Entscheiddatum: 15.03.2012Publikationsdatum: 11.04.2012
BundesverwaltungsgerichtTribunal administratif fédéralTribunale amministrativo federaleTribunal administrativ federal Cour IA-7752/2009
Arrêt du 15 mars 2012 Composition Marie-Chantal May Canellas (présidente du collège), Michael Beusch, Daniel Riedo, juges,Chantal Schiesser-Degottex, greffière. Parties X._______, représenté par Maître ...recourant, contre Administration fédérale des contributions AFC, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,autorité inférieure , Objet TVA; 1er trimestre 2001 au 4ème trimestre 2006; taxation par estimation.
A. Le 22 février 2001, X._______ fonda une entreprise en raison individuelle dont le siège était à Genève sous la raison sociale "X._______ Expansion"; elle avait pour but le conseil en management et en gestion financière, l'achat et la vente d'entreprises, ainsi que le courtage en actif mobilier et immobilier. L'entreprise fut radiée du registre du commerce au 20 novembre 2007 suite à la cessation de son activité. En raison de celle-ci, X._______ (ci-après: l'assujetti) fut inscrit au registre des contribuables de l'AFC du 1er janvier 2001 au 31 mars 2008 en tant qu'assujetti TVA.
B. L'AFC effectua un contrôle sur place auprès de l'assujetti qui a débuté le 26 septembre 2006 et s'est terminé le 22 mai 2008. Lors de celui-ci, l'AFC constata de graves manquements dans la comptabilité et dans les pièces justificatives - des chiffres d'affaires étant non comptabilisés et non déclarés -, ce qui amena l'autorité fiscale à procéder par estimation et à reconstituer les chiffres d'affaires réalisés par l'assujetti au cours des périodes allant du 1er trimestre 2001 au 4ème trimestre 2006, soit du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2006. Pour la période contrôlée, il en est résulté un montant total d'impôt dû sur le chiffre d'affaires de Fr. 187'207.-, plus intérêt moratoire dès le 31 décembre 2004 (décompte complémentaire [DC] n° _______ du 26 mai 2008).
Hormis ce redressement, l'AFC opéra également d'autres corrections provenant des différences de concordance, de l'utilisation privée des véhicules automobiles et de l'impôt préalable dans le DC n° _______ pour un montant de Fr. 8'418.-, ce décompte ne faisant pas partie de la présente procédure.
C. En date du 12 février 2009, l'assujetti contesta le DC n° _______ du 26 mai 2008 précité pour un montant de Fr. 187'207.-, plus intérêt moratoire dès le 31 décembre 2004 (échéance moyenne).
D. Par acte du 15 mai 2009, l'AFC rendit une décision formelle dans laquelle elle confirma sa reprise d'impôt résultant du DC n° _______ susmentionné, plus intérêt moratoire.
E. Contre cette décision, l'assujetti, par le conseil de Maître _______ à Genève, déposa une réclamation le 15 juin 2009, en contestant le traitement fiscal réservé aux encaissements d'un montant total de Fr. 1'636'013.-, motifs pris qu'il s'agirait de transferts de comptes à comptes opérés par lui-même (Fr. 502'875.-) ou de remboursements en sa faveur (Fr. 1'133'138.-).
F. Le 12 novembre 2009, l'autorité fiscale rendit une décision par laquelle elle rejeta la réclamation en revendiquant de la part de l'assujetti le montant de Fr. 187'207.- pour les périodes allant du 1er trimestre 2001 au 4ème trimestre 2006, plus intérêt moratoire dès le 31 décembre 2004.
G. Par envoi recommandé du 14 décembre 2009, l'assujetti (ci-après: le recourant), toujours par l'intermédiaire de son mandataire, a interjeté un recours auprès du Tribunal administratif fédéral (TAF) contre la décision sur réclamation de l'AFC précitée en concluant à son annulation partielle, estimant que son recours doit être admis pour le montant de Fr. 85'539.45 de TVA.
Il requiert, en tant que de besoin, l'audition de A._______, B._______, C._______, D._______, E._______ et F._______ en qualité de témoins. Le recourant estime qu'une comptabilité en bonne et due forme était tenue et que les opérations qui n'avaient pas été comptabilisées ni déclarées résultaient d'inadvertances involontaires. Concernant l'estimation elle-même, le recourant considère que certains montants repris par l'AFC (des opérations de régularisation comptables et des remboursements) ne représentent pas des échanges de prestations et qu'ils doivent donc être soustraits de la reprise d'impôt opérée par l'AFC.
H. En complément de son recours et par courrier du 28 décembre 2009, le recourant a transmis au TAF des pièces complémentaires, à savoir des extraits de compte des sociétés Y._______ SA, Z._______ Sàrl et W._______ Sàrl, démontrant selon lui que les montants repris par l'AFC ne constituent que des ajustements du compte courant de l'actionnaire en faveur du recourant et non pas du chiffre d'affaires imposable.
I. Par réponse du 1er avril 2010, l'AFC conclut au rejet du recours sous suite de frais.
Les autres faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
1.1. Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'AFC peuvent être contestées devant le TAF conformément à l'art. 33 let. d LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, la décision de l'autorité inférieure a été rendue le 12 novembre 2009 et a été notifiée le lendemain au recourant. Le recours a été adressé au TAF le 14 décembre 2009 et est ainsi intervenu dans le délai légal prescrit par l'art. 50 PA. En outre, le recours satisfait aux exigences posées à l'art. 52 PA. Il est par conséquent recevable et il convient d'entrer en matière.
1.2. La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de l'ancien droit ainsi que leurs dispositions d'exécution demeurent applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance avant leur abrogation (art. 112 al. 1 LTVA). Dans la mesure où l'état de fait concerne les périodes allant du 1er trimestre 2001 au 4ème trimestre 2006, la présente cause tombe ainsi matériellement sous le coup de la loi sur la TVA du 2 septembre 1999 (aLTVA de 1999, RS 2000 1300 et les modifications ultérieures).
1.2.1. On rappellera à cet égard que le nouveau droit de procédure relatif à la TVA est applicable, au sens de l'art. 113 al. 3 LTVA, à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de cette loi. Cela étant, cette disposition doit être interprétée restrictivement, étant donné que, selon la jurisprudence du Tribunal de céans, seules les nouvelles règles qui traitent de la procédure au sens étroit doivent être appliquées aux procédures pendantes. Le recours à l'art. 113 al. 3 LTVA ne doit donc pas, sous le seul prétexte de règles de procédure, conduire à une application du nouveau droit matériel à des états de faits révolus sous l'ancien droit (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.2.1, A-5828/2008 du 1er avril 2010 consid. 1.2.2, A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 1.2.2, A-1113/2009 du 23 février 2010 consid. 1.3). Dans l'arrêt du 23 février 2010 précité, il a ainsi été jugé que les thèmes suivants, notamment, ne relevaient pas du droit de procédure, à savoir l'obligation de tenir une comptabilité, le principe de l'auto-taxation, la taxation par estimation et les intérêts moratoires (voir également à cet égard, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 2.2.4, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 1.3.3, A-4080/2010 du 9 septembre 2011 consid. 1.4 et 1.5, A-7712/2009 du 21 février 2011 consid. 3.2 et A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 1.1). S'agissant de ces matières, les juges ont donc fait application de l'ancien droit. Dans la présente affaire, les art. 70, 71, 72, 79 ou 87 LTVA ne sont dès lors pas applicables, malgré le fait qu'ils figurent sous le titre "Procédure applicable à l'impôt grevant les opérations réalisées sur le territoire suisse et à l'impôt sur les acquisitions" (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 1.2, A-1447/2010 du 11 novembre 2011 consid. 1.3., A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.2.1, A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 1.2.2).
1.2.2. S'agissant de l'art. 81 LTVA qui dispose désormais que (al. 1) la PA est applicable, à l'exclusion de son art. 2 al. 1 et que (al. 3) le principe de la libre appréciation des preuves est applicable, l'acceptation d'une preuve ne devant, par ailleurs, pas dépendre exclusivement de la présentation de moyens de preuve précis, cette disposition vaut en principe également pour les procédures pendantes devant le Tribunal administratif fédéral (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 2.2.3, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 1.2 in fine, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.3), sous certaines réserves, notamment qu'elle n'entraîne pas une application anticipée du nouveau droit matériel à des états de fait révolus sous l'ancien droit (voir également, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 2.2.3, A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.2.3 et A-4516/2008 du 5 janvier 2011 consid. 1.2). L'audition des parties ainsi que de témoins, fondée sur les garanties minimales de procédure prévues par la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101), en particulier le droit d'être entendu (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.110/2000 du 26 janvier 2001 consid. 3b), et les nouvelles dispositions de procédure applicables en vertu de l'art. 81 LTVA (art. 12-19, 30-33 PA), peut ainsi être indiquée dans certains cas (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 1.3), sous réserve de l'appréciation anticipée des preuves qui demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 1.3, A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 8.2, A-4785/2007 du 23 février 2010 consid. 5.5; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 in:Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, p. 1126 ch. 157; sur la notion de l'appréciation anticipée des preuves, cf. ci-après consid. 1.3.4).
1.3.1. Le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (art. 49 let. a PA), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (art. 49 let. b PA) ou l'inopportunité (art. 49 let. c PA; cf. Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., n. 2.149; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6e éd., Zurich/St-Gall 2010, ch. marg. 1758 ss). Le TAF applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, Berne 2011, p. 300s.). La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le TAF définit les faits et apprécie les preuves d'office et librement (cf. art. 12 PA). Les parties doivent toutefois collaborer à l'établissement des faits (cf. art. 13 PA) et motiver leur recours (cf. art. 52 PA). En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 61.31 consid. 3.2.2; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, no 677).
1.3.2. Le Tribunal administratif fédéral s'impose toutefois une certaine retenue dans son examen du calcul de la taxation par estimation, ne remplaçant l'appréciation de l'autorité inférieure par la sienne qu'en présence d'erreurs manifestes (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 3.3, A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.4, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 1.2.2, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.8.2, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 3.4.1, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 2.2). Par contre, pour voir si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies, l'examen du TAF est illimité (cf. ATAF 2009/60 consid. 2.9.2; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 3.3, A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.4, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 1.2.2, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.8.2, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 3.4.1; voir également Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 881 s. ch. 277 s.).
1.3.3. A cet égard, on rappellera que le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend entre autres, le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à celles-ci, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 129 II 497 consid. 2.2). En particulier, il comprend le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique (Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 3.84 ss).
1.3.4. Certes, aux termes des art. 113 al. 3 et 81 LTVA concernant l'application du nouveau droit de procédure aux affaires pendantes au 1er janvier 2010, l'art. 12 let. c PA est désormais immédiatement applicable, en ce sens que l'autorité procède s'il y a lieu à l'administration de preuves par les moyens nécessaires telle que le témoignage de tiers, permettant ainsi au TAF d'en ordonner (cf. le consid. 1.2.2. à propos de l'application des nouveaux articles LTVA relatifs au droit de procédure; voir également l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1113/2009 du 23 février 2010 consid. 1.3; voir enfin Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 1194 n. marg. 472 ss et p. 1234 n. marg. 662 ss). Cela dit, la jurisprudence développée jusqu'ici en matière d'audition de témoins reste valable. D'après celle-ci, de telles mesures d'instruction - comme la mise en oeuvre d'une audition de témoins - doivent conserver un caractère exceptionnel (arrêt du Tribunal fédéral 2C_118/2009 du 15 septembre 2009 consid. 3). A ce sujet, il ne ressort pas du droit d'être entendu une quelconque obligation pour l'autorité de procéder à une audition de témoins (ATF 117 II 346 consid. 1b/aa, 115 II 129 consid. 6a; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1386/2006 du 3 avril 2007 consid. 1.3.1 et 1.3.2; André Grisel, Traité de droit administratif, Neuchâtel 1984, vol. I, p. 382 et vol. II, p. 840). Le Tribunal peut procéder à une appréciation anticipée des preuves et renoncer à un moyen de preuve, notamment l'audition d'un témoin, lorsqu'il estime que le moyen de preuve en question ne porte pas sur un fait déterminant, si les pièces du dossier sont suffisantes pour qu'il puisse se forger une conviction sur la question posée ou si le moyen de preuve n'apporterait rien de plus que les pièces figurant au dossier (ATF 131 I 153 consid. 3, 124 I 208 consid. 4a, 122 II 464 consid. 4a; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2690/2011 du 24 janvier 2012 consid. 2.10, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 1.3, A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 3.1; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, n. 3.144 ss). Par ailleurs, en ce qui concerne la partie elle-même, il y a lieu de préciser qu'en matière fiscale, son droit d'être entendue est respecté si elle a pu s'exprimer par écrit sur les questions de fait et de droit qui la concernent (cf. Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 66 p. 70 s. consid. 4; arrêts du Tribunal fédéral 2A.245/2001 du 22 octobre 2001 consid. 2 et 2A.327/1999 du 9 mai 2000 consid. 4b; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 2.1.1, A-2014/2011 du 4 août 2011 consid. 5.3.1, A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 8.2, A-1360/2006 du 1er mars 2007 consid. 3.2.2 et les références citées).
1.3.5. Après une libre appréciation des preuves en sa possession, l'autorité saisie se trouve à un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction est acquise, elle peut rendre sa décision. Dans cette hypothèse, elle renoncera à des mesures d'instruction et à des offres de preuves supplémentaires, en faisant appel à une appréciation anticipée des preuves. Un rejet d'autres moyens de preuve est également admissible s'il lui apparaît que leur administration (audition de témoins par exemple) serait de toute façon impropre à entamer sa conviction reposant sur des pièces écrites ayant une haute valeur probatoire (cf. ATF 133 II 384 consid. 4.2.3 et les références citées; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 2.4 et les références citées, A-1504/2006 du 25 septembre 2008 consid. 2, A-1561/2007 du 4 juillet 2008 consid. 5.2.3, A-3069/2007 du 29 janvier 2008 consid. 2.1; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 3.144).
En revanche, si l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises en vertu du principe inquisitoire, elle appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve (Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 3.149 ss). Dans ce cadre, et à défaut de disposition spéciale en la matière, le juge s'inspire de l'art. 8 CC, en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Autrement dit, il incombe à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration de démontrer l'existence de ceux qui imposent une obligation en sa faveur. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (cf. ATAF 2009/60 consid. 2.1.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 1.2.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 3.4.2, A-7570/2009 du 22 juin 2011 consid. 2.3.2, A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.5; Moor/Poltier, op. cit., p. 299s. ; Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4ème éd., Bâle/Francfort-sur-le-Main 1991, n. marg. 2021, p. 419). De plus, la seule allégation ne suffit pas (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.269/2005 du 21 mars 2006 consid. 4 et les références citées et 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 4.5; voir également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 1.2.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 3.4.2 et A-4440/2010 du 8 septembre 2011 consid. 2.3).
2.1. En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 46 aLTVA; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 5.1, A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.1, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 4.1, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.3; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421 ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte (arrêts du Tribunal fédéral 2C_246/2010 du 28 septembre 2010 consid. 7, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.1, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 4.1, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.3). En d'autres mots, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations (cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 839 ch. 144 ss). L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. Commentaire du Département fédéral des finances de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994 [Commentaire DFF], p. 37; arrêts du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2, 2A.304/2003 du 14 novembre 2003 consid. 3.5; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.1, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 4.1, A-1344/2011 et A-3285/2011 du 26 septembre 2011 consid. 3.1, A-4072/2007 du 11 mars 2009 consid. 2.1). Enfin, il incombe à l'assujetti lui-même d'examiner et de contrôler s'il remplit les conditions d'assujettissement (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.1, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.3, A-1619/2006 du 7 avril 2009 consid. 2.2).
2.2. Selon l'art. 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre.
L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des Instructions 2001, rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA (ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007, publié dans la Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008, 2ème partie, p. 20 ss consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 5.2, A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.2, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 4.2, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.4.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 4.2). En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait que toutes les recettes et toutes les dépenses doivent être enregistrées, dans l'ordre chronologique et accompagnées d'un libellé approprié, dans les livres de caisse, de comptes de chèques postaux et de banque (ou dans les comptes correspondants). Ces enregistrements doivent être additionnés de façon suivie et les soldes des comptes doivent être établis périodiquement. Les soldes doivent être comparés avec les espèces en caisse relevées régulièrement, les avis de situation de l'office des chèques postaux et les extraits des comptes bancaires. Des livres régulièrement tenus, accompagnés d'un compte d'exploitation et d'un bilan, sont plus crédibles et constituent de meilleurs moyens de preuve que de simples relevés épars sans bilan de clôture (Instructions 2001, ch. 881 ss). Ainsi, chaque opération commerciale doit pouvoir être suivie aisément et de manière fiable, sur la base de pièces justificatives, depuis son inscription dans les livres auxiliaires et dans les livres de base, jusqu'au décompte TVA et au bilan de l'exercice, et vice versa (ch. 890 des Instructions 2001; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 4.2, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 4.2 et A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.3).
De plus, une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation (ch. 892 des Instructions 2001). Au demeurant, l'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa) doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (ch. 893 des Instructions 2001; cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 4.2, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 4.2 et A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.3).
2.3. Conformément à l'art. 58 al. 2 aLTVA, l'assujetti doit conserver en bon ordre pendant dix ans ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents. Il est également précisé que lorsque, au terme du délai de conservation, la créance fiscale à laquelle se rapportent les pièces précitées n'est pas encore prescrite, cette obligation subsiste jusqu'à la survenance de la prescription (art. 58 al. 2 in fine aLTVA; cf. également les ch. 943 ss des Instructions 2001; Willi Leutenegger, mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 3 ad art. 58 aLTVA).
S'agissant du mode de conservation, l'art. 957 al. 1 de la loi fédérale du 30 mars 1911 complétant le code civil suisse (Livre cinquième: Droit des obligations, CO, RS 220) demeure réservé, puisque certains contribuables ne sont pas tenus de s'inscrire au registre du commerce et ne sont donc pas astreints à tenir une comptabilité. A ce propos, le Conseil fédéral a rappelé, dans son message du 31 mars 1999 relatif à la révision de la comptabilité commerciale (in FF 1994 4753), que les dispositions du CO concernant la conservation des livres sont également importantes pour les artisans et les entreprises qui ne sont pas obligées par le CO à tenir une comptabilité, car les dispositions du droit commercial relatives à l'obligation de tenir et de conserver les livres s'appliquent également en droit fiscal, la révision ne changeant en rien cette situation car il ne serait pas judicieux de renoncer à l'unité du droit commercial et du droit fiscal (FF 1994 4763, qui renvoie aux Directives applicables en matière fiscale pour la tenue régulière de la comptabilité et relatives à l'enregistrement ainsi qu'à la conservation de documents commerciaux sur des supports de données ou d'images, publiées en 1979 et qui constitue l'exemple le plus frappant des effets du droit commercial sur le droit fiscal, selon le Conseil fédéral; voir également Marc Steinegger/Edith Frei, Aufbewahrung von Geschäftsbüchern und Belegen in: l'Expert comptable 2005 n° 1-2 p. 106 ss, en particulier p. 110).
Selon la jurisprudence, l'assujetti doit tenir au moins un livre de caisse, même s'il encaisse et décaisse peu d'argent liquide. Il n'est certes pas tenu, du point de vue de la TVA, de tenir une comptabilité au sens du droit commercial; cela étant, ses livres doivent mentionner tous les chiffres d'affaires et ceux-ci doivent être justifiés par les pièces correspondantes (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 3.1, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2690/2011 du 24 janvier 2012 consid. 2.5.4, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.4.4, A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5, A-1527/2006 du 6 mars 2008 consid. 2.2). La tenue détaillée et chronologique d'un livre de caisse répond à des exigences particulièrement élevées (cf. à ce sujet, Hans Gerber, Die Steuerschätzung [Veranlagung nach Ermessen], in Revue fiscale 1980 p. 306). Si un livre de caisse est censé apporter la preuve de l'exactitude des paiements intervenus, il y a lieu d'exiger que les entrées et les sorties d'argent liquide soient indiquées sans exception, de manière suivie et par ordre chronologique. Les soldes doivent être comparés avec les espèces en caisse relevées régulièrement, et même tous les jours dans les entreprises recourant intensivement aux paiements en liquide, les avis de situation de l'office des chèques postaux et les extraits de comptes bancaires (cf. Instructions 2001; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.4.4, A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 2.2). C'est seulement de cette manière qu'il est possible de garantir que les liquidités encaissées soient enregistrées de manière complète (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_302/2009 du 15 octobre 2009 consid. 4.2 et 2A.693/2006 du 26 juillet 2007 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2690/2011 du 24 janvier 2012 consid. 2.5.4, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.4.4, A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.5.4).
3.1. Aux termes de l'art. 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4, 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 6.1, A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.3, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.1, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.5.1, 4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 2.5.3). En particulier, une telle estimation a lieu lorsque des violations de règles formelles concernant la tenue de la comptabilité sont d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables est remise en cause (arrêt du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 6.1, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.1, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.5.2, A-4344/2008 du 9 septembre 2010 consid. 4.3.2). Ainsi, la taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation d'utiliser en cas de lacunes de la comptabilité. Enfin, une taxation externe intervient lorsque les résultats présentés ne correspondent manifestement pas à la réalité, soit que des indices peuvent laisser apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise, soit les résultats comptables présentés s'écartent sensiblement des résultats obtenus au moyen des coefficients expérimentaux, le contribuable n'étant pas en mesure de rendre au moins vraisemblable les circonstances particulières à l'origine de cette différence (arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.1, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.5.2, A-4344/2008 du 9 septembre 2010 consid. 4.3.3, A-1600/2006 du 27 novembre 2007 consid. 4.2; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in: Archives vol. 69, p. 542 ss).
3.2. Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 6.2, A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.3, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.2, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.6.2, A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 5.4, A-5949/2008 du 18 octobre 2010 consid. 6.4.1; MOLLARD, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (arrêt du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 6.2, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.2, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.6.2, A-7625/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2; Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève/Zurich/Bâle 2005, ad art. 60 aLTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées). Les parties probantes de la comptabilité et, le cas échéant, les pièces existantes doivent, autant que possible, être prises en compte dans l'estimation. Elles peuvent également servir de base de calcul pour l'estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 6.2, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.2, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.6.2, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2, A-4360/2008 et A-4415/2008 du 4 mars 2010 consid. 2.5.2).
3.3. Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval entant que telle. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il revient de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'administration (arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2, 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 6.3, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.3, A-2690/2011 du 24 janvier 2012 consid. 2.9.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (ATF 105 Ib 181 consid. 4c; arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine, 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 6.3, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.3, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.6.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3, A-281/2009 du 14 octobre 2010 consid. 5.2). L'assujetti doit ainsi supporter l'incertitude qui résulte nécessairement d'une estimation en raison de sa violation du devoir d'auto-taxation (arrêt du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente (entre autres, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1328/2011 du 16 février 2012 consid. 6.2, A-7647/2010 du 7 février 2012 consid. 5.3, A-5110/2011 du 23 janvier 2012 consid. 2.8.3, A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3).
En l'état, il convient ainsi au Tribunal de céans d'examiner si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies (consid. 4.1. ci-dessous). Le cas échéant, il s'imposera de vérifier la pertinence de l'estimation effectuée par l'AFC (consid. 4.2. ci-dessous). Enfin, il y aura lieu de vérifier si le droit d'être entendu du recourant a été respecté (consid. 4.3. ci-dessous).
4.1.1. Il ressort du dossier que l'autorité fiscale a procédé à juste titre à une estimation du chiffre d'affaires de l'activité du recourant, puisque la comptabilité de celui-ci n'a pas été tenue régulièrement, ce qu'il confirme partiellement en estimant qu'une comptabilité en bonne et due forme était tenue en tant que raison individuelle, mais que les pièces justificatives n'étaient pas forcément conservées "avec toute la rigueur voulue" et que les opérations qui n'avaient pas été comptabilisées ni déclarées résultaient d'inadvertances involontaires (cf. recours, p. 8). Il convient de rappeler à cet égard qu'il découle du principe d'auto-taxation développé ci-dessus (consid. 2.1.) que c'est à l'assujetti lui-même d'établir s'il remplit les conditions d'assujettissement et la créance fiscale le concernant, l'assujetti étant ainsi seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et l'AFC n'intervenant que s'il ne remplit pas ses obligations. Le Tribunal de céans rappelle également que seul un examen de l'ensemble des livres permet de s'assurer que la totalité des mouvements de marchandises et des opérations imposables a bien été régulièrement passé en compte (Archives 58 p. 380 et 35 p. 49s.) et que même si l'activité de l'assujetti génère une faible circulation d'argent liquide, celui-ci doit tenir au moins un livre de caisse en bonne et due forme (JAAC 68.73 consid. 2b).
4.1.2. D'importantes lacunes affectent la comptabilité du recourant, parmi lesquelles il faut relever celles qui suivent.
Tout d'abord, le recourant ne tient pas de livre de caisse, ce qui rend le mouvement des espèces incontrôlable. Ensuite, le compte "Caisse" de la raison individuelle présente des soldes négatifs, ce que le recourant reconnaît d'ailleurs, alléguant que le compte "Caisse" devait être "remis à zéro" par une nouvelle écriture "purement comptable", sans justificatif, au 31 décembre. S'y ajoute le fait que des recettes n'ont pas été comptabilisées. De nombreux versements dépourvus de pièces justificatives - dont à tout le moins une partie proviennent de clients reconnus comme tels par le recourant (cf. liste des clients établie par le recourant, sous annexe 16 au recours) - ont été encaissés sur des comptes bancaires et comptes de chèques postaux non intégrés en comptabilité. Ils n'ont pas non plus été déclarés. Des chiffres d'affaires n'ont pas été comptabilisés dans un compte de produits de la raison individuelle, mais en "apport" de X._______ à la raison individuelle par le biais du compte courant du prénommé (compte privé; compte n° 2200) : il en va ainsi de deux sommes, soit l'une de Fr. 93'600.- encaissée sur un CCP non intégré en comptabilité le 16 mars 2001 et l'autre de Fr. 46'268.30 également encaissée via le CCP susmentionné, le 27 avril 2001 (cf. pièces n° 1 du dossier de l'AFC). Ces deux sommes, dépourvues de justificatifs, n'ont pas non plus été déclarées. Une somme encaissée le 22 décembre 2004 également sur un CCP non intégré en comptabilité, d'un montant de Fr. 23'700.-, a été pareillement comptabilisée comme apport par le biais du compte courant de X._______ (cf. pièce n° 3 du dossier de l'AFC). Le justificatif correspondant permet de conclure qu'il s'agit de la contrepartie d'une prestation imposable (cf. facture n° _______ bis datée du 16 décembre 2004 adressée à V._______ à Rolle). Cette somme n'a pas non plus été déclarée. De nombreuses écritures sans pièces justificatives figurent sur le compte privé avec le libellé "apport". Enfin, le report de certains soldes au début de l'exercice 2006 ne correspond pas avec les soldes de fin d'année 2005.
4.1.3. Au vu de cette comptabilité qui présente d'importantes lacunes sur l'ensemble des périodes contrôlées, l'AFC a été contrainte de déterminer par estimation le chiffre d'affaires réalisé par le recourant au cours desdites périodes, afin de pouvoir vérifier si les créances fiscales en découlant étaient fondées. En effet, la jurisprudence en la matière confirme que l'AFC peut procéder à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation, lorsque les pièces sont incomplètes ou font défaut. La taxation par estimation s'est donc révélée manifestement justifiée sur le principe (voir consid. 3.1. ci-dessus).
4.1.4. Les arguments que le recourant oppose au principe de l'estimation doivent être écartés.
Premièrement, il n'est pas déterminant que les lacunes soient volontaires ou involontaires, la taxation par estimation n'étant pas subordonnée à une faute du contribuable au sens du droit pénal (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2950/2011 du 8 février 2012 consid. 2.5.3; Mollard, op. cit., in Archives 69 511 ss, ch. 1.3.4).
Secondement, il importe peu que presque toutes les recettes qui ont été comptabilisées dans le compte des produits de la raison individuelle aient été déclarées dans les décomptes TVA (cf. recours, p. 8), puisqu'un nombre important de recettes auraient dû être comptabilisées dans ce compte de produits, être déclarées et ne l'ont pas été.
Finalement, il faut souligner que la carence des pièces justificatives suffirait à elle-seule pour justifier la taxation par estimation. Il n'est dès lors pas utile d'examiner, dans ce contexte, les explications pour le moins complexes du recourant relatives à certaines écritures comptables passées au crédit du compte courant (compte privé n° 2200) puisque, même si le Tribunal suivait la théorie du recourant, ceci ne changerait rien au fait que la taxation par estimation demeurerait justifiée sur le principe, comme cela résulte du consid. 4.1.3 ci-avant. Il sera en revanche procédé à l'examen de cet argument du recourant dans le cadre de l'estimation elle-même (cf. consid. 4.2.3 ci-après).
4.2.1. S'agissant de l'estimation elle-même, le recourant considère que certains montants repris par l'AFC (des opérations de régularisation comptables et des remboursements) ne représentent pas des échanges de prestations et qu'ils doivent donc être soustraits de la reprise d'impôt opérée par l'AFC. En l'occurrence, pour pouvoir évaluer le chiffre d'affaires réalisé par le recourant de manière aussi proche que possible de la réalité, l'AFC a procédé selon la méthode qui tend à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente. Elle s'est ainsi basée sur les encaissements ressortant de la comptabilité (compte privé, compte n° 2200) et sur les encaissements figurant dans les comptes appartenant au recourant dont elle a eu connaissance (compte de la Banque cantonale de Genève et deux CCP), pour lesquels - en dépit des demandes - aucune pièce n'a été présentée et dont elle n'a pu déterminer la nature. Le montant obtenu s'élève à Fr. 2'650'460.70 pour un montant d'impôt dû fixé à Fr. 187'207.-, plus intérêt moratoire dès le 31 décembre 2004 (échéance moyenne). L'autorité inférieure relève que malgré les diverses demandes expresses, le recourant n'a pas été en mesure de lui fournir les pièces justificatives s'y rapportant permettant à l'AFC de revoir sa reprise. La reprise fiscale peut être scindée, aux fins de la présente analyse, en trois parties (consid. 4.2.2, 4.2.3 et 4.2.4 ci-après).
4.2.2. Premièrement, le recourant avait déjà admis, dans ses écritures du 12 février 2009 et du 15 juin 2009, que certains encaissements soient repris comme du chiffre d'affaires imposable. Il s'agit de très nombreux encaissements sur deux CCP et un compte bancaire non intégrés en comptabilité, totalisant Fr. 1'014'448.-, sur lesquels la TVA se monte à Fr. 71'652.45 (cf. réclamation du 15 juin 2009 p. 5 ch. 2.2.3 sous pièce n° 15 du dossier de l'AFC ; cf. également recours, p. 2 ch. 10). Cette reprise fiscale est ainsi admise par le recourant et ne fait pas l'objet de la présente procédure, à mesure que la décision entreprise constate, à bon droit, que ce point est entré en force et que le recourant ne le remet pas en cause dans son recours. Il subsiste ainsi un chiffre d'affaires de Fr. 1'636'013.- (Fr. 2'650'460.70 ./. Fr. 1'014'448.-), sur lequel la TVA due en faveur de l'AFC représente Fr. 115'554.82. Dans son recours, le recourant ne conteste cependant qu'une partie de cette reprise fiscale. Il retient en effet que Fr. 1'211'058.38 ne correspondrait pas à des recettes soumises à la TVA et conclut ainsi à ce que son recours soit admis à concurrence de Fr. 85'539.45 de TVA (cf. recours, p. 14). Il apparaît ainsi que le litige ne porte que sur le montant de TVA précité, de sorte que le surplus, à savoir la TVA calculée sur le chiffre d'affaires de Fr. 424'954.62 (Fr. 1'636'013.- ./. Fr. 1'211'058.38) est incontesté. La créance fiscale correspondante de Fr. 30'015.38 (Fr. 115'554.82 ./. Fr. 85'539.45) est donc entrée en force.
4.2.3. Secondement, la reprise fiscale porte sur des écritures totalisant Fr. 502'875.- figurant au crédit du compte courant (compte privé; compte n° 2200) de X._______ que l'AFC a considéré comme la contrepartie de prestations imposables. A ce propos, il convient de relever que les explications du recourant ont changé du tout au tout. Initialement, le recourant qualifiait les écritures litigieuses de "transferts de liquidités" provenant de sa fortune privée (cf. courrier du 12 février 2009 p. 2/i sous pièce n° 10 du dossier de l'AFC ; réclamation du 15 juin 2009 p. 3 s. ch. 2.2.1 sous pièce n° 15 du dossier de l'AFC). Par la suite, tout en faisant toujours référence à des "transferts de liquidités" (voir p. 9 et p. 10 du recours), il est arrivé à la conclusion que dites opérations ne correspondaient en rien à des mouvements monétaires ou à des transferts de liquidités comme les qualifiait l'AFC, mais uniquement en des opérations comptables internes à la raison individuelle (voir 2ème § en p. 10 du recours). Il désigne ainsi désormais ces écritures comme des "opérations de régularisation comptables" (cf. recours, p. 9) ou des "ajustements du compte courant de l'actionnaire" (cf. courrier du recourant au Tribunal de céans du 28 décembre 2009). A le suivre, ces opérations ne concerneraient que les charges commerciales et non pas le chiffre d'affaires réalisé. Il s'agirait selon lui de la conséquence technique de comptabilisation adoptée par la fiduciaire.
Cela étant, ces explications ne sont pas convaincantes. Certes, le recourant a produit un document d'une fiduciaire censé expliquer les détails du mécanisme comptable adopté et attester de la régularité de celui-ci (cf. annexe n° 14 au recours). Toutefois, il faut observer que ladite fiduciaire est établie à la même adresse que la société qui se charge de la comptabilité du recourant, dispose de la même case postale, a les mêmes numéros de téléphone et de fax, de sorte que ses conclusions sont sujettes à caution. En sus, il n'a pas fallu moins de huit pages à cette fiduciaire, schémas à l'appui, pour expliquer la méthode utilisée, de sorte qu'il est évident que la comptabilité du recourant n'a pas la clarté et la lisibilité requises. Ceci ne pouvait échapper au comptable professionnel chargé par le recourant d'établir sa comptabilité. Il est en particulier difficilement compréhensible que celui-ci ne se soit pas servi du compte d'attente n° 1019 (cf. pièce n° 2 du dossier de l'AFC) qui existait en 2002 - année de référence dans l'exemple pris par le recourant - si véritablement il s'était trouvé dans la situation de ne pas savoir, au moment de leur paiement, quelles charges commerciales ou privées avaient été réglées par le biais du CCP.
Finalement, les explications du recourant et de la fiduciaire en cause sont purement théoriques, en ce sens qu'elles ne démontrent en aucune manière concrètement quelles dépenses professionnelles auraient entraîné - en fin de compte - une écriture au crédit du compte privé de X._______ (compte n° 2200) qui ne correspondrait prétendument pas à un chiffre d'affaires. Certes, l'exemple proposé par la fiduciaire en question est documenté par trois pièces justificatives concernant trois "charges commerciales" totalisant Fr. 12'142.80 (à savoir des frais de voyage, un décompte TVA et une facture de la caisse de compensation AVS/AI/APG), étant précisé que les prétendues autres charges commerciales concernées ne sont pas justifiées par pièces (i.e. les supposés "loyers 2002" par Fr. 30'000.-). Il n'en demeure pas moins que rien ne rattache le paiement des charges en question aux débits du compte postal. La démonstration n'est donc pas probante dans le cas d'espèce. Ni l'exemple cité, ni la simple hypothèse selon laquelle cet exemple serait représentatif de la méthode utilisée pour l'ensemble des périodes contrôlées ne sont susceptibles de remettre en cause l'estimation, d'autant que le Tribunal de céans ne l'examine qu'avec réserve (cf. consid. 1.3.2 ci-avant). A cela s'ajoute que le recourant a changé de version des faits et qu'une pièce trouvée par l'AFC lors du contrôle accrédite la thèse de l'inscription de chiffres d'affaires imposables non pas dans un compte de produits mais au crédit du compte privé. Il s'agit de la facture n° 12-2004-273/bis adressée par le recourant à V._______ à Rolle du 16 décembre 2004 (cf. pièce n° 3 du dossier de l'AFC) dont le paiement a été comptabilisé au crédit du compte privé n° 2200. Certes, le recourant prétend qu'il s'agit d'une erreur unique de sa part (cf. recours, p. 10). Toutefois, il s'agit d'une allégation dépourvue de preuve. L'absence de pièces justificatives à l'appui des autres écritures passées au crédit de ce compte, telles que relevées par l'AFC, permet de retenir qu'il s'agit également de chiffres d'affaires imposables, dès lors que - dans le cadre de la présente estimation et conformément aux principes jurisprudentiels applicables - le recourant n'apporte pas la preuve évidente du contraire.
4.2.4. Troisièmement, le recourant prétend qu'une partie des montants que l'AFC a considéré comme un chiffre d'affaires imposable représenterait en fait des remboursements. Ceux-ci formeraient total de Fr. 708'183.38 résultant de l'addition de Fr. 75'000.- (cf. recours, p. 11 let. i), Fr. 478'677.88 (cf. recours, p. 11 let. ii) et Fr. 154'505.50 (cf. recours, p. 13).
Il est à relever à titre liminaire que le recourant prétendait initialement (cf. sa réclamation du 15 juin 2009 p. 4 ch. 2.2.2 sous pièce n° 15 du dossier de l'AFC) que ces remboursements se montaient à Fr. 1'133'138.-. Dans son recours, il concède qu'une partie de cette somme représente en fait la contre-prestation de prestations imposables, les « remboursements » ne totalisant plus que Fr. 708'183.38. Le recourant n'explique pas les motifs qui l'ont conduit à cette concession quantitativement importante (Fr. 424'954.62). Cela étant, il s'agit d'examiner si c'est à juste titre que l'AFC a retenu dans le cadre de son estimation que les sommes demeurant litigieuses, à savoir Fr. 708'183.38, représentaient la contrepartie de prestations imposables, sur lesquelles la TVA devait être calculée, c'est-à-dire si le recourant parvient à démontrer que cette appréciation est à l'évidence erronée.
D'après le recourant, le montant de Fr. 708'183.38 comprendrait tout d'abord un "remboursement de prêt" d'un montant de Fr. 75'000.- concédé en son temps à E._______ et qui aurait été comptabilisé par erreur au crédit du compte privé de X._______ (compte n° 2200). Le recourant explique à ce propos que ce "prêt s'inscrivait dans le cadre de négociations, qui n'ont finalement pas abouti, en vue de l'acquisition éventuelle d'une participation de (sa part) dans l'activité viticole de la famille E._______". Il s'agirait ensuite de crédits sur comptes postaux ou bancaires de la raison individuelle du recourant, opérés à titre de remboursements de prêts qu'il aurait consentis à des tiers (famille, proches) pour un montant de Fr. 478'677.88.
Cela étant, il sied de rappeler que les pièces établies après coup ont, sur le plan fiscal, une valeur probante quasi nulle. La jurisprudence a d'ailleurs eu l'occasion de préciser que pour éviter tout abus, il ne saurait être question de tenir compte de documents non contemporains aux opérations concernées (cf. ATF 133 II 153 consid. 7.2 in fine; arrêts du Tribunal fédéral 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 3.4, 2C_470/2007 du 19 février 2008 consid. 3.4, 2A.546/2003 du 14 mars 2005 consid. 2.6 et 3.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1107/2008 du 15 juin 2010 consid. 5.2.3, A-1367/2006 du 2 juin 2008 consid. 4.2.2 et A-1416/2006 du 27 septembre 2007 consid. 3.4). Or, en l'occurrence, le recourant entend prouver l'existence de certains des prêts en cause par le biais d'attestations établies par les prétendus emprunteurs postérieurement aux prêts et même postérieurement au remboursement de ceux-ci (cf. attestation sur l'honneur de E._______ du 19 avril 2007 sous pièce n° 15 annexe au recours; lettre de A._______ du 22 juillet 2007 sous pièce n° 18 annexe au recours; attestation de C._______ du 21 juillet 2007 sous pièce n° 19 annexe au recours; reconnaissance de dettes de B._______ du 25 juillet 2007 sous pièce n° 20 annexe au recours; attestation sur l'honneur de G._______ du 23 juillet 2007 sous pièce n° 21 annexe au recours). Il est précisé que d'autres prêts prétendus ne sont pas du tout documentés (ceux concédés à D._______ et F._______). Cela étant, les documents produits par le recourant ne fournissent pas pleinement la preuve de l'existence de contrats de prêts d'argent. Il est en effet pour le moins inhabituel d'accorder des prêts d'une telle ampleur - puisqu'ils représenteraient un montant total de Fr. 553'677.88 (Fr. 478'677.88 + Fr. 75'000.-) selon le recourant - sans qu'il y ait eu préalablement une reconnaissance écrite de la dette contractée, des modalités de remboursement et du taux de l'intérêt à verser. Aucun autre élément au dossier ne rattache les versements des personnes concernées à d'hypothétiques prêts, comme des correspondances antérieures ou contemporaines aux emprunts ou aux remboursements dont il s'agirait. Le recourant ne produit pas non plus de documents prouvant le versement aux tiers concernés des sommes qu'il leur aurait prétendument prêtées, alors que de telles pièces vont usuellement de soi pour des prêts de cette envergure. Dans ces conditions, force est de constater que le recourant n'a pas démontré pleinement, comme le requiert la jurisprudence applicable en matière de calcul de l'estimation, qu'il s'agit de remboursements de prêts et non de chiffres d'affaires imposables.
D'après le recourant, outre ces remboursements, d'autres montants ne pourraient être considérés comme du chiffre d'affaires car ils ne représenteraient pas des échanges de prestations imposables. Il s'agirait de remboursements partiels de comptes courants provenant des sociétés Y._______ SA, Z. _______ Sàrl et W._______ Sàrl pour un montant total de Fr. 154'505.50 (Fr. 28'000.- + Fr. 100'000.- + Fr. 26'505.50; cf. recours, p. 13). Cela étant, le recourant ne fait que contester la méthode appliquée par l'autorité fiscale, sans apporter d'autres explications, en particulier des pièces justificatives probantes à l'appui qui attesteraient que les opérations en cause ne peuvent pas être considérées comme du chiffre d'affaires résultant d'opérations imposables. Les documents que le recourant a remis au Tribunal, en annexe à son courrier du 28 décembre 2009, à savoir les supposés extraits de comptes courants des sociétés en cause, permettent uniquement d'établir qu'un mouvement d'argent entre dites sociétés et le recourant a eu lieu, sans prouver pleinement que ces versements ne s'inscrivent pas dans le cadre d'opérations imposables.
Conformément au cadre juridique exposé ci-dessus, on rappellera que c'est au recourant de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Or, en l'occurrence, le recours ne contient que des allégations et n'est pas assorti de documents justificatifs aptes à démontrer son bien-fondé aussi bien qu'à annuler l'estimation de l'AFC. Le recourant étant dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, il lui revient de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2).
4.3. En conclusion, rien ne permet de conclure que l'AFC aurait abusé de son pouvoir d'appréciation, lorsqu'elle a procédé à l'estimation des chiffres d'affaires du recourant et ce dernier n'a pas réussi à établir à l'évidence que l'estimation à laquelle est parvenue l'autorité fiscale serait manifestement mal fondée.
A cet égard, concernant le droit d'être entendu du recourant et notamment les mesures d'instruction requises, telle que l'audition de témoins (cf. recours, p. 14), elles ne peuvent pas être d'emblée exclues mais sont soumises a une extrême réserve et revêtent donc un caractère tout à fait exceptionnel (cf. consid. 1.3.3. et consid. 1.3.4. ci-dessus). Comme déjà dit (cf. consid. 1.3.3. in initio en lien avec le consid. 1.2.2 in fine ci-avant), le droit n'empêche pas l'autorité de mettre à terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion, ce qui est le cas en l'occurrence. Il convient en effet de rejeter la requête d'audition de témoins du recourant par appréciation anticipée des preuves, laquelle est admissible, même si l'art. 81 al. 1 LTVA est immédiatement applicable en vertu de l'art. 113 al. 3 LTVA (cf. Message du Conseil fédéral précité sur la simplification de la TVA p. 6394 s.; voir aussi ci-dessus consid. 1.2.2 in fine). En effet, le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes (ATF 130 II 425 consid. 2.1, 122 I 53 consid. 4a, 119 Ia 136 consid. 2d). Comme on l'a vu plus haut (cf. consid. 1.3.5. ci-dessus), le droit n'empêche cependant pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 119 Ib 492 consid. 5b).
En l'occurrence, le Tribunal est convaincu, sur la base du dossier, que l'estimation de l'AFC est correcte, tant sur le principe que dans le montant. Il ne cerne guère quels éléments supplémentaires pertinents pour la solution du litige les témoignages requis seraient susceptibles d'apporter, par rapport aux documents figurant déjà au dossier. Le recourant ne l'indique d'ailleurs pas. Il n'y a au surplus rien de déterminant qui puisse résulter d'un témoignage postérieur aux opérations litigieuses. En effet, même si les témoins requis par le recourant confirmaient ce qu'ils - ou ce que le recourant - avaient déjà écrit, ceci ne changerait rien à l'appréciation du Tribunal administratif fédéral. Le Tribunal de céans est dès lors fondé à s'en tenir aux pièces du dossier et renonce, par appréciation anticipée des preuves, à entendre les témoins désignés par le recourant.
Le recours est rejeté.
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 3'300.-, sont mis à la charge du recourant et imputés sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est adressé :
au recourant (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. \_\_\_\_\_\_\_; Acte judiciaire)
La présidente du collège : La greffière : Marie-Chantal May Canellas Chantal Schiesser-Degottex
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :