Entscheiddatum: 14.04.2011Publikationsdatum: 05.03.2012
9 Wirtschaft - Technische Zusammenarbeit Economie - Coopération techniqueEconomia - Cooperazione tecnica
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Extrait de l'arrêt de la Cour Idans la cause Helvetia Nostra, Schweizer Vogelschutz SVS/BirdLife Schweiz et Pro Natura - Schweizerischer Bund für Naturschutzcontre Département de la sécurité et de l'environnement de l'Etat de Vaud, Département de la gestion du territoire du canton de Neuchâtel, Direction des institutions, de l'agriculture et des forêts du canton de Fribourg et Office fédéral de l'environnementA-2030/2010 du 14 avril 2011
Mesures de régulation de populations de cormorans au sein d'une réserve d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale.
Art. 5, art. 11 et art. 12 LChP. Art. 9 al. 1 OROEM. Art. 718 et art. 919 al. 1 CC.
L'art. 9 al. 1 OROEM permet aux cantons d'ordonner, sur autorisation de l'Office fédéral de l'environnement, des mesures de régulation d'espèces non protégées d'oiseaux sauvages vivant dans une réserve d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale et nationale (consid. 3).
L'application de l'art. 9 al. 1 OROEM suppose la présence avérée ou hautement vraisemblable de dommages intolérables causés par des animaux de l'espèce visée. Malgré les termes utilisés (« prévention de dommages »), une intervention purement préventive ne peut faire l'objet d'une autorisation selon cette disposition (consid. 4.2).
La notion de « dommages » au sens de l'art. 9 al. 1 OROEM doit être comprise dans un sens large recouvrant non seulement les dégâts causés à des biens publics tels la faune ou la flore, mais également le dommage causé au patrimoine privé, par exemple à un pêcheur professionnel (consid. 4.3). Le dommage de ce dernier comprend non seulement les dégâts matériels causés aux filets de pêche, mais également les pertes subies en termes de poissons disparus, dévorés ou abîmés alors qu'ils se trouvaient à l'intérieur desdits filets (consid. 5.3).
L'art. 9 al. 1 OROEM exige un lien de causalité entre l'action des animaux de l'espèce visée et le dommage. Sont exclus du calcul les dégâts clairement attribuables à une autre espèce animale ou à une autre cause (consid. 5.4-5.5).
Pour être intolérable au sens de l'art. 9 al. 1 OROEM, il ne suffit pas que le dommage soit important; encore faut-il qu'il soit insupportable ou à tout le moins considérable. Une perte de rendement moyenne d'environ 2,5 % par an n'est pas intolérable pour un pêcheur professionnel (consid. 5.6).
Les mesures de régulation fondées sur l'art. 9 al. 1 OROEM doivent respecter le principe de la proportionnalité, ce qui suppose qu'elles doivent être aptes à atteindre le but visé, qui est de réduire le dommage causé, et nécessaires pour atteindre ce but (consid. 8).
Massnahmen zur Regulierung der Kormoran-Population in einem Wasser- und Zugvogelreservat von internationaler Bedeutung.
Art. 5, Art. 11 und Art. 12 JSG. Art. 9 Abs. 1 WZVV. Art. 718 und Art. 919 Abs. 1 ZGB.
Art. 9 Abs. 1 WZVV erlaubt es den Kantonen - mit Bewilligung des Bundesamts für Umwelt - Massnahmen zur Regulierung nicht geschützter Wildvogelarten anzuordnen, welche in einem Wasser- und Zugvogelreservat von internationaler und nationaler Bedeutung leben (E. 3).
Die Anwendung von Art. 9 Abs. 1 WZVV setzt das Vorhandensein oder die hohe Wahrscheinlichkeit untragbarer Schäden voraus, welche von diesen Tierarten verursacht wurden. Trotz des verwendeten Begriffs (« Verhütung von Schäden ») kann eine reine Präventionsmassnahme nicht Gegenstand einer Bewilligung sein (E. 4.2).
Der Begriff « Schäden » im Sinne von Art. 9 Abs. 1 WZVV ist weit auszulegen. Geschützt sind nicht nur der öffentliche Grund und Boden wie beispielsweise Fauna und Flora, sondern auch das Privateigentum - beispielsweise dasjenige eines Berufsfischers (E. 4.3). Der Schaden des Berufsfischers umfasst nicht nur die zerstörten Netze, sondern auch die erlittenen Verluste durch aus den Netzen entfernte, gefressene oder beschädigte Fische (E. 5.3).
Art. 9 Abs. 1 WZVV verlangt einen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Verhalten der Tiere und dem Schaden. Schäden, verursacht durch andere Tierarten, können in die Schadensberechnung nicht miteinbezogen werden (E. 5.4-5.5).
Um als untragbar im Sinne von Art. 9 Abs. 1 WZVV zu gelten, reicht ein bedeutender Schaden nicht aus. Der Schaden muss unerträglich oder zumindest erheblich sein. Ein durchschnittlicher Ertragsverlust von 2,5 % pro Jahr ist für einen Berufsfischer zumutbar (E. 5.6).
Die gestützt auf Art. 9 Abs. 1 WZVV getroffenen Regulationsmassnahmen müssen notwendig, verhältnismässig und geeignet sein, das anvisierte Ziel der Schadenminderung zu erreichen (E. 8).
Provvedimenti per la regolazione delle popolazioni di cormorani in una riserva di uccelli acquatici e migratori di importanza nazionale.
Art. 5, art. 11 e art. 12 LCP. Art. 9 cpv. 1 ORUAM. Art. 718 e art. 919 cpv. 1 CC.
Située dans la région du Bas-Lac de Neuchâtel, sur le territoire des cantons de Neuchâtel, Vaud et Berne, la réserve d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale du Fanel et du Chablais de Cudrefin (ci-après: réserve du Fanel) est le site de nidification le plus important de Suisse pour les oiseaux d'eau. De nombreux oiseaux migrateurs, dont des cormorans, utilisent également régulièrement le site. La réserve comprend notamment, sur le site du Fanel, deux îles artificielles, l'une située dans le canton de Neuchâtel, l'autre dans le canton de Berne.
Depuis quelques années, les populations de cormorans génèrent des conflits avec les pêcheurs professionnels. C'est ainsi qu'un plan de mesures dit « Cormoran et pêche » a été élaboré à l'échelle suisse en 1995, puis en 2005, par des représentants des milieux de la pêche et de la protection des oiseaux (ci-après: plan de mesures 2005).
Par lettre du 15 mars 2010, les départements chargés de la protection de la nature des cantons de Vaud (intimé 1), Neuchâtel (intimé 2) et Fribourg (intimé 3) ont demandé conjointement à l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) de les autoriser à prendre, dans leurs cantons respectifs, des mesures au sens de l'art. 9 al. 1 de l'ordonnance du 21 janvier 1991 sur les réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale et nationale (OROEM, RS 922.32) visant à limiter la reproduction des cormorans dans la réserve du Fanel.
Par décision du 25 mars 2010, l'OFEV a fait droit à cette demande aux conditions et aux charges suivantes:
« a) L'autorisation couvre les mesures suivantes:
i. poser des clôtures sur les rives;
ii. enlever les résidus de nids de la saison précédente;
iii. intervenir sur les nids: utilisation d'huile sprayée sur les oeufs pondus.
b) La mesure iii. sera réalisée seulement après que les mesures i. et ii. auront été mises en oeuvre.
c) Les mesures ne peuvent être menées que sur le territoire des cantons requérants.
d) Les services spécialisés des cantons requérants veillent à ce que les mesures soient coordonnées avec les services de protection de la nature et avec le service forestier (art. 9 al. 2 OROEM).
e) L'autorisation est limitée au 31 décembre 2011.
f) Les cantons requérants analysent les effets des mesures de régulation. Ils recensent en particulier les mesures prises et leurs effets (dommages, pontes). S'agissant des pontes, ils comparent le territoire d'intervention avec la partie de la réserve du Fanel qui relève de l'autorité du canton de Berne où aucune mesure de régulation n'est autorisée dans la présente décision.
g) Les cantons requérants présentent au 31 décembre de chaque année à l'OFEV un rapport commun sur les mesures prises dans le cadre de l'essai et sur ses effets ainsi que sur d'autres mesures préventives. »
Dans sa décision, l'OFEV a admis que les conditions de l'art. 9 al. 1 OROEM, en particulier celle du dommage intolérable, étaient réalisées dans le cas d'espèce.
Le 29 mars 2010, l'association Helvetia Nostra (recourante 1) a recouru contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral, concluant à son annulation. Par acte du 23 avril 2010, complété le 26 avril suivant, les associations Schweizer Vogelschutz SVS/BirdLife Schweiz et Pro Natura - Schweizer Bund für Naturschutz (recourantes 2 et 3) ont également formé recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision de l'OFEV (autorité inférieure) du 25 mars 2010, concluant à son annulation. Le Tribunal administratif fédéral a joint les deux procédures de recours.
Par écriture du 2 juillet 2010, l'autorité inférieure conclut au rejet des recours déposés.
Le canton de Neuchâtel a également produit sa réponse aux recours le 2 juillet 2010, concluant à leur rejet.
Le Tribunal administratif fédéral admet les recours et annule la décision attaquée.
Extrait des considérants:
3.1 La loi sur la chasse du 20 juin 1986 (LChP, RS 922.0) a notamment pour but de conserver la diversité des espèces et des biotopes des mammifères et des oiseaux, tel le cormoran, vivant en Suisse à l'état sauvage (art. 1 al. 1 let. a et art. 2 let. a LChP). Elle distingue les espèces pouvant être chassées des espèces protégées. Selon l'art. 5 al. 1 let. o LChP, le cormoran est une espèce d'oiseau pouvant en principe être chassée, sauf du 1er février au 31 août (période de protection). Les réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs, telle la réserve d'importance internationale du Fanel, font l'objet d'un régime particulier de protection; la chasse y est en particulier interdite toute l'année, que l'espèce soit protégée ou non (cf. art. 11 al. 1 et art. 5 LChP et ordonnance du 21 janvier 1991 sur les réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale et nationale [OROEM, RS 922.32]; cf. également la Convention du 2 février 1971 relative aux zones humides d'importance internationale particulièrement comme habitats des oiseaux d'eau [RS 0.451.45], entrée en vigueur pour la Suisse le 16 mai 1976; cf. enfin le Plan de gestion de la réserve du Fanel établi en juillet 2009). Le Conseil fédéral est par ailleurs habilité à édicter des dispositions concernant la protection dans les réserves (art. 11 al. 6 LChP).
3.2 Selon l'art. 12 al. 1 LChP, les mesures de prévention en cas de dommages causés par la faune sauvage sont du ressort des cantons. La LChP prévoit trois types de mesures distinctes (ATF 136 II 101 consid. 5.1):
les mesures exceptionnelles (art. 12 al. 2 LChP); de telles mesures peuvent être prises contre certains animaux, protégés ou non, lorsque ceux-ci causent des dégâts importants; elles se limiteront à cibler des individus isolés et non une population prise globalement (ATF 136 II 101 consid. 5.4 et 5.5, qui renvoie notamment au message du Conseil fédéral du 27 avril 1983 concernant la loi fédérale sur la chasse et la protection des mammifères et oiseaux sauvages [LChP], FF 1983 II 1244, ci-après: message relatif à la LChP);
les mesures individuelles (art. 12 al. 3 LChP); de telles mesures peuvent être prévues par la législation cantonale en vue de protéger les animaux domestiques, les biens-fonds et les cultures contre certaines espèces protégées désignées par le Conseil fédéral (art. 12 al. 3 LChP et art. 9 al. 1 de l'ordonnance sur la chasse du 29 février 1988 [OChP, RS 922.01]);
les mesures de régulation (art. 12 al. 4 LChP); de telles mesures, soumises à l'autorisation préalable du Département, peuvent être prises en vue de réduire une population trop nombreuse d'animaux protégés, s'il en résulte d'importants dommages ou un grave danger.
3.3 La question des dommages causés par la faune sauvage dans les réserves d'oiseaux est régie à l'art. 8 et à l'art. 9 OROEM. Comme en dehors des réserves (art. 12 al. 1 LChP), les mesures de prévention sont du ressort des cantons seuls (art. 8 OROEM). L'art. 9 al. 1 OROEM prévoit par ailleurs la possibilité pour les cantons d'ordonner, sur autorisation de l'OFEV, des mesures de régulation d'une espèce pouvant être chassée à condition que ces mesures i) soient nécessaires à la prévention de dommages intolérables et ii) ne compromettent pas les buts visés par la protection. Telle que modifiée le 13 mai 2009 avec effet au 1er juillet 2009, cette disposition permet désormais aux cantons d'intervenir contre toute espèce chassable présente dans une réserve d'oiseaux (oiseaux compris) et non plus seulement contre des mammifères (cf. RO 1991 300; cf. commentaire de l'OFEV de 2008 relatif à l'OROEM révisée, p. 6, ci-après commentaire nOROEM).
En l'occurrence, le litige revient à déterminer si c'est à bon droit que l'autorité inférieure a admis la réalisation des conditions de l'art. 9 al. 1 OROEM et autorisé les intimés à ordonner différentes mesures de régulation des populations de cormorans nichant dans la réserve du Fanel.
Pour pouvoir être autorisées, les mesures fondées sur l'art. 9 al. 1 OROEM doivent en premier lieu être « nécessaires à la prévention de dommages intolérables ».
L'OROEM ne définit pas ce qu'il faut entendre par « prévention de dommages intolérables ».
4.1 Selon la jurisprudence, la loi - ou l'ordonnance - s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, respectivement si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles ou qu'il comporte des notions juridiques indéterminées, il faut rechercher la véritable portée de la norme en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment de sa relation avec d'autres dispositions et de son contexte (interprétation systématique), du but et de l'esprit de la règle - respectivement de la délégation législative pour une ordonnance dépendante -, des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) et de la volonté du législateur, respectivement du Conseil fédéral, telle qu'elle ressort notamment des travaux préparatoires (interprétation historique). Lors de cet examen, il sied de privilégier une approche pragmatique s'inspirant d'une pluralité de méthodes, étant précisé que les différentes méthodes ne sont soumises à aucun ordre de priorité (ATF 132 III 226 consid. 3.3.5; ATAF 2007/48 consid. 6.1; arrêt du Tribunal administratif fédéral B-7126/2008 du 20 juillet 2010 consid. 5.1; Andreas Auer/Giorgio Malinverni/Michel Hottelier, Droit constitutionnel suisse, vol. I, Berne 2006, p. 505 ss).
4.2 Or tout d'abord, force est de relever que malgré le terme utilisé de « prévention », les mesures prévues par l'art. 9 al. 1 OROEM ne sont clairement pas des mesures préventives. Selon une interprétation littérale, le terme de « prévenir » signifie « éviter (une chose considérée comme gênante) en prenant les devants », « agir avant » ou encore « empêcher par ses précautions » (dictionnaire Le Petit Robert de la langue française, éd. 1991). Appliquée à l'art. 9 al. 1 OROEM, une telle acception permettrait à l'autorité d'intervenir avant la survenance d'un dommage intolérable ou alors même que ledit dommage n'est pas encore intolérable.
Or tel n'est certainement pas le sens de l'art. 9 al. 1 OROEM, ainsi qu'il résulte tout d'abord d'une interprétation systématique de cette disposition. Ainsi, l'art. 8 al. 1 OROEM (prévention des dommages) traite déjà des mesures, du ressort des cantons seuls, visant à prévenir les dommages causés par la faune sauvage dans une réserve d'oiseaux. Cette intervention préventive peut être ordonnée en tout temps contre des animaux non protégés lorsque ceux-ci « causent » - formulation certes malheureuse - des dégâts importants. Or l'on peine à croire que sous le titre « mesures particulières », l'art. 9 OROEM permette quant à lui d'autoriser le même type de mesures (préventives), tout en les soumettant à des conditions plus strictes (autorisation de l'OFEV, dommage « intolérable »). La comparaison entre le système de l'art. 8 et de l'art. 9 OROEM et celui de l'art. 12 LChP est également intéressante. Ainsi, alors même que la note marginale de cette dernière disposition est « prévention des dommages causés par la faune sauvage », seul l'art. 12 al. 1 LChP traite bien, comme l'art. 8 al. 1 OROEM, des mesures de prévention à proprement parler. L'art. 12 al. 4 LChP (mesures de régulation), pendant « hors réserves » de l'art. 9 al. 1 OROEM, suppose en revanche la présence avérée d'un dommage, comme le confirme son texte clair (« lorsque la population d'animaux d'une espèce protégée est trop nombreuse et qu'il en résulte d'importants dommages ») et la jurisprudence du Tribunal fédéral (ATF 136 II 101 consid. 5.1).
Il en va de même de l'art. 9 al. 1 OROEM, comme le confirme également la méthode historique. Ainsi, le commentaire nOROEM (op. cit., p. 6) distingue expressément entre « mesures de prévention » et « mesures de régulation », les premières étant préférables « lorsque c'est possible » et les secondes supposant qu'un dommage ait été « manifestement provoqué » par des animaux de l'espèce visée (commentaire nOROEM, op. cit., p. 3 ad art. 9), ce qui ne laisse certainement pas de place pour des mesures préventives de régulation. La méthode téléologique va dans le même sens. Ainsi, on voit mal que des mesures de régulation, particulièrement incisives (il s'agit, comme pour l'art. 12 al. 4 LChP, de « réduire » les effectifs d'une espèce), puissent être ordonnées en l'absence de dommage avéré ou hautement vraisemblable. En revanche, comme l'OFEV le dit lui-même, les mesures de régulation devront, lorsque cela est possible, être précédées de mesures préventives, conformément au principe de la proportionnalité (cf. à ce sujet consid. 8.2 ci-dessous).
4.3 La notion de « dommages » au sens de l'art. 9 al. 1 OROEM est également sujette à interprétation. Selon le dictionnaire Le Petit Robert de la langue française (éd. 1991), ce terme recouvre, entre autres, non seulement le « préjudice » (économique) mais également les « dégâts » (matériels) ou les « ravages ». Cette interprétation littérale et large du terme de « dommages » - couvrant donc non seulement les atteintes aux personnes mais aussi celles aux choses (sans maître) et aux biens publics (faune et flore) - est confirmée par les autres méthodes d'interprétation et notamment par la méthode systématique. Ainsi, l'art. 12 al. 2 LChP (mesures exceptionnelles) emploie lui-même le terme de « dégâts » (les textes allemand et italien optent pour les termes uniques de « Schaden » et « danni ») pour désigner les dommages que doivent causer les animaux sauvages protégés contre lesquels il s'agit de prendre des mesures. Quant à l'art. 4 al. 1 let. a à e OChP, qui énumère les « dommages » susceptibles d'être à l'origine de mesures de régulation au sens de l'art. 12 al. 4 LChP, il cite bien les atteintes à l'habitat, la mise en péril de la diversité des espèces, les dommages importants aux forêts et aux cultures, les menaces considérables pour l'être humain ainsi que la propagation d'épizooties.
L'interprétation téléologique confirme ce qui précède. Ainsi, l'on ne se trouve clairement pas ici dans l'optique de la réparation d'un dommage qui serait demandée par la victime à son auteur, mais bien dans le cadre d'une législation de droit public prévoyant des conditions, au nombre desquelles des « dommages », pour ordonner des mesures d'intervention dans une réserve. La notion de dommages au sens de l'art. 9 al. 1 OROEM ne peut donc s'interpréter à la seule lumière du droit de la responsabilité civile - contrairement à ce qu'affirment les recourantes 2 et 3 et l'intimé 2 -, même si elle englobera aussi les dommages directs au patrimoine privé, ce que confirme la méthode d'interprétation historique (cf. commentaire nOROEM, op. cit., p. 6, qui évoque expressément les dommages affectant les revenus des pêcheurs professionnels).
C'est ainsi que contrairement à ce qui prévaut en droit privé et de manière générale en cas d'astreinte à réparer le dommage causé (cf. notamment le cas du « perturbateur » selon l'art. 59 de la loi sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 [LPE, RS 814.01]: arrêt du Tribunal fédéral 1A.277/2005 du 3 juillet 2006 consid. 5.4) - où un lien de causalité adéquate est exigé -, il suffira ici qu'un rapport de causalité naturelle entre l'action des animaux de l'espèce visée et le dommage soit établi, ce qui paraît conforme au but de la norme. Quant à la preuve de l'existence du dommage et du lien de causalité, elle ne répond pas non plus aux règles du droit privé; l'art. 42 al. 1 du Code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220), selon lequel la preuve du dommage incombe au lésé, n'est en particulier pas applicable. A ce sujet - et contrairement à ce qu'affirment les recourantes 2 et 3 -, il suffira que le dommage ait été causé par des représentants de l'espèce animale visée pour que l'art. 9 al. 1 OROEM trouve application. Point n'est besoin que les animaux soient nés ou nichent dans la réserve où il s'agit d'intervenir, ce qui poserait au demeurant de sérieux problèmes de preuve (cf. consid. 5.5 ci-dessous).
4.4 Reste à définir à partir de quel moment les dommages évoqués peuvent être considérés comme « intolérables » au sens de l'art. 9 al. 1 OROEM. Pour interpréter cette notion juridique indéterminée (« untragbar » et « intollerabili » selon les autres versions), on se fondera tout d'abord sur la définition du dictionnaire (Le Petit Robert de la langue française, éd. 1991), qui définit l'intolérable comme ce qui (est si important qu'il) ne peut être toléré ou supporté. Une telle interprétation littérale est confirmée par l'interprétation systématique et notamment par la comparaison avec les textes de l'art. 12 al. 2 et 4 LChP, qui utilisent eux le terme d'« important » (en allemand resp. « erheblich » et « gross », en italien resp. « rilevanti » et « ingenti »). L'interprétation historique donne également à penser qu'il n'y a pas lieu d'admettre à la légère un dommage intolérable. Ainsi, selon le commentaire nOROEM (op. cit., p. 6), « par dommages intolérables, on entend en particulier les dommages affectant considérablement le revenu des pêcheurs professionnels »; cf. également plan de mesures 2005, op. cit., p. 65).
Pour être intolérable au sens de l'art. 9 al. 1 OROEM, il ne suffit donc pas que le dommage subi soit important. Encore faut-il qu'il soit insupportable ou à tout le moins considérable. Pour en décider, l'autorité ne se basera pas sur une règle mathématique (cf. pourcentage général de 40 % du revenu proposé par les recourantes 2 et 3). Elle procèdera plutôt dans chaque cas à une pesée de l'ensemble des intérêts en présence (cf. art. 6 al. 1 OROEM; cf. également message relatif à la LChP, FF 1983 II 1243 ad art. 12 al. 4 LChP). Conformément au principe de la libre appréciation des preuves, il appartiendra en définitive à l'autorité d'apprécier selon sa libre conviction, sur la base des pièces du dossier et autres moyens de preuve à disposition, si les conditions du dommage intolérable et du lien de causalité sont remplies. Saisi d'un recours, le Tribunal administratif fédéral reverra ces questions (juridiques) avec un libre pouvoir d'examen. Il vérifiera aussi librement si l'autorité inférieure a établi complètement et exactement l'état de fait pertinent à la base du litige. Il s'imposera toutefois une certaine retenue en présence d'éléments d'appréciation à caractère local, scientifique ou technique, pour l'analyse desquels l'autorité inférieure était visiblement mieux placée (...).
Selon les recourantes, le dommage retenu par la décision attaquée, de l'ordre de 5'000 francs par pêcheur professionnel et par an, ne serait nullement établi. Pour en évaluer le montant, l'autorité inférieure se fonderait notamment à tort sur les rapports Pedroli (Jean-Carlo Pedroli, rapport « Lac de Neuchâtel - Problématique des < dégâts > causés par le Grand Cormoran [Phalacrocorax carbo] à la pêche et à la faune piscicole », Bureau Aquarius, 2 novembre 2007) et Egloff (Kurt Egloff, « Bericht über die Erhebungen der durch Kormorane verursachten Schäden in der Netzfischerei der Berufsfischer am Untersee in den Jahren 1996 bis 2003 », 8 décembre 2003), à la valeur probante douteuse, alors même qu'une autre étude plus récente et sérieuse de la Haute école des sciences appliquées de Zurich (ZHAW), également rendue sur mandat de l'OFEV et citée par celui-ci dans sa réponse au recours (Klaus Robin/Michael Vogel/Muriel Perron/Roland Graf, rapport « Dégâts causés aux filets de pêche par le grand cormoran », projet de prévention pour le lac de Neuchâtel, mai 2010, ci-après: rapport Robin 2010), aboutirait à un montant cinq fois inférieur.
5.1 Sur mandat de l'OFEV, Pedroli a interrogé sept pêcheurs professionnels - dont trois actifs dans la zone du Bas-Lac - sur les 41 que compte le lac de Neuchâtel dans le but d'évaluer l'ampleur des dommages occasionnés par le cormoran aux pêcheurs professionnels du lac de Neuchâtel. Ceux-ci ont affirmé subir chaque année - principalement durant la période estivale, automnale, ainsi qu'en novembre-décembre, lors de la pêche des corégones reproducteurs - d'importants dégâts, attribuables selon eux au cormoran, causés d'une part aux poissons prélevés dans leurs filets ou blessés, et donc invendables, d'autre part aux filets eux-mêmes. Pedroli a ensuite évalué le total des dégâts sur la base du rendement annuel moyen des pêcheurs, qui dépendrait du type de transformation finale (100'000 fr. par an en cas de transformation du poisson en filets, 50'000 fr. dans le cas contraire), et des frais consentis chaque année pour renouveler le matériel de pêche (estimés à 20'000 fr.). Les dommages annuels seraient de l'ordre de 120'000 à 210'000 francs pour l'ensemble des pêcheurs professionnels du lac de Neuchâtel, soit de 3'250 à 5'700 francs par exploitation et par an. En moyenne, 6 % des filets auraient été endommagés et 4,5 % des poissons capturés auraient été blessés par le grand cormoran.
Egloff a quant à lui étudié les dégâts provoqués de 1996 à 2003 sur le lac de Constance en examinant les filets de pêche en hiver (novembre à mars). Comme Pedroli, Egloff n'a pas prélevé ses informations directement sur le matériel de pêche, mais s'est fondé sur les évaluations des dix pêcheurs professionnels interrogés. Pour estimer les dommages, il a tenu compte, comme Pedroli, des poissons blessés ou manquants ainsi que des dégâts matériels; il n'a toutefois pas pris pour base de calcul la proportion de poissons concernés par rapport à l'ensemble des captures, ni les dépenses pour le renouvellement des filets, se fondant sur un forfait de 20 francs par trou dans les filets et de 4 francs par poisson blessé. L'analyse des données récoltées a permis d'estimer à 2'613 francs la somme des dégâts annuels subis en moyenne par chaque pêcheur ou à 7,5 % de son revenu annuel brut.
Quant à l'étude Robin 2010, menée dans la région du Bas-Lac de Neuchâtel, elle avait pour but premier d'étudier l'efficacité de différentes mesures de prévention des dommages causés par les cormorans aux pêcheurs professionnels du lac de Neuchâtel. Entre autres essais (pose de balises, de balises-cormorans morts et d'épouvantails aux abords des filets), les auteurs du rapport ont tendu durant deux semaines leurs propres filets de pêche (une fois en août 2009, une fois en décembre de la même année) et procédé ensuite à un décompte des poissons blessés et sains, tout en distinguant les blessures dues à l'action du cormoran de celles dues à celle des poissons prédateurs. Les résultats de cette étude, fondées sur le nombre de poissons blessés retrouvés dans les filets utilisés pour les essais (un filet test et un filet témoin) - et de taille suffisamment importante pour permettre un gain économique -, indiquent des attaques seulement sporadiques du cormoran sur les poissons piégés dans les filets des pêcheurs, de l'ordre de 2 % de la pêche en été et 1,3 % en hiver, représentant des dégâts totaux de près de 31'000 francs par an pour l'ensemble du lac de Neuchâtel. Les pertes financières des pêcheurs seraient « grossièrement » de 833 francs par pêcheur et par an. Le rapport ne chiffre toutefois pas les dégâts causés par les cormorans aux filets eux-mêmes, l'origine de tels dégâts étant impossible à déterminer par la simple observation.
5.2 Le but d'un rapport d'expertise est d'aider l'autorité à élucider les faits de la cause, notamment lorsque la compréhension de ceux-ci exige des connaissances spéciales, médicales, techniques ou autres. Le rapport doit être complet, compréhensible, convaincant et aborder les faits litigieux de manière objective (cf. arrêt du Tribunal fédéral 4P.172/2003 du 6 janvier 2004 consid. 2.7). L'expert se prononce cependant exclusivement sur des questions de fait. De son côté, l'autorité traite seule des questions de droit et examine selon sa libre conviction les résultats des expertises, de même que tous les moyens de preuve utiles à l'établissement des faits pertinents, avant de décider s'ils lui permettent de porter un jugement valable sur le droit litigieux (cf. art. 157 du Code de procédure civile du 19 décembre 2008 [CPC, RS 272] en relation avec l'art. 19 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA, RS 172.021]).
Or en l'occurrence, force est d'admettre que les rapports Pedroli et Egloff, qui se fondent sur les seules déclarations de quelques pêcheurs directement concernés par la problématique, ne sont pas suffisamment complets et scientifiques pour être utilisables tels quels. Comme on le verra ci-après, certaines questions centrales, comme celle de l'attribution des dégâts aux cormorans, ne sont quasiment pas abordées ou alors de manière très peu scientifique (les seules impressions des pêcheurs étant prises en compte [Pedroli, op. cit.]). D'ailleurs, l'OFEV a lui-même eu l'occasion de relativiser les résultats du rapport Pedroli lors d'une séance du groupe de travail de révision du plan de mesures 2005 (...). Quant à la méthode utilisée par Egloff, qui part du principe que chaque trou recensé correspond à un poisson manquant (1 trou dans un filet = 1 poisson manquant = 24 fr. de dommage), elle est encore plus problématique. Les données de cet expert, qui sont datées (1996-2003), proviennent d'une région différente (lac de Constance) - alors même que de telles données sont par définition ortsabhängig (...) -, et partent du principe que tous les trous provoqués par les cormorans peuvent être identifiés avec certitude, ce qui n'est évidemment pas le cas (cf. consid. 5.4 ci-dessous). Enfin, certains passages du rapport (« Lügengebilde gewisser Vogelschützer », cf. rapport Egloff, op. cit., p. 8) font douter de la neutralité de l'expert.
Quant au rapport Robin 2010, sa force probante est plus convaincante, ne serait-ce qu'au vu de la méthode utilisée, scientifique et donc plus fiable. A ce sujet, peu importe que le but premier de l'étude n'ait pas été de recenser les dommages subis par les pêcheurs, mais bien de tester en pratique l'efficacité de différentes mesures de prévention de tels dommages, car cette étude donne des indications utiles pour l'évaluation (même grossière) du montant du dommage. Ce rapport, qui tient compte aussi du fait que le cormoran est loin d'être la seule cause du dommage subi - ce qui amène d'ailleurs l'expert à exclure de son étude les dégâts causés aux filets -, permet en tous les cas de relativiser fortement les résultats du rapport Pedroli.
Cela étant, comme on le verra ci-après, même si l'on se base sur les montants retenus par Pedroli - rectifiés comme on le verra ci-après -, le dommage causé par les cormorans aux pêcheurs professionnels du lac de Neuchâtel n'est pas assez significatif pour pouvoir être considéré comme intolérable (cf. consid. 5.6.1 ci-dessous).
5.3 Selon les recourantes 2 et 3, pour le calcul du dommage des pêcheurs, il n'y aurait pas lieu de tenir compte des poissons blessés dans les filets, mais bien uniquement des dégâts causés aux filets eux-mêmes. En effet, faute de maîtrise effective des pêcheurs sur les poissons attrapés - et donc de transfert de propriété au sens du droit civil -, toute diminution de patrimoine serait exclue. Tel serait d'ailleurs bien le sens de la décision attaquée, qui se limiterait à évoquer les seuls « dégâts au matériel ». Dès lors, même en se fondant sur les chiffres de Pedroli, le dommage total à prendre en considération n'excèderait en aucun cas les 1'200 francs par pêcheur et par an - respectivement 1'120 francs après correction d'une erreur de calcul (les 6 % seraient en réalité 5,57 %).
5.3.1 Or tout d'abord, il est vrai que la décision attaquée - y compris dans son intitulé (« Mesures destinées à réduire les dégâts des cormorans au matériel des pêcheurs professionnels du lac de Neuchâtel ») - mentionne uniquement le dommage causé aux filets des pêcheurs. Elle ne fait pas état des dégâts prétendument causés par la prédation des cormorans, pourtant mentionnés - certes de manière non chiffrée - dans la demande des cantons intimés du 15 mars 2010. Peu importe cependant. En effet, ce poste du dommage - vraisemblablement omis dans la décision attaquée, rédigée en quelques jours - figure bien, on l'a vu, dans les écritures ultérieures de l'autorité inférieure ainsi que dans les rapports d'expertise auxquels elle fait référence, tel le rapport Pedroli déjà cité. De toute manière, un tel oubli n'a aucune incidence sur l'objet du litige. En effet, cet objet est en principe défini par le seul dispositif de la décision attaquée en tant qu'il est contesté par le recourant (ATF 125 V 413 consid. 1; ATAF 2009/54 consid. 1.3.3; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-1791/2009 du 28 septembre 2009 consid. 1.2; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, n. 2.7 ss). L'intitulé exact de la décision attaquée (« Betreff » ou « Concerne ») n'est pas déterminant; ainsi, un intitulé incomplet ne restreint pas l'objet du litige aux points mentionnés (arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2636/2010 du 17 février 2011 consid. 1.3).
5.3.2 Cela étant, l'argumentation des recourantes ne peut être suivie. Ainsi, comme on l'a vu ci-dessus (consid. 4.3) - et ces dernières ne le contestent pas -, la notion de dommage au sens de l'art. 9 al. 1 OROEM englobe notamment les atteintes à des intérêts économiques - ici ceux des pêcheurs professionnels du lac de Neuchâtel. Or les recourantes 2 et 3 font fausse route lorsqu'elles nient tout droit de propriété de ces derniers sur les poissons piégés dans leurs filets de pêche et par là même toute possibilité de perte économique à cet égard. Certes, les poissons nageant dans les eaux publiques sont des choses sans maître; ils deviennent toutefois objet de propriété une fois soumis à la maîtrise effective d'un possesseur (cf. art. 718 et art. 919 al. 1 CC; ATF 90 II 417 consid. 2). Les éléments caractéristiques de la possession sont d'une part la maîtrise de fait, d'autre part, la volonté de posséder (Paul-Henri Steinauer, Les droits réels, tome 1, 3e éd., Berne 1997, n. 176 ss). Or force est d'admettre, avec la doctrine, que tel est le cas du pêcheur posant un filet à l'eau en vue d'y piéger des poissons - qui une fois piégés, ne pourront en principe plus s'échapper (cf. Marcel Alexander Niggli/Christof Riedo, Basler Kommentar Strafrecht II, 2e éd., 2007, n. 42 ad art. 139 CP). En effet, on ne peut nier que le pêcheur a la volonté (anticipée) de posséder l'ensemble des poissons, même non encore identifiés, présents dans son filet, de même que la capacité de le faire. Le seul fait qu'un prédateur puisse déchirer le filet et s'attaquer aux poissons s'y trouvant - voire en faire s'enfuir d'autres (cf. art. 719 al. 1 CC) - ne signifie pas qu'aucun transfert de propriété n'a eu lieu précédemment.
Peu importe en définitive. En effet, comme on le verra ci-après, que l'on inclue ou non ce poste du dommage, celui-ci n'est de toute manière pas intolérable.
5.4 Selon les recourantes 2 et 3, la décision attaquée omettrait ensuite de tenir compte du fait que vraisemblablement la moitié des dommages subis par les pêcheurs est à attribuer non pas à des cormorans, mais à des poissons prédateurs tels le brochet ou la silure. Certes, l'autorité inférieure admettrait ensuite expressément son « erreur » dans sa réponse au recours. Elle n'en tiendrait cependant (quasiment) pas compte dans son calcul du montant corrigé du dommage. Sur ce point déjà, le lien de causalité entre l'action des cormorans (et a fortiori des seuls cormorans nichant au Fanel) et le dommage retenu par l'autorité inférieure ne serait donc pas suffisamment établi.
5.4.1 Sur le principe, le raisonnement des recourantes - partagé par l'autorité inférieure et l'intimé 2 - est conforme aux pièces du dossier et notamment au rapport Robin 2010.
Ainsi, s'agissant des poissons « attaqués » dans les filets, ce rapport confirme notamment qu'à tout le moins durant la période estivale - où se produisent la majeure partie des dommages -, les cormorans et les poissons prédateurs causent aux poissons dans les filets des dégâts d'ampleur à peu près équivalente (en août 2009, sur 48 poissons attaqués - surtout des gardons, mais également quelques perches -, 23 l'ont été par un cormoran, 19 par un poisson prédateur), les blessures respectives de ces animaux étant au demeurant aisées à distinguer en fonction de leur forme et de leur taille (cf. rapport Robin 2010, op. cit., p. 33; seuls 6 poissons blessés n'ont pas pu être imputés à un prédateur précis). En hiver, aucune agression de prédateur n'aurait été relevée durant la période de test, mais bien quelques attaques de cormorans (7 corégones sur une période de 12 jours; cf. rapport Robin 2010, op. cit., p. 36). Il n'y a pas de raison de mettre en doute ces données, récoltées on l'a vu selon une méthode scientifique convaincante par la ZHAW (cf. consid. 5.2 ci-dessus).
Quant aux dégâts causés aux filets, il n'est pas contesté - l'intimé 2 l'admet également dans sa duplique - qu'ils résultent, au moins pour moitié, d'autres causes que le cormoran (poissons prédateurs ou autres gros poissons susceptibles de déchirer les mailles des filets, accrochages au bateau, à des pierres, usure naturelle, etc.). De telles causes seraient même notables selon le rapport Robin 2010 (op. cit., p. 36) - sans que toutefois la part effectivement due à l'action du cormoran puisse être quantifiée exactement, la « griffe » du cormoran sur les filets endommagés étant impossible à identifier.
5.4.2 Cela étant, force est de relever, avec les recourantes 2 et 3, des erreurs non négligeables dans le calcul par l'autorité inférieure du montant du dommage en fonction de ce qui précède. S'agissant tout d'abord des poissons blessés, on peine à suivre cette dernière lorsqu'elle réduit à 2,25-3,75 % la perte fixe de 4,5 % retenue par Pedroli (cf. consid. 5.1), ce qui la mène à évaluer la perte maximale à 3'750 francs, alors même que ce montant ne devrait pas excéder 2'250 francs si l'on suivait son propre raisonnement (50 % de 4'500 fr. ou 2,25 % de 100'000 fr.). Quant aux dommages aux filets - qui passent de 6 à 3 % -, elle fait clairement erreur en les calculant non pas sur la dépense annuelle moyenne pour ce poste, comme le fait en toute bonne logique Pedroli, mais bien, comme pour l'autre poste, sur le revenu annuel brut des pêcheurs - ce qui lui permet d'aboutir, de manière « possible » (...), à une perte de revenu globale de 5,25 à 6,75 % par pêcheur et par an.
C'est ainsi que même en admettant, avec Pedroli - qui reprend sur ce point une donnée fournie par A., secrétaire de la corporation des pêcheurs professionnels du lac de Neuchâtel -, une dépense annuelle de 20'000 francs pour les filets de pêche, ce poste du dommage ne dépasse pas les 600 francs par an et par pêcheur, chiffre confirmé par l'intimé 2 dans sa duplique.
5.4.3 Force est encore de suivre les recourantes 2 et 3 lorsqu'elles affirment que la somme de 20'000 francs de dépenses annuelles en termes de filets est exagérée. Se référant à une étude réalisée sur le lac de Constance (Agridea, Pilotstudie zur Wirtschaftlichkeit der Bodenseefischerei, 7 mai 2010), les recourantes estiment plutôt ces coûts à la somme annuelle de 8'000 francs, chiffrant ainsi ce poste du dommage à 240 francs (3 % de 8'000 fr.) au lieu de 600 francs.
Or un tel montant (8'000 fr. par an) paraît encore généreux si l'on tient compte du fait qu'à l'achat, un filet ne dépasse pas les 300-400 francs et qu'un filet troué n'est pas immédiatement réparé, et encore moins vite remplacé (cf. rapport Robin 2010, p. 16, qui relève que des filets comportant 10 à 20 trous sont encore utilisés). Si on l'additionne aux dégâts aux poissons (de l'ordre de 1'125 à 2'250 fr. ou 2,25 % du revenu brut), l'on aboutit à un dommage attribuable à l'action du cormoran de l'ordre de 1'365 à 2'490 francs par pêcheur et par an, ce qui correspond à une perte de l'ordre de 2,5 % du revenu annuel brut. En retenant à ce titre un montant de plus du double dans la décision querellée, l'autorité inférieure a donc constaté de manière inexacte l'état de fait pertinent.
5.5 Les recourantes 2 et 3 affirment ensuite que de toute manière, le lien de causalité exigé par l'art. 9 al. 1 OROEM entre l'action des cormorans nichant dans la réserve du Fanel et le dommage des pêcheurs professionnels du lac de Neuchâtel n'est pas - ou que très partiellement - établi. En effet, selon toute vraisemblance, la majeure partie dudit dommage serait le fait d'une part de cormorans migrateurs arrivant par centaines dès le printemps en provenance du nord de l'Europe - dépassant le millier dès les mois de juin-juillet -, d'autre part de cormorans nichant dans d'autres réserves du lac de Neuchâtel, telle celle de Champ-Pittet dans le Haut-Lac. Qui plus est, sur ce dernier point et selon un calcul de la recourante 2 portant sur le nombre moyen de fois (« Kormorantage ») qu'un cormoran a été observé entre 2006 et 2009 dans les trois zones respectives du lac (Haut-Lac, Moyen-Lac, Bas-Lac), à peine le tiers (30 %) des dégâts causés par le cormoran dans la région serait le fait de cormorans « originaires » du Fanel (Bas-Lac). En définitive, les pertes de revenu des pêcheurs en termes de poissons « invendables », chiffrées à 833 francs par l'étude Robin 2010, se réduiraient donc à 250 francs - le 30 % de cette somme. Quant aux dégâts aux filets, ils passeraient de 240 à 72 francs.
Au total, même en tenant compte des poissons « invendables » contenus dans les filets - poste contesté -, les cormorans du Fanel causeraient donc aux pêcheurs du lac des dégâts n'excédant pas la modique somme de 320 francs par personne et par an correspondant à env. 0,3-0,6 % de leur revenu brut annuel.
5.5.1 Sur le principe, cet argument repose sur des faits avérés. Ainsi, il n'est pas contesté que chaque année, dès le printemps, des centaines, voire des milliers de cormorans affluent vers nos régions en provenance des pays du Nord (Danemark, Suède, Allemagne). Selon les relevés de la station ornithologique de Sempach, sur la rive sud du lac de Neuchâtel, ces oiseaux dépassent certainement le millier en juillet-août (1'400 têtes en juillet, 1'900 en août, nicheurs compris). Il est donc vraisemblable que seule une partie des dégâts - les plus nombreux d'ailleurs - subis par les pêcheurs durant la saison estivale de la perche du lac soient le fait de cormorans ne nichant ni dans la réserve du Fanel - qui au plus fort de leur présence, ne dépassent pas les 500 têtes -, ni même dans les autres réserves du lac telle celle de Champ-Pittet, légèrement moins peuplée mais en augmentation constante depuis sa création en 2007 (180 couples en 2010). Un tel lien de causalité avec les cormorans du Fanel est encore plus douteux s'agissant des dommages - certes moins nombreux - causés en automne et en novembre-décembre (saison des corégones reproducteurs). En effet, à cette période, les réserves du lac de Neuchâtel ne comptent en principe quasiment plus aucun cormoran nicheur - les derniers départs vers les régions du bord de la mer Méditerranée, qui débutent en juillet-août lorsque les oisillons sont prêts à voler, se faisant en septembre et au plus tard en octobre (...).
5.5.2 Pour admettre l'argument des recourantes, il faudrait en effet encore que l'art. 9 al. 1 OROEM impose que le dommage soit causé par des animaux (quasiment individualisés) de l'espèce visée nés ou nichant dans la réserve où il s'agit d'intervenir. Or l'on a vu ci-dessus (consid. 4.3) que tel n'était pas le cas. Au demeurant, tout porte plutôt à croire que si le choix des intimés s'est porté sur la réserve du Fanel, c'est bien car elle comprend la colonie de cormorans nicheurs la plus importante de la région, ce qui ne peut que faciliter une action régulatrice (p. ex. intervention sur les oeufs; sur la question de l'efficacité des mesures, cf. consid. 8.2 ci-dessous).
De toute manière, il n'y a pas lieu de confirmer dans le détail la ventilation du dommage faite par les recourantes. Ainsi, s'agissant des « dégâts aux poissons », on peine à appréhender le raisonnement des recourantes, qui se base sur des chiffres - ceux du rapport Robin 2010 - qui eux-mêmes n'opèrent aucune distinction (cela est vraisemblablement impossible) selon que les dégâts ont été causés par des cormorans « locaux » ou en provenance de pays du nord de l'Europe (sur la valeur probante du rapport Robin 2010, cf. consid. 5.2 ci-dessus).
5.6 Au vu de ce qui précède, il apparaît clairement que le dommage à prendre en considération est bien inférieur aux 5'000 francs retenus par la décision attaquée (ou env. 5,25-6,75 % du revenu brut annuel). Il n'excède pas la somme de 1'365 ou 2'490 francs par pêcheur et par an (selon le type d'exploitation), ce qui dans les deux cas correspond au maximum à une perte d'environ 2,5 % du revenu annuel brut moyen du pêcheur (cf. consid. 5.4.3).
5.6.1 Or en l'occurrence, force est d'admettre que le dommage à prendre en considération - qui équivaut d'ailleurs non pas à un salaire mensuel brut comme le retient la décision attaquée, mais bien au tiers d'un tel salaire - ne peut pas être qualifié de considérable ou d'intolérable au sens de ce qui précède (consid. 4.4 ci-dessus). En retenant que les pêcheurs professionnels du lac de Neuchâtel subissaient un dommage « intolérable », l'autorité inférieure a donc abusé de son pouvoir d'appréciation.
A ce sujet, c'est notamment en vain que dans sa réponse au recours, l'autorité inférieure évoque la situation financière précaire du milieu de la pêche professionnelle, se référant en particulier à une récente étude Agridea relative au lac de Constance. Selon cette étude, les revenus annuels des pêcheurs de ce lac seraient ainsi en constante dégradation depuis quelques années et actuellement de l'ordre de 25'400 à 71'500 francs. Or ces chiffres - dont rien n'indique qu'ils soient transposables tels quels aux pêcheurs du lac de Neuchâtel -, sont en contradiction avec les montants avancés par Pedroli (50'000 fr. par an pour les pêcheurs qui ne transforment pas leur poisson et 100'000 fr. pour ceux qui le font) sur la base des données fournies par les pêcheurs concernés eux-mêmes (rapport Pedroli, op. cit., p. 4).
5.6.2 Dans ces conditions, point n'est besoin de déterminer si, comme le soutiennent les recourantes 2 et 3, en consommant des perches et en « sauvant » par là les proies préférées de ces dernières, les corégones, les cormorans ne contribueraient pas même à l'accroissement du revenu des pêcheurs, fortement dépendant de la pêche du corégone - et qui aurait augmenté de 50 % de 2006 à 2008 selon les données de l'Office fédéral de la statistique. La demande d'expertise requise sur ce point par ces dernières sera donc rejetée.
C'est enfin en vain que l'autorité inférieure et l'intimé 2 soutiennent que les mesures fondées sur l'art. 9 al. 1 OROEM ne supposent pas la présence avérée de dommages intolérables mais pourraient être ordonnées à titre préventif, soit avant même la survenance de tels dommages.
En effet, comme on l'a vu ci-dessus (consid. 3.3 et 4.4), les mesures de régulation au sens de la disposition citée, qui visent à réduire les effectifs d'une espèce donnée, supposent la survenance d'un dommage intolérable. Ne serait-ce qu'en raison de leur caractère particulièrement incisif, on voit mal qu'elles puissent être ordonnées à titre purement préventif. Elles devront en revanche, si cela est possible, être précédées de mesures préventives fondées sur l'art. 8 al. 1 OROEM (commentaire nOROEM, op. cit., p. 6; sur la question de la proportionnalité, cf. consid. 8 ci-dessous).
Au vu de ce qui précède, il convient de retenir que les mesures autorisées ne sont pas nécessaires à la prévention de dommages intolérables au sens de l'art. 9 al. 1 OROEM. Partant, il n'est en principe pas nécessaire d'examiner si ces mesures sont de nature à compromettre les buts visés par la protection au sens de la disposition citée (cf. consid. 3.3 ci-dessus). Les recours doivent par conséquent être admis et la demande d'audition de l'inspecteur cantonal de la faune du canton de Neuchâtel, formulée par l'intimé 2, rejetée.
Vu l'issue du litige, il n'y a pas lieu non plus de se prononcer sur le bien-fondé des demandes de preuve (expertises et auditions de témoins) formulées par les recourantes 2 et 3. Quant à la demande de la recourante 1 tendant à la convocation d'une audience publique au sens de l'art. 6 par. 1 de la Convention du 4 novembre 1950 de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (CEDH, RS 0.101), c'est à bon droit que le Tribunal administratif fédéral n'y a pas donné suite. Certes, l'art. 6 par. 1 CEDH ne concerne pas seulement les contestations de droit privé au sens étroit - c'est-à-dire celles qui surgissent entre des particuliers, ou entre un particulier et l'Etat agissant au même titre qu'une personne privée -, mais aussi les actes administratifs adoptés par une autorité dans l'exercice de la puissance publique, pour autant qu'ils produisent un effet déterminant sur des droits de caractère privé (ATF 122 II 464 consid. 3b et les arrêts cités). Tel n'est cependant pas le cas en l'occurrence. En effet, la décision attaquée, fondée sur la législation fédérale sur la chasse et la pêche, n'a clairement aucune incidence sur des droits de caractère privé de la recourante 1, qui conformément à ses statuts, intervient d'ailleurs ici dans le seul but de défendre la nature et les espèces animales, en l'occurrence le cormoran.
Cela étant, même si le dommage des pêcheurs devait être considéré comme intolérable au sens de l'art. 9 al. 1 OROEM, le recours devrait être admis aussi.
8.1 Certes, les mesures autorisées ne compromettent a priori pas les buts de protection du Fanel au sens de la disposition citée (art. 9 al. 1 OROEM). Il n'y a notamment pas lieu de craindre que ces mesures, de durée limitée à deux ans, déciment les populations de cormorans présentes dans la réserve. Quant au risque que leur exécution (par l'homme) dans cette dernière dérange d'autres espèces d'oiseaux et de poissons présentes, il est inhérent à toute intervention dans une réserve - intervention qui doit être faite par des surveillants familiers du lieu, qui ont pour obligation de déranger le moins possible la faune sauvage qui y vit.
8.2 Pour pouvoir être ordonnées, les mesures doivent toutefois encore respecter le principe de la proportionnalité, ce qui suppose qu'elles soient aptes à atteindre le but visé, nécessaires et qu'elles priment les intérêts publics ou privés opposés (Auer/Malinverni/Hottelier, op. cit., p. 110 ss). Or en l'occurrence, tout porte à croire que les mesures autorisées ne sont pas aptes à atteindre le but recherché, qui est de réduire les dégâts causés par les cormorans au rendement de la pêche professionnelle du lac de Neuchâtel. A ce sujet, c'est en particulier à tort que l'intimé 2 affirme que les effectifs de cormorans de la réserve du Fanel sont en croissance exponentielle. En effet, un tel constat vaut uniquement, on l'a vu, pour les oiseaux de la réserve de Champ-Pittet, ce que l'autorité inférieure admet d'ailleurs elle-même dans sa duplique. Selon les chiffres de la Station ornithologique de Sempach, les effectifs du Fanel sont en revanche plutôt stables et accusent même un léger recul depuis 2009 (259 couples en 2009 et 234 en 2010).
D'ailleurs, les mesures autorisées n'aboutiront pas à une réduction drastique des effectifs de cormorans du Fanel. Elles mèneront tout au plus à un retard de la ponte 2012 (enlèvement des résidus de nids), voire à une légère diminution des effectifs adultes de l'année prochaine, si tant est qu'ils reviennent (intervention sur les oeufs). Certes, l'agression humaine subie pourrait avoir un effet dissuasif sur le retour de certains oiseaux l'année prochaine. Cette hypothèse est cependant tout sauf certaine. A ce sujet, le rapport « Zum Management des Kormorans am Neuenburgersee während der Brutzeit » (Klaus Robin/Roland F. Graf, ZHAW 2008; ci-après: rapport Robin 2008), qui traite du développement du cormoran en général en Suisse et en Europe, comporte nombre d'indications intéressantes, donnant clairement à penser que l'efficacité des mesures sera très incertaine. Ainsi, les cormorans sont connus par les ornithologues pour « oublier » les attaques subies et revenir sur un site de reproduction si tant est qu'ils continuent à y trouver de la nourriture en quantité suffisante (rapport Robin 2008, op. cit., p. 21). Or cette condition continuera d'être réalisée, qu'il s'agisse de poissons pris dans les filets ou des nombreux poissons inutilisables que les pêcheurs ont pour habitude de rejeter dans le lac au lieu de les évacuer d'une autre manière. De plus, s'ils ne reviennent pas au Fanel, il est prévisible que les cormorans touchés se replient simplement sur d'autres endroits « moins perturbés » du (même) lac, ce qui ne règlera pas le problème des pêcheurs.
C'est ainsi que le plan de mesures 2005 affirmait déjà privilégier un concept global afin d'éviter que les cormorans ne soient repoussés d'une zone à problème vers une autre zone similaire. Il conviendrait non pas de réduire les effectifs des cormorans présents en Suisse, mais bien de diriger ces derniers dans leur utilisation des lieux par un « jeu concerté de mesures d'effarouchement et de tirs individuels, ainsi que de mesures de protection » (plan de mesures 2005, op. cit., p. 65).
8.3 Or comme le relèvent les recourantes 2 et 3, il semble que toutes les mesures préventives utiles n'aient pas été prises dans le présent cas, de sorte que les mesures ordonnées ne sont ni nécessaires au sens de l'art. 9 al. 1 OROEM, ni proportionnées au but visé.
Certes, il ressort du dossier que des mesures de prévention, notamment d'effarouchement, ont été testées de manière isolée et sur une courte durée, recevant le plus souvent un accueil mitigé auprès des pêcheurs (coût trop élevé, mesures chronophages, etc.). Aucune n'a donc été mise en place de manière durable. A ce qu'il paraît, certains comportements préventifs de la part des pêcheurs, tel le déplacement du lieu de pêche ou une réduction de la période de pêche, n'empêcheraient d'ailleurs pas les dégâts subis, ou seulement en partie. Selon le rapport Robin 2010, d'autres mesures seraient toutefois envisageables, voire recommandées (nasses à perche aux treillis extérieurs doublés, sortie très matinale des filets durant la période automnale des corégones reproducteurs, etc.). De même, la méthode d'effarouchement de l'« épouvantail », certes peu prisée des pêcheurs, serait semble-t-il particulièrement efficace, comme les tirs isolés ou pétards à proximité des filets - ces deux dernières mesures, testées avec succès à l'étranger, devant bientôt faire l'objet d'une nouvelle étude en Suisse. Plus simplement, les pêcheurs pourraient également cesser de rejeter les poissons abîmés ou invendables dans le lac et envisager un autre mode d'évacuation moins « attractif » pour le cormoran.