9C_494/2025, 9C_495/2025
Urteil vom 27. August 2026
III. öffentlich-rechtliche Abteilung
Besetzung
Bundesrichterin Moser-Szeless, Präsidentin,
Bundesrichter Stadelmann, Beusch,
Gerichtsschreiberin Schorno.
Verfahrensbeteiligte
9C_494/2025
Eidgenössische Steuerverwaltung, Hauptabteilung Mehrwertsteuer,
Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Beschwerdeführerin,
gegen
A.________ AG,
vertreten durch PricewaterhouseCoopers AG,
Beschwerdegegnerin,
und
9C_495/2025
A.________ AG,
vertreten durch PricewaterhouseCoopers AG,
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung, Hauptabteilung Mehrwertsteuer,
Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Beschwerdegegnerin.
Gegenstand
Mehrwertsteuer, Steuerperioden 2021-2022,
Beschwerden gegen das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 4. Juli 2025 (A-1477/2024).
Sachverhalt:
A.
A.a. Die A.________ AG (nachfolgend: die Steuerpflichtige) mit Sitz in U.________/ZG bezweckt laut Eintrag im Handelsregister insbesondere den direkten oder indirekten Erwerb, die Verwaltung und die Veräusserung von Beteiligungen an in- und ausländischen Unternehmen. Sie ist seit 1. Januar 2021 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) eingetragen.
A.b. Im Zusammenhang mit der Mehrwertsteuerabrechnung für das vierte Quartal der Steuerperiode 2021 ersuchte die ESTV die Steuerpflichtige um Auskünfte betreffend die Berechnung der Vorsteuerkorrektur. Die ESTV stellte sich auf den Standpunkt, dass mangels steuerbarer Leistungen kein Anspruch auf Vorsteuerabzug bestehe. In der Folge reichte die Steuerpflichtige Korrekturabrechnungen für alle vier Quartale der Steuerperiode 2021 sowie das erste Quartal 2022 ein, korrigierte den Vorsteuerabzug auf Fr. 0.- und überwies die ursprünglich geltend gemachten Vorsteuern im Umfang von Fr. 335'869.80 unter Vorbehalt an die ESTV zurück.
A.c. Nachdem die ESTV eine Kontrolle der Steuerperioden 2021 und 2022 durchgeführt hatte und die Steuerpflichtige bestritt, dass sie keinen Anspruch auf Vorsteuerabzug habe, erliess die ESTV am 29. Januar 2024 eine Verfügung. Im Rahmen dieser Verfügung korrigierte die ESTV u.a. die nicht direkt zuordenbaren Vorsteuern (so genannter Topf C bei der Methode der "Teilzuordnung der Vorsteuern" [sog. "Dreitopfmethode"]) - wozu nach ihrer Ansicht insbesondere Vorsteuern im Zusammenhang mit den Beteiligungen der Steuerpflichtigen gehörten - mittels so genanntem Umsatzschlüssel. Die Vorsteuern, die seitens der ESTV Topf C zugewiesen wurden, betrugen Fr. 345'908.- (Quote aufgrund Umsatzschlüssel: 0.205 %) für die Steuerperiode 2021 bzw. Fr. 43'237.- (Quote aufgrund Umsatzschlüssel: 0.175 %) für die Steuerperiode 2022.
B.
Gegen diese Verfügung erhob die Steuerpflichtige Sprungbeschwerde an das Bundesverwaltungsgericht und beantragte, die Steuerforderung sei in Aufhebung der Verfügung der ESTV vom 29. Januar 2024 für das Jahr 2021 auf Fr. 335'321.81 und für das Jahr 2022 auf Fr. 25'184.59 zu ihren Gunsten festzusetzen und ihr zurückzuvergüten (zzgl. Vergütungszins von 4 Prozent auf Fr. 335'869.80 seit 22. Dezember 2022). Mit Urteil vom 4. Juli 2025 hiess das Bundesverwaltungsgericht das Rechtsmittel der Steuerpflichtigen dahingehend gut, als es die Ermittlung des Vorsteuerkorrekturschlüssels seitens der ESTV als nicht sachgerecht qualifizierte und als auf (allenfalls) der Steuerpflichtigen zurückzuerstattende Vorsteuern ab dem 61. Tag nach Eintreffen der schriftlichen Geltendmachung vom 13. Juli 2023 bei der ESTV ein Vergütungszins auszurichten sei. Es wies die Sache zwecks Festlegung eines neuen Vorsteuerkorrekturschlüssels und Klärung der Vorsteuerbeträge an die Vorinstanz zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab und bestätigte, dass sämtliche Vorsteuern im Zusammenhang mit dem Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen direkt dem Topf C zuzuordnen seien.
C.
C.a. Am 10. September 2025 erhebt die ESTV Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und ihre Verfügung vom 29. Januar 2024 zu bestätigen (Verfahren 9C_494/2025). Mit Schreiben vom 8. Oktober 2025 beantragt die Steuerpflichtige die Abweisung der Beschwerde.
C.b. Die Steuerpflichtige erhebt mit Schreiben vom 10. September 2025 ebenfalls Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Verfahren 9C_495/2025). Sie beantragt, die Steuerforderung sei in Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils auf Fr. 335'321.81 (Steuerjahr 2021) bzw. Fr. 25'184.59 (Steuerjahr 2022) zu Gunsten der Steuerpflichtigen festzulegen (zzgl. Vergütungszins von 4 Prozent auf Fr. 335'869.80 seit 9. Mai 2023). Eventualiter sei die Sache im Sinne des angefochtenen Urteils an die ESTV zur Ermittlung eines sachgerechten Schlüssels für den Vorsteuerabzug zurückzuweisen. Die ESTV ersucht mit Schreiben vom 24. September 2025 um Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen:
I. Verfahrensvereinigung
1.
Beide Beschwerden richten sich gegen dasselbe Urteil. Da folglich beide Verfahren auf demselben Sachverhalt beruhen und die gleichen Parteien betreffen, rechtfertigt es sich, die beiden Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP [SR 273]; vgl. BGE 142 II 293 E. 1.2 und Urteil 9C_570/2025, 9C_571/2025 vom 17. Dezember 2025 E. 1.1).
II. Verfahren 9C_494/2025
2.
2.1. Angefochten ist ein Urteil des Bundesverwaltungsgerichts in einem Mehrwertsteuerstreit, mithin in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Die Vorinstanz hat die seinerzeitige Beschwerde der Steuerpflichtigen insofern abgewiesen, als dass sämtliche Vorsteuern im Zusammenhang mit dem Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen direkt dem Topf C und nicht dem Topf A zugeordnet wurden. Gutgeheissen wurde die Beschwerde insofern, als die Ermittlung des Vorsteuerkorrekturschlüssels für den Topf C seitens der ESTV als nicht sachgerecht erkannt wurde und insofern als auf (allenfalls) der Steuerpflichtigen zurückzuerstattende Vorsteuern ab dem 61. Tag nach Eintreffen der schriftlichen Geltendmachung vom 13. Juli 2023 bei der ESTV ein Vergütungszins ausgerichtet werden müsse. Die Vorinstanz hat die Sache entsprechend an die ESTV zurückgewiesen, damit diese weitere Abklärungen betreffend die effektiv bei der Steuerpflichtigen angefallenen Vorsteuern und die Ermittlung eines sachgerechten Vorsteuerkorrekturschlüssels für Topf C vornehme. Gestützt darauf sei der Vorsteueranspruch der Steuerpflichtigen neu zu berechnen.
2.1.1. Ein Rückweisungsentscheid schliesst das Verfahren nicht ab, weshalb es sich bei ihm grundsätzlich um einen Vor- oder Zwischenentscheid handelt (vgl. BGE 150 II 346 E. 1.3.4; 149 II 66 E. 1.2; 148 IV 155 E. 1.1; 144 III 253 E. 1.3). Wenn die Rückweisung aber einzig noch der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient und der Unterinstanz daher keinerlei Entscheidungsspielraum verbleibt, ist ein solcher Entscheid nach der Praxis der öffentlich-rechtlichen Abteilungen des Bundesgerichts wie ein Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG zu behandeln (vgl. BGE 150 II 346 E. 1.3.4; 145 III 42 E. 2.1; 144 III 253 E. 1.4).
Vor- oder Zwischenentscheide können beim Bundesgericht nur angefochten werden, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Praxisgemäss muss der Nachteil, der dem Beschwerdeführer droht, rechtlicher Natur sein und auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Entscheid in der Zukunft nicht mehr (gänzlich) behoben werden können (BGE 150 III 248 E. 1.2; 143 III 416 E. 1.3; 141 III 80 E. 1.2, je mit Hinweisen). Rein tatsächliche Nachteile wie die Verfahrensverlängerung oder -verteuerung reichen grundsätzlich nicht aus (BGE 150 III 248 E. 1.2 mit Hinweisen). Die selbständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll. Diese Ausnahme ist restriktiv zu handhaben (BGE 150 II 346 E. 1.3.3; 150 III 248 E. 1.2 mit Hinweisen).
Soweit nicht offenkundig ist, dass der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte, hat die beschwerdeführende Partei in ihrer Eingabe darzutun, inwiefern sie einem solchen ausgesetzt ist und die Voraussetzungen der Zulässigkeit der Beschwerde erfüllt sind (Art. 42 Abs. 2 BGG; BGE 150 II 346 E. 1.3.3 mit Hinweisen).
2.1.2. Beim vorinstanzlichen Rückweisungsentscheid handelt es sich um einen Vor- oder Zwischenentscheid i.S.v. Art. 93 BGG: Entgegen der Ansicht der ESTV dient die Rückweisung vorliegend nicht einzig noch der (rechnerischen) Umsetzung (vgl. BGE 150 II 346 E. 1.3.4), sondern verbleibt ein Entscheidungsspielraum. Die Vorinstanz erwog zwar, dass sich die Vorsteuerkorrektur mittels Umsatzschlüssel im vorliegenden Fall nicht als sachgerecht erweise und dass das seitens der Steuerpflichtigen vorgeschlagene Vorgehen (Ermittlung des Schlüssels anhand Bilanzstruktur) prima Vista nachvollziehbar und sachgerecht erscheine. Dennoch verbleibt der ESTV ein Entscheidungsspielraum, ob dieser Korrekturschlüssel auch bei näherer Prüfung sachgerecht erscheint und betreffend die Frage, welche Vorsteuerbeträge bei der Steuerpflichtigen tatsächlich angefallen sind.
Somit muss die Beschwerdeführerin in ihrer Eingabe dartun, inwiefern sie einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil ausgesetzt und die Voraussetzungen der Zulässigkeit der Beschwerde erfüllt sind.
2.1.3. Wenn die Rückweisung mit verbindlichen Vorgaben erfolgt, welche die untere Instanz bei ihrem neuen Entscheid befolgen muss, so stellen diese Vorgaben für die Behörde einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG dar, weil sie entgegen ihrer Rechtsauffassung einen Entscheid erlassen müsste, den sie in der Folge nicht mehr anfechten kann (BGE 149 II 66 E. 1.2; 145 I 239 E. 3.3; 142 V 26 E. 1.2; 140 II 315 E. 1.3.1; 134 II 124 E. 1.3). Eine solche Konstellation liegt hier betreffend die Beschwerde der ESTV vor, und sie hat in ihrer Beschwerde in rechtsgenügender Weise dargetan, dass der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil i.S.v. Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG bewirken könnte. Die Beschwerde der ESTV ist somit zulässig (Art. 93 Abs. 1 BGG).
2.2. Die übrigen Eintretensvoraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a, Art. 83 e contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. a, Art. 89 Abs. 1 und 2 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 141 der Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 [MWSTV; SR 641.201], Art. 100 Abs. 1 BGG) sind gegeben. Auf die Beschwerde der ESTV (Verfahren 9C_494/2025) ist einzutreten.
3.
3.1. Das Bundesgericht hat insbesondere Streitigkeiten wegen Verletzung von Bundesrecht zu beurteilen (Art. 189 Abs. 1 lit. a BV; Art. 95 lit. a BGG). Es wendet das Bundesgesetzesrecht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG) und prüft dieses mit uneingeschränkter (voller) Kognition (Art. 95 lit. a BGG; BGE 150 II 346 E. 1.5.1).
3.2. Anders als im Fall des Bundesgesetzesrechts geht das Bundesgericht der Verletzung verfassungsmässiger Individualrechte (unter Einschluss der Grundrechte) nur nach, falls und soweit eine solche Rüge in der Beschwerde überhaupt vorgebracht und ausreichend begründet wird (qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit gemäss Art. 42 Abs. 2 Satz 1 in Verbindung mit Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 150 II 346 E. 1.5.3). Die beschwerdeführende Person hat daher klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, dass und inwiefern verfassungsmässige Individualrechte verletzt worden sein sollen (BGE 150 II 346 E. 1.5.3).
3.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann ihre Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig (unhaltbar, willkürlich: BGE 150 II 346 E. 1.6; 148 IV 39 E. 2.3.5) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht, und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
3.4. Das Bundesgericht kann im Verfahren 9C_494/2025 nur über die Rechtsbegehren der ESTV entscheiden und darf nicht über diese hinausgehen. Die Vorbringen der Steuerpflichtigen in ihrer Beschwerdeantwort vom 8. Oktober 2025 (inkl. des darin enthaltenen Verweises auf ihre Beschwerde vom 10. September 2025 im Verfahren 9C_495/2025) sind nur insofern zu hören, als sie sich auf die Zuweisung der Vorsteuern zum Topf C beziehen und die Methode zur Bestimmung des sachgerechten Schlüssels für die Vorsteuerkorrektur betrifft. Auf die Vorbringen, wonach eine direkte Zuordnung der Vorsteuern zu Topf A möglich sei und die damit zusammenhängende Auslegung von Art. 29 Abs. 2 MWSTG (SR 641.20), wäre grundsätzlich im Verfahren 9C_495/2025 einzugehen (siehe aber E. 9).
4.
Streitig ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie den von der ESTV angewendete Korrekturschlüssel (Umsatzschlüssel) für die dem Topf C zugeordneten Vorsteuern im vorliegenden Fall für nicht sachgerecht erachtete.
Nicht Gegenstand des Verfahrens 9C_494/2025 ist die Auslegung von Art. 29 Abs. 2 MWSTG im Hinblick auf die Frage, ob die Vorsteuern im Zusammenhang mit dem Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen dem Topf A zuordenbar oder ob diese allesamt Topf C zuzuordnen sind. Das Verfahren ist somit auf die Frage beschränkt, ob der von der ESTV angewendete Korrekturschlüssel - im Falle einer Zuweisung der Vorsteuern zum Topf C - bundesrechtskonform ist.
5.
Gemäss den vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen (Art. 105 Abs. 1 BGG) hielt die Steuerpflichtige im Beurteilungszeitraum Beteiligungen i.S.v. Art. 29 Abs. 3 MWSTG im Buchwert von Fr. 1'498'444'296.- (2021) bzw. Fr. 1'526'514'119.- (2022) sowie nicht als Beteiligungen qualifizierende Finanzanlagen im Umfang von Fr. 1'329'657'886.- (2021) bzw. Fr. 1'119'392'713.- (2022). Die Steuerpflichtige erwirtschaftete, nebst Nicht-Entgelten und von der Steuer ausgenommenen Umsätzen (letztere im Betrag von Fr. 7'385'880.- für das Jahr 2021 bzw. Fr. 7'530'754.- für das Jahr 2022), im Umfang von Fr. 15'142.- (2021) bzw. Fr. 13'200.- (2022) steuerbare Umsätze.
6.
6.1. Nach Art. 10 Abs. 1 MWSTG in der ab 1. Januar 2018 geltenden, teilrevidierten und im vorliegenden Fall geltenden Fassung (Änderung vom 30. September 2016; AS 2017 3575) ist steuerpflichtig, wer unabhängig von Rechtsform, Zweck und Gewinnabsicht ein Unternehmen betreibt und nicht nach Absatz 2 von der Steuerpflicht befreit ist. Ein Unternehmen betreibt, wer eine auf die nachhaltige Erzielung von Einnahmen aus Leistungen ausgerichtete berufliche oder gewerbliche Tätigkeit selbständig ausübt und unter eigenem Namen nach aussen auftritt (Art. 10 Abs. 1bis lit. a und b MWSTG). Von der Steuerpflicht ist gemäss Art. 10 Abs. 2 MWSTG unter anderem befreit, wer innerhalb eines Jahres im In- und Ausland weniger als Fr. 100'000.- Umsatz aus Leistungen erzielt, die nicht nach Art. 21 Abs. 2 MWSTG von der Steuer ausgenommen sind (lit. a). Wer ein Unternehmen betreibt und nach Art. 10 Abs. 2 MWSTG von der Steuerpflicht befreit ist, hat das Recht, auf die Befreiung von der Steuerpflicht zu verzichten (Art. 11 Abs. 1 MWSTG).
Betreffend Beteiligungen stellt Art. 10 Abs. 1ter MWSTG mit Geltung ab 1. Januar 2018 klar, dass das Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen nach Art. 29 Abs. 2 und 3 MWSTG eine unternehmerische Tätigkeit darstellt. Zuvor fand sich diese Regel in aArt. 9 MWSTV (AS 2009 6745).
6.2.
6.2.1. Die steuerpflichtige Person kann im Rahmen ihrer unternehmerischen Tätigkeit, unter Vorbehalt von Art. 29 und Art. 33 MWSTG, die in Art. 28 Abs. 1 MWSTG genannten Vorsteuern abziehen. Ungeachtet von Art. 29 Abs. 1 MWSTG besteht gemäss Art. 29 Abs. 2 MWSTG ein Anspruch auf Vorsteuerabzug im Rahmen der zum Vorsteuerabzug berechtigenden unternehmerischen Tätigkeit für das Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen sowie für Umstrukturierungen.
Aus Art. 30 Abs. 1 MWSTG ergibt sich sodann, dass der Vorsteuerabzug zu korrigieren ist, wenn die steuerpflichtige Person Gegenstände, Teile davon oder Dienstleistungen ausserhalb ihrer unternehmerischen Tätigkeit verwendet (oder innerhalb ihrer unternehmerischen Tätigkeit für Leistungen, die vom Vorsteuerabzug ausgeschlossen sind; Urteil 9C_363/2024 vom 28. November 2024 E. 4.3.1, nicht publ. in BGE 151 II 364). Der Vorsteuerabzug ist nach dem Verhältnis der Verwendung zu korrigieren. Weder das MWSTG noch die MWSTV enthalten diesbezüglich Mindestgrössen oder verbindliche Vorgehensvorschriften (Clavadetscher/Imstepf, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Mehrwertsteuergesetz, 2. Aufl. 2025, N 21 zu Art. 30 MWSTG). Art. 65 MWSTV sieht verschiedene Methoden zur Berechnung der Korrektur vor. Dabei kann die steuerpflichtige Person zur Berechnung der Korrektur des Vorsteuerabzugs eine oder mehrere Methoden anwenden, sofern dies zu einem sachgerechten Ergebnis führt (Art. 68 Abs. 1 MWSTV). Damit dieses Kriterium erfüllt ist, muss die Bemessung den Grundsatz der Erhebungswirtschaftlichkeit berücksichtigen, betriebswirtschaftlich nachvollziehbar sein und die Zuteilung nach Massgabe der (tatsächlichen) Verwendung für eine bestimmte Tätigkeit erfolgen (Art. 68 Abs. 2 MWSTV). Diese Umschreibung lässt der steuerpflichtigen Person bezüglich der Berechnung der Vorsteuerkorrektur einen grossen Spielraum (Clavadetscher/Imstepf, a.a.O., N 21 f. zu Art. 30 MWSTG). Nimmt die steuerpflichtige Person jedoch keine oder keine sachgerechte Vorsteuerkorrektur vor, steht der ESTV ihrerseits ein weiter Ermessensspielraum zu, der von den Gerichten nur mit der gebotenen Zurückhaltung zu prüfen ist (Urteil 9C_612/2022 vom 18. August 2023 E. 8.4 mit Hinweis; Clavadetscher/Imstepf, a.a.O., N 22 zu Art. 30 MWSTG).
Bei der sog. Drei-Topf-Methode, haben die Berechnungsgrössen nur für den Topf C (gemischte Verwendung) eine Relevanz (Clavadetscher/ Imstepf, a.a.O., N 34 zu Art. 30 MWSTG). Berechnungsgrössen für die gemischte Verwendung sind im Regelfall Aufteilungsschlüssel, welche auf individuell-konkreten Verhältnissen der steuerpflichtigen Person beruhen (auf die Anwendung von Pauschalen ist mangels Relevanz für den vorliegenden Fall nicht weiter einzugehen; Clavadetscher/Imstepf, a.a.O., N 35 zu Art. 30 MWSTG).
6.2.2. Die ESTV berechnete den Vorsteuerkorrekturschlüssel für den Topf C, indem sie den steuerbaren Umsatz ins Verhältnis zum Umsatz für steuerbare und ausgenommene Leistungen setzte (Umsatzschlüssel). Für das Jahr 2021 resultierte dadurch eine zum Vorsteuerabzug berechtigte Quote von 0.205 % (Fr. 15'142.- / [Fr. 15'142.- + Fr. 7'385'880.-]) und für das Jahr 2022 eine solche von 0.175 % (Fr. 13'200.- / [Fr. 13'200.- + Fr. 7'530'754.-]).
Die Steuerpflichtige erachtet diese Vorgehensweise als nicht sachgerecht. Im konkreten Fall führe diese zu einer Vorsteuerkorrektur von rund 99.8 %. Vielmehr sei die Vorsteuerkorrektur im Topf C nach der Bilanzstruktur zu ermitteln (wobei der Buchwert der Beteiligungen ins Verhältnis zu den Gesamtaktiven zu setzen sei).
7.
7.1. Die Vorinstanz erwog, wenn die Steuerpflichtige ihre beteiligungsbezogenen Vorsteuern im Rahmen ihrer gesamten, zum Vorsteuerabzug berechtigenden unternehmerischen Tätigkeit abziehen könne, sollte die Holdingtätigkeit in diesem "Rahmen" mit eingeschlossen sein. Wie aus den unbestritten gebliebenen Sachverhaltsdarstellungen der Steuerpflichtigen hervorgehe, bestehe ihre unternehmerische Tätigkeit zu einem wesentlichen Teil aus dem Halten von Beteiligungen (Bilanzwert per Ende 2022 rund Fr. 1.526 Mrd.). Weiter verfüge sie per Ende 2022 über ein Wertschriftendepot, kollektive Kapitalanlagen und flüssige Mittel im Wert von rund Fr. 1.3 Mrd. Zudem habe sie einer Tochtergesellschaft ein Darlehen in der Höhe von Fr. 172.8 Mio. gewährt. Werde in einem solchen Fall auf den Umsatzschlüssel zurückgegriffen, werde nicht die gesamte unternehmerische Tätigkeit zur Berechnung des Vorsteueranspruchs herangezogen, sondern nur diejenigen Unternehmensbereiche, aus denen Umsätze aus Leistungen resultieren würden. Umsätze aus Leistungen würden beim Erwerben, Halten und Verwalten von Beteiligungen in der Regel nicht resultieren und wenn ausnahmsweise eine Beteiligung verkauft würde, würde dies den Umsatzschlüssel in der Tendenz verzerren. Mit der Wahl des Umsatzschlüssels werde somit der gesamte Unternehmensbereich "Beteiligungen", der grundsätzlich zum Vorsteuerabzug berechtige, für die Ermittlung der Vorsteuerabzugsberechtigung ausgeklammert, was nicht sachgerecht sei.
Im Gegensatz dazu, werde bei reinen Holdinggesellschaften der Vorsteuerabzug gemäss Art. 29 Abs. 2 MWSTG (tatsächlich) im "Rahmen der zum Vorsteuerabzug berechtigenden unternehmerischen Tätigkeit" gewährt. Dabei werde die gesamte unternehmerische Tätigkeit herangezogen, um den Anspruch auf Vorsteuerabzug zu berechnen. Diese gesamte unternehmerische Tätigkeit bestehe im Falle einer reinen Holding nur aus der (zum Vorsteuerabzug berechtigenden) Holdingtätigkeit, weshalb der reinen Holding der Vorsteuerabzug praxisgemäss vollumfänglich gewährt werde. Die Praxis der ESTV stelle somit bei einer reinen Holding zur Ermittlung des Vorsteuerabzugs auf die gesamte unternehmerische Tätigkeit (inkl. Holdingtätigkeit) ab, während sie bei gemischten Holdings - wie im vorliegenden Fall - die Holdingtätigkeit zur Ermittlung des Vorsteuerabzugs ignoriere bzw. nur auf Unternehmensbereiche abstelle, aus denen Umsätze aus Leistungen resultieren würden. Damit treffe die Praxis der ESTV Unterscheidungen, die sich aufgrund der Ähnlichkeit der Unternehmensstruktur nicht aufdrängen würde und verletzte damit das Prinzip der Wettbewerbsneutralität. Der Umsatzschlüssel erweise sich somit vorliegend nicht als sachgerecht. Das seitens der Steuerpflichtigen vorgeschlagene Vorgehen, den Schlüssel anhand der Bilanzstruktur zu ermitteln, erscheine prima Vista nachvollziehbar und sachgerecht.
7.2.
7.2.1. Der Vorinstanz ist zuzustimmen, dass die beteiligungsbezogenen Vorsteuern im Rahmen der gesamten, zum Vorsteuerabzug berechtigenden unternehmerischen Tätigkeit abgezogen werden können, wobei die Holdingtätigkeit in diesen "Rahmen" mit einzuschliessen ist. Schliesslich stellt gemäss Art. 10 Abs. 1ter MWSTG das Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen nach Art. 29 Abs. 2 und 3 MWSTG explizit eine unternehmerische Tätigkeit dar, welche grundsätzlich zum Vorsteuerabzug berechtigt (vgl. auch Robinson/Dittli, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Mehrwertsteuergesetz, 2. Aufl. 2025, N. 44a zu Art. 29 MWSTG). Wenn somit die beteiligungsbezogenen Vorsteuern dem Topf C zugeordnet werden, stellt sich die Frage, nach welchem Schlüssel die Vorsteuerkorrektur vorzunehmen bzw. wie das "Verhältnis der Verwendung" zu eruieren ist. Wie die Vorinstanz richtigerweise erwog, resultieren beim Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen in der Regel keine Umsätze aus Leistungen, womit die Wahl des Umsatzschlüssels als Korrekturmethode im vorliegenden Fall nicht sachgerecht erscheint. Obwohl der ESTV bei der Wahl der anzuwendenden Methode grundsätzlich ein weiter Ermessensspielraum zukommt, führt die angewendete Methode zu einem stossenden Ergebnis und bewegt sie sich somit ausserhalb ihres Ermessensspielraums. Daran vermag auch die von der ESTV vorgebrachte "Plausibilisierung dieses Schätzwerts" mittels Abstellen auf eine mit Bezug auf die Vorsteuerintensität vergleichbare Tätigkeit (Vermögensverwaltungstätigkeit) oder mittels Saldosteuersatz nichts zu ändern. Diese Vergleiche lassen ausser Acht, dass es sich beim Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen nach Art. 29 Abs. 2 und 3 MWSTG explizit um eine unternehmerische Tätigkeit handelt. Bei der Plausibilisierung des Schätzwerts mittels Umsatzschlüssel werden die Beteiligungen wiederum ausgeklammert und dieser entspricht somit nicht dem in den vorangehenden Erwägungen Ausgeführten. Der von der ESTV vorgenommene Vergleich mit einer Vermögensverwaltungstätigkeit ist somit unbehelflich.
7.2.2. Was die ESTV weiter vorbringt, verfängt nicht. Sie macht geltend, dass es nicht nur dem gesetzgeberischen Willen entspreche, die Vorsteuern im Rahmen von Art. 29 Abs. 2 MWSTG dem Topf C zuzuteilen, sondern den Vorsteueranspruch nur soweit zu gewähren, als sich dies aufgrund der gesamten übrigen unternehmerischen Tätigkeit ergebe, ohne dabei das Erwerben, Halten und Veräussern der Beteiligung eigenständig zu berücksichtigen. Dies will die ESTV aus den Voten verschiedener Nationalräte im Rahmen der Teilrevision des Mehrwertsteuergesetzes vom 16. Juni 2023 ableiten (so insbesondere von Nationalrat Markus Ritter, welcher sich gegen die Ausweitung des Anspruchs auf Vorsteuerabzug einsetzte; AB 2022 N 731). Im Rahmen dieser Teilrevision wurde diskutiert, ob der Anspruch auf Vorsteuerabzug ausgeweitet werden soll, indem Art. 29 Abs. 2 MWSTG dahingehend angepasst wird, dass der Teilsatz "im Rahmen der zum Vorsteuerabzug berechtigenden unternehmerischen Tätigkeit" gestrichen wird. In der Abstimmung im Nationalrat wurde diese Änderung schliesslich verworfen und im Ständerat wurde in der Folge keine Änderung des Art. 29 Abs. 2 MWSTG beantragt.
Die ESTV stellt sich auf den Standpunkt, die Vorinstanz wolle nun diesen gesetzgeberischen Entscheid darauf beschränken, dass die Vorsteuern im Zusammenhang mit dem Bereich "Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen" dem Topf C und nicht dem Topf A zugeteilt werden dürfen. Bei der Verteilung der dem Topf C zugeteilten Vorsteuern fordere die Vorinstanz dann, dass dem Bereich "Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen" die damit in Zusammenhang stehenden Vorsteuern separat zugewiesen würden und die Zuteilung nicht aufgrund der übrigen Tätigkeiten erfolge. Damit erziele die Vorinstanz auf indirektem Weg ein Ergebnis, das nach ihren Erwägungen auf direktem Weg nicht zulässig wäre. Eine solche Auslegung widerspreche dem Sinn des Gesetzes.
Diesen Vorbringen der ESTV ist nicht zu folgen: Wie die Steuerpflichtige in ihrer Beschwerdeantwort richtigerweise ausführt, lässt sich entgegen der Ansicht der ESTV der nationalrätlichen Debatte zur Änderung von Art. 29 Abs. 2 MWSTG nicht entnehmen, dass für die Bestimmung der Methode der Vorsteuerkorrektur ausschliesslich auf die "übrigen Tätigkeiten" abzustellen wäre oder dass das Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen bei der Bestimmung des Korrekturschlüssels nicht miteinzubeziehen wäre. Ebenfalls keine Hinweise lassen sich entnehmen, dass der Gesetzgeber explizit die von der ESTV angewendete Praxis vor Augen hatte; auch darauf verweist die Steuerpflichtige in ihrer Stellungnahme zu Recht.
7.2.3. Auch aus dem Vorbringen, die Auslegung der Vorinstanz widerspreche dem Votum von Ständerat Hannes Germann (AB 2009 S 425), kann die ESTV nichts zu ihren Gunsten ableiten. Abgesehen davon, dass die Äusserung eines einzelnen Parlamentariers den Inhalt des historischen Auslegungselements nicht bindend zu determinieren vermag, hat die Vorinstanz richtigerweise erwogen, dass das Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen im Votum als unternehmerische Tätigkeit angesehen wird, die zum Vorsteuerabzug berechtigen muss. Sachverhalte, die von der Steuer ausgenommen sind, sollen dann nicht zu einer Vorsteuerkorrektur führen, wenn sie im Rahmen der zum Vorsteuerabzug berechtigenden unternehmerischen Tätigkeit des Erwerbens, Haltens und Veräusserns von Beteiligungen sowie im Zusammenhang mit Umstrukturierungen erfolgen. Es wäre somit widersprüchlich, dies davon abhängig zu machen, ob es sich bei der Steuerpflichtigen um eine reine oder um eine gemischte Holdinggesellschaft handelt.
7.2.4. Ebenfalls nicht stichhaltig ist das Argument der ESTV, wonach die Auslegung der Vorinstanz Art. 29 Abs. 4 MWSTG jeden Sinn nehmen würde. Gemäss ESTV folge aus dieser Bestimmung klar, dass das Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen für sich allein betrachtet nach dem gesetzgeberischen Willen nicht ohne Weiteres zum vollen Vorsteuerabzug berechtige. Würde es dem Willen des Gesetzgebers entsprechen, dass das Erwerben, Halten und Veräussern von Beteiligungen per se mit Bezug auf den Anspruch auf Vorsteuerabzug immer als eigenständiger Bereich zu würdigen wäre und bereits einen vollen Vorsteuerabzug vermitteln würde, so wäre Art. 29 Abs. 4 MWSTG - gemäss ESTV - ohne jeden Sinn. Die Bestimmung würde dann nämlich den Holdinggesellschaften (ausschliesslich) die Möglichkeit einräumen, freiwillig mehr Steuern zu bezahlen, als sie gestützt auf Art. 29 Abs. 2 MWSTG schulden würde.
Wie die Steuerpflichtige richtigerweise ausführt, könnte ein Anwendungsfall darin bestehen, dass eine gemischte Holdinggesellschaft von der Steuer ausgenommene Leistungen erbringt und eine Vorsteuerkorrektur dadurch vermieden werden könnte, wenn auf die zum Vorsteuerabzug berechtigende unternehmerische Tätigkeit der von ihr gehaltenen Unternehmen abgestellt würde.
7.3. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Vorinstanz kein Bundesrecht verletzte, indem sie den von der ESTV angewendete Korrekturschlüssel (Umsatzschlüssel) für die dem Topf C zuzuordnenden Vorsteuern im vorliegenden Fall für nicht sachgerecht erachtete. Diese Erwägungen führen zur Abweisung im Verfahren 9C_494/2025.
8.
Zur Erwägung der Vorinstanz, wonach die ESTV zu klären haben werde, welche Vorsteuerbeträge in den hier relevanten Steuerperioden tatsächlich bei der Steuerpflichtigen angefallen sind, da unterschiedliche Sachverhaltsfeststellungen vorzuliegen scheinen, ist festzuhalten, dass die Steuerpflichtige im vorliegenden Verfahren ausdrücklich erklärt, dass sie von den gleichen Vorsteuerbeträgen ausgegangen ist wie die ESTV und deren Höhe (gemäss Verfügung vom 29. Januar 2024) nicht in Frage stelle. Auch die ESTV bestätigt in ihrer Beschwerde, dass sie und die Steuerpflichtige von den gleichen Vorsteuerbeträgen ausgegangen seien. Damit wird sich die ESTV ausschliesslich mit der Eruierung eines für den Topf C anwendbaren, neuen sachgerechten Vorsteuerkorrekturschlüssel zu befassen haben.
III. Verfahren 9C_495/2025
9.
9.1. Wie gesehen handelt es sich beim vorinstanzlichen Rückweisungsentscheid um einen Vor- oder Zwischenentscheid i.S.v. Art. 93 BGG (vgl. E. 2.1.2 hiervor). Somit muss die Steuerpflichtige in ihrer Eingabe dartun, inwiefern sie einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil ausgesetzt und die Voraussetzungen der Zulässigkeit der Beschwerde erfüllt sind.
9.2. Die Steuerpflichtige macht geltend, ein nicht wieder gutzumachender Nachteil werde dadurch bewirkt, indem die direkt mit den Beteiligungen zusammenhängenden Vorsteuern - entgegen ihrer Auffassung - nicht zum Vorsteuerabzug berechtigten Topf A, sondern dem Topf C zugewiesen würden und dies somit auf jeden Fall - unabhängig welcher Schlüssel für den Topf C angewendet werde - zu einer Vorsteuerkorrektur führe. Mit diesem Vorbringen legt die Steuerpflichtige nicht in rechtsgenügender Weise dar und ist auch nicht ersichtlich, worin der nicht wieder gutzumachende Nachteil bestehen soll. Schliesslich kann sie - da die Beschwerde der ESTV abgewiesen wird und diese neu wird verfügen müssen - deren Verfügung wiederum anfechten und sämtliche Einwände (insbesondere, dass eine direkte Zuteilung zu Topf A möglich sei) vorbringen (Art. 93 Abs. 3 BGG).
Die Beschwerde der Steuerpflichtigen ist folglich unzulässig und auf diese ist nicht einzutreten.
IV. Kosten und Entschädigung
10.
Beide Parteien unterliegen mit ihren Anträgen. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten den Parteien hälftig aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Parteientschädigungen sind unter diesen Umständen nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 9C_494/2025 und 9C_495/2025 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde im Verfahren 9C_494/2025 wird abgewiesen.
3.
Auf die Beschwerde im Verfahren 9C_495/2025 wird nicht eingetreten.
4.
Die Kosten der bundesgerichtlichen Verfahren von insgesamt Fr. 9'000.- werden zur Hälfte der Eidgenössischen Steuerverwaltung und zur Hälfte der Steuerpflichtigen auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. August 2026
Im Namen der III. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Moser-Szeless
Die Gerichtsschreiberin: Schorno
