Entscheiddatum: 27.12.2022Publikationsdatum: 20.01.2023
Bundesverwaltungsgericht Tribunal administratif fédéral Tribunale amministrativo federale Tribunal administrativ federal Cour I A-3906/2021
Arrêt du 27 décembre 2022 Composition Raphaël Gani (président du collège), Annie Rochat Pauchard, Keita Mutombo, juges, Jérôme Gurtner, greffier. Parties A.________, représentée parMaître Olivier Weniger,Bourgeois Avocats SA, recourante, contre Administration fédérale des contributions AFC,Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, autorité inférieure. Objet Taxe sur la valeur ajoutée (2015 à 2018) ; décision du 30 juin 2021.
A.
A.a A.________ (ci-après : la Société ou l'assujettie) est une société anonyme ayant son siège à *** (***), inscrite au registre du commerce depuis le ***. La Société a le but suivant : « commerce, fabrication et distribution de tous matériaux de construction et produits y relatifs ; acquisition, exploitation et vente de brevets et licences ; opérations immobilières ». Elle est immatriculée depuis le *** au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après : l'AFC ou l'autorité inférieure) en qualité d'assujettie au sens de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20).
A.b Selon des actes authentiques des 20 février 1957 et 17 juillet 1980, un droit de superficie a été octroyé par B.________ (propriétaire et superficiant ; ci-après également : B.________) à la Société (superficiaire), la durée de ce droit étant prévue jusqu'au 31 décembre 2055.
A.c Le 18 juin 2015, une convention sous seing privé a été conclue entre les parties portant sur « la fin anticipée et [...] la radiation du droit de superficie (DDP n° *** de A.________ sur la parcelle n° *** de la Commune de ***) et [...] la résiliation de tous les baux et accords relatifs à la mise à disposition de surfaces par B.________ ».
Selon dite convention, les parties convenaient que le droit de superficie prenait fin de manière irrévocable au 31 mars 2017, de même que les autres contrats de location et de mise à disposition des surfaces. La Société s'engageait aussi, à première requête de B.________, à signer tout acte authentique nécessaire à la radiation du droit de superficie et à libérer les loyers consignés (art. 1). Par ailleurs, les art. 2, 3 et 5 prévoyaient ce qui suit :
« [...]
Les parties s'entendent sur une indemnité unique et forfaitaire de CHF 6,3 Mio (six millions trois cents mille francs [sic]) - TVA comprise - pour couvrir l'ensemble des coûts liés à un départ anticipé. Ce montant, à verser par le propriétaire à la superficiaire, s'entend pour solde de tout compte et sans aucune reconnaissance de responsabilité de sa part.
Les modalités de versement de l'indemnité susmentionnée de 6,3 Mio sont les suivantes :
3.1) B.________ versera à A.________ un montant de CHF 1 Mio (un million de francs) dans les trente jours suivant la signature de la présente convention ;
3.2) Le solde de CHF 5,3 Mio (cinq millions trois cents mille francs [sic]) sera versé au 30 septembre 2015.
[...]
B.\_\_\_\_\_\_\_\_ prendra en charge les loyers 2016 que A.\_\_\_\_\_\_\_\_ doit à son bailleur [...] selon les baux en vigueur au moment de la conclusion de la présente convention, pour un montant maximal de CHF 58'000.- (cinquante-huit mille francs) toutes charges et taxes comprises. [...].
[...] ».
A.d Une facture du 1er juillet 2015, qui faisait référence à la convention du 18 juin 2015 (cf. let. A.c supra), d'un montant de CHF 1'000'000.-, sans mention de la TVA, a été établie, une première fois, par la Société à l'attention de B.________. Par courrier du 9 juillet 2015, B.________ ont informé la Société que la facture précitée présentait un défaut, dès lors que le taux de TVA avait été omis. Ils priaient la Société de bien vouloir procéder à cette correction et de leur faire parvenir une nouvelle facture.
La Société a, alors, établi deux factures à l'attention de B.________. L'une du 1er juillet 2015 d'un montant de CHF 1'000'000.- avec l'indication « Acompte pour indemnité de rachat anticipé », l'autre du 14 juillet 2015 d'un montant de CHF 5'3000'000.- avec l'indication « Solde d'indemnité de rachat anticipé ». Un taux de TVA de 8 % est indiqué sur chacune des factures précitées.
A.e Le 11 décembre 2015, la Société et B.________ ont conclu devant un notaire un acte intitulé « radiation à terme de servitude de superficie, retour des constructions et convention d'indemnisation ». Ce dernier prévoit que la « contrepartie due par le superficiant [B.________] au superficiaire [la Société] à raison de la renonciation par ce dernier à sa servitude de superficie (retour des constructions et rachat de la servitude) est fixée pour toute chose, à la somme totale de [...] fr. 6'300'000.- » (art. 13 du contrat de radiation). Le contrat prévoit encore ce qui suit :
« Les parties précisent que ce transfert immobilier (rachat de la servitude et retour des constructions) est effectué par une vente exclue de TVA (taxe sur la valeur ajoutée), selon l'article 21, alinéa 2, chiffre 20 de la Loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA).
La superficiaire précise également que le paiement ci-dessus intervient pour solde de tout compte et de toute prétention envers le superficiant, hormis les engagements accessoires figurant aux chiffres 2) (démolition assumée par le superficiant), 6) (gratuité de la rente de superficie pour l'année 2016) et 10) (prise en charge par le superficiant du loyer effectivement dû par le superficiaire à [...] pour l'année 2016 jusqu'à concurrence d'un montant maximal de CHF 58'000.-) ».
A.f Par acte du même jour, soit le 11 décembre 2015, la Société et B.________ ont conclu un droit d'emption. Ce dernier est accordé à B.________ jusqu'au 31 octobre 2017. Il pourra être exercé « pour le prix de [...] fr. 6'300'000.- [...] qui est dû pour le retour des constructions et la radiation de la servitude par le superficiaire [la Société] au superficiant [B.________] ». Les parties ont précisé « que ce transfert immobilier (retour des constructions et radiation de la servitude) est effectué par une vente exclue de TVA (taxe sur la valeur ajoutée), selon l'article 21, alinéa 2, chiffre 20 de la Loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA) ».
A.g Le 14 février 2017, la Société a établi une dernière facture d'un montant de CHF 58'000.- à l'attention de B.________, avec la mention « Indemnité loyers [...] selon convention du 18.6.2015 ». Un taux de TVA de 8 % est indiqué sur la facture.
A.h Le 23 août 2017, la Société et B.________ ont convenu de procéder à un transfert des constructions et à la radiation de la servitude du droit de superficie avec effet immédiat par un acte notarié intitulé « exécution de radiation à terme de servitude radiation de droit d'emption ».
B.
B.a Les 19 et 20 mars 2020, l'assujettie a fait l'objet d'un contrôle pour les périodes fiscales des années 2015 à 2018. Le contrôle a permis de constater que l'assujettie avait émis les trois factures précitées adressées à B.________ mentionnant la TVA, sans qu'elle n'ait toutefois déclaré les montants de TVA correspondant dans ses décomptes.
Le 19 mai 2020, l'AFC a adressé à l'assujettie une notification d'estimation n° 251'497 indiquant la créance fiscale pour les périodes fiscales contrôlées (CHF 790'176.00 en 2015, CHF 294'615.00 en 2016, CHF - 284'107.00 en 2017, et CHF 198'135.00 en 2018) et le montant de la correction de l'impôt en sa faveur (CHF 470'962.00), tels qu'arrêtés par le résultat du contrôle. L'annexe à la notification d'estimation précitée fait référence aux trois factures précitées avec la mention « Taux de TVA 8 % ».
Le 3 juin 2020, l'assujettie a contesté la correction d'impôt effectuée selon la notification d'estimation précitée.
B.b Par décision du 8 avril 2021, l'AFC a confirmé que la Société devait s'acquitter, pour les périodes fiscales des années 2015 à 2018, d'un montant de CHF 470'962.00 de taxe sur la valeur ajoutée, plus intérêts moratoires dès le 31 août 2017 (échéance moyenne).
Par acte du 10 mai 2021, l'assujettie, par l'intermédiaire de son conseil, a formé réclamation à l'encontre de la décision du 8 avril 2021 de l'AFC, dont elle demande l'annulation.
B.c Par décision sur réclamation du 30 juin 2021, l'AFC a rejeté la réclamation du 10 mai 2021 de l'assujettie et a confirmé pour le surplus qu'elle devait s'acquitter, pour les périodes fiscales des années 2015 à 2018, d'un montant de CHF 470'962.00 de taxe sur la valeur ajoutée, plus intérêts moratoires dès le 31 août 2017 (échéance moyenne).
C.
C.a Par acte du 1er septembre 2021, l'assujettie (ci-après : la recourante), par l'entremise de son mandataire, a déposé un recours par-devant le Tribunal administratif fédéral (ci-après : le TAF, le Tribunal ou la Cour de céans) à l'encontre de la décision sur réclamation de l'AFC du 30 juin 2021, dont elle demande en substance l'annulation. Elle a déposé à l'appui de son recours un bordereau de plusieurs pièces.
C.b Le 19 octobre 2021, l'AFC a déposé sa réponse, en concluant pour l'essentiel au rejet du recours. Elle a déposé deux bordereaux de pièces, dont l'un est intitulé « confidentiel pour le seul usage du Tribunal administratif fédéral », en raison de documents couverts par le secret fiscal.
D. Les autres faits et arguments des parties seront repris, pour autant que nécessaire, dans la partie en droit.
1.1 En vertu de l'art. 31 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32) et sous réserve des exceptions non réalisées en l'espèce mentionnées à l'art. 32 LTAF, le Tribunal administratif fédéral connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021) prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF, notamment celles rendues par l'AFC. En particulier, les décisions sur réclamation rendues par l'AFC en matière de TVA peuvent être contestées devant le Tribunal administratif fédéral conformément à l'art. 33 let. d LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
1.2 En sa qualité de destinataire de la décision sur réclamation du 30 juin 2021, la recourante est spécialement touchée par celle-ci et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a dès lors qualité pour recourir (art. 48 al. 1 PA). Déposé le 1er septembre 2021, le recours a en outre été interjeté dans le délai légal de trente jours (cf. art. 50 al. 1 PA) et répond au surplus aux exigences de contenu et de forme de la procédure administrative (cf. art. 52 al. 1 PA). Il convient donc d'entrer en matière.
2.1 La recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents ou l'inopportunité (art. 49 PA ; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7e éd., 2016, no 1146 ss ; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler/Martin Kayser, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 3e éd., 2022, no 2.149). Le Tribunal de céans applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée (Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3e éd., 2011, ch. 2.2.6.5, p. 300 s.).
La procédure est régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que le Tribunal définit les faits d'office et librement (cf. art. 12 PA, applicable en vertu de l'art. 81 al. 1 LTVA). Cette maxime doit toutefois être relativisée par son corollaire, à savoir le devoir des parties de collaborer à l'établissement des faits (art. 13 PA), en vertu duquel celles-ci doivent notamment indiquer les moyens de preuve disponibles et motiver leur requête (art. 52 PA). En conséquence, l'autorité saisie se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2 ; 2012/23 consid. 4 ; Alfred Kölz/Isabelle Häner/Martin Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2013, ch. 1135 s.).
2.2 La LTVA et son ordonnance d'exécution du 27 novembre 2009 (OTVA, RS 641.201) sont entrées en vigueur le 1er janvier 2010. Le présent litige portant sur les périodes fiscales 2015 à 2018, la LTVA et l'OTVA sont seules applicables, tant au fond qu'en ce qui concerne la procédure (cf. art. 112 et 113 LTVA).
Les art. 22 et 27 al. 2 let. b LTVA ont cependant été révisés par le ch. I de la modification du 30 septembre 2016 de la LTVA, avec effet au 1er janvier 2018 (RO 2017 3575 4857; FF 2015 2467). En l'espèce, si les périodes fiscales ayant fait l'objet d'un contrôle par l'AFC s'étendent du 1er janvier 2015 au 31 décembre 2018, les corrections d'impôt effectuées concernent uniquement les périodes 2015 et 2017. Ce sont donc bien les dispositions dans leur teneur jusqu'au 31 décembre 2017 qui sont en l'espèce applicables.
Dans ce contexte, le Tribunal examinera d'office en premier lieu la question de la prescription (cf. consid. 4 infra). Il abordera ensuite le grief de nature formelle invoqué par la recourante portant sur son droit d'être entendu (cf. consid. 5 infra), puis les griefs de fond (cf. consid. 6 et 7 infra).
4.1 En vertu de l'art. 42 al. 1 LTVA, le droit de taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née. Une déclaration écrite sujette à réception visant à fixer ou à corriger la créance fiscale, une décision, une décision sur réclamation ou un jugement interrompent la prescription, de même que l'annonce d'un contrôle ou le début d'un contrôle non annoncé selon l'art. 78 al. 3 LTVA (art. 42 al. 2 LTVA). Si la prescription est interrompue par l'AFC ou par une instance de recours, le délai recommence à courir. Le nouveau délai est de deux ans (art. 42 al. 3 LTVA). Enfin, le droit de taxation se prescrit dans tous les cas par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pendant laquelle la créance est née (art. 42 al. 6 LTVA).
4.2 En l'espèce, la prescription absolue de dix ans n'est atteinte pour aucune des périodes. La prescription relative de cinq ans ne l'est pas non plus : il ressort de la décision sur réclamation attaquée que, à tout le moins, le contrôle de l'AFC a eu lieu en 2020, interrompant ainsi la prescription de la période la plus ancienne, soit 2015. La prescription des créances fiscales n'est donc pas atteinte dans la présente cause.
5.1
5.1.1 La recourante soutient que son droit d'être entendu a été gravement violé, en ce sens que l'absence de transmission des pièces, en mains de l'AFC, selon lesquelles B.________ auraient ou non récupéré l'impôt préalable en lien avec la fin anticipée et la radiation du droit de superficie, empêche l'établissement correct et complet des faits. Elle se réfère à l'art. 27 al. 2 let. b LTVA, en relevant que si la preuve peut être apportée que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier, la facture peut être corrigée et aucun intérêt moratoire n'est dû. Ainsi, elle soutient que ces documents intéressent directement la cause et contiennent des éléments déterminants qui appellent à des observations de sa part.
5.1.2 De son côté, l'autorité inférieure relève que le litige porte sur la question de savoir si par la mention de la TVA sur ses factures, la recourante a valablement opté et, dans l'affirmative, si les actes authentiques ont corrigé ces factures. Il s'agit donc d'une question d'appréciation juridique qui ne concerne pas l'établissement des faits. Elle ajoute que l'art. 27 al. 2 LTVA ne s'applique pas dans le cas d'espèce, car la mention de l'impôt sur les trois factures de la recourante n'est ni indue ni inexacte. Par conséquent, l'absence de communication sur la récupération ou non de l'impôt préalable par B.________ ne cause aucun préjudice à la recourante et il n'y a pas non plus eu de violation du droit d'être entendu.
5.2
5.2.1 Le droit d'être entendu est de nature formelle, ce qui signifie que sa violation suffit, si elle est particulièrement grave, à entraîner l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF 143 IV 380 consid. 1.4.1 ; 142 II 218 consid. 2.8.1). Le motif relatif à ce moyen de droit doit donc être examiné en priorité (cf. ATF 141 V 557 consid. 3).
5.2.2 Le droit d'être entendu sert non seulement à établir correctement les faits, mais constitue également un droit indissociable de la personnalité garantissant à un particulier de participer à la prise d'une décision qui touche sa position juridique. La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu - découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. - en particulier le droit pour le justiciable de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, celui de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur le sort de la décision (cf. ATF 125 V 332 consid. 3a), celui d'avoir accès au dossier (cf. ATF 131 V 35 consid. 4.2 ; 129 I 249 consid. 4.1) ainsi que celui de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (cf. ATF 129 I 249 consid. 3 ; 127 I 54 consid. 2b ; 126 I 15 consid. 2a/aa). En tant que droit de participation, le droit d'être entendu englobe donc tous les droits qui doivent être attribués à une partie pour qu'elle puisse faire valoir efficacement son point de vue dans une procédure (cf. ATF 132 II 485 consid. 3.2 ; 129 II 497 consid. 2.2). Le droit de s'exprimer signifie que l'intéressé a le droit de faire valoir son point de vue, c'est-à-dire d'exposer ses arguments de fait et de droit, de prendre position sur les éléments du dossier, de répondre aux arguments de la partie adverse ou de l'auteur de la décision attaquée.
5.2.3 La possibilité de faire valoir ses arguments dans une procédure suppose la connaissance préalable des éléments dont l'autorité dispose (cf. ATF 132 V 387 consid. 3.1 ; 126 I 7 consid. 2b). L'art. 26 al. 1 PA prévoit que la partie ou son mandataire a le droit de consulter tous les actes servant de moyens de preuve au siège de l'autorité appelée à statuer (cf. ATF 133 V 196 consid. 1.2). Le droit de consulter le dossier s'étend à toutes les pièces relatives à la procédure, sur lesquelles la décision est susceptible de se fonder. Il suffit que les parties connaissent les preuves apportées et que ces éléments soient à leur disposition si elles le requièrent (cf. ATF 128 V 263 consid. 5b/bb in fine ; 112 Ia 198 consid. 2a). Le droit de consulter une pièce ne peut pas être refusé au motif que la pièce en question n'est pas décisive pour l'issue de la procédure. Il appartient en effet d'abord aux parties de décider si une pièce contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part (cf. ATF 132 V 387 consid. 3.2 ; 133 I 100 consid. 4.3 ss ; voir également Bernhard Waldmann, Das rechtliche Gehör im Verwaltungsverfahren, in : Häner/Waldmann [édit.], Das erstinstanzliche Verwaltungsverfahren, 2008, p. 74 ss). Le droit de consulter le dossier n'est pas absolu et peut être limité pour la sauvegarde d'un intérêt public ou privé important au maintien du secret (cf. art. 27 al. 1 et al. 2 PA ; voir également ATF 122 I 153 consid. 6a). En outre, la consultation de certaines pièces du dossier peut être refusée s'il s'agit des pièces internes, sans incidence sur la procédure en cours (cf. ATF 115 V 297 consid. 2g). Lorsque des intérêts divergents sont en cause, il appartient à l'autorité de pondérer celui d'une partie à consulter le dossier et celui de l'autre à garder le secret. L'autorité ne peut utiliser une pièce dont la consultation a été refusée au désavantage de la partie concernée que si elle lui a communiqué, oralement ou par écrit, le contenu essentiel de la pièce et lui a donné en outre l'occasion de s'exprimer et de fournir des contre-preuves (art. 28 PA). Cela étant, le refus de consulter une pièce constitue une atteinte grave au droit d'être entendu que les garanties découlant de l'art. 28 PA ne peuvent combler que partiellement. Cette pratique doit donc rester exceptionnelle et le refus de consulter une pièce s'apprécie d'une manière restrictive.
5.2.4 Enfin, l'art. 74 al. 1 LTVA dispose que quiconque est chargé de l'exécution de la LTVA ou participe à son exécution est tenu, à l'égard d'autres services officiels et des tiers, de garder le secret sur les faits dont il a connaissance dans l'exercice de ses fonctions et de refuser la consultation des pièces officielles (à ce sujet, cf. arrêt du TAF A-741/2019, A-743/2019, A-745/2019 et A-746/2019 du 16 mars 2022 [attaqué devant le TF] consid. 9.4 et les réf. cit.).
5.3
5.3.1 En l'espèce, la recourante soutient qu'il est déterminant, pour résoudre le présent litige, de savoir si B.________ ont récupéré ou non l'impôt préalable, ce qui permettrait de déterminer si « la Confédération n'a subi aucun préjudice financier » au sens de l'art. 27 al. 2 let. b LTVA. Le Tribunal de céans n'est pas de cet avis. Comme il le retiendra ci-après (cf. consid. 7.3.2 infra), l'art. 27 al. 2 LTVA auquel la recourante se réfère n'est pas applicable dans le cas d'espèce. Comme l'indique la note marginale de cette disposition, elle s'applique en effet à la « mention inexacte ou indue de l'impôt », alors que l'indication d'un taux de TVA de 8 % sur les trois factures que la recourante a adressées à B.________ ne remplit aucun des critères précités, ce qui sera démontré plus bas dans l'examen des griefs de fond. Il est donc inutile, pour résoudre le présent litige, de savoir si B.________ ont récupéré ou non l'impôt préalable. Comme l'a retenu l'autorité inférieure, à l'instar du Tribunal de céans (cf. consid. 3 supra), le présent litige porte sur la question de savoir si par la mention de la TVA sur ses factures, la recourante a valablement opté et, dans l'affirmative, si les actes authentiques ont corrigé ces factures. Il s'agit d'une question juridique, et non pas d'une question touchant à l'établissement des faits. Les faits ont donc été correctement établis par l'autorité inférieure et le droit d'être entendu de la recourante a été respecté.
Compte tenu de ce qui précède, il apparaît que la pratique de l'autorité inférieure consistant à déposer deux bordereaux de pièces, dont l'un est destiné au seul usage du Tribunal administratif fédéral, en raison de documents couverts par le secret fiscal, interpelle. En effet, si comme elle le soutenait, les pièces établissant ou non la récupération de l'impôt préalable par B.________ n'étaient pas déterminantes pour l'issue du litige, elles n'avaient pas à figurer au dossier. Dès le moment où une pièce est versée au dossier, le droit de consulter cette pièce ne peut en principe pas être refusé au seul motif que la pièce en question n'est pas décisive pour l'issue de la procédure. Comme la jurisprudence l'a établi (cf. consid. 5.2.3 supra), il appartient aux parties à la procédure de décider si une pièce contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part. Il s'avère cependant en l'espèce que le refus du droit de consulter certaines pièces n'est pas motivé uniquement par leur inutilité dans la présente procédure, mais par le fait qu'elles sont couvertes par le secret fiscal, ce que la recourante ne conteste au demeurant pas. De plus, comme l'a relevé l'autorité inférieure, B.________ avaient déjà refusé de fournir ce renseignement à la recourante, de sorte qu'ils se seraient sans doute opposés à une communication de cette information. Ainsi, l'intérêt privé de B.________ au maintien du secret fiscal couvrant ces documents (cf. art. 27 al. 1 let. b PA) prime de toute évidence sur l'intérêt privé de la recourante à obtenir une information qui n'est pas déterminante pour l'issue du litige. Enfin, on précisera que comme les pièces en question n'ont pas été utilisées pour trancher le présent litige, elles ne peuvent pas avoir été utilisées au désavantage de la recourante au sens de l'art. 28 PA. La disposition précitée n'est par conséquent pas applicable en l'espèce.
5.3.2 En résumé, si la production de pièces destinées au seul usage du Tribunal ne s'imposait pas dans la présente procédure, cela n'a cependant eu pour conséquence ni un droit d'accès à ces pièces par la recourante ni une violation de son droit d'être entendu. Au vu de ce qui précède, son grief doit être rejeté.
Dans un premier grief invoqué au fond, la recourante conteste avoir valablement opté pour l'imposition à la TVA de prestations exclues du champ de l'impôt, comme le permet l'art. 22 al. 1 LTVA, en émettant les trois factures qu'elle a transmises à B.________.
6.1
6.1.1 La recourante prétend qu'elle n'aurait eu aucune volonté d'opter. Elle indique que si B.________ devaient avoir récupéré malgré tout la TVA, c'est uniquement en raison d'une erreur de leur centre de traitement, qui aurait non seulement demandé une facture avec le taux de TVA, puis en aurait fait usage pour récupérer l'impôt. Elle insiste sur le fait que sa volonté émise et comprise par B.________ lors de la signature des actes authentiques du 11 décembre 2015 est clairement établie : aucune TVA n'est due. Elle relève par ailleurs que selon l'art. 657 al. 1 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210), les contrats ayant pour objet le transfert de la propriété ne sont valables que s'ils sont reçus en la forme authentique. Ainsi, en se référant à la jurisprudence selon laquelle l'acte de transfert immobilier qui n'est pas couvert par la forme authentique est sanctionné de nullité absolue (recours, p. 11 et la réf. cit.), elle en déduit que « les factures sur lesquelles se fonde l'AFC sont nulles en droit et ne sauraient fonder une option ». D'une part, l'option doit être exercée de manière juridiquement valable, ce qui ne serait pas possible avec un acte nul. D'autre part, en ce qui concerne l'opération, il n'y aurait pas de contre-prestation, puisqu'il faut un acte authentique. La recourante s'appuie également sur sa lecture de l'ATF 140 II 495 selon laquelle l'option est valablement exercée lorsque l'impôt est indiqué sur la facture adressée au débiteur et lorsque l'opération est indiquée dans le décompte trimestriel (consid. 3.4.4). Dans le cas d'espèce, elle n'a pas mentionné l'opération dans le décompte trimestriel, puisqu'elle n'entendait pas opter. Elle fait enfin valoir que, selon l'art. 19 al. 4 LTVA, la facture de CHF 58'000.- doit également ne pas être soumise à la TVA, celle-ci constituant une opération incluse dans le transfert du droit de superficie, respectivement, accessoire audit transfert.
6.1.2 De son côté, l'autorité inférieure précise que c'est la facturation de la TVA qui constitue un fait générateur d'imposition (réponse, p. 2 et la référence à l'arrêt du TAF A-2783/2019 du 17 août 2020 consid. 5.5.1). L'option a ainsi été valablement exercée par la mention de l'impôt sur les factures. Par ailleurs, la validité des opérations sous l'angle du droit civil n'est pas déterminante pour l'imposition ou non de prestations. L'autorité inférieure réfute également la thèse soutenue par la recourante selon laquelle l'option ne serait pas valablement exercée du simple fait que l'impôt n'est pas indiqué dans le décompte. Selon elle, un tel raisonnement permettrait de « contourner le principe TVA facturée TVA due et entraînerait d'importantes pertes fiscales ». Elle relève à cet égard que le cas traité par le Tribunal fédéral à l'ATF 140 II 495, auquel la recourante se réfère, est différent du cas traité dans le cas d'espèce. En effet, dans l'arrêt précité, l'impôt n'avait pas été mentionné sur les factures et n'entraînait donc pas un droit à la déduction de l'impôt préalable pour les destinataires. Elle indique enfin que l'argument de la recourante tiré de la volonté des parties et d'une erreur du centre de traitement de B.________ ne lui est d'aucun secours. Elle souligne en effet que la recourante indique elle-même que c'est à la suite des discussions avec B.________ qu'elle s'est résolue à mentionner la TVA sur les factures en question.
6.2
6.2.1 Conformément à l'art. 130 al. 1 Cst., la Confédération peut percevoir une TVA sur les livraisons de biens et les prestations de services, y compris les prestations à soi-même, ainsi que sur les importations. En se fondant sur cette disposition, l'art. 1 al. 1 première phrase LTVA prévoit que la Confédération perçoit, à chaque stade du processus de production et de distribution, un impôt général sur la consommation (TVA). La TVA a pour but d'imposer la consommation finale non entrepreneuriale sur le territoire suisse (art. 1 al. 1 deuxième phrase LTVA). Pour des motifs de praticabilité, la perception de la TVA n'intervient pas auprès des acquéreurs de prestations, qui sont les réels destinataires de la TVA, mais auprès des fournisseurs de prestations (cf. ATF 140 II 495 consid. 2.2.1 ; 140 I 168 consid. 2.5.1 ; 138 II 251 consid. 2.1).
6.2.2 Sont soumises à la TVA les prestations que les assujettis fournissent à titre onéreux, c'est-à-dire moyennant une contre-prestation, sur le territoire suisse, pour autant que la loi n'exclue pas leur imposition (cf. art. 1 al. 2 let. a et art. 18 al. 1 LTVA).
6.2.3 La LTVA prévoit des règles concernant le traitement fiscal applicable en cas de pluralité de prestations. S'il s'agit de prestations indépendantes l'une de l'autre, chaque prestation est traitée séparément et imposée selon le traitement qui lui est applicable (art. 19 al. 1 LTVA). Lorsque plusieurs prestations sont offertes ensemble et qu'elles sont étroitement liées du point de vue économique et se combinent de telle manière qu'elles doivent être considérées comme un tout indissociable, elles constituent une opération unique et sont traitées comme une prestation globale avec un seul traitement fiscal valable pour toute cette opération globale (art. 19 al. 3 LTVA). Enfin, si le prestataire fournit des prestations accessoires à la prestation principale, lesdites prestations accessoires suivent le sort fiscal de la prestation principale (art. 19 al. 4 LTVA).
6.2.4 Le transfert et la constitution de droits réels sur des immeubles sont exclus du champ de l'impôt (art. 21 al. 2 ch. 20 LTVA). La notion d'immeuble à l'art. 21 al. 2 ch. 20 LTVA correspond à celle prévue à l'art. 655 al. 2 CC, à savoir les biens-fonds, les droits distincts et permanents immatriculés au registre foncier, les mines et les parts de copropriété d'un immeuble. En outre, parmi les droits réels auxquels l'art. 21 al. 2 ch. 20 LTVA se réfère, on compte notamment les droits d'emption et de préemption, ainsi que le droit de superficie qui sont inscrits au registre foncier (Roger Rohner, in : Geiger/Schluckebier [édit.], MWSTG Kommentar, Schweizerisches Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, 2e éd., 2019, ad art. 21 al. 2 ch. 20, N. 123). Sous réserve d'exceptions non pertinentes en l'espèce, la mise à la disposition de tiers, à des fins d'usage ou de jouissance, d'immeubles ou de parts d'immeubles est également exclue du champ de l'impôt (art. 21 al. 2 ch. 21 LTVA).
6.2.5 Selon l'art. 21 al. 1 LTVA, une prestation exclue du champ de l'impôt n'est pas imposable si l'assujetti n'a pas opté pour son imposition en vertu de l'art. 22 LTVA. L'art. 22 al. 1 LTVA, dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2017, prévoyait que sous réserve de l'al. 2, l'assujetti peut soumettre à l'impôt des prestations exclues du champ de l'impôt pour autant qu'il l'indique clairement. L'alinéa 2 de l'art. 22 LTVA contient une liste exhaustive des types de prestations pour lesquels l'option ne peut pas être appliquée. L'art. 22 al. 2 let. b LTVA, dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2017, dispose que l'option n'est pas possible pour le transfert et la constitution de droits réels qui visent un bien affecté exclusivement à des fins privées. Il en va de même pour la mise à la disposition de tiers, à des fins d'usage ou de jouissance, d'immeubles ou de parts d'immeubles.
6.2.6 La réglementation de l'option pour l'imposition au sens de l'art. 22 LTVA a fait l'objet d'un examen approfondi par le Tribunal fédéral dans l'ATF 140 II 495 consid. 3.4, en particulier consid. 3.4.7 p. 508 s. (traduit in : Revue de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2015 II 330 ; cf. également arrêts du TAF A-2953/2020 du 27 septembre 2021 consid. 3.1 [confirmé par l'arrêt du TF 2C_853/2021 du 12 mai 2022] ; A-2783/2019 précité consid. 5.4). Il a ainsi été jugé que l'option est un état de fait doublement déterminant : l'option exercée de manière juridiquement valable conduit immédiatement à l'imposition de la prestation (cf. art. 22 al. 1 LTVA) et écarte l'exclusion, qui prend sinon place, du droit à la déduction de l'impôt préalable (cf. art. 29 al. 1 LTVA). L'exigence de divulgation (« qu'il l'indique clairement », « offener Ausweis der Steuer », « lo indichi chiaramente ») est une prescription de validité qui est remplie lorsque la manifestation de volonté au sujet de l'existence de l'impôt et la déclaration de reconnaissance sur le montant de l'impôt sont exprimées par la mention de la TVA dans la facture au débiteur.
Selon le Tribunal fédéral, la question de savoir « si » un assujetti a valablement opté pour l'imposition d'une prestation doit être répondue dans le sens que la personne ayant la volonté d'opter doit émettre une déclaration suffisante - comprenant la manifestation de volonté au sujet de l'existence de l'impôt et la déclaration de reconnaissance sur le montant de l'impôt. Ces deux déclarations composent ensemble un élément constitutif indispensable de l'option au sens de l'art. 22 al. 1 LTVA. « L'indication claire de l'impôt » représente par conséquent une norme de validité (ATF 140 II 495 consid. 3.2.5). Le système d'option mis en place par le législateur repose expressément « sur l'établissement d'une facture à la cliente », dans laquelle l'impôt doit être clairement indiqué. « La TVA facturée » doit ensuite être versée à l'AFC, ce qui rend superflu un système rétroactif (ATF 140 II 495 consid. 3.4.2).
6.2.7 Selon l'art. 39 OTVA, dans sa version en vigueur du 1er janvier 2010 au 31 décembre 2017, l'assujetti qui ne peut pas opter en indiquant clairement l'impôt peut faire connaître l'exercice de l'option à l'AFC d'une autre manière. Une option correspondante est déjà possible lorsqu'aucune prestation n'a encore été fournie, étant précisé que l'art. 22 al. 2 LTVA est réservé. En tant qu'état de fait doublement déterminant, l'option ne peut donner droit à la déduction de l'impôt préalable que dans la mesure où l'impôt prélevé volontairement est vraiment rendu reconnaissable. Il est certes exact que la communication à l'AFC peut aussi intervenir au moyen du décompte d'impôt dans la ligne spécialement prévue pour les prestations ayant fait l'objet d'une option (ATF 140 II 495 consid. 3.4.3, qui se réfère à Claudio Fischer, Die Option für von der MWST ausgenommene Leistungen - Restriktive Rechtsprechung gefährdet die liberalen Ideen der MWST-Reform, in : L'expert-comptable suisse, 8/2014 p. 690, p. 693). Il convient cependant de distinguer entre l'indication de l'impôt (Ausweis) et l'annonce de celui-ci (Bekanntgabe). Le véritable champ d'application de l'art. 39 OTVA se limite ainsi au cas d'impossibilité relative (prestations qui dans la vie de tous les jours interviennent ordinairement sans facturation écrite, comme la vente de billets d'entrée à une manifestation culturelle ou la vente de produits naturels « à la ferme »). L'art. 39 OTVA, dans sa version en vigueur du 1er janvier 2010 au 31 décembre 2017, est taillé pour de telles constellations, disposition qui prévoit qu'en cas d'absence de possibilité d'indiquer clairement l'impôt (Ausweis), l'option peut être portée à la connaissance (Bekanntgabe) de l'AFC « d'une autre manière » (ATF 140 II 495 consid. 3.4.3).
6.2.8 Le Tribunal fédéral a rappelé le rôle central de la facture en matière de TVA : la facture (commerciale ; art. 3 let. k LTVA) ainsi que la mention de l'impôt revêtent depuis toujours une importance déterminante en droit de la TVA (art. 28 de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée [OTVA 1994, RO 1994 1464] et l'art. 37 de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée [LTVA 1999, RO 2000 1300] ; actuellement art. 26 LTVA) (arrêt du TF 2C_853/2021 précité consid. 5.3). Sur demande du destinataire de la prestation, le fournisseur assujetti doit établir une facture répondant aux exigences légales de l'art. 26 al. 2 et 3 LTVA (art. 26 al. 1 LTVA ; arrêts du TF 2C_853/2021 précité consid. 5.3 ; 2C_492/2020 du 25 février 2022 consid. 4.1 ; 2C_285/2008 du 29 août 2008 consid. 3.1 [sur l'art. 37 al. 1 LTVA 1999] ; 4P.166/2006 du 9 novembre 2006 consid. 5.5 [sur l'art. 28 al. 1 OTVA 1994]). Comme la facture confère au destinataire de la prestation, lorsqu'elle satisfait aux exigences en matière de TVA et sous réserve des conditions de l'art. 28 al. 4 LTVA, une attestation pour la déduction de l'impôt préalable dans le cadre de son activité entrepreneuriale (art. 28 al. 1 let. a LTVA), elle ne saurait voir son effet de validité formelle affaibli par la prise en considération d'un éventuel défaut de volonté interne du fournisseur qui résulte uniquement de son for intérieur et n'est nullement perceptible par les tiers (arrêt du TF 2C_853/2021 précité consid. 5.3). Conditionner la validité d'une option pour l'imposition d'une prestation à une correcte volonté - interne - de l'assujetti n'est pas compatible avec ce système. C'est d'autant moins le cas si l'on prend en considération que la TVA facturée justifie du point de vue de la personne assujettie, destinataire de la prestation, à nouveau un impôt préalable en principe susceptible d'être déduit. Seule est donc déterminante la manifestation externe de la volonté de l'assujetti d'opter (arrêt du TAF A-2953/2020 précité consid. 3.2). Ainsi, l'aménagement du droit d'option à l'art. 22 LTVA ne laisse pas de place à une composante véritablement subjective : dès lors que l'option est exercée de manière juridiquement valable, elle conduit immédiatement à l'imposition de la prestation (arrêts du TAF A-2953/2020 précité consid. 3.2 ; A-2783/2019 précité consid. 5.4).
6.3
6.3.1 En l'espèce, la recourante ne conteste pas que les échanges de prestations qui sont intervenus entre elle et B.________ sont en principe soumis à la TVA (cf. art. 18 al. 1, première phrase, LTVA). Elle ne conteste pas non plus que ces prestations sont exclues du champ de l'impôt (cf. art. 18 al. 1, deuxième phrase, en lien avec les art. 21 al. 2 ch. 20 et 21 al. 2 ch. 21 LTVA) et que l'option n'est pas exclue pour ces prestations (cf. art. 22 al. 2 LTVA a contrario). Elle ne remet pas non plus en cause le fait qu'elle a mentionné la TVA de manière apparente au taux de 8 % sur les trois factures qu'elle a établies à l'attention de B.________ pour les sommes de CHF 1'000'000.-, CHF 5'300'000.- et CHF 58'000.- (cf. art. 22 al. 1 LTVA). Au regard de la jurisprudence et des principes exposés plus haut (cf. consid. 6.2 supra), la recourante a valablement exercé l'option par la mention de l'impôt sur ces trois factures. Sous l'angle du droit fiscal, il est sans incidence que les actes authentiques du 11 décembre 2015 aient exclu la TVA. A cet égard, la recourante ne convainc pas lorsqu'elle affirme qu'elle ne voulait pas opter, alors qu'elle a expressément indiqué la TVA sur les trois factures précitées et qu'elle a reconnu dans ses écritures l'avoir indiqué à la demande de B.________. Il est aussi utile de souligner que la dernière facture de CHF 58'000.-, qui mentionne également la TVA, a été établie le 14 février 2017, soit après la conclusion des actes authentiques du 11 décembre 2015, qui excluaient la TVA. Ainsi, en optant une nouvelle fois le 14 février 2017 pour l'imposition de la prestation, la recourante démontre qu'elle n'était pas dans l'erreur, comme elle le prétend. On notera que sa volonté de soumettre les opérations à la TVA figure aussi expressément dans la convention du 18 juin 2015 à laquelle les trois factures font référence (cf. Faits, let. A.c supra). La question de savoir pour quelles raisons les actes authentiques du 11 décembre 2015 excluent la TVA peut demeurer indécise, dès lors qu'il est établi que la recourante a mentionné la TVA, c'est-à-dire a manifesté extérieurement sa volonté d'opter pour une imposition, au moment de l'établissement de ces factures. Cette manifestation externe de la volonté de la recourante d'opter ne fait ainsi aucun doute. Dès lors que, comme cela ressort de la jurisprudence (cf. consid. 6.2.8 supra), un éventuel défaut de volonté interne de la recourante ne permet pas de revenir sur une option valablement effectuée. Le fait que la recourante n'ait éventuellement pas eu conscience des conséquences fiscales de son choix, en indiquant la TVA sur ces trois factures, n'est pas déterminant. En résumé, les griefs de la recourante tirés de sa volonté ou de celle des parties, ou encore d'une erreur du centre de traitement de B.________, doivent être écartés.
6.3.2 La thèse de la recourante selon laquelle les factures qu'elle a émises seraient « nulles en droit et ne sauraient fonder une option », dans la mesure où le contrat ayant pour objet le transfert de la propriété n'est valable que s'il est reçu en la forme authentique, ne convainc pas. Comme l'a retenu à juste titre l'autorité inférieure, la validité des opérations sous l'angle du droit civil n'est pas déterminante pour l'imposition ou non de prestations en droit fiscal. D'autre part, il sied de distinguer le contrat et la facturation : cette dernière ne requiert aucune forme authentique pour être valable. En droit régissant la TVA, une facture ne peut pas être déclarée nulle parce que son contenu est contradictoire avec le contenu d'un contrat en la forme authentique. En effet, l'option pour l'imposition des prestations exclues du champ de l'impôt au sens de l'art. 22 LTVA n'exige pas la conclusion d'un acte en la forme authentique pour être valable.
6.3.3 La recourante fait valoir, au moins implicitement, que l'option n'aurait pas été valablement exercée en raison du fait qu'elle n'a pas mentionné l'opération dans son décompte trimestriel. Ce raisonnement ne saurait être suivi. L'autorité inférieure a exposé dans sa réponse ce qui suit : « Si la recourante devait être suivie dans son raisonnement, cela signifie que le prestataire pourrait indiquer clairement la TVA sur la facture, ne pas déclarer ce montant et que, de son côté, le destinataire peut récupérer l'impôt préalable facturé, dès lors que la déduction de l'impôt préalable ne dépend pas de la question de savoir si le prestataire a ou non déclaré l'impôt (art. 59 al. 1 OTVA). L'AFC ne serait donc pas autorisée à reprendre l'impôt chez le prestataire et devrait admettre la déduction de l'impôt préalable chez le destinataire [...] » (réponse, p. 2). Le Tribunal de céans confirme ce raisonnement. On rappellera par ailleurs que l'option ne peut être communiquée à l'AFC par le biais du décompte TVA que si la mention de l'impôt sur la facture n'est pas possible. Dans le cas d'espèce, la TVA figure bien sur les trois factures, ce qui signifie que l'option a été valablement exercée. Ainsi, il convient de retenir que la déclaration de la TVA dans le décompte est une alternative à la mention de la TVA sur la facture (décision sur réclamation, p. 19-20 et la référence à Ralf Imstepf, Mehrwertsteuer in a nutshell, 2020, p. 29).
Certes, il est vrai que le Tribunal fédéral, dans l'ATF 140 II 495 (consid. 3.4.4), a précisé que, en l'absence d'un cas d'impossibilité relative d'indiquer clairement l'impôt, une indication de la TVA sur la facture adressée au débiteur et une communication dans le décompte trimestriel sont cumulativement nécessaires. La recourante ne peut cependant pas déduire de cet arrêt qu'elle n'aurait pas valablement opté. Il convient d'abord de relever que le cas d'espèce est différent de celui qui a été tranché à l'ATF 140 II 495. En effet, l'affaire précitée était particulière en ce sens que l'assujettie avait omis de mentionner la TVA sur ses factures, alors qu'elle avait indiqué l'opération dans ses décomptes trimestriels de TVA. Le Tribunal fédéral avait ainsi considéré que l'assujettie n'avait pas valablement opté. Dans le cas d'espèce, et comme le Tribunal l'a retenu plus haut, la recourante a valablement opté, en mentionnant la TVA sur les trois factures. Par ailleurs, et surtout, le Tribunal fédéral a également retenu, dans l'arrêt précité, que lorsque l'art. 22 al. 1 LTVA se réfère à l'indication claire de l'impôt (offenen Ausweis), aucun autre support que la facture au débiteur ne peut entrer en ligne de compte (consid. 3.4.2). Ainsi, en raison du rôle central de la facturation en matière de TVA (cf. consid. 6.2.8 supra), il ne serait pas admissible qu'un assujetti ayant valablement opté, comme dans le cas d'espèce, puisse ensuite revenir sur sa décision, simplement en omettant d'indiquer la TVA sur ses décomptes trimestriels. Les deux conditions précitées ne sont ainsi pas cumulatives. On relèvera qu'il s'agit également de la solution retenue selon le droit en vigueur depuis le 1er janvier 2018 : en effet, l'art. 22 al. 2 LTVA prévoit expressément que « [...] l'assujetti peut soumettre à l'impôt des prestations exclues du champ de l'impôt (option) pour autant qu'il l'indique clairement ou [mis en évidence par le Tribunal] qu'il déclare l'imposition de ces prestations dans le décompte ». Il s'agit de deux façons d'opter qui doivent être considérées comme équivalentes (cf. Info TVA 04 « Objet de l'impôt », publiée le 21 octobre 2020, ch. 7.1). En conclusion, le fait que la recourante ait omis de déclarer la TVA mentionnée sur les trois factures dans les décomptes correspondants ne rend pas caduque l'option mentionnée clairement sur ces factures.
6.3.4 Enfin, la recourante soutient que la facture de CHF 58'000.-, qui correspond à la prise en charge par B.________ du loyer effectivement dû par la recourante pour l'année 2016 jusqu'à concurrence du montant précité, doit également ne pas être soumise à la TVA, car elle constitue une opération incluse dans le transfert du droit de superficie, respectivement, accessoire audit transfert en vertu de l'art. 19 al. 4 LTVA. Cet argument ne convainc pas. D'une part, la facture en question du 14 février 2017 mentionne clairement la TVA. D'autre part, si cette prestation est une opération accessoire au transfert du droit de superficie, comme le soutient la recourante, il est justifié qu'elle soit imposée comme le transfert du droit de superficie, en tant que prestation principale. Or, la recourante a bien opté en ce qui concerne cette dernière prestation par l'indication de la TVA sur les factures. Le grief en question ne peut ainsi qu'être écarté.
Le Tribunal relève encore, à titre superfétatoire, que les prestations en question, à savoir la prise en charge par B.________ du loyer effectivement dû par la recourante pour l'année 2016, et le remboursement de l'indemnité unique et forfaitaire de CHF 6,3 Mio, couvrant les coûts liés au départ anticipé, doivent plutôt être envisagées sous l'angle de l'art. 19 al. 3 LTVA, dans la mesure où elles sont « étroitement liées du point de vue économique » et « se combinent de telle manière qu'elles doivent être considérées comme un tout indissociable ». Les prestations en question doivent par conséquent être traitées comme une opération économique unique et une prestation globale (cf. art. 19 al. 3 LTVA). Ainsi, en optant à nouveau le 14 février 2017, la recourante confirme qu'elle souhaitait opter pour une imposition de la globalité des prestations. La solution à laquelle l'autorité inférieure parvient est par conséquent conforme à l'art. 19 al. 3 LTVA.
6.3.5 Au vu de ce qui précède, en émettant les trois factures qu'elle a transmises à B.________, la recourante a valablement opté pour l'imposition à la TVA de prestations exclues du champ de cet impôt, comme le permet l'art. 22 al. 1 LTVA. Ni l'erreur dans sa volonté interne qu'elle invoque, qui n'est au demeurant pas établie, ni la validité sur le plan civil des contrats sur lesquels les prestations facturées sont fondées ne permet d'admettre que l'option pour l'imposition n'aurait pas été valablement effectuée. Mal fondé, les griefs de la recourante doivent être rejetés.
7.1
7.1.1 La recourante expose que la mention de la TVA n'aurait pas dû figurer sur les factures et que cette erreur doit pouvoir être corrigée. Elle relève certes que, s'agissant de la révocation de l'option, le TAF a expressément refusé l'option ultérieure au moyen de la correction de la facture prévue à l'art. 27 al. 4 LTVA (arrêt du TAF A-7175/2014 du 12 août 2015 consid. 4.1). Elle estime cependant que le Tribunal fédéral n'a pas tranché la question de l'option rétroactive de manière définitive (ATF 140 II 495 consid. 3.4.2), et encore moins celle de la suppression rétroactive de l'option (arrêt du TAF A-7175/2014 précité consid. 4.1). Elle se réfère également à des avis de doctrine favorables à l'idée d'une option rétroactive (recours, p. 13-14 et les réf. cit.). Elle en déduit ainsi qu'une révocation de l'option lors de la signature des actes authentiques est donc possible et que c'est précisément ce qu'elle a fait.
7.1.2 De son côté, l'autorité inférieure souligne qu'à partir du moment où la recourante a valablement opté pour les impositions des prestations, il n'est pas possible, ni légalement ni en application de la jurisprudence du Tribunal fédéral, de procéder à une annulation rétroactive de l'option. La mention de la TVA sur les factures n'est au demeurant ni inexacte ni indue. Les conditions d'application de l'art. 27 al. 2 LTVA ne sont par conséquent pas réunies. Par ailleurs, si l'art 27 al. 4 LTVA permet certes de corriger des erreurs, l'autorité inférieure considère que la recourante n'a commis aucune erreur de plume lors de l'établissement de ses factures. En résumé, une correction de l'option valablement exercée par la recourante n'est plus possible dans le cas d'espèce, que ce soit en application de l'art. 27 al. 2 LTVA ou de l'art. 27 al. 4 LTVA. Enfin, par surabondance de motifs, elle relève que même s'il devait être retenu que l'art. 27 al. 4 LTVA permet une correction des factures, encore faudrait-il que le document qui corrige la facture mentionne et annule ladite facture, ce qui n'est pas le cas.
7.2
7.2.1 D'une manière générale, que la TVA facturée l'ait été à tort ou qu'elle ait été calculée de manière trop élevée et qu'aucune correction n'ait eu lieu (cf. art. 27 al. 4 LTVA), l'impôt porté en compte reste dû au regard du principe « Impôt facturé, impôt dû », respectivement, « fakturierte Mehrwertsteuer gleich geschuldete Mehrwertsteuer » (cf. art. 27 al. 2 LTVA ; arrêt du TF 2C_411/2014 du 15 septembre 2014 consid. 2.2.3 ; arrêt du TAF A-2953/2020 précité consid. 3.3.1). Il existe en effet une base légale de droit positif dans la législation sur la TVA fonctionnant comme une base d'imposition propre. Il s'agit d'un « objet complémentaire de l'impôt » (« Hilfssteuerobjekt »), qui - contrairement à l'objet principal de l'impôt - ne repose pas sur un rapport de prestations (cf. ATF 144 II 412 [traduit in : RDAF 2019 Il 704] consid. 3.2.4 et 3.3.4 s.). Cet objet complémentaire existait déjà sous l'ancien droit, mais sans base légale formelle (cf. ATF 131 II 185 consid. 5 ; arrêts du TF 2C_487/2011 du 13 février 2013 consid 3.9, in : Archives de droit fiscal suisse [Archives] 82 p. 241 ; 2C_391/2010 du 10 janvier 2011 consid. 4 ; 2C_285/2008 du 29 août 2008 consid. 3). Dans la version de la LTVA en vigueur jusqu'au 31 décembre 2017 (cf. consid. 2.3 supra), l'art. 27 al. 2 était formulé de la manière suivante : « Celui qui fait figurer l'impôt dans une facture sans en avoir le droit ou mentionne un taux ou un montant d'impôt trop élevé est redevable de cet impôt, sauf s'il remplit une des conditions suivantes : a. il corrige sa facture conformément à l'al. 4 ; ou b. il prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier, ce qui est le cas notamment lorsque le destinataire de la facture n'a pas déduit l'impôt préalable ou que l'impôt préalable déduit a été remboursé ». Il y a ainsi, dans cette disposition légale, le principe même selon lequel la facturation erronée de la TVA constitue un fait générateur de l'imposition et l'exception à ce principe, à savoir les circonstances dans lesquelles cette facturation erronée peut être corrigée.
7.2.2 Il résulte du texte légal de l'art. 27 al. 2 LTVA que son champ d'application concerne des cas de « mention inexacte ou indue de l'impôt », comme l'indique déjà sa note marginale. Pour remplir les conditions de cette disposition et pouvoir en quelque sorte être libéré de l'assujettissement au principe « Impôt facturé, impôt dû », il faut avoir fait figurer l'impôt dans une facture sans en avoir le droit ou avoir indiqué un montant d'impôt trop élevé. La mention de l'impôt est ainsi indue lorsqu'elle est le fait d'une entité qui n'est pas immatriculée au registre des assujettis (art. 27 al. 1 LTVA ; cf. Béatrice Blum, in : Zweifel/Beusch/Glauser/Robinson [édit.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht - Loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée, 2015, n° 11 ad art. 27 LTVA). L'indication de la TVA est également prohibée dans le cadre de la procédure de déclaration (art. 27 al. 1 LTVA ; cf. Blum, op. cit., n° 11 ad art. 27 LTVA). L'auto-taxation de la TVA survient finalement sans droit lorsqu'elle s'opère en relation avec des prestations exclues du champ de l'impôt pour lesquelles l'option est prohibée (art. 22 al. 2 LTVA ; cf. Blum, op. cit., n° 11 ad art. 27 LTVA). La mention de la TVA est inexacte lorsque la facture indique « un taux ou un montant d'impôt trop élevé ». Il en est ainsi quand l'assujetti facture au taux normal des prestations soumises au taux réduit ou au taux spécial (cf. arrêt du TF 2C_411/2014 précité consid. 2.2.4). Dans ces cas, la facturation n'est pas prohibée par la loi mais procède d'une erreur commise par l'assujetti. Celui-ci applique la loi de manière erronée ou détermine le montant de l'impôt de façon incorrecte (cf. Regine Schluckebier, in : Geiger/Schluckebier [édit.], MWSTG-Kommentar, 2e éd., 2019, n° 19 ad art. 27 LTVA), ce qui conduit à un résultat non conforme à la loi. L'assujetti commet dans ce contexte une erreur de qualification induisant un traitement fiscal illégal (cf. Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender/Marcel René Jung/Simeon L. Probst, Handbuch zum MWSTG, 3e éd. 2012, ch. 1614) et non pas une simple erreur dans la formation de sa volonté (qui conduit à un résultat conforme à la loi). Il y a ainsi mention inexacte de l'impôt lorsque l'assujetti fait application d'un traitement qui contrevient à la LTVA (p. ex. imposition de prestations exonérées au sens de l'art. 23 LTVA ou application d'un taux d'impôt trop élevé).
Tel n'est en revanche pas le cas lorsque l'assujetti commet une erreur dans le choix entre plusieurs traitements conformes à la loi, soit lorsqu'il opère un choix qu'il regrette par la suite (cf. arrêts du TAF A-2953/2020 précité consid. 3.3.3 ; A-2783/2019 précité consid. 5.5.3). Or, comme l'a jugé le TAF dans les deux arrêts précités, tel est le cas du recourant qui aurait mentionné de manière involontaire la TVA sur sa facture dès lors que, compte tenu des prestations en cause, il avait le droit de le faire. Dans les deux arrêts précités, il a considéré que l'erreur du recourant n'entrait ainsi pas dans le champ d'application de l'art. 27 al. 2 LTVA déjà sur la base d'une interprétation grammaticale de son texte. Il a ainsi retenu que l'option pour l'imposition valablement effectuée juridiquement ne peut pas être corrigée sur la base de l'art. 27 al. 2 LTVA, faute d'être « inexacte » ou « indue ».
Cette solution, qui découle de l'interprétation grammaticale et systématique de la loi, est encore confortée par les indications résultant des travaux préparatoires.
7.2.3 Dans l'ATF 140 II 495 (spéc. consid. 3.3.3, les citations sont celles de l'arrêt dans sa traduction à la RDAF 2015 II 330), le Tribunal fédéral a minutieusement examiné les travaux préparatoires de cette disposition légale (cf. également la présentation faite dans l'arrêt du TAF A-2953/2020 précité consid. 3.4 qui est reprise dans le présent considérant). Au cours des délibérations devant la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national (CER-N) des 12 et 13 janvier 2009, la discussion en relation avec l'art. 22 P-LTVA tourna essentiellement autour de la rétroactivité de l'option et du champ d'application de l'option simple. Le membre de la commission X. exposa au sujet de sa proposition (n° 81) que lorsque quelqu'un opte, cela devrait signifier qu'il « doit mettre la TVA sur la facture ». On retrouve plus loin dans le protocole la remarque suivante : « En tant que consommatrice (en s'adressant à une membre de la commission), peut-être allez-vous dire que cela vous paraît trop cher. Alors le fournisseur de la prestation n'optera pas de manière imprudente » (p. 14 en bas). Lors de la séance de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil des Etats (CER-E) du 27 avril 2009, l'émissaire de l'AFC mentionna les difficultés administratives qui résulteraient en cas d'option rétroactive du fait que les pièces sont « établies de manière erronée ». C'est pourquoi l'AFC pouvait d'autant plus adhérer à la proposition « élégante » du membre de la commission Y., d'après laquelle « chaque fois que quelqu'un facture une prestation avec de la TVA, même si celle-ci est exclue du champ de l'impôt, il doit la soumettre à l'impôt » (p. 16). Le membre de la commission Z. s'enquit ensuite auprès des délégués de l'AFC qui étaient présents de la manière dont il convenait de comprendre la notion « pour autant qu'il l'indique clairement ». Il demanda : « Est-ce que cela signifie qu'il faut inscrire l'impôt sur la facture ? Le destinataire doit le voir. Deuxièmement, cela doit aussi être fait dans le décompte trimestriel. [...]. Lorsque vous (en s'adressant au représentant de l'AFC) effectuez un contrôle, vous allez sur place et vous vérifiez si c'est conforme avec les factures. Si c'est ainsi que cela se passe, je suis d'accord (également p. 16) ». Cette contribution ne donna lieu à aucune opposition. Par conséquent, la proposition de la CER-E à l'attention du plénum à ce sujet fut que « la personne assujettie [...] sous réserve de l'alinéa 2 peut imposer chaque prestation exclue du champ de l'impôt par l'indication claire de l'impôt ». Cela correspond à la version que l'on trouve dans la loi.
Il résulte ainsi de ces travaux préparatoires que le législateur a voulu un système d'option pour l'imposition des prestations exclues qui soit relativement souple. Selon la jurisprudence, l'option peut être effectuée indépendamment pour chaque prestation, par la « simple » mention de la TVA sur la facture de prestations et dans le décompte trimestriel. Le corolaire de cette souplesse du système pour opter consiste dans la relative rigidité d'une correction de cette option. Même si les discussions en commission ont tourné autour de la question d'une option rétroactive - pour l'exclure finalement avec le système adopté -, il doit en aller de même pour la correction de l'option (cf. arrêts du TAF A-2953/2020 précité consid. 3.4 ; A-2783/2019 précité consid. 5.6). Le Tribunal fédéral a en effet confirmé qu'il est exclu de révoquer à titre rétroactif l'option d'imposition exprimée antérieurement (arrêt du TF 2C_853/2021 précité consid. 7.3).
Ce constat a pris corps dans le nouvel art. 39 OTVA, en vigueur depuis le 1er janvier 2018 (arrêt du TF 2C_853/2021 précité consid. 7.3). Ce dernier précise qu'il n'est plus possible d'exercer l'option ou de renoncer à une option déjà exercée après l'écoulement du délai de finalisation défini à l'art. 72 al. 1 LTVA. Cela ressort également de la Web-Info TVA 04 « Objet de l'impôt », publiée le 21 octobre 2020, qui indique que, sous réserve du respect des conditions fixées à l'art. 27 LTVA, la facture initialement établie peut être corrigée avant l'écoulement du délai de finalisation (renonciation à l'option exercée ou exercice ultérieur de l'option) (ch. 7.1). Cette novelle ainsi que le contenu de la Web-Info publiée en 2020, bien qu'ultérieurs aux périodes en cause en l'espèce, mettent en évidence ce que le législateur a expressément voulu dès l'entrée en vigueur de la LTVA du 12 juin 2009 et qui a été mis en lumière par l'examen des travaux parlementaires dans l'ATF 140 II 495 (arrêt du TF 2C_853/2021 précité consid. 7.3).
7.2.4 A teneur de l'art. 43 al. 2 LTVA, jusqu'à l'entrée en force de la créance fiscale, les décomptes remis et les montants acquittés peuvent être corrigés.
7.3
7.3.1 En l'espèce, le Tribunal relève d'abord que la recourante se trompe lorsqu'elle indique que « la mention de la TVA n'aurait pas dû figurer sur les factures » (recours, p. 13), puisqu'elle avait précisément le droit, comme on l'a vu (cf. consid. 6.3.1 supra), de soumettre volontairement à l'impôt les prestations en question qui sont exclues du champ de cet impôt et pour lesquelles l'option est autorisée. Par ailleurs, l'option exercée de manière juridiquement valable conduit immédiatement à l'imposition de la prestation même si l'option est « involontaire » (cf. consid. 7.2.2 supra).
7.3.2 Autre est la question de savoir si la recourante, après avoir valablement opté pour l'imposition à la TVA, comme elle l'a fait, peut ensuite décider de revenir sur ce choix, c'est-à-dire de renoncer rétroactivement à l'option d'imposition, en s'appuyant sur les art. 27 al. 2 et 4 LTVA. La thèse de la recourante selon laquelle les actes authentiques - excluant la TVA - auraient corrigé les factures - indiquant la TVA - doit être écartée pour plusieurs raisons. Il convient en premier lieu de garder à l'esprit que l'obligation de la recourante d'acquitter l'impôt résulte de l'objet principal et non pas de l'objet complémentaire de l'impôt. Elle repose en effet sur des règles de droit matériel (cf. art. 22 al. 1 LTVA) et non pas sur la seule indication de la TVA sur la facture en vertu du principe « TVA facturée, TVA due » (cf. art. 27 al. 2 LTVA) (cf. également consid. 6.2 supra). Pour ce motif déjà, l'application de l'art. 27 al. 2 LTVA au cas d'espèce paraît douteuse. Ensuite et surtout, la mention de la TVA en relation avec des prestations exclues du champ de l'impôt et pour lesquelles l'option est autorisée n'est ni inexacte ni indue au sens de l'intitulé de l'art. 27 LTVA et aux termes de l'art. 27 al. 2 LTVA. Ce dernier mentionne en effet les cas de « celui qui fait figurer l'impôt dans une facture sans en avoir le droit ou mentionne un taux ou un montant d'impôt trop élevé ». Force est de constater que la recourante ne se trouve dans aucune de ces situations, ce qu'elle ne prétend du reste pas. A ce stade, les conditions précitées n'étant déjà pas remplies, il serait en principe inutile d'examiner si une des conditions des art. 27 al. 2 let. a ou b LTVA est réalisée.
Cela étant, même si l'on se trouvait dans l'hypothèse d'une mention inexacte ou indue de l'impôt au sens de l'art. 27 LTVA, ce qui n'est encore une fois pas le cas, comme on l'a vu plus haut, la recourante ne saurait se prévaloir de l'art. 27 al. 4 LTVA, et ce peu importe que la disposition précitée s'applique de manière autonome ou par renvoi de l'art. 27 al. 2 let. a LTVA. En effet, l'art. 27 al. 4 LTVA est clair : il dispose que « la facture peut être corrigée ultérieurement, dans les limites admises par le droit commercial, par un document qui mentionne et annule la facture d'origine et dont la réception doit être attestée par le destinataire ». Or, malgré les nombreuses références de la recourante aux actes authentiques du 11 décembre 2015, force est d'admettre que ces derniers n'indiquent nullement qu'ils corrigeraient la convention initiale du 18 juin 2015 et les trois factures y relatives. La thèse de la recourante ne peut ainsi qu'être écartée pour ce motif encore. En résumé, les conditions de l'art. 27 LTVA ne sont pas remplies dans le cas d'espèce, si tant est que cette disposition soit applicable.
7.3.3 Certes, l'art. 39, deuxième phrase, OTVA mentionne qu'il « n'est plus possible d'exercer l'option ou de renoncer à une option déjà exercée après l'écoulement du délai de finalisation défini à l'art. 72 al. 1 LTVA ». Aux termes de cette disposition, il est donc possible, a contrario, de « renoncer à une option déjà exercée » durant le délai de finalisation de 180 jours (cf. art. 72 al. 1 LTVA). Il ne faut cependant pas perdre de vue que cette disposition, en vigueur depuis le 1er janvier 2018, n'est pas applicable en l'espèce (cf. consid. 2.2 supra) et suppose également le respect des conditions énoncées à l'art. 27 LTVA (cf. Info TVA 04 « Objet de l'impôt », publiée le 21 octobre 2020, ch. 7.1), qui ne sont pas remplies in casu (cf. consid. 7.3.2 supra). Par ailleurs, on peut se demander si l'art. 39, deuxième phrase, OTVA concerne également l'option au moyen d'une facturation, dès lors que la première phrase de la disposition précitée mentionne uniquement « l'option au moyen de la déclaration ». Cette question peut demeurer indécise en l'espèce. Enfin, même si l'art 39 OTVA était applicable et que les conditions de l'art. 27 LTVA étaient remplies, les actes authentiques du 11 décembre 2015 n'indiquent pas qu'il est renoncé à une option déjà exercée ou qu'il est renoncé par anticipation à de futures options, si tant est que cette manière de procéder soit admissible, ce qui semble douteux. A tout le moins, les actes en question ne peuvent pas être interprétés dans ce sens. Ce qui précède est confirmé par le fait que la recourante a décidé d'opter une nouvelle fois le 14 février 2017 pour l'imposition de la prestation.
7.3.4 On relèvera enfin que l'annulation rétroactive de l'option ne trouve appui ni dans la jurisprudence du Tribunal fédéral ni dans celle du Tribunal de céans. Contrairement à ce que soutient la recourante, la jurisprudence du Tribunal fédéral retient qu'il « est exclu de révoquer à titre rétroactif l'option d'imposition exprimée antérieurement » (cf. arrêt du TF 2C_853/2021 précité consid. 7.3 ; cf. également consid. 7.2.3 supra). Les avis contraires exprimés dans la doctrine et cités par la recourante à l'appui de son recours ne lui sont d'aucun secours.
7.3.5 Au vu de ce qui précède, l'option dont la recourante a fait usage ne pouvait pas être annulée rétroactivement sur la base des art. 27 al. 2 et 4, et 43 LTVA (cf. consid. 7.2.4 supra). Mal fondé, son grief est rejeté.
8.1 A l'appui de son recours, la recourante a requis la production de toute pièce relative à la manière dont B.________ ont ou pas récupéré la TVA en lien avec la fin anticipée et la radiation du droit de superficie.
8.2 En l'espèce, le Tribunal considère, en procédant à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, que la production requise par la recourante n'est pas nécessaire, dans la mesure où le dossier est suffisamment complet pour lui permettre de statuer en toute connaissance de cause et qu'il a la certitude que la production en question ne pourrait l'amener à modifier son opinion (cf. ATF 145 I 167 consid. 4.1 ; 140 I 285 consid. 6.3.1 et les réf. cit.). Comme la Cour de céans l'a démontré plus haut (cf. consid. 7.3.2 supra), il est en effet inutile, pour résoudre le litige, de savoir si le destinataire des factures de la recourante, à savoir B.________, a ou non déduit l'impôt préalable, afin de déterminer si la condition énoncée à l'art. 27 al. 2 let. b LTVA est ou non réalisée.
8.3 Par conséquent, la réquisition de preuve formulée par la recourante est rejetée.
Le recours est rejeté.
Les frais de procédure fixés à 8'500 francs sont mis à la charge de la recourante. Ils sont prélevés sur l'avance de frais du même montant versée par la recourante.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est adressé à la recourante et à l'autorité inférieure.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège : Le greffier : Raphaël Gani Jérôme Gurtner
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (Acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; Acte judiciaire)