POUVOIR JUDICIAIRE
A/3025/2015-ICCIFD ATA/1155/2017
COUR DE JUSTICE
Chambre administrative
Arrêt du 2 août 2017
4ème section
dans la cause
Monsieur A______ représenté par Me Romain Jordan, avocat
contre
ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE
et
ADMINISTRATION FÉDÉRALE DES CONTRIBUTIONS
Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 3 mai 2016 (JTAPI/457/2016)
EN FAIT
Le litige concerne l'imposition pour les années fiscales 2001 à 2007 de Monsieur A______, administrateur unique et actionnaire de la société B______ SA, dont le siège se trouvait alors à C______.
D______ SA, en liquidation, a été dissoute par suite de jugement du Tribunal de première instance du 4 décembre 2014. Auparavant, elle portait la raison sociale D______ SA (ci-après : D______) et avait pour but la « promotion immobilière et toutes prestations de service s'y rapportant ». B______ SA en détenait la moitié du capital-actions. M. A______ a fait partie du conseil d'administration de D______ jusqu'en novembre 2009. Monsieur E______ en a été l'administrateur dès mai 2006.
Par contrat du 22 septembre 1998, D______ a donné à bail à B______ SA une maison d'habitation sise, route F______, sur la parcelle n° 1______ de la commune G______. Le loyer annuel se chiffrait à CHF 18'000.-, charges non comprises.
M. A______ y réside depuis le 4 mai 1999.
Dans la feuille C (prestations versées aux membres de l'administration et aux autres organes) des déclarations fiscales de B______ SA pour les années 2006 et 2007, M. A______ figurait en qualité d'« actionnaire, associé ou personne proche ».
Le 21 octobre 2011, l'administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE) a informé le contribuable de l'ouverture à son encontre d'une procédure en rappel d'impôt, ainsi que d'une procédure pénale pour soustraction d'impôt pour les périodes 2001 à 2007, au motif qu'il aurait bénéficié de prestations appréciables en argent de la part de B______ SA durant les années en question, notamment sous la forme de mise à disposition gratuite d'un logement. Il n'avait d'ailleurs jamais déclaré les actions qu'il détenait de cette société.
Par sommation du 18 octobre 2012, l'AFC-GE a demandé au contribuable de lui transmettre les justificatifs des paiements de son loyer pour les années 2001 à 2010.
Le 6 janvier 2014, l'AFC-GE a informé le contribuable que la procédure en rappel d'impôt et la procédure pénale pour soustraction d'impôt étaient terminées. Elle lui a notifié quatorze bordereaux de rappel d'impôt, soit sept en ICC et sept en IFD, les années 2002 et 2003 ayant fait l'objet d'une taxation d'office.
Les reprises concernant le loyer s'établissaient comme suit :
Année
CHF
2001
27'849.-
2002
27'849.-
2003
24'951.-
2004
31'822.-
2005
32'096.-
2006
27'020.-
2007
27'288.-
L'AFC-GE lui a également notifié quatorze bordereaux d'amende.
Il n'avait pas déclaré les prestations appréciables en argent perçues de la part de B______ SA sous la forme de la prise en charge sans contrepartie de son loyer privé. Il n'avait également pas déclaré les actions de B______ SA en sa possession. De ce fait, il n'avait pas été imposé sur sa réelle capacité contributive et avait intentionnellement commis une soustraction d'impôt. Considérant le caractère répétitif des soustractions, la quotité de l'amende était de 1,25 fois l'impôt soustrait.
Il était justifié, comptablement, d'imputer à B______ SA la prise en charge du loyer litigieux, dès lors que le logement servait de maison témoin à destination des potentiels acquéreurs des promotions immobilières dans lesquelles intervenait la société. L'assertion relative à la détention des actions de B______ SA était nouvelle et il n'avait pas été en mesure de se déterminer à ce sujet.
Le bail avait été signé, pour la partie locataire, par M. A______ qui était domicilié dans la villa en question. Aucun loyer ne lui avait été facturé pour les années 2001 à 2007 par B______ SA - dont il était actionnaire unique. La société n'aurait jamais accepté de mettre à disposition gratuitement la maison à un tiers. Le montant du loyer, particulièrement bas et inférieur aux conditions du marché, avait déjà été réduit par le bailleur pour tenir compte des inconvénients causés par les visites des futurs acquéreurs, qui étaient ses propres clients. Les promotions immobilières étaient réalisées par D______. Les organes de B______ SA ne pouvaient pas ignorer que la société avant accordé à son actionnaire une distribution dissimulée de bénéfice.
M. A______ avait reconnu être le propriétaire des actions de B______ SA mais il ne les avait pourtant jamais déclarées.
Il a conclu, préalablement, à la suspension de la procédure jusqu'à droit jugé dans la procédure opposant B______ SA à l'AFC-GE (A/1696/2014) et a sollicité sa comparution personnelle. Principalement, il a conclu à la nullité de la décision attaquée, subsidiairement à son annulation.
L'assertion de la non-déclaration de la détention des actions de B______ SA violait son droit d'être entendu, car il n'avait pas pu se déterminer à ce sujet.
L'AFC-GE reconnaissait que le loyer avait été fixé en tenant compte des nombreuses visites des acquéreurs potentiels des biens mis en promotion par D______, ainsi que des inconvénients causés par celles-ci ; elle avait toutefois omis d'intégrer dans son raisonnement le fait que la villa avait également été utilisée pour les promotions dont B______ SA avait la charge. Les reprises effectuées au titre de loyer n'étaient ainsi pas justifiées.
Il n'y avait pas lieu d'entendre M. A______ sur les reprises effectuées au sujet des actions non déclarées, car ces redressements avaient déjà été annoncés dans la lettre d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt. Le contribuable contestait d'ailleurs ces reprises sans fournir aucune explication à ce propos.
M. A______ ne niait pas avoir vécu dans la villa. Les frais d'entretien de la maison avaient été intégralement pris en charge par la société, laquelle n'aurait jamais renoncé à une partie de son bénéfice au profit d'un tiers en ne lui demandant pas le remboursement du loyer qu'elle versait pour le logement dans lequel il était domicilié. Le loyer avait déjà été réduit pour tenir compte des inconvénients causés par les visites des futurs acquéreurs de D______.
Le 1er février 2016, M. A______ a persisté dans ses conclusions.
Le 10 février 2016, M. A______ a été auditionné devant le TAPI.
S'il n'avait pas occupé la villa, celle-ci serait restée vide et n'aurait généré aucun revenu pour D______. B______ SA y exerçait d'ailleurs son activité, dans la mesure où il y travaillait et la location de locaux supplémentaires à cet effet aurait engendré une charge plus élevée pour la société. Il n'avait certes pas payé de loyer pour l'occupation de la villa, mais il avait assumé l'entier de son entretien et veillé à ce qu'elle soit en parfait état pour les visites des clients de la société. La maison ne contenait qu'une seule grande pièce et il y travaillait quotidiennement. Des visites étaient effectuées le samedi ou en soirée.
M. A______ n'avait jamais indiqué avoir été l'actionnaire de B______ SA avant 2009. Son père avait été actionnaire pendant cette période, et il avait récupéré les actions de ce dernier en janvier 2009.
Le 3 mars 2016, l'AFC-GE a observé que M. A______ avait reconnu, lors de l'audience précitée, qu'il n'avait pas payé de loyer pour l'usage de la villa. Le contribuable ne contestait d'ailleurs pas les amendes. Concernant les actions, elle était prête à le croire sur la question de sa qualité d'actionnaire, mais elle ne disposait d'aucun document à cet égard.
Le 10 mars 2016, M. A______ s'est prévalu d'une violation du principe in dubio pro reo. Il incombait à l'AFC-GE de prouver qu'il détenait les actions de B______ SA avant 2009, et non à lui-même d'établir qu'il n'était pas propriétaire de ces titres.
Dans le cadre de la procédure la concernant, B______ SA avait contesté lui avoir octroyé une prestation appréciable en argent, dès lors que, comme il avait lui-même déclaré en audience, il n'avait pas été son actionnaire avant 2009, mais uniquement son administrateur. Il avait occupé un logement qui serait demeuré vide si tel n'avait pas été le cas et avait subi de nombreux désagréments dans ce cadre.
Le recours ne portait que sur la question du bien-fondé des reprises effectuées par l'AFC-GE dans le cadre de la taxation des années fiscales 2001 à 2007. M. A______ n'avait en effet aucunement contesté les amendes dont il avait fait l'objet, dès lors qu'aucun grief ni conclusion n'avaient été soulevés en lien avec la réalisation des infractions et des sanctions prononcées à son encontre. Les amendes devaient par conséquent être confirmées.
M. A______ était, déjà en 2001, administrateur unique de la société et, pour cette raison, il entretenait un rapport particulièrement étroit et intense avec elle. Il avait lui-même confirmé n'avoir versé aucun loyer à B______ SA, alors qu'il occupait, à titre de domicile privé et depuis le 4 mai 1999, la maison que la société louait à D______ et pour laquelle elle s'acquittait d'un loyer, des frais d'électricité, de chauffage, de nettoyage, d'entretien et d'autres charges encore. Il ne faisait aucun doute que la société lui avait accordé une prestation sans obtenir de contre-prestation et qu'un tiers sans lien avec elle n'aurait jamais pu obtenir un tel avantage.
Concernant la détention des actions de la société, M. A______ n'avait pas contesté, ni dans sa réclamation du 6 février 2014, ni dans son acte de recours du 3 septembre 2015, en être le propriétaire durant les années en cause. Il n'avait en outre formulé aucune observation avant la clôture des procédures en rappel et en soustraction d'impôt. C'était seulement lors de l'audience de comparution personnelle du 10 février 2016 qu'il avait prétendu avoir acquis ces actions uniquement en 2009, allégation étayée d'aucune pièce. D'ailleurs, les affirmations de M. A______ se heurtaient aux déclarations fiscales 2006 et 2007 de B______ SA, dont les feuilles C (prestations versées aux membres de l'administration et aux autres organes) le mentionnaient non simplement comme administrateur, mais implicitement aussi comme actionnaire. L'autorité intimée disposait par conséquent d'indices sérieux permettant de le considérer comme actionnaire de la société durant les années en cause. Partant, il y avait lieu d'ajouter à sa fortune, pour les années 2001 à 2007, la valeur fiscale de ces actions.
Le TAPI retenait à tort que le litige portait uniquement sur la question du bien-fondé des reprises effectuées, ce à l'exclusion des amendes.
Il avait formulé réclamation contre la décision par laquelle l'AFC-GE lui avait notifié les bordereaux de rappel d'impôt ainsi que les bordereaux d'amende y relatifs. La décision sur réclamation du 3 août 2015 maintenait à la fois les reprises et les amendes. Les conclusions prises par M. A______ dans son recours tendaient à l'annulation complète de cette décision sur réclamation. Les amendes étaient d'ailleurs liées aux reprises étant donné que si l'autorité avait admis la réclamation et annulé les reprises contestées, elle n'aurait pas pu maintenir les amendes y liées.
Le jugement querellé violait la maxime inquisitoire et le principe in dubio pro reo du fait que l'autorité avait constaté les faits de manière inexacte. Cette dernière n'avait aucunement établi les faits pertinents ni mené les actes d'instruction lui permettant d'établir la réalisation ou non des infractions qui lui étaient reprochées. Elle n'avait également pas apporté la preuve lui permettant de retenir qu'il était propriétaire des actions de la société depuis 2001, ni l'existence d'une quelconque faute de sa part. De ce fait, elle commettait également un déni de justice.
Il était la seule personne susceptible d'occuper la villa dont le bail était litigieux. Il était chargé d'effectuer les visites de la maison témoin, lesquelles avaient lieu souvent en dehors des horaires de bureau et durant le week-end ; il prenait en charge de nombreux frais en lien avec ce logement, notamment pour qu'il demeure en parfait état au vu de son utilisation comme vitrine de D______ et de B______ SA. Le fait que lui-même occupait la maison ne pouvait en conséquence pas être considéré comme une prestation appréciable en argent ; au contraire, il occupait un logement qui serait resté vide et qui servait de bureau à B______ SA et il subissait à cet effet de lourds désagréments en raison des nombreuses visites. La société aurait dû supporter des charges supplémentaires s'il ne s'y était pas installé.
Il n'avait jamais caché aux autorités qu'il était domicilié dans cette maison, ni le montant prévu par le bail. Il n'avait aucun doute sur le fait qu'aucun privilège ne lui était accordé par la société, mais bien que c'était lui qui permettait à cette dernière d'économiser des frais liés à la location d'autres bureaux ainsi que des frais d'entretien. Il était assisté par une fiduciaire, de sorte qu'il avait pris toutes les précautions qui s'imposaient. Aucune faute ne pouvait lui être imputée et, par conséquent, il ne s'était pas rendu coupable de soustraction fiscale.
Les actes de recours ne faisaient que présenter les faits concernant les reprises et non les amendes. La conclusion du recours « c'est partant à tort que l'autorité intimée persiste à confirmer la reprise en défaveur du recourant. Il s'ensuit que la décision attaquée devra être annulée dans cette mesure » était libellée de telle manière qu'elle ne pouvait pas porter sur « l'annulation complète de la décision ». Par ailleurs, lors de l'audience du 10 février 2016, le juge avait fait remarquer à l'intéressé qu'il n'avait aucunement contesté les amendes qui lui avaient été infligées, ce à quoi il n'avait pas répondu. M. A______ était représenté par un avocat, lequel était censé connaître la législation et la jurisprudence portant sur l'objet du litige et les règles à respecter, la faute de ce dernier devant lui être imputée. Les amendes devaient donc être confirmées tant dans leur principe que dans leur quotité.
Il ressortait clairement des comptes de profits et pertes des années litigieuses que B______ SA avait inscrit un poste « loyer et charges » à concurrence de CHF 50'251.85, et que le compte « loyer encaissé » ne faisait état d'aucun versement de la part de M. A______, ce dernier ayant confirmé ne pas en avoir fait. Il prétendait prendre en charge de nombreux frais en lien avec la villa en question, alors que les travaux d'entretien avaient été supportés par la société. Cette dernière avait octroyé des prestations appréciables en argent à l'intéressé, sans obtenir de contre-prestations correspondantes, en prenant en charge la totalité du loyer et des charges de la maison où M. A______ était domicilié avec son épouse. Le fait que la société ait également utilisé la maison ne modifiait pas la constatation selon laquelle, en mettant à disposition de son administrateur unique une villa sans lui réclamer le moindre loyer, elle avait procédé à une distribution dissimulée de bénéfice.
La maison en question était le siège de B______ SA ainsi que le domicile privé de M. A______ ; il s'agissait d'une villa témoin pouvant être visitée par les clients de D______. Un loyer mensuel de CHF 1'500.- avait été déterminé durant les années 1990 par M. H______, M. E______ et le père de M. A______, qui était à l'époque actionnaire majoritaire de B______ SA. Lors de cette séance, il avait été retenu que la villa constituait un local vide et que quelqu'un devait y habiter en tolérant les visites des clients et en entretenant à sa charge le logement en question (entretien courant). Sans occupation, ces locaux auraient entraîné une charge de gardiennage ainsi que la location d'autres bureaux par la société, augmentant ainsi ses charges et en diminuant le bénéfice et les impôts dus par cette dernière.
Le 27 septembre 2016, M A______ a sollicité la production par l'autorité intimée du rapport établi suite au contrôle fiscal de D______ concernant les années 2002 à 2007. Ce document revêtait une importance certaine, dans la mesure où l'un des points litigieux de la procédure concernait la reprise en lien avec un logement propriété de D______.
Le 7 octobre 2016, l'AFC-GE a persisté dans ses conclusions.
L'objet du litige concernait uniquement l'absence de versement d'un loyer par M. A______ à B______ SA pour la villa qu'il occupait à titre privé. Un contrat de sous-location aurait d'ailleurs dû être conclu entre le contribuable et la société.
Si M. A______ était le fils de l'actionnaire majoritaire de la société durant les périodes fiscales avant 2009, il pouvait être considéré, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, comme un proche de l'actionnaire et la prestation appréciable en argent devait ainsi être considérée comme si elle avait été octroyée à ce dernier.
L'autorité n'établissait pas de rapport suite aux contrôles qu'elle effectuait auprès du contribuable, mais simplement des nouveaux bordereaux de rappel d'impôt. En tout état de cause, la procédure ne concernait en rien les reprises effectuées auprès de D______, et ces informations n'auraient pas prouvé que le contribuable n'avait pas bénéficié d'une prestation appréciable en argent de la part de B______ SA.
Le même jour, M. A______ a également persisté dans ses conclusions.
Invitée à se déterminer sur le recours, l'administration fédérale des contributions (ci-après : AFC-CH) n'a formulé aucune observation à l'issue du délai lui ayant été imparti à cette fin.
Sur quoi, la cause a été gardée à juger.
EN DROIT
Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable de ces points de vue (art. 7 al. 2 de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 - LPFisc - D 3 17 ; art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 145 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 - LIFD - RS 642.11 ; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10).
a. L'acte de recours contient, sous peine d'irrecevabilité, la désignation de la décision attaquée et les conclusions du recourant (65 al. 1 LPA). Il contient également l'exposé des motifs ainsi que l'indication des moyens de preuve. Les pièces dont dispose le recourant doivent être jointes. À défaut, la juridiction saisie impartit un bref délai au recourant pour satisfaire à ces exigences, sous peine d'irrecevabilité (art. 65 al. 2 LPA). La juridiction administrative applique le droit d'office et ne peut aller au-delà des conclusions des parties, sans pour autant être liée par les motifs invoqués (art. 69 al. 1 LPA).
b. Compte tenu du caractère peu formaliste de cette disposition, il convient de ne pas se montrer trop strict sur la manière dont sont formulées les conclusions du recourant (ATA/951/2016 du 8 novembre 2016 consid. 2b). Le fait que les conclusions ne ressortent pas expressément de l'acte de recours n'est pas, en soi, un motif d'irrecevabilité, pourvu que l'autorité judiciaire et la partie adverse puissent comprendre avec certitude les fins du recourant (ATA/55/2017 du 24 janvier 2017 consid. 3b ; ATA/1370/2015 du 21 décembre 2015 consid. 2a et les arrêts cités). Une requête en annulation d'une décision doit par exemple être déclarée recevable dans la mesure où le recourant a, de manière suffisante, manifesté son désaccord avec la décision ainsi que sa volonté qu'elle ne développe pas d'effets juridiques (ATA 958/2014 du 2 décembre 2014 consid. 4b ; ATA 586/2013 du 3 septembre 2013 consid. 4b ; Pierre MOOR/Étienne POLTIER, Droit administratif, vol. II, 3ème éd., 2011, p. 624).
c. L'exigence de motivation de l'art. 65 al. 2 LPA a pour but de permettre à la juridiction administrative de déterminer l'objet du litige qui lui est soumis et de donner l'occasion à la partie intimée de répondre aux griefs formulés à son encontre (ATA 958/2014 précité consid. 4c ; ATA/586/2013 du 3 septembre 2013 consid. 4c). Elle signifie que le recourant doit expliquer en quoi et pourquoi il s'en prend à la décision litigieuse (ATA/958/2014 précité consid. 4c ; ATA/586/2013 précité consid. 4c).
b. L'objet du litige est principalement défini par l'objet du recours (ou objet de la contestation), les conclusions du recourant et, accessoirement, par les griefs ou motifs qu'il invoque. L'objet du litige correspond objectivement à l'objet de la décision attaquée, qui délimite son cadre matériel admissible (ATF 136 V 362 consid. 3.4 et 4.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_581/2010 du 28 mars 2011 consid. 1.5 ; ATA/907/2016 du 25 octobre 2016 ; ATA/459/2016 du 31 mai 2016). La contestation ne peut excéder l'objet de la décision attaquée, c'est-à-dire les prétentions ou les rapports juridiques sur lesquels l'autorité inférieure s'est prononcée ou aurait dû se prononcer. L'objet d'une procédure administrative ne peut donc pas s'étendre ou qualitativement se modifier au fil des instances, mais peut tout au plus se réduire dans la mesure où certains éléments de la décision attaquée ne sont plus contestés. Ainsi, si un recourant est libre de contester tout ou partie de la décision attaquée, il ne peut pas prendre, dans son mémoire de recours, des conclusions qui sortent du cadre des questions traitées dans la procédure antérieure (ATA/907/2016 précité ; ATA/376/2016 du 3 mai 2016 et les références citées).
Dans son recours du 3 septembre 2015 concernant l'ICC et l'IFD 2001 à 2007, le recourant a conclu à la nullité, subsidiairement l'annulation, de la décision attaquée, soit la décision sur réclamation rendue le 3 août 2015 par l'AFC-GE.
Étant donné que le dispositif de ladite décision prévoyait « de maintenir les reprises et les amendes » et dans la mesure où le recourant concluait à l'annulation de la décision attaquée dans son ensemble, la chambre administrative retiendra que le litige porte tant sur la conformité au droit de la confirmation des bordereaux de rappels d'impôt que sur celles des amendes pour l'ICC et l'IFD 2001 à 2007, les deux étant d'ailleurs intimement liées.
La question étant traitée de la même manière en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé, le présent arrêt traite simultanément des deux impôts, comme cela est admis par la jurisprudence (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_662/2014 du 25 avril 2015 consid. 1 et 2C_394/2013 du 24 octobre 2013 consid. 1.1 ; ATA/778/2016 du 13 septembre 2016 consid. 3).
b. Le 1er janvier 2010 est entrée en vigueur la loi sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 (LIPP - D 3 08), dont l'art. 69 a abrogé les cinq anciennes lois sur l'imposition des personnes physiques (aLIPP-I à aLIPP-V du 22 septembre 2000).
L'art. 72 al. 1 LIPP prévoit que cette loi s'applique pour la première fois pour les impôts de la période fiscale 2010. Pour les périodes fiscales antérieures, les dispositions des anciennes lois s'appliquent même après l'entrée en vigueur de la loi.
c. En l'espèce, le recours concerne les périodes fiscales 2001 à 2007. Dès lors, c'est l'ancien droit (aLIPP-I à aLIPP-V) qui s'applique pour toutes les années, ainsi que la LIFD dans sa teneur lors des périodes fiscales en cause.
a. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst. - RS 101), le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé d'offrir des preuves pertinentes, de prendre connaissance du dossier, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes (ATF 137 IV 33 consid. 9.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_265/2016 du 23 mai 2016 consid. 5.1 et les arrêts cités), de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 138 I 154 consid. 2.3.3 ; 138 V 125 consid. 2.1 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_544/2014 du 1er avril 2015 consid. 3.1 ; 1C_582/2012 du 9 juillet 2013 consid. 2.1 et les arrêts cités). Le droit de faire administrer des preuves n'empêche cependant pas le juge de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes et de procéder à une appréciation anticipée de ces dernières, en particulier s'il acquiert la certitude que celles-ci ne l'amèneront pas à modifier son opinion ou si le fait à établir résulte déjà des constatations ressortant du dossier (ATF 136 I 229 consid. 5.2 ; 134 I 140 consid. 5.3 ; arrêts du Tribunal fédéral 1C_119/2015 du 16 juin 2015 consid. 2.1 ; 2C_481/2013 du 30 mai 2013 consid. 2.1 ; ATA/643/2016 du 26 juillet 2016 et les arrêts cités). Le droit d'être entendu ne contient pas non plus d'obligation de discuter tous les griefs et moyens de preuve du recourant ; il suffit que le juge discute ceux qui sont pertinents pour l'issue du litige (ATF 138 I 232 consid. 5.1 ; 138 IV 81 consid. 2.2 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_835/2014 du 22 janvier 2015 consid. 3.1 ; 1C_148/2012 du 26 juin 2012 consid. 3.1 et les arrêts cités).
b. En l'espèce, la production du rapport invoqué, lequel semble d'ailleurs ne pas exister, n'apporterait aucun élément pertinent. La chambre de céans dispose d'un dossier complet, comprenant tous les éléments essentiels et nécessaires permettant de trancher le litige.
Il s'ensuit que la réquisition du recourant sera rejetée.
En premier lieu, le recourant estime qu'il incombait à l'autorité intimée de prouver qu'il était propriétaire des actions de la société avant 2009.
b. Le contribuable doit prouver l'exactitude de sa déclaration d'impôt et de ses explications ultérieures ; on ne peut pas, en revanche, lui demander de prouver un fait négatif et de démontrer, par exemple, qu'il n'a pas d'autres revenus que ceux annoncés (Jean-Marc RIVIER, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2ème éd., 1998, p. 138). Il incombe en effet à l'autorité fiscale d'apporter la preuve de l'existence d'éléments imposables non déclarés. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'informations révélant l'existence de tels éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations. Ce dernier devra justifier l'origine des montants non déclarés et il pourra même être obligé de fournir des renseignements supplémentaires sur les rapports contractuels mis à jour par l'autorité fiscale et sur les prestations qui en découlent (ATF 121 II 257 consid. 4c.aa et les références citées ; arrêt du Tribunal fédéral 2A.374/2006 du 30 octobre 2006 consid. 4.2). L'omission ou l'échec de ces preuves contraires peut être considéré comme un indice suffisant de la véracité des allégations de la partie adverse si ces dernières paraissent vraisemblables (arrêt du Tribunal fédéral 2A.347/2002 du 2 juin 2003 consid. 2.1 et les références citées ; ATA/607/2008 du 2 décembre 2008 consid. 7a).
c. En procédure de taxation, la maxime inquisitoire prévaut : l'autorité n'est pas liée par les éléments imposables reconnus ou déclarés par le contribuable. Si des indices paraissent mettre en doute l'exactitude de la déclaration, l'administration, après investigation, pourra s'en écarter et modifier les éléments du revenu en faveur ou en défaveur de ce dernier (ATA/686/2017 du 20 juin 2017 consid. 5c ; Peter AGNER/Beat JUNG/Gotthard STEINMANN, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2001, n. 2 ad art. 130 p. 421).
d. Est également applicable le principe de la libre appréciation des preuves. L'autorité forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'elle a recueillis. Cette liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par l'interdiction de l'arbitraire (Ernst BLUMENSTEIN/Peter LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6ème éd., 2002, p. 403 s. ; Jean-Marc RIVIER, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2ème éd., 1998, p. 139). Il n'est pas indispensable que la conviction de l'autorité de taxation confine à une certitude absolue qui exclurait tout autre possibilité ; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (arrêts du Tribunal fédéral 2C_574/2009 du 21 avril 2010 et 2C_47/2009 du 26 mai 2009 ; ATA/686/2017 du 20 juin 2017 consid. 5c ; ATA/1307/2015 du 8 décembre 2015 consid. 5).
a. En matière d'ICC, l'impôt sur la fortune a pour objet l'ensemble de la fortune nette après déductions sociales (art. 13 LHID ; art. 1 de la loi sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur la fortune du 22 septembre 2000 - aLIPP-III - D 3 13). Sont notamment soumis à l'impôt : la fortune, les actions, les obligations et les valeurs mobilières de toute nature, les mises de fonds, apports et commandite représentant une part d'intérêts dans une entreprise, une société ou une association (art. 2 let. b aLIPP-III).
b. Selon l'art. 16 al. 1 LIFD, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques. Est imposable à ce titre le rendement de la fortune mobilière dont font partie les dividendes provenant de participations de tout genre (art. 20 al. 1 let. c LIFD).
c. La fortune est la somme de toutes les choses et valeurs patrimoniales dont une personne peut librement disposer (Xavier OBERSON, Droit fiscal suisse, 4ème éd., 2012, p. 200 n. 5). Elle est imposable auprès du propriétaire de celle-ci ou de la personne qui peut en disposer économiquement (Xavier OBERSON, op cit., p. 201 n. 9).
Si, comme l'invoque le recourant, son père était propriétaire de ces actions avant 2009, le contribuable aurait pu facilement transmettre à l'autorité intimée des preuves de cette situation, tels que des copies des déclarations fiscales de son père, des justificatifs d'achat des actions à ce dernier ou encore des procès-verbaux des assemblées générales antérieures à 2009.
Alors même qu'il lui incombait d'apporter ces éléments, selon les règles relatives à la répartition de la preuve, le recourant n'a pas transmis à l'AFC-GE, ni ultérieurement au TAPI ou à la chambre de céans, d'informations ou pièces justificatives utiles pour étayer ses affirmations.
En procédant à une telle omission, le contribuable doit supporter les conséquences de son manque de collaboration, conformément à la jurisprudence fédérale précitée et ne peut pas, de bonne foi, estimer que l'AFC-GE n'avait pas le droit de considérer qu'il était actionnaire de la société depuis 2001 et de le taxer en conséquence.
L'AFC-GE était ainsi en droit de procéder aux reprises de ces revenus au titre de la fortune mobilière du recourant.
Ce grief sera par conséquent écarté.
En deuxième lieu, le recourant estime que l'absence de paiement du loyer de la villa où il réside ne constitue pas une prestation appréciable en argent.
a. Comme déjà mentionné, sont imposables comme rendements de la fortune mobilière notamment les dividendes, les parts en bénéfice, les excédents de liquidation et tous les autres avantages appréciables en argent provenant de participations en tout genre (art. 20 al. 1 let. c LIFD).
b. Font partie des avantages appréciables en argent au sens de cette disposition les distributions dissimulées de bénéfice (art. 58 al. 1 let. b LIFD), soit des attributions de la société aux détenteurs de parts auxquelles ne correspondent aucune contre-prestation ou une contre-prestation insuffisante et qui ne seraient pas effectuées ou dans une moindre mesure en faveur d'un tiers non participant (ATF 138 II 57 consid. 2.2 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_605/2014 et 2C_606/2014 du 25 février 2015 consid. 6 ; ATA/56/2017 du 24 janvier 2017 consid. 4d ; ATA/17/2016 du 12 janvier 2016 consid. 4b). Sont ainsi imposables, à titre de revenus, les prestations appréciables en argent, à savoir les avantages accordés par la société aux actionnaires ou à leurs proches sans contre-prestation et qui ne s'expliquent qu'en raison du rapport de participation, dès lors que la société ne les aurait pas faites, dans les même circonstances, à des tiers non participants (ATF 119 Ib 116 consid. 2 ; ATA/513/2016 du 14 juin 2016 consid. 6b ; Xavier OBERSON, op. cit., p. 138 n. 139). En raison du contenu similaire de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD et de l'art. 22 al. 1 let. c LIPP, cette jurisprudence peut également s'appliquer à l'ICC, dans la mesure où le droit cantonal genevois comporte, à l'art. 12 de la loi sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 (LIPM - D 3 15), dans sa teneur avant le 30 mars 2016, en particulier en sa lettre h, une disposition équivalente à l'art. 58 al. 1 let. b LIFD (ATA/594/2015 du 9 juin 2015 consid. 6b).
c. De jurisprudence constante, il y a avantage appréciable en argent si la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante, que cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près, qu'elle n'aurait pas été accordée à de telles conditions à un tiers et que la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société savaient ou auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88 consid. 4.1 ; 138 II 57 consid. 2.2 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_605/2014 et 2C_606/2014 précités consid. 6).
L'évaluation de la prestation se mesure par comparaison avec une transaction qui aurait été effectuée entre des parties non liées entre elles et en tenant compte de toutes les circonstances concrètes du cas d'espèce, soit si elle a respecté le principe de pleine concurrence (ATF 140 II 88 consid. 4.1 ; 138 II 545 consid. 3.2 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_605/2014 et 2C_606/2014 précités consid. 6).
d. Les formes d'apparition des prestations appréciables en argent sont multiples : elles peuvent être réalisées par un accroissement injustifié des frais généraux (salaire excessif, paiement d'intérêts disproportionnés pour un prêt de l'actionnaire, rémunération trop importante d'un service rendu par l'actionnaire), ou par une comptabilisation insuffisante d'un produit (la société n'exige pas une contre-prestation appropriée pour un service rendu à l'actionnaire). Elles peuvent également apparaître sous la forme d'une diminution exagérée d'actifs (acquisition d'actifs sans valeur, octroi d'un prêt dont le remboursement n'est pas concevable, renonciation à une créance) ou d'un accroissement de passifs (la société se reconnaît débitrice pour une prestation qu'elle n'a jamais reçue ; Xavier OBERSON, op. cit., p. 236).
En ce qui concerne les prestations appréciables en argent faites par la société sans contre-prestation à ses actionnaires, il appartient en principe à l'autorité fiscale de les prouver, de sorte que le contribuable n'a pas à supporter les conséquences d'un manque de preuves, à moins qu'une violation de ses devoirs de collaboration puisse lui être reprochée (ATF 138 II 57 consid. 7.1 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_605/2014 et 2C_606/2014 précités consid. 6 ; ATA/778/2016 du 13 septembre 2016 consid. 5c). En présence d'une prestation à caractère insolite, la preuve directe que le bénéficiaire en est un actionnaire ou une personne proche de la société contribuable n'est pas nécessaire ; il suffit qu'une autre explication du déroulement de l'opération ne puisse être trouvée (ATF 119 Ib 431 consid. 3b ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_199/2009 du 14 septembre 2009 consid. 3.2 in RDAF 2009 II 566). Dans la mesure où l'autorité fiscale a pu prouver qu'une prestation de la société est effectuée sans contrepartie correspondante, il appartient au contribuable de renverser cette présomption et de prouver le fondement de la charge invoquée (Xavier OBERSON, op. cit., p. 238).
a. En l'espèce, le recourant loge gratuitement et depuis 1999 dans une maison qui lui est mise à disposition par B______ SA, société dont il est actionnaire, ainsi qu'unique administrateur. La société, quant à elle, est liée par un contrat de bail avec D______ et verse à cette dernière un loyer annuel de CHF 18'000.-, charges non comprises.
En conséquence, il apparaît qu'une prestation a été effectuée par la société à l'endroit de M. A______ (mise à disposition d'une villa), sans contre-prestation correspondante (absence de versement de loyer). Dans ces circonstances et d'après la jurisprudence précitée, il appartient à ce stade au contribuable de prouver le motif de la prestation insolite dont il a bénéficié et le fondement de la prétention qu'il invoque.
b. Le contribuable allègue que la villa en question était également le siège de B______ SA ainsi qu'une maison témoin destinée à servir d'exposition dans le cadre de promotions immobilières. Il apparaît en revanche que le siège de la société était à C______ jusqu'à fin 2009 et a été déplacé à G______, auprès du logement en question, seulement en 2010 ; il n'est de même aucunement prouvé que la société ait pris à bail ce logement auprès de D______ dans le but d'y exercer son activité lucrative. Il ressort des allégations du recourant qu'il utilisait la villa en cause comme logement d'habitation, tout en s'en servant accessoirement à des fins professionnelles ou commerciales (expositions, visites de clients et travail à domicile).
Concernant une imposition d'une activité lucrative dépendante, s'agissant de l'utilisation d'une pièce comme bureau, le Tribunal fédéral a jugé que le contribuable qui, pour des raisons de convenance personnelle, préfère s'acquitter de tâches professionnelles à la maison alors qu'il pourrait utiliser un local à sa place de travail n'a aucun droit à la déduction pour une chambre de travail privée. Tel est le cas de celui qui ne prouve pas qu'il doit exécuter chez lui régulièrement une part importante de son travail parce que son employeur ne lui mettrait pas à disposition un bureau approprié, ni qu'il dispose dans son logement privé d'un local particulier utilisé essentiellement à des fins professionnelles et non privées (arrêts du Tribunal fédéral 2C_326/2008 du 23 septembre 2008 consid. 4.4 ; 2C_681/2008 du 12 décembre 2008 consid. 3.5.1 ; ATA/830/2013 du 17 décembre 2013).
Il est par conséquent exclu que ce loyer puisse être déduit du bénéfice brut de la société, à tout le moins pour la mesure où il était utilisé par l'actionnaire pour son usage privé, soit sa convenance personnelle (ATA/545/2012 du 21 août 2012 consid. 9a). Le fait que la villa serve également de maison témoin pour des expositions, avait déjà été pris en compte lors de la fixation du loyer, lequel avait été abaissé en conséquence, en ne concernait pas, en tout état de cause, l'affectation principale du logement en question. La société n'aurait d'ailleurs jamais mis à disposition gratuitement la villa à un tiers, étranger à la société.
M. A______ allègue également que s'il n'avait pas occupé ce logement, il serait demeuré vide et que B______ SA aurait dû louer d'autres locaux pour la conduite de son activité.
Il ne s'agit que d'hypothèses qui ne changent pas l'appréciation juridique du cas d'espèce.
Le recourant n'a pas été en mesure de démontrer que le non-paiement du loyer à la société ne devait pas être qualifié de prestation appréciable en argent. On ne saurait dès lors admettre que ces charges puissent être déduites du bénéfice de la société.
Par conséquent, c'est à juste titre que l'AFC-GE, confirmée en cela par le TAPI, a considéré que le loyer dû par M. A______ ainsi que les charges annexes, constituent une distribution dissimulée de bénéfice. L'AFC-GE était ainsi en droit de procéder aux reprises litigieuses.
Le principe de l'existence d'une prestation appréciable en argent doit donc être admis, et les griefs du recourant à ce sujet écartés.
b. En vertu de l'art. 120 al. 4 LIFD, la prescription du droit de procéder à la taxation est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale.
Selon l'art. 47 al. 1 LHID, le droit de taxer se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale ; en cas de suspension ou d'interruption de la prescription, celle-ci est acquise dans tous les cas quinze ans après la fin de la période fiscale. Cette règle est reprise en droit cantonal à l'art. 22 LPFisc. En l'espèce, le droit de taxer la période fiscale 2001 en matière d'impôt cantonal et communal est par conséquent prescrit depuis le 31 décembre 2016 (arrêt du Tribunal fédéral 2C_177/2016 précité consid. 3).
Lesdites règles s'appliquent au contentieux consécutif à la taxation ordinaire mais trouvent une application différente lorsque celui-ci est consécutif à une taxation d'office, en raison des restrictions posées par la loi aux possibilités de recourir dans une telle situation (ATA /686/2017 du 20 juin 2017 consid. 35c).
b. En matière d'IFD, à teneur de l'art. 132 al. 3 LIFD, le contribuable taxé d'office peut déposer une réclamation contre cette taxation uniquement pour le motif qu'elle est manifestement inexacte. En matière d'ICC, une règle similaire figure à l'art. 48 al. 2 LHID, qui est reprise, en matière d'ICC, à l'art. 39 al. 2 LPFisc. La réclamation doit être motivée et indiquer, le cas échéant, les moyens de preuve (art. 132 al. 3 LIFD pour l'IFD, art. 38 al. 2 LHID et art. 39 al. 2 LPFisc pour l'ICC).
c. Une taxation d'office est manifestement inexacte lorsqu'elle passe sous silence ou apprécie de manière erronée un point de vue essentiel et pertinent. Si la taxation a été faite par estimation, cette inexactitude manifeste peut être retenue si, nonobstant la marge d'appréciation dont jouit l'autorité, est clairement trop haute ou trop basse, lorsqu'il est clairement reconnaissable qu'elle repose sur des fondements, des méthodes ou des moyens d'estimation erronés ou lorsqu'elle n'est raisonnablement pas conciliable avec les circonstances du cas d'espèce telles qu'elles ressortent des pièces (ATA/686/2017 précité consid. 10c ; Hugo CASANOVA/Emmanuel DUBEY, in Commentaire romand LIFD, Yves NOËL/Florence AUBRY/GIRARDIN [éd.], 2017, ad art. 132, p. 1731 n. 28 ; Isabelle ALTHAUS-HOURIET, in Commentaire romand, op. cit., ad art. 130, p. 1711 n. 25 ; Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, Besonderheiten bei der Anfechtung der Ermessensveranlagerung, AJP 1/2013, p. 38).
d. En cas de recours contre une décision par laquelle l'AFC-GE refuse d'entrer en matière sur une réclamation relative à une taxation d'office, la seule question qui se pose à l'autorité de recours consiste à déterminer si c'était à bon droit que l'autorité fiscale avait retenu que le contribuable n'avait pas établi le caractère manifestement inexact de la taxation (arrêt du Tribunal fédéral 2A.155/2002 du 13 août 2002 consid. 3.2 ; ATA/686/2017 précité consid. 10d).
e. La décision sur une telle réclamation doit être prise en fonction de l'état du dossier présenté par le réclamant, soit sur la base des éléments de preuve qu'il apporte au moment où l'autorité décisionnaire doit statuer sur la réclamation, (RDAF 2005 II 564 consid. 5 à 7 ; ATA/686/2017 précité consid. 10e ; ATA/666/2014 du 26 août 2014 consid. 6 et 7 ; Hugo CASANOVA/ Emmanuel DUBEY, in Commentaire romand, op. cit., ad art. 132, p. 1732 n. 31). Pour certains auteurs et pour le Tribunal fédéral, ces règles conduisent à un renversement du fardeau de la preuve (ATF 123 II 552 consid. 4c = RDAF 1998 II 459 ; Peter AGNER/Beat JUNG/Gotthard STEINMANN, Commentaire sur la loi sur l'impôt fédéral direct, ad art. 132 LIFD, p. 424 n. 7 ; Felix RYCHNER/Walter FREI/Stefan KAUFMANN/Hans Ulrich MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2009 ad art. 130, n. 46). Pour d'autres, le mécanisme qu'elles induisent est de transférer au contribuable qui conteste une taxation d'office la charge de prouver les faits susceptibles de conduire à une modification de la taxation, dès lors que l'obligation d'instruire de l'autorité fiscale est épuisée (Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, op. cit., p. 38) ou d'exiger du contribuable d'apporter une preuve qualifiée de l'inexactitude (Hugo CASANOVA/ Emmanuel DUBEY, in Commentaire romand, op. cit., ad art. 132, p. 1731 n. 29).
Quoiqu'il en soit, la réclamation doit être formulée d'une façon qui permette à l'autorité de taxation, sur la base de la motivation et des moyens de preuve puisse déterminer sans autre que la taxation d'office entreprise est manifestement inexacte (arrêt du Tribunal fédéral 2C_374/2016 du 7 juin 2016 consid. 2.2.2 ; ATA/686/2017 précité consid. 10e ; Martin ZWEIFEL/Silvia HUNZIKER, op. cit, ad. art. 48 LHID, p. 1387 n. 47). En effet, du fait des limitations légales à la possibilité de remettre en question une taxation d'office, l'examen du caractère manifestement inexact d'une décision de cette nature doit être compris comme devant consister en un examen purement objectif de la contrariété de la taxation d'office vis-à-vis des faits.
Si l'autorité fiscale saisie de la contestation constate l'absence de caractère manifestement inexact de la taxation, au sens des dispositions précitées elle n'a pas à entrer en matière sur le fond de cette contestation et constater l'irrecevabilité formelle de la réclamation (ATF 131 II 548 = RDAF II 2006, p. 1, consid. 2.3 ; 123 II 552 consid. 4c = RDAF 1998 II 455 ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_374/2016 précité consid. 2.2.2 ; 2C_683/2014 précité consid. 5.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_357/2013 du 7 novembre 2013 consid. 5 ; ATA/686/2017 précité consid. 11 ; Martin ZWEIFEL/Silvia HUNZIKER, Bundesgesetz über die Harmonisierung des direkten Steuern des Kantone und Gemeinde, ad. art. 48 LHID, p. 1384 n. 43 ; Hugo CASANOVA/Emmanuel DUBEY in Commentaire romand, op. cit., p. 1728 n. 23 ; Xavier OBERSON, op. cit, § 22 p. 523 n. 48).
L'obligation de motivation de la réclamation exigée aux art. 132 al. 3 LIFD, 48 al. 2 LHID et 39 al. 2 LPFisc signifie que le contribuable qui entend que sa réclamation contre une décision de taxation d'office soit examinée sur le fond, s'il a négligé son devoir de collaboration, se soumette d'entrée de cause à ce dernier (ATA/686/2017 précité consid. 12 ; Message sur l'harmonisation fiscale, FF 1983 1, 222 ; Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, op. cit., p. 38). Ainsi que l'a rappelé le Tribunal fédéral, la solution de l'irrecevabilité permet d'éviter qu'un contribuable qui a omis d'accomplir ses devoirs de collaboration et qui a été taxé d'office puisse entraver notablement le travail de l'administration en présentant une réclamation dénuée de toute motivation pour se défendre par la suite en produisant les documents requis au stade du recours, avec pour effet que l'autorité fiscale doive annuler la taxation d'office et recommencer une taxation ordinaire contre laquelle le contribuable pourrait élever une nouvelle contestation (ATF 123 II 552 précité consid. 4e = RDAF 1998 II 455 ; ATA/686/2017 précité consid. 12).
Lorsque l'autorité de taxation n'est pas entrée en matière sur la réclamation ou qu'elle ne l'a admise que partiellement, la commission de recours au sens de l'art. 142 al. 1 LIFD ou de l'art. 50 al. 1 LHID - soit le TAPI dans le canton de Genève - laquelle a les mêmes compétences que l'autorité de taxation (art. 142 al. 4 LIFD et 50 al. 2 LHID) peut être saisie aux mêmes conditions restrictives (ATA/686/2017 précité consid. 13 ; Martin ZWEIFEL/ Silvia HUNZIKER, op. cit, ad. art. 48 LHID, p. 1390 et 1391 n. 61 à 63). En cas de non-entrée en matière, seul le bien-fondé de ce refus d'entrer en matière peut être discuté mais non pas la validité matérielle de la taxation (Martin ZWEIFEL/Silvia HUNZIKER, op. cit, ad. art. 48 LHID, p. 1391 n. 63 et jurisprudence citée ; Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, op. cit. p. 42). De son côté, l'autorité de recours doit uniquement examiner, au-delà du contrôle du respect des exigences purement formelles que doit remplir le recours, si c'était à bon droit que l'autorité de taxation avait retenu que le recourant n'avait pas établi le caractère manifestement inexact de la taxation. Si tel est le cas, elle doit rejeter le recours (arrêts du Tribunal fédéral 2C_357/2013 du 7 novembre 2013 consid. 5 ; 2A.39/2004 du 29 mars 2005 consid. 5.2 ; 2a.442/2001 du 19 juin 2002 consid. 2.2 ; ATA/686/2017 précité consid. 13 ; Henk FENNERS/ Martin E. LOOSER, op. cit., p. 42).
Si l'autorité qui a statué sur la réclamation n'est pas entrée en matière sur la réclamation, il ne peut plus être produit de nouveaux moyens de preuve, l'autorité de recours statuant sur la base du dossier soumis dans le cadre de la réclamation (ATA/686/2017 précité consid. 13 ; Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, op. cit., p. 42). Si l'autorité qui a statué sur la réclamation a refusé à tort d'entrer en matière, a considéré à tort que la taxation d'office n'était pas manifestement excessive, ou a refusé de prendre en considération des vices qui affectaient ladite décision, ces questions constitueront l'objet du recours devant l'instance supérieure (Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, op. cit. p. 42). Si l'autorité de recours constate que l'autorité inférieure est restée dans le cadre de son champ d'appréciation pour évaluer la situation du contribuable, elle n'a plus le droit d'intervenir sur l'évaluation effectuée par celle-là.
Dans l'hypothèse où l'autorité de recours constate que l'autorité qui a statué sur la réclamation est entrée à tort en matière sur cette dernière, elle peut annuler cette décision et la remplacer par une décision de non-entrée en matière. La décision de taxation devient définitive, sous la réserve que soient établis d'autres violations du droit, tandis que le recours est rejeté (ATA/686/2017 précité consid. 13 ; Henk FENNERS/Martin E. LOOSER, op. cit., p. 43 ; Roman BLÖCHINGER, Die Einsprache gegen die Ermessenseinschätzung, StR 2/2008, p. 90).
Par conséquent, dans le cas d'espèce, le rejet du recours a entraîné la confirmation de la décision sur réclamation du 3 août 2015 concernant les années ayant fait l'objet d'une taxation d'office, soit 2002 et 2003 ; de ce fait l'ensemble des décisions de taxation en rappel d'impôt pour les exercices y relatifs sont entrées en force avec effet au 3 août 2015, la procédure de recours qui s'en est suivie confirmant le bien fondé du refus de l'autorité fiscale d'entrer en matière sur la réclamation du contribuable.
En revanche, le droit de procéder à une taxation pour l'année fiscale 2001, tant en ICC qu'en l'IFD est prescrit. En effet, les décisions de taxation y relatives n'avaient pas fait l'objet d'une taxation d'office et n'avaient ainsi pas acquis un caractère définitif à la date précitée.
a. Aux termes de l'art. 175 LIFD, le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende (al. 1). En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait ; si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant et si elle est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2). Les art. 56 al. 1 LHID et 69 LPFisc prévoient une réglementation similaire.
b. Pour qu'une soustraction fiscale soit réalisée, trois éléments doivent dès lors être réunis : la soustraction d'un montant d'impôt, la violation d'une obligation légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier (arrêt du Tribunal fédéral 2C_907/2012 du 22 mai 2012 consid. 5 ; ATA/686/2017 du 20 juin 2017 consid. 36b). Les deux premières conditions sont des éléments constitutifs objectifs de la soustraction fiscale, tandis que la faute en est un élément constitutif subjectif (Pietro SANSONETT/Danielle HOSTETTLER, in Commentaire romand LIFD, Yves NOËL/Florence AUBRY/GIRARDIN [éd.], 2ème éd., 2017, ad art. 175, p. 1986 n. 7 ss ; Xavier OBERSON, op. cit. p. 586 ss n. 15 ss).
b. Le fait que le contribuable ait obtenu de faux renseignements de la part d'une fiduciaire mandatée par lui ne joue pas de rôle dans la détermination de la négligence (Pietro SANSONETT/Danielle HOSTETTLER, op. cit., ad art. 175 n. 38). En effet, les actes du représentant sont opposables au représenté comme les siens propres ; ce principe vaut également en droit public (arrêt du Tribunal fédéral 2C_280/2013 du 6 avril 2013). La responsabilité du mandant ne saurait être dissociée de celle de son mandataire. Le premier est responsable des actes de celui qui le représente et répond de toute faute de ses auxiliaires (ATA/370/2015 du 21 avril 2015 consid. 6b ; ATA/140/2015 du 3 février 2015 et les références citées). En particulier, le contribuable qui mandate une fiduciaire pour remplir sa déclaration d'impôt n'est pas pour autant libéré de sa responsabilité et de ses obligations fiscales. Il doit, le cas échéant, supporter les inconvénients d'une telle intervention et répond de l'erreur de l'auxiliaire qu'il n'instruit pas correctement ou dont il ne contrôle pas l'activité (RDAF 2003 II 632, 637 ; RDAF 1999 II 535 ; Xavier OBERSON, op. cit., p. 588). Lorsqu'un contribuable signe sa déclaration fiscale, conformément à l'art. 124 al. 2 LIFD, il endosse la responsabilité de la véracité des indications qui s'y trouvent ; il répond ainsi lui-même des infractions fiscales commises si une faute lui est imputable ; il ne peut se libérer en faisant valoir qu'il s'est fait assister ou conseiller. Il ne faut en effet pas que le contribuable qui se fait représenter soit favorisé par rapport au contribuable qui remplit sa déclaration fiscale lui-même, par la possibilité de se soustraire à sa responsabilité en se retranchant derrière son représentant pour des fautes qui lui sont imputables (arrêt du Tribunal fédéral 2C_908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.5 et les références citées ; RDAF 2003 II 632, 639 ; ATA/687/2013 du 15 octobre 2013).
c. Si le contribuable a des doutes sur ses droits ou obligations, il doit faire en sorte de lever ce doute ou, au moins, en informer l'autorité fiscale (ATF 135 II 86 consid. 4.3 ; ATA/686/2017 du 30 juin 2017 consid. 36b ; ATA/907/2016 du 25 octobre 2016). La négligence implique de porter un jugement sur le comportement de l'auteur, en se demandant ce qu'il aurait pu et dû faire, et non de rechercher ce qu'il avait à l'esprit (ATA/686/2017 précité consid. 36b).
d. Il y a comportement intentionnel lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les informations données étaient incomplètes ou incorrectes ; si cette conscience est avérée, on peut alors présumer l'intention ou du moins le dol éventuel (Xavier OBERSON, op. cit., § 26 p. 587). Une telle présomption est difficile à renverser à teneur de la jurisprudence constante (ATF 114 Ib 27 consid. 3a ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 5.5 ; RDAF 2003 II 632 ss, notamment 637, et la jurisprudence citée).
b. La quotité de l'amende n'est pas fixée en fonction de l'intention de soustraire ou de la négligence qui peut être reprochée au contribuable mais de l'intensité de sa faute, qui doit être fixée en fonction de sa culpabilité (art. 48 de l'ancien CP dans sa teneur antérieure au 1er janvier 2007, ou art. 106 CP, en vigueur depuis cette date, mais dont la portée est inchangée). En revanche, le fait que l'auteur ait agi intentionnellement ou par négligence peut avoir une incidence sur l'intensité de la faute et, partant, sur la quotité de l'amende (ATA/686/2017 précité consid 37b ; ATA/513/2016 du 14 juin 2016 consid. 10).
c. En présence d'une infraction intentionnelle sans circonstances particulières, l'amende équivaut en principe au montant de l'impôt soustrait. Ce dernier constitue donc le premier critère de fixation de l'amende, la faute intervenant seulement, mais de manière limitée, comme facteur de réduction ou d'augmentation de sa quotité (art. 175 al. 2 LIFD et 69 al. 2 LPFisc ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_480/2009 du 16 mars 2010 consid. 6.2). Il convient notamment de réduire le montant de l'amende lorsque le contribuable a agi par négligence, celle-ci devant être considérée comme un cas de faute légère au sens de l'art. 175 LIFD (Diane MONTI, Les contraventions fiscales en droit fiscal harmonise, 2001, p. 70).
d. Selon l'art. 106 al. 3 CP, applicable par les renvois respectifs des art. 333 CP et 82 LPFisc, le juge fixe l'amende en tenant compte de la situation de l'auteur afin que la peine corresponde a la faute commise. Les principaux éléments a prendre en considération sont ainsi le montant de l'impôt élude, la manière de procéder, les motivations, de même que les circonstances personnelles et économiques de l'auteur (arrêts du Tribunal fédéral 2C_180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 9.1 et 2C_851/2011 du 15 août 2012 consid. 3.3).
Depuis le 1er octobre 2002 a été abroge l'art. 72 CP, qui prévoyait la possibilité d'interrompre le délai de prescription de l'action pénale (RO 2002 2993). Afin de compenser le raccourcissement de l'ensemble des délais de prescription fixés par le droit pénal accessoire, la loi fédérale du 22 mars 2002 relative a la prescription de l'action pénale (RO 2002 2986 ; FF 2002 2512) a introduit une réglementation transitoire a l'art. 333 al. 5 CP (aujourd'hui al. 6).
Selon l'art. 333 al. 6 let. b CP, jusqu'a l'adaptation des autres lois fédérales, les délais de prescription de l'action pénale pour les contraventions qui dépassent un an sont augmentés d'une fois la durée ordinaire. En ce qui concerne la soustraction d'impôt consommée, le délai passe ainsi de dix a vingt ans (voir également le Message du Conseil fédéral du 2 mars 2012 relatif a la loi fédérale sur l'adaptation de la LIFD et de la LHID aux dispositions générales du code pénal, FF 2012 2654). L'art. 333 al. 6 let. d CP dispose quant a lui que la prescription de l'action pénale ne court plus jusqu'a l'adaptation des autres lois fédérales si, avant son échéance, un jugement de première instance a été rendu.
Malgré l'abrogation de l'art. 72 CP, la LIFD n'a toujours pas adapte son texte au nouveau droit et prévoit la possibilité d'interrompre la prescription de l'action pénale. Ainsi, selon l'art. 184 al. 2 LIFD, la prescription est interrompue par tout acte de procédure tendant a la poursuite du contribuable ou de l'une des personnes visées a l'art. 177 LIFD. L'interruption est opposable tant au contribuable qu'a ces autres personnes. Un nouveau délai commence a courir a chaque interruption ; la prescription ne peut toutefois être prolongée de plus de la moitie de sa durée initiale (art. 184 al. 2 LIFD). Il s'ensuit que par le jeu de l'art. 184 al. 1 let. b et al. 2 LIFD, la poursuite pour soustraction fiscale consommée se prescrit après quinze ans, ce délai ne pouvant pas être prolonge (arrêt du Tribunal fédéral 2C_180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 5.2.2 ; 2C_651/2012 du 28 septembre 2012 consid. 3.1 ; ATA 686/2017 du 20 juin 2017 consid. 38a ; ATA/558/2014 du 17 juillet 2014 consid. 6c ; ATA/37/2014 du 21 janvier 2014).
b. En matière d'ICC, la LHID prévoit les mêmes délais que l'art. 184 al. 2 LIFD (art. 58 al. 2 et 3 LHID) en matière de soustraction fiscale consommée.
La législation cantonale disposait, jusqu'au 31 décembre 2001, que la prescription de l'action pénale était de cinq ans, non comprise l'année courante (art. 341A de la loi sur les contributions publiques du 9 novembre 1887 dans son état à la date précitée - D 3 1 - aLCP). Ce délai commençait a courir, conformément a la jurisprudence y relative (ATA/686/2017 précité consid. 38b ; ATA/558/2014 précité consid. 6e et les arrêts cités), dès la commission de l'infraction. Bien que l'aLCP ne comportât pas de prescription absolue, l'amende pour soustraction d'impôt était, en raison de son caractère pénal, soumise a un délai de prescription absolue de dix ans, conformément a la jurisprudence et au droit pénal spécifique applicable a ce type de sanction a l'époque (ATA/686/2017 précité consid. 38b ; ATA/558/2014 précité consid. 6e et les arrêts cités ; ATA/346/2006 du 20 juin 2006 et les références citées).
Au vu de ce qui précède, l'art. 341A aLCP était contraire a la LHID pour l'année fiscale 2001. Par conséquent, en application de l'art. 72 LHID, la prescription de l'action pénale pour soustraction a l'ICC 2001 doit être régie exclusivement par la LHID. La prescription relative de l'action pénale pour l'année fiscale 2001 est donc de dix ans (art. 58 al. 2 LHID), et la prescription absolue de quinze ans (art. 58 al. 3 LHID ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_276/2014 du 22 janvier 2015 consid. 5.1 ; ATA/686/2017 précité consid. 38b ; ATA/558/2014 précité consid. 4c).
b. En revanche, au vu de la teneur des dispositions légales précitées, le droit de sanctionner les infractions n'est pas prescrit pour les exercices 2002 à 2007.
De même, le recourant admet lui-même avoir été assisté par un bureau fiduciaire pour l'établissement de sa comptabilité et de sa déclaration d'impôt, lequel ne pouvait pas ignorer non plus que les déductions litigieuses n'étaient pas conformes au droit.
De telles circonstances ne permettent pas de retenir une négligence. Le recourant a commis une infraction intentionnelle, à tout le moins par dol éventuel, vu le caractère reconnaissable de la prestation appréciable en argent et conformément à la jurisprudence constante du Tribunal fédéral en la matière.
En raison du caractère systématique du comportement adopté et de la durée de l'infraction, la fixation d'une amende de 1,25 fois le montant de l'impôt soustrait apparaît conforme aux principes développés ci-dessus et proportionnée à la faute commise et aux circonstances du cas d'espèce.
Compte tenu de ce qui précède, le recours sera partiellement admis en raison du constat de la prescription intervenue pour les amendes couvrant l'exercice 2001. Il sera rejeté pour le surplus, le jugement du TAPI du 3 mai 2016 étant confirmé par substitution des motifs au sens des considérants.
Vu l'issue du litige, un émolument légèrement réduit de CHF 1'000.- sera mis à la charge du recourant (art. 87 al. 1 LPA). Aucune indemnité de procédure ne lui sera allouée vu les raisons de l'admission partielle et le fait que le recourant succombe pour l'essentiel (art. 87 al. 2 LPA).
PAR CES MOTIFS LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE
à la forme :
déclare recevable le recours interjeté le 6 juin 2016 par Monsieur A______ contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 3 mai 2016 ;
au fond :
l'admet partiellement ;
constate la prescription du droit de procéder à la taxation en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal pour l'exercice fiscal 2001 ;
constate la prescription du droit de sanctionner la soustraction fiscale en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal pour l'exercice fiscale 2001 ;
confirme le jugement du Tribunal administratif de première instance du 3 mai 2016 pour le surplus ;
met un émolument de CHF 1'000.- à la charge de Monsieur A______ ;
dit qu'il n'est pas alloué d'indemnité de procédure ;
dit que conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l'envoi ;
communique le présent arrêt à Me Romain Jordan, avocat du recourant, à l'administration fiscale cantonale, à l'administration fédérale des contributions, ainsi qu'au Tribunal administratif de première instance.
Siégeant : Mme Junod, présidente, MM. Dumartheray et Verniory, juges.
Au nom de la chambre administrative :
le greffier-juriste :
F. Scheffre
la présidente siégeant :
Ch. Junod
Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties.
Genève, le
la greffière :