POUVOIR JUDICIAIRE
C/17920/2015-1 CAPH/187/2018
ARRÊT
DE LA COUR DE JUSTICE
Chambre des prud'hommes
DU 14 decembre 2018
Entre
A______ SA, sise ______, appelante et intimée sur appel joint d'un jugement rendu par le Tribunal des prud'hommes le 2 novembre 2017 (JTPH/422/2017), comparant par Me Sebastiano Chiesa, avocat, Rigamonti Avocats, place de la Taconnerie 3-5, 1204 Genève, en l'étude duquel elle fait élection de domicile,
et
Monsieur B______, domicilié ______, intimé et appelant sur appel joint, comparant par Me Olivier Wehrli, avocat, Poncet Turrettini, rue de Hesse 8-10, case postale 5715, 1211 Genève 11, en l'étude duquel il fait élection de domicile.
EN FAIT
A. Par jugement JTPH/422/2017 du 2 novembre 2017, le Tribunal des prud'hommes, statuant par voie de procédure ordinaire, a déclaré recevables la demande formée le 17 novembre 2015 par B______ contre A______ SA, la demande reconventionnelle formée le 4 mai 2016 par A______ SA contre B______ et les modifications de celles-ci des 27 décembre 2016 et 10 février 2017 (ch. 1 à 3 du dispositif), a condamné A______ SA à verser à B______ la somme brute de 49'815 fr. 05 avec intérêts moratoires à 5 % l'an dès le 1er août 2015 en invitant la partie qui en a la charge à opérer les déductions sociales et légales usuelles (ch. 4 et 5), a condamné A______ SA à établir et à remettre à B______ un certificat de travail au contenu identique à celui figurant en pages 43 et 44 [recte: 44 et 45] dudit jugement (ch. 6), a débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 7), a arrêté les frais de la procédure à 2'937 fr., les a compensés avec les avances effectuées, les a mis à la charge de A______ SA à hauteur de 2'737 fr. et à la charge de B______ à hauteur de 200 fr. et a débouté les parties de toute autre conclusion à ce titre (ch. 8 à 10).
B. a. Par acte déposé au greffe de la Cour de justice le 1er décembre 2017, A______ SA appelle de ce jugement, qu'elle a reçu le 3 novembre 2017. Reprenant ses dernières conclusions de première instance, elle conclut, avec suite de frais judiciaires et dépens, à l'annulation des ch. 4 à 9 de son dispositif et à la condamnation de B______ à lui verser la somme globale de 722'235 fr. 77 avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er août 2015 à titre de dommages et intérêts. Elle conclut en outre, pour la première fois en seconde instance, au prononcé de la mainlevée définitive des oppositions formées par B______ aux commandements de payer, poursuites n. 1______ et n. 2______.
A l'appui de son écriture, A______ SA a produit une pièce nouvelle, à savoir un commandement de payer, poursuite n. 2______, qu'elle a fait notifier le 9 août 2017 à B______ pour un montant de 448'511 fr. 69 avec intérêts moratoires à 5 % l'an dès le 1er août 2015, auquel ce dernier a fait opposition totale.
b. B______ conclut au rejet de l'appel, avec suite de frais.
Reprenant ses dernières conclusions de première instance, il conclut, sur appel joint, avec suite de frais, à la condamnation de A______ SA à lui verser un montant global de 224'150 fr. 15 avec intérêts à 5 % l'an dès le 31 juillet 2015, en sus du paiement de la somme de 49'815 fr. 05 à laquelle A______ SA a été condamnée par le premier juge, soit un montant total de 273'965 fr. 20.
c. A______ SA conclut au rejet de l'appel joint, avec suite de frais judiciaires et dépens.
d. Les parties ont répliqué et dupliqué, persistant dans leurs conclusions respectives.
e. Elles ont été avisées par pli du 2 mai 2018 de ce que la cause était gardée à juger.
C. Les faits pertinents suivants résultent de la procédure :
a. C______ SA est une société de droit suisse inscrite au Registre du commerce de Genève ayant pour but l'établissement de tous projets et exécution de toutes installations électriques courant fort et faible, ainsi que vente de tout appareillage électrique.
Le ______ 1997, elle a été rachetée par A______ SA, une société de droit suisse située à Genève active dans le commerce et la représentation de matériel et appareillage électrique ainsi que tous travaux d'installation et équipement dans le domaine de l'électricité et du téléphone.
b. A______ SA est dirigée par D______, son fondateur et administrateur président, qui est le seul à disposer de la signature individuelle. Elle compte deux administrateurs, E______ (fils de D______), ainsi que F______. G______, l'ancien administrateur président de C______ SA, aujourd'hui décédé, en a également été administrateur jusqu'en 2001.
La société est constituée de plus de ______ collaborateurs encadrés par ______ responsables de projets (dits aussi techniciens). Elle est organisée en ______ départements qui sont chacun placés sous la responsabilité d'un cadre. Chaque département porte son propre numéro de facturation et se voit assigner chaque année un objectif en termes de chiffres d'affaires, lequel ressort notamment du compte d'exploitation individuel, appelé BAB, que A______ SA remet chaque année aux chefs de département, sous le champ «Budget avancé 12 mois» (colonne de droite). Un BAB est également remis annuellement à chaque technicien.
c. Le 11 juin 1997,B______ a été engagé par C______ SA à compter du 1er juillet 1997 en qualité de technicien électricien selon contrat de travail à durée indéterminée signé le 6 octobre 1997, pour un salaire mensuel brut de 6'000 fr., auquel s'ajoutaient une indemnité fixe pour frais de représentation de 500 fr., une gratification pour frais divers de 500 fr., ainsi qu'un treizième salaire. Une participation de 2 % sur le bénéfice d'exploitation était en outre prévue dès le 1er août 1997, «selon contrat à établir» (art. 3c du contrat).
Par courriers du 31 mars 1998, B______ a été libéré de tout engagement envers C______ SA, puis engagé par A______ SA à compter du 1er avril 1998 aux mêmes conditions que celles prévalant précédemment.
d. En juillet 1998, B______ a fait part à A______ SA de sa démission en raison d'une surcharge importante de travail qui affectait notamment sa santé.
Afin de retenir son employé, A______ SA, soit pour elle G______, a modifié ses conditions de travail par avenant du 4 septembre 1998, en lui créant un contrat taillé sur-mesure. Elle l'a nommé responsable du département «villas et petits travaux» (exécution d'environ 90 villas par année, soit une occupation d'environ neuf monteurs et deux bricoleurs) dès le 1er septembre 1998, a fait porter son salaire mensuel à 6'500 fr. (éventuelles heures supplémentaires incluses) et l'indemnité fixe pour frais de représentation à 650 fr. (payé treize fois l'an). Elle a maintenu le treizième salaire ainsi que la participation au bénéfice, et a prévu le versement de commissions sur les ventes. A ce titre, les art. 5 et 8 dudit avenant étaient libellés comme suit :
«5. Participation
a) Ventes
Pour chaque contrat dont le minimum est fixé à Frs 15'000.--, vous recevrez une commission de 1% du montant adjugé. Etant sous-entendu que l'affaire sera exécutée par vous-même.
Si l'affaire devait être traitée par un autre technicien en dehors de votre budget d'exécution, vous recevriez (sic) alors une commission de 2% au lieu de 1%.
Il est précisé que les conditions de vente devront être acceptées par la direction.
b) Ventes auprès des acquéreurs (appartement PPE - Villas)
Pour chaque vente obtenue, en supplément du contrat de base ou de ses avenants, une commission de 5 % vous sera versée. Celle-ci sera calculée sur le prix net HT (selon tarif édité par l'entreprise) du devis accepté et signé par l'acquéreur de la villa ou appartement. Elle est versée entre autres, en dédommagement du surplus de travail créé par la prise en charge des clients.
Les devis complémentaires demandés par le maître d'ouvrage ou son représentant sont exclus de cette commission.
c) Budget et exécution
Réglés selon avenant séparé.»
«8. Paiement
a) Commission sur ventes
Les Commissions sur vente seront payées trimestriellement sur décompte soumis au soussigné accompagné des justificatifs.
Seules les affaires confirmées par le client ou l'architecte et celles où les travaux seront en cours d'exécution seront prises en considération.
b) Participation au bénéfice
Cette participation est payable au printemps de l'année suivante, dès clôture des comptes et après vérification par l'organe de contrôle.»
En parallèle, par convention du 4 septembre 1998, les parties ont convenu que B______ se verrait accorder une participation au bénéfice brut II (BBII) de 2% si le montant budgétisé en 1998, à savoir 254'000 fr. pour onze monteurs, était atteint, voire dépassé. Un tableau, inséré dans la convention, permettait de comprendre que le BBII à atteindre correspondait au bénéfice brut I (BBI), après déduction des frais généraux, et que le BBI correspondait à la facturation de l'activité de B______, après déduction de la main d'oeuvre et du matériel. La participation de 2% était accordée sur le chiffre effectivement réalisé.
e. Au sein de A______ SA, B______ a progressivement gravi les échelons, devenant fondé de pouvoir en 2001 et membre de la direction en août 2013. En mai 2011, son salaire a été porté à 10'300 fr. brut par mois, payable treize fois l'an, dont à déduire la somme de 150 fr. concernant la part privée du véhicule d'entreprise. Lors de son départ en 2015, B______ était responsable du département «Courant fort», qui portait ses initiales et s'était vu attribuer le numéro de facturation 3______. B______ en détenait seul la responsabilité financière. Les autres départements étaient gérés par H______ (département bâtiment), I______, qui est également membre de la direction (département industrie), F______ (département télécom) et E______ (secteurs d'activité indépendants).
Le nombre de monteurs placés sous la responsabilité directe de B______ a également évolué au fil des années, passant de 11 en 1998 à 45 en 2015. Il en va de même du chiffre d'affaires réalisé par son département, qui est passé de 1'714'000 fr. en 1998 à environ 8'000'000 fr. en juin 2015.
f. Initialement centrée sur les villas, l'activité de B______ s'est progressivement orientée sur la propriété par étages (PPE), s'occupant des chantiers suivants :
J______ entre 2005 et 2006 (19 appartements de très haut standing) ;
K______ II et III entre 2006 et 2009 (2 x 40 appartements) ;
L______ entre 2007 et 2009 (60 appartements) ;
M______ entre 2011 et 2013 (84 logements dont 42 locatifs) ;
N______ entre 2012 et 2014 (42 appartements dont 14 locatifs) ;
O______ entre 2013 et 2014 (70 appartements dont 44 locatifs) ;
P______ entre 2013 et 2014 (16 logements locatifs) ;
Q______ entre 2013 et 2015 (60 appartements dont 16 locatifs) ;
R______ entre 2013 et 2015 (113 appartements locatifs) ;
S______ entre 2014 et 2015 (24 logements locatifs) ;
T______ entre 2014 et 2015 (72 appartements dont 36 locatifs).
Le chantier T______ avait été initialement attribué à H______. Surchargé, ce dernier avait toutefois demandé à B______ de le reprendre, ce qui avait représenté une «bonne» charge de travail supplémentaire pour ce dernier (témoin H______).
g. De 1997 à juillet 2015, B______ a travaillé essentiellement en binôme avec U______, qui est devenu son bras droit. Entendu par le Tribunal en qualité de témoin, ce dernier a indiqué avoir d'abord exercé comme aide-technicien, puis comme technicien, bien que son contrat indiquait qu'il était monteur électricien. Lorsqu'il avait travaillé sous les ordres de B______, il n'avait aucune responsabilité financière et s'occupait du suivi des clients, des devis ainsi que du suivi des chantiers. En 2011 ou 2012, D______ lui avait proposé de travailler en individuel avec sa propre équipe et d'avoir plus de responsabilités, notamment financières, ce qu'il avait refusé, car il s'entendait bien avec B______ et ne voulait pas forcément gagner plus et soutenir un autre chiffre d'affaires.
Pendant une courte période (inférieure à une année et se situant entre fin 2012 et début 2015), trois autres techniciens (à savoir V______, W______ et X______) ont intégré le département de B______, mais cette collaboration s'est soldée par un échec. Lors de cette intégration, le groupe de B______ comptait près de 80 personnes et avait été nommé «PPE».
En juin 2015, l'équipe de B______ comptait un technicien (U______), deux assistantes (Y______ et Z______), un dessinateur (AA______), un planificateur (AB______) et environ 45 monteurs.
Entendue en qualité de témoin, Y______ a indiqué que toute l'équipe de B______ travaillait sous le numéro de facturation 3______, sauf V______ et W______, car ils avaient disposé de leur propre équipe au sein du département de B______. Le témoin a également confirmé la proposition faite à U______ par la direction, qu'elle situait cependant en 2010, confirmant ainsi les propos de B______. Selon elle, U______ s'était vu proposer de former sa propre équipe et d'avoir sa propre ligne de facturation. Elle-même avait été approchée en 2015 par le directeur financier de la société, AC______, pour un poste au département RH avec des conditions financières très intéressantes, qu'elle avait toutefois refusé.
h. B______ travaillait énormément, y compris le week-end, et ne comptait pas ses heures. Il était apprécié par ses collègues ainsi que par ses partenaires contractuels. Ces derniers ont indiqué que B______ était extrêmement dévoué aux clients et rapide, traitant chaque demande dans les 48 heures, qu'il faisait de bonnes études et avait de bons chefs de chantier (témoin AD______, ingénieur civil, ayant travaillé avec B______ pendant une vingtaine d'années), qu'il était joignable à tout moment et tenait ses délais (témoin AE______, architecte ayant travaillé avec B______ depuis qu'il était chez C______ SA) et qu'il s'était beaucoup investi dans le chantier R______, y compris après avoir donné sa démission, intervenant lors des séances auprès les autres entreprises afin de faire avancer le chantier (témoin AF______, ingénieur-électricien ayant fait partie du groupement de mandataires en charge [du chantier] R______ côté entreprises).
i.a. Chaque mois, au cours de son emploi,B______ (au même titre que les autres chefs de département) remettait au service de comptabilité, avec copie à E______ pour validation, un journal d'activité établi sous la forme d'un tableau d'une à deux pages, qui recensait l'ensemble des ventes effectuées par le groupe dont il était responsable. B______ y faisait notamment figurer les activités de son technicien, U______, sans les identifier. Pour chaque ligne de données, B______ indiquait le numéro de dossier (qui débutait toujours par 3______), le numéro de la pièce, ainsi que, dans des champs séparés, le montant de la « vente chantier » ou de la « vente bricole » ou de la « vente soumission/étude ». Il spécifiait également le nom du chantier ainsi que, pour les villas, le nom du client, et, pour les copropriétés, le numéro de l'appartement suivi dans la grande majorité des cas du nom du client. Parfois, le nom du chantier ou de la villa était uniquement suivi de l'indication « divers compléments » ou « compléments » ou « compléments divers ». Parfois, il était suivi de l'indication « Avenant » avec le numéro y afférent. B______ n'y joignait ni les devis ni les factures pertinentes. Ses journaux étaient, en partie, complétés par son assistante, Y______.
i.b. Toutes les quatre à six semaines, B______ (au même titre que les autres chefs de département) s'entretenait individuellement avec E______ au sujet des aspects financiers de son département. Le procès-verbal de cette séance, qui reprenait la liste des débiteurs ainsi que les ventes effectuées le mois précédent, était remis en copie à D______. Il ressort des procès-verbaux produits (à savoir ceux des 25 mars, 1er juin et 3 août 2010, du 22 juillet 2011 et du 8 novembre 2012), que les données relatives aux ventes figurant dans le journal d'activité de B______ y étaient reprises à l'identique.
i.c. Entendu en qualité de témoin, H______ a indiqué que le journal d'activité était d'une pièce maîtresse de l'entreprise, un journal de bord permettant à E______ de suivre l'évolution du responsable de département, de connaître le nom des clients et de voir les montants facturés en fin de mois. Lui-même établissait un journal d'activité pour le département dont il détenait la responsabilité financière, dans lequel il intégrait les activités de ses techniciens sans spécifier leurs initiales. Il ne connaissait pas les discussions et accords qu'il y avait entre B______ et son bras droit et ignorait si ce dernier avait son propre journal d'activité; comme U______ travaillait sous les ordres de B______, il en déduisait que les ventes de ce dernier étaient comprises dans le journal d'activité de B______. Le témoin a ajouté que D______ et E______ contrôlaient tous les dossiers financiers, l'impératif le plus important à leurs yeux étant la facturation. S'agissant des soumissions, lorsqu'il s'agissait de montants de plusieurs centaines de milliers de francs, il avait toujours été en relation avec D______ et E______. Ces derniers ne pouvaient toutefois pas être derrière chaque devis. C'était une relation de confiance.
Egalement entendu en qualité de témoin, AG______, chef de projets au sein du département télécom de 2008 à 2014 a déclaré que chaque chef de département rendait des comptes à E______, qui s'occupait de la partie « Courant fort », sauf F______, qui s'occupait de la partie « Courant faible ». Le témoin établissait lui-même un journal d'activité pour son département, qu'il présentait à F______, puis à E______ pour validation. Les deux chefs de projets de son groupe établissaient leurs propres journaux d'activité avec d'autres numéros. D______ et E______ contrôlaient les journaux d'activité et posaient parfois des questions. Ils contrôlaient également le retard de facturation dans les journaux d'activités. E______ ne reprenait pas telles quelles les informations contenues dans le système informatique dans les procès-verbaux des séances.
AH______, informaticien ayant travaillé pour A______ SA de 2010 à janvier 2015 en tant que monteur électricien, puis technicien, pour terminer en tant que responsable du département télécom (ayant assuré l'interim à la suite du licenciement de AG______), a, quant à lui, indiqué n'avoir vu E______ aux séances mensuelles qu'à cinq reprises, mais son cas était spécial.
Enfin, V______ a indiqué que E______ regardait les journaux d'activité, s'intéressant surtout au nombre de devis, de factures et de demandes d'acomptes.
j. Tous les trois mois, B______ établissait un décompte de commissions qu'il présentait à l'entreprise pour paiement et qui transitait par E______, D______ et AC______. Les commissions présentées sur ces décomptes étaient systématiquement payées, sans demande d'explications. Les montants totaux suivants ont été versés :
147'055 fr. 80 en 2008 (142'973 fr. 90 à 5 % et 4'081 fr. 90 à 1 %) ;
110'099 fr. en 2009 (107'418 fr. 20 à 5 % et 2'680 fr. 80 à 1 %) ;
131'420 fr. 50 en 2010 (129'243 fr. 20 à 5 % et 2'177 fr. 30 à 1 %) ;
132'557 fr. 50 en 2011 (127'553 fr. 40 à 5 % et 5'004 fr. 10 à 1 %) ;
137'418 fr. 30 en 2012 (133'170 fr. 60 à 5 % et 4'247 fr. 70 à 1 %) ;
120'968 fr. 20 en 2013 (116'793 fr. 90 à 5 % et 4'174 fr. 30 à 1 %) ;
127'591 fr. 90 en 2014 (126'515 fr. 90 à 5 % et 1'076 fr. à 1 %) ;
42'384 fr. 70 de janvier à mars 2015 (41'285 fr. 10 à 5 % et 1'099 fr. 60 à 1 %).
Dans ses décomptes, B______ reprenait le montant total mensuel des « ventes chantiers », « ventes bricoles » et « ventes soumissions/études » figurant dans son journal d'activité, en stipulant le montant des commissions dues pour chacun de ces postes, étant précisé que la commission à 5 % était calculée sur toutes les « ventes chantiers » et les « ventes bricoles » et que la commission à 1 % était calculée sur toutes les « ventes soumissions/études ». B______ ne distinguait pas les ventes demandées directement par les acquéreurs finaux de celles passées via le maître d'ouvrage (architecte, entreprise générale, promoteur ou autre).
B______ soutient que G______ avait accepté en 2001 que ses commissions à 5 % portent sur toutes les ventes, y compris celles qui transitaient par le maître d'ouvrage. A______ SA conteste l'existence de cet accord, arguant que G______ avait proposé à l'employé, qui était particulièrement travailleur et effectuait de nombreuses heures supplémentaires, de le rétribuer moyennant une commission sur ses ventes aux particuliers; elle entendait par là, le cas d'un couple acquéreur qui venait rendre visite au demandeur le soir (en dehors des heures de travail) pour compléter leur commande initiale. Entendu en qualité de témoin au sujet d'une attestation qu'il avait établie le 15 janvier 2002 dans laquelle il indiquait que B______ percevait annuellement des primes contractuelles de 5 % sur les ventes « petits clients » et de 1 % sur les ventes soumissions, AI______, ancien chef comptable de la société ayant été remplacé en 2002 par AC______, a précisé que les ventes « petits clients » étaient celles figurant à l'art. 5b de l'avenant au contrat de travail, à savoir celles pour lesquelles les acquéreurs demandaient des travaux supplémentaires et à qui les factures étaient adressées directement. Si la demande provenait de l'architecte, cela retombait dans la soumission, qui était commissionnée à hauteur de 1 %. Il ne pensait pas que G______, qu'il avait connu, aurait accordé une commission de 5 % sur les ventes soumissions, car cela aurait représenté une grosse somme. Avec un tel commissionnement B______ aurait « mangé tout le chantier ». Le témoin a ajouté avoir établi l'attestation du 15 janvier 2002 avec les documents alors en sa possession, notamment l'avenant au contrat de travail de B______ du 4 septembre 1998 et que tout changement salarial lui aurait été communiqué. Les commissions sur ventes étaient perçues en cas d'atteinte du chiffre d'affaires.
A une seule reprise, A______ SA a demandé des explications à son employé sur une vente insérée dans son tableau d'activité. En effet, par courrier électronique du 26 mars 2010, E______ a demandé à B______ de bien vouloir lui indiquer si la vente « AJ______ compléments stores app » figurant dans son journal d'activité de novembre 2009 était une « vente global à travers la promotion ou une vente d'un client ». Dans sa réponse du même jour, B______ a indiqué qu'il s'agissait d'une « vente global à travers ______ qui [était] refacturée au client, par , donc, en définitive, une vente client pour [lui]». Le 29 mars 2010, E a répondu que, pour lui, il ne s'agissait pas d'une vente d'acquéreurs « car elle pass[ait] par le représentant du maître d'ouvrage () (sic) et non pas directement par l'acquéreur », or, selon l'avenant à son contrat de travail du 4 septembre 1998, plus précisément l'art. 5b dernière phrase, il y avait lieu de « différencier entre les ventes des acquéreurs et le maître d'ouvrage ou son représentant ». E demandait donc à B______ d'identifier en rouge dans son décompte annuel les ventes qu'il avait comptabilisées et qui n'étaient pas des ventes directes d'acquéreurs, ce afin d'obtenir la somme globale sur un an, ce que B______ a fait. Le 15 avril 2010, A______ SA a versé à son employé le montant indiqué initialement.
B______ soutient que ce versement est intervenu à la suite d'une discussion avec D______, qui avait accepté d'inclure ces ventes à son commissionnement en lui indiquant qu'avec toutes les heures de travail qu'il effectuait, cela coûterait plus cher à l'entreprise de lui payer ses heures supplémentaires. Il a ajouté que l'art. 5b de l'avenant lui avait convenu à l'époque, car il faisait essentiellement des villas.
Entendu par le Tribunal en qualité de partie, D______ a indiqué n'avoir jamais autorisé B______ à intégrer d'autres ventes dans ses commissions acquéreurs. Comme il était bon vendeur, il se pouvait qu'il ait accepté de lui laisser un devis de stores sur son décompte, et ce, pour motiver son collaborateur. Il n'en était toutefois pas certain.
A______ SA soutient qu'en raison du lien de confiance l'unissant à son employé en raison de son ancienneté, de sa position hiérarchique et du fait qu'il était membre de la direction, les commissions requises étaient versées sans analyse approfondie. L'entreprise se contentait de consulter les décomptes produits à la fin de chaque trimestre, qui ne contenaient jamais les pièces justificatives, ou de demander à l'employé si ceux-ci étaient conformes au commissionnement prévu dans son contrat. Ce dernier requérait systématiquement un paiement rapide, à peine le décompte présenté. Elle avait donc toujours payé, car si elle ne le faisait pas immédiatement, l'employé revenait toujours à la charge.
k. Les témoins ont unanimement indiqué qu'il était fréquent, tant pour les chantiers de villas que pour les PPE, qu'une commande initiale soit modifiée ou complétée en cours de chantier.
U______ a indiqué que ces modifications étaient demandées par les acquéreurs et, ponctuellement, par le maître d'ouvrage. Lorsqu'elles étaient faites par l'acquéreur, les demandes transitaient, en général, par l'entreprise générale. Tout dépendait du contrat.
Y______ a expliqué que dans certains cas, les acquéreurs finaux venaient les voir directement au bureau et que la société envoyait ensuite le devis à l'entreprise générale, qui le faisait valider par l'acquéreur. Dans d'autres cas de figures, l'entreprise leur envoyait les plans modifiés pour qu'ils établissent un devis. Dans 90% des cas, les devis et factures étaient envoyées à l'entreprise générale ou à l'architecte, qui les faisait suivre aux acquéreurs finaux.
AK______, architecte ayant travaillé pour le bureau AL______ SA, a indiqué que lorsqu'un acquéreur modifiait la commande initiale, l'entreprise générale demandait à l'entreprise concernée d'établir un devis, qui lui était ensuite retourné. L'entreprise générale se chargeait ensuite de faire accepter les travaux par le futur acquéreur. Une fois le devis accepté par l'acquéreur, l'entreprise générale commandait les travaux et recevait la facture. Elle facturait ensuite au promoteur, qui encaissait la totalité des travaux commandés. Lorsqu'il y avait une direction des travaux, c'était le promoteur qui commandait les travaux. Interrogé sur la pièce n. 787 produite par A______ SA (un devis adressé le 25 septembre 2014 par A______ SA à AL______ SA visant des installations électriques complémentaires dans l'appartement AM______), le témoin a déclaré qu'il s'agissait d'un devis de modifications complémentaires demandé par l'un des acquéreurs. Interrogé sur la pièce n. 89 produite par A______ SA (un avenant de contrat relatif au chantier M______, daté du 25 janvier 2012, signé par A______ SA et AL______ SA, listant 44 devis concernant 38 clients), le témoin a indiqué qu'il s'agissait d'un avenant reprenant les travaux complémentaires demandés et validés par les futurs acquéreurs du chantier dont AL______ SA avait assuré la direction des travaux en tant qu'entreprise générale.
AE______ a indiqué qu'il organisait des séances à son bureau ou chez A______ SA en présence de B______ afin de rencontrer les acquéreurs. En cas de modification de la commande initiale, l'entreprise établissait un devis, qui était adressé soit directement au client, soit à lui-même qui se chargeait de le faire suivre au client. La facture finale des plus-values lui était directement adressée, car il lui incombait de signer les bons de paiement à la banque. Interrogé sur la pièce n. 618 produite par A______ SA (une facture finale du 16 novembre 2009 relative à la construction de dix villas à AN______ [GE] adressée par A______ SA au témoin), AE______ a indiqué que ce document listait en jaune les plus-values demandées par les acquéreurs à B______. Il en allait de même de la pièce n. 623 produite par A______ SA (une facture finale du 15 novembre 2010 relative à la construction de cinq villas à AN______ adressée par A______ SA au témoin).
AD______ a, déclaré qu'en cas de questions techniques ou pointues pour une modification de commande il faisait venir l'entreprise concernée. L'entreprise établissait un devis complémentaire, qu'il contrôlait avant de le présenter aux clients pour signature. Ils établissaient également des avenants au contrat. La facture finale était envoyée au maître d'ouvrage pour adresse direction des travaux. Celle-ci était contrôlée par ses soins et validée. Il contresignait le bon de paiement dont il envoyait une copie au maître de l'ouvrage, à savoir celui qui commandait le travail. Interrogé sur les pièces n. 508 à 517 produites par A______ SA (dix avenants du 7 novembre 2007 relatifs à la villa de Monsieur et Madame AO______), le témoin a indiqué qu'il s'agissait d'avenants complémentaires ayant fait l'objet de discussions entre les époux acquéreurs, A______ SA et lui-même. Ils correspondaient à une demande du client qui était réalisée sur la base de devis. Interrogé sur les pièces produites sous n. 819 par A______ SA (un devis du 26 juillet 2008 adressée par A______ SA à AP______ Sàrl concernant la villa 2 de Madame AQ______ au chemin 4______, une facture finale du 7 avril 2009 adressée par A______ SA au témoin concernant la construction de six villas au chemin 4______, ainsi qu'une facture du 20 juillet 2009 adressée par A______ SA à Madame AQ______ A. concernant ses villas 2 et 4), le témoin a indiqué que la dernière facture, celle adressée directement à la cliente, concernait probablement une commande complémentaire postérieure à la fin des travaux qui ne transitait pas par lui.
Interrogé sur la pièce n. 258 produite par A______ SA (un avenant au contrat concernant la construction de 88 logements à la AR______), V______ a indiqué qu'a priori, la requête pour cet avenant avait été faite par la direction des travaux et non par un ou plusieurs acquéreurs des appartements, dès lors qu'il n'y avait pas de numéro d'appartements. Quant à la pièce n. 812 produite par A______ SA (un devis du 4 décembre 2013 adressé par A______ SA à l'entreprise AS______ SA concernant un poste de transformation), elle concernait un immeuble et non un acquéreur particulier.
l. En sus de son salaire mensuel et des commissions sur ventes, B______ a perçu chaque année au cours de son emploi une participation (également appelée prime ou bonus), dont le montant a varié au fil des années.
Elle s'est élevée à 8'000 fr. pour l'année 1999, à 13'000 fr. pour l'année 2000, à 13'500 fr. pour l'année 2001, à 8'000 fr. pour l'année 2002, à 10'000 fr. pour l'année 2003, à 25'000 fr. pour l'année 2004, à 12'000 fr. pour l'année 2006, à 15'500 fr. pour l'année 2008, à 24'000 fr. pour l'année 2009, à 50'000 fr. pour l'année 2010, à 47'100 fr. pour l'année 2011, à 35'000 fr. pour l'année 2012 et à 11'300 fr. pour l'année 2013. Bien qu'aucun document n'ait été produit pour les années 2005 et 2007, il n'est pas contesté qu'un montant a effectivement été versé à l'employé pour ces deux années.
Chaque année - sauf, à teneur du dossier, pour les années 2005 et 2007 -, les parties ont signé un ou plusieurs documents stipulant le montant de cette rémunération et décrivant, de manière plus ou moins détaillée, les conditions et/ou les modalités de son obtention.
A deux reprises, en 2001 et 2002, les parties ont signé une convention de participation annuelle stipulant que le pourcentage de la participation accordé dépendait des résultats obtenus. Si le BBII, qui était de 356'500 fr. en 2001 et de 344'000 fr. en 2002, était atteint, le pourcentage de la rémunération s'élèverait à 2%. Si le BBII était dépassé d'au maximum 43'500 fr. en 2001 et 46'000 fr. en 2002, le pourcentage s'élèverait également à 2%. En cas de dépassement de ces montants, le pourcentage serait de 3%. Un document similaire a été établi en septembre 2003 mais non signé par les parties. Il faisait état d'un BBII à atteindre de 276'000 fr. Ces conventions précisaient en outre qu'elles devenaient caduques si l'employé quittait l'entreprise en cours d'année.
A huit reprises entre 2002 et 2012, les parties ont signé une convention de paiement stipulant le caractère discrétionnaire de la participation, le fait qu'elle couvrait les heures supplémentaires éventuellement effectuées et qu'elle n'était pas due si l'employé quittait la société en cours d'année.
En juillet 2008, les parties ont signé un autre type de convention, qui indiquait que le BBII à atteindre était de 397'256 fr. en 2007 et de 460'000 fr. en 2008, selon le BAB. Il y était précisé que le bonus ne serait pas dû pour l'année 2008 si le montant de 460'000 fr. n'était pas atteint.
Le taux de participation, fixé à 2 % dans le contrat, a varié au cours des années. Il s'est élevé à 3 % pour les années 2009, 2010 et 2014 et à 4 % pour les années 2011, 2012 et 2013. Le taux était discuté chaque année pour l'année suivante lors de l'établissement des budgets. Dans son attestation du 15 janvier 2002, AI______ a indiqué que B______ percevait une prime contractuelle de 3 % sur ses bénéfices réalisés, prime qu'il avait reçu en 1999 et 2000. Interrogé à cet égard, le témoin a confirmé que B______ avait droit à 3 % sur les bénéfices qu'il réalisait si le chiffre d'affaires était atteint, bien que ce taux ne ressortait pas de l'avenant au contrat.
Entendus par le Tribunal sur leurs propres conditions salariales, les témoins AT______ (technicien rattaché au département dirigé par E______), AU______ (technicien électricien rattaché au département télécom) et V______ ont indiqué percevoir un bonus (ou commission) lorsque leurs objectifs étaient atteints, voire dépassés, ce qui n'avait pas été le cas chaque année. H______ a déclaré avoir parfois perçu un bonus lorsqu'il avait été légèrement en dessous du chiffre à atteindre. Le bonus était calculé en fonction du bénéfice (témoin H______) ou du BBII (témoin AU______), lequel résultait du BAB individuel (témoin AT______) qui tenait compte des résultats du groupe (témoin H______). Le calcul faisait l'objet d'une discussion ouverte; il était d'abord négocié avec E______, puis transmis à D______ pour validation (témoin H______). Le pourcentage pouvait varier de 2% à 4% selon H______ et était au maximum de 5% selon AT______. Les techniciens avaient connaissance de leur propre BAB et non des chiffres d'affaires et des bénéfices des autres techniciens (témoin AI______), ni du bilan de l'entreprise (témoin AT______). Si AT______ a indiqué avoir signé des conventions de paiement similaires à celle signée par B______ en 2012, tel n'avait pas été le cas de AU______, qui discutait directement avec D______, avec lequel la communication était excellente.
Les témoins ont également indiqué que le chiffre d'affaires que l'entreprise attendait d'un technicien se calculait sur le nombre de monteurs qu'il avait à disposition (témoins V______ et AT______). A une reprise, B______ était intervenu en 2013 en sa faveur auprès de E______ afin qu'il puisse obtenir une prime pour l'année 2012 même si les objectifs n'étaient pas atteints (témoin AT______).
La direction instaurait des rapports de confiance avec ses employés (témoins V______ et AT______).
m. Les témoins se sont également exprimés sur le système de contrôle interne de la société.
Y______, AG______ et AH______ ont déclaré que AV______, secrétaire général de A______ SA réceptionnait et ouvrait chaque courrier entrant avant de le distribuer à l'interne, l'assistante ayant précisé que certains contrats, soumissions ou courriers importants étaient remis en copie à E______, tandis que AH______ a indiqué que les réclamations de clients étaient remises en copie à un membre de la direction.
H______ et U______ ont expliqué que A______ SA utilisait deux programmes informatiques, l'un de gestion et l'autre d'établissement de devis et d'études, grâce auxquels il était possible retrouver les factures, les devis et les soumissions (témoin U______) ou de suivre « en live » l'évolution des chantiers et de gérer la rentabilité de chaque chantier (témoin H______).
Selon U______, les membres de la direction avaient accès à ces programmes. AG______ et AH______ ont, quant à eux, indiqué que E______ avait, ou devait avoir, accès à tous les ordinateurs et serveurs.
H______, AG______ et AH______ ont indiqué que chaque facture fournisseur devait obtenir trois, voire, quatre visas: celui de la secrétaire, du technicien ou du chef de département, de la comptabilité et de la direction. Ils ont tous trois déclaré que les dossiers financiers étaient contrôlés et que certaines factures faisaient l'objet d'un contrôle. L'un des témoins a indiqué ne pas avoir fait l'objet d'un tel contrôle.
Enfin, Y______ et AH______ ont indiqué que l'ensemble des pièces relatives aux chantiers étaient scannées, archivées dans un serveur et rangées par chantier dans des classeurs. H______ a, quant à lui, indiqué que, dans son département, seules certaines pièces étaient scannées avant d'être classées. Il a été admis que dans le département de B______, les pièces avaient été scannées dès 2010.
n. Par courrier du29 avril 2015, B______ a résilié ses rapports de travail pour le 31 juillet 2015.
o. Au début du mois de juin 2015,A______ SA lui a demandé de refaire « en transparence absolue » ses décomptes de commissions pour les années 2010 à 2015 en se basant sur son avenant au contrat et sans intégrer les affaires traitées par U______, et a subordonné la délivrance d'un certificat de libre engagement au règlement de cette problématique. Lors d'une réunion s'étant tenue le 25 juin 2015, A______ SA a reproché à B______ d'avoir intégré à tort les activités de U______ dans les résultats de son groupe, ce qui avait causé à la société un dommage d'environ 500'000 fr. Elle proposait toutefois de solder l'affaire par le versement d'une somme de 200'000 fr. pour solde de toute prétention.
Les 6 et 14 juillet 2015, B______ s'est plaint de ce que son salaire pour le mois de juin 2015 ne lui avait pas été versé.
Par courrier du 9 juillet 2015, réexpédié à la bonne adresse le 16 juillet 2015, A______ SA a reproché à B______ d'avoir perçu indûment plusieurs commissions, ce dont elle s'était rendue compte après un contrôle approfondi des décomptes. Il lui était en effet apparu que B______ avait demandé et perçu une commission à 5 % sur les contrats de base, les avenants ainsi que sur les autres devis complémentaires relatifs aux travaux exigés par le propriétaire, alors qu'une telle commission n'était applicable que sur les devis ne portant pas sur les contrats de base. En outre, B______ avait demandé et perçu une commission à 5 % sur les ventes faites par ses employés (notamment U______), or cette commission n'était due que sur les ventes conclues par ses soins. Le dommage résultant de ces actes, que la société qualifiait d'escroquerie, s'élevait au minimum à 500'000 fr. Par gain de paix, elle proposait toutefois à B______ de lui verser la somme de 200'000 fr., en partie compensée par ses prétentions salariales admises, pour solde de tout compte et de toute prétention.
B______ a contesté les faits qui lui étaient reprochés, soutenant que les décomptes qu'il avait établis avaient toujours été vérifiés et approuvés par ses supérieurs hiérarchiques. Il a proposé de renoncer aux commissions du second trimestre 2015, somme qu'il estimait à 30'000 fr., pour clore cette affaire. Il a persisté à requérir le paiement de son salaire.
C. a. Par demande déposée le 21 août 2015 à l'autorité de conciliation du Tribunal des prud'hommes, déclarée non conciliée le 25 septembre 2015 et introduite devant ledit Tribunal le 17 novembre 2015, B______ a assigné A______ SA en paiement de la somme globale brute de 83'945 fr. 60 à titre de salaire pour les mois de juin et juillet 2015, de treizième salaire au pro rata temporis pour la période allant de janvier à juillet 2015, de commissions de vente pour les mois d'avril à juillet 2015 et de bonus pour l'année 2014, sous réserve d'amplification de conclusions une fois certaines pièces produites par A______ SA, notamment ses états financiers audités pour les années 2009 à 2014, accompagnés du rapport de l'organe de révision et de toutes les annexes, afin de déterminer sa participation aux bénéfices de la société de 2009 à 2014.
B______ a notamment soutenu que les commissions avaient été systématique-ment contrôlées par E______ au cours des 17 années de service, puis validées par D______, qui avait ensuite donné les instructions de paiement à AC______. Le fait que celles-ci intégraient l'activité de U______ était également connu de la société.
b. En parallèle, par courrier du 17 novembre 2015, réitéré le 12 janvier 2016, B______ a demandé à A______ SA la délivrance d'un certificat de travail motivé, ce que celle-ci a refusé au motif que la procédure judiciaire allait démontrer que l'employé n'avait pas fait preuve de la diligence requise dans le cadre de sa fonction, ce qui avait causé un dommage considérable à l'entreprise.
Le 15 février 2016, B______ a adressé à A______ SA un projet de certificat de travail qu'il souhaitait se voir délivrer.
Par courrier du 14 mars 2016, il a relevé n'avoir jamais perçu les montants qui figuraient sur les décomptes de salaire des mois de juin et juillet 2015.
c. Dans sa réponse du 4 mai 2016,A______ SA a conclu au déboutement de son ancien employé de toutes ses conclusions.
Sur demande reconventionnelle, elle a conclu à la condamnation de B______ à lui payer la somme totale de 273'724 fr. 08 à titre de dommages-intérêts pour la période du 1er janvier 2011 au 31 juillet 2015, plus intérêts moratoires à 5 % l'an dès le 1er août 2015.
En substance, A______ SA faisait valoir que B______ avait gravement et intentionnellement failli à ses obligations envers son employeur en se faisant verser à tort des commissions à 5 % sur les avenants demandés par le maître d'ouvrage, ceci en violation de l'art. 5b de l'avenant de son contrat de travail, ainsi qu'en comptabilisant à double certains devis, ce qui avait causé un dommage considérable à la société. Du fait de la position dirigeante de B______, la société avait toujours payé les décomptes qu'il lui présentait jusqu'à la fin du mois de mars 2015, sans effectuer d'analyse détaillée.
A l'appui de sa demande reconventionnelle, A______ SA a produit un bordereau contenant 448 pièces, parmi lesquelles figuraient une version - quelque peu altérée - des journaux d'activité de B______ pour les mois de janvier 2011 à juillet 2015, les décomptes de commissions sur les ventes pour les années 2011 à 2015, ainsi qu'un tableau - réalisé par la société pour les besoins de la cause - qui reprend les différents postes desdits journaux - sauf les noms des clients - en mettant en évidence ceux qui sont contestés, à savoir en rouge les ventes ayant été commandées par le maître d'ouvrage, copie des avenants - parfois incomplets - à l'appui, et en bleu les devis insérés à double. Sur la base de ce tableau - qui contient plusieurs erreurs de calcul - A______ SA a estimé provisoirement le dommage subi à 312'430 fr. 34 pour la période du 1er janvier 2011 au 31 juillet 2015, dont il convenait de déduire les prétentions salariales de l'ex-employé qu'elle admettait à hauteur d'un montant total de 38'706 fr. 26, comprenant le salaire pour les mois de juin et juillet 2015, le treizième salaire ainsi que les commissions à 5 % et 1 % dues selon elle pour cette période. Elle a précisé avoir limité son examen aux avenants supérieurs à 1'000 fr.
d. Par réponse du 12 septembre 2016, B______ a conclu au déboutement de A______ SA de ses conclusions reconventionnelles.
Il a en outre complété sa demande principale en sollicitant le versement d'intérêts moratoires à 5 % l'an sur la somme de 83'945 fr. 60 dès le 31 juillet 2015 ainsi que la délivrance d'un certificat de travail.
e. Le 5 octobre 2016, A______ SA a fait notifier à B______ un commandement de payer, poursuite n. 1______ pour un montant de 273'724 fr. 08 avec intérêts moratoires à 5 % l'an dès le 1er août 2015, auquel ce dernier a fait opposition totale.
f. Par courrier du 11 novembre 2016, A______ SA a informé le Tribunal de ce qu'elle ne souhaitait pas donner suite à l'ordonnance du Tribunal du 27 septembre 2016 en ce qu'elle l'enjoignait de produire ses bilans pour les années 2009 à 2014, car ces documents étaient confidentiels et ne donnaient aucune information sur les performances individuelles de ses employés, en particulier celles de B______. Elle a toutefois donné suite à l'ordonnance en versant à la procédure les pièces relatives aux chantiers T______ et R______ (255 pièces).
g. Par mémoire du27 décembre 2016, déposé au greffe du Tribunal le 3 janvier 2017, B______ a amplifié ses conclusions en réclamant le paiement d'une somme totale brute de 275'965 fr. 20 [recte: 273'965 fr. 20] avec intérêts moratoires à 5 % l'an dès le 31 juillet 2015, soit :
20'600 fr. à titre de salaire pour les mois de juin et juillet 2015 ;
6'008 fr. 30 à titre de treizième salaire pro rata temporis pour la période allant de janvier à juillet 2015 ;
162'217 fr. 50 à titre de participation aux résultats de l'entreprise calculés sur les années 2008 à 2014, correspondant au pourcentage de la participation due entre 2008 et 2014 (à savoir 3 % en 2009, 2010 et 2014 et 4 % en 2011, 2012 et 2013) sur l'estimation du résultat d'exploitation, qui correspond aux 19.7 % du chiffre d'affaires selon le BAB;
85'139 fr. 40 à titre de commissions de vente, se décomposant comme suit : 2'485 fr. pour le mois d'avril 2015 (2'193 fr. 40 à 5 % + 291 fr. 60 à 1 %), 2'875 fr. 30 pour le mois de mai 2015 (2'612 fr. 30 à 5 % + 263 fr. à 1 %), 14'233 fr. 20 pour le mois de juin 2015 (14'102 fr. 70 à 5% et 130 fr. 50 à 1 %), 20'028 fr. 80 pour le mois de juillet 2015 (19'919 fr. 10 à 5 % + 109 fr. 70 à 1 %), 36'475 fr. 90 pour le chantier « R______ » (à 5 %) et 9'041 fr. 20 pour le chantier « T______ » (à 5 %).
h. A______ SA a également amplifié ses conclusions le 10 février 2017 et produit 375 nouvelles pièces. Elle concluait à ce que B______ soit condamné à lui verser la somme totale de 722'235 fr. 77 à titre de dommages-intérêts pour une période plus étendue, à savoir du 1er janvier 2008 au 31 juillet 2015, plus intérêts moratoires à 5 % l'an dès le 1er août 2015.
Pour la période du 1er janvier 2011 au 31 juillet 2015, A______ SA a produit une nouvelle version de son tableau, dans laquelle elle a identifié en jaune de nouveaux postes contestés, à savoir les ventes intégrées par son ex-employé sur la base de devis - qu'elle produisait nouvellement - demandés par le maître d'ouvrage. Au final, le dommage s'élevait à 273'724 fr. 08 pour les avenants insérés à tort et à 138'424 fr. 18 pour les devis insérés à tort, soit un montant global de 412'148 fr. 26 pour la période concernée.
Pour la période du 1er janvier 2008 au 31 décembre 2010, A______ SA a produit les journaux d'activités de son ex-employé ainsi qu'un tableau similaire à celui créé pour la période postérieure, dans lequel elle a identifié en rouge les ventes commandées par le maître d'ouvrage avec, pour chacune d'entre elles, une copie des factures finales y afférentes - qui regroupaient, selon la société, les avenants et les devis -, et en bleu les devis insérés à double. Sur cette base, elle estimait le dommage subi à 314'130 fr. 50, dont à déduire 4042 fr. 99 de commissions à 1 % auxquelles B______ avait droit, soit un total de 310'087 fr. 51.
i. B______ a dupliqué, persistant dans ses conclusions.
j. Le Tribunal a procédé à l'audition des parties, dont D______, E______, AV______ et I______ en qualité de représentants de l'employeur, ainsi que de quatorze témoins. Les déclarations recueillies ont été intégrées dans la partie EN FAIT du présent arrêt dans la mesure utile.
k. A l'issue de l'administration des preuves, les parties ont plaidé, puis la cause a été gardée à juger.
D. Aux termes de son jugement querellé, le Tribunal a admis la demande en paiement de B______ s'agissant du versement de son salaire pour les mois de juin et juillet 2015 et de son treizième salaire au pro rata temporis pour la période de janvier à juillet 2015, soit la somme brute totale de 26'608 fr. 30 (10'300 fr. de salaire pour le mois de juin 2015 + 10'300 fr. de salaire pour le mois de juillet 2015 + 6'008 fr. 30 de treizième salaire pour les sept premiers mois de l'année 2015). Ces prétentions n'étaient contestées ni dans leur principe ni dans leur montant par A______ SA, qui excipait uniquement de compensation avec le dommage qu'elle prétendait avoir éprouvé par la faute de son ex-employé, question qui devait être examinée ultérieurement. Le Tribunal a en outre considéré que les intérêts moratoires dus sur cette somme couraient dès le 1er août 2015, puisque les rapports de travail avaient duré jusqu'au 31 juillet 2015.
Le Tribunal a ensuite rejeté la demande en paiement de B______ s'agissant du versement d'une somme de 162'217 fr. 50 à titre de participation aux résultats de l'entreprise calculés sur les années 2008 à 2014, considérant que la rémunération prévue à l'art. 3c du contrat de travail relevait de la gratification et non de la participation aux bénéfices. En effet, il ressortait des enquêtes que le pourcentage de 2% résultant du contrat n'avait pas été appliqué régulièrement, que la détermination de ce pourcentage était, en réalité, laissée à la seule discrétion de la société, et que cette dernière avait voulu empêcher la naissance d'un droit en faisant signer à son employé un document stipulant son caractère discrétionnaire et le fait qu'il n'était pas dû si l'employé quittait la société. Le montant était en outre versé sur la base du BAB individuel de B______ et non en fonction des comptes audités par l'organe de contrôle de la société. Le caractère facultatif de la gratification avait été confirmé par plusieurs témoins ainsi que par un membre de la direction qui occupait une place similaire à celle de B______.
Le Tribunal a en outre admis partiellement la demande en paiement de B______ s'agissant du versement de commissions de vente pour les mois d'avril à juillet 2015 ainsi que pour le chantier T______, ne faisant droit à la requête qu'à hauteur de 23'206 fr. 75 au lieu des 85'139 fr. 40 demandés. Pour déterminer ces montants, le Tribunal a retenu que les factures additionnelles concernant les parties communes des immeubles ou celles dont le nom des acquéreurs finaux n'apparaissait pas, devaient être écartées, puisqu'elles ne concernaient pas de "petits clients". Le poste concernant R______ a été écarté, motif pris de ce qu'il ne s'agissait pas de factures additionnelles demandées par des acquéreurs finaux ou des "petits clients". Le Tribunal a relevé que les parties s'opposaient sur l'application de l'art. 5b de l'avenant au contrat de travail, mais que l'instruction de la cause avait permis d'établir que la société connaissait la pratique de son employé et l'avait acceptée. Il devait ainsi être tenu compte des commandes additionnelles faites par les acquéreurs finaux, indépendamment de l'adressage des factures, mais non des factures qui concernaient les parties communes des immeubles ou celles dont le nom des acquéreurs finaux n'apparaissait pas, dès lors qu'il ne s'agissait pas de "petits clients". B______ pouvait ainsi prétendre à un montant de 16'635 fr. 45 à titre de commissions sur les ventes effectuées d'avril à juillet 2015, ainsi qu'à une somme de 6'571 fr. 30 à titre de commissions sur la vente du chantier T______.
Puis, le Tribunal a débouté A______ SA de ses prétentions en dommages-intérêts, considérant qu'aucune des conditions de l'art. 321e al. 1 CO n'était réalisée, dès lors que le journal d'activité de B______ était contrôlé et que tous les documents étaient accessibles à la direction, de sorte que la manière de procéder de l'employé était connue et avalisée par la société. Il ne pouvait dès lors pas y avoir violation d'une obligation.
Enfin, s'agissant du contenu du certificat de travail à établir, celui-ci devait tenir compte du fait que l'employé était apprécié par ses collègues et partenaires contractuels, et qu'il avait fourni un travail de qualité dès lors qu'il n'avait pas été démontré qu'il lui avait causé un préjudice.
EN DROIT
Les réponses ainsi que les déterminations subséquentes des parties sont également recevables pour avoir été déposées, respectivement expédiées, dans les formes et délais prévus par la loi (art. 312 al. 2 CPC), respectivement impartis par le juge à cet effet.
1.2 L'appel peut être formé pour violation du droit et/ou constatation inexacte des faits (art. 310 CPC). L'instance d'appel dispose ainsi d'un plein pouvoir d'examen de la cause en fait et en droit. En particulier, elle contrôle librement l'appréciation des preuves effectuées par le juge de première instance et vérifie si celui-ci pouvait admettre les faits qu'il a retenus (art. 157 CPC en lien avec l'art. 310 let. b CPC; ATF 138 III 374 consid. 4.3.1; arrêt du Tribunal fédéral 4D_72/2017 du 19 mars 2018 consid. 2).
1.3 La valeur litigieuse étant supérieure à 30'000 fr., la procédure ordinaire est applicable (art. 219 ss CPC) et la cause est soumise aux maximes des débats (art. 55 al. 1 CPC) et de disposition (art. 58 al. 1 CPC).
1.4 Dans le cadre de son appel, l'appelante a pris pour la première fois des conclusions en mainlevée de l'opposition, ainsi que produit une pièce nouvelle. La question de la recevabilité de ces conclusions et de cette pièce peuvent demeurer indécises compte tenu de l'issue du litige.
Le présent arrêt portera ainsi sur les autres prétentions des parties.
L'intimé s'en prend également au raisonnement du premier juge, lui reprochant d'avoir écarté une partie des commissions réclamées. Il persiste à requérir le versement total de 85'139 fr. 40 à titre de commissions de vente d'avril à juillet 2015 ainsi que pour les chantiers T______ et R______, arguant qu'il avait été convenu dès 2001 que toutes les ventes supplémentaires seraient commissionnées à 5% et, qu'en tout état de cause, il était impossible de distinguer les commandes supplémentaires trouvant leur origine chez les acquéreurs finaux et celles requises par les maîtres d'ouvrage.
3.1 Aux termes de l'article 322b al. 1 CO, s'il est convenu que le travailleur a droit à une provision sur certaines affaires, elle lui est acquise dès que l'affaire a été valablement conclue avec le tiers.
La provision est une forme de rémunération liée au résultat. Elle se calcule plus particulièrement sur les affaires conclues par le travailleur. Il faut, sauf convention contraire, que le travailleur, pendant le rapport contractuel, procure une affaire concrète ou trouve un client disposé à conclure; il doit ainsi exister un rapport de causalité entre l'activité du travailleur et la conclusion du contrat. Le but économique de la provision est de motiver le travailleur et de l'intéresser au résultat de son travail (ATF 139 III 124 consid. 5.1; 128 III 174 consid. 2b; Danthe, Commentaire du contrat de travail, 2013, n. 5 ad art. 322b CO).
3.2 En présence d'un litige sur l'interprétation d'une clause contractuelle, le juge doit tout d'abord s'efforcer de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (art. 18 al. 1 CO). Pour déterminer le contenu d'une clause contractuelle, le juge doit donc rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices. Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté réelle des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes (ATF 144 III 93 consid. 5.2; 132 III 268 consid. 2.3.2; 131 III 606 consid. 4.1).
Si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat (ATF 131 III 280 consid. 3.1 p. 286) - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves (arrêts du Tribunal fédéral 5C_252/2004 du 30 mai 2005 consid. 4.3; 4A_210/2015 du 2 octobre 2015 consid. 6.2.1) -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (application du principe de la confiance; ATF 135 III 140 consid. 3.2; 133 III 61 consid. 2.2.1; 132 III 268 consid. 2.3.2 p. 274/275, 626 consid. 3.1 p. 632). Ce principe permet d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (ATF 130 III 417 consid. 3.2 p. 424 et les arrêts cités).
A cet égard, le juge part en premier lieu de la lettre du contrat. En principe, les expressions et termes choisis par les cocontractants doivent être compris dans leur sens objectif (ATF 131 III 606 consid. 4.2 p. 611). Toutefois, il ressort de l'art. 18 al. 1 CO que le sens d'un texte, même clair, n'est pas forcément déterminant. Même si la teneur d'une clause contractuelle paraît limpide à première vue, il peut résulter d'autres circonstances que le texte de la clause litigieuse ne restitue pas exactement le sens de l'accord conclu (ATF 136 III 86 consid. 3.2.1). Ainsi, cette interprétation s'effectue non seulement d'après le texte et le contexte des déclarations, mais également sur le vu des circonstances qui les ont précédées et accompagnées (ATF 135 III 295 consid. 5.2 p. 302; 132 III 626 consid. 3.1 in fine; 131 III 377 consid. 4.2.1), à l'exclusion des circonstances postérieures (ATF 135 III 295 consid. 5.2 p. 302; 133 III 61 consid. 2.2.1 p. 67; 132 III 626 consid. 3.1). Cela étant, il n'y a pas lieu de s'écarter du sens littéral du texte adopté par les cocontractants lorsqu'il n'existe aucune raison sérieuse de penser qu'il ne correspond pas à leur volonté (ATF 136 III 186 consid. 3.2.1).
3.3 En l'espèce, les parties s'opposent sur la nature des prestations pouvant faire l'objet du commissionnement à 5 %. L'appelante considère que seules les ventes passées directement par les acquéreurs finaux ouvraient ce droit. L'intimé soutient, quant à lui, qu'une commission à 5 % était due sur toutes les ventes, même celles qui transitaient par les maîtres d'ouvrage.
En présence de deux thèses distinctes, il y a lieu, conformément aux principes jurisprudentiels précités, de déterminer quelles ventes donnaient droit au commissionnement, en recherchant tout d'abord la volonté réelle des parties.
3.3.1 Lors de l'engagement de l'intimé par C______ SA puis par l'appelante en juillet 1997 et mars 1998, aucun droit de participation aux affaires conclues n'a été convenu. Ce n'est qu'en septembre 1998, lors de la signature de l'avenant au contrat de travail, que les parties ont prévu le versement de commissions sur ventes à 1 % et 5%. A teneur du texte de l'avenant et des déclarations concordantes des parties et des témoins, la commission à 5% visait à rétribuer les (nombreuses) heures supplémentaires effectuées par l'intimé. Elle faisait suite à la démission de l'employé, qui avait indiqué être surchargé, ainsi qu'à la volonté de l'employeuse de le retenir en renégociant ses conditions salariales à la hausse.
A l'époque de la conclusion de l'avenant au contrat de travail, l'activité de l'intimé était encore essentiellement axée sur les villas, ce qui est notamment attesté par le fait qu'il était nommé responsable du département «villas et petits travaux» (exécution d'environ 90 villas par année). Ce n'est que par la suite que son activité s'est orientée davantage sur les PPE. Il s'ensuit qu'au moment où elles ont renégocié les termes du contrat de travail, en particulier lorsqu'elles ont instauré un système de commission sur ventes, les parties partaient du postulat que les ventes interviendraient majoritairement sur des villas. L'intimé a d'ailleurs indiqué que l'art. 5b de l'avenant lui avait convenu à ce moment-là, car il s'occupait essentiellement de villas.
Tant que cette activité s'est majoritairement axée sur les villas, l'intimé n'a, de son propre aveu, pas intégré les commandes complémentaires provenant du maître d'ouvrage à son commissionnement à 5%. Ce n'est qu'à partir de 2001 qu'il les aurait intégrées, avec l'aval de son supérieur hiérarchique, car il s'occupait de plus en plus de logements en PPE, ce qui avait pour conséquence d'augmenter sa charge de travail.
L'ensemble de ces éléments conduisent à retenir qu'au moment de la conclusion de l'avenant au contrat de travail en septembre 1998, les parties ont eu la réelle et commune intention (interprétation subjective) de limiter la commission à 5% aux ventes supplémentaires demandées directement par les acquéreurs, respectivement d'exclure les ventes supplémentaires demandées par le maître d'ouvrage ou son représentant de ce commissionnement, ainsi qu'il ressort de la dernière phrase de l'art. 5b de l'avenant qui, aux dires de l'intimé, n'a jamais posé de problème tant que son activité s'était limitée aux villas.
3.3.2 Reste à déterminer si les parties ont modifié leur accord en 2001, ainsi que l'affirme l'intimé, en convenant d'intégrer les ventes supplémentaires demandées par le maître d'ouvrage au commissionnement à 5%.
Le dossier ne contient que peu d'éléments sur cette question, étant rappelé que le supérieur hiérarchique ayant prétendument accepté ce changement est décédé. Entendu sur cette question, l'ancien chef comptable de l'appelante a indiqué qu'il ne pensait pas qu'un tel accord ait pu intervenir puisque les sommes versées à l'intimé auraient été conséquentes; en outre, aucun changement salarial ne lui avait été communiqué jusqu'à son départ en 2002.
En l'absence de toute trace écrite ou de témoignages concluants, la thèse de l'intimé peut ainsi difficilement être suivie. Ce d'autant plus qu'à teneur des pièces versées au dossier, les premiers gros chantiers réalisés par l'intimé datent, au plus tôt, de 2004 (J______; AW______), de sorte que l'augmentation de la charge de travail - qui aurait été à l'origine de la modification de pratique - n'aurait débuté qu'à ce moment-là, et non en 2001 déjà. Si les témoins ont tous confirmé que l'intimé ne comptait pas ses heures, aucun n'a pu indiquer si ce rythme élevé était déjà mené en 2001, la majorité d'entre eux ayant été engagés après cette date.
3.3.3 Pour distinguer les ventes supplémentaires demandées par les acquéreurs finaux de celles demandées par les maîtres d'ouvrage (entreprise générale ou architecte), l'appelante a produit des centaines de pièces, de manière toutefois incomplète puisque certaines pages sont manquantes et que tous les documents relatifs à chaque vente n'ont pas été produits (devis, avenants, factures et factures finales).
Sur la base des pièces produites, dont certaines ont été soumises aux témoins, il a pu être établi que les commandes supplémentaires demandées au cours des travaux transitaient en général par l'entreprise générale ou l'architecte (témoins U______, Y______, AE______ et AD______), en particulier les factures finales, et qu'il incombait à ces derniers de signer les bons de paiement à la banque (témoins AE______ et AD______), sans qu'il faille en déduire qu'elles visaient des modifications demandées par les acquéreurs finaux (témoins AK______ et AE______, qui ont déclaré que les pièces n. 787, 618 et 623 concernaient des demande complémentaires des acquéreurs finaux alors qu'elles leur ont été directement adressées).
Les enquêtes n'ont toutefois pas permis de déterminer si l'absence d'indication du nom du client ou de son numéro d'appartement/de villa signifiait que la modification avait été requise par le maître d'ouvrage. Tandis que V______ a indiqué que l'avenant produit en pièce n. 258 avait a priori été demandé par la direction des travaux dès lors qu'il n'indiquait aucun numéro d'appartement, AE______ a indiqué que les factures finales produites en pièces n. 618 et 623 listaient les plus-values demandées par les acquéreurs, alors que la Cour constate que les noms de ces derniers n'y apparaissaient pas. Il ressort en outre de la pièce n. 819, soumise à AD______, que le devis du 26 juillet 2008 mentionnait le nom des époux acquéreurs, tandis que la facture finale du 7 avril 2009 indiquait uniquement qu'elle concernait la construction de six villas au chemin 4______.
Cette question peut toutefois demeurer indécise compte tenu des considérations qui suivent.
3.3.4.1 Il résulte du dossier que l'attention de l'appelante a été attiré, à tout le moins à une reprise, en 2010, sur le fait que l'intimé intégrait dans ses commissions à 5 % les ventes supplémentaires demandées par le maître d'ouvrage car il considérait que, même si celles-ci transitaient par une entreprise générale ou un architecte, elles étaient facturées in fine à l'acquéreur final, de sorte qu'il devait en percevoir les 5 %. L'appelante soutient, à cet égard, avoir clairement signifié à l'intimé qu'elle contestait l'intégration de telles ventes au commissionnement à 5 %.
Certes, E______, représentant de l'appelante, a indiqué à l'intimé qu'elle considérait que la vente « AJ______ compléments stores app » ne constituait pas une vente d'acquéreurs au sens de l'art. 5b de l'avenant au contrat et lui a demandé d'établir de nouveaux décomptes pour les années 2009 et 2010 en identifiant en rouge les ventes qu'il avait comptabilisées dans ses journaux d'activité et qui ne constituaient pas des ventes directes d'acquéreur. Il n'en demeure toutefois pas moins qu'elle lui a finalement versé l'intégralité des commissions demandées initialement. Elle a en outre continué à lui verser les commissions à 5% requises jusqu'à la résiliation des rapports de travail, sans autre demande d'explication (les précisions demandées oralement n'ayant pas été prouvées).
3.3.4.2 L'appelante fait grand cas du fort lien de confiance l'unissant à son ex-collaborateur, qui était responsable d'un département et membre de la direction, pour justifier de l'absence de contrôle détaillé des journaux d'activité et des décomptes de commission.
Il ressort effectivement des enquêtes que E______ et D______ ne contrôlaient pas chaque devis et n'opéraient qu'un contrôle global des factures. Même si AG______ a indiqué qu'ils ne reprenaient pas telles quelles les informations contenues dans le système informatique - et donc dans les journaux d'activité - au procès-verbal des séances individuelles mensuelles, il ressort des pièces produites que tel a bien été le cas pour B______, puisque les ventes supplémentaires y ont été insérées à l'identique.
En outre, si les pièces justificatives n'étaient pas annexées aux journaux d'activité, celles-ci étaient scannées et enregistrées dans les serveurs de la société à tout le moins depuis 2010 dans le département de l'intimé, de sorte que ces documents étaient aisément consultables dans le système informatique de la société, auquel U______, AG______ et AH______ ont confirmé que les membres de la direction avaient accès. Quant aux décomptes de commissions, ceux-ci transitaient trimestriellement par E______ et D______ avant d'être remis à AC______ pour paiement, de sorte que l'appelante ne pouvait ignorer que l'intimé se faisait verser chaque année depuis 2008 plus de 100'000 fr. annuels de commissions à 5 %. A cela s'ajoute le fait que les informations contenues dans ces documents étaient formulées de manière claire et relativement précise.
Quant au fait que AH______ ait indiqué n'avoir rencontré qu'à cinq reprises E______ pour une séances individuelle mensuelle, cet élément n'est aucunement pertinent, dès lors qu'il a été admis que l'intimé rencontrait effectivement E______ toutes les quatre à six semaines et qu'il a été considéré qu'une lecture simple et rapide du journal d'activité suffisait à l'appelante pour constater les prétendues « irrégularités » dont elle se plaint. En tout état de cause, il résulte du dossier que AH______ n'a été nommé responsable du département télécom (ou chef de projets) qu'en 2014, pour assurer l'intérim après le licenciement de AG______, et qu'il a démissionné en 2015, ce qui pourrait expliquer le nombre limité des séances individuelles ayant eu lieu et le fait qu'il ait indiqué que son cas était spécial.
3.3.4.3 Il résulte de la procédure que G______ avait proposé à B______ le versement d'une commission sur ses ventes aux particuliers en vue de rémunérer les heures supplémentaires effectuées par ce dernier. En effet, chaque modification du contrat engendrait du travail supplémentaire pour l'intimé. Il ressort également du dossier que l'activité déployée par l'intimé avait évolué, en ce sens qu'en sus des villas, il était de plus en plus en charge de logements en PPE, lesquels engendraient également du travail supplémentaire.
En définitive, la Cour considère qu'en continuant à verser à l'intimé les commissions annoncées malgré le fait qu'elle connaissait l'interprétation différente qu'avaient les parties de l'art. 5b de l'avenant au contrat de travail, l'appelante a admis, ou à tout le moins toléré, la pratique de l'intimé.
Il n'est ainsi pas nécessaire de distinguer entre les ventes obtenues directement auprès des acquéreurs de celles passant par le maître d'ouvrage. En revanche, et comme l'a retenu à bon droit le Tribunal, il convient de déterminer si certaines d'entre elles concernaient des parties communes de l'immeuble ou s'il ne s'agissait pas de "petits clients". En effet, les modifications des travaux dans lesdites parties communes ne nécessitaient pas nécessairement de travail supplémentaire. Par ailleurs, un chantier de l'envergure de celui de R______, ne peut être considéré comme une "villa" ou un "appartement", au sens de l'art. 5b de l'avenant au contrat de travail.
La Cour retient, à l'instar du Tribunal, que l'intimé pouvait prétendre à percevoir, à titre de commissions sur les ventes des mois d'avril à juillet 2015, un montant de 16'635 fr. 45, soit les sommes brutes de 1'083 fr. 60 [(17'219 fr. 95 - 8%) x 5% + 291 fr. 60] pour le mois d'avril, 2'710 fr. 20 [(53'200 fr. 55 - 8%) x 5% + 293 fr.] pour mai, 6'190 fr. [(131'728 fr. 25 - 8%) x 5% + 130 fr. 50] pour juin et 6'651 fr. 65 [(146'986 fr. - 8%) x 5% + 109 fr. 70] pour juillet.
Compte tenu des éléments qui précèdent, le ch. 4 du dispositif du jugement querellé sera confirmé. Il en va de même du ch. 5.
4.1 Selon l'art. 321e al. 1 CO, le travailleur répond du dommage qu'il cause à l'employeur intentionnellement ou par négligence. Comme toute responsabilité contractuelle, la responsabilité du travailleur suppose la réalisation de quatre conditions: un dommage, la violation d'une obligation contractuelle, un rapport de causalité naturelle et adéquate entre ladite violation et le dommage ainsi qu'une faute intentionnelle ou par négligence (arrêt du Tribunal fédéral 4A_310/2007 du 4 décembre 2007 consid. 6.2). Ces conditions sont cumulatives. Il suffit que l'une d'elles fasse défaut pour que la demande doive être rejetée.
La mesure de la diligence incombant au travailleur se détermine par le contrat, compte tenu du risque professionnel, de l'instruction ou des connaissances techniques nécessaires pour accomplir le travail promis, ainsi que des aptitudes et qualités du travailleur que l'employeur connaissait ou aurait dû connaitre (art. 321e al. 2 CO). Un salarié exerçant une fonction dirigeante ou au bénéfice d'une rémunération élevée pourra se voir poser des exigences plus élevées ou être amené à répondre de façon plus large de la réalisation d'un risque professionnel (ATF 110 II 344 consid. 6b/ee, in JdT 1985 I 380).
Il ne saurait toutefois y avoir de violation contractuelle entraînant la responsabilité du travailleur lorsque l'employeur ordonne ou tolère le comportement qui a causé le dommage (arrêt du Tribunal fédéral 4A_599/2013 du 17 mars 2015 consid. 3.2.3 et les références citées). En outre, la faute concomitante de l'employeur peut entraîner une réduction de la responsabilité du travailleur, notamment en cas de mauvaise organisation du travail, de défaut d'instruction ou de contrôle insuffisant du travailleur (arrêts du Tribunal fédéral 4A_123/2007 du 31 août 2007 consid. 8.2; 4C_87/2001 du 7 novembre 2011 consid. 4b; 4C_103/2005 du 1er juin 2005 consid. 1.3).
Il appartient à l'employeur de prouver l'existence du dommage et son ampleur, ainsi que la violation, par le travailleur, de ses obligations contractuelles et le rapport de causalité entre cette violation et le dommage (ATF 97 II 145 consid. 5b; arrêt du Tribunal fédéral 4C. 323/1995 du 13 janvier 1997 consid. 4e). Le travailleur pourra ensuite apporter la preuve libératoire de son absence de faute, voire d'une faute qui n'est que légère si l'activité présente un risque professionnel (arrêt du Tribunal fédéral 4C_195/2004 du 7 septembre 2004 consid. 2.1; Brunner/Bühler/Waeber/Bruchez, Commentaire du contrat de travail, 3ème éd., 2010, n. 6 ad art. 321 e CO; Portmann/Rudolph, Basler Kommentar, 6ème éd., 2015, n. 6 ad art. 321e CO, Emmel, OR-Handkommentar, 2007, n. 3 ad art. 321e CO).
4.2 En l'espèce, en prolongement de ce qui a été retenu sous ch. 3 supra, il sera retenu qu'en versant systématiquement à l'intimé le 5 % des ventes figurant dans ses journaux d'activité, alors qu'elle avait appris en 2010 que l'intimé y intégrait les ventes demandées par le maître d'ouvrage, et qu'elle avait accès à toutes les pièces justificatives, l'appelante a acquiescé par actes concluants au versement de cette rémunération.
Aucune violation du contrat ne peut ainsi être reprochée à l'intimé, dont les agissements ont été tolérés par la société pendant plusieurs années, de sorte que la première condition posée par l'art. 321e al. 1 CO n'est pas réalisée.
Le grief de l'appelante sera par conséquent rejeté, sans qu'il soit nécessaire de se déterminer sur le délai de prescription de l'action en dommages-intérêts.
5.1 Le droit suisse ne contient aucune disposition qui traite spécifiquement du bonus, lequel peut consister dans le versement d'une somme d'argent ou encore dans la remise d'actions ou d'options (ATF 141 III 407 consid. 4.1).
Il faut donc déterminer dans chaque cas, par interprétation des manifestations de volonté des parties lors de la conclusion du contrat ou de leur comportement ultérieur au cours des rapports de travail (accord par actes concluants, c'est-à-dire tacite), s'il s'agit d'un élément du salaire (art. 322 s. CO) ou d'une gratification (art. 322d CO) (ATF 142 III 381 consid. 2.1 et 2.2). En outre, il découle de la nature de la gratification qu'elle doit rester accessoire par rapport au salaire de base, à défaut de quoi il faudra procéder à une conversion en salaire.
5.1.1 Le salaire est la rémunération que l'employeur est tenu de payer à l'employé pour le temps ou le travail que celui-ci a consacré à son service, et qui est fixé soit directement par contrat individuel, soit indirectement par un contrat-type de travail ou par une convention collective (art. 322 al. 1 CO).
La gratification, aux termes de l'art. 322d al. 1 CO, est une rétribution spéciale que l'employeur accorde en sus du salaire à certaines occasions, par exemple une fois par année. Selon la volonté des parties, il peut y avoir un droit à la gratification (art. 322d al. 1 CO) ou, au contraire, aucun droit lorsqu'elle est stipulée facultative, expressément ou par actes concluants (ATF 131 III 615 consid. 5.2). Une gratification peut aussi être soumise à des conditions: en particulier, elle n'est due (au pro rata temporis), en cas d'extinction des rapports de travail avant l'occasion qui donne lieu à son paiement, que s'il en a été convenu ainsi (art. 322d al. 2 CO; arrêt du Tribunal fédéral 4C_426/2005 du 28 février 2006 consid. 5.1).
La gratification se distingue en outre du salaire par son caractère accessoire par rapport au salaire de base. Dans certaines circonstances, un bonus qualifié de facultatif peut ainsi devoir être requalifié en salaire en vertu du principe de l'accessoriété (ATF 141 III 407 consid. 4.3). Si la gratification est ainsi convertie en élément du salaire, elle n'est pas soumise à l'art. 322d al. 2 CO et, en cas d'extinction des rapports de travail, elle doit être payée en fonction de la durée de ces rapports (ATF 109 II 447 consid. 5c).
5.1.2
5.1.2.1 Lorsqu'un montant (même désigné comme bonus ou gratification) est déterminé ou objectivement déterminable, c'est-à-dire qu'il a été promis par contrat dans son principe et que son montant est déterminé ou doit l'être sur la base de critères objectifs prédéterminés comme le bénéfice, le chiffre d'affaires ou une participation au résultat de l'exploitation, et qu'il ne dépend pas de l'appréciation de l'employeur, il doit être considéré comme un élément du salaire (variable), que l'employeur est tenu de verser à l'employé (art. 322 s. CO; ATF 141 III 407 consid. 4.1; 136 III 313 consid. 2; 129 III 276 consid. 2; 109 II 447 consid. 5c).
5.1.2.2 En revanche, lorsque le bonus est indéterminé ou objectivement indéterminable, c'est-à-dire que son versement dépend du bon vouloir de l'employeur et que sa quotité dépend pour l'essentiel de la marge de manoeuvre de celui-ci en ce sens qu'elle n'est pas fixée à l'avance et qu'elle dépend de l'appréciation subjective de la prestation du travailleur par l'employeur, il doit être qualifié de gratification (ATF 141 III 407 consid. 4.1 et 4.2; 139 III 155 consid. 3.1; arrêt du Tribunal fédéral 4A_485/2016 du 28 avril 2017 consid. 4.1.2).
Si tel est le cas, deux cas de figure peuvent se présenter: les parties ont réservé seulement le montant du bonus (cf. 5.1.2.2.1 ci-après) ou, au contraire, le principe et le montant du bonus (cf. 5.1.2.2.2 ci-après).
5.1.2.2.1 Si, par contrat, les parties sont tombées d'accord sur le principe du versement d'un bonus et n'en ont réservé que le montant, il s'agit d'une gratification que l'employeur est tenu de verser, mais il jouit d'une certaine liberté dans la fixation du montant à allouer (ATF 136 III 313 consid. 2; 131 III 615 consid. 5.2; arrêt du Tribunal fédéral 4A_172/2012 du 22 août 2012 consid. 8.2). De même, lorsqu'au cours des rapports contractuels, un bonus a été versé régulièrement sans réserve de son caractère facultatif pendant au moins trois années consécutives, il est admis qu'en vertu du principe de la confiance, il est convenu par actes concluants (tacitement), que son montant soit toujours identique ou variable: il s'agit donc d'une gratification à laquelle l'employé a droit (ATF 129 III 276 consid. 2.1; 131 III 615 consid. 5.2; arrêt du Tribunal fédéral 4A_172/2012 précité consid. 8.2), l'employeur jouissant d'une certaine liberté dans la fixation de son montant au cas où les montants étaient variables. Dans les deux situations, le travailleur, aux termes de l'art 322d al. 2 CO, n'a droit à une part proportionnelle de la gratification en cas d'extinction des rapports de travail (avant l'occasion qui y donne lieu) que s'il en a été convenu ainsi, ce qu'il lui incombe de prouver en vertu de l'art. 8 CC.
5.1.2.2.2. Si, par contrat, les parties ont réservé tant le principe que le montant du bonus, il s'agit d'une gratification facultative: le bonus n'est pas convenu et l'employé n'y a pas droit, sous réserve de l'exception découlant de la nature de la gratification (principe de l'accessoriété; cf. infra consid 5.1.3 ci-après). De même, lorsque le bonus a été versé d'année en année avec la réserve de son caractère facultatif, il n'y a en principe pas d'accord tacite: il s'agit d'une gratification qui n'est pas due.
Toutefois, il a été admis par exception que, en dépit de la réserve (sur le principe et sur le montant), un engagement tacite peut se déduire du paiement répété de la gratification pendant des décennies, lorsque l'employeur n'a jamais fait usage de la réserve émise, alors même qu'il aurait eu des motifs de l'invoquer, tels qu'une mauvaise marche des affaires ou de mauvaises prestations de certains collaborateurs, lorsqu'il l'a versée: il s'agit alors d'une gratification à laquelle l'employé a droit (ATF 129 III 276 consid. 2.3).
Il en va de même lorsque la réserve du caractère facultatif n'est qu'une formule vide de sens (c'est-à-dire une clause de style sans portée) et qu'en vertu du principe de la confiance, il y a lieu d'admettre que l'employeur montre par son comportement qu'il se sent obligé de verser un bonus (arrêt du Tribunal fédéral 4A_172/2012 précité consid. 8.2).
5.1.3. Lorsque l'employeur a réservé le caractère facultatif du bonus, dans son principe et dans son montant, et que l'employé n'a donc pas un droit contractuel au versement du bonus (qui est une gratification) (cf. ci-dessus 5.1.2.2.2), il faut encore examiner si le bonus a un caractère accessoire par rapport au salaire de base. En effet, il ne faut pas oublier que la gratification ne peut avoir qu'une importance secondaire dans la rétribution du travailleur: il n'est pas concevable que dans le cadre d'un contrat de travail, la rétribution du travailleur consiste uniquement ou principalement en une gratification. La gratification, qui doit rester un élément accessoire du salaire de base, ne peut aller au-delà d'un certain pourcentage de ce salaire de base convenu (ATF 129 III 276 consid. 2.1; 141 III 407 consid. 4.3.2; 139 III 155 consid. 5.3). Le besoin de protection du travailleur doit l'emporter sur la liberté contractuelle des parties; l'application du principe de l'accessoriété peut enlever toute portée à la réserve et le bonus peut devoir être requalifié en salaire (ATF 141 III 407 consid. 4.3.2).
5.1.4. L'ensemble de ces principes a été résumé et explicité par le Tribunal fédéral dans ses arrêts 4A_714/2016 du 29 août 2017 et 4A_290/2017 du 12 mars 2018.
5.2 En l'espèce, les parties divergent au sujet de la première distinction, soit entre la qualification de salaire variable (art. 322a CO) et celle de gratification (art. 322d CO).
Savoir si les parties sont convenues d'un bonus déterminé ou objectivement déterminable et, partant, d'un salaire variable, comme le soutient l'intimé en se basant sur l'art. 3c de son contrat de travail, repris à l'art. 8b de l'avenant ou, au contraire, d'un bonus indéterminé ou objectivement indéterminable et, partant, d'une gratification, comme le prétend l'appelante, est affaire d'interprétation de leurs manifestations de volonté, selon les principes jurisprudentiels usuels, qui ont été rappelés supra sous ch. 3.2.
5.2.1 Dans le contrat de travail du 11 juin 1997 établi par C______ SA, il était prévu qu'une participation de 2 % serait attribuée à l'intimé dès le 1er août 1997 sur le bénéfice d'exploitation, selon contrat à établir. Aucun autre contrat n'a toutefois été signé entre C______ SA et l'intimé jusqu'à la résiliation de leurs rapports contractuels. Lors de l'engagement de l'intimé par l'appelante le 31 mars 1998, la situation est demeurée inchangée, puisque les conditions prévalant précédemment ont été maintenues.
Au mois de septembre 1998, en parallèle à la conclusion de l'avenant au contrat de travail, les parties ont signé une convention qui prévoyait le versement d'une participation de 2% si les objectifs pour l'année 1998 était atteints ou dépassés. En septembre 2001 et juin 2002, elles ont signé deux autres conventions qui stipulaient que l'octroi de la participation dépendait de la performance réalisée, le pourcentage pouvant varier de 2% à 3% selon les résultats obtenus. En juillet 2008, elles ont signé une convention qui indiquait que le bonus ne serait pas versé si les objectifs n'étaient pas atteints.
Dans la mesure où il résulte de ces conventions, signées à intervalles plus au mois régulier au cours des relations de travail, que la participation était déterminée en fonction du bénéfice brut II réalisé par l'intimé, dont le montant figurait sur le compte d'exploitation individuel que l'appelante lui remettait chaque année, l'intimé ne saurait soutenir qu'il pensait, à l'époque, qu'il s'agissait d'une participation aux résultats d'exploitation de l'entreprise, et ce, en dépit des termes utilisés dans le contrat de travail conclu avec C______ SA, qui n'a jamais été concrétisé.
Les enquêtes ont d'ailleurs permis d'établir que les employés ne connaissaient ni les comptes de la société ni les chiffres d'affaires de leurs collègues (témoins AI______ et AT______). On ne voit pas pourquoi il en aurait été différemment pour l'intimé, qui ne s'est d'ailleurs jamais plaint du système mis en place par l'appelante.
En outre, bien qu'il puisse être admis que l'atteinte des objectifs établis par l'appelante faisait naître un droit au bonus pour l'intimé, le contrat laissait à l'appelante la tâche et la latitude de fixer ces objectifs, dont il n'a pas été allégué qu'ils étaient déterminés sur la base de critères prédéfinis. Certes, ils étaient calculés en fonction de la facturation, de la main d'oeuvre, du matériel et des frais généraux, mais les montants relatifs à ces postes n'étaient pas fixes.
Il résulte également de la procédure que le pourcentage de la participation a varié chaque année et s'est élevée à 4% en 2011, 2012 et 2013, sans que les causes de cette fluctuation aient pu être déterminées. En outre, si H______ a indiqué que le calcul du bonus faisait l'objet d'une discussion ouverte, il a précisé qu'après avoir été négocié avec E______, le bonus était transmis à D______ pour validation. Il s'ensuit que la décision finale appartenait bel et bien à la société.
Quoi qu'en dise l'intimé, les enquêtes ont permis d'établir que le système de participation mis en place entre l'appelante et l'intimé était similaire à celui dont bénéficiaient d'autres employés, notamment H______, AT______, AU______ et V______. En effet, ceux-ci se faisaient également verser un bonus compris entre 2 % et 5 %, qui était calculé en fonction du bénéfice brut II résultant de leur BAB individuel. L'un d'entre eux signait d'ailleurs des conventions de paiement similaires à celles de l'intimé.
L'intimé ne saurait en outre être suivi lorsqu'il soutient que le paiement régulier d'un bonus pendant 17 ans, accompagné de réserves sur son caractère facultatif, constitue une clause de style dépourvue d'effets. En effet, dans la mesure où l'intimé a toujours atteint ses objectifs, l'appelante n'a jamais eu des motifs d'invoquer la réserve émise. Il ressort en outre des témoignages recueillis que certains employés disposant de conditions salariales similaires n'ont pas perçu leur bonus lorsque leurs objectifs n'avaient pas été atteints. Seul H______ a déclaré avoir parfois perçu un bonus lorsqu'il avait été légèrement en dessous du chiffre à atteindre. Quant à V______, il a indiqué que l'intimé avait plaidé en sa faveur auprès de E______ pour qu'il perçoive son bonus malgré la non-réalisation de ses objectifs.
Il résulte de l'ensemble des considérations qui précèdent que l'intimé ne pouvait pas déterminer lui-même le montant de son bonus, puisque tant le pourcentage de la participation que la détermination du bénéfice brut II à atteindre ou encore le calcul détaillé du bénéfice brut II effectivement réalisé dépendaient, du moins en partie, de la marge de manoeuvre de l'appelante.
La seconde condition posée par la jurisprudence pour que le bonus soit qualifié de salaire variable, à savoir que le montant soit déterminé ou doive l'être sur la base de critères objectifs prédéterminés et qu'il ne dépende pas de l'appréciation de l'employeur, n'est ainsi pas remplie. Dans la mesure où il revêtait un caractère accessoire par rapport au salaire, il doit ainsi être qualifié de gratification facultative au sens de l'art. 322d CO, dès lors que les parties ont réservé tant le principe que le montant du bonus. Plusieurs conventions contenaient d'ailleurs une clause prévoyant la perte du droit à la gratification en cas d'extinction des rapports de travail, ce qui est typique de l'allocation de gratifications.
Il découle des considérations qui précèdent que le grief de l'intimé est infondé et que c'est à raison que le Tribunal l'a débouté de sa demande visant le paiement d'une participation aux bénéfices d'exploitation de la société pour les années 2008 à 2014.
Faute d'être qualifiée d'élément du salaire au sens de l'art. 322a al.1 CO, la participation prévue par le contrat ne donne pas le droit à l'intimé de consulter la comptabilité de l'entreprise (cf. art. 322a al. 2 CO). Le revenu des autres travailleurs au service de l'employeur ne serait de toute manière pas pertinent pour le jugement à rendre, dès lors que le système mis en place prévoyait une participation à son propre bénéfice brut II (cf. arrêt du Tribunal fédéral 4A_63/2016 du 10 octobre 2016 consid. 5.3 et la référence citée).
Dans la mesure où il a été considéré que l'intimé n'avait pas violé ses obligations contractuelles et qu'il ressort des enquêtes qu'il était apprécié tant par ses collègues que par ses partenaires contractuels, et qu'il avait fourni un travail de qualité, la teneur du certificat de travail résultant du jugement de première instance doit être maintenue.
Le grief de l'appelante sera ainsi rejeté et le ch. 6 du dispositif du jugement querellé confirmé.
En définitive, le jugement entrepris sera intégralement confirmé.
8.1 Les frais judiciaires de l'appel principal seront arrêtés à 7'000 fr. (art. 19 al. 3 let. c LaCC et 71 RTFMC), compensés avec l'avance de frais, d'un même montant, fournie par l'appelante, laquelle reste acquise à l'Etat de Genève (art. 111 al. 1 CPC), et mis entièrement à la charge de l'appelante, qui succombe dans l'intégralité de ses conclusions (art. 106 al. 1 CPC).
Les frais judiciaires de l'appel joint seront, quant à eux, arrêtés à 2'000 fr. (art. 19 al. 3 let. c LaCC et 71 RTFMC), compensés avec l'avance de frais, d'un même montant, fournie par l'intimé, laquelle reste acquise à l'Etat de Genève (art. 111 al. 1 CPC), et mis à la charge de l'intimé, qui succombe dans ses conclusions.
8.2 S'agissant d'un litige de droit du travail, il n'est pas alloué de dépens (art. 22 al. 2 LaCC).
PAR CES MOTIFS, La Chambre des prud'hommes, groupe 1 :
A la forme :
Déclare recevables l'appel principal formé le 1er décembre 2017 par A______ SA ainsi que l'appel joint interjeté le 1er février 2018 par B______ contre les chiffres 4 à 9 du dispositif du jugement JTPH/422/2017 rendu le 2 novembre 2017 par le Tribunal des prud'hommes dans la cause C/17920/2015-1.
Au fond :
Confirme le jugement entrepris.
Déboute les parties de toutes autres conclusions.
Sur les frais d'appel :
Arrête les frais judiciaires de l'appel principal à 7'000 fr., dit qu'ils sont compensés avec l'avance de frais de même montant opérée par A______ SA, laquelle reste acquise à l'Etat de Genève, et les met à charge de A______ SA.
Arrête les frais judiciaires de l'appel joint à 2'000 fr., dit qu'ils sont compensés avec l'avance de frais de même montant opérée par B______, laquelle reste acquise à l'Etat de Genève, et les met à la charge de B______.
Dit qu'il n'est pas alloué de dépens.
Siégeant :
Madame Nathalie LANDRY-BARTHE, présidente; Monsieur Pierre-Alain L'HÔTE, juge employeur; Monsieur Yves DUPRÉ, juge salarié; Madame Véronique BULUNDWE-LEVY, greffière.
Indication des voies de recours et valeur litigieuse :
Conformément aux art. 72 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification avec expédition complète (art. 100 al. 1 LTF) par-devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière civile.
Le recours doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14.
Valeur litigieuse des conclusions pécuniaires au sens de la LTF supérieure ou égale à 15'000 fr.