POUVOIR JUDICIAIRE
A/360/2020-LCI ATA/393/2021
COUR DE JUSTICE
Chambre administrative
Arrêt du 13 avril 2021
dans la cause
COMMUNE DE COLOGNY représentée par Me Xavier Latour, avocat
contre
SERVICES INDUSTRIELS DE GENÈVE représentés par Me Nicolas Wisard, avocat
et
DÉPARTEMENT DU TERRITOIRE-OAC
Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 23 décembre 2020 (JTAPI/1159/2020)
EN FAIT
Cette autorisation ne vise que la parcelle n° 1'566 de la commune de Pregny-Chambésy. Il ressort des pièces du dossier d'autorisation de construire produit par les SIG à la présente procédure, soit notamment de la notice d'impact de l'environnement et du plan des installations de chantier, que les éléments de conduite seraient acheminés et stockés au quai de Cologny.
Aucun recours n'a été formé contre cette autorisation.
b. Celle-ci porte plus précisément sur le projet « GeniLac ». Il s'agit de l'un des réseaux thermiques majeurs, prévu par le plan directeur cantonal (ci-après : PDCn) 2030, dans sa fiche D2 relative à la coordination de l'aménagement du territoire et de la politique énergétique cantonale. Ces réseaux sont décrits comme des infrastructures structurantes pour un urbanisme durable à l'échelle de l'agglomération franco-valdo-genevoise. Les réseaux thermiques majeurs sont CADIOM, CADSIG, le réseau d'eau du lac Genève-Lac-Nations (ci-après : GLN), le réseau d'eau du lac « GeniLac » (branches aéroport, et branche centre-ville, PAV-nord et HUG/Eaux-Vives) et CAD rive gauche.
La directive relative au raccordement au Réseau Thermique GeniLac publiée par l'office cantonal de l'énergie (ci-après : OCEN) précise que l'utilisation de l'eau du lac Léman pour rafraîchir et chauffer les bâtiments est une solution énergétique renouvelable, dont l'objectif est de réduire les émissions de CO2 dans le canton de Genève. L'eau est pompée dans le lac à 45 m de profondeur à une température presque stable toute l'année. Après utilisation de l'énergie thermique dans les bâtiments, l'eau est restituée dans son milieu originel à une température proche afin de minimiser et maîtriser les impacts sur l'environnement (version 5 du 9 février 2021, disponible sur le site https://www.ge.ch/document/15915/telecharger, consulté le 6 avril 2021).
En date du 10 janvier 2019, la commune de Cologny (ci-après : la commune) a été saisie d'une « requête de permission pour fouille, travaux divers ou détention d'une installation sur ou sous le domaine public cantonal » portant sur une installation de chantier, sur la parcelle n° 1'843 de la commune (tronçon sur le quai de Cologny/route de Thonon, « en aval du parking de sauvetage de la Belotte »), pour la « réalisation lot 7 Stap du Vengeron » et d'un engin de levage, pour une période comprise entre le 28 janvier 2019 et le 17 décembre 2021, soit de trente-cinq mois.
Par courrier du 8 avril 2019, la commune de Cologny s'est opposée à l'installation de ce chantier au motif qu'au vu de l'ampleur et de la durée celui-ci, une autorisation de construire était nécessaire.
a. Le 7 juin 2019, les SIG ont déposé une demande d'autorisation de construire complémentaire n° DD 110'263/2, visant l'installation d'un chantier sur le quai de Cologny pendant vingt-quatre mois, dès le 6 mai 2019, notamment sur les parcelles nos 1'843, 1'853 et 1'817 de la commune de Cologny.
Ce projet comprend une grue de 42 m de haut, des cabanes de chantier ainsi que des contreventements le long des berges en bordure de parcelle sur une longueur d'environ 150 m. Une zone de stockage et une zone d'assemblage sont également prévues, ainsi qu'une voie de roulement permettant le déplacement des tuyaux avant leur mise à l'eau.
Selon le plan n° 28'122A-600, adopté par le Grand Conseil le 4 décembre 1992 et complété par le plan n° 29'287-516, ces parcelles sont incluses dans le périmètre de protection instauré par la loi sur la protection générale des rives du lac du 4 décembre 1992 (LPRLac - L 4 10).
b. Le site du chantier devait remplir plusieurs critères, soit principalement : offrir un accès routier aux poids lourds, présenter une ligne de rive rectiligne permettant l'assemblage et la mise à l'eau de tronçons de tuyaux de 90 m, permettre l'installation d'une grue, d'une surface de stockage et d'une base de vie dans la continuité de la zone d'assemblage, bénéficier d'un régime de vent, de vagues et de courants le plus protégé possible pour ne pas mettre en péril les tronçons de conduite mis à l'eau, bénéficier d'un tirant d'eau adéquat pour les barges de chantier, se situer à proximité du site d'installation des conduites liées à la STAP du Vengeron pour réduire les temps de convoyage des tronçons et le risque de dégâts sur ces derniers pendant la navigation, ne pas être utilisé par d'autres utilisateurs du lac ou de la rive.
le 26 juin 2019, préavis favorable sous conditions de l'office de l'urbanisme ;
le 12 juillet 2019, préavis favorable sous conditions de l'office cantonal du génie civil (ci-après : OCGC). Le projet entrait en conflit avec le projet de réaménagement du quai de Cologny piloté par ledit office et nécessitait une coordination étroite. Tous les travaux sur le domaine public cantonal devaient par ailleurs respecter les dispositions constructives génie civil ;
le 19 juillet 2019, préavis défavorable de la commune. L'emplacement du projet se trouvait dans le périmètre de protection des rives du lac. Il s'agissait d'un site protégé tant selon le plan directeur cantonal que communal qui le qualifiait de réservoir de biodiversité. Le projet viendrait en confrontation avec un axe structurant de mobilité douce. Au vu de la taille des installations (grue de plus de 42 m, cabanes de chantier, tuyaux installés sur 170 m de long) et de la durée de l'entreprise, cela péjorerait de manière significative et durable la beauté du site ;
le 5 novembre 2018 [recte : 2019], préavis favorable de la commission des monuments, de la nature et des sites (ci-après : CMNS) sous conditions, avec dérogations aux art. 15 de la loi sur les eaux du 5 juillet 1961 (LEaux-GE - L 2 05), 15 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI - L 5 05) et 6 et 13 LPRLac. Elle n'avait pas préavisé favorablement le projet initial, mais vu la décision prise par le département du territoire (ci-après : le département), elle ne s'opposait pas à l'installation du chantier pour une durée de vingt-quatre mois. Elle demandait néanmoins en conditions de laisser l'entier des barrières de chantier perméable à la vue ;
le 8 novembre 2019, préavis favorable de l'office cantonal de l'eau (ci-après : OCEau) à la dérogation selon l'art. 15 al. 3 LEaux-GE, sous conditions, précisant que l'emprise totale sur le fond lacustre prévu était de 20 m2 ;
le 15 novembre 2019, préavis de la commission consultative de la diversité biologique (ci-après : CCDB), demandant la modification du projet. Il convenait de diminuer l'impact en étudiant un emplacement afin de limiter l'atteinte sur les macrophytes. Si aucune variante n'était possible, une compensation devait être offerte ;
le 2 décembre 2019, préavis liant, favorable, avec dérogation selon l'art. 22 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage du 1er juillet 1966 (LPN - RS 451) de l'office cantonal de l'agriculture et de la nature (ci-après : OCAN), et sous conditions 1) qu'aucune autre emprise lacustre que celles définies dans les documents d'autorisation ne soit admise ; seules les emprises sur les macrophytes, communiquées par Ecotec par courriel du 14 novembre 2019, seraient autorisées relatives à la rampe de mise à l'eau et à la zone de stockage, et 2) que les travaux ayant des impacts sur les macrophytes soient réalisés en dehors de la période de prolifération, à savoir entre novembre et avril (au plus tard).
Il était également notamment demandé, trente jours avant l'ouverture du chantier, de lui transmettre les détails du respect de la charge n° 2 et, une fois les emprises lacustres démontées, de recréer des milieux équivalents à ceux détruits ou partiellement détruits aux emplacements des zones impactées par les emprises lacustres ;
Sous réserve de la mise en oeuvre des mesures intégrées aux documents communiqués ainsi que celles définies dans le préavis, le projet respectait les prescriptions légales en matière de protection de l'environnement.
Par décision du 13 décembre 2019, publiée le même jour dans la FAO, le département a délivré l'autorisation de construire n° DD 110'263/2.
Par acte du 28 janvier 2020, la commune a formé recours auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : le TAPI) contre cette décision, concluant principalement à son annulation.
De nombreux intérêts prépondérants s'opposaient à l'octroi d'une dérogation à l'interdiction de bâtir sur les parcelles concernées par le projet litigieux, dans la mesure où l'autorité disposait de choix alternatifs, notamment sur le site du Vengeron. Les parcelles visées par le projet querellé étaient utilisées dans un but contraire à celui des protections dont elles faisaient l'objet, servant trop souvent de lieu de stockage de matériaux, de chargement et d'amarrage des barges industrielles. Le chantier projeté entrait par ailleurs en conflit avec l'aménagement du quai de Cologny en cours de réalisation et ayant pour but « d'améliorer la qualité de vie des Genevoises et Genevois en offrant des accès à l'eau praticables et confortables, tout en créant des milieux naturels au bord du lac Léman ». Il aurait également une influence négative sur les dizaines de milliers de personnes (piétons, cyclistes et automobilistes) empruntant quotidiennement la route de Thonon et la route de Cologny. Par son ampleur et sa durée, il était susceptible de causer des nuisances substantielles et avérées, et d'impacter de manière durable la faune et la flore, alors que le Grand Conseil avait choisi de faire de ces parcelles l'une des rares zones de protection de la nature et du paysage située sur les berges du lac.
C'était également en violation de l'art. 15 LEaux-GE que cette autorisation avait été accordée, étant précisé que le préavis de la CMNS devait être considéré non comme une approbation inconditionnelle du projet, mais bien plutôt comme un refus de se prononcer après l'absence de prise en compte de trois préavis négatifs. Par ailleurs, la CCDB avait demandé que soit étudié un déplacement du chantier afin de limiter l'atteinte sur la macrophyte. Les conditions d'une dérogation au sens de l'art. 22 LPN n'étant pas réunies, le département avait violé le droit fédéral en autorisant la destruction de la végétation des rives des parcelles concernées pour permettre la mise en place du chantier. Le projet portait par ailleurs indéniablement atteinte aux buts poursuivis par la LPRLac.
La réalisation du projet impliquerait notamment un usage accru de la route de Thonon, déjà surchargée, en raison des camions nécessaires à l'acheminement des matériaux de construction, ainsi qu'une mise en danger des cyclistes et piétons qui seraient contraints de partager, sur une distance d'au moins 150 m, une voie de circulation extrêmement étroite et il était patent que les immissions provoquées par le chantier devaient être qualifiée d'inconvénients graves pour les voisins. Enfin, le chantier nuirait tant au caractère et à l'intérêt du quartier qu'à celui du site naturel et du point de vue accessible au public que représentaient le bas de la rampe de Vésenaz et le quai de Cologny.
Les SIG, soutenus par le département, ont sollicité la levée de l'effet suspensif au recours, en raison de l'intérêt public prépondérant que représentait le projet GeniLac.
Par décision du 27 février 2020, le TAPI a rejeté la requête tendant au retrait de l'effet suspensif au recours (DITAI/117/2020).
Par arrêt du 26 mai 2020 (ATA/528/2020), la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après: la chambre administrative) a confirmé cette décision.
Ni les arguments en lien avec le retard que prendrait le chantier ni les surcoûts financiers induits par la procédure en cours n'étaient déterminants lors de l'analyse du bien-fondé de la décision du TAPI. Le principe légal, d'autant plus fondé en matière de constructions, voulait qu'un recours ait effet suspensif. Certes, la construction querellée n'était que temporaire et limitée à vingt-quatre mois. Il s'agissait toutefois d'un chantier d'envergure, tant sur l'espace nécessaire au sol que sur le lac. Il était prévu pour durer deux ans et touchait un site protégé par la LPRLac.
Compte tenu du pouvoir d'appréciation du TAPI, et de l'absence d'intérêts à une exécution immédiate de la décision au détriment d'un contrôle juridictionnel, c'était à bon droit que le TAPI avait rejeté la requête des SIG. Il conviendrait toutefois que le dossier soit traité rapidement compte tenu de l'importance des intérêts publics concernés (ATA/528/2020 précité consid. 5b).
Après avoir détaillé le projet GeniLac - soit en substance un réseau thermique qui utilise l'eau du lac Léman et l'électricité renouvelable pour fournir en énergie thermique de nombreux bâtiments dans le canton de Genève - et exposé que le nouveau réseau GeniLac Aéroport (ci-après : GLA) et le renforcement des capacités du réseau GeniLac Nations (ci-après : GLU) nécessitaient la création d'une station de pompage sur le site du Vengeron, les SIG ont fait valoir l'impact négatif créé par l'impossibilité d'utiliser le quai de Cologny, voire simplement le retard que la présente procédure faisait prendre aux travaux.
Le site visé par la décision querellée était identifié dans le schéma de protection, d'aménagement et de gestion des eaux Lac-Rhône-Arve comme devant accueillir les entreprises lacustres, le lieu n'étant pas propice à la baignade. Selon les résultats de l'étude préliminaire de localisation et de morphologie des aménagements lacustres (ci-après : ELPMAL) réalisés en 2014, préalablement au développement du projet de plage publique des Eaux-Vives, le site de Cologny n'avait pas un renouvellement suffisant de l'eau pour prévoir un aménagement de baignade de grande ampleur, mais se prêtait aux activités des entreprises lacustres. L'étude de courantologie réalisée pour cette étude avait montré que ledit site bénéficiait d'une protection efficace contre les vagues de bise.
L'installation du chantier comprenait une zone à terre et une structure sur le lac, permettant la mise à l'eau des tronçons, d'une longueur de 90 m assemblés. Les installations à terre étaient constituées d'une zone pour l'assemblage des tronçons, l'espace nécessaire à la pose de la grue, une zone de stockage et des containers de chantier. Un espace résiduel était laissé aux piétons et aux cyclistes. La bande cyclable ne subissait aucun empiétement. La longueur concernée serait d'environ 150 m et la surface de 1'200 m2. La structure d'assemblage et de mise à l'eau située sur le lac aurait une surface totale de 1'300 m2. La surface du fond du lac effectivement touchée était de 20 m2, correspondant aux forages pour les pieux de soutien. La surface à terre ne présentait aucun intérêt naturel particulier et l'installation sur le lac n'impliquerait aucune perte de luminosité pour la flore lacustre. L'autorisation de construire présentement litigieuse n'était que complémentaire à la précédente et temporaire pour une durée maximale de vingt-quatre mois.
Compte tenu des contraintes techniques, le site d'assemblage devait présenter plusieurs caractéristiques. Le site visé par l'autorisation de construire présentait toutes les qualités requises. D'autres sites alternatifs avaient été étudiés et écartés, à l'instar de l'utilisation du site du Vengeron ou d'autres sites potentiels mentionnés dans le rapport de Implenia du 16 septembre 2019 et la note de ZS Ingénieurs civils SA et Stucky SA du 17 mars 2020.
À l'exception de la commune, tous les services préaviseurs avaient favorablement accueilli le projet, et les SIG avaient obtenu les autorisations spéciales délivrées en application de la loi fédérale sur la pêche du 21 juin 1991 (LFSP - RS 923.0) et de la LPN. Dans la mesure où les installations visées par l'autorisation de construire ne pouvaient prendre place que sur le quai de Cologny et qu'aucun intérêt public prépondérant ne s'opposait à l'implantation sur ce site, c'était à juste titre que l'autorisation avait été accordée en application des art. 24 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT - RS 700), 22 al. 2 LPN et 15 al. 3 LEaux-GE. Les art. 6 et 13 LPRLac et 14 et 15 LCI avaient également été respectés.
Dans la mesure où le projet était conforme à l'affectation de la zone, le grief de la commune relatif à l'art. 24 LAT devait être écarté et, en tout état, était infondé. Les conditions de l'art. 15 al. 3 LEaux-GE étaient réalisées, l'installation prévue ne portant pas atteinte aux fonctions écologiques du cours d'eau et de ses rives, ni à la sécurité des personnes et des biens. Les caractéristiques techniques et les impératifs liés au projet GeniLac démontraient que le projet litigieux était positivement imposé par sa destination.
S'agissant de l'art. 22 al. 2 LPN, la possibilité prévue par cette disposition avait expressément été envisagée par la CCDB dans son préavis du 15 novembre 2019 puisqu'elle préconisait qu'une compensation soit prévue dans cette hypothèse. Elle avait également été prise en considération par l'OCAN dans son préavis du 2 décembre 2019. L'application des art. 6 et 13 LPRLac n'avait pas de portée propre dès lors que la parcelle concernée appartenait au domaine public et les critiques à l'égard des préavis de la CMNS et de la CCDB n'y changeaient rien.
Les inconvénients engendrés par un chantier n'étaient ni graves ni durables selon la jurisprudence et enfin, dans la mesure où conformément à l'art. 15 LCI, la CMNS avait été consultée et qu'elle s'était prononcée en faveur du projet, ce grief était également infondé.
Avec sa réplique datée du 30 juillet 2020, la commune a produit une étude établie par CSD Ingénieurs (ci-après : CSD) le 10 juin 2020, co-mandatée par les SIG, l'OCEau et elle-même, afin d'évaluer les avantages et inconvénients des différents sites propres à accueillir le chantier litigieux. La commune a exposé qu'il en ressortait que le site du Vengeron se prêtait particulièrement bien à l'installation du chantier querellé même si cette solution engendrerait notamment des coûts supplémentaires. L'option « Offshore Sud », par exemple, réunissait toutes les qualités techniques et juridiques pour accueillir le chantier. Le fait qu'aucune étude de ce type n'avait été réalisée au moment de la délivrance de l'autorisation de construire démontrait que les SIG n'avaient jamais cherché à réduire les nuisances et l'impact de leur chantier par son installation sur un site plus adapté et que l'autorité intimée avait octroyé l'autorisation de construire querellée à l'issue d'un contrôle insuffisant.
Selon le département, la commune ne démontrait pas que la pesée des intérêts effectuée aurait été erronée ou que le projet violerait le droit cantonal ou fédéral. L'étude sur laquelle elle se fondait constituait une expertise privée et ne représentait que l'avis d'une partie sans aucune valeur probante. Au demeurant, le contenu de cette analyse tendait plutôt à contredire sa position puisqu'elle concluait au fait que les autres sites étudiés ne présentaient aucun avantage déterminant, mais plutôt des inconvénients en terme de délais, coûts risques et incertitudes et que celui litigieux s'avérait donc pertinent et limitait les désagréments temporaires.
Le 11 novembre 2020, les SIG ont contesté la lecture faite par la commune de l'étude de CSD du 10 juin 2020. CSD avait explicitement conclu que le site du quai de Cologny devait être privilégié et que la configuration du projet était adéquate. Contrairement à ce que prétendait la commune, le simple fait de l'existence d'une solution alternative, purement potentielle à ce stade, au Vengeron ne suffisait pas à invalider l'autorisation délivrée sur le quai de Cologny. L'importance des atteintes aux intérêts invoqués par la commune était relativisée par la durée limitée de l'installation de chantier des SIG.
Les SIG s'engageaient à appliquer les optimisations prescrites par l'étude et sollicitaient du TAPI qu'il complète l'autorisation de construire délivrée par une charge leur faisant obligation ainsi qu'à ses entreprises et mandataires de i) réduire l'assiette de la base de chantier de sorte à ce qu'elle laisse praticables en tout temps le trottoir et la piste cyclable adjacente, ii) utiliser une grue rétractable plutôt qu'une grue fixe et iii) employer une palissade imprimée de 3 m autour de l'installation de chantier, côté terre.
Il n'était pas contesté que l'installation litigieuse était nécessaire à la continuation et au développement du projet GeniLac et nécessitait un accès au lac. Contrairement à ce que soutenait la commune, l'étude de CSD concluait que le quai de Cologny était le site le plus approprié pour les constructions querellées. La CMNS avait autorisé la dérogation à l'art. 15 LEaux-GE. Le grief relatif aux art. 24 LAT et 15 LEaux-GE était écarté. Le département pouvait parfaitement, conformément à son pouvoir d'appréciation, se fonder sur ce préavis, imposé par la loi, malgré le préavis défavorable de la commune.
Les atteintes à l'environnement n'apparaissaient pas sévères et feraient l'objet de mesures de compensation. Ainsi, les préavis de l'OCAN, de la CCDB et du SERMA avaient été favorables. Le grief lié à la violation de l'art. 22 LPN était écarté. Le projet n'induirait pas d'inconvénients graves ou durables au sens de l'art. 14 LCI. Il n'affecterait pas les voies destinées à la circulation routière. Les SIG avaient par ailleurs accepté, à la suite de l'étude de CSD, de réduire l'assiette de la base du chantier, de sorte à laisser le trottoir et la piste cyclable adjacente praticables en tout temps.
Dès lors que l'installation n'avait qu'une durée provisoire limitée à deux ans et que la CMNS avait préavisé favorablement le projet sous l'angle de l'art. 15 LCI, celui-ci n'était pas violé.
Il était ainsi pris acte que les SIG acceptaient les charges proposées par l'étude concernant la réduction de l'assiette sur la base du chantier, de sorte à ce qu'elle laisse praticables en tout temps le trottoir et la piste cyclable adjacente, l'utilisation d'une grue rétractable plutôt qu'une grue fixe et l'emploi d'une palissade imprimée de 3 m autour de l'installation de chantier côté terre.
Il ressortait d'une présentation Powerpoint des SIG relative à l'utilisation du quai de Cologny que ceux-ci avaient l'intention de solliciter une deuxième autorisation d'une durée de vingt-quatre mois pour le doublement de la conduite lacustre. Le chantier relatif à la conduite lacustre GeniLac pour la station de pompage du Vengeron devait se dérouler entre mi-2020 et mi-2022 et celui relatif au doublement de la conduite lacustre GeniLac entre mi-2021 et mi-2023. L'emprise au sol était respectivement de 150 m x 10 m et de 150 à 200 m x 10 m. Par ailleurs, les SIG entendaient utiliser le quai de Cologny pour la pose de conduites lacustres pour une durée supplémentaire de quarante-huit mois dans le cadre du projet « Petit Chougny » et vingt-quatre mois complémentaires dans le cadre de la « station de pompage GeniLac Rive gauche ». C'était ainsi, de manière quasi permanente, pendant plusieurs années que les SIG entendaient occuper ledit quai. Ces informations étaient contraires à ce qui avait été affirmé dans la présente procédure. Cette constatation impliquait qu'une expertise judiciaire soit diligentée.
La présentation Powerpoint était une pièce nouvelle. Elle n'avait pas été immédiatement produite compte tenu des pourparlers entre les parties aux fins de trouver une issue transactionnelle à cette affaire. La procédure de première instance avait d'ailleurs été suspendue à cet effet. Le document était toutefois recevable.
Les art. 24 LAT, 3 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT - RS 700.1), 15 LEaux-GE, relatifs aux conditions d'octroi de l'autorisation de construire, avaient été violés et l'autorité intimée avait excédé son pouvoir d'appréciation.
Par ailleurs, les art. 6 et 13 LPRLac avaient été violés à l'instar de son droit d'être entendue en lien avec ces dispositions.
Enfin, la TAPI avait excédé de son pouvoir d'appréciation dans le cadre de l'art. 15 LCI.
Le département a conclu au rejet du recours. La commune n'expliquait pas en quoi les faits nouvellement allégués en termes de durée des travaux étaient liés à l'autorisation de construire litigieuse et de nature à influer l'issue du litige.
Les SIG ont conclu au rejet du recours. Ils ont requis la levée de l'effet suspensif, subsidiairement sa levée partielle afin d'être autorisés à réaliser les travaux de construction de la structure de mise à l'eau des tuyaux, plus subsidiairement encore à être autorisés à réaliser les travaux de forage et de pose des pieux destinés à supporter la structure de mise à l'eau des tuyaux.
La chambre administrative avait reconnu les intérêts publics très importants à la réduction de consommation d'énergie fossile ainsi que l'intérêt public important à la limitation des coûts pour les SIG, intérêts qui étaient mis en péril par l'impossibilité de commencer rapidement les travaux. La chambre administrative avait formellement enjoint au TAPI de traiter rapidement le dossier. Les enjeux restaient entiers près de dix mois après la décision de la chambre administrative. À ceux-ci s'ajoutait une contrainte temporelle supplémentaire. En effet, à teneur du préavis du SERMA et du préavis liant de l'OCAN, les travaux ayant un impact sur les macrophytes devaient impérativement être réalisés en novembre et avril, soit en dehors de la période de prolifération de ces végétaux. Ainsi, si une décision au fond ne pouvait pas être prononcée avant le 10 avril 2021, les travaux seraient nécessairement repoussés jusqu'en novembre 2021, avec toutes les conséquences sur le planning final, les coûts supplémentaires et les économies d'énergie perdues. Si la chambre de céans ne pouvait pas rendre un arrêt d'ici au 10 avril 2021, l'effet suspensif devait être levé afin que les travaux d'installation puissent commencer, à tout le moins en tant qu'ils portaient sur la structure lacustre, de manière à respecter les exigences de l'autorisation de construire quant à la période d'intervention sur le fond du lac.
Une nouvelle expertise n'était pas nécessaire. La commune avait produit une expertise privée. Celle-ci n'avait pas été contestée et n'avait pas fait l'objet de réserves. Elle devait être reconnue comme un de ses allégués. Le fait que la commune ne soit pas satisfaite de l'interprétation que le TAPI avait fait de cette expertise n'était pas un motif justifiant qu'une expertise judiciaire soit diligentée.
Pour le surplus, l'autorisation était conforme à la législation.
Le département a soutenu la demande de levée de l'effet suspensif.
Dans sa réplique sur effet suspensif et au fond, la commune a persisté dans ses conclusions. La requête en levée de l'effet suspensif devait être rejetée. La question avait déjà été examinée et jugée, les motifs ayant justifié qu'un tel retrait ne soit pas prononcé étaient applicables mutatis mutandis. Il serait choquant et arbitraire qu'il soit revenu sur des décisions définitives et entrées en force.
Sur ce, les parties ont été informées que la cause était gardée à juger sur effet suspensif et au fond.
Les arguments des parties et le contenu des pièces seront repris en tant que de besoin dans la partie en droit du présent arrêt.
EN DROIT
Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10).
La recourante conclut à ce qu'une expertise soit ordonnée.
a. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst. - RS 101), le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé d'offrir des preuves pertinentes, de prendre connaissance du dossier, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes (ATF 137 IV 33 consid. 9.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_265/2016 du 23 mai 2016 consid. 5.1 et les arrêts cités), de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 142 II 218 consid. 2.3 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_58/2018 du 29 juin 2018 consid. 3.1 et les arrêts cités). Le droit de faire administrer des preuves n'empêche cependant pas le juge de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes et de procéder à une appréciation anticipée de ces dernières, en particulier s'il acquiert la certitude que celles-ci ne l'amèneront pas à modifier son opinion ou si le fait à établir résulte déjà des constatations ressortant du dossier (ATF 140 I 285 consid. 6.3.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_487/2017 du 5 juillet 2018 consid. 2.1). Le droit d'être entendu ne contient pas non plus d'obligation de discuter tous les griefs et moyens de preuve du recourant ; il suffit que le juge discute ceux qui sont pertinents pour l'issue du litige (ATF 141 III 28 consid. 3.2.4 ; arrêt du Tribunal fédéral 8C_24/2017 du 13 décembre 2017 consid. 2.2).
b. En l'espèce, la commune conclut à ce qu'une expertise soit ordonnée notamment aux fins de déterminer la durée des travaux que les SIG souhaitent entreprendre sur le quai de Cologny dans le cadre de différents projets qui devraient s'enchaîner sur plusieurs années (doublement de la conduite lacustre GeniLac, « Petit Chougny », « station de pompage GeniLac Rive gauche »).
Or, l'objet du litige est principalement défini par l'objet de la contestation, les conclusions de la recourante et, accessoirement, par les griefs ou motifs qu'elle invoque. L'objet du litige correspond objectivement à l'objet de la décision attaquée, qui délimite son cadre matériel admissible. La contestation ne peut excéder l'objet de la décision attaquée, c'est-à-dire les prétentions ou les rapports juridiques sur lesquels l'autorité inférieure s'est prononcée ou aurait dû se prononcer. L'objet d'une procédure administrative ne peut donc pas s'étendre ou qualitativement se modifier au fil des instances, mais peut tout au plus se réduire dans la mesure où certains éléments de la décision attaquée ne sont plus contestés (ATF 142 I 455 consid. 4.4.2 et les références citées).
L'objet du présent litige se limite au bien-fondé de la DD 110'263/2, prévue pendant une durée de vingt-quatre mois. Les éventuels autres projets susmentionnés excédant l'objet de la décision attaquée, ils n'ont pas à être traités dans la présente procédure.
Pour le surplus, la commune a produit l'expertise CSD qu'elle a co-commandée. Elle a contribué à définir le cahier des charges des experts et les questions auxquelles il était nécessaire qu'ils répondent. La commune n'a pas émis de critiques à son encontre devant le TAPI. Cette étude, fouillée, établit un certain nombre de faits. Dans ces conditions, le dossier comprend tous les éléments de faits pertinents à l'issue du litige sans qu'il soit nécessaire d'ordonner une expertise judiciaire. La requête sera en conséquence écartée.
a. Le jugement querellé a détaillé les dispositions légales applicables et la jurisprudence y relative. Le chambre de céans fait siens ces développements tout en rappelant les principaux éléments qui suivent.
Aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente (art. 22 al. 1 LAT). Pour qu'une autorisation soit délivrée, la construction ou l'installation doit en principe être conforme à l'affectation de la zone (art. 22 al. 2 let. a LAT) et le terrain doit être équipé (art. 22 al. 2 let. b LAT). Les art. 24 ss LAT déterminent quelles constructions non conformes à la zone peuvent, à titre exceptionnel, être édifiées hors zone à bâtir.
Selon l'art. 24 LAT, des autorisations de construire peuvent être délivrées pour de nouvelles constructions ou installations ou pour tout changement d'affectation si leur implantation hors de la zone à bâtir est imposée par leur destination (let. a) et si aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose (let. b).
Selon la pratique, l'implantation d'une construction est imposée par sa destination au sens de l'art. 24 let. a LAT, lorsqu'un emplacement hors de la zone à bâtir est dicté par des motifs techniques, des impératifs liés à l'exploitation d'une entreprise, la nature du sol (implantation dite imposée « positivement » par la destination de la construction) ou lorsque l'ouvrage est exclu de la zone à bâtir pour des motifs particuliers (implantation dite imposée « négativement » par la destination de la construction). Il suffit que l'emplacement soit relativement imposé par la destination : il n'est pas nécessaire qu'aucun autre emplacement n'entre en considération ; il doit toutefois exister des motifs particulièrement importants et objectifs qui laissent apparaître l'emplacement prévu plus avantageux que d'autres endroits situés à l'intérieur de la zone à bâtir (ATF 136 II 214 consid. 2.1 ; 129 II 63 consid. 3.1). Seuls des critères objectifs sont déterminants, à l'exclusion des préférences dictées par des raisons de commodité ou d'agrément (ATF 129 II 63 consid. 3.1 ; 124 II 252 consid. 4a). L'examen du lieu de situation imposé par la destination apparaît incomplet lorsqu'aucune solution alternative ni aucun emplacement alternatif n'ont été débattus (ATF 136 II 214 consid. 2.2 et les références citées). L'application du critère de l'art. 24 let. a LAT doit être stricte, dès lors que cette disposition contribue à l'objectif de séparation du bâti et du non-bâti (ATF 124 II 252 consid. 4a ; 117 Ib 270 consid. 4a).
b. Aux termes de l'art. 3 al. 1 OAT, lorsque, dans l'accomplissement et la coordination de tâches ayant des effets sur l'organisation du territoire, les autorités disposent d'un pouvoir d'appréciation, elles sont tenues de peser les intérêts en présence. Ce faisant, elles déterminent les intérêts concernés (let. a), apprécient ces intérêts notamment en fonction du développement spatial souhaité et des implications qui en résultent (let. b) et fondent leur décision sur cette appréciation, en veillant à prendre en considération, dans la mesure du possible, l'ensemble des intérêts concernés (let. c). Elles exposent leur pondération dans la motivation de leur décision (art. 3 al. 2 OAT).
c. Selon l'art. 15 LEaux-GE, aucune construction ou installation, tant en sous-sol qu'en élévation, ne peut être édifiée à une distance de moins de 10, 30 et 50 m de la limite du cours d'eau, selon la carte des surfaces inconstructibles annexée à la LEaux-GE (al. 1). Dans le cadre de projets de constructions, le département peut accorder des dérogations, pour autant que celles-ci ne portent atteinte aux fonctions écologiques du cours d'eau et de ses rives ou à la sécurité de personnes et des biens pour, notamment, des constructions ou installations d'intérêt général dont l'emplacement est imposé par leur destination (al. 3 let. a). Ces dérogations doivent être approuvées par le département et faire l'objet, hormis pour les requêtes en autorisation de construire instruites en procédure accélérée, d'une consultation de la commune et de la commission des monuments, de la nature et des sites (al. 4).
d. En l'espèce, les parcelles concernées par l'autorisation sont situées hors zone à bâtir, dans une zone protégée, au sens des art. 17 LAT et 29 al. 1 let. a et i de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 (LaLAT - L 1 30).
Il n'est pas contesté qu'il est nécessaire que le chantier à construire soit situé en bordure du lac, compte tenu du type de travaux à effectuer.
Différentes études ont examiné les alternatives possibles quant au lieu d'implantation du chantier sur les rives, soit principalement le rapport final de l'ELPMAL du 15 juillet 2014, celui d'Implenia « Installation de chantier lacustre STAP du Vengeron du 16 septembre 2019 », la note de ZS Ingénieurs civils SA Stucky SA du 17 mars 2020 et l'expertise CSD du 10 juin 2020.
Il ressort de l'expertise CSD, détaillée et fouillée, réalisée conjointement par les parties, soit l'OCEau, la commune et les SIG, une analyse cartographique exhaustive des rives genevoises du lac Léman. L'analyse détaille les avantages et inconvénients des sept sites d'implantation potentiels inventoriés, soit Corsier-Port, le quai de Cologny, le quai Gustave-Ador, le Reposoir, le Vengeron, le Creux-de-Genthod et Port-Choiseul. Seul un site se situe en zone à bâtir, soit Corsier-Port, implanté en zone 4B. Le site est toutefois exclu du choix définitif, la longueur du quai étant inférieure à 90 m, l'emprise terrestre nécessaire étant occupée par des bâtiments et la zone lacustre prise par des infrastructures portuaires qui ne permettent pas d'envisager l'implantation du chantier concerné. De surcroît, l'accès devrait s'effectuer sur 300 m par un chemin non adapté à un trafic significatif de poids lourds et l'espace disponible n'est pas adapté aux manoeuvres. Le quai Gustave-Ador se trouve en zone de verdure (art. 24 LaLAT), soit en zone à protéger au sens de l'art. 17 LAT, selon l'art. 29 al. 1 let. G LaLAT et non dans les zones à bâtir (art. 19 LaLAT), à l'instar des sites du Reposoir, du Creux-de-Genthod et de l'emprise potentielle à Port-Choiseul. Enfin, le site du Vengeron, évoqué par la recourante, n'est actuellement pas en zone à bâtir. Il fait l'objet de la même protection que le quai de Cologny, à savoir qu'il se trouve en zone des eaux et des rives (art. 29 al. 1 let. a LaLAT), soit une zone protégée.
Par ailleurs, les faits constatés par l'expertise de CSD sont conformes à ceux relevés dans le rapport d'Implenia « Installation de chantier lacustre STAP du Vengeron du 16 septembre 2019 » et dans la note de ZS Ingénieurs civils SA et Stucky SA du 17 mars 2020 relative au choix du site d'implantation des installations lacustres. Implenia avait envisagé le quai Wilson. Toutefois, l'accès en bordure de quai avec les semi-remorques était jugé compliqué, un muret empêchant l'accès direct au lac et des arbres étant implantés côté route. Les bords du lac sont par ailleurs en zone de verdure, donc protégés. À cela s'ajoutaient des problématiques de conduite d'eau potable.
ZS Ingénieurs civils SA et Stucky SA précisaient pour leur part que le site du Vengeron, outre que l'accès à la rive pour les semi-remorques n'était pas possible, nécessiterait la construction d'un ponton sur le lac. Le site était par ailleurs soumis à un régime de vents défavorable, notamment par temps de bise, impliquant des conséquences négatives sur le déroulement du chantier.
Enfin, d'autres possibilités ont été étudiées, à l'instar de la pose de tronçons plus courts que 90 m. Cette solution impliquait toutefois la pose de davantage d'éléments et une prolongation de la durée du chantier. Ainsi, les aspects relatifs aux délais, coûts, risques ont aussi été évalués et pris en compte dans l'analyse des variantes possibles pour aboutir à la solution, concordante entre les différentes études, retenant le quai de Cologny comme la solution la plus adaptée pour le chantier litigieux.
Il n'existe en conséquence pas d'emplacement dans la zone à bâtir susceptible d'accueillir la construction projetée. La recourante ne l'allègue d'ailleurs pas, sous réserve du site du Vengeron, lequel doit être écarté pour les raisons susmentionnées et n'est pas en zone en bâtir. La recourante se prévaut du projet de modification des limites de zones No 30085-506-530 (création d'une zone industrielle et artisanale, d'une zone sportive et d'une zone de verdure, destinées à un port pour embarcations professionnelles et à l'aménagement d'une zone de délassement) et modifiant partiellement la loi de protection générale des rives du lac, au lieu-dit « Le Vengeron », proposé par le département, produit à la présente procédure dans sa version du 27 novembre 2019. Celui-ci n'a pas encore été transmis au Grand Conseil. Outre que l'issue du projet de loi n'est pas certaine, l'on ignore à quelle date la modification de zones pourrait intervenir. Cette solution ne peut en conséquence pas être retenue, l'autorisation de construire querellée portant sur un chantier, par définition temporaire, limité en l'espèce à vingt-quatre mois.
Les caractéristiques techniques et les impératifs liés au projet GeniLac impliquent que le périmètre litigieux est « positivement » imposé par sa destination. Il est face à la prise d'eau et sur l'eau, dispose d'un accès pour les poids lourds, présente une surface adaptée à l'assemblage et à l'immersion des tuyaux. Enfin, l'emplacement est moins exposé aux vents que d'autres sites. En conséquence, des motifs particulièrement importants et objectifs laissent apparaître l'emplacement prévu comme étant plus avantageux que d'autres endroits, étant rappelé qu'il n'est pas nécessaire qu'aucun autre endroit n'entre en considération.
Enfin, la recourante ne peut être suivie, compte tenu de la stricte définition de l'objet du litige rappelée ci-dessus, lorsqu'elle indique que l'analyse doit porter sur « l'endroit le plus approprié pour tous les travaux que SIG entend réaliser durant les prochaines années dans le cadre du projet GeniLac, pris dans son ensemble, ainsi que dans le cadre d'autres projets, et non pas seulement ceux relatifs à la première phase du projet GeniLac pour laquelle l'autorisation de construire a été délivrée ».
L'implantation est en conséquence imposée tant « positivement » que « négativement » par la destination de la construction.
e. La recourante critique la prise en compte, dans la pesée d'intérêts, des préavis qu'elle estime erronés pour s'être fiés notamment à une durée de travaux de vingt-quatre mois au lieu de trente-cinq. Toutefois, il n'est pas établi que les travaux dureront plus de vingt-quatre mois. L'allégation de la recourante se fonde sur un document utilisé dans le cadre de discussions entre les parties. Il évoque d'autres hypothétiques constructions, lesquelles ne font pas l'objet de l'autorisation présentement querellée et ne sont donc pas l'objet du litige. L'allégation de la recourante quant à l'enchaînement de différents projets sur le site litigieux n'est pas pertinente.
f. La recourante critique le raisonnement du TAPI lequel n'aurait pas procédé conformément aux art. 24 LAT et 3 OAT. Elle n'indique pas quels intérêts n'auraient pas été pris en compte ou mal pondérés au sens de cette dernière disposition.
La commune semble se prévaloir principalement de la protection du paysage au sens de l'art. 3 al. 2 LAT, impliquant une intégration harmonieuse d'une construction dans le paysage (let. b), l'accès aux bords du lac et le passage le long de celui-ci (let. c) et la conservation des sites naturels (let. d). Elle invoque aussi la protection de l'environnement (art. 74 Cst.), soit des eaux et des rives du lac, de la flore, la faune et les biotopes, ainsi que son intérêt à pouvoir bénéficier de ses quais, assurer une mobilité douce aux usagers, et éviter les désagréments liés aux chantiers pour ses riverains.
Pour sa part, les SIG et le département mettent en avant, principalement, l'intérêt public à la construction de GeniLac, soit une politique énergétique promouvant un approvisionnement diversifié, sûr, économiquement optimal et respectueux de l'environnement (art. 89 Cst.) et le développement durable (art. 73 Cst.) ainsi que, à long terme, la protection de l'environnement.
L'intérêt public à la séparation du bâti et du non-bâti apparaît peu déterminant en l'espèce, le projet querellé étant limité dans le temps.
g. Ces intérêts doivent s'apprécier au regard du développement spatial souhaité et des implications qui en résultent (art. 3 al. 1 let. b OAT).
Les intérêts en cause ont été soigneusement identifiés par les différents services de l'autorité intimée. Ils ont été pris en compte dans l'analyse des implications du projet et dûment pondérés. Ils ont fait l'objet de pesée d'intérêts aux fins d'analyser si les dérogations nécessaires pouvaient être accordées. Les préavis sont motivés.
Les intérêts publics poursuivis en termes de politique énergétique et de développement durable sont très importants. Le Conseil d'État a d'ailleurs décrété l'urgence climatique le 4 décembre 2019. Ces travaux s'inscrivent ainsi dans le cadre d'une planification cantonale à long terme. Ils sont développés dans le PDCn 2030, lequel mentionne expressément GeniLac. Le canton a par ailleurs formalisé un plan directeur des énergies de réseau (ci-après PDER), complémentaire du plan directeur de l'énergie, proposé par les SIG et validé par l'État au sens de l'art. 7 al. 3 de la loi sur l'énergie du 18 septembre 1986 (LEn - L 2 30) afin d'acheminer l'énergie et de valoriser au mieux les ressources renouvelables du canton. Ainsi, la fiche 5.4 du plan directeur de l'énergie 2020-2030 du canton veut, grâce à GeniLac, diminuer les consommations électriques dues au besoin de rafraîchissement, diminuer la consommation d'énergie fossile des bâtiments des quartiers existants, augmenter la part des ressources énergétiques renouvelables et de récupération locales dans le mixte énergétique cantonal et réduire l'utilisation de gaz frigorigènes à effet de serre et diminuer les émissions globales de gaz à effet de serre. Enfin, le concept cantonal de la protection de l'environnement 2030 adopté par le Conseil d'État le 6 novembre 2013 et approuvé par le Grand Conseil le 29 janvier 2016 rappelle que des pesées d'intérêts sont nécessaires imposant parfois d'impacter le paysage et la biodiversité, aux fins de contribuer à relever une partie du défi posé par la politique énergétique cantonale. Le projet GeniLac est mentionné comme un projet de développement d'infrastructures de réseaux thermiques innovants et renouvelables.
Les intérêts poursuivis par la commune sont importants. Toutefois, ils sont de moindre importance que ceux invoqués par le canton, dans une politique globale, cohérente et à long terme. Les atteintes que l'autorisation porte aux intérêts défendus par la recourante sont limités dans le temps. Par ailleurs, plusieurs conditions ont été posées dans les préavis et intégrées dans l'autorisation querellée aux fins de tenir compte au mieux des intérêts mis en avant par la commune, notamment la protection de la nature. Ainsi, notamment, les travaux ayant des impacts sur les macrophytes devront avoir lieu hors période de prolifération de ceux-ci, conformément au préavis de l'OCAN. Une compensation est exigée par la CCDB s'il n'est pas possible de diminuer l'impact sur les macrophytes. Il n'est pour le surplus pas allégué que la surface à terre présenterait un intérêt naturel particulier ni que l'installation sur le lac impliquera une perte de luminosité pour la flore lacustre.
Les intérêts publics à la délivrance de l'autorisation, très importants, priment en conséquence l'intérêt de la commune à conserver l'usage de ses quais, la beauté naturelle du site, la végétation protégée des rives des parcelles concernées, ce d'autant plus que la construction litigieuse ne sera que temporaire, pour une durée de vingt-quatre mois, sur une surface relativement limitée et que le site sera remis en état à l'issue du chantier. L'autorisation litigieuse n'est que complémentaire et s'inscrit dans le prolongement d'une autorisation de plus grande envergure, d'ores et déjà obtenue par les SIG, définitive et exécutoire.
La pesée des intérêts effectuée par le département sur la base de nombreux préavis, extrêmement fouillés et détaillés, ne prête pas le flanc à la critique, à l'instar de la conclusion sur ce point du TAPI. Le département a tenu compte de tous les intérêts et des conséquences prévisibles des différentes options.
Le grief de violation de l'art. 24 LAT, 3 OAT et 15 LEaux n'est pas fondé.
a. Selon l'art. 6 LPRLac, aucune construction lacustre, telle que mur, digue, remblai, hangar, ne peut être édifiée sur les parties immergées des parcelles riveraines du lac (al. 1). S'il n'en résulte pas d'atteinte au site, le département peut cependant autoriser des installations en rapport avec l'utilisation du lac ou des ouvrages de protection contre l'érosion (al. 2). En outre, dans les secteurs de port et de baignade accessibles au public, le département peut autoriser des constructions lacustres, telles que murs, remblais, digues et installations, pour autant qu'elles soient nécessaires aux aménagements prévus par les plans annexés à la présente loi (al. 3). La législation sur le domaine public, ainsi que l'application de la loi fédérale sur la pêche, du 21 juin 1991, sont réservées. À ce titre, le département, assisté de la CCDB, veille plus particulièrement à la protection des grèves et des roselières, de même qu'à celle des lieux propices au frai (al. 4).
Si les circonstances le justifient et que cette mesure ne porte pas atteinte au but général poursuivi par la LPRLac, le département peut déroger aux art. 6 à 11 LPRLac relatifs principalement aux constructions lacustres. Dans ce cadre, les requêtes en autorisation de construire, à l'exception de celles instruites en procédure accélérée, font l'objet d'un préavis de la commune concernée, de la CMNS, le cas échéant de OCAN, ainsi que de la CCDB (art. 13 al. 1 et 2 LPRLac).
b. Dans son recours, la commune a relevé que son préavis avait été négatif et que celui de la CMNS ne pouvait pas être considéré comme positif, puisqu'il avait été obtenu de guerre lasse, et qu'il résultait, comme précisé dans son document, de l'absence de prise en compte des préavis précédents de la CMNS au sujet de la demande d'autorisation de construire DD 110'263/1. Le département ne pouvait donc considérer ce préavis comme une approbation inconditionnelle, mais bien plutôt comme un refus de se prononcer après la non prise en compte de trois préavis négatifs. Celui de la CCDB n'était ni positif ni négatif, mais demandait une poursuite de l'instruction dans le sens de l'étude d'un déplacement du chantier alors que celui de l'OCAN était positif. En conséquence, les avis étaient plutôt négatifs. Il convenait d'analyser le chantier en faisant abstraction de sa finalité, dont l'analyse n'était pas prévue par les dispositions légales discutées. L'intérêt du projet GeniLac n'était pas remis en question. Sa réalisation rapide ne saurait toutefois justifier une dérogation automatique aux normes de protection voulues par les législateurs suisse et genevois, et approuvées par le peuple. Le projet, d'autant qu'il s'inscrivait dans une longue succession de chantiers installés au même endroit sans consultation des services susmentionnés, portait indéniablement atteinte au but poursuivi par la LPRLac.
c. Contrairement à ce que soutient la recourante, le TAPI a traité ce grief et a statué sur l'art. 15 LEaux-GE, étant rappelé que les conditions d'application de l'art. 13 LPRLac se recoupent avec celles de l'art. 15 LEaux-GE.
En tous les cas, même à considérer une éventuelle violation du droit d'être entendu de la commune, elle serait réparée par la procédure devant la chambre de céans, la chambre de céans disposant du même pouvoir d'examen que le TAPI (ATF 142 II 218 consid. 2.8.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 1B_556/2017 du 5 juin 2018 consid. 2.1; ATA/820/2018 du 14 août 2018 et les arrêts cités).
Enfin, la recourante substitue sa propre appréciation à celle du département en considérant que le préavis de la CMNS n'est pas positif à l'instar de celui de la CCDB. L'autorisation initiale DD 110'263 a été délivrée en 2018. Elle est définitive et exécutoire. Dans le cadre de la demande complémentaire, la CMNS qui, malgré sa position pour la première demande, ne conteste pas dans la procédure complémentaire la décision du département d'autoriser le projet, a émis un préavis favorable à l'instar de toutes les autres instances, à l'exception de la commune. Le département était en conséquence autorisé à considérer que la dérogation pouvait être octroyée.
La durée de vingt-quatre mois a été reprise comme condition impérative dans l'autorisation de construire. C'est en conséquence à bon droit que la CMNS s'est prononcée sur cette durée. Les autres éventuels projets des SIG ne sont pas l'objet du présent litige. Le grief n'est pas fondé.
Entièrement mal fondé, le recours sera rejeté.
La demande en levée de l'effet suspensif est sans objet vu l'arrêt rendu ce jour.
Vu l'issue du litige, un émolument de CHF 1'500.- est mis à la charge de la commune (art. 87 al. 1 LPA). Il ne sera pas alloué d'indemnité de procédure aux SIG qui bénéficient d'un service juridique à même de traiter la procédure (art. 87 al. 2 LPA).
PAR CES MOTIFS LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE
à la forme :
déclare recevable le recours interjeté le 1er février 2021 par la commune de Cologny contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 23 décembre 2020 ;
au fond :
le rejette ;
met un émolument de CHF 1'500.- à la charge de la commune de Cologny ;
dit qu'il n'est pas alloué d'indemnité de procédure ;
dit que conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l'envoi ;
communique le présent arrêt à Me Xavier Latour, avocat de la recourante, à Me Nicolas Wisard, avocat des Services industriels de Genève, au département du territoire, au Tribunal administratif de première instance ainsi qu'à l'office fédéral du développement du territoire (ARE).
Siégeant : Mme Payot Zen-Ruffinen, présidente, Mme Krauskopf, MM. Verniory et Mascotto, Mme Tombesi, juges.
Au nom de la chambre administrative :
la greffière-juriste :
M. Rodriguez Ellwanger
la présidente siégeant :
F. Payot Zen-Ruffinen
Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties.
Genève, le
la greffière :