POUVOIR JUDICIAIRE
A/42/2025-ICCIFD ATA/138/2026
COUR DE JUSTICE
Chambre administrative
Arrêt du 3 février 2026
4ème section
dans la cause
ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE recourante
contre
A______ et B______ représentés par Me Louise BONADIO, avocate
ADMINISTRATION FÉDÉRALE DES CONTRIBUTIONS intimés
Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 2 juin 2025 (JTAPI/593/2025)
EN FAIT
A. a. Le litige concerne l’impôt fédéral direct (ci-après : IFD) et l’impôt cantonal et communal (ci-après : ICC) des époux A______ et B______ (ci-après : les contribuables) pour la période fiscale 2020.
B. a. B______ est médecin. Pendant plusieurs années, il a exercé sa profession à son compte sous la raison individuelle « B______ » non inscrite au registre du commerce (ci-après : RC).
b. Dans le courant de l’année 2020, il a fondé C______ SA, inscrite au RC le 7 juillet 2020. La société a repris les actifs et les passifs de la raison individuelle selon bilan au 31 décembre 2019. Le contribuable en est l’actionnaire unique.
C. a. Dans sa déclaration fiscale 2020, le contribuable a déclaré des revenus bruts de CHF 250'000.- relatifs à son activité de salarié de la société. Il a notamment fait valoir une déduction de CHF 58'642.- au titre de cotisations à la prévoyance professionnelle. Il n’a déclaré aucune activité indépendante.
b. Le 21 septembre 2022, l’administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE), constatant que les cotisations de prévoyance correspondaient à 23.46% de ses revenus bruts, a demandé au contribuable de lui transmettre le contrat de prévoyance indiquant le montant de cotisations à verser concernant « la part employé » auprès du 2e pilier de la société.
c. Dans sa réponse du 24 octobre 2022, le contribuable a rappelé qu’il avait cessé d’exploiter son cabinet médical sous forme de raison individuelle au 31 décembre 2019 et commencé à l’exploiter sous la forme d’une société anonyme (ci‑après : SA) dès le 1er janvier 2020. Cette dernière avait été inscrite au RC à la suite de la clôture des comptes et de l’établissement du rapport de révision. La raison individuelle avait été affiliée auprès d’une fondation de prévoyance sous le n° d’entreprise 30'256. La société était affiliée à la même fondation sous le n° d’entreprise 90'585. Dès lors que, comme l’indiquaient les attestations jointes, pour l’année 2020 des cotisations de CHF 48'055.- avaient été versées dans le cadre de son activité indépendante et de CHF 69'229.80 dans le cadre de son activité pour la société (soit CHF 34'615.20 à charge de l’employeur et CHF 34'614.60 à sa charge), les cotisations à sa charge avaient été calculées de la manière suivante :
Cotisations 2020 contrat n° 30'256 CHF 48'055.-
Cotisations 2020 contrat n° 90'585 CHF 69'229.80
Total CHF 117'284.80
Cotisations à charge de l’employé 50% CHF 58'642.40
Cotisations à charge de l’employeur 50% CHF 58'642.40
d. Le 27 octobre 2022, l’AFC-GE a sollicité notamment les informations suivantes :
la date de la radiation auprès de l’assurance-vieillesse et survivants (ci‑après : AVS) de sa qualité de cotisant indépendant ;
les raisons pour lesquelles une cotisation 2020, à titre d’indépendant, avait été effectuée pour un montant de CHF 48'055.-, l’activité indépendante s’étant terminée au 31 décembre 2019 ;
dans l’hypothèse où l’activité indépendante se serait poursuivie jusqu’au 7 juillet 2020, la date effective de l’inscription de la restructuration au RC, ainsi que la comptabilité jusqu’à cette date.
e. Le 29 novembre 2022, le contribuable a expliqué que la transformation de la raison individuelle en SA par reprise de biens de manière rétroactive était une opération prévue par le droit suisse. Comme l’apport en nature s’effectuait sur la base de comptes clos et révisés datant de moins de six mois, il existait souvent un flou entre la clôture comptable de la raison individuelle et la création de la nouvelle société. La reprise des biens intervenait à titre rétroactif au jour suivant la date de clôture.
Pièces à l’appui, il a également exposé avoir adressé un courrier à la caisse interprofessionnelle AVS de la Fédération des entreprise romandes (ci‑après : caisse AVS) pour lui indiquer qu’il n’avait plus d’activité indépendante en 2020. Ladite caisse avait ramené les cotisations sociales versées de CHF 22'001.- à 0.- comme en attestait un courrier de ladite caisse du 20 janvier 2021. Par ailleurs, la société n’étant inscrite au RC qu’à partir du 7 juillet 2020, il n’était pas possible de souscrire de contrat de prévoyance professionnelle avant cette date. Pour les employés de la raison individuelle, il avait conservé l’ancien contrat portant le n° 30'256 jusqu’au 31 juillet 2020. Un courrier de la fondation de prévoyance du 9 mars 2021 confirmait l’affiliation de la société en date du 1er août 2020 et la résiliation de l’affiliation de la raison individuelle au 31 juillet 2020.
f. Le 22 mars 2023, l’AFC-GE a taxé les contribuables. Elle a retenu un salaire brut du contribuable de CHF 250'000.- et, au titre des cotisations de prévoyance au 2e pilier de celui-ci, un montant déductible de CHF 34'615.- en lieu et place des CHF 58'642.- déclarés. Elle a indiqué que le contribuable n’était plus indépendant depuis le 31 décembre 2019. Le contrat de prévoyance n° 30'256 devait être annulé et cas échéant remboursé en présence d’une éventuelle sur-assurance. Dans tous les cas, seules les cotisations en tant que salariés pouvaient être déduites.
g. Le 27 avril 2023, les contribuables ont formé opposition.
B______ avait déjà détaillé tant les modalités de calcul que l’opération de transformation qui avaient mené à l’augmentation de ses cotisations de prévoyance au 2e pilier. Les primes et cotisations versées à des institutions de la prévoyance professionnelle devaient être déduites du revenu total imposable afin de déterminer le revenu net IFD et ICC. Dès lors qu’il avait bien versé des cotisations à une institution de prévoyance professionnelle, elles devaient être prises en considération en totalité, soit CHF 58'642.-.
h. Le 28 novembre 2024, l’AFC-GE a rectifié la taxation sur un point qui n’est aujourd’hui plus litigieux. Elle a maintenu la taxation s’agissant des cotisations de prévoyance au 2e pilier et donc un montant déductible à ce titre de CHF 34'615.-.
Dans le cas où la transformation d’une entreprise de personnes en une personne morale se faisait avec effet rétroactif, l’assujettissement, la période fiscale et la période de calcul débutaient à la date de reprise convenue. Par conséquent, l’activité lucrative indépendante cessait à ce moment-là. Sur la base des informations et documents remis, les actifs et passifs de l’activité indépendante du contribuable avaient été transférés dans la société rétroactivement au 1er janvier 2020, selon bilan au 31 décembre 2019. De fait, son activité indépendante avait définitivement cessé à cette date. En outre, l’exercice comptable de la société s’étendait du 1er janvier au 31 décembre 2020 selon la comptabilité remise. Partant, c’était à juste titre que fiscalement seules les cotisations liées à son statut d’employé avaient été admises en déduction pour l’année 2020.
D. a. Le 6 janvier 2025, les contribuables ont recouru auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI) contre cette décision. Ils ont conclu à son annulation et à l’admission d’un montant complémentaire de CHF 24'027.- de déduction au titre de cotisations au 2e pilier versées par le contribuable (CHF 58'642.- déclarés moins CHF 34'615.- retenus par l’AFC-GE).
Ils ont soulevé les griefs de constatation lacunaire des faits pertinents, de violation des normes sur la déductibilité des cotisations sociales et de violation du principe de la capacité contributive. Les cotisations non admises en déduction n’étaient pas liées à son statut d’indépendant, mais à une situation transitoire liée à un transfert d’actifs et de passifs rétroactif. Le droit fiscal devait suivre le droit civil, à savoir la reprise à titre rétroactif. Les cotisations payées jusqu’à la date du transfert de patrimoine devaient ainsi être considérées comme déductibles, tous autant que celles postérieures à la date de transfert de patrimoine.
b. L’AFC-GE a conclu au rejet du recours.
Du point de vue fiscal, le contribuable avait commencé à exercer une activité lucrative dépendante le 1er janvier 2020. Seules les cotisations de prévoyance professionnelle liées à cette activité étaient dès lors déductibles. En outre, son employeur avait établi un certificat de salaire le concernant et portant sur toute l’année 2020.
Du fait que la caisse AVS avait annulé de manière rétroactive l’affiliation du contribuable à titre indépendant en 2020, les conditions pour une affiliation à la caisse de prévoyance en tant qu’indépendant n’étaient plus remplies. Comme cela lui avait déjà été suggéré, le contribuable pouvait exiger le remboursement des cotisations versées au titre de la prévoyance professionnelle.
c. Le 2 juin 2025, le TAPI a partiellement admis le recours et renvoyé le dossier à l’AFC-GE pour nouvelles décisions.
Le contribuable n'avait, durant l'année 2020, réalisé aucun revenu d'une activité indépendante soumis aux cotisations AVS. À rigueur de texte, les cotisations qu'il avait versées à ce titre à son institution de prévoyance en qualité d'indépendant ne devraient pas être admises en déduction.
Dans un arrêt cité par l'AFC-GE, le Tribunal fédéral avait constaté qu'il existait une divergence entre le droit fiscal et celui des assurances sociales en cas de transformation rétroactive d'une société de personnes en personne morale, parce que cette dernière ne pouvait s'affilier comme employeur qu'à partir du moment où elle avait été constituée et inscrite au RC. La rétroactivité n'était ainsi pas reconnue même si, en pratique, certaines institutions semblaient se rallier à la pratique des autorités fiscales (arrêt du Tribunal fédéral 2C_522/2018 du 15 avril 2020). Dans ce même arrêt, et se référant à la circulaire N°18 de l'AFC du 17 juillet 2008 relative à l'imposition des cotisations et prestations du pilier 3a, le Tribunal fédéral avait admis que le contribuable puisse faire valoir la « grande » déduction de cotisations à la prévoyance individuelle liée (pilier 3a) jusqu'au moment où il avait commencé à cotiser à l'AVS en tant que salarié. Il ressortait des pièces versées à la procédure que, en 2019, le contribuable avait versé en qualité d'indépendant des cotisations à la prévoyance professionnelle s'élevant annuellement à CHF 82'380.-. Le montant de CHF 48'055.- figurant sur l'attestation remise pour ses cotisations en qualité d'indépendant pour l'année 2020 correspondait exactement à sept mois de cotisations. Par ailleurs, il ressortait de la fiche d'assurance produite par l’intéressé le 24 octobre 2022, que sa société l'avait affilié à la prévoyance professionnelle à partir du 1er août 2020. Les cotisations annuelles à charge du salarié de CHF 34'614.60 s'élevaient dès lors pour cinq mois à CHF 14'422.75. Aucune pièce versée à la procédure, en particulier des factures de cotisations, ne démontrait le contraire. Dans la mesure où le contribuable ne demandait que la déduction de la moitié des cotisations qu'il avait versées en qualité d'indépendant, soit CHF 24'027.50, le montant total de cotisations à la prévoyance professionnelle qui devait être admis en déduction s'élevait à CHF 38'450.25.
E. a. Le 7 juillet 2025, l’AFC-GE a recouru contre ce jugement auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative). Elle a conclu à l’annulation du jugement du TAPI et à la confirmation de sa décision sur réclamation.
a.a. Le jugement du TAPI était erroné dans son état de fait dès lors qu’il y était retenu que les cotisations LPP du contribuable en qualité d’indépendant en 2020 s’étaient élevées à CHF 82'380.- alors que, à teneur du certificat de prévoyance 2020, ce montant était de CHF 48'055.-. Le TAPI avait en outre laissé entendre à tort, à deux reprises, que le contribuable avait payé lui-même ses cotisations de prévoyance liées à son affiliation facultative à titre d’indépendant. Il ressortait ainsi du jugement que « les cotisations qu’il a versées à ce titre à son institution de prévoyance en qualité d’indépendant » (consid. 5) et « Dans la mesure où le recourant ne demande que la déduction de la moitié de cotisations qu’il a versées en qualité d’indépendant » (consid. 7). Or, selon la comptabilité de la société, c’était elle qui avait procédé au paiement des cotisations à titre d’indépendant en faveur de l’institution de prévoyance, à tout le moins pour un montant de CHF 53'193.60 débité du compte de la société, et non pas le contribuable.
a.b. Le jugement retenait dans un premier temps que, à rigueur de texte, les cotisations de prévoyance professionnelle versées à titre d’indépendant ne devraient pas être admises en déduction avant de conclure, de manière contradictoire, que des cotisations de CHF 24'027.50 devaient tout de même l’être. Il ressortait des pièces du dossier que le contribuable n’avait pas lui-même payé ses cotisations LPP à titre d’indépendant. Pour ce motif déjà, le jugement avait à tort retenu que ces cotisations devaient être déduites. En outre, le versement de contributions déductibles était subordonné au paiement de cotisations AVS. Or, la caisse AVS avait annulé l’affiliation du contribuable à titre indépendant avec effet rétroactif au 1er janvier 2020, de sorte que depuis lors le maintien des cotisations du 2e pilier, a fortiori leur déductibilité, n’était pas fondé. En admettant la déductibilité des cotisations LPP à titre d’indépendant en l’absence d’affiliation à l’AVS, le TAPI avait enfreint la loi.
a.c. Le TAPI s’était fondé sur un arrêt du Tribunal fédéral qui avait trait à la déductibilité d’une prestation du pilier 3a, dans le contexte d’une transformation rétroactive d’une société de personnes en personne morale. Cet arrêt ne permettait toutefois pas de trancher par analogie le cas d’espèce, comme semblait l’avoir fait le TAPI, sans motiver en quoi cet arrêt lui avait permis de trancher le litige. Cet arrêt avait pour utilité d’expliciter les divergences qui pouvaient exister dans le cas de la transformation rétroactive d’une société de personnes en personne morale, en soulignant l’opposition entre les pratiques fiscales et celles des assurances sociales. En effet, selon cet arrêt, en cas de transformation d’une société de personnes en une SA effectuée avec effet rétroactif sur le plan fiscal, le rattachement au statut AVS pouvait conduire à des divergences entre le statut fiscal et le statut en droit des assurances sociales. En droit fiscal, afin d’éviter des clôtures intermédiaires, une reprise rétroactive des actifs et des passifs à la dernière date de clôture ordinaire du bilan et non la date d’inscription au RC était visée. Du point du droit de l’AVS, aucune transformation rétroactive n’était en revanche possible. Les associés en nom collectif, par exemple, continuaient d’être considérés comme des indépendants jusqu’à la date de leur inscription au RC en tant que SA. Cette jurisprudence soulignait, sans le remettre en cause, que les autorités des assurances sociales se basaient régulièrement sur la pratique des autorités fiscales concernant la transformation rétroactive de sociétés de personnes en personnes morales et autorisaient le passage d’une activité lucrative indépendante à une activité dépendante déjà au moment de l’effet rétroactif de la restructuration. En l’espèce, elle avait à juste titre appliqué l’approche fiscale. La caisse AVS avait procédé de la même manière et le contribuable aussi en partie. En effet, ce dernier n’avait pas déclaré d’activité indépendante en 2020 et sa société lui avait délivré un certificat de salaire portant sur toute l’année. Dans ces circonstances, c’était à bon droit qu’elle avait considéré le contribuable comme un salarié sur toute l’année 2020 et qu’elle avait admis une déduction de prévoyance professionnelle à hauteur de CHF 34'615.-.
a.d. Enfin, de manière surprenante, le TAPI avait retenu que « dans la mesure où le recourant ne demand[ait] que la déduction de la moitié des cotisations qu’il a[vait] versées en qualité d’indépendant », il y avait lieu de les admettre en déduction. Or, le fait de réclamer des prétentions peu importantes ne constituait en aucun cas une condition pour légitimer leur déductibilité, étant rappelé pour le surplus le caractère exceptionnel des déductions générales, telles les cotisations de prévoyance professionnelle qui commandait, selon la jurisprudence, de les interpréter de manière restrictive.
b. Le 7 août 2025, l’administration fédérale des contributions (ci-après : AFC-CH) a conclu à l’admission du recours.
L’affiliation à l’AVS constituait un prérequis indispensable à l’octroi des déductions selon la loi fédérale sur l’impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD - RS 642.11). Ainsi, dès lors que le contribuable n’avait pas été soumis aux cotisations AVS sur un revenu provenant de l’exercice d’une profession libérale durant la période litigieuse, seule la déduction des cotisations de prévoyance professionnelle acquittées à titre de salarié, soit CHF 34'614.60, s’avérait justifiée dans le cas d’espèce. Cette manière de procéder était cohérente avec la transformation fiscale rétroactive de la raison individuelle de l’intimé en SA et le fait qu’il ne s’était pas acquitté des cotisations litigieuses.
c. Le 8 août 2025, les contribuables ont conclu à l’annulation du jugement du TAPI. Il devait être réformé, tant en ICC qu’en IFD, en ce sens, d’une part, qu’un montant complémentaire de CHF 20'191.75 devait être admis en déduction au titre de cotisations au 2e pilier (CHF 58'642.- déclaré moins les CHF 34'615.- retenus en taxation et en décision sur réclamation et les CHF 3'835.25 complémentaires acceptés par le TAPI) et, d’autre part, que devaient être admis des revenus imposables ICC de CHF 89'880.- et non de CHF 113'907.- ainsi que des revenus imposables IFD de CHF 134'773.- et non de CHF 158'800.-.
La transformation d’une raison individuelle en SA par reprise de biens de manière rétroactive était une opération juridique prévue notamment par la loi fédérale du 30 mars 1911, complétant le Code civil suisse (CO, Code des obligations - RS 220). L’apport en nature se faisait par la force des choses à titre rétroactif. Tous les engagements, dont les contrats de travail, étaient repris par la SA comme en l’espèce. Les cotisations sociales payées par la raison individuelle étaient également, à titre rétroactif, reprises par la SA. Les cotisations versées en tant qu’employeur à l’institution de prévoyance pour les employés étaient considérées comme des charges d’exploitation et pouvaient être intégralement déduites du résultat de l’entreprise. Les cotisations versées en tant qu’indépendant pour sa propre prévoyance professionnelle ne pouvaient être considérées comme des charges d’exploitation qu’à concurrence de la part de l’employeur, à savoir de la part versée en tant qu’employeur pour la prévoyance du personnel. Le chiffre de 50% était évoqué par la jurisprudence constante en matière fiscale et d’assurances sociales selon le mémento 2.09 en matière de cotisations AVS/AI/APG/AC. Dès lors, c’était le 50% des primes payées, soit CHF 58'642.40, qu’il avait déduit de son revenu et que la société avait déduit de son bénéfice.
Le fait qu’une partie de l’année avait été, par les circonstances de la transformation, « considérée par les charges sociales comme une partie indépendant » ne devait pas empêcher la déductibilité pour les raisons suivantes : la transformation devait être neutre fiscalement, au sens des art. 19 al. 1 et 2 LIFD, 20 al. 1 et 2 de la loi sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 (LIPP - D 3 08) et la « circulaire n° 5a » ; le droit fiscal devait suivre le droit civil, en l’occurrence en particulier la rétroactivité ; les art. 25 et 33 al. 1 lit. d LIFD et 28 et 31 lit. b LIPP permettaient la déduction des cotisations et primes du revenu imposable si elles étaient versées à des institutions de prévoyance professionnelle, ce qui était le cas en l’espèce.
Enfin, le raisonnement de la recourante était arbitraire en ce sens qu’elle demandait que toutes les cotisations au 2e pilier des mois de janvier à juin 2020 soient écartées. Le raisonnement de l’AFC-GE laissait penser qu’il n’aurait pas le droit, en raison d’une transformation, de s’assurer au 2e pilier alors même qu’il l’avait été durant la vie de la raison individuelle et qu’il l’était encore en tant qu’employé de la société. Ce raisonnement était choquant dans son résultat. Il était également choquant dans sa motivation consistant à faire fi des règles sur la neutralité fiscale des transformations de l’art. 19 LIFD et des règles de droit civil.
Il avait sollicité la déduction de CHF 58'642.- au titre de la cotisation de prévoyance professionnelle dans sa déclaration d’impôt, dans sa réclamation et devant le TAPI. L’AFC-GE avait admis une déduction de CHF 34'615.-. Le TAPI avait retenu une déduction de CHF 38'450.25. Par gain de paix et compte tenu de la valeur litigieuse raisonnable, il n’avait pas interjeté recours contre la décision du TAPI. Cela étant, compte tenu de l’effet dévolutif de la procédure de recours, il continuait à conclure à l’admissibilité d’une déduction de CHF 58'642.-.
d. Le 22 août 2025, par écriture spontanée, les intimés ont réagi au courrier de l’AFC-CH.
En 2020, B______ avait versé CHF 117'284.80 au titre de la prévoyance professionnelle. Il avait supporté le 50% de cette charge comme cela ressortait de son certificat de salaire 2020, « du détail du salaire 2020 » (LPP retenue sur le salaire CHF 58'642.- total des déductions = CHF 80'148.-) » et de l’extrait du grand‑livre de la société qui indiquait une retenue sur salaire pour charges sociales de CHF 80'148.- (dont CHF 58'642.- de LPP). Ainsi, les cotisations sociales avaient bien été payées à charge de B______ et elles devaient être admises au titre de déduction pour ce dernier montant.
e. Le 8 septembre 2025, la recourante a persisté dans ses conclusions.
Les contribuables avaient renoncé à recourir contre le jugement du TAPI. Leurs conclusions en annulation et réformation de ce jugement formulées au stade de leur réponse au recours constituaient un recours incident ou joint. Or, cette possibilité n’était pas offerte par la la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA ‑ E 5 10). Leurs conclusions devaient être déclarées irrecevables.
f. Après que les intimés ont renoncé à dupliquer, les parties ont été informées, le 22 septembre 2025, que la cause était gardée à juger.
EN DROIT
Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ ‑ E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a LPA ; art. 7 al. 2 de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 - LPFisc - D 3 17).
L'objet du litige est principalement défini par l'objet du recours, les conclusions du recourant et, accessoirement, par les griefs ou motifs qu'il invoque. L'objet du litige correspond objectivement à l'objet de la décision attaquée, qui délimite son cadre matériel admissible (ATF 136 V 362 consid. 3.4 et 4.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_581/2010 du 28 mars 2011 consid. 1.5). La contestation ne peut excéder l'objet de la décision attaquée, c'est-à-dire les prétentions ou les rapports juridiques sur lesquels l'autorité inférieure s'est prononcée ou aurait dû se prononcer. L'objet d'une procédure administrative ne peut donc pas s'étendre ou qualitativement se modifier au fil des instances, mais peut tout au plus se réduire dans la mesure où certains éléments de la décision attaquée ne sont plus contestés. Ainsi, si un recourant est libre de contester tout ou partie de la décision attaquée, il ne peut pas prendre, dans son mémoire de recours, des conclusions qui sortent du cadre des questions traitées dans la procédure antérieure (ATA/1334/2025 du 2 décembre 2025 consid. 2.2).
2.1 En l’espèce, le litige porte sur la conformité au droit du jugement du TAPI en ce qu’il a admis une déduction au titre des cotisations de prévoyance professionnelle du contribuable pour l’année fiscale 2020 de CHF 38'450.25. La recourante conteste ce montant et soutient que seule une déduction limitée à l’activité salariée du contribuable de CHF 34'615.- peut être admise pour 2020. Pour leur part, les intimés avaient conclu devant le TAPI à une déduction de CHF 58'642.-. Ils n’ont pas été suivis par les premiers juges. Devant la chambre de céans, dans leur réponse au recours, les intimés ont exposé que, par gain de paix et compte tenu de la valeur litigieuse raisonnable, ils avaient renoncé à recourir. Ils concluent néanmoins à l’admissibilité d’une déduction de CHF 58'642.-. Dans la mesure où les intimés n’ont pas recouru contre le jugement du TAPI et dès lors que la procédure administrative genevoise ne connaît pas l’institution du recours joint (ATA/716/2025 du 24 juin 2025 consid. 3.5 et les arrêts cités), le jugement en cause est entré en force sur ce point. Dans ce cadre, les autres conclusions et griefs formulés à l’encontre de celui-ci par les intimés dans leur réponse, notamment en lien avec le montant de leurs revenus, et écritures subséquentes sont donc irrecevables.
Le présent litige concernant la période fiscale 2020, la cause est régie par le droit en vigueur durant cette période, à savoir les dispositions de la LIFD et de la LIPP.
Par ailleurs, la question étant traitée de la même manière en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé, le présent arrêt traite simultanément des deux impôts, comme l'admet la jurisprudence (ATF 135 II 260 ; ATA/402/2025 précité consid. 2.2).
La recourante fait tout d’abord grief au TAPI d’avoir à tort, au ch. 2 de la partie en fait du jugement, mentionné un montant de CHF 82’380.- au titre des cotisations à la prévoyance professionnelle versées en 2020. Il s’agit toutefois vraisemblablement d’une erreur de plume dès lors que, dans ce même ch. 2, les premiers juges se réfèrent à la déclaration fiscale 2019 et à l’attestation annexée à celle-ci, à savoir une attestation établie par l’institution de prévoyance pour l’année 2019. Or, il ressort dans ladite attestation que, pour 2019, CHF 82’380.- ont été versés au titre des cotisations à la prévoyance professionnelle. Cette erreur de plume, consistant à indiquer 2020 au lieu de 2019, est quoi qu’il en soit sans conséquence sur l’issue du litige.
La recourante se plaint ensuite de ce que le TAPI aurait laissé entendre à tort, à deux reprises, que le contribuable aurait payé lui-même ses cotisations de prévoyance liées à son affiliation facultative à titre d’indépendant. Elle se réfère aux consid. 5 et 7 du jugement, dans lesquels les premiers juges font mention, se référant au contribuable, aux « cotisations qu’il a versées » en qualité d’indépendant. Selon la recourante, il ressortirait de la comptabilité de la société que c’est elle qui aurait procédé au paiement des cotisations à titre d’indépendant en faveur de l’institution de prévoyance – à tout le moins pour un montant de CHF 53’193.60 débité du compte de la société – et non pas le contribuable.
Il est, à teneur des pièces versées à la procédure, difficile d’être aussi affirmatif. En effet, si comme le retient la recourante, il apparaît en page 1 de l’extrait du compte 5700 AVS,AI, APG, AC, CAF du 1er janvier au 31 décembre 2020 de la société qu’elle a versé des cotisations LPP pour le contribuable en juillet, octobre et novembre 2020, il apparaît aussi, en page 2 du même document, qu’elle a, au 31 décembre 2020, retenu CHF 80'148.40 sur le salaire brut du contribuable. Cette somme pourrait correspondre, si l’on en croit un décompte effectué par les intimés (pièce 3 de leur chargé) au total des montants retenus sur le salaire brut du contribuable et dus aux assurances sociales. La question pourra néanmoins rester sans réponse, le recours devant être admis pour les motifs exposés plus loin.
6.1 En matière d’impôts directs, le revenu net se calcule en défalquant du total des revenus imposables les déductions générales et les frais mentionnés dans les dispositions topiques, à savoir les art. 26 à 33a LIFD et les art. 29 à 37 LIPP (art. 25 LIFD ; art. 28 LIPP).
6.2 Selon l’art. 33 al. 1 let. d LIFD, sont déduits du revenu les primes, cotisations et montants légaux, statutaires ou réglementaires versés à l’assurance-vieillesse et survivants, à l’assurance-invalidité et à des institutions de la prévoyance professionnelle. Sur le plan cantonal, l’art. 31 let. b LIPP prévoit que sont déduits du revenu les versements du contribuable à une institution de prévoyance professionnelle, au sens et dans les limites du droit fédéral.
6.3 En l’espèce, dans sa déclaration fiscale, le contribuable a déclaré son activité indépendante et précisé l’avoir cessée au 31 décembre 2019. Dans sa déclaration fiscale 2020, le contribuable a déclaré des revenus bruts de son activité dépendante de CHF 250'000.-. Il a mentionné la société comme son employeur. Il n’a déclaré aucune activité indépendante. Ce qui précède est confirmé par la réponse apportée par le contribuable à la recourante le 24 octobre 2022, dans laquelle il a confirmé avoir cessé d’exploiter son cabinet médical sous forme de raison individuelle au 31 décembre 2019 et commencé à l’exploiter sous forme d’une SA dès le 1er janvier. Sur l’année fiscale 2020, le contribuable était ainsi salarié.
La recourante et l’AFC-CH insistent à juste titre sur le fait que l’affiliation à l’AVS constitue un prérequis indispensable à l’octroi des déductions de l’art. 33 al. 1 let. d LIFD. En effet, si à teneur de l’art. 81 al. 2 de la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité du 25 juin 1982 (LPP - RS 831.40), les cotisations que les salariés et les indépendants versent à des institutions de prévoyance, conformément à la loi ou aux dispositions réglementaires, sont déductibles en matière d’impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes, il ressort de l’art. 5 al. 1 LPP que cette loi ne s’applique qu’aux personnes qui sont assurées à l’AVS. La doctrine précise à ce propos que, fondée sur l’art. 5 LPP, l’affiliation auprès d’une institution de prévoyance professionnelle, et par conséquent, le versement de contributions déductibles selon la let. d, est subordonnée au paiement de cotisations AVS, que l’assujettissement à l’assurance fédérale soit obligatoire ou facultatif. Le renvoi de l’art. 5 al. 1 LPP à l’AVS se justifie en raison du concept constitutionnel selon lequel c’est la conjugaison des trois piliers qui doit permettre à l’assuré de maintenir de manière appropriée son niveau de vie antérieur. Le champ d’application de la LPP se définit donc, de façon générale, par rapport au cercle des personnes assujetties à l’AVS (Gladys LAFFELY MAILLARD in Yves NOËL/Florence AUBRY GIRARDIN [éd.], Commentaire romand de la loi fédérale sur l’impôt fédéral direct, 2e éd., 2017, n. 53 ad art. 33 LIFD et les références citées).
6.4 En l’espèce, il ressort de la procédure que, répondant à la recourante le 29 novembre 2022, les intimés lui ont notamment indiqué, pièces à l’appui, qu’après avoir informé la caisse AVS du fait que le contribuable n’avait plus d’activité indépendante en 2020, cette caisse avait ramené le montant des cotisations personnelles AVS dues en qualité d’une personne assurée exerçant une activité indépendante pour cette même année à 0.-. Ainsi, dès lors que le contribuable n’a pas été soumis aux cotisations AVS sur un revenu provenant de l’exercice d’une activité indépendante en 2020, seule la déduction des cotisations LPP acquittées à titre de salarié de la société est justifiée. Dans la mesure où il ressort de la procédure, en particulier de la fiche d’assurance établie le 23 décembre 2020 et jointe à la réponse des intimés du 24 octobre 2022, qu’en sa qualité d’employé de la société, le contribuable a versé des cotisations au 2e pilier pour un montant de CHF 34'615.-, c’est à juste titre que la recourante a admis ce seul montant en déduction de son revenu. Il ressort du certificat de salaire établi le 9 février 2022 par la société (pièce 14 du chargé de la recourante) que le contribuable a versé le même montant au 2e pilier en 2021.
6.5 Le TAPI a conduit son raisonnement en se référant à l’arrêt du Tribunal fédéral 2C_522/2018 précité. Cet arrêt met notamment en évidence les divergences qui apparaissent entre le droit fiscal et le droit des assurances sociales lors de transformation rétroactive d’une société de personnes en une personne morale. Il concerne néanmoins le cas d’une société en nom collectif transformée en SA et, surtout, il a trait à la déductibilité d’une prestation du pilier 3a – dont il est question à l’art. 33 al. let. e LIFD – sans que le TAPI expose en quoi il pourrait permettre de trancher le présent litige fondé sur une autre disposition, ni en quoi il remettrait en cause les principes rappelés au consid. 6.3 ci-dessus en matière de 2e pilier. Dans le cas d’espèce par ailleurs, il a été vu que, comme en atteste un courrier du 20 janvier 2021, la caisse AVS a ramené au 1er janvier 2020 le montant des cotisations personnelles AVS dues en qualité d’une personne assurée exerçant une activité indépendante pour l’année 2020 à 0.-. Or, la situation jugée dans l’arrêt du Tribunal fédéral 2C_522/2018 précité semble différente, dès lors qu’il ressort de son consid. 4.3.2 que les intimés étaient, du point de vue de l’AVS, des travailleurs indépendants jusqu’au 1er juin 2014. Dans le cas d’espèce, aucune divergence n’apparaît entre la solution choisie tant par la caisse AVS que par la recourante, les deux ayant retenu, conformément du reste à ce qu’a déclaré le contribuable, qu’il n'avait plus d’activité indépendante dès le 1er janvier 2020.
Le recours est dès lors bien fondé et sera admis, le jugement attaqué devant être annulé et la décision sur réclamation du 28 novembre 2024 rétablie en ce qu’elle retient un montant déductible au titre des cotisations de prévoyance au 2e pilier versées par l’intimé de CHF 34'615.-.
PAR CES MOTIFS LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE
à la forme :
déclare recevable le recours interjeté le 7 juillet 2025 par l’administration fiscale cantonale contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 2 juin 2025 ;
au fond :
l’admet ;
annule le jugement du Tribunal administratif de première instance ;
rétablit la décision sur réclamation de l’administration fiscale cantonale du 28 novembre 2024 en ce qu’elle retient un montant déductible au titre des cotisations de prévoyance au 2e pilier versées par B______ de CHF 34'615.- ;
met un émolument de CHF 800.- à la charge solidaire d’A______ et B______ ;
dit qu’il n’est pas alloué d’indemnité de procédure ;
dit que, conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être jointes à l'envoi ;
communique le présent arrêt à l’administration fiscale cantonale, à Me Louise BONADIO, avocate des intimés, au Tribunal administratif de première instance ainsi qu'à l'administration fédérale des contributions.
Siégeant : Jean-Marc VERNIORY, président, Eleanor McGREGOR, Michèle PERNET, juges.
Au nom de la chambre administrative :
le greffier-juriste :
M. MAZZA
le président siégeant :
J.-M. VERNIORY
Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties.
Genève, le
la greffière :