Ancien art. 73 LAI; ancien art. 104bis RAI; dispositions transitoires de la modification de la LAI du 6 octobre 2006; art. 29 al. 1 LSu; non-rétroactivité et lex specialis: la restitution des subventions de construction AI se détermine, sous l’ancien droit transitoire, selon le dernier versement de la subvention. Le délai de 25 ans court dès ce paiement final; la réduction de 4 % par année d’utilisation conforme se calcule sur la période écoulée entre ce paiement et la désaffectation. Les dispositions transitoires 2022, qui rattachent le délai au début de l’utilisation, ne s’appliquent pas à des faits antérieurs à leur entrée en vigueur. L’art. 29 LSu est écarté en présence d’une réglementation spéciale contraire; une ancienne pratique administrative erronée ne fonde pas une égalité dans l’illégalité.
9C_572/2024
Arrêt du 11 septembre 2025
IIIe Cour de droit public
Composition
Mme et MM. les Juges fédéraux
Moser-Szeless, Présidente,
Stadelmann et Beusch.
Greffière : Mme Perrenoud.
Participants à la procédure
Fondation A.________,
représentée par Me Alain Sauteur, avocat,
recourante,
contre
Office fédéral des assurances sociales, Effingerstrasse 20, 3003 Berne,
intimé.
Objet
Assurance-invalidité,
recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral
du 26 août 2024 (C-1445/2021).
A.a. La Fondation A.________ est une fondation de droit privé au sens des art. 80 ss CC dont le siège est à U.________; elle est inscrite au Registre du commerce du canton de Vaud depuis le 12 août 1936. Son but est notamment d'accueillir des personnes avec une déficience intellectuelle et d'exploiter un bâtiment médico-social.
A.b. La Fondation B.________, avec siège à V.________, a été inscrite au Registre du commerce du canton de Vaud le 18 août 1989. Elle avait pour but d'accueillir et d'encadrer toute personne âgée d'au moins dix-huit ans et présentant un déficit intellectuel sévère associé à des troubles de la personnalité, autisme et psychose, en vue de favoriser son développement et son épanouissement.
Le 30 avril 1991, l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) a décidé d'octroyer à la Fondation B.________ une subvention de l'assurance-invalidité fixée provisoirement à 1'232'000 fr. pour l'acquisition, la transformation et l'aménagement d'un bâtiment et de sa dépendance en home d'occupation destiné à accueillir des personnes présentant un handicap adultes, autistes, à V.________. Par décision du 31 mars 2000, l'OFAS a arrêté le montant définitif de la subvention à 1'314'797 fr. Il s'est fondé sur les documents de décompte final de construction fournis par cette fondation et sur le rapport d'expertise de l'Office fédéral des constructions (OCF; aujourd'hui Office fédéral des constructions et de la logistique [OFCL]) du 23 janvier 1995 (amendé postérieurement en fonction d'informations complémentaires recueillies en 1999).
Interpellé par la Fondation B.________ en vue de l'octroi d'une nouvelle subvention pour la réfection du toit de son bâtiment principal à V.________, l'OFAS a accordé une subvention pour un montant de 63'000 fr., par décision du 27 juillet 2004. Dans un décompte final du 15 mars 2005, il en a arrêté le montant définitif à 65'564 fr.
A.c. Par décision du 20 août 2015, l'Autorité de surveillance LPP et des fondations de Suisse occidentale a approuvé la fusion par absorption de la Fondation B.________ par la Fondation A.________, qui en a repris les actifs et les passifs avec effet au 1er janvier 2015.
A.d. Le 26 novembre 2018, l'OFAS a interpelé la Fondation A.________, en lui rappelant que les subventions de l'assurance-invalidité à la construction sont liées pendant vingt-cinq ans à une affectation précise et que toute modification doit lui être signalée. Il lui a transmis notamment un questionnaire relatif à l'affectation des subventions pour la construction "selon [l']ancien art. 73 LAI".
Répondant par courrier du 20 février 2019, la Fondation A.________ a indiqué à l'OFAS que le Service de prévoyance et d'aide sociale du canton de Vaud (SPAS) avait estimé que l'établissement socio-éducatif géré par la Fondation B.________ à V.________ n'offrait plus des conditions matérielles d'accueil suffisantes, si bien qu'elle avait opté pour une intégration à son institution C.________ à W.________, par voie d'une fusion par absorption. Elle s'était séparée du site de V.________, inadéquat pour l'accueil de résidents, à la fin de l'année 2017. Elle a sollicité que les dispositions transitoires de la modification de la loi fédérale sur l'assurance-invalidité (LAI) du 6 octobre 2006 ne lui soient pas appliquées.
Le 17 juin 2019, l'OFAS a informé la Fondation A.________ qu'il envisageait d'exiger d'elle la restitution proportionnelle du montant de la subvention à la construction versée, au motif que la subvention avait été détournée de son but, dès lors que les résidents de la Fondation B.________ avaient rejoint C.________ en novembre 2016 et qu'en conséquence l'immeuble de V.________, dont l'exploitation avait cessé fin octobre 2016, n'avait plus servi aux personnes en situation de handicap. Après que la Fondation A.________ a présenté ses observations, l'OFAS a rendu une décision le 24 février 2021, par laquelle il lui a demandé la restitution de 468'632 fr. (soit 433'883 fr. pour la première subvention de 1'314'797 fr. [décompte final du 31 mars 2000] et 34'749 fr. pour la seconde de 65'564 fr. [décompte du 15 mars 2005]). En bref, il a considéré que les subventions avaient été détournées de leur but à partir de décembre 2016, ce qui justifiait la restitution d'une partie de celles-ci, en fonction du nombre de mois non conforme à l'usage prévu.
La Fondation A.________ a formé recours contre la décision de l'OFAS du 24 février 2021 devant le Tribunal administratif fédéral, qui a, entre autres actes d'instruction, fait verser à la procédure une copie du dossier relatif à la Fondation B.________ en mains de la Direction générale de la cohésion sociale du canton de Vaud (ci-après: DGCS). En réponse à l'avertissement du Tribunal administratif fédéral selon lequel il envisageait de prononcer un arrêt qui serait plus défavorable à la Fondation A.________ que la décision attaquée, celle-ci a confirmé maintenir son recours, par courrier du 24 juin 2024. Statuant le 26 août suivant, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours et réformé la décision du 24 février 2021 en ce sens que la Fondation A.________ doit rembourser le montant de la créance en restitution s'élevant à 510'042 fr. 76 en lieu et place du montant initial de 468'632 fr.; la Fondation A.________ était invitée à rembourser à l'OFAS la somme de 510'042 fr. 76 dans les 30 jours suivant l'entrée en force de l'arrêt.
La Fondation A.________ interjette un recours en matière de droit public contre cet arrêt. Elle conclut principalement à la réforme de celui-ci, en ce sens que la décision de l'OFAS du 24 février 2021 est modifiée en ce qui concerne le montant total à restituer, lequel doit être fixé à 47'459 fr. 80. Subsidiairement, la Fondation A.________ requiert l'annulation de l'arrêt entrepris et le renvoi de la cause à l'OFAS pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'OFAS conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt du Tribunal administratif du 26 août 2024 réformant sa décision du 24 février 2021 et condamnant la Fondation A.________ à rembourser un montant de 510'042 fr. 76. La Fondation A.________ a déposé des observations sur la réponse de l'OFAS.
Le délai de recours de l'art. 100 al. 1 LTF ne peut pas être prolongé. Par conséquent, la requête de la recourante tendant à ce que lui soit accordé un délai pour produire un mémoire ampliatif "au vu du délai imparti pour déposer le recours" doit être rejetée. Par ailleurs, elle a eu l'occasion de s'exprimer sur la réponse de l'intimée (cf. observations du 6 février 2025), de sorte que sa demande y relative est sans objet.
2.1. Le recours en matière de droit public peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il fonde son raisonnement juridique sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF); à défaut, un état de fait divergent de celui de la décision attaquée ne peut pas être pris en compte (ATF 149 II 337 consid. 2.3).
2.2. Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (cf. ATF 146 I 62 consid. 3; 142 II 369 consid. 2.1).
En instance fédérale, le litige porte uniquement sur l'étendue de l'obligation de la recourante de restituer à l'assurance-invalidité une partie des subventions accordées à l'époque à la Fondation B.________ pour la réalisation de l'immeuble à V.________, puis pour la réfection du toit. Alors que la juridiction de première instance a fixé la restitution à un montant de 510'042 fr. 76, la recourante invoque un montant de 47'459 fr. 80 (à savoir 13'148 fr. pour la subvention arrêtée par la décision de l'OFAS du 31 mars 2000 et 34'311 fr. 80 pour la subvention arrêtée dans le décompte final du 15 mars 2005). En particulier, la recourante conteste la "méthode de calcul" appliquée par le Tribunal administratif fédéral. Selon elle, pour établir le montant à restituer, il faut compter le nombre de mois depuis l'utilisation effective de l'établissement subventionné, soit depuis son ouverture, et non depuis la décision finale d'allocation des subventions en cause.
4.1. Dans un premier grief relatif à l'établissement inexact et arbitraire des faits (cf. art. 95 et 97 LTF), la recourante soutient que la juridiction de première instance aurait arbitrairement omis certains faits essentiels. L'état de fait de l'arrêt attaqué devrait être complété par les éléments suivants: un montant de 1'100'000 fr. a été versé à la recourante en 1991 (déjà); le home d'occupation a été inauguré le 21 février 1992 et l'autorisation d'exploiter a été délivrée par l'autorité cantonale vaudoise compétente le 1er mars 1993, alors que les résidents étaient déjà sur place; le dossier de l'OFAS comprenait une expertise du 2 avril 1991, un décompte de l'architecte du 8 janvier 1993, un décompte de la Fondation B.________ du 24 janvier 1994 et des travaux supplémentaires du 12 décembre 1994, des plans d'exécution à l'échelle 1:100 et le contrat de vente daté du 11 juin 1991; l'expertise requise par l'OFAS auprès de l'OCF datait du 23 janvier 1995 et était accompagnée d'un document intitulé "correction d'expertise compte final du 23 janvier 1993"; un courrier de l'OFAS du 12 août 1994 précisait à l'OCF qu'un rendez-vous avait été fixé le 16 septembre 1994 à 9 heures pour la liquidation du compte final de construction; le courrier de l'OCF à l'OFAS indiquait "seulement que ses remarques contenues dans son rapport final du 23 janvier 1995 n'avaient pas été prises en compte et qu'il n'a jamais été transmis à Fondation B.________"; "la somme finale «subventionnable»" a été fixée à 2'629'593 fr. alors que l'expertise de 1995 la fixait à 2'644'871 fr. Selon la recourante, les juges précédents auraient évité de relever tous ces faits en lien avec la durée "inadmissible et inexpliquée" entre l'inauguration du home d'occupation et le moment où l'OFAS a fixé le montant définitif accordé et a versé le solde de 204'797 fr. (8 ans), voire entre le décompte final établi par l'OCF et ledit moment (5 ans). Ces faits démontreraient que le home d'occupation, que la Fondation B.________ avait exploité sans discontinuer du 21 février 1992 au 16 novembre 2016, avait été utilisé conformément à son affectation pendant huit ans entre son inauguration et la décision de subvention du 31 mars 2000.
4.2. La recourante fait valoir que la correction des faits invoqués influerait sur le sort de la cause, "puisqu'elle permettra au Tribunal de céans d'appliquer correctement le droit fédéral en admettant [son] recours". On peut douter que cette explication de la recourante quant à l'influence de la correction du vice relatif à l'omission des faits invoqués sur le sort de la cause soit suffisante au regard des exigences de motivation liées au pouvoir d'examen du Tribunal fédéral (consid. 2.1 supra), dès lors qu'elle n'explique pas en quoi le complément souhaité serait susceptible de modifier concrètement la solution retenue par les juges précédents. Ce point peut cependant demeurer indécis, parce que la prise en considération des faits invoqués ne modifierait en rien l'issue du litige, comme il ressort des considérations suivantes.
5.1. Selon l'ancien art. 73 al. 1 LAI (abrogé au 1er janvier 2008), l'assurance-invalidité alloue des subventions pour la construction, l'agrandissement et la rénovation d'établissements et d'ateliers publics ou reconnus d'utilité publique, qui appliquent des mesures de réadaptation dans une proportion importante.
En relation avec cette disposition, l'ancien art. 104bis RAI (également abrogé au 1er janvier 2008) prévoyait que si, avant l'expiration d'un délai de vingt-cinq ans à compter du paiement final, l'établissement est détourné de son but ou transféré à un organisme responsable dont le caractère d'utilité publique n'est pas reconnu, la subvention doit être remboursée. Le montant à rembourser est diminué de 4 % pour chaque année d'utilisation conforme à l'affectation prévue (al. 1). Le remboursement sera exigé par l'office fédéral dans un délai de cinq ans à compter du moment où la subvention a été détournée de son but (al. 2).
5.2. Dans le cadre de la réforme de la péréquation financière et de la répartition des tâches entre la Confédération et les cantons entrée en vigueur le 1er janvier 2008 (RO 2007 5779, 5823), les anciens art. 73 LAI et 104bis RAI ont été abrogés et le contenu de cette dernière disposition a été repris par les dispositions transitoires de la modification de la LAI du 6 octobre 2006 dans leur teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2021 (ci-après: les dispositions transitoires 2008-2021). Les al. 1 à 3 de ces dispositions transitoires prévoient que:
" 1 Si, avant l'expiration d'un délai de vingt-cinq ans à compter du dernier paiement de subventions au sens de l'ancien art. 73 LAI, des établissements sont détournés de leurs buts ou transférés à un organisme responsable dont le caractère d'utilité publique n'est pas reconnu, les subventions doivent être remboursées au Fonds de compensation défini à l'art. 107 LAVS, en faveur du compte de l'assurance-invalidité.
2 Le montant à rembourser est diminué de 4 % pour chaque année d'utilisation conforme à l'affectation prévue.
3 Le remboursement est exigé par l'OFAS dans un délai de cinq ans à compter du moment où la subvention a été détournée de son but."
Les al. 1 à 3 des dispositions transitoires de la LAI ont été modifiés par le ch. I de la loi fédérale du 19 juin 2020 modifiant la loi sur l'assurance-invalidité (Développement continu de l'AI), en vigueur depuis le 1er janvier 2022 (RO 2021 705; ci-après: dispositions transitoires 2022). Alors que l'al. 3 a été abrogé, les al. 1 et 2 ont la teneur suivante:
" 1 Si, avant l'expiration d'un délai de 25 ans à compter du début de leur utilisation, des bâtiments relevant de l'art. 73 de l'ancien droit sont détournés de leurs buts ou transférés à un organisme responsable dont le caractère d'utilité publique n'est pas reconnu, les subventions doivent être remboursées au Fonds de compensation de l'AI visé à l'art. 79. Si le début de l'utilisation ne peut être prouvé par le destinataire des subventions, le délai de 25 ans commence à courir à compter du dernier paiement de subventions.
2 Le montant à rembourser est diminué de 4 % pour chaque année d'utilisation conforme à l'affectation prévue."
5.3. Selon l'art. 29 al. 1 de la loi fédérale du 5 octobre 1990 sur les aides financières et les indemnités (loi sur les subventions, LSu; RS 616.1), entrée en vigueur le 1er avril 1991, avec le titre marginal "Aides, désaffectation et aliénation", lorsqu'un bien immobilier (immeuble, construction, autre ouvrage) ou mobilier pour lequel une aide a été versée est désaffecté ou aliéné, l'autorité compétente exige la restitution de l'aide. Le montant à restituer est fonction de la relation entre d'une part la durée pendant laquelle l'allocataire a effectivement utilisé le bien conformément à l'affectation prévue et, d'autre part, la durée d'affectation qui avait été fixée. Le montant à restituer peut être réduit en cas de rigueurs excessives.
6.1. La recourante ne remet pas en cause le fait que le home d'occupation de la Fondation B.________ (ci-après: l'établissement) a été détourné de son but au sens des dispositions transitoires 2008-2021 et des dispositions transitoires 2022. Elle reproche en revanche au Tribunal administratif fédéral de n'avoir arbitrairement pas appliqué les dispositions transitoires 2022 et de n'avoir dès lors pas pris en compte que le début du délai de vingt-cinq ans courait à partir du commencement de l'utilisation de l'établissement et non pas du versement final de la subvention. Il en découlerait une violation du principe de l'égalité de traitement et le calcul du remboursement devrait être effectué sur la période complète d'utilisation conforme au but, soit du 21 février 1992 jusqu'au 16 novembre 2016 (correspondant à plus de vingt-cinq ans d'utilisation conforme).
6.2.
6.2.1. Selon un principe général de droit intertemporel (ATF 150 I 144 consid. 6.1 et les références; 146 V 364 consid. 7.1), les dispositions légales applicables à une contestation sont celles en vigueur au moment où se sont produits les faits juridiquement déterminants pour trancher celle-ci. Liée aux principes de sécurité du droit et de prévisibilité, l'interdiction de la rétroactivité (proprement dite) des lois résulte du droit à l'égalité de traitement (art. 8 Cst.), de l'interdiction de l'arbitraire et de la protection de la bonne foi (art. 5 et 9 Cst.).
6.2.2. Comme le met en évidence la recourante elle-même en invoquant la décision d'octroi des subventions principales (2000), la "désaffectation à novembre 2016", la demande de renseignement de l'OFAS du 26 novembre 2018 et la "décision querellée du 24 février 2021", les faits juridiquement déterminants de la cause se sont produits avant l'entrée en vigueur au 1er janvier 2022 des dispositions transitoires 2022. C'est en vain qu'elle se prévaut à cet égard du fait que l'OFAS savait ou devait savoir que les dispositions transitoires 2008-2021 allaient "prochainement" être modifiées à la suite du "vote positif des Chambres fédérales". Comme l'ont dûment relevé les juges précédents, elle requiert en effet l'application rétroactive des dispositions transitoires 2022 à des faits qui se sont réalisés antérieurement à leur entrée en vigueur, ce qui reviendrait à une rétroactivité inadmissible (les conditions strictes auxquelles une rétroactivité serait possible n'étant pas réalisées [à ce sujet cf. ATF 150 I 144 consid. 6.1 et les références; Matthias Kradolfer, Intertemporales öffentliches Recht, 2020, n. 133 ss). La référence que fait la recourante au Message du Conseil fédéral du 15 février 2017 concernant la modification de la loi fédérale sur l'assurance-invalidité (Développement continu de l'AI; FF 2017 2363; ci-après Message du 15 février 2017) ne lui est d'aucun secours, puisque les explications du gouvernement fédéral sur la "Clarification de la base légale régissant la restitution des subventions pour la construction" (FF 2017 2450, ch. 1.2.5.2) se rapportent à la modification alors proposée, qui n'est précisément pas applicable en l'espèce; elles se réfèrent par ailleurs à la primauté des dispositions transitoires 2008-2021 sur la LSu, en cas de divergences (ATF 144 V 224 consid. 6; consid. 7.3.4.3 infra).
La recourante soutient encore que le Tribunal fédéral devrait prendre en compte les dispositions transitoires 2022, quand bien même elles ne lui seraient pas applicables, parce que le législateur entendait y clarifier le début du délai de vingt-cinq ans, ce qui était parfaitement justifié. Il suffit de relever que la Cour de céans n'a pas à interpréter les dispositions transitoires 2008-2021 en fonction des modifications législatives adoptées le 19 juin 2020, sous peine d'effectuer une application anticipée de cette novelle, ce qui serait contraire au principe de non-rétroactivité.
6.3. En ce qui concerne la prétendue violation du principe de l'égalité, que la recourante invoque en reprochant à l'OFAS d'avoir modifié sa pratique entre juillet 2018 et décembre 2021 en défaveur des institutions bénéficiaires de subventions fondées sur la LAI, l'argumentation de la recourante ne peut pas être suivie.
Dans sa réponse au recours, l'OFAS a indiqué qu'au moment où l'établissement avait été détourné de son but, la pratique administrative appliquait un calcul du montant à restituer en se fondant sur le début de l'utilisation effective du bâtiment comme le prévoit l'art. 29 al. 1 LSu. À la suite du prononcé de l'arrêt 8C_655/2017 du 3 juillet 2018, publié in ATF 144 V 224, selon lequel les dispositions transitoires de la LAI primaient la LSu, l'OFAS avait toutefois modifié sa pratique en conséquence, en procédant à un calcul fondé sur le moment du dernier paiement des subventions, conformément à la teneur des dispositions transitoires 2008-2021 (voir aussi consid. 7.3.4.3 infra). Or, comme le relève à juste titre l'OFAS, la recourante, en se plaignant d'une inégalité de traitement, fait valoir une prétention à l'égalité dans l'illégalité, puisqu'elle souhaite se voir appliquer une pratique considérée comme erronée, alors que l'autorité administrative a précisément voulu modifier celle-ci pour appliquer correctement le droit. En raison déjà de l'absence de volonté de l'administration de poursuivre (pendant la période litigieuse courant jusqu'à sa décision du 24 février 2021) la pratique considérée comme fausse, la recourante ne peut rien tirer en sa faveur du principe de l'égalité dans l'illégalité (cf. ATF 146 I 105 consid. 5.3.1; 139 II 49 consid. 7.1).
6.4. En conséquence de ce qui précède, les dispositions transitoires 2008-2021 sont applicables en l'espèce.
La recourante reproche ensuite aux juges précédents d'avoir appliqué les dispositions transitoires 2008-2021 de manière arbitraire et contraire au droit.
7.1. Dans la mesure tout d'abord où la Fondation A.________ se prévaut d'une violation du principe de l'égalité de traitement dans ce contexte, sa motivation ne répond pas aux exigences prévues par l'art. 106 al. 2 LTF (consid. 2.2 supra). Affirmant une telle atteinte, elle soutient que le Tribunal administratif fédéral, en retenant que l'application indirecte de l'art. 29 al. 1 LSu souhaitée par la recourante était mal fondée, motif pris de la priorité des dispositions transitoires de la LAI sur la LSu, avait contredit le Tribunal fédéral; celui-ci aurait considéré qu'il était admissible "de se fier à l'interprétation faite par la jurisprudence de termes et circonstances similaires" (prévus par la LSu; arrêt 9C_458/2022 consid. 4.2 [en relation avec le consid. 4.3]). Outre que l'argumentation de la recourante ne permet pas de comprendre en quoi la prétendue contradiction alléguée correspondrait à une inégalité de traitement, la Fondation A.________ n'explique pas de quels "termes et circonstances similaires" elle entend se prévaloir concrètement.
7.2. La recourante reproche par ailleurs aux juges précédents de n'avoir pas examiné "la question de l'interprétation des dispositions transitoires" et d'avoir ainsi porté atteinte à son droit d'être entendue, sous l'angle du droit d'obtenir "une réponse à ses griefs".
Son argumentation tombe à faux, dès lors que la juridiction de première instance a interprété les dispositions transitoires 2008-2021 en ce sens qu'elle les a considérées comme claires concernant la date du début du délai de 25 ans (soit à compter du dernier paiement de la subvention). Les juges précédents ont également repris plusieurs éléments d'interprétation historique pour justifier que les dispositions en cause primaient la LSu. Ils en ont déduit que le raisonnement de la Fondation A.________, qui relevait d'une application de manière indirecte de l'art. 29 al. 1 LSu - lequel faisait partir le délai d'utilisation conforme à l'affectation à partir de l'utilisation effective de l'objet subventionné - n'était pas conforme au droit. Le fait que la recourante ne partage pas l'appréciation de la juridiction de première instance - et soutient que les dispositions transitoires ne seraient pas claires - ne met pas en évidence une absence de motivation de l'arrêt attaqué dans le sens où elle le prétend: elle a obtenu une "réponse à ses griefs" puisque les juges précédents ont justifié l'application des dispositions transitoires 2008-2021, de telle manière que la recourante a été en mesure de contester utilement l'arrêt entrepris.
7.3.
7.3.1. La recourante fait ensuite valoir qu'une interprétation historique, littérale et téléologique des dispositions transitoires 2008-2021 mettrait en évidence que le montant de la restitution doit se calculer non pas à compter du paiement final (de la subvention par l'administration), mais bien à partir du début de l'utilisation conforme de la subvention à l'affectation prévue. Il serait clair que l'al. 1 des dispositions transitoires en cause fixe le principe du remboursement sur une durée maximale de 25 ans à compter du paiement final, alors que l'al. 2 fixe la méthode de calcul du montant à rembourser, en tenant compte d'une diminution de 4 % pour chaque année d'utilisation conforme à l'affectation prévue; le point de départ pour calculer la diminution de 4 % devrait être fixé non pas après 25 ans à compter du dernier paiement des subventions, mais bien dès le moment où la subvention a été utilisée conformément à l'affectation prévue. Il y aurait lieu de tenir compte de l'ensemble des années d'utilisation conforme et pas seulement de celles à partir du paiement final.
7.3.2. À la lumière des règles d'interprétation de la loi (cf. ATF 151 V 129 consid. 5 et les références; 151 III 62 consid. 7.3; 150 II 478 consid. 7.2.2), il convient de constater tout d'abord que le texte des al. 1 et 2 des dispositions transitoires 2008-2021 ne prévoit pas "sans équivoque" que le montant à rembourser est diminué de 4 % pour chaque année d'utilisation conforme à l'affectation prévue à compter du dernier paiement de subventions au sens de l'ancien art. 73 LAI, comme le prétend l'OFAS. La référence du moment "à compter du dernier paiement de subventions" figure en effet à l'al. 1 de ces dispositions et concerne le point de départ de la période de vingt-cinq ans dans laquelle la survenance d'un cas de détournement du but ou de transfert d'un établissement conduit au remboursement de subventions; l'al. 2 ne comprend en revanche pas de précision sur le moment à partir duquel il y a lieu de compter "l'année d'utilisation conforme à l'affectation prévue" pour laquelle une diminution de 4 % du montant à rembourser est effectuée.
7.3.3. Sous l'angle systématique toutefois, lus en relation avec le premier al. des dispositions transitoires 2008-2021, les termes de l'al. 2 ne peuvent effectivement pas être compris autrement que se rapportant à l'année d'utilisation conforme à l'affectation prévue écoulée depuis le (dernier) paiement de la subvention. La période temporelle de référence de l'al. 1 - courant "à compter du dernier paiement de subventions au sens de l'art. 73 LAI" - vaut également pour l'année d'utilisation conforme à l'affectation prévue. La mention de "l'année d'utilisation conforme à l'affectation prévue" vise le calcul de la diminution de 4 % du montant à rembourser, cette diminution valant pour chaque année écoulée entre le moment du dernier paiement des subventions et le moment où l'utilisation conforme à l'affectation prévue a cessé.
Comme le relève l'OFAS, sous l'angle de l'interprétation systématique des dispositions transitoires en cause, en appliquant une réduction de 4 % par an pour chaque année d'utilisation conforme à l'affectation prévue (al. 2), un solde nul est atteint après vingt-cinq ans, soit la durée de l'affectation prévue par l'al. 1. Il y a donc une concordance temporelle entre le moment à partir duquel débute la période de vingt-cinq ans durant laquelle le détournement du but conduit à un remboursement et celui à partir duquel il y a lieu de déterminer l'année d'utilisation conforme à l'affectation prévue. Plus précisément, l'al. 1 des dispositions transitoires fixe la durée de l'affectation au-delà de laquelle il n'y a plus d'obligation de remboursement à vingt-cinq ans à compter du dernier paiement des subventions. L'al. 2 prévoit une réduction du montant du remboursement de 4 % pour chaque année d'utilisation conforme à l'affectation prévue et fixe par là la fin de la période sur la base de laquelle ce montant doit être calculé: la fin de la période déterminante - qui débute à la date du dernier paiement des subventions - correspond au moment où a cessé l'utilisation conforme à l'affectation prévue. En d'autres termes, il découle de l'al. 2 des dispositions transitoires 2008-2021 que le montant à rembourser est diminué de 4 % pour chaque année qui s'est écoulée entre le dernier paiement des subventions (au sens de l'ancien art. 73 LAI) et le moment où l'utilisation conforme à l'affectation prévue a cessé (soit au moment de la désaffectation).
7.3.4. L'interprétation historique que propose la recourante en déduisant que sa position, à savoir que le montant de la subvention à restituer doit être calculé "sur la base des années effectives d'utilisation conforme (et non seulement du dernier versement de la subvention) ", serait parfaitement justifiée ne peut pas être suivie. La Fondation A.________ se prévaut en vain d'une évolution législative tendant à l'harmonisation entre la LAI et la LSu, dès lors qu'elle omet de prendre en considération plusieurs éléments déterminants dans son exposé du cadre légal.
7.3.4.1. Lors de son entrée en vigueur, le 1er janvier 1975, l'ancien art. 104bis al. 1 RAI (RO 1974 1601 s.) comprenait seulement une phrase, selon laquelle "si, avant l'expiration d'un délai de vingt-cinq ans à compter du paiement final, l'établissement subventionné est détourné de son but ou transféré à un organisme responsable dont le caractère d'utilité publique n'est pas reconnu, la subvention doit être remboursée intégralement". Il a été modifié avec effet au 1er janvier 1998, en ce sens que l'adverbe "intégralement" a été supprimé et une seconde phrase ajoutée, selon laquelle "Le montant à rembourser est diminué de 4 % pour chaque année d'utilisation effective conforme à l'affectation prévue" (RO 1997 3039). Selon les explications de l'OFAS, la disposition en vigueur jusqu'au 31 décembre 1997 sur la désaffectation d'un immeuble, qui fixait un remboursement intégral de la subvention durant 25 ans, était "inapplicable"; conformément à la LSu, la modification alors introduite prévoyait une solution générale pro rata temporis (Commentaire des modifications du RAI du 26 novembre 1997, VSI 1998 p. 14).
On peut déduire de ces explications que l'ajout de la seconde phrase à l'ancien art. 104bis al. 1 RAI avait pour but de supprimer le remboursement intégral de la subvention et d'introduire, le cas échéant, un remboursement pro rata temporis. Il est vrai, comme le relève la recourante que cette modification avait pour objectif une harmonisation avec la LSu, puisqu'elle supprimait le principe du remboursement intégral en faveur d'un remboursement pro rata temporis comme le prévoit l'art. 29 al. 1 LSu, en vertu duquel le calcul du montant à restituer se fait en fonction de la relation entre la durée d'utilisation conforme à l'affectation prévue et la durée d'affectation qui avait été fixée (consid. 5.3 supra). L'harmonisation n'a toutefois pas été complète, puisque le Conseil fédéral n'a ni repris les modalités de calcul de l'art. 29 al. 1 LSu, ni renoncé à toute règle - ce qui aurait conduit à l'application de la disposition de la LSu -, mais a maintenu une réglementation particulière pour le remboursement des subventions versées par l'assurance-invalidité. Il a prévu un calcul en fonction d'une diminution de la subvention de 4 % pour chaque année d'utilisation conforme à l'affectation prévue.
7.3.4.2. L'ancien art. 104bis al. 1 RAI n'a plus été modifié jusqu'à son abrogation et sa reprise, avec effet au 1er janvier 2008, par les al. 1 et 2 des dispositions transitoires 2008-2021. À ce moment-là, la teneur des dispositions en cause n'a pas été adaptée à l'art. 29 al. 1 LSu, de sorte que la réglementation différente en matière de subventions de l'assurance-invalidité a été maintenue; des dispositions contraires à la LSu sont d'ailleurs expressément réservées par l'art. 2 al. 2 LSu, qui prévoit l'application du chapitre 3 de la LSu (dont fait partie l'art. 29) "sauf dispositions contraires d'autres lois ou arrêtés fédéraux de portée générale". Le Conseil fédéral a alors relevé la nécessité de régler par une disposition transitoire la question de l'éventuel remboursement des subventions (en raison de l'abrogation de l'ancien art. 73 aLAI et de la "cantonalisation" des subventions de l'assurance-invalidité correspondantes) et a indiqué reprendre les dispositions de l'ancien art. 104bis RAI dans les dispositions transitoires (Message du 7 septembre 2005 sur la législation d'exécution concernant la réforme de la péréquation financière et de la répartition des tâches entre la Confédération et les cantons [RPT], FF 2005 5810 ch. 2.9.4.2.2, 5811 ch. 2.9.4.2.3.1 et 5829 ch. 2.9.7.3). Les règles figurant jusqu'alors dans une disposition réglementaire ont donc été inscrites dans une loi formelle.
Comme le relève la recourante elle-même, les dispositions transitoires 2008-2021 ont été modifiées avec effet au 1er janvier 2022, afin de les adapter à la LSu. Or ce n'est qu'avec ces modifications que les règles sur les modalités du remboursement des subventions de l'assurance-invalidité correspondent dans une très large mesure à celles de la LSu, puisque le délai de vingt-cinq ans (de l'al. 1) n'est plus calculé à compter de la date du dernier paiement de subventions, mais à partir du moment où a débuté l'utilisation conforme à l'affectation prévue (consid. 5.2 supra). Pour expliquer ce changement, le Conseil fédéral a indiqué que l'"ancien art. 104bis RAI ne correspondait pas aux dispositions de la LSu, mais n'avait pas été adapté. Cependant comme la jurisprudence avait exigé que les dispositions pertinentes du RAI soient interprétées dans le sens de la LSu, la pratique de l'AI était tout de même conforme à la LSu" (Message du 15 février 2017; FF 2017 2450 ch. 1.2.4.2). Le Conseil fédéral a ajouté que la disposition réglementaire avait été transférée dans la LAI, laquelle en théorie, en tant que loi spéciale, l'emportait sur la LSu. Les différences par rapport à la LSu devaient cependant être éliminées afin que les subventions de l'AI pour la construction puissent être remboursées en vertu de la LSu si l'établissement est détourné de son but ou transféré à un organisme responsable dont le caractère d'utilité publique n'a pas été reconnu (Message du 15 février 2017; FF 2017 2450 ch. 1.2.5.2).
7.3.4.3. La référence à la "jurisprudence" qu'a faite le Conseil fédéral - sans aucune précision - dans le Message du 15 février 2017 correspond à la décision de la Commission fédérale de recours en matière de prestations collectives de l'AVS et l'AI (à laquelle a succédé le Tribunal administratif fédéral à partir du 1er janvier 2007; ci-après: la Commission) du 7 novembre 2003 (RKKL 11/2003, SVR 2004 IV Nr. 32 p. 100), citée par les parties. Antérieurement à ce prononcé, la pratique administrative fondée sur l'ancien art. 104bis al. 1 RAI impliquait (depuis 1998) un calcul du montant de la subvention à restituer avec une diminution de 4 % pour chaque année d'utilisation conforme à l'affectation prévue à compter du paiement final, soit de la date de la décision finale d'octroi de la subvention, selon les indications de l'OFAS, reprises en partie par la recourante. À l'occasion de sa décision du 1er janvier 2007, la Commission a examiné le calcul relatif à l'obligation de restitution de subventions pour la construction à la suite d'une désaffectation ou d'une aliénation du bien immobilier. Elle a considéré que l'ancien art. 104bis RAI fondait ce calcul sur le moment du paiement final ("Kriterium der Schlusszahlung"), ce qui n'était pas conforme à la LSu qui prévoyait un calcul en fonction du rapport entre la durée d'utilisation conforme à l'affectation et la durée d'utilisation effective. La disposition réglementaire limitait la disposition légale, supérieure du point de vue de la hiérarchie des normes, de manière inadmissible puisque le paiement final était en règle générale postérieur au début de l'utilisation effective. De cette manière, la durée effective d'utilisation déterminante pour le calcul du remboursement était raccourcie et le (montant du) remboursement était augmenté en conséquence. La hiérarchie des normes imposait donc de ne pas appliquer la disposition réglementaire en tant qu'elle prévoyait le calcul du montant à rembourser en fonction d'une diminution de 4 % pour chaque année d'utilisation conforme à l'affectation prévue à compter du paiement final. En tant qu'il fixait la durée de l'obligation d'utilisation conforme à l'affectation prévue à vingt-cinq ans à compter du paiement final, l'ancien art. 104bis RAI restait cependant applicable, puisqu'il mettait alors en oeuvre l'art. 29 al. 1 LSu, qui ne contenait pas de précision sur cette durée (consid. 5 de la décision du 7 novembre 2003).
L'OFAS a alors adapté sa pratique en fonction de cette jurisprudence et a calculé le montant de la subvention à restituer en le diminuant de 4 % pour chaque année d'utilisation effective conforme à l'affectation prévue. Dans un premier temps, il a maintenu la pratique adaptée après que la teneur de l'ancien art. 104bis RAI a été transposée dans une loi formelle (dispositions transitoires 2008-2021 [consid. 7.3.3.1 supra]). Dans un second temps, l'OFAS est toutefois revenu à sa pratique initiale (calcul du montant à rembourser en le diminuant de 4 % pour chaque année d'utilisation conforme à l'affectation prévue à compter du dernier paiement des subventions au sens de l'ancien art. 73 LAI, soit à compter de la date de la décision finale d'octroi de subventions), à la suite d'un arrêt du Tribunal fédéral rendu le 3 juillet 2018 et publié in ATF 144 V 224 (soit postérieurement au Message du Conseil fédéral du 15 février 2017). Le Tribunal fédéral y a jugé que les normes sur la prescription de la restitution de subventions pour la construction de l'ancien art. 73 LAI contenues dans les dispositions transitoires 2008-2021 priment celles de l'art. 32 LSu en application du principe de la lex specialis (consid. 3-6). Or, comme l'a retenu à juste titre le Tribunal administratif fédéral, même si cet arrêt a porté sur l'interprétation de la volonté du législateur quant au droit applicable en matière de prescription de la créance en remboursement des subventions allouées par l'assurance-invalidité, au regard du délai de prescription de cinq ans prévu par l'al. 3 des dispositions transitoires 2008-2021 et de l'art. 32 LSu, la conclusion qui en découle est valable en l'occurrence: en application du principe de la lex specialis, les dispositions transitoires 2008-2021 priment la LSu, en cas de divergences, ce que le Tribunal fédéral a du reste déjà admis dans un arrêt 9C_458/2022 du 16 août 2023 (consid. 3.3). On ne saurait donc reprocher à l'OFAS d'avoir reconduit sa pratique initiale à partir de l'ATF 144 V 224, afin d'appliquer les dispositions transitoires 2008-2021 conformément au droit.
7.3.4.4. Compte tenu de cet aperçu historique sur les al. 1 et 2 des dispositions transitoires 2008-2021, qui met en évidence les différentes étapes des modifications législatives, il n'est pas possible de suivre la recourante lorsqu'elle entend tirer de l'évolution d'un "régime strict imposant le remboursement intégral du montant total de la subvention dans les 25 ans dès versement final (de 1975 à 1998) à un régime conforme à la LSu" que le montant de la subvention à restituer doit en l'occurrence être calculé en fonction des années effectives d'utilisation conforme. Son point de vue relève précisément d'une négation des différentes étapes des modifications législatives en cause, puisqu'il revient à interpréter les dispositions transitoires 2008-2021 de manière identique aux dispositions transitoires 2022, en faisant fi de la teneur différente des normes en question, telle que voulue par le législateur.
7.3.5. Enfin, l'interprétation "sous l'angle téléologique" de la recourante, qui relève que le but des dispositions légales sur le subventionnement était de soutenir des institutions à but non lucratif afin de prendre en charge les personnes rencontrant certaines difficultés, se résume à l'affirmation selon laquelle l'interprétation "des dispositions du aRAI" et de la LSu ne peut pas être effectuée au détriment de l'une par rapport à l'autre. Pour autant qu'elle soit compréhensible, elle n'apparaît pas pertinente.
7.4. La recourante se prévaut encore d'une "utilisation conforme à l'affectation prévue" dès le mois de mars 1992 en indiquant que les travaux de construction avaient été terminés en 1992 déjà de sorte que le solde des subventions "aurait dû être versé dans la foulée", alors que 85 % de celles-ci avait d'ores et déjà été versé en 1991. Dans la mesure où la Fondation A.________ se réfère au début de l'utilisation conforme à l'affectation prévue, elle ne se fonde pas sur la période déterminante pour le calcul du remboursement de la subvention, qui court à partir du moment du dernier paiement. Son argumentation tombe dès lors à faux.
7.5. Par ailleurs, le "grief de retard à statuer" que la recourante soulève également en instance fédérale en lien avec la date de la décision de l'OFAS du 31 mars 2000 (par rapport à l'année 1991, date d'un premier versement des subventions) ne lui est d'aucun secours. D'une part, on ne voit pas de quel fondement légal la recourante entend déduire une réduction du montant à rembourser en lien avec la prétendue violation du principe de célérité. Ensuite, il lui aurait appartenu de se plaindre d'un déni de justice de la part de l'OFAS au moment où celui-ci aurait tardé, selon elle, à rendre la décision finale sur les subventions. Enfin, la recourante ne remet pas en cause de manière circonstanciée les constatations des juges précédents (consid. 2.1 supra) sur la date à laquelle l'OFAS avait indiqué avoir reçu les informations complémentaires nécessaires au calcul définitif de la subvention (le 15 octobre 1999), se limitant à invoquer des faits qui auraient été omis dans l'arrêt attaqué (consid. 4.1 supra) mais sans en tirer de conclusions concrètes. Il n'y a dès lors pas lieu de s'écarter de l'appréciation du Tribunal administratif fédéral quant à l'absence de fondement du reproche du retard à statuer.
Finalement, la recourante indique contester la "nouvelle méthode de calcul", en se plaignant - pour autant qu'on la comprenne - que la juridiction de première instance s'est fondée sur son arrêt C-4577/2019 du 25 août 2022 (attaqué devant le Tribunal fédéral, qui s'est prononcé le 16 août 2023 [arrêt 9C_458/2022]), pour effectuer le calcul du montant à restituer par la recourante (fixé à 510'042 fr. 16). Si la recourante procède à sa propre interprétation de cet arrêt du Tribunal administratif fédéral en soutenant qu'il ne serait pas applicable à son cas, elle ne s'en prend toutefois pas concrètement aux calculs des juges précédents la concernant (consid. 6 de l'arrêt entrepris). Elle ne remet ainsi pas en cause les montants des subventions ou les durées d'affectation conforme correspondantes retenus par la juridiction de première instance, dont le Tribunal fédéral n'a pas de raison de s'écarter. En tant que la recourante fait à nouveau valoir sa propre interprétation des dispositions transitoires 2008-2021, il suffit de renvoyer aux considérations qui précèdent.
Ensuite de ce qui précède, le recours est en tous points mal fondé.
Vu l'issue de la procédure, les frais de justice sont mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF).
Le recours est rejeté.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal administratif fédéral, Cour III.
Lucerne, le 11 septembre 2025
Au nom de la IIIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Moser-Szeless
La Greffière : Perrenoud