A/1696/2014Cour de justice de Genève / Chambre administrative (droit public)2 août 2017
Procédure en rappel et en soustraction d'impôts portant sur des prestations appréciables en argent. L'actionnaire/administrateur unique de la contribuable vit, sans payer de loyer, dans une maison que la société loue à une .société tierce. Le rejet du recours par le TAPI a entraîné la confirmation des décisions sur réclamation concernant l'année 2001, cette dernière ayant fait l'objet d'une taxation d'office ; ces décisions sont entrées en force nonobstant la procédure de recours par-devant la chambre administrative ; dès lors les décisions de taxations de l'année 2001 ne sont pas prescrites. Toutefois, cela ne vaut pas en matière de sanction pénale, de sorte que le droit sanctionner la soustraction fiscale commise lors de l'année 2001 est prescrit. La prescription n'est pas acquise pour les exercices suivants. Le montant des amendes respecte le principe de la proportionnalité. Recours partiellement admis.
POUVOIR JUDICIAIRE
A/1696/2014-ICCIFD ATA/1151/2017
COUR DE JUSTICE
Chambre administrative
Arrêt du 2 août 2017
4ème section
dans la cause
A______ SA représentée par Me Romain Jordan, avocat
contre
ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE
et
ADMINISTRATION FÉDÉRALE DES CONTRIBUTIONS
Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 24 mars 2016 (JTAPI/351/2016)
EN FAIT
A______ SA a pour but des « travaux et services dans le domaine de la construction », et Monsieur D______ en est l'unique administrateur et actionnaire.
E______ SA, en liquidation, a été dissoute par suite de jugement du Tribunal de première instance (ci-après : TAPI) du 4 décembre 2014. Auparavant, elle portait la raison sociale E______ SA (ci-après : E______) et avait pour but la « promotion immobilière et toutes prestations de service s'y rapportant ». A______ SA en détenait la moitié du capital-actions. M. D______ a fait partie du conseil d'administration de E______ jusqu'en novembre 2009. Monsieur F______ en a été l'administrateur dès mai 2006.
Par contrat du 22 septembre 1998, E______ a donné à bail à la contribuable une maison d'habitation sise, route H______, sur la parcelle n° 1______ de la commune de C______. Le loyer annuel se chiffrait à CHF 18'000.-, charges non comprises.
M. D______ y réside depuis le 4 mai 1999.
Dans son compte de résultat 2009, la contribuable a, en particulier, inscrit un poste « loyer et charges » à concurrence de CHF 50'251.85.
Le 2 décembre 2010, l'administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE) a demandé à la contribuable de lui transmettre notamment l'extrait de son grand livre, ainsi que les justificatifs se rapportant au montant précité.
La contribuable n'a pas donné suite à cette demande, en dépit d'un rappel et d'une sommation datés respectivement des 11 et 21 janvier 2011. En conséquence, l'AFC-GE l'a taxée d'office par bordereaux datés du 6 avril 2011.
Ce faisant, elle a effectué diverses reprises au niveau de son bénéfice, dont notamment un montant de CHF 50'252.- à titre de loyer et charges.
Le 9 mai 2011, la contribuable a élevé réclamation à l'encontre de ces bordereaux. Elle a produit en particulier l'extrait des comptes « loyers » (charge), « électricité », « chauffage », « nettoyage », « entretien des locaux » et « autres charges », dont les soldes totalisaient CHF 50'251.85.
Le 19 juillet 2011, l'AFC-GE a notamment demandé à la contribuable de lui transmettre l'extrait de son grand-livre relatif à son compte « chiffre d'affaires », dont le solde s'élevait à CHF 608'474.25 [recte : CHF 608'747.25], les justificatifs se rapportant aux écritures enregistrées dans ce compte ainsi que ceux relatifs au compte de charge « loyer ».
Le 22 août 2011, la contribuable a remis à l'AFC-GE ses comptes « chiffre d'affaires », « revenus divers », « intérêts créanciers » et « loyer encaissé », ainsi qu'un avis de crédit de la Banque G______ d'un montant de CHF 530'000.- au 3 février 2009. Le compte « revenus divers » faisait notamment état d'un crédit de CHF 489'259.65 au 3 février 2009. Elle a également produit les factures se rapportant aux charges totalisant CHF 50'251.85. Toutes concernaient la maison susmentionnée. Le compte « loyer encaissé » ne faisait état d'aucun versement de la part de M. D______.
Le 10 octobre 2011, la contribuable a expliqué à l'AFC-GE que le compte « loyer encaissé » devait plutôt s'intituler « revenus - charges divers ». Le compte de promotion avait été piloté en parallèle avec l'entreprise E______. La part lui revenant avait été virée depuis le compte courant de la promotion.
Le 31 juillet 2013, l'AFC-GE a informé la contribuable qu'elle entendait rectifier sa taxation en défaveur de celle-ci et qu'elle envisageait de procéder à des reprises au niveau de son compte « loyer encaissé », totalisant CHF 63'063.15, ainsi qu'à une reprise de CHF 9'543.- dans son chiffre d'affaires.
Le 30 septembre 2013, la contribuable a remis à l'AFC-GE des justificatifs se rapportant aux reprises dans le compte « loyer encaissé », à concurrence de CHF 63'063.15 et elle a contesté le redressement de CHF 9'543.-.
Par décisions du 8 mai 2014, l'AFC-GE a admis partiellement la réclamation concernant des points qui ne sont plus litigieux aujourd'hui. En revanche, elle a maintenu la reprise de CHF 50'252.- et a modifié la taxation de la contribuable en défaveur de celle-ci, en ce sens qu'elle a ajouté CHF 9'543.- à son bénéfice au titre de chiffre d'affaires non comptabilisé.
Le bail du 22 septembre 1998 avait été signé, pour la partie locataire, par M. D______, qui était domicilié à la route H______ depuis le 4 mai 1999. Aucun loyer ne lui avait été facturé en 2009 par la contribuable (dont ce dernier était actionnaire unique). Poursuivant un but lucratif, celle-ci n'aurait jamais accepté de mettre à disposition gratuitement une maison à un tiers. Le montant du loyer, particulièrement bas et inférieur aux conditions du marché pour un bien du même type, avait déjà été réduit par le bailleur pour tenir compte des inconvénients causés par les visites des futurs acquéreurs, qui étaient ses propres clients. Les promotions immobilières dans lesquelles la contribuable était intervenue et pour lesquelles elle avait perçu des honoraires étaient réalisées par E______.
La disproportion entre la prestation (mise à disposition de la villa) et la contre-prestation (inexistante) était manifeste, si bien que les organes de la contribuable ne pouvaient l'ignorer. Partant, il y avait lieu de retenir que la contribuable avait accordé à son actionnaire une distribution dissimulée de bénéfice.
Le même jour, l'AFC-GE a notifié à la contribuable des bordereaux de taxation rectificatifs.
Le 21 octobre 2011, l'AFC-GE a informé la contribuable de l'ouverture à son encontre d'une procédure en rappel d'impôt, ainsi que d'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pour les périodes 2001 à 2004 et 2006 à 2008, au motif qu'elle aurait accordé à des tiers des prestations appréciables en argent durant les années en question, notamment sous la forme de mise à disposition gratuite d'un logement. Elle convoquait en outre le(s) représentant(s) de la contribuable dans ses locaux, en le(s) priant d'apporter diverses pièces.
Le 18 octobre 2012, n'ayant pas obtenu de réponse, l'AFC-GE a indiqué à la contribuable qu'à défaut de fournir les documents requis d'ici au 2 novembre 2012, elle statuerait en l'état du dossier.
Le 2 novembre 2012, la contribuable a demandé à l'AFC-GE de suspendre son dossier, dans la mesure où un litige l'opposait à l'ancien associé de M. D______.
Le 21 août 2013, l'AFC-GE a informé la contribuable de ce que la procédure en rappel d'impôt et la procédure pénale pour soustraction d'impôt étaient terminées. Elle lui a notifié quatorze bordereaux de rappel d'impôt (taxation d'office), soit sept pour l'impôt cantonal et communal (ICC) et sept pour l'impôt fédéral direct (IFD). Les reprises s'établissaient comme suit :
Années
CHF
2001
27'849.-
2002
27'849.-
2003
24'951.-
2004
31'822.-
2006
27'020.-
2007
27'288.-
2008
3'327.-
Elle lui a également notifié deux bordereaux d'amende, d'un montant de CHF 15'491.- en IFD et de CHF 42'264.- en ICC.
En comptabilisant indûment dans ses charges commerciales le loyer privé de son actionnaire et les frais d'entretien y relatifs, la contribuable avait effectué une distribution dissimulée de bénéfice et réduit d'autant son résultat imposable. De ce fait, elle n'avait pas été imposée sur sa réelle capacité contributive et avait commis une soustraction d'impôt. Considérant le caractère répétitif des soustractions, la quotité de l'amende était de 1,25 fois l'impôt soustrait.
Elle estimait qu'il était justifié, comptablement, de lui imputer cette part des loyers, dès lors que la propriété avait servi et servait encore de maison témoin à destination des potentiels acquéreurs des promotions immobilières dans lesquelles elle intervenait.
Par décisions du 8 mai 2014, l'AFC-GE a rejeté cette réclamation, indiquant qu'elle maintenait les reprises et les amendes.
Par actes du 10 juin 2014, la contribuable a recouru devant le Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI) contre les décisions sur réclamation du 8 mai 2014 prises à son encontre par l'AFC-GE.
Dans son recours relatif à l'année 2009, elle a conclu à l'annulation de la décision attaquée en tant qu'elle maintenait la reprise de CHF 50'502.- au titre de distribution dissimulée de bénéfice (loyer et charges).
Dans son recours portant sur les années 2001 à 2004 et 2006 à 2008, elle a conclu à l'annulation de la décision entreprise.
Dans ses deux actes de recours, elle a exposé que la villa litigieuse était destinée notamment à servir d'exposition, soit de maison témoin dans le cadre de promotions immobilières menées par elle-même et E______, ce qu'elle offrait de prouver. L'AFC-GE reconnaissait que le loyer avait été fixé en tenant compte des nombreuses visites des acquéreurs potentiels des biens mis en promotion par E______, ainsi que des inconvénients causés par celles-ci ; l'autorité intimée avait toutefois omis d'intégrer dans son raisonnement le fait que la villa avait également été utilisée pour les promotions dont elle-même avait la charge. Les reprises effectuées au titre de loyer n'étaient ainsi pas justifiées.
Ces deux recours ont été ouverts dans une seule et même procédure.
Le loyer avait été réduit pour tenir compte des inconvénients causés par les visites des futurs acquéreurs de E______ et les promotions immobilières dans lesquelles A______ SA était intervenue étaient réalisées par E______.
Le 30 avril 2015, A______ SA a sollicité l'audition de son comptable, Monsieur I______. Elle a également demandé la suspension de l'instruction du recours, compte tenu de l'existence de procédures pendantes devant l'AFC-GE présentant un caractère préjudiciel avec celle pendante devant le TAPI.
Le 18 mai 2015, l'AFC-GE a informé le TAPI qu'elle n'avait pas connaissance de procédures susceptibles d'influer sur la suite de la cause litigieuse. Compte tenu de l'ancienneté des années fiscales litigieuses, elle a refusé de donner son accord à la suspension.
Le 10 juin 2015, le TAPI a invité l'AFC-GE à lui transmettre les bordereaux d'amende du 21 août 2013, qui ne figuraient pas au dossier. Il l'a en outre priée d'indiquer comment elle avait calculé le montant des prestations appréciables en argent réintégrées dans le bénéfice de la contribuable.
Le 25 juin 2015, l'AFC-GE a produit les bordereaux d'amende et expliqué que les prestations appréciables en argent comprenaient le loyer (CHF 18'000.- par an), ainsi que, selon les années, les factures des SIG, du mazout, d'une entreprise de nettoyage, ainsi que des frais d'entretien, notamment de peinture.
La contribuable avait été taxée d'office pour les années 2001 à 2003, ainsi que 2005 et 2008, faute d'avoir déposé sa déclaration fiscale.
Pour les années 2001 et 2002, la reprise correspondait au poste « loyers et charges » 2003, à hauteur de CHF 27'849.-.
Pour l'année 2003, la prestation appréciable en argent correspondait au poste « loyers et charges » 2003, de CHF 27'849.-. Toutefois, compte tenu de la première taxation d'office établie sur la base d'un bénéfice imposable de CHF 69'868.-, la reprise ne s'établissait en fin de compte qu'à CHF 24'951.-.
Pour les années 2004, 2006 et 2007, le montant de la reprise correspondait au poste « loyers et charges », qui se chiffrait à, respectivement, CHF 31'822.-, CHF 27'020.- et CHF 27'288.-.
S'agissant de l'année 2008, la prestation appréciable en argent correspondait au poste « loyers et charges » de CHF 16'430.-. Toutefois, vu la première taxation d'office établie sur la base d'un bénéfice imposable de CHF 80'000.-, la reprise ne se montait en fin de compte qu'à CHF 3'327.-.
Elle a par ailleurs produit les déclarations fiscales 2004, 2006, 2007 et 2009 de la société.
Le 30 octobre 2015, A______ SA a sollicité la suspension de la procédure « jusqu'à droit jugé dans les procédures connexes concernant aussi bien l'administrateur d'A______ SA que les taxations y relatives » ainsi que la tenue d'une « audience au sens de l'art. 6 de la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH - RS 0.101), vu le caractère pénal de la procédure fiscale litigieuse ».
Le 10 février 2016, M. D______ a été auditionné devant le TAPI.
S'il n'avait pas occupé la villa, celle-ci serait restée vide et n'aurait généré aucun revenu pour E______. A______ SA y exerçait d'ailleurs son activité, dans la mesure où il y travaillait et la location de locaux supplémentaires à cet effet aurait généré une charge plus élevée pour la société. Il n'avait certes pas payé de loyer pour l'occupation de la villa, mais il avait assumé l'entier de son entretien et veillé à ce qu'elle soit en parfait état pour les visites des clients de la société.
Le 3 mars 2016, l'AFC-GE a observé que M. D______ avait reconnu, lors de l'audience précitée, qu'il n'avait pas payé de loyer pour l'usage de la villa. La contribuable ne contestait d'ailleurs pas les amendes.
Le 10 mars 2016, A______ SA a maintenu qu'elle n'avait pas octroyé une prestation appréciable en argent à M. D______, dès lors que, comme celui-ci l'avait déclaré en audience, il n'avait pas été son actionnaire avant 2009, mais uniquement son administrateur. Il avait occupé un logement qui serait demeuré vide si tel n'avait pas été le cas, et il avait subi de nombreux désagréments dans ce cadre.
Par jugement du 24 mars 2016, le TAPI a rejeté les recours d'A______ SA.
Les recours ne portaient que sur la question du bien-fondé des reprises de CHF 50'252.- dans le cadre de la taxation des années fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2009. A______ SA n'avait en effet aucunement contesté les amendes dont elle avait fait l'objet, dès lors qu'aucun grief ni conclusion n'avaient été soulevés en lien avec la réalisation des infractions et des sanctions prononcées à son encontre. Les amendes devaient par conséquent être confirmées.
M. D______ était, déjà en 2001, administrateur unique de la société et, de ce fait, il entretenait un rapport particulièrement étroit et intense avec elle : il avait lui-même confirmé que la société n'avait perçu aucun loyer de sa part, alors qu'il occupait, à titre de domicile privé et depuis le 4 mai 1999, la maison que la société louait à E______ et pour laquelle elle s'acquittait d'un loyer, des frais d'électricité, de chauffage, de nettoyage, d'entretien et d'autres charges. Il ne faisait aucun doute que la société avait accordé à son administrateur unique une prestation sans obtenir de contre-prestation et qu'un tiers sans lien avec elle n'aurait jamais pu obtenir un tel avantage.
Dans la mesure où M. D______ était non seulement le bénéficiaire de l'avantage, mais également l'administrateur unique de la société, il devait forcément se rendre compte, en tant qu'organe social, de la disproportion entre la prestation offerte (mise à sa disposition de la villa) et la « contre-prestation » y relative (absence de loyer). La recourante avait, par conséquent, octroyé à M. D______ des prestations appréciables en agent qui devaient être réintégrées dans son bénéfice imposable.
Le TAPI concluait à tort que le litige portait que sur la question du bien-fondé des reprises effectuées, ce à l'exclusion des amendes.
Elle avait formé réclamation contre les décisions du 21 août 2013 par lesquelles l'AFC-GE lui avait notifié les bordereaux de rappel d'impôt, ainsi que les bordereaux d'amende y relatifs. Les décisions sur réclamation du 8 mai 2014 maintenaient à la fois les reprises et les amendes. Les conclusions prises par A______ SA dans ses recours tendaient à l'annulation complète de ces décisions sur réclamation. Les amendes étaient d'ailleurs liées aux reprises étant donné que si l'autorité avait admis les réclamations et annulé les reprises contestées, il n'aurait pas pu maintenir les amendes en question.
Le jugement querellé violait la maxime inquisitoire et le principe in dubio pro reo du fait que l'autorité avait constaté les faits de manière inexacte. Cette dernière n'avait aucunement établi les faits pertinents ni mené les actes d'instruction lui permettant d'établir la réalisation ou non des infractions qui lui étaient reprochées. Elle n'avait également pas apporté la preuve de l'existence d'une quelconque faute de sa part. De ce fait, elle commettait également un déni de justice.
M D______ était la seule personne susceptible d'occuper la villa dont le bail était litigieux. Il était chargé d'effectuer les visites de la maison témoin, lesquelles avaient lieu souvent en dehors des horaires de bureau et durant le week-end ; il prenait en charge de nombreux frais en lien avec ce logement, notamment pour qu'il demeure en parfait état au vu de son utilisation comme vitrine de E______ et d'A______ SA. L'occupation de la maison par M. D______ ne pouvait en conséquence pas être considérée comme une prestation appréciable en argent et n'avait pas engendré de manque à gagner pour la société ; au contraire, M. D______ occupait un logement qui serait resté vide et qui servait de bureau à A______ SA, laquelle aurait dû supporter des charges supplémentaires pour louer d'autres locaux, si M. D______ ne s'y était pas installé.
La contribuable n'avait jamais caché aux autorités que son administrateur unique était domicilié dans cette maison, ni le montant prévu par le bail. Elle n'avait aucun doute sur le fait qu'elle n'accordait aucun privilège à son administrateur unique, mais bien que c'était ce dernier qui lui permettait d'économiser des frais liés à la location d'autres bureaux ainsi que des frais d'entretien. La société était assistée par une fiduciaire, de sorte qu'elle avait pris toutes les précautions qui s'imposaient. Aucune faute ne pouvait lui être imputée et, par conséquent, elle ne s'était pas rendue coupable de soustraction fiscale.
Les actes de recours relatifs aux années 2001 à 2004 et 2006 à 2008 ne faisaient que présenter les faits concernant les reprises et non les amendes. La conclusion du recours « c'est partant à tort que l'autorité intimée a confirmé la reprise en CHF 50'252.- en défaveur de la recourante. Il s'ensuit que la décision attaquée devra être annulée dans cette mesure » était libellée de telle manière qu'elle ne pouvait pas porter sur « l'annulation complète de la décision ». Par ailleurs, lors de l'audience du 10 février 2016, le juge avait fait remarquer à M. D______ que la société n'avait aucunement contesté les amendes qui lui avaient été infligées, ce à quoi il n'avait pas répondu. M. D______ était représenté par un avocat, lequel était censé connaître la législation et la jurisprudence portant sur l'objet du litige et les règles à respecter, et la faute de ce dernier devant lui être imputée. Les amendes devaient donc être confirmées tant dans leur principe que dans leur quotité.
Il ressortait clairement des comptes de résultat des années litigieuses que la contribuable avait inscrit un poste « loyer et charges » à concurrence de CHF 50'251.85, et que le compte « loyer encaissé » ne faisait état d'aucun versement de la part de M. D______, ce dernier ayant d'ailleurs confirmé ne pas en avoir fait. Il prétendait prendre en charge de nombreux frais en lien avec la villa en question, alors que les travaux d'entretien avaient été supportés par la société. Cette dernière avait octroyé des prestations appréciables en argent à l'intéressé, sans obtenir de contre-prestations correspondantes, en prenant en charge la totalité du loyer et des charges de la maison où M. D______ était domicilié avec son épouse. Le fait que la recourante ait également utilisé la maison ne modifiait pas la constatation selon laquelle, en comptabilisant indûment dans ses charges commerciales le loyer privé de M. D______ et les frais d'entretien y relatifs, elle avait procédé à une distribution dissimulée de bénéfice et avait réduit son résultat imposable.
La maison en question était le siège d'A______ SA ainsi que le domicile privé de M. D______ ; il s'agissait d'une villa témoin pouvant être visitée par les clients de E______. Le loyer mensuel de CHF 1'500.- avait été déterminé durant les années 1990 par M. I______, M. F______ ainsi que le père de M. D______, qui était à l'époque actionnaire majoritaire d'A______ SA. Lors de cette séance, il avait été retenu que la villa constituait un local vide et que quelqu'un devait y habiter, en tolérant les visites des clients et en entretenant à sa charge le logement en question (entretien courant). Sans occupation, ces locaux auraient entraîné une charge de gardiennage ainsi que la location d'autres bureaux par la société, augmentant ainsi ses charges et en diminuant le bénéfice et les impôts dus par cette dernière.
Le 27 septembre 2016, A______ SA a sollicité la production par l'autorité du rapport qu'elle avait établi suite au contrôle fiscal de E______ concernant les années 2002 à 2007. Ce document revêtait une importance certaine, dans la mesure où l'un des points litigieux de la procédure concernait la reprise en lien avec un logement propriété de E______.
Le 7 octobre 2016, l'AFC-GE a persisté dans ses conclusions.
L'objet du litige concernait uniquement l'absence de versement d'un loyer par M. D______ à A______ SA pour la villa qu'il occupait à titre privé. Un contrat de sous-location aurait d'ailleurs dû être conclu entre la contribuable et M. D______.
Si M. D______ était le fils de l'actionnaire majoritaire de la société durant les périodes fiscales avant 2009, il pouvait être considéré, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, comme un proche de l'actionnaire et la prestation appréciable en argent devait ainsi être considérée comme si elle avait été octroyée à ce dernier.
L'autorité n'établissait pas de rapport suite aux contrôles qu'elle effectuait auprès du contribuable, mais simplement des nouveaux bordereaux de rappel d'impôt. En tout état de cause, la procédure ne concernait en rien les reprises effectuées auprès de E______, et ces informations n'auraient pas prouvé que M. D______ n'avait pas bénéficié d'une prestation appréciable en argent de la part d'A______ SA.
Le même jour, A______ SA a également persisté dans ses conclusions.
Invitée à se déterminer sur le recours, l'administration fédérale des contributions (ci-après : AFC-CH) n'a formulé aucune observation à l'issue du délai lui ayant été imparti à cette fin.
Sur quoi, la cause a été gardée à juger.
EN DROIT
Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable de ces points de vue (art. 7 al. 2 de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 - LPFisc - D 3 17 ; art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 145 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 - LIFD - RS 642.11 ; art. 62 al. 1 let. a et 63 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10).
a. L'acte de recours contient, sous peine d'irrecevabilité, la désignation de la décision attaquée et les conclusions du recourant (65 al. 1 LPA). Il contient également l'exposé des motifs ainsi que l'indication des moyens de preuve. Les pièces dont dispose le recourant doivent être jointes. À défaut, la juridiction saisie impartit un bref délai au recourant pour satisfaire à ces exigences, sous peine d'irrecevabilité (art. 65 al. 2 LPA). La juridiction administrative applique le droit d'office et ne peut aller au-delà des conclusions des parties, sans pour autant être liée par les motifs invoqués (art. 69 al. 1 LPA).
b. Compte tenu du caractère peu formaliste de cette disposition, il convient de ne pas se montrer trop strict sur la manière dont sont formulées les conclusions du recourant (ATA/951/2016 du 8 novembre 2016 consid. 2b). Le fait que les conclusions ne ressortent pas expressément de l'acte de recours n'est pas, en soi, un motif d'irrecevabilité, pourvu que l'autorité judiciaire et la partie adverse puissent comprendre avec certitude les fins du recourant (ATA/55/2017 du 24 janvier 2017 consid. 3b ; ATA/1370/2015 du 21 décembre 2015 consid. 2a et les arrêts cités). Une requête en annulation d'une décision doit par exemple être déclarée recevable dans la mesure où le recourant a, de manière suffisante, manifesté son désaccord avec la décision ainsi que sa volonté qu'elle ne développe pas d'effets juridiques (ATA 958/2014 du 2 décembre 2014 consid. 4b ; ATA 586/2013 du 3 septembre 2013 consid. 4b ; Pierre MOOR/Étienne POLTIER, Droit administratif, vol. II, 3ème éd., 2011, p. 624).
c. L'exigence de motivation de l'art. 65 al. 2 LPA a pour but de permettre à la juridiction administrative de déterminer l'objet du litige qui lui est soumis et de donner l'occasion à la partie intimée de répondre aux griefs formulés à son encontre (ATA 958/2014 précité consid. 4c ; ATA/586/2013 précité consid. 4c). Elle signifie que le recourant doit expliquer en quoi et pourquoi il s'en prend à la décision litigieuse (ATA/958/2014 précité consid. 4c ; ATA/586/2013 précité consid. 4c).
b. L'objet du litige est principalement défini par l'objet du recours (ou objet de la contestation), les conclusions du recourant et, accessoirement, par les griefs ou motifs qu'il invoque. L'objet du litige correspond objectivement à l'objet de la décision attaquée, qui délimite son cadre matériel admissible (ATF 136 V 362 consid. 3.4 et 4.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_581/2010 du 28 mars 2011 consid. 1.5 ; ATA/907/2016 du 25 octobre 2016 ; ATA/459/2016 du 31 mai 2016). La contestation ne peut excéder l'objet de la décision attaquée, c'est-à-dire les prétentions ou les rapports juridiques sur lesquels l'autorité inférieure s'est prononcée ou aurait dû se prononcer. L'objet d'une procédure administrative ne peut donc pas s'étendre ou qualitativement se modifier au fil des instances, mais peut tout au plus se réduire dans la mesure où certains éléments de la décision attaquée ne sont plus contestés. Ainsi, si un recourant est libre de contester tout ou partie de la décision attaquée, il ne peut pas prendre, dans son mémoire de recours, des conclusions qui sortent du cadre des questions traitées dans la procédure antérieure (ATA/907/2016 précité ; ATA/376/2016 du 3 mai 2016 et les références citées).
Dans ses deux recours du 10 juin 2014 concernant l'ICC et l'IFD 2001 à 2004 et 2006 à 2008, la recourante a conclu à l'annulation des décisions attaquées, soit les décisions sur réclamation rendues le 8 mai 2014 par l'AFC-GE.
Étant donné que le dispositif desdites décisions prévoyait « de maintenir les reprises et l'amende » et dans la mesure où la recourante concluait à l'annulation des décisions attaquées dans son ensemble, la chambre administrative retiendra que le litige porte tant sur la conformité au droit de la confirmation des bordereaux de rappels d'impôt que sur celles des amendes pour l'ICC et l'IFD 2001 à 2004 et 2006 à 2008, les deux étant d'ailleurs intimement liées.
a. De jurisprudence constante, les questions de droit matériel sont résolues en fonction du droit en vigueur lors des périodes fiscales litigieuses (arrêts du Tribunal fédéral 2C_663/2014 du 25 avril 2015 consid. 4 et 2C_476/2014 du 21 novembre 2014 consid. 4.1 ; ATA/364/2017 du 28 mars 2017 consid. 3a ; ATA/227/2017 du 21 mars 2017 consid. 2a).
b. La question étant traitée de la même manière en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé, le présent arrêt traite simultanément des deux impôts, comme cela est admis par la jurisprudence (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_662/2014 du 25 avril 2015 consid. 1 et 2C_394/2013 du 24 octobre 2013 consid. 1.1 ; ATA/778/2016 du 13 septembre 2016 consid. 3).
c. En l'occurrence, le recours concerne les périodes fiscales 2001 à 2004 et 2006 à 2009. Dès lors, c'est le droit en vigueur durant cette période qui s'applique, à savoir, respectivement les dispositions de la LIFD et celles de la loi cantonale sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 (LIPM - D 3 15), sous réserve des amendes, pour lesquelles le principe de la lex mitior s'applique.
a. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst. - RS 101), le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé d'offrir des preuves pertinentes, de prendre connaissance du dossier, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes (ATF 137 IV 33 consid. 9.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_265/2016 du 23 mai 2016 consid. 5.1 et les arrêts cités), de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 138 I 154 consid. 2.3.3 ; 138 V 125 consid. 2.1 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_544/2014 du 1er avril 2015 consid. 3.1 ; 1C_582/2012 du 9 juillet 2013 consid. 2.1 et les arrêts cités). Le droit de faire administrer des preuves n'empêche cependant pas le juge de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes et de procéder à une appréciation anticipée de ces dernières, en particulier s'il acquiert la certitude que celles-ci ne l'amèneront pas à modifier son opinion ou si le fait à établir résulte déjà des constatations ressortant du dossier (ATF 136 I 229 consid. 5.2 ; 134 I 140 consid. 5.3 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_119/2015 du 16 juin 2015 consid. 2.1 ; 2C_481/2013 du 30 mai 2013 consid. 2.1 ; ATA/643/2016 du 26 juillet 2016 et les arrêts cités). Le droit d'être entendu ne contient pas non plus d'obligation de discuter tous les griefs et moyens de preuve du recourant ; il suffit que le juge discute ceux qui sont pertinents pour l'issue du litige (ATF 138 I 232 consid. 5.1 ; 138 IV 81 consid. 2.2 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_835/2014 du 22 janvier 2015 consid. 3.1 ; 1C_148/2012 du 26 juin 2012 consid. 3.1 et les arrêts cités).
b. En l'espèce, la production du rapport invoqué, lequel semble d'ailleurs ne pas exister, n'apporterait aucun élément pertinent. La chambre de céans dispose d'un dossier complet, comprenant tous les éléments essentiels et nécessaires permettant de trancher le litige.
Il s'ensuit que la réquisition de la recourante sera rejetée.
L'objet du litige est la légitimité des diverses reprises effectuées par l'AFC-GE pour les années 2001 à 2004 et 2006 à 2009 dans le cadre d'une procédure en rappel et en soustraction d'impôt ouverte en 2011. Il s'agit en d'autres termes de déterminer si la recourante pouvait déduire ou non de son bénéfice imposable les charges liées à la location d'un logement à son actionnaire ainsi qu'unique administrateur.
a. Selon l'art. 57 de la LIFD, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Celui-ci comprend - outre le bénéfice net résultant du solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (art. 58 al. 1 let. a LIFD) - tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat qui ne servent pas à couvrir les dépenses justifiées par l'usage commercial tels que notamment les frais d'acquisition, de production ou d'amélioration d'actifs immobilisés, les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial ainsi que les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats (art. 58 al. 1 let. b et c LIFD).
b. Les cantons doivent imposer l'ensemble du bénéfice net dans lequel doivent notamment être inclus les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats ainsi que les produits et les bénéfices en capital, de liquidation et de réévaluation qui n'ont pas été portés au crédit du compte de résultats (art. 24 al.1 let. a et b de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 - LHID - RS 642.14).
c. Dans le canton de Genève, en matière d'ICC, le 30 mars 2016 est entrée en vigueur la nouvelle teneur de l'art. 12 de la LIPM, adoptée le 29 janvier 2016 par le Grand Conseil.
La LIPM ne comprend aucune disposition transitoire prévoyant notamment l'application de la nouvelle teneur de son art. 12 aux causes pendantes au moment de son entrée en vigueur. Il sera ainsi fait application des dispositions légales idoines dans leurs teneurs antérieures aux décisions de taxation en cause (ci-après : aLIPM ; ATA/778/2016 du 13 septembre 2016 consid. 4c).
Selon l'art. 12 let. a aLIPM, constitue le bénéfice net imposable celui qui résulte du compte de pertes et profits augmenté de certains prélèvement énoncés aux art. 12 let. b à i aLIPM, ainsi que des produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultat, y compris les bénéfices en capital, les bénéfices de réévaluation ou de liquidation, ainsi que les montants des réserves et provisions transférées à l'étranger qui avaient été constituées en franchises d'impôt (art. 12 let. j aLIPM). L'art. 12 aLIPM, même rédigé différemment, est de même portée que l'art. 58 al. 1 LIFD (ATA/869/2015 du 25 août 2015 ; ATA/337/2013 du 28 mai 2013 et les arrêts cités).
De jurisprudence constante, il y a avantage appréciable en argent si la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante, que cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près, qu'elle n'aurait pas été accordée à de telles conditions à un tiers et que la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société savaient ou auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88 consid. 4.1 ; 138 II 57 consid. 2.2 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_605/2014 et 2C_606/2014 précités consid. 6).
L'évaluation de la prestation se mesure par comparaison avec une transaction qui aurait été effectuée entre des parties non liées entre elles et en tenant compte de toutes les circonstances concrètes du cas d'espèce, soit si elle a respecté le principe de pleine concurrence (ATF 140 II 88 consid. 4.1 ; 138 II 545 consid. 3.2 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_605/2014 et 2C_606/2014 précités consid. 6). En application de l'approche économique qui prévaut en la matière, les faits doivent être appréciés non seulement du point de vue de leur forme de droit civil, mais également du point de vue de leur contenu réel, en particulier économique (arrêts du Tribunal fédéral 2C_898/2015 et 2C_899/2015 du 12 octobre 2016 consid. 3.3 et les références citées).
b. Les formes d'apparition des prestations appréciables en argent sont multiples : elles peuvent être réalisées par un accroissement injustifié des frais généraux (salaire excessif, paiement d'intérêts disproportionnés pour un prêt de l'actionnaire, rémunération trop importante d'un service rendu par l'actionnaire), ou par une comptabilisation insuffisante d'un produit (la société n'exige pas une contre-prestation appropriée pour un service rendu à l'actionnaire). Elles peuvent également apparaître sous la forme d'une diminution exagérée d'actifs (acquisition d'actifs sans valeur, octroi d'un prêt dont le remboursement n'est pas concevable, renonciation à une créance) ou d'un accroissement de passifs (la société se reconnaît débitrice pour une prestation qu'elle n'a jamais reçue ; Xavier OBERSON, Droit fiscal suisse, 4ème éd., 2012, p. 236).
c. En matière fiscale, il appartient à l'autorité fiscale de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, tandis que le contribuable doit supporter le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation fiscale. S'agissant de ces derniers, il appartient au contribuable non seulement de les alléguer, mais encore d'en apporter la preuve et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve, ces règles s'appliquant également à la procédure devant les autorités de recours (ATF 133 II 153 consid. 4.3 ; 121 II 257 consid. 4c.aa ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_89/2014 du 26 novembre 2014 consid. 7.2 ; 2C_319/2014 du 9 septembre 2014 consid. 2.2 ; ATA/652/2016 du 26 juillet 2016 consid. 3d ; ATA/332/2016 du 19 avril 2016).
d. De même, en ce qui concerne les prestations appréciables en argent faites par la société sans contre-prestation à ses actionnaires, il appartient en principe à l'autorité fiscale de les prouver, de sorte que le contribuable n'a pas à supporter les conséquences d'un manque de preuves, à moins qu'une violation de ses devoirs de collaboration puisse lui être reprochée (ATF 138 II 57 consid. 7.1 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_605/2014 et 2C_606/2014 précités consid. 6 ; ATA/778/2016 du 13 septembre 2016 consid. 5c). En présence d'une prestation à caractère insolite, la preuve directe que le bénéficiaire en est un actionnaire ou une personne proche de la société contribuable n'est pas nécessaire ; il suffit qu'une autre explication du déroulement de l'opération ne puisse être trouvée (ATF 119 Ib 431 consid. 3b ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.2 in RDAF 2009 II 566). Dans la mesure où l'autorité fiscale a pu prouver qu'une prestation de la société est effectuée sans contrepartie correspondante, il appartient au contribuable de renverser cette présomption et de prouver le fondement de la charge invoquée (Xavier OBERSON, op. cit., p. 238).
e. Dans la taxation des sociétés, s'agissant de charges représentant des prestations insolites, il appartient à la société contribuable d'établir leur caractère de charge justifiée par l'usage commercial, afin que les autorités fiscales puissent s'assurer que seules des raisons commerciales et non les étroites relations personnelles et économiques entre la société et le bénéficiaire de la prestation, ont conduit à la prestation insolite (ATF 119 Ib 431 consid. 2c ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_275/2010 du 24 août 2010 et 2A.355/2004 du 20 juin 2005 ; ATA/17/2016 du 12 janvier 2016 consid. 6e ; ATA/995/2014 du 16 décembre 2014 consid. 6d).
Des explications générales et non étayées ne suffisent pas à établir que l'usage commercial justifie les frais en cause. En effet, conformément à la répartition du fardeau de la preuve, il incombe au contribuable d'apporter la preuve que la totalité des dépenses comptabilisées est en relation directe avec l'acquisition ou le maintien du chiffre d'affaires (arrêt du Tribunal fédéral 2A.461/2001 du 21 février 2002 consid. 3.1 ; ATA/562/2015 du 2 juin 2015 consid. 9b ; ATA/201/2014 du 1er avril 2014).
En conséquence, une prestation a été effectuée par la société à l'endroit de M. D______ (mise à disposition d'une villa), sans contre-prestation correspondante (absence de versement de loyer). Dans ces circonstances et d'après la jurisprudence précitée, il appartient à ce stade à la contribuable de prouver le caractère de charges justifiées par l'usage commercial des déductions invoquées.
b. La contribuable allègue que la villa en question était également son siège ainsi qu'une maison témoin destinée à servir d'exposition dans le cadre de promotions immobilières.
Il apparaît que le siège de la société était à B______ jusqu'à fin 2009 et a été déplacé à C______, auprès du logement en question, seulement en 2010 ; il n'est de même aucunement prouvé que la contribuable ait pris à bail ce logement auprès de E______ dans le but d'y exercer son activité lucrative. Il ressort des allégations de la recourante que son actionnaire utilisait la villa en cause comme logement d'habitation, tout en s'en servant accessoirement à des fins professionnelles ou commerciales (expositions, visites de clients et travail à domicile).
Concernant une imposition d'une activité lucrative dépendante, s'agissant de l'utilisation d'une pièce comme bureau, le Tribunal fédéral a jugé que le contribuable qui, pour des raisons de convenance personnelle, préfère s'acquitter de tâches professionnelles à la maison alors qu'il pourrait utiliser un local à sa place de travail n'a aucun droit à la déduction pour une chambre de travail privée. Tel est le cas de celui qui ne prouve pas qu'il doit exécuter chez lui régulièrement une part importante de son travail parce que son employeur ne lui mettrait pas à disposition un bureau approprié, ni qu'il dispose dans son logement privé d'un local particulier utilisé essentiellement à des fins professionnelles et non privées (arrêts du Tribunal fédéral 2C_326/2008 du 23 septembre 2008 consid. 4.4 ; 2C_681/2008 du 12 décembre 2008 consid. 3.5.1 ; ATA/830/2013 du 17 décembre 2013).
Il est par conséquent exclu que ce loyer puisse être déduit du bénéfice brut de la recourante, à tout le moins pour la mesure où il était, et est toujours, utilisé par l'actionnaire pour son usage privé, soit sa convenance personnelle (ATA/545/2012 du 21 août 2012 consid. 9a). Le fait que la villa serve également de maison témoin pour des expositions avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer, lequel avait été abaissé en conséquence, et ne concernait pas, en tout état de cause, l'affectation principale du logement en question. La recourante n'aurait d'ailleurs jamais mis à disposition gratuitement la villa à un tiers, étranger à la société.
c. La société allègue également que si M. D______ n'avait pas occupé ce logement, il serait demeuré vide et qu'elle aurait dû louer d'autres locaux pour la conduite de son activité.
Il ne s'agit que d'hypothèses qui ne changent pas l'appréciation juridique du cas d'espèce.
La recourante n'a pas été en mesure de démontrer le caractère de charge justifiée par l'usage commercial des déductions invoquées, et par conséquent que la créance inscrite au bilan ne devait pas être qualifiée de prestation appréciable en argent. Pour ces motifs, on ne saurait admettre que ces charges puissent être déduites du bénéfice de la société.
Par conséquent, c'est à juste titre que l'AFC-GE, puis le TAPI, ont considéré que le loyer dû par M. D______ ainsi que les charges annexes, constituent une distribution dissimulée de bénéfice découlant du fait que l'intéressé est actionnaire ainsi qu'administrateur unique de la société et que cette dernière a échoué à démontrer que ces charges étaient justifiées par l'usage commercial. L'AFC-GE était ainsi en droit de procéder aux reprises litigieuses.
Le principe de l'existence d'une prestation appréciable en argent doit donc être admis et les griefs de la recourante à ce sujet écartés.
b. En vertu de l'art. 120 al. 4 LIFD, la prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
Selon l'art. 47 al. 1 LHID, le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale ; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale. Cette règle est reprise en droit cantonal à l'art. 22 LPFisc. En l'espèce, le droit de taxer la période fiscale 2001 en matière d'impôt cantonal et communal est par conséquent prescrit depuis le 31 décembre 2016 (arrêt du Tribunal fédéral 2C_177/2016 précité consid. 3).
Lesdites règles s'appliquent au contentieux consécutif à la taxation ordinaire mais trouvent une application différente lorsque celui-ci est consécutif à une taxation d'office, en raison des restrictions posées par la loi aux possibilités de recourir dans une telle situation (ATA /686/2017 du 20 juin 2017 consid. 35c).
b. En matière d'IFD, à teneur de l'art. 132 al. 3 LIFD, le contribuable taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. En matière d'ICC, une règle similaire figure à l'art. 48 al. 2 LHID, qui est reprise, en matière d'ICC, à l'art. 39 al. 2 LPFisc. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve (art. 132 al. 3 LIFD pour l'IFD, art. 38 al. 2 LHID et art. 39 al. 2 LPFisc pour l'ICC).
c. Une taxation d'office est manifestement inexacte lorsqu'elle passe sous silence ou apprécie de manière erronée un point de vue essentiel et pertinent. Si la taxation a été faite par estimation, cette inexactitude manifeste peut être retenue si, nonobstant la marge d'appréciation dont jouit l'autorité, est clairement trop haute ou trop basse, lorsqu'il est clairement reconnaissable qu'elle repose sur des fondements, des méthodes ou des moyens d'estimation erronés ou lorsqu'elle n'est raisonnablement pas conciliable avec les circonstances du cas d'espèce telles qu'elles ressortent des pièces (ATA/686/2017 précité consid. 10c ; Hugo CASANOVA/Emmanuel DUBEY, in Commentaire romand LIFD, Yves NOËL/Florence AUBRY/GIRARDIN [éd.], 2017, ad art. 132, p. 1731 n. 28 ; Isabelle ALTHAUS-HOURIET, in Commentaire romand, op. cit., ad art. 130, p. 1711 n. 25 ; Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, Besonderheiten bei der Anfechtung der Ermessensveranlagerung, AJP 1/2013, p. 38).
d. En cas de recours contre une décision par laquelle l'AFC-GE refuse d'entrer en matière sur une réclamation relative à une taxation d'office, la seule question qui se pose à l'autorité de recours consiste à déterminer si c'était à bon droit que l'autorité fiscale avait retenu que le contribuable n'avait pas établi le caractère manifestement inexact de la taxation (arrêt du Tribunal fédéral 2A.155/2002 du 13 août 2002 consid. 3.2 ; ATA/686/2017 précité consid. 10d).
e. La décision sur une telle réclamation doit être prise en fonction de l'état du dossier présenté par le réclamant, soit sur la base des éléments de preuve qu'il apporte au moment où l'autorité décisionnaire doit statuer sur la réclamation, (RDAF 2005 II 564 consid. 5 à 7 ; ATA/686/2017 précité consid. 10e ; ATA/666/2014 du 26 août 2014 consid. 6 et 7 ; Hugo CASANOVA/Emmanuel DUBEY, in Commentaire romand, op. cit., ad art. 132, p. 1732 n. 31). Pour certains auteurs et pour le Tribunal fédéral, ces règles conduisent à un renversement du fardeau de la preuve (ATF 123 II 552 consid. 4c = RDAF 1998 II 459 ; Peter AGNER/Beat JUNG/Gotthard STEINMANN, Commentaire sur la loi sur l'impôt fédéral direct, ad art. 132 LIFD, p. 424 n. 7 ; Felix RYCHNER/Walter FREI/Stefan KAUFMANN/Hans Ulrich MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2009 ad art. 130, n. 46). Pour d'autres, le mécanisme qu'elles induisent est de transférer au contribuable qui conteste une taxation d'office la charge de prouver les faits susceptibles de conduire à une modification de la taxation, dès lors que l'obligation d'instruire de l'autorité fiscale est épuisée (Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, op. cit., p. 38) ou d'exiger du contribuable d'apporter une preuve qualifiée de l'inexactitude (Hugo CASANOVA/ Emmanuel DUBEY, in Commentaire romand, op. cit., ad art. 132, p. 1731 n. 29).
Quoiqu'il en soit, la réclamation doit être formulée d'une façon qui permette à l'autorité de taxation, sur la base de la motivation et des moyens de preuve puisse déterminer sans autre que la taxation d'office entreprise est manifestement inexacte (arrêt du Tribunal fédéral 2C_374/2016 du 7 juin 2016 consid. 2.2.2 ; ATA/686/2017 précité consid. 10e ; Martin ZWEIFEL/Silvia HUNZIKER, in Bundesgesetz über die Harmonisierung des direkten Steuern des Kantone und Gemeinde, ad. art. 48 LHID, p. 1387 n. 47). En effet, du fait des limitations légales à la possibilité de remettre en question une taxation d'office, l'examen du caractère manifestement inexact d'une décision de cette nature doit être compris comme devant consister en un examen purement objectif de la contrariété de la taxation d'office vis-à-vis des faits.
Si l'autorité fiscale saisie de la contestation constate l'absence de caractère manifestement inexact de la taxation, au sens des dispositions précitées elle n'a pas à entrer en matière sur le fond de cette contestation et constater l'irrecevabilité formelle de la réclamation (ATF 131 II 548 = RDAF II 2006, p. 1, consid. 2.3 ; 123 II 552 consid. 4c = RDAF 1998 II 455 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_374/2016 précité consid. 2.2.2 ; 2C_683/2014 précité consid. 5.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_357/2013 du 7 novembre 2013 consid. 5 ; ATA/686/2017 précité consid. 11 ; Martin ZWEIFEL/Silvia HUNZIKER, op. cit, ad. art. 48 LHID, p. 1384 n. 43 ; Hugo CASANOVA/Emmanuel DUBEY in Commentaire romand, op. cit., ad. art. 132, p. 1728 n. 23 ; Xavier OBERSON, Droit fiscal Suisse, 2012, § 22 p. 523 n. 48).
L'obligation de motivation de la réclamation exigée aux art. 132 al. 3 LIFD, 48 al. 2 LHID et 39 al. 2 LPFisc signifie que le contribuable qui entend que sa réclamation contre une décision de taxation d'office soit examinée sur le fond, s'il a négligé son devoir de collaboration, se soumette d'entrée de cause à ce dernier (ATA/686/2017 précité consid. 12 ; Message sur l'harmonisation fiscale, FF 1983 1, 222 ; Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, op. cit., p. 38). Ainsi que l'a rappelé le Tribunal fédéral, la solution de l'irrecevabilité permet d'éviter qu'un contribuable qui a omis d'accomplir ses devoirs de collaboration et qui a été taxé d'office puisse entraver notablement le travail de l'administration en présentant une réclamation dénuée de toute motivation pour se défendre par la suite en produisant les documents requis au stade du recours, avec pour effet que l'autorité fiscale doive annuler la taxation d'office et recommencer une taxation ordinaire contre laquelle le contribuable pourrait élever une nouvelle contestation (ATF 123 II 552 précité consid. 4e = RDAF 1998 II 455 ; ATA/686/2017 précité consid. 12).
Lorsque l'autorité de taxation n'est pas entrée en matière sur la réclamation ou qu'elle ne l'a admise que partiellement, la commission de recours au sens de l'art. 142 al. 1 LIFD ou de l'art. 50 al. 1 LHID - soit le TAPI dans le canton de Genève - laquelle a les mêmes compétences que l'autorité de taxation (art. 142 al. 4 LIFD et 50 al. 2 LHID) peut être saisie aux mêmes conditions restrictives (ATA/686/2017 précité consid. 13 ; Martin ZWEIFEL/ Silvia HUNZIKER, op. cit, ad. art. 48 LHID, p. 1390 et 1391 n. 61 à 63). En cas de non-entrée en matière, seul le bien-fondé de ce refus d'entrer en matière peut être discuté mais non pas la validité matérielle de la taxation (Martin ZWEIFEL/Silvia HUNZIKER, op. cit, ad. art. 48 LHID, p. 1391 n. 63 et jurisprudence citée ; Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, op. cit., p. 42). De son côté, l'autorité de recours doit uniquement examiner, au-delà du contrôle du respect des exigences purement formelles que doit remplir le recours, si c'était à bon droit que l'autorité de taxation avait retenu que le recourant n'avait pas établi le caractère manifestement inexact de la taxation. Si tel est le cas, elle doit rejeter le recours (arrêts du Tribunal fédéral 2C_357/2013 du 7 novembre 2013 consid. 5 ; 2A.39/2004 du 29 mars 2005 consid. 5.2 ; 2a.442/2001 du 19 juin 2002 consid. 2.2 ; ATA/686/2017 précité consid. 13 ; Henk FENNERS/ Martin E. LOOSER, op. cit., p. 42).
Si l'autorité qui a statué sur la réclamation n'est pas entrée en matière sur la réclamation, il ne peut plus être produit de nouveaux moyens de preuve, l'autorité de recours statuant sur la base du dossier soumis dans le cadre de la réclamation (ATA/686/2017 précité consid. 13 ; Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, op. cit., p. 42). Si l'autorité qui a statué sur la réclamation a refusé à tort d'entrer en matière, a considéré à tort que la taxation d'office n'était pas manifestement excessive, ou a refusé de prendre en considération des vices qui affectaient ladite décision, ces questions constitueront l'objet du recours devant l'instance supérieure (Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, op. cit., p. 42). Si l'autorité de recours constate que l'autorité inférieure est restée dans le cadre de son champ d'appréciation pour évaluer la situation du contribuable, elle n'a plus le droit d'intervenir sur l'évaluation effectuée par celle-là.
Dans l'hypothèse où l'autorité de recours constate que l'autorité qui a statué sur la réclamation est entrée à tort en matière sur cette dernière, elle peut annuler cette décision et la remplacer par une décision de non-entrée en matière. La décision de taxation devient définitive, sous la réserve que soient établis d'autres violations du droit, tandis que le recours est rejeté (ATA/686/2017 précité consid. 13 ; Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, op. cit., p. 43 ; Roman BLÖCHINGER, Die Einsprache gegen die Ermessenseinschätzung, StR 2/2008, p. 90).
Par conséquent, dans le cas d'espèce, le rejet du recours a entraîné la confirmation des décisions sur réclamation du 8 mai 2014. Dès lors, l'ensemble des décisions de taxation, qu'il s'agisse des décisions de taxation en rappel d'impôt pour les exercices 2001 à 2004 et 2006 à 2008 ou des décisions de taxation ordinaire pour l'année 2009, sont entrées en force avec effet au 8 mai 2014, la procédure de recours qui s'en est suivie confirmant le bien fondé du refus de l'autorité fiscale d'entrer en matière sur la réclamation du contribuable.
Dans ce contexte procédural particulier, les décisions de taxation de l'année 2001 relatives à l'ICC et à l'IFD, ne sont pas prescrites, ayant acquis un caractère définitif à la date précitée, vu l'issue du recours devant la présente juridiction et étant donnée que la contribuable avait été taxée d'office pour l'année en question.
a. Aux termes de l'art. 175 LIFD, le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende (al. 1). En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait ; si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant et si elle est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2). Les art. 56 al. 1 LHID et 69 LPFisc prévoient une réglementation similaire.
b. Pour qu'une soustraction fiscale soit réalisée, trois éléments doivent dès lors être réunis : la soustraction d'un montant d'impôt, la violation d'une obligation légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier (arrêt du Tribunal fédéral 2C_907/2012 du 22 mai 2012 consid. 5 ; ATA/686/2017 du 20 juin 2017 consid. 36b). Les deux premières conditions sont des éléments constitutifs objectifs de la soustraction fiscale, tandis que la faute en est un élément constitutif subjectif (Pietro SANSONETT/Danielle HOSTETTLER in Commentaire romand, op. cit. ad art. 175, p. 1986 n. 7 ss ; Xavier OBERSON, op. cit., p. 586 ss n. 15 ss).
c. Lorsqu'une soustraction fiscale est commise par une personne morale, celle-ci est elle-même punissable d'une amende en matière d'IFD et d'ICC (art. 181 al. 1 LIFD et 74 al. 1 LPFisc) et le comportement de ses organes lui est imputable pour examiner les éléments subjectifs de l'infraction (ATF 135 II 86 consid. 4.2).
b. Le fait que le contribuable ait obtenu de faux renseignements de la part d'une fiduciaire mandatée par lui ne joue pas de rôle dans la détermination de la négligence (Pietro SANSONETT/Danielle HOSTETTLER in Commentaire romand, op. cit., ad art. 175, p. 1993 n. 38). En effet, les actes du représentant sont opposables au représenté comme les siens propres ; ce principe vaut également en droit public (arrêt du Tribunal fédéral 2C_280/2013 du 6 avril 2013). La responsabilité du mandant ne saurait être dissociée de celle de son mandataire. Le premier est responsable des actes de celui qui le représente et répond de toute faute de ses auxiliaires (ATA/370/2015 du 21 avril 2015 consid. 6b ; ATA/140/2015 du 3 février 2015 et les références citées). En particulier, le contribuable qui mandate une fiduciaire pour remplir sa déclaration d'impôt n'est pas pour autant libéré de sa responsabilité et de ses obligations fiscales. Il doit, le cas échéant, supporter les inconvénients d'une telle intervention et répond de l'erreur de l'auxiliaire qu'il n'instruit pas correctement ou dont il ne contrôle pas l'activité (RDAF 2003 II 632, 637 ; RDAF 1999 II 535 ; Xavier OBERSON, op. cit., p. 588). Lorsqu'un contribuable signe sa déclaration fiscale, conformément à l'art. 124 al. 2 LIFD, il endosse la responsabilité de la véracité des indications qui s'y trouvent ; il répond ainsi lui-même des infractions fiscales commises si une faute lui est imputable ; il ne peut se libérer en faisant valoir qu'il s'est fait assister ou conseiller. Il ne faut en effet pas que le contribuable qui se fait représenter soit favorisé par rapport au contribuable qui remplit sa déclaration fiscale lui-même, par la possibilité de se soustraire à sa responsabilité en se retranchant derrière son représentant pour des fautes qui lui sont imputables (arrêt du Tribunal fédéral 2C_908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.5 et les références citées ; RDAF 2003 II 632, 639 ; ATA/687/2013 du 15 octobre 2013).
. c. Si le contribuable a des doutes sur ses droits ou obligations, il doit faire en sorte de lever ce doute ou, au moins, en informer l'autorité fiscale (ATF 135 II 86 consid. 4.3 ; ATA/686/2017 du 30 juin 2017 consid. 36b ; ATA/907/2016 du 25 octobre 2016). La négligence implique de porter un jugement sur le comportement de l'auteur, en se demandant ce qu'il aurait pu et dû faire, et non de rechercher ce qu'il avait à l'esprit (ATA/686/2017 précité consid. 36b).
d. Il y a comportement intentionnel lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les informations données étaient incomplètes ou incorrectes ; si cette conscience est avérée, on peut alors présumer l'intention ou du moins le dol éventuel (Xavier OBERSON, op. cit., § 26 p. 587). Une telle présomption est difficile à renverser à teneur de la jurisprudence constante (ATF 114 Ib 27 consid. 3a ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 5.5 ; RDAF 2003 II 632 ss, notamment 637, et la jurisprudence citée).
b. La quotité de l'amende n'est pas fixée en fonction de l'intention de soustraire ou de la négligence qui peut être reprochée au contribuable mais de l'intensité de sa faute, qui doit être fixée en fonction de sa culpabilité (art. 48 de l'ancien CP dans sa teneur antérieure au 1er janvier 2007, ou art. 106 CP, en vigueur depuis cette date, mais dont la portée est inchangée). En revanche, le fait que l'auteur ait agi intentionnellement ou par négligence peut avoir une incidence sur l'intensité de la faute et, partant, sur la quotité de l'amende (ATA/686/2017 précité consid 37b ; ATA/513/2016 du 14 juin 2016 consid. 10).
c. En présence d'une infraction intentionnelle sans circonstances particulières, l'amende équivaut en principe au montant de l'impôt soustrait. Ce dernier constitue donc le premier critère de fixation de l'amende, la faute intervenant seulement, mais de manière limitée, comme facteur de réduction ou d'augmentation de sa quotité (art. 175 al. 2 LIFD et 69 al. 2 LPFisc ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 6.2). Il convient notamment de réduire le montant de l'amende lorsque le contribuable a agi par négligence, celle-ci devant être considérée comme un cas de faute légère au sens de l'art. 175 LIFD (Diane MONTI, Les contraventions fiscales en droit fiscal harmonise, 2001, p. 70).
d. Selon l'art. 106 al. 3 CP, applicable par les renvois respectifs des art. 333 CP et 82 LPFisc, le juge fixe l'amende en tenant compte de la situation de l'auteur afin que la peine corresponde a la faute commise. Les principaux éléments a prendre en considération sont ainsi le montant de l'impôt élude, la manière de procéder, les motivations, de même que les circonstances personnelles et économiques de l'auteur (arrêts du Tribunal fédéral 2C_180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 9.1 et 2C_851/2011 du 15 août 2012 consid. 3.3).
Depuis le 1er octobre 2002 a été abroge l'art. 72 CP, qui prévoyait la possibilité d'interrompre le délai de prescription de l'action pénale (RO 2002 2993). Afin de compenser le raccourcissement de l'ensemble des délais de prescription fixés par le droit pénal accessoire, la loi fédérale du 22 mars 2002 relative a la prescription de l'action pénale (RO 2002 2986 ; FF 2002 2512) a introduit une réglementation transitoire a l'art. 333 al. 5 CP (aujourd'hui al. 6).
Selon l'art. 333 al. 6 let. b CP, jusqu'a l'adaptation des autres lois fédérales, les délais de prescription de l'action pénale pour les contraventions qui dépassent un an sont augmentés d'une fois la durée ordinaire. En ce qui concerne la soustraction d'impôt consommée, le délai passe ainsi de dix a vingt ans (voir également le Message du Conseil fédéral du 2 mars 2012 relatif a la loi fédérale sur l'adaptation de la LIFD et de la LHID aux dispositions générales du code pénal, FF 2012 2654). L'art. 333 al. 6 let. d CP dispose quant a lui que la prescription de l'action pénale ne court plus jusqu'a l'adaptation des autres lois fédérales si, avant son échéance, un jugement de première instance a été rendu.
Malgré l'abrogation de l'art. 72 CP, la LIFD n'a toujours pas adapte son texte au nouveau droit et prévoit la possibilité d'interrompre la prescription de l'action pénale. Ainsi, selon l'art. 184 al. 2 LIFD, la prescription est interrompue par tout acte de procédure tendant a la poursuite du contribuable ou de l'une des personnes visées a l'art. 177 LIFD. L'interruption est opposable tant au contribuable qu'a ces autres personnes. Un nouveau délai commence a courir a chaque interruption ; la prescription ne peut toutefois être prolongée de plus de la moitie de sa durée initiale (art. 184 al. 2 LIFD). Il s'ensuit que par le jeu de l'art. 184 al. 1 let. b et al. 2 LIFD, la poursuite pour soustraction fiscale consommée se prescrit après quinze ans, ce délai ne pouvant pas être prolonge (arrêt du Tribunal fédéral 2C_180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 5.2.2 ; 2C_651/2012 du 28 septembre 2012 consid. 3.1 ; ATA 686/2017 du 20 juin 2017 consid. 38a ; ATA/558/2014 du 17 juillet 2014 consid. 6c ; ATA/37/2014 du 21 janvier 2014).
b. En matière d'ICC, la LHID prévoit les mêmes délais que l'art. 184 al. 2 LIFD (art. 58 al. 2 et 3 LHID) en matière de soustraction fiscale consommée.
La législation cantonale disposait, jusqu'au 31 décembre 2001, que la prescription de l'action pénale était de cinq ans, non comprise l'année courante (art. 341A de la loi sur les contributions publiques du 9 novembre 1887 dans son état à la date précitée - D 3 1 - aLCP). Ce délai commençait a courir, conformément a la jurisprudence y relative (ATA/686/2017 précité consid. 38b ; ATA/558/2014 précité consid. 6e et les arrêts cités), dès la commission de l'infraction. Bien que l'aLCP ne comportât pas de prescription absolue, l'amende pour soustraction d'impôt était, en raison de son caractère pénal, soumise a un délai de prescription absolue de dix ans, conformément a la jurisprudence et au droit pénal spécifique applicable a ce type de sanction a l'époque (ATA/686/2017 précité consid. 38b ; ATA/558/2014 précité consid. 6e et les arrêts cités ; ATA/346/2006 du 20 juin 2006 et les références citées).
Au vu de ce qui précède, l'art. 341A aLCP était contraire a la LHID pour l'année fiscale 2001. Par conséquent, en application de l'art. 72 LHID, la prescription de l'action pénale pour soustraction a l'ICC 2001 doit être régie exclusivement par la LHID. La prescription relative de l'action pénale pour l'année fiscale 2001 est donc de dix ans (art. 58 al. 2 LHID), et la prescription absolue de quinze ans (art. 58 al. 3 LHID ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_276/2014 du 22 janvier 2015 consid. 5.1 ; ATA/686/2017 précité consid. 38b ; ATA/558/2014 précité consid. 4c).
b. En revanche, au vu de la teneur des dispositions légales précitées, le droit de sanctionner les infractions n'est pas prescrit pour les exercices 2002 à 2004 et 2007 à 2009.
Enfin, la recourante admet elle-même avoir été assistée par un bureau fiduciaire pour l'établissement de sa comptabilité et de sa déclaration d'impôt, lequel ne pouvait pas ignorer non plus que les déductions litigieuses n'étaient pas conformes au droit.
De telles circonstances ne permettent pas de retenir une négligence. La recourante a commis une infraction intentionnelle via son dirigeant et actionnaire, tout au moins par dol éventuel.
En raison du caractère systématique du comportement adopté et de la durée de l'infraction, la fixation d'une amende de 1,25 fois le montant de l'impôt soustrait apparaît conforme aux principes développés ci-dessus et proportionnée à la faute commise et aux circonstances du cas d'espèce.
Compte tenu de ce qui précède, le recours sera partiellement admis en raison du constat de la prescription intervenue pour les amendes couvrant l'exercice 2001. Il sera rejeté pour le surplus, le jugement du TAPI du 24 mars 2016 étant confirmé par substitution des motifs au sens des considérants.
Vu l'issue du litige, un émolument légèrement réduit de CHF 2'000.- sera mis à la charge de la recourante (art. 87 al. 1 LPA). Aucune indemnité de procédure ne lui sera allouée vu les raisons de l'admission partielle et le fait que la recourante succombe pour l'essentiel (art. 87 al. 2 LPA).
PAR CES MOTIFS LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE
à la forme :
déclare recevable le recours interjeté le 9 mai 2016 par A______ SA contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 24 mars 2016 ;
au fond :
l'admet partiellement ;
constate la prescription du droit de sanctionner la soustraction fiscale en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal pour l'exercice fiscale 2001 ;
confirme le jugement du Tribunal administratif de première instance du 24 mars 2016 pour le surplus ;
met un émolument de CHF 2'000.- à la charge d'A______ SA ;
dit qu'il n'est pas alloué d'indemnité de procédure ;
dit que conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l'envoi ;
communique le présent arrêt à Me Romain Jordan, avocat de la recourante, à l'administration fiscale cantonale, à l'administration fédérale des contributions, ainsi qu'au Tribunal administratif de première instance.
Siégeant : Mme Junod, présidente, MM. Dumartheray et Verniory, juges.
Au nom de la chambre administrative :
le greffier-juriste :
F. Scheffre
la présidente siégeant :
Ch. Junod
Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties.
Genève, le
la greffière :