A/3597/2017Cour de justice de Genève / Chambre administrative (droit public)5 déc. 2018
Refus d'une autorisation de construire confirmée. Le projet visant au remblayage d'environ 730'000 m3 disponible pour le stockage de matériaux de déblais non pollués sur deux parcelles sises en zone agricole porterait durablement atteinte à la fertilité du sol. De plus, il mettrait en péril la conservation de la végétation ligneuse de la haie indigène, ainsi que sa diversité. Ces éléments doivent être pris en considération dans le cadre de la pesée des intérêts de l'art. 34 al. 4 OAT. De plus, les parcelles ne figurent pas dans le plan directeur des décharges contrôlées pour matériaux inertes n'accueillant que des matériaux d'excavation non pollués (décharges de type A). S'agissant de l'émolument de décision de refus d'autorisation de construire, la demande s'inscrit dans le contexte d'un remblayage, situation spécifiquement visée par l'art. 257 al. 4 RCI, si bien qu'on ne saurait faire application de l'art. 45 RGEA, même par analogie. Recours rejeté.
POUVOIR JUDICIAIRE
A/3597/2017-LCI ATA/1306/2018
COUR DE JUSTICE
Chambre administrative
Arrêt du 5 décembre 2018
3ème section
dans la cause
GRAVIÈRES D'EPEISSES SA Monsieur Guy REVACLIER Madame Anne REVACLIER représentés par Me Patrice Riondel, avocat
contre
DÉPARTEMENT DU TERRITOIRE-OAC
Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 2 mai 2018 (JTAPI/406/2018)
EN FAIT
Monsieur Guy REVACLIER et Madame Anne REVACLIER sont respectivement propriétaires des parcelles nos 6'588 et 10'890, feuille 108, de la commune de Satigny (ci-après : la commune), sises en zone agricole. Ces parcelles ont une surface de 183'606 m2 et de 54'430 m2 et sont côte à côte. Elles se situent le long des routes de Bourdigny et de Gregory, ainsi que le long du Nant de l'Ecra pour la parcelle n° 10'890 près de la frontière franco-suisse.
Gravières d'Epeisses SA (ci-après : GESA) est une société anonyme ayant son siège à Vernier qui a pour but l'exploitation, le traitement, le transport et la vente de graviers et de sables provenant de la région d'Epeisses, ainsi que tous autres matériaux de construction ; l'achat et la vente de tout matériel d'exploitation de gravière.
Le 7 juillet 2016, par l'intermédiaire de la société Ecoservices SA (ci-après : Ecoservices), GESA a déposé auprès du département de l'aménagement, du logement et de l'énergie, devenu depuis le département du territoire (ci-après : le département), une demande d'autorisation de construire définitive sous l'intitulé « projet de réaménagement des terres agricoles et d'amélioration foncière ».
GESA a notamment joint à sa demande une Étude d'impact sur l'environnement (ci-après : EIE), réalisée en juin 2016 par Ecoservices, un rapport intitulé « Évaluation foncière et rapport pédologique » (ci-après : le rapport pédologique), « basée sur des relevés de terrain et analyses de laboratoire ainsi qu'une analyse de l'exploitabilité de la parcelle (analyse foncière) » (p. 2), établi le 4 décembre 2015 par Acade Sàrl à l'attention de M. REVACLIER et Ecoservices et une « Notice d'impact sur l'environnement, chapitres milieux naturels, paysage et patrimoine » (ci-après : la notice), réalisée par Viridis environnement Sàrl le 9 juin 2016.
Selon l'EIE et afin de remédier à la situation critique du canton de Genève s'agissant du dépôt des matériaux d'excavation, GESA souhaitait améliorer le profil des parcelles nos 6'588 et 10'890. Ainsi, les objectifs du projet consistaient en un remblayage d'environ 730'000 m3 disponible pour le stockage de matériaux de déblais non pollués en réaménageant la topographie de la surface en respectant le contexte morphologique et paysager de la zone. Les pentes seraient adaptées pour l'exploitation agricole. De plus, le but était d'améliorer les conditions d'exploitation agricole qui étaient alors fortement prétéritées lors des averses. Le système de drainage présentait des déficiences dues au drainage non adéquat qui pourrait être amélioré lors du remblayage. Une aide structurelle contribuerait au développement économique des parcelles en prenant en compte des intérêts de l'agriculture, de la protection de l'environnement, de la conservation de la nature et du paysage. Enfin, le dernier objectif était de préserver et compenser les caractéristiques environnementales lors de la plantation de plusieurs arbres et buissons sur le chemin de Bourdigny et la surface bordant le Conseil européen pour la recherche nucléaire (ci-après : CERN).
Le site pourrait également être utilisé, vu la proximité, lorsque les travaux d'excavation pour l'agrandissement du CERN débuteraient. Le projet s'intitulait « Hilumi », il s'agissait du percement d'un tunnel qui engendrerait 130'000 m3 de matériaux d'excavation.
Le contenu des documents précités sera repris dans la partie en droit en tant que de besoin.
La demande d'autorisation de construire a été enregistrée sous le numéro DD 109'274.
préavis favorable, le 28 juillet 2016, de la direction des autorisations de construire (ci-après : DAC), sans observation ;
préavis favorable, le 16 août 2016, de la commune, sans observation ;
préavis défavorable, le 20 août 2016, de la direction de la planification directrice cantonale et régionale (ci-après : SPI), dans la mesure où le projet ne pouvait pas être considéré comme une amélioration foncière susceptible d'être autorisé selon l'art. 20 de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 (LaLAT - L 1 30). Il s'apparentait à la création d'une décharge pour matériaux d'excavation non pollués, qui ne pouvait être autorisée que si elle était conforme à une planification directrice, ce qui n'était pas le cas ;
préavis défavorable, le 9 septembre 2016, de la direction générale de l'agriculture et de la nature (ci-après : DGAN), au motif que, (a) comme cela était développé dans le rapport pédologique, le périmètre concerné présentait une terre végétale excellente avec un bon équilibre textural et structural, une profondeur tendanciellement supérieure à la norme ainsi qu'une très bonne porosité. La sous-couche était également excellente, avec un bon équilibre textural et structurel. De plus, bien que les surfaces étudiées présentassent des zones d'accumulation d'eau après des épisodes pluvieux, les sols restaient d'excellente qualité au vu de leur texture, structure et profondeur. Le remblayage n'était dès lors, d'un point de vue agronomique, pas justifié et ne pouvait être considéré comme une amélioration foncière ou agricole. Enfin, au vu de la surface concernée ainsi que des volumes de remblais envisagés, une procédure de planification cantonale serait incontournable. (b) Au vu de ces enjeux, le projet mettrait en péril la conservation de la végétation ligneuse de la haie indigène se trouvant en limite de parcelle sur le flanc nord-est du site, ainsi que sa diversité. En outre, il porterait atteinte à la ceinture d'hélophytes du Nant de l'Ecra.
Ce préavis unique était coordonné entre les instances « agriculture » et « nature » de la DGAN, de sorte qu'elle y faisait état de motifs liés à la zone agricole (a), dont elle faisait part à la DAC, ainsi que de motifs liés aux enjeux « nature », sous l'angle de l'analyse des impacts environnementaux (b), qu'elle transmettait au service de l'environnement et des risques majeurs (ci-après : SERMA) de la direction générale de l'environnement (ci-après : DGE) pour l'instruction de l'EIE et son préavis de synthèse ;
Ces préavis ont été transmis par le département à Ecoservices afin qu'elle se détermine sur la suite que sa mandante entendait donner au dossier.
Dans la situation où les parcelles n'étaient pas sélectionnées pour l'implantation d'une décharge de type D et E, ces dernières seraient inclues dans le plan directeur « DCMI-ME » selon les discussions en cours avec la DGE. Le projet serait en tout point identique, que ce soit pour les aspects d'amélioration foncière ou de potentialité de remblayage. Tant les propriétaires que la commune étaient favorables au projet tel que présenté et qui permettrait d'économiser un million de litres de carburant.
Selon la conclusion portant sur les conditions pédologiques, le remblayage permettrait de restituer un terrain optimal à l'exploitation agricole en répondant de manière significative aux effets de mouilles qui constituaient un problème majeur et récurrent pour l'agriculteur. Celles-ci péjoraient son exploitation. De plus, le remodelage du terrain, avec des pentes adéquates, diminuerait les effets d'érosion sur certaines zones du terrain comme cela était spécifié dans le rapport pédologique. Le remblayage permettrait ainsi d'améliorer et de faciliter le travail de l'agriculteur sur un terrain optimal et de préserver celui-ci de destructions que pourraient provoquer des causes naturelles (par exemple forte pluie et vent). L'ensemble du projet permettrait d'améliorer les conditions de production et à ce titre, il pouvait donc être considéré comme une amélioration foncière.
Le 3 avril 2017, la SPI a renouvelé son préavis défavorable du 20 août 2016, dans la mesure où la requête concernait un site ne figurant pas dans le plan directeur des décharges contrôlées pour matériaux inertes n'accueillant que des matériaux d'excavation non pollués (décharges de type A) (ci-après : le plan directeur), qui n'avait d'ailleurs pas encore été approuvé par le Conseil d'État.
Le 18 avril 2017, le SERMA a, une nouvelle fois, préavisé défavorablement le projet.
Dans le cadre de l'évaluation du dossier, il avait consulté la direction générale de l'eau (ci-après : DGEau), la direction générale des transports (ci-après : DGT), la DGAN, la DGE, l'office cantonal de l'énergie (ci-après : OCEN) et l'office du patrimoine et des sites (ci-après : OPS).
S'agissant de la protection des sols, selon l'examen basé sur le rapport pédologique, le projet visait des sols dont la structure était naturelle, non perturbée et présentant un niveau de fertilité typique pour le site au sens de l'art. 2 de l'ordonnance fédérale sur les atteintes portées aux sols du 1er juillet 1998 (OSol - RS 814.12). De plus, l'exploitation agricole était possible sans une modification de la configuration du terrain. De ce fait, le remodelage du terrain n'était pas nécessaire du point de vue pédologique. Il ne pouvait donc être porté physiquement atteinte aux sols sans projet de construction conforme à la législation. Ainsi, le projet n'était pas conforme à la zone d'affectation et risquait de porter durablement une atteinte à la fertilité du sol. À ce titre, il n'était pas admissible.
Par rapport aux déchets et aux substances dangereuses pour l'environnement, ledit projet devait être assimilé à une installation d'élimination des déchets pour le stockage définitif de matériaux d'excavation non pollués (art. 3 let. g de l'ordonnance sur la limitation et l'élimination des déchets du 4 décembre 2015 - OLED - RS 814.600), c'est-à-dire une décharge de type A, selon l'art. 35 al. 1 let. a OLED. La création d'une décharge était soumise à la loi sur la gestion des déchets du 20 mai 1999 (LGD - L 1 20 ; art. 19 al. 1 LGD) et ne pouvait être autorisée qu'au travers de la procédure prévue à l'art. 30A et ss LGD, soit notamment être prévue par le plan directeur. Or, il ne figurait pas dans celui-ci, actuellement en cours d'adoption. Par conséquent, il n'était pas autorisable en application des législations en matière de protection de l'environnement et, en particulier, de gestion des déchets.
Quant à la protection de la flore, de la faune et des biotopes, le projet mettrait en péril la conservation de la végétation ligneuse de la haie indigène présente en limite de parcelle sur le flanc nord-est du site, ainsi que sa diversité. Il porterait par ailleurs atteinte à la ceinture hélophytes du Nant de l'Ecra.
S'agissant de l'agriculture, à teneur de l'EIE, « les terrains [étaient] globalement bons, mais des problèmes de mouilles et d'érosion persist[ai]ent ». Il y était également indiqué que « le système de drainage actuel présent[ait] des déficiences dues au drainage non adéquat ». Le remblayage projeté n'était pas justifié d'un point de vue agronomique et ne pouvait pas être considéré comme une amélioration foncière ou agricole. D'autres mesures pouvaient résoudre les problèmes rencontrés, notamment la mise en place d'un réseau de drainage efficace.
À titre de remarques, le SERMA a indiqué à l'OAC que, d'une part, la version 2.0 de l'EIE du 28 février 2017 n'apportait pas des éléments nouveaux susceptibles de démontrer la nécessité absolue de devoir procéder à un remblayage et qu'un tel acte serait le seul moyen de résoudre les problèmes présents et, d'autre part, se référant à l'art. 82 al. 2 de la loi sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI - L 5 05), que le département ne pouvait délivrer une autorisation qu'avec l'accord du département chargé de l'agriculture. Compte tenu de la nature défavorable du préavis, les remarques ou demandes complémentaires de la DGEau, DGT, ONCEN et OPS n'avaient pas été reprises.
Avec sa décision, le département a adressé à GESA un bordereau, établi conformément au règlement d'application de la loi sur les constructions et les installations diverses du 27 février 1978 (RCI - L 5 05.01), d'un montant de CHF 24'054.-, lui réclamant ainsi le paiement d'une taxe d'enregistrement de CHF 250.- et d'un émolument de CHF 23'804.- (23'840 unités à CHF 10.-).
Le remblaiement permettrait de résoudre les problèmes de mouilles et d'érosion. De plus, des mesures compensatoires avaient été prises pour la protection de la faune et de la flore. Enfin, il n'y avait pas d'atteinte au sol.
Le recours a été enregistré sous le numéro de cause A/3598/2017.
En fixant l'émolument à CHF 24'054.- et en appliquant, sans autre forme de procès, le tarif des remblais sans tenir compte de la nécessité, pour l'agriculteur, d'effectuer ces travaux pour assurer la pérennité de son exploitation, le département avait fait preuve d'arbitraire.
Après la délivrance de l'autorisation sollicitée, l'émolument devait être calculé en appliquant par analogie le RGEA ou à tout le moins un émolument qui tienne compte de l'ensemble des circonstances et qui ne soit pas prohibitif.
Le recours a été enregistré sous le numéro de cause A/3597/2017.
Le 12 octobre 2017, la commune a informé le TAPI qu'elle ne souhaitait pas intervenir dans le cadre de la procédure A/3598/2017.
Le 10 novembre 2017, le département a conclu au rejet des recours.
Le 14 décembre 2017, GESA, ainsi que Mme et M. REVACLIER ont répliqué, persistant dans leurs conclusions formulées dans leurs recours, « sous suite de frais et dépens ».
Ils ont développé leur précédente argumentation.
Le 22 janvier 2018, le département a dupliqué, persistant dans ses conclusions.
Le projet de plan directeur, préparé par le département de l'environnement, des transports et de l'agriculture (ci-après : DETA), devenu depuis lors le département des infrastructures (ci-après : DI), a fait l'objet d'une enquête publique entre le 20 mars et le 19 mai 2015. Les communes concernées ont ensuite été appelées à préaviser ce projet jusqu'au 31 mars 2016. Après l'avoir approuvé, le Conseil d'État a présenté sa version actualisée en juillet 2016 à la suite de l'enquête publique au Grand Conseil dans un rapport (RD 1'163) déposé le 21 septembre 2016, l'invitant à prendre acte de celui-ci et à lui transmettre ses éventuelles recommandations par voie de résolution dans un délai de trois mois (art. 30A al. 3 LGD).
Dans son rapport du 20 mars 2017, la commission de l'environnement et de l'agriculture du Grand Conseil a pris acte du RD 1'163 et l'a transmis à ce dernier, qui en a pris acte à son tour dans sa séance du 7 avril 2017.
Il est désormais consultable sous https://www.ge.ch/document/dechets-plan-directeur-decharges-materiaux-excavation-non-pollues-decharges-type, étant précisé qu'il y est indiqué « Adopté en 2017 ».
Vu l'issue du litige, la question de savoir si Mme et M. REVACLIER disposaient aussi de la qualité pour recourir contre le bordereau querellé, établi au seul nom de GESA, pouvait demeurer indécise.
Les développements que les intéressés avaient consacrés à la question de savoir si leurs parcelles auraient ou non dû être intégrées dans le plan directeur, les critiques qu'ils avaient émises à l'égard des choix opérés dans le cadre de l'élaboration de celui-ci et les autres remarques qu'ils avaient formulées quant à la politique poursuivie à Genève par le DETA en matière de gestion des déchets étaient étrangères à l'objet du litige, qui se rapportait exclusivement à la question de savoir si les travaux envisagés par la requête DD 109'274 étaient autorisables. Partant, ils ne seraient pas examinés.
Le département s'était vu communiquer un préavis très clairement défavorable de la part de la DGAN, dont l'intervention était obligatoire sous l'angle de l'art. 82 al. 2 LCI, et du SERMA, dont le préavis était tout autant obligatoire, dans la mesure où le projet en cause était soumis à une EIE, ce que les intéressés ne contestaient pas, étant précisé que ce second préavis englobait celui du service de géologie, sols et déchets (ci-après : GESDEC).
La DGAN avait estimé que ledit projet n'était pas autorisable pour des motifs liés, déjà, à la zone agricole. Elle était parvenue à la conclusion que, d'un point de vue agronomique, le remblayage projeté n'était pas justifié et qu'il ne pouvait pas être considéré comme une amélioration foncière ou agricole, étant en outre souligné que, vu la surface concernée et les volumes de remblais envisagés, une procédure de planification cantonale serait incontournable.
De son côté, le SERMA, considérant que la requérante ne démontrait pas la nécessité absolue de devoir procéder à un remblayage et qu'un tel acte serait le seul moyen de résoudre les problèmes constatés sur les parcelles concernées, était également parvenu à la conclusion que le projet n'était pas conforme à la zone d'affectation et qu'il risquait de porter durablement une atteinte à la fertilité du sol. À son sens également, ce remblayage n'était pas justifié d'un point de vue agronomique et ne pouvait pas être considéré comme une amélioration foncière ou agricole. L'exploitation agricole en question était possible sans une modification de la configuration du terrain, de sorte que le remodelage de celui-ci n'était pas nécessaire du point de vue pédologique. D'autres mesures pouvaient résoudre les problèmes rencontrés, notamment la mise en place d'un réseau de drainage efficace.
De plus, dans son préavis du 20 août 2016, la SPI avait estimé que le projet ne pouvait pas être considéré comme une amélioration foncière susceptible d'être autorisée selon l'art. 20 LaLAT.
Les requérants se contentaient de formuler un avis différent, peu convaincant au regard de l'appréciation conjointe tout à fait claire et précise des instances spécialisées, pour se prévaloir du fait que l'exécution de leur projet était nécessaire, considérant que le remblayage envisagé serait le seul moyen adéquat de supprimer les effets de mouilles et d'érosion et qu'il permettrait une culture des terres beaucoup plus rationnelle et sans risque, ainsi que d'assurer de manière pérenne l'exploitation agricole des parcelles.
Quoi qu'il en soit, l'admission du fait que leur projet serait propre à faciliter ladite exploitation ne suffisait pas encore à établir qu'aucun intérêt prépondérant ne s'opposait à son implantation à l'endroit prévu.
Or, tant la DGAN que le SERMA avaient estimé que le projet n'était pas autorisable en raison - également - des impacts environnementaux négatifs qu'il générerait, dès lors, d'une part, qu'il mettrait en péril la conservation de la végétation ligneuse de la haie indigène présente en limite de parcelle sur le flanc nord-est du site, ainsi que sa diversité et, d'autre part, qu'il porterait atteinte à la ceinture d'hélophytes du Nant de l'Ecra.
À cet égard aussi, les requérants se limitaient à affirmer, sans mettre en évidence des éléments concrets supplémentaires susceptibles d'asseoir leur avis divergent, que le remblayage litigieux n'aurait aucune incidence négative sur le biotope, qui, au contraire, serait favorisé.
Pour le surplus, le SERMA avait considéré que, tel qu'envisagé, le projet devait être assimilé à une installation d'élimination des déchets pour le stockage définitif de matériaux d'excavation non pollués, c'est-à-dire une décharge de type A, selon l'OLED. Or, la création d'une telle décharge ne pouvait être autorisée qu'au travers de la procédure prévue à l'art. 30A et ss LGD, ce qui impliquait notamment qu'elle soit prévue par le plan directeur (art. 30A al. 1 LGD) et qu'un plan de zones ait précédemment été adopté (art. 30A al. 5 LGD). En outre, une requête d'une autorisation d'aménager et d'exploiter, en soi indispensable, devait être formulée et traitée en parallèle à la demande d'autorisation de construire, lorsqu'elle était nécessaire (notamment art. 30A al. 11 LGD). Or, il était constant qu'aucune de ces conditions n'était ici réunie, de sorte que l'autorisation du projet litigieux n'était pas envisageable sous l'angle - également - des législations en matière de protection de l'environnement et, en particulier, de gestion des déchets.
Les préavis de la DGAN et du SERMA, qui bénéficiaient en soi d'un poids particulier, dans la mesure où ils étaient requis par la loi, apparaissaient déterminants et rien ne laissait supposer que ces autorité spécialisées auraient pris en compte des éléments sans pertinence pour forger leur point de vue (elles s'étaient d'ailleurs dans une très large mesure fondées sur les études produites par la requérante elle-même) ou qu'elles n'y auraient pas procédé avec soin et diligence. Il apparaissait au contraire qu'elles s'étaient penchées à deux reprises sur le dossier, la seconde fois après la production d'une nouvelle version de l'EIE.
En définitive, les requérants entendaient avant tout substituer leur propre appréciation à celle de l'autorité intimée, qui avait décidé de suivre les préavis négatifs qu'elle avait recueillis pour considérer que l'autorisation de construire en cause ne pouvait pas être délivrée. De toute évidence, on ne saurait en particulier admettre, comme ils le prétendaient, que la favorisation du but poursuivi par le canton en matière de traitement des matériaux d'excavation susceptible de résulter du projet serait à elle seule suffisante dans la pesée des intérêts devant être menée.
Par conséquent, l'appréciation de la situation à laquelle le département avait procédé - sans se fonder, lui aussi, sur des considérations dénuées de pertinence et étrangères au but visé par la législation applicable - était parfaitement défendable et, partant, admissible, étant souligné que lorsque le législateur avait voulu conférer à l'autorité de décision un pouvoir d'appréciation dans l'application d'une norme, le juge qui, outrepassant son pouvoir d'examen, corrigeait l'interprétation ou l'application pourtant défendable de cette norme à laquelle ladite autorité avait procédé, violait le principe de l'interdiction de l'arbitraire. Dans ces conditions, le TAPI, qui devait faire preuve de retenue et respecter la latitude de jugement conférée au département, ne saurait en corriger le résultat en fonction d'une autre conception, sauf à statuer en opportunité, ce que la loi lui interdisait de faire.
Dès lors, le refus qui avait été opposé aux recourants était conforme au droit.
Il ne faisait aucun doute que le refus d'autorisation de construire que le département avait opposé aux requérants commandait l'application des art. 154 al. 1 LCI et 254 al. 1 RCI, justifiant le prélèvement d'un émolument de CHF 250.- pour l'enregistrement de la demande (art. 257 al. 1 RCI) et d'un émolument lié au prononcé de la décision (art. 257 al. 4 RCI). Ni la loi sur les gravières et exploitations assimilées du 28 octobre 1999 (LGEA - L 3 10) ni le RGEA n'étaient ici applicables, de sorte qu'il ne saurait en aucune manière, y compris par analogie, être fait application de l'art. 45 RGEA.
Cela étant, l'émolument usuel prévu par l'art. 257 al. 4 RCI pour les demandes d'autorisation concernant des aménagements extérieurs, tels que les remblayages, ne reposait que sur des critères et un calcul objectifs (surface concernée/10 x CHF 10.-). Ce n'était qu'à titre exceptionnel que le département pouvait réduire cet émolument lorsque celui-ci paraissait manifestement trop important par rapport à l'objet de la demande d'autorisation de construire, étant rappelé qu'il disposait à cet égard d'un large pouvoir d'appréciation (art. 254 al. 1 RCI : « L'autorité statue librement »).
Une intervention du juge ne se justifiait dès lors que si ladite autorité s'était fondée sur des constatations de fait insoutenables, avait poursuivi des objectifs contraires au droit, avait procédé à des distinctions injustifiées ou avait omis de procéder aux différenciations qui s'imposaient, ou encore s'était laissée guider par des pesées d'intérêts manifestement contraires aux droits fondamentaux.
Or, en l'occurrence, comme l'avait relevé le département, un calcul opéré selon la formule de l'art. 257 al. 4 RCI conduisait à la fixation d'un émolument décisionnel de CHF 238'040.-. Ce dernier l'avait divisé par dix, considérant précisément qu'il était manifestement trop important par rapport à l'objet de la demande d'autorisation de construire en cause, ce qui, selon la systématique du RCI, apparaissait en soi particulièrement clément, voire même contraire à celui-ci, puisque l'art. 254 al. 2 RCI prévoyait qu'« exceptionnellement, l'émolument peut être réduit jusqu'à 50 % pour des projets d'intérêt général » (alors que, de toute évidence, le projet en cause ne constituait pas un projet de ce type), ce plafond pouvant laisser entendre que la réduction exceptionnelle également possible sous l'angle de l'art. 254 al. 1 2ème phr. RCI ne pouvait pas être aussi généreuse.
Quoi qu'il en soit, même si l'émolument décisionnel finalement retenu (CHF 23'840.-) demeurait effectivement important en soi, il n'en demeurait pas moins que sa fixation n'était pas contraire à l'art. 257 al. 4 RCI et qu'il ne saurait être perçu comme étant le résultat d'une évaluation arbitraire, au sens où la jurisprudence l'entendait. Dans cette mesure, sauf à statuer en opportunité, le TAPI ne saurait corriger ce montant.
En écartant les moyens développés par les recourants concernant l'intégration des parcelles nos 6'588 et 10'890 au plan directeur, les développements effectués concernant le traitement des déchets sur le canton de Genève et les explications données concernant le traitement de près de 730'000 m3 de matériaux d'excavation, le TAPI avait fait preuve d'arbitraire.
Deux études d'impact avaient été déposées, faites par des spécialistes reconnus pour leurs compétences et leur savoir-faire. De plus, un rapport pédologique avait également été joint à la demande d'autorisation de construire. Les recourants avaient ainsi démontré à satisfaction de droit que le remblaiement envisagé ne porterait aucunement atteinte à la fertilité du sol et que la compensation écologique permettrait le maintien des hélophytes. En partant du principe que les éléments mis en avant n'avaient pas à être examinés, le TAPI avait ainsi fait preuve d'arbitraire.
Les travaux envisagés répondaient aux exigences de l'art. 34 al. 4 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT - RS 700.1). Il avait été démontré, tant dans l'EIE que dans le rapport pédologique, que les mouilles constituaient une entrave à l'exploitation des parcelles et que les phénomènes d'érosion n'étaient actuellement pas contrôlés. La surface concernée ne renfermait aucun trésor en sous-sol et en ce qui concernait les plantes hélophytes situées dans le Nant de l'Ecra, ces dernières trouveraient un habitat d'une qualité supérieure par la création d'une zone tampon prévue dans les aménagements. Aucun intérêt prépondérant ne justifiait dès lors la décision du département. Les améliorations qui résulteraient des aménagements prévus permettraient à l'exploitant de cultiver ses terres d'une manière beaucoup plus rationnelle et sans risque. De plus et compte tenu de la nature du terrain et de la surface cultivée, le remblaiement permettrait également d'assurer de manière pérenne l'exploitation agricole. Le projet permettrait le traitement de 730'000 m3 de matériaux d'excavation.
Par ailleurs, le remblaiement envisagé permettrait la suppression des mouilles et résoudrait les problèmes d'érosion, lesquels deviendraient de plus en plus importants sans le projet. L'EIE avait été réalisée par des spécialistes et le rapport pédologique par des ingénieurs agronomes. Le TAPI disposait dès lors de toutes les informations nécessaires pour rendre une décision qui tenait compte de l'intérêt des recourants à disposer d'un terrain qui puisse être cultivé dans des conditions optimales et de façon pérenne. Le TAPI aurait ainsi dû substituer son appréciation à celle effectuée par le département.
Les préavis du SERMA étaient problématiques. Le plan directeur des décharges de type A n'avait pas encore été approuvé par le Conseil d'État. De plus, l'intégration d'une parcelle dans le plan directeur dépendait, non pas de critères objectifs, mais « du fait du prince ». Si l'on suivait le raisonnement du TAPI, on devait faire siens les préavis émis par les services de l'État sans possibilité d'interprétation ou de rendre une décision contraire aux préavis. En suivant le préavis du SERMA du 22 septembre 2016, une autorisation d'exploitation d'une décharge de type D-E devrait être délivrée.
S'agissant de l'émolument, les recourants contestaient uniquement sa quotité. Il était choquant qu'un agriculteur souhaitant procéder au remblaiement de son terrain pour des motifs indiscutables doive verser un émolument, qui à lui seul, le dissuaderait de déposer une demande d'autorisation de construire. Compte tenu de la particularité de la demande, il n'était pas arbitraire de se référer à un émolument qui aurait été fixé en cas d'exploitation d'une gravière. On ne saurait suivre le raisonnement du TAPI qui partait du principe que le travail accompli dans le cadre du recours était important et justifiait le montant des émoluments. En suivant le raisonnement du TAPI, on pourrait par analogie conclure que les émoluments devraient être calculés en fonction du travail réel accompli par les services de l'État. Si l'on ne voulait pas faire preuve d'arbitraire, on devait tenir compte de la surface exploitée et des volumes concernés, tout en appliquant, par analogie, la LGEA, le montant de l'émolument dû dans le cadre de l'exploitation d'une gravière aurait été de CHF 3'650.-, montant qui devait être retenu dans le cas d'espèce.
Le 7 juin 2018, le TAPI a remis son dossier sans formuler d'observations.
Le 9 juillet 2018, le département a conclu au rejet du recours.
Il ne voyait pas en quoi il pourrait être reproché au TAPI de ne pas être entré en matière sur la question de l'intégration des parcelles concernées dans le plan directeur des décharges de type A. La demande qui avait été déposée auprès du département et à laquelle il avait dû répondre portait uniquement sur un projet de réaménagement des terres agricoles et d'amélioration foncière. Le département ou, pour lui, la DAC, n'avait ainsi pas à se prononcer sur la problématique de l'adoption du plan directeur.
Le TAPI avait justement considéré que le département n'avait pas erré en suivant les préavis de la DGAN et du SERMA, lesquels avaient estimé que ce remblaiement n'était, d'un point de vue agronomique, pas justifié, mais que surtout il risquait de porter durablement atteinte à la fertilité du sol. Le TAPI avait procédé à une juste pesée des intérêts en présence en considérant que la préservation de la fertilité des sols devait être préférée au projet présenté par les recourants, ce d'autant plus que ces derniers ne pouvaient mettre en oeuvre d'autres mesures (moins invasives) pour lutter contre le phénomène de mouilles auquel ils étaient confrontés (installation d'un système de drainage adapté). De plus, l'entreposage de 730'000 m3 de déblais sur ces parcelles apparaissait clairement supérieur au volume strictement nécessaire pour la mise en place d'un projet d'amélioration foncière ou agricole. Par conséquent, tant la mesure proposée que son étendue (volume) n'étaient pas conformes à la notion de nécessité ancrée dans les dispositions applicables et plus particulièrement l'art. 34 OAT.
Les recourants ne faisaient que substituer leur propre appréciation à celle du département, en se contentant de formuler un avis différent, mais peu convaincant, de celui émis par la DGAN et le SERMA. La problématique de l'adoption du plan directeur ne faisait pas l'objet de la procédure et, dès lors, le grief qu'ils faisaient valoir à ce sujet devait être rejeté ou, à tout le moins, déclaré irrecevable.
Par ailleurs, le département avait déjà réduit de manière importante le montant de l'émolument. De plus, la corrélation entre la surface concernée et l'émolument perçu, soit environ CHF 0.10 par m², respectivement environ CHF 0.033 par m², n'apparaissait pas arbitraire. Les recourants n'avaient, à ce titre, pas indiqué dans le formulaire de requête le coût estimé des travaux, laissant transparaître que le projet devrait plutôt leur apporter un revenu plus ou moins conséquent. Par ailleurs, la chambre constitutionnelle de la Cour de justice (ci-après : la chambre constitutionnelle), dans le cadre du contrôle abstrait des art. 254 et 257 RCI, avait rappelé que le principe d'équivalence n'excluait pas une certaine schématisation ou l'usage de moyennes d'expérience, voire des tarifs forfaitaires. Ainsi, il n'était pas nécessaire de calculer un émolument en matière d'autorisation de construire exclusivement en fonction du travail réel accompli par les services de l'État ou selon une notion de temps de traitement. L'instruction avait été longue (une année) et avait nécessité un travail d'analyse important, notamment des instances ayant étudié les diverses études et variantes produites, ce qui avait également nécessité du travail de coordination. Par conséquent, l'émolument n'était pas arbitraire au vu de la prestation fournie par l'État et du respect du principe d'équivalence ; du moins schématiquement, le département ne pouvait que soutenir le raisonnement du TAPI. Celui-ci avait également justement retenu qu'il n'était pas compétent pour revoir l'opportunité d'une décision, étant rappelé qu'en cas de baisse de l'émolument, le département statuait librement.
Ils ont repris et développé leur précédente argumentation, laquelle sera reprise dans la partie en droit en tant que de besoin.
Le département n'a pas dupliqué.
Sur ce, la cause a été gardée à juger.
EN DROIT
Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable de ces points de vue (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a et 17 al. 3 de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10 ; art. 149 LCI).
a. La qualité pour recourir appartient, outre aux parties à la procédure qui a abouti à la décision attaquée, à toute personne touchée directement par une décision qui a un intérêt personnel digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée (art. 60 al. 1 let. a et b LPA ; ATA/1051/2018 du 9 octobre 2018 consid. 2).
b. En l'occurrence et s'agissant de la décision de refus de l'autorisation de construire enregistrée sous le numéro DD 109'274, la qualité pour recourir appartient aux trois recourants, dans la mesure où GESA est la requérante de cette autorisation et que Mme et M. REVACLIER sont les propriétaires des parcelles sur lesquelles le remblayage est prévu.
Quant au bordereau, la qualité pour recourir de Mme et M. REVACLIER peut souffrir de rester indécise, puisqu'en tout état de cause, GESA, seule destinataire de cette facture, est directement touchée par l'émolument réclamé et a un intérêt personnel digne de protection à le voir modifier à la baisse selon ses conclusions.
Le recours est donc recevable.
Le recours à la chambre administrative peut être formé pour violation du droit y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation ou pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents. Les juridictions administratives n'ont pas compétence pour apprécier l'opportunité de la décision attaquée, sauf exception prévue par la loi (art. 61 al. 1 et 2 LPA).
Une décision est arbitraire au sens de l'art. 9 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst. - RS 101) lorsqu'elle est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. L'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable (ATF 141 I 70 consid. 2.2 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_68/2016 du 2 juin 2017 consid. 5.1). De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (ATF 141 I 49 consid. 3.4 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_199/2015 du 31 mai 2016 consid. 6.1).
Les recourants font grief au TAPI d'avoir écarté les moyens développés à propos de l'intégration des parcelles au plan directeur, du traitement des déchets sur le canton de Genève, ainsi que les explications données concernant le traitement de près de 730'000 m3 de matériaux d'excavation.
a. Aux termes de l'art. 65 LPA, l'acte de recours contient, sous peine d'irrecevabilité, la désignation de la décision attaquée et les conclusions du recourant (al. 1). L'acte de recours contient également l'exposé des motifs ainsi que l'indication des moyens de preuve (al. 2 1ère phrase). La juridiction administrative applique le droit d'office et ne peut aller au-delà des conclusions des parties, sans pour autant être liée par les motifs invoqués (art. 69 al. 1 LPA).
b. L'objet du litige est principalement défini par l'objet du recours (ou objet de la contestation), les conclusions du recourant et, accessoirement, par les griefs ou motifs qu'il invoque. L'objet du litige correspond objectivement à l'objet de la décision attaquée, qui délimite son cadre matériel admissible (ATF 136 V 362 consid. 3.4 et 4.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_581/2010 du 28 mars 2011 consid. 1.5 ; ATA/1060/2018 du 9 octobre 2018 consid. 3a et l'arrêt cité). La contestation ne peut excéder l'objet de la décision attaquée, c'est-à-dire les prétentions ou les rapports juridiques sur lesquels l'autorité inférieure s'est prononcée ou aurait dû se prononcer. L'objet d'une procédure administrative ne peut donc pas s'étendre ou qualitativement se modifier au fil des instances, mais peut tout au plus se réduire dans la mesure où certains éléments de la décision attaquée ne sont plus contestés. Ainsi, si un recourant est libre de contester tout ou partie de la décision attaquée, il ne peut pas prendre, dans son mémoire de recours, des conclusions qui sortent du cadre des questions traitées dans la procédure antérieure (ATA/421/2017 du 11 avril 2017 consid. 5 et les références citées).
c. Selon l'art. 4 LGEA, aucune gravière ne peut être ouverte en dehors des périmètres fixés par le plan directeur (al. 1). Il comporte l'inventaire des territoires déjà exploités, en cours d'exploitation, ainsi que des zones exploitables et des zones d'attente, dans le respect des objectifs définis à l'art. 2 al. 2 LGEA (al. 3).
À teneur de l'art. 5 LGEA, le plan directeur des gravières est élaboré par le département (al. 1). Il est soumis à une enquête publique de soixante jours annoncée par voie de publication dans la Feuille d'avis officielle de la République et canton de Genève (ci-après : FAO) et d'affichage dans les communes concernées (al. 2). Pendant la durée de l'enquête publique, toute personne intéressée peut prendre connaissance du projet de plan à la mairie ou au département et adresser à ce dernier ses observations (al. 3). Au terme de l'enquête publique, la mairie, après avoir pris connaissance des observations, transmet au département le préavis de la commune sur le projet de plan. Le département examine alors si des modifications doivent être apportées au projet pour tenir compte du préavis de la commune et des observations recueillies (al. 4). Le département soumet alors le projet de plan directeur des gravières et le dossier des observations au Conseil d'État qui adopte le plan en y apportant le cas échéant des modifications. L'adoption du plan fait l'objet d'une publication dans la FAO (al. 5). Le plan fait l'objet de révisions périodiques, en principe tous les dix ans. (al. 6).
d. En l'espèce, ces problématiques sont exorbitantes au présent litige, dans la mesure où l'objet du litige consiste à déterminer uniquement si les travaux envisagés par l'autorisation de construire enregistrée sous le numéro DD 109'274 sont autorisables ou non.
Au demeurant, et conformément aux dispositions précitées, la question de l'intégration de parcelle(s) dans le plan directeur est régie par une procédure spécifique au cours de laquelle toute personne intéressée peut adresser au département ses observations pendant la durée de l'enquête publique (art. 5 al. 3 LGEA).
C'est dans ce cadre que peuvent être prises en considération les demandes d'intégration de parcelle(s) au plan directeur, étant précisé, d'une part, que ce plan fait l'objet de révisions périodiques, en principe tous les dix ans (art. 5 al. 6 LGEA), et, d'autre part, qu'une gravière peut être étendue au-delà des limites prévues par le plan directeur si les conditions prévues par l'art. 4 al. 4 LGEA sont réalisées, étant relevé qu'une autorisation d'exploiter demeure nécessaire (art. 3 let. c LGEA).
Par conséquent, c'est de manière conforme au droit que le TAPI a considéré que la question de savoir si les parcelles des recourants auraient dû être intégrées dans le plan directeur, les critiques qu'ils avaient émises à l'égard des choix opérés dans le cadre de l'élaboration de celui-ci et les autres remarques qu'ils avaient formulées quant à la politique poursuivie à Genève par le département en matière de gestion des déchets étaient exorbitantes à l'objet du présent litige.
Le grief est mal fondé.
a. Aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente (art. 22 al. 1 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 - LAT - RS 700 ; art. 1 al. 1 LCI). L'autorisation est délivrée si la construction ou l'installation est conforme à l'affectation de la zone (art. 22 al. 2 let. a LAT) et si le terrain est équipé (art. 22 al. 2 let. b LAT). Le droit fédéral et le droit cantonal peuvent poser d'autres conditions (art. 22 al. 3 LAT).
Dès que les conditions légales sont réunies, le département est tenu de délivrer l'autorisation de construire (art. 1 al. 6 LCI).
b. L'art. 16 LAT précise que les zones agricoles servent à garantir la base d'approvisionnement du pays à long terme, à sauvegarder le paysage et les espaces de délassement et à assurer l'équilibre écologique ; elles devraient être maintenues autant que possible libres de toute construction en raison des différentes fonctions de la zone agricole et comprennent, d'une part, les terrains qui se prêtent à l'exploitation agricole ou à l'horticulture productrice et sont nécessaires à l'accomplissement des différentes tâches dévolues à l'agriculture et, d'autre part, les terrains qui, dans l'intérêt général, doivent être exploités par l'agriculture (al. 1). Il importe, dans la mesure du possible, de délimiter des surfaces continues d'une certaine étendue (al. 2). Dans leurs plans d'aménagement, les cantons tiennent compte de façon adéquate des différentes fonctions des zones agricoles (al. 3).
Selon l'art. 16a LAT, sont conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui sont nécessaires à l'exploitation agricole ou à l'horticulture productrice. Cette notion de conformité peut être restreinte en vertu de l'art. 16 al. 3 LAT (al. 1). Les constructions et installations nécessaires à la production d'énergie à partir de biomasse ou aux installations de compost qui leur sont liées peuvent être déclarées conformes à l'affectation de la zone et autorisées dans une exploitation agricole si la biomasse utilisée est en rapport étroit avec l'agriculture et avec l'exploitation. Les autorisations doivent être liées à la condition que ces constructions et installations ne serviront qu'à l'usage autorisé. Le Conseil fédéral règle les modalités (al. 1bis). Les constructions et installations qui servent au développement interne d'une exploitation agricole ou d'une exploitation pratiquant l'horticulture productrice sont conformes à l'affectation de la zone. Le Conseil fédéral règle les modalités (al. 2). Les constructions et installations dépassant le cadre de ce qui peut être admis au titre du développement interne peuvent être déclarées conformes à l'affectation de la zone et autorisées lorsqu'elles seront implantées dans une partie de la zone agricole que le canton a désignée à cet effet moyennant une procédure de planification (al. 3).
À teneur de l'art. 34 OAT, sont conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui servent à l'exploitation tributaire du sol ou au développement interne, ou qui sont - dans les parties de la zone agricole désignées à cet effet conformément à l'art. 16a, al. 3 LAT - nécessaires à une exploitation excédant les limites d'un développement interne et qui sont utilisées pour la production de denrées se prêtant à la consommation et à la transformation et provenant de la culture de végétaux et de la garde d'animaux de rente (al. 1 let. a) ou pour l'exploitation de surfaces proches de leur état naturel (al. 1 let. b). Sont en outre conformes à l'affectation de la zone les constructions et installations qui servent à la préparation, au stockage ou à la vente de produits agricoles ou horticoles si ces derniers sont produits dans la région et que plus de la moitié d'entre eux proviennent de l'exploitation où se trouvent lesdites constructions et installations ou d'exploitations appartenant à une communauté de production (al. 2 let. a), si la préparation, le stockage ou la vente ne revêt pas un caractère industriel (al. 2 let. b) et si l'exploitation où se trouve lesdites constructions et installations conserve son caractère agricole ou horticole (al. 2 let. c). Sont enfin conformes à l'affectation de la zone les constructions qui servent au logement indispensable à l'entreprise agricole, y compris le logement destiné à la génération qui prend sa retraite (al. 3). Une autorisation ne peut être délivrée que si la construction ou l'installation est nécessaire à l'exploitation en question (al. 4 let. a), si aucun intérêt prépondérant ne s'oppose à l'implantation de la construction ou de l'installation à l'endroit prévu (al. 4 let. b) et s'il est prévisible que l'exploitation pourra subsister à long terme (al. 4 let. c). Les constructions et installations qui servent à l'agriculture pratiquée en tant que loisir ne sont pas réputées conformes à l'affectation de la zone agricole (al. 5).
c. L'art. 20 al. 1 LaLAT prévoit que la zone agricole est destinée à l'exploitation agricole ou horticole. Ne sont autorisées en zone agricole que les constructions et installations qui sont destinées durablement à cette activité et aux personnes l'exerçant à titre principal (let. a), respectent la nature et le paysage (let. b) et respectent les conditions fixées par les art. 34 et ss OAT (let. c).
d. En exigeant que la construction soit nécessaire à l'exploitation en cause, l'art. 34 al. 4 let. a OAT (qui reprend la condition posée à l'art. 16a al. 1 LAT) entend limiter les constructions nouvelles à celles qui sont réellement indispensables à l'exploitation agricole ou viticole afin de garantir que la zone agricole demeure une zone non constructible. La nécessité de nouvelles constructions s'apprécie en fonction de critères objectifs. Elle dépend notamment de la surface cultivée, du genre de cultures et de production (dépendante ou indépendante du sol), ainsi que de la structure, de la taille et des nécessités de l'exploitation (arrêt du Tribunal fédéral 1C_618/2014 du 29 juillet 2015 consid. 4.1 et les références citées). En définitive, ces constructions doivent être adaptées, notamment par leur importance et leur implantation, aux besoins objectifs de l'exploitation en cause (ATF 133 II 370 consid. 4.2 p. 374 ; 129 II 413 consid. 3.2 p. 415 ; ATA/534/2016 du 21 juin 2016 consid. 4a).
Selon la doctrine, l'emplacement et l'aménagement d'un bâtiment conforme à l'affectation de la zone ne doivent pas léser des intérêts prépondérants (art. 34 al. 4 let. b OAT). Les critères sont les buts principes énoncés aux art. 1 et 3 LAT, notamment en termes de protection du paysage, des biotopes et des sites (art. 3 al. 2 let. b et d LAT), et la préservation de suffisamment de bonnes terres cultivables pour l'agriculture (art. 3 al. 2 let. a LAT). Le choix de l'emplacement peut déjà exiger une pesée des intérêts. (...). Ainsi, même lorsque le site envisagé est objectivement fondé, des intérêts prépondérants peuvent s'y opposer. L'art. 34 al. 4 OAT prévoit donc une pesée globale des intérêts pour les bâtiments conformes à l'affectation de la zone au même titre que pour les autorisations exceptionnelles octroyées aux constructions hors de la zone à bâtir. Cet examen peut conduire jusqu'à un refus de l'autorisation de construire (Alexander RUCH/Rudolf MUGGLI, Commentaire pratique LAT : Construire hors zone à bâtir, 2017, p. 95-96).
La condition de la subsistance à long terme de l'art. 34 al. 4 let. c OAT a pour but d'éviter que des autorisations ne soient délivrées inconsidérément en zone non constructible, pour des constructions et installations qui seront rapidement mises hors service en cas d'abandon de l'exploitation agricole. La possibilité de construire de nouveaux bâtiments doit être réservée aux domaines agricoles rentables et dont le maintien semble assuré à long terme. Il faut donc, outre le professionnalisme et le savoir-faire spécialisé que cette activité exige, l'engagement durable, structuré et rentable de capitaux et de forces de travail, et cela dans une mesure économiquement significative. La réalisation de cette condition doit faire l'objet d'un examen concret et précis dans chaque cas particulier, en tenant compte de la structure et de l'importance de l'exploitation ainsi que des circonstances locales (arrêts du Tribunal fédéral 1C_233/2014 et 1C_234/2014 du 23 février 2015 consid. 3.2 ; 1C_535/2008 du 26 mars 2009 consid. 4.1 et les références citées), si possible par l'établissement d'un plan de gestion (ATF 133 II 370 consid. 5 p. 378 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_233/2014 et 1C_234/2014 précité consid. 3.2 ; 1C_157/2009 du 26 novembre 2009 consid. 3 ; ATA/534/2016 précité consid. 4b).
e. Les constructions édifiées dans la zone agricole au sens des art. 20 à 22 LaLAT sont soumises à ces dispositions et à celles applicables à la cinquième zone au sens de la LCI (art. 82 al. 1 LCI). En cas d'application des art. 34 à 38 et 40 OAT, le département ne peut délivrer une autorisation qu'avec l'accord, exprimé sous forme d'un préavis, du département chargé de l'agriculture (art. 82 al. 2 1ère phr. LCI).
f. Conformément à l'art. 33 al. 2 1ère phr. de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 (LPE - RS 814.01), il n'est permis de porter atteinte physiquement à un sol que dans la mesure où sa fertilité n'en est pas altérée durablement.
L'art. 2 al. 1 OSol prévoit que le sol est considéré comme fertile notamment s'il présente, pour sa station, une biocénose biologiquement active, une structure, une succession et une épaisseur typiques et qu'il dispose d'une capacité de décomposition intacte (al. 1 let. a) et s'il permet aux plantes et aux associations végétales naturelles ou cultivées de croître et de se développer normalement et ne nuit pas à leurs propriétés (al. 1 let. b). On entend par atteintes physiques aux sols les atteintes à la structure, à la succession des couches pédologiques ou à l'épaisseur des sols résultant d'interventions humaines (al. 4).
Selon l'art. 6 OSol, quiconque construit une installation, exploite un sol ou l'occupe d'une autre manière doit, en tenant compte des caractéristiques physiques du sol et de son état d'humidité, choisir et utiliser des véhicules, des machines et des outils de manière à prévenir les compactions et les autres modifications de la structure des sols qui pourraient menacer la fertilité du sol à long terme (al. 1). Quiconque procède à des modifications des sols ou exploite un sol doit veiller, par des techniques de génie rural et d'exploitation appropriées, telles qu'un aménagement antiérosif des parcelles et des techniques culturales antiérosives, une rotation des cultures et des soles culturales adaptées, à prévenir l'érosion qui pourrait menacer la fertilité du sol à long terme. Si la protection du sol contre l'érosion exige des mesures communes à plusieurs exploitations, le canton rend ces mesures obligatoires ; en particulier en cas d'érosion causée par les eaux de ruissellement concentrées (érosion des thalweg) (al. 2).
g. À teneur de l'art. 2 du règlement d'application de l'ordonnance fédérale relative à l'étude de l'impact sur l'environnement du 11 avril 2001 (ROEIE - K 1 70.05), l'étude de l'impact sur l'environnement est la procédure par laquelle, avant de prendre une décision sur la planification et la construction ou la modification d'installations, l'autorité compétente, soit en l'occurrence le département par l'entremise du GESDEC, examine le plus tôt possible la compatibilité de ces dernières avec les dispositions en matière d'environnement.
Conformément à l'art. 15 ROEIE, le GESDEC transmet le dossier complet au service spécialisé qui dispose d'un délai de six semaines pour procéder à l'évaluation du rapport d'impact (al. 1). Dans le cadre de l'évaluation du rapport, le service spécialisé, qui est le SERMA (art. 9 al. 1 ROEIE), examine si le projet respecte la législation environnementale, se détermine le cas échéant sur les mesures proposées et exige, s'il y a lieu, des mesures complémentaires. Il pose également les conditions auxquelles la réalisation du projet devra être subordonnée ainsi que celles du suivi environnemental de réalisation (al. 2).
h. Selon une jurisprudence bien établie, chaque fois que l'autorité inférieure suit les préavis requis, la juridiction de recours doit s'imposer une certaine retenue, qui est fonction de son aptitude à trancher le litige (Thierry TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2011, p. 168 n. 508 et la jurisprudence citée). Les autorités de recours se limitent à examiner si le département ne s'écarte pas sans motif prépondérant et dûment établi du préavis de l'autorité technique consultative, composée de spécialistes capables d'émettre un jugement dépourvu de subjectivisme et de considérations étrangères aux buts de protection fixés par la loi (ATA/1485/2017 du 14 novembre 2017 consid. 5 et les arrêts cités). S'agissant du TAPI, celui-ci se compose de personnes ayant des compétences spéciales en matière de construction, d'urbanisme et d'hygiène publique (art. 143 LCI). Formée pour partie de spécialistes, cette juridiction peut ainsi exercer un contrôle plus technique que la chambre administrative, de sorte que cette dernière exerce son pouvoir d'examen avec retenue (ATA/1059/2017 du 4 juillet 2017 consid. 6e).
i. En l'espèce, il ressort certes de l'EIE du 28 février 2017, ainsi que du rapport pédologique du 4 décembre 2015 que le projet permettrait de supprimer les effets de mouilles et d'érosion. De plus, il permettrait le traitement de matériaux d'excavation.
Toutefois, dans le cadre de l'instruction de la demande d'autorisation de construire, plusieurs instances spécialisées se sont déclarées défavorables au projet en évoquant les éléments soulevés par les recourants et/ou en prenant en considération d'autres éléments pertinents, notamment ceux protégés par les bases légales précitées, lesquels doivent également être pris en compte lors de la pesée des intérêts à effectuer (art. 34 al. 4 OAT).
Dans son préavis défavorable du 9 septembre 2016, la DGAN a clairement exposé que le périmètre concerné présentait une terre végétale excellente avec un bon équilibre textural et structural, une profondeur tendanciellement supérieure à la norme ainsi qu'une très bonne porosité. De plus et malgré les mouilles, les sols restaient d'excellente qualité au vu de leur texture, structure et profondeur. Le projet mettrait ainsi en péril la conservation de la végétation ligneuse de la haie indigène se trouvant en limite de parcelle sur le flanc nord-est du site, ainsi que sa diversité. Enfin, il porterait atteinte à la ceinture d'hélophytes du Nant de l'Ecra, ce qui allait à l'encontre des art. 18, 21 et 22 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage du 1er juillet 1966 (LPN - RS 451) et de l'art. 14 du règlement sur la conservation de la végétation arborée du 27 octobre 1999 (RCVA - L 4 05.04).
D'ailleurs, le rapport pédologique du 4 décembre 2015 ne dit pas autre chose s'agissant de la terre végétale en ce sens qu'elle est « considérée comme un excellent sol agricole de bon équilibre textural et structural avec une profondeur tendanciellement supérieure à la norme » (p. 13). Il en est de même de la sous-couche arable agricole qui est considérée comme étant excellente (p. 14). Enfin, il propose, à propos de la présence de certaines zones d'accumulation d'eau après les épisodes pluvieux, la pose d'un réseau de drainage performant, lequel pourra répondre aux besoins d'évacuation de l'eau ce qui permettrait au sol de réessuyer plus rapidement et aux cultures de mieux se maintenir dans ces zones ; un remblayage d'envergure n'étant pas nécessaire pour répondre aux problèmes de mouilles (p. 18).
Dans la même mesure, la notice du 9 juin 2016 relève à propos de la haie existante que le projet aurait un impact significatif sur la haie en question et ce à deux niveaux, à savoir une modification des conditions locales en raison du talus du remblai (ombrage, humidité, microclimat) et une atteinte aux racines, soit directement en raison du creusement du fossé, soit indirectement par le remblai pour les arbres dont le système souterrain s'étend à plus de 2 m des troncs. Ces incidences conduiraient à une réduction de la diversité de la haie et à un attrait moindre du milieu pour la flore et la faune, en particulier pour les espèces thermophiles (p. 5).
En outre, le SERMA, dans son préavis défavorable du 18 avril 2017, a également mis en exergue que le projet risquait de porter durablement une atteinte à la fertilité du sol. Or, l'exploitation agricole est possible sans une modification de la configuration du terrain. De plus et comme l'a également retenu la DGAN avant lui, le SERMA relève que le projet mettrait en péril la conservation de la végétation ligneuse de la haie indigène présente en limite de parcelle sur le flanc nord-est du site, ainsi que sa diversité. Il porterait également atteinte à la ceinture d'hélophytes du Nant de l'Ecra.
Comme vu précédemment, les avis de ces instances spécialisées sont obligatoires en vertu de la LCI et ne doivent à ce titre pas être minimisés. De plus, leurs avis reposent sur des éléments objectifs et concrets. Ils ne sauraient être qualifiés d'arbitraires.
Par ailleurs, le SERMA note également que le projet doit être assimilé à une installation d'élimination des déchets pour le stockage définitif de matériaux d'excavation non pollués (art. 3 let. g OLED), c'est-à-dire une décharge de type A, selon l'art. 35 al. 1 let. a OLED. Or, le projet ne figure pas dans le plan directeur (disponible sous https://www.ge.ch/document/dechets-plan-directeur-decharges-materiaux-excavation-non-pollues-decharges-type, consulté le 28 novembre 2018), si bien qu'il n'est pas autorisable (art. 30A al. 1 LGD).
Enfin et s'agissant de la problématique relative à l'autorisation d'implantation d'une décharge de type D-E, il est vrai que le SERMA, dans le préavis du 22 septembre 2016, a indiqué que le site faisait partie des sites « étudiés » pour l'implantation d'une décharge de type D et E. Toutefois, dans son dernier préavis du 18 avril 2017, cela n'est plus indiqué.
Outre le fait qu'il est clairement précisé dans le premier préavis que le site était uniquement « étudié » pour une telle implantation, seul le second et plus récent préavis du 18 avril 2017 fait foi. Dès lors, les recourants ne sauraient se prévaloir du premier préavis pour se voir délivrer une autorisation d'implanter une décharge de type D et E sur leurs parcelles.
Au vu de ces éléments, on ne saurait faire grief au département, confirmé en cela par le TAPI, d'avoir, dans le cadre de la pesée des différents intérêts en présence, suivi les préavis négatifs des instances spécialisées en la matière, capables d'émettre un jugement dépourvu de subjectivisme et de considérations étrangères aux buts de protection fixés par la loi, en n'octroyant pas l'autorisation de construire sollicitée.
Les griefs sont mal fondés.
a. Selon l'art. 154 LCI, le département perçoit un émolument pour toutes les autorisations et permis d'habiter ou d'occuper qu'il délivre, ainsi que pour les recherches d'archives ayant trait aux autorisations de construire (al. 1). Ces émoluments sont fixés par le Conseil d'État (al. 2).
La chambre constitutionnelle a retenu que cet article était également applicable en cas de refus d'autorisation décidés en vertu de la LCI et de ses règlements d'application (ACST/12/2017 du 6 juillet 2017 consid. 7d).
b. À teneur l'art. 254 RCI, le département perçoit, lors de la constitution des dossiers et notamment pour toute autorisation ou refus d'autorisation qu'il délivre en application de la loi et de ses règlements d'application, les émoluments calculés selon les dispositions du présent chapitre. Exceptionnellement, l'émolument peut être réduit lorsqu'il paraît manifestement trop important par rapport à l'objet de la demande d'autorisation de construire. L'autorité statue librement. L'émolument relatif aux remises de copies et aux recherches de documents est calculé conformément aux art. 10 et 10A du règlement sur les émoluments de l'administration cantonale du 15 septembre 1975 (REmAC - B 4 10.03) (al. 1). Exceptionnellement, l'émolument peut être réduit jusqu'à 50 % pour des projets d'intérêt général, en particulier lorsque ceux-ci sont présentés par la Confédération, le canton ou les communes, ou par des établissements publics qui en dépendent, ainsi que pour les projets de constructions de logements subventionnés par les pouvoirs publics (al. 2). Sont notamment considérés d'intérêt général, les écoles, les garderies d'enfants, les églises, les cliniques, les hôpitaux, les centres sportifs et les installations techniques des services publics (al. 3).
Conformément à l'art. 257 RCI, pour l'enregistrement des demandes d'autorisation de construire, lesquelles comprennent également les demandes de renseignements, l'émolument s'élève à CHF 250.- par demande. Aucune demande d'autorisation n'est enregistrée tant que l'émolument y relatif n'a pas été acquitté (al. 1). Les émoluments des al. 3 à 11 sont perçus sans préjudice de l'émolument d'enregistrement prévu à l'al. 1 (al. 2 1ère phr.). Pour les aménagements extérieurs tels que remblayages, aménagements routiers, terrains de sport, ainsi que les ouvrages liés à l'exploitation agricole, l'émolument de base s'élève de CHF 10.- par unité de surface de 10 m2 ; il est indivisible (al. 4).
c. L'art. 45 RGEA prévoit que le département perçoit pour la constitution du dossier et l'élaboration du plan d'extraction, un émolument calculé selon les let. a et b de l'al. 1 (al. 1).
Pour toute autorisation qu'il délivre, le département perçoit un émolument de CHF 500.- pour un volume global d'exploitation inférieur ou égal à 100'000 m3 et un émolument CHF 0.005 par m3 pour un volume global d'exploitation supérieur à 100'000 m3 (al. 2 let. a et b).
d. En l'occurrence, force est de constater que la demande d'autorisation de construire s'inscrit dans le contexte d'un remblayage, situation spécifiquement visée par l'art. 257 al. 4 RCI, si bien qu'on ne saurait faire application de l'art. 45 RGEA, même par analogie.
Au surplus, la chambre administrative fait siennes les considérations du TAPI sur l'absence de tout arbitraire quant à la fixation du montant de l'émolument arrêté par le département, relevant également que pour ce motif, sauf à statuer en opportunité - ce que ne lui permet pas l'art. 254 al. 1 RCI cum art. 61 al. 1 et 2 LPA -, la chambre de céans ne peut pas revoir le montant réclamé.
Le grief est écarté.
En tous points mal fondé, le recours sera rejeté.
Vu l'issue du litige, un émolument de CHF 1'500.- sera mis à la charge conjointe et solidaire des recourants, qui succombent (art. 87 al. 1 LPA), et aucune indemnité de procédure ne sera allouée (art. 87 al. 2 LPA).
PAR CES MOTIFS LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE
à la forme :
déclare recevable le recours interjeté le 4 juin 2018 par Gravières d'Epeisses SA, Madame Anne REVACLIER et Monsieur Guy REVACLIER contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 2 mai 2018 ;
au fond :
le rejette ;
met à la charge de Gravières d'Epeisses SA, Madame Anne REVACLIER et Monsieur Guy REVACLIER, pris conjointement et solidairement, un émolument de CHF 1'500.- ;
dit qu'il n'est pas alloué d'indemnité de procédure ;
dit que, conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l'envoi ;
communique le présent arrêt à Me Patrice Riondel, avocat des recourants, au département du territoire - oac, au Tribunal administratif de première instance, ainsi qu'à l'office fédéral du développement territorial.
Siégeant : M. Thélin, président, Mme Krauskopf, M. Pagan, juges.
Au nom de la chambre administrative :
la greffière-juriste :
S. Hüsler Enz
le président siégeant :
Ph. Thélin
Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties.
Genève, le
la greffière :