. Par courriel du 20 octobre 2017, F______ a indiqué à E______ qu'elle était toujours en attente des chiffres concernant 2016 et le 1er trimestre 2017, ainsi que des corrections demandées concernant l'exercice 2015.
j. Le 30 janvier 2018, C______ a réclamé les décomptes correspondants aux exercices 2016 et 2017 à E______ et B______.
k. Par courriels du 12 février 2018, E______ a transmis les résultats du département de nettoyage pour les années 2016 et 2017.
l. Le 22 mars 2018, une réunion a eu lieu entre les parties et E______ afin de discuter de l'exercice comptable de la société pour l'année 2016.
m. A compter du 26 mars 2018, B______ et E______ se sont tous deux trouvés en incapacité de travailler pour cause de maladie.
B______ a recouvré sa pleine capacité de travail le 15 octobre 2018.
n. Il a bénéficié d'indemnités journalières versées par G______ du 25 mai au 14 octobre 2018, sur la base d'une assurance collective d'indemnités journalières en cas de maladie conclue par A______ SA dès le 1er janvier 2016. A teneur de cette police d'assurance, le versement d'indemnités journalières à hauteur de 80% du salaire était prévu dès le 61ème jour de maladie de l'employé et ce, durant une période maximale de 730 jours.
o. Par courriel du 27 mars 2018, C______ a demandé à B______ et E______ de lui indiquer si leurs équipes avaient des travaux planifiés pendant toute leur absence ou s'il devait personnellement prendre les mesures nécessaires à la planification de leurs journées.
p. B______ lui a répondu le jour-même que le travail n'était planifié que jusqu'à la fin de la semaine, soit durant trois jours.
q. Par courrier du 10 avril 2018, A______ SA a rappelé à B______ qu'en sa qualité de travailleur avec un statut particulier et donc des responsabilités particulières, il était contractuellement responsable de la bonne tenue de ses affaires. Elle s'attendait donc, suite à son e-mail du 27 mars 2018, à ce que toutes les dispositions nécessaires à la poursuite des bonnes affaires en cours soit assurée, ce qui n'était pas le cas. Elle le mettait ainsi en demeure de lui transmettre au plus tard le 13 avril 2018 à 19h l'ensemble des consignes, détails, directives, informations et/ou souhaits lui permettant d'assurer l'ensemble des obligations contractuelles qu'il avait prises et ce, afin de préserver les intérêts des collaborateurs, des clients et des fournisseurs et d'éviter de mettre la société en péril.
r. Le 11 avril 2018, A______ SA l'a informé que l'exercice comptable de la société pour l'année 2016 laissait apparaître un solde en sa faveur d'un montant avoisinant 70'000 fr., si bien que sa responsable de gestion et des finances avait procédé à une adaptation immédiate de son salaire afin de ne pas mettre en péril la stabilité financière de l'entreprise. Elle lui demandait de lui soumettre, d'ici au 20 avril 2018, une proposition d'arrangement pour procéder au réajustement des comptes. A défaut, elle se verrait contrainte de prendre toutes les mesures légales à sa disposition, y compris une éventuelle consignation des salaires.
s. B______ a ainsi perçu un salaire mensuel brut de 4'070 fr. pour le mois de février 2018, un montant de 4'000 fr. ayant été retenu sur son salaire.
Il a touché le même montant pour le mois de mars 2018.
t. Le 26 avril 2018, B______ a répondu à son employeuse qu'il se trouvait en incapacité de travail et que ses courriers des 10 et 11 avril 2018 représentaient une atteinte à sa personnalité. Il l'a par ailleurs mise en demeure de lui verser, dans un délai de dix jours, l'intégralité de son salaire pour les mois de février à avril 2018, à défaut de quoi il agirait par la voie de la poursuite. S'agissant du montant de 70'000 fr. avancé par A______ SA, il était fantaisiste et, en tout état de cause, contesté. Par contre, il avait droit à une participation au bénéfice de l'entreprise de l'année 2017 en sus de son salaire.
u. Le 30 avril 2018, A______ SA a indiqué à son employé qu'aucune suite ne serait donnée à son courrier du 26 avril 2018, dans la mesure où son salaire mensuel fixe n'avait jamais été de 8'070 fr. et où aucune gratification calculée sur le bénéfice de l'entreprise n'avait jamais été convenue.
v. Les parties se sont échangés de nombreux courriers, maintenant leurs positions respectives.
w. Le 6 juin 2018, B______ a fait notifier à A______ SA un commandement de payer, poursuite no 1______, portant sur la somme de 16'070 fr., correspondant au montant encore dû à titre de salaire pour les mois de février à avril 2018.
A______ SA y a fait opposition totale.
x. Selon un courriel interne à G______, daté du 9 juillet 2018, A______ SA avait indiqué à celle-ci que les assurés étaient, durant leur incapacité de travail à 100%, en train de prospecter pour des locaux professionnels en vue d'une activité indépendante.
y. Par courrier du 9 octobre 2018, B______ a informé son employeuse qu'il recouvrerait sa pleine capacité de travail le 15 octobre 2018, mais qu'il refuserait d'offrir sa prestation de travail tant que ses salaires échus ne lui seraient pas payés.
z. Par courrier recommandé du même jour, A______ SA a mis un terme au contrat de travail de B______ pour le 31 janvier 2019.
D. a. Le 2 juillet 2018, B______ a saisi l'Autorité de conciliation du Tribunal des prud'hommes d'une demande dirigée contre A______ SA en paiement de la somme totale de 49'140 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès diverses dates.
b. Au bénéfice d'une autorisation de procéder du 10 septembre 2018, il a introduit sa demande en paiement au Tribunal des prud'hommes le 10 décembre 2018, concluant à ce que A______ SA soit condamnée à lui payer une somme totale de 74'587 fr. 75, décomposée comme suit:
4'000 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mars 2018 à titre de solde du salaire du mois de février 2018;
4'000 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er avril 2018 à titre de solde du salaire du mois de mars 2018;
8'070 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er mai 2018 à titre de salaire du mois d'avril 2018;
6'584 fr. 25 bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2018 à titre de solde du salaire du mois de mai 2018;
1'702 fr. 50 bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juillet 2018 à titre de solde du salaire du mois de juin 2018;
4'035 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er novembre 2018 à titre de solde du salaire du mois d'octobre 2018;
8'070 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er décembre 2018 à titre de salaire du mois de novembre 2018;
8'070 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2019 à titre de salaire du mois de décembre 2018;
8'070 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er février 2019 à titre de salaire du mois de janvier 2019;
12'986 fr. bruts avec intérêts à 5% l'an dès le 1er février 2019 à titre d'indemnités pour vacances non prises en nature;
et 9'000 fr. nets à titre d'indemnité pour tort moral.
B______ a également conclu au prononcé de la mainlevée de l'opposition au commandement de payer, poursuite n 1______.
A l'appui de ses conclusions, B______ a notamment expliqué qu'il avait progressivement occupé une position de dirigeant, raison pour laquelle il percevait depuis mai 2016 un salaire mensuel de 8'070 fr. Il avait également été convenu qu'il recevrait une participation sur le chiffre d'affaires annuel de l'entreprise, participation qu'il renonçait à réclamer par économie de procédure et de moyens.
Son contrat de travail prévoyait le paiement intégral du salaire pendant trois mois en cas de maladie, de sorte que A______ SA lui devait 100% de son salaire, soit 8'070 fr., pour les mois d'avril, mai et juin 2018, sous déduction des montants versés par l'assurance.
Il avait également droit à une indemnité pour tort moral en raison des pressions injustifiées et des représailles qu'il avait subies de la part de son ancienne employeuse lorsque celle-ci avait diminué, puis supprimé son salaire lors des négociations portant sur le rachat de la société, respectivement après l'échec de ces pourparlers. A cela s'était ajouté les démarches de A______ SA auprès de G______ visant à empêcher le versement des indemnités perte de gain. Il limitait sa prétention à 9'000 fr. afin qu'elle soit compatible avec une valeur litigieuse inférieure à 75'000 fr.
c. A______ SA a conclu au déboutement de B______ de toutes ses conclusions, avec suite de frais et dépens.
Elle a formé une demande reconventionnelle, concluant, s'agissant des points encore litigieux en appel, à ce que le Tribunal condamne B______ à lui payer 32'368 fr. avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2017 et 10'618 fr. 50 avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2018, condamne celui-ci à lui restituer la voiture D______/2______, sous la menace de la peine d'amende prévue par l'art. 292 CP, et à lui payer 9'275 fr. avec intérêts à 5% dès le 26 décembre 2018 (terme moyen) pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule précité du 26 mars 2018 au 1er avril 2019, puis 25 fr. par jour du 2 avril 2019 jusqu'à restitution du véhicule, avec suite de frais et dépens.
Elle a notamment allégué qu'elle avait proposé à B______ et E______ une rémunération en fonction des résultats enregistrés, correspondant à 90% du chiffre d'affaires par chantier du département "nettoyage d'installations de ventilation" et à 90% du bénéfice réalisé par chaque chantier du département "ventilation, climatisation & froid", sous déduction de l'ensemble des charges en termes de matériel et de main-d'œuvre ainsi que d'une participation aux frais généraux de la société au prorata du nombre d'employés des départements concernés, la garantie de salaire fixe n'étant pas modifiée. Ce mode de rémunération avait été accepté par les deux employés, sans formalisation écrite, en raison du climat de confiance qui régnait depuis plusieurs années entre les parties.
En 2016 et 2017, ceux-ci avaient toutefois perçu trop d'avances sur salaire, soit 64'736 fr. 15, respectivement 21'237 fr. B______ devait ainsi lui rembourser la moitié de ces montants, soit 32'368 fr. pour 2016 et 10'618 fr. 50 pour 2017.
B______ avait par ailleurs conservé indûment son véhicule de fonction. Il devait ainsi être condamné à le lui restituer et à lui verser un dédommagement pour l'appropriation et l'utilisation dudit véhicule depuis le 26 mars 2018.
d. B______ a conclu au déboutement de A______ SA des fins de sa demande reconventionnelle.
Selon lui, il n'avait pas perçu trop de salaire, dans la mesure où il bénéficiait d'un salaire fixe, qui s'élevait en dernier lieu à 8'070 fr., auquel s'ajoutait une part variable sur les résultats. L'éventualité d'un remboursement du salaire en cas de pertes n'avait par ailleurs jamais été évoquée, et un tel remboursement ne lui avait jamais été réclamé auparavant, quand bien même les chiffres de la société avaient été négatifs certaines années.
Son salaire ne lui ayant pas été versé, il avait valablement exercé son droit de rétention sur le véhicule mis à sa disposition par son employeuse et la prétention de celle-ci en dédommagement pour son appropriation et utilisation indue était donc infondée.
e. Par courrier du 23 août 2019, B______ a informé le Tribunal que le témoin F______ semblait se trouver dans un rapport d'extrême dépendance envers C______, dans la mesure où elle était officiellement domiciliée à l'adresse privée de celui-ci, alors qu'elle résidait en réalité en France. Il conviendrait ainsi de prendre en compte ce lien de dépendance dans l'appréciation de la valeur probante de son témoignage.
f. Lors de l'audience de débats d'instruction du 27 août 2019, A______ SA a amplifié ses conclusions, réclamant 12'950 fr. en lieu et place de 9'275 fr. à titre de dédommagement pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule D______/2______ du 26 mars 2018 au 27 août 2019.
g. Par ordonnance de preuve du même jour, le Tribunal a admis, comme moyens de preuve, les titres, l'audition des parties ainsi que l'audition de plusieurs témoins, dont E______.
h. Le Tribunal a entendu les parties ainsi que plusieurs témoins. Les faits pertinents suivants ressortent de leurs déclarations:
h.a. B______ a notamment déclaré qu'en 2012, il y avait eu une restructuration de l'entreprise avec plusieurs licenciements. A ce moment-là, il avait pris la direction du département de nettoyage aux côtés de E______. E______ et lui-même avaient les mêmes responsabilités. Ils avaient deux équipes de deux nettoyeurs ainsi que des sous-traitants. Ils s'occupaient de trouver les clients et les marchés, de l'organisation des travaux, des achats, du suivi du personnel, du salaire du personnel, de la facturation des chantiers et du suivi des encaissements.
Son salaire avait diminué en 2012 d'un commun accord avec C______ et ce, jusqu'à ce que l'entreprise puisse lui assurer un salaire supérieur. Il bénéficiait d'un salaire fixe et d'une prime en sus, calculée sur la base du chiffre d'affaires global de l'année. E______ et lui-même conservaient 90% du chiffre d'affaires du nettoyage et du bénéfice des travaux, après déduction des charges, dont leur salaire. Il avait accepté cette manière de calculer la prime mais n'en avait jamais reçue sur cette base. Il avait reçu un réajustement d'environ 5'000 fr. en 2013, en raison du salaire de 4'500 fr. qu'il avait perçu une année. Il n'avait pas été convenu qu'une part de salaire devait être remboursée en cas de perte et il ne lui avait pas été demandé de rembourser du salaire lorsque les chiffres étaient négatifs.
Il était convenu que les bilans seraient transmis tous les trimestres, puis tous les semestres, compte tenu des délais des factures. La transmission de ces bilans permettait de voir l'activité en fonction des chantiers et de vérifier qu'elle n'était pas en dérive. F______ vérifiait en fin d'année qu'il n'y avait pas d'erreurs ou d'oublis dans l'imputation des éléments de facturation.
Selon B______, C______ exagérait les charges de l'entreprise. Lorsqu'il avait eu accès aux classeurs de factures, il avait remarqué qu'il y figurait des factures qui ne concernaient pas la société, telles que des factures de jardinage de la villa de C______.
Lorsqu'il s'était trouvé en incapacité de travailler du 26 mars au 14 octobre 2018, il avait réellement été malade. Il avait souffert d'un surmenage engendré par le rachat de la société, qui avait connu des rebondissements avec d'autres acheteurs potentiels, et le suivi des affaires de l'entreprise qu'il avait dû assurer en parallèle, ce qui avait généré une grosse fatigue. Durant son arrêt de travail, il n'avait pas recherché des locaux commerciaux pour une activité concurrente.
S'agissant du véhicule de fonction, il l'avait conservé jusqu'à ce jour, mais avait restitué les plaques en décembre 2018 à la demande de A______ SA.
h.b. A______ SA, représentée par C______, a notamment déclaré qu'en 2012, B______ et E______ avaient les mêmes responsabilités et percevaient le même salaire, qu'ils définissaient d'ailleurs eux-mêmes. Celui-ci s'élevait aux 10% du chiffre d'affaires du département nettoyage et aux 10% du bénéfice de tous les autres départements, après déduction au prorata des charges de leurs départements. Toutefois, la perception d'un pourcentage de 10% du chiffre d'affaires pouvait générer des pertes importantes pour la société. Le salaire fixe de B______ n'avait pas été diminué et le remboursement potentiel d'une partie du salaire en cas de perte n'avait pas été évoqué, dans la mesure où il n'était pas possible d'enregistrer des pertes. Lorsque les chiffres étaient négatifs dans les années 2012 à 2014, il n'y avait pas eu de demande de remboursement de salaire, mais les salaires de B______ et de E______ auraient dû être adaptés à leurs chiffres avec un report d'année en année et un décompte final devait être fait lors de la rupture des relations de travail.
Tous les trois mois, B______ et E______ devaient transmettre leurs tableaux financiers pour que F______ puisse les insérer dans la comptabilité générale de l'entreprise. Le seul et unique but était de déterminer les salaires de B______ et de E______. F______ faisait des vérifications sur les chiffres qui lui étaient transmis et versait ensuite les rémunérations convenues. Dès qu'elle était en possession des chiffres que lui transmettaient B______ et E______, elle avait une vision financière de l'entreprise. Elle n'avait toutefois aucune vision pour 2016 et 2017, car les chiffres ne lui avaient pas été transmis.
Ces chiffres avaient finalement montré un trop perçu de salaire d'environ 70'000 fr. en 2016 et de 20'000 fr. en 2017. Les salaires de février et mars 2018 avaient ainsi été versés avec une déduction d'une partie du trop-perçu et A______ SA avait ensuite cessé de verser les salaires, sur conseil de son avocat de l'époque.
B______ et E______ avaient été convoqués par C______ pour une réunion le 26 mars 2018, pour leur expliquer qu'ils avaient perçu trop de salaire et essayer de trouver une solution, soit un amortissement "sympathique". B______ avait été en incapacité de travail dès le lendemain de cette réunion.
h.c. H______, comptable auprès de la fiduciaire s'occupant des affaires de A______ SA depuis une dizaine d'années, entendu en qualité de témoin, a notamment déclaré qu'à partir de 2012 ou 2013, C______ avait proposé à E______ et B______ une rémunération correspondant, à son souvenir, à 10% du chiffre d'affaires du nettoyage et 10% du bénéfice pour tous les autres départements, ceci représentant l'entièreté du salaire convenu. A______ SA lui avait commandé un rapport sur ce mode de rémunération, lequel devait servir à mesurer quel était le mode de rémunération le plus favorable pour les collaborateurs. Constatant que ce rapport était daté de 2014, le témoin a ensuite indiqué que l'accord pour le nouveau mode de rémunération avait dû être fait après la fin 2014.
B______ et E______ devaient transmettre leur chiffre d'affaires à F______ au moins une fois par année afin de vérifier si les avances de salaire qu'elle avait versées présentaient un delta avec la rémunération due sur le chiffre d'affaires et déterminer s'il existait un reliquat en faveur de A______ SA ou des deux collaborateurs. Celle-ci avait toutefois de la peine à obtenir les pièces, notamment les chiffres pour l'années 2016. Selon le témoin, les deux employés avaient accepté cette manière de faire "puisqu'ils n'avaient jamais réclamé pendant plusieurs années".
h.d. F______, travaillant pour A______ SA depuis 2007, initialement comme employée de bureau puis en qualité d'assistante de direction depuis 2011, entendue en qualité de témoin, a notamment déclaré qu'elle habitait en France avant juillet 2019 et avait alors une adresse administrative chez C______. Ce dernier était son employeur, mais également un ami. Elle était partie en vacances avec lui et sa famille, mais n'avait pas de relation intime avec lui.
En 2012, elle avait assisté à une réunion avec C______, B______ et E______, lors de laquelle le premier avait proposé à ses deux collaborateurs de modifier les modalités de paiement de leur salaire à compter du 1er mai 2012. Les deux employés devaient garder 90% du chiffre d'affaires du département nettoyage et 90% du bénéfice des autres départements, les 10% restants devant être versés à A______ SA. Sur ce calcul, les charges étaient divisées au prorata du nombre d'employés de leur département. Cette méthode de rémunération devait s'élever à plus que 3'200 fr. E______ et B______ avaient accepté cette proposition, ce qui n'avait malheureusement pas été convenu par écrit en raison de la confiance qu'avait C______ en ses deux collaborateurs.
Il avait été convenu que B______ et E______ lui transmettraient leur chiffre d'affaires tous les trois mois afin qu'elle puisse faire un bilan de l'avance des salaires. Ils ne les lui transmettaient toutefois pas malgré ses relances. Elle vérifiait toujours les chiffres transmis, dans la mesure où ils comportaient beaucoup d'erreurs. Les vérifications finales se faisaient l'année suivante, lorsqu'elle avait terminé la comptabilité.
B______ et E______ lui avaient demandé beaucoup de documents en vue du rachat de la société. Elle leur avait notamment donné accès aux bilans révisés, les contrôles AVS, la taxation, les contrôles TVA et avait également établi un budget. Les précités n'avaient toutefois jamais eu accès aux grands livres intégraux, car elle devait demander l'autorisation de C______ à cet effet.
En 2017, B______ et E______ se comportaient en tant que chefs et ne transmettaient pas leurs chiffres dans la mesure où ils disaient racheter la société.
Lorsque B______ et E______ lui avaient transmis leurs chiffres pour les années 2015 (corrigés), 2016 et 2017, elle s'était rendue compte qu'elle leur avait trop versé pour les années 2016 et 2017. Lorsqu'elle leur avait donné les fiches de salaire à fin février 2018, elle leur avait expliqué que les chiffres facturés en février ne correspondaient pas à l'avance qu'elle devait leur verser. De plus, de nombreux clients ne payaient pas leurs factures et les deux employés ne faisaient rien pour encaisser cet argent, malgré ses demandes. Elle avait ainsi pris la décision de diminuer leur avance d'un montant de 4'000 fr. Elle avait effectivement versé durant des années une avance de 8'000 fr. à B______ et E______, car elle n'avait pas les décomptes finaux lui permettant de savoir qu'ils avaient trop perçu. L'augmentation de salaire avait commencé à partir de mars 2014. La perte existant en 2014 avait été reportée sur les chiffres de 2015 et, en 2015, le résultat était positif et avait été reporté sur les chiffres 2016.
En mars 2018, une réunion s'était tenue avec C______, B______ et E______ afin de discuter de divers points relatifs à la comptabilité de la société. Le lendemain de cette réunion, les deux employés étaient en arrêt maladie, laissant leur département sans planification. Elle s'était alors retrouvée avec quatre personnes sans travail et avait donc directement contacté les clients pour trouver des chantiers.
i. Par courrier du 9 octobre 2019, B______ a produit le procès-verbal d'audition de E______ et de A______ SA du 8 octobre 2019 dans la procédure C/3______/2018 et indiqué que dans la mesure où ce titre rendait redondante l'audition de E______, il renonçait à sa réquisition de preuve sur ce point.
j. Lors des plaidoiries finales du 6 novembre 2019, A______ SA a modifié ses conclusions, réclamant désormais 12'480 fr. 50 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2018 à titre de trop-perçu de salaires en 2017, 14'470 fr. avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 26 décembre 2018 (date moyenne) pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule de fonction ainsi que 25 fr. par jour dès le 7 novembre 2019. Elle a persisté dans ses conclusions pour le surplus, de même que B______.
E. Dans le jugement querellé, le Tribunal a notamment retenu que l'amplification de la demande reconventionnelle intervenue le 6 novembre 2019 était irrecevable, dès lors qu'elle avait eu lieu bien après l'ouverture des débats principaux et que la demanderesse reconventionnelle n'avait pas invoqué de nova pour la justifier.
Il n'y avait par ailleurs pas lieu de tenir compte du procès-verbal d'audition de E______ du 8 octobre 2019, dans la mesure où celui-ci ne pouvait représenter une offre de preuve, s'agissant uniquement des propos tenus par le précité par-devant le Tribunal en lien avec la procédure qu'il avait initiée à l'encontre de A______ SA.
S'agissant de la rémunération de B______, les différentes déclarations des parties et des témoins étaient floues et certaines contradictoires, de sorte qu'il n'était pas possible de déterminer la rémunération de l'employé au regard de ces déclarations. Il convenait dès lors de rechercher la réelle et commune intention des parties. A ce sujet, il ressortait de leurs déclarations qu'elles avaient toutes deux eu l'intention de prévoir un salaire mensuel fixe, A______ SA ayant toutefois eu dans l'idée que le montant de ce salaire serait revu en fin d'année en fonction du résultat final, alors que B______ pensait que le revenu lié au chiffre d'affaires et au bénéfice constituait une rémunération variable, en sus de son salaire fixe. Les volontés intimes des parties divergeant totalement, il convenait d'interpréter leurs volontés selon le principe de la confiance.
A cet égard, le Tribunal a relevé qu'un mode de rémunération uniquement basé sur les chiffres de la société était très compliqué à effectuer pour des employés et n'était pas réaliste, dès lors que les montants des salaires auraient dû être adaptés tous les mois ou tous les trois mois en fonction des chiffres obtenus, lesquels auraient encore dû faire l'objet de nombreux calculs afin de déduire les charges. Ce mode de rémunération n'était pas indiqué pour des employés, mais plutôt pour des indépendants, ce que B______ n'était pas, en dépit de ses grandes responsabilités. A cela s'ajoutait le fait que B______ et son collègue avaient toujours perçu une rémunération fixe durant de nombreuses années, soit un montant mensuel brut de 6'000 fr. dès septembre 2013 et 8'000 fr. dès avril 2014, sans qu'aucune adaptation de salaire n'ait été effectuée en fin d'année en fonction des résultats finaux réalisés par la société et ce, quand bien même les résultats n'avaient pas été positifs. Par conséquent, B______ ne pouvait que penser de bonne foi qu'il bénéficiait d'un salaire fixe. La volonté des parties était ainsi de prévoir un salaire fixe, lequel avait été convenu en dernier lieu à 8'070 fr., ainsi qu'une rémunération variable, laquelle devait se calculer selon les résultats de la société.
B______ n'avait ainsi pas reçu trop de salaire pour les années 2016 et 2017, de sorte qu'il ne devait rien rembourser à A______ SA à ce titre, laquelle devait au contraire encore lui verser du salaire.
En particulier, l'assurance perte de gain n'intervenant qu'au 61ème jour d'incapacité de travail, B______ avait droit au paiement de 8'070 fr. brut pour le mois d'avril 2018 et de 6'678 fr. 60 pour la période du 1er au 25 mai 2018, l'assurance perte de gain lui ayant versé 80% du salaire dès le 25 mai 2018, ce qui devait être considéré comme équivalent au régime minimum légal de l'art. 324a CO. Le fait que le contrat de travail prévoyait le paiement du salaire durant trois mois en cas de maladie ne trouvait plus application, au vu du contrat d'assurance perte de gain conclu par la suite. B______ n'avait ainsi pas droit au paiement de l'intégralité de son salaire du 24 mai 2018 au 30 juin 2018, celui-ci ayant été entièrement payé par les indemnités journalières.
S'agissant de la prétention de B______ tendant au versement d'une indemnité de 9'000 fr. pour tort moral, l'absence de versement du salaire n'avait pas eu lieu en vue de faire pression sur l'employé ou en guise de représailles, dès lors que A______ SA pensait intimement que la rémunération de B______ était uniquement basée sur les résultats de la société, raison pour laquelle elle avait cessé tout versement de salaire afin de combler l'écart existant entre les salaires versés et la perte effectuée. De plus, A______ SA avait trouvé un nouvel acheteur potentiel à son acquisition, de sorte qu'elle n'avait aucun intérêt à se livrer à des représailles à l'égard de son employé qui avait refusé le rachat. Par ailleurs, si l'absence de versement de salaire constituait certes une violation contractuelle, B______ ne prouvait pas que cette violation l'aurait atteint dans sa personnalité. Au contraire, il avait allégué que son atteinte à la santé était due à du surmenage suite aux évènements ayant entouré le rachat de la société, avec d'autres potentiels acheteurs, ainsi qu'au fait qu'il avait dû s'assurer, en parallèle, du suivi des affaires de la société. De plus, les évènements propres au rachat de la société ne relevaient pas des rapports de travail et ne sauraient dès lors être pris en compte pour déterminer une éventuelle atteinte à la personnalité du travailleur. B______ ne prouvant pas la condition de l'atteinte illicite à sa personnalité par son ancienne employeuse, il n'avait pas droit au paiement d'un tort moral.
Enfin, l'employé disposait d'un droit de rétention sur son véhicule de fonction, l'autorisant à le conserver tant qu'il ne percevrait pas son salaire, dès lors qu'un rapport de connexité existait entre la créance salariale et l'objet retenu. A______ SA ne pouvait ainsi réclamer un dédommagement à son ancien employé pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule. En revanche et dans la mesure où le litige entre les parties était tranché par le jugement, B______ devait désormais restituer le véhicule à son ancienne employeuse, dès l'entrée en force du jugement. Le précité n'ayant aucun intérêt à ne pas restituer le véhicule, il pouvait être renoncé à le menacer des peines prévues à l'art. 292 CP.
EN DROIT
En l'espèce, la valeur litigieuse est supérieure à 10'000 fr., de sorte que la voie de l'appel est ouverte.
1.2 Déposé dans le délai utile de trente jours et selon la forme prescrite par la loi (art. 130, 131 et 311 CPC), l'appel est recevable.
Il en va de même de l'appel joint, formé dans la réponse à l'appel principal (art. 312 al. 2 et 313 al. 1 CPC),
1.3 La Cour revoit la cause avec un plein pouvoir d'examen en fait et en droit (art. 310 CPC), mais uniquement dans la limite des griefs qui sont formulés (ATF 142 III 413 consid. 2.2.4 et les références citées).
Dans la mesure où la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr., les maximes des débats (art. 55 al. 1 cum 247 al. 2 let. b ch. 2 CPC) et de disposition (art. 58 al. 1 CPC) sont applicables. La présente cause est en outre régie par la procédure ordinaire (art. 243 al. 1 et 2 a contrario CPC).
1.4 A juste titre, les parties ne remettent pas en cause la compétence des tribunaux genevois (art. 19 CL), ni l'application du droit suisse au présent litige (art. 121 al. 1 LDIP).
2.1 Selon l'art. 317 al. 1 CPC, les faits et moyens de preuve nouveaux ne sont pris en considération en appel que s'ils sont invoqués ou produits sans retard (let. a) et s'ils ne pouvaient pas être invoqués ou produits devant la première instance bien que la partie qui s'en prévaut ait fait preuve de la diligence requise (let. b). Les deux conditions sont cumulatives (ATF 144 III 349 consid. 4.2.1; arrêt du Tribunal fédéral 5A_436/2020 du 5 février 2021 consid. 4.3).
S'agissant des vrais nova, la condition de nouveauté posée par la lettre b est sans autre réalisée et seule celle d'allégation immédiate doit être examinée. En ce qui concerne les pseudo nova, il appartient au plaideur qui entend les invoquer devant l'instance d'appel de démontrer qu'il a fait preuve de la diligence requise, ce qui implique notamment d'exposer précisément les raisons pour lesquelles le moyen de preuve n'a pas pu être produit en première instance (ATF 144 III 349 consid. 4.2.1; arrêt du Tribunal fédéral 5A_436/2020 précité consid. 4.3).
2.2 En l'espèce, l'appelante a allégué sous le chiffre 12 que "[la rémunération de l'intimé] garantissait au minimum le montant du précédent salaire fixe" et cite un passage de procès-verbal d'audition de témoin. Or, si cet allégué est similaire à l'allégué 49a de la demande reconventionnelle, il excède celui-ci par la référence au "précédent" salaire fixe. Dans cette mesure seulement, il est nouveau et irrecevable, l'appelante n'ayant pas démontré avoir fait preuve de la diligence requise conformément à l'art. 317 al. 1 let. b CPC. Le reste du chiffre 13 ne constitue en revanche pas un allégué en tant que tel, mais une simple retranscription de procès-verbaux illustrant le propos de l'appelant, de sorte qu'il n'y a pas lieu de le déclarer irrecevable.
L'allégué 25 de l'appelante, selon lequel "[l]es deux collaborateurs avaient accès à l'ensemble des chiffres de l'entreprise", constitue une version positive de l'allégué 158 de la réponse à la demande reconventionnelle, indiquant qu'"[i]ls n'[avaient ] jamais eu accès aux livres de comptes de [l'appelante]". Il ne saurait par conséquent être déclaré irrecevable, de même que la citation du témoignage de F______, qui ne constitue que l'offre de preuve pour cet allégué et non un allégué en tant que tel.
En revanche, l'allégué 26 de l'appelante, selon lequel l'intimé recevait les informations nécessaires à la détermination de sa rémunération, n'a fait l'objet d'aucune allégation en première instance, le seul fait qu'il soit lié d'une manière générale à la rémunération de l'intimé n'étant à cet égard pas suffisant. Dans la mesure où l'appelante n'explique pas pour quelle raison elle aurait été empêchée de s'en prévaloir devant les premiers juges, cet allégué est irrecevable.
L'intimé lui fait quant à lui grief d'avoir écarté le procès-verbal d'audition de E______ et de l'appelante dans la cause C/3______/2018.
3.1. 3.1.1 Selon l'art. 227 al. 1 CPC, la demande peut être modifiée si la prétention nouvelle ou modifiée relève de la même procédure et que l'une des conditions suivantes est remplie: la prétention nouvelle ou modifiée présente un lien de connexité avec la dernière prétention (let. a); la prétention adverse consent à la modification de la demande (let. b).
Aux débats principaux en revanche, la demande ne peut être modifiée que si les conditions fixées à l'art. 227 al. 1 sont remplies (art. 239 al. 1 let. a CPC) et si la modification repose sur des faits ou des moyens de preuve nouveaux (art. 230 al. 1 let. b CPC).
3.1.2 Selon l'art. 168 al. 1 CPC les moyens de preuve sont le témoignage (let. a), les titres (let. b), l'inspection 8let. c), l'expertise (let. d), les renseignements écrits (let. e) ainsi que l'interrogatoire et la déposition de partie (let. f).
Les titres sont des documents propres à prouver des faits pertinents (art. 177 CPC).
3.2 3.2.1 En l'espèce, la recevabilité de l'amplification des conclusions de l'appelante tendant au remboursement d'un trop-perçu de salaire pour l'année 2017 et au versement d'un dédommagement pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule de fonction à l'occasion des plaidoiries finales peut demeurer indécise, dès lors que ces prétentions sont en tout état rejetées (cf. infra consid. 4.2 et 7.2.3).
3.2.2 S'agissant du procès-verbal d'audition du 8 octobre 2019, c'est à tort que le Tribunal l'a écarté au motif qu'il ne pouvait représenter une preuve. En effet, cette pièce constitue un titre et donc un moyen de preuve au sens de l'art. 168 al. 1 let. b CPC. De plus, le Tribunal avait admis le témoignage de E______ comme moyen de preuve dans la présente procédure et l'intimé n'y a renoncé qu'en raison de la production du procès-verbal d'audition du 8 octobre 2019, dans la mesure où les faits sur lesquels E______ s'était prononcé à cette occasion étaient les mêmes que ceux sur lesquels il aurait été invité à témoigner dans la présente procédure.
Il sera par conséquent tenu compte de cette pièce.
4.1. 4.1.1 Selon l'art. 322 al. 1 CO, l'employeur paie au travailleur le salaire convenu, usuel ou fixé par un contrat-type de travail ou par une convention collective.
Les parties peuvent convenir que le travailleur percevra une rémunération liée aux résultats de l'exploitation de l'entreprise (art. 322a CO). Cette forme est en principe complémentaire au salaire de base. Toutefois, les parties peuvent convenir d'une rémunération exclusivement liée au résultat de l'exploitation, pour autant qu'elle soit convenable au regard des services rendus (art. 349a al. 2 CO p.a.; arrêt du Tribunal fédéral 4A_435/2015 du 14 janvier 2016 consid. 2.1). Pour être convenable, la rémunération doit assurer au travailleur un gain lui permettant de vivre décemment, compte tenu de son engagement au travail, de sa formation, de ses années de service, de son âge et de ses obligations sociales ainsi que de l'usage de la branche (ATF 139 III 214 consid. 5.2; 129 III 664 consid. 6.1).
4.1.2 En présence d'un litige sur l'interprétation de clauses contractuelles, le juge doit rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices. Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes (ATF 144 III 93 consid. 5.2.2; arrêt du Tribunal fédéral 4A_498/2018 du 11 avril 2019 consid. 5.1.1).
Ce n'est que si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, qu'il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre, c'est-à-dire conformément au principe de la confiance. Les circonstances déterminantes à cet égard sont uniquement celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté, mais non pas les événements postérieurs (ATF 144 III 93 consid. 5.2.3; arrêt du Tribunal fédéral 4A_498/2018 précité consid. 5.1.2).
4.2 En l'espèce, l'appelante soutient que les parties ont convenu d'un revenu fondé uniquement sur les résultats - soit 90% du chiffre d'affaires du département "nettoyage d'installations de ventilation" et 90% du bénéfice réalisé par le département "ventilation, climatisation & froid" sous déduction de l'ensemble des charges - avec le versement d'avances, ce que démontrent selon elle les déclarations de son administrateur et des témoins F______ et H______. L'intimé admet que des discussions ont eu lieu à cet égard mais conteste que celles-ci aient abouti à un accord conditionnant l'intégralité de son salaire aux résultats de l'entreprise.
Il convient donc de rechercher la réelle et commune intention des parties sur la rémunération de l'intimé. A cet égard, le fait qu'elles adoptent chacune une position différente en procédure ne permet pas d'emblée d'écarter toute volonté réelle et commune sur ce point, contrairement à ce qu'a retenu le Tribunal, lequel s'est par ailleurs livré à une interprétation fondée sur le principe de la confiance en examinant néanmoins des éléments postérieurs à l'accord allégué, lesquels n'entrent en considération que dans le cadre de l'interprétation subjective.
En l'occurrence, l'administration des preuves n'a pas démontré que les parties avaient la volonté réelle et commune d'adopter un mode de rémunération fondé uniquement sur les résultats avec le versement d'avances, contrairement à ce que soutient l'appelant.
Si les témoins F______ et H______ ont déclaré qu'une telle rémunération aurait été convenue par les parties, celle effectivement perçue par l'intimé depuis 2012 démontre le contraire. En effet, le chiffre d'affaires et le bénéfice annuels de l'appelante n'ont à aucun moment donné lieu à un ajustement du salaire de l'intimé, comme cela aurait dû être le cas si le mode de rémunération allégué par l'appelante avait été convenu par les parties. Certes, les comptes des années 2016 et 2017 n'ont été transmis que tardivement au début de l'année 2018, de sorte qu'une éventuelle adaptation du salaire n'aurait pas pu avoir lieu avant 2018 pour ces années-là. En revanche, les résultats des années précédentes n'ont pas donné lieu à une adaptation systématique du salaire de l'intimé, par un versement complémentaire à celui-ci ou un remboursement du trop-perçu à l'appelante, l'intégralité des pertes et des bénéfices ayant au contraire été reportés sur les exercices suivants. A cela s'ajoute le fait que les bulletins de salaire désignent le montant versé mensuellement comme "salaire" et non comme "avance" et que les parties admettent n'avoir jamais discuté d'un éventuel remboursement d'un "trop perçu" de salaire. De plus, l'appelante a allégué dans ses écritures de première instance que la garantie d'un salaire fixe n'était pas modifiée par le mode de rémunération envisagé.
Dans ces conditions, les témoignages de F______ et de H______ ne suffisent pas à remettre en cause le mode rémunération appliqué durant plusieurs années par les parties. De plus, les déclarations de F______ sont à apprécier avec réserve, dans la mesure où elle est toujours employée par l'appelante et entretient une relation amicale avec son administrateur unique, avec lequel elle part même en vacances. Les déclarations du témoin H______ sont par ailleurs confuses, en tant qu'il a indiqué que le changement dans la rémunération de l'intimé était intervenu en 2012-2013, avant d'affirmer que l'accord pour le nouveau mode de rémunération avait dû être fait après la fin 2014. En outre, la nouvelle rémunération de l'intimé et de E______ était selon lui de 10% du chiffre d'affaires du département nettoyage et 10% du bénéfice des autres départements, ce qui ne correspond pas aux chiffres allégués, ni à ceux indiqués par la témoin F______.
Enfin, l'appelante s'est elle-même également montrée confuse au sujet du mode de rémunération qu'elle allègue, soutenant dans ses écritures qu'elle s'élevait à 90% du chiffre d'affaires et du bénéfice, sous déduction des charges, et déclarant en audience que ce pourcentage était de 10%. L'inconstance de ses propos constitue un indice supplémentaire de l'absence d'accord sur un tel mode de rémunération.
Au vu de ce qui précède, la rémunération convenue par les parties comportait à tout le moins une partie fixe, s'élevant en dernier lieu à 8'070 fr. bruts par mois, montant qui ne fait l'objet d'aucun grief motivé en appel. Cette volonté réelle des parties ressortant des circonstances du cas d'espèce, en particulier du salaire effectif perçu par l'intimé durant de nombreuses années, il n'est pas utile de procéder à une interprétation objective selon le principe de la confiance.
L'appelante a donc été déboutée à juste titre de ses prétentions en remboursement d'un trop-perçu de salaire et le jugement entrepris sera confirmé sur ce point.
Les chiffres 4 à 14 du dispositif de ce jugement seront également confirmés, l'appelante ne formulant aucun grief spécifique et motivé sur ces points, autre que celui examiné ci-dessus.
5.1 Selon l'art. 328 al. 1 première phrase CO, l'employeur protège et respecte, dans les rapports de travail, la responsabilité du travailleur; il manifeste les égards voulus pour sa santé et veille au maintien de la moralité.
En cas de violation de l'art. 328 al. 1 CO, l'employé peut prétendre à une indemnité pour tort moral aux conditions de l'art. 49 al. 1 CO. Selon cette disposition, celui qui subit une atteinte illicite à sa personnalité a droit à une somme d'argent à titre de réparation morale, pour autant que la gravité de l'atteinte le justifie et que l'auteur ne lui ait pas donné satisfaction autrement. N'importe quelle atteinte ne justifie pas une indemnité; l'atteinte doit revêtir une certaine gravité objective et être ressentie par la victime, subjectivement, comme une souffrance morale suffisamment forte pour qu'il apparaisse légitime de s'adresser au juge afin d'obtenir réparation. Le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation pour déterminer si les circonstances justifient une indemnité pour tort moral dans le cas particulier (arrêts du Tribunal fédéral 4A_326/2020 du 1er décembre 2020 consid. 3.2; 4A_714/2014 du 22 mai 2015 consid. 2.2).
Un rapport de causalité naturelle et adéquate doit être établi entre l'atteinte à la personnalité et le préjudice invoqué (arrêts du Tribunal fédéral 4A_123/2020 du 30 juillet 2020 consid. 4.2; 4A_680/2012 du 7 mars 2013 consid. 5.2).
5.2 En l'espèce, l'intimé fait valoir qu'en retenant une partie de son salaire, puis en supprimant tout versement de celui-ci, son employeuse aurait fait pression sur lui dans le cadre des négociations portant sur la reprise de l'entreprise, puis exercé des représailles suite à sa renonciation d'acquérir la société. Il avait été privé de tous revenus pendant de nombreux mois, l'appelante ayant même tenté d'empêcher le versement d'indemnités journalières par l'assurance en leur indiquant faussement qu'il prospectait pour des locaux professionnels pendant son arrêt de travail. De plus, l'appelante n'avait pas émis de bulletins de salaire depuis mars 2018, ce qui l'avait empêché d'accomplir des démarches auprès de Pôle Emploi. L'existence d'une souffrance suffisante justifiant la réparation du tort moral était ainsi fortement vraisemblable au regard des éléments précités.
Or, si l'appelante a violé ses obligations contractuelles en ne versant pas son salaire à l'intimé, il n'en découle pas pour autant une atteinte à la personnalité de celui-ci. Il n'est en particulier pas établi qu'elle aurait agi ainsi afin d'exercer une pression puis des représailles envers l'intimé en lien avec le rachat de la société. En effet et comme l'a retenu à juste titre le Tribunal, l'appelante n'avait aucun intérêt à se livrer à de telles manœuvres, dans la mesure où elle avait trouvé de nouveaux acquéreurs pour le rachat de la société.
L'intimé ne fait par ailleurs état d'aucune souffrance morale particulière ressentie en raison de ce qui précède ou des indications données par l'appelante à l'assurance, lesquelles n'ont du reste causé aucune interruption du versement de ses indemnités journalières. Certes, l'intimé s'est trouvé en incapacité de travailler du 26 mars au 14 octobre 2018. Il l'a toutefois expliqué par le surmenage engendré par les négociations liées au rachat de la société avec d'autres potentiels acquéreurs et le suivi, en parallèle, des affaires de la société, et non par des souffrances causées par une atteinte à sa personnalité.
S'agissant enfin des démarches à Pôle Emploi qui auraient été entravées par l'absence de bulletins de salaire depuis mars 2018, l'intimé se prévaut pour la première fois en appel de ce que cela serait constitutif d'une atteinte à sa personnalité. Il n'établit en tout état pas que l'absence de ses bulletins de salaire aurait eu de telles conséquences au niveau de l'assurance-chômage et n'évoque aucune souffrance morale personnellement ressentie de ce fait ou, plus largement, en raison d'éventuelles difficultés financières.
Au vu de ce qui précède, les conditions à l'octroi d'une indemnité pour tort moral ne sont pas remplies en l'espèce, faute notamment de souffrance morale suffisamment forte éprouvée par l'intimé. Le Tribunal était donc fondé à rejeter ses prétentions tendant au versement de 9'000 fr. à ce titre et le jugement entrepris sera confirmé sur ce point.
6.1 Selon l'art. 324a al. 1 CO, si le travailleur est empêché de travailler sans faute de sa part pour des causes inhérentes à sa personne, telles que la maladie, l'employeur lui verse le salaire pour un temps limité, dans la mesure où les rapports de travail ont duré plus de trois mois ou ont été conclus pour plus de trois mois.
La durée du droit au salaire est de trois semaines pendant la première année de service (art. 324a al. 2 CO) puis, conformément à l'échelle bernoise généralement appliquée à Genève, de quatre mois de la dixième à la quatorzième année de service (Wyler/Heinzer, Droit du travail, 2019, p. 310-311).
Un accord écrit, un contrat-type de travail ou une convention collective peut déroger aux présentes dispositions à condition d'accorder au travailleur des prestations au moins équivalentes (art. 324a al. 4 CO).
Outre l'équivalence, un éventuel accord des parties doit respecter la forme écrite (cf. art. 11ss CO), laquelle couvrira les points essentiels du régime dérogatoire, à savoir les risques couverts, le pourcentage du salaire assuré, la durée des prestations, les modalités de financement des primes et, le cas échéant, le délai d'attente; un renvoi aux conditions générales d'assurance ou à un autre document tenu à disposition du travailleur est suffisant; l'accord doit être signé par les deux parties (ATF 131 III 623 consid. 2.5.1; arrêt du Tribunal fédéral 4A_228/2017 du 23 mars 2018 consid. 2.2).
Si l'exigence d'équivalence ou de forme écrite n'est pas satisfaite, le régime légal trouve application (arrêt du Tribunal fédéral 4A_98/2014 du 10 octobre 2014 consid. 4.2.1). Les exigences de forme représentent en effet une condition de validité de l'accord des parties (art. 11 al. 2 CO). Toutefois, l'exigence de la forme écrite a pour but de protéger le travailleur. Aussi, l'inapplicabilité d'un système conventionnel dérogatoire plus favorable au travailleur en raison du seul non-respect de la condition de la forme écrite aboutirait à un résultat inadapté. Dans une telle situation, le vice de forme doit être considéré comme guéri et conduire à l'application du régime dérogatoire (arrêt du Tribunal fédéral 4A_517/2010 du 11 novembre 2010 consid. 4.2 et 4.3).
L'employé peut commettre un abus de droit en réclamant le solde de son salaire alors qu'il a bénéficié de larges prestations de l'assurance (arrêt du Tribunal fédéral 4A_98/2014 précité consid. 4.2.1).
6.2 En l'espèce, l'intimé s'est trouvé en incapacité de travailler du 26 mars au 14 octobre 2018 alors qu'il se trouvait dans sa onzième année de service, ce qui lui donnait droit, tant d'après son contrat de travail que selon le régime légal de base, au paiement de son salaire pendant quatre mois.
L'appelante a toutefois conclu un contrat d'assurance collective prévoyant le versement d'indemnités journalières correspondant à 80% du salaire dès le 61ème jour de maladie de l'employé et ce, durant une période maximale de 730 jours. Il n'est pas contesté que cette dérogation au régime légal n'a pas fait l'objet d'un accord écrit entre les parties. Cela étant, dans la mesure où l'exigence formelle de l'art. 324a al. 4 CO tend à protéger les employés, le vice de forme doit être considéré comme guéri et conduire à l'application du système conventionnel dérogatoire lorsque celui-ci est plus favorable au travailleur que le régime de base.
En l'occurrence, aucune des parties ne conteste que l'appelante devait payer à l'intimé l'intégralité de son salaire durant le délai d'attente de 60 jours, soit jusqu'au 24 mai 2018. Selon l'assurance-collective conclue par l'appelante, 80% du salaire devait ensuite être versé entre le 25 mai et le 14 octobre 2018 par l'assurance. Le régime dérogatoire (droit à 100% du salaire pendant 2 mois, puis 80% pendant 4,5 mois) est ainsi plus avantageux que le régime légal de base (droit à 100% du salaire pendant 4 mois) dans le cas d'espèce. Dans ces conditions, l'absence d'accord écrit ne saurait faire échec à l'application du système dérogatoire. C'est donc à bon droit que le Tribunal a débouté l'intimé de ses prétentions en paiement de la différence entre les indemnités journalières perçues en juin 2018 et le plein de son salaire.
Le jugement entrepris sera par conséquent confirmé sur ce point.
L'appelante fait quant à elle grief aux premiers juges de ne pas avoir assorti cette condamnation de la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP et de l'avoir débouté de sa prétention en dédommagement pour appropriation et utilisation du véhicule depuis le 26 mars 2018.
7.1. 7.1.1 Selon l'art. 339a CO, au moment où le contrat prend fin, les parties se rendent tout ce qu'elles se sont remis pour la durée du contrat (al. 1). Le travailleur restitue notamment les véhicules à moteur et les permis de circulation (al. 2). Les droits de rétention des parties sont réservés (al. 3).
Ce droit de rétention dit "spécial" constitue une concrétisation du droit de rétention de l'art. 895 CC et les art. 895 à 898 CC lui sont applicables (Foëx, in Commentaire romand, Code civil II, 2017, n. 11 ad art. 895 CC).
Le créancier qui, du consentement du débiteur, se trouve en possession de choses mobilières appartenant à ce dernier, a le droit de les retenir jusqu'au paiement, à la condition que sa créance soit exigible et qu'il y ait un rapport naturel de connexité entre elle et l'objet retenu (art. 895 al. 1 CC). Le créancier qui n'a reçu ni paiement ni garantie suffisante peut, après un avertissement préalable donné au débiteur, poursuivre comme en matière de nantissement la réalisation de la chose retenue (art. 898 al. 1 CC).
7.1.2 Lorsqu'il rend une décision finale, le tribunal ordonne des mesures d'exécution sur requête de la partie qui a eu gain de cause (art. 236 al. 3 CPC). Lorsque la décision prescrit une obligation de faire, de s'abstenir ou de tolérer, le tribunal de l'exécution peut assortir la décision de la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP (art. 343 al. 1 let. a CPC). Selon l'art. 292 CP, celui qui ne se sera pas conformé à une décision à lui signifiée, sous la menace de la peine prévue au présent article, par une autorité ou un fonctionnaire compétents sera puni d'une amende.
La menace de la peine prévue à l'art. 292 CP constitue une règle de contrainte propre à favoriser l'exécution de la décision. Dans l'hypothèse où des circonstances font apparaître que celle-ci sera exécutée sans problème, il n'apparaît pas insoutenable de renoncer à menacer la partie qui succombe de la sanction prévue par cette norme pénale (arrêt du Tribunal fédéral 5A_839/2010 du 9 août 2011 consid. 6.3).
7.2. 7.2.1 En l'espèce, la créance de l'intimé a été confirmée ci-dessus (cf. supra consid. 4.2 in fine) et la réalisation des conditions du droit de rétention n'est pour le surplus pas remise en cause par les parties, de sorte que celui-ci sera confirmé. L'intimé est ainsi en droit de retenir le véhicule litigieux jusqu'au paiement de sa créance par l'appelante conformément au jugement entrepris, ou de le faire réaliser aux conditions de l'art. 898 al. 1 CC.
Dans ces conditions, le Tribunal n'était pas fondé à condamner l'intimé à restituer le véhicule précité à l'entrée en force du jugement sans condition, dans la mesure où cela revient à le priver de son droit de rétention alors même qu'il ne serait pas nécessairement désintéressé à cette date.
L'intimé sera par conséquent condamné à restituer le véhicule dès réception du paiement intégral des montants dus conformément aux chiffres 4 à 13 du dispositif du jugement entrepris, sous réserve de la réalisation du véhicule conformément à l'art. 898 CC.
Le chiffre 15 du jugement entrepris sera par conséquent modifié dans le sens qui précède.
7.2.2 Il n'y a pas lieu d'assortir cette condamnation de la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP. L'intimé a en effet conservé le véhicule uniquement en raison de son droit de rétention et l'appelante n'avance aucun élément qui laisserait craindre que l'intimé ne se conformera pas à la présente décision, étant précisé que son allégation selon laquelle personne ne sait où se situe le véhicule concerné - sous-entendant qu'il aurait disparu - n'est étayée par aucune preuve et que la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP ne serait en tout état d'aucune aide pour restituer le véhicule dans un tel cas.
L'appelante sera par conséquent déboutée de sa conclusion sur ce point.
7.2.3 Enfin, l'appelante réclame le paiement d'un dédommagement au motif que l'intimé aurait conservé indûment le véhicule de fonction. Or, et comme exposé ci-dessus, l'employé était légitimé à le conserver tant que ses créances salariales n'étaient pas payées, ceci en vertu d'un droit de rétention. Dans ces conditions, la prétention en dédommagement de l'appelante est infondée, comme l'a retenu à juste titre le Tribunal.
L'appelante ne formule pour le surplus aucun grief à l'égard du raisonnement tenu par les premiers juges, de sorte que le jugement entrepris sera confirmé sur ce point.
En l'occurrence, compte tenu de la valeur litigieuse inférieure à 75'000 fr., il n'a, à juste titre, pas été perçu de frais judiciaires en première instance conformément aux dispositions légales applicables (art. 116 al. 1 CPC; art. 69 RTFMC; art. 19 al. 3 let. c LaCC), ni alloué de dépens (art. 22 al. 2 LaCC), de sorte qu'il n'y a pas lieu d'y revenir.
8.2 Les frais judiciaires d'appel seront arrêtés à 1'200 fr. (art. 95, 96, 104 al. 1 et 105 al. 1 CPC; art. 19 al. 3 let. c LaCC; art. 5 et 71 RTFMC), mis à la charge de l'appelante qui succombe (art. 106 al. 1 CPC) et entièrement compensés avec l'avance de frais de même montant fournie par elle, laquelle reste acquise à l'Etat de Genève (art. 111 al. 1 CPC).
Il n'est pas perçu de frais d'appel joint dans la mesure où la valeur litigieuse de celui-ci n'excède pas 50'000 fr. (art. 19 al. 3 let. c LaCC et 71 RTFMC).
Il n'est pas alloué de dépens (art. 22 al. 2 LaCC).
PAR CES MOTIFS, La Chambre des prud'hommes, groupe 1 :
A la forme :
Déclare recevable l'appel interjeté le 22 mai 2020 par A______ SA contre le jugement JTPH/153/2020 rendu le 22 avril 2020 par le Tribunal des prud'hommes dans la cause C/16208/2018.
Déclare recevable l'appel joint formé le 13 juillet 2020 par B______ contre ce même jugement.
Au fond :
Annule le chiffre 15 du dispositif de ce jugement et, statuant à nouveau sur ce point :
Ordonne à B______ de restituer à A______ SA le véhicule de fonction D______/2______ dès réception du paiement intégral des montants dus conformément aux chiffres 4 à 13 du dispositif du jugement entrepris, sous réserve de la réalisation du véhicule précité conformément à l'art. 898 CC.
Confirme le jugement entrepris pour le surplus.
Déboute les parties de toutes autres conclusions.
Sur les frais d'appel :
Arrête les frais judiciaires d'appel à 1'200 fr., les met à la charge de A______ SA et les compense entièrement avec l'avance de frais fournie par elle, laquelle reste acquise à l'Etat de Genève.
Dit qu'il n'est pas alloué de dépens d'appel.
Siégeant :
Monsieur Jean REYMOND, président; Monsieur Pierre-Alain L'HOTE, juge employeur, Monsieur Yves DUPRE, juge salarié; Madame Chloé RAMAT, greffière.
Indication des voies de recours et valeur litigieuse :
Conformément aux art. 72 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification avec expédition complète (art. 100 al. 1 LTF) par-devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière civile.
Le recours doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14.
Valeur litigieuse des conclusions pécuniaires au sens de la LTF supérieure ou égale à 15'000 fr.