N01/N09/N12 Vaud, Mise au point des alignements communes d'Ecublens à Bex (AP5) ; décision du 29 novembre 2019.
Entscheiddatum: 01.04.2022Publikationsdatum: 12.12.2022
Bundesverwaltungsgericht Tribunal administratif fédéral Tribunale amministrativo federale Tribunal administrativ federal Décision confirmée par le TF par arrêt du 24.11.2022 (1C_294/2022) Cour I A-321/2020
Arrêt du 1er avril 2022 Composition Jérôme Candrian (président du collège), Maurizio Greppi, Alexander Misic, juges, Johanna Hirsch-Sadik, greffière. Parties 1. A._______, 2. B._______, les deux représentés par Maître Yves Nicole, avocat, LKNR & ASSOCIÉS, recourants, contre Office fédéral des routes OFROU, intimé, Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication DETEC, autorité inférieure. Objet N01/N09/N12 Vaud, Mise au point des alignements communes d'Ecublens à Bex (AP5) ; décision du 29 novembre 2019.
A.
A.a A._______ et B._______ (les recourants) sont propriétaires en commun de la parcelle n° (...) du Registre foncier (RF) de la Commune de Puidoux (cf. extrait RF du 15 novembre 2021, produit le 15 novembre 2021 par les recourants). B._______ est propriétaire de la parcelle n° (...) du RF de la Commune de Puidoux (cf. extrait RF du 24 juin 2019, joint à la détermination des recourants du 8 juillet 2019, pièce n° 9 du dossier du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication [le DETEC]). La route nationale N09 est située sous ces parcelles et passe dans deux tunnels du Flonzaley. Les parcelles sont traversées par les alignements projetés, fixés à une distance de 20 m du bord extérieur de la voute de chaque tunnel, et dont les effets ne sont pas limités verticalement (cf. plan 1 sur 2 de la Commune de Puidoux, pièce n° 37 du projet de l'OFROU ; rapport technique, p. 62, chap. 3.21.1, pièce n° 84 du projet de l'OFROU ; guichet cartographique cantonal, pièce n° 9 de la réplique des recourants du 28 avril 2020).
A.b Le 9 janvier 2019, l'Office fédéral des routes (l'OFROU) a demandé au DETEC l'approbation du projet définitif N01/N09/N12 Vaud Mise au point des alignements communes d'Ecublens à Bex (AP5 ; ci-après, le projet). Il expose que, le 1er janvier 2008, la propriété des routes nationales a été transférée des cantons à la Confédération, et que les alignements approuvés et actuellement numérisés présentent des défauts, ce qui complique la tâche de la police des constructions. Il indique avoir été chargé d'examiner, de modifier et de numériser l'ensemble des alignements des routes nationales, afin qu'ils soient publiés dans le cadastre des restrictions de droit public à la propriété foncière (RDPPF) pour que ces restrictions non inscrites au Registre foncier soient disponibles sous forme électronique, de manière claire et précise, afin de renforcer la sécurité juridique.
A.c Le 15 janvier 2019, le DETEC a ouvert la procédure ordinaire d'approbation des plans. L'enquête publique s'est déroulée au Greffe municipal des 36 communes concernées du 8 février au 11 mars 2019. Durant l'enquête, 4 communes et 52 particuliers ont formé opposition au projet. Un opposant a par la suite retiré son opposition, laquelle a été radiée.
A.d Le 7 mars 2019, les recourants ont formé opposition au projet, en tant qu'il s'étend au-delà du périmètre actuel, et demandent d'y renoncer. En substance, ils remarquent que le projet prévoit une énorme extension de plusieurs hectares du périmètre protégé de la route nationale, alors qu'un élargissement des tunnels n'impacterait nullement leur terrain et que la géologie est de mauvaise qualité et ne permet pas de création d'ouvrages annexes ou d'extensions de l'autoroute. Ils ajoutent que bien que le secteur est en zone agricole, il est équipé et participera au développement urbain futur. Ils indiquent que la pose de sondes géothermiques n'est pas possible en raison de la géologie. Ils en concluent que le périmètre actuel des alignements est suffisant, car il protège l'environnement des portails est et ouest, situés à faible profondeur dans une couche supérieure de moraine fragile, et qu'une extension sur leur domaine à l'aplomb des tunnels profonds n'est pas justifiée.
A.e Le 7 mars 2019, la Direction générale de la mobilité et des routes du canton de Vaud (la DGMR) a informé le DETEC que la prise de position des services de l'Etat de Vaud était positive avec une demande de modifications pour un bâtiment sis à Lutry, un autre sis à Saint-Légier - La Chiésaz et un autre sis à Bourg-en-Lavaux, afin d'éviter que ces bâtiments - présentant un intérêt local historique et architectural - ne soient traversés par les alignements.
A.f Le 5 juin 2019, l'OFROU a proposé de ne pas entrer en matière sur la demande de modification du canton de Vaud. Il constate que l'alignement projeté est moins préjudiciable que celui existant pour le bâtiment à Lutry et ne restreint pas davantage les droits sur la parcelle sise à Bourg-en-Lavaux. Pour le bâtiment sis à Saint-Légier - La Chiésaz, il accepte de calquer les alignements mis à l'enquête sur ceux existants. Il ajoute qu'un éventuel élargissement de la route nationale devra faire l'objet d'une nouvelle mise à l'enquête.
A.g Le 5 juin 2019, l'OFROU a proposé de ne pas entrer en matière sur l'opposition des recourants. Il explique que les alignements ont pour but de protéger l'intégrité des tunnels de Flonzaley, même si le risque concret est faible. Il estime que, si des fondations de villa ne devraient pas avoir d'impact sur l'infrastructure et qu'il préaviserait donc favorablement de tels projets, d'autres types de construction tels que des sondes géothermiques pourraient endommager les tunnels. Afin de traiter les riverains de la même manière dans toute la Suisse, ses propres standards prévoient des alignements en principe sans limites verticales pour les tunnels ayant une couverture faible de terrain au-dessus.
A.h Le 8 juillet 2019, les recourants ont déposé leurs remarques finales, maintenant leurs conclusions. Au surplus, ils critiquent l'absence de base légale et le fait que l'OFROU n'invoque que des besoins généraux, non crédibles. Ils estiment que la fixation d'alignements exclura tout droit à dérogation et leur interdira de bâtir. Ils remarquent que l'alignement projeté entre en conflit avec le périmètre de protection du tunnel des CFF qui le surplombe. Ils ne voient pas en quoi un classement sur une hauteur de 50 m supplémentaires comptés depuis le dessus du périmètre de maintenance des tunnels protégerait cette infrastructure.
B. Par décision du 29 novembre 2019, le DETEC a approuvé le projet N01/N09/N12 Vaud Mise au point des alignements communes d'Ecublens à Bex (AP5). Il a admis entièrement une opposition et partiellement deux autres, au sens des considérants. Il n'est pas entré en matière sur une opposition, a déclaré sans objet quatre oppositions et a rejeté toutes les autres oppositions, dont celle des recourants. De manière générale, il explique que les alignements sont une mesure d'aménagement limitée visant à assurer un éventuel élargissement et la libre disposition des terrains nécessaires à la construction des routes nationales. Il précise qu'ils ne représentent pas des zones non constructibles absolues et qu'ils ont comme seul effet l'interdiction d'élever, sans autorisation, de nouvelles constructions entre eux et d'y transformer des immeubles existants. Les droits du propriétaire sont uniquement restreints dans la mesure où ils doivent consulter l'OFROU lorsque son éventuel projet de construction se situe à l'intérieur des alignements. Les alignements projetés n'ont aucune influence sur les éléments déjà construits et/ou autorisés. Il ajoute qu'ils constituent des lignes virtuelles qui longent les routes nationales et protègent leurs infrastructures, telles que la chaussée, les jonctions, les tunnels et les aires de repos. Il indique que la procédure de mise au point des alignements n'apporte pour ainsi dire aucune modification foncière aux divers terrains concernés et que le projet ne prévoit pas de construction mais sert uniquement à redéfinir les alignements des routes nationales en vue de leur introduction dans le registre RDPPF. En outre, il se rallie à la position de l'OFROU sur la détermination du canton de Vaud et ne retient aucune charge à ce sujet.
S'agissant de l'opposition des recourants, le DETEC indique en substance que les alignements servent à protéger les tunnels du Flonzaley présents sous les parcelles des recourants, en incluant l'OFROU dans une éventuelle procédure d'autorisation de construire, vu que ces tunnels présentent une faible épaisseur entre la voûte et la surface de terrain au-dessus. Il précise que le préavis de l'OFROU sera en principe favorable si d'éventuels projets de construction ne mettent pas en danger cette infrastructure.
C.
C.a Par mémoire du 16 janvier 2020, les recourants ont interjeté recours devant le Tribunal administratif fédéral (le Tribunal) contre la décision du DETEC (l'autorité inférieure) du 29 novembre 2019, concluant, principalement à ce que la décision attaquée soit annulée, subsidiairement à ce qu'elle soit réformée en ce sens que les parcelles nos(...), (...), (...), (...), (...) du RF de la Commune de Puidoux ne donnent lieu à la fixation d'aucun périmètre de protection de l'autoroute A9, plus subsidiairement condamner l'OFROU (l'intimé) aux frais de la cause et leur allouer des dépens selon une quotité laissée à l'appréciation du Tribunal. Ils requièrent, en mains de l'intimé, le profil géologique des tunnels depuis la chaussée jusqu'en surface ainsi qu'un plan au moins schématique des éventuels travaux futurs envisagés au niveau des tunnels du Flonzaley par l'intimé ; en mains de la Commune de Puidoux, l'inventaire et plan avec leur emprise des travaux à réaliser vers les tunnels du Flonzaley selon l'enquête publique de 2018 ; et l'audition d'Olivier Français, en tant que témoin.
En résumé, les recourants expliquent que l'autorité inférieure travaille actuellement sur un projet d'assainissement et l'hypothèse d'un élargissement partiel ou total de la route nationale A9 depuis Lausanne en direction du Valais. Ils considèrent qu'au lieu d'étendre cette autoroute, il vaudrait mieux investir dans un nouveau tracé géologiquement plus calme, à l'instar des CFF qui préparent une mutation de la ligne CFF de Berne. Ils soulignent qu'un élargissement de l'autoroute est risqué vu la géologie fragile de la région du Lavaux. Ils évoquent que l'intimé a l'intention de rénover les tunnels du Flonzaley. Ils expliquent être propriétaires, respectivement propriétaires en commun, du domaine du (...) de (...) m2, composé des parcelles nos (...), (...), (...), (...) et (...) du RF de la Commune de Puidoux, sous lequel passent deux tunnels entre 49 et 82 m de profondeur. Ils invoquent que les alignements restreignent gravement leur droit de propriété, vu qu'ils ont pour conséquence l'interdiction absolue de toutes constructions sur plus de (...) m2, quel que soit le statut constructible cantonal, et non pas uniquement de sondes géothermiques. Ils allèguent que ces restrictions ne reposent sur aucune base légale, ne répondent à aucun intérêt public et sont disproportionnées. En outre, ils invoquent une inégalité de traitement, vu qu'aucun alignement n'est projeté sur les tunnels de Glion où la hauteur de protection est nettement moindre. Finalement, ils remarquent que les 55 oppositions ont toutes été rejetées, ce qui démontre que l'enquête publique n'était qu'une simple formalité administrative et que l'administration est indifférente au sort des propriétaires concernés.
C.b Par réponse du 30 janvier 2020, l'autorité inférieure a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, renvoyant à sa décision du 29 novembre 2019. Elle a produit le dossier de la procédure devant elle ainsi que celui de l'OFROU quant au projet définitif. Au surplus, elle remarque que les premières pages du recours ne concernent pas la présente procédure. Elle conteste avoir déclaré irrecevable ou rejeté 55 oppositions. Elle indique avoir admis entièrement une opposition, admis partiellement deux oppositions et déclaré trois oppositions comme étant devenues sans objet. Elle rappelle qu'une série de plans a été modifiée sur demande de certains opposants et qu'il ne peut donc être question d'approbation acquise d'avance.
C.c Par réponse du 20 février 2020, l'intimé a conclu, avec suite de frais, au rejet du recours, à la confirmation de la décision attaquée et au rejet de toute demande d'indemnité et de frais. Tout d'abord, il remarque que l'objet du litige consiste à examiner le bien-fondé des alignements sur les parcelles des recourants et que de nombreux arguments de ceux-ci sortent de cet objet. Il estime dénué de pertinence pour le présent litige d'examiner l'opportunité de la construction de l'autoroute dans les années 1970 ainsi que de son maintien actuel. Ensuite, il estime nécessaire de fixer des alignements pour protéger les infrastructures de l'autoroute N09 ainsi qu'en cas d'éventuel élargissement. Il précise que les parcelles concernées par le projet sont les nos (...), (...) et (...). Il ignore comment les recourants parviennent à une profondeur des tunnels entre 49 et 82 m sous leur domaine. Il observe que les alignements n'engendrent pas une interdiction de construire mais ont simplement pour but de lui permettre de vérifier que la réalisation des intérêts publics n'est pas entravée par un éventuel projet de construction. Il considère qu'ils ne représentent pas des atteintes graves à la propriété, reposent sur des bases légales, sont justifiés par des intérêts publics et proportionnels. Finalement, il estime qu'il n'y a pas d'inégalité de traitement avec les tunnels de Glion, pour lesquels des alignements verticaux ont été fixés, car l'épaisseur du terrain est de plus de 100 m.
C.d Par réplique du 28 avril 2020, les recourants ont conclu à ce qu'il leur soit donné acte à ce qu'ils consentent, à première requête, à une servitude de ne pas faire, respectivement à une restriction de droit public, au choix de l'autorité, portant interdiction d'établir des sondes géothermiques dans le périmètre des deux tunnels du Flonzaley, à Puidoux. Pour le reste, ils maintiennent les conclusions prises au pied de leur recours. En outre, ils requièrent la désignation d'un expert pour établir la profondeur, l'emprise et le tracé exacts de l'ouvrage. Par ailleurs, ils estiment avoir démontré les graves dégâts portés au site par l'autoroute du Léman. Ils remarquent ne pas avoir demandé d'indemnité d'expropriation en l'espèce. Ils estiment que la restriction est d'autant plus dommageable que la possibilité de réclamer une indemnité pour expropriation matérielle est exclue en pratique par l'art. 25 de la loi fédérale du 8 mars 1960 sur les routes nationales (LRN, RS 725.11).
C.e Par duplique du 13 mai 2020, l'autorité inférieure a maintenu sa position et a indiqué n'avoir aucune autre remarque à formuler.
C.f Par duplique du 19 mai 2020, l'intimé a maintenu ses conclusions. En outre, il conclut au rejet de la conclusion tendant à l'inscription d'une servitude de ne pas faire, respectivement à une restriction de droit public, portant interdiction d'établir des sondes géothermiques. Il juge qu'une expertise, en plus d'être coûteuse, n'apporterait rien à la présente procédure. Par ailleurs, il ne voit pas quels dégâts les alignements pourraient causer au site, ceux-ci n'étant que des lignes virtuelles. Il prend acte que les recourants ne demandent aucune indemnité en l'état.
C.g Le Tribunal a ensuite donné à la DGMR la possibilité de déposer des observations en la cause. Celle-ci n'y a pas donné suite.
C.h Par écritures des 14 et 19 août 2020, les recourants ont indiqué ne pas avoir d'observations finales à ajouter aussi longtemps que l'expertise requise n'aura pas été exécutée. Ils ont requis un délai supplémentaire pour faire valoir leurs moyens si leur requête de preuve devait être rejetée.
C.i Par écriture du 23 février 2021, les recourants, désormais représentés, ont réitéré leur requête de mise en oeuvre d'une expertise neutre et se sont enquis des mesures d'instruction envisagées.
C.j Par ordonnance du 9 mars 2021, le Tribunal avisé qu'il ne prévoyait pas de mesures d'instruction complémentaires en l'état de son examen du dossier et a donné la possibilité aux recourants de compléter leur écriture du 19 août 2020.
C.k Par écriture du 29 avril 2021, les recourants ont confirmé, avec suite de dépens, les conclusions prises dans leur recours et précisées dans leur réplique. Ils se réfèrent à l'analyse détaillée d'un carottage réalisé en 1961, avant la construction de l'autoroute sous leurs parcelles, dont ils estiment qu'il en ressort une relative homogénéité au-dessus des tunnels du Flonzaley. Ils réitèrent leur requête de mise en oeuvre d'une expertise indépendante.
C.l Par ordonnance du 5 juillet 2021, le Tribunal a demandé à l'OFROU et au DETEC pour quelles raisons dans la présente cause, ils estimaient que des alignements verticaux illimités s'imposaient, alors que dans une autre cause, aucun alignement vertical n'était proposé malgré la présence d'un grand nombre de bâtiments dans l'emprise des alignements et la faible épaisseur de couverture sur la voûte des tunnels.
C.m Par écriture du 28 juillet 2021, l'autorité inférieure a expliqué qu'en principe, au-delà de leurs effets horizontaux à 25 m de part et d'autre de l'axe d'une route nationale de 1ère classe, les alignements avaient également une influence verticale illimitée vers le haut et vers le bas du terrain qu'ils recouvrent. Une limitation verticale est autorisée lorsque les circonstances l'exigent, par exemple lorsque l'épaisseur de terrain entre la voûte du tunnel et la surface du terrain au-dessus est suffisamment grande pour permettre une protection de fait de l'infrastructure routière. Elle précise que dans la présente cause, tout comme dans l'autre cause mentionnée par le Tribunal, elle a décidé de ne pas limiter verticalement les alignements, étant donné que l'épaisseur de terrain n'est pas suffisante. Les alignements déploient donc leurs effets verticaux illimités vers le bas et vers le haut dans ces deux causes.
C.n Par écriture du 28 juillet 2021, l'intimé a précisé que les alignements étaient limités verticalement uniquement si la configuration du terrain le permettait, à savoir si l'épaisseur du terrain au-dessus d'un tunnel était supérieure à 50 m, voire à 60 m, ce qui n'était pas le cas en l'espèce, tel que cela ressortait du plan produit en annexe. En effet, plus l'épaisseur du terrain au-dessus de la voûte est grande, plus l'infrastructure est protégée et, dans un tel cas, il est opportun de limiter l'effet vertical des alignements.
C.o Par écriture du 21 septembre 2021, les recourants ont produit un relevé en coupe (scanning) des couches de terrain situées sous leurs parcelles, au droit du tunnel du Flonzaley, mettant en évidence leur dureté et leur composition sur une profondeur de 100 m. Ils tirent ce relevé d'un site d'information de l'intimé, créé en raison d'importants travaux d'assainissement actuellement en cours dans l'environnement des tunnels du Flonzaley. Ils en déduisent que les tunnels sont situés entre 68 m et 83 m de profondeur, soit plus bas que ce qui avait été initialement prévu.
C.p Par écriture du 1er octobre 2021, les recourants ont maintenu leurs conclusions et argumentation. Au surplus, ils indiquent qu'il n'existe pas de règle prévoyant une protection jusqu'à une hauteur de 50 à 60 m. Ils remarquent qu'il ressort du plan produit par l'intimé que la distance qui sépare la voûte du tunnel de la surface est de 70 m. Ils notent que si l'on suivait le raisonnement de l'autorité inférieure, un alignement vertical devrait être imposé au-dessus de la totalité du tracé du tunnel autoroutier du Gothard.
C.q Par écriture du 20 octobre 2021, l'autorité inférieure a confirmé ses précédentes déterminations. Au surplus, elle indique que l'effet vertical illimité des alignements découle des art. 22 LRN et 13 al. 1 de l'ordonnance du 7 novembre 2007 sur les routes nationales (ORN, RS 725.111) et que la route nationale traversant le tunnel du Gothard fait également l'objet d'alignements.
C.r Par écriture du 20 octobre 2021, l'intimé a confirmé ses précédentes écritures. Au surplus, il déduit de l'art. 13 al. 3 ORN qu'à défaut de circonstances qui l'exigeraient, les alignements ne sont pas limités verticalement.
C.s Le Tribunal a ensuite signalé que la cause était gardée à juger.
Les autres faits et arguments pertinents des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit du présent arrêt.
1.1 En vertu des art. 31 et 33 let. d LTAF, et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 LTAF, le Tribunal connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA rendues par les départements et unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. Le DETEC constitue un département de l'administration fédérale. L'acte attaqué du 29 novembre 2019, par lequel l'autorité inférieure approuve le projet définitif N01/N09/N12 Vaud Mise au point des alignements communes d'Ecublens à Bex (AP5) et rejette notamment l'opposition des recourants, satisfait aux conditions qui prévalent à la reconnaissance d'une décision au sens de l'art. 5 al. 1 PA et n'entre pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32 LTAF. Partant, le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître du présent recours.
1.2 Les recourants ont pris part à la procédure devant l'autorité inférieure et sont destinataires de la décision attaquée, qui rejette leur opposition au projet de l'intimé. Ils sont propriétaires en commun de la parcelle n° (...) et B._______ est propriétaire de la parcelle n° (...) du RF de la Commune de Puidoux. Ces parcelles sont traversées par l'alignement litigieux. Les recourants sont donc particulièrement atteints et ont un intérêt digne de protection à requérir l'annulation ou la modification de la décision querellée. Ils ont qualité pour recourir conformément aux art. 48 al. 1 PA et 27d al. 1 LRN.
1.3 Pour le reste, déposé dans le délai et les formes prescrites (art. 50 et 52 PA), le recours est recevable, de sorte qu'il convient d'entrer en matière.
2.1 L'objet du présent litige porte sur la question de savoir si l'autorité inférieure a approuvé à juste titre le projet de l'intimé N01/N09/N12 Vaud Mise au point des alignements communes d'Ecublens à Bex (AP5) ainsi que les plans y relatifs et rejeté l'opposition des recourants. Dans ce cadre, il s'agit d'examiner si les alignements tels que projetés violent la garantie de la propriété des recourants (cf. consid. 4) et leur droit à l'égalité de traitement (cf. consid. 5). Au préalable, il convient de statuer sur leurs requêtes de preuves (cf. consid. 3).
Il est ici précisé que le projet litigieux ne porte ni sur l'assainissement, ni sur un élargissement de la route nationale N09 depuis Lausanne en direction du Valais, ni sur l'opportunité de son tracé actuel à travers le Lavaux. Partant, les arguments des recourants y relatifs sortent de l'objet du litige et sont irrecevables dans la présente procédure de recours.
En outre, seules les parcelles nos (...) et (...) RF de la Commune de Puidoux sont concernées par les alignements projetés, à l'exclusion des parcelles nos (...), (...) et (...) (cf. plan 1 sur 2 de la Commune de Puidoux, pièce n° 37 du projet de l'OFROU ; pièce n° 9, jointe à la réplique du 28 avril 2020 ; pièce n° 6, jointe au recours du 16 janvier 2020). Partant, la conclusion subsidiaire des recourants est partiellement irrecevable, en ce qu'elle concerne les parcelles nos (...), (...) et (...).
2.2 Le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. ATAF 2015/23 consid. 2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-953/2016 du 30 août 2017 consid. 1.4.2). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 4A_627/2015 du 9 juin 2016 consid. 1.2 ; ATAF 2016/18 consid. 3 et réf. cit. ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2786/2018 du 11 mai 2021 consid. 2.2).
2.3 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal administratif fédéral dispose d'une pleine cognition (art. 49 PA). Il fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances locales ou techniques que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux. Dans de telles circonstances, il ne peut pas substituer son propre pouvoir d'appréciation à celui de l'autorité inférieure, laquelle dispose de connaissances spécifiques qu'elle est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3 ; ATAF 2019 II/1 consid. 2.1 non publié, 2012/23 consid. 4 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4095/2019 du 19 juin 2020 consid. 2.3). Cela vaut dans tous les cas lorsque celle-ci a examiné les éléments essentiels à la base de la décision et mené les investigations nécessaires de manière approfondie et détaillée (cf. ATF 142 II 451 consid. 4.5.1, 138 II 77 consid. 6.4 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_329/2012 du 27 novembre 2012 consid. 5.2 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 du 30 juillet 2021 consid. 2.3, A-645/2020 du 19 août 2020 consid. 2, A-2587/2018 du 20 février 2019 consid. 2, A-7744/2015 du 29 novembre 2017 consid. 2.2.2).
En premier lieu, il convient de statuer sur les requêtes de preuve des recourants.
3.1 Les recourants requièrent, en mains de l'intimé, le profil géologique des tunnels depuis la chaussée jusqu'en surface ainsi qu'un plan au moins schématique des éventuels travaux futurs envisagés au niveau des tunnels du Flonzaley par l'intimé ; en mains de la Commune de Puidoux, l'inventaire et plan avec leur emprise des travaux à réaliser vers les tunnels du Flonzaley selon l'enquête publique de 2018. Ils demandent également l'audition du Conseiller aux Etats Olivier Français, en tant que témoin. Finalement, ils requièrent la désignation d'un expert pour établir la profondeur, l'emprise et le tracé exacts de l'ouvrage. Ils estiment que des mesures exactes sont importantes pour l'issue du litige, du moment que l'intimé n'a pas fourni ces informations. Ils considèrent qu'une expertise indépendante est aussi nécessaire pour comparer les situations entre les tunnels de Glion et ceux de Flonzaley et pour identifier les risques objectifs de dommages qui pourraient être causés à ces derniers par des constructions ou installations érigées sur leurs parcelles à l'intérieur des alignements. Ils estiment que c'est sur la base d'une telle expertise que le respect du principe de proportionnalité pourra être contrôlé. Ils considèrent que cette mesure d'instruction est d'autant plus indispensable que les standards sur lesquels se fonde l'intimé émanent d'une société privée, dont l'associé-gérant était un de ses propres employés.
3.2 L'intimé juge qu'une expertise, en plus d'être coûteuse, n'apporterait rien à la présente procédure. Il estime que de simples mesures ne permettraient pas de prouver que les alignements ne sont pas nécessaires. Au contraire, ceux-ci répondent à des intérêts prépondérants et respectent le principe de proportionnalité. La détermination de mesures exactes n'y changerait rien. En outre, l'épaisseur des terrains peut être démontrée par schéma.
3.3 Le Tribunal constate les faits pertinents d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves (art. 12 PA). Il admet les moyens de preuve offerts par la partie s'ils paraissent propres à élucider les faits (art. 33 al. 1 PA). Dans le cadre d'une appréciation anticipée des preuves, il peut - comme l'autorité inférieure - renoncer à l'administration d'une preuve offerte, s'il appert qu'elle porte sur des considérations sans rapport pertinent avec le litige ou qu'elle n'est pas de nature à emporter sa conviction, sur le vu du dossier à sa disposition (cf. art. 12 et 33 al. 1 PA ; ATF 136 I 229 consid. 5.3, 131 I 153 consid. 3 ; arrêt du Tribunal fédéral 5A_450/2016 du 4 octobre 2016 consid. 3.2 et réf. cit. ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-645/2020 précité consid. 4.1, A-3861/2016 du 27 juillet 2017 consid. 2.1.3, A-4319/2015 du 16 mars 2016 consid. 2.3). Cette faculté de renoncer à administrer une preuve proposée en raison de son défaut de pertinence est conforme au droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101) et consacré à l'art. 29 PA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7397/2018 du 31 mars 2021 consid. 3.2). Il est en outre à noter que l'audition de témoins n'est qu'un moyen de preuve subsidiaire en procédure administrative fédérale (art. 14 al. 1 let. c PA).
3.4
3.4.1 En l'occurrence, les recourants ont eux-mêmes produit le profil géologique des tunnels depuis la chaussée jusqu'en surface (cf. relevé en coupe perpendiculaire aux tunnels, joint à la détermination des recourants du 21 septembre 2021). Le contenu de cette pièce n'a été contesté ni par l'autorité inférieure, ni par l'intimé. Cette réquisition de preuve en mains de l'intimé est dès lors sans objet. Les requêtes de production d'un plan au moins schématique des éventuels travaux futurs envisagés au niveau des tunnels du Flonzaley, et de production d'un inventaire et d'un plan des travaux à réaliser vers les tunnels du Flonzaley selon l'enquête publique de 2018 ne sont, quant à elles, pas pertinentes en l'espèce. En effet, le projet contesté ne porte pas sur des travaux de construction mais se limite à la mise au point des alignements pour les routes nationales N01/N09/N12 Vaud communes d'Ecublens à Bex. Ces requêtes de preuve sont dès lors rejetées. Il est tout de même précisé que les recourants indiquent eux-mêmes que l'intimé a créé un site d'information concernant les travaux d'assainissement actuellement en cours dans l'environnement des tunnels du Flonzaley (cf. Commentaire de l'image, joint à la détermination des recourants du 21 septembre 2021). Ils ont donc accès aux informations concernant les travaux d'assainissement des tunnels du Flonzaley. Par ailleurs, l'audition du témoin est requise en lien avec un allégué portant sur l'opportunité de l'emplacement actuel de la route nationale N09 à travers le Lavaux et sur un projet des CFF prévoyant une mutation du tracé de la ligne de train. Or, cet allégué sort de l'objet du litige (cf. consid. 2.1). La requête de preuve y relative doit être rejetée, faute de pertinence.
3.4.2 Finalement, le Tribunal observe que la profondeur, l'emprise et le tracé des tunnels du Flonzaley et de Glion ne ressortent pas avec exactitude du dossier. Cependant, des mesures exactes de la profondeur et de la couverture de terrain au-dessus de ces tunnels ne sont pas décisives pour l'issue du litige. Des mesures approximatives suffisent pour se faire une idée des faits pertinents et comparer les situations entre elles. Ce, d'autant plus que la profondeur et la hauteur des couvertures de terrain ne sont pas uniformes mais varient sur toute la longueur des tunnels. Or, de telles mesures approximatives figurent au dossier et ont été produites tant par l'intimé que par les recourants (cf. trois extraits du guichet cartographique cantonal avec courbes de niveaux pour les tunnels de Flonzaley, pièce n° 5, jointe au recours du 16 janvier 2020 ; un extrait du guichet cartographique cantonal avec courbes de niveaux pour les tunnels de Glion, pièce n° 8, jointe au recours du 16 janvier 2020 ; une analyse des altitudes des tunnels de Glion ainsi que de leurs alignements, pièce n° 10, jointe à la réplique du 28 avril 2020 ; deux schémas comparatifs du profil en long des tunnels de Flonzaley et de Glion, respectivement de l'épaisseur des terrains au-dessus de ces tunnels, pièces nos 5 et 6, jointes à la duplique de l'intimé du 19 mai 2020 ; plan des tunnels du Flonzaley, annexé à la détermination de l'intimé du 28 juillet 2021 ; relevé en coupe perpendiculaire aux tunnels, joint à la détermination des recourants du 21 septembre 2021 ; plan 1 sur 2 de la Commune de Puidoux, pièce n° 37 du projet de l'OFROU ; plans 4 sur 5 et 5 sur 5 de la Commune de Montreux, pièces nos 57 et 58 du projet de l'OFROU ; profil en long avec indication des alignements verticaux, Commune de Montreux - Tunnel de Glion, pièce n° 83 du projet de l'OFROU). Le Tribunal considère que ces pièces ainsi que les écritures des parties contiennent suffisamment d'explications, de schémas et de plans pour qu'il puisse constater de manière exacte et complète les faits pertinents pour les différentes questions litigieuses à examiner. Sur ce vu, le Tribunal juge qu'une expertise n'est pas de nature à emporter sa conviction, de sorte qu'il renonce à l'administration de cette preuve.
Dès lors, il s'agit d'examiner si la décision de l'autorité inférieure d'intégrer les parcelles nos (...) et (...) du Registre foncier de la Commune de Puidoux dans le périmètre d'alignement de la route nationale N09 et de ne pas limiter l'effet vertical des alignements respecte la garantie de propriété des recourants sur ces parcelles.
4.1
4.1.1 Les recourants invoquent que l'alignement projeté introduit des restrictions graves de droit public à leur propriété, le régime d'autorisation étant très restrictif. Ils indiquent que, depuis la construction de l'autoroute et jusqu'à ce jour, leur domaine n'a été grevé d'aucun alignement en faveur de l'autoroute, vu la grande profondeur, entre 49 et 82 m, à laquelle les deux tunnels passent sous leur domaine. Ils expliquent que l'emprise de la protection s'arrête aux portiques des tunnels situés sur les parcelles voisines et que cela n'a jamais posé le moindre problème. Ils remarquent que le relevé en coupe (scanning) des couches de terrain situées sous leurs parcelles, au droit du tunnel du Flonzaley, confirme la présence d'eaux souterraines profondes dans le secteur entre 40 et 60 m de profondeur et au-delà de 80 m, demeurées intactes lors de la construction des tunnels. Ils relèvent que les tunnels n'apparaissent pas sur l'analyse radiologique. Ils notent cependant la présence d'emplacements circulaires d'une dureté de 1.4 à 1.7 qui correspond à celle du béton et de son enveloppe. Ils en déduisent que les tunnels sont situés dans l'espace disponible hors d'eau, soit entre 68 m et 83 m de profondeur, soit plus bas que ce qui avait été initialement prévu. Ils remarquent que le sol apparaît comme meuble, de sorte qu'une interaction liée à des interventions réalisées au niveau des tunnels ou du sol, distants de 80 m, n'est pas sérieusement envisageable. Ils remarquent qu'il ressort du plan produit par l'intimé que la distance qui sépare la voûte du tunnel de la surface est de 70 m. Ils indiquent que les tunnels du Flonzaley sont les plus profonds du secteur et que leur niveau est à 610 m/sm au droit de la Villa (...), qui est située à 685 m/sm, soit à 75 m plus haut que la voute du tunnel. Ils précisent que le tunnel des CFF passe aussi sous leur domaine, au-dessus des tunnels de l'autoroute, et qu'à leur connaissance, les CFF n'ont jamais prétendu bloquer toute construction au-dessus de leur ouvrage, pourtant moins profond. Ils regrettent que l'intimé n'explique pas la raison imposant une protection des tunnels sur une hauteur aussi importante.
4.1.2 Ils rappellent être en présence d'une superposition d'utilisations distinctes et indépendantes l'une de l'autre, les tunnels étant situés hors de la sphère d'utilisation du terrain que peuvent en faire les propriétaires. De même, l'utilisation du terrain en surface est hors de la sphère d'utilisation du tunnel par la Confédération. Il n'y a donc aucune raison que la Confédération restreigne l'usage du terrain à ce niveau, cela ne lui étant d'aucune utilité.
4.1.3 En outre, du moment qu'en application de l'art. 22 LRN les critères qui président à la définition de l'alignement sont admis par le DETEC dans une procédure d'approbation des plans, les recourants ne voient pas comment une simple décision de l'OFROU pourrait y déroger sans respecter la même procédure, vu l'exigence du respect du parallélisme des formes. Ils ne comprennent pas non plus comment le périmètre de l'alignement, fixé en application de l'art. 22 LRN, pourrait permettre des constructions qui ne portent pas atteinte au périmètre fixé par ce même article, sauf à rendre successivement deux décisions contraires sur le même sujet. Pour que cela soit possible, il faudrait que l'art. 22 LRN ait été mal appliqué au moment de l'approbation du plan. Ils ne comprennent pas pour quelles raisons les alignements sont fixés en application de l'art. 22 LRN, si l'OFROU doit démontrer un intérêt public au sens de ce même article pour s'opposer à un projet concret de construction. Ils soulignent que, le cas échéant, l'OFROU se prévaudra de l'alignement alors entré en force.
4.1.4 Les recourants estiment qu'une base légale au sens formel suffisamment claire fait défaut pour imposer de telles restrictions. Ils remarquent que les art. 22 et 23 LRN ne suffisent pas pour imposer des alignements en hauteur et que l'art. 13 al. 3 ORN, qui n'est qu'une disposition d'ordonnance, ne donne aucune indication chiffrée sur les éventuels alignements en hauteur et n'est pas destiné à régler la question des tunnels mais a trait à l'espace à ciel ouvert. Ils regrettent que l'intimé n'énonce pas la teneur des standards auxquels il se réfère. Ils indiquent qu'il n'existe pas de base légale prévoyant une protection jusqu'à une hauteur de 50 à 60 m et que cette règle ne figure nulle part. Ils critiquent que l'intimé s'érige en législateur, en violation du principe de la séparation des pouvoirs. Ils rappellent que l'art. 13 al. 3 ORN octroie à l'intimé un pouvoir d'appréciation extrêmement large, ce qui lui impose de tenir compte des circonstances du cas d'espèce et de motiver sa décision, à défaut de quoi elle commettrait un excès de pouvoir négatif. Ils invoquent que cette délégation, accordée par l'exécutif par voie d'ordonnance à ses fonctionnaires, viole le principe de la base légale et de la séparation des pouvoirs, car ceux-ci se substituent au législateur pour fixer les prémisses majeures de la norme à appliquer selon leur libre arbitre.
4.1.5 Les recourants estiment encore qu'une protection sur une telle hauteur n'a aucune utilité pratique et ne répond pas à un intérêt public susceptible de justifier une restriction si importante. Ils prennent acte que la décision entreprise exclut tous travaux d'élargissement. Ils en déduisent que ces travaux ne requièrent aucunement l'extension du périmètre de protection en surface, plus de 40 m au-dessus des tunnels, du moment que leur emprise ne va pas dépasser l'alignement actuel. Ils remarquent que l'autorité inférieure n'envisage pas d'autres travaux nécessitant une extension du périmètre de protection au droit de leur domaine.
4.1.6 Les recourants ajoutent ne pas être dans un cas de zones réservées. Ils remarquent que les alignements ont pour conséquence l'interdiction absolue de toutes constructions et transformations sur plus de 30'600 m2 de leur domaine, quel que soit le statut constructible cantonal, et non pas uniquement de sondes géothermiques. Ils notent que le tracé de l'alignement passe sous la terrasse de la Villa (...), traversant l'emprise au sol du bâtiment, sans qu'ils ne comprennent la raison d'être d'une interdiction de transformation du bâtiment, y compris de la partie extérieure à l'alignement. Ils indiquent que leur domaine n'est pas affecté à la construction mais est complètement équipé et se situe en limite de zones constructibles, de sorte que son affectation est prioritaire en cas d'extension de celles-ci. Or, l'interdiction par le droit fédéral de toutes constructions aura également des conséquences dans le cadre d'une future révision de la planification du secteur. Celle-ci constituera un argument décisif pour refuser tout classement du secteur en zone à bâtir. Ils estiment qu'il n'est pas justifié de bloquer plus de 30'000 m2 de terrain susceptible de connaître un développement, uniquement par crainte d'une sonde thermique hypothétique. Les recourants remarquent qu'hormis les sondes géothermiques, l'intimé ne cite aucun autre ouvrage qui serait susceptible de porter atteinte aux tunnels du Flonzaley qui se trouvent entre 40 m et 80 m plus profond, de sorte que le principe de la proportionnalité n'est pas respecté sous l'angle de la nécessité. Ils rappellent qu'ils sont prêts à souscrire à une servitude ou à une restriction foncière à inscrire dans le RDPPF, prévoyant l'interdiction d'implanter des sondes géothermiques dans le secteur. Une telle mesure est suffisante et proportionnée pour écarter le seul type d'installation imaginable susceptible d'affecter les tunnels. Ils indiquent que la géologie du secteur ne permet de toute façon pas de telles sondes. Ils ne comprennent pas à quels projets de construction de leur part l'autorité inférieure fait allusion. Ils en concluent que l'unique argument de l'intimé est déconnecté de la réalité et qu'il n'y a donc aucune raison valable d'étendre le périmètre des alignements sur leur domaine. Partant, la fixation d'un alignement est disproportionnée.
4.2 L'autorité inférieure indique que les alignements servent à protéger l'infrastructure de la route nationale présente sous les parcelles des recourants. Elle remarque qu'en raison de dommages causés à des tunnels de Suisse romande par des constructions de tiers, la prudence impose de telles mesures. Elle indique que l'effet vertical illimité des alignements découle des art. 22 LRN et 13 al. 1 ORN et que ni la LRN, ni l'ORN ne font de différence entre une autoroute à ciel ouvert ou un tunnel. Elle ajoute que pour les tunnels présentant une faible épaisseur entre la voûte de l'infrastructure et la surface de terrain au-dessus, les standards de l'OFROU prévoient des alignements sans limites verticales. Les alignements permettent ainsi d'inclure l'OFROU dans la procédure de demande de permis de construire et également de rendre les recourants attentifs à la présence du tunnel sous leurs parcelles, afin de préserver l'intégrité de l'infrastructure des routes nationales et la sécurité routière. Elle note que d'éventuels projets de construction des recourants sont déjà techniquement limités par la présence du tunnel, indépendamment de l'existence des alignements. Elle précise que si ceux-ci ne mettent pas en danger l'infrastructure des routes nationales, le préavis de l'OFROU sera en principe favorable.
4.3
4.3.1 L'intimé rappelle que l'autoroute N09 est une installation existante et qu'il sied de fixer les alignements pour protéger ses infrastructures. Il explique que, lors de la construction de l'autoroute, la compétence pour fixer des alignements n'appartenait pas encore à la Confédération, et qu'elle ne l'a acquise que dans le cadre de la péréquation financière intervenue en 2008. Il ne sait pas pourquoi le canton n'a fixé aucun alignement jusqu'à présent. Il estime que le fait que les cantons aient renoncé à fixer des alignements ne signifie pas encore qu'ils ont agi à bon droit.
4.3.2 Il observe ensuite que la notion d'alignements est incomprise des recourants car ceux-ci n'engendrent pas une interdiction de construire ni de transformer, mais ont simplement pour but de lui permettre de vérifier que la réalisation des intérêts publics n'est pas entravée par un éventuel projet de construction ou de transformation. Il explique que son préavis, donné dans le cadre d'une demande d'autorisation de construire, portera uniquement sur la faisabilité du projet de construction par rapport aux tunnels et qu'il doit rendre un préavis positif, à moins que le projet représente un danger pour la sécurité du trafic ou contrevient à la nécessité d'un élargissement de la route. Il souligne que ce préavis constitue la seule contrainte engendrée par la fixation des alignements litigieux et que si celui-ci est négatif, les recourants auront alors la possibilité de le contester. Il indique que si une parcelle est classée en zone à bâtir, elle le restera. Il remarque qu'en l'espèce, aucun projet concret de construction n'a été empêché par la fixation des alignements. Partant, les alignements ne représentent pas des atteintes graves à la propriété des recourants.
4.3.3 Par ailleurs, l'intimé rappelle qu'il a l'obligation légale de fixer les alignements pour les routes nationales et qu'il n'a aucune marge de manoeuvre à ce sujet. Il remarque que ses standards sont publiés sur son site internet, accessibles au public et que les recourants en ont connaissance puisqu'ils en produisent un extrait comme pièce. Il indique que l'art. 13 al. 3 ORN précise que lorsque les circonstances l'exigent, les alignements peuvent être limités verticalement. Cela sous-entend que, dans la règle, les alignements ne sont pas limités verticalement en hauteur comme en profondeur. Il s'en remet à justice quant à la question de savoir si le pouvoir d'appréciation conféré par les bases légales est trop large et violerait le principe de base légale. Il conteste avoir commis un excès négatif de pouvoir d'appréciation, la preuve étant qu'il n'a pas fixé les mêmes alignements à Glion et à Flonzaley. Il explique qu'il fixe les alignements dans chaque cas d'espèce, en pondérant tous les intérêts en présence, afin de tenir compte au mieux de l'infrastructure routière selon les caractéristiques géologiques du terrain. Il admet que peu de constructions sont à même de mettre en péril l'infrastructure routière souterraine en l'espèce. Cependant, ce risque ne peut pas être exclu et la Confédération ne veut pas l'encourir en raison des conséquences tant pour les usagers de la route nationale que pour le tiers réalisant son projet. Il indique qu'il est fort probable qu'il donnera des préavis favorables pour la grande majorité des projets de tiers sur les parcelles concernées, mais souhaite toutefois être informé de ceux-ci.
4.3.4 En outre, l'intimé considère que l'augmentation du trafic justifie la fixation d'alignements, en cas d'éventuel élargissement de la route. Il précise que le projet ne prévoit pas d'élargissement de la chaussée, qu'il n'y a pas de projet en ce sens actuellement, mais que cela ne signifie pas qu'un tel projet est exclu à l'avenir. Par ailleurs, il indique que l'épaisseur du terrain au-dessus de la voûte des tunnels de Flonzaley s'élève au maximum à 60 m au-dessus de la partie supérieure de la voûte et descend rapidement à 40 m, voire à 20 m pour l'autre moitié des tunnels. Vu la faible épaisseur des terrains au-dessus des tunnels, il est nécessaire de vérifier au préalable et au cas par cas les éventuels futurs projets de construction ou d'aménagement sur les parcelles des recourants. Les alignements n'ont donc pas été délimités verticalement afin de protéger au mieux la voûte du tunnel. Il expose qu'il lui est déjà arrivé à deux reprises que des constructions de tiers endommagent une infrastructure souterraine, raison pour laquelle il préfère avoir la possibilité de se déterminer sur des projets de construction sur le plan technique.
4.3.5 Finalement, l'intimé indique qu'il n'a pas d'autres mesures légales à sa disposition et que, partant, le principe de proportionnalité est respecté. Il ignore comment les recourants parviennent à une profondeur des tunnels entre 49 et 82 m sous leur domaine et la Villa (...). Il ajoute qu'il ne souhaite pas se prémunir uniquement contre l'éventuelle installation d'une sonde géothermique mais contre toute construction qui porterait atteinte à l'infrastructure des tunnels, la situation devant être examinée au cas par cas. Selon lui, il ne fait de sens de limiter verticalement la protection conférée par les alignements si une construction sur une parcelle au-dessus de la route pourrait endommager l'installation routière, mettant en danger la sécurité routière. Il explique que, lors de la détermination de la distance entre les alignements, le maintien de la fonctionnalité doit aussi être pris en compte lorsque la route nationale passe sous la terre. Il précise que la zone d'influence d'un tunnel à deux voies est de 20 m par rapport au bord extérieur de l'ouvrage du tunnel. La plupart du temps, une distance de 25 m à partir de l'axe de chaque tube du tunnel suffit pour l'alignement d'un ouvrage souterrain. En particulier, la fonctionnalité de l'effet porteur et de soutien de la montagne doit être préservée.
4.4 Il convient à présent de présenter le cadre juridique applicable.
4.4.1 L'art. 26 Cst. prévoit que la propriété est garantie (al. 1) et qu'une pleine indemnité est due en cas d'expropriation ou de restriction de la propriété qui équivaut à une expropriation (al. 2). Ce droit n'est toutefois pas absolu et peut être restreint. Conformément à l'art. 36 Cst., toute restriction d'un droit fondamental doit reposer sur une base légale qui doit être de rang législatif en cas de restriction grave (al. 1) ; elle doit en outre être justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui (al. 2) et proportionnée au but visé (al. 3), sans violer l'essence du droit en question (al. 4 ; cf. ATF 145 II 229 consid. 9 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_1088/2018 du 13 mai 2019 consid. 3.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6277/2019 du 26 novembre 2020 consid. 9.1). Pour être conforme au principe de la proportionnalité, la restriction à un droit fondamental doit être apte à atteindre le but visé (règle de l'aptitude), lequel ne peut pas être obtenu par une mesure moins incisive (règle de la nécessité) ; il faut en outre qu'il existe un rapport raisonnable entre les effets de la mesure sur la situation de la personne visée et le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts; cf. ATF 146 I 157 consid. 5.4, 143 I 403 consid. 5.6.3, 141 I 20 consid. 6.2.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-645/2020 précité consid. 7.4).
4.4.2 Les alignements sont régis notamment par les art. 22 à 25 LRN, portant sur les emprises des projets définitifs. L'art. 22 LRN prévoit que les projets définitifs doivent fixer les alignements des deux côtés de la route projetée et que, lors de cette fixation, il sera notamment tenu compte des exigences de la sécurité du trafic et de l'hygiène des habitations, ainsi que de la nécessité d'un élargissement éventuel de la route dans l'avenir. Ces alignements doivent être fixés d'office (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 4.4.2). Les alignements ont pour effets qu'il est interdit d'élever, sans autorisation, de nouvelles constructions entre eux et d'y transformer des immeubles existants, même s'ils ne débordent que partiellement dessus ; les travaux nécessités par l'entretien d'un immeuble ne sont pas considérés comme des transformations (art. 23 al. 1 LRN). Sous réserve de dispositions cantonales plus rigoureuses, des travaux de construction doivent être autorisés à l'intérieur des alignements lorsqu'ils ne portent pas atteinte à des intérêts publics au sens de l'art. 22 LRN (art. 24 al. 1 LRN). Les autorités désignées par les cantons statuent sur les demandes d'autorisation de construire. L'autorité cantonale entend l'OFROU avant de délivrer l'autorisation (art. 24 al. 2, 1ère et 2ème phrases, LRN).
4.4.3 Les distances entre les alignements et l'axe de la route sont réglées à l'art. 13 ORN et sont normalement fixées entre 10 m et 25 m selon la classe de route nationale. Pour une route nationale de première classe, comme en l'espèce, la distance est fixée à 25 m (art. 13 al. 1 let. a ORN). Lorsque les circonstances l'exigent, des distances peuvent être fixées en dérogation à ces dispositions, et les alignements limités verticalement (art. 13 al. 3 ORN). Lorsque des tronçons existants sont intégrés dans le réseau des routes nationales, les alignements et les distances par rapport à la chaussée fixés selon le droit cantonal s'appliquent jusqu'à la définition légale des alignements des routes nationales (art. 13 al. 4 ORN).
4.4.4 L'art. 13 al. 3 ORN revêt le caractère d'une norme potestative (Kann-Vorschrift). Cette norme réglementaire accorde à l'autorité de première instance à la fois une liberté de décision (Entscheidungsspielraum) en ce qu'elle « peut » fixer des distances en dérogation aux distances prévues, et une latitude de jugement (Beurteilungsspielraum), en faisant usage d'une notion juridique indéterminée, soit « lorsque les circonstances l'exigent ». Dans un tel cas, l'autorité administrative de première instance dispose d'un large pouvoir d'appréciation, en sus de la latitude de jugement qui lui revient de droit dans l'interprétation de la notion juridique indéterminée. Le Tribunal administratif fédéral respecte cette liberté d'appréciation, en ne s'écartant pas de la solution retenue par l'autorité administrative de première instance sans nécessité, lorsque celle-ci se distingue par une compétence particulière en la matière. En d'autres termes, il doit laisser cette dernière choisir entre plusieurs solutions opportunes et ne pas substituer sans motif pertinent à une solution convenable une autre solution également convenable (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_1030/2017 du 5 juillet 2018 consid. 3.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-645 précité consid. 6.4). Le Tribunal n'annule le prononcé attaqué que si l'autorité inférieure a mésusé de son pouvoir d'appréciation, en s'écartant sans raison des principes reconnus par la jurisprudence et la doctrine, en se laissant guider par des considérations non objectives, étrangères au but visé par les dispositions applicables, en ne tenant pas compte de circonstances pertinentes ou en violant des principes généraux du droit, tels l'interdiction de l'arbitraire, l'égalité de traitement, la bonne foi ou la proportionnalité (cf. ATF 133 II 35 consid. 3 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1431/2020 du 30 novembre 2021 consid. 7.4.4, A-4973/2019 précité consid. 4.4.6, A-645/2020 précité consid. 6.4, A-4864/2018 du 1er novembre 2019 consid. 3).
4.4.5 L'OFROU a approuvé un standard, soit un rapport contenant les bases de modification des alignements le long des routes nationales (cf. Hans-Jörg Schlegel, Alignements le long des routes nationales, version du 22 février 2013, publiée sur www.astra.admin.ch > Public professionnel > Documents pour les routes nationales / projets d'agglomération > Documents pour les routes nationales > Soutien technique > Alignements, page consultée le 9 mars 2022, ci-après : Alignements le long des routes nationales ou le standard). Les recourants ont d'ailleurs eu accès à ce standard puisqu'ils en produisent un extrait à la pièce n° 7, jointe à leur recours du 16 janvier 2021. Ce document ne constitue pas une ordonnance proprement dite, mais une simple aide à l'application de l'art. 22 LRN et à la mise au point des alignements le long des routes nationales. Même en tant que directive applicable au cas d'espèce, ce texte n'a pas pour autant force de loi et ne lie ni les administrés, ni les tribunaux, ni même l'administration. Il tend à assurer l'application uniforme des art. 22 LRN et 13 ORN, et à expliciter leur interprétation. Ils ne dispensent pas l'administration de se prononcer à la lumière des circonstances du cas d'espèce. Une telle directive ne peut pas sortir du cadre fixé par la norme supérieure qu'elle est censée concrétiser. A défaut de lacune, elle ne peut prévoir autre chose que ce qui découle de la législation ou de la jurisprudence (cf. ATF 133 II 305 consid. 8.1, 121 II 473 consid. 2b et les réf. cit.). D'autres solutions que celles retenues par le standard sont également admissibles au regard du droit fédéral. Les autorités judiciaires doivent cependant prendre en compte ces directives administratives lors de leur prise de décision pour autant qu'elles permettent une interprétation satisfaisante et adaptée au cas concret des dispositions légales applicables (cf. ATF 142 II 182 consid. 2.3.3, 141 V 139 consid. 6.3.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-2587/2018 précité consid. 4.3, A-1619/2011 précité consid. 6.3, A-6594/2010 précité consid. 5.3).
4.4.6 Le standard indique que l'utilisation du sous-sol se développe, notamment pour des sondes géothermiques, des nappes de tubes pour la récupération de la chaleur et pour le stockage. Il en résulte une concurrence accrue pour l'utilisation du sous-sol notamment dans les espaces urbains des zones de tunnels. Il en déduit qu'il est important de définir des alignements également pour les portions souterraines des routes nationales (cf. Alignements le long des routes nationales, p. 12, 21 et 51). Il note que l'effet juridique des alignements n'est pas délimité vers le haut ou vers le bas. Si cela représente pour un tiers un préjudice important par rapport à l'intérêt de la route nationale, il convient d'examiner avec soin la possibilité de définir une délimitation verticale des alignements vers le haut et vers le bas. Cette possibilité doit cependant être utilisée avec retenue. Pour déterminer s'il faut délimiter verticalement les alignements, il convient entre autres de tenir compte de la protection de la structure porteuse et des dangers représentés par les ouvrages de tiers (p.ex. sondes terrestres, courants vagabonds pour les installations ferroviaires ; cf. Alignements le long des routes nationales, p. 10 sv.). La distance standard de l'alignement est en règle générale définie à 25 m à partir de l'axe de chaque tube du tunnel pour les ouvrages souterrains. Si les alignements doivent quand même être délimités à la verticale, la distance standard est de 20 m à partir du bord extérieur de l'ouvrage porteur en prenant en compte l'espace nécessaire pour préserver l'effet porteur et de soutien de la montagne pour le tunnel. S'il est possible d'exclure les aspects géologiques et la mise en danger par des ouvrages de tiers, la distance peut être réduite à un recouvrement minimal à définir au cas par cas (cf. Alignements le long des routes nationales, p. 12 sv.).
4.5
4.5.1 Les alignements constituent des restrictions de droit public à la propriété foncière. La fixation d'alignements sur les parcelles nos (...) et (...) des recourants restreint leurs droits de propriété puisqu'ils leur imposent de requérir l'autorisation de l'intimé pour pouvoir ériger ou transformer des constructions entre ceux-ci ou débordant sur ceux-ci. Cependant, contrairement à ce que les recourants allèguent, les alignements ne constituent pas en soi des interdictions de construire. Actuellement, les parcelles nos (...) et (...) des recourants ne sont certes pas restreintes par des alignements protégeant la route nationale. En effet, les alignements existants, approuvés par le Département fédéral Intérieur (le DFI) en 196(...), protègent les portiques des tunnels. Les alignements de l'entrée ouest du tunnel s'arrêtent avant la limite des parcelles nos (...) et (...) des recourants. Cependant, ce n'est pas parce que jusqu'à présent, aucun alignement n'a été fixé des deux côtés de l'autoroute passant à travers les tunnels du Flonzaley, que cela est conforme à l'art. 22 LRN. Le projet de l'intimé a justement pour but de redéfinir les alignements fixés jusqu'à présent, pour les motifs évoqués dans la demande d'approbation du projet de l'intimé du 9 janvier 2019 (cf. consid. A.b). Les alignements projetés sur les parcelles nos (...) et (...) comblent une lacune existant dans les alignements actuels.
4.5.2 Comme cela ressort des art. 22 à 24 LRN, de la décision attaquée (cf. consid. B) et des déterminations de l'intimé (cf. consid. 4.3.2), le but de la fixation des alignements est que l'intimé soit consulté dans le cadre de la procédure cantonale d'autorisation de construire afin qu'il se détermine sur la compatibilité d'un éventuel projet de construction ou de transformation, situé sur la route nationale, avec les intérêts publics notamment de la sécurité du trafic et de l'hygiène des habitations. Contrairement à ce que les recourants allèguent, un préavis positif de l'intimé donné dans le cadre d'une éventuelle procédure d'autorisation de construire n'a pas pour effet de déroger ni d'annuler les alignements fixés dans le cadre d'une procédure de mise au point des alignements. Au contraire, ces alignements restent en vigueur et permettent à l'intimé d'être consulté dans le cadre d'un éventuel projet de construction subséquent. De même, ce n'est pas parce que le préavis rendu par l'OFROU est positif qu'il est contraire à l'alignement approuvé préalablement par le DETEC pour la protection des mêmes intérêts publics. En effet, la fixation d'alignements se fait à titre préventif et l'examen de la protection de ces intérêts publics est abstrait, alors que lors d'une demande d'autorisation de construire, celui-ci porte sur un projet concret (art. 24 LRN). Il s'agit de deux décisions différentes, rendues suite à des procédures distinctes, ne poursuivant pas les mêmes buts. En outre, la fixation d'alignements illimités verticalement sous la parcelle des recourants ne permet pas pour autant l'utilisation du terrain en surface par la Confédération. L'utilité de la fixation d'alignements réside en l'espèce principalement dans la protection de l'infrastructure de la route nationale grâce à un contrôle préventif des projets concrets des propriétaires des terrains situés sur son infrastructure.
4.5.3 Les restrictions projetées reposent sur des bases légales suffisantes. En effet, le concept des alignements, leurs buts et leurs effets sont prévus par les art. 22 à 25 LRN, soit une loi fédérale au sens formel claire et détaillée. Le Tribunal a récemment eu l'occasion de se livrer à l'interprétation de l'art. 22 LRN et en a conclu que les restrictions à la propriété foncière prévues par les art. 22 ss LRN s'appliquaient à toute construction située à l'intérieur des alignements, quelles que soit sa hauteur ou sa profondeur (arrêt de céans A-5592/2019 du 23 novembre 2021 consid. 5.2.2). Les distances entre les alignements sont fixées par l'art. 13 ORN. Leur effet vertical en principe illimité se déduit lui aussi directement de l'ordonnance et non pas uniquement du standard approuvé par l'intimé. En effet, l'art. 13 al. 3 ORN prévoit que, lorsque les circonstances l'exigent, les alignements peuvent être limités verticalement. Cela sous-entend qu'en principe, ils ne sont pas limités verticalement. Comme cela ressort de ce qui précède, l'effet vertical en principe illimité des alignements est conforme à l'art. 22 LRN, dans la mesure où il permet de tenir compte des exigences de la sécurité du trafic et de celles de l'hygiène des habitations. En outre, les art. 22 LRN et 13 ORN ne distinguent pas entre route nationale souterraine ou à ciel ouvert et l'effet vertical illimité s'applique à ces deux types d'infrastructure. En tout état de cause, indépendamment de la question de savoir si la mise au point des alignements constitue une atteinte grave au droit de propriété, ce dont il est permis de douter puisqu'il n'en découle aucune interdiction absolue de construire (cf. arrêt de céans A-5592/2019 précité consid. 5.2.4), l'art. 13 ORN constitue une loi fédérale au sens matériel, ce qui est suffisant vu qu'il concrétise les principes fixés dans une loi au sens formel.
4.5.4 En outre, les restrictions prévues sont justifiées en l'espèce en particulier par les intérêts publics à la sécurité du trafic et à l'hygiène des habitations. En effet, la route nationale est située juste sous les parcelles en cause à une profondeur irrégulière et l'utilisation du sous-sol par leurs propriétaires peut éventuellement porter atteinte à ces intérêts. Il importe donc que l'OFROU soit consulté en cas de projet de construction ou de transformation pour vérifier concrètement le respect de ces intérêts publics. Ces deux intérêts suffisent pour justifier les restrictions projetées. En outre, la restriction imposée par la mise au point des alignements sur les parcelles litigieuses comble une lacune dans l'alignement actuel, de sorte qu'elle renforce également la sécurité juridique. La question d'une limitation de l'effet vertical des alignements sera quant à elle traitée sous l'angle de la proportionnalité. Par ailleurs, un éventuel élargissement de la route dans l'avenir ne peut pas être exclu, même si cet intérêt public est moins important en l'occurrence, les recourants contestant avant tout l'effet vertical illimité des alignements projetés sous leurs parcelles et non pas leur largeur. Il est ici rappelé que le projet définitif ne prévoit pas de travaux de construction et que la mise au point des alignements pour les routes nationales a lieu en l'espèce indépendamment de tels travaux.
4.5.5 S'agissant du principe de la proportionnalité, la fixation d'alignements est tout d'abord apte à protéger la sécurité du trafic et l'hygiène des habitations, dans la mesure où leur existence permet à l'OFROU de contrôler, dans le cadre d'une éventuelle procédure cantonale d'autorisation de construire ou de transformer, si un projet concret situé à l'intérieur ou empiétant sur les alignements projetés est compatible avec ces intérêts publics. En particulier, l'intimé pourra vérifier que ces projets n'endommagent pas les tunnels se trouvant en-dessous des parcelles en cause et que l'hygiène d'habitations au-dessus de l'autoroute est respectée.
4.5.6 Les recourants soutiennent que des alignements ne sont pas nécessaires et qu'à leur place, une servitude de ne pas faire ou une restriction de droit public, portant interdiction d'établir des sondes géothermiques dans le périmètre des tunnels du Flonzaley à Puidoux, sont suffisantes. Il y a lieu de remarquer que de telles mesures vont d'une part trop loin, en ce sens qu'elles interdisent la construction de sondes géothermiques indépendamment de leur compatibilité avec la sécurité du trafic et l'hygiène des habitations. En effet, il est envisageable que de telles constructions, selon leur configuration concrète, ne portent pas atteinte à ces intérêts et puissent dès lors obtenir le préavis positif de l'intimé dans le cadre d'une procédure d'autorisation de construire. Elles sont donc plus restrictives que la fixation d'alignements. D'autre part, elles ne sont pas aptes à protéger de manière efficace les intérêts publics à la sécurité du trafic et à l'hygiène des habitations, vu qu'elles ne visent qu'un seul type de construction, alors que d'autres pourraient également porter atteinte auxdits intérêts publics. Certes, l'intimé et l'autorité inférieure ne font allusion qu'à des sondes géothermiques. Cependant, le standard mentionne également des nappes de tubes pour la récupération de la chaleur ainsi que le stockage. De plus, il ne peut pas être exclu qu'à l'avenir d'autres types de construction souterraines soient envisageables et nécessitent une détermination préalable de l'autorité fédérale, compétente pour l'infrastructure routière nationale et le trafic individuel, dans le cadre d'une procédure d'autorisation de construire. En outre, la fixation d'alignements constitue une mesure moins restrictive que la création de zones réservées, régies par les art. 14 à 18 LRN, prévues en vue d'assurer la libre disposition des terrains nécessaires à la construction des routes nationales (cf. art. 14 al. 1 LRN). En effet, des travaux de construction en leur sein ne peuvent être autorisés que s'ils ne rendent pas la construction de la route plus difficile ou plus onéreuse et ne nuisent pas à la fixation des alignements (cf. art. 16 al. 1 LRN), alors que de tels travaux à l'intérieur d'alignements doivent être autorisés lorsqu'ils ne portent pas atteinte aux intérêts publics de l'art. 22 LRN (cf. art. 24 al. 1 LNR ; arrêt de céans A-1431/2020 précité consid. 7.5.3). Partant, les buts visés ne peuvent pas être atteints par une mesure moins incisive que par la fixation d'alignements.
4.5.7 Dès lors, il convient d'examiner si les effets du projet sur la situation concrète des parcelles des recourants sont raisonnablement exigibles de leur part.
4.5.7.1 La parcelle n° (...) RF de la Commune de Puidoux a une surface de (...) m2 et abrite un bâtiment de (...) m2, un pré-champ de (...) m2 et une forêt de (...) m2 (cf. extrait RF du 15 novembre 2021, produit le 15 novembre 2021 par les recourants). La parcelle n° (...) du RF de la Commune de Puidoux a une surface de (...) m2 et abrite deux bâtiments de (...) m2 et (...) m2, un champ, pré et pâturage de (...) m2, une forêt de (...) m2 ainsi que 3 habitations de (...) m2, (...) m2 et (...) m2 (cf. extrait du RF du 24 juin 2019, joint à la détermination des recourants du 8 juillet 2019, pièce n° 9 du dossier du DETEC). Il ressort du rapport technique de l'intimé que, le long du tunnel du Flonzaley, le nouvel alignement est défini à une distance de 20 m du bord extérieur de la voute et que, sur le tunnel, plusieurs bâtiments situés pour la plupart en zone à bâtir sont chevauchés par le nouvel alignement, l'intérêt de la route nationale étant toutefois prépondérant (cf. pièce n° 84 du dossier d'approbation des plans, p. 62). Le seul bâtiment traversé par les alignements projetés sur les parcelles des recourants est la Villa (...), située sur la parcelle n° (...). Sa partie sud est située à l'intérieur de l'alignement projeté. Contrairement à ce que les recourants soutiennent, les alignements projetés n'ont pas pour effet d'interdire toutes constructions et transformations sur les terrains touchés mais seulement de soumettre les projets situés en leur sein ou débordant dessus à l'autorisation préalable de l'intimé, laquelle devra être donnée si ceux-ci ne portent pas atteinte notamment aux intérêts publics susmentionnés. Or, il est tant dans l'intérêt de la Confédération, que dans celui des usagers de la route et des propriétaires des parcelles nos (...) et (...) qu'un projet concret de construction ou de transformation soit compatible avec la sécurité du trafic et l'hygiène des habitations et que cette compatibilité soit contrôlée par l'intimé, en tant qu'autorité fédérale spécialisée en la matière. Il est ici rappelé que les travaux d'entretien ne sont pas considérés comme des transformations et ne sont donc pas conditionnés à l'autorisation de l'intimé. Du reste, la surface de la partie des parcelles non touchée par l'alignement est suffisamment spacieuse pour que les recourants puissent user de leur droit de propriété, indépendamment du préavis de l'intimé (cf. guichet cartographique cantonal, pièce n° 9 jointe à la réplique des recourants du 28 avril 2020 ; plan 1 sur 2 de la Commune de Puidoux, pièce n° 37 du projet de l'OFROU). Par ailleurs, l'existence d'un alignement sur une parcelle ne constitue pas un critère qui l'empêche d'être classée en zone à bâtir, dans la mesure où il n'équivaut pas à une interdiction de construire et que, partant, sa disponibilité reste garantie sur le plan juridique (cf. art. 15 al. 4 let. d de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire [LAT, RS 700]).
4.5.7.2 Certes, en l'absence d'expertise, il n'est pas possible d'établir avec exactitude l'épaisseur exacte du terrain situé entre la voûte des tunnels et la surface des parcelles des recourants. Cependant, il convient de remarquer que les parcelles nos (...) et (...) ne sont pas plates et qu'entre les portails ouest et est des tunnels du Flonzaley, il existe également une dénivelée (cf. plan annexé à la détermination de l'intimé du 28 juillet 2021 ; duplique de l'intimé du 19 mai 2020, pièces nos 5 et 6 ; recours du 16 janvier 2020, pièce n° 5). Partant, la profondeur à laquelle se situent les tunnels sous les parcelles n'est pas linéaire. Si l'intimé admet que la couche de terrain au-dessus de la voûte des tunnels s'élève à 60 m pour une partie des parcelles des recourants (cf. déterminations de l'intimé du 20 octobre 2021, p. 1) - ce qui, selon lui, serait suffisant pour limiter l'effet vertical des alignements -, il remarque qu'elle descend ensuite rapidement à 40 m, voire 20 m. Il ne peut pas être reproché à l'intimé, ni à l'autorité inférieure d'avoir opté pour une solution protégeant au mieux l'infrastructure routière, ce d'autant moins que les tunnels ne mesurent que (...) m de long et qu'il serait peu cohérent de limiter l'effet vertical des alignements projetés pour une partie des tunnels seulement.
Le Tribunal considère qu'il convient de respecter le large pouvoir d'appréciation de l'autorité inférieure et de l'intimé, lesquels bénéficient de connaissances spécialisées et d'expériences pratiques en la matière. Partant, ils sont mieux à même d'évaluer si des projets potentiels peuvent porter atteinte aux intérêts publics prévus par l'art. 22 LRN. Par ailleurs, il y a lieu de remarquer que ces autorités se sont laissées guider par des considérations objectives, ayant trait notamment à la protection de l'infrastructure de la route nationale et donc à la sécurité du trafic. Elles ont examiné les circonstances du cas d'espèce et n'ont pas excédé leur pouvoir d'appréciation. Finalement, le sacrifice exigé de la part des recourants est raisonnable dans la mesure où les alignements n'équivalent pas à des interdictions de construire mais leur imposent uniquement de requérir le préavis de l'intimé dans le cadre d'une procédure d'autorisation de construire, lequel devra être positif si le projet ne porte pas concrètement atteinte aux intérêts publics susmentionnés.
4.5.8 Partant, le Tribunal retient qu'il existe un rapport raisonnable entre les effets des alignements projetés sur les droits de propriété des recourants et le résultat escompté notamment vu l'importance de l'intérêt public à la sécurité du trafic. Il considère que l'autorité inférieure a tenu compte des circonstances locales et du fait que l'utilisation du sous-sol se développe actuellement et peut entrer en concurrence avec l'infrastructure routière. Elle a correctement pesé les intérêts en présence et n'a pas violé le principe de la proportionnalité en ne limitant pas l'effet vertical des alignements, d'autant moins en l'absence de motifs objectifs justifiant une dérogation. Par suite, la restriction des droits de propriété des recourants, introduite par la décision attaquée, respecte les conditions prévues par l'art. 36 Cst et ainsi leur garantie à la propriété (art. 26 Cst.).
Finalement, il convient d'examiner si les alignements de la route nationale N09, tel que projetés par l'intimé sur les parcelles des recourants, respectent leur droit à l'égalité de traitement.
5.1 Les recourants invoquent une inégalité de traitement. Ils remarquent qu'aucune délimitation verticale des alignements n'a été fixée sur leur domaine, contrairement à ce qui a été fait pour les tunnels de Glion. En effet, pour ceux-ci la protection a été limitée en hauteur, alors que les circonstances sont analogues. Ils notent que sur les tunnels de Glion, la hauteur de protection est nettement moindre, celle-ci atteignant un maximum de 20 m comptés depuis la chaussée et 10 m à peine après le bord du portique, 36 m en dessous de la plus proche villa située au-dessus du tunnel. Or, les tunnels du Flonzaley se trouvent entre 48 m (entrée de la propriété) et 82 m (villa) au-dessus de la chaussée des tunnels, soit deux à quatre fois plus haut qu'à Glion. Ils se demandent pour quelle raison la règle de l'intimé prévoyant une protection jusqu'à une hauteur de 50 à 60 m - pour autant qu'elle existe - n'aurait pas à être respectée pour le tunnel de Glion et, si ce tunnel bénéficie d'une dérogation, pourquoi celle-ci n'est pas accordée au Flonzaley.
5.2 L'intimé conteste toute inégalité de traitement entre les tunnels de Glion et ceux de Flonzaley. Il indique que des alignements verticaux ont été fixés au-dessus des deux tunnels de Glion où l'épaisseur du terrain est de plus de 100 m. Il explique que la situation des tunnels de Flonzaley n'est objectivement pas comparable à celle des tunnels de Glion, la surface au-dessus des tunnels et l'épaisseur des terrains étant différentes. Il estime qu'il est justifié de délimiter verticalement les alignements pour les tunnels de Glion et de ne pas le faire pour ceux du Flonzaley, l'épaisseur du terrain sur ceux-ci étant nettement inférieure à celle sur ceux-là (hauteur moyenne de 100 m et hauteur maximale de 170 m). Cela s'explique par le fait que la longueur des tunnels de Flonzaley est de 735 m, alors que la longueur des tunnels de Glion est de 1'360 m.
5.3 Une décision viole le droit à l'égalité de traitement ancré à l'art. 8 al. 1 Cst. lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou qu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent sur le vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente (cf. ATF 137 I 58 consid. 4.4, 136 I 297 consid. 6.1, 134 I 23 consid. 9.1 et réf. cit. ; ATAF 2011/19 consid. 49.2.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2786/2018 précité consid. 7.3.1). En particulier, la limitation verticale des alignements et, le cas échéant la hauteur de cette limitation, dépendent des circonstances concrètes du cas d'espèce ainsi que de la pesée des intérêts à effectuer et doivent être justifiées par des motifs objectifs (cf. art. 13 al. 3 ORN ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1431/2020 précité consid. 7.4.5, A-4973/2019 précité consid. 4.4.7).
5.4 Tout d'abord, le Tribunal remarque qu'à l'instar des tunnels du Flonzaley, des alignements sont également projetés sur l'entier des tunnels de Glion, alors que ceux en vigueur jusqu'à présent ne protégeaient que leurs portails (cf. plans 4 et 5 sur 5 de la Commune de Montreux, pièces nos 57 et 58 du projet de l'OFROU ). Le nouvel alignement est défini à 32 m de l'axe côté gauche dans le sens de la circulation de chacun des tubes afin de garantir une distance minimale de 20 m entre l'alignement et le bord extérieur de la voute, tout comme pour les tunnels du Flonzaley (cf. consid. 4.5.7). L'intimé précise que le tunnel étant situé en profondeur et afin de limiter le préjudice porté aux tiers, des alignements verticaux sont définis par tronçons afin de garantir une distance minimale de 30 m entre le bord supérieur de la chaussée et l'alignement vertical. Hormis les alignements autour des portiques d'entrée ouest et est qui sont illimités verticalement, les alignements sur les tunnels de Glion sont limités verticalement à une altitude de 560 m du km 33'950 au km 34'150, puis de 550 m jusqu'au km 34'550, puis de 540 m jusqu'au km 34'950, puis de 530 m jusqu'au km 35'170 (cf. rapport technique, p. 82, chap. 3.32.9, pièce n° 84 du projet de l'OFROU ; profil en long avec indication des alignements verticaux, Commune de Montreux, Tunnel de Glion, pièce n° 83 du projet de l'OFROU). Le périmètre d'influence des alignements sur ces tunnels est donc plus bas que pour la partie des tunnels du Flonzaley, pour laquelle l'épaisseur de terrain au-dessus de leur voûte s'élève à 40 m ou 60 m. L'intimé justifie cette distinction par le fait que la surface de terrain au-dessus des tunnels du Flonzaley est nettement moins importante que celle au-dessus des tunnels de Glion (cf. duplique de l'intimé du 19 mai 2020, pièces nos 5 et 6 ; réplique des recourants du 28 avril 2020, pièce n° 10).
Le Tribunal considère que ce motif de distinction est raisonnable car il prend en compte l'espace nécessaire pour préserver l'effet porteur et de soutien de la montagne pour les tunnels. En effet, la couverture de terrain sur les tunnels de Glion est nettement plus importante que celle sur ceux du Flonzaley et offre ainsi une protection de fait à l'infrastructure de la route nationale. Il est ici rappelé que les alignements fixés autour des portiques des tunnels de Glion, où la couverture de terrain est moins épaisse, ne sont eux non plus pas limités verticalement. Partant, la distinction juridique établie par l'intimé et l'autorité inférieure ne viole pas le droit à l'égalité de traitement des recourants.
Pour résumer, le Tribunal déclare sans objet, respectivement rejette les réquisitions de preuve des recourants (cf. consid. 3.4). Sur le fond, il retient que l'autorité inférieure n'a pas violé les droits de propriété des recourants en intégrant les parcelles nos (...) et (...) RF de la Commune de Puidoux dans le périmètre d'alignement de la route nationale N09 et en ne limitant pas les effets verticaux des alignements (cf. consid. 4.5), ni leur droit à l'égalité de traitement (cf. consid. 5.4). Partant, l'autorité inférieure a approuvé à juste titre le projet de l'intimé N01/N09/N12 Vaud Mise au point des alignements communes d'Ecublens à Bex (AP5) ainsi que les plans y relatifs et rejeté l'opposition des recourants. Mal fondé, le recours doit dès lors être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
Demeure à examiner la question des frais de procédure et des dépens dans la présente procédure de recours.
Aux termes de l'art. 63 al. 1, 1ère phrase, PA, les frais de procédure sont mis en règle générale à la charge de la partie qui succombe. Ils sont calculés en fonction de l'ampleur et de la difficulté de la cause, de la manière de procéder des parties, de leur situation financière et de la valeur litigieuse (art. 63 al. 4bis PA, art. 2 al. 1 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). En l'espèce, les frais de procédure sont fixés à 3'000 francs et sont mis à la charge solidaire des recourants qui succombent. Cette somme est prélevée sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (cf. art. 64 al. 1 PA et 7 al. 1, 2 et 4 FITAF). Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens (cf. art. 7 al. 3 FITAF). En l'espèce, il n'y a pas lieu d'allouer de dépens aux recourants qui succombent. L'autorité inférieure et l'intimé n'y ont pas droit non plus en tant qu'autorités fédérales.
(le dispositif est porté à la page suivante)
Le recours est rejeté, dans les limites de sa recevabilité.
Les frais de procédure de 3'000 francs sont mis à la charge solidaire des recourants. Cette somme est prélevée sur l'avance de frais déjà versée du même montant.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est adressé :
aux recourants (Acte judiciaire)
à l'intimé (Recommandé)
à l'autorité inférieure (n° de réf. (...) ; Acte judiciaire)
à la Direction générale de la mobilité et des routes du canton de Vaud
L'indication des voies de droit se trouvent à la page suivante.
Le président du collège : La greffière : Jérôme Candrian Johanna Hirsch-Sadik
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :