Entscheiddatum: 11.03.2021Publikationsdatum: 23.03.2021
Bundesverwaltungsgericht Tribunal administratif fédéral Tribunale amministrativo federale Tribunal administrativ federal Cour I A-3199/2017
Arrêt du 11 mars 2021 Composition Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège), Jérôme Candrian, Christine Ackermann, juges, Julien Delaye, greffier. Parties A._______, représentée par Me Stella Fazio, Canonica & Associés, recourante, contre Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA, intimée, Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement, autorité inférieure. Objet Requête en estimation.
A.
A._______ (ci-après : la recourante) est propriétaire de la parcelle no [1], sise sur la commune de Genève-[...] (ci-après : la parcelle no [1]).
Un bâtiment d'habitations comprenant des logements sur plusieurs étages est érigé sur la parcelle. Il est situé [...] et comporte plusieurs garages en sous-sol.
B.
B.a Le 6 mars 2006, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après : l'intimée) et la République et Canton de Genève ont déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'Office fédéral des Transports (ci-après : l'OFT) pour le projet ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (ci-après : CEVA). Ce projet présentait sur 77 % de son tracé des installations en sous-sol et, à l'exception de deux ponts à construire, des aménagements des lignes existantes.
B.b Par décision du 5 mai 2008, l'OFT a approuvé, avec charges, les plans du CEVA. La décision de l'OFT accorde à l'intimée le droit d'exproprier les propriétaires concernés selon les plans d'emprises et les tableaux des droits à exproprier. Elle prescrit que les demandes d'indemnités présentées au cours de la mise à l'enquête seront transmises à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (ci-après : l'autorité inférieure).
B.c Les recours interjetés contre cette décision ont été rejetés par le Tribunal administratif fédéral qui a, par arrêt A-3713/2008 du 15 juin 2011, confirmé l'approbation des plans du CEVA. Les recours au Tribunal fédéral ont été rejetés en date du 15 mars 2012.
C.
C.a Le 30 octobre 2015, l'intimée a saisi l'autorité inférieure d'une procédure visant à estimer le montant de l'indemnité due à la recourante pour la constitution, sur la parcelle no [1], d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit à bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation d'un tunnel ferroviaire.
C.b La recourante a conclu, en substance, au versement d'une indemnité minimale de 50'634.20 francs par servitude, se réservant le droit d'amplifier, de compléter ou de modifier ses conclusions quant aux immissions concrètes découlant de l'exploitation ferroviaire.
C.c Le 6 juillet 2016, l'autorité inférieure a tenu une séance de conciliation et a auditionné les parties.
D. Par décision du 13 mars 2017, l'autorité inférieure a rejeté la demande d'indemnisation de la recourante, mis à la charge de l'intimée les frais de la procédure et condamné celle-ci à verser à la recourante la somme de 5'000 francs à titre de dépens.
Elle constate que l'assiette des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit à bâtir n'est que de 3.60 m2 et que la profondeur des droits demandés est de plus de 19 mètres. En l'absence de projet concret d'agrandissement de l'immeuble ou de création de parkings en sous-sol supplémentaires, elle estime que la constitution de ces deux servitudes n'entraîne pas de diminution de la valeur du fonds de la recourante. Au surplus, elle constate que la servitude d'exploitation du tunnel ferroviaire grève l'ensemble de la parcelle. Elle relève qu'il n'est cependant pas avéré que cette servitude entraîne une diminution de la valeur de l'immeuble. Rien au dossier ne permettrait, en effet, de retenir ou de présumer que les normes ne seraient pas respectées lors de l'exploitation du CEVA. La recourante ne subissant actuellement aucun dommage, elle n'aurait donc pas le droit à une indemnité. Elle réserve toutefois ses droits dans l'hypothèse où une procédure tendant à la baisse du loyer serait gagnée par un locataire et dans l'hypothèse où elle subirait d'éventuels dégâts au bâtiment du fait des travaux.
E.
E.a L'autorité inférieure a notifié une première fois sa décision le 12 avril 2017.
E.b Le 26 avril 2017, la recourante s'est plainte à l'autorité inférieure de ce qu'elle avait reçu la décision par pli simple le 19 avril 2017, contrairement à l'indication des modalités d'expédition qui prévoyaient une notification par pli recommandé.
E.c L'autorité inférieure a procédé à une seconde notification en date du 5 mai 2017, par pli recommandé reçu le 8 mai 2017.
F. La recourante a formé recours, le 6 juin 2017, contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que la décision attaquée soit partiellement annulée, dans la mesure où elle rejette sa demande d'indemnité, et à ce que l'intimée soit condamnée à lui verser une indemnité minimale de 50'634.20 francs par servitude. Subsidiairement, elle conclut à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité inférieure.
G. Le 21 juin 2017, l'autorité inférieure a renoncé à prendre position sur le recours du 6 juin 2017 et renvoyé, au surplus, aux considérants de la décision attaquée.
H.
H.a Le 10 juillet 2017, l'intimée a requis la suspension de la procédure jusqu'à droit connu dans la cause A-552/2016 et à ce qu'il lui soit octroyé un nouveau délai pour répondre à l'issue de la reprise de la procédure.
H.b Le 28 août 2017, l'autorité inférieure s'est opposée à la suspension de la procédure. La recourante y a consenti en date du 8 septembre 2017.
H.c Suite à l'entrée en force de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 3 juillet 2018 dans la cause A-552/2016, le Tribunal a imparti, par ordonnance du 13 décembre 2018, un nouveau délai à l'intimée pour se déterminer sur le recours.
I. Par mémoire de réponse du 13 février 2019, l'intimée a conclu, à titre principal, à l'irrecevabilité du recours, en raison de sa tardiveté, à ce que les frais de la procédure soient mis à la charge de la recourante et à ce qu'elle soit libérée des dépens. Subsidiairement, elle conclut au rejet du recours.
J. Dans ses observations finales du 11 février 2021, la recourante a maintenu l'ensemble de ses conclusions et y réaffirme notamment que son recours est recevable.
Les arguments avancés de part et d'autre au cours de la présente procédure seront repris plus loin dans la mesure où cela s'avère nécessaire.
1.1 Le Tribunal administratif fédéral est compétent pour statuer sur le présent recours (art. 31, 32, 33 let. f de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral [LTAF, RS 173.32] et art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021], en lien avec l'art. 77 al. 1 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation [LEx, RS 711]).
1.2 La recourante, en tant que propriétaire de la parcelle concernée, a qualité pour recourir (art. 48 al. 1 PA, en lien avec 78 al. 1 LEx). Les dispositions relatives à la représentation, à la forme et au contenu du mémoire de recours (art. 11 al. 1 et 52 al. 1 PA) sont en outre respectées.
1.3 L'intimée soulève la question du respect du délai légal pour le dépôt du recours et conclut à son irrecevabilité.
1.3.1 Elle relève que la décision attaquée a été notifiée une première fois aux parties le 12 avril 2017. La décision aurait été reçue, sous pli simple, le 19 avril 2017. L'intimée produit à cet effet le courrier que la recourante a adressé le 26 avril 2017 à l'autorité inférieure (pièce 1 intimée), lequel en attesterait. Le délai de 30 jours expirait donc le 23 mai 2017, compte tenu des féries de Pâques du 9 avril au 23 avril 2017. Se plaignant auprès de l'autorité inférieure de ce que la décision ne lui avait pas été envoyée sous pli recommandé, l'avocate de la recourante aurait demandé de lui réexpédier la décision. S'exécutant, l'autorité inférieure a adressé la décision par pli recommandé le 5 mai 2017, lequel aurait été reçu le 8 mai 2017 par la recourante. L'intimée fait valoir que la première expédition de la décision aurait été valablement notifiée et que la seconde expédition n'a pas fait partir un nouveau délai de recours.
La recourante fait valoir que son recours est recevable. En effet, elle affirme que les décisions doivent être notifiées par pli recommandé. Sans cela, l'autorité pourrait arbitrairement fixer une date de notification. Au surplus, ce serait de bonne foi qu'elle a pris acte de ce que l'autorité inférieure procédait à une nouvelle expédition de la décision attaquée afin d'écarter tout doute quant à la date de notification. Elle estime que l'intimée aurait dû soulever l'irrecevabilité du recours au plus tard lorsqu'elle a sollicité la suspension de la procédure et que le Tribunal lui fixe un nouveau délai pour répondre.
1.3.2 En vertu de l'art. 50 PA, le recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la notification de la décision. L'autorité notifie ses décisions aux parties par écrit (art. 34 al. 1 PA). La notification d'un acte administratif ou judiciaire obéit au principe de la réception, ce qui implique que l'acte parvienne dans la sphère d'influence de son destinataire et que ce dernier, en organisant normalement ses affaires, soit à même d'en prendre connaissance (cf. ATF 145 IV 252 consid. 1.3.2, 144 IV 57 consid. 2.3.2, 142 III 599 consid. 2.4.1 et 122 I 139 consid. 1 ; arrêt du TAF A-5679/2020 du 4 janvier 2021 consid. 1). Il n'est, par contre, pas nécessaire que le destinataire ait personnellement en main l'acte, encore moins qu'il en prenne effectivement connaissance (cf. ATF 109 Ia 15 consid. 4 ; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif, 2011, no 1570).
Ainsi, sauf disposition légale imposant un envoi recommandé, la notification par pli simple peut avoir lieu (cf. arrêt du TAF C-7178/2013 du 16 mai 2014 consid. 3). En matière d'expropriation, la décision de la commission d'estimation est communiquée, par remise d'une copie à chacune des parties et à ceux des cointéressés qui ont pris des conclusions dans la procédure (art. 74 al. 1 LEx). La loi ne prévoit donc aucune communication par pli recommandé. Dans ce cas, l'envoi par pli recommandé n'a alors qu'une fonction de preuve, cette dernière incombant à l'autorité. La preuve de la notification peut alors être apportée par d'autres éléments (cf. ATF 129 I 8 consid. 2; Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. 2, 3ème éd. 2011, p. 35 ; Jérôme Candrian, Introduction à la procédure administrative fédérale, 2013, n° 71).
Lorsque l'autorité procède à une deuxième notification, celle-ci est, en principe, sans effets juridiques (cf. ATF 119 V 89 consid. 4b/aa, 118 V 190 consid. 3a et 117 V 131 consid. 4a p. 132), sous réserve des cas où, intervenue avant l'échéance du délai de recours, elle contient une indication sans réserve des voies de droit et pour autant que les conditions relatives à l'application du principe constitutionnel de la confiance soient remplies. En revanche, après l'expiration du délai de recours initial, un deuxième essai de notification ne peut pas faire courir un nouveau délai de recours au regard de la protection de la confiance du justiciable. En effet, la confiance que le justiciable a pu mettre dans la deuxième indication des voies de recours ne peut plus lui causer de préjudice, un tel préjudice résultant en fait déjà de l'échéance du délai de recours initial (cf. ATF 118 V 190 consid. 3a et 115 Ia 12 consid. 4c).
1.3.3 En l'occurrence, la décision attaquée fait état d'une première expédition aux parties par pli recommandé le 12 avril 2017. Elle a toutefois été expédiée sous pli simple, manifestement par erreur ou inadvertance de la Poste ou de l'autorité inférieure, puisque l'enveloppe n'était pas affranchie. La Poste a malgré tout acheminé le courrier. La décision sous pli simple a été reçue par la mandataire de la recourante en date du 19 avril 2017, celle-ci l'a d'ailleurs confirmé expressément dans son courrier du 26 avril 2017, de sorte qu'il y a lieu de considérer que la première expédition de la décision attaquée a bien été notifiée le 19 avril 2017. Dans ce même courrier, la recourante a sollicité de l'autorité inférieure qu'elle reconsidère sa décision ou, à défaut, qu'elle l'a lui notifie à nouveau par pli recommandé. L'autorité inférieure a ainsi procédé à une seconde expédition, cette fois par pli recommandé, remis à la recourante le 8 mai 2017 selon l'extrait « Track&Trace ».
1.3.3.1 Force est de constater que la situation constitue un cas limite.
D'une part, l'autorité inférieure a certes mentionné, dans l'indication des modalités d'expédition de la décision, qu'elle serait notifiée aux parties par pli recommandé. Toutefois, la mandataire de la recourante a pris connaissance de ses modalités d'expédition au plus tôt le 19 avril 2017, lorsqu'elle a réceptionné la décision expédiée sous pli simple. Il ne peut ainsi pas s'agir d'un renseignement donné sans réserve par l'autorité. Au surplus, si l'expédition avait bien eu lieu sous pli recommandé en date du 12 avril 2017, l'avocate l'aurait vraisemblablement reçu avant le 19 avril 2017, la Poste ayant acheminé l'envoi non affranchi en courrier B. Il est ainsi permis de douter que la recourante puisse se prévaloir d'un quelconque préjudice du fait de l'indication erronée des modalités d'expédition. Il pouvait enfin être attendu de la recourante, de surcroît représentée par une mandataire professionnelle, qu'elle sache que la loi n'impose pas l'envoi d'une décision par pli recommandé et que la notification par pli simple ne signifie pas encore qu'elle « ignorait ainsi la date exacte de la notification permettant de faire partir le délai pour recourir » et que l'autorité inférieure « pouvait arbitrairement fixer une date de notification ».
D'autre part, l'autorité inférieure a bien indiqué, dans son courriel du 5 mai 2017, produit par la recourante (cf. annexe 2 des observations finales), que « nonobstant l'absence du timbre autocollant, la décision vous a été valablement notifiée par un employé de la Poste en date du 19 avril 2017 ». Elle a toutefois indiqué, par la suite, que « afin de ne pas laisser planer de doute quant à la date de notification de la présente décision et sur instruction [du Président de la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement] [...], je vous recommunique ce jour la décision par pli recommandé ». S'il pouvait, certes, être attendu d'une mandataire professionnelle qu'elle connaissance la jurisprudence du Tribunal fédéral et se rende compte de ce que la première expédition de la décision attaquée avait été valablement notifiée, l'autorité inférieure a néanmoins pu semer la confusion quant au point de départ du délai de recours en indiquant que la seconde expédition visait à ne pas laisser planer de doute quant à la date de notification.
1.3.3.2 Cette constellation de faits très particulière conduit ainsi le Tribunal à retenir que la recourante pouvait, de bonne foi, considérer que la seconde expédition de la décision attaquée sous pli recommandé faisait partir un nouveau délai de recours. La présente situation se trouve néanmoins aux limites de l'application du principe de la protection de la confiance que la recourante pouvait placer dans l'autorité inférieure.
1.3.4 La seconde expédition de la décision attaquée ayant été notifiée à la recourante le 8 mai 2017 et le recours formé le 6 juin 2017, le délai de recours de 30 jours de l'art. 50 PA est, partant, respecté.
1.4 Le recours est par conséquent recevable.
2.1 Le Tribunal administratif fédéral fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances locales que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux (cf. ATF 131 II 680 consid. 2.3.3. ; arrêt du TAF A-379/2016 du 8 septembre 2016 consid. 2.2).
2.2 La procédure fédérale est essentiellement régie par la maxime inquisitoire, ce qui signifie que l'autorité administrative constate les faits d'office et procède, s'il y a lieu à l'administration de preuves par les moyens idoines (art. 12 PA). La maxime inquisitoire doit cependant être relativisée par son corollaire : le devoir de collaborer des parties (art. 13 PA ; cf. Clémence Grisel, L'obligation de collaborer des parties en procédure administrative, 2008, no 142). La procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral est également régie par la maxime inquisitoire en vertu de l'art. 37 LTAF. Celle-ci est cependant quelque peu tempérée, notamment en raison du fait qu'il ne s'agit dans ce cas pas d'un établissement des faits ab ovo. Il convient de tenir compte de l'état de fait déjà établi par l'autorité inférieure. Dans ce sens, le principe inquisitoire est une obligation de vérifier d'office les faits constatés par l'autorité inférieure plus que de les établir (cf. arrêts du TAF A-5584/2008 du 11 juin 2010 consid. 1.2.1 et A-6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.2).
2.3 Le Tribunal administratif fédéral applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision attaquée (cf. André Moser/Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd. 2013, no 2.165). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 consid. 2.2.).
L'expropriation ne peut avoir lieu que moyennant indemnité pleine et entière (art. 16 LEx). Sauf disposition légale ou convention contraire, l'indemnité est payable en argent sous la forme d'un capital ou d'une rente (art. 17 LEx). Doivent être pris en considération, pour la fixation de l'indemnité, tous préjudices subis par l'exproprié du chef de la suppression ou de la diminution de ses droits. En conséquence, l'indemnité comprend notamment la pleine valeur vénale du droit exproprié et le montant de tous autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation. Elle comprend, en outre, en cas d'expropriation partielle d'un immeuble ou de plusieurs immeubles dépendant économiquement les uns des autres, le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante (art. 19 let. a, b et c LEx).
L'estimation de la valeur vénale doit tenir compte dans une juste mesure de la possibilité de mieux utiliser l'immeuble (art. 20 al. 1 LEx). L'estimation de la valeur vénale des immeubles doit tenir compte des servitudes existant lors du dépôt du plan d'expropriation, usufruits exceptés, ainsi que des baux à loyer et à ferme annotés au registre foncier (art. 21 al. 1 LEx). Si d'autres droits personnels, tels que des droits de préemption, d'emption et de réméré, sont annotés au registre foncier, l'indemnité accordée aux ayants droit en conformité de l'art. 23 est portée en déduction (art. 21 al. 2 LEx). En cas d'expropriation partielle, il n'est pas accordé d'indemnité de dépréciation pour la partie restante, lorsque la dépréciation se trouve compensée par des avantages particuliers résultant de l'entreprise de l'expropriant. Par contre, il est tenu compte du dommage résultant de la perte ou de la diminution d'avantages influant sur la valeur vénale et que la partie restante aurait, selon toute vraisemblance, conservés s'il n'y avait pas eu d'expropriation (art. 22 LEx).
L'objet du litige porte sur la question de savoir si l'intimée doit verser ou non une indemnité à la recourante pour la constitution, sur la parcelle no [1], d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit à bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation d'un tunnel ferroviaire.
La recourante se plaint, dans un premier temps, d'une violation de son droit d'être entendu. Elle fait d'abord valoir que l'autorité inférieure aurait refusé toute indemnisation sans motivation compréhensible et de façon lacunaire. Elle fait encore grief à l'autorité inférieure d'avoir, sans motivation, refusé d'ordonner la suspension de la procédure, alors qu'elle l'avant fait dans une cause semblable.
5.1 Le droit d'être entendu, garanti à l'art. 29 al. 2 Cst. et consacré aux art. 29 ss PA, comprend notamment le droit d'être informé sur la procédure et celui de consulter le dossier. Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de caractère formel dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond. Néanmoins, exceptionnellement, lorsque la violation du droit d'être entendu ne s'avère pas particulièrement grave, celle-ci peut être guérie si la partie lésée dispose de la possibilité de se prononcer devant une instance dont la cognition est similaire à celle de l'instance inférieure (cf. ATF 132 V 387 consid. 5.1 ; Alfred Kölz/Isabelle Häner/Martin Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungs-rechtspflege des Bundes, 3e éd. 2013, no 548).
Le droit d'être entendu comprend aussi l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision de sorte que le destinataire peut la comprendre et la contester utilement et que l'autorité de recours peut exercer son contrôle (cf. ATF 135 V 65 consid. 2.6 et 134 I 83 consid. 4.1). L'autorité n'est toutefois ni tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties, ni de statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige ; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (cf. ATF 136 I 229 consid. 5.2 et 134 I 83 consid. 4.1).
5.2 La recourante reproche d'abord à l'autorité inférieure d'avoir violé son droit d'être entendu en tant qu'elle motive de façon incompréhensible et lacunaire pourquoi elle a refusé toute indemnisation.
5.2.1 En l'occurrence, la décision attaquée expose de manière circonstanciée les raisons pour lesquelles l'autorité inférieure a refusé d'octroyer une indemnité à la recourante à la suite de la constitution des trois servitudes litigieuses. Elle discute notamment des principes légaux et jurisprudentiels applicables, les confronte à l'état de fait retenu et parvient à la conclusion qu'il n'est pas établi que la constitution desdites servitudes ait diminué la valeur de l'immeuble de la recourante. Le Tribunal ne saisit ainsi pas en quoi l'autorité inférieure aurait violé le droit d'être entendu de la recourante en procédant de la sorte. La recourante a, de surcroît, pu saisir la portée de la décision et sa motivation en l'attaquant en connaissance de cause, ainsi que l'attestent les différents griefs soulevés dans le cadre de son recours.
Mal fondé, le grief doit partant être rejeté.
5.3 La recourante reproche ensuite à l'autorité inférieure d'avoir, sans motivation, refusé d'ordonner la suspension de la clause, alors qu'elle l'avant fait dans une cause semblable.
5.3.1 En l'espèce, la recourante estime que la parcelle en cause constitue le fonds dominant de la parcelle no [2] sise dans la même commune. Elle considère ainsi que la présente cause aurait dû être suspendue et qu'à défaut de motivation, elle est dans l'impossibilité d'apprécier et de critiquer les raisons du refus de l'autorité inférieure.
Si l'on ne saurait d'emblée nier l'intérêt de la recourante à connaître les motifs pour lesquels l'autorité inférieure n'a pas donné suite à sa demande de suspension de la cause, force est de constater qu'en rendant la décision attaquée l'autorité inférieure l'a refusé, ne serait-ce qu'implicitement. Au surplus, une lecture attentive de la décision attaquée permet aisément de saisir que l'autorité inférieure estimait disposer des éléments de fait suffisants pour renoncer à suspendre la procédure et rendre sa décision. Il pouvait être raisonnablement attendu de la recourante qu'elle parvienne d'elle-même à ce résultat.
5.3.2 Partant, quand bien même l'absence de motifs quant au refus de suspendre la procédure constituerait une violation du droit d'être entendu de la recourante, elle n'en demeurerait pas moins réparée.
Mal fondés, les griefs soulevés par la recourante sur ce point doivent être rejetés.
6.1 La recourante fait valoir, en substance, que l'autorité inférieure aurait mal apprécié la dépréciation de sa parcelle et n'aurait pas tenu compte de l'impact de l'assiette des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit à bâtir sur l'ensemble de son terrain. En ce sens, elle souligne que l'autorité inférieure devait examiner et estimer la dépréciation de la valeur de l'immeuble compte tenu de l'ensemble des atteintes portées à ses droits de propriété. Elle soutient que l'autorité inférieure ne pouvait se limiter au seul examen de la profondeur des droits demandés, à l'assiette des servitudes et à l'absence de projet actuel de construction ou d'agrandissement de l'immeuble ou de la création de parking pour en déduire l'absence de dommage. Elle devait s'interroger sur l'impact que l'assiette des servitudes a eu sur l'ensemble de sa parcelle de 409 m2. La recourante estime qu'une intervention sur l'immeuble limitée au seul angle de 3.6 m2 ne serait pas envisageable. Tout évitement ou mesure lié à cet angle aurait ainsi des conséquences sur l'ensemble de l'immeuble. Il ne pourrait être considéré comme une partie séparée ou pouvant être séparée de l'immeuble. Elle relève que des rénovations devraient répondre à des conditions notoirement imposées par l'intimée aux ouvrages situés à proximité ou au-dessus de voies ferroviaires. De telles mesures induiraient des frais supplémentaires, ne seraient-ce que les coûts d'études pour recueillir le consentement de l'intimé et les coûts liés à l'exécution des mesures nécessaires du fait de l'emprise souterraine d'un ouvrage complexe et d'une exploitation ferroviaire. Elle fait valoir qu'en tant que propriétaire d'un immeuble, elle doit prendre toutes les mesures constructives utiles pour réduire les nuisances induites par le trafic ferroviaire. Elle rappelle qu'elle procédera inévitablement à des interventions sur l'immeuble ou à des rénovations. Elle relève que l'intimée n'aura ainsi pas à contribuer à ces coûts rendus nécessaires par la constitution des servitudes litigieuses. Elle estime avoir démontré qu'il s'agissait d'éléments concrets qui ont pour effet que la recourante perdrait des avantages en raison de la constitution de la servitude d'interdiction du droit à bâtir. Elle considère que tous ces éléments ont été ignorés par l'autorité inférieure et que cette dernière a ainsi versé dans l'arbitraire. Elle soutient, par là-même, que l'autorité inférieure a retenu à tort que les conditions de l'indemnisation n'étaient pas réunies au seul motif qu'elle n'envisageait pas de constructions et de rénovations en l'état et que les mesures effectuées montraient que les valeurs-limites seraient respectées. Elle lui reproche enfin d'avoir retenu la date du 6 juillet 2016 comme étant le jour déterminant pour le calcul de la valeur vénale.
L'intimée estime que la recourante se trompe lorsqu'elle prétend que la servitude d'interdiction du droit à bâtir et de superficie pour tunnel ferroviaire auraient eu pour effet de rendre toute la parcelle complètement inconstructible et de rendre plus difficile les rénovations de l'immeuble. Elle relève que ces deux servitudes sont situées à une profondeur de 19 mètres et sur une surface de 3.6 m2 située en extrême bordure de la parcelle. Elles concerneraient ainsi une petite partie latérale de la zone d'extension de sécurité autour du tunnel. Elle rappelle qu'elle n'imposera pas de conditions ou, en tout cas, pas de conditions strictes et coûteuses à l'exécution de travaux de rénovation sur l'immeuble existant. Elle relève que le tunnel souterrain est, en effet, suffisamment éloigné de la limite de la parcelle pour que sa présence ne cause pas une perte d'avantages en raison des servitudes demandées. Elle estime enfin que c'est à tort que la recourante prétend à une indemnité pour chacune des trois servitudes et qu'il y a lieu de les examiner ensemble. Elle relève que la date de l'audience de conciliation est déterminante pour la fixation de la valeur vénale de la parcelle.
6.2 Les principes régissant l'estimation de l'indemnité d'expropriation sont les suivants.
6.2.1 L'expropriation ne peut avoir lieu que moyennant indemnité pleine et entière (art. 16 LEx). L'indemnité doit placer l'exproprié dans une situation économiquement équivalente à celle dont il aurait bénéficié sans expropriation. Elle ne doit ainsi pas conduire à un appauvrissement ou à un enrichissement de l'exproprié (cf. ATF 95 I 453 consid. 2 et 93 I 554 consid. 3 ; arrêt du TAF A-6928/2015 du 2 décembre 2017 consid. 3.1). Selon l'art. 19 LEx, doivent ainsi être pris en considération tous les préjudices subis par l'exproprié en raison de la suppression ou de la diminution de ses droits. L'indemnité comprend notamment la pleine valeur vénale du droit exproprié (let. a), en cas d'expropriation partielle, le montant dont est réduite la valeur vénale de la partie restante (let. b), ainsi que le montant de tous autres préjudices subis par l'exproprié, en tant qu'ils peuvent être prévus, dans le cours normal des choses, comme une conséquence de l'expropriation (let. c).
Le versement d'une indemnité est ainsi soumis à trois conditions cumulatives : l'atteinte à un droit, la réalisation d'un dommage et l'existence d'un rapport de causalité adéquate entre les deux (cf. arrêt du TAF A-6928/2015 précité consid. 3.4 et A-1359/2013 du 5 juin 2014 consid. 4.1 ; Piermarco Zen-Ruffinen/Christine Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, 2001, no 1137). La perte de la valeur vénale du bien-fonds n'est ainsi pas compensée lorsqu'elle aurait eu lieu, malgré tout, en l'absence d'expropriation. A cet égard, une simple probabilité ou attente, fondée sur des considérations conjoncturelles ou économiques, ou sur des prévisions futures sans fondement précis, ne suffit pas à rattacher une perte de la valeur vénale à l'expropriation (cf. Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n° 1138).
6.2.2 Pour le calcul de l'indemnité, les servitudes n'ayant pas de valeur vénale en soi au sens de l'art. 19 let. a LEx, l'indemnité d'expropriation doit être déterminée selon les règles de l'expropriation partielle de l'art. 19 let. b LEx. L'indemnité pleine et entière à verser au propriétaire du fonds grevé au sens de l'art. 16 LEx correspond alors à la dépréciation de la partie restante. Il s'agit ainsi de compenser la différence entre la valeur vénale qu'avait le bien-fonds sans les servitudes et sa valeur avec (cf. ATF 131 II 458 consid. 3.3 et 129 II 420 consid. 3.1.1 ; arrêt du TAF A-1359/2013 du 5 juin 2014 consid. 4.3.2). L'indemnité due pour la constitution des servitudes est ainsi appelée à couvrir la moins-value que la parcelle subit, comme terrain constructible, en raison des restrictions à son utilisation, par exemple en sous-sol (cf. ATF 122 II 246 consid. 4).
Pour fixer l'indemnité due en raison des servitudes, il faut donc tout d'abord déterminer la valeur vénale de la parcelle sans la constitution des servitudes, évaluer la dépréciation qu'entraînent celles-ci sur cette valeur et encore estimer s'il subsiste un dommage résiduel (cf. arrêt du TAF A-552/2016 du 3 juillet 2018 consid. 6.3).
6.2.3 La valeur vénale du bien-fonds sans les servitudes est la valeur qui lui est attribuée dans des circonstances normales, à une époque déterminée et à l'occasion d'un échange d'ordre économique (cf. arrêt du TF 1C_141/2013 du 5 septembre 2013 consid. 5). Elle correspond au prix de vente qui pourrait être obtenu en cas d'aliénation sur le marché, dans des conditions ordinaires (cf. ATF 122 II 246 consid. 4a, 106 Ib 223 consid. 3a et 102 Ib 353 consid. 2). Il s'agit de la valeur objective de l'objet, soit celle qui correspond au prix d'aliénation, étant précisé que les prix spéculatifs, ou au contraire de bradage, ne doivent pas être pris en compte (cf. arrêt du TAF A-4923/2017 du 3 juillet 2018 consid. 5.1.2). Pour ce qui concerne les éléments de nature juridique à retenir dans l'évaluation, ceux-ci relèvent des réglementations de droit public qui définissent les utilisations légales possibles du bien exproprié (cf. arrêt A-4923/2017 précité consid. 5.1.2). La possibilité d'une utilisation meilleure du bien exproprié que celle qui en est faite par l'exproprié doit également être retenue (art. 20 al. 1 LEx), lorsqu'elle parait non seulement plausible, mais hautement vraisemblable dans un proche avenir ; des possibilités purement théoriques ou de vagues projets de meilleure utilisation ne suffisent pas (cf. ATF 129 II 470 consid. 6, 114 Ib 321 consid. 3, 113 Ib 39 consid. 4b et 112 Ib 531 consid. 3).
6.2.4 Conformément à l'art. 22 al. 2 LEx, il faut ensuite tenir compte du dommage résultant de la perte ou de la diminution d'avantages influant sur la valeur vénale et que la partie restante aurait, selon toute vraisemblance, conservés s'il n'y avait pas eu d'expropriation. D'après la jurisprudence, il peut s'agir d'avantages de fait, ou d'éléments concrets ayant une influence sur la valeur vénale. Un lien de causalité adéquate doit pourtant exister entre l'expropriation elle-même et le dommage (cf. ATF 129 II 420 consid. 3.1.2, 114 Ib 321 consid. 3 et 106 Ib 381 consid. 2b). En cas d'expropriation partielle, la jurisprudence prend notamment en considération la perte d'avantages valorisant ou protégeant l'immeuble touché : protection contre les nuisances provenant du voisinage, garantie d'une vue dégagée sur le paysage, interdiction de construire grevant le fonds voisin en vertu d'une servitude, etc. (perte d'un « écran protecteur ») ; cette dépréciation doit être indemnisée (cf. ATF 106 Ib 381 consid. 4b, 104 Ib 79 consid. 1b, 100 Ib 190 consid. 8, 94 I 286 consid. 2 à 4 ; cf. aussi ATF 110 Ib 43 consid. 2, 102 Ib 348 consid. 3b et 98 Ib 329 consid. 1).
6.2.5 Enfin, l'art. 19 let. c LEx permet au propriétaire du fonds grevé de réclamer un dédommagement pour d'autres préjudices pour autant qu'ils soient pécuniaires ou patrimoniaux. En effet, la pleine indemnité prévue à l'art. 16 LEx exclut l'indemnisation d'un préjudice immatériel ou affectif (cf. ATF 112 Ib 531 consid. 4 ; arrêt du TF 1C_173/2007 du 14 septembre 2007 consid. 2.3.2 ; ATAF 2014/16 consid. 12 ; Zen-Ruffinen/Guy-Ecabert, op. cit., n° 1133). Il ne faut toutefois pas confondre ce dommage immatériel non indemnisable au titre de la loi sur l'expropriation avec le dommage entièrement subjectif qui se fonde sur l'intérêt spécial de l'exproprié à conserver son bien-fonds plutôt qu'à le vendre et qui est reconnu par le Tribunal fédéral dans certaines conditions (cf. ATF 113 Ib 39 consid. 2 et 112 Ib 514 consid. 2). Par ailleurs, les inconvénients psychologiques dus à la présence d'une installation souterraine peuvent être pris en compte s'ils affectent la valeur vénale (cf. arrêt du TF du 5 novembre 1975 consid 2c, in : ZBl 77/1976 p. 158 s.). Les effets indirects d'une construction souterraine sur l'usage de la surface doivent être pris en considération dans le calcul de l'indemnité (cf. Mathieu Carrel, le régime du sous-sol en droit suisse, Fribourg 2015, n° 214). C'est par ailleurs la raison pour laquelle les CFF prévoient, dans le groupe de servitudes imposées, une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire (cf. arrêt du TAF A-552/2016 du 3 juillet 2018 consid. 6.1).
6.2.6 La date déterminante pour le calcul est celle de l'audience de conciliation (dies aestimandi ; art. 19bis aLEx), les dispositions transitoires de la modification du 19 juin 2020 précisant que les procédures d'expropriation ouvertes avant l'entrée en vigueur de la modification (le 1er janvier 2021) sont terminées sous le régime de l'ancien droit (al. 1).
Cette date détermine les circonstances de fait et de droit sur lesquelles l'évaluation doit être fondée et porte sur tous les éléments du préjudice énumérés à l'art. 19 let. a à c LEx (cf. ATF 134 II 152 consid. 11.2 et 121 II 350 consid. 5d). Elle ne détermine ainsi pas seulement le statut factuel du bien exproprié, mais aussi son statut juridique. Il peut être fait exception à ce principe s'il apparaît que le régime de planification auquel l'immeuble est soumis constitue, en soi, un effet anticipé de l'expropriation (cf. ATF 134 II 39 consid. 12, 129 II 470 consid. 5 et 119 Ib 366 consid. 5).
6.3 Il s'agit donc de déterminer si l'autorité inférieure a bien apprécié la dépréciation de la parcelle de la recourante à la suite de la constitution des trois servitudes litigieuses et si c'est à bon droit qu'elle a retenu que la parcelle ne subissait aucune perte de valeur et que la recourante ne subissait aucun dommage.
6.3.1 Se fondant sur la situation en date du 6 juillet 2016, l'autorité inférieure a retenu que l'assiette de la servitude de superficie pour tunnel ferroviaire et de la servitude de restriction au droit à bâtir était de 3.60 m2, la profondeur des droits demandés étant de 19.01 mètres. La servitude d'exploitation du tunnel ferroviaire grevait, quant à elle, l'ensemble de la parcelle de l'expropriée, soit 409 m2. Sur la parcelle est érigé un immeuble de 7 étages sur rez comprenant 41 logements, 42 parkings et garages souterrains en 1er et 2e sous-sols et 10 parkings extérieurs. Elle relève que la recourante a confirmé n'avoir aucun projet d'agrandissement ou de construction avec des sous-sols supplémentaires. Elle estime ainsi que la constitution de ces deux servitudes n'entraîne aucune diminution de la valeur du fonds de la recourante.
Quant à la servitude d'exploitation du tunnel ferroviaire, elle relève qu'il n'est pas avéré que cette servitude entraîne une diminution de la valeur de l'immeuble. L'analyse serait toutefois différente si l'exploitation du tunnel ferroviaire devait engendrer des nuisances excessives. Dans ces conditions, elle relève que l'immeuble subirait effectivement une perte de valeur justifiant une indemnisation. Elle souligne toutefois que les premières mesures indiquent que les normes seront respectées, mais qu'il faudra attendre la mise en service du CEVA pour constater l'existence ou non de nuisances liées à l'exploitation du tunnel ferroviaire. Aucun élément au dossier ne lui permet néanmoins de retenir ou de présumer que les normes ne seront pas respectées. Elle relève que, dans l'hypothèse inverse, la recourante pourra faire valoir ses droits.
6.3.2 En l'occurrence, la recourante formulant certains griefs à l'encontre de la date retenue par l'autorité inférieure, il y a lieu de les traiter préalablement.
L'audience de conciliation s'est tenue le 6 juillet 2016. L'autorité inférieure a retenu cette date comme déterminante pour le calcul de l'indemnité conformément au texte clair de l'art. 19bis aLEx. On ne saisit pas en quoi une telle façon de procéder serait problématique. L'arrêt du TAF A-4998/2015 du 17 novembre 2016, sur lequel se fonde la recourante pour prétendre qu'il y a lieu de retenir la date de prise de possession anticipée, ne lui est d'aucun secours. Dans cette affaire, l'expert n'avait pas calculé la valeur vénale du bien au jour de l'audience de conciliation mais au jour de l'envoi en possession anticipée. La commission d'estimation a estimé qu'aucune évolution de la valeur vénale n'était intervenue entre la prise de possession anticipée et l'audience de conciliation, de sorte qu'elle pouvait suivre les conclusions de l'expert quand bien même ce dernier se fondait sur un examen au jour de la prise de possession anticipée. Le Tribunal administratif fédéral a confirmé ce raisonnement au motif qu'aucune preuve ni aucun indice ne démontrait une diminution de la valeur vénale du bien-fonds entre la prise de possession anticipée et l'audience de conciliation. Il a ainsi renoncé à écarter l'expertise pour la seule raison que la date retenue par l'expert n'était pas celle de l'audience de conciliation (consid. 4.2.3.2).
Les propos du Tribunal administratif fédéral - que cite la recourante - selon lesquels « force est d'admettre que c'est précisément l'envoi en possession anticipée et, par conséquent, l'octroi - sous forme de servitude apparente - du droit de passage qui a conduit directement [...] à la diminution de valeur du bien-fonds » (consid. 4.2.3.2) ne doivent pas être sortis de leur contexte : c'est bien la prise de possession anticipée, en tant qu'acte juridique, qui a causé le préjudice. Rien dans le cas d'espèce ne laissait penser au Tribunal administratif fédéral que la valeur vénale du bien-fonds à la date de l'audience de conciliation aurait pu être diminuée depuis la prise de possession anticipée. L'arrêt en question ne remet ainsi pas en cause le principe selon lequel la date déterminante est celle de l'audience de conciliation. Il a uniquement précisé que, dans le cas d'espèce, la valeur vénale de la parcelle n'avait subi aucune diminution entre la prise de possession anticipée et l'audience de conciliation de sorte que l'on pouvait suivre les chiffres avancés par l'expert nonobstant que celui-ci ait évalué la valeur vénale de la parcelle au jour de la prise de possession anticipée.
Il suit de là qu'il n'y a pas lieu de s'écarter de la date retenue par l'autorité inférieure.
6.3.3 Au surplus, le Tribunal constate que l'emplacement de la servitude de restriction au droit à bâtir et de la servitude de superficie pour tunnel ferroviaire se situe à la limite de la parcelle de la recourante, dans le coin nord-est, à une profondeur de 19.01 mètres (cf. extrait du plan d'emprises no 5004). En tenant compte d'une dalle initiale sur sous-sol de 50 centimètres, puis d'un vide d'étage de 2.5 mètres et d'une dalle de 50 centimètres entre chaque sous-sol, une profondeur de 19.01 mètres permet déjà une réalisation d'une construction de six étages en sous-sol (3.5 mètres pour le 1er sous-sol, puis 5 x 3 mètres pour les sous-sols supplémentaires, soit 18.5 mètres). Il suit de là que seule la réalisation d'un bâtiment de plus de six étages en sous-sols sur la zone d'emprise serait empêchée.
Un tel projet n'ouvre la voie à une indemnité que s'il est plausible et hautement vraisemblable dans un avenir proche. En l'état, la parcelle de la recourante se trouve en zone de développement 3. Cette zone est destinée aux grandes maisons affectées à l'habitation, aux commerces et aux activités du secteur tertiaire, dont le gabarit maximum est de 21 m (art. 27 al. 6 de la loi genevoise du 14 avril 1988 sur les constructions et les installations diverses [LCI/GE, RS/GE L 5 05]). La rue dans laquelle se situe la parcelle litigieuse est toutefois majoritairement composée de grandes habitations et de petits commerces. Le Tribunal est ainsi convaincu qu'un projet impliquant la construction de plus de quatre étages supplémentaires en sous-sol ne sera pas réalisé, si tant est qu'il soit réalisable. Une telle construction pourrait éventuellement prendre forme dans le cadre de l'exploitation d'un parking public. Elle dépasse toutefois largement les besoins d'un immeuble de 41 logements, comprenant déjà 42 parkings et garages souterrains en 1er et 2e sous-sols et 10 parkings extérieurs, la recourante restant, dans tous les cas, libre de requérir l'autorisation de construire quelques étages supplémentaires en sous-sol sans que cela n'empiète sur les servitudes litigieuses. Enfin, elle a confirmé en cours de procédure n'avoir aucun projet en ce sens, de sorte que l'on ne saurait en tenir compte dans le cadre d'une utilisation meilleure du bien exproprié.
Il en va de même des arguments avancés en lien avec la géothermie. La recourante se contente d'alléguer, mais ne démontre pas avoir entrepris des démarches liées à la construction d'une installation géothermique. Au surplus, elle peut librement mener ce genre de projet en dehors de la zone d'emprise des servitudes et ne démontre ni n'allègue qu'un tel projet pourrait uniquement être réalisé précisément en passant par la zone d'emprise.
Il suit de là que la parcelle de la recourante ne subit aucune dépréciation de sa valeur résiduelle en lien avec la constitution des servitudes litigieuses. Un calcul d'optimisation visant à déterminer la faisabilité économique d'un projet de construction de plus de quatre sous-sols dans le but d'évaluer l'impact induit par les servitudes litigieuses sur la valeur vénale de la parcelle n'est ainsi pas nécessaire.
6.3.4 La recourante se plaint encore de ce que la constitution des trois servitudes litigieuses diminuerait la valeur résiduelle de sa parcelle. Elle fait valoir qu'un acheteur proposerait nécessairement un prix moins élevé en raison des servitudes inscrites. Pour les mêmes motifs qu'invoqués ci-dessus, la construction de plus de quatre étages en sous-sols, bien que techniquement possible vu le contexte légal et économique, peut être écartée. Quant à la servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire, il n'apparaît pas qu'elle ait eu un impact sur la valeur vénale du bien-fonds, à tout le moins tant que les normes liées à l'exploitation du tunnel ferroviaire sont et seront respectées ; la recourante ne prétend d'ailleurs pas que tel ne serait pas le cas. Il est ainsi permis de douter de l'existence d'effets indésirables et de nuisances sur le bien-fonds de la recourante, ce d'autant plus que le tunnel ferroviaire ne passe pas directement en dessous de la parcelle de la recourante.
6.3.5 La recourante se plaint enfin de ce qu'elle doit se soumettre aux conditions imposées par l'intimée pour tout projet de construction ou de rénovation de son immeuble, même en dehors de l'emprise des servitudes litigieuses et que les conditions fixées par l'intimée lui causeront nécessairement un dommage supplémentaire.
Force est toutefois de constater que la réserve d'approbation de l'intimée, qui figure dans la convention de prise de possession des servitudes, vise uniquement à assurer la sécurité du tunnel ferroviaire. Or, lesdites servitudes se trouvent déjà dans la zone de sécurité qui entoure le tunnel ferroviaire. Cette zone a précisément pour but d'éviter que des projets de construction ou de rénovation autour du tunnel ferroviaire ne mettent à mal sa structure. La recourante verse dans l'exagération en invoquant que l'intimée imposera des mesures impliquant « toujours » des frais supplémentaires et qu'elle n'aura pas à contribuer à « cette explosion des coûts » rendus « nécessaires ». Elle prétend que ses projets de rénovations devront répondre à des conditions « très généralement » et « de manière notoire » imposées par l'intimée aux ouvrages situés à proximité ou au-dessus de voies ferroviaires. En définitive, elle se contente d'alléguer avoir perdu des avantages suite à la constitution de la servitude de superficie pour tunnel ferroviaire et de la servitude de restriction au droit à bâtir en faveur de l'intimée, mais n'apporte aucun élément abondant en ce sens et le Tribunal n'y voit rien de notoire. Au contraire, on peine à imaginer quels projets de rénovation ou de construction, situés en dehors de la zone d'emprise des servitudes litigieuses - et donc en dehors de la zone de sécurité située autour du tunnel ferroviaire - pourraient compromettre l'intégrité du tunnel au point que l'intimée soit obligée d'imposer des charges et conditions importantes. Dans tous les cas, la recourante a confirmé en cours de procédure n'avoir aucun projet de construction ou de rénovation. Son analyse ne se porte ainsi que sur des suppositions abstraites ; elle ne démontre aucunement en quoi elle subirait un dommage supplémentaire indemnisable.
6.3.6 Subsidiairement, il y a lieu de relever que l'autorité inférieure a réservé la possibilité pour la recourante de se prévaloir de dommages supplémentaires liés à la construction et à l'exploitation du tunnel ferroviaire. La recourante ne s'en plaint pas et n'a, de surcroît, jamais fait état de la nécessité d'attendre sa mise en service pour fixer le montant de l'indemnité d'expropriation.
6.4 Il suit de là que la constitution des trois servitudes litigieuses n'a aucun impact sur la valeur vénale de la parcelle de la recourante et que celle-ci n'a subi aucune dépréciation. Au surplus, la recourante ne rend pas plausible qu'elle subisse un dommage supplémentaire.
Partant, c'est à bon droit que l'autorité inférieure a refusé la demande d'indemnisation de la recourante. La décision attaquée ne prête, à cet égard, pas le flanc à la critique.
7.1 Selon l'art. 33 PA, l'autorité admet les moyens de preuve offerts par la partie s'ils paraissent propres à élucider les faits. Par ailleurs, tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst. (cf. supra consid. 5.1), le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes et d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes (cf. ATF 136 I 265 consid. 3.2, 135 II 286 consid. 5.1 et 129 II 497 consid. 2.2). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non-arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (cf. ATF 136 I 229 consid. 5.3, 130 II 425 consid. 2.1, 125 I 127 consid. 6c/cc in fine et 124 I 208 consid. 4a). Elle peut notamment renoncer à une expertise, lorsqu'elle est elle-même une autorité spécialisée et qu'elle dispose, de ce fait, déjà des connaissances spéciales nécessaires ou qu'elle connaît déjà suffisamment bien les circonstances locales pour pouvoir rendre sa décision.
7.2 En l'espèce, c'est à bon droit que l'autorité inférieure a refusé la demande d'indemnisation de la recourante. Partant, on ne saisit pas en quoi l'autorité inférieure aurait violé le droit d'être entendu de la recourante en renonçant, même implicitement, à la mise en place d'une expertise judiciaire tendant à démontrer un fait non-pertinent. Au surplus, il sied de préciser que la Commission fédérale d'estimation, et c'est ainsi que le législateur l'a voulue, est elle-même une autorité spécialisée dont les membres, un juriste et deux professionnels oeuvrent dans des métiers de l'immobilier et qui plus est dans le territoire concerné par la cause (art. 59 al. 2 et 60 al. 1 LEx). Il suit de là que l'expertise est déjà faite par cette autorité. Il n'y aurait lieu de procéder à des expertises externes que dans des cas bien spécifiques et très rares dans lesquels il faudrait admettre que les professionnels qui composent la Commissions fédérale d'estimation ne disposeraient pas des compétences nécessaires (cf. arrêt du TAF A-5498/2018 du 10 juillet 2019 consid. 4). Tel n'est pas le cas dans la présente cause.
Les griefs de la recourante doivent donc être rejetés sur ce point.
Mal fondé, le recours doit en conséquence être rejeté.
9.1 Lorsque le recourant succombe intégralement ou en majeure partie, les frais et les dépens peuvent être répartis autrement ; les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés. Selon la pratique du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, il est notamment possible de réduire ou de supprimer l'indemnité de dépens de l'exproprié (cf. arrêts du TF 1A.108/2006 du 7 novembre 2006 consid. 5 et 1E.16/2005 du 14 février 2006 consid. 6 ; arrêts du TAF A-6434/2018 du 21 décembre 2018 consid. 8.1 et A-2863/2012 du 31 juillet 2012 consid. 6.1).
9.2 L'art. 116 al. 1 LEx constitue ainsi une lex speciali par rapport aux art. 63 et 64 PA. Par conséquent, les dispositions du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec l'art. 116 al. 1 LEx. C'est en particulier le cas en ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument judiciaire (art. 2 al. 1 FITAF) et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens (art. 8 ss FITAF).
9.3 En l'espèce, la recourante a conclu à l'attribution de dépens et à ce que les frais de la cause soient mis à la charge de l'intimée. L'intimée, pour sa part, a conclu à ce que les frais de la procédure soient mis à la charge de la recourante et à ce qu'aucuns dépens ne lui soient octroyés en raison du non-respect du délai de recours. Le Tribunal ayant déclaré le recours recevable (cf. supra consid. 1), les griefs de l'intimée n'ont plus de portée propre. Sur le vu de ce qui précède, il y a lieu de fixer les frais de la procédure à 3'000 francs (art. 4 FITAF) et de les mettre à la charge de l'intimée.
9.4 La recourante est également représentée par un mandataire professionnel. Il y a toutefois lieu de relever que le recours est intégralement rejeté. La plupart des griefs soulevés sont mal fondés et la recourante s'est contentée de les alléguer, sans fournir le moindre élément tendant à démontrer en quoi la décision attaquée aurait pu porter le flanc à la critique. Il suit de là que les frais engendrés par la conclusion d'un mandat avec son mandataire professionnel ne sont pas des frais nécessaires à la défense de ses intérêts (cf. arrêt du TAF A-3050/2019 du 24 août 2020 consid. 6.4 et A-3713/2008 du 15 juin 2011 consid. 35). Il ne lui est dès lors pas alloué de dépens.
L'intimée, qui obtient gain de cause, n'est pas représentée par un mandataire professionnel et dispose des ressources juridiques pour assurer elle-même sa défense. Pour respecter le principe de l'art. 116 al. 1 LEx, elle n'a pas non plus droit à des dépens.
Le recours est rejeté.
Les frais de procédure, d'un montant de 3'000 francs, sont mis à la charge de l'intimée.
Ce montant doit être versé sur le compte du Tribunal après l'entrée en force du présent arrêt. Le délai de paiement est de 30 jours à compter de la date de facturation. Le bulletin de versement sera envoyé par courrier séparé.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est adressé :
à la recourante (acte judiciaire)
à l'intimée (acte judiciaire)
à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège : Le greffier : Claudia Pasqualetto Péquignot Julien Delaye
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition : 16 mars 2021