POUVOIR JUDICIAIRE
C/24719/2013-4 CAPH/122/2017
ARRÊT
DE LA COUR DE JUSTICE
Chambre des prud'hommes
DU 28 août 2017
Entre
Monsieur A______, domicilié ______ (GE), appelant et intimé sur appel joint d'un jugement rendu par le Tribunal des prud'hommes le 13 juillet 2016 (JTPH/273/2016), comparant par Me Jérôme PICOT, avocat, Picot & Associés, route de Suisse 100, case postale 110, 1290 Versoix, en l'Étude duquel il fait élection de domicile,
d'une part,
et
B______ SA, sise ______, Portugal, intimée et appelante sur appel joint, comparant par Me Carlo LOMBARDINI, avocat, Poncet Turrettini, rue de Hesse 8-10, case postale 5715, 1211 Genève 11, en l'Étude duquel elle fait élection de domicile,
d'autre part.
EN FAIT
A. Par jugement JTPH/273/2016 du 13 juillet 2016, expédié pour notification aux parties le même jour et reçu par A______ le 18 juillet 2016, le Tribunal des prud'hommes, statuant par voie de procédure ordinaire, a, à la forme, déclaré recevable la demande formée le 16 juin 2014 par A______ contre B______ SA (ch. 1 du dispositif) et, au fond, condamné B______ SA à verser à A______ les sommes brutes de 5'313 fr. 10 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2010 (ch. 2), 7'811 fr. 05 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2011 (ch. 3), 8'358 fr. 90 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2012 (ch. 4), 10'723 fr. 80 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2013 (ch. 5), 31'110 fr. 901 (1 Rectification d'erreur matérielle du 12 septembre 2016: le montant de 31'110 fr. 90 est remplacé par celui de 29'764 fr. 50) sous déduction de 2'350.37 EUR déjà perçus, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2014 (ch. 6), la somme nette de 323 fr. 28 EUR avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2014 (ch. 7) et débouté les parties de toute autre conclusion (ch. 8). Il a arrêté les frais de la procédure à 5'390 fr. (ch. 9), les a mis à la charge des parties pour moitié chacune (ch. 10), compensés avec l'avance effectuée par A______ (ch. 11), condamné B______ SA à lui verser la somme nette de 2'695 fr. (ch. 12) et débouté les parties de toute autre conclusion (ch. 13).
B. a. Par acte expédié le 12 septembre 2016 au greffe de la Cour de justice, A______ a formé appel de ce jugement. Il a principalement conclu à la confirmation des chiffres 2, 3, 4, 5 et 7 du dispositif dudit jugement, à son annulation pour le surplus et, cela fait, à ce que B______ SA soit condamnée à lui payer, à titre de rémunération spéciale pour absence d'horaires de travail prévue par la convention d'exemption d'horaires, les sommes de 39'692 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2010, 79'384 fr. 20 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2011, 79'776 fr. 20 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2012, 62'964 fr. 60 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2013, 23'076 fr. 50, plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2014 et, au titre des heures supplémentaires effectuées les week-ends et jours fériés en respectivement 2009, 2010, 2011, 2012 et 2013, les sommes de 26'765 fr. 30 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2010 sous déduction des 5'313 fr. 10 alloués par le Tribunal, 39'746 fr. 45 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2011 sous déduction des 7'811 fr. 05 alloués par le Tribunal, 41'305 fr. 35 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2012 sous déduction des 8'358 fr. 90 alloués par le Tribunal, 53'072 fr. 10 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2013 sous déduction des 10'723 fr. 80 alloués par le Tribunal, et 37'247 fr. 85 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2014 sous déduction de 7'453 fr. 40 alloués par le Tribunal. Il a en outre conclu à ce que B______ SA soit condamnée à lui payer, au titre des indemnités pour repas, les sommes de 2'679 fr. 30 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2011 pour l'année 2010, 2'655 fr. 90 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2012 pour l'année 2011 et 2'515 fr. 50 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2013 pour l'année 2012, la somme de 5'031 fr. 90 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2012 pour les jours de vacances non pris en 2011, 13'977 fr. 50 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2013 pour les jours de vacances non pris en 2012, 1'677 fr. 30 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2014 pour les jours de vacances non pris en 2013 et 1'534 fr. 40 à titre de quatorzième salaire versé au pro rata temporis pour l'année 2013.
Subsidiairement, A______ a conclu à ce que B______ SA soit condamnée à lui payer, en lieu et place de la rémunération spéciale pour absence d'horaires de travail, au titre des heures supplémentaires effectuées la semaine en respectivement 2009, 2010, 2011, 2012 et 2013, les sommes de 18'065 fr. 55 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2010, 35'253 fr. 70 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2011, 33'778 fr. 65 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2012, 28'524 fr. 20 plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2013 et 3'388 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2014, reprenant ses conclusions principales pour le surplus.
b. Le 3 novembre 2016, B______ SA a conclu à l'irrecevabilité de l'appel, à son rejet et au déboutement de A______ de toutes ses conclusions, avec suite de frais et dépens. Elle a formé un appel joint, concluant principalement à l'annulation des chiffres 2 à 6 du dispositif du jugement et, cela fait, au déboutement de A______ de toutes ses conclusions, avec suite de frais et dépens. Subsidiairement, elle a conclu à l'annulation des chiffres 2 à 6 du dispositif du jugement et au renvoi de la cause au Tribunal des Prud'hommes pour nouvelle décision, avec suite de frais et dépens.
c. Par acte du 7 décembre 2016, A______ a persisté dans ses conclusions d'appel, concluant en sus à ce que B______ SA soit déboutée de toutes ses conclusions, avec suite de frais et dépens. Il a en outre conclu au déboutement de B______ SA des fins de son appel joint, avec suite de frais et dépens.
d. B______ SA a persisté dans ses conclusions.
e. Par avis du 14 février 2017, les parties ont été informées de ce que la cause était gardée à juger.
C. Les faits pertinents suivants ressortent de la procédure:
a. B______ SA est un établissement bancaire dont le siège se trouve à ______ (Portugal).
Elle dispose d'un bureau de représentation à Genève.
b. Par contrat de travail du 13 octobre 2006, prenant effet au 16 octobre 2006, A______ a été engagé par B______ SA au Portugal en qualité de directeur d'agence.
Selon l'art. 3 du contrat de travail, la rémunération brute de A______ comprenait un salaire mensuel de base de 1'952.80 EUR versé quatorze fois l'an, une rémunération spéciale pour horaire libre, équivalent à la rémunération de deux heures supplémentaires par jour, ainsi qu'une rémunération supplémentaire fixe de 750 EUR payée quatorze fois l'an. Il percevait en outre une indemnité de repas de 8.35 EUR pour chaque journée de travail effectivement réalisée et d'autres prestations connexes due en vertu de la Convention Collective de Travail du secteur bancaire au Portugal (ci-après également: la CCT).
A teneur de l'art. 4 ch. 2 du contrat, A______ pouvait être déplacé vers un autre lieu de travail, aux termes des dispositions prévues par la CCT.
L'art. 6 du contrat prévoyait que A______ devait accomplir son travail en régime d'horaire libre, c'est-à-dire qu'il n'était pas soumis aux limites de la durée normale de travail (ch. 1), et que les parties devaient convenir, dans un document séparé, des termes de ce régime, respectivement de sa rupture (ch. 3).
Selon l'art. 10 du contrat, celui-ci était soumis à la CCT.
c. Le 16 octobre 2006, les parties ont signé une convention (ci-après: convention d'exemption d'horaire) selon laquelle A______ n'était pas soumis à la durée de travail maximale et avait droit, en compensation, à une rémunération additionnelle correspondant à deux heures de travail supplémentaires par jour, en conformité avec l'art. 54 al. 2 CCT.
Cette convention ne pouvait être annulée que par consentement mutuel des parties.
d. Le 6 juillet 2009, les parties ont signé une convention de détachement selon laquelle A______ acceptait d'être détaché à Genève pour y assumer les fonctions de responsable du Bureau de Représentation.
La convention de détachement prévoyait les conditions suivantes:
une rémunération mensuelle brute de 12'100 fr., payable 14 mois par an par le Bureau de représentation à Genève;
une allocation au logement jusqu'à 2'000 fr. par mois, versée douze fois l'an;
une prime annuelle variable payable au Portugal selon les règles internes de la banque;
le maintien du service médico-social conformément à l'art. 144 de la CCT;
le paiement des billets d'avions en classe économique pour l'aller et le retour en fin de mission;
le paiement de l'hôtel au maximum durant le premier mois et demi du détachement;
le paiement des frais de transport des bagages par voie terrestre lors du départ à Genève et du retour définitif au Portugal jusqu'à maximum 10 m3 ou l'équivalent en frais si A______ devait choisir d'autres moyens de transport des bagages;
le paiement des voyages aller-retour au Portugal, jusqu'à un maximum de 2'500 EUR par an, pour son usage propre et celui de son ménage;
une voiture de service selon les règles en vigueur au Bureau de représentation à Genève;
l'utilisation d'un téléphone mobile, selon les règles en vigueur au Bureau de représentation de Genève, avec un plafond de 200 fr. par mois;
une assurance-maladie analogue aux autres employés du Bureau de représentation de Genève.
La convention de détachement était conclue pour une durée de trois ans, renouvelable tacitement pour des périodes d'un an, mais au maximum trois fois.
Celle-ci expirait à la fin de la période prévue ou d'un renouvellement moyennant un avis écrit au moins 30 jours à l'avance. La banque pouvait en outre résilier la convention en tout temps, moyennant un avis écrit et un délai de préavis de 60 jours.
La convention prévoyait enfin qu'à la fin du détachement, A______ devait reprendre, au Portugal, des fonctions similaires à celles exercées avant le détachement et dans la même zone géographique. Dans cette hypothèse, B______ SA garantissait les conditions contractuelles dont A______ bénéficiait au moment de son départ à Genève, à savoir:
catégorie et rôle: directeur de bureau
une rémunération mensuelle comprenant:
· un salaire mensuel de base correspondant au niveau 15 de la CCT, la valeur au moment du détachement étant de 2'089.55 EUR;
· une prime d'ancienneté, conformément à l'art. 105 CCT, la valeur au moment du détachement étant de 80.80 EUR;
· une rétribution complémentaire de 750 EUR versée quatorze fois l'an;
· une rétribution spéciale pour les heures de travail flexibles, équivalant à la rémunération de deux heures supplémentaires par jour, accordée en vertu de la CCT.
La convention indiquait que la prestation de travail serait prise en considération pour tous les buts poursuivis par la CCT, notamment en ce qui concerne le calcul de la durée des rapports de travail à des fins d'ancienneté.
Enfin, elle prévoyait un for à Lisbonne (Portugal), mais ne contenait aucune clause d'élection de droit.
e. Durant son détachement à Genève, A______ avait notamment pour tâche de représenter la banque auprès de la communauté portugaise en Suisse (témoin C______).
Il s'est ainsi rendu à plusieurs évènements au sein de la communauté portugaise en Suisse, où la banque tenait un stand (témoins D______, E______, F______, G______ et H______).
Ces manifestations avaient lieu le week-end (témoins D______, E______, F______, G______, H______, C______ et I______) ainsi que les jours fériés (témoins C______ et I______) et pouvaient durer jusqu'après 2 heures du matin (témoins D______, H______ et F______).
A______ se rendait à des événements de représentation environ une fois par mois les samedis, dimanches ou les jours fériés (témoins I______ et J______).
Selon les témoins F______ et G______, il devait demander l'autorisation pour participer à ces manifestations. Selon le témoin J______, la banque demandait spécifiquement que A______ soit présent à deux fêtes importantes, soit Santa Negra et Mission catholique. Pour les autres manifestations, il pouvait choisir d'y assister ou non et en informait la banque après coup.
f. Le bureau de représentation à Genève était ouvert du lundi au samedi matin (témoins C______, F______, K______, L______, M______ et I______). Cette information était disponible sur le site de la banque (témoin K______, L______ et M______). Selon le témoin K______, il en aurait discuté avec A______. Jusqu'au 31 décembre 2010, le bureau était ouvert de 9 heures à 13 heures. Ensuite, il fermait à 12 heures.
A______ travaillait régulièrement le samedi matin (témoins C______, F______, G______ et I______), pratiquement tous selon le témoin F______ – dont le contrat de travail a été résilié par la banque pour le 30 juin 2015 – environ deux samedis par mois selon le témoin I______, A______ passant simplement voir si tout se passait bien les autres samedis. Il y avait une rotation entre les collaborateurs (témoins C______ et I______).
A______ se rendait également régulièrement au Portugal pour visiter sa famille le week-end (témoins C______, K______ et M______).
g. Un jour de compensation pouvait être pris ultérieurement en raison des samedis matins travaillés (témoins C______, J______, M______, I______ et N______). Il en allait de même en cas de travail le samedi ou le dimanche (témoins K______, O______, L______, M______ et I______).
Le responsable du bureau de représentation avait pour responsabilité d'organiser ces compensations pour lui et ses collaborateurs (témoins J______, O______, L______ et K______).
h. Il n'y avait pas de contrôle des heures de travail dans le bureau genevois (témoins F______, K______, L______, C______, O______ et M______). Les seuls enregistrements étaient les jours de vacances (témoin L______). Selon le témoin F______, A______ reportait toutefois les samedis, dimanches et jours fériés travaillés dans un fichier "excel" sur information des employés, qu'il envoyait à la direction de la banque une fois par semaine.
i. En septembre 2010, la rémunération mensuelle de 12'100 fr. de A______ est passée à 12'160 fr. 50.
Selon les témoins C______, J______, K______, N______ et L______, cette rémunération mensuelle était une rémunération globale qui incluait toutes les prestations versées à A______ au Portugal, soit notamment l'indemnité repas et la rémunération pour horaire libre.
Selon le témoin P______, A______ ne pouvait pas comprendre que tous les éléments rémunératoires étaient inclus dans le montant du détachement en l'absence d'éléments formalisés dans le contrat de détachement. Le témoin K______ a toutefois déclaré que le précité était conscient que son salaire de 12'100 fr. comprenait toutes les indemnités qu'il avait au Portugal, y compris l'exemption d'horaire.
Selon le témoin O______, qui a succédé à A______ au poste de responsable du bureau genevois, l'ensemble des rémunérations extraordinaires qu'elle recevait au Portugal étaient inclues dans son salaire global de 10'000 fr., soit en particulier l'indemnité pour horaire libre, ce qui lui avait été annoncé avant son arrivée en Suisse. Sa fiche de salaire suisse était globale et mentionnait son salaire global de 10'000 fr., les indemnités de loyer ainsi que les déductions légales et usuelles.
Pour le témoin I______, il était clair que durant son détachement en Suisse, sa rémunération comprenait les indemnités qu'il percevait auparavant au Portugal, soit notamment les indemnités repas et d'horaire libre.
j. A______ a eu un accident en mars 2012 (témoins F______, J______ et Q______). Depuis le 15 février 2013, il se trouve en incapacité totale de travailler.
Selon le témoin F______, le précité a toutefois continué à travailler jusqu'à fin mai 2013. Selon le témoin G______, qui a travaillé pour le bureau genevois jusqu'en avril 2013, A______ était présent dans les bureaux de la banque jusqu'à la fin de son contrat de travail.
A______ était en tout état présent au concert de R______ le 25 mai 2013 (témoins J______, M______ et H______).
k. Par courrier du 4 juin 2013, B______ SA a résilié la convention de détachement pour le 5 juillet 2013.
En juin 2013, A______ a demandé l'autorisation d'être payé pour les jours qu'il n'a pas pu compenser (témoin M______).
Par courrier du 25 juillet 2013, A______ a indiqué à B______ SA que le contrat de détachement ne pouvait être résilié dès lors qu'il était en arrêt "maladie". Il a également indiqué qu'il ne comprenait pas pourquoi la banque refusait de lui payer les heures de travail effectuées les samedis, dimanches et jours fériés qui n'avaient jamais été compensées et qui avaient été transmises mensuellement à la direction des non-résidents.
Par courrier du 8 octobre 2013, B______ SA a résilié une nouvelle fois la convention de détachement pour le 9 décembre 2013. Elle a rappelé à A______ qu'il devrait reprendre son travail au Portugal, dans la zone géographique où il avait été en service, en tant que directeur de bureau.
D. a. Par requête de conciliation déposée au greffe du Tribunal des prud'hommes le 15 novembre 2013, A______ a assigné B______ SA en paiement de la somme totale de 533'686 fr. 02.
b. Au bénéfice d'une autorisation de procéder du 17 mars 2014, A______ a déposé une demande en paiement à l'encontre de B______ SA, concluant, avec suite de frais et dépens, à ce que cette dernière soit condamnée à lui verser les sommes suivantes:
39'012 fr. 53 à titre de salaire afférent aux heures supplémentaires pour l’année 2009, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2010;
63'111 fr. 76 à titre de salaire afférent aux heures supplémentaires pour l’année 2010, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2011;
62’978 fr. 11 à titre de salaire afférent aux heures supplémentaires pour l’année 2011, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2012;
68'269 fr. 17 à titre de salaire afférent aux heures supplémentaires pour l’année 2012, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2013;
35'257 fr. 32 à titre de salaire afférent aux heures supplémentaires pour l’année 2013, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2014;
10'131 fr. 66 à titre d’indemnités forfaitaires pour repas, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2012;
7'050 fr. 24 à titre de prime d’ancienneté, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2012;
10'851 fr. 84 à titre de frais de déplacement, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2012;
22'698 fr. 66 à titre de compensation des samedis, dimanches et jours fériés travaillés, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2014;
2'571 fr. à titre de solde forfait pour les frais de voyage dus pour l’année 2013, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2014;
18'055 fr. à titre d’indemnité pour jours de vacances non pris en nature, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2014;
5'066 fr. 67 à titre de treizième salaire 2013, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2014;
12'160 fr. à titre de quatorzième salaire 2013, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2014;
4'347 fr. 47 à titre de remboursement de l’impôt payé en trop, avec intérêts à 5% l’an dès le 1er janvier 2012;
74'646 fr. 36 à titre de différence d’impôts, avec intérêts à 5% l’an;
103'000 fr. à titre de réparation du tort moral, avec intérêts à 5% l’an.
Il a notamment allégué avoir effectué 262 heures supplémentaires non rémunérées en 2009, dont 134 les week-ends et jours fériés, 446 heures supplémentaires non rémunérées en 2010, dont 197 les week-ends et jours fériés, 443 heures supplémentaires non rémunérées en 2011, dont 205 les week-ends et jours fériés, 464 heures supplémentaires non rémunérées en 2012, dont 263 les week-ends et jours fériés, 209 heures supplémentaires non rémunérées en 2013, dont 185 les week-ends et jours fériés, avoir travaillé 28 jours les samedis, dimanches et jours fériés sans avoir pu les compenser et avoir accumulé 37.12 jours de vacances non pris, à savoir 9 jours en 2011, 25 jours en 2012 et 3.12 jours en 2013.
c. B______ SA a conclu au déboutement de A______ de toutes ses conclusions, avec suite de frais et dépens.
d. Le Tribunal des prud'hommes a entendu les parties et a procédé à l'audition de témoins. Leurs déclarations ont été reprises dans la mesure utile. Pour le surplus, les faits pertinents suivants ressortent de celles-ci.
C______, supérieur hiérarchique de A______ au Portugal et entendu en qualité de témoin, a indiqué que A______ n'avait pas accompli d'heures supplémentaires durant son détachement en Suisse. Il bénéficiait de l'exemption d'horaires, ce qui lui permettait de travailler sans être limité dans ses horaires. La banque ne lui avait jamais demandé d'effectuer des heures supplémentaires, ni à ses collègues, ni aux autres représentants dans d'autres pays. La période d'exemption était suffisante pour effectuer le travail qui lui était demandé. Il a déclaré avoir participé à plusieurs manifestations en Suisse avec A______, qui avaient aussi lieu le week-end et les jours fériés. En ces occasions, ce dernier représentait la banque. S'agissant du travail le samedi matin, A______ ne travaillait pas systématiquement. Il y avait une rotation entre les collaborateurs. Enfin, le témoin a indiqué que A______ était très intelligent et un très bon négociateur. En vue de son détachement, la négociation entre ce dernier et K______ avait été longue et difficile, mais la banque avait fini par accepter la proposition de A______.
J______, directeur de B______ SA et entendu en qualité de témoin, a déclaré que l'exemption de l'horaire de travail continuait à être effective en Suisse. Les heures supplémentaires éventuellement effectuées par A______ n'étaient pas rémunérées. Selon lui, le précité était conscient de ce fait. La banque ne lui avait pas demandé d'effectuer des heures supplémentaires et il disposait d'une grande latitude de gestion de son horaire.
P______, avocat spécialisé dans le droit du travail portugais et entendu en qualité de témoin, a déclaré être l'avocat de A______ au Portugal dans le cadre d'un autre procès contre B______ SA. Selon lui, les samedis, dimanches et jours fériés n'entraient pas dans l'exemption d'horaire. Il existait une obligation légale en droit portugais d'enregistrer le temps de travail, qu'il soit normal ou supplémentaire. Cette obligation existait également lorsqu'il y avait une indemnité pour exemption de l'horaire de travail. S'agissant de la rémunération de A______ en Suisse, elle ne comprenait pas les prestations complémentaires qu'il percevait au Portugal.
K______, employé de B______ SA et entendu en qualité de témoin, a déclaré avoir été le supérieur hiérarchique de A______ d'octobre 2009 à avril 2010 et avoir travaillé quatre ans dans le bureau de représentation. Lorsqu'il était en poste à Genève, K______ avait dû travailler en dehors des horaires d'ouverture du bureau, ce qui faisait partie de la fonction de représentant. Ses activités en dehors des horaires d'ouverture ne donnaient pas lieu à une rémunération supplémentaire. Il en allait de même pour A______. Ce dernier ne devait pas enregistrer ses heures de travail en dehors des horaires d'ouverture car il avait l'exemption d'horaires, de même que les autres collaborateurs détachés. Il avait une totale autonomie dans la gestion de travail et dans ses horaires de travail.
O______, responsable du bureau genevois de B______ SA depuis août 2013 et entendue en qualité de témoin, a expliqué qu'en semaine, elle n'avait pas le droit d'être rémunérée pour des heures supplémentaires car cela était compris dans la convention d'exemption d'horaires. Pour les jours fériés ou les week-ends, elle pouvait prendre un jour de compensation. Au Portugal, il était obligatoire d'enregistrer l'heure d'arrivée et de sortie dans un système informatique. Cela n'était pas nécessaire à Genève. Elle a précisé qu'elle enregistrait toutefois ses horaires de travail dans un fichier "excel" qui n'était pas traité de manière informatique et centralisé comme au Portugal. La banque n'imposait jamais d'accomplir du travail les jours fériés ou le week-end, mais s'il y avait des évènements de la communauté portugaise, elle s'attendait à ce que les collaborateurs y participent afin de l'y représenter, puisque c'était pour cette raison qu'il y avait un bureau à Genève. Son salaire globale de 10'000 fr. comprenait l'ensemble des rémunérations extraordinaires qu'elle recevait au Portugal, soit en particulier l'indemnité pour horaires libres et la prime d'ancienneté. Avant d'arriver en Suisse, ces conditions lui avaient été annoncées. Selon elle, A______ était conscient de ce que comprenait son salaire car c'est quelqu'un de très intelligent et perspicace.
L______, directrice des ressources humaines de B______ SA depuis 2000 et entendue en qualité de témoin, a déclaré que la CCT avait été suspendue pendant deux ans environ entre 2012 et 2014 et que le code général du travail s'est appliqué par la suite. Le travail supplémentaire durant la semaine n'était pas rémunéré en raison de la convention d'exemption de l'horaire de travail. Le travail durant les jours de repos et les jours fériés donnait droit à des jours de compensation et pouvait être rémunéré si le travail avait été demandé par la banque. La rémunération globale de A______ tenait compte du fait qu'il devait travailler le samedi matin, car cela faisait partie de ses horaires de travail au bureau de Genève. A______ ne devait pas enregistrer ses horaires de travail, il n'y avait pas de système pour le faire. Il devait le faire au Portugal car c'était obligatoire mais ce n'était pas le cas en Suisse. Elle n'avait pas connaissance de fichiers "excel" qui étaient utilisés par les collaborateurs du bureau genevois pour enregistrer les horaires de travail. S'agissant des vacances de A______, L______ a déclaré qu'un versement avait été fait en faveur de ce dernier au Portugal pour les vacances non prises, soit 9 jours en 2012 et 25 jours en 2013 correspondant au travail accompli en 2011, respectivement en 2012. Le droit aux vacances naissait le premier janvier de chaque année. A______ ne travaillant pas au 1er janvier 2014, il n'avait pas droit à des vacances pour l'année 2013. Il ne pouvait pas y avoir de paiement sauf en cas de cessation du contrat ou d'empêchement prolongé. Dans la mesure où A______ était dans un cas d'empêchement prolongé de travailler, les vacances lui avaient été payées pour 2012 et 2013.
N______, avocat spécialisé en droit du travail et entendu en qualité de témoin, a déclaré que la convention pour horaire libre de A______ avait continué à s'appliquer durant le détachement dès lors qu'elle n'avait pas été résiliée. Selon le droit portugais, le travailleur en régime d'exemption d'horaire ne faisait du travail supplémentaire que s'il travaillait durant les jours de repos. S'agissant de A______, il était dispensé de respecter le repos car il occupait une fonction dirigeante et d'administration. L'Office portugais de contrôle des conditions de travail devait pouvoir contrôler les heures de travail des travailleurs, raison pour laquelle l'employé était obligé d'enregistrer ses heures de travail au Portugal. Mais cela ne s'appliquait pas aux travailleurs détachés, dès lors que l'Office ne pouvait pas effectuer de contrôle en dehors du Portugal. S'agissant du droit aux vacances, celui-ci naissait au premier janvier de chaque année. Il concernait le travail de l’année précédente. L’employé qui avait travaillé une partie d’une année, par exemple 2013, et dont le contrat était suspendu au premier janvier de l’année suivante, soit 2014, n'avait pas droit à des vacances en lien avec l’année 2013. L’employé devait prendre ses vacances en nature selon le droit portugais. Les vacances étaient payées à l’employé si le contrat prenait fin ou si l’employé ne pouvait pas les prendre jusqu’au 30 avril de l’année suivante. Pour déterminer le montant de l’indemnité due pour les vacances non prises en nature, il fallait prendre en compte le montant du salaire au moment où l’indemnité était payée, selon la clause 102 al. 1 à 3 CCT.
M______, directeur de B______ SA depuis 2003 et entendu en qualité de témoin, a déclaré avoir été le supérieur hiérarchique de A______ durant son détachement en Suisse, de janvier 2013 à juillet 2013. Il a expliqué que les heures supplémentaires effectuées durant les jours ouvrables, les jours de repos et les jours fériés ne donnaient pas droit à une rémunération supplémentaire en raison de l'exemption d'horaire. Les heures effectuées les jours fériés et lors des repos obligatoires devaient par contre être compensées. A______ disposait d'une grande liberté pour organiser son temps de travail au vu de son poste. Au Portugal, il existait un logiciel informatique compilant les heures de travail car c'est une obligation légale. Tous les collaborateurs du bureau genevois étaient dispensés d'indiquer leurs heures. M______ a indiqué qu'en juin 2013, A______ lui avait demandé l'autorisation d'être payé pour les jours qu'il n'avait pas pu compenser. Il avait transmis la demande au service des ressources humaines pour qu'il traite cette question, mais ignorait si ce service lui avait répondu car depuis juillet 2013, les questions liées au contrat de A______ étaient gérées par les ressources humaines directement.
A______ a notamment déclaré qu'il ne contestait pas le montant de la rémunération qui lui avait été allouée pour l'exemption de l'horaire de travail journalier, mais qu'il ne connaissait pas la manière dont elle était calculée.
E. Dans le jugement querellé, le Tribunal a retenu que le droit suisse était applicable dès lors que A______ avait été détaché à Genève et y accomplissait ainsi son travail.
L’exemption d'horaire convenue par les parties avait continué à s'appliquer durant le détachement de A______ et impliquait que ce dernier n'était pas soumis à la durée maximale de l’horaire de travail quotidien ou hebdomataire prévu par la CCT. En compensation, il percevait une indemnité mensuelle correspondant à deux heures supplémentaires par jour, le nombre d'heures effectivement accomplies n’étant pas pertinent. L'horaire « normal » de travail de A______ s’étendait du lundi au samedi matin, soit durant les heures d’ouverture du bureau de représentation de Genève, dont il avait connaissance avant son détachement du fait de leur publication sur internet et sur l’intranet de la banque et du fait qu'il travaillait déjà en collaboration avec le bureau de représentation de Genève avant de s’y rendre comme responsable. Les éventuelles heures supplémentaires effectuées par A______ durant son horaire « normal » de travail étaient comprises dans l’exemption d’horaires, de sorte qu’il n’avait pas droit à une rémunération supplémentaire pour les éventuelles heures supplémentaires effectuées durant celui-ci.
A______ avait toutefois effectué des heures supplémentaires – ni compensées, ni rémunérées – les samedis après-midis, dimanches et jours fériées afin de représenter la banque, dans l’intérêt de celle-ci, lors de manifestations organisées par la communauté portugaise. Il n’avait pas le choix de se rendre auxdites manifestations au vu des objectifs d’apports de clientèle imposés au bureau de représentation de Genève. Ces heures supplémentaires n’étaient pas inclues dans l’exemption d’horaires, A______ n’ayant notamment pas de fonction dirigeante. La banque connaissait, ou du moins aurait dû connaître le nombre d’heures supplémentaires effectuées par A______ dès lors que l’enregistrement des heures supplémentaires était une incombance de la banque selon le droit portugais, y compris en cas d’exemption d’horaire, et qu’une éventuelle carence à cet égard ne pouvait être retenue à l’encontre du travailleur. S’agissant de la quotité de ces heures supplémentaires, le Tribunal a retenu en équité la moitié des heures alléguées par A______ dès lors que la procédure avait permis d’établir qu’il avait fréquemment travaillé le week-end et les jours fériés pour se rendre aux manifestations organisées par la communauté portugaise et représenter la banque, mais qu’il se rendait également souvent au Portugal pour visiter sa famille. La rémunération mensuelle de 12'100 fr., respectivement 12'160 fr. 50, correspondant à la rémunération globale de A______, devait être pris en compte pour le calcul des heures supplémentaires. Dès lors que A______ avait un horaire de travail « normal » de 44 heures par semaines pour un salaire mensuel brut de 12'100 fr. en 2009 et 2010, son salaire horaire de base était de 63 fr. 45 ([12'100 fr. ÷ 21.67 jours] ÷ 8.8 heures). Majoré d’un quart, le montant dû par heure supplémentaire était de 79 fr. 30 pour ces années-là. De 2011 à 2013, il avait un horaire de travail « normal » de 43 heures par semaines pour un salaire mensuel brut de 12'160 fr. 50, de sorte que son salaire de base était de 65 fr. 25 ([12'160 fr. 50 ÷ 21.67 jours] ÷ 8.6 heures). Le montant dû par heure supplémentaire était donc de 81 fr. 55. Le Tribunal a ainsi condamné la banque a verser à A______, à titre de salaire afférent aux heures supplémentaires, les sommes brutes de 5'313 fr. 10 pour 2009, 7'811 fr. 05 pour 2010, 8'358 fr. 90 pour 2011, 10'723 fr. 80 pour 2012 et 7'543 fr. 40 pour 2013.
S’agissant des indemnités de repas, le Tribunal a retenu que la rémunération de 12'100 fr., respectivement 12'160 fr. 50, perçue par A______ pendant son détachement constituait une rémunération globale comprenant notamment les indemnités de repas, de sorte qu’il l’a débouté de ses conclusions tendant au paiement d'une indemnité à ce titre.
A______ disposait d’un solde de vacances de 9 jours pour l’année 2011 et de 25 jours pour l’année 2012 - ce qui n’était pas contesté par les parties et avait été rémunéré par la banque selon le droit portugais à concurrence de 2'350.37 EUR - ainsi que de 3 jours pour 2013, dès lors que la banque n’avait pas démontré que A______ avait pris l’intégralité de ses jours de vacances pour 2013. Il convenait de prendre en compte le salaire que le travailleur aurait perçu s’il avait travaillé pour calculer le montant de l’indemnisation, de sorte que le salaire déterminant pour le calcul de l’indemnisation pour jours de vacances non pris pendant le détachement était le salaire dû à A______ pendant son détachement. Le fait que le droit portugais prévoyait une autre base de calcul n’était pas pertinent, de même que le fait que le contrat de travail portugais avait été suspendu au Portugal au 1er janvier 2014 selon le droit portugais. Le Tribunal a ainsi condamné la banque à verser à A______, à titre d’indemnité pour jours de vacances non pris en nature, la somme brute de 20'686 fr. 70 sous déduction des 2'350.37 EUR déjà perçus.
Le Tribunal a enfin retenu que le quatorzième salaire était dû au pro rata temporis des jours effectivement travaillés durant l’année en cours et que A______ avait travaillé jusqu’au 26 mai 2013 malgré son arrêt de travail datant du 15 février 2013. Le quatorzième salaire versé par la banque pour 45 jours d’activité déployée en 2013 étant de 1'346 fr. 40, le Tribunal a condamné la banque à verser à A______ la somme de 1'534 fr. 40 à titre de quatorzième salaire au pro rata temporis pour l’année 2013, sans toutefois intégrer ce poste dans le dispositif du jugement.
F. Les arguments des parties seront discutés, dans la mesure utile, dans la partie "EN DROIT".
EN DROIT
En l'occurrence, la valeur litigieuse s'élève à plus de 10'000 fr., de sorte que la voie de l'appel est ouverte.
1.2 La motivation est une condition de recevabilité de l'appel prévue par la loi, qui doit être examinée d'office. Si elle fait défaut, la Cour n'entre pas en matière sur l'appel (arrêt du Tribunal fédéral 4A_376/2016 du 2 décembre 2016 consid. 3.2.1).
Pour satisfaire à son obligation de motivation de l'appel prévue par l'art. 311 al. 1 CPC, l'appelant doit démontrer le caractère erroné de la motivation de la décision attaquée et son argumentation doit être suffisamment explicite pour que l'instance d'appel puisse la comprendre, ce qui suppose une désignation précise des passages de la décision qu'il attaque et des pièces du dossier sur lesquelles repose sa critique. Il ne lui suffit cependant pas de renvoyer aux moyens soulevés en première instance, ni de se livrer à des critiques toutes générales de la décision attaquée. (ATF 138 III 374 consid. 4.3.1). Il doit s'efforcer d'établir que, sur les faits constatés ou sur les conclusions juridiques qui en ont été tirées, la décision attaquée est entachée d'erreurs. Il ne peut le faire qu'en reprenant la démarche du premier juge et en mettant le doigt sur les failles de son raisonnement (arrêts du Tribunal fédéral 4A_376/2016 du 2 décembre 2016 consid. 3.2.1; 4A_290/2014 du 1er septembre 2014 consid. 3.1).
En l'espèce, l'appelant a rappelé le raisonnement du Tribunal et expliqué ce qu'il lui reprochait d'une manière suffisamment explicite pour que la Cour comprenne les griefs soulevés. L'exigence de motivation est ainsi respectée, contrairement à l'avis de l'intimée. Le fait que l'appel ne contienne aucun allégué de fait n'est pas déterminant au vu de ce qui précède, sauf à faire preuve de formalisme excessif.
1.3 Contrairement à ce que soutient l'intimée, le jugement entrepris a été joint à l'appel, conformément à l'art. 311 al. 2 CPC. Cette disposition n'exige par ailleurs pas que le dispositif du jugement figure en sus dans l'acte d'appel.
1.4 Pour le surplus, l'appel et l'appel joint ont été déposés dans le délai et la forme prescrits par la loi (art. 145 al. 1 let. b, 311 al. 1, 312 al. 2 et 313 al. 1 CPC), de sorte qu'ils sont recevables.
1.5 Par souci de simplification, A______ est désigné comme l'appelant et B______ SA comme l'intimée.
1.6 La Cour revoit la cause avec un plein pouvoir d'examen en fait et en droit (art. 310 CPC). En particulier, elle contrôle librement l'appréciation des preuves effectuée par le juge de première instance et vérifie si celui-ci pouvait admettre les faits qu'il a retenus (ATF 138 III 374 consid. 4.3.1; arrêt du Tribunal fédéral 4A_153/2014 du 28 août 2014 consid. 2.2.3).
Dans la mesure où la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr., les maximes des débats (art. 55 al. 1 et 247 al. 2 let. b ch. 2 CPC) et de disposition (art. 58 al. 1 CPC) sont applicables à la présente cause. Elle est en outre régie par la procédure ordinaire (art. 243 al. 1 et 2 a contrario CPC).
Les parties ne contestent pas, à juste titre, la compétence internationale des juridictions suisses pour trancher le présent litige, dans la mesure où les parties étaient liées par un contrat de travail au sens des art. 319 ss CO et que l’appelant accomplissait habituellement son travail à Genève (art. 19 ch. 1 let. a Convention [de Lugano] concernant la compétence judiciaire et l’exécution des décisions en matière civile et commerciale du 16 septembre 1988 [CL - RS 0.275.11]). La compétence de la Cour de céans est ainsi donnée aussi bien à raison de la matière que du lieu (art. 2 et 19 CL, art. 115 al. 3 LDIP, art. 34 al. 1 CPC, art. 124 let. a LOJ [RS/GE E 2 05] et art. 1 al. 1 let. a LTPH [RS/GE E 3 10]).
Le droit suisse est en outre applicable, dans la mesure où le travailleur accomplissait habituellement son travail en Suisse durant son détachement et que seules sont litigieuses des prétentions issues de celui-ci (art. 121 al. 1 LDIP; arrêt du Tribunal 4A_422/2011 du 3 janvier 2012 consid. 2.1).
Pour autant que ses clauses soient plus favorables à l'employé que le droit suisse, la CCT portugaise trouve également application, dans la mesure où le contrat de travail y renvoie et que son champ d'application est maintenu en cas de détachement à l'étranger (art. 2 ch. 3 CCT). Celle-ci ayant été suspendue du 31 juillet 2012 au 31 décembre 2014 (loi n° 23/2012 du 25 juin 2012 et n° 48-A/2014 du 31 juillet 2014), le droit suisse est exclusivement applicable durant cette période.
3.1 Selon l'art. 317 al. 2 CPC, la demande ne peut être modifiée que si les conditions fixées à l'art. 227 al. 1 CPC sont remplies et si la modification repose sur des faits ou des moyens de preuve nouveaux.
L'art. 227 al. 1 CPC autorise la modification de la demande si la prétention nouvelle ou modifiée relève de la même procédure et présente un lien de connexité avec la dernière prétention ou, à défaut d'un tel lien, si la partie adverse consent à la modification de la demande.
L'objet du litige au sens large est constitué par l'objet au sens étroit (ce qui est demandé) et la cause (la base factuelle sur laquelle on demande quelque chose). Le fondement juridique sur lequel la demande repose n'entre pas (plus) dans la définition de l'objet du litige, ce qui découle du principe jura novit curia (Schweizer, in CPC, Code de procédure civile commenté, 2011, n. 11 ad art. 227 CPC). Tout changement de conclusions (objet de la demande au sens étroit) constitue de facto une modification de la demande, qu'il s'agisse d'une amplification, d'un chiffrage nouveau, d'un changement de nature etc. (Schweizer, op. cit., n. 14 ad art. 227 CPC).
Si les conditions d’une modification de la demande ne sont pas réunies, le tribunal n’entre pas en matière sur la partie modifiée des conclusions et statue sur la demande initiale, pour autant que cette dernière n’ait pas été retirée (OGer/BE ZK 15 129 du 1er juillet 2015 consid. 6.4).
3.2 En l'espèce, l'appelant a pris pour la première fois en appel des conclusions tendant au paiement d'une rémunération spéciale pour absence d'horaire de travail. Bien que ces conclusions soient en lien avec les heures supplémentaires, leur objet, à savoir l'indemnité pour horaire libre, n'est pas identique. Quand bien même ces conclusions résulteraient d'une simple séparation des conclusions tendant à la rémunération des heures supplémentaires effectuées en semaine et le week-end, comme le soutient l'appelant, le montant total des conclusions prises distinctement en appel devrait être égal aux conclusions de première instance relatives aux heures supplémentaires. Or, ces conclusions, qui s'élevaient à 268'628 fr. 89 en première instance, sont de 483'030 fr. 55 en appel, sans que cette augmentation ne repose sur des faits nouveaux. Il en va de même des conclusions subsidiaires d'appel, qui s'élèvent à 317'147 fr. 15 et sont ainsi également supérieures à celles de premières instance, sans que des faits nouveaux n'aient été allégués. Il n'y a par conséquent pas lieu d'entrer en matière sur la partie modifiée des conclusions, de sorte que la Cour statuera sur les conclusions prises dans la demande initiale.
Par ailleurs, l'appelant conclut au paiement d'un montant total de 20'686 fr. 70 à titre d'indemnité de vacances, sans se fonder sur des faits nouveaux. Par conséquent, ses conclusions tendant au paiement d'une indemnité pour les vacances non prises sont irrecevables en tant qu'elles dépassent le montant global de 18'055 fr. auquel il a conclu en première instance.
L'intimée reproche au Tribunal de s'être basé sur les tableaux préparés par l'appelant pour retenir que ce dernier avait effectué des heures supplémentaires les samedis, dimanches et jours fériés, qui devaient être rémunérées. Elle soutient que l'appelant n'a ni démontré quels samedis, dimanches et jours fériés il avait travaillé, ni que les heures supplémentaires durant ces jours auraient été ordonnées ou approuvées par la banque, de sorte qu'aucun montant n'était dû au titre de rémunération des heures supplémentaires effectuées durant le week-end et les jours fériés.
4.1.1 A teneur de l'art. 321c CO, si les circonstances exigent des heures de travail plus nombreuses que ne le prévoit le contrat ou l'usage, un contrat-type de travail ou une convention collective, le travailleur est tenu d'exécuter ce travail supplémentaire dans la mesure où il peut s'en charger et où les règles de la bonne foi permettent de le lui demander (al. 1).
L'employeur peut, avec l'accord du travailleur, compenser les heures de travail supplémentaires par un congé d'une durée au moins égale, qui doit être accordé au cours d'une période appropriée (al. 2).
L'employeur est tenu de rétribuer les heures de travail supplémentaires qui ne sont pas compensées par un congé en versant le salaire normal majoré d'un quart au moins, sauf clause contraire d'un accord écrit, d'un contrat-type de travail ou d'une convention collective (al. 3).
4.1.2 Selon l'art. 50 ch. 1 CCT, les périodes normales de travail quotidien et hebdomadaire sont respectivement de sept heures et trente-cinq heures.
Est considéré comme travail supplémentaire celui qui a été effectué en dehors des heures de travail (art. 56 ch. 1 CCT). Le travail effectué par des travailleurs exemptés de l'horaire de travail dans une journée normale de travail n'est pas inclus dans la notion de travail supplémentaire (art. 56 ch. 2 let. a CCT).
Le travail supplémentaire ne peut être effectué que dans les cas suivants: a) Quand l'institution doit faire face à une augmentation occasionnelle de travail et cela ne justifie pas l'admission des travailleurs; b) en cas de force majeure; c) quand il est indispensable de prévenir ou de réparer des préjudices grave subis par l'Institution ou par sa viabilité (art. 56 ch. 3 CCT). Est exigible le paiement de travail supplémentaire dont l'exécution est préalablement et expressément déterminée, ou réalisée de façon à ne pas être contestable par l'employeur (art. 56 ch. 4 CCT).
L'art. 54 ch. 3 CCT prévoit que l'exemption de l'horaire de travail n'affectera pas le droit au repos hebdomadaire et aux fériés prévus dans la CCT.
Sauf disposition contraire, expresse et inscrite dans le présent accord, les jours de repos hebdomadaire sont le samedi et le dimanche (art. 67 ch. 1 CCT). Les employés qui ont travaillé, totalement ou partiellement, durant les jours de repos hebdomadaires, ont droit à des jours complets de repos correspondant, à prendre dans les trois jours ouvrables suivant, sous réserve du paragraphe 7 de la clause 69.
S'agissant de l'exécution du travail le samedi, l'art. 63 ch. 1 CCT prévoit que quand l'ouverture d'un guichet est justifié pour la satisfaction des intérêts publics reconnus, le régime différencié d'horaire de travail prévu dans la Clause 62 sera applicable selon les spécificités suivantes: a) Le travail accompli à l'abri de la présente Clause sera rémunéré conformément aux paragraphes 1 et 2 de la Clause 98 sans être pour autant considéré comme travail supplémentaire; b) Le repos hebdomadaire correspondant au samedi où le travail est effectué sera pris le lundi suivant, sauf accord contraire entre le travailleur et l'Institution en application du paragraphe 7 de la clause 69.
Selon l'art. 93 ch. 1 let. c CCT, la rémunération mensuelle effective correspond au revenu mensuel brut perçu par le travailleur. Le ch. 2 précise qu'elle comprend le salaire de base (let. a), l'ancienneté (let. b), les subventions des fonctions prévues dans la CCT (let. c) et toute autre prestation versée mensuellement et sur une base continue par exigence de la loi ou de la CCT (let. d).
A teneur de l'art. 96 ch. 1 CCT, la rémunération horaire est calculée selon la formule suivante: Rm x 12 : 52 x n, Rm étant la valeur de la rémunération mensuelle effective et n la durée normale du travail hebdomadaire.
L'art. 98 ch. 1 CCT prévoit que le travail supplémentaire exécuté en jour normal de travail sera rétribué selon les termes suivants: en journée, rétribution horaire augmentée de 50%, soit 150% en tout, pour la première heure, et augmentée de 75%, soit 175% en tout, pour la 2ème heure et les suivantes (let. a); la nuit, rétribution horaire augmentée de 87.5%, soit 187.5% en tout, pour la première heure, et augmentée de 118.75%, soit 218.75% en tout, pour la 2ème heure et les suivantes (let. b). Le travail effectué durant les jours de repos hebdomadaire et les jours fériés donne droit à un défraiement calculé selon la formule suivante et qui s'ajoute à la rétribution mensuelle effective: 2 x Rhn x T, Rhn étant la valeur de la rémunération de l'heure normale et T le nombre d'heures de travail exécuté dans chacun de ces jours (art. 98 ch. 3 CCT). Le travail exécuté durant les jours de repos hebdomadaire et les jours fériés qui dépasse sept heures par jour, donne droit à une rétribution calculée selon la formule suivante et qui s'ajoute à la rétribution mensuelle effective: 2.5 x Rhn x T (art. 98 ch. 4 CCT).
4.1.3 Selon l'art. 8 CC, chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit.
Il appartient dès lors au travailleur de prouver, d'une part, qu'il a accompli des heures supplémentaires et, d'autre part, que celles-ci ont été ordonnées par l'employeur ou qu'elles étaient nécessaires à la sauvegarde des intérêts légitimes de ce dernier (ATF 129 III 171 consid. 2.4; arrêt du Tribunal fédéral 4C.92/2004 du 13 août 2004 consid. 3.2). L'employeur est également tenu à rémunération lorsqu'il n'a émis aucune protestation, tout en sachant que le travailleur effectuait des heures supplémentaires, et que ce dernier a pu déduire de ce silence que lesdites heures étaient approuvées (ATF 86 II 155 consid. 2; arrêts du Tribunal fédéral 4C.92/2004 du 13 août 2004 consid. 3.2; 4C.177/2002 du 31 octobre 2002 consid. 2.1; Wyler/Heinzer, Droit du travail, 2014, p. 103).
S'il n'est pas possible d'établir le nombre exact d'heures effectuées, le juge peut, par application analogique de l'art. 42 al. 2 CO, en estimer la quotité (arrêt du Tribunal fédéral 4A_611/2012 du 19 février 2013 consid. 2.2). Si l'art. 42 al. 2 CO allège le fardeau de la preuve, il ne dispense pas le travailleur de fournir au juge, dans la mesure raisonnablement exigible, tous les éléments constituant des indices du nombre d'heures accomplies (ATF 133 III 462 consid. 4.4.2; ATF 122 III 219 consid. 3.a). La conclusion selon laquelle les heures supplémentaires ont été réellement effectuées dans la mesure alléguée doit s'imposer au juge avec une certaine force (ATF 132 III 379 consid. 3.1). Lorsque l'employeur n'a mis sur pied aucun système de contrôle des horaires et n'exige pas des travailleurs qu'ils établissent des décomptes, il est plus difficile d'apporter la preuve requise; l'employé qui, dans une telle situation, recourt aux témoignages pour établir son horaire effectif utilise un moyen de preuve adéquat (arrêts du Tribunal fédéral 4A_611/2012 du 19 février 2013 consid. 2.2; 4A_543/2011 du 17 octobre 2011 consid. 3.1.3). Les documents librement confectionnés par l'une des parties au procès sont toutefois sujets à caution et n'ont a priori pas plus de valeur probante que de simples allégations de cette partie (arrêts du Tribunal fédéral 4A_578/2011 du 12 janvier 2012 consid. 4; 5A_822/2008 du 2 mars 2009 consid. 6.1.2). Les relevés personnels du travailleurs ne suffisent pas, mais s'ils sont fournis quotidiennement ou mensuellement à l'employeur, ils constituent un moyen de preuve approprié, quand bien même ils n'auraient pas été contresignés par ce dernier (Wyler/Heinzer, op. cit., p. 103).
4.1.4 Le travailleur doit enfin déclarer dans un délai utile les heures supplémentaires effectuées sans que l'employeur ne le sache, de sorte que ce dernier puisse prendre des mesures organisationnelles pour empêcher un travail supplémentaire à l'avenir, ou qu'il puisse approuver les heures supplémentaires. L'employeur a en effet un intérêt évident à être informé de la nécessité d'effectuer des heures supplémentaires par rapport à la durée de travail initialement prévue afin de pouvoir, le cas échéant, prendre les mesures d'organisation nécessaires, ce dont le travailleur doit également être conscient. En conséquence, si l'employeur n'a pas connaissance de la nécessité d'effectuer des heures supplémentaires et si, compte tenu des circonstances, il n'avait pas non plus de raison de le savoir, on peut admettre que le fait d'accepter sans réserve le salaire habituel revient à renoncer à une indemnité pour les heures supplémentaires effectuées (ATF 129 III 171 consid. 2.2 et 2.3).
4.1.5 Le salaire ordinaire peut inclure, si les parties en conviennent par écrit, une rémunération forfaitaire des heures supplémentaires non compensées, de sorte que ces heures ne donneront droit à aucun paiement spécifique (ATF 124 III 469 consid. 3a; arrêt du Tribunal fédéral 4A_73/2011 du 2 mai 2011 consid. 4; Aubert, in Commentaire romand, CO I, 2012, n. 19 ad. art. 321c CO). L'accord doit toutefois être antérieur à l'accomplissement des heures supplémentaires (ATF 124 III 469 consid. 3.a). Le salaire doit par ailleurs être suffisamment élevé pour inclure la rémunération d'heures supplémentaires (Wyler/Heinzer, op. cit., p. 107; Dunand, Commentaire du contrat de travail, 2013, n. 44 ad art. 321c CO).
4.1.6 En présence d'un litige sur l'interprétation d'une clause contractuelle, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir (art. 18 al. 1 CO; ATF 140 III 86 consid. 4.1; 133 III 675 consid. 3.3). Pour ce faire, le juge prendra en compte non seulement la teneur des déclarations de volonté, mais aussi les circonstances antérieures, concomitantes et postérieures à la conclusion du contrat (ATF 140 III 86 consid. 4.1).
Lorsque la volonté réelle des parties ne peut être établie ou que leurs volontés intimes divergent, le juge doit interpréter les déclarations et comportements selon la théorie de la confiance; il doit alors rechercher comment une déclaration ou une attitude pouvait être comprise de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances (interprétation dite objective ; ATF 133 III 675 consid. 3.3; 131 III 606 consid. 4.1).
4.1.7 Le Tribunal établit sa conviction par une libre appréciation des preuves administrées (art. 157 CPC). Autrement dit, le juge apprécie librement la force probante de ces preuves en fonction des circonstances concrètes qui lui sont soumises, sans être lié par des règles légales et sans être obligé de suivre un schéma précis. Il n'y a pas de hiérarchie légale entre les moyens de preuves autorisés (ATF 133 I 33 consid. 2.1; arrêt du Tribunal fédéral 5A_113/2015 du 3 juillet 2015 consid. 3.2).
4.2.1 Il n'est pas contesté, à juste titre, que la convention d'exemption d'horaire est demeurée applicable durant le détachement de l'appelant à Genève. Il convient toutefois de déterminer si la rémunération additionnelle prévue par celle-ci était comprise dans la rémunération qu'il a perçue en Suisse et ce qu'elle couvrait.
En l'occurrence, le contrat de détachement n'indiquait pas explicitement que la rémunération additionnelle prévue par la convention d'exemption d'horaire était comprise dans la rémunération mensuelle de 12'100 fr., respectivement 12'160 fr. 50. Cela étant, il ressort de la procédure que cette rémunération était globale et comprenait toute les prestations que recevait l'appelant au Portugal, soit notamment l'indemnité pour horaire libre (témoins C______, J______, K______, L______, N______ et M______). Les témoins I______ et O______, qui ont tous deux été détachés à Genève, ont par ailleurs indiqué qu'il était clair pour eux que leur propre salaire global comprenait l'indemnité pour horaire libre. Ces conditions avaient été expliquées au témoin O______, qui avait succédé au poste de l'appelant à Genève, avant son arrivée en Suisse. Selon les déclarations du témoin K______, avec qui l'appelant avait négocié les conditions de son détachement, ce dernier était conscient que son salaire de 12'000 fr. comprenait l'exemption d'horaire. Bien que l'appelant soutienne le contraire, il apparaît surprenant, au vu des négociations qu'il a fermement menées au sujet des conditions de son détachement, qu'il n'ait pas abordé la question de l'indemnité pour horaire libre alors qu'il est décrit comme une personne intelligente et que la convention d'exemption d'horaire n'avait pas été résiliée. Il a en outre déclaré en audience qu'il ne contestait pas le montant de la rémunération qui lui avait été allouée pour l'exemption de l'horaire de travail journalier, bien qu'il ne connaissait pas la manière dont elle était calculée, admettant ainsi avoir perçu l'indemnité pour horaire libre. Contrairement à ce que soutient l'appelant, le fait que le témoin P______ soit d'avis que le salaire qu'il percevait en Suisse ne comprenait pas l'indemnité pour horaire libre n'est pas de nature à emporter conviction dans la mesure où cet avis est isolé, n'est corroboré par aucun élément de la procédure et émane de son avocat dans une procédure l'opposant à l'intimée au Portugal.
Au vu de ce qui précède, la rémunération relative à l'exemption d'horaire était comprise dans le salaire de 12'100 fr., respectivement 12'160 fr. 50 de l'appelant, de sorte que les heures supplémentaires éventuellement effectuées durant son horaire normal de travail ne pouvaient donner lieu à une rémunération supplémentaire.
Contrairement à ce qu'a retenu le Tribunal, cet horaire normal de travail s'étendait du lundi au vendredi et ne comprenait pas le samedi matin. En effet, des conditions particulières ont été mises en place pour le travail du samedi matin. Celui-ci faisait l'objet d'une rotation entre les collaborateurs de Genève, de sorte qu'ils ne travaillaient pas systématiquement à cette occasion. En outre, à teneur de la CCT, si un bureau était ouvert le samedi, le travail effectué ce jour-là donnait droit à un jour de compensation et était rémunéré de la même manière que les heures supplémentaires effectuées en semaine. Dans ces circonstances, le samedi matin ne pouvait pas être considéré comme une journée normale de travail de l'appelant, de sorte que le travail accompli ce jour-là n'était pas couvert par l'exemption d'horaire.
Par conséquent, les heures supplémentaires éventuellement effectuées du lundi au vendredi étaient couvertes par l'exemption d'horaire et leur rémunération était comprise dans le salaire de l'appelant. Aucune rémunération supplémentaire ne peut dès lors être allouée à ce titre.
4.2.2 L'exemption d'horaire n'affectant pas le droit au repos hebdomadaire et aux jours fériés selon la CCT, il convient d'examiner si l'appelant a effectué des heures supplémentaires durant ces périodes-là justifiant une rémunération.
En l'espèce, il ressort de l'instruction de la cause que l'appelant travaillait régulièrement les samedis matin et se rendait en outre à des évènements lors de week-ends et de jours fériés afin d'y représenter l'intimée. Cette dernière avait connaissance des horaires d'ouverture de son bureau de Genève et du fait que l'appelant y travaillait régulièrement le samedi matin. Cela ressort notamment du témoignage de C______. Elle était également consciente du fait qu'il se rendait à des manifestations afin de la représenter, dans la mesure où son supérieur hiérarchique avait participé à plusieurs manifestations avec lui le week-end et les jours fériés et qu'elle exigeait de lui qu'il soit présent en tous les cas à deux manifestations précises, à savoir Santa Negra et Mission catholique. Le témoin O______ a en outre déclaré que la banque s'attendait à ce que les collaborateurs du bureau genevois participent aux évènements de la communauté portugaise puisque c'était pour cette raison qu'il y avait un bureau à Genève. Dans ces conditions, une annonce des heures supplémentaires effectuées le week-end et les jours fériés n'était pas nécessaire pour en obtenir la rémunération.
La question tendant à savoir si l'appelant occupait une position dirigeante peut demeurer indécise, dans la mesure où la CCT prévoit que l'exemption d'horaire n'a pas d'incidence sur le droit au repos hebdomadaire et que le travail effectué durant les jours de repos et les jours fériés donne droit à rémunération, sans faire d'exception pour les employés occupant une position dirigeante. Par conséquent, quand bien-même l'appelant aurait occupé une position dirigeante, il doit être payé pour les heures travaillées durant le week-end et les jours fériés.
Demeure litigieuse la quotité des heures travaillées durant les week-ends et les jours fériés. L'appelant allègue avoir effectué 134 heures supplémentaires non rémunérées les week-ends et jours fériés en 2009, 197 en 2010, 205 en 2011, 263 en 2012 et 185 en 2013. A l'appui de ses allégations, il a produit des tableaux récapitulatifs des heures supplémentaires, qui ne distinguent pas les samedis matins du reste des week-ends et des jours fériés. Il n'est toutefois pas établi que ces tableaux aient été transmis à l'intimée. L'instruction a en outre permis d'établir qu'il n'y avait pas de contrôle des heures de travail dans le bureau de Genève. Bien que le témoin F______ ait déclaré que l'appelant envoyait une fois par semaine un courriel à la direction contenant un fichier "excel" relatif aux samedis, dimanches et jours fériés travaillés, son témoignage ne permet pas de déterminer précisément quel document était transmis, aucuns desdits courriels n'ayant été produits. Ce témoignage, qui n'est corroboré par aucun élément du dossier, est par ailleurs sujet à caution dès lors que le témoin F______ a été licencié par l'intimée.
Il ressort toutefois des témoignages que l'appelant se rendait à des évènements de représentation environ une fois par mois les samedis, dimanches ou les jours fériés (témoins I______ et J______). Il travaillait en outre régulièrement le samedi matin, presque tous selon le témoin F______ et environ deux samedi par mois selon le témoin I______, l'appelant passant simplement voir si tout se passait bien les autres samedis. Ce dernier se rendait également régulièrement au Portugal le week-end pour visiter sa famille. Sur cette base, il peut être estimé, par application analogique de l'art. 42 al. 2 CO, que l'appelant effectuait 15 heures supplémentaires par mois le week-end et les jours fériés jusqu'au 31 décembre 2010, à savoir 4 heures le samedi matin deux fois par mois, soit 8 heures par mois, et 7 heures une fois par mois - correspondant à une journée de travail selon la CCT - lors d'évènements organisés par la communauté portugaise. A compter de janvier 2011, il n'effectuait plus que 13 heures supplémentaires par mois, dont 6 heures le samedi, dans la mesure où le bureau de Genève n'était ouvert plus que trois heures le samedi matin.
En 2009, les heures supplémentaires effectuées par l'appelant le week-end et les jours fériés peuvent ainsi être estimées à 90 heures (15 heures x 6 mois), dont 48 heures le samedi matin (8 heures x 6 mois). En 2010, elles peuvent être estimées à 180 heures (15 heures x 12 mois), dont 96 heures le samedi matin (8 heures x 12 mois). En 2011 et 2012, elles peuvent être estimées à 156 heures par année (13 heures x 12 mois), dont 72 le samedi matin (6 heures x 12 mois). En 2013, l'appelant était en arrêt "maladie" dès le mois de février. Il ressort toutefois des témoignages qu'il a travaillé jusqu'à fin mai, de sorte que le nombre d'heures supplémentaires effectuées cette année-là peut être estimé à 65 heures (13 heures x 5 mois), dont 30 heures le samedi matin (6 heures x 5 mois).
Afin de calculer la rémunération des heures supplémentaires, il convient tout d'abord de déterminer la rémunération horaire de l'appelant. Celle-ci se calcule selon la formule suivante: Rm x 12 : 52 x n, Rm étant la valeur de la rémunération mensuelle effective et n la durée normale du travail hebdomadaire (art. 96 ch. 1 CCT). La rémunération mensuelle effective correspond au revenu mensuel brut (art. 93 ch. 1 let. c CCT), comprenant le salaire de base, l'ancienneté, les subventions des fonctions prévues dans la CCT et toute autre prestation versée mensuellement et sur une base continue par exigence de la loi ou de la CCT (art. 93 ch. 2 CCT). La rémunération mensuelle effective était ainsi de 12'100 fr. jusqu'en août 2010, puis de 12'160 fr. 50. Comme examiné ci-dessus, cette rémunération était globale et comprenait toutes les prestations que recevait l'appelant au Portugal, y compris la prime d'ancienneté, tel que l'a retenu le Tribunal. Ce point n'a d'ailleurs fait l'objet d'aucun appel, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'ajouter la prime d'ancienneté à la rémunération pour calculer le salaire horaire, contrairement à ce que soutient l'appelant. La rémunération horaire de l'appelant était ainsi de 79 fr. 80 jusqu'en août 2010 ([12'100 fr. x 12] ÷ [52 x 35]), puis de 80 fr. 20 ([12'160 fr. 50 x 12] ÷ [52 x 35]).
La rémunération du travail effectué le samedi matin se calcule selon l'art. 98 ch. 1 CCT conformément à l'art. 63 ch. 1 let. a CCT. Jusqu'en août 2010, la rémunération de la première heure s'élevait à 119 fr. 70 (79 fr. 80 x 150 %) et celle des suivantes à 139 fr. 65 (79 fr. 80 x 175 %). Dès septembre 2010, la rémunération de la première heure s'élevait à 120 fr. 30 (80 fr. 20 x 150 %) et celle des suivantes à 140 fr. 35 (80 fr. 20 x 175). L'appelant ayant travaillé deux samedis matin par mois, la rémunération y relative est ainsi de 6'463 fr. 80 en 2009 (6 mois x {[2 heures x 119 fr. 70] + [6 heures x 139 fr. 65]}), 12'949 fr. 20 en 2010 (8 mois x {[2 heures x 119 fr. 70] + [6 heures x 139 fr. 65]} + 4 mois x {[2 heures x 120 fr. 30] + [6 heures x 140 fr. 35]}), 9'624 fr. en 2011 (12 mois x {[2 heures x 120 fr. 30] + [4 heures x 140 fr. 35]}) et 5'614 fr. jusqu'au 31 juillet 2012 (7 mois x {[2 heures x 120 fr. 30] + [4 heures x 140 fr. 35]}).
S'agissant des heures effectuées lors d'évènements organisés par la communauté portugaise, leur rémunération se calcule selon le ch. 3 de l'art. 98 CCT uniquement, à l'exclusion du ch. 4, dans la mesure où il n'est pas établi que l'appelant aurait effectué plus de sept heures supplémentaires par jour. L'appelant ayant travaillé 7 heures par mois lors d'évènements ayant eu lieu les week-ends et les jours fériés, la rémunération y relative s'élève ainsi à 6'703 fr. 20 en 2009 (2 x 79 fr. 80 x 42 heures), 13'428 fr. 80 en 2010 ([2 x 79 fr. 80 x 56 heures] + [ 2 x 80 fr. 20 x 28 heures]), 13'473 fr. 60 en 2011 (2 x 80 fr. 20 x 84 heures) et 7'859 fr. 60 jusqu'au 31 juillet 2012 (2 x 80 fr. 20 x 49 heures).
La CCT ayant été suspendu dès le 1er août 2012, il convient d'appliquer le droit suisse pour les heures supplémentaires effectuées à compter de cette date. Celles-ci sont majorées de 25% à teneur de l'art. 321c al. 3 CO. Le salaire horaire à prendre en considération selon le droit suisse est donc de 100 fr. 30 ([12'160 fr. 50 / 4.33 semaines / 35 heures hebdomadaires] x 125 %). Par conséquent, la rémunération des heures supplémentaires accomplies entre le 1er août 2012 et le 31 décembre 2012 s'élève à 6'519 fr. 50 (5 mois x [100 fr. 30 x 13 heures]). Celle pour les heures accomplies en 2013 est de 6'519 fr. 50 (5 mois x [100 fr. 30 x 13 heures]), l'appelant ayant travaillé jusqu'à fin mai 2013.
En définitive, l'intimée sera condamnée à verser à l'appelant, à titre de rémunération des heures supplémentaires effectuées le week-end et les jours fériés entre 2009 et 2013, les sommes de 13'167 fr. (6'463 fr. 80 + 6'703 fr. 20) plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2010, 26'378 fr. (12'949 fr. 20 + 13'428 fr. 80) plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2011, 23'097 fr. 60 (9'624 fr. + 13'473 fr. 60) plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2012, 19'993 fr. 10 (5'614 fr. + 7'859 fr. 60 + 6'519 fr. 50) plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2013, et 6'519 fr. 50 plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2014, étant précisé que le dies a quo des intérêts moratoires n'est pas contesté en appel.
Le jugement entrepris sera modifié en ce sens.
5.1 Selon l'art. 322 al. 1 CO, l'employeur paie au travailleur le salaire convenu, usuel ou fixé par un contrat-type de travail ou par une convention collective.
A teneur de l'art. 357 al. 1 CO, les clauses normatives de la convention collective de travail – dont notamment celles relatives au salaire (ATF 139 III 60 consid. 5.1) – ont, pour la durée de la convention, un effet direct et impératif envers les employeurs et travailleurs qu'elles lient. L'al. 2 précise qu'en tant qu'ils dérogent à des clauses impératives, les accords entre employeurs et travailleurs liés par la convention sont nuls et remplacés par ces clauses; toutefois, les dérogations stipulées en faveur des travailleurs sont valables.
L'art. 104 ch. 1 CCT prévoit qu'à tous les travailleurs, il est attribué, par jour de travail effectivement exécuté, des frais de repas égales à 0.91% du niveau 6, à payer mensuellement.
5.2 En l'espèce et comme examiné ci-dessus, la rémunération de 12'100 fr., respectivement 12'160 fr. 50, était globale et comprenait toutes les indemnités que percevait l'appelant au Portugal, soit notamment l'indemnité repas. Plusieurs témoins l'ont par ailleurs confirmé expressément, soit notamment les témoins C______ J______, N______ et L______. Le fait que le témoin P______ ait émis un avis contraire n'est pas pertinent, pour les motifs précédemment exposés. Par conséquent, c'est à bon droit que le Tribunal a débouté l'appelant de ses conclusions à cet égard.
Le jugement entrepris sera dès lors confirmé sur ce point.
Contrairement à ce que soutient l'appelant, le dispositif du jugement inclut le montant relatif au quatorzième salaire. Le chiffre 6 du dispositif du jugement regroupe en effet les montants retenus par le Tribunal au titre d'heures supplémentaires pour 2013 (7'543 fr. 40), d'indemnité pour jours de vacances non pris en nature (20'686 fr. 70) et de quatorzième salaire au pro rata temporis (1'534 fr. 40).
Cela étant, afin d'éviter toute confusion, l'intimée sera distinctement condamnée à payer à l'appelant la somme de 1'534 fr. 40, avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2014, au titre de quatorzième salaire.
Le jugement querellé sera ainsi modifié sur ce point.
7.1 Selon l'art. 329a al. 1 CO, l'employeur accorde au travailleur, chaque année de service, quatre semaines de vacances au moins et cinq semaines au moins aux travailleurs jusqu'à l'âge de 20 ans révolus. Les vacances sont fixées proportionnellement à la durée des rapports de travail lorsque l'année de service n'est pas complète (al. 3).
L'art. 329d al. 1 CO prévoit que l'employeur verse au travailleur le salaire total afférent aux vacances et une indemnité équitable en compensation du salaire en nature. A teneur de l'art. 329d al. 2 CO, tant que durent les rapports de travail, les vacances ne peuvent pas être remplacées par des prestations en argent ou d'autres avantages. A contrario, cela signifie que lorsque les vacances n'ont pas encore été prises à la fin des rapports contractuels, elles doivent être indemnisées en argent, ladite indemnité étant immédiatement exigible à la fin du contrat de travail (art. 339 al. 1 CO).
Il incombe à l'employeur, en tant que débiteur du droit aux vacances, de prouver qu'il s'est acquitté de son obligation, c'est-à-dire qu'il a accordé effectivement au travailleur le temps libre rémunéré qui lui était dû (arrêt du Tribunal fédéral 4A_419/2011 du 23 novembre 2011 consid. 5.2).
Le travailleur ne doit pas être traité différemment, du point de vue salarial, lorsqu'il est en vacances que s'il travaillait. Pour la période de vacances dues, le travailleur doit recevoir autant que ce qu'il aurait obtenu s'il avait travaillé pendant cette période (ATF 136 III 283 consid. 2.3.5; arrêt du Tribunal fédéral 4A_463/2010 du 30 novembre 2010 consid. 3.1).
Afin de calculer le salaire afférent aux vacances annuelles, le taux habituellement retenu est de 10.64 % du salaire annuel brut pour cinq semaines de vacances, lorsque le travailleur n'a pas pu bénéficier de ses vacances durant la période de référence (Cerottini, Commentaire du contrat de travail, 2013, n. 7 ad art. 329d COM Wyler, op. cit., p. 400; Aubert, in Commentaire romand, CO I, 2012, n. 5 ad art. 329a CO et n. 5 ad art. 329d CO; Favre/Munoz/Tobler, Le contrat de travail, Code annoté, 2010, n. 1.2 ad art. 329d CO).
Selon l'art. 69 ch. 1 CCT, les vacances annuelles se montent à 25 jours ouvrables.
Le droit aux vacances s'acquière en vertu du travail effectué au cours de chaque année civile et prend fin le premier janvier de l'année civile suivante (art. 69 ch. 4 CCT).
L'art. 71 ch. 1 CCT prévoit qu'au cours de l'année de la suspension du contrat de travail due à un empêchement prolongé concernant le travailleur, s'il y est dans l'impossibilité totale ou partielle de jouir des jours de vacances écoulés, le salarié a droit à une rémunération pour la période de congés non pris et à l'indemnité qui lui est liée. Selon l'art. 102 al. 2 CCT, pour chaque jour de vacances auquel le salarié a droit, il percevra 1/25 du salaire mensuel effectif à titre d'indemnité de vacances.
7.2 En l'espèce, il n'est pas contesté que l'appelant dispose d'un solde de 9 jours de vacances non prises en nature en 2011 et de 25 jours en 2012, soit un total de 34 jours. S'agissant de l'année 2013, l'intimée soutient que l'appelant n'aurait pas de droit aux vacances, dans la mesure où il ne travaillait plus au 1er janvier 2014 et où, selon la CCT et le droit portugais, les vacances ne seraient dues que le 1er janvier de l'année civile suivant une année travaillée. Or, le droit suisse est applicable au présent litige, à l'exclusion du droit portugais, et la CCT trouve uniquement application pour autant qu'elle soit plus favorable à l'employé que le droit suisse (art. 2 ch. 3 CCT). Dès lors que le droit suisse relatif au droit aux vacances est plus favorable, il est seul applicable à cet égard, de sorte que l'appelant a droit aux jours de vacances non pris en nature en 2013. L'intimée, qui supporte le fardeau de la preuve, n'a pas démontré que l'appelant aurait pris tous ses jours de vacances pour 2013. Par conséquent, la Cour retiendra, à l'instar du Tribunal, que l'appelant dispose d'un solde de 3 jours de vacances pour 2013, étant précisé que l'appelant n'a pas contesté ce montant, portant son solde total de vacances non prises en nature à 37 jours.
Dans la mesure où ce solde se rapporte aux vacances auxquelles l'appelant avait droit durant son détachement à Genève, seul son salaire suisse est déterminant pour calculer l'indemnité y relative. C'est dès lors à tort que l'intimée lui a versé une indemnité au Portugal selon son salaire portugais.
Durant les périodes concernées, l'appelant percevait un salaire mensuel brut de 12'160 fr. 50 versé quatorze fois l'an, soit 170'247 fr. par an (12'160 fr. 50 x 14 mois). Son indemnité de vacances s'élève ainsi à 18'114 fr. 30 (10.64% x 170'247 fr.) pour cinq semaines de vacances, soit 724 fr. 55 par jour de vacances (18'114 fr. 30 ÷ 25 jours). L'appelant ayant un solde de 37 jours de vacances non prises en nature, il aurait droit à une indemnité de 26'808 fr. 35 (724 fr. 55 x 37 jours). Ne pouvant statuer ultra petita, la Cour ne peut allouer un montant supérieur aux conclusions de l'appelant. L'intimée sera par conséquent condamnée à payer 18'055 fr. à l'appelant à titre d'indemnité de vacances, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2014, étant précisé que le dies a quo des intérêts n'est pas contesté. Il n'y a pas lieu de déduire de ce montant la somme versée par l'intimée à l'appelant au Portugal, dans la mesure où les cotisations sociales ne sont pas les mêmes qu'en Suisse et où l'intégralité de ce montant doit être versé en Suisse, de même que les charges sociales qui s'y rapportent.
Le jugement entrepris sera ainsi modifié en ce sens.
En l'espèce, l'issue du litige ne commande pas de revoir les frais judiciaires de première instance, dont le montant et la répartition n'ont par ailleurs pas été remis en cause en appel.
8.2 Les frais judiciaires d'appel et d'appel joint seront arrêtés à 3'000 fr., (art. 19 al. 3 let. c LaCC et art. 71 RTFMC) et compensés par l'avance de même montant versée par l'appelant, qui reste acquise à l'Etat de Genève (art. 111 al. 1 CPC). Ils seront mis à la charge de l'appelant à raison d'un tiers et de l'intimée à raison de deux tiers (art. 106 al. 2 CPC), cette dernière succombant dans une large mesure (tant sur la rémunération des heures supplémentaires effectuées les week-ends et jours fériés que sur l'indemnité de vacances) et l'appelant succombant que partiellement (rémunération des heures supplémentaires effectuées en semaines et indemnité repas). L'intimée sera en conséquence condamnée à verser 2'000 fr. à l'appelant (art. 111 al. 2 CPC).
Il n'est pas alloué de dépens d'appel ni d'indemnité pour la représentation en justice dans les causes soumises à la juridiction des prud'hommes (art. 22 al. 2 LaCC).
PAR CES MOTIFS, La Chambre des prud'hommes, groupe 4 :
A la forme :
Déclare recevable l'appel interjeté le 12 septembre 2016 par A______ contre le jugement JTPH/273/2016 rendu le 13 juillet 2016 par le Tribunal des prud'hommes dans la cause C/24719/2013.
Déclare recevable l'appel joint formé le 3 novembre 2016 par B______ SA contre ce même jugement.
Au fond :
Annule les chiffres 2 à 6 du dispositif du jugement entrepris et, statuant à nouveau sur ces points:
Condamne B______ SA à verser à A______ la somme brute de 13'167 fr., plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2010.
Condamne B______ SA à verser à A______ la somme brute de 26'378 fr., plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2011.
Condamne B______ SA à verser à A______ la somme brute de 23'097 fr. 60, plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2012.
Condamne B______ SA à verser à A______ la somme brute de 19'993 fr. 10, plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2013.
Condamne B______ SA à verser à A______ la somme brute de 6'519 fr. 50 plus intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er janvier 2014.
Condamne B______ SA à verser à A______ la somme brute de 1'534 fr. 40, avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2014
Condamne B______ SA à verser à A______ la somme brute de 18'055 fr., avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2014
Confirme le jugement querellé pour le surplus.
Déboute les parties de toutes autres conclusions.
Sur les frais :
Arrête les frais judiciaires à 3'000 fr. et les compense avec l'avance de frais fournie par A______, laquelle reste acquise à l'Etat de Genève.
Les met à la charge de B______ SA à raison de deux tiers et de A______ à raison d'un tiers.
Condamne en conséquence B______ SA à verser à A______ 2'000 fr. à ce titre.
Dit qu'il n'est pas alloué de dépens.
Siégeant :
Madame Nathalie LANDRY-BARTHE, présidente; Monsieur Olivier GROMETTO, juge employeur; Madame Christine PFUND, juge salariée; Madame Véronique BULUNDWE-LEVY, greffière.
Indication des voies de recours et valeur litigieuse :
Conformément aux art. 72 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification avec expédition complète (art. 100 al. 1 LTF) par-devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière civile.
Le recours doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14.
Valeur litigieuse des conclusions pécuniaires au sens de la LTF supérieure ou égale à 15'000.- fr.