Entscheiddatum: 28.05.2024Publikationsdatum: 26.03.2025
, Bundesverwaltungsgericht Tribunal administratif fédéral Tribunale amministrativo federale Tribunal administrativ federal Décision confirmée par le TF par arrêt du 19.02.2025 (2C_346/2024) Cour II B-4930/2022
Arrêt du 28 mai 2024 Composition Pascal Richard (président du collège), Christoph Errass, Mia Fuchs, juges, Lu Yuan, greffière. Parties X._______ S.A., représentée par Jérôme Huber, Société rurale d'assurance de protection juridique FRV SA, recourante, contre Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, Avenue Eugène-Rambert 15, 1014 Lausanne, autorité inférieure, Département des finances et de l'agriculture (DFA), Rue de la Paix 6, 1014 Lausanne, deuxième instance, Direction générale de l'agriculture, de la viticulture et des affaires vétérinaires (DGAV), Avenue de Marcelin 29, Case postale, 1110 Morges, première instance. Objet Reconnaissance d'exploitation agricole.
A. X._______SA (ci-après : la recourante), dont le siège se situe à (...), a pour but social l'exploitation d'une porcherie ainsi que des opérations immobilières. Elle a été constituée le (...) par (...) et (...). Depuis 2012, l'un de leurs fils, A._______, officie en tant qu'administrateur bénéficiant de la signature unique et détient l'intégralité du capital-actions.
La recourante exploite une porcherie sise sur la parcelle no (...) de la commune de (...), voisine de la porcherie exploitée par Y._______SA (auparavant [...] SA) sur la parcelle no (...). Cette société, dont le siège se trouve également à (...), a pour but l'exploitation agricole, l'exploitation de porcheries, l'élevage, l'engraissement, l'avancement et le commerce de porcs, la production et le commerce de viande, ainsi que tous conseils en élevage porcin (cf. extrait du registre du commerce, [...] ; consulté le 19 avril 2024). Elle a été fondée en (...) par B._______, le frère de A._______, qui en est l'administrateur et l'actionnaire unique depuis 2008.
B. Par décision du 5 mars 2010, le Service de l'agriculture et de la viticulture du canton de Vaud (désormais la Direction générale de l'agriculture, de la viticulture et des affaires vétérinaires ; ci-après : la première instance) a reconnu la recourante comme exploitation agricole.
Y._______ SA bénéficie également d'une reconnaissance d'exploitation depuis le 17 décembre 1998, confirmée le 5 mars 2010.
C.
C.a Par courrier du 23 août 2017, la première instance a informé la recourante de l'ouverture d'une procédure de réexamen des conditions de reconnaissance de son exploitation.
C.b Sur mandat de la première instance, le fiduciaire BDO SA a analysé les exploitations de la famille (...) et des sociétés proches. Son rapport du 29 mars 2018 a relevé que plusieurs de ces sociétés, dont la recourante, n'étaient pas autonomes. Il a toutefois indiqué que Y._______ SA était autonome.
Le 7 mai 2018, la recourante s'est déterminée sur ledit rapport.
C.c Par décision du 29 juin 2018, la première instance a révoqué la reconnaissance d'exploitation accordée à la recourante avec effet rétroactif au 1er janvier 2016, dès lors que celle-ci n'était indépendante ni sur le plan économique ni sur le plan organisationnel pour les années 2016 et 2017.
C.d Le 20 septembre 2019, le Département de l'économie, de l'innovation et du sport du canton de Vaud (désormais le Département des finances et de l'agriculture ; ci-après : la deuxième instance) a rejeté le recours formé par la recourante le 30 juillet 2018 et a confirmé la décision de la première instance.
C.e Statuant sur recours, le Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après : le tribunal cantonal ou l'autorité inférieure) l'a rejeté par arrêt du 29 septembre 2022 (ci-après : l'arrêt attaqué). Il a constaté que la recourante et Y._______ SA étaient dans un lien de dépendance spatiale, économique et organisationnelle. Il a expliqué que ces deux sociétés opéraient conjointement et prenaient leurs décisions de manière à partager les risques et profits de l'activité, de sorte que leur collaboration excédait celle d'un coup de main réciproque ponctuel. Il a toutefois retenu que Y._______ SA pouvait être reconnue en tant qu'exploitation agricole autonome entre 2016 et 2017.
D. Par acte du 28 octobre 2022, la recourante a recouru contre cet arrêt auprès du Tribunal administratif fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et à la confirmation de la décision de reconnaissance en tant qu'exploitation agricole dès le 1er janvier 2016.
A l'appui de ses conclusions, elle conteste la révocation de sa reconnaissance, faisant valoir, d'une part, que sa situation est inchangée depuis l'octroi de celle-là en 2010 et, d'autre part, qu'elle est autonome sur les plans spatial, économique et organisationnel. De plus, la décision de révocation ne peut être assortie d'effet rétroactif. Elle se prévaut ensuite de l'arrêt B-533/2010 du 12 avril 2011 qui l'aurait reconnue comme exploitation indépendante. Elle invoque également la violation du principe d'égalité de traitement et conteste qu'il y ait eu partage d'exploitation en vue de contourner les règles en matière d'effectifs maximums comme mentionné dans l'arrêt entrepris. Elle relève encore que si la décision de révocation devait être confirmée, elle pourrait être amenée à restituer les paiements directs perçus et à s'acquitter de taxes pour dépassement des effectifs maximaux, ce qui entraînerait sa liquidation. A titre de mesure d'instruction, elle requiert la jonction de la présente cause avec la procédure B-4935/2022.
E.
E.a Parallèlement à cette procédure, la recourante et Y._______ SA ont déposé séparément le 5 juillet 2018 une nouvelle demande de reconnaissance d'exploitation agricole dès le 1er janvier 2018. Celle-ci a été accordée à chacune d'elles par la première instance le 17 décembre 2018.
E.b Statuant sur recours de l'Office fédéral de l'agriculture (ci-après : OFAG) du 17 janvier 2019 contre la reconnaissance d'exploitation octroyée à la recourante, la deuxième instance l'a rejeté par décision du 15 juin 2020.
E.c Par arrêt du 29 septembre 2022, le tribunal cantonal a partiellement admis le recours introduit par l'OFAG à l'encontre de ladite décision et a réformé celle-ci en ce sens que la recourante ne bénéficie pas de reconnaissance agricole en tant qu'exploitation à partir du 1er janvier 2018.
E.d Par acte du 28 octobre 2022, la recourante a recouru contre cet arrêt auprès du Tribunal administratif fédéral (procédure B-4935/2022).
F. Par décision incidente du 1er décembre 2022, le tribunal a rejeté la requête de la recourante tendant à la jonction des causes.
G.
G.a Invité à se déterminer sur le recours, le tribunal cantonal s'est référé à son arrêt, par pli du 7 décembre 2022.
G.b Dans ses écritures du 22 décembre 2022, la deuxième instance a proposé le rejet du recours. Elle relève que, d'une part, la révocation d'une reconnaissance d'exploitation et l'effet rétroactif arrêté sont prévus par la législation en la matière, d'autre part, la date fixée pour l'effectivité de la révocation respecte les principes de la bonne foi et de la proportionnalité. Quant à l'arrêt du tribunal cité par la recourante, il ne serait pas pertinent pour la présente cause. Elle précise encore que c'est l'accumulation de très nombreux éléments qui a conduit à la révocation de la reconnaissance d'exploitation octroyée.
G.c Par courrier du 7 février 2023, la première instance s'est intégralement référée à sa décision du 29 juin 2018, à la décision du 20 septembre 2019 de la deuxième instance ainsi qu'à l'arrêt entrepris.
H. Dans sa réplique du 13 mars 2023, la recourante a maintenu ses conclusions et a réitéré pour l'essentiel les arguments contenus dans son recours.
I. Par courriers datés respectivement des 16 mars, 13 avril et 14 avril 2023, le tribunal cantonal, la deuxième instance et la première instance ont renoncé à déposer une duplique.
J.
J.a Invité à donner son avis sur l'affaire en tant qu'autorité spécialisée, l'OFAG expose dans sa prise de position du 15 mai 2023 que la recourante n'est pas autonome sur les plans organisationnel et économique. Elle se trouverait dans un lien étroit de dépendance avec Y._______ SA. Il avance également que la législation en matière de reconnaissance d'exploitation permet de révoquer de manière rétroactive une décision de reconnaissance et laisse à l'autorité d'exécution la marge de manoeuvre nécessaire pour fixer la date à laquelle la révocation prend effet. Il est d'avis que la révocation de la reconnaissance d'exploitation doit être confirmée.
J.b La recourante relève finalement dans ses déterminations du 16 juin 2023 que l'OFAG n'apporte aucun élément concret permettant de justifier la révocation de sa reconnaissance. Elle précise qu'elle possède les installations nécessaires à une gestion indépendante de son exploitation et qu'elle est autonome sur tous les plans. Elle ajoute que l'intensification des collaborations entre les entreprises agricoles est fortement encouragée dans certains secteurs par les grands distributeurs et par l'association suisse pour le développement de l'agriculture et de l'espace rural AGRIDEA.
Les autres faits et arguments de la cause seront examinés, pour autant que besoin, dans les considérants en droit.
Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour statuer sur le présent recours (cf. art. 31, 32 et 33 let. i LTAF, art. 5 al. 2 PA et art. 166 al. 2 de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture [LAgr, RS 910.1] en relation avec l'art. 92 al. 1 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD, RSV 173.36]). La qualité pour recourir doit être reconnue à la recourante (cf. art. 48 al. 1 PA). Les autres conditions de recevabilité sont respectées (cf. art. 11 al. 1, 52 al. 1 et 63 al. 4 PA). Le recours est donc recevable.
Selon l'art. 49 PA, le recours peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, ainsi que pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents. En revanche, le grief de l'inopportunité ne peut être invoqué lorsque, comme en l'espèce, une autorité cantonale a statué comme autorité de recours.
Par arrêt du 29 septembre 2022, le tribunal cantonal a constaté le manque d'indépendance et d'autonomie de la recourante sur les plans spatial, économique et organisationnel durant la période de 2016/2017. Il a ainsi confirmé la révocation de la reconnaissance en tant qu'exploitation octroyée à la prénommée en 2010 avec effet rétroactif au 1er janvier 2016. Le présent litige vise ainsi à déterminer si la révocation avec effet rétroactif était conforme au droit ; en d'autres termes, si la recourante était ou non indépendante et autonome d'autres entreprises, notamment de Y._______ SA, en 2016 et 2017.
4.1 En vertu de l'art. 104 al. 1 Cst., la Confédération veille à ce que l'agriculture, par une production répondant à la fois aux exigences du développement durable et à celles du marché, contribue substantiellement à la sécurité de l'approvisionnement de la population (let. a), à la conservation des ressources naturelles et à l'entretien du paysage rural (let. b) ainsi qu'à l'occupation décentralisée du territoire (let. c). En complément des mesures d'entraide que l'on peut raisonnablement exiger de l'agriculture et en dérogeant, au besoin, au principe de la liberté économique, la Confédération encourage les exploitations paysannes cultivant le sol (cf. art. 104 al. 2 Cst.). Elle conçoit les mesures de sorte que l'agriculture réponde à ses multiples fonctions, notamment en complétant le revenu paysan par des paiements directs aux fins de rémunérer équitablement les prestations fournies, à condition que l'exploitant apporte la preuve qu'il satisfait à des exigences de caractère écologique (cf. art. 104 al. 3 let. a Cst.).
La LAgr se fonde sur cet article constitutionnel qu'elle concrétise en vue de sa mise en oeuvre ; d'autres lois offrent à cet égard un appui subsidiaire, notamment la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR, RS 211.412.11) et la loi fédérale du 4 octobre 1985 sur le bail à ferme agricole (LBFA, RS 221.213.2) (cf. Message du 26 juin 1996 concernant la réforme de la politique agricole : Deuxième étape [Politique agricole 2002] [FF 1996 IV 1, en particulier p. 76] ; ci-après : message Politique agricole 2002). L'un des objectifs poursuivis par la LAgr actuelle est notamment de faciliter une évolution utile des structures vers de plus grandes unités capables de produire à moindre coût (cf. message Politique agricole 2002, p. 64). Elle vise également à promouvoir l'exploitation durable ; outre le maintien et l'encouragement des exploitations agricoles saines et compétitives ainsi que la sauvegarde et l'entretien du paysage rural, la politique agricole entend veiller à la protection de l'environnement, des eaux, de la nature et du paysage ainsi qu'à la réalisation d'objectifs découlant de l'aménagement du territoire (cf. message Politique agricole 2002, p. 239 ss).
4.2 La reconnaissance des exploitations a été introduite par le Conseil fédéral dans le cadre de la délégation de compétence (cf. art. 177 al. 1 LAgr) et sert de manière générale à l'application de la LAgr en se conformant aux objectifs de la politique agricole. Elle ne vise ainsi pas uniquement la mise en oeuvre de la législation sur les paiements directs mais également l'encouragement d'une évolution utile des structures vers de plus grandes unités capables de produire à moindre coût ainsi que la protection de l'environnement (cf. supra consid. 4.1). Le Conseil fédéral a en outre édicté l'ordonnance sur la terminologie agricole et la reconnaissance des formes d'exploitation (OTerm ; RS 910.91) qui définit les notions utilisées dans la LAgr et les ordonnances qui en découlent (cf. art. 1 al. 1 OTerm) ; elle règle en outre la procédure à suivre en matière de reconnaissance des exploitations et de diverses formes de collaboration interentreprises (cf. art. 1 al. 2 let. a OTerm).
4.3 A teneur de l'art. 29a OTerm, les différentes formes d'exploitations doivent être reconnues par l'autorité cantonale compétente (al. 1) ; dans une entreprise agricole au sens de la LDFR, seule une exploitation peut être reconnue (al. 2). Selon l'art. 7 al. 1 LDFR, on entend par entreprise agricole une unité composée d'immeubles, de bâtiments et d'installations agricoles qui sert de base à la production et qui exige, dans les conditions d'exploitation usuelles dans le pays, au moins une unité de main-d'oeuvre standard. Le rattachement au droit foncier rural et au bail à ferme agricole vise à empêcher, sur une entreprise agricole au sens du droit foncier rural, l'existence ou la création de deux ou plusieurs exploitations au sens de la loi sur l'agriculture. Une répartition en unités rationnelles n'est pas souhaitée tant sous l'angle du droit foncier rural que sous l'angle de la politique agricole (cf. arrêt du TAF B-7313/2017 du 27 mars 2019 consid. 3.3 et la réf. cit. ; Commentaire et instructions 2024 relatifs à l'OTerm [ci-après : commentaire OTerm] ad. art. 29a al. 2, , consulté le 24 mai 2024 ; message Politique agricole 2002, p. 378 s.). D'une manière générale, on peut dire que toutes les entreprises au sens de la loi fédérale sur le droit foncier rural sont des exploitations, l'inverse n'étant pas vrai, dans la mesure où la loi énonce des critères spécifiques tant qualitatifs que quantitatifs qui excluent certaines exploitations de l'appellation d'entreprise (cf. ATF 135 II 313 consid. 4.3 ; arrêt du TF 2C_61/2020 du 16 décembre 2021 consid. 4.4.3).
4.4 Pour obtenir la reconnaissance de son exploitation, l'exploitant doit adresser sa demande, accompagnée de tous les documents requis, au canton compétent ; celui-ci vérifie alors si les conditions énoncées aux art. 6 à 12 OTerm sont remplies (cf. art. 30 al. 1 OTerm). Selon l'art. 30 al. 2 OTerm, la décision de reconnaissance prend effet à la date du dépôt de la demande. L'art. 30a al. 1 OTerm expose que les cantons vérifient périodiquement si les exploitations et les communautés satisfont aux conditions requises. Si tel n'est pas le cas, ils révoquent la reconnaissance accordée formellement ou tacitement. Le canton fixe la date à laquelle la révocation prend effet.
5.1 L'existence d'une exploitation agricole constitue un état de fait continu ; lorsque l'autorité cantonale compétente se prononce sur sa reconnaissance au sens de l'OTerm, elle constate une situation juridique déjà existante de par la loi (cf. ATAF 2016/8 consid. 4.5). De plus, comme susmentionné (cf. consid. 4.4), les exploitations reconnues sont soumises à des contrôles périodiques afin d'examiner si les conditions de reconnaissance sont satisfaites et si telles ne sont pas le cas, la reconnaissance est révoquée (art. 31a OTerm).
5.2 La révocation consiste en la décision par laquelle une autorité administrative abroge ou modifie les effets d'une décision prise préalablement et ayant acquis force de chose décidée (cf. Dubey/Zufferey, Droit administratif général, 2014, n° 1023). La révocation d'une reconnaissance d'exploitation est certes prévue dans une ordonnance du Conseil fédéral, laquelle ne constitue pas une base légale formelle en principe nécessaire en cas d'atteinte grave à la liberté économique garantie par l'art. 27 Cst. Toutefois, un changement des circonstances permet de remettre en cause tout acte administratif disposant de l'autorité de chose décidée. La révocation d'une décision est en effet possible, même en l'absence de base légale spécifique, en cas de changement dans la situation de fait ou dans la réglementation, pour autant que l'intérêt à une application correcte de la législation l'emporte sur les principes de sécurité du droit et de la bonne foi (arrêts du TF 1C_588/2016 du 26 octobre 2017 consid. 2.3, 1C_168/2019 du 17 janvier 2020 consid. 2.2).
En l'occurrence, l'art. 30a al. 1 OTerm impose aux autorités d'application du droit de veiller à une correcte application du droit correspondant à la situation de fait actuelle. La révocation qui y est prévue lorsque les conditions de reconnaissance ne sont plus réunies s'inscrit ainsi pleinement dans la pratique jurisprudentielle et ne nécessite pas un ancrage dans une loi au sens formel.
5.3 Ainsi, si au moment de l'octroi de la reconnaissance, la première instance a constaté que la situation de la recourante satisfaisait aux conditions exposées par l'OTerm, elle n'a pas moins réexaminé la situation pour les années 2016/2017 conformément à l'art. 30a al. 1 OTerm. Or, les faits pertinents pour déterminer si les exigences de l'octroi sont remplies ou non sont ceux prévalant durant ladite période. Par conséquent, la décision de reconnaissance concerne une période n'afférant pas au litige et ressort dès lors d'un autre état de fait et de droit. Partant, la recourante ne saurait invoquer la situation existant en 2010 pour justifier le maintien de la reconnaissance pour la période 2016/2017.
5.4 S'agissant de l'arrêt B-533/2010 du 12 avril 2011 qui concerne une décision rendue à l'encontre d'une société autre que la recourante, le tribunal y a reproché à l'OFAG de s'en être tenu exclusivement aux extraits du registre du commerce erronés sans examiner les moyens de preuve fournis et tendant à établir la situation juridique des sociétés en cause - dont X._______ SA - durant la période de 2007/2008. Il a ainsi constaté que les extraits non conformes à la réalité du registre du commerce n'attestaient pas une interdépendance des exploitations dont X._______ SA. Il a relevé que, au contraire, le procès-verbal des assemblées générales extraordinaires des actionnaires de ces sociétés conduisaient à admettre leur indépendance au sens de l'art. 6 al. 1 let. c OTerm. Par conséquent, il a retenu que la décision de l'OFAG, infligeant une taxe pour dépassement des effectifs maximums au recourant, à X._______ SA et à une autre société, était contraire au droit et l'a annulée.
Ainsi, il convient de relever en premier lieu que l'état de fait de l'arrêt précité concerne les années 2007 et 2008, alors que la période déterminante pour le présent litige est de 2016 à 2017 (cf. consid. 5.3). Quant aux parties à la procédure, elles ne sont pas non plus les mêmes que celles s'opposant dans la présente cause ; ni la recourante ni les autorités cantonales n'y étaient parties. De même, il a trait à une question de taxe de dépassement d'effectifs pour laquelle, à titre préliminaire, il y a eu lieu de traiter de l'indépendance de l'exploitation recourante d'avec notamment celle de la recourante. Il n'y est en revanche nullement question des éventuels liens de dépendance économique et organisationnelle entre la recourante et Y._______ SA. L'objet du litige de ces deux procédures est ainsi différent.
5.5 Enfin, quelles que soient les constatations quant à l'indépendance intervenues pour les années précédant la période objet de l'arrêt entrepris, celles-ci ne sauraient lier les instances précédentes comme le tribunal de céans. En effet, la décision de reconnaissance d'une exploitation agricole a un effet durable ; aussi, la force de chose jugée, comme celle de chose décidée, ne s'oppose pas à une révocation en cas de modification due à un changement de circonstances de fait ou de droit (cf. ATF 136 II 177 consid. 2.1 ; arrêt du TF 1C_63/2019 du 29 janvier 2020 consid. 5.3 ; ATAF 2019 I/8 consid. 4.2.4.1 ; arrêts du TAF A-956/2019 du 3 mai 2019 consid. 5.3 et TAF B-485/2010 du 7 décembre 2010 consid. 6.1).
5.6 En tant que la recourante soutient que sa situation n'a pas changé depuis l'octroi de la reconnaissance en 2010, il convient de relever que celle-ci se limite à l'alléguer, elle n'apporte aucun moyen de preuve susceptible de le démontrer. Or, à la lecture du dossier, on peut constater qu'à cette époque, son administrateur et actionnaire majoritaire était (...), lequel n'est pas membre de la famille (...). Pour le surplus, le dossier ne contient aucun élément permettant de retenir que la situation de la recourante n'a pas subi de modification depuis l'octroi de sa reconnaissance.
5.7 En définitive, la recourante ne saurait exciper de l'autorité de la chose décidée ou jugée pour s'opposer à la révocation de la décision de reconnaissance du 5 mars 2010.
Mal fondé, le recours doit dès lors être rejeté sur ce point.
6.1
6.1.1 La reconnaissance d'exploitation suppose que les conditions cumulatives de l'art. 6 al. 1 OTerm sont remplies. Cette disposition définit l'exploitation comme une entreprise agricole qui se consacre à la production végétale ou à la garde d'animaux ou aux deux activités à la fois (let. a), comprend une ou plusieurs unités de production (let. b), est autonome sur les plans juridique, économique, organisationnel et financier et est indépendante d'autres exploitations (let. c), dispose de son propre résultat d'exploitation (let. d) et est exploitée toute l'année (let. e).
6.1.2 L'art. 6 al. 4 OTerm précise encore que la condition prévue à son al. 1 let. c n'est notamment pas remplie lorsque : l'exploitant ne peut prendre de décisions concernant la gestion de son exploitation, indépendamment des exploitants d'autres entreprises agricoles au sens de l'al. 1 (let. a) ; l'exploitant d'une autre entreprise agricole au sens de l'al. 1, ou ses associés sociétaires, actionnaires ou représentants, détiennent une part de 25 % ou plus du capital propre ou du capital total de l'exploitation (let. b), ou les travaux à effectuer dans l'exploitation sont exécutés en majeure partie par d'autres exploitations sans qu'une communauté au sens des art. 10 ou 12 soit reconnue (let. c).
6.1.3 L'autonomie juridique, économique, organisationnelle et financière signifie que l'exploitant a le pouvoir de prendre toutes les décisions et de disposer de l'exploitation en toute indépendance. Il est toujours le propriétaire ou le fermier de l'exploitation. Celle-ci est indépendante sur le plan de l'organisation et n'est reliée à aucune autre exploitation. Sans cette autonomie, une entité comprenant des terres, des bâtiments et un inventaire ne peut être considérée comme une exploitation indépendante. Il ne peut s'agir que d'une unité de production, c'est-à-dire d'une partie d'exploitation (cf. commentaire OTerm ad art. 6 al. 1 let. c OTerm). C'est le résultat de l'exploitation qui prouve l'autonomie et l'indépendance économiques. Celles-ci existent si l'exploitation n'a aucun lien économique avec une autre. Une collaboration interentreprises est possible (aide entre voisins, utilisation commune de machines), si les exploitations sont gérées pour le compte et aux risques et périls d'exploitants indépendants. L'autonomie économique implique également un décompte réciproque des prestations (cf. arrêt du TAF B-649/2016 du 23 août 2017 consid. 5.2.2 ; commentaire OTerm ad art. 6 al. 1 let. d OTerm). Enfin, la question de savoir si une entreprise est autonome et indépendante doit être examinée en tenant compte de toutes les circonstances du cas d'espèce (cf. arrêt du TF 2C _63/2011 du 20 octobre 2011 consid. 3.4.1).
6.2 En l'espèce, il est admis que durant la période de 2016/2017 l'exploitation de la recourante se trouvait à proximité immédiate de celle de Y._______ SA; le complexe de bâtiments sis sur leurs parcelles n'était séparé que par un chemin de quelques mètres de large et se trouvait isolé des autres constructions. Il est également admis que la recourante disposait de ses propres installations fixes destinées à la préparation et à la distribution des aliments pour animaux. Y._______ SA, qui était également active dans le domaine de la production porcine, obtenait de la recourante les rations de nourriture destinée à l'engraissement de ses porcs. La gestion électronique de la distribution de l'alimentation de ces deux sociétés se réalisait par ailleurs en réseau commun.
Le tribunal cantonal a ensuite relevé que la gestion quotidienne des porcheries de la recourante et de Y._______ SA était effectuée par le couple (...) qui résidait sur place. Ce point n'est pas contesté, la recourante se limite à indiquer qu'elle gérait son propre personnel, à savoir (...). L'administrateur de la recourante a indiqué, dans sa lettre datée du 19 juillet 2018, que la collaboration avec la société précitée portait sur « prise de main-d'oeuvre pour l'aide à la castration des porcelets ; fourniture de main-d'oeuvre pour le chargement des porcs et le nettoyage des boxes ; service de dépannage mutuel pour [pallier] des absences ponctuelles ». Ces échanges de prestation ne faisaient toutefois pas l'objet d'une facturation durant la période de contrôle. En effet, selon le courrier susmentionné, « les prestations effectuées par [la recourante] envers Y._______ SA ou inversement [étaient] décomptées et facturées. Pour les années précédentes, ces contre-affaires [sic] n'avaient pas été chiffrées car la situation semblait équitable pour les deux parties. Afin d'être clair et transparent sur les heures effectivement fournies celles-ci [étaient] identifiées et facturées à partir du 1er janvier 2018 ». De surcroît, B._______, administrateur de Y._______ SA, s'occupait de l'acheminement du petit-lait à la recourante. Cependant, il ne ressort pas du dossier que ces prestations avaient fait l'objet d'un décompte réciproque, la recourante ne le prétend d'ailleurs nullement. De plus, selon le courrier du 4 octobre 2019 du fiduciaire de Y._______ SA et de la recourante, les paiements d'achats d'animaux « [étaient] effectués par acomptes, de sorte que ceux-ci ne [pouvaient] pas être attribués spécifiquement à une facture ». Il n'est donc pas possible de savoir avec certitude quelles étaient les prestations effectivement acquittées. Ainsi, la gestion de la recourante et ses échanges avec Y._______ SA, reposait sur une pure base de confiance. Or, une gestion autonome suppose un décompte clair des prestations avec ses partenaires commerciaux (cf. consid. 6.1.3).
Quant à la vente d'animaux, la recourante prétend qu'elle aurait fourni des porcelets également à d'autres agriculteurs de la région ; elle n'apporte toutefois aucun élément permettant de le démontrer. Or, selon son courrier daté du 7 mai 2018 « [elle vendait] ses porcelets directement à [Y._______ SA] et [revendait] le solde au marchand Z._______ SA ». Le rapport BDO a quant à lui constaté que 44% des ventes transitaient par Y._______ SA et 56% par l'intermédiaire de Z._______ SA. La recourante ne conteste pas non plus que 64% de son cheptel étaient acquis auprès d'Y. _______ SA. Ainsi, elle disposait de peu d'alternatives commerciales autre que les sociétés susmentionnées durant la période de contrôle, que ce soit au niveau de l'approvisionnement ou de la vente de sorte que sa prospérité économique dépendait fortement voire exclusivement de ces deux entreprises.
Concernant les libellés des comptes, la recourante ne conteste pas qu'ils étaient similaires avec ceux des autres entreprises appartenant à sa famille à l'instar de Y._______ SA. Selon elle, cela serait dû au fait qu'elles utilisaient le même logiciel de comptabilité et avaient recours au même fiduciaire. Or, si l'utilisation d'un même logiciel de comptabilité est fréquente dans le milieu agricole, cela ne permet toutefois pas de justifier que les prestations quotidiennes étaient libellées de façon semblable entre les différentes sociétés. Le fiduciaire employé par la recourante et les autres entreprises se limitait, quant à lui, à procéder au bouclement des comptes, à la mise en page des états financiers, à l'établissement des documents fiscaux ainsi qu'à la rédaction des procès-verbaux des assemblées générales (cf. courrier du fiduciaire du 4 octobre 2019). Il n'appert pas que celui-ci s'occupait également de la comptabilité journalière des entreprises, ce que la recourante ne prétend d'ailleurs pas. La tenue au quotidien des comptes des sociétés mises en cause apparaît ainsi avoir été centralisée durant la période en cause.
6.3 Sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, il convient de constater avec les autorités cantonales que durant la période de 2016/2017 la collaboration entre la recourante et Y._______ SA ne pouvait être qualifiée d'un simple coup de main réciproque ponctuel et qu'elle excédait ce qui pouvait être considéré comme une aide interentreprises admise. Au contraire, tout porte à croire que les deux sociétés s'étaient réparties les étapes de l'élevage et s'accordaient pour organiser la répartition des tâches au sein des deux porcheries. Elles partageaient ainsi les risques et profits de leur activité. La recourante se présentait par ailleurs comme une société au service de sa voisine tant en ce qui concerne l'approvisionnement en nourriture destinée aux animaux que pour l'approvisionnement en cheptel. Dans ces circonstances, c'est à juste titre que le tribunal cantonal a relevé le manque d'indépendance et d'autonomie de la recourante.
Mal fondé, le recours doit également être rejeté sur ce point.
En l'espèce, pour autant qu'il s'agisse bien d'un grief, force est de constater que l'arrêt contesté se contente d'exposer le contenu de l'art. 47 al. 4 LAgr, lequel précise que les partages d'exploitation opérés à la seule fin de contourner les dispositions en matière d'effectifs maximums ne sont pas reconnus, il n'en tire toutefois aucune conclusion. L'arrêt ne traite pour le reste nullement de la question de la reconnaissance de partage d'exploitation au sens de l'art. 29b OTerm ni de celle du dépassement des effectifs maximums. Il n'y a dès lors pas lieu d'examiner plus avant la question.
8.1 Sur ce point, l'art. 30a al. 1 2ème phra. OTerm prévoit que le canton fixe la date à laquelle la révocation de reconnaissance prend effet. Cette disposition indique donc de manière claire qu'il appartient à l'autorité cantonale compétente en la matière de fixer la date à partir de laquelle la révocation déploie son effet ; elle ne contient en revanche aucune indication selon laquelle la révocation ne pourrait valoir que pour l'avenir, le commentaire OTerm ne comporte pas non plus de précision y relative. Ainsi, l'autorité cantonale dispose d'une marge d'appréciation dans la fixation de cette date, sous réserve notamment du respect du principe de la bonne foi au sens de l'art. 9 Cst. (cf. arrêt du TF 2C_351/2016 du 10 février 2017 consid. 5.4.2 ; arrêt du TAF B-7161/2008 du 9 mars 2009 consid. 3.4).
8.2 En l'espèce, il convient de rappeler que la reconnaissance d'une exploitation a un effet durable ; l'autorité cantonale compétente constate en effet une situation juridique déjà existante de par la loi (cf. consid. 5.3). In casu, la première instance a soumis l'exploitation de la recourante à une vérification de son statut. Dans son courrier du 23 août 2017, elle lui a demandé de produire des documents tels que les comptes, le Grand-livre, les procès-verbaux des assemblées générales des actionnaires et des conseils d'administration des années 2014 à 2016. Ces éléments ont ensuite fait l'objet d'une analyse de la part du fiduciaire BDO. Ainsi, c'est sur la base d'une situation qui prévalait au moins en 2016 qu'elle a constaté que la recourante ne remplissait pas les conditions de reconnaissance au sens de l'art. 6 al. 1 let. c OTerm. Dans ces circonstances, on ne saurait reprocher à l'autorité cantonale d'avoir assorti sa décision d'un effet rétroactif au 1er janvier 2016. Dès lors que cette situation durait depuis 2014 déjà, cette date n'apparaît pour le reste pas contraire au principe de la proportionnalité et du respect de la bonne foi. Le recours doit donc également être rejeté sur ce point.
9.1 Une décision viole le principe d'égalité de traitement lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (cf. ATF 147 I 73 consid. 5.1, 142 V 316 consid. 6.1.1, 142 I 195 consid. 6.1 et les réf.cit. ; arrêts du TAF B-2359/2023 du 6 juillet 2023 consid. 6.1.1 et B-5446/2021 du 19 juin 2023 consid. 5.1).
9.2 En l'espèce, la pièce 12 consiste en des pages internet portant sur la présentation de la répartition du travail dans la production de porcelets (RTPP) d'UFA SA et Anicom SA ainsi que des avantages liés à cette forme d'exploitation. Le document 13 est quant à lui un contrat modèle entre deux entreprises dans le cadre de cette répartition de travail. La pièce 14 comporte, d'une part, une capture d'écran d'une vidéo de la société Rupromi Swiss Schwein SA montrant les messages suivants « Zusammensetzung, Rusterholzsauen Produzenten Micarna SA » et « Zusammenarbeit, direkt und zielgerichtet, kein Zwischenhandel, direkte Lieferung » et, d'autre part, l'extrait d'un article paru sur le site internet schweizerbauer.ch intitulé « les agriculteurs refusent les intermédiaires ». Cette pièce contient encore deux pages de présentation powerpoint intitulées « Weiterentwicklung von Terra Suisse Schweinefleisch in der Migros ». Le document 15 est quant à lui un article intitulé « à la recherche de nouveaux producteurs de poulets ». Enfin, la pièce 16 porte sur la présentation de l'entreprise Univo SA.
Ainsi, à la lecture de ces pièces, le tribunal peine à voir en quoi elles permettent de retenir que la situation de ces entreprises - pour autant qu'elles bénéficient d'une reconnaissance d'exploitation - seraient comparables à celle de la recourante. Dans ces circonstances, celle-ci ne saurait rien déduire de ces éléments en sa faveur.
De même, en tant que la recourante prétend que l'intensification des collaborations entre les entreprises agricoles est fortement encouragée par les grands distributeurs et par l'association suisse pour le développement de l'agriculture et de l'espace rural AGRIDEA, son argument ne saurait prospérer. En effet, le tribunal ne voit pas en quoi les recommandations émises par les acteurs économiques et/ou par une association permettraient de justifier le défaut d'indépendance entre les exploitations et d'ainsi déroger à la législation en matière de reconnaissance d'exploitation.
Enfin, la recourante relève que la révocation de sa reconnaissance d'exploitation aurait pour conséquence la restitution du montant des paiements directs perçus ainsi que le prélèvement de taxes pour dépassement d'effectifs maximums, ce qui conduirait à sa faillite. A supposer qu'un tel grief soit recevable (cf. consid. 2), il faut relever que si l'autorité cantonale compétente dispose certes d'une marge d'appréciation en ce qui concerne la fixation du moment de l'effectivité de la révocation (cf. consid. 8), il en va toutefois autrement lorsqu'elle constate que les conditions de reconnaissance d'exploitation ne sont, comme en l'espèce, pas remplies (cf. consid. 6). Dans de tels cas, elle doit révoquer la reconnaissance octroyée (cf. arrêt du TAF B-7161/2008 du 9 mars 2009 consid. 3.4).
Sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, il y a lieu de constater que la décision entreprise ne viole pas le droit fédéral et ne relève pas d'une constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (cf. art. 49 PA). Mal fondé, le recours doit en conséquence être rejeté.
Vu l'issue de la procédure, les frais de procédure comprenant l'émolument judiciaire et les débours doivent être mis à la charge du recourant qui succombe (cf. art. 63 al. 1 PA et art. 1 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). L'émolument judiciaire est calculé en fonction de la valeur litigieuse, de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la façon de procéder des parties et de leur situation financière (cf. art. 2 al. 1 et art. 4 FITAF). En l'espèce, les frais de procédure doivent être fixés à Fr. 7'500.- ; ils seront prélevés sur l'avance de frais, du même montant, déjà versée par la recourante, dès l'entrée en force du présent arrêt.
Par ailleurs, il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (cf. art. 64 al. 1 PA en lien avec l'art. 7 al. 1 FITAF).
Le recours est rejeté.
Les frais de procédure, d'un montant de 7'500 francs, sont mis à la charge de la recourante. Ils sont prélevés sur l'avance de frais du même montant déjà versée.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est adressé à la recourante, à l'autorité inférieure, à la deuxième instance, à la première instance ainsi qu'au Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche et à l'Office fédéral de l'agriculture.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège : La greffière : Pascal Richard Lu Yuan
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition : 4 juin 2024
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; acte judiciaire)
à la deuxième instance (acte judiciaire)
à la première instance (acte judiciaire)
au Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche (acte judiciaire)
à l'Office fédéral de l'agriculture OFAG (courrier A)