Entscheiddatum: 19.06.2007Publikationsdatum: 12.07.2007
Cour I
A-1484/2006
{T 0/2}
Arrêt du 19 juin 2007
Composition :
Florence Aubry Girardin (Présidente du collège), Daniel Riedo, Pascal Mollard, juges; Chantal Degottex, greffière.
X._______ SA,
Y._______ SA,
Z._______ SA,
recourantes,
toutes représentées par Me Pierre Weber, avocat, rue de l'Hôpital 12, case postale, 2501 Bienne,
contre
l'Administration fédérale des contributions (AFC), Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité intimée,
concernant
TVA; taxation par estimation; 1er janvier 1995 - 31 décembre 2000
(recours contre la décision de l'Administration fédérale des contributions du 27 juin 2005).
A. Les sociétés X._______ SA, Y._______ SA et Z._______ SA (ci-après: les sociétés) sont des entreprises familiales actives dans le domaine de la construction. Elles sont inscrites dans le registre des assujettis de l'administration fédérale des contributions (ci-après: AFC) depuis le 1er janvier 1995, respectivement sous les numéros de TVA ..., ... et .... Ces sociétés font partie de consortiums pour lesquels il n'existe pas d'assujettissement de groupe.
B. Depuis l'année 2000, l'AFC avait décidé de mener un contrôle externe pour ces sociétés. Après avoir été reporté à plusieurs reprises, le contrôle a finalement été agendé au 29 octobre 2001.
Dans la nuit du 16 au 17 septembre 2001, les données informatiques des sociétés furent volées et détruites.
Ayant été informée de cette perte le 15 octobre 2001, l'AFC annula le contrôle sur place du 29 octobre 2001, les archives de la comptabilité ne pouvant plus être présentées.
C. En novembre et décembre 2001, un contrôle des consortiums dont les sociétés font partie eut lieu. En raison de différences entre les chiffres d'affaires déclarés et les montants ressortant de la comptabilité, l'AFC établit deux décomptes complémentaires (ci-après: DC) datés du 12 février 2002 pour chacune des sociétés concernant la période du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000.
Par courrier du 26 mars 2002, les sociétés contestèrent les DC précités et sollicitèrent la délivrance d'une décision formelle en demandant un délai à l'administration pour lui faire parvenir les moyens de preuve qui lui permettraient de revoir les DC établis.
Une correction de la reprise de l'impôt préalable pour l'année 1996 donna lieu à l'établissement d'un nouveau DC pour Y._______ SA en date du 5 avril 2002
D. Comme aucun nouveau document n'avait été transmis et que le contrôle sur place prévu au mois de juillet avait été annulé, l'AFC confirma le bien-fondé des reprises fiscales ressortant des DC par trois décisions rendues le 4 juillet 2002.
Le 5 août 2002, les sociétés déposèrent trois réclamations contre ces décisions. Elles concluaient à l'annulation des décisions du 4 juillet 2002, à l'annulation des DC contestés, éventuellement à l'établissement de nouveaux DC reposant sur les résultats d'un contrôle se fondant sur une reconstruction de deux périodes fiscales à libre choix de l'AFC, qui seraient des périodes témoins dont le résultat du contrôle permettrait la correction de toute la période, partant du principe que l'impôt avait toujours été déclaré et décompté de la même manière.
A la suite de ces réclamations, l'AFC procéda à un contrôle de plausibilité relatif à l'impôt préalable. Elle en informa les sociétés le 6 août 2003 et leur indiqua que, pour procéder à la "reconstruction" des chiffres d'affaires, elle se fonderait sur les périodes fiscales du 4ème trimestre 2001 et d'un trimestre 2002, à savoir sur des périodes pour lesquelles les sociétés disposaient encore de pièces comptables.
Le 11 août 2003, les sociétés répondirent qu'une telle reconstitution s'avérait inutile, car elle ne portait pas sur la période visée par la procédure en cause. Elles demandèrent à ce qu'une seule période soit reconstituée et que celle-ci s'inscrive dans la période allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000, soit durant les années pour lesquelles la comptabilité avait été détruite.
Le 12 février 2004, l'AFC informa les réclamantes du fait que, sur la base des documents que celles-ci lui avaient remis, elle avait partiellement corrigé la reprise fiscale effectuée et établit de nouveaux DC. Elle leur soumit pour examen des avis de crédit (ci-après: AC) sur la base des DC corrigés, tout en demandant aux sociétés de lui transmettre des documents permettant de procéder à une nouvelle correction des DC, en raison de différences entre les chiffres d'affaires déclarés et les montants ressortant de la comptabilité.
Certaines pièces furent ainsi remises à l'administration par envoi du 19 avril 2004, laquelle put ainsi corriger la reprise et transmettre aux sociétés de nouveaux AC et DC. L'AFC précisa que les AC annulaient les chiffres retenus dans les DC précédents et que les DC fournis tenaient compte de la situation présentée lors du contrôle. Elle ajouta qu'un poste pouvait encore être précisé et donna un délai au 16 août 2004 aux sociétés pour fournir les pièces s'y référant.
De nouveaux documents ayant été produits par les sociétés dans le délai imparti, l'AFC modifia la reprise fiscale et en informa celles-ci le 23 septembre 2004, leur donnant un délai pour faire part de leur ultime détermination.
Le 10 octobre 2004, les sociétés se prononcèrent sur la nouvelle reprise d'impôt, en reprenant les arguments développés dans leurs précédents courriers, mais sans fournir d'éléments permettant, selon l'AFC, de procéder à une nouvelle correction de la reprise fiscale.
Finalement, par décision du 27 juin 2005, l'AFC admit partiellement les réclamations des sociétés et détermina les sommes dues à titre de TVA pour la période du 1er trimestre 1995 au 4ème trimestre 2000 (du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000). En substance, il en ressort que la reprise fiscale a été fixée à Fr. 695'521.-- pour X._______ SA, à Fr. 176'836.-- pour Y._______ SA et à Fr. 88'321.-- pour Z._______ SA, soit un montant total de Fr. 960'678.-- pour la période du 1er trimestre 1995 au 4ème trimestre 2000, avec intérêts moratoires à 5 % depuis la date indiquée sur les AC et les DC.
E. Contre la décision du 27 juin 2005, les sociétés (ci-après: les recourantes) interjettent, par l'intermédiaire de leur représentant, Me Pierre Weber, avocat à Bienne, recours auprès de la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission de recours) par acte du 29 août 2005. Elles concluent, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de la reprise fiscale telle que détaillée dans la décision sur réclamation du 27 juin 2005 et à l'admission de leurs réclamations du 5 août 2002.
En substance, les recourantes considèrent qu'elles ont dûment collaboré à la reconstitution de leurs chiffres d'affaires et que celle-ci doit s'effectuer aussi près que possible de la période concernée, les périodes proposées par l'AFC n'étant selon elles pas déterminantes. Elles estiment également qu'elles n'ont pas à pâtir du changement de système de perception de la TVA.
Par réponse du 11 novembre 2005, l'AFC conclut au rejet du recours, sous suite de frais.
En date du 21 décembre 2006, les recourantes ont communiqué à la Commission de recours le jugement rendu le 24 octobre 2006 par le Tribunal d'arrondissement de Bienne-Nidau, qui reconnaît la culpabilité de trois personnes pour vol, dommage à la propriété et violation de domicile à l'encontre des recourantes durant la nuit du 16 au 17 septembre 2001.
F. A fin 2006, la Commission de recours a transmis le dossier au Tribunal administratif fédéral et début 2007, les parties ont été informées de la composition du collège appelé à statuer.
Par lettre du 13 mars 2007, l'AFC a indiqué que le jugement du 24 octobre 2006 était sans incidence sur le litige, puisque les raisons pour lesquelles les pièces comptables faisaient défaut n'influençaient pas la détermination du montant de l'impôt par voie d'estimation.
Les autres faits seront repris, en tant que besoin, dans les considérants qui suivent.
Le Tribunal administratif fédéral considère :
1.1. Jusqu'au 31 décembre 2006, les décisions sur réclamation rendues par l'AFC pouvaient faire l'objet d'un recours auprès de la Commission de recours dans les trente jours qui suivaient leur notification (art. 53 de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée [OTVA, RO 1994 1464 et les modifications ultérieures] dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2006).
Depuis le 1er janvier 2007 et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui-ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021] prises par les autorités mentionnées aux art. 33 et 34 LTAF, auxquelles l'AFC appartient.
Dès lors, conformément à l'art. 53 al. 2 LTAF, les recours pendants devant les Commissions fédérales de recours ou d'arbitrage ou devant les services de recours des départements au 1er janvier 2007 sont traités par le Tribunal administratif fédéral dans la mesure où il est compétent. Les recours sont jugés sur la base du nouveau droit de procédure. Selon les art. 37 LTAF et 2 al. 4 PA, la procédure devant le Tribunal administratif fédéral est régie par la PA, pour autant que la LTAF n'en dispose pas autrement.
1.2. En l'espèce, la décision sur réclamation de l'autorité fiscale a été rendue le 27 juin 2005 et a été notifiée le lendemain au représentant des recourantes. Le recours a été adressé à la Commission de recours le 29 août 2005. Compte tenu des féries prévues par l'art. 22a let. b PA dans sa teneur avant le 1er janvier 2007, selon lequel les délais fixés en jours ne courent pas du 15 juillet au 15 août inclusivement, le recours est intervenu dans le délai légal prescrit par l'art. 50 PA. En outre, le recours satisfait aux exigences posées aux art. 51 et 52 PA. Il est par conséquent recevable et il convient d'entrer en matière.
L'AFC s'est prononcée sur la situation de chacune des trois sociétés recourantes dans une seule décision, à savoir la décision attaquée du 27 juin 2005. Comme le litige concerne un problème juridique identique, les trois sociétés ont déposé un recours commun auprès de la Commission de recours, respectivement du Tribunal administratif fédéral, prenant des conclusions valables pour l'ensemble d'entre elles. Dans ces circonstances, le Tribunal de céans se prononcera dans un seul arrêt sur la situation des trois recourantes.
La question litigieuse porte sur le bien-fondé de la taxation par estimation à laquelle a procédé l'AFC telle qu'elle ressort de la décision attaquée du 27 juin 2005.
3.1. L'OTVA, entrée en vigueur le 1er janvier 1995, a été remplacée, dès le 1er janvier 2001, par la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA, RS 641.20). Selon l'art. 93 al. 1 LTVA, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'OTVA s'applique dès lors au présent litige, qui porte sur des périodes fiscales allant du 1er trimestre 1995 au 4ème trimestre 2000.
3.2. La décision attaquée définit l'objet du litige et limite la contestation à ce qui a été ou aurait dû être réglé dans la procédure devant l'instance précédente (ATF 131 V 164 consid. 2.1, 125 V 413 consid. 1; Moor, op. cit, p. 567). Les recourantes ne peuvent donc s'en prendre qu'à des objets découlant de l'acte entrepris. Elles ne peuvent soulever, dans leur recours devant le Tribunal administratif fédéral, des critiques sur des points qu'ils n'auraient pas contestés devant l'instance inférieure. En revanche, ils peuvent se plaindre du fait que c'est à tort que l'autorité qui a rendu la décision attaquée n'a pas abordé certains arguments.
L'AFC a procédé à une taxation par estimation s'agissant d'une part de la déduction de l'impôt préalable et, d'autre part, du montant d'impôt dû par ces dernières. Le solde de la reprise fiscale relative à l'impôt préalable n'a pas été examiné dans la décision attaquée, l'autorité relevant que ce point n'était pas contesté. Dès lors que les recourantes ne critiquent pas la décision entreprise à ce sujet dans leur recours devant le Tribunal administratif fédéral, cet aspect ne sera pas revu dans la présente procédure. Il en va de même de la part privée d'utilisation des véhicules, ainsi que des reprises fiscales liées à des erreurs de décompte liées au changement d'une méthode de calcul durant la période considérée, à savoir le passage du décompte selon les contre-prestations convenues à celui selon les contre-prestations reçues.
Seul sera ainsi examiné le bien-fondé de la taxation par estimation du chiffre d'affaires des recourantes à laquelle a procédé l'AFC, afin d'établir le montant de l'impôt dû par ces sociétés.
Les recourantes indiquent au préalable qu'elles entendent faire valoir l'exception de prescription, tout en étant prêtes à y renoncer si l'AFC n'invoque pas elle aussi la prescription à l'encontre de leurs prétentions relatives à l'imputation de l'impôt préalable. L'autorité intimée n'ayant pas fait valoir ce moyen, il convient d'admettre que l'exception de prescription n'est pas soulevée. Au demeurant, l'exception aurait de toute manière été rejetée. En effet, le courrier de l'AFC aux recourantes du 29 septembre 2000 constitue clairement un acte interruptif de prescription au sens de l'art. 40 al. 2 OTVA (cf. JAAC 67.17 consid. 3a-b).
Le litige suppose de se demander, dans un premier temps, si l'AFC était en droit de procéder à une taxation par estimation.
5.1. Dans le système de l'auto-taxation prévu aux art. 37 et 45 OTVA, c'est à l'assujetti de de s'annoncer spontanément auprès de l'AFC et de déclarer l'impôt et l'impôt préalable. L'AFC joue avant tout le rôle de contrôleur (Jean-Marc Rivier/Annie Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, la taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, p. 168). Pour permettre le contrôle, l'assujetti a certaines obligations. Il doit renseigner l'AFC, en faisant preuve de diligence, sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance pour la constatation de l'assujettissement ou pour le calcul de l'impôt (art. 46 OTVA). Il doit également tenir ses livres comptables régulièrement et de telle manière que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent y être constatés aisément et de manière sûre (art. 47 al. 1 1ère phrase OTVA). L'obligation de conserver en bon ordre les livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents subsiste pendant six ans voire plus longtemps si le délai de prescription de la créance fiscale n'est pas encore arrivé à expiration (cf. art. 47 al. 2 OTVA). Si les documents comptables font défaut ou sont incomplets, ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'AFC procède à une estimation dans les limites de son pouvoir d'appréciation (art. 48 OTVA). Une taxation par voie d'estimation s'impose ainsi chaque fois que, sur la base des documents comptables à disposition, il n'est pas possible d'établir une taxation en bonne et due forme (Nicolas Schaller/Yves Sudan/Pierre Scheuner/Pascal Huguenot, TVA annotée, Genève-Zurich-Bâle 2005, art. 64 LTVA, p. 267). Lorsque les documents comptables sont inexistants, l'AFC est en droit de procéder par voie d'estimation (JAAC 68.19 consid. 4a; en matière de sinistre, voir l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.552/2006 du 1er février 2007 consid. 4.2; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, publié in Archives de droit fiscal suisse [Archives] vol. 69, p. 511 ss, p. 542 et les références citées).
5.2. Il découle du système mis en place par les art. 46 et 47 OTVA que c'est l'assujetti qui porte la responsabilité de la présentation et de la conservation des documents comptables permettant à l'AFC de contrôler le bien-fondé de ses déclarations. Dès que ces documents font défaut, l'AFC est en droit de procéder à une taxation par estimation, peu importe que l'assujetti n'ait commis aucune faute et ne soit en rien responsable de la disparition des pièces comptables (Mollard, op. cit., p. 545).
5.3. En l'espèce, il ressort du dossier qu'en raison du vol survenu dans la nuit du 16 au 17 septembre 2001, les sociétés n'ont plus été en mesure de présenter des documents comptables complets au moment du contrôle de l'AFC qui était prévu le 29 octobre suivant. En vertu des principes précités, l'AFC était fondée à procéder à une taxation par estimation au sens de l'art. 48 OTVA, peu importe que les recourantes n'aient pas été responsables de la destruction de leur comptabilité.
6.1. Il découle de l'art. 48 OTVA que l'AFC doit, lorsqu'elle procède à une taxation par estimation, rester dans les limites de son pouvoir d'appréciation. Lorsqu'elle effectue une estimation du chiffre d'affaires, l'autorité de taxation doit tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause; elle doit s'appuyer sur des données plausibles et aboutir à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité, ce que prescrit l'art 48 OTVA en exigeant que l'Administration fédérale procède "dans les limites de son pouvoir d'appréciation" (arrêt du Tribunal fédéral 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 et l'arrêt cité; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1721/2006 du 6 mars 2007 consid. 4.1; Mollard, op. cit., p. 546). Entrent en ligne de compte d'une part les méthodes qui tendent à compléter ou à reconstruire une comptabilité déficiente et, d'autre part, celles qui s'appuient sur les chiffres d'expérience en relation avec des résultats partiels incontestés ressortant de la comptabilité (arrêt du Tribunal fédéral 2A.253/2005 du 3 février 2006 consid. 4.2; Schaller/Sudan/Scheuner/Huguenot, op. cit., art. 60 LTVA p. 270 et les références citées).
6.2. Dans la procédure de recours, l'assujetti peut contester l'estimation du chiffre d'affaires en tant que telle et il a la possibilité de fournir des moyens de preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de l'estimation effectuée par l'administration. Si les conditions de la taxation par voie d'estimation sont remplies, c'est à lui qu'il appartient de prouver que l'estimation ne correspond manifestement pas à la réalité (arrêt du Tribunal administratif fédéral du 6 mars 2007 précité consid. 4.1 et les référence citées; en ce sens également, voir Schaller/-Sudan/Scheuner/Huguenot, op. cit., art. 60 LTVA ch. 2.3 p. 270).
6.3. Comme chaque fois que l'autorité intimée dispose d'un pouvoir d'appréciation, le Tribunal administratif fédéral adopte une certaine réserve lorsqu'il revoit l'opportunité de la décision attaquée. Il ne substitue pas sa propre appréciation à celle de l'autorité qui a rendu la décision, mais n'intervient qu'en cas d'abus (Arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1779/2006 du 15 mars 2007 consid. 2). Dans ce contexte, la jurisprudence rendue par la Commission de recours en matière de contributions demeure applicable : ce n'est ainsi qu'au moment où l'assujetti apporte la preuve du fait que l'instance précédente a commis d'importantes erreurs d'appréciation lors de l'estimation que le Tribunal de céans va revoir lui-même celle-ci (JAAC 68.19 consid. 1c, 67.124 consid. 2c, 67.122 consid. 3c/cc, 67.82 consid. 4a/cc). Il doit toutefois intervenir lorsque les éléments du dossier font apparaître ab initio une violation du pouvoir d'apréciation de l'AFC (JAAC 67.128 consid. 5b/bb).
6.4. En l'espèce, l'AFC s'est fondée, pour estimer le chiffre d'affaires des recourantes, sur deux périodes pour lesquelles il existait des pièces, soit le 4ème trimestre 2001 et un trimestre de 2002. Elle a en outre adapté à plusieurs reprises l'évaluation découlant de cette période en fonction des documents que lui ont remis les recourantes dans la phase qui a précédé la décision attaquée. En fonction de ces pièces, l'AFC a procédé à diverses corrections de la reprise fiscale initiale en faveur des recourantes. Elle a toutefois refusé de se fonder sur une partie des éléments proposés par celles-ci les estimant comme non probants, et ne s'est pas davantage fondée sur les décomptes qui avaient été élaborés et remis par les sociétés elles-mêmes.
On ne voit pas qu'en procédant de la sorte l'AFC ait dépassé son pouvoir d'appréciation. En effet, elle s'est fondée sur la situation particulière des recourantes qui, en raison du vol, ont subi la destruction de la plupart de leurs documents comptables pour la période fiscale considérée. Dans ce contexte bien spécial, le procédé consistant à prendre comme référence une période pour laquelle les sociétés étaient en mesure de produire des pièces comptables, même si celle-ci était postérieure à la période fiscale considérée n'est pas contraire aux principes régissant la taxation par estimation, ce d'autant que l'AFC a ensuite adapté l'estimation du chiffre d'affaires découlant de cette période en fonction des informations fournies par les recourantes se rapportant à la période fiscale en cause.
Comme l'a relevé pertinemment l'AFC, il ne s'agissait pas de reconstruire le chiffre d'affaires effectivement déclaré pendant la période concernée, mais bien de vérifier que le montant déclaré correspondait bien au chiffre d'affaires effectivement réalisé pendant ce même laps de temps. Le fait que l'AFC n'ait pas utilisé les décomptes élaborés et remis par les sociétés s'explique par le fait que, dans le cadre d'une taxation par estimation, l'objectif ne se limite pas à contrôler que le justiciable a correctement calculé l'impôt dû en fonction du chiffre d'affaires déclaré par ses soins sur la base de ses propres décomptes, mais il porte également sur la vérification de la plausibilité des montants sur la base desquels le justiciable a calculé la TVA due. Or, en l'absence de pièces comptables complètes se rapportant à la période considérée, l'AFC pouvait, lors de son appréciation du chiffre d'affaires effectivement réalisé par les sociétés, se fonder sur des documents comptables portant sur une autre période, puis procéder par extrapolation lorsqu'elle a procédé à son contrôle.
En conclusion, rien ne permet de conclure que l'AFC aurait abusé de son pouvoir d'appréciation lorsqu'elle a retenu les chiffres d'affaires figurant dans la décision attaquée, sur la base desquels elle a rendu la taxation sur estimation contestée.
6.5. Il reste à examiner si les recourantes parviennent à démontrer, dans leur écriture, le caractère manifestement erroné de cette estimation.
6.5.1. Les recourantes décrivent, avec moult détails, la procédure suivie par l'AFC. Certes, durant la phase ayant précédé le prononcé de la décision entreprise, l'administration est revenue à plusieurs reprises sur les DC. Ce faisant, elle a toutefois partiellement tenu compte des pièces produites par les recourantes et a corrigé son estimation en faveur de celles-ci, de sorte que ce procédé n'a pas été en défaveur des sociétés. Le fait que l'AFC n'ait pas pris en compte l'ensemble des documents produits n'est pas suffisant pour établir le caractère erroné de l'estimation. Sur ce point, on peine du reste à saisir concrètement de quoi se plaignent les recourantes.
6.5.2. En ce qui concerne l'estimation du chiffre d'affaires en elle-même, les recourantes admettent l'inexistence des pièces comptables relatives aux exercices 1995-2000, mais reprochent à plusieurs reprises à l'AFC de leur en avoir fait subir les conséquences, alors qu'elles ont été victimes d'un vol. Une telle position ne peut être suivie, dès lors que, selon le système mis en place en matière de TVA, le justiciable porte la responsabilité de la fourniture des pièces comptables, peu importe qu'aucune faute ne lui soit imputable (cf. supra consid. 6.1 et 6.2). En conséquence, les recourantes ne sauraient se plaindre de devoir supporter les conséquences fiscales de la disparition de leurs pièces comptables.
6.5.3. Les recourantes critiquent l'affirmation de l'AFC figurant dans la décision attaquée, selon laquelle l'administration aurait pu se contenter en l'absence de toute pièce comptable de confirmer le bien-fondé de son estimation. Dès lors que l'administration a tout de même revu son estimation initiale et a tenu compte d'une partie des documents produits ultérieurement par les recourantes, le grief ne porte que sur la motivation de la décision attaquée et n'a aucune consistance.
6.5.4. Les recourantes reprochent à l'AFC de ne pas avoir précisé, à une exception près, quelles étaient les erreurs comptables l'ayant conduite à ne pas revoir son estimation. Ce faisant, elles se plaignent implicitement de la motivation de la décision attaquée.
La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu, le devoir pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, l'attaquer utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (ATF 129 I 232 consid. 3.2). Il y a également violation du droit d'être entendu si l'autorité ne satisfait pas à son devoir minimum d'examiner et de traiter les problèmes pertinents (ATF 124 II 146 consid. 2a; 122 IV 8 consid. 2c). Il suffit cependant que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 129 I 232 consid. 3.2). L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, lui apparaissent pertinents (ATF 126 I 97 consid. 2b).
Selon la décision attaquée, l'AFC a indiqué qu'elle ne pouvait annuler la reprise fiscale comme le souhaitaient les recourantes, dès lors que les contrôles auxquels elle avait procédé laissaient apparaître des différences et des erreurs de décompte. Dans ce contexte, elle a cité l'exemple de la participation au consortium pour "S._______" qui aurait rapporté un montant de Fr. 99'169.78, alors que la comptabilité présentait un montant de Fr. 248'695.65. Une telle motivation permet de comprendre les motifs qui l'ont conduit à ne pas donner droit aux recourantes, sans que l'AFC ait été tenue de décrire toutes les erreurs dont elle s'était aperçue. Les recourantes ne peuvent lui reprocher de ne pas avoir suffisamment motiver sa décision sur ce point.
6.5.5. Les recourantes soutiennent qu'elles n'ont pas à supporter les conséquences du changement de régime fiscal, à savoir le passage du système fondé sur les prestations reçues à celui fondé sur les prestations convenues. Elles se contentent toutefois d'affirmer que ce changement a entraîné des difficultés supplémentaires dans la preuve de leur chiffre d'affaires effectif, mais sans expliquer pourquoi. On ne voit du reste pas en quoi ce régime est propre à établir le caractère manifestement erroné de l'estimation établie par l'administration, qui seul fait l'objet du présent litige (cf. supra consid. 4.2).
6.5.6. Selon les recourantes, l'AFC aurait dû tenir compte du fait qu'elles se sont toujours comportées correctement envers l'AFC, en lui envoyant leurs décomptes en temps utile et dans les formes prescrites et en versant les acomptes dus. Comme déjà indiqué, lorsqu'elle est en devoir, comme en l'espèce, de procéder à une estimation fiscale, l'administration doit se demander quel est le chiffre d'affaires effectivement réalisé par le contribuable en fonction des éléments à sa disposition et ne se limite pas à vérifier que l'impôt a été correctement calculé sur la base du chiffre d'affaires déclaré. Dans cette optique, les recourantes ne peuvent lui faire grief de ne pas avoir repris, comme base de son estimation, les chiffres résultant de leurs propres décomptes, peu importe leur qualité et le paiement régulier des acomptes.
6.5.7. Il appartient au contribuable de renseigner l'AFC, en faisant preuve de diligence, sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance en particulier pour le calcul de l'impôt (cf. art. 46 OTVA), et il doit également fournir les pièces comptables nécessaires (cf. art. 47 al. 1 1ère phrase OTVA). Les recourantes perdent de vue leurs propres obligations légales, lorsqu'elles reprochent à l'AFC de leur avoir demandé de nombreux renseignements et qu'elles se prévalent de leur collaboration étendue. Cette question n'a rien à voir avec la répartition du fardeau de la preuve dans le cadre d'une demande de réduction de l'impôt ni ne procède d'une violation du principe inquisitorial.
6.5.8. En définitive, les recourantes formulent de nombreuses critiques tendant à remettre en cause la méthode d'estimation adoptée par l'AFC, lui reprochant de ne pas avoir suffisamment tenu compte de leurs propres décomptes pour la période 1995-2000. Comme indiqué (cf. supra consid. 7.4), l'AFC n'a toutefois pas abusé de son pouvoir d'appréciation en estimant les montants dus par les recourantes sur la base d'une période postérieure, pour laquelle elle possédait des pièces comptables, puis en adaptant son estimation en fonction des renseignements ultérieurs fournis par les sociétés. En revanche, les recourantes ne démontrent en aucun cas, comme il leur aurait appartenu de le faire, dès lors que l'AFC était en droit de procéder par estimation, que le résultat de la taxation serait manifestement erroné.
En pareilles circonstances, le recours ne peut qu'être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
Les frais de procédure, par Fr. 6'500.--, sont mis à la charge des recourantes et imputés sur l'avance de frais du même montant.
Il n'est pas alloué d'indemnité à titre de dépens.
Le présent arrêt est communiqué :
au représentant des recourantes (acte judiciaire)
à l'autorité intimée (acte judiciaire)
La Présidente du collège: La greffière:
Florence Aubry Girardin Chantal Degottex
Voies de droit
Les arrêts du Tribunal administratif fédéral peuvent être attaqués dans les 30 jours suivant leur notification au Tribunal fédéral à Lausanne. Le recours n'est pas recevable contre les décisions sur la remise de contributions ou l'octroi d'un sursis de paiement. Le mémoire de recours, rédigé dans une langue officielle, doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et être signé. Il doit être remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral, soit à son attention, à la Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (cf. art. 42, 48, 54, 83 let. m et art. 100 de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF, RS 173.110]).
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