Entscheiddatum: 23.10.2013Publikationsdatum: 12.11.2013
BundesverwaltungsgerichtTribunal administratif fédéralTribunale amministrativo federaleTribunal administrativ federal Cour IA-6549/2011
Arrêt du 23 octobre 2013 Composition Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège), Markus Metz, André Moser, juges,Jérôme Barraud, greffier. Parties 1. Syngenta Crop Protection Monthey SA,représentée par Jean-Marc Tornare et Nicolas Herold, route de l'Ile au Bois, 1870 Monthey, 2. Terminal Combiné de Monthey SA en formation, 1870 Monthey, représentée par Ville de Monthey Travaux publics & Environnement, Hôtel-de-Ville 2, case postale 512, 1870 Monthey 1 ,3. Ville de Monthey Travaux publics & Environnement, Hôtel-de-Ville 2, case postale 512, 1870 Monthey 1, recourantes, Contre Office fédéral des transports OFT, Palais fédéral Nord, 3003 Berne, autorité inférieure. Objet contribution de co-financement (nouveau terminal de transport combiné à Monthey).
A. Par courrier du 3 août 2010, la société en formation Terminal Combiné de Monthey SA, représentée par la Ville de Monthey, dicastère Travaux Publics & Environnement, a présenté à l'Office fédéral des Transports (OFT) une demande de contributions d'investissement dans le trafic combiné pour la construction d'un nouveau terminal de transport combiné à Monthey. La direction générale du projet a été confiée à une société d'ingénierie et de planification, Rapp Infra SA, sise à Bâle. Le projet prévoit notamment la construction d'un terminal combiné rail-route doté d'un portique roulant sur rails ainsi que la construction d'un groupe de voies de transfert qui feront office de gare d'échange. Le terminal sera relié à la ligne CFF dite "du Tonkin" et sera situé le long de la ligne CFF, au sud-ouest de la zone occupée par l'industrie chimique de Monthey, sur la rive opposée de la rivière Vièze. L'installation sera également aménagée pour permettre le transbordement de matières dangereuses (produits chimiques). Après examen de l'intégralité du dossier, un compte de résultat prévisionnel adapté a été demandé.
B. La société externe chargée par l'OFT de contrôler les coûts a remis son rapport par courrier du 18 janvier 2011. Il ressort de ce rapport que le devis établi est complet et que les coûts fixés par unité sont réalistes et conformes aux normes suisses en usage dans la branche.
C. Par décision du 1er novembre 2011, l'OFT a notamment décidé d'attribuer une contribution de cofinancement d'une somme totale de 23'879'300 francs constituée de contributions à fonds perdu à hauteur de 6'990'990 francs (sans TVA) et d'un prêt remboursable sans intérêt à hauteur de 16'888'310 francs. Les contributions à fonds perdus sont augmentées de la TVA (8%), soit 559'279 francs au plus. Par ailleurs, la décision règle les conditions et modalités du financement, du remboursement du prêt ainsi que les charges liées au cofinancement.
Dans sa motivation, l'OFT a entre autres retenu que les coûts totaux d'investissement du projet s'élevaient à 54'699'465 francs nets, conformément au devis du 22 juillet 2010 et aux compléments du 1er juin 2011. Sur cette base, l'OFT a opéré la déduction de certains coûts qu'il a considérés comme non imputables au projet, à savoir les coûts liés aux travaux de jardinage, les passages sous-voies pour cyclistes et piétons, les places de parc, les pistes cyclables, les chemins pédestres et les émoluments"; les coûts imputables au projet ont dès lors été fixés à 49'748'590 francs.
L'OFT a par ailleurs procédé à une réduction des coûts de planification, lesquels ont été ramenés à 10% des coûts totaux en lieu et place des 15% présentés par les requérantes.
En outre, l'OFT, a réduit la somme restante de 30% dans la mesure où, selon lui, tous les coûts de l'installation n'étaient pas liés à la création de nouvelles capacités de transport combiné car le nouveau terminal allait remplacer des installation déjà existantes.
L'OFT, a ensuite déduit 10% de ces coûts dans la mesure où ces 10% représenteraient un "transfert froid", à savoir le remplacement de capacités existantes, déjà développées par rail, mais sous une autre forme, (en l'espèce par wagons); selon l'autorité de première instance, les coûts liés à un tel "transfert froid" ne seraient pas imputables au sens de la législation.
Enfin, une fois toutes ces déductions opérées, l'OFT a considéré que les coûts imputables se montaient à 29'849,154 francs, mais que seuls 80% de ces coûts pourraient être pris en charge par la Confédération. En conclusion, le financement octroyé se monterait à la somme maximale de 23'879'300 francs.
D. Par mémoire du 2 décembre 2011, la société Terminal Combiné de Monthey SA en formation, représentée par la Commune de Monthey, Travaux publics & Environnement, ainsi que, d'une part, la commune de Monthey, à titre propre et personnel, représentée par le président et le secrétaire municipal et, d'autre part, Syngenta Crop Protection Monthey SA (ci-après: les recourantes) ont recouru contre la décision de l'OFT (ci-après: l'autorité inférieure ou autorité de première instance) auprès du Tribunal administratif fédéral en concluant à titre principal à la modification de la décision attaquée en ce sens qu'il soit accordé une contribution de cofinancement de 80% du coût global de projet s'élevant à 54'699'465 francs, à savoir un cofinancement total de 43'759'652 francs, décomposée en un subside à fonds perdu d'un montant de 35'007'657 francs (80%) et un prêt sans intérêts de 8'751'814 francs (20% restants). A titre subsidiaire, le recours conclut au renvoi du dossier à l'OFT pour qu'il rende une nouvelle décision selon les termes susmentionnés.
A l'appui de leurs conclusions, les recourantes invoquent une violation du droit fédéral. Elles contestent l'application faite par l'OFT des articles 5, 6 et 8 de l'ordonnance du 4 novembre 2009 sur la promotion du transport ferroviaire de marchandises (OPTMa, RS 740.12), s'agissant d'une part du calcul des coûts imputables, deuxièmement du calcul des contributions et enfin s'agissant de la répartition entre contributions à fonds perdu et prêt.
E. Invité à se prononcer sur le recours, l'OFT a conclu à son rejet par observations du 21 mars 2012.
F. Les recourantes ont répliqué par courrier du 11 mai 2012 et l'autorité inférieure a dupliqué en date du 21 juin 2012. Toutes ont maintenu leurs conclusions.
G. Par ordonnance du 15 novembre 2012, le Tribunal de céans a requis des éléments d'informations supplémentaires à l'autorité inférieure, notamment sur la méthode de calcul adoptée pour déterminer le taux de la réduction opérée en raison du remplacement d'installations existantes et le calcul des coûts de planification. L'autorité inférieure a transmis ses explications par écriture du 7 décembre 2012.
H. En date du 20 décembre 2012, le Tribunal de céans a invité les recourantes à fournir des observations sur dite écriture, ainsi que d'éventuelles observations finales, signalant que passé ce délai, la cause serait gardée à juger.
Les recourantes ont déposé des observations par courrier du 4 février 2013.
Les griefs et motifs présentés par l'autorité inférieure et les recourantes seront repris, en tant que besoin, dans les considérants en droit qui suivent.
Selon l'art. 33 let. d LTAF, le recours est recevable notamment contre les décisions des départements et des unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. Les décisions de l'OFT, unité de l'administration fédérale subordonnée au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC), sont donc susceptibles de recours auprès du Tribunal de céans. La décision attaquée satisfait aux conditions de l'art. 5 PA et n'entre pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32 LTAF. Cela étant, le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître du litige.
Devant l'autorité inférieure la demande de contribution a été déposée au nom de la future société (recourante 2) représentée par la recourante 3, à savoir la ville de Monthey. La recourante 2 a donc pris part à la procédure devant l'autorité inférieure et, en sa qualité de destinataire de la décision attaquée, est spécialement atteinte par la décision qui fait l'objet du recours et a un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée, respectivement modifiée. La recourante 2 est cependant une société anonyme en formation et une telle société n'acquiert la personnalité juridique que par son inscription au registre du commerce (art. 643 CO). Etant donné que cette inscription n'a pas encore été portée, la recourante 2 n'existe pas encore en tant que telle et ce sont donc les règles sur la société simple qui s'appliquent (art. 530 ss CO). Selon ces dernières, la société simple n'a pas de personnalité juridique, ni la capacité d'agir en procédure, et donc pas la qualité pour recourir (ATF 132 I 256 consid. 1.1; voir aussi arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6542 du 22 avril 2013 consid. 1.2), raison pour laquelle le recours doit être interjeté par les membres fondateurs de la société en formation (arrêt du Tribunal fédéral 4A.4/2000 du 6 février 2001 consid. 1).
En l'occurrence, le recours a été déposé aussi bien au nom de la société en formation que par ses deux - futurs - membres fondateurs, à savoir la Ville de Monthey, recourante 3 et Syngenta Crop Protection Monthey SA, recourante 1. Le recours a été cosigné par des représentants habilités. Eu égard au fait que le financement de départ de la future société est influencé par la décision, les recourantes 1 et 3, en tant que membres fondateurs et futurs actionnaires de la recourante 2, sont donc touchées par la décision attaquée et ont donc la qualité pour recourir.
Les dispositions relatives au délai de recours, à la forme et au contenu du mémoire de recours (art. 50 et 52 al. 1 PA), ainsi que les autres conditions de recevabilité (art. 44 ss et 63 al. 4 PA) sont respectées.
Selon l'art. 49 PA, le recourant peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (let. a), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (let. b) ainsi que l'inopportunité (let. c), griefs que l'autorité de recours examine en principe avec une pleine cognition.
4.1 De jurisprudence constante, l'autorité de recours laisse cependant une certaine liberté d'appréciation aux autorités inférieures dans l'application de concepts légaux indéterminés, en particulier lorsque des circonstances locales, techniques ou personnelles doivent être prises en considération (voir parmi d'autres ATF 119 Ib 254, consid. 2b et ATF 135 II 384 consid. 2.2.2). En l'espèce, il s'agit de trancher la question de savoir si le projet du terminal de Monthey est digne de bénéficier de contributions d'investissement pour le trafic combiné; une telle question revêt des aspects techniques - quant à la question de savoir de quelles installations il s'agit par exemple -, économiques - quant à la notion de coûts imputables par exemple - voire politiques - quant à la question de l'opportunité de mesures prises en vue d'assurer l'objectif de transfert du trafic de marchandises vers le rail.
4.2 Lorsqu'elle examine - en l'espèce - si un projet est susceptible d'être soutenu ("Förderwürdigkeit") et à quelle hauteur ("Förderbedürfigkeit"), l'autorité inférieure dispose d'un très large pouvoir d'appréciation dans l'examen des circonstances particulières. Dès lors, le Tribunal administratif fédéral fera preuve de retenue et tiendra compte de l'expérience et des connaissances spécifiques de l'autorité inférieure (arrêts du Tribunal administratif fédéral B-4905/2009 du 11 mars 2010, consid. 2 et A-6121/2007 du 3 avril 2008 consid. 6.1). Ainsi, en cette matière, l'autorité de recours ne doit pas s'éloigner sans raison de l'avis exprimé dans la décision attaquée et ne doit intervenir qu'en cas de violation de la loi, d'abus du pouvoir d'appréciation, ou lorsque l'acte entrepris est objectivement inopportun (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6121/2007, précité, consid. 5 in fine avec les références citées).
4.3 Il résulte en outre des considérants qui suivent (cf. consid 5.1 s.) sur les bases légales applicables, que les conditions d'octroi des contributions fédérales, dans le domaine ici considéré, doivent être examinées au regard de notions très générales telles que - comme mentionné ci-dessus - la politique des transports et de l'environnement, notions que la législation pertinente ne définit guère; il appert en outre que les conditions ou les modalités d'octroi des contributions elles-mêmes, leur forme (prêts ou contributions à fonds perdu) ou encore leur montant ne font guère l'objet de dispositions légales détaillées. Ainsi, la disposition applicable spécifique à la présente cause, l'OPTMa (cf. consid. 5.2 qui suivent), règle apparemment de manière relativement détaillée la notion de ce que peuvent être des coûts imputables, mais c'est bien l'un des rares points que l'ordonnance en question traite en détail (cf. arrêt précité du Tribunal administratif fédéral A-6121/2007, consid. 5 in fine).
Lorsque les conditions d'octroi d'une subvention ne sont pas définies de manière exhaustive par le droit fédéral, l'on est en présence d'une subvention de libre appréciation ("Ermessenssubvention") (voir Fabian Möller, Rechtsschutz bei Subventionen, thèse, Bâle 2006, p. 43; ATAF 2008/44 consid. 4.5.6). Pour de telles subventions, le pouvoir d'appréciation de l'autorité inférieure est encore plus important et le Tribunal de céans ne devra pas s'en écarter sans nécessité impérieuse (ATAF 2007/37, consid. 2.1).
5.1 En application du mandat constitutionnel de l'art. 86 al. 3 let. b de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101), l'art. 21 de la loi fédérale du 22 mars 1985 concernant l'utilisation de l'impôt sur les huiles minérales à affectation obligatoire et de la redevance autoroutière (LUMin, RS 725.116.2) prescrit que la Confédération alloue des contributions d'investissement ou d'exploitation dans le but de promouvoir le trafic combiné et le transport ferroviaire de véhicules routiers accompagnés. De plus, l'art. 4 al. 3 de la loi fédérale du 19 décembre 2008 sur le transport de marchandises par des entreprises de chemin de fer, de transport à câbles ou de navigation (loi sur le transport de marchandises [LTM], RS 742.41) prévoit également que "[pour] favoriser le trafic ferroviaire de marchandises, la Confédération peut contribuer à des investissements au moyen d'aides financières ou de prêts sans intérêts. Il ressort de ce qui précède qu'aussi bien la LUMin que la LTM ne font que fixer le but général - promouvoir et favoriser le transport de marchandises par rail - mais ne fixent pas les conditions d'octroi de subventions.
Par ailleurs, et sans préjuger de la pertinence de cette norme pour le cas d'espèce, la loi fédérale du 19 décembre 2008 sur le transfert de la route au rail du transport lourd de marchandises à travers les Alpes (loi sur le transfert du transport de marchandises [LTTM], RS 740.1), basée sur l'art. 84 Cst., a pour but d'atteindre un objectif de transfert - de la route au rail - du transport de marchandises à travers les Alpes qui devrait limiter à un maximum de 650'000 le nombre de courses annuelles de transport lourd de marchandises à travers les Alpes par les routes de transit (art. 3 LTTM). Cette loi prévoit également qu'afin que l'objectif soit atteint, la Confédération peut adopter des mesures de promotion en précisant qu'elle encouragera en premier lieu le trafic combiné non accompagné sur grandes distances (art. 8 LTTM). Cette disposition concerne cependant le trafic transalpin et donc les axes de transit tels qu'ils sont définis à l'art. 2 de la loi fédérale du 17 juin 1994 sur le transit routier dans la région alpine (LTRA; RS 725.14). S'agissant de la promotion du transport de marchandises par le rail en général et donc sur le trafic intérieur au-delà du seul trafic transalpin, le message du Conseil fédéral du 8 juin 2007 sur le projet de législation concernant le transport de marchandises est très clair (projet de loi fédérale sur le transfert de la route vers le rail du transport lourd de marchandises à travers les Alpes [LTTM], projet de loi fédérale sur les modifications du droit des transports, projet d'arrêté fédéral allouant un plafond de dépenses pour la promotion du trafic de marchandises à travers les Alpes; FF 2007 4147, en particulier p. 4241) dans le sous-chapitre intitulé "Pas d'encouragement financier du transport ferroviaire des marchandises en surface" (sous ch. 1.6.2 "Grandes lignes du nouveau droit du transport des marchandises"), lequel précise "[qu'] il n'existe pas de mandat de transfert qui impose une promotion ciblée de l'offre du trafic ferroviaire des marchandises en surface [ndlr: c.-à-d. qui couvre l'ensemble du territoire]". Il n'existe pas non plus de mandat de service public concernant une desserte nationale par le trafic ferroviaire des marchandises.
Ces dispositions, légales ou constitutionnelles, ne déterminent que les objectifs visés, mais non les conditions d'octroi à proprement parler. Il y a donc lieu d'examiner si des conditions précises d'octroi ressortent de l'ordonnance d'application.
5.2 Les dispositions d'exécution et la procédure applicable à l'octroi des contributions fédérales sont en effet fixées dans l'OPTMa. Cette ordonnance se fonde sur toutes les bases légales et constitutionnelles mentionnées dans les considérant qui précèdent (cf. préambule de l'OPTMa); l'OFT s'est basé principalement sur l'OPTMa pour rendre l'acte attaqué.
5.2.1 L'art. 3 OPTMa prévoit de manière très générale qu'"[a]fin de promouvoir le transport combiné, la Confédération peut allouer des contributions d'investissement à des entreprises ferroviaires et à des tiers" (al. 1) et que ces contributions sont versées sur la base d'un programme pluriannuel (al. 2). Ce programme est fixé en accord avec le Département fédéral des finances d'après les besoins d'investissement recensés par l'OFT et les priorités de la politique des transports et de l'environnement. Il sera revenu plus tard en détail sur le programme pluriannuel applicable au cas d'espèce (infra consid. 5.3).
5.2.2 L'art. 4 OPTMa, malgré son titre ("conditions préalables"), ne définit pas tant les conditions d'octroi que le champ d'application et règle de manière très générale le type de projets ou d'objets pouvant bénéficier de contributions. Il prescrit en effet en son alinéa 1 que "des contributions d'investissement pour le transport combiné peuvent être versées pour la construction, l'acquisition, le renouvellement ou l'extension d'ouvrages, d'installations et d'équipements servant au transbordement entre les modes de transport (lettre a), l'aménagement d'installations ferroviaires pour le transport combiné (lettre b), l'acquisition de véhicules ferroviaires pour le transport combiné (lettre c) [ou enfin] d'autres investissements qui facilitent et favorisent notablement l'utilisation du transport combiné(lettre d)".
5.2.3 L'art. 5 OPTMa définit les coûts imputables. Ainsi sont imputables les coûts de planification et de préparation des travaux, les coûts de construction, accessoires ou non, et toutes les dépenses pour l'équipement ferroviaire fixe. Si les coûts globaux ou certains de leurs éléments dépassent le montant usuel pour des projets comparables, les coûts imputables peuvent être réduits en conséquence (al. 1). Par contre ne sont pas imputables les coûts financiers et les indemnités versées aux autorités et aux commissions ainsi que les coûts d'installations qui ne servent pas directement au transport ferroviaire ou au transbordement entre les modes de transport (al. 2).
5.2.4 L'OPTMa contient également des dispositions sur les facteurs dont il y a lieu de tenir compte lors du calcul des contributions, soit l'intérêt que revêtent les projets du point de vue de la politique des transports et de la politique de l'environnement ainsi que le degré d'autonomie financière (art. 6 al. 1 OPTMa). Si l'autonomie financière ne peut être déterminée, l'OFT tient compte du montant des coûts imputables et du volume de transport escompté (art. 6 al. 2 OPTMa).
5.2.5 Par ailleurs, l'art. 8 al. 1 OPTMa traite du choix de la forme de contribution selon l'objet: les ouvrages, les installations et les équipements peuvent bénéficier de contributions à fonds perdu ou de prêts remboursables à des taux d'intérêt préférentiels. Ces prêts sont accordés pour l'acquisition de véhicules ferroviaires. C'est à l'OFT de déterminer au cas par cas la répartition entre contributions à fonds perdu et prêts selon des critères de politique des transports et de politique de l'environnement ainsi que sur la base d'un critère de rentabilité (art. 8 al. 3 OPTMa).
5.3 Outre les dispositions précitées de l'OPTMa, la question est également régie par un programme pluriannuel intitulé "programme pluriannuel 2009-2013/contributions aux investissements du transport combiné du 3 septembre 2009" (ci-après: le programme pluriannuel ou programme). Ce programme définit les moyens financiers à disposition de l'autorité pour octroyer des subventions et il a été publié, en langue allemande seulement, en annexe IV du rapport du Conseil fédéral sur le transfert du trafic de novembre 2009 (rapport sur le transfert janvier 2007 - juin 2009, p. 120 ss) adressé aux commissions parlementaires (ci-après le rapport sur le transfert 2009, disponible sur le site de l'OFT: www.bav.admin.ch Thèmes Transfert De quoi s'agit-il ? > Rapport sur le Transfert >Download Archiv, consulté le 14.08.2013).
Outre qu'il fixe le cadre financier (ch. 1 du dispositif), le programme pluriannuel arrête les critères applicables lors de l'examen d'une demande de contributions d'investissement (ch. 2 du dispositif qui renvoie aux 2.3 et 2.4 du programme). Il contient également les principes de base applicables pour examiner une demande de subvention et définit les catégories d'objets dignes d'être encouragés (ch. 2.1 et 2.2). Prévu par l'art. 3 al. 2 OPTMa, ce programme, au vu des destinataires et des auteurs est avant tout un instrument de planification et de pilotage stratégique qui fixe l'enveloppe financière disponible. En tant qu' instrument politique, il est destiné à expliciter la politique envisagée et les priorités à moyen terme aux Commissions parlementaires compétentes; il ne s'agit donc pas d'un document devant trouver une application immédiate dans un cas concret. Au surplus, ce programme lui-même se réfère justement à la directive interne et à un guide ("Leitfaden", ch. 1.2 du programme) dont il est question ci-dessous (consid. 5.4 ci-après), de sorte que la question de savoir quelle serait la nature exacte - et l'éventuelle force contraignante - d'un tel document peut rester ouverte.
5.4 L'OFT a également rédigé un guide d'information à l'intention des requérants intitulé "Guide pour les demandes de contributions d'investissement dans le trafic combiné" dont la version en vigueur (version 1.1) date de janvier 2010 (ci-après le Guide). Ce document décrit la procédure de demande d'octroi d'aides financières dans le trafic combiné. Le Guide s'adresse aux administrés et a pour but de les renseigner; il ne saurait en aucun cas conférer un droit que la loi ou l'ordonnance ne prévoient pas.
Dans sa réponse, l'OFT explique que depuis 2004 sa pratique se base sur une directive interne, révisée en 2009. A l'appui, l'autorité inférieure a également produit ladite directive, non publiée (pièce n° 1 du bordereau de l'autorité inférieure) intitulée "Weisung betreffend Investitionsbeiträge an den kombinierten Verkehr". Cette version se base sur une ordonnance antérieure à l'OPTMa (voir à ce propos les bases légales citées dans cette directive), à savoir l'ancienne ordonnance sur la promotion du trafic combiné du 29 juin 1988 (OTC; RO 1988 216, 1999 694, 2000 211), qui n'est plus en vigueur depuis le 1er janvier 2010 (cf. art. 19 al. 1 OPTMa). La directive n'a donc visiblement pas été révisée à l'entrée en vigueur de l'OPTMa. En revanche, il apparaît qu'une bonne partie du contenu de ladite directive a été repris sans aucune modification dans le Guide actuel, si bien que l'on se référa uniquement aux chiffres pertinents du Guide dans les considérants qui suivent. En effet, dans la mesure où le Guide, tout en décrivant la procédure et les critères, codifie et reprend la pratique instaurée par la directive, l'on peut donc également considérer qu'il contient des instructions destinées à l'autorité en charge de l'examen des demandes et l'assimiler à une directive interne.
Destinées à assurer l'application uniforme des prescriptions légales, les directives de l'administration, ou ordonnances administratives, visent à unifier, voire à codifier la pratique des organes d'exécution. Elles ont notamment pour but d'établir des critères généraux d'après lesquels seront tranchés les cas d'espèce et ce dans le but d'assurer l'égalité de traitement ainsi que de faciliter l'application de la législation. De telles directives n'ont d'effet qu'à l'égard de l'administration. Elles ne créent pas de nouvelles règles de droit contraignantes dans la mesure où elles expriment le point de vue de l'administration s'agissant de l'application d'une règle de droit (ATF 135 V 321 consid. 7.4; cf. ATAF 2010/37 consid. 2.5.1 et les références citées). De telles directives internes ne lient pas le Tribunal administratif fédéral qui en contrôle librement la légalité. En présence d'ordonnances administratives interprétatives - comme c'est le cas en l'espèce avec le Guide susmentionné - le Tribunal de céans ne s'en écartera pas sans motifs sérieux si ces directives représentent une interprétation convaincante et conforme aux dispositions légales applicables (ATF 139 V 122 consid. 3.3.4; ATF 133 V 587 consid. 6.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral B-1879/2011 du 10 février 2012 consid. 4.2).
En revanche, le Tribunal s'en écartera si ces directives établissent des normes qui ne sont pas conformes aux dispositions légales applicables (ATF 129 V 200 consid. 3.2, ATF 126 V 64 consid. 4b).
Un second grief concerne une réduction opérée sur les coûts de planification; la demande comportait des coûts fixés à 15% des coûts de construction de l'installation et la décision n'en n'a retenu que 10%.
Les recourantes s'en prennent également au classement opéré par l'autorité inférieure pour déterminer à quelle catégorie d'encouragement appartiendrait le projet (classement sous forme de points attribués à divers critères), ainsi qu'à la répartition, opérée par l'OFT, entre subventions à fonds perdus et prêts sans intérêts.
6.1 Plus précisément, l'OFT ayant considéré que le terminal devrait remplacer deux installations représentant 30% des futures capacités de transfert (installation Bertschi qui sera supprimée et site "Gessimo" constitué d'une voie de raccordement, cf. consid. 9.4. ss ci-après), il a exclu d'emblée toute contribution à ce titre. Quant à l'autre réduction de départ de 10% supplémentaires, elle est due à ce que l'OFT considère comme du "transfert froid", à savoir un transfert rail - rail engendré par la transition d'un moyen de transport par wagons complets vers le moyen de transport par trains-navettes du transport combiné.
L'évaluation de ces réductions est opérée en termes de capacités de transfert et faite par le biais d'une unité de mesure de longueur de containers par année, dénommée l'EVP/an (équivalent vingt pieds par année, un container mesurant en effet environ 20 pieds, soit 6,10 mètres environ). En bref, l'OFT a pris en considération les capacités de transbordement - en EVP/an - annoncées par les recourantes et y a soustrait les capacités en transbordement des installations existantes au motif que la législation ne permettrait que le versement de contributions financières en faveur de la création de nouvelles capacités de transbordement et non en faveur de mesures de remplacement (cf. décision attaquée, p. 8). Elle a fait de même avec le volume de transbordement assuré actuellement par des wagons complets et qui sera probablement remplacé par du transport combiné selon les pronostics des recourantes. Tout le raisonnement de l'OFT est basé sur l'art. 5 OPTMa, à savoir sur la question de savoir si les coûts sont imputables ou non au sens de cette disposition.
6.2 S'agissant des griefs rappelés ci-dessus (sous consid. 6), les recourantes invoquent tout d'abord une violation de leur droit d'être entendues dans la mesure où la décision attaquée ne serait pas assez motivée sur ces point. Elles critiquent en particulier le fait que la décision attaquée n'explique pas ce que seraient les mesures dignes d'encouragement et pourquoi le projet ne compte pas parmi les objectifs premiers de la Confédération.
Le droit d'être entendu, et par conséquent tous les aspects qu'il comporte, est une garantie de nature formelle. Une violation avérée du droit d'être entendu entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment du bien-fondé matériel du recours (ATF 135 I 187 consid. 2.2, arrêt du Tribunal fédéral 1C_452/2009 du 19 mars 2010, consid. 2.3; arrêt du Tribunal fédéral 2P.67/2000 du 19 septembre 2000, consid. 2a; ATF 124 V 183 consid. 4a; ATF 122 II 469 consid. 4a; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2013/2006 du 11 décembre 2009, consid. 6). Il est par conséquent nécessaire d'examiner dans un premier temps si les griefs relatifs à la violation du droit d'être entendu sont fondés ou non (cf. également arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6515/2010, du 19 mai 2011, consid. 4).
Il sied cependant de relever que la règle de l'annulation de la décision en raison d'une violation du droit d'être entendu souffre une exception: la violation du droit d'être entendu peut être réparée lorsque la partie lésée a bénéficié de la faculté de s'exprimer librement devant une autorité de recours investie du même pouvoir de cognition que l'autorité ayant méconnu le droit (ATF 133 I 201 consid. 2.2; ATF 129 I 129 consid. 2.2.3; ATF 126 I 68 consid. 2; arrêt du Tribunal fédéral 1C_104/2010 du 29 avril 2010, consid. 2.1). La réparation de la violation du droit par l'autorité de recours devrait être une exception et elle serait en principe exclue lorsque la violation du droit d'être entendu constitue dans le cas d'espèce une atteinte particulièrement grave aux droits de la partie (arrêt du Tribunal fédéral 1C_452/2009, du 19 mars 2010. consid. 2.2; arrêt du Tribunal fédéral 1C_265/2009, du 7 octobre 2009, consid. 2.3; ATF 126 I 68, consid. 2). Toutefois, la pratique admet également la réparation d'une grave violation du droit d'être entendu lorsque, in casu, le renvoi de la cause à l'autorité de première instance serait une vaine formalité et allongerait inutilement la procédure (ATF 133 I 201 consid. 2.2 et arrêt précité du Tribunal fédéral 1C_265/2009, consid. 2.3).
Il résulte de l'art. 49 PA que le Tribunal de céans dispose du même pouvoir de cognition que l'autorité de première instance (cf. consid. 4 ci-avant). La réparation d'une violation du droit d'être entendu est par conséquent possible.
S'agissant spécifiquement du grief soulevé par les recourantes, elles invoquent une violation de l'art. 35 PA, lequel garantit le droit à une décision motivée et implique l'obligation pour l'autorité d'exposer les motifs de sa décision de manière à ce que le destinataire de celle-ci puisse la comprendre et l'attaquer utilement s'il y a lieu. La question de savoir si une décision est suffisamment motivée est distincte de celle de savoir si la motivation adoptée est convaincante. Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui fondent une décision, le droit à une décision motivée est respecté, même si la motivation présentée est erronée (cf. arrêt du Tribunal fédéral 6B_518/2009 du 29 septembre 2009,consid. 2.5).
Ni la PA, ni la jurisprudence relative à l'art. 29 al. 2 Cst., ne contiennent d'exigence particulière sur le contenu et la longueur de la motivation. Il suffit cependant que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision. L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (ATF 130 II 530 consid. 4.3; arrêt du Tribunal fédéral 6B_59/2008 du 15 avril 2008, consid. 5.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2081/2006 du 17 décembre 2007, consid. 7.1).
7.1 S'agissant de la réduction de 30%, l'acte attaqué la motive comme suit: "Le soutien financier de mesures de remplacement ne fait pas partie des objectifs premiers de la Confédération, qui ne considère dès lors pas ces mesures comme dignes d'encouragement. Les mesures prévues servent à optimiser les déroulements logistiques actuels des installations industrielles concernées et n'entraînent pas de transfert du trafic. Les coûts imputables sont donc réduits de 30% en vertu de l'art. 5, al. 1 et 3, OPTMa". La décision mentionne en outre que "la Confédération soutient les projets qui visent un effet de transfert maximal eu égard à la réalisation des objectifs de politique des transports" et énonce de manière non exhaustive différents critères pour juger si une demande est digne d'encouragement (décision attaquée p. 7).
L'on peut déduire du passage précité que l'OFT considère que la priorité politique est donnée à l'extension des capacités de transfert et non au simple maintien des capacités existantes. Sur la base de cette motivation, les recourantes ont suffisamment d'éléments pour comprendre et contester les priorités retenues par l'OFT ainsi que son interprétation de la politique des transports, ce qu'elles ne manquent par ailleurs pas de faire dans le recours. Dans ce cadre et au vu des principes rappelés ci-dessus, l'indication par l'OFT de ce que serait un projet digne d'encouragement est donnée: il considère que seuls des projets présentant un taux de 100 % de nouvelles capacités de transfert pourrait être mis au bénéfice de contributions de financement à hauteur de la totalité des coûts. Une telle motivation satisfait aux exigences de l'art. 35 PA, quand bien-même les réponses aux questions soulevées par les recourantes dans leur mémoire de recours ne figurent pas dans cette motivation.
S'agissant toujours de la violation du droit d'être entendu, les recourantes l'invoquent s'agissant des 10% de réduction de départ en raison du "transfert froid". L'acte attaqué contient une motivation spécifique à ces 10%, mais très succincte. On comprend cependant - en particulier en lien avec les observations déposées au dossier - que le raisonnement tenu est le même que celui qui a été appliqué à la réduction de 30%, sauf qu'il ne repose pas sur un remplacement d'une installation servant déjà au transport combiné par containers, mais sur la substitution d'un volume de transbordement de marchandises qui s'effectuait jusqu'à maintenant par wagons complets. Dans la mesure où ce volume - correspondant à 10% du volume estimé pour les dix premières années d'exploitation du futur terminal - serait déjà transporté par train, il y aurait là un "transfert froid" qui ne donnerait pas lieu à des contributions fédérales.
Au vu de ce qui précède, la motivation de l'acte attaqué doit être considérée comme suffisante, même si, comme considéré ci-dessus, elle est très succincte.
7.2 Une troisième violation de l'art. 35 PA est invoquée s'agissant de la réduction des coûts de planification à 10% des coûts totaux en lieu et place des 15% qui figuraient dans la requête.
L'acte attaqué mentionne ce qui suit à propos de cette réduction : "les honoraires se chiffrent à 10% (au lieu de 15%) des coûts de construction imputables" (page 8 de l'acte attaqué).
Une telle motivation ne satisfait pas aux exigences de l'art. 35 PA, même si cette question avait fait l'objet, avant la décision, d'échanges de courriers électroniques entre les recourantes et l'autorité de première instance, laquelle avait déjà annoncé qu'elle entendait réduire ce poste (voir courrier électronique du 23 février 2011 de l'OFT et la réponse des recourantes du 9 mars 2011, pièce n° 8 du bordereau de l'autorité inférieure, pièce n° 14.25 du bordereau des recourantes).
Dans le cadre des échanges d'écritures devant le Tribunal de céans, l'OFT expose que la pratique impose de considérer que les frais de planification se montent à 10%; il joint à ses observations - s'agissant de l'examen matériel de cette question - divers documents sur lesquels il sera revenu plus loin (consid. 11).
Dès lors qu'une violation du droit d'être entendu est constatée, se pose la question de savoir si celle-ci justifie la cassation de l'acte entrepris et son renvoi devant l'autorité de première instance ou si, au contraire, dès lors que les parties ont pu s'exprimer librement devant une autorité ayant le même pouvoir de cognition que l'autorité de première instance, il y a lieu de considérer le vice comme réparé (cf. consid. 7 ci-avant). En l'espèce, compte tenu du fait que les recourantes connaissaient déjà les intentions de l'autorité de première instance à propos de cette réduction des frais de planification, le vice ne revêt pas une gravité telle qu'une réparation ne soit plus possible au stade de la présente procédure: force est de constater que les recourantes ont pu valablement soulever leurs griefs à propos de ce poste, griefs qui seront examinés plus avant. L'acte entrepris ne sera donc pas annulé de ce chef.
8.1 S'agissant de la déduction globale de 40% (30% des coûts étant attribués au remplacement de capacités existantes et 10% à raison d'un "transfert froid") et comme rappelé dans la partie en fait ci-dessus, l'OFT a basé tout son raisonnement sur l'article 5 OPTMa, à savoir sur la notion de coûts imputables. Dans ce cadre, il a considéré que le remplacement de capacités existantes (30% de déductions opérées en l'espèce) n'étaient pas des coûts imputables, de même que le "transfert froid" (10% de déductions opérées en l'espèce).
Selon sa pratique, l'OFT considère que les mesures de remplacement ne sont pas dignes d'encouragement car l'effet de transfert supplémentaire est nul. Dans sa réponse du 21 mars 2012, l'autorité inférieure invoque d'ailleurs qu'il y a lieu de distinguer la promotion du transfert de la promotion du maintien du transfert existant (ch. 9 de sa réponse) et justifie l'exclusion du financement des capacités existantes en ces termes: "des contributions en faveur du maintien de capacités existantes créeraient de mauvaises incitations quant à la gestion des terminaux et poseraient par ailleurs d'insolubles problèmes du point de vue de l'égalité de traitement entre les exploitants" (ch. 12 de sa réponse).
8.2 Les recourantes, pour leur part, basent leurs griefs et critiques sur le raisonnement opéré par l'OFT s'agissant des coûts imputables et invoquent une violation de l'art. 5 OPTMa.
8.3 L'art. 5 al. 1 et 2 OPTMa contient la liste des frais imputables. Il faut comprendre par "frais imputables" les coûts du projet - en tant qu'il peut être mis au bénéfice de subventions - qui représentent une base pertinente pour le calcul de la subvention, cette dernière étant définie en pourcents des coûts - imputables - selon la catégorie dans laquelle le projet a pu être rangé. L'art. 5 OPTMa ne définit donc pas les projets ni la nature des projets susceptibles d'être soutenus, mais la manière de calculer la subvention.
Dès lors, avant même de calculer les coûts imputables, l'autorité doit déterminer si le projet et le cas échéant quelle part de projet, entre dans le champ d'application de l'art. 4 al. 1 OPTMa, c'est-à-dire si et quelle part du projet est digne d'encouragement ("Förderwürdigkeit"; arrêt précité du TAF, A-6121/2007).
8.4 Or, l'art. 4 al. 1 OPTMa n'interdit pas d'emblée le financement de projets qui ne créent pas de nouvelles capacités: sous le titre "conditions préalables" - mais il s'agit bien plus de la définition du champ d'application (cf. consid. 5.2.2 ci-dessus) - cette disposition prévoit que des contributions d'investissement pour le transport combiné peuvent être versées pour la construction, l'acquisition, le renouvellement ou l'extension d'ouvrages, d'installations et d'équipements servant au transbordement entre les modes de transport (let. a), l'aménagement d'installations ferroviaires pour le transport combiné (let. b), l'acquisition de véhicules ferroviaires pour le transport combiné (let. c) et d'autres investissements qui facilitent et favorisent notablement l'utilisation du transport combiné (let. d).
Le Guide au surplus, ne contredit pas non plus cette interprétation dès lors qu'il y est exposé que le "renouvellement" ("Erneuerung" en allemand, le terme de "rénovation" , en français, eût été plus adéquat) de terminaux ou de parties de terminaux ne sera pas mis au bénéfice de subventions lorsque la construction en question avait déjà été subventionnée (ch. 1.5.1 du Guide). Cela signifie, a contrario, qu'une installation existante et qui n'a jamais été mise au bénéfice de subventions pourrait en bénéficier lors de son renouvellement (rénovation).
Dès lors et contrairement à ce qu'affirme l'autorité de première instance, non seulement le maintien de capacités existantes n'est pas exclu a priori de toute possibilité de financement, mais cette question ne se règle pas sur la base de l'art. 5, mais sur la base de l'art. 4 OPTMa. Dès lors, en écartant d'emblée toute possibilité de financement, l'autorité inférieure renonce purement et simplement à apprécier si le projet mérite d'être soutenu dans le cas concret alors qu'elle en a l'obligation et qu'en réalité ni le programme pluriannuel ni le Guide ne prévoient une telle exclusion. Par ailleurs, une ordonnance administrative ne peut sortir des limites fixées par la norme qu'elle est censée concrétiser (ATF 138 V 80 consid. 4.5), si la disposition légale (en l'espèce l'OPTMa) laisse le soin à l'autorité de régler les conditions d'octroi dans le détail, l'autorité n'est cependant pas habilitée à en restreindre le champ d'application. Pour ces motifs déjà, la cause doit être renvoyée à l'instance inférieure.
8.5 Il sied par ailleurs encore de préciser que l'art. 4 al. 2 let. d OPTMa prévoit que "des contributions d'investissement pour le transport combiné peuvent être versées pour d'autres investissements qui facilitent et favorisent notablement l'utilisation du transport combiné". Sous cet angle, le financement de ce que l'OFT qualifie de "transfert froid" - donc le financement du remplacement du transport par wagons isolés par le transport en conteneur ISO - n'est pas contraire au but visé, si l'on considère que de telles mesures rendent également l'utilisation du transport combiné plus attractif et favorise sa diffusion. L'autorité inférieure ne peut donc se contenter d'exclure tout financement dès lors qu'il en résulte la mise à disposition de capacités nouvelles en transport combiné et que le besoin pour ces capacités existe. Là aussi, pour l'essentiel, l'argument de l'autorité inférieure est qu'il n'y a pas d'effet de transfert supplémentaire vers le rail mais uniquement une substitution. Si l'on s'en tient à une interprétation stricte de l'OPTMa et en particulier aux définitions légales des différents modes de transport, l'on constate que l'ordonnance fait une distinction claire entre le transport combiné et le transport par wagons isolés (cf. art. 1 et 2 OPTMa). Dès lors, l'OFT ne devrait pas opérer une déduction de 10%, à raison de deux modes de transport que la législation elle-même distingue.
8.6 L'interprétation de l'autorité inférieure ne résiste du reste pas à l'examen également sous un autre aspect: exclure d'emblée tout financement de mesures de rénovation qui auront pour but de maintenir ou de remplacer des capacités qui, sans elles, seraient amenées à disparaître, ne fait guère de sens. Sans de telles mesures, le risque de transfert négatif, à savoir le retour du trafic de marchandises sur la route, est important. Le renouvellement régulier des installations de transport combiné est l'une des conditions pour garantir le maintien des capacités existantes et contribue dès lors également à l'atteinte des objectifs fixés en matière de politique des transports.
Au demeurant, dans le cadre de la cause A-6121/2007 précitée, le Tribunal de céans a justement examiné l'octroi de contributions à un projet qui visait uniquement à maintenir les capacités initiales. A l'époque, l'autorité inférieure avait justifié le montant limité des contributions d'investissement en se fondant justement sur le fait que le projet ne conduisait pas à une augmentation des capacités de transbordement (arrêt précité, let. C); mais il avait néanmoins accordé des aides financières à ce maintien des capacités existantes en particulier pour tenir compte du risque de transfert négatif (arrêt précité, consid. 8.2).
Il convient de préciser que dans l'arrêt en question, le projet n'avait pas été considéré comme mesures de construction ou de renouvellement d'infrastructures; il s'agissait en effet "d'autres investissements qui facilitent et favorisent notablement l'utilisation du transport combiné" au sens de l'art. 4 al. 1 let. d OPTMa. Cet arrêt avait été rendu sous l'empire de l'OTC, abrogée à l'entrée en vigueur de l'OPTMa (cf. art. 19 al. 1 OPTMa), dont l'entrée en vigueur n'a cependant pas apporté de changements fondamentaux sur la question du champ d'application. Bien que la décision se basât sur une ancienne directive interne datant de mars 2004 (voir arrêt précité consid. 6) remplacée par la directive révisée de 2009, les critères déterminants, en particulier s'agissant de l'effet de transfert, c'.à-d. le volume supplémentaire transféré de la route au rail, n'ont visiblement pas changé par rapport à ce qu'ils sont maintenant dans le Guide et le programme pluriannuel.
L'on soulignera également que, dans un domaine connexe, l'OFT a argumenté en faveur de mesures de renouvellement lors de la révision de l'ordonnance sur les voies de raccordement (OVR; RS 742.141.51). On peut ainsi lire dans le commentaire explicatif ad art. 16 al. 2 OVR consacré au financement du renouvellement des voies de raccordement les remarques suivantes: "[l]e renouvellement des voies de raccordement garantit le maintien du réseau de voies de raccordement et contribue dès lors de manière décisive à l'atteinte des objectifs fixés par la Suisse en matière de politique des transports..." (p. 14 du "Rapport explicatif: Ordonnances du projet de législation concernant le trafic marchandises, Modifications prévues au 1er janvier 2010, Modifications et commentaire", , consulté le 14 août 2013). On ne voit ainsi pas pourquoi le même raisonnement ne pourrait pas s'appliquer aux infrastructures du transport combiné
8.7 Dans le cadre de sa décision, l'autorité doit examiner si l'installation existante que l'on veut renouveler avait déjà été mise au bénéfice d'une subvention. Une telle restriction est licite et est justifiée par l'art. 6 al. 1 OPTMa, lequel exige l'autonomie financière ("Wirtschaftlichkeit") de l'installation; le programme pluriannuel (ch. 2) et le Guide (ch. 1.6) imposent la même exigence. En d'autres termes, les installations doivent être rentables, en tous les cas à terme (10 ans) et les propriétaires ou gestionnaires de terminaux doivent financer les renouvellements qui s'imposent par les produits excédentaires" (ch. 1.5.1 du Guide).
L'un des moyens de s'assurer de la rentabilité est notamment d'éviter la création d'une surcapacité due au subventionnement. C'est pourquoi l'exigence imposée par le Guide, à savoir que des contributions ne seront accordées que si l'investissement est prévu en une région qui atteste d'un besoin de disposer de capacités de transbordement (ch. 1.6 du Guide), est licite et opportune. Selon la directive interne de 2004/2009, un besoin supplémentaire avéré doit être considéré comme une condition essentielle pour l'octroi d'une contribution. Ainsi le Tribunal administratif fédéral a admis que l'autorité inférieure, vu son grand pouvoir d'appréciation en la matière, pouvait également tenir compte des capacités encore disponibles dans la région (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6121/2007, précité, consid. 8.1).
En soi, ce critère ne s'oppose pas non plus à l'octroi de subventions pour des projets qui se substituent à des capacités existantes, dès lors qu'il n'y a pas de dédoublement des capacités et donc pas de risque de sous utilisation. D'une manière générale, ce critère découle du principe selon lequel les subventions atteignent leur objectif de manière économique et efficace, principe inscrit à l'art. 5 al. 1 de la loi fédérale du 5 octobre 1990 sur les aides financières et les indemnités (loi sur les subventions [LSu], RS 616.1).
Enfin, il y a également lieu de tenir compte du principe de l'égalité de traitement entre concurrents. Ainsi, ce n'est pas le rôle de l'Etat que de favoriser l'exploitant d'un nouveau terminal avec des installations plus modernes, qui lui donneraient un avantage compétitif aux dépens de l'exploitant concurrent d'une installation existante et rentable. Dans le cadre de son examen, l'autorité devra évidemment tenir compte de chaque cas d'espèce.
Au vu ce qui précède, il apparaît que l'autorité inférieure a le devoir d'apprécier dans quelle mesure un projet de renouvellement contribue à atteindre les buts visés ne serait-ce qu'en examinant le risque de transfert négatif (consid. 8.5 ci-dessus). Elle doit encore s'assurer qu'il n'y ait aucun risque de surcapacité dans la région considérée (voir ci-dessus) et elle peut écarter tout projet de rénovation d'une installation ayant déjà été objet de subventionnement (voir ci-dessus).
8.8 Enfin, il y a lieu de prendre en considération les principes généraux applicables en vertu de la législation générale en matière de subventions. Dans ce domaine, l'attribution de moyens destinés aux investissements se fait compte tenu des ressources disponibles et des limites fixées par les programmes pluriannuels (cf. art. 3 al. 2 OPTMa). Dans ce contexte, il n'apparait pas contraire au droit de fixer dans le programme pluriannuel un ordre de priorité pour la période donnée qui, au vu des ressources limitées, met l'accent sur l'extension des capacités. Un tel ordre de priorité est d'ailleurs prévu à l'art. 13 LSu lorsque les demandes présentées ou prévisibles excèdent les ressources disponibles. L'autorité inférieure dispose de suffisamment de liberté d'appréciation pour tenir compte de la priorité moindre de ce type de projet par rapport à un projet créant effectivement des capacités supplémentaires et décider de la répartition du type de contributions (contributions à fonds perdus et prêt).
8.9 Au vu de ce qui précède, et dans le cas d'espèce, l'autorité de première instance ne pouvait pas, en se basant sur l'art. 5 OPTMa, écarter d'emblée toute rénovation d'installations existantes. Elle devait en revanche, compte tenu des principes rappelés ci-dessus, examiner si les installations dont les capacités sont remplacées (Bertschi et Gessimo) avaient déjà bénéficié de subventions, respectivement d'aides, si le soutien à cette rénovation pourrait créer un risque concurrentiel pour d'autres installations subventionnées ou non et enfin dans quelle mesure la totalité des ressources à disposition ne devrait pas être répartie en tenant compte également d'autres projets et si ces derniers ne seraient éventuellement pas prioritaires et pour quels motifs.
La décision entreprise doit donc être cassée et la cause renvoyée sur ce point à l'OFT.
Nonobstant ce qui précède et par économie de procédure, le Tribunal traitera également les autres griefs dans les considérants qui suivent, de manière à ce que l'autorité de première instance et les recourantes sachent d'emblée ce qu'il en est.
9.1 Comme déjà mentionné sous consid. 5.2.2 l'autorité de première instance a établi des critères qui ne se réfèrent pas tant à l'installation elle-même qu'aux capacités de transbordement de l'installation considérée. Pour ce faire, l'OFT emploie, en tant qu'unité de mesure et de comparaison, les capacités exprimées en unités de transport intermodal ou EVP ("Equivalent Vingt Pieds", grandeur statistique auxiliaire basée sur un container ISO de 20 pieds [de 6,10 m de long] permettant de décrire les flux ou les capacités de trafic).
Il a déjà été considéré que l'OFT ne pouvait, de fait, exclure du champ d'application des installations qui servent au renouvellement de capacités existantes, respectivement la rénovation d'installations (consid. 8 à 8.8 ci-dessus). Dès lors, en rapport avec ce grief, le Tribunal de céans peut tout au plus préciser ce qui suit.
9.2 La qualification juridique des installations en question et le fait qu'elles aient été répertoriées ou non par l'OFT dans la liste des terminaux reconnus importent peu dès lors que lesdites installations sont effectivement utilisées pour le transbordement et qu'il en résulte des mouvements effectifs et un volume de transport mesurable. La directive interne et le Guide donnent par ailleurs une définition de la notion de terminal qui ne s'oppose pas à la prise en compte des deux sites existants: "site équipé pour réaliser le transbordement et l'entreposage d'unités de transport intermodales". Cette définition très large est compatible avec l'OPTMa qui utilise d'ailleurs les termes suivants: "ouvrages, installations et des équipements spéciaux" ce qui implique que des installations ad hoc peuvent également être prises en compte (cf. art. 2 let. a et 4 al. 1 let a OPTMa).
Dans le cas d'espèce, le projet litigieux consiste en la construction d'un terminal sur un terrain occupé maintenant en partie par un parking. Il s'agit d'une infrastructure complètement nouvelle, qui englobe la construction d'un nouveau terminal de transport combiné et d'un groupe de voies de transfert, le tout sur une superficie de 27'700 m2 (17'700 m2 pour le terminal et 10'000 m2 pour les voies de transfert). Il ne s'agit donc pas d'un projet d'extension sur un site existant, mais bien - du point de vue de la construction - d'un nouveau terminal équipé d'un portique-grue roulant pour le transbordement, d'un groupe de voies de transfert et d'un bâtiment administratif.
9.2.1 Le site exploité par l'entreprise Bertschi est une installation basée sur des voies préexistantes de la gare de marchandises et un portique - grue mobile - permettant le transbordement de containers. Le périmètre appartient aux CFF.
Les recourantes allèguent que la pérennité du site n'est plus assurée car celui-ci n'est plus conforme aux exigences légales actuelles, notamment en matière d'aménagement du territoire, de protection contre les accidents majeurs, de protection des eaux et de protection contre le bruit (voir pièce jointe n° 41 à l'appui des observations complémentaires du 4 février 2013 des recourantes). Le secteur en question devrait par ailleurs être soumis à un plan d'affectation spécial qui prohibera ce type d'activité.
Ces allégations des recourantes sont soutenues par des documents attestant des travaux de planification et d'aménagement du territoire en cours sur la zone concernée. Des mesures de construction pour une mise en conformité et assurer la pérennité des installations paraissent en l'état exclues. Cette exploitation du terminal Bertschi se fait actuellement sur la base d'un régime d'autorisations spéciales de circuler pour les véhicules de 44 tonnes entre la gare et le site de l'industrie chimique (échange de courrier entre Bertschi et la Ville de Monthey, pièces 23 à 27 du bordereau des recourantes). A cet égard, les recourantes ont communiqué à l'OFT (courrier de la ville de Monthey à l'OFT du 12 juillet 2011, pièce n° 11 de leur bordereau) que dès la mise en service du terminal, ces autorisations spéciales ne seront plus accordées aux exploitants des places de transbordement existantes et que celles-ci devront être fermées (courrier de la Ville de Monthey à l'OFT du 12 juillet 2011, pièce n° 11 du bordereau des recourantes).
S'agissant du site Gessimo, il s'agit d'une friche industrielle louée à des tiers et équipée d'une voie de raccordement. Dans le mémoire de recours et l'échange d'écritures devant le Tribunal de céans, les recourantes allèguent que le site est utilisé uniquement par une entreprise de l'industrie chimique, la société Huntsman Advanced Materials Switzerland Sàrl, (recours, p. 5, ch. 13 et 15 et p. 10). Il ressort cependant du dossier de l'autorité inférieure que le site est exploité par une société locale de transports (voir courrier du 12 juillet 2011 de la ville de Monthey à Rapp Infra AG, pièce n°8 de l'autorité inférieure; "Antrag Subventionsgesuch", chap. D6 "Wettbewerbssituation", pièce n° 5 de l'autorité inférieure).
Quoi qu'il en soit, ce site de transbordement n'est qu'une solution provisoire dans l'attente du remaniement total du site de Clos-Donroux, dont fait partie le périmètre utilisé pour le transbordement, remaniement qui se fera, que le nouveau terminal se construise ou non. Le secteur du Clos-Donroux fait en effet l'objet d'un plan d'urbanisme et d'études pour un futur plan de quartier qui verra une nouvelle affectation de la zone (pièces n° 34 à 40 du bordereau des recourantes). La recourante 3 a largement documenté l'avance des travaux à ce sujet et il n'y a pas de doute qu'à moyen terme ce site est condamné quelque soit le sort du projet ici en cause. Par ailleurs, ce site représente bien davantage l'exploitation d'une voie de raccordement qui permet à des wagons d'être chargés et déchargés en particulier pour le compte de la société Huntsman.
La pérennité de cet emplacement en tant que surface de transbordement n'est pas assurée: il apparaît bien plutôt que sa disparition est programmée.
9.2.2 Il découle de ce qui précède que les deux sites ici considérés sont en tous les cas condamnés à plus ou moins brève échéance. Il est vrai également que cette condamnation dépendra, à tout le moins partiellement, des décisions que pourrait prendre l'une des parties prenantes à la présente procédure, soit la recourante 3 puisqu'elle est dotée, en sa qualité de commune, de certaines compétences en matière d'aménagement du territoire et qu'elle est propriétaire du site Gessimo. Mais même en tant que commune, elle ne dispose pas de compétences illimitées et se doit avant tout de respecter la législation en vigueur. Or, dans le cas d'espèce, les autorités cantonales ont également confirmé que les sites susmentionnés étaient problématiques (pièce n° 41 des recourantes).
10.1 Dans le cas d'espèce, compte tenu du très large pouvoir d'appréciation qui est le sien (cf. consid 4.2 s.) il est parfaitement possible que l'OFT respecte la loi (au sens large, mais ce n'est pas le cas en l'espèce) tout en rendant une décision qui peut paraître inopportune.
10.2 Une pratique comme celle retenue dans l'acte attaqué comporte le risque de voir ces marchandises retourner sur la route; elle constitue en effet une incitation négative et ce pour les motifs qui suivent. Dès lors que les sites actuels sont condamnés à la fermeture en raison de leur non conformité à la législation applicable aussi bien en matière d'aménagement du territoire qu'en matière environnementale, il paraît inopportun de tenir compte des capacités ainsi condamnées pour considérer que la nouvelle installation ne fera que remplacer - même partiellement - les anciennes. En effet, dans l'hypothèse d'une condamnation des sites exploités par des tiers, les recourantes qui souhaitent aménager et construire un nouveau site se trouvent dans la même situation de départ que les promoteurs d'un projet qui ne va générer que des capacités supplémentaires: le risque financier est le même dans ce cas de figure pour les nouveaux investisseurs que sont les recourantes. Or, force est de constater que dans un tel cas de figure, connaissant le raisonnement pratiqué s'agissant de la diminution du subventionnement éventuel à raison de mesures de remplacement, l'investisseur aurait tout intérêt à attendre simplement que les marchandises retournent sur la route. Il se verrait ainsi créditer de la création de nouvelles capacités et prendrait ainsi un risque financier moindre. La prise en compte du remplacement de capacités existantes, dans un tel cas de figure a donc un résultat clairement négatif si l'on considère que le but de toute la législation ici applicable est la promotion du trafic combiné. En effet, si l'on peut légitimement attendre d'un exploitant qu'il assure l'entretien courant et le financement du renouvellement de ses installations sans l'aide de l'Etat, la situation est différente dans l'hypothèse où les installations existantes sont de toutes manières appelées à disparaître à court terme et pour des motifs indépendants aussi bien de la volonté des promoteurs du projet ici considéré que de la construction ou non d'un nouveau terminal.
En d'autres termes, compte tenu du risque de transfert négatif, lequel devrait également être évité si l'on se base en particulier sur l'arrêt dans la cause précitée A-6121/2007, la disparition programmée dans le cas d'espèce doit être prise en considération de manière appropriée. Au vu des circonstances, il est certain que le projet ici en cause n'est pas le "renouvellement" d'une installation qui sans cela pourrait encore être utilisée à moyen terme.
10.3 Dès lors, dans le cadre de son très large pouvoir d'appréciation s'agissant en particulier des critères qu'elle peut appliquer (cf. consid. 4.3 ci-dessus), l'autorité inférieure devra-t-elle prêter une attention particulière aux circonstances de fait spécifiques évoquées ci-dessus.
11.1 Dans son écriture du 7 décembre 2012, l'autorité inférieure relève qu'une erreur de terminologie avait été commise dans la décision lorsqu'elle indique que "[l]es honoraires se chiffrent à 10% (au lieu de 15%) des coûts de constructions imputables [...]" (p. 8 de la décision attaquée). La réduction concernerait en effet les coûts de planification et non les honoraires. Le devis des coûts en annexe de la décision comporte en effet deux positions distinctes. D'une part les frais de planification - "Planung" - et, d'autre part, les frais d'honoraires de conseil et de financement - Honorar Beratung/Finanzierung -, qui eux n'ont pas été réduits à 10% par l'autorité inférieure. La notion de "coûts de planification du projet" figure dans le Guide sous ch. 4.3. qui indique à ce sujet: "Consultation de spécialistes, max. 15% des coûts de construction" (ch. 4.3, p. 20). Pratiquement, ces coûts seront donc composés avant tout des honoraires des bureaux d'architecte et des ingénieurs consultés (génie civil, spécialistes) indispensables à la planification du projet
Dans le devis des coûts du 22 juillet 2010 fourni avec leur demande de subventionnement, les recourantes avaient estimé les frais de planification en appliquant un taux forfaitaire de 15% sur les coûts totaux de construction pour chacun des trois segments du projet ("Teilobjekt"). Au total, les coûts présentés pour la planification du terminal et les voies de transfert étaient de 5'016'999.75 francs, somme à mettre en rapport avec des coûts de construction estimés par les recourantes à 33'446'665 francs. C'est sur la base de ce devis que le rapport externe de contrôle des coûts du projet a été établi. Pendant la procédure d'examen du dossier par l'OFT, un devis révisé daté du 1er juin 2011 a été remis par les recourantes en raison d'une adaptation du projet (élargissement de l'électrification). Selon ce devis les recourantes estiment les coûts de construction à 33'839'665 francs et les coûts de planification - correspondant à 15% de ce montant - à 5'075'500 francs.
Dans la décision attaquée, l'autorité inférieure, après réduction des coûts (de construction) considérés comme non imputables, arrive à un total des coûts de construction de 33'096'165 francs. A ce montant, l'autorité inférieure a appliqué le taux de 10% et obtient ainsi des coûts de planification de 3'309'617 francs (voir annexe 2 à la décision). C'est l'application de ce taux de 10% au lieu des 15% demandés qui est contestée par les recourantes.
Hormis le grief du défaut de motivation déjà traité (ci-dessus consid. 7.2), les recourantes invoquent une violation de l'art. 5 OPTMa. Elles allèguent notamment que ce taux ne tient pas compte de la complexité d'un tel projet et que les 15% retenus dans la demande sont conformes au Guide qui prévoit un maximum de 15%. Devant le Tribunal de céans, les recourantes ont déposé une feuille de calcul desdits honoraires effectué selon les normes SIA en vigueur (pièce 42 des recourantes). Selon ce décompte, le montant des honoraires correspondrait à 14.5% des coûts de construction. Les recourantes ont également invoqué le fait que ce taux de 15% pour frais de planification était également accepté par d'autres services de l'administration fédérale, en l'occurrence l'Office fédéral des routes (OFROU) pour ce qui concerne les études et travaux concernant les routes nationales (pièces 43 et 44 des recourantes).
11.2 Dans sa réponse, l'autorité inférieure justifie la réduction opérée en expliquant qu'à l'origine elle découlait d'une recommandation de la Coordination des services fédéraux de la construction et de l'immobilier (KBOB) de 2004 relative aux honoraires des contrats d'architectes et d'ingénieurs (toujours disponible en ligne sur le site de la KBOB: Accueil > Publications > Prestations d'architectes et d'ingénieurs > Recommandations relatives aux honoraires d'architectes et d'ingénieurs > Archives, consulté le 14 août 2013). Ce document contient en particulier des recommandations pour le calcul des honoraires en pour-cent du coût de l'ouvrage (ch. 5 de ladite recommandation). Plus exactement, ces valeurs sont "applicables comme montant maximal pour la fixation des subventions". Selon cette recommandation, le montant maximal de subventionnement pour ces coûts pouvait se déterminer en fonction d'un pourcentage des "coûts d'ouvrage déterminants les honoraires (TVA non comprise)". La version en allemand fait référence aux coûts de construction ("Honorarbestimmende Baukosten"). Ce pourcentage n'était pas fixe mais évoluait de manière dégressive avec l'augmentation des coûts totaux.
Le taux limite de 10% appliqué par l'autorité inférieure ne ressort donc pas directement de ces recommandations. Ces montants maximaux ont par ailleurs disparu des recommandations en vigueur actuellement et il ne semble pas qu'une autre directive s'applique. De plus, même si cette recommandation était applicable, il ne s'agirait que de valeurs comparatives.
11.3 Dans le cadre des échanges d'écritures de la présente procédure et afin d'attester sa pratique, l'autorité inférieure a déposé une liste des terminaux subventionnés indiquant la proportion des coûts de planification sur les frais imputables ("Liste des décisions rendues par l'OFT depuis 2009", pièce supplémentaire déposée avec sa réponse du 7 décembre 2012). Selon ce document, ces coûts de planification varient de 0.4% à 14.4% des coûts des autres projets listés.
Or, pour le terminal de Monthey, la liste indique des coûts totaux imputables de 27'355'704 francs après déduction des frais d'acquisition du terrain et un taux de 7% pour les frais de planification et non pas 15%. Comme pour les autres projets, ce chiffre correspond au pourcentage des frais de planification par rapport aux frais imputables, amputés des frais d'acquisition du terrain. Comme le précise l'autorité inférieure, sur cette liste, les frais imputables du projet comprennent donc également les coûts d'une grue et d'une locomotive (ch. 10 de l'écriture du 7 décembre 2012), ce qui expliquerait pourquoi le taux est seulement de 7% et non de 10%.
La base de calcul pour estimer les frais de planification est donc différente de celle utilisée par les recourantes d'une part et dans l'acte attaqué d'autre part. La liste ne permet donc pas d'établir la pratique invoquée par l'autorité inférieure, laquelle devient quelque peu obscure à la lecture des différentes pièces au dossier.
11.4 Lors de la fixation des coûts imputables l'autorité inférieure dispose d'une certaine marge d'appréciation mais elle est cependant tenue par l'art. 5 al. 1 OPTMa qui précise que si les coûts globaux ou certains de leurs éléments dépassent le montant usuel pour des projets comparables, les coûts imputables peuvent être réduits en conséquence. Il ressort néanmoins des chiffres cités par l'OFT dans sa liste que ceux-ci varient fortement d'un cas à l'autre. Un montant "usuel" ne ressort donc pas de ces chiffres. En outre, le nombre de cas restreint et leur disparité au niveau du volume d'investissement et spécificités propres à chaque projet ne permettent pas une quelconque comparaison statistique fiable ni de déterminer si la demande des recourantes dépasse le montant "usuel" pour des projets comparables selon l'art. 5 al. 1 OPTMa. Un examen schématique ne suffit donc pas pour déterminer si le montant réclamé est excessif.
Ceci est d'autant plus vrai qu'en l'espèce, le rapport externe de contrôle des coûts, à la demande de l'OFT, a également examiné les frais de planification et constaté que le montant retenu pour la part du terminal était conforme à la KBOB (p. 6 de l'annexe 1 du rapport); c'est uniquement sur la part relative au groupe de voies de transfert qu'une remarque a été apportée (p. 9 de l'annexe 1 du rapport), laquelle mentionne en effet que le taux appliqué (15%) est quelque peu élevé ("etwas hoch").
En l'occurrence, l'OFT se contente cependant d'invoquer un taux plafond conforme à une pratique non avérée et qui se fonderait sur une recommandation qui n'est plus en vigueur. Dans le cas d'espèce, il ne s'agit pas encore de déterminer le montant des subventions, mais d'une étape préalable, en l'occurrence d'estimer de manière objective la justesse du devis et le cas échéant, si le devis dépasse le montant usuel pour le projet concret; ce n'est qu'ensuite qu'il convient d'opérer les réductions qui s'imposent. Dans ce cadre, l'OFT dispose certes d'une latitude de jugement lorsqu'il s'agit d'apprécier les faits et de décider si un devis dépasse le montant usuel de projets comparables. L'interprétation de l'art. 5 al.1 OPTMa ne permet cependant pas de fixer simplement et de manière discrétionnaire un taux limite pour le calcul des frais de planification sans examiner plus en détail si ces montants se justifient tout de même au vu des circonstances particulières du cas.
11.5 Enfin et d'une manière générale, il paraît douteux que le système d'estimation des frais de planification en fonction des coûts de l'ouvrage soit vraiment une méthode adéquate pour fixer les frais imputables et ceci malgré le fait que d'autres entités fédérales semblent également pratiquer cette méthode. Comme le démontre le décompte fourni par les recourantes, la méthode de calcul utilisée, certes plus compliquée, se base en substance sur le nombre estimé d'heures nécessaires pour chaque phase du projet multiplié par un tarif horaire qui dépend des qualifications requises pour chaque travail. Ce système, utilisé par les professionnels de la branche, et auquel la KBOB semble également adhérer (voir en particulier son "Guide pour l'acquisition des prestations de planification", ch. A2.1 Accueil > Publications > Prestations d'architectes et d'ingénieurs , consulté le 14 août 2013) paraît plus adéquat pour estimer le montant de prestations qui peuvent considérablement différer d'un ouvrage à l'autre: la liste susmentionnée fournie par l'OFT démontre justement que les frais de planification varient considérablement d'un projet à l'autre (0,4 à 14,4%). L'on peut donc se demander s'il ne serait pas préférable d'exiger un devis détaillé des frais de planification, comme cela se pratique pour les coûts de construction, plutôt que de se contenter d'une estimation forfaitaire, exprimée en pourcent des coûts.
Au vu de ce qui précède, force est de constater que l'autorité inférieure n'a pas démontré que les frais de planification étaient élevés par rapport à ce qui se facture usuellement: en effet l'art. 5 al. 1 OPTMa permet bien de réduire les frais de planification, mais à la condition toutefois que ceux-ci soient trop élevés en regard de l'usage. Sur ce point, la décision doit être cassée. Il appartiendra dès lors à l'autorité inférieure d'examiner le devis fourni et de justifier au besoin une réduction.
Conformément à l'art. 5 al. 2 let. b OPTMa, ne sont pas imputables les coûts d'installations qui ne servent pas directement au transport ferroviaire ou au transbordement entre les modes de transport. Il convient donc d'examiner si c'est à juste titre que l'OFT a retenu dans le cas d'espèce que les frais liés à certains aménagements n'étaient pas imputables.
12.1 Le premier poste contesté est celui liés aux travaux de "jardinage" selon la décision attaqué. En réalité, il s'agit de travaux d'aménagements paysager du site (en allemand "Garten- und Landschaftbau"). Ces aménagements sont certes directement liés à la construction du terminal et leur montant semble dans la norme ("angemessen"), si l'on se base sur le contrôle des coûts effectués par la société externe pour le compte de l'autorité inférieure (voir ch. 2.1, p. 4 et ch. 2.3 du rapport de contrôle des coûts). Il n'en reste pas moins que le critère déterminant posé parl'OPTMa est clair. Il ne suffit pas que les travaux soient directement liés à la construction du terminal, mais il faut encore que ces derniers soient liés directement aux transports ferroviaires ou au transbordement.
S'agissant d'une installation à usage industriel et ceci même, s'il est d'usage d'aménager les alentours immédiats d'une telle installation en les arborisant, il est clair que de tels aménagements n'apportent rien aux prestations de transbordement et sont donc en tant que tels déductibles des frais imputables. Dans ces circonstances, l'interprétation de l'autorité inférieure n'est ni arbitraire ni contraire aux dispositions légales et le Tribunal n'a pas de motif de s'en écarter.
12.2 Le deuxième groupe de coûts contestés est celui afférent à la construction d'un passage sous-voie, de pistes cyclables et de chemins pédestres. Même si, vu l'emplacement du site, ces aménagements devaient être considérés, d'un point de vue d'urbanisme, comme indispensables suite à la construction du terminal, il ne s'agit néanmoins que de l'une des conséquences indirectes de la construction. Ils ne servent clairement pas directement au transport ferroviaire ou au transbordement. A ce sujet aussi, l'autorité inférieure n'avait d'autre choix que de les déduire des frais imputables. Sur ce point, le grief des recourantes doit être rejeté.
12.3 Un troisième point litigieux est lié à la construction de places de parc. Il n'est pas contesté par les recourantes que les places de parc en question seront construites en remplacement de celles qui existent pour l'instant sur le site du futur terminal. Ces places sont utilisées par les employés de l'industrie chimique dont le site est proche. Il ne s'agit donc pas de places de parc liées à l'exploitation, dont la prise en compte est prévue expressément par le Guide (voir ch. 4.3 du Guide sous le titre "superstructures"). Là encore, le critère fixé par l'ordonnance ne permet pas de prendre en compte les frais liés à la construction d'une nouvelle aire de stationnement. Sur ce point, c'est à juste titre que l'autorité inférieure les a déduits des frais imputables.
En résumé, s'agissant des trois groupes de coûts litigieux liés au travaux mentionnés ci-dessus, leur déduction est conforme à l'art. 5 al. 2 let. b OPTMa et le calcul de l'autorité inférieure peut être confirmé sur ces points.
13.1 S'agissant du calcul du montant de la contribution octroyée, la décision attaquée a retenu - sur la base des coûts d'investissement totaux du projet selon les recourantes, soit 54'6999'465 francs - que seuls 49'748'590 francs étaient des coûts imputables selon l'art. 5 OPTMa (voir consid. 12 et 13 ci-dessus). Après réduction de 40% pour la part jugée non digne d'encouragement ("renouvellement" et "transfert froid", voir consid. 8 à 10 ci-dessus), la décision retient un montant total des frais imputables de 29'849'154 francs. Enfin, la part maximale des contributions se monte à 80% des frais imputables - le taux de subventionnement maximal selon le Guide et le programme pluriannuel pour un terminal - soit 23'879'300 francs. Ce montant est réparti entre de contributions à fonds perdu à hauteur de 6'990'990 francs (soit 30% du subventionnement total) et d'un prêt remboursable sans intérêt à hauteur de 16'888'310 francs (70%). Les détails de l'évaluation du projet n'apparaissent pas dans les considérants de la décision mais les critères déterminants ressortent de la motivation:
"La part principale du transfert de trafic inhérent à la mesure prévue par la demande ne se fera pas sur le corridor transalpin, prioritaire en matière d'encouragement, mais sur des sections de l'axe suisse "Est-Ouest", dont la circulation routière est saturée". Les coûts assez élevés par rapport à l'effet de transfert route-rail à obtenir en Suisse se répercutent de façon désavantageuse sur l'évaluation globale du projet. C'est pourquoi il n'est pas prévu de le classer dans la catégorie des projets donnant droit aux subventions maximales".
Dans leurs conclusions, les recourantes demandent à ce qu'il leur soit octroyé une contribution de cofinancement de 80% du coût global de projet s'élevant à 54'699'465 francs, à savoir un cofinancement total de 43'759'652 francs, décomposée en un subside à fonds perdu d'un montant de 35'007'657 francs (80%) et un prêt sans intérêts de 8'751'814 francs (20% restants). Hormis le montant des frais imputables jugés dignes d'encouragement qui ont déjà été traités et faits l'objet de considérants séparés (voir ci-dessus consid. 8 à 13), les recourantes contestent également l'évaluation du projet en soi ainsi que son résultat, soit la clé de répartition entre contributions à fonds perdu et prêts qui en découle. Elles demandent en effet à être classées dans la catégorie 1 selon le système d'évaluation des projets de l'autorité inférieure sur lequel il sera revenu ci-dessous.
Dans sa réponse, l'OFT maintient la position adoptée dans la décision attaquée et renvoie notamment au Guide pour ce qui est de la ventilation entre contributions à fonds perdu et prêts.
13.2 Le Guide contient effectivement des instructions détaillés sur la manière d'évaluer les demandes (ch. 5.3). Les requêtes sont évaluées sur la base de critères d'encouragement (ch. 1.6 du Guide) puis classées dans l'une des quatre catégories d'encouragement qui déterminent la répartition entre prêts et contributions à fonds perdu. Quelle que soit la catégorie, pour la construction d'un terminal, la contribution d'encouragement maximale s'élève à 80% des coûts imputables au projet (ch. 2 du programme pluriannuel). L'examen des critères est fait dans un formulaire sous forme d'un tableau (Bewertungsformular für Investitionen KV). Pour chaque critère, une note variant de 1 à 5 est donnée au projet puis multipliée par un indice de pondération propre à chaque critère; les points obtenus sont ensuite additionnés pour donner le score total du projet. Le Guide définit 4 catégories d'ouvrages bénéficiant de mesures d'encouragement, numérotées de 1 à 4, auxquelles correspond pour chacune une clé propre de répartition (voir tableau ci-dessous) définie dans le programme pluriannuel (ch. 2.4 du programme). La somme totale des points obtenus permet finalement de déterminer la catégorie d'encouragement. Un projet peut obtenir 500 points au maximum. La catégorie 1 correspond à un résultat allant de 500 à 400, la catégorie 2 à un résultat allant de 399 à 325, la catégorie 3 à un résultat allant de 324 à 200 et la catégorie 4 à un résultat égal ou inférieur à 199 points.
Catégorie d'encou-ragement Contribution d'encouragement maximale, en % des coûts imputables au projet Dont: contributions à fonds perdus maximales en % Dont: prêt minimum en % 1 80% 80% 20% 2 80% 60% 40% 3 80% 40% 60% 4 80% 20% 80%
Compte tenu du pouvoir d'appréciation qui est le sien, l'OFT est libre de mettre sur pied des systèmes de ce genre, qui visent notamment à uniformiser le processus d'évaluation et assurer ainsi une égalité de traitement des demandes. Ainsi, le choix d'une méthode d'évaluation parmi les nombreuses solutions qui s'offrent relève du large pouvoir d'appréciation qui lui est reconnu et il peut également établir des critères qui privilégieront certains aspects. Les critères retenus doivent cependant être pertinents en regard des buts poursuivis et être correctement appliqués. S'agissant du taux maximal de subventionnement de 80%, il paraît conforme à l'art. 4 al. let. a OPTMa qui exige que les requérants participent à l'investissement avec leurs propres ressources, et n'est par ailleurs pas contesté par les recourantes.
13.3 Dans le cas d'espèce, le projet a obtenu un score total de 258.5 points, ce qui le place dans la catégorie 3 (324 à 200 points) et devrait correspondre à une clé de répartition entre les différents types de contributions de 40/60. En l'espèce cependant, la part de contributions à fonds perdu a été réduite de 10% et une clé de 30/70 a été retenue. Dans sa réponse au recours l'OFT a expliqué qu'en pratique elle opérait une distinction supplémentaire à l'intérieure des catégories en fonction du nombre de points obtenus (ch. 25 de la réponse du 21 mars 2012). Pour la catégorie 3, il accorde le taux maximal de contributions à fonds perdu (soit 40%) aux projets qui obtiennent plus de 262 points. Pour les autres projets (entre 200 et 262 points), les contributions à fonds perdu sont réduites à un taux de 30% seulement. Quant au score obtenu, l'on peut identifier plusieurs critères dans le tableau d'évaluation, lesquels correspondent à la motivation de la décision énoncée ci-dessus et pour lesquels le projet des recourantes a obtenu peu de points.
Ainsi, un sous-critère relatif à la part du trafic transalpin n'a obtenu qu'un total de 19 points sur 47.5 au maximum. De plus, un critère relatif à la position du terminal par rapport au corridor prioritaire ("Terminal in prioritärem Förderkorridor") n'a obtenu que 10 points sur 25. S'agissant du critère relatif à la relation des coûts par rapport à l'effet de transfert route-rail, le projet n'a obtenu que 8.5 points sur un maximum de 42.5.
A l'appui de leurs conclusions, les recourantes invoquent une constatation inexacte des faits s'agissant avant tout du caractère "transalpin" du transfert et contestent en particulier le fait que la part principale du transfert se fera sur des sections de l'axe suisse Est-Ouest. Elles invoquent également une inégalité de traitement par rapport au terminal de transport combiné de Rekingen et celui de Chavornay qui auraient bénéficié d'une subvention maximale alors que, toujours selon les recourantes, ils se situent dans l'axe Est-Ouest.
S'agissant de savoir si le transfert doit être qualifié de transalpin ou non, l'autorité inférieure argumente que le critère déterminant est celui des routes de transit selon l'art. 3 al. 1 LTTM et telles qu'elles sont définies à l'art. 2 LTRA. Seul le flux des marchandises qui seraient transportées sur les tronçons routiers définis par la LTRA est considéré comme passant "à travers les Alpes". Selon cette définition, lorsqu'il s'agit d'évaluer l'effet de transfert, il ne suffit pas qu'une partie du transfert se fasse effectivement sur un axe Nord-Sud, mais encore faut-il que les transports par route empruntent les tronçons définis par la LTRA. Ainsi, selon l'OFT, "le transfert sur le rail du trafic routier de marchandises entre Bâle et Monthey ne relève pas du transfert à travers les Alpes" (ch. 27 de la réponse). Ceci expliquerait pourquoi le projet n'a obtenu que la note de 2 sur 5 et seulement 19 points sur un maximum de 47.5. C'est sous cet angle que la formulation de la décision attaquée selon laquelle une bonne partie du transfert se fait dans des sections de l'axe Est-Ouest doit être comprise. Quant au critère relatif à l'emplacement par rapport au couloir prioritaire en matière d'encouragement, si l'autorité inférieure, dans sa réponse, ne se prononce pas directement, l'on comprend, au vu des explications qui précèdent, que pour l'OFT, il s'agit de l'emplacement par rapport au corridor transalpin tel que défini ci-dessus.
Compte tenu de la définition adoptée, l'établissement des faits pour les deux critères relatif au "transfert transalpin" et à l'emplacement par rapport au couloir prioritaire n'apparaît pas comme erroné. Le grief de mauvaise appréciation des faits sur ces points s'avère mal fondé. Quant à la notation qui en découle, elle ne semble pas non plus arbitraire. Il reste néanmoins à examiner si ces deux critères sont conformes.
En définissant les deux critères aussi restrictivement, l'OFT établit clairement un ordre de priorité et choisit de favoriser l'objectif de transfert imposé par la Cst. au détriment de la promotion du transfert de marchandises intérieur en général. C'est d'ailleurs le but déclaré dans l'introduction du Guide (ch. 1.1). Etant donné que ni la loi, ni l'ordonnance ne définissent les critères, l'OFT dispose d'un large pouvoir d'appréciation. Il est donc libre de choisir les critères et les définitions qu'il veut y apporter pour autant que cela reste conforme au bases légales. Les critères de l'effet de transfert transalpin et de l'emplacement par rapport à un couloir prioritaire sont conformes aux buts visés par la loi (voir consid. 5.1 ci-dessus) et ne sont pas en soi inappropriés pour évaluer les demandes de subventionnement. Par ailleurs, l'interprétation de cette notion découle directement d'une loi fédérale - la LTRA - qui a justement pour but de clarifier la notion de transit transalpin. S'il est indéniable que le critère du transfert transalpin a une influence sur la décision finale, il ne s'agit là que d'un élément parmi d'autres dans le cadre de l'évaluation des demandes et non d'une condition d'octroi excluant tout subventionnement; cet élément consacre uniquement une priorité politique. Au vu du mandat constitutionnel clair concernant les objectifs de transfert à travers les Alpes et - à l'inverse - l'absence d'un tel mandat pour la promotion du transfert de marchandises par le rail de manière générale (voir ci-dessus consid. 5.1), l'ordre de priorité qui découle de ces critères paraît conforme à la loi. Vu la latitude laissée à l'OFT pour fixer les critères et les priorités en la matière, il n'apparaît donc pas comme contraire à la loi d'adopter une interprétation restrictive de la notion de transfert transalpin qui conduit à favoriser ouvertement les projets qui permettront d'atteindre le mandat constitutionnel.
Enfin, l'OFT réfute le grief d'inégalité de traitement avec les terminaux de Rekingen et de Chavornay en soutenant que la pratique administrative a été modifiée et qu'elle se base depuis sur une directive (interne) édictée en 2004 puis révisée en 2009.
Ce point de vue doit être confirmé. La décision d'octroi de contributions au Terminal de Rekingen a en effet été rendue en décembre 2002, puis après reconsidération en septembre 2003 et celle du terminal de Chavornay en septembre 2003 (pièces 15 et 16 de l'autorité inférieure) et donc avant l'entrée en vigueur de la directive interne de 2004 instaurant la nouvelle pratique. Cette pratique est depuis consacrée et les recourantes n'invoquent d'ailleurs pas de cas plus récents. Déjà dans l'arrêt A-6121/2007 précité, le Tribunal administratif fédéral avait statué qu'une recourante ne pouvait pas invoquer l'égalité de traitement avec des projets qui auraient été traités avant l'introduction de la directive interne de 2004 (consid. 6.3 de l'arrêt précité). De toute manière, l'autorité qui applique le droit doit être en tous temps convaincue de la justesse de son interprétation et peut modifier une pratique administrative si ce changement repose sur des motifs sérieux et objectifs (ATF 125 II 152, consid. 4c/aa; voir Tanquerel, op. cit., ch. 364). Les critiques des recourantes s'agissant de l'évaluation du projet dans ce contexte sont donc vaines.
14.1 A cet effet, une planification provisionnelle est faite. Le but est notamment de déterminer si le projet peut être rentable après 10 ans, condition requise aussi bien dans le programme pluriannuel (ch. 2.2) que dans le Guide (ch. 4.2.2) pour que le projet soit soutenu. Par ailleurs, l'une des conditions fondamentales pour l'octroi de subvention est le fait que la tâche ne peut être dûment accomplie sans l'aide financière de la Confédération (art. 6 let. c LSu), donc que seuls les projets qui ne seraient pas viables sans l'aide de la Confédération soient subventionnés. En revanche, en l'espèce, l'octroi d'aides doit permettre d'atteindre le seuil de rentabilité au plus tard après 10 ans et doit également permettre le remboursement des aides accordées à titre de prêts. L'objectif visant l'autonomie financière permet donc également de calculer le montant des contributions à octroyer afin que ce but soit atteint. La répartition entre prêt et aides à fonds perdus doit également tenir compte de cet objectif (cf. art. 8 al. 3 OPTMa). Ainsi, il serait contraire à ce principe d'octroyer des aides qui ne permettent pas d'assurer la viabilité du projet.
Dans le cas d'espèce, les comptes prévisionnels sur 10 ans font l'objet d'une annexe à la décision attaquée. Le modèle de ces comptes et la structure comptable utilisée sont également exposés dans le Guide (annexe 14). En résumé, il s'agit d'établir en premier lieu, si le résultat annuel de l'exploitation peut devenir positif. Le tableau de l'OFT comprend également les résultats cumulés sur une période de 15 ans. S'agissant des dépenses ou charges, il prend notamment en compte les frais de financement (Finanzierungsaufwand) ainsi que les frais d'exploitation (Betriebskosten). Les frais de financement sont les coûts résultant de la mise à disposition des capitaux propres et étrangers (prêts bancaires par exemple), en particulier leur rémunération. Etant donné que les prêts octroyés par de la Confédération le sont sans intérêts, les frais de financement ne portent donc que sur les 20% du financement qui doivent être apportés par les recourantes (ce qui correspond aux "ressources propres" au sens de l'art. 4 al. 3 let. a OPTMa).
En l'occurrence, les frais de financement ont cependant été calculés uniquement sur la partie des investissements que l'autorité a jugée digne d'être encouragée. Ainsi le calcul des frais de financement est fait pour des propres ressources à hauteur de 5'969'854 francs, soit la différence entre les 29'879'323 francs retenus par l'OFT comme la part des frais imputables digne d'être encouragée et les contributions octroyées. En réalité cependant, les recourantes doivent également assurer le financement de la part du terminal qui n'a pas été jugée digne d'encouragement. S'agissant des recettes et du chiffre d'affaires - en revanche -, il est visiblement tenu compte du volume généré par l'ensemble du terminal. En d'autres termes, il est tenu compte d'une partie des coûts - celle qui est jugée digne de soutien - mais de la totalité des entrées - générées quant à eux par la totalité de l'installation, y compris la part non subventionnée ou ne faisant l'objet d'aucune aide. D'un point de vue économique, cette manière de procéder n'est pas cohérente et les chiffres qui en résultent sont tout simplement erronés. Le projet est un ensemble qui, d'un point de vue économique et comptable, ne peut pas sans autre être fractionné. Dans le cas d'espèce, un calcul de rentabilité qui ne prend en compte qu'une fraction des frais de financement ne peut conduire qu'à l'octroi "partiel" de subventions dont le montant sera fatalement insuffisant à assurer la rentabilité globale du projet. Les recourantes l'affirment du reste assez clairement: sans subventions maximales et qui plus est sous forme de contributions à fonds perdu, le projet n'est pas viable. Partant, une telle manière de procéder est contraire au but recherché, soit d'assurer un financement de départ qui permette l'autonomie financière du projet après 10 ans d'exploitation. En opérant de la sorte l'autorité inférieure n'a pas respecté les art. 6 al. 1 et 8 al. 3 OPTMa.
Compte tenu de ce qui précède, un renvoi s'impose pour un nouveau calcul de rentabilité qui devra tenir compte de l'investissement effectif à supporter.
14.2 L'OFT devra donc établir des comptes prévisionnels qui tiennent compte des coûts effectifs à investir pour le calcul des frais de financement. Comme le prescrit l'art. 8 al. 3 OPTMa, la rentabilité sera également un facteur à prendre en compte lors de la répartition entre contributions à fonds perdu et prêt.
14.3 Il n'est pas exclu que, après un nouvelle analyse des comptes prévisionnels et malgré les corrections à apporter sur les frais imputables, l'OFT n'arrive à la conclusion que le projet n'atteindra pas l'autonomie financière dans les 10 ans et refuse finalement l'octroi de subventions. Comme rappelé ci-dessus, si l'on en croit les recourantes, le projet ne serait en effet viable qu'avec l'octroi maximum de subsides et selon une répartition qui correspond à la catégorie 1 d'encouragement, ce qui semble exclu en l'espèce (voir consid. 14 ci-dessus). Les prêts devant être remboursés par tranche, le produit cumulé de l'exercice doit également pouvoir supporter la charge du remboursement de ce prêt. Sans bénéfice suffisant, l'entreprise ne sera pas en mesure de restituer les fonds étrangers ou de procéder à des investissements d'extension.
Vu ce qui précède, le recours doit être admis au sens des considérants, la décision attaquée annulée et la cause renvoyée à l'autorité de première instance pour qu'elle statue à nouveau. Au vu de l'issue de la présente cause, l'administration des moyens de preuve demandés par les recourantes ne s'avère pas nécessaire.
Les frais de procédure comprenant l'émolument judiciaire et les débours sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 63 al. 1 PA). Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées (art. 63 al. 2 PA).
En l'espèce, les recourantes obtenant gain de cause, les frais de procédure, fixés à 20'000 francs (cf. art. 63 al. 1 PA) et qui correspondent à l'avance déjà versée, leur seront remboursés dès l'entrée en force du présent arrêt.
L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (art. 64 al. 1 PA en relation avec l'art. 7 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral, FITAF, RS 173.320.2). Les dépens comprennent les frais de représentation et les éventuels autres frais de la partie (art. 8 al. 1 FITAF).
En l'espèce, les recourantes qui obtiennent gain de cause ne sont toutefois pas représentées par un mandataire et n'ont par ailleurs pas conclu à l'octroi de dépens. Il n'en sera donc pas alloué.
Le recours est admis dans le sens des considérants. La décision du 1er novembre 2011 est annulée et la cause renvoyée à l'autorité inférieure afin qu'elle se prononce au sens des considérants.
Il n'est pas perçu de frais de procédure.
L'avance sur les frais de procédure présumés d'un montant de 20'000 francs, versée par les recourantes leur sera restituée dès l'entrée en force du présent arrêt.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est adressé :
aux recourantes (acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. 712/2011.10.18/304 ; recommandé)
Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC), Palais fédéral Nord, 3003 Berne (acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège : Le greffier : Claudia Pasqualetto Péquignot Jérôme Barraud
Indication des voies de droit :
Pour autant que les conditions selon les art. 82 ss, 90 ss et 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]) soient remplies, la présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification. Le mémoire doit indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :