Entscheiddatum: 17.12.2019Publikationsdatum: 27.12.2019
Bundesverwaltungsgericht Tribunal administratif fédéral Tribunale amministrativo federale Tribunal administrativ federal Cour II B-6928/2017
Arrêt du 17 décembre 2019 Composition Pietro Angeli-Busi (président du collège) ; Ronald Flury, Stephan Breitenmoser, juges ; Yann Grandjean, greffier. Parties Haute école spécialisée de Suisse occidentale HES-SO, recourante, contre Secrétariat d'Etat à la formation, à la recherche et à l'innovation SEFRI, autorité inférieure. Objet Demande de participation aux frais locatifs selon la LEHE.
A. Le 9 juin 2017, la Haute école spécialisée de Suisse occidentale HES-SO (ci-après : la requérante ou la recourante) a déposé une demande de participations aux frais locatifs selon la loi fédérale du 30 septembre 2011 sur l'encouragement des hautes écoles et la coordination dans le domaine suisse des hautes écoles (loi sur l'encouragement et la coordination des hautes écoles, LEHE, RS 414.20). Cette demande portait sur l'objet locatif "[...]".
B. Par décision du 6 novembre 2017, le Secrétariat d'Etat à la formation, à la recherche et à l'innovation SEFRI (ci-après : l'autorité inférieure) a rejeté cette demande. A l'appui de sa décision, l'autorité inférieure fait valoir que, selon l'art. 42 let. a de l'ordonnance du 23 novembre 2016 relative à la loi sur l'encouragement et la coordination des hautes écoles (O-LEHE, RS 414.201), les objets locatifs appartenant à la collectivité responsable de la haute école ne donnent pas droit à une contribution. Le Canton de Neuchâtel étant inscrit au registre foncier comme propriétaire de l'immeuble sis [...], l'autorité inférieure ne saurait faire droit à la demande de contribution aux frais locatifs y relatif.
C. Par acte du 7 décembre 2017 (timbre postal), la requérante a déposé un recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après : le Tribunal ou le TAF). Elle a conclu à l'admission du recours, à l'annulation de la décision de l'autorité inférieure du 6 novembre 2017 et à l'allocation d'une pleine participation aux frais locatifs de l'immeuble sis [...], subsidiairement, à ce que le dossier soit retourné à l'autorité inférieure pour nouvelle décision. A l'appui de son recours, la recourante allègue que l'autorité inférieure se trompe en retenant que le Canton de Neuchâtel est la collectivité responsable de la HEM Campus Arc. Selon elle, si le Canton de Neuchâtel est bien le propriétaire des locaux occupés par la HEM Campus Arc, cette dernière reste une unité décentralisée de la HEM, laquelle est une haute école genevoise. Ainsi, l'octroi d'une participation aux frais locatifs de l'immeuble sis [...] ne pourrait être refusé sur la base de l'art. 42 let. a O-LEHE. La recourante ajoute que les autres conditions d'octroi d'une participation entière aux frais locatifs de cet immeuble seraient remplies, fait qui ne serait nullement contesté par l'autorité inférieure. La décision du 6 novembre 2017, mal fondée, devrait être annulée et la HES-SO devrait être mise au bénéfice d'une participation entière aux frais locatifs de l'immeuble sis [...].
D. Par réponse du 6 avril 2018, l'autorité inférieure a conclu au rejet du recours et à ce que la décision du 6 novembre 2017 soit confirmée. Après avoir rappelé la genèse de la HES-SO et les modalités de dépôt d'une demande de participation aux frais locatifs au sens de l'art. 55 al. 2 LEHE et 40 ss O-LEHE, l'autorité inférieure explique que le Canton de Neuchâtel, en tant que membre du concordat intercantonal à la base de la HES-SO, est une des collectivités responsables de la HES-SO. Le Canton de Neuchâtel est inscrit au registre foncier comme propriétaire de l'immeuble sis [...]. Par conséquent, la demande de contribution aux frais locatifs pour cet objet locatif ne pouvait être acceptée sur le fondement de l'art. 42 let. a O-LEHE.
E. Par réplique du 26 juin 2018, la recourante a maintenu ses conclusions. Elle explique qu'il était pour elle clair que l'autorité inférieure, dans sa décision du 6 novembre 2017, considérait à tort que la HEM Campus Arc était une entité indépendante de la Haute école de Musique de Genève (ci-après : HEM-CSMG) et de la HES-SO Genève, sous la seule responsabilité du Canton de Neuchâtel. Il lui semble que dans sa réponse du 6 avril 2017 l'autorité inférieure aurait changé sa motivation. Dans cette dernière, l'autorité inférieure ne contesterait plus que la HEM Campus ARC fait partie de la HES-SO Genève et soutiendrait que cette entité était soumise à la responsabilité du Canton de Neuchâtel puisque celui-ci est le co-créateur de la HES-SO dont elle fait partie.
Sur un autre plan, la recourante allègue que le texte de l'art. 55 al. 2 let. a LEHE est resté identique depuis l'entrée en vigueur de la loi. Selon elle, l'O-LEHE n'aurait pas la possibilité de s'écarter des principes ancrés dans la LEHE.
F. Par duplique du 12 septembre 2018, l'autorité inférieure maintient ses conclusions. En réponse à la réplique de la recourante, l'autorité inférieure indique ne pas avoir changé sa motivation dans la réponse du 6 avril 2019 mais avoir précisé que la HES-SO a demandé une participation aux frais locatifs pour un immeuble qui appartiendrait à l'une de ses collectivités responsables.
G. Le 18 septembre 2018, le Tribunal a informé les parties qu'il ne se justifiait pas d'ordonner un nouvel échange d'écritures en l'état actuel de la procédure.
Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela se révèle nécessaire.
Le recours est ainsi recevable.
2.1 Selon l'art. 63a de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), le domaine des hautes écoles relève de la compétence parallèle des cantons et de la Confédération (cf. Peter Hänni, in : Basler Kommentar Bundesverfassung, 2015, art 63a Cst. no 11).
2.2 L'art. 63a Cst. est mis en oeuvre dans le domaine des hautes écoles par la loi fédérale du 30 septembre 2011 sur l'encouragement des hautes écoles et la coordination dans le domaine suisse des hautes écoles (LEHE, RS. 414.20). La LEHE est complétée par l'ordonnance du 23 novembre 2016 relative à la loi sur l'encouragement et la coordination des hautes écoles (O-LEHE, RS 414.201).
3.1 La Confédération poursuit comme but la création d'un domaine suisse des hautes écoles de haute qualité, compétitif et coordonné (art. 1 al. 1 LEHE). En vue de cet objectif, la Confédération encourage la concurrence entre les hautes écoles (art. 3 let. c LEHE) et finance ces dernières selon des critères uniformes et axés sur les prestations (art. 3 let. g LEHE).
3.2
3.2.1 La Confédération et les cantons, notamment, participent au financement des hautes écoles et appliquent pour ce faire des principes de financement uniformes (art. 41 al. 2 LEHE). La Confédération octroie des aides financières aux hautes écoles sous forme de contributions de base, de contributions d'investissements et participations aux frais locatifs, et de contributions liées à des projets (art. 47 al. 1 LEHE).
3.2.2 L'art. 45 LEHE fixe le cercle des bénéficiaires des contributions fédérales de manière suivante :
"Art. 45 Conditions
1 La Confédération peut reconnaître le droit d'une haute école à recevoir des contributions si celle-ci remplit les conditions suivantes :
a. elle est au bénéfice d'une accréditation d'institution ;
b. elle offre un enseignement public ;
c. elle représente un complément, une extension ou un choix alternatif pertinents par rapport aux institutions en place.
2 La Confédération peut reconnaître le droit d'une autre institution du domaine des hautes écoles à recevoir des contributions si celle-ci remplit les conditions suivantes :
a. elle est au bénéfice d'une accréditation d'institution ;
b. elle offre un enseignement public ;
c. son rattachement à une haute école existante n'est pas indiqué ;
d. elle assume une tâche présentant un intérêt dans le système des hautes écoles et se conforme à la coordination de la politique des hautes écoles à l'échelle nationale adoptée par le Conseil des hautes écoles.
3 [...]
Art. 46 Décision
1 Le Conseil fédéral décide du droit aux contributions des hautes écoles et des autres institutions du domaine des hautes écoles.
2 Il consulte au préalable la Conférence plénière."
3.2.3 Les art. 54 et 55 al. 2 LEHE règlent ainsi les conditions matérielles d'octroi des participations aux frais locatifs :
"Art. 54 Affectation et exceptions
1 Les contributions d'investissements et les participations aux frais locatifs sont allouées pour l'achat, l'usage à long terme, la construction et la transformation de bâtiments destinés à l'enseignement, à la recherche ou à d'autres services des hautes écoles.
2 Ne donnent pas droit à une contribution :
a. l'acquisition et l'équipement de terrains ;
b. l'entretien des bâtiments ;
c. les taxes, les amortissements et les intérêts.
3 [...]
Art. 55 Conditions
1 [...]
2 Les participations aux frais locatifs sont allouées aux conditions suivantes :
a. l'usage des locaux occasionne des coûts annuels récurrents supérieurs à 300 000 francs ;
b.l'usage des locaux fait l'objet d'un contrat d'une durée minimale de cinq ans ;
c. l'usage des locaux se justifie sur le plan économique ;
d. l'usage des locaux est conforme aux exigences de la répartition des tâches et de la coopération entre les hautes écoles ;
e. les locaux répondent à des normes strictes en matière de protection de l'environnement et de consommation d'énergie ;
f. les locaux sont adaptés aux besoins des personnes handicapées."
3.2.4 L'art. 42 let. a O-LEHE dispose, de son côté, que :
"Art. 42 Dépenses ne donnant pas droit à une contribution
Ne donnent pas droit à une contribution les dépenses pour :
a. les objets locatifs appartenant à la collectivité responsable de la haute école [...]"
Le texte de l'art. 42 let. a O-LEHE doit être compris en ce sens que les dépenses pour la location d'un bien, dont la collectivité publique délégataire de la tâche publique en cause est propriétaire, ne donnent pas droit à une participation aux frais locatifs.
3.3 La recourante estime que l'O-LEHE s'écarte des règles de la LEHE (cf. réplique no 20). Elle relève que l'art. 55 al. 2 let. a LEHE est resté identique depuis l'entrée en vigueur de la loi. Selon la recourante, il ne se dégage ni du texte de l'art. 42 let. a O-LEHE, ni des rapports liés à cette ordonnance, la moindre volonté de révolutionner le système des subventions aux hautes écoles. La recourante comprend l'art. 42 let. a O-LEHE en ce sens qu'il ne fait qu'exposer une situation dans laquelle l'usage des locaux n'occasionnerait pas de coûts pour l'école au sens de l'art. 55 al. 2 LEHE. La recourante allègue que la LEHE et l'O-LEHE ont pour ambition d'encourager et de renforcer les subventions accordées aux écoles et non de les réduire. Elle en veut pour preuve les explications données par l'autorité inférieure concernant les art. 40 à 43 O-LEHE. Selon ces explications, ces articles reprendraient largement les directives existantes. Leur intégration n'aurait pour but que de "garantir une meilleure transparence et sécurité juridique" ainsi que "d'octroyer des participations aux frais locatifs également aux universités".
3.4 Selon l'art. 5 al. 1 Cst., le droit est la base et la limite de l'activité de l'Etat. Le principe de la séparation des pouvoirs, quant à lui, interdit à un organe de l'Etat d'empiéter sur les compétences d'un autre organe ; en particulier, il proscrit au pouvoir exécutif d'édicter, par des ordonnances, des dispositions qui devraient figurer dans une loi, si ce n'est dans le cadre d'une délégation valablement conférée par le législateur (cf. ATF 141 V 688 consid. 4.2.1 et les références citées ; arrêt du TAF B-5252/2014, B-5982/2014 et B-5983/2014 du 27 juillet 2016 consid. 5.1).
La jurisprudence et la doctrine distinguent les ordonnances de substitution et les ordonnances d'exécution, même s'il est vrai que les ordonnances présentent le plus souvent un contenu mixte, fait à la fois de simples règles d'exécution et aussi de règles primaires (cf. ATAF 2009/6 consid. 5.1 ; arrêts du TAF A-2852/2018 du du 7 février 2019 consid. 3.3 et A-1405/2014 du 31 juillet 2015 consid. 2.1.2 et les références citées). Une ordonnance de substitution se caractérise par le fait qu'elle contient des règles primaires qui devraient en principe se trouver dans la loi, mais qui n'y sont pas. Les règles de droit primaire étendent ou restreignent le champ d'application de cette loi ; confèrent aux particuliers des droits ou leur imposent des obligations dont la loi ne fait pas mention. Une délégation législative est indispensable pour que le Conseil fédéral puisse adopter des règles de droit primaire. Cette délégation législative doit respecter certaines conditions, à savoir : elle ne doit pas être exclue par la Constitution fédérale et figurer dans une loi formelle fédérale ; elle doit se limiter à une matière déterminée et bien délimitée ; elle doit énoncer elle-même les points essentiels sur lesquels doit porter la matière à réglementer (art. 164 al. 2 Cst. ; cf. ATF 140 I 218 consid. 6.5 et 134 I 322 consid. 2.2 ; arrêt du TF 2C_744/2014 du 23 mars 2016 consid. 7 ; arrêt du TAF A-3766/2018 du 21 mars 2019 consid. 5.1 et B-5820/2015 du 8 juin 2016 consid. 4.1).
Une ordonnance d'exécution ne peut contenir que des normes secondaires. Une norme secondaire est une règle qui ne déborde pas du cadre de la loi, qui ne peut ni abroger cette loi ni la modifier et qui se borne à en préciser certaines dispositions et à fixer, lorsque c'est nécessaire, la procédure applicable (cf. ATF 141 II 169 consid. 4.3 et 136 I 29 consid. 3.3 et 133 II 331 consid. 7.2.2 ; arrêt du TAF A-3766/2018 du 21 mars 2019 consid. 5.1). Les normes d'exécution précisent et détaillent le sens et le contenu de la loi ; elles définissent les notions que la loi formule ; elles organisent l'application ; elles la concrétisent. Elles ne contiennent aucun droit et aucune obligation qui ne soit pas déjà posée par la loi, sauf si elles doivent combler d'éventuelles lacunes. Contrairement aux ordonnance de substitution, la compétence du Conseil fédéral d'édicter des règles secondaires se déduit directement de l'art. 182 al. 2 Cst., bien qu'il arrive que certaines lois fédérales comprennent une clause d'exécution rappelant cette attribution de l'exécutif fédéral. Cette clause est cependant en principe dépourvue de portée propre (cf. arrêt du TAF A-1754/2017 du 12 décembre 2018 consid. 5.2.2 ; Pierre Tschannen, Staatsrecht der Schweizerischen Eidgenossenschaft, 3e éd., 2011, § 46 no 21 ; Moor/Flückiger/Martenet, Droit administratif, vol. I : Les fondements, 3e éd., 2012, p. 251 s. et no 712).
3.5
3.5.1 Les ordonnances d'exécution doivent être soumises à un contrôle de légalité et de constitutionnalité. Sous l'angle de la légalité, le Tribunal examine si l'ordonnance d'exécution reste dans le cadre de la loi, si elle se contente d'en préciser le contenu ou d'en définir les termes sans contenir de règles primaires étendant le champ d'application de la loi. Sous l'angle de la constitutionnalité, le Tribunal vérifie que l'ordonnance d'exécution soit conforme aux droits et principes de nature constitutionnelle. En cas de violation originaire de la Constitution, le juge doit refuser d'appliquer l'ordonnance (cf. ATF 142 V 26 consid. 5.1 ; arrêt du TAF A-1405/2014 du 31 juillet 2015 consid. 2.2.3 ; Auer/Malinverni/Hottelier, Droit constitutionnel suisse, vol. I, 3e éd., 2013, no 1552 s. ; Wiederkehr/Richli, Praxis des allgemeinen Verwaltungsrechts, vol. I, 2012, nos 407 et 582 s.).
3.5.2 Le contrôle préjudiciel des ordonnances de substitution, à savoir les ordonnances fondées sur une délégation législative, comporte trois phases : le contrôle des conditions de la délégation législative, celui de la conformité de l'ordonnance avec cette délégation et, enfin, celui de la constitutionnalité de l'ordonnance (cf. ATF 141 II 169 consid. 3 ; ATAF 2016/29 consid. 4.2 ; arrêts du TAF A-5777/2013 précité consid. 2.2.4 et A-5414/2012 précité consid. 2.4.4 ; Auer et al., op. cit., no 1980 s.). En ce qui concerne l'examen de la conformité de l'ordonnance de substitution soit le contrôle de sa légalité et de sa constitutionnalité , le Tribunal administratif fédéral vérifie si celle-là reste dans le cadre et dans les limites de la délégation législative, si nécessaire par interprétation de la loi fédérale; lorsque la délégation est relativement imprécise et donne, par là-même, un large pouvoir d'appréciation au délégataire, il doit se limiter, en vertu du principe de l'immunité des lois fédérales (art. 190 Cst.), à examiner si les dispositions concernées de l'ordonnance sortent de manière évidente du cadre de la délégation de compétences donnée par le législateur à l'autorité exécutive ou si, pour d'autres raisons, elles sont contraires à la loi ou à la Cst. (cf. notamment ATF 141 II 169 consid. 3, 137 III 217 consid. 2.3 et la jurisprudence citée ; Auer et al., op. cit., no 1984 ; Ulrich Häfelin et al., Schweizerisches Bundesstaatsrecht, 9e éd. 2016, no 1873 in fine). Ne pouvant pas substituer sa propre appréciation à celle du délégataire, il doit uniquement vérifier, lors de cet examen, si les dispositions visées sont propres à réaliser objectivement le but de la loi fédérale, sans se soucier, en particulier, de savoir si elles constituent le moyen le mieux approprié pour l'atteindre (cf. ATAF 2016/29 consid. 4.2 et 2015/22 consid. 4.2); dans ce sens, ce contrôle se confond presque avec celui de l'arbitraire de la réglementation concernée (cf. ATF 129 II 160 consid. 2.3; 128 II 34 consid. 3b). En d'autres termes, le délégataire est responsable de l'adéquation des mesures ordonnées par rapport au but visé; il n'appartient pas au Tribunal de se prononcer sur leur justification économique ou politique (cf. ATF 138 II 398 consid. 7.2.1 et 137 III 217 consid. 2.3 et la jurisprudence citée ; ATAF 2016/29 consid. 4.2 et 2015/22 consid. 4.2 ; Auer et al., op. cit., p. 675 no 1985 ; Moor et al., op. cit., p. 256 s.).
3.6
3.6.1 Force est de constater que les art. 54 ss LEHE consacrés aux contributions d'investissements et participations aux frais locatifs pas plus que les dispositions d'exécution de cette loi (art. 67 ss LEHE) ne contiennent de fondement à une délégation législative en faveur du Conseil fédéral. Reste à voir si le Conseil fédéral pouvait s'appuyer sur une autre disposition légale pour prévoir la limitation des contributions dans le cas des objets locatifs appartenant à la collectivité responsable de la haute école.
3.6.2 La détection d'une norme de délégation est une question d'interprétation (cf. ATAF 2011/15 consid. 3.3 et les références citées). L'art. 41 al. 3 LEHE dispose que la Confédération et les cantons veillent à ce que les contributions publiques soient utilisées de manière économique et efficace. Le message du 29 mai 2009 relatif à la loi fédérale sur l'aide aux hautes écoles et la coordination dans le domaine suisse des hautes écoles (LAHE) indique que le Conseil fédéral est tenu de respecter le principe de gestion économique et d'efficacité dans l'allocation des contributions aux investissements et aux frais locatifs (cf. FF 2009 4067, 4160 [mise en évidence ajoutée]). En ce sens, il ressort de l'interprétation de l'art. 41 al. 4 LEHE qu'il était bien dans la volonté du législateur de donner un mandat au Conseil fédéral et, à défaut d'autres indications plus précises, de lui déléguer un large pouvoir d'appréciation pour agir dans ce sens, ce qui est assez régulièrement le cas pour l'administration de prestations (cf. Häfelin et al., op. cit., no 1873 et la référence jurisprudentielle citée).
3.6.3 Il faut donc à ce stade s'intéresser au contenu du principe de gestion économique et d'efficacité.
3.6.3.1 Les contributions de l'art. 47 al. 1 LEHE sont des aides financières au sens de l'art. 3 al. 1 de la loi fédérale du 5 octobre 1990 sur les aides financières et les indemnités (LSu, RS 616.1 ; cf. FF 2009 4067, 4164). Sauf dispositions contraires, les contributions prévues par la LEHE sont également soumises aux règles de la LSu (cf. FF 2009 4067, 4182).
3.6.3.2 L'art. 41 al. 3 LEHE concrétise un principe directeur du droit des subventions : le principe d'efficacité. Selon ce principe, l'aide financière doit être limitée à ce qui est strictement nécessaire pour atteindre l'objectif visé. L'objectif poursuivi par les subventions doit être atteinte d'une manière économique, efficace, cohérente et équitable (art. 170 Cst. ; art. 1 al. 1 let. b LSu ; cf. arrêt du TAF B-1773/2012 du 18 décembre 2014 consid. 7.6.2 ; Alexandre Flückiger, Le droit administratif en mutation : l'émergence d'un principe d'efficacité, RDAF 2001 p. 93). Le principe d'efficacité a à voir avec le principe de proportionnalité (art. 5 al. 2 Cst.) dont il est l'une des facettes (cf. David Hofstetter, Das Verhältnismässigkeitsprinzip als Grundsatz rechtsstaatlichen Handelns [Art. 5 Abs. 2 BV], 2014, no 518 s., note 1549 et no 547 s.) Dans le prolongement de l'art. 3 let. c LEHE, l'exigence d'efficacité implique également de tenir compte des distorsions importantes en matière de concurrence que produirait une aide ou une indemnité (cf. Martenet/Heinemann, Droit de la concurrence, 2012, p. 267 ; voir aussi : ATF 120 Ib 142 consid. 3b).
Dans ce cadre, le Conseil fédéral veille notamment, lors de l'allocation de contributions, à éviter les doubles emplois (ou double financement ; cf. Etienne Poltier, Les subventions, in : Andreas Lienhard [édit.], Finanzrecht, 2011, p. 343 ss, no 115 ; voir aussi : message du 15 décembre 1986 à l'appui d'un projet de loi sur les aides financières et les indemnités, FF 1987 I 369, 380). Il ressort également de la pratique que la gestion économique et efficace implique le respect du principe de l'emploi ménager des fonds (Sparsamkeit) (cf. Baugartner/Beljean/Widemer, Finanzhaushalt, in : Lienhard [édit.], op. cit., p. 171 ss, no 89 s.)
3.6.3.3 Dans le cadre de la LEHE, le devoir de gestion économique et d'efficacité joue un rôle important dans la planification financière, notamment dans la définition des coûts de référence, dans la définition des critères de calcul pour les contributions de base et dans l'allocation des contributions liées à des projets, mais aussi dans les avis relatifs aux requêtes portant sur la reconnaissance de nouvelles institutions du domaine des hautes écoles comme ayant droit aux contributions (cf. FF 2009 4067, 4160 [mise en évidence ajoutée]). Comme le Tribunal l'a relevé plus haut (cf. consid. 3.6.2), ce principe s'adresse au Conseil fédéral dans l'allocation des contributions pour les frais locatifs.
3.6.3.4 L'art. 42 let. a O-LEHE doit ainsi être vu comme une concrétisation du principe de gestion économique et d'efficacité inscrit à l'art. 41 al. 3 LEHE par le Conseil fédéral, fort de son large pouvoir d'appréciation (cf. consid. 3.5.2 in fine et 3.6.2 in fine). La restriction posée par l'art. 42 let. a O-LEHE vise à éviter tout risque de double financement et à assurer que la subvention accordée soit apte à atteindre les buts visés par la loi et distribuée de manière équitable (art. 1 al. 1 let. c LSu ; cf. Moor/ Flückiger/Martenet, op. cit., p. 716). La recourante adhère elle-même à cet argument en soulignant que l'art. 42 let. a O-LEHE vise à éviter un cumul de deux types de contributions (contributions d'investissement et participations aux frais locatif ; réplique no 17). Il serait en effet contraire au principe de gestion économique et d'efficacité qu'une collectivité publique bénéficie de subventions de la Confédération pour des investissements (p.ex. la construction des locaux), puis touche des aides financières pour la location de ces biens à elle-même ou à l'institution du domaine des hautes écoles concernées (p.ex. la HES-SO). Selon le Conseil fédéral, les participations aux frais locatifs sont un instrument efficace de pilotage et d'encouragement ciblé pour des dépenses d'importance stratégique (cf. FF 2009 4067, 4162). En refusant à la collectivité responsable d'une haute école le droit de percevoir une contribution pour un objet locatif lui appartenant, le Conseil fédéral évite une complexification du système de financement des collectivités publiques. En effet, il serait contraire au principe d'efficacité que les collectivités publiques, en l'occurrence les cantons, touchent des subventions pour les investissements, les frais locatifs, en plus des autres formes d'aides fédérales comme la péréquation financière. A ce titre, l'autorité inférieure a édicté une directive datée du 1er janvier 2014 concernant le calcul des dépenses donnant droit à des subventions fédérales de construction (disponibles à l'adresse > sbfi > bemessungs-richtlinien.pdf.download. pdf, consultée le 18 décembre 2019). Cette directive dispose qu'un projet ne peut bénéficier de plusieurs subventions fondées sur différents actes législatifs fédéraux ou provenant de différentes sources de financement fédéral. Il se comprend que l'octroi de plusieurs subventions pour un même objet va à l'encontre de la loi.
Dans le commentaire du 23 novembre 2016 des articles de l'O-LEHE, l'autorité inférieure rappelle que l'art. 42 let. a O-LEHE exclut une participation aux frais locatifs dans les cas où l'objet de location appartient à la collectivité responsable de la haute école. Cependant, ces mêmes biens donnent droit à des contributions d'investissements (disponibles à l'adresse , consultée le 12 novembre 2019, p. 13). La loi n'exclut donc pas toute forme de contribution pour les dépenses en lien avec la location d'un bien dont la collectivité responsable est propriétaire.
3.6.3.5 Il s'agit également pour la Confédération d'un moyen d'éviter de fausser le jeu de la concurrence entre les hautes écoles (cf. consid. 3.6.3.2 in fine). La location d'un immeuble à un tiers représente pour une haute école une charge plus importante que sa mise à disposition par la collectivité responsable de cette même école. En effet, un tiers - généralement un privé - envisagera la réalisation d'un bénéfice par le biais de ce contrat de bail, ce qui renchérira le prix de la location. Dans le deuxième cas de figure, la collectivité responsable étant une source de financement de la haute école, des économies sont réalisables. Les hautes écoles louant leur immeuble à leur collectivité responsable se trouveraient avantagées si le Conseil fédéral allouait à elles et aux hautes écoles louant à des tiers la même contribution. La concurrence entre les hautes écoles que la loi vise à maintenir s'en trouverait faussée. Il en résulterait également une inégalité de traitement (cf. Poltier, op. cit, p. 370).
3.6.3.6 Cette solution est en cohérence avec le dispositif issu de l'art. 64 O-LEHE qui donne droit au Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche (ci-après : DEFR) de régler les détails du droit aux contributions, de l'établissement des dépenses donnant droit à une contribution et de la procédure de demande pour des contributions d'investissements et des participations aux frais locatifs. Le DEFR a, dans le cadre de cette compétence, édicté une ordonnance datée du 23 novembre 2016 sur les contributions d'investissements et participations aux frais locatifs des constructions des hautes écoles (OCCHE, RS 414.201.1). L'art. 22 al. 1 OCCHE dispose que l'ayant-droit aux contributions qui souhaite réaliser des investissements dans un bâtiment en location peut obtenir aussi bien une contribution d'investissements qu'une participation aux frais locatifs. Il n'est possible de recevoir deux subventions différentes que dans le cas où l'ayant-droit aux contributions souhaite réaliser des investissements dans le bâtiment qu'il loue. A nouveau, le législateur cherche à limiter les effets d'un double subventionnement en restreignant les conditions d'octrois et les sommes allouées. Premièrement, lorsque la durée du contrat de location est inférieure à la durée d'exploitation, aucune contribution d'investissements n'est octroyée (art. 22 al. 3 OCCHE). Secondement, les contributions d'investissements allouées sont déduites des participations annuelles aux frais locatifs (art. 22 al. 4 OCCHE).
3.6.4 De son côté, l'art. 36 LEHE dispose que, dans le cadre de la Conférence suisse des hautes écoles, la Confédération établit conjointement avec les cantons une coordination de la politique des hautes écoles à l'échelle nationale et une répartition des tâches dans les domaines particulièrement onéreux; elle respecte l'autonomie des hautes écoles et la spécificité des missions des hautes écoles universitaires, des hautes écoles spécialisées et des hautes écoles pédagogiques (al. 1). La coordination comporte une planification financière à l'échelle nationale, notamment dans la perspective d'une harmonisation entre les contributions fédérales et cantonales et l'apport financier des collectivités responsables (al. 2 let. b).
Le Conseil fédéral précise à ce titre que la coordination commune, notamment la planification de la politique des hautes écoles à l'échelle nationale, vise une plus grande transparence et une harmonisation dans le domaine des contributions fédérales, des contributions intercantonales et des contributions des collectivités responsables, afin d'arriver à une utilisation plus efficace des contributions fédérales (cf. FF 2009 4178 [mise en évidence ajoutée]).
3.7 Il ressort de ce qui précède que l'art. 42 let. a O-LEHE refuse l'allocation d'une participation aux frais locatifs pour les dépenses issues de la location d'un bien appartenant à la collectivité responsable. Cependant, ces biens donnent droit à une contribution d'investissement. L'art. 42 let. a O-LEHE ne prive pas les hautes écoles qui louent un local appartenant à leur collectivité responsable de toute possibilité de subventionnement. En conclusion, l'art. 42 let. a O-LEHE ne sort pas du cadre de la loi. Au contraire, il la concrétise en posant les conditions à même de garantir le respect du principe de gestion économique et d'efficacité ancré à l'art. 43 al. 1 LEHE. Au vu des éléments exposés ci-dessus, il ne peut être reproché à l'art. 42 let. a O-LEHE de contrevenir à un principe constitutionnel qu'on la considère comme une ordonnance de substitution voire comme une ordonnance d'exécution.
3.8 Au vu de ce qui précède, le Tribunal ne peut suivre la recourante lorsqu'elle allègue que l'O-LEHE s'écarte des règles de la LEHE. Il ressort de l'interprétation de l'art. 42 let. a O-LEHE que la nouvelle loi entend allouer des subventions que lorsque ces dernières sont nécessaires et aptes à atteindre les buts visés par la loi (principe d'efficacité).
3.9 Par surabondance, le Tribunal relève que, même en l'absence de l'art. 42 let. a O-LEHE, il n'en demeurerait pas moins que le Conseil fédéral, plus précisément l'autorité inférieure, devrait, dans l'allocation des participations aux frais locatifs, respecter le principe de gestion économique et d'efficacité, conformément à la volonté du législateur (cf. consid. 3.6.2 ; FF 2009 4067, 4160). Autrement dit, l'autorité inférieure serait parfaitement légitimée à refuser à une collectivité responsable d'une haute école une participation à des frais locatifs pour des locaux dont elle serait propriétaire sur le seul fondement de l'art. 36 al. 2 let. b et surtout de l'art. 43 al. 1 LEHE.
4.1 Selon l'art. 29 al. 1 O-LEHE, la demande de contribution doit être déposée par la collectivité responsable de la haute école ou de l'institution du domaine des hautes écoles concernées. Lorsque plusieurs collectivités sont responsables d'une haute école, elles désignent une entité de coordination qui sera chargée de présenter la demande et d'assumer la coordination entre les différentes collectivités concernées au cours de la procédure (art. 29 al. 2 O-LEHE).
En l'espèce, la demande de contribution a été déposée par la HES-SO. Cette dernière agit en tant qu'institution concernée, ce qui suppose l'existence de plusieurs collectivités responsables. Reste à déterminer si, parmi ces collectivités responsables, se trouve le Canton de Neuchâtel.
4.2 La notion de "collectivité responsable" est issue du concept de la décentralisation administrative, à savoir l'exécution de tâches publiques par des entités hors de l'administration centrale mais dont la nature reste étatique. Lorsque l'administration centrale crée comme entité externe un établissement public auquel elle confie l'exécution d'une tâche publique, elle est désignée par le terme "collectivité responsable". L'administration centrale est toujours rattachée à une collectivité publique (Confédération, cantons ou communes). Une collectivité publique est une entité étatique disposant d'une structure politique et démocratique complète ou comportant au moins un exécutif élu (sur ces notions : cf. Moor/Bellanger/Tanquerel, Droit administratif, vol. III : L'organisation des activités administratives, les biens de l'Etat, 2e éd. 2018, p. 97 s.).
4.3 La Confédération et les cantons, en tant que collectivités responsables ou coresponsables d'une ou de plusieurs hautes écoles, sont compétents et responsables de leurs établissements du domaine des hautes écoles (cf. FF 2009 4067, 4107).
4.3.1
4.3.1.1 La collectivité responsable est compétente et responsable pour la création et la gestion de ses institutions du domaine des hautes écoles. Il n'est pas prévu d'autorisation obligatoire pour la création et la gestion d'institutions du domaine des hautes écoles. Seul le statut d'ayant-droit aux contributions est soumis à une accréditation institutionnelle (cf. FF 2009 4067, 4108).
Selon le droit fédéral applicable, la collectivité responsable est compétente et responsable pour la forme et le degré de l'autonomie de ses institutions du domaine des hautes écoles (cf. FF 2009 4067, 4109). L'art. 63a al. 3 Cst. et les art. 5 al. 1, 30 al. 2 et 36 al. 1 LEHE imposent à la Confédération et aux cantons de respecter l'autonomie accordée aux hautes écoles. La garantie d'autonomie implique pour une haute école la faculté de se gouverner et de fonctionner selon ses propres règles, de déterminer son offre de formations, de décider de ses engagements et de son orientation (cf. Macheret, op. cit., p. 274). L'autonomie est également un élément constitutif de la science et de la formation. Elle donne aux établissements la liberté nécessaire pour se développer dans un environnement de recherche et de formation compétitif. L'autonomie s'étend à l'ensemble des activités relevant de la compétence de la Confédération et des cantons dans le domaine des hautes écoles (art. 63a al. 5 Cst.). Toutefois, le principe d'autonomie n'est pas absolu et peut faire l'objet de limites par la Confédération et les cantons (cf. Epiney/Kern, Sur le statut des institutions étrangères et privées du domaine des hautes écoles sous le régime de la loi sur l'encouragement et la coordination des hautes écoles, Forum droit européen, no 32, 2014, p. 53 ss, p. 64). L'autonomie des hautes écoles n'est garantie que dans les limites de la loi (cf. Macheret, op. cit., p. 274). L'autonomie dont bénéficie les hautes écoles n'est pas absolue. Les compétences confiées par la Constitution à la Confédération et aux cantons limitent l'autonomie des hautes écoles (cf. Epiney/Kern, op. cit., p. 64).
4.3.1.2 En l'espèce, la recourante, pro memoria la HES-SO, est un établissement de droit public autonome de nature intercantonale. De nombreux établissements publics de ce type sont établis par le biais de conventions intercantonales (cf. Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2e éd. 2018, no 347 s.). La recourante a été créée le 9 janvier 1997 par un concordat intercantonal liant sept cantons partenaires, dont le Canton de Neuchâtel. Elle est actuellement régie par une convention intercantonale du 26 mai 2011 (disponible à l'adresse , consultée le 12 novembre 2019). En matière de gestion, les sept cantons signataires ont instauré une commission interparlementaire qui se prononce régulièrement sur les objectifs stratégiques de la recourante, leur réalisation, les résultats obtenus, la planification financière pluriannuelle, les budgets et les comptes (art. 10). En tant que telle, la recourante n'est pas une collectivité publique. En revanche, le Canton de Neuchâtel est l'une des collectivités publiques qui agissent par le truchement de la recourante.
4.3.1.3 Si l'on s'intéresse maintenant aux entités locales de la recourante, il convient de retenir ce qui suit.
L'art. 1 de la loi genevoise sur la Haute école spécialisée de Suisse occidentale - Genève (LHES-SO-GE, RS/GE C 1 26) dispose que la Haute école spécialisée de Suisse occidentale - Genève (ci-après : la HES-SO Genève) fait partie intégrante de la HES-SO (al. 1). La HES-SO Genève constitue une haute école au sens de la convention intercantonale sur la Haute école spécialisée de Suisse occidentale du 26 mai 2011 (al. 2).
L'art. 1 des statuts de la fondation "Haute école de musique - Conservatoire supérieur de musique de Genève" (HEM-CSMG ; ci-après : les statuts) du 26 janvier 2018 indique que ladite fondation a pour but l'exploitation d'une haute école de musique, conformément à la législation fédérale, intercantonale et cantonale relative aux Hautes écoles spécialisées, ainsi qu'à la réglementation intercantonale de la HES-SO.
Quant à elle, la HEM Campus Arc est une fondation de droit public rattachée à la recourante. Elle a été établie le 25 août 2008 par une convention liant le Canton de Genève à celui de Neuchâtel. En matière de gestion, le Canton de Neuchâtel est membre ordinaire du Conseil de fondation de la HEM-CSMG (art. 4 ; voir aussi l'art. 5 al. 5 des statuts de la fondation). A ce titre, il participe notamment à la désignation du responsable de site (art. 6). Il ressort donc de ce dispositif que le Canton de Neuchâtel est partie prenante à la gestion de la HEM-CSMG comme de la HEM Campus Arc.
4.3.2
4.3.2.1 Au sens du droit fédéral de la formation, la collectivité responsable est compétente et responsable pour l'organisation, la définition du mandat de prestation, de la stratégie et de la part qu'elle prend elle-même en charge au titre de collectivité responsable dans le financement de ses institutions du domaine des hautes écoles (cf. FF 2009 4067, 4108).
4.3.2.2 La Convention intercantonale sur la haute école spécialisée de suisse occidentale (HES-SO) prévoit que les cantons concluent avec la recourante une convention d'objectif quadriennale (art. 5 al. 1). Cette convention d'objectif contient les missions de la recourante, les axes de développement stratégique majeurs, le portefeuille de produits offerts, le plan financier et de développement, ainsi que les objectifs et leurs indicateurs de mesures (art. 5 al. 2). Le domaine suisse des hautes écoles est tributaire de plusieurs sources de financement (cf. Macheret, op. cit., p. 275). La recourante reçoit des financements des cantons membres et finance pour une part elle-même les hautes écoles membres qui la composent (art. 52 ss). Ses ressources proviennent essentiellement des contributions financières des cantons/régions contractants, des contributions fédérales, des participations financières des cantons non-membres à teneur de l'Accord intercantonal sur les HES et de tiers (art. 52 al. 1). Les contributions cantonales comprennent : le forfait versé par les cantons/régions (5% du total), la contribution versée par chaque canton/région proportionnellement au nombre des étudiants dans la HES-SO (bien public, 50% du total) et la contribution versée par les cantons/régions sièges proportionnellement au nombre d'étudiants dans les hautes écoles cantonales (avantage de site, 45% du total) (art. 52 al. 2).
La convention conclue entre le Canton de Genève et celui de Neuchâtel règle les engagements réciproques des deux cantons en ce qui concerne la HEM Campus Arc (art. 1). Elle règle notamment l'organisation institutionnelle (art. 4 ss), l'organisation des études (art. 8 ss), les arrangements en matière de locaux et d'équipements (art. 14 ss) ainsi que le financement de cette unité décentralisée (art. 18 ss). La HEM Campus Arc est régie par les mêmes règles financières que les autres écoles de la recourante. Elle est financée par différents bailleurs de fonds dont les principaux sont le Canton de Neuchâtel, les autres cantons de la HES-SO et la Confédération (cf. rapport du Conseil d'Etat au Grand Conseil du 3 avril 2019 [19.007], p. 17). Selon ce rapport, les dépenses du canton liées à l'offre de formation en musique professionnelle représenteraient en moyenne 62,5% du financement de l'antenne neuchâteloise (rapport précité, p. 20). La Convention prévoit que la HEM-CSMG paie le loyer, encaisse la subvention fédérale y relative et encaisse les loyers supplétifs (art. 19 1er phr.). Le Canton de Neuchâtel prend à sa charge la différence entre le loyer effectif et les recettes encaissées par la HEM-CSMG (art. 19 2e phr. de la convention précitée). L'entretien des locaux est également à la charge du Canton de Neuchâtel (art. 15). Selon le rapport précité, les locaux coûteraient 523'178 francs par année au canton. La charge d'entretien se monterait quant à elle en moyenne à 108'000 francs par an (cf. rapport précité p. 21). Selon l'art. 21, les coûts de fonctionnement sont notamment couverts par le Canton de Neuchâtel. Selon le rapport, le canton participerait pour moitié aux charges de fonctionnement du site, c'est-à-dire en moyenne 2,2 millions de francs par année (rapport précité p. 19). La Convention prévoit que le personnel de la HEM Campus Arc soit affilié à la Caisse de pensions du Canton de Neuchâtel (art. 24). En 2014, la HEM Campus Arc a dû faire face à une forte augmentation de charges liées à la recapitalisation de la Caisse de pensions. Une provision a été constituée à cet effet et le Canton de Neuchâtel a dû assumer la différence par la couverture de déficit (cf. rapport précité p. 18). Selon le rapport, la couverture de déficit représenterait 37,5% du financement total de la HEM Campus Arc. Le Canton de Neuchâtel assumerait d'autres charges qui représenteraient en moyenne 15% du financement total de l'antenne (cf. rapport précité p. 20). Sous l'angle du financement, le Canton de Neuchâtel doit être vu comme collectivité responsable.
4.3.3 En conclusion, le Canton de Neuchâtel est membre de la convention à l'origine de la HES-SO, i.e. la recourante, et également de celle de la HEM Campus Arc. En tant que canton fondateur de la recourante, le Canton de Neuchâtel participe à l'organisation et au financement de cette dernière. Une partie des contributions versées à la recourante par le Canton de Neuchâtel sont redistribuées à la HEM Campus Arc. En sus, le Canton de Neuchâtel supporte notamment les coûts de fonctionnement et d'entretien de la HEM Campus Arc. Le Canton de Neuchâtel participe également à l'organisation de la HEM Campus Arc en tant que membre ordinaire du Conseil de fondation de la HEM-CSMG. Ce siège lui permet de participer à la désignation du responsable de site. Sous cet angle également, le Canton de Neuchâtel répond aux critères de compétence et de responsabilité décrits par le Conseil fédéral dans son message du 29 mai 2009.
4.4 Au vu de ce qui précède, le Tribunal arrive à la conclusion que le Canton de Neuchâtel est collectivité responsable au sens de l'art. 42 let. a O-LEHE.
4.5 La recourante ne conteste pas que le Canton de Neuchâtel soit propriétaire de l'immeuble sis [...], de sorte qu'il n'est pas nécessaire de traiter plus avant cette question.
4.6 Au vu du texte clair de l'art. 42 let. a O-LEHE, l'autorité inférieure était fondée à refuser la demande de participation aux frais locatifs déposée par la recourante.
5.1
5.1.1 La recourante allègue que la décision de l'autorité inférieure du 6 novembre 2017 démontre un changement radical de pratique à compter du 1er janvier 2017. L'O-LEHE ne pouvant s'écarter des règles et principes ancrés dans la LEHE, la recourante soutient que l'application de l'art. 42 let. a O-LEHE ne pourrait avoir pour résultat de refuser des contributions qui jusqu'alors, aux mêmes conditions, ont toujours été acceptées. Elle considère que les contributions qui lui ont été accordées sur la base des anciennes directives auraient également dû lui être accordées suite à l'entrée en vigueur de l'O-LEHE.
5.1.2 L'autorité inférieure explique que le législateur a prévu une mise en vigueur différée pour certains articles de la LEHE. Alors que la LEHE est entrée en vigueur le 1er janvier 2015, les dispositions relatives au financement (art. 41 à 44) et aux contributions fédérales (art. 45 à 61) sont entrées en vigueur le 1er janvier 2017, en même temps que l'O-LEHE. Comme, ni la LEHE, ni l'O-LEHE ne prévoient de période transitoire pour l'application des nouvelles dispositions concernant les contributions aux investissements et les participations aux frais locatifs, ces dernières ont été immédiatement appliquées. Après avoir exposé les dispositions entrées en vigueur le 1er janvier 2017, l'autorité inférieure indique que c'est sur cette base que se fonde la décision du 6 novembre 2017.
5.2 Le principe de la suprématie de la loi implique l'obligation pour l'administration d'appliquer l'ensemble des normes juridiques qui la régissent (cf. Moor/Flückiger/Martenet, op. cit., p. 621). En règle générale, on applique aux faits dont les conséquences juridiques sont en cause ou qui doivent faire l'objet d'une évaluation juridique, les normes en vigueur au moment où ces faits se produisent (cf. ATF 136 V 24 consid. 4.3 et 130 V 445 consid. 1.2.1 ; arrêt du TAF B-5252/2014 du 27 juillet 2016 consid. 6.7.2 et les références citées). L'administration respecte et applique toute nouvelle loi dès son entrée en vigueur (cf. Milena Pirek, L'application du droit public dans le temps : la question du changement de loi, 2018, no 151 p. 64).
L'entrée en vigueur de la LEHE s'est faite en deux temps. Les dispositions concernant les organes et l'accréditation des hautes écoles sont entrées en vigueur le 1er janvier 2015. Les dispositions financières et celles relatives à la coordination sont entrées en vigueur le 1er janvier 2017 (art. 81 al. 3 LEHE ; arrêté du Conseil fédéral du 12 novembre 2014). La recourante ayant fait sa demande dans le courant de la même année, l'autorité inférieure avait l'obligation d'appliquer les dispositions de LEHE et de l'O-LEHE nouvellement entrées en vigueur.
5.3 L'art. 16d de l'ancienne ordonnance du 11 septembre 1996 relative à la création et à la gestion des hautes écoles spécialisées du 11 septembre 1996 (aOHES, RO 2014 4137 et RO 2002 1358), en lien avec les art. 18 al. 1 et 19 de l'ancienne loi fédérale du 6 octobre 1995 sur les hautes écoles spécialisées (aLHES, RO 1996 2588, RO 2002 953 et RO 2005 4635) prévoyait la possibilité d'allouer des subventions aux coûts d'exploitation pour la location de locaux ou de bâtiments appartenant à des tiers. Cette subvention n'était allouée qu'à la condition que les locaux en question n'aient pas déjà été cofinancés en tant qu'investissement immobilier.
Sous le régime de l'art. 42 let. a O-LEHE, les objets locatifs appartenant à la collectivité responsable ne donnent pas droit à une participation aux frais locatifs, mais une contribution aux investissements peut être allouée. Sous le régime de l'art. 16d al. 1 aOHES, les subventions aux coûts d'exploitation n'étaient pas allouées dans le cas où l'objet locatif appartenant à un tiers était déjà cofinancé en tant qu'investissement immobilier.
Il s'ensuit que le régime légal en matière de participation aux frais locatifs n'a pas changé, malgré les formulations très différentes. L'art. 16d aOHES tout comme l'art. 42 let. a LEHE aboutissent au même résultat : seule la location d'un local ou d'un bâtiment à un tiers donne droit à une participation aux frais locatifs. De plus, le message ne fait état d'un changement de régime que pour les hautes écoles universitaires qui jusqu'à l'entrée en vigueur de la nouvelle loi ne pouvaient recevoir aucune participation aux frais locatifs. Le message ne fait référence à aucun changement en la matière pour les hautes écoles (cf. FF 2009 4067, 4127).
5.4 L'autorité inférieure ne fournit aucune explication sur sa manière de traiter les demandes de participation aux frais locatifs. Le Tribunal peine donc à établir s'il y a véritablement eu un changement de pratique en cette matière. En raison de ce qui suit, cette question peut cependant rester ouverte.
5.5 Matériellement, la pratique administrative se définit dans le sens qu'elle exprime la manière dont une autorité administrative fait usage de son pouvoir d'appréciation (cf. Aurélie Gavillet, La pratique administrative dans l'ordre juridique suisse, thèse, 2018, no 258). L'autorité administrative dispose d'un pouvoir d'appréciation lorsque la norme légale qu'elle s'apprête à appliquer lui laisse une certaine marge de manoeuvre (cf. Tanquerel, op. cit., p. 174 s.).
5.6 Il ressort de l'interprétation de l'art. 42 let. a O-LEHE que cette disposition ne laisse pas d'autre choix à l'autorité administrative que de refuser l'allocation de participations aux frais locatifs lorsque l'immeuble loué appartient à la collectivité responsable (consid. 3.2.4). L'autorité administrative ne dispose d'aucun pouvoir d'appréciation dans l'application de cette norme. Les conditions de l'art. 42 let. a O-LEHE étant remplies, l'autorité inférieure était tenue de refuser la participation aux frais locatifs (cf. consid. 5.1).
Ainsi, quand bien même y aurait-il eu changement de pratique, la décision prise par l'autorité inférieure correspond au sens de la loi en vigueur et est donc justifiée (cf. arrêts du TF 4A_446/2018 du 21 mai 2019 consid. 4.1.2, 4A_210/2018 du 2 avril 2019 consid. 3.3 et 2C_943/2017 du 17 juillet 2019 consid. 4.5.5 ; arrêt du TAF A-4913/2013 du 23 octobre 2014 consid. 5.2.8.2 et la jurisprudence citée ; Dubey/Zufferey, op. cit., no 686). L'intérêt d'une application correcte de la loi prime celui de la sécurité du droit (cf. Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7e éd. 2016, no 593).
5.7 Le principe de la bonne foi exige que l'administré puisse se fier aux assurances et attentes créées par le comportement de l'administration. Dans ce sens, le principe de la bonne foi est étroitement lié au principe de la sécurité du droit (cf. ATF 141 V 530 consid. 6.2 et 135 V 201 consid. 6.2 ; Tanquerel, op. cit., no 568). La recourante ne bénéficiait de la part de l'autorité inférieure d'aucune garantie de recevoir une participation aux frais locatifs. L'octroi des contributions fédérales est soumis à décision (art. 3 al. 2 O-LEHE en lien avec l'art. 46 LEHE et l'art. 47 al. 1 O-LEHE en lien avec l'art. 58 LEHE). Il ressort des pièces fournies par la recourante que chaque année une nouvelle demande est déposée. Chaque année, l'autorité administrative examine la demande et, selon les limites des crédits autorisés, décide d'allouer ou non la contribution (art. 47 al. 1 LEHE, 40 al. 1 et 18 O-LEHE). La demande de contribution faisant chaque année l'objet d'un nouvel examen, la recourante ne pouvait de bonne foi déduire des années précédentes une quelconque garantie à l'octroi de participations aux frais locatifs. En cas de changement de pratique, le principe de la bonne foi impose certes aux autorités d'avertir à temps les particuliers si la nouvelle pratique porte une atteinte irrémédiable à un droit de procédure (cf. François Bellanger, Les principes constitutionnels et de procédure applicables en droit fiscal, OREF, Les procédures en droit fiscal, 2e éd. 2005, p. 61 ss, p. 134). Toujours dans l'hypothèse où l'on serait bien en face d'un changement de pratique, l'autorité inférieure n'aurait certes pas procédé à un avertissement préalable ; cela n'aurait toutefois nullement empêché le recourante de former recours contre le rejet de sa demande (cf. ATF 101 Ia 369 consid. 2).
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté.
7.1 Vu l'issue de la cause, les frais de procédure, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, doivent être mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 63 al. 1 PA et art. 1 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le TAF [FITAF, RS 173.320.2]). L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière (art. 2 al. 1 1ère phrase et 4 FITAF).
En l'espèce, les frais de procédure doivent être fixés à 9'000 francs. Ce montant est compensé avec l'avance de frais du même montant déjà versée durant l'instruction.
7.2 Compte tenu de l'issue de la procédure, la recourante n'a pas droit à des dépens (cart. 64 al. 1 PA et art. 7 al. 1 FITAF a contrario). Quant à l'autorité inférieure, elle n'y a pas droit non plus (art. 7 al. 3 FITAF).
Le recours est rejeté.
Les frais de procédure de 9'000 francs sont mis à la charge de la recourante. Ce montant est compensé avec l'avance de frais du même montant déjà versée durant l'instruction.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (acte judiciaire) ;
à l'autorité inférieure (no de réf. [...] ; acte judiciaire) ;
au Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche DEFR, à Berne (acte judiciaire).
(L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.)
Le président du collège : Le greffier : Pietro Angeli-Busi Yann Grandjean
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition : 20 décembre 2019