POUVOIR JUDICIAIRE
A/1287/2024-LCI ATA/898/2025
COUR DE JUSTICE
Chambre administrative
Arrêt du 19 août 2025
3ème section
dans la cause
A______ recourant représenté par Me Jean-François MARTI, avocat
contre
DÉPARTEMENT DU TERRITOIRE - OAC intimé
Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 6 février 2025 (JTAPI/142/2025)
EN FAIT
A. a. A______ est propriétaire des parcelles adjacentes nos 287 et 290 de la commune de B______ (ci-après : la commune), sises en zone agricole depuis le 18 septembre 1987 ainsi que dans le périmètre protégé par le plan de site « C______-D______, n° 1______-____ » adopté par le Conseil d'État le 20 décembre 2017 (ci‑après : le plan de site) et dans le périmètre de protection générale et aménagement des rives B______.
b. Deux maisons d'habitation mitoyennes, où vit A______, sont érigées sur la parcelle n° 287, aux 223 et 225 route de C______. Elles sont recensées au recensement architectural du canton de Genève (ci-après : RAC) de 2016 avec la valeur « intéressant ».
c. Jusqu'au début des années 1980, les deux maisons formaient une seule maison d'habitation. Celle‑ci était, jusqu'au début du 20e siècle, une ferme traditionnelle.
d. Le 2 août 1978, A______ a sollicité du département des travaux publics, devenu depuis lors le département du territoire (ci-après : DT), la délivrance d'une autorisation portant sur la transformation de son habitation sise au 223, route de C______ ainsi que la construction de deux lucarnes, d'un mur de clôture, de garages, d'une aire à fumier et d'un mur de soutènement.
À ce moment-là, la parcelle concernée était sise en 5e zone agricole (5B).
e. Le 15 novembre 1978, le Conseil d'État a autorisé l'application des normes de la 4e zone rurale à une habitation à transformer au 223, route de C______.
f. Par décision du 22 novembre 1978, le département des travaux publics a accordé à A______ l'autorisation sollicitée.
g. Les travaux autorisés ont été exécutés.
h. En 2013, A______ a exécuté de nouveaux travaux sur ses maisons, soit la réalisation d'un couvert au-dessus de la terrasse (parcelle n° 290), de deux avant-toits le long de la façade ouest et de cinq châssis de toiture en remplacement de deux lucarnes (parcelle n° 287), sans requérir au préalable une autorisation de construire.
B. a. Le 17 juin 2013, il a déposé auprès du DT une demande d'autorisation portant sur la rénovation de la toiture et d'un logement d'une villa existante ainsi que sur la transformation de deux couverts sur terrasses et jours en toiture, afin de régulariser sa situation. La demande a été enregistrée sous le n° DD 2______ et une procédure d'infraction a été ouverte sous le numéro I-3______.
b. Un reportage photographique du bâtiment et de la terrasse a été réalisé en juillet 2013 et transmis au DT.
c. Divers préavis ont été sollicités auprès de certaines instances spécialisées, en particulier ceux exposés infra.
d. Le 29 juillet 2013, la commune a réservé son préavis jusqu'à l'entrée en vigueur du plan de site.
e. Le 19 août 2013, le service des monuments et des sites (ci-après : SMS) a rendu un préavis défavorable, estimant que les travaux exécutés étaient contraires au but général du plan de site (en cours) visant la protection des qualités architecturales et paysagères des lieudits de C______ et du D______.
f. Le 21 août 2013, la commission des monuments, de la nature et des sites (ci‑après : CMNS) a rendu un préavis défavorable. Le bâtiment avait reçu la valeur 3 lors du RAC (RAC VSX ______). Les transformations déjà réalisées sur ce bâtiment qui se trouvait en zone agricole étaient contraires à la loi et au but général du plan de site en cours. Dès lors, elle demandait la démolition des nouveaux couverts de terrasse et la suppression de tous les châssis de toiture réalisés en lieu et place de l'ancienne lucarne. Au vu de l'importance de l'atteinte patrimoniale au bâtiment qui avait valeur d'inscription à l'inventaire, la CMNS demandait aux services concernés de prendre les mesures administratives les plus sévères afin que ce type d'opération ne se reproduise pas.
g. Aucune décision n'a été rendue avant le 27 février 2024 (cf. infra) et plus aucun préavis n'a été rendu jusqu’en 2018.
h. Le 17 juillet 2018 le SMS a sollicité des compléments.
i. Le 17 décembre 2020, le DT a indiqué à A______ que son projet devait être modifié pour se conformer au préavis du SMS du 17 juillet 2018. Il lui a imparti un délai pour présenter un projet modifié.
j. Le 22 janvier 2021, à la suite d'une demande d'A______, pour lequel un conseil s'était constitué le 21 janvier 2021, le délai a été prolongé jusqu'au 22 février 2021.
k. Dans le délai imparti, A______ a relevé qu'il avait fallu plus de sept ans au DT pour réagir. Cette situation était difficilement compréhensible. Pour qu'il puisse se déterminer, des explications complémentaires devaient lui être transmises.
l. Le 28 mars 2023, le SMS a préavisé défavorablement le projet, la situation existante n'étant pas conforme aux bases légales en vigueur et au règlement du plan de site. Le projet était situé dans le périmètre du plan de site et dans le périmètre de protection générale et d'aménagement des rives B______. Les bâtiments étaient considérés comme « intéressants » par le nouveau RAC.
m. Le 11 juillet 2023, la CMNS a préavisé défavorablement le projet, pour les mêmes motifs que ceux évoqués par le SMS. Elle a ajouté que, si elle ne remettait pas en question la nouvelle ouverture en tuiles plates, elle estimait que la présence des châssis de toiture (quatre sur le pan nord), n'était pas du tout adaptée aux qualités de ce bâtiment ancien. Une telle intervention était contraire au plan de site. Concernant la transformation de la terrasse, ces interventions (toitures, muret) se trouvaient dans une surface destinée à rester libre de construction. Elle considérait que l'emprise importante des nouvelles toitures ainsi que l'imbrication de leur volumétrie portait atteinte au bâtiment principal et au site en général.
n. Par décision du 27 février 2024, le DT a refusé de délivrer l'autorisation sollicitée.
Se ralliant à l'avis de la CMNS, il a considéré que le projet contrevenait non seulement au plan de site mais nuisait également à l'esthétique et à l'harmonie du quartier. En outre, les couverts réalisés n'étaient pas conformes à la zone agricole. Les modifications apportées à l'aspect extérieur du bâtiment n'étaient ni nécessaires à un usage d'habitation répondant aux normes usuelles, ni ne constituaient un assainissement énergétique, ni ne visaient une meilleure intégration de la construction existante dans le paysage.
o. Le même jour, le DT a ordonné que les constructions et installations soient rétablies en situation conforme au droit d'ici au 30 août 2024.
C. a. A______ a interjeté recours contre « la décision du 27 février 2024 » (avec un renvoi à la pièce 1 portant sur le refus d'autorisation) auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI), concluant principalement à son annulation et à ce qu'il fût dit que l'ordre de remise en état du 27 février 2024 était suspendu. Préalablement, il a sollicité la tenue d'un transport sur place.
b. Le DT a conclu au rejet du recours.
c. Après un second échange d'écritures, le TAPI a rejeté le recours par jugement du 6 février 2025.
D. a. Par acte remis à la poste le 10 mars 2025, A______ a interjeté recours auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) contre ce jugement, concluant à son annulation, à l'annulation de la décision du 27 février 2024, à l'octroi de l'autorisation sollicitée et à ce qu'il soit dit que, compte tenu de l'effet suspensif, l'ordre de remise en état du 27 février 2024 avait été suspendu.
Il a produit un rapport d'expertise réalisée par un architecte diplômé de l'EPFL/SIA, le 7 mars 2025, selon lequel l'intégration des nouvelles ouvertures dans la toiture du bâtiment semblait être adéquate et respectueuse des lieux et de leur harmonie.
Le TAPI avait violé son droit d'être entendu en n'ordonnant ni la tenue d'un transport sur place ni son audition. Il n'avait pas non plus examiné la pertinence de son audition.
Le DT avait commis un abus de droit et le litige aurait dû être tranché selon le droit en vigueur au moment du dépôt de la requête. En outre, la commune, le SMS et la CMNS avaient refusé de préaviser la demande jusqu'à l'adoption du plan de site. Le DT avait fait de même. Si celui-ci avait rendu une décision conservatoire, ce qu'il aurait dû faire, le délai de deux ans entre le refus et l'adoption du plan aurait été échu. Il aurait ainsi pu reprendre la disposition de son terrain après l'écoulement des deux ans suivant le refus. Enfin, dans la mesure où les toitures en terrasse initiales étaient « massivement disproportionnées » et où le bâtiment litigieux ne disposait pas de qualités anciennes, il aurait dû bénéficier d'une autorisation dérogatoire. La rénovation des ouvertures en toitures servait des objectifs de sécurité.
b. Le DT a conclu au rejet du recours.
c. Après que le recourant a répliqué, la cause a été gardée à juger, ce dont les parties ont été informées.
d. Les arguments des parties et le contenu des pièces seront repris, en tant que de besoin, dans la partie en droit du présent arrêt.
EN DROIT
1.1 L'objet du litige est principalement défini par l'objet de la décision attaquée, qui délimite son cadre matériel admissible (ATF 136 V 362 consid. 3.4 et 4.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_581/2010 du 28 mars 2011 consid. 1.5). L'objet d'une procédure administrative ne peut pas s'étendre, ou qualitativement se modifier, au fil des instances, mais peut tout au plus se réduire dans la mesure où certains éléments de la décision attaquée ne sont plus contestés. Ainsi, si un recourant est libre de contester tout ou partie de la décision attaquée, il ne peut pas prendre, dans son mémoire de recours, des conclusions qui sortent du cadre des questions traitées dans la procédure antérieure (ATA/752/2025 du 8 juillet 2025 consid. 3.1 ; ATA/1301/2020 du 15 décembre 2020 consid. 2b).
1.2 Selon un principe général de procédure, des conclusions constatatoires ne sont recevables que lorsque des conclusions condamnatoires ou formatrices sont exclues (ATF 141 II 113 consid. 1.7 ; 135 I 119 consid. 4 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_621/2024 du 30 avril 2025 consid. 1.5).
1.3 En l'espèce, le recourant conclut à l'annulation du jugement attaqué et de la décision du 27 février 2024. Il conclut également à ce qu'il soit dit que, compte tenu de l'effet suspensif, l'ordre de remise en état du 27 février 2024 a été suspendu.
Devant le TAPI, le recourant a attaqué exclusivement la décision du 27 février 2024 portant sur le refus de délivrer l'autorisation sollicité. Il a en effet indiqué recourir contre « la décision du 27 février 2024 » en faisant référence à la pièce 1 qu'il a produite, qui correspond à la décision de refus. Dès lors, et a contrario, l'intéressé n'a pas contesté l'ordre de remise en état, notifié séparément, qui ne peut ainsi faire l'objet du présent litige. Par conséquent, et comme l'a retenu à juste titre le TAPI, la conclusion tendant à ce qu'il soit dit que l'ordre de remise en état du 27 février 2024 est suspendu sera déclarée irrecevable. L'irrecevabilité de cette conclusion s'impose également dans la mesure où le recourant requiert simultanément l'annulation du jugement et de la décision attaqués, ce qui constitue des conclusions formatrices.
Les conclusions tendant à l'annulation du jugement entrepris et de la décision de refus du 27 février 2024 sont en revanche recevables.
Le litige porte sur la conformité au droit du refus du DT de délivrer au recourant l'autorisation de construire sollicitée, lequel a été confirmé par le TAPI.
Le recourant sollicite la tenue d'un transport sur place ainsi que son audition et se plaint de la violation de son droit d'être entendu par le TAPI, notamment d'un défaut de motivation. Dans la mesure où ces requêtes et le grief sont en grande partie liés, ils seront traités ensemble.
3.1 Tel qu’il est garanti par l’art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst. - RS 101), le droit d’être entendu comprend notamment le droit pour la personne intéressée d’obtenir qu’il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre. Il n'empêche toutefois pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient pas l'amener à modifier son opinion (ATF 145 I 167 consid. 4.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_359/2022 du 20 avril 2023 consid. 3.1 et les références citées). En outre, le droit d'être entendu n'implique pas le droit d'être entendu oralement, ni celui d'obtenir l'audition de témoins (ATF 134 I 140 consid. 5.3 ; 130 II 425 consid. 2.1).
3.2 Le droit d’être entendu sert non seulement à établir correctement les faits, mais constitue également un droit indissociable de la personnalité garantissant à un particulier de participer à la prise d’une décision qui touche sa position juridique (ATF 135 I 279 consid. 3.2 ; 132 II 485 consid. 3.2 et les références ; arrêt du Tribunal fédéral 8C_37/2020 du 7 septembre 2020 consid. 3.1).
Le droit d’être entendu implique notamment l’obligation pour l’autorité de motiver ses décisions, afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient (ATF 143 IV 40 consid. 3.4.3 ; 141 V 557 consid. 3.2.1). Il suffit cependant que l’autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l’ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l’intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l’attaquer en connaissance de cause (ATF 142 II 154 consid. 4.2). L’autorité n’est pas tenue de prendre position sur tous les moyens des parties et peut se limiter aux questions décisives (ATF 146 II 335 consid. 5.1 ; 142 II 154 consid. 4.2).
Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté même si la motivation présentée est erronée. La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (ATF 141 V 557 consid. 3.2.1). En revanche, une autorité se rend coupable d'un déni de justice formel lorsqu'elle omet de se prononcer sur des griefs qui présentent une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués et arguments importants pour la décision à rendre (ATF 142 II 154 consid. 4.2 ; 137 II 266 consid. 3.2 ; 136 I 229 consid. 5.2).
3.3 La violation du droit d'être entendu doit en principe entraîner l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances du recours sur le fond (ATF 141 V 495 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 8C_740/2017 du 25 juin 2018 consid. 3.2). Une réparation devant l'instance de recours est possible si celle-ci jouit du même pouvoir d'examen que l'autorité précédente (ATF 145 I 167 consid. 4.4 ; arrêt du Tribunal fédéral 8C_46/2020 du 5 mai 2020 consid. 6.2). Le recours à la chambre administrative ayant un effet dévolutif complet, celle-ci dispose d’un libre pouvoir d’examen en fait et en droit (art. 61 LPA). La réparation dépend cependant de la gravité et de l'étendue de l'atteinte portée au droit d'être entendu et doit rester l'exception (ATF 142 II 218 consid. 2.8.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_617/2019 du 27 mai 2020 consid. 3.1). Elle peut se justifier en présence d'un vice grave notamment lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure (ATF 142 II 218 consid. 2.8.1 ; 137 I 195 consid. 2.3.2). Enfin, la possibilité de recourir doit être propre à effacer les conséquences de la violation. Autrement dit, la partie lésée doit avoir eu le loisir de faire valoir ses arguments en cours de procédure contentieuse aussi efficacement qu'elle aurait dû pouvoir le faire avant le prononcé de la décision litigieuse (ATA/691/2025 du 24 juin 2025 consid. 3.4 ; ATA/616/2025 du 3 juin 2025 consid. 3.3 ; ATA/151/2023 du 14 février 2023 consid. 3b).
3.4 En droit genevois, la procédure administrative est en principe écrite ; toutefois, si le règlement et la nature de l'affaire le requièrent, l'autorité peut procéder oralement (art. 18 LPA). Elle réunit les renseignements et procède aux enquêtes nécessaires pour fonder sa décision. Elle apprécie les moyens de preuve des parties (art. 20 al. 1 LPA). S’il y a lieu, elle peut notamment, afin de constater un fait par elle-même, ordonner le transport sur place (art. 37 let. c LPA).
3.5 En l'espèce, le recourant soutient d'abord que son audition permettrait d'expliciter l'historique des travaux survenus sur le bâtiment litigieux et de prouver que celui-ci ne revêtait ni intérêt particulier digne de protection ni cachet, s'agissant de rénovations entièrement prises en charge par lui-même en 1978. Elle permettrait également de mettre en exergue les nombreuses promesses formulées oralement par le DT qui l'avaient induit en erreur au regard des travaux entrepris.
3.5.1 Or, le recourant s'est exprimé par écrit sur l'historique des travaux et n'indique pas quels éléments supplémentaires et utiles à la solution du litige, qu'il ne pourrait pas mettre par écrit, son audition permettrait d'apporter sur ce point. En outre, comme cela sera exposé ci-après, la question de savoir si les travaux entrepris en 1978 revêtaient un intérêt particulier digne de protection n'a aucune incidence sur la solution du litige.
Le recourant s'est également exprimé par écrit sur la question des prétendues promesses formulées oralement par le DT. Il n'explique pas en quoi son audition serait susceptible d'apporter de nouveaux éléments ni pour quelles raisons il ne pourrait pas, le cas échéant, les détailler par écrit. En outre et surtout, son audition ne suffirait pas à prouver ses allégations, ce d'autant moins qu'il ne fournit aucune précision sur les circonstances dans lesquelles les assurances alléguées auraient été données ni sur leur contenu exact.
Par conséquent, il ne sera pas donné suite à la demande de comparution personnelle.
3.5.2 Le recourant soutient ensuite qu'un transport sur place serait nécessaire pour démontrer que les éléments litigieux respectent les exigences posées par le plan de site C______ – Le D______, que de nombreuses bâtisses dans le quartier disposent de « velux » similaires à ceux qu'il a érigés et que les travaux auraient été menés à bien et dans le respect de la nature avoisinante et notamment des rives B______.
Or, il sera vu ci-après que le plan de site ainsi que son règlement ne doivent pas être pris en compte dans la résolution du présent litige et que la présence de « velux » similaires à ceux qu'il a érigés sur des bâtisses situées dans le même quartier n'est pas décisive pour la résolution du litige. En outre, le dossier contient des photographies de l'état antérieur du bâtiment ainsi qu'un reportage photographique détaillé qui permet de visualiser la situation actuelle et donc les travaux exécutés en 2013. Ces photographies sont suffisantes pour se rendre compte de la situation du bâtiment avant et après l'exécution des travaux. Par ailleurs, la question de savoir si les travaux ont été menés à bien et dans le respect de la nature avoisinante et notamment des rives B______ n'est pas pertinente pour la solution du litige.
Pour le surplus, le recourant s'est vu offrir la possibilité de faire valoir ses arguments par écrit. Il s'est ainsi exprimé de manière circonstanciée sur l'objet du litige et a produit les pièces auxquelles il s'est référé dans ses écritures. Il en va de même du DT. La chambre de céans dispose ainsi d'un dossier qui lui permet de statuer en connaissance de cause.
En définitive, ni l'audition du recourant ni la tenue d'un transport sur place n'apparaissent nécessaires. Il ne sera ainsi pas donné suite aux demandes de l'intéressé.
3.5.3 Au vu de ce qui précède, le TAPI n'a pas violé le droit d'être entendu du recourant en refusant de procéder à un transport sur place et de l'entendre.
Sous l'angle de la motivation du jugement, le recourant relève à juste titre que la présence des velux sur d'autres bâtiments du quartier, qui permettrait selon lui d'établir que « ce type de constructions » ne serait contraire ni au plan de site ni à l'harmonie du quartier n'a pas été mentionnée par le TAPI. Néanmoins, ce dernier a retenu que la modification de deux lucarnes en cinq châssis n'était non seulement pas nécessaire aux fins d'habitation mais également qu'elle portait atteinte à l'architecture des toitures du bâtiment concerné. Il a donc implicitement considéré que la présence des « velux » sur d'autres bâtiments du quartier, pour autant qu'elle soit avérée, n'avait pas d'incidence sur la solution du litige. Il pouvait ainsi, sans violer le droit d'être entendu du recourant, s'abstenir de mentionner la présence desdits « velux ».
Enfin, le TAPI n'a certes pas examiné expressément la pertinence de l'audition du recourant, que celui-ci avait sollicitée non pas dans ses conclusions préalables mais dans la partie en fait de son mémoire. La juridiction précédente a toutefois indiqué qu'elle disposait d’un dossier complet lui permettant de trancher le présent litige en connaissance de cause, dans la mesure où les plans et les documents versés au dossier, notamment les photographies des lieux, ainsi que la consultation des données librement accessibles sur le système d’information du territoire genevois, permettaient de visualiser les travaux litigieux et le périmètre dans lequel ils s’inséraient. Le TAPI a ainsi satisfait à son devoir de motivation, laquelle permettait au recourant de discerner les motifs qui ont guidé le refus de la juridiction précédente de l'entendre, bien que ladite motivation soit implicite. Même à retenir une violation du droit d'être entendu de l'intéressé sur ce point, celle-ci devrait être considérée comme étant réparée devant la chambre de céans. D'une part, une telle réparation est, sur le principe, admissible puisque la chambre de céans dispose du même pouvoir d'examen que le TAPI portant sur les faits et le droit, à l’exclusion de l’opportunité (art. 61 al. 1 et 2 LPA ; ATA/11/2024 du 9 janvier 2024 consid. 2). D'autre part, la violation ne saurait être considérée comme grave et le recourant a pu, à l'occasion de plusieurs échanges d'écritures, faire valoir ses arguments devant la chambre de céans aussi efficacement qu'il aurait pu le faire devant le TAPI. Le renvoi constituerait finalement une vaine formalité aboutissant à un allongement inutile de la procédure, la chambre de céans ayant exposé les motifs pour lesquels elle considère que l'audition du recourant ne se justifiait pas, et ne se justifie toujours pas.
Le grief sera donc écarté.
4.1 Conformément aux principes généraux du droit intertemporel, lorsqu'un changement de droit intervient au cours d'une procédure administrative contentieuse ou non contentieuse, la question de savoir si le cas doit être tranché sous l'angle du nouveau ou de l'ancien droit se pose. En l'absence de dispositions transitoires, s'il s'agit de tirer les conséquences juridiques d'un événement passé constituant le fondement de la naissance d'un droit ou d'une obligation, le droit applicable est celui en vigueur au moment dudit événement (ATA/739/2024 du 18 juin 2024 consid. 3.7 et l'arrêt cité ; Thierry TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2e éd., 2018, n. 403 ss).
4.1.1 Pour les autorisations faisant suite à une requête, le droit applicable est en principe celui qui est en vigueur au moment où la décision est prise (ATF 139 II 243 consid. 11 ; 139 II 263 consid. 6 ; ATA/739/2024 précité et l'arrêt cité). Dès lors que cette décision vise à régler un comportement futur, il n’y a pas de raison, en tout cas sous l’angle de l’intérêt public, de ne pas appliquer le droit en vigueur au moment où la légalité de ce comportement se pose (ATF 139 II 243, consid. 11 ; 139 II 263 consid. 6 ; ATA/1200/2023 du 7 novembre 2023 consid. 9).
4.1.2 Il faut néanmoins réserver l’application du principe de la bonne foi, lorsque l’autorité retarde volontairement l’instruction d’un dossier ou lorsque cette instruction, sans la faute de l’administré, prend plus de temps qu’il ne serait raisonnablement nécessaire. Dans ce cas, si l’ancien droit, en vigueur au moment du dépôt de la demande, est plus favorable à l’administré, il devra être appliqué (ATF 139 II 263 consid. 8.2), à moins que l’ordre public ou un motif d’intérêt public très important n’impose l’application de la nouvelle règle (ATF 119 Ib 174 consid. 3 ; ATA/1232/2022 précité consid. 9 et la référence citée).
4.1.3 L’autorité ne peut pas non plus retarder indûment sa décision afin de mettre elle‑même sur pied de nouvelles dispositions légales ou réglementaires. Un tel comportement doit être qualifié de contraire à la bonne foi et peut être constitutif d’un abus de droit et d’un déni de justice. L’administré pourra alors demander l’application de l’ancien droit à sa cause, sous réserve de l’existence d’un intérêt public prépondérant imposant une application de la nouvelle loi (ATA/1232/2022 précité consid. 9 et la référence citée ; Milena PIREK, L'application du droit public dans le temps : la question du changement de loi, 2018, n. 752 p. 324 s.).
4.2 Selon l'art. 4 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI - L 5 05), le délai de réponse à toute demande d’autorisation est de 60 jours à compter de la date d’enregistrement de la demande. Dans le cadre d'une autorisation en procédure accélérée, le délai de réponse est de 30 jours (al. 1). Toutefois, en cas de demande de dérogation, de requête portant sur un bâtiment protégé, d’application des dispositions régissant les zones de développement, si l’importance du projet le justifie ou encore pour les entreprises soumises à la loi fédérale sur le travail dans l’industrie, l’artisanat et le commerce, du 13 mars 1964 (Loi sur le travail, LTr - 822.11), le DT peut prolonger le délai et en fixer l’échéance. Le requérant en est avisé par écrit (al. 2). Lorsque le DT demande de manière motivée des pièces ou renseignements complémentaires nécessaires, le délai est suspendu jusqu’à réception des documents. Le requérant en est avisé par écrit (al. 3). Si le requérant n’a pas reçu de réponse dans le délai, il peut aviser le DT, par lettre recommandée, qu’il va procéder à l’exécution de ses plans. À défaut de notification de la décision dans un nouveau délai de dix jours à compter de la réception de cet avis, le requérant est en droit de commencer les travaux (al. 4).
4.3 En l'espèce, l'autorisation sollicitée faisant suite à une requête du recourant, le droit applicable est en principe, sous réserve d'un abus de droit de l'autorité, celui en vigueur au moment où la décision querellée a été prise, soit le 27 février 2024, à un moment où le plan de site avait déjà été adopté par le Conseil d'État.
Le recourant a déposé sa requête le 17 juin 2013 et le refus querellé a été prononcé le 27 février 2024, soit dix ans, huit mois et dix jours plus tard. Ce délai excède de façon manifeste les délais fixés à l'art. 4 LCI et n'est pas conforme au principe de célérité. Le DT a certes demandé des compléments et explications, mais ceux-ci ont été fournis dans des délais raisonnables, ce qui n'est pas contesté. De plus, il n'y a eu aucun suivi entre la fin de l'année 2013 et le milieu de l'année 2018 et, lorsque les dernières explications du recourant ont été apportées en février 2021, le DT n'a statué que trois ans plus tard. Le DT ne justifie par aucun motif objectif la longueur de la procédure, puisqu'il se limite à indiquer que le recourant aurait dû l'interpeller et le mettre en demeure de statuer, afin notamment « d'échapper à l'application du plan de site ». Or, dans la mesure où le recourant avait déjà exécuté les travaux, certes sans droit, on ne pouvait raisonnablement exiger de lui qu'il mette le DT en demeure de statuer. Par ailleurs, si le recourant n'aurait certes pas dû entreprendre les travaux avant d'avoir obtenu une autorisation, rien ne permet de retenir qu'il serait responsable du retard pris ensuite dans l'instruction du dossier, ce d'autant moins que l'exécution de travaux sans autorisation ainsi que l'absence d'interpellation par un requérant n'habilite pas le DT à retarder sans raison une procédure. Il y a donc lieu de retenir que la procédure a été retardée sans motif justificatif et sans la faute du recourant.
Par ailleurs, il ressort notamment du préavis de la commune du 29 juillet 2023 que celle-ci a réservé son préavis jusqu'à l'entrée en vigueur du plan de site (début 2018). Les 19 août 2013 et 21 août 2013, le SMS et la CMNS se sont notamment (mais pas uniquement) fondés sur le futur plan de site pour rendre un préavis défavorable. Ainsi, et dans la mesure où le DT n'explique pas les raisons du retard considérable pris dans le traitement du dossier, il paraît suffisamment vraisemblable que l'autorité a retardé l'instruction de la demande dans l'attente de l'adoption du plan de site. Par conséquent, et dans la mesure où le règlement dudit plan prévoit des dispositions qui peuvent désavantager le recourant, c'est le droit en vigueur au moment du dépôt de la demande, soit le 17 juin 2013, qui doit être appliqué. En outre, le plan de site n'ayant à ce moment-là pas encore été adopté, il n'en sera pas tenu compte.
5.1 L’art. 5 al. 3 Cst. oblige les organes de l’État et les particuliers à agir de manière conforme aux règles de la bonne foi. L’art. 9 Cst. confère à toute personne le droit d’être traitée par les organes de l’État sans arbitraire et conformément aux règles de la bonne foi. Le principe de la bonne foi exige que l’administration et les administrés se comportent réciproquement de manière loyale. L’administration doit s’abstenir de tout comportement propre à tromper l’administré et ne saurait tirer aucun avantage des conséquences d’une incorrection ou insuffisance de sa part (ATF 143 V 95 consid. 3.6.2 ; 137 II 182 consid. 3.6.2). Le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu’il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu’il a réglé sa conduite d’après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l’administration, étant précisé qu’un renseignement ou une décision erronés de l’administration peut, selon les circonstances, intervenir tacitement ou par actes concluants (ATF 146 I 105 consid. 5.1.1 ; 143 V 341 consid. 5.2.1).
5.1.1 Selon la jurisprudence, les assurances ou les renseignements erronés donnés par les autorités confèrent des droits aux justiciables lorsque les cinq conditions cumulatives suivantes sont remplies. Tout d'abord, on doit être en présence d'une promesse concrète effectuée à l'égard d'une personne déterminée. Il faut également que l'autorité ait agi dans le cadre et dans les limites de sa compétence, que la personne concernée n'ait pas été en mesure de se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement fourni, qu'elle se soit fondée sur ce renseignement pour prendre des dispositions qu'elle ne peut ensuite modifier sans subir de préjudice et, enfin, que la loi n'ait pas subi de changement depuis le moment où la promesse a été faite (ATF 137 II 182 consid. 3.6.2 ; ATA/425/2025 du 15 avril 2025 consid. 5.1).
5.1.2 Le droit à la protection de la bonne foi peut aussi être invoqué en présence simplement d’un comportement de l’administration, pour autant que celui-ci soit susceptible d’éveiller chez l’administré une attente ou une espérance légitime (ATF 129 II 361 consid. 7.1 ; 129 I 161 consid. 4.1; arrêt du Tribunal fédéral 2C_458/2022 du 30 septembre 2022 consid. 4.1). La précision que l’attente ou l’espérance doit être « légitime » est une autre façon de dire que l’administré doit avoir eu des raisons sérieuses d’interpréter comme il l’a fait le comportement de l’administration et d’en tirer les conséquences qu’il en a tirées (ATF 134 I 199 consid. 1.3.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_458/2022 précité consid. 4.1). Tel n'est notamment pas le cas s'il apparaît, au vu des circonstances, qu'il devait raisonnablement avoir des doutes sur la signification du comportement en cause et se renseigner à ce sujet auprès de l'autorité (ATF 134 I 199 consid. 1.3.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_138/2015 du 6 août 2015 consid. 5.1).
5.2 Selon l'art. 13B de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 (LaLAT - L 1 30), lorsque l'adoption, la modification ou l'abrogation d'un plan d'affectation du sol paraît nécessaire, à l'effet de prévenir une construction qui serait de nature à compromettre des objectifs d'urbanisme ou la réalisation d'équipements publics, le DT peut refuser une autorisation de construire sollicitée en vertu de l'art. 1 LCI (al. 1). Il ne peut s’écouler plus de deux années entre la décision de refus et l’adoption, la modification ou l’abrogation d’un plan d’affectation du sol, la mise à l’enquête du projet devant intervenir dans les douze mois à compter de la décision de refus. À défaut, le propriétaire reprend la libre disposition de son terrain, dans les limites des lois ou plans d‘affectation du sol en vigueur, soit, dans les zones de développement, selon les normes de la zone ordinaire ou selon le plan d’affectation spécial en force (al. 2).
5.2.1 Selon la jurisprudence constante de la chambre administrative, l'art. 13B LaLAT – en substance équivalent à l'ancien art. 17 de cette loi – est une mesure provisionnelle individuelle tendant à protéger un processus de révision des plans d'affectation en paralysant l'application du plan en vigueur par l'effet anticipé du plan en gestation. La mesure assure le travail de révision contre les risques représentés par les projets de construction soumis à autorisation qui pourraient le menacer. Le refus vise à maintenir la liberté d'action de l'autorité chargée de l'établissement du plan d'affectation (ATA/17/2023 du 10 janvier 2023 consid. 9c ; ATA/146/2021 9 février 2021consid. 7b ; ATA/1087/2020 du 3 novembre 2020 consid. 4d ; ATA/231/2014 du 8 avril 2014 consid. 3b et 3c et les arrêts cités).
5.2.2 L'art. 13B LaLAT ne suppose pas que le processus législatif soit déjà engagé. Il suffit, d'après le texte légal, qu'une modification du régime des zones paraisse nécessaire. Dès lors que cette nécessité est constatée, et sans qu'il soit besoin que les intentions se soient déjà concrétisées dans un texte, une intervention est possible sur la base du refus conservatoire. L'application de cette disposition ne nécessite pas l'existence d'un plan d'affectation, mais uniquement son projet lié à des objectifs d'urbanisme. Il suffit que la construction envisagée paraisse de nature à contrecarrer les objectifs visés (ATA/17/2023 précité consid. 9c et l'arrêt cité).
L'art. 13B LaLAT accorde au DT une grande marge d'appréciation que le juge ne peut revoir qu'en cas d'excès ou d'abus (art. 61 al. 1 let. a LPA ; ATA/17/2023 précité consid. 9c ; ATA/146/2021 précité consid. 7d et l'arrêt cité).
5.2.3 En application de la maxime inquisitoire, qui prévaut en particulier en droit public (art. 19 et 20 LPA), l’autorité définit les faits pertinents et ne tient pour existants que ceux qui sont dûment prouvés. La maxime inquisitoire oblige notamment les autorités compétentes à prendre en considération d’office l’ensemble des pièces pertinentes qui ont été versées au dossier. Elle ne dispense pas pour autant les parties de collaborer à l’établissement des faits (ATF 124 II 361 consid. 2b ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_728/2020 du 25 février 2021 consid. 4.1 ; 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 10.2.2 ; 2C_84/2012 du 15 décembre 2012 consid. 3.1) ; il leur incombe d’étayer leurs propres thèses, de renseigner le juge sur les faits de la cause et de lui indiquer les moyens de preuves disponibles (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1), spécialement lorsqu’il s’agit d’élucider des faits qu’elles sont le mieux à même de connaître, respectivement qui relèvent de leur sphère d’influence ; la jurisprudence considère à cet égard que le devoir de collaboration des parties à l’établissement des faits est spécialement élevé s’agissant de faits que celles-ci connaissent mieux que quiconque (arrêts du Tribunal fédéral 2C_284/2019 du 16 septembre 2019 consid. 4.3 ; 1C_426/2017 du 11 mars 2019 consid. 5.3 et les références citées). En l’absence de collaboration de la partie concernée par de tels faits et d’éléments probants au dossier, l’autorité qui met fin à l’instruction du dossier en considérant qu’un fait ne peut être considéré comme établi, ne tombe ni dans l’arbitraire ni ne viole les règles régissant le fardeau de la preuve (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_611/2020 du 10 mai 2021 consid. 2.3 ; ATA/637/2025 du 10 juin 2025 consid. 3.1 et l'arrêt cité).
5.3 En l'espèce, il a été vu que le DT a tardé sans motif objectif à statuer sur la demande du recourant. Aucune assurance n'a toutefois été donnée à l'intéressé et ce dernier n'apporte pas la preuve du contraire. En effet, bien qu'il allègue que le DT lui aurait donné oralement des promesses, la chambre de céans ne saurait se fonder sur ses seules déclarations pour tenir cette information pour établie, ce d'autant moins que celle-ci n'est confirmée par aucune pièce du dossier et que l'intéressé ne fournit aucune précision sur les circonstances dans lesquelles les assurances alléguées auraient été données ni sur leur contenu exact.
Dès lors, le droit à la protection de la bonne foi, qui impliquerait en l'espèce la délivrance de l'autorisation sollicitée, ne peut entrer en ligne de compte que si le comportement de l’administration a été susceptible d’éveiller chez le recourant une attente ou une espérance légitime. Tel n'est toutefois pas le cas, au vu des préavis défavorables de certaines instances spécialisées délivrés en 2013 puis de 2018 à 2023 et des diverses demandes de compléments. Pour ce motif d'ailleurs, l'inaction et le silence de l'autorité pendant cinq ans, de 2013 à 2018, ne pouvaient pas être interprétés comme l'assurance que l'autorisation serait délivrée.
Ainsi, bien que le retard dans le traitement du dossier ne soit pas justifié, le comportement du DT ne saurait conduire à la délivrance de l'autorisation sollicitée.
L'adoption du plan de site et son règlement font partie des éléments qui ont fondé la décision de refus prononcée par le DT. Toutefois, certaines instances spécialisées ont préavisé le projet défavorablement pour d'autres motifs. En particulier, le 21 août 2013, la CMNS a indiqué que les transformations déjà réalisées sur le bâtiment concerné étaient contraires à la LaLAT et qu'elles portaient une atteinte patrimoniale importante au bâtiment. Puis, le DT a considéré que le projet nuisait à l'esthétique et à l'harmonie du quartier (art. 15 LCI) et que les couverts réalisés, qui n'étaient pas conformes à la zone agricole, contrevenaient aux art. 24c de la loi fédérale sur l’aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT - RS 700) et 27c LaLAT. Par conséquent, le refus de délivrer l'autorisation de construire repose également sur d'autres motifs que la contradiction des travaux au plan de site. Par conséquent, le DT n'a pas abusé de son pouvoir d'appréciation en estimant que le prononcé d'un refus conservatoire ne s'imposait pas.
Le grief sera donc écarté.
6.1 Selon l'art. 22 LAT, aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l’autorité compétente (al. 1). L’autorisation est délivrée si la construction ou l’installation est conforme à l’affectation de la zone (al. 2 let. a ) et si le terrain est équipé (al. 2 let. b). Le droit fédéral et le droit cantonal peuvent poser d’autres conditions (al. 3).
À Genève, l'art. 1 al. 1 LCI prévoit que sur tout le territoire du canton nul ne peut, sans y avoir été autorisé, notamment élever en tout ou partie une construction ou une installation, notamment un bâtiment locatif, industriel ou agricole, une villa, un garage, un hangar, un poulailler, un mur, une clôture ou un portail (let. a) ou modifier même partiellement le volume, l’architecture, la couleur, l’implantation, la distribution ou la destination d’une construction ou d’une installation (let. b).
6.2 Sont conformes à l’affectation de la zone agricole les constructions et installations qui sont nécessaires à l’exploitation agricole ou à l’horticulture productrice (art. 16a al. 1 LAT).
Aux termes de l'art. 24c LAT, intitulé « constructions et installations existantes sises hors de la zone à bâtir et non conformes à l’affectation de la zone », hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l’affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise (al. 1). L’autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement (al. 2). Les modifications apportées à l’aspect extérieur du bâtiment doivent être nécessaires à un usage d’habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ou encore viser à une meilleure intégration dans le paysage (al. 3). Eu égard au principe de séparation entre les parties constructibles et non constructibles du territoire, l'adjectif « nécessaire » doit être interprété de façon restrictive : il ne s'agir pas d'autoriser des solutions généreuses et confortables mais seulement ce qui se révèle objectivement indispensables dans chacun des trois cas visés (arrêt du Tribunal fédéral 1C_247/2015 du 14 janvier 2016 consid. 4.2 ; Alexander RUCH/Rudolf MUGGLI, in Heinz AEMISEGGER/Pierre MOOR/Alexander RUCH/Pierre TSCHANNEN [éd.], Commentaire pratique LAT : Construire hors zone à bâtir, 2017, n. 36 ad art. 24c LAT).
L’art. 27C LaLAT reprend le contenu de l’art. 24c LAT.
6.3 Le champ d'application de l'art. 24c LAT est restreint aux constructions et installations qui ont été érigées ou transformées conformément au droit matériel en vigueur à l'époque, mais qui sont devenues contraires à l'affectation de la zone à la suite d'une modification de la législation ou des plans d'aménagement (ATF 150 II 48 consid. 2.3 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_557/2021 du 28 mars 2023 consid. 4.1). La date déterminante est en principe celle du 1er juillet 1972, date de l'entrée en vigueur de la loi fédérale du 8 octobre 1971 sur la protection des eaux contre la pollution, qui a introduit le principe de la séparation du territoire bâti et non bâti (ATF 129 II 396 consid. 4.2.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_491/2020 du 10 mai 2021 consid. 2.1 et les références citées). L’art. 41 al. 1 de l'ordonnance sur l’aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT - RS 700.1) précise qu’il s’agit de constructions et installations « érigées ou transformées légalement avant l’attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral ». Les possibilités offertes par l'art. 24c LAT ne peuvent être utilisées qu'une seule fois (arrêt du Tribunal fédéral 1C_347/2014 du 16 janvier 2015 consid. 3.5) et ne s'appliquent qu'aux éléments autorisés conformément à l'ancien droit applicable (arrêt du Tribunal fédéral 1C_570/2022 du 19 juillet 2023 consid. 3.3).
Les al. 2 et 3 de l’art. 24c LAT accordent une garantie de la situation acquise élargie, car, outre la préservation de leur état actuel, ils autorisent également la modification partielle, l’agrandissement modéré et la reconstruction des constructions légalement érigées selon l’ancien droit (ATF 147 II 25 consid. 3.2 = JdT 2022 I p. 248, 249). ATF 140 II 509 consid 2.7 = JdT 2015 I 335 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_49/2019 du 11 novembre 2019 consid. 5). Le but de l’art. 24c LAT est d’atténuer les effets des restrictions des possibilités de transformer et d’agrandir des bâtiments situés sur des bien-fonds qui ont été classés en zone non constructible. On ne saurait donc autoriser en vertu de cette disposition des transformations ou des agrandissements excédant les possibilités qui existaient avant la modification déterminante du droit (ATA/974/2022 du 27 septembre 2022 et la référence citée).
Il suffit que l’affectation agricole soit abandonnée pour que le critère de la non‑conformité à la zone du bâtiment soit rempli. À cette condition, l’ensemble du bâtiment peut être transformé conformément à l’art. 24c al. 2 LAT (ATF 147 II 25 consid. 3.8 = JdT 2022 I p. 248, 253).
6.4 L'art. 41 OAT explicite le champ d'application de l'art. 24c LAT. Selon cette disposition, l’art. 24c LAT est applicable aux constructions et installations qui ont été érigées ou transformées légalement avant l’attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral (constructions et installations érigées selon l’ancien droit).
L’art. 42 OAT complète l’art. 24c LAT. Selon l’art. 42 al. 1 OAT, une transformation est considérée comme partielle et un agrandissement est considéré comme mesuré lorsque l’identité de la construction ou de l’installation et de ses abords est respectée pour l’essentiel. Sont admises les améliorations de nature esthétique. L’al. 2 de l’art. 42 OAT dispose que le moment déterminant pour l’appréciation du respect de l’identité est l’état de la construction ou de l’installation au moment de l’attribution du bien-fonds à un territoire non constructible. Il s'agit ainsi de comparer son état au moment de l'attribution du bien‑fonds à la zone de non-bâtir avec celui que vise à réaliser la demande d'autorisation de construire (Alexander RUCH/Rudolf MUGGLI, in Heinz AEMISEGGER/Pierre MOOR/Alexander RUCH/Pierre TSCHANNEN [éd.], op. cit., n. 26 ad art. 24c LAT).
En vertu de l’art. 42 al. 3 OAT, la question de savoir si l’identité de la construction ou de l’installation est respectée pour l’essentiel est à examiner en fonction de l’ensemble des circonstances. Les règles suivantes doivent en tout cas être respectées : (a) à l’intérieur du volume bâti existant, la surface brute de plancher imputable ne peut pas être agrandie de plus de 60%, la pose d’une isolation extérieure étant considérée comme un agrandissement à l’intérieur du volume bâti existant ; (b) un agrandissement peut être réalisé à l’extérieur du volume bâti existant si les conditions de l’art. 24c al. 4 LAT sont remplies ; l’agrandissement total ne peut alors excéder ni 30% ni 100 m2, qu’il s’agisse de la surface brute de plancher imputable ou de la surface totale (somme de la surface brute de plancher imputable et des surfaces brutes annexes) ; les agrandissements effectués à l’intérieur du volume bâti existant ne comptent que pour moitié ; (c) les travaux de transformation ne doivent pas permettre une modification importante de l’utilisation de bâtiments habités initialement de manière temporaire.
6.5 Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, pour que l’identité de la construction soit respectée au sens de l’art. 42 al. 3 OAT, il faut que son volume, son aspect extérieur et sa destination restent largement identiques et que ne soit générée aucune incidence nouvelle accrue sur l’affectation de la zone, l’équipement et l’environnement ; les transformations doivent être d’importance réduite par rapport à l’état existant de la construction (ATF 132 II 21 consid. 7.1.1 ; 127 II 215 consid. 3a ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_491/2020 précité consid. 2.2). Il n’est pas exigé que l’ancien et le nouveau soient tout à fait semblables. L’identité se réfère aux traits essentiels de la construction, c’est-à-dire dans toutes ses caractéristiques importantes du point de vue de l’aménagement du territoire (arrêts du Tribunal fédéral 1C_617/2019 précité consid. 5.2 ; 1C_312/2016 du 3 avril 2017 consid. 3.1). Si la condition de l’identité du bâtiment n’est pas respectée, on est en présence d’une transformation totale et l’octroi d’une autorisation dérogatoire fondée sur l’art. 24c LAT n’entre pas en considération (arrêt du Tribunal fédéral 1C_617/2019 précité consid. 5.2 ; ATA/278/2025 du 18 mars 2025 consid. 5.4.5).
La question de savoir si l’identité de la construction ou de l’installation est respectée pour l’essentiel de dépend pas d'un élément en particulier (arrêt du Tribunal fédéral 1A.238/2003 du 17 juin 2004 consid. 2). L'examen global requis devra notamment prendre en compte l'aspect extérieur de la construction, la nature et l'intensité de son utilisation, le nombre de logement qu'elle comportement, son équipement, sa vocation économique, les incidences de sa transformation sur l'organisation du territoire et l'environnement, ainsi que le coût des travaux (Alexander RUCH/Rudolf MUGGLI, in Heinz AEMISEGGER/Pierre MOOR/Alexander RUCH/Pierre TSCHANNEN [éd.], op. cit., n. 28 ad art. 24c LAT). L'identité de la construction ou de l'installation est respectée pour l'essentiel lorsque la modification projetée sauvegarde, dans ses traits essentiels, les dimensions ainsi que l'apparence du bâtiment et qu'elle n'entraîne pas d'effets nouveaux notables sur l'affectation du sol, l'équipement et l'environnement. La transformation doit être d'importance réduite par rapport à l'état existant de l'ouvrage (ATF 127 II 205 consid. 3a ; 123 II 256 consid. 4 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_162/2021 du 8 septembre 2021 consid. 2.1.1 ; 1C_480/2019 du 16 juillet 2020 consid. 4.1).
Du point de vue de l'aménagement du territoire, l'examen global auquel il s'agit de procéder, même lorsque l'ampleur maximale de l'agrandissement et respectée, vise à assurer l'intégration optimale du projet dans le contexte local. Il permet en particulier de poser certaines exigences quant à la réalisation concrète de l'agrandissement prévu, par exemple en vue de rendre les transformations aussi discrètes que possibles (Rudolf MUGGLI in Heinz AEMISEGGER/Alfred KUTTLER/Pierre MOOR/Alexander RUCH/Pierre TSCHANNEN [éd.], Commentaire de la loi sur l'aménagement du territoire, 2010, art. 24c, p. 19 n. 24).
6.6 Il est indifférent, dans l'application de l'art. 42 al. 1 OAT, que la construction d'origine n'ait pas de qualité particulière et que le bâtiment réalisé soit esthétiquement préférable. Les art. 24c LAT et 42 OAT n'ont en effet pas pour objet d'autoriser n'importe quelle amélioration esthétique des bâtiments, mais visent avant tout le maintien du bâti existant en zone agricole (arrêt du Tribunal fédéral 1C_401/2018 du 24 septembre 2019 consid. 3.2).
6.7 Depuis l'entrée en vigueur, le 1er septembre 2000, de la révision partielle de 1998 de la LAT, l'identité de la construction a notamment été jugée non respectée pour les cas suivants : augmentation de la hauteur d'une clôture en treillis de 1.4 à 2.85 m et ajout d'une paroi en bois destinée à protéger des regards extérieurs (arrêt du Tribunal fédéral 1C_330/2012 du 22 avril 2013 consid. 4) ; réalisation d'un abri pour voiture de dimensions considérables sur une surface gravillonnée jusque-là utilisée comme aire de stationnement (Alexander RUCH/Rudolf MUGGLI, in Heinz AEMISEGGER/Pierre MOOR/Alexander RUCH/Pierre TSCHANNEN [éd.], op. cit., n. 37 ad art. 24c LAT et la référence citée).
6.8 Concernant la question de savoir s’il existe un droit à l’obtention d’une dérogation, de l’avis dominant, ce droit existe si les conditions légales sont remplies, même si les articles concernés prévoient qu’une dérogation « peut » (et non « doit ») être accordée. Ainsi, l’autorité compétente doit d’abord déterminer si l’on est en présence de l’un des états de faits visés par les dispositions dérogatoires en vigueur. Dans l’affirmative, il faut aussi que le résultat de la pesée globale des intérêts – à laquelle il est la plupart du temps nécessaire de procéder –soit favorable au projet. Aucune règle n’exige que les dispositions dérogatoires en matière de construction hors de la zone à bâtir soient en principe appliquées de façon restrictive. Selon la jurisprudence, lesdites dispositions doivent être interprétées à l’aune du but de la prescription à laquelle il s’agit de déroger, ainsi que du sens du régime dérogatoire. Les buts et principes de l’aménagement du territoire, en particulier le principe de séparation entre les parties constructibles et non constructibles du territoire, revêtent une importance centrale dans l’interprétation des dispositions dont il est ici question (ATA/278/2025 du 18 mars 2025 consid. 5.5 et les références citées).
6.9 Dans le système de la LCI, les demandes d’autorisation sont soumises, à titre consultatif, au préavis des communes, des départements et des organismes intéressés. L’autorité de décision n’est pas liée par ces préavis (art. 3 al. 3 LCI). Ainsi, les avis ou préavis ne lient pas les autorités et n’ont qu’un caractère consultatif, sauf dispositions contraires et expresses de la loi ; l’autorité reste libre de s’en écarter pour des motifs pertinents et en raison d’un intérêt public supérieur. Toutefois, lorsqu'un préavis est obligatoire, il convient de ne pas le minimiser. (ATA/663/2025 du 16 juin 2025 consid. 5.1). Selon une jurisprudence constante, chaque fois que l'autorité administrative suit les préavis des instances consultatives, l'autorité de recours observe une certaine retenue, en fonction de son aptitude à trancher le litige, l'autorité technique consultative étant composée de spécialistes capables d'émettre un jugement dépourvu de subjectivisme et de considérations étrangères aux buts de protection fixés par la loi (ATA/739/2024 du 18 juin 2024 consid. 6.5 et l'arrêt cité).
6.10 La CMNS donne son préavis sur tous les objets qui, en raison de la matière, sont de son ressort (art. 47 al. 1 de la loi sur la protection des monuments, de la nature et des sites du 4 juin 1976 - LPMNS - L 4 05). Lorsque la consultation de la CMNS est imposée par la loi, le préavis de cette commission a un poids certain dans l’appréciation qu’est amenée à effectuer l’autorité de recours. La CMNS se compose pour une large part de spécialistes, dont notamment des membres d’associations d’importance cantonale, poursuivant par pur idéal des buts de protection du patrimoine (art. 46 al. 2 LPMNS). À ce titre, son préavis est important (ATA/679/2024 du 4 juin 2024 consid. 5.6 et l'arrêt cité). Il n'en demeure pas moins que la délivrance des autorisations de construire demeure de la compétence exclusive du DT, à qui il appartient de statuer en tenant compte de tous les intérêts en présence (ATA/206/2024 du 13 février 2024 consid. 5.1 ; ATA/1168/2023 du 31 octobre 2023 consid. 4.8 et les arrêts cités).
La CMNS donne son préavis notamment sur tout projet de travaux concernant un immeuble situé en zone protégée (art. 5 al. 2 let. g de l'ancien règlement général d'exécution de la loi sur la protection des monuments, de la nature et des sites du 29 novembre 1976 - RPMNS - L 4 05.01, applicable en l'occurrence).
La LPMNS a notamment pour but de préserver l’aspect caractéristique du paysage et des localités, les immeubles et les sites dignes d’intérêt, ainsi que les beautés naturelles (art. 1 let. b LPMNS).
6.11 Selon son art. 1, la loi sur la protection générale et l’aménagement des rives B______ du 5 décembre 2003 (LPRVers - L 4 19) a pour but la protection du cours d'eau B______, de ses rives et de leurs abords, en vue notamment de favoriser sa renaturation tout en préservant l'aspect caractéristique du paysage et les sites évocateurs du passé.
Le périmètre du territoire à protéger, délimité par le plan N° 4______-A-- dressé le 26 janvier 2001, modifié le 11 juin 2003, est régi par les dispositions de la LPRVers. Il constitue une zone à protéger au sens de l’art. 17 LAT et de l’art. 29 de la LaLAT (art. 2 al. 1 LPVers). Hors des zones à bâtir comprises dans le périmètre du plan de protection visé à l’art. 2 LPVers, aucune construction nouvelle ne peut être érigée. Demeurent notamment réservés l'agrandissement de peu d'importance, l'adaptation, la transformation et la reconstruction de bâtiments et d'installations existants aux conditions fixées par l'art. 24c LAT (art. 3 al. 1 LPVers). Les requêtes en autorisation de construire touchant le périmètre du territoire à protéger, délimité par le plan N° 4______-A-- (rives B______), font l’objet d’un préavis de la commune concernée et de l’office du patrimoine et des sites, ainsi que de l’office cantonal de l’agriculture et de la nature lorsque le projet de construction touche la sauvegarde du cadre végétal (art. 7 al. 1 LPRVers).
6.12 Par bâtiment présentant un intérêt sur le plan du patrimoine, il faut en principe entendre tout bâtiment classé, inscrit à l’inventaire, situé dans une zone protégée ou formant un ensemble protégé de la fin du XIXe siècle ou du début du XXe siècle, qui de ce fait doit être maintenu ; tout bâtiment dont le maintien est imposé par un plan d’affectation du sol, notamment un plan de site ou une autre mesure de protection du patrimoine; à titre exceptionnel, d'autres bâtiments dont le maintien est recommandé par la commission des monuments, de la nature et des sites en raison de leur intérêt architectural ou historique (art. 42C LPMNS).
7.1 Le recourant sollicite ainsi une autorisation dérogatoire, que le DT a refusé de délivrer, afin de régulariser les travaux de transformation qu'il a entrepris sans droit sur ses deux maisons d'habitation. Cette dérogation est expressément prévue par l’art. 24c LAT et présuppose en premier lieu la réalisation des conditions de cette disposition. Parmi celles-ci figurent l’utilisation du bâtiment « conformément à [sa] destination » (art. 24c al. 1 LAT et 42 al. 4 phr. 1 OAT), le fait que cet usage « ne [soit] plus conforme à l’affectation de la zone » (art. 24c al. 1 LAT) et que le bâtiment existant ait été construit « ou transform[é] légalement » (art. 24c al. 2 LAT).
Il ressort de la fiche RAC-VSX-______ (consultée le 23 juillet 2025 à l'adresse https://recensement.app.ge.ch/fr/audit/item/______/) que les maisons d'habitation concernées étaient, à l'origine, une ferme traditionnelle, construite avant 1900. Celle-ci a été remaniée au début du XXe siècle pour en faire une maison d’habitation. Au début des années 1980, elle a été transformée, à la suite de la délivrance d'une autorisation de construire le 22 novembre 1978, en deux maisons d'habitation ; deux lucarnes, un mur de clôture, un garage, une aire à fumier et un mur de soutènement ont également été construits. Les maisons d'habitation ont donc été construites puis transformées légalement, et ce avant l’attribution du bien-fonds à un territoire non constructible au sens du droit fédéral, ledit bien-fonds ayant été classé en zone agricole le 18 septembre 1987.
Les maisons d'habitation constituent le domicile du recourant. Les travaux sollicités portent sur la rénovation de la toiture ainsi que sur la transformation de la terrasse. Ces travaux ne modifieront donc pas la destination du bâtiment.
Enfin, il ne ressort pas du dossier que le recourant exploiterait une entreprise agricole. L'usage du bâtiment n'est donc plus conforme à l'affectation de la zone.
7.2 Le fait que, dans les limites précitées, les conditions de l’art. 24c LAT susmentionnées soient remplies ne permet pas d’emblée de conclure à l’octroi d’une autorisation de construire dérogatoire. Encore faut-il que l’identité de la construction ou de l’installation et de ses abords soit respectée pour l’essentiel malgré les travaux projetés.
Dans son préavis défavorable du 21 août 2013, la CMNS, dont la consultation était obligatoire (art. 5 al. 2 let. g aRPMNS) puisque la parcelle concernée se situe dans le périmètre de protection générale et aménagement des rives B______, a relevé que le bâtiment avait reçu la valeur 3 lors du RAC (RAC VSX ______), soit une valeur d'inscription à l'inventaire, et que les transformations déjà réalisées sur ce bâtiment étaient contraires à la LaLAT. Elle a indiqué que l'atteinte patrimoniale au bâtiment était importante. Le DT a suivi l'avis de la CMNS et a refusé de délivrer l'autorisation sollicitée.
Le bâtiment concerné ne fait pas l'objet d'une mesure d'inscription à l'inventaire mais a ensuite été évalué comme « intéressant » dans le RAC-2016, qui n'avait pas encore été établi au moment du dépôt de la demande d'autorisation sollicitée. Celui‑ci mentionne que malgré les transformations qu’elle a subies, dans ce cadre privilégié au bord B______, en amont des forges du D______, cette ancienne ferme joue un rôle prépondérant dans la valeur d’ensemble que le hameau du Pont conserve encore aujourd’hui. Ainsi que les autres bâtiments qui constituent ce site paysager privilégié, elle témoigne d’une phase importante de l’architecture rurale et industrielle encore conservée dans le canton (https://recensement.app.ge.ch/ fr/audit/item/1470/). Selon le Service de l'inventaire des monuments d’art et d’histoire de l'office du patrimoine et des sites, obtient la valeur « intéressant » tout bâtiment présentant notamment au moins l’un des critères suivants : degré satisfaisant de conservation de la substance architecturale ; grande qualité architecturale, structurelle ou décorative, de niveau local ou régional ; exemplarité ou originalité de son architecture (caractère constructif, stylistique, typologique) ; appartenant à un ensemble ou à un site d'intérêt, de niveau local ou régional (https://ge.ch/geodata/SIPATRIMOINE/SI-EVI-OPS/EVI/edition/fiches/RAC-Documentation/RAC-presentation-generale.pdf).
Au vu de ce qui précède, il y a lieu de retenir que la valeur patrimoniale du bâtiment est importante, ce qui était déjà le cas en 2013, le bâtiment ayant reçu la valeur 3 lors du RAC (RAC VSX ______), ce qui n'est pas contesté. Le RAC-2016, bien qu'il ne fût pas encore en vigueur en 2013, confirme d'ailleurs cette appréciation. Le préavis de la CMNS du 21 août 2013 conserve donc toute sa pertinence.
7.3 Dès lors, dans l'examen du respect, pour l'essentiel, de l'identité de la construction, la valeur patrimoniale du bâtiment concerné doit être prise en compte et un poids important doit lui être accordé.
La jurisprudence exige, dans l'examen de cette question, que l'aspect extérieur du bâtiment reste largement identique et que les transformations soient d’importance réduite par rapport à l’état existant de la construction.
Dans son préavis du 11 juillet 2023, qui peut être pris en compte puisque les éléments suivants, mentionnés dans ledit préavis, ne concernent pas le plan de site, la CMNS a estimé que la présence des châssis de toiture (quatre sur le pan nord), n'était pas adaptée aux qualités du bâtiment et que l'emprise importante des nouvelles toitures ainsi que l'imbrication de leur volumétrie portaient atteinte au bâtiment principal.
Il ressort des photographies produites par le recourant que la suppression de la lucarne et son remplacement par cinq châssis de toiture ainsi que l'aménagement de deux avant-toits le long de la façade ouest constituent des changements importants dans l'architecture du toit. Par ailleurs, l'ajout d'une toiture en terrasse a une incidence sur l'aspect de la terrasse et sur l'ensemble du bâtiment. Par conséquent, il n'y a pas lieu de s'écarter de l'appréciation de la CMNS, autorité composée de spécialistes capables d’émettre un jugement dépourvu de subjectivisme et de considérations étrangères aux buts de protection fixés par la loi.
Au vu de ce qui précède, on ne peut retenir que l’identité de la construction ou de l’installation est respectée pour l’essentiel avec les travaux sollicités, qui ont déjà été exécutés. La transformation ne saurait ainsi être considérée comme partielle. Le fait que le bâtiment, dans son état antérieur, n'aurait pas disposé de qualités anciennes, que les éléments que le recourant a ajoutés n'auraient pas été d'origine et que les toitures en terrasse initiales aurait été « massivement disproportionnées », comme le soutient l'intéressé, n'y change en toute hypothèse rien. En effet, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, il est indifférent que la construction d'origine n'ait pas de qualité particulière et que le bâtiment réalisé soit esthétiquement préférable, puisque les art. 24c LAT et 42 OAT n'ont pas pour objet d'autoriser n'importe quelle amélioration esthétique des bâtiments, mais visent avant tout le maintien du bâti existant en zone agricole.
Pour le surplus, à supposer que tel soit le cas et que cet élément doive être pris en considération, le recourant ne démontre pas que la rénovation des ouvertures en toitures aurait servi des objectifs de sécurité, étant précisé que sa seule audition ne suffirait pas à le prouver et qu'un transport sur place apparaîtrait inutile, les travaux ayant déjà été exécutés.
En définitive, la condition de l'art. 24c al. 2 LAT faisant défaut, le recourant ne peut pas bénéficier de l'autorisation dérogatoire qu'il a requise.
Le DT n'a donc pas abusé de son pouvoir d'appréciation en suivant le préavis de la CMNS et en refusant de délivrer l'autorisation de construire sollicitée.
7.4 Au demeurant, même à considérer que l'identité de la construction serait respectée pour l'essentiel, encore faudrait-il que les conditions de l'art. 24c al. 3 LAT soient respectées. Or, tel n'est pas le cas. En effet, les modifications apportées à l’aspect extérieur du bâtiment ne sont pas nécessaires à un usage d’habitation répondant aux normes usuelles ou à un assainissement énergétique ni ne visent une meilleure intégration dans le paysage. Le recourant ne l'a en effet pas prétendu dans ses échanges avec le DT après qu'il a déposé l'autorisation de construire sollicitée. Dans cette mesure, le fait que d'autres maisons sises dans l'environnement construit du plan de site disposent également de chassis n'est pas pertinent, puisque rien ne permet de retenir que la volonté du recourant, en exécutant les travaux de transformation, était de faire en sorte que le bâtiment s'intègre mieux dans le paysage au sens de l'art. 24c al. 3 LAT. Dès lors, dans de telles circonstances, retenir que les modifications apportées visaient en réalité une meilleure intégration dans le paysage, au seul motif que d'autres maisons sises dans l'environnement construit du plan de site disposeraient également de chassis, irait à l'encontre du but poursuivi par l'art. 24c LAT. Pour ces raisons d'ailleurs, il n'y a pas lieu de prendre en compte le rapport d'expertise du 7 mars 2025 produit par le recourant, qui conclut que l'intégration des ouvertures dans la toiture du bâtiment semble être adéquate et respectueuse des lieux et de leur harmonie.
7.5 Au vu de ce qui précède, il n'est pas nécessaire d'examiner le grief lié à la violation de l'art. 15 LCI ni d'analyser la conformité du projet aux art. 11 de la loi sur les forêts du 20 mai 1999 (LForêts - M 5 10) et 15 de la loi sur les eaux du 5 juillet 1961 (LEaux-GE - L 2 05).
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
PAR CES MOTIFS LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE
à la forme :
déclare recevable le recours interjeté le 10 mars 2025 par A______ contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 6 février 2025 ;
au fond :
le rejette ;
met un émolument de CHF 1'500.- à la charge d'A______ ;
dit qu’il n’est pas alloué d’indemnité de procédure ;
dit que, conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, av. du Tribunal fédéral 29, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l’art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être jointes à l’envoi ;
communique le présent arrêt à Me Jean-François MARTI, avocat du recourant, au département du territoire-OAC, au Tribunal administratif de première instance ainsi qu'à l'office fédéral du développement territorial.
Siégeant : Francine PAYOT ZEN-RUFFINEN, présidente, Patrick CHENAUX, Claudio MASCOTTO, juges.
Au nom de la chambre administrative :
le greffier-juriste :
F. SCHEFFRE
la présidente siégeant :
F. PAYOT ZEN-RUFFINEN
Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties.
Genève, le
la greffière :