Entscheiddatum: 07.02.2012Publikationsdatum: 17.02.2012
BundesverwaltungsgerichtTribunal administratif fédéralTribunale amministrativo federaleTribunal administrativ federal Cour IA-7647/2010
Arrêt du 7 février 2012 Composition Daniel Riedo (président du collège), André Moser, Markus Metz, juges,Daniel de Vries Reilingh, greffier. Parties X._______, ...,représentée par ...,recourante, contre Administration fédérale des contributions AFC,Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée,Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,autorité inférieure. Objet TVA; aLTVA; période du 1er trimestre 2003 au 3ème trimestre 2008; dégrèvement; déduction de l'impôt préalable; estimation.
A. X._______ (ci-après : la société ou l'assujettie) est une société anonyme au sens des art. 620 ss du code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220), qui a pour but le commerce de véhicules neufs et usagés, ainsi que la réparation de véhicules. Elle est inscrite au registre du commerce de Genève depuis le 17 mai 1994. Elle a été immatriculée au registre des contribuables de l'Administration fédérale des contributions (AFC) le 1er janvier 1995 en qualité d'assujettie au sens de l'art. 17 de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aOTVA, RO 1994 258 et les modifications ultérieures).
B. A la suite d'un contrôle portant sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre de 2003 au 3ème trimestre 2008 effectué les 18 et 19 novembre 2008 ainsi que le 8 janvier 2009, l'AFC a constaté que la comptabilité de la société comportait des lacunes, si bien qu'elle n'était pas probante. L'autorité inférieure a ainsi reconstitué par estimation les chiffres d'affaires réalisés au cours des périodes contrôlées et établi les décomptes complémentaires no 218'596 du 8 janvier 2009 et no 218'616 du 9 mars 2008 [recte : 2009], portant respectivement sur un montant total d'impôt dû de CHF ... , plus intérêt moratoire dès le 31 octobre 2006 (échéance moyenne), et de CHF ..., plus intérêt moratoire dès le 31 octobre 2006 (échéance moyenne). Considérant que, outre ce redressement, les décomptes TVA établis par l'assujettie comportaient de nombreuses erreurs, notamment telles qu'un chiffre d'affaires imposable au taux normal déclaré comme exonéré malgré l'absence de preuves et des montants d'impôt préalable déduits à tort, l'AFC a établi le décompte complémentaire no 218'595 du 8 janvier 2009 d'une somme totale de CHF ..., plus intérêt moratoire dès le 31 octobre 2006 (échéance moyenne).
C.
C.a Représentée par Me ..., l'assujettie a - par télécopie du 11 avril 2009 - demandé à l'autorité inférieure de bien vouloir attendre avant de notifier une décision formelle pour lui permettre de refaire sa comptabilité et vérifier si cette opération conduisait « à un rappel d'impôts très différent » par rapport à celui fixé par l'AFC sur la base de ses coefficients.
C.b Le 17 avril 2009, l'AFC a rendu une décision formelle, par laquelle elle a confirmé les créances fiscales résultant des décomptes complémentaires no 218'596 du 8 janvier 2009 et no 218'616 du 9 mars 2009 (soit CHF ... de TVA plus un intérêt moratoire dès le 31 octobre 2006 [échéance moyenne]). Par mémoire du 18 mai 2009, la société a formé réclamation contre ledit prononcé, concluant à l'annulation de celui-ci.
C.c En date du 7 juillet 2009, l'autorité inférieure a rendu une décision formelle aux termes de laquelle elle a confirmé la reprise d'impôt résultant du décompte complémentaire no 218'595 du 8 janvier 2009 (soit CHF ... de TVA plus un intérêt moratoire de 5% dès le 1er novembre 2006 [échéance moyenne]). Elle a également levé l'opposition formée au commandement de payer no 09 165322 T du 10 juin 2009 de l'Office des poursuites de Genève jusqu'à concurrence du montant susmentionné. Constatant que le prononcé du 7 juillet 2009 - qui avait été adressé exclusivement et directement à l'assujettie alors que cette dernière était représentée par Me ... - était entaché d'un vice de notification, l'AFC a rendu le 15 décembre 2009 une décision remplaçant et annulant celle du 7 juillet 2009. Aux termes de son nouveau prononcé du 15 décembre 2009, l'AFC a décidé que la société lui devait CHF ... de TVA plus un intérêt moratoire de 5% dès le 31 octobre 2006 (échéance moyenne) pour les périodes fiscales du 1er trimestre 2003 au 3ème trimestre 2008 (1er janvier 2003 au 30 septembre 2008).
Par acte du 22 décembre 2009, l'assujettie a formé réclamation contre la décision du 15 décembre 2009 et conclu à l'annulation de celle-ci. Elle a en substance contesté la reprise relative au chiffre d'affaires réalisé avec des fonctionnaires internationaux (ch. 1.2 de l'annexe au décompte complémentaire no 218'595) ainsi que la correction concernant l'impôt préalable déduit à tort (ch. 2.2 de l'annexe au décompte complémentaire no 218'595). Elle a en revanche admis la mise en concordance du chiffre d'affaires comptabilisé avec les montants déclarés à la TVA (ch. 1.1 et 2.1 de l'annexe au décompte complémentaire no 218'595), ainsi que la régularisation liée à la part privée des actionnaires aux frais généraux (ch. 1.3 de l'annexe au décompte complémentaire no 218'595). L'assujettie a encore rappelé qu'elle contestait les décomptes complémentaires no 218'596 et no 218'616 relatifs au redressement de son chiffre d'affaires, motif pris que l'AFC aurait procédé à tort à une taxation par voie d'estimation.
D. Par décision sur réclamation prise le 24 septembre 2010, l'AFC a, après avoir joint les deux procédures susmentionnées, rejeté les deux réclamations susdites et décidé que pour les périodes fiscales allant du 1er trimestre de 2003 au 3ème trimestre de 2008, la société devait payer CHF ... de TVA plus un intérêt moratoire dès le 31 octobre 2006 (échéance moyenne), soit CHF ... relatif au décompte complémentaire no 218'595, CHF ... relatif au décompte complémentaire no 218'596 et CHF ... relatif au décompte complémentaire no 218'616.
L'autorité inférieure a considéré que la reprise fiscale opérée sous le ch. 1.2 de l'annexe au décompte complémentaire no 218'595, relative aux chiffres d'affaires résultant des prestations fournies à des diplomates et organisations internationales, était justifiée, car l'exonération n'avait pas été prouvée. S'agissant de l'impôt préalable déduit à tort (ch. 2.2 du décompte complémentaire no 218'595), un examen approfondi de l'impôt préalable déduit durant la période du 1er janvier au 30 juin 2003 avait fait ressortir que l'assujettie avait récupéré à tort des montants d'impôt pour CHF ... , soit le 26,42% de l'impôt préalable déduit. Une correction de la déduction de l'impôt préalable à raison de ce pourcentage avait été appliqué à l'ensemble de l'année 2003. Les inspecteurs avaient également procédé à des sondages sur trois mois dans les autres années et repris le pourcentage annuel d'erreurs sur chaque période contrôlée. Enfin, l'AFC a considéré que - n'étant pas en mesure de déterminer de manière sûre les chiffres d'affaires réellement réalisés par l'assujettie, car la comptabilité n'était pas correctement tenue du point de vue formel - elle avait non seulement le droit mais aussi le devoir de procéder à une taxation par voie d'estimation. L'autorité inférieure a constaté que l'assujettie ne contestait d'ailleurs pas l'estimation du chiffre en tant que telle, soit son exécution (décomptes complémentaires no 218'596 et no 218'616).
E. Représentée par Me ... , la société (ci-après : la recourante) a interjeté - par mémoire du 27 octobre 2010 - recours contre la décision sur réclamation prise le 24 septembre 2010 auprès du Tribunal administratif fédéral. Elle a conclu - sous suite de frais et dépens - à l'annulation du prononcé susdit et à ce qu'il soit ordonné à l'AFC de procéder à un nouveau contrôle des pièces comptables s'agissant des périodes fiscales allant du 1er trimestre de 2003 au 3ème trimestre de 2008. Elle a fait valoir en substance que son droit d'être entendu n'avait pas été respecté, que les documents sur lesquels l'autorité inférieure s'était fondée n'étaient pas « les éléments réellement comptabilisés » et que la personne présente lors du contrôle ne disposait pas de connaissances suffisantes. La recourante a relevé en outre qu'elle ne pouvait pas combattre l'opinion de l'autorité inférieure, selon laquelle sa comptabilité ne serait pas probante, puisqu'elle était dans l'impossibilité d'apporter la preuve du contraire.
F. Par courrier du 21 décembre 2010 adressé à l'AFC, la recourante a déposé une attestation de A._______, comptable, ainsi que des attestations relatives aux réparations effectuées en franchise d'impôt et fournies aux diplomates et organisations internationales. Elle a également requis de l'autorité inférieure la suspension de la procédure et le renvoi des inspecteurs afin d'« effectuer correctement leur travail de contrôle ». Dans la mesure où cette demande intervenait alors qu'une procédure était pendante devant le Tribunal administratif fédéral, l'AFC la lui a fait parvenir comme objet de sa compétence.
G. Dans sa réponse sur le recours, datée du 23 décembre 2010, l'autorité inférieure a proposé le rejet du recours sous suite de frais.
Invitée à se prononcer sur le courrier de la recourante du 21 décembre 2010, l'AFC s'est - par courrier du 15 février 2011 - opposé à un nouveau contrôle sur place, dès lors que deux inspecteurs s'étaient rendus deux fois déjà chez la recourante. S'agissant de l'attestation de A._______, l'autorité inférieure a rappelé que cette attestation ne se prononçait pas concernant les différentes erreurs relatées dans le rapport de révision au sujet du calcul du droit à la déduction de l'impôt préalable. S'agissant des attestations relatives aux réparations effectuées en franchise d'impôt et fournies aux diplomates et organisations internationales, l'AFC a relevé qu'accepter une exonération comporterait le risque de rembourser deux fois la TVA. De plus, la recourante reconnaissait ne pas disposer - lors du contrôle - des formules adéquates pour justifier l'exonération. L'autorité inférieure a encore indiqué que, même si les factures avaient été corrigées - ce qui n'était en l'occurrence pas démontré -, le fisc ne pourrait pas accepter une telle manière de faire, car celle-ci serait en contradiction avec la jurisprudence.
H. Par décision incidente du 24 mars 2011, le Tribunal administratif fédéral a rejeté la requête tendant à la suspension de la procédure.
I. Les faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui suivent.
1.1. Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En particulier, les décisions rendues par l'AFC peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, le mémoire de recours daté du 27 octobre 2010 contre la décision sur réclamation de l'AFC du 24 septembre 2010, remise à la recourante le 27 septembre 2010, a été déposé, à l'adresse du Tribunal administratif fédéral - lequel est effectivement compétent - dans le délai légal (art. 50 al. 1 PA). Un examen préliminaire du recours révèle en outre que cet acte remplit les exigences posées à l'art. 52 PA et qu'il ne présente aucune carence de forme ni de fond. Il y a dès lors lieu d'entrer en matière.
1.2.
1.2.1. Le Tribunal administratif fédéral constate les faits et applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA) ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 122 V 157 consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions [CRC] du 5 décembre 1996, in : Jurisprudence des autorités administratives de la Confédération [JAAC] 61.31 consid. 3.2.2; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., Zurich 1998, ch. 677).
La procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie essentiellement par la maxime inquisitoire, selon laquelle le Tribunal définit les faits pertinents et les preuves nécessaires, qu'il ordonne et apprécie d'office. Cette maxime doit cependant être relativisée par son corollaire, soit le devoir de collaboration des parties à l'établissement des faits, ainsi que par le droit des parties, compris dans le droit d'être entendu, de participer à la procédure et d'influencer la prise de décision (cf. ATF 128 II 139 consid. 2b, 120 V 357 consid. 1a). Le devoir de collaborer des parties concerne en particulier le recourant qui adresse un recours au Tribunal dans son propre intérêt. Le recourant doit ainsi renseigner le juge sur les faits de la cause, indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver sa requête (cf. art. 52 PA; cf. également ATF 119 II 70 consid. 1; Moor/Poltier, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 292 ss; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7663/2010 et A-7699/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, A-7027/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, A-7020/2010 du 27 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées). Un devoir de collaborer concerne aussi le recourant en ce qui concerne les faits qu'il est mieux à même de connaître, parce qu'ils ont trait spécifiquement à sa situation personnelle, qui s'écarte de l'ordinaire (cf. Moor/Poltier, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 294 s.; arrêt du Tribunal fédéral 2C_573/2007 du 23 janvier 2008 consid. 2.3 et les références citées).
Il n'appartient en principe pas à l'autorité de recours d'établir les faits ab ovo. Dans le cadre de la présente procédure, il s'agit bien plus de vérifier les faits établis par l'autorité inférieure et de les corriger ou compléter le cas échéant (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-535/2011 du 28 juin 2011 consid. 2.3 et les références citées; cf. également André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 1.52).
1.2.2. Le Tribunal administratif fédéral s'impose une certaine retenue dans son examen en matière de taxation par estimation justifiée et reprend ainsi la jurisprudence en la matière de la CRC (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 2.2, A-1546/2006 du 30 avril 2008 consid. 2.5.4, A-1397/2006 et A-1398/2006 du 19 juillet 2007 consid. 2.1, décision de la CRC du 24 octobre 2005, publiée in: JAAC 70.41 consid. 2d/cc, et du 14 mai 2003, publiée in : JAAC 67.122 consid. 2c/cc). Par contre, pour déterminer si les conditions d'une taxation par estimation sont réunies, l'examen du Tribunal administratif fédéral est illimité (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 4.3; ATAF 2009/60 consid. 2.9.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 2.2, A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 5.5, A-7083/2008 et A-7084/2008 du 29 novembre 2010 consid. 2.2 et les références citées; décision de la CRC du 3 décembre 2003, publiée in : JAAC 68.73 consid. 1c; voir également Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, Bâle 2009, p. 881 s. ch. 277 s.).
1.2.3. Si l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé aux investigations requises, elle appliquera les règles sur la répartition du fardeau de la preuve. Dans ce cadre, et à défaut de disposition spéciale en la matière, l'autorité saisie s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Autrement dit, il incombe à l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration de démontrer l'existence de ceux qui imposent une obligation en sa faveur. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer un droit du fait non prouvé (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3994/2009 du 19 mai 2011 consid. 1.3.2 et les références citées, A-393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.3.2, A-7046/2010 du 1er avril 2011 consid. 2.4.2 et A-1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.5; Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, Berne 2011, p. 299 s.). De plus, la seule allégation ne suffit pas (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.269/2005 du 21 mars 2006 consid. 4 et les références citées, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 4.5; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3994/2009 du 19 mai 2011 consid. 1.3.2, A-393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.3.2, A-1687/2006 du 18 juin 2007 consid. 2.4). Le principe inquisitoire n'a donc aucune influence sur la répartition du fardeau de la preuve (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-5584/2008 du 11 juin 2010 consid. 1.2.2 et les références citées, A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.3), car il intervient à un stade antérieur.
Appliquées au droit fiscal, les règles sur la répartition du fardeau de la preuve susmentionnées supposent que l'administration fiscale supporte la charge de la preuve des faits qui déterminent l'imposition ou le montant de la créance fiscale, à savoir les faits fondant ou augmentant l'imposition. En revanche, l'assujetti assume la charge de la preuve des faits qui diminuent ou lèvent l'imposition, à savoir les faits qui l'exonèrent ou réduisent le montant de l'impôt (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 2A.642/2004 14 juillet 2005, in : Archives de droit fiscal suisse [Archives] 75 p. 495 ss consid. 5.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 5.2 et les références citées, A-8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.8, A-1418/2006 du 14 mai 2008 consid. 5.1, A-1373/2006 du 16 novembre 2007 consid. 2.1). S'agissant plus spécifiquement de l'impôt préalable, la preuve en incombe au contribuable, puisqu'il s'agit d'un fait qui aboutit à une diminution de l'impôt. Il lui est possible d'apporter cette preuve encore dans le cadre du recours au Tribunal de céans (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 5.2, A-6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.4, A-1389/2006 du 21 janvier 2008 consid. 4.2, A-1454/2006 du 26 septembre 2007 consid. 2.4.3 et les références citées).
1.3.
1.3.1. La loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les dispositions de droit matériel qu'elle contient sont applicables à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance à compter de cette date, avec pour conséquences que les dispositions de l'ancien droit s'appliquent à ceux qui sont plus anciens (art. 112 al. 1 LTVA). Dès lors que les faits déterminants se sont déroulés entre le 1er janvier 2003 et le 30 septembre 2008 (périodes fiscales allant du 1er trimestre 2003 au 3ème trimestre 2008), la présente procédure est régie, s'agissant du droit matériel applicable, par la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (aLTVA, RO 2000 1300), entrée en vigueur le 1er janvier 2001 et de son ordonnance du 22 mars 2000 (aOLTVA ; RO 2000 1347 ; cf. art. 94 al. 1 aLTVA ; arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 2000, RO 2000 1346; cf. également arrêt du Tribunal fédéral A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.1).
1.3.2. Sur le plan procédural, en revanche, le nouveau droit s'applique à toutes les procédures pendantes à l'entrée en vigueur de la LTVA (art. 113 al. 3 LTVA).
1.3.2.1 Le droit de procédure applicable est celui en vigueur au moment où l'acte de procédure concerné est accompli. Lorsque le Tribunal administratif fédéral doit vérifier la mise en oeuvre du droit de procédure par l'instance inférieure, le droit déterminant est celui en vigueur au moment où l'acte en question a été accompli et qui a été appliqué par l'instance inférieure, peu importe si entre-temps le nouveau droit est entré en vigueur (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.2.2 et les références citées).
1.3.2.2 L'art. 81 LTVA fait partie des dispositions visées par l'art. 113 al. 3 LTVA, qui sont applicables immédiatement (cf. consid. 1.3.2 ci-avant), pour autant que l'acte de procédure en question (ou la décision concernée) ait été accompli après l'entrée en vigueur de la LTVA (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.2.3 et les références citées, A-4516/2008 du 5 janvier 2011 consid 1.2 et les références citées).
Les alinéas 1 et 3 (première phrase) de l'art. 81 LTVA n'ont toutefois a priori pas de portée propre. Ainsi, le principe de la libre appréciation des preuves est - était, même avant l'entrée en vigueur de la LTVA, - applicable sans autre (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.2.4 et A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 1.2 et les références citées).
1.3.3. Les dispositions en matière d'auto-taxation ne constituent pas des règles de procédure au sens restrictif précité; à cet égard, l'ancien droit reste applicable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4080/2010 du 9 septembre 2011 consid. 1.4 et A-4011/2010 du 18 janvier 2011 consid. 1.1 les références citées; au sujet du principe d'auto-taxation cf. le consid. 4 ci-après). Il en va de même des règles en matière de taxation par estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4080/2010 du 9 septembre 2011 consid. 1.5 et A-7712/2009 du 21 février 2011 consid. 3.2 et les références citées; au sujet de la taxation par estimation cf. le consid. 5 ci-après).
S'agissant de l'appréciation des preuves, l'art. 81 al. 3 LTVA n'entre pas en ligne de compte si l'ancien droit matériel demeure applicable (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.2.2, A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 1.2, A-3190/2008 du 15 juillet 2010 consid. 1.2.2 et les références citées, A-4417/2007 du 10 mars 2010 consid. 1.3.2). Enfin, la possibilité d'une appréciation anticipée des preuves demeure admissible, même dans le nouveau droit et a fortiori pour les cas pendants (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.2.2, A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 1.2, A-4785/2007 du 23 février 2010 consid. 5.5; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 25 juin 2008 in : Feuille fédérale [FF] 2008 p. 6394 s.; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 157, p. 1126).
2.1.
2.1.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend entre autres le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à celles-ci, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (cf. ATF 129 II 497 consid. 2.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2014/2011 du 4 août 2011 consid. 5.3.1). En particulier, il comprend le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique (cf. Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 3.84 ss). En ce qui concerne la partie elle-même, en matière fiscale, son droit d'être entendue est respecté si elle a pu s'exprimer par écrit sur les questions de fait et de droit qui la concernent (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.245/2001 du 22 octobre 2001 consid. 2 et 2A.327/1999 du 9 mai 2000 consid. 4b; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2014/2011 du 4 août 2011 consid. 5.3.1, A-1360/2006 du 1er mars 2007 consid. 3.2.2 et les références citées; Archives 66 p. 70 s. consid. 4; Michele Albertini, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, thèse Berne 2000, p. 373; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in : Archives 69, ch. 3.2.1, p. 548 s.).
2.1.2. Le juge peut mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (cf. ATF 136 I 229 consid. 5.3, 134 I 140 consid. 5.3 p. 148, 133 II 391 consid. 4.2.3 et les références citées; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2014/2011 du 4 août 2011 consid. 3.5 et les références citées; Moser/Beusch/Kneubühler, op. cit., ch. 3.144; concernant l'interdiction d'une appréciation des preuves de manière arbitraire, voir ATF 133 II 384 consid. 4.2.3 et les références citées). Le droit d'être entendu n'empêche pas non plus l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les moyens de preuve offerts par la partie sont sans pertinence ou si l'état de fait se laisse suffisamment appréhender en tant que tel (cf. ATF 131 I 153 consid. 3, 130 II 429 consid. 2.1 et 122 II 469 consid. 4a in fine; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2619/2010 du 14 juin 2011 consid. 7.2, A-6299/2009 du 21 avril 2009 consid. 3.1).
2.1.3. Rappelons encore qu'un contrôle sur place ne peut pas être exigé par le contribuable et que ce dernier n'a aucun droit subjectif à cet égard, à tout le moins selon l'aLTVA et l'aOLTVA (cf. JAAC 63.27 consid. 4d; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 206, p. 857). L'art. 78 al. 4 LTVA - entré en vigueur le 1er janvier 2012 (cf. RO 2011 4737) - prévoit toutefois que l'assujetti peut requérir un contrôle sur présentation d'une demande motivée et que ce contrôle est effectué dans les deux ans qui suivent le dépôt de sa demande. A supposer que cette disposition soit une règle de procédure applicable également aux périodes fiscales régies par l'aLTVA (cf. consid. 1.3.2 ci-avant; ainsi que Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 206, p. 857 et ch. 613, p. 992-993), elle ne donne toutefois pas le droit au contribuable d'exiger un second contrôle lorsque le premier examen effectué par l'AFC ne le satisfait pas.
2.2. En l'occurrence, la recourante a pris position dans ses réclamations des 18 mai et 22 décembre 2009 sur les questions de fait et de droit la concernant. Or, comme déjà dit (cf. consid. 2.1.1 ci-avant), il suffit que la partie ait eu le droit de s'exprimer par écrit sur les questions de droit et de fait qui la concerne, le droit d'être entendu ne s'étendant pas à celui d'être entendu oralement (cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 335, p. 910 et les références citées). Il s'ensuit que, s'agissant ici d'une contestation relevant du domaine fiscal, le droit d'être entendue de la recourante a été respecté. En outre, un nouveau contrôle sur place ne pouvait pas être exigé par la recourante (cf. consid. 2.1.3 ci-avant). L'autorité inférieure n'avait donc pas à donner suite à une quelconque demande de contrôle sur place, de même qu'elle n'avait pas à attendre avant de notifier une décision formelle que la recourante eut refait sa comptabilité et vérifié si cette opération conduisait à un montant d'impôts très différent des chiffres retenus lors du contrôle effectué les 18 et 19 novembre 2008 ainsi que le 8 janvier 2009. Dans ces conditions, il y a lieu d'admettre que l'AFC pouvait mettre un terme à l'instruction. Les griefs de la recourante - qui se contente d'ailleurs d'invoquer une violation de son droit d'être entendue, sans exposer en quoi consisterait celle-ci - sont infondés.
Au surplus, le Tribunal de céans constate que les faits sont suffisamment établis sur la base du dossier. La recourante a pu prendre position de manière détaillée dans son recours ainsi que dans son acte du 21 décembre 2010, certes adressé à l'AFC, mais transmis au Tribunal administratif fédéral comme objet de sa compétence. Un nouveau contrôle par l'AFC n'amènerait pas d'éléments déterminants nouveaux. Partant, la requête de la recourante tendant à ce qu'il soit ordonné à l'AFC de procéder à un nouveau contrôle des pièces comptables s'agissant des périodes fiscales allant du 1er trimestre 2003 au 3ème trimestre 2008 est rejetée.
3.1. L'art. 90 al. 2 let. a aLTVA attribue au Conseil fédéral la compétence de réglementer le dégrèvement de la TVA pour les bénéficiaires d'exemptions fiscales visées à l'art. 2 de la loi fédérale du 22 juin 2007 sur les privilèges, les immunités et les facilités, ainsi que sur les aides financières accordés par la Suisse en tant qu'Etat hôte (Loi sur l'Etat hôte, LEH, RS 192.12), soit notamment pour les missions diplomatiques, les postes consulaires et les organisations internationales, ainsi que pour les représentants diplomatiques, les fonctionnaires consulaires et les hauts fonctionnaires des organisations internationales.
Faisant usage de cette compétence, le Conseil fédéral a édicté l'aOLTVA qui règle à ses art. 20 à 27a le dégrèvement de la TVA pour les bénéficiaires d'exemptions fiscales visés à l'art. 2 LEH.
3.2. Aux termes de l'art. 20 al. 3 aOLTVA, le dégrèvement de la TVA s'opère par voie d'exonération, conformément aux art. 22 et 23 aOLTVA (exonération à la source) et, exceptionnellement, par voie de remboursement, conformément à l'art. 24 aOLTVA.
3.2.1. Sont exonérées au sens propre, en particulier, les livraisons de biens et les prestations de services faites sur le territoire suisse par des assujettis à des bénéficiaires institutionnels ou à des personnes bénéficiaires (cf. art. 22 al. 1 let. a aOLTVA; cf. également Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 682, p. 386). Un bénéficiaire institutionnel qui veut faire valoir l'exonération de l'impôt doit, avant chaque acquisition de biens ou de prestations de services, attester sur la formule officielle (formulaire A 1070, AA 1076 ou A/OI 1078) que les prestations acquises sont destinées à son usage officiel (cf. art. 23 al. 1 aOLTVA; cf. également Instructions 2001 sur la TVA [ci-après instructions 2001] ch. 574, Instructions 2008 sur la TVA [ci-après instructions 2008] ch. 574). Une personne bénéficiaire qui peut faire valoir l'exonération de l'impôt doit, avant chaque acquisition de biens ou de prestations de services, faire attester par le bénéficiaire institutionnel auquel elle appartient, sur la formule officielle (formulaire B 1079 ou BB 1077), qu'elle jouit du statut lui donnant droit à l'acquisition en franchise d'impôt, conformément à l'art. 20 al. 1 let. c à g aOLTVA. Elle doit remettre au fournisseur de prestations la formule officielle signée par elle et, lors de chaque acquisition de biens ou de prestations de services, justifier de sa qualité au moyen de la carte de légitimation délivrée par l'autorité fédérale compétente (cf. art. 23 al. 2 aOLTVA; cf. également ch. 574 des instructions 2001, ch. 574 des instructions 2008). L'assujetti doit conserver tous les originaux des formules officielles utilisées avec les autres pièces justificatives, en vertu de l'art. 58 al. 2 aLTVA (cf. art. 25 aOLTVA).
Selon la pratique administrative, les informations importantes, destinées aux fournisseurs de prestations à des bénéficiaires d'exemptions fiscales visés à l'art. 2 LEH, figurent au verso des formulaires officiels mentionnés ci-avant. Le non-respect de ces instructions peut avoir pour conséquence que la prestation fournie ne pourra pas être considérée comme étant exonérée de la TVA. Il s'agit notamment de veiller à ce que la TVA ne soit pas indiquée dans les factures et que les formulaires soient conservés en bon ordre à des fins de contrôle (cf. ch. 576 en lien avec le ch. 943 des instructions 2001, ch. 576 en lien avec le ch. 943 des instructions 2008).
3.2.2. Conformément à l'art. 24 al. 1 aOLTVA, l'AFC peut - sur demande et dans des cas fondés - exceptionnellement rembourser les montants de l'impôt déjà payé pour lequel il existe un droit à l'exonération.
3.2.3.
3.2.3.1 Une des conditions négatives de l'exonération des prestations fournies à des bénéficiaires institutionnels ou à des personnes bénéficiaires est que la TVA ne soit pas mentionnée sur la facture (cf. consid. 3.2.1 in fine). Cette pratique découle notamment du principe selon lequel la TVA facturée, même à tort, est due (principe également dit « TVA facturée, TVA due »). Un assujetti qui établit une facture mentionnant la TVA doit acquitter celle-ci. En outre, l'assujetti qui facture sa prestation à un taux trop élevé est tenu de la comptabiliser dans son décompte à ce taux (cf. ATF 131 II 185 consid. 5; arrêt du Tribunal fédéral 2C_285/2008 du 29 août 2008 consid. 3.3; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2512/2008 du 8 septembre 2010 consid. 2.1 et les références citées). La pratique administrative permet cependant, à certaines conditions, la correction d'une facture erronée (cf. à ce sujet l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2512/2008 du 8 septembre 2010 consid. 2.2). Toutefois, lorsque la contribuable est consciente de la différence entre la taxation ordinaire et l'exonération (à la source, cf. consid. 3.2.1 ci-avant) et que les exigences, notamment en matière de facturation, des deux procédures sont différentes, la facture ne saurait en principe être corrigée (arrêt du Tribunal fédéral du 31 mai 2002 publié in : Archives 72 p. 734 consid. 6c). Une telle possibilité de modifier ultérieurement le type respectivement la procédure de taxation choisie n'est pas prévue par la loi. En effet, conformément au principe d'auto-taxation régissant la TVA, l'assujetti décide s'il choisit l'exemption (à la source) ou la procédure de taxation ordinaire. Les raisons de ce choix ne sont pas déterminantes. En mentionnant l'impôt sur les factures, le contribuable manifeste sa volonté de choisir la procédure de taxation ordinaire, une modification rétroactive du type de taxation étant exclue (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1438/2006 du 11 juin 2007 consid. 4.3 et les références citées).
3.2.3.2 L'entrée en vigueur de l'art. 45a aOLTVA ne modifie en rien ce qui précède dès lors que les conditions de l'exonération (au sens propre) précitées sont des conditions matérielles et qu'il ne s'agit pas de corriger un vice de forme (cf. au sujet de l'art. 45a aOLTVA l'arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2512/2008 du 8 septembre 2010 consid. 3 et les références citées).
4.1. En matière de TVA, la déclaration et le paiement de l'impôt ont lieu selon le principe de l'auto-taxation (art. 46 aLTVA; cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4440/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.1, A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 421ss). Cela signifie que l'assujetti lui-même est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable à l'AFC et qu'il doit verser à celle-ci l'impôt dû (impôt sur le chiffre d'affaires moins impôt préalable) dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_246/2010 du 28 septembre 2010 consid. 7, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4, A-5460/2008 du 12 mai 2010 consid. 2.5.1). En d'autres termes, l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant de l'impôt à la place de l'assujetti que si celui-ci ne remplit pas ses obligations. L'assujetti doit ainsi établir lui-même la créance fiscale le concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de ses opérations imposables et du calcul correct de l'impôt préalable (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_246/2010 du 28 septembre 2010 consid. 7, 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 4.1 et les références citées, A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.5 et les références citées).
4.2. Selon l'art. 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement ainsi que pour le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre.
L'AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu'elle a fait avec l'édition des instructions 2001, rédigées suite à l'adoption de l'aLTVA (cf. ch. 881 ss; cf. également instruction 2008, ch. 881 ss; arrêt du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007, publié in : Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008 II, p. 20 ss consid. 3.1; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 5.2, A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.5.3, A-5875/2009 du 16 juin 2010 consid. 3.2.2, A-1634/2006 du 31 mars 2009 consid. 3.5). En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait que toutes les recettes et toutes les dépenses doivent être enregistrées, dans l'ordre chronologique et accompagnées d'un libellé approprié, dans les livres de caisse, de comptes de chèques postaux et de banque (ou dans les comptes correspondants). Ces enregistrements doivent être additionnés de façon suivie et les soldes des comptes doivent être établis périodiquement. Les soldes doivent être comparés avec les espèces en caisse relevées régulièrement, les avis de situation de l'office des chèques postaux et les extraits des comptes bancaires. Des livres régulièrement tenus, accompagnés d'un compte d'exploitation et d'un bilan, sont plus crédibles et constituent de meilleurs moyens de preuve que de simples relevés épars sans bilan de clôture (cf. instructions 2001, ch. 881 ss, instructions 2008 ch. 881 ss). Ainsi, chaque opération commerciale doit pouvoir être suivie aisément et de manière fiable, sur la base de pièces justificatives, depuis son inscription dans les livres auxiliaires et dans les livres de base, jusqu'au décompte TVA et au bilan de l'exercice, et vice versa (cf. ch. 890 des instructions 2001, ch. 890 des instructions 2008; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 4.2, A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.5.2 et A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.3).
De plus, une comptabilité qui n'est pas tenue correctement, de même que l'absence de bouclements, de documents et de pièces justificatives peuvent, notamment en cas de contrôle fiscal, avoir des répercussions préjudiciables et entraîner un calcul de la TVA par approximation (cf. ch. 892 des instructions 2001, ch. 892 des instructions 2008). Au demeurant, l'assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu'au décompte TVA en passant par la comptabilité (et vice-versa) doit pouvoir être garanti sans perte de temps importante (cf. ch. 893 des instructions 2001, ch. 894 des instructions 2008; cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 4.2 et A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 3.3).
5.1. Aux termes de l'art. 60 aLTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2C_170/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.1, A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.6, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.1 et les références citées). En particulier, une telle estimation a lieu lorsque des violations de règles formelles concernant la tenue de la comptabilité sont d'une gravité telle que la véracité matérielle des résultats comptables est remise en cause (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 3.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.1 et les références citées). Ainsi, la taxation par estimation est une sorte de taxation d'office que l'autorité se voit dans l'obligation de mettre en oeuvre en cas de lacunes de la comptabilité. Enfin, une taxation externe intervient lorsque les résultats présentés ne correspondent manifestement pas à la réalité, soit que des indices peuvent laisser apparaître que les documents comptables ne cernent pas avec exactitude la situation économique (ou réelle) de l'entreprise, soit que les résultats comptables présentés s'écartent sensiblement des résultats obtenus au moyen des coefficients expérimentaux, le contribuable n'étant pas en mesure de rendre au moins vraisemblable les circonstances particulières à l'origine de cette différence (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.1 et les références citées, A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.6, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.1; JAAC 68.73 consid. 2b; Mollard, op.cit., p. 542 ss).
5.2. Lorsqu'elle procède par voie d'évaluation, l'autorité de taxation doit choisir la méthode d'estimation qui lui permet le plus possible de tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_59/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.2, 2C_426/2007 du 22 novembre 2007 consid. 3.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2 et les références citées, A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.7.1, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.2, A-7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.6.2; cf. également JAAC 67.23 consid. 4a, 64.83 consid. 3a, 63.27 consid. 4a et b; Mollard, op. cit., p. 550 ss). Entrent en ligne de compte, d'une part, les méthodes qui tendent à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur des chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2 et les références citées, A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.7.1, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.2, A-7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.6.2; Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève Zurich Bâle 2005, ad art. 60 aLTVA ch. 2.3 p. 270 et les références citées). Les parties utiles et fiables de la comptabilité et les pièces justificatives disponibles doivent, dans la mesure du possible, être prises en compte dans le cadre de l'estimation. Elles peuvent même servir de base pour la taxation par estimation (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2 et les références citées, A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.7.1, A-7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.6.2).
5.2.1. Lorsqu'elle procède à une estimation à l'aide de la méthode des chiffres expérimentaux, l'AFC se base sur les résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité du contribuable, auxquels elle ajoute des suppléments en pour cent, dictés par les chiffres d'expérience, afin de se rapprocher le plus possible de la réalité de la branche concernée (cf. Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 270, p. 879; sur la notion de ces chiffres d'expérience, cf. les arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.8.1 et 2.8.2, A-3123/2008 du 27 avril 2010 consid. 2.8.1 et ATAF 2009/60 consid. 2.8). Le fait que l'AFC se fonde sur les moyennes en vigueur dans la branche ne signifie toutefois pas que tous les entrepreneurs concernés sont obligés de moduler leurs prix de manière à obtenir une marge brute conforme à la moyenne. Il est néanmoins nécessaire que l'assujetti qui présente une structure de coûts inhabituelle par rapport à la moyenne puisse l'expliquer par des pièces justificatives. Comme vu ci-dessus (cf. consid. 5.1 ci-avant), la jurisprudence et la doctrine ont même admis que des résultats comptables formellement corrects pouvaient justifier une taxation par estimation en cas de disproportion manifeste entre les résultats comptabilisés et le chiffre d'affaires qui aurait pu être obtenu selon l'expérience, si cette divergence ne peut pas être expliquée de manière plausible (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_171/2008 du 30 juillet 2008 consid. 4.3 in fine; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2.1 et les références citées, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 5.3.1; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., p. 873, ch. 257).
5.2.2. L'estimation des chiffres d'affaires peut également intervenir à l'aide de la méthode par extrapolation. Cette méthode - reconstructive - vise à compléter ou reconstituer une comptabilité déficiente et peut très bien être appliquée en parallèle d'une autre méthode, telle que celle des chiffres d'expérience (cf. consid. 5.2.1 ci-avant). La méthode par extrapolation (« Umlage ») consiste ainsi à établir le chiffre d'affaires pour un court laps de temps par une autre voie de reconstruction (voire par une application des chiffres d'expérience) et à en appliquer le résultat obtenu à une période plus longue, voire à toute la période contrôlée. Cette méthode est admissible pour autant que les défauts constatés et les circonstances déterminantes prévalant pour la courte période contrôlée se retrouvent également au cours des périodes sujettes à extrapolation, de sorte que le résultat obtenu apparaît vraiment représentatif (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.437/2005 du 3 mai 2006 consid. 4.3.2 et 2A.148/2000 du 1er novembre 2000 consid. 5b; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.7.2, A-4309/2008 et A-4313/2008 du 30 avril 2010 consid. 7.2.4 et les références citées; Archives 68 p. 652 consid. 6b et 6c et Archives 56 p. 195 consid. 5b; Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, op. cit., ch. 269, p. 878). Cela étant, un faisceau d'indices, selon lesquels les circonstances déterminantes étaient les mêmes durant les périodes sujettes à extrapolation et durant la période contrôlée, peut suffire (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4309/2008 et A-4313/2008 du 30 avril 2010 consid. 7.2.4, A-1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 4.2, A-140/2008 du 30 octobre 2009 consid. 5.2.3 et A-1475/2006 du 20 novembre 2008 consid. 2.4 et 5.3).
5.3. Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester et remettre en cause, d'une part, la réalisation des conditions de l'estimation et, d'autre part, l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il revient de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'administration (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3 et les références citées, A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.8.2, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3, A-7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.8.3). Dans la mesure où l'AFC a le droit et le devoir de rectifier le montant dû par voie d'estimation, il appartient au contribuable, qui a présenté une comptabilité inexacte et qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, de supporter les désavantages d'une situation illégale qu'il a lui-même créée (cf. ATF 105 Ib 181 consid. 4c; arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 3, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3 et les références citées, A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.8.2, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3; JAAC 67.82 consid. 4a/cc). L'assujetti doit ainsi supporter l'incertitude qui résulte nécessairement d'une estimation en raison de sa violation du devoir d'auto-taxation (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_309/2009 et 2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2). Ce n'est qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis de très importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance précédente (cf. entre autres, arrêts du Tribunal administratif fédéral A-7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.3 et les références citées, A-4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3, A-7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.8.3, A-5949/2008 du 18 octobre 2010 consid. 6.5, A-281/2009 du 14 octobre 2010 consid. 5.2 et les références citées).
6.1.
6.1.1. La déduction de l'impôt préalable représente en particulier une technique au service du principe de la neutralité, selon lequel la TVA doit être la même pour tous les consommateurs, quel que soit le circuit emprunté par le bien (cf. Pascal Mollard, La TVA : vers une théorie du chaos ? in Mélanges CRC, Lausanne 2004, ch. 3.1.1). Elle a pour effet que l'entrepreneur ne doit imposer que son chiffre d'affaires net, même s'il doit soumettre à la TVA l'intégralité de son chiffre d'affaires, sans l'impôt lui-même (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_653/2008 du 24 février 2009 consid. 6.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 2.2 et A-6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.2; Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], Berne 2003, 2e éd., ch. 1360). Du fait de la distinction entre l'impôt grevant les prestations en aval et celui frappant les prestations en amont, les deux domaines doivent être soigneusement distingués par l'assujetti et communiqués séparément (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 2.2, A-6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.2, A-5620/2008 du 11 novembre 2009 consid. 2.2; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., ch. 1362).
6.1.2. A titre de conditions matérielles et formelles, il appert que : (i) seul un assujetti peut prétendre déduire l'impôt préalable (art. 38 al. 1 aLTVA); (ii) cette déduction est possible uniquement pour les livraisons et prestations de services grevées de TVA qui lui ont été facturées par un autre assujetti (art. 38 al. 1 let. a aLTVA); (iii) les prestations doivent être affectées à un des buts limitativement énumérés à l'art. 38 al. 2 aLTVA, étant encore précisé que l'assujetti peut également déduire les montants d'impôt préalable mentionnés à l'alinéa 1 lorsqu'il utilise des biens ou des services pour des activités mentionnées à l'art. 19 al. 2 aLTVA ou pour des activités qui seraient imposables s'il les effectuait sur le territoire suisse (art. 38 al. 3 aLTVA; cf. également arrêts du Tribunal fédéral 2C_632/2007 du 7 avril 2008 consid. 2 et 2A.55/1999 du 23 janvier 2001, in : Archives vol. 71 p. 564 consid. 4a; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 3.1.3); (iv) la déduction de l'impôt préalable est uniquement possible sur la base d'un justificatif, soit une facture remplissant certaines exigences formelles (art. 38 al. 1 let. a aLTVA en lien avec l'art. 37 aLTVA); (v) elle ne doit pas avoir été expressément proscrite (art. 39 aLTVA; cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 3.1.3).
6.1.3. Seule l'affectation, même médiate, à des livraisons ou des prestations de services imposables, ou pour lesquelles l'assujetti a opté, permet de déduire l'impôt préalable. Il s'ensuit que l'« intrant » ne doit pas être affecté à des opérations hors du champ de l'impôt, des activités qui ne sont pas considérées comme des opérations, des activités privées ou des opérations exercées dans le cadre de la puissance publique (art. 38 al. 4 aLTVA; cf. également ATF 132 II 353 consid. 8.3, 8.4 et 10 et les références citées; arrêts du Tribunal fédéral 2A.650/2005 du 15 août 2006 consid. 3.2 et 2A.348/2004 du 1er décembre 2004 consid. 3.2; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 3.1.4). Il n'y a pas de droit à la déduction de l'impôt préalable pour les affectations à un but qui n'est pas commercial au sens de l'art. 38 al. 2 aLTVA (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_463/2008 du 27 janvier 2009 consid.2.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 3.1.4 et les références citées, A-212/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.2.1).
6.2.
6.2.1. S'il revient à l'AFC de corriger l'impôt préalable déductible, en raison du fait que le contribuable l'a omis ou l'a entrepris selon une méthode qui n'était pas autorisée, elle dispose alors d'une grande liberté d'appréciation dans le choix de la méthode applicable. Il appartient au Tribunal d'examiner uniquement si la méthode choisie par l'AFC est pertinente et si elle a opéré la réduction de l'impôt préalable déductible sans excéder sa liberté d'appréciation. Si l'assujetti propose une autre méthode, il doit être examiné si celle-ci serait plus adaptée aux circonstances concrètes. L'assujetti doit prouver lui-même que le calcul de la déduction de l'impôt préalable par l'AFC ne correspond pas aux circonstances concrètes du cas d'espèce (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 3.2.1, A-212/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.3.2, A-1575/2006 du 5 octobre 2009 consid. 2.3.4, A-1394/2006 du 3 juin 2008 consid. 4.4.1).
6.2.2. Lorsque l'assujetti ne respecte pas le principe de l'auto-taxation, l'AFC peut effectuer une correction de l'impôt préalable, en réduisant par estimation la déduction de l'impôt préalable déclarée par le contribuable, respectivement en déterminant par estimation l'impôt préalable déduit à tort. Une extrapolation (« Umlage ») des montants de l'impôt préalable insuffisamment prouvés, s'agissant d'une partie de la période contrôlée, à l'ensemble de la période contrôlée est admissible (« Fehlumlage »), pour autant que les défauts constatés et les circonstances déterminantes prévalant pour la courte période contrôlée se retrouvent également au cours des périodes sujettes à extrapolation (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.9 et les références citées; cf. également consid. 5.2.2 ci-avant).
L'AFC n'est pas obligée de rechercher les justificatifs de l'impôt préalable. Il appartient à l'assujetti, dans le cadre de son devoir de collaborer, de fournir les documents à sa disposition (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.9, A-1637/2006 et A-1636/2006 du 2 juillet 2008 consid 2.4.2, A-3069/2007 du 29 janvier 2008 consid. 3.1; cf. également la décision de la CRC du 12 mai 2005 consid. 4b.bb.bbb, 4b.bb.ccc et 5b.aa). Le contribuable est libre, y compris dans le cadre de la procédure de recours, de fournir les moyens de preuve relatifs à l'impôt préalable débité (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.9, A-1636/2006 et A-1637/2006 du 2 juillet 2008 consid. 2.4.2, A-3069/2007 du 29 janvier 2008 consid. 3.1 et A-1535/2006 du 14 mars 2007 consid. 2.5.4).
Rappelons encore que la détermination par estimation de l'impôt préalable déduit à tort, en raison de preuves insuffisantes, doit être distinguée des situations dans lesquelles l'autorité inférieure a établi que le chiffre d'affaires aval n'avait - en violation des obligations du contribuable - pas été déclaré ou de manière erronée (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.9). Dans ces cas, l'assujetti a un droit à faire valoir un éventuel impôt préalable et l'administration ne peut pas procéder à une estimation de celui-ci (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_356/2008 du 21 novembre 2008 consid. 4.3; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.9, cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1636/2006 et A-637/2006 du 2 juillet 2008 consid. 2.4.2).
7.1. Il convient en premier lieu de trancher au sujet de la reprise portant sur le chiffre d'affaires dont l'exonération n'aurait pas été prouvée.
7.1.1. Selon le rapport de révision daté du 8 janvier 2009, la TVA a été indiquée dans les factures et donc transférée aux personnes bénéficiaires et aux bénéficiaires institutionnels. En outre, dans ses réclamations des 18 mai et 22 décembre 2009, la recourante a - selon ses termes - admis « avoir commis une irrégularité formelle en omettant de disposer des formules adéquates signées par ses clients fonctionnaires internationaux, afin de pouvoir vendre ses services en franchise d'impôt ». Autrement dit, les formulaires officiels d'exonération n'ont pas été conservés en bon ordre à des fins de contrôle par la recourante. En outre, au vu des factures déposées par la recourante devant le Tribunal administratif fédéral, il y a lieu de constater que les factures ne portaient et ne portent pas la mention « exonéré » ou « exonéré selon l'art. 90 al. 2 let. a aLTVA », mais qu'au contraire, elles mentionnent la TVA. Or, comme exposé ci-avant (cf. consid. 3.2.3), selon le principe « TVA facturée, TVA due », dès lors que la recourante a établi des factures mentionnant la TVA, elle doit décompter et acquitter celle-ci. La TVA est ainsi due, même si ultérieurement les formules adéquates de dégrèvement à la source ont été dûment complétées.
Par ailleurs, en mentionnant l'impôt sur les factures, la recourante a manifesté sa volonté de choisir la procédure de taxation ordinaire et non pas la procédure d'exonération à la source. Ce choix, une fois arrêté, ne saurait être modifié ultérieurement, une modification rétroactive du type de taxation choisi est en effet exclue (cf. consid. 3.2.3 ci-avant).
7.1.2. Partant, force est de constater que les conditions pour l'exonération à la source des prestations fournies à des bénéficiaires d'exemptions fiscales visés à l'art. 2 LEH (cf. consid. 3.2.1 ci-avant) ne sont pas remplies, la TVA ayant en particulier été facturée. En outre - comme admis par la recourante - les formulaires officiels d'exonération n'ayant pas été conservés, aucune preuve d'une quelconque exonération n'a été remise lors du contrôle effectué les 18 et 19 novembre 2008 ainsi que le 8 janvier 2009. Comme on vient de le voir (cf. consid. 7.1.1), le fait que des formules officielles - qui, conformément aux dires de la recourante, auraient été remplies a posteriori par les clients de cette dernière - ont été déposées devant le Tribunal de céans ne modifie en rien l'appréciation ici exposée. Bien plus, à supposer qu'une modification ultérieure de la procédure soit admise (ce qui n'est, comme on vient de le voir, pas le cas), ces documents, ainsi que les factures et les avis de crédit produits par la recourante devant le Tribunal administratif fédéral, ne permettent nullement de démontrer que les factures auraient été corrigées et respecteraient les conditions exigées pour exonérer les prestations en cause. Au contraire, comme on vient de le voir (cf. consid. 7.1.1 ci-avant), ces factures ne portent pas la mention « exonéré » ou « exonéré selon l'art. 90 al. 2 let. a aLTVA », mais mentionnent la TVA, si bien que celle-ci est due.
7.2. Il y a lieu de se prononcer sur la question de l'estimation du chiffre d'affaires de la recourante.
7.2.1. Cette dernière affirme que les documents sur lesquels l'AFC se serait fondés « ne sont pas les éléments réellement comptabilisés ». Elle prétend également ne pas être en mesure de combattre l'opinion de l'autorité inférieure, selon laquelle sa comptabilité ne serait pas probante, puisqu'elle était dans l'impossibilité d'apporter la preuve du contraire. Dans son courrier du 21 décembre 2010 adressé à l'autorité intimée, elle fait en revanche valoir que l'attestation de A._______ y jointe « atteste du fait que les chiffres d'affaires déclarés dans les déclarations TVA en 2003 par ma cliente étaient justes et que sa comptabilité est donc probante ».
Avant d'examiner la pertinence de la marge retenue par l'administration dans l'estimation du chiffre d'affaires de la recourante (consid. 7.2.3 ci-dessous), il sied de rappeler le cadre dans lequel la taxation par estimation est intervenue (consid. 7.2.2 ci-dessous).
7.2.2.
7.2.2.1 Lors de son contrôle sur place, l'AFC a constaté notamment les irrégularités suivantes :
selon le livre de caisse de la recourante, le solde au 31 décembre 2003 s'est élevé à CHF ... alors que la comptabilité présentait un solde de CHF 0.--.
un solde de caisse négatif au 31 décembre 2004 avait été régularisé au moyen d'une écriture comptable « caisse à compte privé actionnaire » pour un montant de CHF ... intitulé « ajustement caisse » ; une « régularisation » identique pour des montants substantiels a été effectuée au 31 décembre 2005 et 2006 (CHF ... et CHF ... ).
des achats et frais privés de l'actionnaire avaient été comptabilisés à 100% comme des charges commerciales pour un montant total de CHF ... durant les années 2003 à 2007.
un achat de fourniture a été comptabilisé à deux reprises.
les frais concernant le loyer d'un appartement privé ont été comptabilisés.
une recette a été comptabilisée comme charge au lieu d'un produit.
Selon la décision sur réclamation du 24 septembre 2010, la recourante saisissait sur une feuille excel les mouvements financiers. Une fois par année, ces chiffres étaient repris globalement par la fiduciaire de la société qui établissait en même temps le rapport de révision. L'AFC avait constaté que le lien entre les fichiers excel établis par la recourante et leurs reprises dans la comptabilité établie par la fiduciaire était presque impossible à réaliser et que la recourante n'avait pas non plus présenté des écritures de bouclement. La comptabilité ne contenait pas non plus de comptes détaillant la TVA à récupérer et la TVA due. L'autorité intimée a en outre relevé dans la décision entreprise que les mouvements en espèces étaient importants, ce qui nécessitait une tenue correcte d'un livre de caisse afin de pouvoir contrôler le mouvement des espèces. Si les feuilles excel n'étaient pas le livre de caisse, comme le prétendait la recourante, il fallait en conclure que la recourante n'en tenait pas, ce qui était une grave lacune supplémentaire, compte tenu du fait des nombreux mouvements en espèces. L'AFC a encore admis que toutes les recettes et toutes les dépenses n'étaient pas enregistrées chronologiquement et accompagnées d'un libellé approprié dans les livres de caisse, de comptes de chèques postaux et de banque et ceci au mépris des instructions 2008 (ch. 884). Les dates des écritures étaient généralement le 31 décembre 200X.
7.2.2.2 La recourante ne conteste pas réellement ce qui précède. Son attitude contradictoire, consistant d'abord à prétendre, dans son mémoire de recours, ne pas être en mesure de combattre l'opinion de l'autorité inférieure (cf. les faits lettre E et consid. 7.2.1 ci-avant), puis à affirmer, dans son courrier du 21 décembre 2010 adressé à l'autorité intimée, que sa comptabilité serait probante (cf. les faits lettre F et consid. 7.2.1 ci-avant), ne remettent en tout cas pas en doute les manquements graves constatés par l'autorité inférieure. Les conditions d'une estimation par l'AFC sont ainsi réalisés.
7.2.3. A propos de l'estimation elle-même, la recourante ne la conteste pas non plus. A supposer que ses arguments, consistant à affirmer que les documents sur lesquels l'AFC se serait fondés « ne sont pas les éléments réellement comptabilisés » ou encore que l'attestation de A._______ « atteste du fait que les chiffres d'affaires déclarés dans les déclarations TVA en 2003 par ma cliente étaient justes et que sa comptabilité est donc probante », soient des arguments visant à contester l'estimation faite par l'autorité intimée, ils ne permettraient pas d'attester du caractère manifestement inexact de l'estimation effectuée par l'AFC. Or, conformément à la situation juridique exposée ci-dessus (cf. consid. 5.3), il appartient à la recourante de fournir les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Etant dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration ne correspond manifestement pas à la réalité, la recourante doit en supporter les conséquences. De plus, la recourante doit s'accommoder de l'imprécision qui résulte nécessairement d'une moyenne, puisqu'elle est elle-même responsable de l'ouverture de la procédure de taxation par voie d'estimation (cf. consid. 5.3 ci-dessus; voir également l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 2009 consid. 5). En conclusion, rien ne permet de conclure que l'AFC aurait abusé de son pouvoir d'appréciation lorsqu'elle a procédé à l'estimation des chiffres d'affaires de la recourante. Cette dernière n'a pas réussi à établir que le résultat auquel est parvenu l'autorité fiscale serait manifestement contraire à la réalité.
7.3. En dernier lieu, le Tribunal de céans doit juger si la reprise opérée par extrapolation de l'impôt préalable est justifiée ou non.
7.3.1. Lors du contrôle sur place, l'autorité inférieure a constaté que l'examen de la concordance de l'impôt préalable était difficile à réaliser. Selon la décision du 24 septembre 2004, l'AFC a notamment constaté que l'impôt préalable était calculé pour chaque nature de charge en appliquant un taux de TVA sur le total de ces charges sans se référer aux pièces justificatives. Cette manière de faire était à l'origine de nombreux écarts constatés lors de l'examen de l'impôt préalable et avait nécessité un contrôle approfondi (par sondage), car les erreurs étaient nombreuses et ne suivaient aucune logique. Un examen approfondi de l'impôt préalable sur une période s'étalant du 1er janvier au 30 juin 2003 avait fait ressortir que l'assujetti avait récupéré à tort des montants d'impôt préalable pour CHF ... , soit le 26,42% de l'impôt préalable déduit. L'inspecteur avait corrigé la déduction de l'impôt préalable à raison de ce pourcentage pour l'ensemble de l'année 2003, si bien que la reprise s'élevait à CHF ... pour cette année. Les inspecteurs avaient également procédé à des sondages sur trois mois pour les autres années concernées (4ème trimestre 2004, 3ème trimestre 2005, 2ème trimestre 2006 et 1er trimestre 2007) et repris le pourcentage annuel d'erreurs sur chaque période contrôlée. Selon la décision entreprise, l'autorité intimée est de l'avis que sa méthode ne souffrait aucune critique, car elle avait effectué son contrôle de l'impôt préalable au sein de différents trimestres - au moins un trimestre de chaque année ayant été contrôlé - pour les années 2003 à 2007 et les erreurs constatées étaient présentes et semblables dans toutes les périodes sujettes à extrapolation.
7.3.2. La recourante ne conteste pas du tout cette manière de procéder de l'AFC, mais se contente de reproches d'ordre général (cf. les faits lettre E et F). Dès lors que la manière de procéder de l'AFC est conforme à la jurisprudence (cf. consid. 6, en particulier le consid. 6.2.2 ci-avant) et que les faits ne sont pas contestés par la recourante - qui se limite à prétendre, dans son courrier du 21 décembre 2010 adressé à l'AFC, que sa comptabilité était probante sans se déterminer par rapport à la manière de procéder et aux reprises effectuées par l'autorité intimée -, la correction de l'impôt préalable par estimation effectuée par l'autorité intimée paraît correcte. La recourante ayant omis de fournir des moyens de preuve relatifs à l'impôt préalable débité afin de prouver de manière exacte et précise l'impôt préalable déductible, elle doit en supporter les conséquences. Le recours doit par conséquent également être rejeté sur ce point.
Le recours est rejeté.
Les frais de procédure, d'un montant de CHF ..., sont mis à la charge de la recourante et imputés sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. 145 746 / PTN 6643 ; Acte judiciaire)
Le président du collège : Le greffier : Daniel Riedo Daniel de Vries Reilingh
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :