POUVOIR JUDICIAIRE
A/252/2014-ICCIFD ATA/1019/2015
COUR DE JUSTICE
Chambre administrative
Arrêt du 29 septembre 2015
4ème section
dans la cause
A______ SA représentée par SFG CONSEIL SA, mandataire
contre
ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE et ADMINISTRATION FÉDÉRALE DES CONTRIBUTIONS
Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 8 décembre 2014 (JTAPI/1371/2014)
EN FAIT
A______ SA (ci-après : A______ ou la société), dénommée jusqu'en 2011 B______ SA, est une société anonyme inscrite jusqu'en 2014, année de sa mutation dans le canton de Fribourg, au registre du commerce du canton de Genève, dont le but statutaire consistait à offrir tous les services entrant dans le domaine d'activités d'une fiduciaire. Monsieur B______ en était administrateur, avec la fonction de président.
Le 14 décembre 1999, M. B______ a constitué à Chypre, avec Monsieur C______, un partenariat, initialement dénommé « B______ C______ », puis, dès 2004, « B______» (ci-après : le partenariat), suite à la participation de Monsieur D______ et de A______, cette dernière en tant que commanditaire. Le partenariat s'est vu accorder, lors de sa constitution, l'autorisation d'exercer une activité commerciale à Chypre par la Central Bank of Cyprus (ci-après : CBC) et détenait les actions de plus d'une dizaine de sociétés incorporées dans divers États, dont le Panama et les Îles Vierges britanniques.
a. Dans sa déclaration fiscale pour l'année 2004, transmise à l'administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE) en juillet 2005, A______ a déclaré un bénéfice net de CHF 220'853.- et un bénéfice imposable dans le canton du même montant. La rubrique « 63.10 Taux de la réduction pour participations ayant une influence déterminante au sens des art. 21 LIPM, 69 et 70 LIFD selon détail annexé » mentionnait « 71.296 % » en raison de participations, d'un rendement net de CHF 157'460.-.
b. Elle a joint à sa déclaration, pour l'exercice 2004, son bilan, mentionnant un bénéfice au bilan de CHF 4'960'383.-, dont CHF 220'853.- réalisés durant l'exercice, et les postes « débiteurs » et « travaux en cours », ainsi que le compte de profits et pertes indiquant les postes « provision sur débiteurs et travaux en cours » et « frais refacturés sur mandats ».
Par bordereaux du 21 décembre 2005, l'AFC-GE a établi l'imposition de A______ pour l'année 2004 à CHF 37'987.05 pour l'impôt cantonal et communal (ci-après : ICC) et à CHF 5'387.10 pour l'impôt fédéral direct (ci-après : IFD), sur la base d'un bénéfice imposable de CHF 220'853.- et d'un capital imposable de CHF 5'622'280.-. N'ayant pas été contestée, cette taxation est entrée en force.
a. Dans sa déclaration fiscale pour l'année 2005, transmise à l'AFC-GE en juillet 2006, A______ a déclaré un bénéfice net de CHF 586'897.-. Dans les rubriques « 93.10 Bénéfice net non imposable en Suisse » et « 93.20 Bénéfice net non imposable dans le canton », elle a fait état d'un montant de CHF 1'176'726.-, le bénéfice net imposable dans le canton étant de « - CHF 589'829.- ».
b. Elle a joint à sa déclaration :
son bilan de l'exercice 2005, qui mentionnait un bénéfice au bilan de CHF 5'535'280.-, dont CHF 586'897.- réalisés durant l'exercice, et les postes « débiteurs » et « travaux en cours », ainsi que le compte de profits et pertes de l'exercice 2005 indiquant des « revenus de participation » par CHF 1'176'726.-, une « provision sur débiteur et travaux en cours » et des « frais refacturés sur mandats » ;
l'annexe aux comptes 2005 et 2004, qui comportait la rubrique « participations importantes », sous laquelle était indiqué « B______, but : activités fiduciaires, commandite » et les montants de CHF 207'844.- en 2005 et 2004 ;
un tableau intitulé « répartition internationale du bénéfice au 31.12.2005 » qui mentionnait, à la rubrique « revenus établissement stable », le montant de CHF 1'176'726.- attribué à l'étranger. Le bénéfice total s'élevait à CHF 586'897.-, à savoir le montant réalisé en Suisse (- CHF 589'829.-), additionné à celui perçu à l'étranger (CHF 1'176'726.-).
b. M. C______ et son épouse, dans leurs déclarations fiscales pour les années 2002, 2003, 2005, 2006 et 2007, en ont fait de même, mentionnant un bénéfice découlant de l'activité auprès de la société en 2002 et en 2003, ainsi qu'un bénéfice résultant de l'activité auprès du partenariat en 2002, 2003, 2005, 2006 et 2007.
c. Tant M. B______ que M. C______ ont joint à leurs déclarations le bilan de la société et les comptes commerciaux du partenariat pour les années correspondantes.
Sur cette base, l'AFC-GE a établi l'imposition de M. B______ pour les années 2003 et 2004 et de M. C______ pour les années 2002, 2003, 2005, 2006 et 2007 en prenant en compte les revenus tirés de l'activité auprès du partenariat pour le seul taux de l'impôt. N'ayant pas été contestés, ces bordereaux sont entrés en force.
Par courrier du 8 janvier 2007, réitéré le 12 février 2007, l'AFC-GE a écrit à A______, la priant, afin de pouvoir procéder à sa taxation pour l'année 2005, de lui fournir notamment « le détail et tous renseignements utiles concernant le poste "revenus des participations" de CHF 1'176'726.- » attribué à la catégorie « étranger » dans la répartition internationale du bénéfice au 31 décembre 2005.
a. Le 28 février 2007, A______ a répondu à l'AFC-GE que le montant de CHF 1'176'726.- mentionné à la rubrique « revenus des participations » des états financiers au 31 décembre 2005 correspondait à la rémunération de la société « en tant que Limited Partner dans le partnership chypriote B______», ce qui découlait des états financiers du partenariat.
b. Elle a notamment annexé à son courrier les comptes commerciaux du partenariat pour l'année 2005 établis par la société Ernst & Young SA mentionnant un bénéfice de CHF 1'300'328.- en 2005 et CHF 695'868.- en 2004, dont les montants de CHF 831'726.- en 2005 et CHF 345'000.- en 2004 attribués à « B______ SA », soit un total de CHF 1'176'726.- indiqué dans ce document. Ses charges, qui se montaient, en 2005, à CHF 108'352.- pour des produits par CHF 1'408'680.- et en 2004 à CHF 451'406.- pour des produits par CHF 1'147'275.-, comportaient le poste « staff costs », pour un employé, d'un montant de CHF 25'740.- en 2005 et de CHF 24'667.- en 2004.
Par courrier du 14 mars 2007, réitéré le 14 juin 2007, l'AFC-GE a invité A______ à lui transmettre une attestation d'assujettissement du partenariat à l'impôt à Chypre ainsi que les justificatifs des impôts payés dans ce pays pour l'année 2005.
Le 29 juin 2007, A______ a transmis à l'AFC-GE :
une attestation établie le 29 juin 2007 par le ministre des finances chypriote selon laquelle elle disposait d'un établissement à Chypre, dont le bénéfice était assujetti dans ce pays depuis le 1er janvier 2005 ;
sa déclaration d'impôt à Chypre pour l'année 2005 mentionnant un bénéfice imposable, avant impôt, de CYP 309'814.-, soit CHF 831'726.- au cours de 2.6846 ;
un ordre de paiement du partenariat du 22 juin 2007 à sa banque d'un montant de CYP 31'562.24, en faveur de la CBC portant la mention « Cyprus tax ».
Par bordereau du 23 juillet 2007, l'AFC-GE a établi l'imposition de A______ pour l'année 2005 à CHF 25'054.20 sur la base d'un bénéfice imposable de CHF 586'897.- et d'un capital imposable de CHF 6'209'177.-, la société n'étant pas taxable sur la base de l'IFD. Le montant de CHF 1'176'726.- n'était pas imposable en Suisse. N'ayant fait l'objet d'aucune contestation, cette taxation est entrée en force.
Le 4 décembre 2009, l'AFC-GE a requis de M. B______ des informations complémentaires concernant sa déclaration d'impôt personnelle pour l'année 2005, le priant de lui indiquer la nature exacte de l'activité exercée par le partenariat à Chypre et de lui transmettre copie du contrat de bail à loyer des locaux occupés par celui-ci.
a. Le 15 décembre 2009, M. B______ lui a répondu que le partenariat exerçait l'activité pour laquelle il avait été autorisé par la BCB, conformément à la description figurant dans les états financiers annexés aux déclarations d'impôt, sous la conduite, sur place, de Madame E______.
b. Il a notamment joint à son courrier :
un « agreement » conclu le 22 octobre 2001 entre la F______ Ltd et le partenariat portant sur des locaux dans un immeuble à G______, pour un loyer mensuel de CYP 170.- ;
un acte autorisant l'enregistrement du partenariat auprès de la CBC du 9 décembre 1999, subordonnant l'autorisation d'exercer une activité économique à la condition de disposer de locaux, équipés pour une utilisation commerciale, et d'employer du personnel.
Le 15 avril 2010, l'AFC-GE a sollicité de M. B______ des précisions au sujet du partenariat, à savoir l'identité du personnel travaillant à Chypre et ses qualifications professionnelles, le travail effectif des associés à l'endroit et depuis l'endroit où était situé le partenariat et le nombre de jours durant lesquels ils étaient sur place, la nature et la localisation des activités exercées par le partenariat, ainsi que le lien entre les activités chypriotes et genevoises, notamment celui entretenu avec la société.
Le 20 mai 2010, M. B______ a expliqué à l'AFC-GE que le bureau du partenariat était dirigé par Mme E______, qui « sous-trait[ait] des tâches d'assistance administrative ». Après avoir assuré la direction de la succursale chypriote de la banque genevoise H______ SA, dont il était actionnaire et directeur général et qui faisait partie d'un ensemble de sociétés financières et bancaires, sous l'égide du groupe I______, implantées principalement en Russie et dans les pays de l'Est, Mme E______ avait été engagée par le partenariat, lequel avait au demeurant repris une partie des activités du groupe lors de son démantèlement en 2000. Il s'agissait en particulier de mandats d'administration de sociétés de domicile et de holding à l'étranger, en faveur d'une clientèle exclusivement étrangère, qui consistaient en des fonctions d'administrateur de sociétés, de fiducie ou de trustee exercés par les filiales détenues par le partenariat dans de nombreux pays, à l'exclusion de la Suisse. Seuls les honoraires en lien avec ces mandats, qui ne requéraient qu'un travail restreint, étaient facturés par le partenariat ou ses filiales, cette activité, exclusivement exercée par Mme E______ à Chypre, n'ayant pas nécessité la présence des associés dans ce pays en 2005. En revanche, les activités ayant requis des services professionnels avaient été exercées et facturées selon un tarif horaire, en fonction de chaque collaborateur, par la société sise à Genève. Suite à l'entrée de Chypre dans l'Union européenne, les activités du partenariat avaient diminué, pour s'éteindre en 2007.
Par bordereaux du 1er décembre 2010, confirmé par décisions sur réclamation du 6 juillet 2011, l'AFC-GE a établi l'imposition de M. B______ et de son épouse en imposant leur part du résultat du partenariat à Genève, le bureau chypriote ne pouvant être reconnu comme un établissement stable à l'étranger, comme le confirmait son courrier du 20 mai 2010.
Le 26 mars 2012, l'AFC-GE a informé A______ de l'ouverture d'une procédure en rappel et en soustraction d'impôt pour les années fiscales 2004, 2005, 2009 et 2010. De nouveaux éléments avaient été portés à sa connaissance laissant présager que ses déclarations fiscales pour les années correspondantes étaient inexactes ou incomplètes s'agissant du partenariat à Chypre. Celui-ci ne pouvant être considéré comme un établissement stable, des reprises, par CHF 664'567.- en 2004 et CHF 1'479'567.- en 2005, étaient envisagées. Un délai lui était imparti pour se déterminer à ce sujet et produire les comptes des exercices 2009 et 2010.
L'AFC-GE a également ouvert une telle procédure à l'encontre de MM. B______ et C______ pour les mêmes motifs, à laquelle ceux-ci se sont opposés.
Le 4 mai 2012, l'AFC-GE a procédé à l'audition de M. B______, représenté par son conseil, également avocat de A______. Les associés du partenariat voyageaient dans de nombreux pays, dans lesquels des prestations de service étaient rendues, les honoraires liés à ce travail de consultant ayant été facturés depuis Genève. Le partenariat avait également une autre activité, exercée à Chypre par Mme E______, de « responsabilité fees ».
Par courrier du 4 juin 2012, A______ a expliqué à l'AFC-GE que le partenariat, actuellement en liquidation, avait employé Mme E______, qui avait assumé les fonctions de directrice et d'animatrice, au vu de ses connaissances approfondies en matière financière, de gestion des structures, tant de sociétés, de trusts ou de fondations, et d'opérations de détention d'actifs à titre fiduciaire. Par le biais de ses filiales, le partenariat détenait ainsi des actifs à titre fiduciaire pour des clients, notamment originaires d'Europe de l'Est, et fonctionnait comme organe dirigeant de sociétés étrangères ou de trustee. Le chiffre d'affaires réalisé par la société genevoise provenait essentiellement des activités de conseil de MM. B______ et C______, facturées sur la base d'un tarif horaire, en matière patrimoniale et fiscale, fournie aux ayants droit économiques des structures mises en place à l'étranger. Pour ces mêmes clients, le partenariat percevait, directement ou par l'intermédiaire des sociétés qu'il détenait, les frais de constitution et les coûts de maintenance des structures proposées, ainsi que des honoraires dits de responsabilité pour les fonctions de trustee ou de membre du conseil d'administration des sociétés. Il avait ainsi perçu 20 % du total des honoraires engendrés par le traitement de ces dossiers, alors que le solde, de 80 %, avait été réalisé par la société. La structure mise en place n'avait donc pas pour objectif de « transférer du chiffre d'affaires à Chypre ».
Le 25 juin 2012, l'AFC-GE a requis de A______ des explications détaillées au sujet de l'activité déployée dans le cadre du partenariat pour chaque type de revenu, comportant le nom de la personne ayant effectué cette tâche et du client, ainsi que la production des factures relatives aux « performance fees », « advisory fees », « management fees », « directors fees » et « other fees », de même que les contrats de fiducie pour les biens détenus à titre fiduciaire.
Par courrier du 17 août 2012, A______ a répondu à l'AFC-GE que les revenus des entités détenues par le partenariat consistaient principalement en « commissions (rétrocessions) », en « fees (honoraires pour fonction de membre d'un conseil d'administration et autres structures) », en « profit on foreign exchange (gains de change) », en « dividendes d'autres filiales » et en d'autres revenus. Les contrats de fiducie n'avaient pas été conservés par le partenariat en raison du transfert de cette activité à une autre société. Elle a joint à sa lettre divers documents, dont la liste des filiales détenues par le partenariat, accompagnée d'un récapitulatif des produits consolidés.
Le 23 août 2012, l'AFC-GE a réitéré sa demande, requérant la production des contrats de fiducie pour chaque entité ayant détenu des biens à titre fiduciaire.
Le 14 septembre 2012, A______ a précisé que l'essentiel des opérations encaissées par le partenariat se rapportait à des honoraires de responsabilité, soit de trustee ou de membre d'un conseil. Elle a annexé à son courrier divers documents contractuels.
Les 9 novembre et 18 décembre 2012, l'AFC-GE a invité A______ à lui fournir le contrat de travail ou de mandat de Mme E______, ainsi que le détail des factures du partenariat pour chaque année concernée et lui a indiqué qu'au regard de tous les éléments du dossier, la quotité de l'amende s'élèverait aux trois quarts de l'impôt soustrait. Elle lui a en outre transmis un tableau établi sur la base des comptes statuaires du partenariat.
Le 1er février 2013, A______ s'est déterminée, contestant le bien-fondé de l'ouverture d'une procédure en rappel et en soustraction d'impôt pour les années 2002 à 2007. Dans son courrier du 20 mai 2010, M. B______ ne lui avait pas communiqué d'éléments nouveaux, dont elle n'avait pas déjà connaissance au moment de procéder aux taxations litigieuses ou qu'elle aurait pu obtenir par le biais d'une simple demande de renseignements. Elle ne pouvait dès lors, de bonne foi, se fonder sur ce document pour ouvrir une procédure en rappel d'impôt, pas davantage que sur le seul montant du salaire perçu par Mme E______, dont la rémunération, composée d'une partie en nature, correspondait à celle versée à Chypre pour ce type de fonction. Les éléments constitutifs d'une soustraction d'impôt n'étaient pas non plus réalisés, ce d'autant qu'en 2002, les critères d'appréciation relatifs à la substance nécessaire en vue de la reconnaissance d'un établissement stable étaient moins rigoureux qu'à l'heure actuelle, en conformité avec la pratique de l'époque.
En tout état de cause, la méthode utilisée pour déterminer le revenu imposable à Genève n'était pas non plus correcte, dès lors qu'elle visait à appliquer aux salaires et aux dépenses opérationnelles du partenariat un « cost plus » 20 %. Cette méthode devait être remplacée par une allocation exclusive, à hauteur de 100 %, des revenus et rétrocessions issus des activités du partenariat, lesquelles ne pouvaient être réalisées qu'à Chypre, en l'absence de reconnaissance en Suisse de l'institution du trust. Les états financiers versés au dossier permettant de déterminer avec précision les revenus générés par les activités effectives du partenariat, seule la méthode de répartition du bénéfice imposable de l'établissement étranger selon les activités déployées respectivement à Chypre et à Genève était économiquement et juridiquement justifiée. Ainsi, de 2002 à 2007, le partenariat avait réalisé 54 % de ses revenus par ses activités déployées à Chypre, soit CHF 3'969'605.- sur un total de CHF 7'337'195.-.
Le 12 février 2013, l'AFC-GE a invité A______ à lui fournir des explications et le détail des revenus réalisés à Chypre et a requis la production de l'acte constitutif du partenariat. Elle les a également invités à la renseigner sur le travail des associés, effectué à l'endroit ou de l'endroit où était situé le partenariat, ainsi que le nombre de jours pendant lesquels ils étaient physiquement sur place.
Le 28 février 2013, A______ a expliqué à l'AFC-GE qu'il n'existait pas d'acte constitutif du partenariat, hormis l'autorisation d'exercer une activité économique délivrée par la CBC le 9 décembre 1999, qui fixait un certain nombre d'exigences et confirmait la place déterminante occupée par Mme E______ au sein de la structure. Les associés du partenariat avaient effectué de nombreux voyages à l'étranger, dans des États tiers, notamment en vue de la promotion de services dits de responsabilité pour les fonctions de trustee ou de membre du conseil d'administration des sociétés, prestations fournies par l'entité chypriote. Ils ne s'étaient toutefois que ponctuellement rendus à Chypre, à savoir quelques jours par année, M. D______ n'y étant, quant à lui, jamais allé.
Par courriers du 3 juillet 2013, l'AFC-GE a informé A______ que les procédures en rappel et en soustraction d'impôt concernant l'ICC et l'IFD des années 2004 et 2005 étaient terminées.
a. Le même jour, l'AFC-GE a notifié à A______ des bordereaux de rappel d'impôt ICC et IFD pour les années 2004 et 2005. Pour 2004, l'imposition était fixée à CHF 112'248.40 pour l'ICC et à CHF 32'261.45 pour l'IFD, sur la base d'un bénéfice imposable dans le canton et en Suisse de CHF 537'013.-. Pour 2005, elle était établie à CHF 70'938.80 pour l'ICC et à CHF 17'102.- pour l'IFD, sur la base d'un bénéfice imposable dans le canton et en Suisse de CHF 201'256.-. Pour les années 2009 et 2010, les procédures étaient closes, sans suppléments d'impôts ni amende.
b. Selon l'avis de taxation annexé, la quote-part du bénéfice du partenariat attribué à la Suisse était réintégrée dans le bénéfice imposable, sous déduction de la quote-part du bénéfice attribué à Chypre.
Il mentionnait en particulier, pour 2004, au titre du bénéfice net, le montant de CHF 220'853.- à la rubrique « bénéfice net selon compte de profits et pertes de l'exercice » et de CHF 345'000.- sous « autres », correspondant à la quote-part du bénéfice du partenariat à Chypre, le montant de - CHF 28'840.- relatif à la quote-part attribuée à Chypre, ainsi que 29.321 % au titre de « réduction pour participation ayant une influence déterminante au sens des art. 21 et 45A LIPM, 69, 70 et 207a LIFD ».
Pour 2005, il indiquait, au titre du bénéfice net, le montant de CHF 241'897.- à la rubrique « bénéfice net selon compte de profits et pertes de l'exercice » correspondant au résultat du partenariat en 2005 de CHF 831'726.- (« au lieu de CHF 1'176'726.- qui est le cumul des années 2004 et 2005 ») dont était soustrait le résultat en Suisse, de CHF 589'829.-. Le bénéfice net non imposable en Suisse était fixé à CHF 40'641.-.
A______ n'avait déclaré le bénéfice du partenariat que pour le taux de l'imposition, alors que les décisions importantes avaient été prises par les associés à Genève, seul un travail administratif, de services, ayant été accompli à Chypre. La société n'avait ainsi pas été imposée selon sa réelle capacité contributive. Il en résultait une soustraction d'impôt due à une négligence, la pénalité correspondant à la moitié du montant de l'impôt soustrait.
Elle reprenait en substance les arguments développés dans ses précédents courriers, indiquant que les conditions d'ouverture des procédures en rappel et en soustraction d'impôt n'étaient pas réalisées. L'activité du partenariat était connue de l'AFC-GE pour lui avoir été communiquée durant les périodes fiscales concernées, le courrier de M. B______ du 20 mai 2010 ne contenant aucun fait nouveau. Les éléments constitutifs objectifs et subjectifs de la soustraction d'impôt n'étaient pas non plus réalisés, en l'absence de preuve d'une quelconque intention délictuelle.
L'utilisation de la méthode du coût majoré ne se justifiait pas non plus pour avoir été appliquée à une partie non représentative des frais engendrés par le partenariat, dont les activités, menées par Mme E______, ne pouvaient être effectuées qu'à Chypre, en l'absence de reconnaissance en Suisse de l'institution du trust. Les voyages réalisés par les associés à l'étranger, notamment en Angleterre et en Russie, se limitaient à la promotion des activités spécifiques au partenariat, une grande partie des montants facturés par celui-ci provenant au surplus des services fournis sur place, par des tiers consultants. La méthode appliquée par l'AFC-GE se justifiait d'autant moins que cette autorité disposait des états financiers en lien avec les activités du partenariat à Chypre, de sorte que le bénéfice imposable devait se fonder exclusivement sur les factures adressées aux clients, directement ou par le biais de ses filiales, étant précisé que le partenariat n'avait fourni ni bien, ni service à la société genevoise. Sur la base des chiffres d'affaires totaux générés à Chypre, de CHF 7'337'195.- selon les comptes statutaires, 46 % devaient être concédés au canton de Genève, soit CHF 3'367'590.-. Par ailleurs, les revenus attribués à tort à la société genevoise pour les années 2004, 2005, 2007 et 2009 devaient bénéficier de la réduction pour participations pour la part correspondant à des dividendes versés par les filiales détenues à 100 % par le partenariat.
Les informations figurant dans le courrier de M. B______ du 20 mai 2010 étaient de nature à remettre en cause l'ensemble des taxations des associés du partenariat, qui devait être imposé à Genève, le bureau chypriote ne pouvant être reconnu comme un établissement stable à l'étranger. En présence de faits nouveaux, pertinents et décisifs, elle était en droit d'ouvrir la procédure litigieuse, ce d'autant qu'aucun indice ne lui permettait, à l'époque, de mettre en doute l'exactitude des déclarations fiscales 2004 et 2005. A______ lui avait transmis des informations inexactes et incomplètes et, en déclarant l'activité du partenariat uniquement pour le taux, elle n'avait pas été imposée selon sa réelle capacité contributive. M. B______, qui était l'administrateur de la société, possédait manifestement les connaissances suffisantes pour se rendre compte du caractère erroné de ces déclarations, de sorte que A______ s'était rendue coupable, à tout le moins par négligence, d'une soustraction d'impôt.
La méthode « cost plus », consistant à appliquer aux salaires et dépenses opérationnelles un certain pourcentage, de 20 %, puis à répartir le bénéfice ainsi calculé entre les associés, se justifiait, puisque tout le travail de marketing, de recherche de clientèle et de gestion de fortune était exercé à Genève par les associés, leur présence à Chypre n'étant pas nécessaire, étant précisé qu'aucun frais de voyage n'avait été comptabilisé dans les charges du partenariat, d'autant plus que le travail fourni par Mme E______ était de nature exclusivement administrative, notamment au regard du salaire perçu pour ses services. Même si celle-ci exerçait une activité au sein des filiales détenues par le partenariat, elle ne concernait toutefois pas directement ce dernier et dépassait le cadre des reprises d'impôt. Le partenariat avait du reste été constitué de cette manière uniquement pour répondre aux exigences du droit chypriote et ne permettait pas de présager l'existence d'une structure ayant une réelle substance.
Elle reprenait en substance les arguments figurant dans ses précédentes écritures, contestant la réalisation des conditions d'ouverture des procédures en rappel et en soustraction d'impôt. Dans sa correspondance du 20 mai 2010, M. B______ n'avait fait état d'aucun élément nouveau dont l'AFC-GE n'avait pas déjà connaissance au moment d'établir les bordereaux litigieux, les revenus du partenariat ayant été régulièrement déclarés. L'AFC-GE n'avait du reste pas démontré en quoi les déclarations d'impôt étaient inexactes ou incomplètes. Aucune négligence ne pouvait être reprochée à M. B______, dans la mesure où les critères pour reconnaître la substance nécessaire à la structure mise en place, qui exerçait une activité distincte de celle de la société et disposait de son personnel et de ses locaux propres, étaient moins rigoureux à l'époque de sa constitution qu'actuellement, étant précisé que l'organe de révision avait approuvé ses comptes, sans émettre la moindre réserve à cet égard.
Le partenariat constituait une installation permanente d'affaires à l'étranger, au travers de laquelle s'effectuait une partie qualitativement et quantitativement importante de l'activité de la société suisse. Les services qu'il proposait, à une clientèle internationale, entraient dans le cercle de l'activité principale de la société, les revenus générés étant au demeurant substantiels. Le partenariat ne déployait toutefois pas les mêmes activités que la société, qui étaient celles d'une fiduciaire, puisque le travail effectué à Chypre était celui d'une « trust company », au sein de laquelle Mme E______ occupait la fonction de « trust officier », à savoir une position centrale générant des profits et des risques importants. La structure chypriote n'était ainsi pas administrée depuis la Suisse et percevait directement les honoraires liés à la constitution et à l'administration des montages proposés aux clients, ainsi que des honoraires de responsabilité pour les fonctions de trustee, revenus récompensant les activités déployées par Mme E______. Par ailleurs, une grande partie des honoraires facturés par le partenariat provenait de services fournis par les filiales, qui n'étaient pas à Genève. Quant aux frais de déplacement des associés, ils étaient facturés par la société, comme 80 % des honoraires facturés par la société suisse, raison pour laquelle ils étaient comptabilisés en charge dans les comptes de la société suisse et non dans ceux du partenariat.
Les états financiers permettaient précisément de déterminer les revenus et le bénéfice générés par les activités du partenariat, qui n'avait fourni aucun bien ni service à la société suisse. D'ailleurs, une répartition internationale des revenus, à hauteur de 80 % en sa faveur et de 20 % pour le partenariat, des services rendus par Mme E______ à Chypre avait été facturée et comptabilisée, ce qui était très favorable à la société en Suisse.
Les conditions du rappel d'impôt étaient réalisées. A______ n'avait ainsi déclaré aucun revenu tiré du partenariat en 2004, dont elle n'avait eu connaissance qu'en 2005, la société ayant attribué un bénéfice à ce titre de CHF 1'176'726.- à un établissement stable à l'étranger. Au stade des taxations 2004 et 2005, aucun élément ne lui permettait de douter de l'exactitude des informations transmises par A______, de sorte qu'elle était fondée à s'y fier et à ne pas procéder à des investigations complémentaires. Elle n'avait ainsi eu connaissance de nouveaux éléments qu'à la lecture du courrier de M. B______ du 20 mai 2010, à savoir que le bureau du partenariat, dirigé par Mme E______, se limitait à sous-traiter des tâches d'assistance administrative, activité ne requérant pas la présence des associés à Chypre.
Sur le fond, les reprises étaient justifiées, puisqu'il ressortait du dossier que tout le travail de marketing, de recherches de clientèle et de gestion de fortune était exercé à Genève par les associés, en particulier des factures émises par le partenariat, visées par les intéressés et comportant un numéro de téléphone en Suisse. Par ailleurs, le compte de résultat du partenariat ne mentionnait pas d'activité opérationnelle à Chypre, mais seulement administrative, aucun frais de voyage n'y étant comptabilisé. Le partenariat ne disposait pas non plus d'acte constitutif, mais seulement d'une autorisation d'exercer une activité à Chypre et avait été constitué de cette manière pour répondre aux exigences de la CBC. Au regard de ces éléments, elle avait fait preuve de mansuétude en décidant d'appliquer la méthode du « cost plus » 20 %.
Dans la mesure où le bénéfice perçu à Chypre avait été intégré à celui réalisé en Suisse en 2004, la réduction pour participations avait subi une diminution, mathématique, passant de 71.296 % à 29.321 %. Pour l'année 2005, le montant du bénéfice attribué initialement à l'étranger avait été réintégré aux produits de l'activité déployée en Suisse, les comptes ne faisant état d'aucun dividende, contrairement à ceux de l'exercice 2004. Dès lors, aucune réduction pour participation ne devait être accordée en 2005.
Les conditions de la soustraction d'impôt étaient également réalisées, à tout le moins par négligence, puisque l'associé-gérant du partenariat, simultanément administrateur de A______, était conscient que les informations communiquées dans les déclarations fiscales litigieuses étaient inexactes et incomplètes. La soustraction d'impôt ayant porté sur des montants importants, sur plusieurs années, la quotité de l'amende devait correspondre à la moitié de l'impôt éludé.
En établissant la taxation 2005, l'AFC-GE ne s'était pas seulement fondée sur la déclaration fiscale remise par A______, mais avait également mené une enquête auprès de la société, laquelle avait expressément indiqué que le bénéfice réalisé à Chypre n'était pas imposable à Genève et avait justifié sa position au moyen d'une réponse laconique, incomplète. A______ n'avait ainsi pas fourni à l'autorité fiscale tous les éléments en sa possession, dont elle n'avait eu connaissance que par le courrier de M. B______ du 20 mai 2010, en particulier le fait que les associés ne s'étaient pas rendus à Chypre. S'agissant de la taxation 2004, A______ n'avait pas comptabilisé, pour l'exercice correspondant, le profit perçu du partenariat, cet élément justifiant à lui seul la procédure en rappel d'impôt.
La structure chypriote ne pouvant être considérée comme un établissement stable à l'étranger, les revenus du partenariat devaient être ajoutés à ceux de A______, en fonction de sa participation. Quand bien même le partenariat disposait de locaux à Chypre et qu'une structure dans ce pays pouvait être admise, il était pour le moins surprenant qu'un seul employé ait pu y réaliser un chiffre d'affaires dépassant le million de francs, ce d'autant que les associés n'y étaient pas présents, A______ n'ayant au demeurant pas démontré que le partenariat réunissait la substance nécessaire pour ne pas être imposé à Genève.
Puisque les reprises avaient eu pour effet une augmentation du bénéfice réalisé en 2004, la réduction pour prise de participation correspondante avait subi une diminution, mathématique. La société se prévalait, à tort, d'une réduction pour la période fiscale 2005, puisqu'elle n'avait déclaré aucun dividende pour cet exercice.
A______ n'ayant pas correctement comptabilisé les revenus découlant du partenariat, une perte pour la collectivité s'en était suivie. M. B______, simultanément administrateur de la société et associé du partenariat, avait à tout le moins agi par négligence, puisqu'il ne pouvait ignorer que le montant de CHF 1'176'726.- n'avait pas été correctement comptabilisé ni déclaré aux autorités fiscales, ni d'ailleurs qu'il n'avait pas correctement répondu à l'AFC-GE, cette autorité lui ayant au demeurant demandé de lui fournir des explications détaillées. Il ne lui avait ainsi pas transmis les informations dont il disposait, les lui ayant néanmoins ultérieurement communiquées dans le cadre de sa taxation personnelle, par courrier du 20 mai 2010. La quotité de l'amende, fixée à la moitié de l'impôt éludé, était proportionnée et prenait en compte non seulement la bonne collaboration de la société, mais également le fait que l'infraction portait sur plusieurs années et sur des montants importants.
Les conditions en vue de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt n'étaient pas réunies. Les revenus réalisés par les intéressés dans le cadre du partenariat ressortaient de manière claire et exacte de leurs déclarations fiscales, accompagnées des comptes et des états financiers de la structure chypriote. Il ne pouvait leur être reproché de ne pas avoir, à ce stade, fourni spontanément les renseignements portés ultérieurement à la connaissance de l'AFC-GE, dès lors qu'à leurs yeux, le partenariat constituait un établissement stable. Au moment de remettre leur taxation initiale, ils avaient ainsi transmis tous les éléments factuels à l'AFC-GE, à qui il appartenait de qualifier juridiquement le partenariat, en requérant, au besoin, des renseignements complémentaires auprès des intéressés, ce qu'elle n'avait pas fait. Cette situation relevait d'une mauvaise appréciation des faits et d'une mauvaise application du droit, qui ne pouvait donner lieu à un rappel d'impôt et encore moins à une amende pour soustraction fiscale, dont les conditions n'étaient d'ailleurs pas réalisées, en l'absence d'acte illicite ou de faute imputable aux intéressés.
Elle reprenait en substance les arguments développés dans ses précédentes écritures, précisant que la qualification juridique du partenariat constituait une question centrale au moment de la taxation initiale, qui ne pouvait échapper à l'AFC-GE. Dès lors que le partenariat constituait un établissement stable à l'étranger, les revenus devant lui être attribués, qui ressortaient clairement de ses déclarations fiscales 2004 et 2005, auxquelles elle avait annexé les comptes et états financiers, ne devaient pas être imposés à Genève, comme elle l'avait à juste titre indiqué dans ses déclarations fiscales. Il ne pouvait, à ce stade, lui être reproché de ne pas avoir communiqué à l'AFC-GE les informations transmises par M. B______ dans son courrier du 20 mai 2010, ce d'autant que la demande de renseignements de l'autorité fiscale était rédigée en des termes vagues et indéterminés. Cette situation ne pouvait ainsi donner lieu à un rappel d'impôt et encore moins à une amende.
Ni l'AFC-GE ni le TAPI n'avaient saisi le fonctionnement du modèle d'affaires utilisé par le partenariat, malgré les nombreuses explications fournies à ce sujet, qui consistait, pour les associés, à rencontrer des clients à l'étranger, en vue de leur prodiguer des conseils financiers, activité rétribuée par le paiement d'honoraires perçus exclusivement par A______ et imposés à Genève. Les structures proposées par les associés étaient ensuite constituées et administrées soit par le partenariat, dirigé par Mme E______, soit par les sous-traitants des filiales mandatés à cette fin. L'activité de « trust officier », à laquelle se livrait Mme E______, qui dépassait une simple gestion administrative, n'était pas exercée par les associés, dont ce n'était pas le métier, et ne pouvait être déployée depuis la Suisse, en l'absence de reconnaissance de l'institution du trust à cette époque. De plus, pour ses activités, Mme E______ percevait non seulement un salaire en espèces, mais également certains avantages en nature, comme la mise à disposition d'un logement et le remboursement des frais de représentation. Le chiffre d'affaires mentionné par le TAPI n'avait pas été réalisé par Mme E______ seule, mais également par les sous-traitants mandatés par celle-ci et qui facturaient leurs honoraires au partenariat, lesquels étaient refacturés, additionnés d'une marge, aux clients bénéficiaires.
En tout état de cause, les revenus attribués à tort à A______ en 2004 et 2005 devaient bénéficier d'une réduction pour participations, en application de la loi.
La perte financière subie par la collectivité ne lui était pas imputable, mais était due à l'autorité fiscale qui, après s'être rendue compte de son erreur, tentait de la rattraper par la voie du rappel d'impôt. Les circonstances de l'époque devaient être appréciées de manière différente qu'actuellement, dès lors que les critères permettant d'apprécier la substance d'un établissement stable étaient plus rigoureux à présent.
Le 23 janvier 2015, le TAPI a transmis son dossier sans formuler d'observations.
Dans sa réponse du 24 février 2014, l'AFC-GE a conclu au rejet du recours.
Elle persistait dans les arguments figurant dans ses précédentes écritures et se référait au jugement du TAPI, précisant que les conditions du rappel d'impôt étaient réalisées. En 2004, A______ n'avait déclaré aucun bénéfice à l'étranger, l'existence du partenariat n'étant pas même mentionnée dans sa déclaration fiscale, alors que les comptes de celui-ci laissaient apparaître une part aux profits en sa faveur. Elle ne pouvait justifier cette situation par le recours à une comptabilité selon la méthode dite de l'encaissement, dès lors que ses documents comptables montraient l'utilisation de la méthode dite de la facturation, les deux ne pouvant être combinées. Ce n'était qu'en 2005 que A______ avait, pour la première fois, mentionné l'existence du partenariat, en comptabilisant le montant de CHF 1'176'726.- au titre de bénéfice réalisé à l'étranger, non imposable en Suisse. Au vu des éléments figurant dans sa déclaration fiscale, elle ne pouvait ainsi se rendre compte que cette situation était erronée et douter du fait que l'activité du partenariat était déployée à Chypre, A______ l'ayant au demeurant confortée dans son erreur, en ne lui fournissant pas toutes les informations pertinentes suite à sa demande de renseignements.
Aucune activité effective n'était déployée à Chypre par le partenariat, qui fournissait des services principalement de nature administrative, soit des prestations à faible valeur ajoutée, étant précisé que les dividendes des filiales constituaient des revenus passifs, qui ne résultaient d'aucune activité effective. La structure mise en place ne reposait au demeurant sur aucune justification économique, ce d'autant qu'il était peu probable que des décisions d'investissement aient été prises par le seul employé du partenariat, qui n'était ni associé, ni actionnaire ou administrateur de A______ et percevait un salaire modique. Quant aux honoraires, ils n'avaient pas non plus été obtenus grâce à une activité effective à Chypre, puisque tout le travail de marketing, de recherche de clientèle et de gestion de fortune était exercé par les différents associés à Genève. L'ensemble de ces éléments mettait en évidence une activité restreinte à Chypre, l'absence de reconnaissance de l'institution du trust en Suisse n'empêchant du reste pas la création du partenariat, tout comme son fonctionnement. Ainsi, seuls les revenus afférents à l'activité purement administrative du partenariat pouvaient être attribués et imposés à Chypre.
Dans la mesure où la reprise avait augmenté le bénéfice de l'exercice 2004, la réduction pour participation avait subi une baisse. A______ ne pouvait toutefois bénéficier de la même réduction pour l'exercice 2005, puisqu'elle ne possédait pas directement au moins 20 % de participations dans une autre société, indirectement détenues à travers un partenariat, conjointement par plusieurs associés.
Les conditions en vue du prononcé des amendes étaient également réunies, ce d'autant que l'associé gérant du partenariat, de surcroît administrateur unique de A______, devait fournir à tout le moins les mêmes informations que celles figurant dans son courrier du 20 mai 2010.
Invitée à se déterminer sur le recours, l'administration fédérale des contributions (ci-après : AFC-CH) n'a formulé aucune observation à l'issue du délai lui ayant été imparti à cette fin.
Le 12 mars 2015, le juge délégué a fixé aux parties un délai au 17 avril 2015 pour formuler toutes requêtes ou observations complémentaires, après quoi la cause serait gardée à juger.
Aucune des parties ne s'est manifestée.
EN DROIT
Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10 ; art. 7 al. 2 de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 - LPFisc - D 3 17).
a. Le litige fiscal concernant une période antérieure au 1er janvier 2010, se pose la question du droit applicable, la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 (LIFD - RS 642.11) ne contenant aucune disposition spécifique relative à cette question. De jurisprudence constante, les questions de droit matériel sont résolues par le droit en vigueur au cours des périodes fiscales litigieuses (arrêts du Tribunal fédéral 2C_663/2014 du 25 avril 2015 consid. 4 ; 2C_476/2014 du 21 novembre 2014 consid. 4.1 ; 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 5.1 non publié in ATF 140 I 68 ; ATA/234/2015 du 3 mars 2015 ; ATA/112/2015 du 27 janvier 2015 ; ATA/232/2014 du 8 avril 2014 ; ATA/724/2012 du 30 octobre 2012). Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (arrêts du Tribunal fédéral 2C_663/2014 précité consid. 4 ; 2C_416/2013 précité consid. 5.1 non publié in ATF 140 I 68 ; 2C_620/2012 du 14 février 2013 consid. 3.1 ; ATA/369/2015 du 21 avril 2015 ; ATA/307/2014 du 29 avril 2014).
b. Le présent litige porte sur la procédure en rappel et en soustraction d'impôt ouverte en 2012, qui concerne les périodes fiscales 2004 et 2005. La cause est ainsi régie par le droit en vigueur durant cette période, à savoir respectivement les dispositions de la LIFD et celles de la loi cantonale sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 (LIPM - D 3 15), sous réserve de l'amende, pour laquelle le principe de la lex mitior s'applique.
c. Les dispositions concernant l'IFD et l'ICC étant identiques, le raisonnement qui suit sera applicable tant pour la taxation IFD que ICC des années 2004 et 2005.
a. Les conditions régissant le rappel d'impôt sont réglementées de manière similaire aux plans fédéral et cantonal. Ainsi, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts (art. 151 al. 1 LIFD ; art. 53 al. 1 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 - LHID - RS 642.14 ; art. 59 al. 1 LPFisc). Lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante (art. 151 al. 2 LIFD ; art. 53 al. 1 in fine LHID ; art. 59 al. 2 LPFisc).
b. Le rappel d'impôt n'est soumis qu'à des conditions objectives et implique qu'une taxation n'a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale.
c. Il suppose également un motif de rappel d'impôt, qui peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont l'autorité disposait au moment de la taxation, une faute du contribuable n'étant pas exigée (arrêts du Tribunal fédéral 2C_416/2013 précité consid. 8.1 non publié in ATF 140 I 68 ; 2C_1225/2012 du 7 juin 2013 consid. 3.1 ; 2C_724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 8.1 ; 2C_104/2008 du 20 juin 2008 consid. 3.3 ; 2A.300/2006 du 27 février 2007 consid. 3.3).
d. Pour sa part, le contribuable doit remplir la formule de déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète et y joindre les annexes (art. 124 al. 2 LIFD ; art. 26 al. 2 LPFisc), soit en particulier, pour les personnes morales, les extraits de comptes signés de la période concernée (art. 125 al. 2 LIFD ; art. 29 al. 2 LPFisc). Il doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte et, à la demande de l'autorité de taxation, notamment fournir des renseignements oraux ou écrits, présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires (art. 126 al. 1 et 2 LIFD ; art. 31 al. 1 et 2 LPFisc). Lorsque le contribuable se heurte à une incertitude quant à un élément de fait, il ne doit pas la dissimuler, mais bien la signaler dans sa déclaration. Dans tous les cas, il doit décrire les faits de manière complète et objective (arrêt du Tribunal fédéral 2C_879/2008 du 20 avril 2009 consid. 5.1).
En d'autres termes, l'autorité fiscale ne doit se livrer à des investigations complémentaires au moment de procéder à la taxation que si la déclaration contient indiscutablement des inexactitudes flagrantes. Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact, par exemple à la lecture des indications contenues dans la déclaration ou des pièces déposées par le contribuable, celui-ci n'est plus censé être inconnu et le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante est interrompu, de sorte que les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d'impôt font défaut (arrêt du Tribunal fédéral 2C_104/2008 précité consid. 3.3 ; Hugo CASANOVA, Le rappel d'impôt, RDAF 1999 II 3 p. 11). Dans tous les cas, la rupture du lien de causalité doit être soumise à des exigences sévères, à savoir une négligence grave de l'autorité fiscale (arrêts du Tribunal fédéral 2C_416/2013 précité consid. 8.1 non publié in ATF 140 I 68 ; 2C_1225/2012 précité consid. 3.1 ; 2C_123/2012 du 8 août 2012 consid. 5.3.4).
En revanche, des inexactitudes qui ne sont que décelables, sans être flagrantes, ne permettent pas de considérer que certains faits ou moyens de preuve étaient déjà connus des autorités au moment de la taxation (arrêt du Tribunal fédéral 2C_632/2012 du 28 juin 2013 consid. 3.4 ; 2C_26/2007 du 10 octobre 2007 consid. 3.2.2). En effet, l'autorité fiscale peut en principe considérer que la déclaration d'impôt est conforme à la vérité et complète. Elle n'a pas l'obligation, en l'absence d'indice particulier, de se mettre à la recherche de renseignements supplémentaires. En particulier, que l'autorité de taxation puisse déduire de l'augmentation de fortune d'une année à l'autre qu'il y a eu des revenus non déclarés ne remplace pas une déclaration complète du revenu (arrêts du Tribunal fédéral 2C_123/2012 précité consid. 5.1 ; 2P.15/2014 du 22 décembre 2004 consid. 5.3), tout comme il ne peut être exigé de l'autorité fiscale qu'elle confronte les déclarations remplies par les sociétés, traitées par un service, à celles remplies par un contribuable, personne physique, examinées par un autre de ses services (ATA/369/2015 du 21 avril 2015 ; ATA/517/2014 du 1er juillet 2014).
La découverte d'une mauvaise appréciation des preuves ou une mauvaise application du droit ne saurait toutefois donner lieu à un rappel d'impôt, tout comme celle d'une simple sous-évaluation des éléments imposables, pour laquelle les art. 151 al. 2 LIFD et 53 al. 1 LHID excluent explicitement l'adaptation ultérieure de la taxation (Hugo CASANOVA, op. cit., p. 12).
e. La casuistique en matière de rappel d'impôt est abondante.
Un motif de rappel d'impôt a été considéré comme réalisé dans le cas de contribuables pour lesquels de nombreux frais à caractère privé ont été passés en charge de l'activité commerciale, réduisant de la sorte le revenu imposable (arrêt du Tribunal fédéral 2C_132/2010 du 10 février 2010 confirmant l'ATA/657/2009 du 15 décembre 2009), de même que dans celui dans lequel un appartement a été comptabilisé comme servant à l'activité professionnelle alors qu'il était utilisé comme logement et qu'un contrôle fiscal opéré dans la comptabilité d'une société, dont le contribuable était l'administrateur et l'actionnaire, a mis en évidence une différence entre le total des sommes perçues et les montants comptabilisés (ATA/360/2011 du 7 juin 2011). Un motif de rappel d'impôt a également été admis dans le cas d'un contribuable ayant déclaré le bénéfice de liquidation d'une société dont il était actionnaire dans ses éléments de fortune, omettant de mentionner ce bénéfice comme revenu, sans en informer l'autorité fiscale (arrêt du Tribunal fédéral 2A.182/2002 du 25 avril 2003). Il en est allé de même des contribuables qui ont porté des intérêts hypothécaires en déduction à titre privé et à titre commercial, mais apporté des explications manuscrites en dehors des cases réservées à la saisie des données. La saisie informatique n'ayant pas permis au taxateur de prendre connaissance de ces éléments, ils ont été considérés comme inconnus de l'autorité, leur découverte ayant justifié un rappel d'impôt (arrêt du Tribunal fédéral 2C_26/2007 précité). Le cas d'un prêt simulé, situation ne découlant pas de manière évidente de l'état des participations et des prêts déposé par la contribuable, justifiait également le rappel d'impôt, même si l'autorité fiscale pouvait soupçonner l'existence d'une telle simulation (arrêt du Tribunal fédéral 2C_533/2008 du 7 août 2009).
À l'inverse, l'existence d'un motif de rappel d'impôt a été niée dans le cas du contribuable qui a déclaré sa participation déterminante assortie d'un revenu inexistant dans une société dont la valeur fiscale a été considérée comme nulle par l'autorité de taxation. Bien qu'ayant procédé à la réévaluation de la valeur fiscale de la société, cette dernière n'a entrepris aucune investigation complémentaire en relation avec le revenu de l'intéressé, situation à laquelle elle ne pouvait remédier au moyen du rappel d'impôt (arrêt du Tribunal fédéral 2A.706/2006 du 1er mars 2007). Il en est allé de même du contribuable ayant appliqué pendant des années une méthode erronée d'estimation pour la location de biens immobiliers avec l'aval, à tout le moins implicite, de l'autorité fiscale (ATA/307/2014 précité). Une affaire dans laquelle la contribuable retraitée a, durant plusieurs années, ajouté les intérêts d'un prêt à son montant initial en omettant de les déclarer comme revenu a connu le même sort, malgré les déclarations manifestement erronées de l'intéressée, dès lors que les autorités fiscales étaient en mesure, en faisant preuve de diligence, d'effectuer les recherches nécessaires dans le cadre de la procédure ordinaire de taxation (arrêt du Tribunal fédéral 2C_557/2007 du 21 décembre 2007). Il en est allé de même du cas dans lequel un contribuable a bénéficié, sans les déclarer, d'avis de crédit importants sur un investissement et, après avoir déclaré celui-ci sans indiquer de rendement, a déclaré l'année suivante le même investissement pour un montant symbolique en ajoutant qu'il était probablement perdu, l'administrateur de fortune étant en détention préventive. Dans ces circonstances, l'autorité fiscale ne pouvait se fonder sur les seules indications du contribuable sans procéder à des recherches complémentaires (arrêt du Tribunal fédéral 2C_94/2010 du 10 février 2011).
b. L'art. 4 al. 2 LIFD, également applicable aux établissements à l'étranger (ATF 139 II 78 consid. 2), définit l'établissement stable comme toute installation fixe dans laquelle s'exerce tout ou partie de l'activité de l'entreprise, tant d'un point de vue qualitatif que quantitatif (ATF 134 I 303 consid. 2.2). L'art. 3 al. 3 LIPM contient une définition similaire.
L'entreprise doit exercer son activité au travers d'installations permanentes, ce qui implique qu'elles soient à sa disposition de façon durable, de manière à pouvoir en disposer économiquement. Pour être qualitativement importante, l'activité doit entrer dans le cercle de celle, principale, de l'entreprise. L'exigence d'une activité quantitativement importante s'analyse, quant à elle, différemment suivant chaque type d'entreprise et signifie que l'installation en cause doit exercer une activité qui n'est pas accessoire ou d'importance secondaire. En outre, l'établissement doit effectuer une partie de l'activité de l'entreprise, ce qui exclut en principe qu'une filiale puisse être considérée comme un établissement stable de sa mère (Xavier OBERSON, Droit fiscal suisse, 4ème éd., 2012, p. 486 s n. 40). Il est admis que des exigences plus élevées soient posées lorsqu'il s'agit de reconnaître l'existence d'un établissement stable à l'étranger plutôt qu'en Suisse, pays dans lequel les activités exercées à l'étranger seront toutefois imposées en cas de doute en raison de l'assujettissement illimité (ATF 139 II 78 consid. 3.1.2). Par ailleurs, dans le cadre d'un « ruling », l'autorité fiscale peut exiger des associés une présence régulière sur les lieux de l'établissement étranger en vue de gérer ses activités afin de lui reconnaître la stabilité nécessaire pour ne pas imposer ses revenus en Suisse (arrêt du Tribunal fédéral 2C_664/2013 du 28 avril 2014 consid. 4.3 ; ATA/798/2013 du 10 décembre 2013 ; ATA/381/2013 du 18 juin 2013).
L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net, tel qu'il découle du compte de pertes et profits établi selon les règles du droit commercial (art. 57 et 58 LIFD ; art. 11 et 12 LIPM). En principe, un revenu est acquis au moment déterminé par le mode de comptabilisation (ATF 73 I 135 p. 142). Les règles de la comptabilité commerciale veulent que la réalisation intervienne à la date de la facture, indépendamment de la période pendant laquelle l'activité a été exercée. Dès le moment auquel la facture a été établie, le contribuable a acquis un droit ferme à la contre-prestation. Lorsque le contribuable tient un état de ses recettes et de ses dépenses, le revenu est réalisé au moment de l'encaissement de la contre-prestation et non au moment de la présentation de la facture. Le choix de l'une ou l'autre méthode n'a qu'une importance relative, dans la mesure où le contribuable s'en tient à son choix avec toutes les conséquences qu'il implique et en accepte les effets, l'application d'un système hybride n'étant pas admise (ATA/234/2015 précité ; ATA/517/2010 du 3 août 2010 ; ATA/113/2008 du 11 mars 2008 ; ATA/531/2007 du 16 octobre 2007 ; ATA/463/2007 du 18 septembre 2007 ; Jean-Marc RIVIER, Droit fiscal suisse, l'imposition du revenu et de la fortune, 1998, p. 329).
a. La procédure administrative est régie par la maxime inquisitoire, selon laquelle le juge établit les faits d'office (art. 19 LPA). Ce principe n'est pas absolu, sa portée étant restreinte par le devoir des parties de collaborer à la constatation des faits (art. 22 LPA). Celui-ci comprend en particulier l'obligation des parties d'apporter, dans la mesure où cela peut être raisonnablement exigé d'elles, les preuves commandées par la nature du litige et des faits invoqués, faute de quoi elles risquent de devoir supporter les conséquences de l'absence de preuves (arrêts du Tribunal fédéral 8C_1034/2009 du 28 juillet 2010 consid. 4.2 ; 9C_926/2009 du 27 avril 2010 consid. 3.3.2 ; ATA/769/2015 du 28 juillet 2015 ; ATA/573/2015 du 2 juin 2015 ; ATA/99/2014 du 18 février 2014).
Plus précisément, en matière fiscale, il appartient à l'autorité fiscale de démontrer l'existence d'éléments créant ou augmentant la charge fiscale, tandis que le contribuable doit supporter le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation fiscale. S'agissant de ces derniers, il appartient au contribuable non seulement de les alléguer, mais encore d'en apporter la preuve et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve, ces règles s'appliquant également à la procédure devant les autorités de recours (ATF 133 II 153 consid. 4.3 ; 121 II 257 consid. 4c.aa ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_89/2014 du 26 novembre 2014 consid. 7.2 ; 2C_319/2014 du 9 septembre 2014 consid. 2.2 ; 2C_111/2012 du 25 juillet 2012 consid. 4.4 ; 2C_574/2009 du 21 avril 2010 consid. 4.2 ; ATA/234/2015 précité ; ATA/112/2015 précité ; ATA/8/2013 du 8 janvier 2013 ; ATA/483/2012 du 31 juillet 2012 ; ATA/283/2011 du 10 mai 2011).
b. La constatation des faits, en procédure administrative, est gouvernée par le principe de la libre appréciation des preuves, qui signifie que le juge forme librement sa conviction, en analysant la force probante des preuves administrées, dont ni le genre, ni le nombre n'est déterminant, mais leur force de persuasion (art. 20 al. 1, 2ème phr., LPA ; ATF 139 II 185 consid. 9.2 ; 130 II 482 consid. 3.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_668/2011 du 12 avril 2011 consid. 3.3 ; ATA/769/2015 précité ; ATA/573/2015 précité ; ATA/716/2013 du 29 octobre 2013 ; ATA/538/2013 du 27 août 2013 ; ATA/426/2012 du 3 juillet 2012).
En présence de déclarations contradictoires, la préférence doit en principe être accordée à celles que l'intéressé a données en premier lieu, alors qu'il en ignorait les conséquences juridiques, les explications nouvelles pouvant être, consciemment ou non, le produit de réflexions ultérieures (ATA/875/2015 du 25 août 2015 ; ATA/481/2003 du 10 juin 2003 ; ATA/272/2003 du 6 mai 2003).
b. S'agissant de la période fiscale 2004, la déclaration y relative de la recourante ne contient aucune mention du partenariat, alors même qu'elle figurait au nombre des associés depuis 2004, ce qui n'est pas contesté. Elle n'indique en particulier pas sa part du bénéfice, de CHF 345'000.- pour l'exercice 2004, tel que ressortant des comptes du partenariat.
À cet égard, la recourante conteste toute obligation de déclarer ce montant, se prévalant de l'établissement de sa comptabilité selon la méthode de l'encaissement, raison pour laquelle elle ne l'a indiqué qu'en 2005, en sus du bénéfice de cet exercice. Elle ne saurait toutefois être suivie sur ce point. Outre le fait qu'elle n'allègue cet élément, au demeurant non étayé, que devant la chambre de céans, il ne ressort pas de son bilan pour les exercices litigieux qu'elle utiliserait cette méthode. Au contraire, c'est bien la méthode de la facturation qu'elle met en oeuvre, au vu de la comptabilisation des postes « débiteurs » et « travaux en cours » dans son bilan et son compte de résultat au titre des charges d'exploitation, l'application d'un système hybride étant prohibée. Il ne résulte en tout état pas des comptes du partenariat que celui-ci n'aurait pas distribué à la recourante la part du bénéfice la concernant, à l'instar de ce qu'elle a fait pour les autres associés, personnes physiques, lesquelles ont mentionné le montant correspondants dans leurs déclarations d'impôt respectives. La recourante se devait ainsi d'en faire de même et indiquer, dans sa déclaration 2004, les revenus tirés du partenariat, afin que l'autorité intimée puisse se prononcer à ce sujet et déterminer s'ils étaient imposables en Suisse. Que ce montant ait finalement figuré dans la déclaration fiscale suivante de la recourante n'y change rien, puisque cette situation ne remplace pas une déclaration complète du bénéfice pour l'année en cause.
Encore convient-il d'examiner si l'AFC-GE pouvait se rendre compte de l'absence de ce montant dans la déclaration fiscale litigieuse. Si cette autorité a certes procédé à la taxation de M. B______ pour l'année 2004, lequel a annexé à sa déclaration les comptes commerciaux du partenariat de l'exercice correspondant, dans lequel était indiquée la répartition du bénéfice tiré de l'activité de celui-ci entre les associés, dont la recourante, il ne pouvait être exigé de l'AFC-GE qu'elle procède par recoupement, en confrontant les déclarations reçues par ses différents services, à savoir l'un chargé de l'imposition des personnes physiques et l'autre de celle des personnes morales, conformément à la jurisprudence susmentionnée. Elle n'a ainsi eu connaissance de cet élément qu'une fois la taxation litigieuse entrée en force.
Par conséquent, en ne mentionnant pas sa part au bénéfice résultant de l'activité du partenariat durant l'exercice 2004, la recourante a contrevenu à son obligation de remplir sa déclaration d'impôt de manière complète et conforme à la vérité, réalisant un motif de rappel d'impôt.
c. Dans sa déclaration fiscale pour l'année 2005, la recourante a indiqué, au titre de participation au bénéfice du partenariat, dans les rubriques « bénéfice net non imposable en Suisse/dans le canton », un montant de CHF 1'176'726.- correspondant à la part lui revenant en qualité d'associée et n'étant pas imposable en Suisse, ayant été réalisé à l'étranger. Ce montant figurait également dans son compte de profits et pertes de l'exercice 2005 dans la rubrique « revenus de participation » et dans le tableau intitulé « répartition internationale du bénéfice au 31.12.2005 », sous la rubrique « revenus établissement stable ». Outre le fait que la déclaration fiscale en cause additionnait le bénéfice résultant de l'activité du partenariat pour les exercices 2004 et 2005 de manière erroné, comme précédemment mentionné, la recourante est partie du principe que ce montant provenait d'un établissement stable à l'étranger, non imposable à titre de bénéfice en Suisse, assertion qu'il appartenait à l'autorité de taxation de vérifier au moyen d'investigations supplémentaires.
Il ressort toutefois des pièces du dossier que l'AFC-GE a requis des renseignements complémentaires de la part de la recourante à ce sujet, lui demandant, d'abord par courrier du 8 janvier 2007, de lui fournir « le détail et tous renseignements utiles concernant le poste "revenus des participations" de CHF 1'176'726.- attribué à la catégorie "étranger" dans la répartition internationale du bénéfice au 31 décembre 2005 », puis, par courrier du 14 mars 2007, de lui transmettre une attestation d'assujettissement du partenariat à l'impôt à Chypre ainsi que les justificatifs des impôts payés dans ce pays pour l'année 2005.
La société allègue avoir satisfait à son obligation de renseigner, ayant répondu aux interrogations de l'autorité dans le cadre de plusieurs courriers. D'un point de vue formel, il n'est pas contesté que la recourante a fait suite aux courriers de l'AFC-GE en lui écrivant à deux reprises, les 28 février et 29 juin 2007, annexant à cette dernière lettre une attestation d'imposition à Chypre, sa déclaration d'impôt dans ce pays pour l'année 2005 et un ordre de paiement portant la mention « Cyprus tax ». Les explications fournies par la recourante étaient toutefois pour le moins laconiques, dès lors que, dans la première de ces lettres, elle s'est contentée d'indiquer que le montant de CHF 1'176'726.- correspondait à sa rémunération « en tant que Limited Partner dans le partnership chypriote B______», renvoyant pour le surplus aux états financiers du partenariat, et que la deuxième ne comprenait aucune explication supplémentaire à ce sujet.
La recourante ne saurait, dans ce cadre, arguer que la demande de renseignements de l'AFC-GE n'était pas suffisamment précise pour mériter une réponse plus prolixe, alors que l'autorité intimée lui a expressément demandé de lui fournir le détail du montant litigieux, de même que tous les renseignements utiles à ce sujet, ce qui méritait une réponse circonstanciée. Elle ne saurait davantage alléguer que la demande de renseignements envoyée à M. B______ dans le cadre de sa taxation personnelle était plus explicite, puisqu'elle ignorait jusqu'alors l'existence du partenariat dans le cadre de la présente cause, qui ne ressortait pas clairement de la déclaration d'impôt et ne figurait pas du tout dans celle de l'année précédente, étant précisé qu'il ne saurait être reproché à l'AFC-GE de ne pas avoir procédé au recoupement d'informations entre ses services, comme précédemment mentionné.
L'autorité intimée pouvait d'autant plus se fier aux renseignements fournis par la recourante, sans mener d'enquête supplémentaire, que les éléments lui ayant été transmis étaient de nature à l'induire en erreur au sujet de la structure mise en place à Chypre. Différents éléments pouvaient ainsi la laisser supposer que le partenariat remplissait les conditions d'un établissement stable, dont l'attestation du ministre des financiers du 29 juin 2007 selon laquelle cette entité disposait d'un établissement à Chypre, assujetti à l'impôt dans ce pays, de même que sa déclaration fiscale pour l'année 2005, d'un montant important, ainsi que l'ordre de paiement y relatif. Ces éléments étaient à même de contrebalancer les indications contraires en sa possession, notamment s'agissant de la structure mise en place, revêtant la forme d'un partenariat soumis au droit étranger, incorporée dans un État dit « offshore », active dans le domaine des services et n'ayant qu'un employé, au salaire annuel de quelque CHF 25'000.-.
Cette situation se distingue ainsi de celle des autres associés du partenariat, à savoir MM. B______ et C______, pour lesquels un motif de rappel d'impôt n'est pas réalisé, en l'absence d'indications factuelles non objectives dans leurs déclarations d'impôt, l'autorité intimée n'ayant pas cherché à qualifier le partenariat chypriote, malgré la présence de divers éléments devant attirer son attention et qui requéraient des éclaircissements.
Ce n'est ainsi que dans le cadre de la réponse de M. B______ du 20 mai 2010 que l'autorité fiscale a eu connaissance d'un élément nouveau, l'intéressé lui ayant en particulier indiqué que l'employée du partenariat se limitait à effectuer des tâches administratives, ce dont elle ne pouvait se douter au regard des indications susmentionnées, malgré les enquêtes effectuées, et qui était en mesure de remettre en cause la nature de la structure chypriote.
Ces éléments sont par conséquent suffisants pour admettre l'existence d'un motif de rappel d'impôt, indépendamment du fait de savoir si les indications inexactes ayant trait au bénéfice réalisé par le partenariat en 2005 dans la déclaration fiscale correspondante de la recourante étaient facilement décelables dans les états financiers de la structure chypriote transmis à l'AFC-GE dans le cadre de la taxation ordinaire. En tout état de cause, la recourante s'est limitée à transmettre les comptes audités de l'année 2005, sans jamais remettre ceux de l'exercice 2004, visibles seulement à titre comparatif, et comportant le montant total des deux exercices, correspondant à celui déclaré, comme s'il résultait d'un seul exercice, la tâche de l'autorité fiscale n'étant du reste pas d'opérer des comparaisons avec les taxations antérieures en l'absence d'indice clair lui permettant de remettre en cause leur véracité.
d. Le bien-fondé du rappel d'impôt supposant une perte fiscale pour la collectivité, aussi convient-il de déterminer si les montants en cause devaient être imposés en Suisse ou, au contraire, comme le soutient la recourante, à l'étranger, au titre du bénéfice d'un établissement stable, examen se confondant en partie avec le bien fondé des reprises litigieuses.
Il n'est pas contesté que la recourante dispose d'un bureau et d'une employée, en la personne de Mme E______, à Chypre. Ces seuls éléments ne sauraient toutefois suffire à reconnaître une stabilité suffisante au partenariat pour exempter d'imposition en Suisse son bénéfice. Il ressort ainsi de divers éléments du dossier que cette organisation apparaît avoir été choisie par les associés pour se conformer aux exigences de la CBC en vue d'être admis à exercer une activité économique, l'entité concernée devant disposer de ses propres locaux et employés, étant précisé qu'elle ne fait l'objet d'aucun acte constitutif ni d'incorporation. Le fait que le partenariat dispose d'un bureau au loyer modeste et emploie une personne à un niveau de salaire relativement bas au regard de ses fonctions supposées, de quelque CHF 25'000.- par an, permet déjà de douter de l'effectivité des activités menées à Chypre, la sobriété de cette structure contrastant clairement avec les résultats mentionnés dans ses états financiers, à savoir respectivement un chiffre d'affaires de CHF 1'147'275.- en 2004 et de CHF 1'408'680.- en 2005.
À cela s'ajoute que la nature des activités effectuées par l'unique employée du partenariat, seule personne se trouvant à Chypre, les associés ne s'y étant rendus qu'occasionnellement, apparaît comme secondaire par rapport à celle de la société. C'est ainsi en ces termes qu'à la demande de renseignements formée par l'AFC-GE s'agissant de la taxation de M. B______, que ce dernier a indiqué, par courrier du 20 mai 2010, que le bureau du partenariat était dirigé par Mme E______, qui « sous-trait[ait] des tâches d'assistance administrative ». Que la recourante ait, par la suite, tempéré et corrigé ces affirmations, en expliquant que l'activité menée à Chypre était bien plus importante qualitativement que la simple délivrance de services et en mettant l'accent sur l'activité de trustee de Mme E______, tout en insistant sur le fait que l'institution du trust n'était pas reconnue en Suisse, n'y change rien, dès lors que ces éléments n'ont été allégués qu'une fois l'intéressée confrontée à la décision de l'AFC-GE d'ouvrir une procédure en rappel d'impôt à son encontre, notamment pour ce motif.
D'ailleurs, la description constante des activités du partenariat livrée par la recourante, consistant à mettre en oeuvre les conseils des associés aux clients de la société précisément au moyen de la création de diverses structures, conforte la teneur du courrier précité, puisque celles-ci se limitent à l'exécution de ces décisions, sans réelle marge opérationnelle. Il en va de même de la perception de dividendes des filiales du partenariat, qui ne peut être considérée comme une activité économique réelle et effective. De plus, la description figurant dans l'annexe aux comptes 2005 et 2004 mentionne, pour le partenariat, « activités fiduciaires », à savoir la même que celle de la société. Cette situation explique également la présence seulement sporadique des associés à Chypre, puisque de telles tâches ne requéraient pas qu'ils se rendent plus souvent dans les bureaux du partenariat.
En outre, la délocalisation à l'étranger de fonctions au caractère purement secondaire, le fait que les associés se trouvaient à Genève, ne s'étant qu'occasionnellement rendus à Chypre, et aient rencontré leurs clients dans des pays tiers, de même que, pour le partenariat, la détention de sociétés se trouvant toutes à l'étranger, sont des éléments faisant douter de la justification économique d'une telle structure, en particulier de sa constitution à Chypre, qui apparaît pour le moins insolite.
e. Il en découle que c'est à juste titre que l'AFC-GE, dont la décision a été confirmée par le TAPI, a considéré que le partenariat ne pouvait être considéré comme un établissement stable à l'étranger, dont les bénéfices devaient ainsi être imposés à Genève. Tel n'ayant pas été le cas, la collectivité a subi une perte fiscale, de sorte que les conditions en vue de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt étaient réalisées. Le jugement entrepris sera dès lors confirmé sur ce point.
Encore convient-il d'examiner si les reprises effectuées sont justifiées, étant précisé qu'en l'absence d'établissement stable à l'étranger, l'AFC-GE pouvait intégrer le bénéfice réalisé par le partenariat à Chypre à celui déclaré à Genève, en procédant à une imposition globale, la recourante étant assujettie de manière illimitée à l'impôt en Suisse (art. 50 et 52 al. 1 LIFD ; art. 2 et 4 al. 1 LIPM), ce qui n'est, dans son principe, pas contesté. Il en va de même de l'application de la méthode du « cost plus » 20 %, qui n'était litigieuse que s'agissant de l'imposition des associés, personnes physiques, du partenariat et qui n'a du reste pas été examinée par le TAPI, sans que la recourante ne s'en plaigne.
La recourante conteste toutefois les reprises d'impôt sous l'angle des réductions pour participation, arguant qu'elles devaient lui être accordées.
a. Lorsqu'une société de capitaux ou une société coopérative possède 20 % au moins du capital-actions ou du capital social d'une autre société ou une participation représentant une valeur vénale d'au moins CHF 2'000'000.-, l'impôt sur le bénéfice est réduit proportionnellement au rapport entre le rendement net de ces participations et le bénéfice net total (art. 69 aLIFD et 21 al. 1 aLIPM, dans leur teneur au 31 décembre 2004 et 2005). Ces dispositions ont pour but d'éliminer l'imposition multiple des bénéfices que des sociétés de capitaux suisses et étrangères versent à des sociétés intermédiaires contribuables en Suisse (ATA/486/2007 du 2 octobre 2007).
Les participations dont le produit donne droit à une réduction sont les participations au capital-social, c'est-à-dire en droit suisse les actions de sociétés anonymes et en commandite par actions, les bons de participation des sociétés anonymes, les parts sociales des sociétés à responsabilité limitée et des sociétés coopératives (ATA/486/2007 précité ; AFC-CH, Circulaire n. 9, conséquences de la loi fédérale sur le réforme 1997 de l'imposition des sociétés relative à la réduction de l'impôt sur les rendements des participations des sociétés de capitaux et des coopératives du 9 juillet 1998, ch. 2.3.2). La qualification des participations étrangères est définie en appliquant, par analogie, l'art. 49 al. 3 LIFD, selon lequel les personnes morales étrangères ainsi que les sociétés commerciales et les communautés étrangères de personnes imposables selon l'art. 11 LIFD sont assimilées aux personnes morales suisses dont elles se rapprochent le plus par leur forme juridique ou leur structure effective, l'art. 11 LIFD prévoyant que les sociétés commerciales étrangères et autres communautés étrangères de personnes sans personnalité juridique qui sont assujetties à l'impôt en raison d'un rattachement économique sont imposables conformément aux dispositions applicables aux personnes morales. Ainsi, les droits du fondateur d'une « anstalt » du Lichtenstein dont le capital n'est pas divisé en parts ne peuvent, en raison des liens de dépendance de ce type d'établissement à l'égard du fondateur ou de ses ayants droits, être reconnus comme participation au sens des dispositions précitées (ATF 107 Ib 309 consi. 3). En revanche, les parts au capital social d'une « limited liability company » sont, quant à elles, considérées comme des participations, les structures de ce type étant, en Suisse, assimilées à des sociétés à responsabilité limitée (AFC-CH, op. cit., ch. 2.3.2 ; Xavier OBERSON, Précis, op. cit., n. 248 p. 83). L'AFC-CH a récemment précisé que les communautés étrangères de personnes sans personnalité juridique ne peuvent pas faire valoir la réduction pour participation (AFC-CH, Circulaire n° 27, réduction d'impôt sur les rendements de participations à des sociétés de capitaux et sociétés coopératives du 17 décembre 2009, ch. 2.2).
b. Suivant leur type, les partenariats sont considérés, en droit privé suisse, comme des sociétés simples, des sociétés en nom collectif ou des sociétés en commandite et n'ont pas la personnalité juridique. N'étant pas des sujets fiscaux, ils sont traités comme fiscalement transparents, de sorte que leurs revenus sont attribués aux associés, pour autant qu'il s'agisse de personnes physiques (art. 10 al. 1 LIFD). Lorsque le partenariat est étranger, il convient d'examiner s'il possède ou non la personnalité juridique, de manière à déterminer la façon dont doivent être alloués les revenus et la fortune découlant de son activité (arrêt du Tribunal fédéral 2C_664/2013 précité consid. 5.1).
c. En l'espèce, pour l'exercice fiscal 2004, la recourante a déclaré des participations d'un rendement net de CHF 157'460.-. ce qu'a admis l'AFC-GE dans la taxation initiale, lui octroyant une réduction de 71.296 % à ce titre. Suite à la reprise effectuée, celui-ci a été diminué à 29.321 % en raison de l'intégration, dans le bénéfice, du revenu réalisé à l'étranger, ce pourcentage ayant été obtenu mathématiquement, ce que la recourante ne saurait contester.
La société allègue toutefois que le bénéfice résultant de l'activité du partenariat doit, pour les années fiscales 2004 et 2005, faire l'objet d'une déduction pour participation, en application des dispositions légales susmentionnées. Elle perd cependant de vue que le partenariat ne saurait être considéré comme une personne morale au sein de laquelle une participation ouvrirait le droit à une réduction. En effet, cette structure, organisée sous la forme d'une communauté de personnes, n'apparaît pas disposer de la personnalité juridique, la recourante ayant expliqué qu'elle n'avait fait l'objet d'aucun acte d'incorporation ou de constitution et que sa seule existence officielle résultait de la délivrance, en sa faveur, de l'autorisation de pratiquer une activité économique à Chypre par la CBC, moyennant le respect de certaines conditions, à savoir le fait de disposer de ses locaux et personnel propres. Quant aux participations détenues par le partenariat lui-même, la société ne saurait s'en prévaloir, à défaut de les détenir elle-même directement.
Le jugement entrepris sera par conséquent également confirmé sur ce point.
a. Aux termes de l'art. 175 LIFD, le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende (al. 1). En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait ; si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant et si elle est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2). L'art. 69 LPFisc prévoit une réglementation similaire. Lorsque des obligations de procédure ont été violées ou qu'une soustraction ou une tentative de soustraction d'impôt a été commise au profit d'une personne morale, celle-ci est punie d'une amende (art. 181 al. 1 LIFD ; art. 74 al. 1 LPFisc).
b. La soustraction est punissable aussi bien intentionnellement que par négligence (ATA/724/2015 du 14 juillet 2015 ; ATA/370/2015 du 21 avril 2015 ; ATA/975/2014 du 9 décembre 2014). En particulier, agit par négligence, au sens de l'art. 12 du code pénal suisse du 21 décembre 1937 (CP - RS 311.0), quiconque, par une imprévoyance coupable, agit sans se rendre compte (négligence inconsciente) ou sans tenir compte des conséquences de son acte (négligence consciente). L'imprévoyance est coupable quand l'auteur n'a pas usé des précautions commandées objectivement par les circonstances et subjectivement par sa situation personnelle, par quoi on entend sa formation, ses capacités intellectuelles, sa situation économique et sociale ainsi que son expérience professionnelle. Si le contribuable a des doutes sur ses droits ou obligations, il doit faire en sorte de lever ce doute ou, au moins, en informer l'autorité fiscale (ATF 135 II 86 consid. 4.3 ; ATA/724/2015 précité ; ATA/693/2009 du 22 décembre 2009). La négligence implique de porter un jugement sur le comportement de l'auteur, en se demandant ce qu'il aurait pu et dû faire, et non de rechercher ce qu'il avait à l'esprit (ATA/724/2015 précité).
c. Selon l'art. 106 al. 3 CP, respectivement applicable par les renvois des art. 333 CP et 82 LPFisc, le juge fixe l'amende en tenant compte de la situation de l'auteur afin que la peine corresponde à la faute commise. Les principaux éléments à prendre en considération sont ainsi le montant de l'impôt éludé, la manière de procéder, les motivations, de même que les circonstances personnelles et économiques de l'auteur (arrêts du Tribunal fédéral 2C_180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 9.1 ; 2C_851/2011 du 15 août 2012 consid. 3.3 ; 2C_188/2009 du 7 juillet 2009 consid. 2.4 et 2.5). À l'instar de toute peine, l'amende prononcée en cas de soustraction d'impôt est de nature strictement personnelle (ATF 134 III 59 consid. 2.3.1 ; 119 Ib 311 consid. 2e ; arrêt du Tribunal fédéral 4A_491/2013 du 6 février 2014 consid. 2.2). En effet, la jurisprudence admet que les amendes fiscales constituent de véritables peines, de sorte que l'exigence d'une faute personnelle leur est également applicable (ATF 134 III 59 consid. 2.3.5 ; arrêt du Tribunal fédéral 4A_491/2013 précité consid. 2.4.2 ; ATA/280/2015 du 17 mars 2015). Il en découle que la faute ne peut être qu'un attribut de la personne physique, à savoir, en cas d'infraction commise par une personne morale, l'organe de celle-ci, dont le comportement doit lui être imputé (ATF 135 II 86 consid. 4.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_724/2010 précité consid. 9.1 ; ATA/765/2015 du 28 juillet 2015).
d. Dans la mesure où elles respectent le cadre légal, les autorités fiscales cantonales disposent d'un large pouvoir d'appréciation lors de la fixation de l'amende (ATF 114 Ib 27 consid. 4a ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_1007/2012 du 15 mars 2013 consid. 5.2 ; 2C_480/2009 précité consid. 6.2), l'autorité de recours ne censurant que son abus (ATA/765/2015 précité ; ATA/42/2011 du 25 janvier 2011 ; ATA/693/2009 précité).
e. En l'espèce, il résulte des considérations qui précèdent qu'en ne déclarant pas du tout la part du bénéfice du partenariat lui revenant pour l'année fiscale 2004 et en mentionnant, pour l'année suivante, l'entier de ce bénéfice, la recourante a fait en sorte que sa taxation, pour les années correspondantes, soit incomplète, de sorte à ne pas avoir été imposée selon sa réelle capacité contributive.
Sur le plan subjectif, la recourante conteste avoir agi à tout le moins par négligence, comme l'a retenu l'AFC-GE puis le TAPI, au motif que la conception prévalant à l'époque des faits admettait plus largement l'existence d'un établissement stable à l'étranger qu'à l'heure actuelle. Ce faisant, elle perd de vue qu'elle ne pouvait se dispenser de déclarer les revenus tirés du partenariat en 2004 et d'indiquer ceux effectivement perçus en 2005. En effet, son administrateur était également associé du partenariat, duquel il avait perçu un bénéfice à titre personnel et qu'il avait indiqué dans sa propre déclaration fiscale pour l'année 2004, de sorte qu'il ne pouvait se dispenser d'en faire de même pour la société, dont il n'ignorait au demeurant pas les règles comptables applicables, tout en mentionnant pour l'année 2005 la part du bénéfice effectivement perçu. Il pouvait ainsi se douter qu'en ne déclarant pas le bénéfice réalisé à Chypre en 2004, l'imposition de la société serait réduite, tout comme en déclarant un montant supérieur en 2005 au titre de revenu provenant d'un établissement stable.
Il en résulte que les conditions de la soustraction fiscale sont réalisées et que c'est à juste titre que l'autorité intimée a prononcé à l'encontre de la recourante les amendes litigieuses, dont elle ne conteste pas la quotité, qui, en tout état de cause, correspond à la faute commise, de sorte qu'elle seront confirmées.
Il s'ensuit que le recours sera rejeté.
Un émolument de CHF 2'000.- sera mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 87 al. 1 LPA), et aucune indemnité de procédure ne lui sera allouée (art. 87 al. 2 LPA).
PAR CES MOTIFS LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE
à la forme :
déclare recevable le recours interjeté le 9 janvier 2015 par A______ SA contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 8 décembre 2014 ;
au fond :
le rejette ;
met un émolument de CHF 2'000.- à la charge de A______ SA ;
dit qu'il n'est pas alloué d'indemnité de procédure ;
dit que conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l'envoi ;
communique le présent arrêt à SFG Conseils SA, mandataire de la recourante, à l'administration fiscale cantonale, à l'administration fédérale des contributions ainsi qu'au Tribunal administratif de première instance.
Siégeants : M. Verniory, président, M. Dumartheray et Mme Payot Zen-Ruffinen, juges.
Au nom de la chambre administrative :
le greffier-juriste :
F. Scheffre
le président siégeant :
J.-M. Verniory
Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties.
Genève, le
la greffière :