POUVOIR JUDICIAIRE
A/4593/2018-ICCIFD ATA/513/2021
COUR DE JUSTICE
Chambre administrative
Arrêt du 11 mai 2021
4ème section
dans la cause
A______ SA représentée par Me Sébastien Desfayes, avocat
contre
ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE
et
ADMINISTRATION FÉDÉRALE DES CONTRIBUTIONS
Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 23 novembre 2020 (JTAPI/1026/2020)
EN FAIT
A______ SA (ci-après : A______) est une société anonyme inscrite depuis février 2001 au registre du commerce du canton de Genève (ci-après : RC), où elle a son siège. Elle a modifié son but social à partir de fin mars 2021. Jusqu'alors, elle fournissait des conseils et des services en matière d'investissement notamment dans le domaine des matières premières. Depuis lors, elle effectue une activité similaire mais dans les secteurs environnementaux ainsi que toutes opérations en relation directe ou indirecte avec son but principal. Elle peut aussi prendre des participations dans d'autres sociétés ayant un but analogue ou connexe au sien.
Monsieur B______ a été l'administrateur président avec signature individuelle de A______ depuis sa constitution jusqu'à fin janvier 2008. Depuis cette date, il en est administrateur unique avec signature individuelle. Il est également, depuis décembre 2004, l'administrateur unique avec signature individuelle de C______ SA (ci-après : C______) ayant son siège social à Genève avec un but social similaire à celui de A______, incluant le même changement à fin mars 2021. Depuis fin mars 2008, A______ et C______ ont la même directrice avec signature individuelle.
M. B______ est devenu l'actionnaire unique des deux sociétés à partir du 8 août 2009, soit deux ans après le décès de Monsieur D______, conformément au souhait de ce dernier exprimé dans un document intitulé « Letter of wishes » du 23 juillet 2007, reproduit dans le courrier du 12 octobre 2010 de A______ répondant à l'administration fédérale des contributions.
Dans ce document, M. D______ léguait à M. B______, à compter du deuxième anniversaire de son décès survenu le 8 août 2007, l'intégralité du capital-actions de C______ et le 75 % de celui de A______ dont le solde était détenu par M. B______.
Des éléments de bénéfice et de capital semblaient ne pas avoir été déclarés, notamment un compte bancaire auprès de la banque E______ SA. Afin de vérifier son imposition, A______ était invitée à fournir plusieurs documents, notamment ses états financiers définitifs de 2007 et 2008 avec le détail de l'intégration des comptes bancaires non déclarés et celui du chiffre d'affaires non déclaré, tous ses relevés bancaires, une copie de son contrat avec C______, le détail des salaires AVS 2008 pour un montant de CHF 2'600'004.- ainsi que des justificatifs et des explications sur sa prise en charge de trois sommes s'élevant respectivement à CHF 293'750.-, CHF 82'500.- et CHF 160'000.-.
Le 9 juin 2015, l'AFC-GE a notifié à A______ les rappels d'impôts pour l'ICC et l'IFD de 2005 ainsi que les amendes y relatives d'un montant respectivement de CHF 5'873.- et de CHF 2'125.- pour ne pas avoir comptabilisé des honoraires s'élevant à CHF 25'000.-.
À cette même date, l'AFC-GE a aussi notifié à A______ les bordereaux et avis de taxation concernant la taxation définitive des ICC et IFD de 2009.
Selon les avis de taxation ICC et IFD 2009, le montant déclaré pour le bénéfice net (ou perte) selon le compte de profits et pertes de l'exercice était de CHF 969'379.-, alors que le montant retenu par l'autorité fiscale s'élevait à CHF 1'340'313.- à la suite de l'intervention de son service de contrôle qui s'appuyait sur des comptes corrigés au 31 décembre 2008 (CHF -160'937.-) et sur le « compte audité » au 1er janvier 2010 (CHF 1'179'376.-). Le service de contrôle avait aussi pris en compte, dans le bénéfice total de A______, deux sommes non déclarées, à savoir une somme de CHF 4'612'321 à titre de « participation perte F______ non justifiée » et une autre de CHF 583'439.- à titre de « commissions payées dont la justification [n'avait] pas été apportée [à l'autorité fiscale] ». Le bénéfice net total imposable était de CHF 6'507'284.-. L'ICC 2009 dû se montait à CHF 1'529'151.80 et l'IFD 2009 à CHF 553'112.-.
Début juillet 2015, la contribuable a formé réclamation à l'encontre de toutes ces décisions. Elle ne comprenait pas que la perte de CHF 4'612'321.- ne soit pas retenue. Elle avait convenu avec C______ que le résultat global des transactions portant sur les actions F______ serait partagé entre elles à parts égales. Avant la participation à la perte de C______ de CHF 4'612'321.20, les résultats des actions F______ des deux sociétés se composaient d'un bénéfice de 2'017'889.- Euros pour A______ et d'une perte de 4'201'740.- Euros pour C______, avec pour résultat global une perte de 2'183'851.- Euros, ce qui conduisait pour chaque société à une perte de 1'091'925.- Euros. Le montant de CHF 4'612'321.- résultait de l'addition des montants précités en euros de 2'017'889.- et de 1'091'925.-. De plus, elle relevait l'incohérence de l'autorité fiscale qui ne tenait pas compte de la perte précitée de CHF 4'612'321.- subie par A______ sans toutefois annuler cet élément du bénéfice de C______.
Par décision sur réclamation du 23 novembre 2018, l'AFC-GE a pris en compte une provision pour impôts sur les reprises d'impôts des taxations de 2005, 2008 et 2009. Elle a maintenu les reprises effectuées dans les bordereaux de rappel d'impôts pour les ICC et IFD de 2005, réduit la quotité des amendes y relatives à 0.5 de l'impôt soustrait et recalculé les montants de celles-ci. Elle a modifié les bordereaux de taxation des ICC et IFD de 2007 et 2008 en défaveur de A______ et ceux concernant les ICC et IFD de 2009 en sa faveur.
Elle a établi de nouveaux bordereaux et avis de taxation pour les ICC et IFD de 2005, 2007, 2008 et 2009 ainsi que de nouveaux bordereaux amende pour les ICC et IFD de 2005. Lesdites amendes avaient été réduites à CHF 2'219.- respectivement à CHF 808.-.
Concernant le montant de CHF 4'612'321.-, l'argument de la contribuable selon lequel A______ et C______ avaient convenu que le résultat global des transactions portant sur les actions F______ serait partagé entre elles à parts égales ne pouvait pas être retenu car aucune explication ou justification (telle un contrat conclu entre ces deux sociétés concernant ledit partage) n'avait été fournie à l'AFC-GE concernant cette charge, malgré sa demande de renseignements, en particulier son courrier du 15 mai 2012. En l'absence de justificatif ou autres explications, cette opération ne pouvait s'expliquer que par le fait que les deux sociétés étaient dominées par le même actionnaire et par le fait que la perte de CHF 4'612'321.- était pleinement déductible auprès de A______ alors que ce résultat n'avait pas été pleinement imposé chez C______ dont le bénéfice imposable global de 2009 s'élevait à CHF 876'449.-. En effet, deux sociétés indépendantes n'auraient sans doute pas accepté de procéder à un tel partage du résultat en l'absence de circonstances particulières.
À la suite du recours interjeté par A______ contre cette décision auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI), la cause a été suspendue, d'entente entre les parties, entre février et décembre 2019.
Par jugement du 23 novembre 2020, le TAPI a partiellement admis le recours de A______, donné acte à l'AFC-GE de ce qu'elle acceptait de réduire à CHF 25'453.- le montant de la reprise relative aux commissions non justifiées concernant l'année fiscale 2009, renvoyé le dossier à l'AFC-GE pour nouvelles décisions de taxation ICC et IFD 2009, mis un émolument réduit de CHF 700.- à la charge de la contribuable et alloué à cette dernière une indemnité de procédure de CHF 800.-.
Il a refusé la jonction de la présente procédure avec celle concernant C______, les deux sociétés étant des personnes morales distinctes et les recours portant sur des faits et des problématiques juridiques partiellement communs. Il n'a pas entendu M. B______.
Il a confirmé la reprise de CHF 4'612'321.- auprès de A______ pour la taxation de 2009, faute d'un document prévoyant le mode de répartition des pertes avant la détermination du résultat commercial des actions F______. Dans la mesure où il s'agissait d'une déduction et conformément aux règles relatives au fardeau de la preuve, il incombait à A______ de démontrer l'existence d'un accord préalable entre les deux sociétés soeurs appartenant depuis le 9 août 2009 à un seul actionnaire qui était également l'administrateur unique. Ce dernier, en tant qu'organe de A______ et de C______, ne pouvait pas décider, à sa guise, après avoir déterminé le résultat d'exploitation de chacune des deux sociétés, de répartir les pertes de celles-ci de manière à réduire leurs bénéfices imposables. La « note de crédit », alléguée mais non produite par la contribuable, ne constituait pas un élément de preuve suffisant car elle ne démontrait pas l'existence d'un accord antérieur à la détermination du résultat d'exploitation entre les deux sociétés. L'AFC-GE avait admis, dans sa réponse du 28 février 2020, que la reprise de CHF 4'612'321.- auprès de A______ impliquait le dégrèvement du même montant dans la taxation de C______, rectifiant ainsi le fait que cette somme puisse être également taxée auprès de cette dernière.
Il donnait acte à l'AFC-GE du fait qu'elle acceptait de réduire la reprise de CHF 583'439.- à CHF 25'453.- sur les commissions non justifiées concernant l'année fiscale 2009, ce que la contribuable ne contestait pas.
Il confirmait la reprise de CHF 25'000.- effectuée par l'AFC-GE à titre de distribution dissimulée de bénéfice pour l'année fiscale 2005, ainsi que les amendes ICC et IFD de 2005.
Bien qu'étant deux personnes morales distinctes, la jonction de la présente cause avec celle susmentionnée s'imposait vu l'interdépendance de leur sort sur la prise en compte, dans le cadre de leur taxation respective, de la « note de crédit » de A______ de CHF 4'612'321.- concernant la répartition avec C______ de la perte sur les actions F______. Bien que l'AFC-GE ait accepté le dégrèvement du montant précité pour la détermination du bénéfice imposable de C______ en 2009, cette décision « ne correspond[ait] pas à la réalité des faits ». Les deux sociétés avaient conclu un accord concernant la répartition des risques sur les actions F______, qui était valable, et partant la perte de CHF 4'612'321.- était pleinement déductible auprès de A______. C______ avait été contrainte de recourir afin que la situation soit examinée dans son ensemble.
Son droit d'être entendue avait été violé. Le TAPI avait refusé d'entendre M. B______, administrateur des deux sociétés, alors qu'il estimait que l'accord entre celles-ci au sujet de la répartition des risques sur les actions F______ n'était pas démontré. En affirmant que la note de crédit alléguée n'avait pas été produite, le TAPI avait fait preuve d'arbitraire car ce document figurait en pièce 11 de son chargé de pièces. Cette note de crédit démontrait l'existence d'un accord entre les deux sociétés quant à la répartition du risque, de sorte qu'il revenait à l'AFC-GE d'apporter la preuve de l'inexistence d'un tel accord, ce qu'elle n'avait pas fait. Elle se plaignait d'une violation des règles relatives au fardeau de la preuve en relation avec la reprise de CHF 4'612'321.-. L'absence d'un accord écrit invoqué par l'AFC-GE n'était pas décisive, l'administration et la direction des deux sociétés étant identiques et celles-ci n'ayant ainsi ni l'obligation ni le besoin de passer l'accord de répartition en la forme écrite. L'accord entre C______ et A______ était valable de sorte que la perte de CHF 4'612'321.- était déductible auprès de A______ et que la reprise y relative devait être annulée.
Elle contestait également la reprise de CHF 25'000.- dans le rappel d'impôt des ICC et IFD 2005 ainsi que les amendes y relatives.
L'audition de M. B______ n'était pas nécessaire. La cause avait été suspendue devant le TAPI d'entente entre les parties afin de leur permettre de discuter des points litigieux. Dans ce cadre, elle avait accepté de revoir sa position lorsque la société apportait la preuve, mais la maintenait dans le cas contraire. Chaque partie avait ainsi eu l'occasion de faire part de son point de vue « lors d'une discussion qui a[vait] duré plus d'une année ».
Quant à la pièce 11 produite par la société devant le TAPI, il ne s'agissait pas d'un accord passé avant la transaction mais d'un extrait récapitulant les écritures comptables passées. Cette pièce était d'ailleurs intitulée, par la société, dans son bordereau de pièces accompagnant son recours devant le TAPI, « Extrait des comptes 4022 et 4202 de A______ ». Le TAPI avait à raison conclu que la société n'avait pas démontré l'existence d'un accord entre les deux sociétés soeurs.
Le 22 mars 2021, la recourante a indiqué que les rappels d'impôt et les amendes ICC et IFD de 2005 étaient périmés et a maintenu pour le reste sa position.
Sur ce, les parties ont été informées que la cause était gardée à juger.
EN DROIT
Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10).
La recourante demande la jonction de la présente cause avec la cause A/4592/2018 concernant C______, société dirigée par le même administrateur et actionnaire unique. Elle reproche au TAPI de ne pas y avoir procédé.
a. Selon l'art. 70 al. 1 LPA, l'autorité peut, d'office ou sur requête, joindre en une même procédure des affaires qui se rapportent à une situation identique ou à une cause juridique commune. La chambre administrative est en principe compétente s'agissant de motifs pour violation du droit, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, et pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, à l'exclusion de l'opportunité (art. 61 al. 1 et al. 2 LPA).
b. En refusant de joindre les causes au motif qu'il s'agissait de personnes morales distinctes et que les recours portaient sur des faits et des problématiques juridiques qui n'étaient que partiellement communs, le TAPI n'a pas abusé de son pouvoir d'appréciation. La recourante ne conteste pas cette motivation mais se prévaut du risque de décisions contradictoires s'agissant du traitement fiscal de la somme litigieuse de CHF 4'612'321.- invoquée par A______ à titre de perte, alors que l'AFC-GE la prenait en compte dans le bénéfice de C______, afin de solliciter la jonction des causes précitées. Or, un tel risque peut être évité, comme en l'espèce, par des décisions séparées mais prises en même temps. De plus, il se fonde sur l'appréciation d'une pièce, qualifiée de « note de crédit » par la recourante, qui n'a in casu pas été produite pour les raisons sousmentionnées en lien avec la reprise litigieuse de CHF 4'612'321.-. Le risque d'appréciation divergente d'une même pièce dans des procédures différentes n'exige pas à lui seul la jonction des causes, ce d'autant moins qu'une telle question peut constituer un motif de recours au sens de l'art. 61 al. 1 LPA, que ce soit en tant qu'appréciation arbitraire d'une pièce ou constatation inexacte ou incomplète d'un fait pertinent. La jonction des causes est en revanche subordonnée à l'existence d'une « situation identique » ou à celle d'une « cause juridique commune » en vertu de l'art. 70 al. 1 LPA, ce qui n'est pas le cas ici. Par conséquent, le recours sera rejeté sur ce point.
c. En ce qui concerne la jonction sollicitée devant la chambre administrative, celle-ci n'y procédera pas. En effet, malgré les liens étroits que les sociétés entretiennent, il s'agit juridiquement de deux personnes morales distinctes, soumises chacune à ses obligations fiscales. Par ailleurs, les questions juridiques à examiner sous l'angle du droit fiscal ne sont pas les mêmes dans les deux causes. Quant au risque de contradiction s'agissant du traitement de la somme litigieuse de CHF 4'612'321.-, il n'est plus d'actualité devant la chambre de céans à la suite du changement de position de l'AFC-GE en février 2020 pris en compte dans le jugement querellé, ayant pour conséquence que cette même somme n'était plus taxée auprès de C______.
a. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst. - RS 101) comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre. L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 145 I 167 consid. 4.1 et les références citées).
b. En l'espèce, M. B______ est l'organe de la recourante qui a déjà pu s'exprimer par écrit. Son audition est en particulier sollicitée en lien avec la perte de CHF 4'612'321.- invoquée par A______, mais qui n'a pas été retenue par l'AFC-GE, suivie par le TAPI, faute d'explication ou justificatif attestant de l'accord préalable sur la répartition des pertes des actions F______ entre A______ et C______, sociétés soeurs qu'il domine seul en tout cas depuis fin janvier 2008. Pour les raisons développées plus bas, cette audition ne peut in casu pas pallier l'absence d'une telle preuve, en particulier d'une preuve écrite vu les liens étroits entre les sociétés. Elle n'est ainsi pas déterminante pour l'issue du présent litige, de sorte que la chambre de céans n'y procédera pas.
a. En matière de rappel d'impôts, les réglementations genevoise et fédérale relatives à la péremption sont similaires. Le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète (art. 152 al. 1 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 - LIFD - RS 642.11 ; art. 53 al. 2 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 - LHID - RS 642.14 ; art. 61 al. 1 de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 - LPFisc - D 3 17). Le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (art. 152 al. 3 LIFD ; art. 53 al. 3 LHID ; art. 61 al. 3 LPFisc).
Ainsi, depuis le 1er janvier 2021, les rappels d'impôts des ICC et IFD de 2005 sont atteints par la péremption, de sorte que le recours doit être admis sur ce point.
b. Quant aux amendes, la réglementation fédérale régissant la prescription de la poursuite pénale a été modifiée dès le 1er janvier 2017.
Selon le nouveau droit, la poursuite pénale de la soustraction d'impôt consommée se prescrit par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD ; art. 58 al. 2 let. a LHID). La prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente avant l'échéance du délai de prescription (art. 184 al. 2 LIFD ; art. 58 al. 3 LHID). Si le droit fiscal cantonal est contraire à la nouvelle teneur de l'art. 58 LHID dès le 1er janvier 2017, celle-ci s'applique directement dès cette date (art 72s al. 2 LHID).
L'art. 77 LPFisc régit la prescription de la poursuite pénale en cas de soustraction d'impôt. La poursuite pénale se prescrit en cas de soustraction d'impôt consommée par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 77 al. 1 let. b LPFisc). Si la prescription peut être interrompue aux conditions de l'art. 77 al. 2 LPFisc, elle ne peut toutefois être prolongée de plus de la moitié de sa durée initiale (art. 77 al. 2 dernière phr. LPFisc). La dernière phrase de l'art. 77 al. 2 LPFisc n'est pas conforme à l'art. 58 al. 3 LHID, de sorte que cette disposition fédérale prime depuis le 1er janvier 2017.
Quant à l'ancien droit fédéral applicable à la prescription de la poursuite pénale en cas de soustraction d'impôt consommée, il est similaire à l'actuelle réglementation s'agissant du délai de prescription de dix ans dès la fin de la période fiscale concernée (art. 184 al. 1 let. b LIFD dans sa teneur antérieure au 1er janvier 2017 ; art. 58 al. 2 LHID dans sa teneur antérieure au 1er janvier 2017). Si ce délai peut être interrompu à certaines conditions selon l'ancien droit fédéral, ce dernier prévoit, à l'instar de l'art. 77 al. 2 dernière phr. LPFisc, que la prescription ne peut toutefois pas être prolongée de plus de la moitié de sa durée initiale (art. 184 al. 2 LIFD dans sa teneur antérieure au 1er janvier 2017 ; art. 58 al. 3 LHID dans sa teneur antérieure au 1er janvier 2017). Ainsi et comme l'a jugé le Tribunal fédéral, avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait dans tous les cas par quinze ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'avait pas été effectuée ou l'avait été de façon incomplète, ce délai ne pouvant être prolongé (arrêt du Tribunal fédéral 2C_41/2020 du 24 juin 2020 consid. 4.3 et les références citées).
En l'absence d'une réglementation expresse contraire et sous réserve du principe de la lex mitior, prévu notamment à l'art. 205f LIFD pour les personnes physiques et à l'art. 78f LHID, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause, étant précisé que le rappel d'impôt relevant du droit matériel obéit aux mêmes règles. La prescription ou péremption sont aussi des questions de droit matériel à examiner d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable tant pour l'IFD que les ICC lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (arrêt du Tribunal fédéral 2C_41/2020 précité consid. 3 et 4 et les arrêts cités).
c. En l'espèce, la période fiscale concernée par les amendes litigieuses est 2005, soit une période antérieure à la modification susmentionnée du droit fédéral. Dans la mesure où ces amendes ont été prononcées par l'AFC-GE en juin 2015, dans le délai de dix ans dès la fin de la période fiscale concernée, elles ne seraient pas prescrites selon le nouveau droit, alors qu'elles le sont depuis le 1er janvier 2021 au regard de l'ancien droit, le délai de quinze ans étant arrivé à échéance dès cette date. Il en va de même sous l'angle du droit cantonal vu l'art. 77 al. 2 dernière phr. LPFisc et les dispositions précitées de la LHID. Par conséquent, le nouveau droit n'étant pas plus favorable à la contribuable, c'est l'ancien droit qui doit s'appliquer in casu. Les amendes ICC et IFD de 2005 sont donc prescrites depuis le 1er janvier 2021, de sorte qu'elles doivent être annulées. Le recours sera ainsi aussi admis sur ce point.
a. L'impôt sur le bénéfice des personnes morales a pour objet le bénéfice net (art. 57 LIFD ; art. 24 al. 1 ab initio LHID ; art. 11 de la loi sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 - LIPM - D 3 15). Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable comprend entre autres le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (let. a) et tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que notamment les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (let. b, dernier tiret). Cette disposition trouve son pendant à l'art. 12 al. 1 let. a, d et h LIPM ainsi qu'à l'art. 24 al. 1 let. a LHID.
b. Selon la maxime inquisitoire, qui prévaut en particulier en droit public, l'autorité définit les faits pertinents et ne tient pour existants que ceux qui sont dûment prouvés ; cette maxime oblige notamment les autorités compétentes à prendre en considération d'office l'ensemble des pièces pertinentes qui ont été versées au dossier. Elle ne dispense pas pour autant les parties de collaborer à l'établissement des faits ; il incombe à celles-ci d'étayer leurs propres thèses, de renseigner le juge sur les faits de la cause et de lui indiquer les moyens de preuves disponibles, spécialement lorsqu'il s'agit d'élucider des faits qu'elles sont le mieux à même de connaître (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_649/2020 du 10 novembre 2020 consid. 6.4).
En matière fiscale, il appartient à l'autorité de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, tandis que le contribuable doit supporter le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation d'impôts. S'agissant de ces derniers, il appartient au contribuable non seulement de les alléguer, mais encore d'en apporter la preuve et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve, ces règles s'appliquant également à la procédure devant les autorités de recours (ATF 146 II 6 consid. 4.2 ; 133 II 153 consid. 4.3 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_32/2020 du 8 juin 2020 consid. 3.5 ; ATA/1077/2020 du 27 octobre 2020 consid. 7).
En droit fiscal, le principe de la libre appréciation de la preuve s'applique. L'autorité forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'elle a recueillis. Cette liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par l'interdiction de l'arbitraire (Ernst BLUMENSTEIN/Peter LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 7ème éd., 2016, p. 502 s.). Il n'est pas indispensable que la conviction de l'autorité de taxation confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité ; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (arrêts du Tribunal fédéral 2C_710/2016 du 25 août 2016 consid. 6.2 ; 2C_1201/2012 du 16 mai 2013 consid. 4.5 ; 2C_47/2009 du 26 mai 2009 in RDAF 2009 II 408 consid. 5 ; ATA/412/2021 du 13 avril 2021 consid. 4c ; ATA/119/2019 du 5 février 2019 consid. 8).
c. En l'espèce, la perte litigieuse est invoquée par la contribuable à titre de dépense, soit en déduction du bénéfice et a fortiori en réduction des impôts y relatifs, de sorte qu'il lui incombe de démontrer son existence conformément aux règles générales susévoquées en matière de fardeau de la preuve.
Le fait que l'accord susmentionné sur la répartition des pertes passé avec C______ ne requiert pas la forme écrite dans le cadre de leurs relations internes n'est pas déterminant s'agissant de leurs relations avec les personnes externes à leurs sociétés. Cela vaut en particulier à l'égard de l'autorité fiscale. Comme l'a à juste titre relevé le TAPI, ces deux sociétés sont dirigées par le même administrateur unique, qui en est en outre depuis août 2009 le seul actionnaire, à savoir M. B______ ; celui-ci ne peut pas décider à sa guise, après avoir déterminé le résultat d'exploitation de chacune des deux sociétés, de répartir leurs pertes de manière à réduire leurs bénéfices imposables. Vu les liens étroits entre A______ et C______, la perte litigieuse ne peut être prise en compte par l'AFC-GE que si elle est prouvée à satisfaction de droit. À cet effet, la forme écrite de l'accord revêt toute son importance, contrairement à ce que semble penser la recourante. Quant à la pièce 11, il ne s'agit pas d'un accord. Elle n'exprime la volonté de personne. Il s'agit, comme l'indique l'AFC-GE dans sa réponse, d'un extrait récapitulant les écritures comptables passées, intitulé dans le bordereau de pièces de la recourante produit devant le TAPI de « Extrait des comptes 4022 et 4202 de A______ ». C'est donc à juste titre que le TAPI a retenu qu'il n'existait pas d'élément de preuve démontrant l'existence d'un accord préalable à la détermination du résultat d'exploitation entre les deux sociétés.
L'audition de M. B______ ne permet pas, dans les circonstances du présent cas, d'aboutir à une autre conclusion, du fait de sa position d'administrateur unique des deux sociétés depuis fin janvier 2008 et d'actionnaire unique dès août 2009. En tant qu'organe de ces sociétés, il exprime la volonté de celles-ci, en particulier de A______ dont la position ressort de ses écritures. Il est en outre seul à diriger ces sociétés. Ses déclarations ne peuvent ainsi pas suppléer l'absence de document attestant, à satisfaction de droit, de l'existence d'un accord préalable entre ses deux sociétés sur la répartition des pertes des actions F______. Le TAPI n'a donc pas violé le droit d'être entendu de la recourante en refusant d'entendre M. B______, étant par ailleurs précisé que la cause a été suspendue en 2019 pour permettre aux parties de discuter des points litigieux.
Par conséquent, en l'absence d'élément démontrant l'existence d'un accord préalable sur la répartition des pertes des actions F______ entre les deux sociétés soeurs, la reprise de CHF 4'612'321.- effectuée par l'AFC-GE sur le bénéfice de A______ de 2009 doit être confirmée, ladite somme ne pouvant pas être prise en compte comme une perte. Le recours doit donc être rejeté sur ce point.
a. La juridiction administrative statue sur les frais de procédure, indemnités et émoluments dans les limites établies par règlement du Conseil d'État et conformément au principe de la proportionnalité (art. 87 al. 1 et 3 LPA ; ATA/633/2020 du 30 juin 2020 consid. 2 et la référence citée). Selon l'art. 1 du règlement sur les frais, émoluments et indemnités en procédure administrative du 30 juillet 1986 (RFPA - E 5 10.03), les frais de procédure qui peuvent être mis à la charge de la partie comprennent l'émolument d'arrêté au sens de l'art. 2 et les débours au sens de l'art. 3. En règle générale, l'émolument d'arrêté n'excède pas CHF 10'000.- (art. 2 al. 1 RFPA) ; toutefois, dans les contestations de nature pécuniaire, l'émolument peut dépasser cette somme, sans excéder CHF 15'000.- (art. 2 al. 2 RFPA).
b. De jurisprudence constante, la partie qui succombe supporte une partie des frais découlant du travail qu'elle a généré par sa saisine (ATA/758/2020 du 18 août 2020 consid. 4c). Les frais de justice sont des contributions causales qui trouvent leur fondement dans la sollicitation d'une prestation étatique et, partant, dépendent des coûts occasionnés par le service rendu. Il est cependant notoire que, en matière judiciaire, les émoluments encaissés par les tribunaux n'arrivent pas, et de loin, à couvrir leurs dépenses effectives (ATF 143 I 227 consid. 4.3.1 ; 141 I 105 consid. 3.3.2).
c. En l'espèce, le TAPI a mis à la charge de la recourante un émolument réduit de CHF 700.- et lui a octroyé une indemnité de procédure de CHF 800.- qui n'est pas contestée. Il ressort du jugement querellé que la recourante n'a obtenu que très partiellement gain de cause et ce au motif que l'AFC-GE a accepté de réduire le montant d'une reprise de CHF 583'439.- à CHF 25'453.- concernant la taxation de 2009. Quant aux deux autres reprises contestées par la recourante portant sur un montant de CHF 25'000.- pour la taxation de 2005 et un autre de CHF 4'612'321.- pour la taxation de 2009, elles ont été confirmées par le TAPI qui a également confirmé les amendes ICC et IFD de 2005. En outre, il ne résulte pas du dossier que la situation financière de la recourante ne pouvait s'accommoder d'un tel montant, ce que la contribuable ne soutient d'ailleurs pas, ce montant correspondant au demeurant à la fourchette inférieure de l'art. 2 al. 1 RFPA. Par conséquent, en percevant un émolument de 700.-, le TAPI n'a pas abusé ou excédé son pouvoir d'appréciation, de sorte que le recours sera rejeté sur ce point.
Au vu de ce qui précède, le recours sera partiellement admis en raison de la péremption des rappels d'impôt des ICC et IFD de 2005 ainsi que de la prescription des amendes ICC et IFD de 2005. Les bordereaux relatifs auxdits rappels d'impôts et amendes doivent donc être annulés. Pour le surplus, le recours sera rejeté.
PAR CES MOTIFS LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE
à la forme :
déclare recevable le recours interjeté le 23 décembre 2020 par A______ SA contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 23 novembre 2020 ;
au fond :
l'admet partiellement ;
constate la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt pour les ICC et IFD de 2005 ainsi que la prescription des amendes relatives aux ICC et IFD de 2005 ;
annule dans cette mesure le jugement entrepris ainsi que les bordereaux de rappel d'impôts ICC et IFD de 2005 et les bordereaux amendes ICC et IFD de 2005 ;
confirme le jugement entrepris pour le surplus ;
met un émolument de CHF 1'000.- à la charge de A______ SA ;
alloue à A______ SA une indemnité de procédure de CHF 500.-, à la charge de l'État de Genève (AFC-GE) ;
dit que conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l'envoi ;
communique le présent arrêt à Me Sébastien Desfayes, avocat de la recourante, à l'administration fiscale cantonale, à l'administration fédérale des contributions ainsi qu'au Tribunal administratif de première instance.
Siégeant : Mme Krauskopf, présidente, M. Verniory, Mme Lauber, juges.
Au nom de la chambre administrative :
le greffier-juriste :
F. Scheffre
la présidente siégeant :
F. Krauskopf
Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties.
Genève, le
la greffière :