POUVOIR JUDICIAIRE
C/16872/2018-1 CAPH/21/2020
ARRÊT
DE LA COUR DE JUSTICE
Chambre des prud'hommes
DU 31 janvier 2020
Entre
A______ SA, sise ______, appelante d'un jugement rendu par le Tribunal des prud'hommes le 18 juin 2019 (JTPH/220/2019), comparant en personne,
et
Monsieur B______, domicilié ______, intimé, comparant par Me Andres PEREZ, avocat, BLAGOJEVIC BRANDULAS PEREZ, rue Marignac 14, case postale 504, 1211 Genève 12, en l'Étude duquel il fait élection de domicile.
EN FAIT
A. A______ SA est une société anonyme de droit suisse inscrite au Registre du commerce de Genève le ______ 1988, dont le siège est sis à C______ [GE], dans le canton de Genève, et dont le but est l'exécution de mandats de consultant, la planification, la coordination et la surveillance de travaux et la réalisation d'expertises dans le domaine des installations techniques, plus particulièrement dans le domaine des installations électrotechniques.
B. B______ a été engagé par la société A______ SA en qualité de dessinateur-électricien, à compter du mois de décembre 1999. Aucun contrat écrit de travail n'a été établi. Selon les relevés de salaire produits par les parties, le salaire brut était de 5'650 fr. par mois, versé douze fois par an, à tout le moins dès 2010. Une indemnité forfaitaire de 400 francs était versée en sus douze fois par an pour des frais de déplacements. Parfois, un salaire plus élevé était versé à B______, en compensation d'heures supplémentaires effectuées. L'art. 14 du Règlement interne de l'ensemble des employés de A______ SA établi en 2007 prévoyait qu'il n'était pas versé de 13ème salaire, ce qui correspondait au contrat de B______.
C. L'Association genevoise des ingénieurs, le syndicat UNIA Genève et le syndicat interprofessionnel des travailleuses et travailleurs (SIT) ont conclu en 2006 la convention collective de travail des bureaux d'ingénieurs de la construction et des techniques du bâtiment à Genève (ci-après : CCT). Cette convention prévoyait le versement d'un 13ème salaire en décembre, à moins que l'employeur et l'employé n'aient convenu un paiement fractionné du 13ème salaire. La CCT a été étendue à l'ensemble du territoire du canton de Genève pour les rapports de travail conclus entre tous les bureaux d'ingénieurs et départements d'ingénieurs dans les entreprises ayant leur siège dans le canton de Genève et exécutant à titre principal ou accessoire des prestations dans le domaine de construction et des techniques du bâtiment et leurs travailleurs, incluant également les dessinateurs, avec effet au 1er janvier 2012, au sens de l'art. 1 LECCT. L'art. 18 de la CCT étendue prévoyait pour les dessinateurs ayant plus de six ans de pratique un salaire minimum mensuel de 5'197 fr. et annuel de 67'561 fr. et le versement d'un 13ème salaire aux employés, payé en principe en décembre, ou fractionné, si l'employeur et l'employé l'ont convenu, par exemple, en le répartissant en douze versements, le versement du 13ème salaire étant dû au prorata temporis en cas de cessation des rapports de travail. Cette convention a été renouvelée ou prorogée à plusieurs reprises et a été modifiée avec effet au 1er octobre 2016 pour porter les salaires minimaux des dessinateurs à 5'277 fr. par mois et 68'601 fr. annuels. Elle a été prorogée en dernier lieu jusqu'en 2021.
D. A______ SA n'a pas adopté ce principe du versement d'un 13ème salaire jusqu'en 2014, car elle ne se considérait pas assujettie à cette CCT. Fin 2013 ou début 2014, la Commission paritaire a toutefois exigé la modification du code NOGA (Nomenclature générale des activités économiques) de A______ SA, afin que celui-ci corresponde à l'activité réelle de l'entreprise. A______ SA a modifié en mars 2014 son règlement interne valable pour l'ensemble de ses collaborateurs, et prévu le versement d'un 13e salaire dès avril 2014, qui serait intégré aux douze salaires versés par année. Dès avril 2014, le salaire brut mentionné dans les décomptes de salaire de B______ fut porté à 6'100 fr. et les frais de déplacements, supprimés.
E. Le 28 mai 2018, B______ demanda le paiement de son 13ème salaire pour les cinq dernières années. A______ SA n'ayant pas donné suite à cette demande, B______ déposa à la juridiction des prud'hommes une requête de conciliation en date du 17 juillet 2018 en concluant au paiement de ses 13ème salaires pour les années 2013 à 2017, avec intérêts moratoires à compter du 1er janvier suivant l'année correspondante. L'audience de conciliation du 4 septembre 2018 n'ayant pas permis de trouver un accord entre les parties, l'autorisation de procéder fut délivrée à B______ le même jour.
F. Par acte du 20 septembre 2018, B______ conclut à ce que A______ SA soit condamnée à lui payer, à titre de 13ème salaire, 6'100 fr. avec intérêts moratoires à 5% par an à compter du 1er janvier 2014, 6'100 fr. avec intérêts moratoires à 5% par an à compter du 1er janvier 2015, 6'100 fr. avec intérêts moratoires à 5% par an à compter du 1er janvier 2016, 6'100 fr. avec intérêts moratoires à 5% par an à compter du 1er janvier 2017 et 6'100 fr. avec intérêts moratoires à 5% par an à compter du 1er janvier 2018, avec suite de frais et dépens. Dans sa demande, B______ a allégué que son salaire était passé de 5'650 fr. bruts par mois à 6'100 fr. bruts par mois en janvier 2013, en raison d'une augmentation de 50 fr. et de l'intégration de ses frais de déplacements dans le salaire de base, mais qu'aucun 13ème salaire ne lui avait été versé, malgré la CCT étendue avec effet à janvier 2012. Le demandeur a également invoqué le fait que ses décomptes mensuels de salaire ne mentionnaient pas de 13ème salaire et qu'il n'avait passé aucune convention concernant ce 13ème salaire avec son employeur, alors que le règlement interne avait été modifié en mars 2014 pour y intégrer le 13ème salaire, qui devait être payé en douze mensualités.
G. A______ SA invoqua par courrier du 23 novembre 2018 avoir versé à B______ un 13ème salaire mensualisé à partir du mois d'avril 2014, le salaire de celui-ci étant passé de 5'650 fr. à 6'100 fr. mensuels, mais que le calcul correct de ce 13ème salaire aurait dû faire bénéficier à son employé d'un montant brut de 6'120,83 fr. par mois, avec la conséquence qu'un solde de 20,83 fr. par mois restait dû à celui-ci.
H. Par ordonnance du 27 novembre 2018, le Tribunal considéra que la réponse de A______ SA du 23 novembre 2018 était incomplète et ne permettait pas au Tribunal d'apprécier les faits de la cause, et lui impartit un délai de quinze jours pour déposer une réponse écrite satisfaisant aux dispositions légales applicables.
I. Par mémoire de réponse du 15 janvier 2019, A______ SA conclut au déboutement de toutes les conclusions de B______, et contesta tous les faits allégués par celui-ci à l'exception de la date d'engagement de ce dernier. Elle fit valoir que c'est au printemps 2014, lors d'une réunion entre les parties, qu'il avait été convenu que l'indemnité de 400 fr. pour les frais de déplacements serait supprimée, au motif que le demandeur ne travaillait plus du tout à l'extérieur de l'entreprise et que le paiement d'un 13ème salaire réparti en douze versements lui serait octroyé, de sorte que ce dernier avait perçu un salaire mensuel brut de 6'100 fr. payé douze fois par an dès cette date, ce qui incluait le paiement du 13ème salaire. A l'appui de ses allégations, A______ SA produisit les relevés de salaire de B______ pour les années 2012 à août 2018, desquels il ressort que le salaire brut mensuel était de 5'650 fr. par mois jusqu'en mars 2014, et de 6'100 fr. bruts par mois dès avril 2014, l'indemnité forfaitaire pour frais de déplacements de 400 fr. ayant été versée jusqu'en mars 2014 et supprimée par la suite.
J. A l'audience de débats d'instruction du 6 mars 2019, le demandeur, représenté par son avocat, persista dans ses conclusions et contesta l'allégué de la défenderesse, selon lequel il aurait été convenu au printemps 2014 que l'indemnité de 400 fr. pour frais de déplacements serait supprimée, et que le 13ème salaire aurait été payé en douze versements dès avril 2014 par l'augmentation de son salaire brut. La défenderesse persista elle aussi en ses conclusions, estimant ne rien devoir au demandeur. A cette audience, les deux parties déclarèrent ne pas avoir de témoins à faire entendre à l'appui de leurs allégués et l'avocate du demandeur renonça à l'offre de preuve relative à l'audition des parties, en raison du séjour du demandeur au Chili. Par ailleurs, les parties déclarèrent ne pas avoir d'éléments nouveaux à ajouter ni d'offres de preuves nouvelles. Sur ce, statuant sur ordonnance de preuves, le Tribunal dit que le demandeur était admis à prouver le montant du salaire convenu, le fondement de son droit au 13ème salaire, ainsi que le fait d'avoir offert sa prestation de travail, et que la défenderesse aurait la charge de prouver la modification des conditions de travail et de rémunération à compter du mois d'avril 2014, chacune des parties étant admise à la contre-preuve, les moyens de preuve admis étant les titres produits et l'audition des parties.
K. A l'audience des débats principaux du 24 avril 2019, les parties persistèrent dans leurs conclusions respectives. Le demandeur n'étant pas présent, ses avocats déclarèrent que le salaire du demandeur était passé de 5'650 fr. bruts par mois plus 400 fr. à titre de frais de déplacements sur les chantiers à 6'100 fr. en janvier 2013, ce montant intégrant les frais de déplacements suite à une requête du demandeur, lequel souhaitait que son salaire brut soumis à cotisations sociales soit augmenté du montant correspondant aux frais de déplacements. Les avocats du demandeur alléguèrent que l'activité du demandeur n'avait pas été modifiée et que ce dernier continuait à se déplacer régulièrement à l'extérieur de l'entreprise dans le cadre de celle-ci, tout en admettant qu'aucun document écrit n'avait été fait à ce sujet et que le règlement de l'entreprise avait été modifié en 2014, en prévoyant le versement d'un 13ème mois annuel versé mensuellement, et alléguèrent que le demandeur ne s'était pas rendu compte jusqu'en début d'année 2018 du fait que son 13e salaire ne lui était pas versé avec son salaire mensuel depuis avril 2014. Les avocats du demandeur ont également déclaré que ce dernier avait pris sa retraite le 31 décembre 2017 et que ce n'est que postérieurement qu'il avait eu un doute au sujet de ce 13ème salaire, en entendant d'autres employés en parler.
A la même audience, A______ SA, représentée par D______, administrateur muni d'une procuration aux fins de la procédure, contesta la date de la modification du contrat et l'adaptation du salaire, en indiquant que les frais de déplacements avaient été versés au demandeur jusqu'au 31 mars 2014, comme cela résultait par ailleurs des décomptes produits, et qu'au mois de mars 2014, une discussion avait eu lieu avec le demandeur concernant la réadaptation de son salaire en lien avec le changement de son activité, laquelle avait consisté jusqu'en mars 2014 à suivre la bonne exécution des chantiers, pour lesquels il devait se déplacer à l'extérieur, ce qui justifiait le paiement de frais de déplacements, alors qu'à partir d'avril 2014, il lui avait été demandé de ne plus avoir d'activités externes au bureau, avec la conséquence que les frais de déplacements avaient été supprimés, mais que son salaire avait été modifié pour y intégrer un 13ème salaire, afin de respecter le nouveau règlement d'entreprise. Ce 13ème salaire aurait dû correspondre à un montant de 6'121 fr. bruts par mois, au lieu des 6'100 fr. pris en compte, ce qui avait certainement été le fruit d'une erreur de saisie. A______ SA précisa qu'aucun employé n'avait été au bénéfice d'un contrat écrit à son engagement initial et que le demandeur avait été engagé en 1999 par l'ancien propriétaire, Monsieur E______, l'effectif du personnel à cette époque étant de quatre à cinq personnes. Quant à l'application de la CCT, A______ SA expliqua que celle-ci était entrée en vigueur en 2012 et prévoyait un 13ème salaire obligatoire pour l'ensemble des employés, mais que A______ SA n'était pas affiliée à cette CCT en raison du code NOGA applicable à son domaine d'activité, et que ce n'était qu'à fin 2013 ou début 2014 qu'une personne de la Commission paritaire des ingénieurs était intervenue auprès de Monsieur E______, afin de changer ce code NOGA pour qu'il corresponde à l'activité réelle de la société, avec la conséquence que le 13ème salaire n'était exigible selon elle que depuis ce changement de code au printemps 2014.
Les avocats du demandeur déclarèrent alors qu'ils ignoraient si l'activité du demandeur avait été modifiée en avril 2014 et se rapportèrent aux pièces produites par A______ SA, quant aux relevés de salaire faisant état de versements d'indemnités de frais de déplacements de 400 fr. jusqu'en mars 2014. La défenderesse déclara de son côté être en possession d'un document montrant que l'ancien propriétaire avait confirmé à la Commission paritaire l'accord de l'entreprise de procéder au changement de code NOGA mais que la mention expresse de la part afférente au 13e salaire avait été ajoutée dans les décomptes de salaire seulement en 2018, suite à un rapport reçu à cette époque de la Commission paritaire qui lui avait reproché de ne pas mentionner explicitement cette part afférente au 13ème salaire dans les décomptes de salaire. Enfin, A______ SA déclara que l'ensemble des employés avait été consulté concernant l'intégration du 13e salaire au salaire de base et que les frais de déplacements avaient été supprimés seulement au demandeur. A l'issue de cette audience, les parties ont plaidé et la cause a été gardée à juger.
L. Par jugement du 18 juin 2019, le Tribunal des prud'hommes a condamné A______ SA à payer à B______ le montant brut de 5'650 fr. avec intérêts moratoires de 5% par an dès le 1er janvier 2014, le montant brut de 5'987,50 fr. avec intérêts moratoires de 5% par an dès le 1er janvier 2015, le montant brut de 6'100 fr. avec intérêts moratoires de 5% par an dès le 1er janvier 2016, le montant brut de 6'100 fr. avec intérêts moratoires de 5% par an dès le 1er janvier 2017 et le montant brut de 6'100 fr. avec intérêts moratoires de 5% par an dès le 1er janvier 2018, invité la partie qui en a la charge à opérer les déductions sociales et légales usuelles, débouté les parties de toute autre conclusion et dit que la procédure était gratuite et qu'il n'était pas alloué de dépens. En substance, le Tribunal a retenu que la CCT relative aux bureaux d'ingénieurs étendue dès le 1er janvier 2012 était applicable aux rapports de travail entre le demandeur et la défenderesse dès cette date et que le paiement d'un 13ème salaire à tous les employés était partant obligatoire en application de cette CCT, la défenderesse ayant reconnu à ce titre ne pas avoir versé de 13ème salaire jusqu'au mois de mars 2014 inclus, parce qu'elle considérait ne pas être soumise à cette CCT. Face aux versions divergentes des parties, le Tribunal a considéré que la présentation des faits allégués par le demandeur emportait conviction, au motif qu'il lui semblait plus vraisemblable que le demandeur ait souhaité avoir un revenu soumis à cotisations sociales plus élevé à l'approche de la fin de sa carrière professionnelle, même si le montant versé depuis avril 2014 ne correspondait pas à la seule inclusion de cette indemnité forfaitaire dans le salaire brut de base, mais impliquait une augmentation de 50 fr. qui n'a pas été expliquée, comparé à la version alléguée par la défenderesse, qui prétendait avoir supprimé l'indemnité pour frais de déplacements et intégré le 13ème salaire au montant qui était versé, le montant versé depuis avril 2014 ne correspondant pas au salaire mensuel brut allégué, ajouté d'un douzième du 13ème salaire.
Concernant les montants alloués au demandeur, le Tribunal a considéré que le demandeur avait allégué avoir été employé jusqu'en décembre 2017, sans être contredit par le Défendeur et le 13e salaire correspondant à l'année 2013 devait se monter au salaire mensuel brut du demandeur à l'époque, soit, 5'650 fr. et que le salaire mensuel brut moyen du demandeur était en 2014 de 5'987,50 fr., alors qu'il était de 6'100 fr. pour les années 2015 à 2017.
Concernant les intérêts moratoires, le Tribunal a considéré que la CCT prévoyait le versement du 13ème salaire au mois de décembre de chaque année, ce montant pouvant être mensualisé par accord entre les parties, et que la défenderesse avait prévu depuis avril 2014 le versement du 13e salaire de façon mensualisée. Étant donné que les conclusions du demandeur réclamaient des intérêts moratoires seulement dès le 1er janvier de l'année suivant l'année à laquelle se rapportait la créance, cette date devait être retenue pour chacune des années 2013 à 2017. Enfin, le Tribunal n'a pas perçu de frais judiciaires ni octroyé de dépens, en application des art. 116 CPC, 24 LTPH et 22 LaCC.
M. Par acte du 20 août 2019 posté le même jour, A______ SA appelle de ce jugement en demandant l'annulation de celui-ci et le déboutement de l'intimé de toutes ses prétentions. L'appelante invoque que l'intimé avait été engagé au mois de décembre 1999, comme admis par ce dernier et non en décembre 2009, comme mentionné par erreur par le jugement, que l'absence de 13ème salaire jusqu'au mois de mars 2014 était confirmée par le règlement interne de l'entreprise qui était consultable sur le serveur de cette dernière et qui fait partie intégrante des contrats de travail, que le règlement interne de l'entreprise mentionnait clairement que le 13ème salaire était inclus dans les douze versements mensuels de salaire, ce qui suffisait à écarter la demande et que l'intimé ne se déplaçait plus régulièrement sur les chantiers depuis avril 2014, avec la précision que, si le 13ème salaire était versé en parts mensuelles depuis cette époque, il est vrai que les fiches de salaire ne le mentionnaient pas expressément jusqu'à août 2017, comme elle l'avait expliqué en première instance. L'appelante invoque que l'intimé fait erreur en prétendant que ses frais de déplacements avaient été supprimés à partir d'avril 2013, puisque les relevés de salaire démontraient au contraire que les salaires de l'intimé sont restés identiques tout au long de l'année 2013. L'appelante invoque aussi également que l'intimé avait pris sa retraite au 31 août 2018 et avait fait valoir le paiement du 13e salaire alors qu'il était encore employé, en mai 2018, contrairement à ce qu'indiquait le jugement querellé, et que l'intimé n'avait plus de véhicule et donc plus de raison d'avoir des frais forfaitaires pour ses déplacements, du moins depuis avril 2014. L'appelante fait aussi valoir que les salaires qu'elle a payés à l'intimé ont toujours été supérieurs aux salaires annuels minimums prévus par la CCT.
L'appelante a produit, en annexe de son appel, son règlement interne de l'ensemble des employés de son entreprise, dans sa version de 2007 et dans sa version de mars 2014, la fiche de salaire de mars 2014 de deux autres employés de l'entreprise, et invoque que le même système avait été appliqué à l'intimé comme à ces derniers, et que ces décomptes de salaire montraient, pour le premier collègue de l'intimé, le passage d'un salaire brut de 5'600 fr. en mars 2014 à un salaire de 6'500 fr. en avril 2014, et, pour le second, le passage d'un salaire de 4'400 fr. bruts en mars 2014 à un salaire mensuel brut de 4'900 fr. en avril 2014.
N. Par acte du 19 septembre 2019 déposé dans le délai imparti, l'intimé a répondu par écrit en concluant principalement à l'irrecevabilité de l'appel et la confirmation du jugement et, à titre subsidiaire, au rejet de l'appel et à la confirmation du jugement. Il fait valoir que les pièces nouvellement produites par l'appelante existaient déjà au début des délibérations de la première instance et que l'appelante n'était ainsi pas admise à les produire en appel, sauf à pouvoir prouver qu'elle n'avait pas pu le faire en première instance tout en faisant preuve de la diligence requise, ce que l'appelante n'avait pas fait, ni même invoqué. L'intimé fait valoir que les allégués de l'appelante consistant à dire qu'il aurait pu faire une note de ses frais effectifs s'il avait eu à se déplacer sur un chantier et qu'il n'avait plus de véhicule constituaient des allégués irrecevables car tardifs que l'appelante aurait dû faire valoir dans le cadre de la procédure de première instance, faute d'avoir pu démontrer qu'elle en aurait été empêchée. L'intimé invoque pour le surplus que l'appel est de toute façon irrecevable, du fait de l'absence d'une critique précise du jugement querellé, et que l'appelante s'était contentée de répéter ses arguments déjà soulevés en première instance, sans expliquer en quoi l'appréciation des preuves administrées, telle qu'effectuée par le Tribunal de première instance, serait erronée ou arbitraire. Au fond, l'intimé se réfère aux considérants du jugement querellé, qu'il fait siens et invoque en particulier que l'appelante n'avait pas prouvé avoir effectivement payé la rémunération relative au 13e salaire des cinq dernières années, alors qu'elle avait la charge de la preuve de ce fait.
O. Suite à une prolongation de délai, l'appelante a déposé une réplique en date du 25 octobre 2019, par laquelle elle expose ne pas avoir produit antérieurement ses pièces nouvelles numéros 3 à 6, en raison de l'opposition que les deux employés concernés par ces pièces avaient soulevée antérieurement, car ceux-ci ne souhaitaient pas que des informations les concernant soient divulguées, mais qu'ils étaient revenus par la suite sur leur opposition. S'agissant des règlements internes d'entreprise, l'appelante invoquait que l'intimé lui-même en connaissait le contenu, puisqu'il en faisait état dans sa demande en paiement du 20 septembre 2018, les griefs soulevés au fond contre le jugement querellé consistant par ailleurs en la non-prise en compte des moyens de preuve exposés en procédure.
P. Par duplique du 11 novembre 2019 déposée dans le délai qui lui avait été imparti, l'intimé a invoqué à nouveau que l'appelante n'avait pas démontré avoir été empêchée de formuler ces nouveaux allégués déjà dans la procédure de première instance et qu'elle aurait très bien pu produire les fiches de salaire litigieuses, quitte à caviarder les données personnelles, afin de conserver la confidentialité que les personnes concernées avaient par hypothèse requise. A titre subsidiaire, l'intimé fait également valoir que les chiffres qui figurent dans ces fiches de salaire nouvellement produites ne démontrent nullement l'intégration d'un 13ème salaire mensualisé dès avril 2014, car une telle intégration aurait dû correspondre à un montant additionnel de 466,66 fr. par mois pour un de ces deux employés, alors que l'augmentation concrète avait été de 900 fr. par mois, et que l'intégration du 13e salaire pour l'autre employé aurait dû correspondre au montant de 366,66 fr. par mois, alors qu'elle avait été de 500 fr. par mois.
Q. La duplique de l'intimé ayant été communiquée à l'appelante le 12 novembre 2019, la cause a été gardée à juger à la même date.
EN DROIT
1.2 L'intimé invoque que l'appelante n'a pas suffisamment motivé son appel, lequel serait irrecevable pour ce motif.
1.2.1 L'appel peut être formé pour violation du droit (art. 310 let. a CPC [RS 272]) et constatation inexacte des faits (art. 310 let. b CPC). L'instance d'appel dispose ainsi d'un plein pouvoir d'examen de la cause en fait et en droit. En particulier, le juge d'appel contrôle librement l'appréciation des preuves effectuée par le juge de première instance (art. 157 CPC en relation avec l'art. 310 let. b CPC) et vérifie si celui-ci pouvait admettre les faits qu'il a retenus. Que la cause soit soumise à la maxime des débats (art. 55 al. 1 CPC) ou, comme en matière de mesures protectrices de l'union conjugale, à la maxime inquisitoire (art. 55 al. 2, art. 272 et, pour le sort des enfants, art. 296 al. 1 CPC), il incombe toutefois au recourant de motiver son appel (art. 311 al. 1 CPC), c'est-à-dire de démontrer le caractère erroné de la motivation attaquée. Pour satisfaire à cette exigence, il ne lui suffit cependant pas de renvoyer aux moyens soulevés en première instance, ni de se livrer à des critiques toutes générales de la décision attaquée. Sa motivation doit être suffisamment explicite pour que l'instance d'appel puisse la comprendre aisément, ce qui suppose une désignation précise des passages de la décision que le recourant attaque et des pièces du dossier sur lesquelles repose sa critique (ATF 138 III 374 p. 376).
1.2.2 En l'espèce, l'appelante, agissant en personne, a invoqué spécifiquement des points qu'elle considère comme ayant été traités de façon erronée par le premier juge, en particulier, concernant la date d'engagement de l'intimé, la connaissance du règlement interne d'entreprise par les employés, la façon dont le Tribunal a apprécié le fait que le 13e salaire était réputé être ou ne pas être intégré au salaire, l'appréciation faite par le Tribunal quant aux motifs de la suppression alléguée des frais de déplacements, les erreurs relevées en relation avec les déclarations faites par sa partie adverse en première instance, la date de la prise de la retraite par l'intimé, et le fait que l'intimé n'avait pas apporté la preuve du non-paiement de son 13e salaire depuis 2013. L'acte d'appel permet dès lors d'appréhender les critiques, au demeurant assez précises, que l'Appelant fait valoir à l'encontre du jugement querellé.
L'appel est ainsi recevable.
2.1 Selon l'art. 317 al. 1 CPC, les faits et moyens de preuve nouveaux ne sont pris en compte au stade de l'appel que s'ils sont produits sans retard (let. a) et ne pouvaient l'être devant la première instance bien que la partie qui s'en prévaut ait fait preuve de la diligence requise (let. b).
Il faut distinguer les « vrais nova » des « pseudo nova ». Les « vrais nova » sont des faits et moyens de preuve qui ne sont survenus qu'après la fin des débats principaux, soit après la clôture des plaidoiries finales (ATF 138 III 788 consid. 4.2; Tappy, Code de procédure civile commenté, Bohnet/Haldy/ Jeandin/Schweizer/Tappy [éd.], 2011, n. 11 ad art. 229 CPC). En appel, ils sont en principe toujours admissibles, pourvu qu'ils soient invoqués sans retard dès leur découverte. Les « pseudo nova » sont des faits et moyens de preuve qui étaient déjà survenus lorsque les débats principaux de première instance ont été clôturés. Leur admissibilité est largement limitée en appel, dès lors qu'ils sont irrecevables lorsqu'en faisant preuve de la diligence requise, ils auraient déjà pu être invoqués dans la procédure de première instance (arrêts du Tribunal fédéral 5A_621/2012 du 20 mars 2013 consid. 5.1 et 4A_643/2011 du 24 février 2012 consid. 3.2.2).
Il appartient au plaideur qui entend se prévaloir en appel de « pseudo nova » de démontrer qu'il a fait preuve de la diligence requise, ce qui implique notamment d'exposer précisément les raisons pour lesquelles le fait ou le moyen de preuve n'a pas pu être invoqué devant l'autorité précédente (arrêts du Tribunal fédéral 5A_266/2015 du 24 juin 2015 consid. 3.2.2, 5A_445/2014 du 28 août 2014 consid. 2.1 et 5A_739/2012 du 17 mai 2013 consid. 9.2.2). Ainsi, des pièces ne sont pas recevables en appel pour la seule raison qu'elles ont été émises postérieurement au jugement querellé. Le plaideur qui entend les invoquer doit exposer en détails les motifs pour lesquels il n'a pas pu les obtenir avant la clôture des débats principaux de première instance (ATF 143 III 42 consid. 4.1; arrêt du Tribunal fédéral 5A_266/2015 du 24 juin 2015 consid. 3.2.2). Les faits et moyens de preuve nouveaux présentés tardivement doivent être déclarés irrecevables (Jeandin, Code de procédure civile commenté, Bohnet/Haldy/Jeandin/ Schweizer/Tappy [éd.], 2011, n. 3 ad art. 317 CPC).
2.2 En l'espèce, l'appelante n'a pas invoqué en première instance les faits dont la recevabilité a été contestée par l'intimé dans le cadre de la procédure d'appel.
2.2.1 S'agissant de l'invocation du droit de l'employé à se faire rembourser les frais auxquels il doit faire face dans le cadre de son travail, il ne s'agit pas d'une allégation de fait soumise aux conditions légales de l'art. 317 CPC, mais bien du rappel de la règle de l'art. 327a CO s'agissant des frais effectifs qui doivent être remboursés par l'employeur dans le cadre du contrat de travail. L'appelante est ainsi fondée à s'en prévaloir.
2.2.2 S'agissant par contre de l'allégation selon laquelle l'intimé n'avait plus de véhicule au moment où l'indemnité forfaitaire pour des frais de déplacements a été supprimée, il s'agit bien d'un fait dont la preuve était à la charge de la partie qui l'allègue et dont l'appelante ne prouve pas pourquoi elle n'aurait pas été en mesure de l'alléguer et de l'offrir à prouver en première instance. Il est donc allégué tardivement et est dès lors irrecevable. L'appelante s'est de plus contentée de l'alléguer, sans le prouver, ni même en offrir la preuve.
3.1 Conformément à l'art. 316 al. 3 CPC, l'instance d'appel peut librement décider d'administrer des preuves : elle peut ainsi ordonner que des preuves administrées en première instance le soient à nouveau devant elle, faire administrer des preuves écartées par le Tribunal de première instance ou encore décider l'administration de toutes autres preuves. Néanmoins, cette disposition ne confère pas au recourant un droit à la réouverture de la procédure probatoire et à l'administration de preuves. Le droit à la preuve, comme le droit à la contre-preuve, découlent de l'art. 8 CC ou, dans certains cas, de l'art. 29 al. 2 Cst., dispositions qui n'excluent pas l'appréciation anticipée des preuves (cf. ATF 133 III 189 consid. 5.2.2, ATF 133 III 295 consid. 7.1; ATF 129 III 18 consid. 2.6).
3.2 En l'espèce, les pièces produites par l'appelante en procédure d'appel sont irrecevables et seront écartées de la procédure, car elles auraient pu être produites en première instance. Toutes existaient en effet avant la litispendance et l'appelante aurait pu les produire en première instance, quitte à caviarder les indications personnelles apparaissant sur les fiches de salaire. La Cour relève par ailleurs que les pièces numérotées Annexe 1 et Annexe 2 produites avec l'acte d'appel font déjà partie de la procédure, puisqu'elles avaient été produites par l'intimé dans le cadre de la procédure de première instance.
4.1. Selon l'art. 357 al. 1 CO, les clauses normatives de la convention collective de travail - dont notamment celles relatives au salaire - n'ont en principe d'effet direct et impératif qu'envers les employeurs et travailleurs qu'elles lient, c'est-à-dire les employeurs qui sont personnellement parties à la convention, les employeurs et les travailleurs qui sont membres d'une association contractante (art. 356 al. 1 CO), ou encore les employeurs et les travailleurs qui ont déclaré se soumettre individuellement à la convention (art. 356b al. 1 CO). Toutefois, le champ d'application de la CCT peut être étendu par décision d'une autorité cantonale ou fédérale (art. 1 de la loi fédérale du 28 septembre 1956 permettant d'étendre le champ d'application de la convention collective de travail [LECCT; RS 221.215.311]); en ce cas, les clauses conventionnelles s'appliquent également aux employeurs et travailleurs auxquels elle est étendue. En tant qu'ils dérogent à des clauses impératives, les accords entre employeurs et travailleurs liés par la CCT sont nuls et remplacés par ces clauses, sauf si les dérogations sont stipulées en faveur des travailleurs (art. 357 al. 2 CO).
Par ailleurs, un employeur, lié ou non, peut convenir avec un travailleur non lié d'incorporer la CCT dans le contrat individuel de travail; il faut que les parties manifestent, fût-ce tacitement, la volonté réciproque et concordante de le faire. La CCT ne produit alors pas directement un effet normatif puisque l'employeur conserve, en principe, la faculté de résilier le contrat de travail et d'en conclure un nouveau qui déroge aux clauses normatives de la convention en défaveur du travailleur. Le travailleur peut néanmoins exiger le respect de la CCT en réclamant l'exécution des clauses de son contrat de travail qui reprennent les dispositions conventionnelles (effets dits indirects de la CCT; ATF 123 III 129 consid. 3c p. 135, ATF 139 III 60, consid. 5.1).
4.2 En l'espèce, une convention collective de travail a été signée et étendue par Arrêté du Conseil d'État du 9 novembre 2011 avec effet au 1er janvier 2012 à tous les bureaux d'ingénieurs (respectivement des départements d'ingénieurs dans les entreprises) qui exécutent à titre principal ou accessoire des prestations dans le domaine de la construction et des techniques du bâtiment, ayant leur siège, une succursale ou un établissement dans le canton de Genève, d'une part, et, d'autre part, à tous les travailleurs employés dans les entreprises précitées, notamment les dessinateurs porteurs du certificat fédéral de capacité (CFC) de dessinateurs en génie-civil, en bâtiment, les porteurs d'un diplôme équivalent, ainsi que ceux bénéficiant d'une formation ou d'une expérience professionnelle équivalente.
L'appelante n'a pas invoqué que l'intimé n'appartiendrait pas à une catégorie d'employés exclus de l'application de la CTT étendue. Elle a invoqué au contraire avoir adapté le salaire de l'intimé pour lui payer un 13e salaire dès avril 2014. L'appelante n'a pas non plus invoqué avoir changé d'activité en 2014. Elle a au contraire invoqué que la commission paritaire avait exigé le changement de son code NOGA, pour le faire correspondre à son activité réelle, ce qui implique que l'activité déployée était la même, avant ce changement de code NOGA, comme après. Elle ne conteste par ailleurs pas que son activité réelle, correspondant au code NOGA enregistré depuis mars 2014, est bien soumise à la CCT des bureaux d'ingénieurs. Or, l'application d'une CCT étendue à toutes les entreprises actives sur le Canton ne dépend pas du code NOGA avec lequel les entreprises sont enregistrées, mais bien de l'activité effective exercée. La CCT s'appliquait par conséquent aux parties dès son extension avec effet au 1er janvier 2012.
5.1 Le salarié peut faire valoir ses prétentions salariales pendant tout le délai de prescription, qui est de cinq ans, et il peut attendre avant de déposer une demande en justice, une telle attente n'étant pas abusive, sauf circonstances tout à fait exceptionnelles (Gabriel Aubert, Commentaire Romand, Code des obligations I, 2012, ad art. 321c CO, n 9, cité notamment dans CAPH/74/2019). Son action est prescrite s'il n'agit pas dans ce délai quinquennal, la prescription étant seulement interrompue lorsque le débiteur reconnaît la dette ou lorsque le créancier fait valoir ses droits par des poursuites, par une requête de conciliation, par une action ou par une exception devant un tribunal ou un tribunal arbitral, ou par une intervention dans une faillite, en application de l'art. 135 CO.
5.2 En l'espèce, l'appelante n'a pas invoqué la prescription de la créance que fait valoir sa partie adverse. De plus, la convention collective de travail applicable prévoyant que le 13e salaire était exigible avec le salaire du mois de décembre de l'année correspondante, si les parties n'en avaient pas convenu autrement, le 13ème salaire afférent à l'année 2013 est devenu exigible en décembre 2013, soit, moins de cinq ans avant le dépôt de la requête en conciliation, dès lors qu'il n'existait entre les parties aucun accord de mensualisation du paiement du 13ème salaire à cette époque. Quant à la part du 13ème salaire afférente à la période allant de janvier à mars 2014, elle était exigible au 31 mars 2014, les parties n'ayant pas conclu d'accord particulier à ce sujet, et l'appelante n'ayant prévu une mensualisation du 13e salaire qu'à partir d'avril 2014.
5.3 L'appelante a admis ne pas avoir versé de 13e salaire avant avril 2014, mais invoque qu'elle a toujours payé des salaires supérieurs aux salaires minimums prévus par la CCT. La soumission à une convention collective de travail qui prévoit le paiement d'un 13ème salaire suite à une décision d'extension implique une modification du contrat de travail qui régit les rapports entre employeur et salarié, si ce contrat ne prévoit pas le paiement d'un 13ème salaire. En conséquence, les contrats de travail entre les entreprises soumises à la CCT et les travailleurs doivent être modifiés dès l'entrée en vigueur de l'extension. Dans cette situation, les parties au contrat peuvent convenir de l'ajout d'un 13ème salaire, ou modifier le salaire mensuel pour l'avenir et les échéances de paiement du 13ème salaire, afin de respecter la clause de la convention collective désormais applicable. Les employeurs soumis ne peuvent par contre pas invoquer que les salaires payés jusque-là doivent être considérés comme incluant le 13ème salaire pour l'avenir au motif qu'ils sont supérieurs aux salaires minimaux de la CCT, sauf à modifier le contrat de travail en respectant le délai de congé applicable à une telle modification du contrat. Le 13ème salaire pour l'année 2013 et pour janvier à mars 2014 est par conséquent dû en l'espèce, l'appelante n'ayant pas prouvé, ni même invoqué avoir modifié le contrat de travail de l'intimé pour en baisser le salaire mensuel de façon à ce que le montant payé par le passé à titre de salaire mensuel corresponde à l'avenir au salaire mensuel ajouté de la part mensualisée du 13ème salaire.
6.1 A teneur de l'art. 8 CC, chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. Cette disposition règle notamment l'attribution du fardeau de la preuve, c'est-à-dire désigne la partie qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve d'un fait (ATF 129 III 18 consid. 2.6). Selon la conception de la doctrine dominante, qui suit la théorie des normes (Normentheorie), il découle en principe de l'art. 8 CC que le rapport entre les normes matérielles applicables détermine la répartition du fardeau de la preuve. Ce rapport établit de cas en cas si le fait à prouver fait naître un droit (fait générateur), l'éteint, respectivement le modifie (fait destructeur) ou s'il tient en échec cette naissance ou cette extinction (fait dirimant). Celui qui prétend être titulaire d'un droit doit prouver les faits générateurs dont dépend la naissance du droit. En revanche, c'est à celui qui invoque l'extinction d'un droit ou conteste sa naissance ou sa mise en application qu'il incombe de prouver les faits destructeurs ou dirimants (ATF 139 III 13 consid. 3.1.3.1; 130 III 321 consid. 3.1; 128 III 271 consid. 2a/aa; arrêt 5C_162/2005 consid. 2.3). Il n'importe pas que celui qui invoque un droit sous forme d'objection ou d'exercice d'un droit formateur assume le rôle de défendeur dans l'instance judiciaire (Piotet, Commentaire Romand, CC I, 2010, n. 31 ad art. 8 CC). La règle de l'art. 8 CC s'applique en principe également lorsque la preuve porte sur des faits négatifs. Cette exigence est toutefois tempérée par les règles de la bonne foi qui obligent le défendeur à coopérer à la procédure probatoire, notamment en offrant la preuve du contraire. Cette obligation, de nature procédurale, ne touche par contre pas au fardeau de la preuve et n'implique nullement un renversement de celui-ci. C'est dans le cadre de l'appréciation des preuves que le juge se prononcera sur le résultat de la collaboration de la partie adverse ou qu'il tirera les conséquences d'un refus de collaborer à l'administration de la preuve (ATF 119 II 305 consid. 1.b/aa; arrêt du Tribunal fédéral 4A_256/2013 du 17 octobre 2013 consid. 2.2).
6.2 S'agissant du paiement du salaire dès avril 2014, aucune des parties n'a produit de documents prouvant un accord relatif au paiement du 13ème salaire, ni à l'intégration des frais de déplacements dans le salaire de base, ni quant à la modification de l'activité effectuée par l'intimé à partir de 2014. Les parties n'ont pas sollicité l'audition de témoins et l'intimé n'ayant pas été présent aux audiences de première instance, il n'a pas pu être interrogé, ni faire de déposition, contrairement à ce que le Tribunal semble avoir considéré, si on se réfère au procès-verbal d'audition, tel qu'il a été rédigé, celui-ci ayant protocolé les déclarations des avocats de l'intimé sous le titre « interrogatoire/déposition des parties » et le sous-titre « B______ (Me F______ et Me PEREZ) ». Le Code de procédure civile prévoit l'interrogatoire et la déposition de parties à ses art. 168, 191 et 192, à titre de moyens de preuve. Les déclarations des avocats assistant les parties en cours de procédure ne peuvent se substituer à l'interrogatoire ou la déposition d'une partie, lesdits avocats peuvent seulement assister et représenter celle-ci pour les actes de procédure conformément à l'art. 68 CPC. Aucune disposition du Code de procédure ne permet à une partie de se faire représenter pour effectuer une déposition ou répondre à un interrogatoire. En effet, ce sont les parties elles-mêmes qui sont soumises au devoir de collaborer institué par l'art. 164 CPC, qui doivent répondre conformément à la vérité, qui peuvent être punies d'une amende en application de l'art. 191 CPC en cas de mensonge délibéré dans le cadre d'un interrogatoire, et qui peuvent être poursuivies pénalement en cas de fausses déclarations dans le cadre d'une déposition, au sens de l'art. 192 CPC. Quant à la valeur probante des allégations faites par les parties, fussent-elles même plausibles, le Tribunal fédéral considère qu'elles ne suffisent pas à prouver un fait, à moins qu'elles ne soient corroborées par des pièces qui accréditent la thèse soutenue (arrêt du Tribunal fédéral 5A_414/2012 du 19 octobre 2012, consid. 7.3).
6.3 En l'espèce, l'intimé invoque un accord qu'il aurait négocié avec son employeur, selon lequel son indemnité pour ses frais de transport aurait été conservée, mais intégrée dans son salaire de base. Il n'en a toutefois apporté aucune preuve, ni même aucun indice, alors que l'appelante avait contesté l'existence d'un tel accord, et qu'il incombait ainsi à l'intimé de prouver un tel accord en application des principes rappelés ici. De plus, la suppression de cette indemnité pour les frais de déplacement sur les fiches de salaire donne l'apparence que cette indemnité n'était effectivement plus justifiée. Or, l'intimé étant la partie qui demande la condamnation de l'appelante au paiement de plusieurs montants à titre de 13e salaire, il lui incombait d'apporter la preuve de son droit pour les périodes contestées par sa partie adverse, ce qu'elle n'a pas fait. Partant, le jugement sera annulé quant aux montants octroyés à titre de 13ème salaire depuis avril 2014. L'appelante ayant toutefois admis qu'elle n'avait pas payé un solde de 21 fr. bruts par mois à titre de solde dû sur les parts mensualisées du 13ème salaire depuis avril 2014, ce montant mensuel sera donc reconnu à l'intimé pour la période pertinente. A cet égard, l'intimé a invoqué être parti à la retraite au 31 décembre 2017. Les fiches de salaire produites en procédure par l'appelante en première instance font par contre état de salaires payés jusqu'en août 2018. L'intimé ayant toutefois conclu au paiement de son 13ème salaire jusqu'au 31 décembre 2017, l'appelante sera condamnée à payer le solde mensuel de 21 fr. qu'elle a admis rester devoir, sur la période allant d'avril 2014 à décembre 2017, correspondant à 45 mois, soit un total en capital de 945 fr., avec intérêts au taux légal de 5% prévu par l'art. 104 CO dès la date moyenne du 15 mars 2016, la part du 13ème salaire d'avril 2014 étant échue fin avril 2014, et celle afférente à décembre 2017, fin décembre 2017.
Il n'est pas alloué de dépens, en application de l'art. 22 al. 2 LaCC.
PAR CES MOTIFS, La Chambre des prud'hommes, groupe 1 :
A la forme :
Déclare recevable l'appel interjeté le 20 août 2019 par A______ SA contre le jugement JTPH/220/2019 rendu le 18 juin 2019 par le Tribunal des prud'hommes dans la cause C/16872/2018-1.
Au fond :
Admet partiellement l'appel, annule le jugement attaqué et, statuant à nouveau :
Condamne A______ SA à payer à B______ :
Le montant brut de 5'650 fr. (cinq mille six cent cinquante francs) avec intérêts moratoires au taux de 5% par an dès le 1er janvier 2014 ;
Le montant brut de 1'412,50 fr. (mille quatre cent douze francs et cinquante centimes) avec intérêts au taux de 5% par an dès le 28 février 2014 ;
Le montant brut de 945 fr. (neuf cent quarante-cinq francs) avec intérêts moratoires au taux de 5% par an dès le 15 mars 2016 ;
Dit que la procédure est gratuite ;
Dit qu'il n'est pas alloué de dépens ;
Déboute les parties de toutes autres conclusions.
Siégeant :
Monsieur Adriano GIANINAZZI, président; Monsieur Christian PITTET, juge employeur; Monsieur Roger EMMENEGGER, juge salarié; Madame Chloé RAMAT, greffière.
Indication des voies de recours et valeur litigieuse :
Conformément aux art. 72 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification avec expédition complète (art. 100 al. 1 LTF) par-devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière civile.
Le recours doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14.
Valeur litigieuse des conclusions pécuniaires au sens de la LTF supérieure ou égale à 15'000 fr.