POUVOIR JUDICIAIRE
C/590/2019-5 CAPH/63/2021
ARRÊT
DE LA COUR DE JUSTICE
Chambre des prud'hommes
DU 20 MARS 2021
Entre
A______ SARL, sise ______ [GE], appelante d'un jugement rendu par le Tribunal des prud'hommes le 13 août 2020 (JTPH/260/2020), comparant par Me Francesco LA SPADA, avocat, rue De-Beaumont 3, case postale 24, 1211 Genève 12, en l'Etude duquel elle fait élection de domicile,
et
Monsieur B______, domicilié ______ [GE], intimé, comparant par Me Audrey PION, avocate, Locca Pion & Ryser, promenade du Pin 1, case postale , 1211 Genève 3, en l'Etude de laquelle il fait élection de domicile.
EN FAIT
A. Par jugement JTPH/260/2020 du 13 août 2020, reçu par A______ SARL le 17 août 2020, le Tribunal des prud'hommes, après avoir déclaré recevable la demande formée le 30 avril 2019 par B______ contre celle-ci (chiffre 1 du dispositif), a condamné A______ SARL à verser à B______ la somme brute de 102'093 fr. 45, sous déduction de la somme nette de 11'288 fr. 90, avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 1er septembre 2018 (ch. 2), invité A______ SARL à opérer les déductions sociales et légales usuelles (ch. 3) et débouté les parties de toute autre conclusion (ch. 4). Statuant sur les frais, le Tribunal a arrêté les frais judiciaires à 1'120 fr., mis à la charge de A______ SARL et compensés avec l'avance de frais du même montant effectuée par B______, laquelle restait acquise à l'Etat de Genève, condamné A______ SARL à verser à B______ la somme nette de 1'120 fr. (ch. 5 à 8), dit qu'il n'était pas alloué de dépens (ch. 9) et débouté les parties de toute autre conclusion (ch. 10)
B. a. Par acte expédié le 16 septembre 2020 à la Cour de justice, A______ SARL forme appel contre les chiffres 2 à 10 du dispositif du jugement précité. Elle conclut, principalement, avec suite de frais des deux instances, à sa condamnation à verser à B______, "tout au plus" le montant de 10'469 fr. 76 plus intérêts à 5 % l'an dès le 1er septembre 2018. Subsidiairement, elle conclut à sa condamnation à verser à B______, d'une part, "tout au plus" le montant de 82'074 fr. 42, sous déduction de la somme nette de 11'288 fr. 90, plus intérêts à 5 % l'an dès le 1er septembre 2018, et, d'autre part, "tout au plus" le montant de 10'469 fr. 76 plus intérêts à 5 % l'an dès le 1er septembre 2018, ainsi qu'à la condamnation de B______ à la moitié des frais de la procédure de première instance et en tous les frais de la procédure de seconde instance.
A______ SARL allègue nouvellement que "C______ était absent de Genève pendant presque toute la durée des rapports de travail" (allégué 13).
b. Dans sa réponse du 11 novembre 2020, B______ conclut, avec suite des frais, principalement, à la confirmation du jugement attaqué et, subsidiairement, à ce que la Cour donne acte à A______ SARL de ce qu'elle reconnait lui devoir la somme brute de 82'074 fr. 42, sous déduction de la somme nette de 11'288 fr. 90, plus intérêts à 5 % l'an dès le 1er septembre 2018, ainsi que la somme brute de 10'469 fr. 76 plus intérêts à 5 % l'an dès le 1er septembre 2018.
B______ allègue nouvellement, sur la base de pièces produites en première instance, que la plupart des messages qu'il a échangés avec C______ étaient "envoyés ou reçus bien au-delà des heures de travail" (réponse, p. 14).
c. Dans sa réplique du 3 décembre 2020, A______ SARL persiste dans ses conclusions.
Sur la base de pièces produites en première instance, elle forme des allégués nouveaux sur les profits et pertes de la pharmacie entre 2013 et 2018 (réplique, p. 9, ch. 3.5 et 3.6). Elle allègue nouvellement que B______ a "laissé la pharmacie dans une très mauvaise situation financière" (réplique, p. 9, ch. 3.7).
d. Les parties ont été informées le 19 janvier 2021 de ce que la cause était gardée à juger, B______ n'ayant pas fait usage de son droit de dupliquer.
C. Les faits pertinents suivants résultent du dossier soumis à la Cour.
a. A______ SARL, sise à Genève, a pour but l'exploitation de pharmacies, ainsi que l'achat et la vente de produits chimiques, pharmaceutiques, parapharmaceutiques, articles de parfumerie, sanitaires et de matières premières.
D______ SA, sise à Fribourg, en a été l'associée unique du 24 octobre 2012 au 15 novembre 2019. C______ est administrateur président avec signature individuelle de D______ SA. A______ SARL admet que C______ détenait l'intégralité de son capital social "au travers" de D______ SA.
C______ a été gérant de A______ SARL avec un pouvoir de signature individuel du 24 octobre 2012 au 22 juin 2016 puis gérant président, toujours avec un pouvoir de signature individuel, du 10 juillet 2017 au 15 novembre 2019.
b. Par contrat de travail du 22 mars 2016, B______ s'est engagé à travailler au service de A______ SARL, représentée par C______, en tant que pharmacien responsable à compter du 1er juillet 2016 pour une durée indéterminée, moyennant un salaire annuel brut, 13ème salaire compris, de 140'000 fr. en 2016 et de 150'000 fr. dès le 1er janvier 2017.
Selon l'art. 2 du contrat, le taux d'occupation était de 100 %, "la durée de travail hebdomadaire moyenne" de 44 heures et le droit aux vacances de 5 semaines par année.
c. Le 6 juin 2016. C______ a communiqué à B______ son horaire de travail, qui était le suivant: les mardi, mercredi et vendredi de 8h à 18h30 (10h30 par jour), le dimanche de 10h à 18h (8h) et, une semaine sur deux, le samedi de 9h à 18h (9h). Ainsi, B______ devait travailler en alternance une semaine 39h30 et une semaine 48h30, soit 44 heures en moyenne comme prévu par le contrat de travail du 22 mars 2016 (pièces 84 et 85 B______).
A cet époque, l'horaire d'ouverture prévu de la pharmacie était le suivant: sans interruption du lundi au vendredi de 8h à 18h30, le samedi de 9h à 18h et le dimanche de 10h à 18h. C______ et B______ ont ensuite convenu que le dimanche la pharmacie fermerait à 17h, de sorte que la durée de travail hebdomadaire moyenne de ce dernier serait de 43 heures (pièces 83 et 86 B______; interrogatoire des parties, procès-verbal de l'audience du Tribunal du 11 mai 2020, p. 2).
d. B______ a été inscrit au Registre du commerce comme gérant de A______ SARL avec un pouvoir de signature individuel du 22 juin 2016 au 10 juillet 2017, puis avec un pouvoir de signature collectif à deux du 10 juillet 2017 au 12 juillet 2018.
e. B______ n'était pas au courant des conditions nécessaires à l'ouverture de la pharmacie le dimanche. C______ lui a indiqué qu'il devait être inscrit en qualité de gérant au Registre du commerce pour pouvoir former une demande d'autorisation d'ouverture le dimanche (interrogatoire des parties, procès-verbal de l'audience du Tribunal du 11 mai 2020, p. 2).
C'est ainsi que B______ a signé le 28 juin 2016 une "déclaration de fonction dirigeante élevée" destinée au Service du commerce du canton de Genève. Ce document précisait, outre un salaire de 10'769 fr. et un taux d'activité à 100%, qu'il remplissait toutes les conditions suivantes: avoir un pouvoir de décision important ou être en mesure d'influencer fortement les décisions de portée majeure (concernant notamment la structure, la marche des affaires et le développement d'une entreprise ou d'une partie de l'entreprise); avoir le pouvoir d'engager et de licencier du personnel, de définir le montant du salaire des employés et de gérer le personnel et d'attribuer des tâches aux employés; assurer un risque économique en cas de déficit d'exploitation; choisir librement les marchandises et les fournisseurs; avoir libre accès aux comptes de l'entreprise; choisir librement ses horaires et pouvoir quitter en tout temps le lieu de travail et choisir librement la durée et la période de ses vacances.
f. B______ avait "la responsabilité médico-légale et du management de l'équipe". Il faisait "le bouclement de la caisse à la fin de la journée". Il s'occupait de la "gestion courante de la pharmacie", notamment de "la gestion courante du personnel" (il établissait les plannings des employés), ainsi que de la gestion du stock (témoignage G______, employé comme pharmacien durant environ une année jusqu'à début mai 2018). Les "commandes de réassort journalier" étaient effectuées soit par B______, soit par un autre pharmacien, soit par F______, qui a été employé comme préparateur en pharmacie de l'été 2016 au 6 janvier 2019. Pour les commandes importantes (7'000 fr. ou 8'000 fr.), il fallait demander l'autorisation de C______. A partir de 2018, cette autorisation était nécessaire également pour toute commande faite "ailleurs qu'aux grossistes habituels" (témoignage F______). B______ a procédé au recrutement de G______ et C______ a signé son contrat de travail. B______ a indiqué à G______ "qu'il devait discuter avec le propriétaire avant de confirmer son engagement" (témoignage G______). F______ a négocié ses conditions de travail avec B______, mais c'est C______ qui a signé son contrat de travail (témoignage F______). C______ appelait régulièrement B______, soit une fois par semaine (témoignage G______). B______ a signé le 30 août 2016 une lettre de licenciement destinée à H______.
Il est admis en appel, d'une part que les "décisions financières" étaient prises par C______, qui s'occupait des "aspects financiers" de l'activité de la pharmacie et déterminait le budget de celle-ci, et, d'autre part, que l'aval de C______, était nécessaire, "pour des considérations financières", pour recruter, évaluer et licencier des collaborateurs (appel, pp. 9-10, ch. 3.11 à 3.17). Tous les licenciements étaient discutés entre B______ et C______ (déclarations C______, procès-verbal de l'audience du Tribunal du 11 mai 2020, p. 2).
Tout au long de la relation de travail, les parties ont échangé de nombreux messages électroniques et téléphoniques au sujet des implications financières des décisions envisagées par B______.
g. A______ SARL fait valoir qu'un "important turn-over a eu lieu pendant la gestion de la pharmacie" par B______ (appel, p. 7). A son avis, cela a vraisemblablement été "la source de difficultés tant d'un point de vue de besoin de remplacement que de formations répétées qui auraient pu être évitées" (réponse du 10 janvier 2020, allégués 1028 à 1030).
B______ a indiqué au témoin G______ qu'il avait fait beaucoup d'heures supplémentaires pour des gardes ou pour des remplacements durant les absences d'autres collaborateurs de la pharmacie (témoignage G______).
h. B______ a résilié le contrat de travail le liant à A______ SARL par courrier du 25 juin 2018, avec effet au 31 août 2018. Il a indiqué qu'il était "au bénéfice de 270 heures supplémentaires et de 143,5 heures de vacances pour l'année en cours".
i. Le 30 avril 2019, au bénéfice d'une autorisation de procéder délivrée le 25 avril 2019 à la suite d'une requête de conciliation déposée le 7 janvier 2019, B______ a porté devant le Tribunal une demande dirigée contre A______ SARL en paiement de 102'457 fr. 55 brut, sous déduction de la somme nette de fr. 11'288.90, avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er septembre 2018, à titre d'heures supplémentaires, travail supplémentaire et travail dominical, 9'468 fr. 55 brut, avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er septembre 2018, à titre d'indemnité pour vacances non prises en nature et 75 fr. brut, avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er septembre 2018, à titre de différence de salaire.
Se fondant sur un horaire de 43 heures par semaine, il a allégué, décomptes mensuels détaillés (établis par ses soins) à l'appui, qu'il avait effectué 418.1 heures supplémentaires en 2016 (51 heures supplémentaires, 183.1 heures de travail supplémentaire et 184 heures de travail du dimanche), 379.8 heures supplémentaires en 2017 (40.4 heures supplémentaires, 31.4 heures de travail supplémentaire et 308 heures de travail du dimanche) et 332.7 heures supplémentaires en 2018 (53.5 heures supplémentaires, 139.2 heures de travail supplémentaire et 140 heures de travail du dimanche).
Par ailleurs, il n'avait pas pu prendre son solde de vacances, représentant à la fin de son contrat 16.4 jours.
Enfin, son salaire avait été systématiquement arrondi à la baisse, de sorte que A______ SARL restait lui devoir 75 fr. pour 2017 et 2018.
j. Dans sa réponse du 10 janvier 2020, A______ SARL a conclu au déboutement de B______ de toutes ses conclusions.
Dans la mesure où B______ avait exercé une fonction dirigeante élevée, confirmée par le formulaire ad hoc qu'il avait signé, il ne pouvait prétendre ni au paiement des heures supplémentaires ni à celui du travail supplémentaire, ce paiement étant exclu pour les cadres remplissant une telle fonction. C______ s'était retiré de la gestion de la pharmacie au bénéfice de B______ qui avait été le seul gérant. De surcroît, le salaire de B______ avait été sans commune mesure avec celui des autres employés. Les interventions peu fréquentes de C______ ne pouvaient être considérées que comme une aide ponctuelle n'enlevant en rien à B______ la qualité de gérant.
En outre, B______ avait annoncé tardivement les heures supplémentaires, soit dans le cadre de la présente procédure, de sorte que ses prétentions étaient périmées.
k. Le Tribunal a procédé à l'interrogatoire des parties et de deux témoins. Les déclarations recueillies ont été intégrées dans la présente partie EN FAIT dans la mesure utile.
l. A l'issue de l'audience du Tribunal du 14 mai 2020, les parties ont plaidé, en persistant dans leurs conclusions.
A la requête de celles-ci, qui avaient engagé des pourparlers transactionnels, le Tribunal a dit que la cause serait gardée à juger le 8 juin 2020.
D. a. Dans le jugement attaqué, le Tribunal a considéré que B______ n'occupait pas une fonction dirigeante élevée au sein de A______ SARL (consid. 4b).
Il a retenu que la durée du travail convenue était de 43 heures par semaine et qu'ainsi le salaire horaire de B______ était de 62 fr. 66 (78 fr. 33 avec une majoration de 25 %) en 2016 et de 67 fr. 14 (83 fr. 93 avec une majoration de 25 %) en 2017 et 2018.
B______ avait produit des tableaux très précis indiquant le nombre d'heures exactes travaillées chaque mois durant la relation contractuelle. Ses allégations avaient par ailleurs été confirmées par les témoins qui avaient déclaré qu'il était très présent à la pharmacie, qu'il ne prenait pas de pauses et qu'il remplaçait en outre les autres collaborateurs malades, en vacances ou démissionnaires. Quant à la nécessité d'effectuer les heures supplémentaires, celle-ci était prouvée notamment par le fait qu'elles étaient imposées par l'employeur (demande expresse de remplacement) et qu'elles étaient effectuées au vu et au su de celui-ci. Le Tribunal a donc admis le total des heures supplémentaires alléguées par B______, qu'il fallait rémunérer avec une majoration de 25 %.
Ce dernier avait droit à 11'875 fr. 86 brut à titre de rémunération des heures supplémentaires, à 28'660 fr. 68 brut, sous déduction de la somme nette de 11'288 fr. 90 déjà versée, à titre de rémunération du travail supplémentaire et à 52'013 fr. 36 brut pour la rémunération du travail dominical régulier. Le total brut de 92'549 fr. 90, sous déduction de la somme nette de 11'288 fr. 90, était inférieur au montant total réclamé à titre d'heures supplémentaires, de travail supplémentaire et de travail du dimanche (102'4567 fr. 55), de sorte qu'il n'était pas statué ultra petita.
b. A______ SARL n'avait ni allégué ni prouvé que B______ avait pris en nature son solde de vacances de 16.4 jours. Le salaire annuel brut de ce dernier était de 150'000 fr., auquel il convenait d'ajouter les heures supplémentaires régulièrement accomplies. Pendant les trois années travaillées, B______ avait effectué des heures supplémentaires, du travail supplémentaire et du travail dominical pour un montant total de 92'549 fr. 90, soit 30'849 fr. 97 par année. Dès lors, le salaire annuel brut à prendre en compte pour le calcul de l'indemnité pour les vacances non prises en nature s'élèvait à 180'849 fr. 97 (150'000 fr. + 30'849 fr. 97). Le salaire annuel afférent aux vacances représentait 19'242 fr. 44 (180'849 fr. 97 x 10,64%) pour 25 jours de vacances, soit 769 fr. 70 par jour. B______ avait donc droit à 12'623 fr. 08 (769 fr. 70 x 16.4 jours). Néanmoins, le Tribunal ne pouvait accorder plus que ce qui était réclamé, soit 9'468 fr. 55.
c. Enfin, A______ SARL n'avait pas établi qu'elle avait versé à B______ la totalité du salaire convenu, de sorte que l'arriéré de 75 fr. réclamé était dû.
d. Le total brut dû par A______ SARL à B______ était donc de 102'093 fr. 45 (11'875 fr. 86 + 28'660 fr. 36 + 52'013 fr. 36 + 9'468 fr. 55 + 75 fr.), dont à déduire la somme nette de 11'288 fr. 90, les intérêts de retard étant dus à compter du 1er septembre 2018, soit dès le lendemain de la fin des rapports de travail.
EN DROIT
1.2 La Cour revoit la cause en fait et en droit avec un plein pouvoir d'examen (art. 310 CPC).
La valeur litigieuse étant supérieure à 30'000 fr., la présente procédure est soumise aux maximes des débats et de disposition (art. 55 CPC cum 247 al. 2 let. b ch. 2 CPC et 58 CPC). La procédure ordinaire est applicable (art. 219 et 243 CPC).
1.3 Les allégations nouvelles des parties auraient pu être formées devant le Tribunal. Elles sont donc irrecevables selon l'art. 317 al. 1 CPC. Elles ne sont de toute façon pas déterminantes pour la solution du litige, comme cela résulte des développements qui suivent.
De plus, l'intimé avait omis d'annoncer rapidement les heures prétendument effectuées, de sorte qu'il était déchu de son droit d'en réclamer la rétribution. L'intimé n'avait en outre ni allégué ni prouvé la nécessité d'effectuer des heures supplémentaires.
A titre subsidiaire, l'appelante admet le total des heures supplémentaires, travail supplémentaire et dominical compris, allégué par l'intimé, mais soutient que le Tribunal aurait dû effectuer les calculs sur la base d'un horaire de 44 heures par semaine et non pas 43.
2.1
2.1.1 Sauf clause contraire d'un accord écrit, d'un contrat-type de travail ou d'une convention collective, l'employeur est tenu de rétribuer les heures de travail supplémentaires qui ne sont pas compensées par un congé en versant le salaire normal majoré d'un quart au moins (art. 321c al. 3 CO). Les heures supplémentaires au sens de cette disposition correspondent aux heures de travail effectuées au-delà de l'horaire contractuel. Elles se distinguent du travail supplémentaire, à savoir le travail dont la durée excède le maximum légal, soit 45 ou 50 heures selon la catégorie de travailleurs concernée (cf. art. 9 LTr).
La rémunération du travail supplémentaire est régie par l'art. 13 al. 1 LTr, qui prévoit également une rétribution à hauteur du salaire de base majoré de 25%, mais uniquement à partir de la 61ème heure supplémentaire accomplie dans l'année civile pour les employés de bureau, les techniciens et les autres employés (ATF 126 III 337 consid. 6a et 6c). L'al. 2 du même article précise que le travail supplémentaire ne donne droit à aucun supplément de salaire lorsqu'il est compensé par un congé de même durée, avec l'accord du travailleur et dans un délai convenable (arrêt du Tribunal fédéral 4A_28/2018 du 12 septembre 2018 consid. 5).
Selon la jurisprudence, sous l'une des formes prescrites par l'art. 321c al. 3 CO, soit par accord écrit, contrat-type de travail ou convention collective, les parties peuvent déroger au système légal de rétribution et convenir que les heures supplémentaires accomplies à l'avenir seront rémunérées sans supplément ou ne seront pas rémunérées, à tout le moins lorsque la rémunération de ces heures est forfaitairement comprise dans le salaire de l'intéressé (ATF 124 III 469 consid. 3a et les références; arrêts du Tribunal fédéral 4A_227/2016 du 14 octobre 2016 consid. 4.2; 4A_172/2012 du 22 août 2012 consid. 6.1).
L'art. 13 LTr et la restriction qu'il contient n'a de portée qu'en cas d'accord dérogatoire au sens de l'art. 321c al. 3 CO (CARRUZZO, Le contrat individuel de travail, 2009, N. 6 ad art. 321c CO). Compte tenu du caractère impératif de l'art. 13 LTr (DUNAND, Commentaire de la loi sur le travail, 2005, N. 14 ad art 13 LTr), une éventuelle renonciation du travailleur au paiement des heures supplémentaires, selon l'art. 321c al. 3 CO, ne peut valoir renonciation à la rémunération du travail supplémentaire fondée sur l'art. 13 LTr (DUNAND, Commentaire du contrat de travail, 2013, N. 62 ad art. 321c CO).
2.1.2 Les dispositions de la LTr concernant la durée du travail ne s'appliquent pas aux travailleurs qui exercent une fonction dirigeante élevée (art. 3 let. d LTr), de sorte que ces derniers ne sont pas soumis aux restrictions prévues par les art. 9, 12 et 13 LTr (WYLER/HEINZER, Droit du travail, 4ème éd. 2019, p. 145).
La notion de « fonction dirigeante élevée » a pour but de ne pas entraver, par une intervention du droit public, les décisions que peuvent être amenées à prendre, pour les besoins de l'entreprise, les personnes qui ont la charge de ses affaires. Le législateur est parti de l'idée que les personnes exerçant une « fonction dirigeante élevée » n'avaient pas besoin de protection de droit public (ATF 98 Ib 347 consid. 2).
Aux termes de l'art. 9 OLT1, exerce une « fonction dirigeante élevée » quiconque dispose, de par sa position et sa responsabilité et eu égard à la taille de l'entreprise, d'un pouvoir de décision important, ou est en mesure d'influencer fortement des décisions de portée majeure concernant notamment la structure, la marche des affaires et le développement d'une entreprise ou d'une partie d'entreprise.
Le fait que la loi ne parle pas simplement de fonction dirigeante mais de « fonction dirigeante élevée », doit conduire à une interprétation plutôt restrictive de l'art. 3 let. d LTr (ATF 126 III 337 consid. 5a ; 98 Ib 347 consid. 2 ; arrêt ATA/491/2020 du 19 mai 2020 de la Chambre administrative de la Cour de justice, consid. 5d).
Le pouvoir de décision de l'intéressé doit être de nature à influencer de façon durable la marche et la structure de l'entreprise dans son ensemble, ou du moins dans l'une de ses parties importantes. Savoir si une personne exerce une fonction dirigeante élevée est une question qui doit être tranchée non seulement à la lumière du contrat de travail, mais également sur la base des circonstances concrètes et de la nature réelle du travail exercé (ATF 126 III 337 consid. 5a et les références citées ; 98 Ib 347 consid. 2 ; arrêts du Tribunal fédéral 4C_157/2005 du 25 octobre 2005 consid. 5.2 ; 4C_310/2002 du 14 février 2003 consid. 5.2; ATA/491/2020 précité, consid. 5d et les références citées)
Le fait qu'un travailleur bénéficie d'une position de confiance au sein de l'entreprise ne permet pas à lui seul d'admettre que cette personne y exerce une fonction dirigeante. Ni la compétence d'engager l'entreprise par sa signature ou de donner des instructions, ni l'ampleur du salaire ne constituent en soi des critères décisifs (ATF 126 III 337 consid. 5a ; arrêts du Tribunal fédéral 4C_157/2005 du 25 octobre 2005 consid. 5.2 ; 4C_322/1996 du 4 juillet 1997 consid. 2b/aa; ATA/491/2020 précité, consid. 5d et les références citées).
En tout état de cause, il faut trancher la question de cas en cas, sans égard ni au titre ni à la formation reçue par la personne concernée, mais d'après la nature réelle de la fonction et en tenant compte des dimensions de l'entreprise (ATF 126 III 337 consid. 5a et les références citées).
2.1.3 En principe, la notion d'heures supplémentaires est étrangère aux cadres d'entreprise, de sorte que ces derniers ne peuvent pas demander la compensation du temps supplémentaire consacré à l'employeur. En effet, on peut, en règle générale, attendre de l'employé dirigeant qu'il fournisse en quantité et en qualité une prestation plus importante que la norme en usage dans l'entreprise. En principe, le cadre dirigeant ne peut donc prétendre à la rémunération des heures supplémentaires, car il a la liberté de répartir son travail et le surcroît de travail est compensé par un salaire de base plus élevée. Cette règle ne vaut cependant pas lorsque, dans le contrat de travail, les parties ont expressément prévu une indemnisation des heures supplémentaires ou une durée déterminée de travail, pour autant que, dans ce dernier cas, les parties n'aient pas exclu par écrit la rémunération des heures supplémentaires, conformément à l'art. 321c al. 3 CO (WYLER/HEINZER, Droit du travail, 4ème éd. 2019, p. 145).
2.1.4 Il convient de faire une distinction entre les heures supplémentaires et le solde positif accumulé dans le contexte d'un horaire de travail flexible (gleitende Arbeitszeit). Les parties peuvent ainsi convenir que le travailleur, dans un cadre prédéfini, détermine librement la durée de son temps de travail journalier, pourvu qu'à l'issue d'une période de référence, il ait accompli le nombre d'heures contractuellement dues. Généralement, des heures de présence obligatoire (plages " bloquées ") doivent être respectées, le travailleur pouvant s'organiser librement le reste du temps. En contrepartie de cette autonomie, le travailleur doit spontanément compenser par un congé le solde de travail excédentaire qu'il a librement accumulé. S'il laisse croître ce solde positif dans une mesure importante, il assume le risque de ne pas pouvoir le compenser en cas de résiliation du contrat, laquelle peut survenir en tout temps (arrêts du Tribunal fédéral 4A_227/2016 précité, ibidem et les références doctrinales citées; 4A_611/2012 du 19 février 2013 consid. 3.2). Une indemnisation du travail effectué en plus n'entre en considération que si les besoins de l'entreprise ou des directives de l'employeur empêchent le travailleur de récupérer ses heures en dehors des plages bloquées, à l'intérieur de l'horaire de travail flexible; il ne s'agit alors plus de solde positif dans l'horaire flexible, mais de véritables heures supplémentaires (ATF 123 III 469 consid. 3). S'il peut paraître délicat de délimiter les heures supplémentaires du solde bénéficiaire dans le cadre d'un horaire flexible, il faut garder à l'esprit que les premières sont imposées par les besoins de l'entreprise ou les directives de l'employeur, tandis que le solde excédentaire est librement accumulé par la volonté du travailleur (arrêts du Tribunal fédéral 4A_227/2016 précité, ibidem; 4A_611/2012 du 19 février 2013 précité, ibidem).
2.1.5 Lorsqu'il effectue spontanément des heures supplémentaires commandées par les circonstances, le travailleur doit en principe les déclarer dans un délai utile, afin de permettre à l'employeur de prendre d'éventuelles mesures d'organisation en connaissance du temps nécessaire à l'exécution des tâches confiées; à défaut, l'employé risque, sauf circonstances particulières, de voir son droit à la rémunération périmé. Cela étant, lorsque l'employeur sait ou doit savoir que l'employé accomplit des heures au-delà de la limite contractuelle, celui-ci peut, de bonne foi, déduire du silence de celui-là que lesdites heures sont approuvées, sans avoir à démontrer qu'elles sont nécessaires pour accomplir le travail demandé. Une annonce rapide du nombre d'heures supplémentaires exact n'est alors pas indispensable à la rémunération de celles-ci, d'autant moins lorsque les parties ont convenu de la possibilité de compenser plus tard les heures supplémentaires en temps libre (ATF 129 III 171 consid. 2.2 et 2.3 p. 174 s.; arrêts du Tribunal fédéral 4A_28/2018 du 12 septembre 2018 consid. 5; 4A_482/2017 du 17 juillet 2018 consid. 2.1).
2.1.6 L'autorisation d'exploiter une pharmacie est accordée lorsque celle-ci est placée sous la responsabilité d'un pharmacien inscrit, autorisé à exercer sous sa propre responsabilité, qui assume personnellement la surveillance de la pharmacie (art. 60 al. 1 let. b du règlement genevois sur les institutions de santé - RISanté) Le pharmacien responsable doit disposer de l'autonomie nécessaire à l'exécution de ses tâches (art. 61 al. 2 RISanté). Le taux d'activité du pharmacien responsable d'une pharmacie publique ou d'hospitalisation à domicile doit être en rapport avec les heures d'ouverture de l'institution (art. 61 al. 5 RISanté). Durant son absence, le pharmacien responsable doit se faire remplacer par un autre pharmacien autorisé à pratiquer sous sa propre responsabilité ou par un pharmacien autorisé à exercer sous surveillance, avec droit de remplacement (art. 62 al. 1 RISanté). Le pharmacien responsable peut confier pour de brèves périodes, mais au plus une journée, la surveillance de la pharmacie à un pharmacien exerçant sous surveillance sans droit de remplacement (art. 62 al. 3 RISanté). Le pharmacien responsable doit disposer du personnel qualifié nécessaire (art. 64 al. 1 RASanté).
2.2
2.2.1 En l'espèce, l'intimé a exercé auprès de l'appelante toutes les fonctions de surveillance relevant de la compétence d'un pharmacien responsable au sens de la réglementation cantonale résumée ci-dessus sous consid. 2.1.6. En particulier, il s'occupait de la gestion du personnel et du stock, ainsi que des commandes, pour le moins lorsque celles-ci n'étaient pas importantes. Il avait donc certaines responsabilités dans la gestion de la pharmacie, une certaine marge de décision ainsi que le pouvoir de donner des instructions à des subordonnés. Il était ainsi un employé dirigeant. Cependant, l'intimé ne bénéficiait pas d'un horaire de travail flexible. En effet, contrairement à ce que soutient l'appelante, les parties ont expressément prévu une durée déterminée de travail, à savoir une moyenne de 43 heures par semaine. Selon l'horaire qui lui a été communiqué par C______, modifié d'un commun accord avant le début de la relation de travail, il devait effectuer en alternance une semaine 38h30 et une semaine 47h30 et travailler tous les dimanches ainsi qu'un samedi sur deux. Par ailleurs, les parties n'ont pas exclu par écrit la rémunération des heures supplémentaires conformément à l'art. 321c al. 3 CO. Il n'y a donc pas eu de la part de l'employé une renonciation au paiement des heures supplémentaires, qui aurait pu valoir renonciation à la rémunération du travail supplémentaire, si l'intimé avait eu une fonction dirigeante élevée au sens de l'art. 3 let. d LTr.
Cette question peut ainsi demeurer indécise, même si l'argumentation du Tribunal à ce sujet - que la Cour fait entièrement sienne à toutes fins utiles - ne prête pas le flanc à la critique. En effet, même s'il bénéficiait d'une position de confiance au sein de la pharmacie et d'un salaire relativement élevé par rapport à celui de ses subordonnés, l'intimé ne disposait pas d'un pouvoir de décision de nature à influencer fortement sur des décisions de portée majeure concernant notamment la structure, la marche des affaires et le développement de l'entreprise, étant rappelé que la notion de "fonction dirigeante élevée" est très étroite. Ce pouvoir était réservé à C______, qui détenait à l'époque la totalité du capital social de l'appelante par l'intermédiaire de la société dont il est administrateur. Ce dernier ne laissait pas à l'intimé l'autonomie décisionnelle caractérisant la fonction dirigeante élevée (cf. ci-dessus EN FAIT, let. C.f).
Il résulte de ce qui précède que c'est à bon droit que les premiers juges ont considéré que le principe de la rétribution des heures de travail effectuées par l'intimé au-delà de l'horaire hebdomadaire moyen de 43 heures n'était pas exclu.
2.2.2 Ces heures supplémentaires étaient nécessaires à la bonne marche de la pharmacie, qui était à l'époque ouverte 68h30 par semaine. Selon les dispositions cantonales, durant son absence, l'intimé devait se faire remplacer par un autre pharmacien autorisé à pratiquer sous sa propre responsabilité, par un pharmacien autorisé à exercer sous surveillance, avec droit de remplacement ou, pour de brèves périodes, mais au plus une journée, par un pharmacien exerçant sous surveillance sans droit de remplacement. L'appelante, qui reproche à l'intimé un important "turn-over", ne conteste pas que celui-ci n'a pas toujours disposé du personnel qualifié nécessaire et a donc dû effectuer lui-même les horaires qui n'étaient pas assurés par d'autres collaborateurs. L'appelante, par l'intermédiaire de C______, suivait de près tout recrutement et licenciement au sein de la pharmacie et connaissait donc les besoins de remplacement. Elle savait ainsi que l'intimé accomplissait des heures au-delà de la limite contractuelle. L'intimé pouvait donc de bonne foi déduire du silence de l'employeur que lesdites heures étaient approuvées. Une annonce rapide n'était pas indispensable.
En définitive, c'est à juste titre que le Tribunal a considéré que le droit de l'intimé à la rémunération des heures supplémentaires n'était pas périmé.
2.2.3 Comme indiqué, contrairement à ce que soutient l'appelante, la durée de travail à prendre en considération est de 43 heures par semaine. Sous cette réserve, les calculs effectués par les premiers juges - total des heures supplémentaires retenues, travail supplémentaire et dominical compris, salaire horaire et salaire majoré de 25 % - ne sont pas contestés. Il n'y a donc pas lieu d'y revenir.
Le jugement attaqué sera donc confirmé en tant qu'il condamne l'appelante à verser à l'intimé le montant brut de 92'549 fr. 90, sous déduction de la somme nette de 11'288 fr. 90, le dies a quo des intérêts n'étant à juste titre pas critiqué.
3.1 Le salaire afférent aux vacances (art. 329d al. 1 CO) doit être calculé sur la base du salaire complet; en particulier, les indemnités versées à titre d'heures supplémentaires ou pour du travail effectué de nuit ou le dimanche seront prises en compte pour autant qu'elles revêtent un caractère régulier et durable (ATF 138 III 107 consid. 3; 132 III 172 consid. 3.1). A la fin des rapports de travail, une éventuelle indemnité pour vacances non prises doit également être calculée sur la base du salaire complet, lequel comprend notamment le treizième salaire éventuellement convenu par les parties (arrêt du Tribunal fédéral 4A_161/2016 du 13 décembre 2016 consid. 2.1 et les références citées).
3.2 En l'espèce, il est admis que l'intimé a effectué des heures de travail supplémentaires de manière régulière et durable, ce qui doit conduire à une augmentation du salaire afférent aux vacances. Le calcul effectué par les premiers juges, consistant à répartir sur trois ans le total alloué à titre de rétribution des heures supplémentaires et à ajouter cette moyenne au salaire annuel (ci-dessus, EN FAIT, let. D. b) n'est pas critiquable, ni d'ailleurs critiqué par l'appelante.
Ainsi, le jugement attaqué sera confirmé également en tant qu'il condamne l'appelante à verser à l'intimé 9'468 fr. 55 à titre d'indemnisation des vacances non prises en nature.
L'appelante ne soulève aucun grief à l'encontre de sa condamnation à verser à l'intimé un arriéré de salaire de 75 fr., de sorte que le jugement attaqué sera intégralement confirmé.
5.1 Dans la mesure où le jugement attaqué est confirmé, il n'y a pas lieu de statuer à nouveau sur les frais judiciaires de première instance (art. 318 al. 3 CPC a contrario), dont la quotité n'est à juste titre pas contestée (art. 69 RTFMC), l'allocation de dépens étant exclue (art. 22 al. 2 LaCC).
Les chiffres 5 à 9 du dispositif du jugement attaqué seront donc confirmés.
5.2 Les frais judiciaires de la procédure d'appel seront arrêtés à 1'500 fr. (art. 71 RTFMC) et mis à la charge de l'appelante, qui succombe intégralement (art. 106 al. 1 CPC). Ces frais seront compensés avec l'avance effectuée par l'appelante (art. 111 al. 1 CPC), laquelle demeure acquise à l'Etat de Genève.
Il n'est pas alloué de dépens dans les causes soumises à la juridiction des prud'hommes (art. 22 al. 1 LaCC).
PAR CES MOTIFS, La Chambre des prud'hommes, groupe 5 :
A la forme :
Déclare recevable l'appel formé le 16 septembre 2020 par A______ SARL contre le jugement JTPH/260/2020 rendu le 13 août 2020 par le Tribunal des prud'hommes dans la cause C/590/2019-5.
Au fond :
Confirme le jugement attaqué.
Déboute les parties de toutes autres conclusions.
Sur les frais :
Arrête les frais judiciaires d'appel à 1'500 fr., les met à la charge de A______ SARL et les compense avec l'avance de frais fournie par celle-ci, laquelle demeure acquise à l'Etat de Genève.
Dit qu'il n'est pas alloué de dépens d'appel.
Siégeant :
Monsieur Ivo BUETTI, président; Monsieur Michael RUDERMANN, juge employeur; Madame Shirin HATAM, juge salariée; Madame Chloé RAMAT, greffière.
Indication des voies de recours et valeur litigieuse :
Conformément aux art. 72 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification avec expédition complète (art. 100 al. 1 LTF) par-devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière civile.
Le recours doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14.
Valeur litigieuse des conclusions pécuniaires au sens de la LTF supérieure ou égale à 15'000 fr.