Tax reassessment requires new facts, not new legal assessmentGénéré par IA

9C_301/2025

Arrêt du 5 novembre 2025

IIIe Cour de droit public

Composition
Mmes et M. les Juges fédéraux
Moser-Szeless, Présidente,
Beusch et Bollinger.
Greffière : Mme Vuadens.

Participants à la procédure
A.________ Genève,
représentée par Maîtres Alexandre Faltin et Anne Tissot Benedetto,
recourante,

contre

Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève,
rue du Stand 26, 1204 Genève,
intimée.

Objet
Impôt fédéral direct, impôt cantonal et communal,
période fiscale 2010 (rappel d'impôt),

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 15 avril 2025 (A/3870/2022-ICCIFD - ATA/437/2025).

Faits :

A.

A.a. A.________ Genève (ci-après: A.________ Genève) est une société anonyme inscrite au registre du commerce de Genève depuis mars 1989. Son but est l'étude, la réalisation, l'acquisition et la diffusion de logiciels bancaires et financiers, ainsi que les conseils en organisation informatique, bancaire et financière. Son activité principale consiste à commercialiser un logiciel nommé B.________ (ci-après: le logiciel B.________), qui permet de gérer toutes les activités d'une banque.
A.________ Luxembourg (ci-après: A.________ Luxembourg) est une société luxembourgeoise qui a pour but l'étude, la réalisation, l'acquisition et la diffusion de logiciels informatiques bancaires et financiers. Elle détient les droits exclusifs de commercialisation et d'exploitation du logiciel B.________ en Suisse.
A.________ Genève et A.________ Luxembourg font partie du même groupe de sociétés, qui comprend également A.________ Paris, A.________ Londres et A.________ Singapour.
A.________ Genève est détenue par la société genevoise A.________, C.________ SA et par la société luxembourgeoise D.________ SA, elles-mêmes étant détenues par E.________.
E.________ est administratrice-présidente de A.________ Genève et elle a siégé au conseil d'administration de A.________ Luxembourg de 1996 à 2005. F.________ est administrateur de A.________ Genève et l'un des administrateurs de A.________ Luxembourg.
D.________ SA détient aussi A.________ Londres, dont E.________ et F.________ sont les directeurs. A.________ Luxembourg détient A.________ Paris.

A.b. Le 20 juin 2000, l'Administration fiscale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) a ouvert une procédure de vérification des déclarations d'impôts 1995 à 1998 de A.________ Genève. Dans le cadre de ce contrôle, A.________ Genève a transmis à l'Administration cantonale une copie de la convention qu'elle avait conclue le 3 juillet 1989 avec A.________ Luxembourg (ci-après: la Convention). Par cette convention, A.________ Luxembourg accordait à A.________ Genève une licence exclusive de commercialisation et d'exploitation du logiciel B.________ sur territoire helvétique, moyennant le versement de redevances s'élevant à 60% du prix de vente des logiciels et à 60% du montant des maintenances qui seraient payées par les clients. Le 21 mai 2001, l'Administration cantonale a demandé à A.________ Genève qu'elle lui adresse les éventuels avenants à la Convention (art. 105 al. 2 LTF).
L'Administration cantonale a clôturé ce contrôle sans reprise.

A.c. En février 2001, l'Administration fédérale des contributions a également effectué un contrôle des comptes de A.________ Genève sous l'angle de l'impôt anticipé, qu'elle a également clôturé sans reprise (art. 105 al. 2 LTF).

A.d. Dans sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2010, A.________ Genève a déclaré un bénéfice net de 128'565 fr.
Par décisions du 24 novembre 2011, l'Administration cantonale a procédé à la taxation de la contribuable, pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2010. Le 20 septembre 2012, l'Administration cantonale a partiellement admis la réclamation que la contribuable avait formée contre ces décisions et lui a adressé des bordereaux de taxation rectificatifs, qui n'ont pas été contestés.

A.e. Du 24 au 26 avril 2013, l'Administration cantonale a procédé à un contrôle de A.________ Genève dans le cadre de la procédure de taxation de la période fiscale 2011. Ce contrôle avait notamment pour but de vérifier les prix de transfert pratiqués entre les sociétés du groupe.

A.f. Le 10 mars 2014, l'Administration cantonale a ouvert à l'encontre de A.________ Genève une procédure en rappel d'impôts des périodes fiscales 2004 à 2010, en lien avec le montant des redevances que la contribuable versait à A.________ Luxembourg.
Le 25 mars 2014, un entretien a eu lieu entre l'Administration cantonale et A.________ Genève. Selon le rapport d'entretien, l'Administration cantonale indiquait qu'elle considérait que A.________ Genève et A.________ Luxembourg étaient des proches au sens fiscal. Elle avait ouvert des procédures en rappel d'impôt dans la mesure où A.________ Genève n'avait pas prouvé que les prix de leurs prestations réciproques correspondaient aux prix du marché. Elle indiquait aussi avoir désormais une meilleure compréhension du groupe A.________, notamment grâce aux éléments suivants: A.________ Genève et A.________ Luxembourg commercialisaient toutes deux le logiciel B.________, développé en très grande partie dans le canton de Genève; les deux entités se présentaient comme faisant partie du même groupe dans les médias; le directeur général de A.________ Genève, beau-frère de l'actionnaire, était également président du conseil d'administration de A.________ Luxembourg; les documents formalisant les relations entre les deux sociétés étaient très succincts; la facturation des heures de développement par A.________ Genève à A.________ Luxembourg était faite de manière globale, sans "time sheet", et était fondée sur la différence entre les heures totales de travail et les heures facturées à d'autres clients; enfin, la marque B.________ avait initialement été enregistrée au nom de A.________ Genève avant d'être transférée au Luxembourg dans les années 1990.
Le 4 février 2015, A.________ Genève a transmis à l'Administration cantonale un avis juridique, selon lequel la licence entre A.________ Genève et A.________ Luxembourg pouvait être considérée comme usuelle, sous conditions.

A.g. Le 15 décembre 2015, l'Administration cantonale a ouvert à l'encontre de A.________ Genève une procédure pénale pour soustraction d'impôts des périodes fiscales 2004 à 2010.

A.h. À la requête de l'Administration cantonale, l'Administration fédérale des contributions a adressé, le 29 janvier 2016, une demande d'assistance administrative internationale en matière fiscale au Luxembourg visant l'obtention de renseignements concernant A.________ Luxembourg pour les périodes fiscales 2011 à 2015. L'autorité compétente luxembourgeoise a accordé l'assistance administrative requise et, le 5 septembre 2016, a notamment transmis à l'Administration fédérale des contributions un contrat conclu entre A.________ Luxembourg et la société néerlandaise G.________. À une date non spécifiée, les autorités compétentes néerlandaises ont accordé l'assistance administrative à l'Administration fédérale des contributions et lui ont transmis des informations concernant la structure de détention de G.________ et l'identité de ses administrateurs.

A.i. Le 20 décembre 2016, A.________ Genève a remis à l'Administration cantonale les comptes statutaires et les comptes consolidés de A.________ Luxembourg pour les années 2004 à 2011. Les annexes aux comptes mentionnaient que A.________ Luxembourg avait conclu une convention de licence "know how" le 28 juin 1989, dans laquelle elle s'engageait à payer une redevance correspondant à 50% du chiffre d'affaires généré par la diffusion de logiciels bancaires et financiers.

A.j. Le 27 mai 2021, l'Administration cantonale a indiqué à A.________ Genève qu'elle considérait qu'elle et A.________ Luxembourg faisaient partie du même groupe et qu'elle aurait pu considérer, au vu de l'ensemble des circonstances, qu'aucune des redevances qu'elle versait à A.________ Luxembourg n'était justifiée par l'usage commercial, ce qui aurait toutefois conduit à des montants de reprise considérables. Dès lors, dans la mesure où A.________ Luxembourg ne reversait au propriétaire juridique final que 50% du montant des redevances, les reprises seraient calculées sur un différentiel de 10%.
Le 4 juin 2021, l'Administration cantonale a notifié à A.________ Genève des bordereaux de rappels d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal des périodes 2006 à 2010. Les reprises concernaient des charges considérées comme excessives (redevances trop élevées versées à A.________ Luxembourg), pour un montant total de 19'652'876 fr. Aucune amende pour soustraction d'impôt n'était infligée en raison de la prescription de la poursuite pénale.
Le 10 juin 2021, l'Administration cantonale a transmis les pièces du dossier à la contribuable, sauf les pièces n os 245 à 274, dont elle ne lui a communiqué que l'intitulé générique.

A.k. Le 1er juillet 2021, A.________ Genève a formé une réclamation contre les bordereaux de rappels d'impôts 2006 à 2010, concluant notamment à leur annulation et à ce que toutes les pièces du dossier, y compris les pièces n os 245 à 274, lui soient communiquées.
L'Administration cantonale a refusé de transmettre à la contribuable les pièces n os 245 à 274 en raison du secret fiscal. Par jugement du 23 mai 2022, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le TAPI) a admis le recours de la contribuable contre cette décision et renvoyé le dossier à l'Administration cantonale pour qu'elle lui communique le contenu essentiel de ces pièces. L'Administration cantonale s'est exécutée le 9 septembre 2022.

A.l. Par décision du 18 octobre 2022, l'Administration cantonale a admis la réclamation en tant qu'elle portait sur la période fiscale 2006, en raison de la prescription. Elle a maintenu ses reprises pour les périodes fiscales 2007 à 2010 dans leur principe, en les ajustant pour tenir compte du montant des redevances effectivement versées.

B.

B.a. Le 21 novembre 2022, A.________ Genève a recouru contre la décision sur réclamation du 18 octobre 2022 auprès du TAPI. Dans le recours, elle lui a demandé notamment que le dossier, comprenant les pièces n os 245 à 274, lui soit transmis, ainsi que le retranchement du dossier de toutes les pièces que le Luxembourg et les Pays-Bas avaient transmises par l'assistance administrative.
Par décision incidente du 2 octobre 2023, le TAPI a autorisé la contribuable à consulter certaines des pièces (soit les pièces n os 245 à 250, 252 à 264 et 272 à 274.6) mais pas les pièces n os 251 et 265 à 271. La contribuable a recouru contre cette décision incidente auprès de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Par arrêt du 30 janvier 2024, celle-ci a partiellement admis le recours et accordé à la contribuable l'accès aux pièces n os 265 à 271 dans la mesure où elle lui accordait un accès partiel à la pièce n° 267, sans son annexe, et à la pièce n° 271, sans ses annexes.

B.b. Par jugement du 7 octobre 2024, le TAPI a partiellement admis le recours du 21 novembre 2022 dans la mesure où la prescription était atteinte pour les périodes fiscales 2007 et 2008. Elle l'a rejeté pour le surplus.

B.c. Le 8 novembre 2024, A.________ Genève a recouru contre ce jugement auprès de la Cour de justice, concluant principalement à son annulation. Préalablement, elle a demandé la transmission de l'intégralité des pièces n os 267 et 271, le retranchement des pièces obtenues du Luxembourg et des Pays-Bas et la mise en oeuvre d'une expertise judiciaire portant sur les prix de transfert qu'elle pratiquait avec A.________ Luxembourg.

Au cours de la procédure devant la Cour de justice, l'Administration cantonale a conclu à ce qu'il lui soit donné acte de son engagement d'annuler, en raison de la prescription, les bordereaux de rappels d'impôt de la période fiscale 2009.

B.d. La Cour de justice a statué par arrêt du 15 avril 2025.
Elle a préalablement partiellement donné suite à la requête en retranchement de la contribuable et a retranché du dossier les pièces provenant de l'assistance administrative accordée par le Luxembourg. Concernant la requête tendant à la consultation de l'intégralité des pièces n os 267 et 271 du dossier, la Cour de justice a constaté qu'en tant qu'elle portait sur la pièce n o 267, elle était sans objet puisque cette pièce, provenant du Luxembourg, était désormais retranchée du dossier; quant à la demande de consulter la pièce n o 271, la Cour de justice l'a rejetée en renvoyant à la motivation de son arrêt du 30 janvier 2024. La Cour de justice a également rejeté la requête de mise en oeuvre d'une expertise judiciaire et a écarté le grief de violation du droit d'être entendu que la contribuable faisait valoir à l'encontre du TAPI pour défaut de motivation quant à l'existence d'un motif de rappel d'impôt. À cet égard, la Cour de justice a retenu que le point de savoir si le TAPI avait violé le droit d'être entendu de la contribuable pouvait rester indécis dès lors qu'une éventuelle violation était de toute manière réparée devant elle.
Sur le fond, la Cour de justice a jugé qu'il existait un motif de rappel d'impôt et que l'Administration cantonale avait retenu à bon droit que la contribuable avait procédé à une distribution dissimulée de bénéfice au profit de A.________ Luxembourg. En conséquence, la Cour de justice a partiellement admis le recours, annulé les bordereaux de rappels d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2009 en raison de la prescription et confirmé le jugement du TAPI du 7 octobre 2024 pour le surplus.

C.

Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ Genève demande au Tribunal fédéral, principalement, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 15 avril 2025, d'admettre que les redevances versées à A.________ Luxembourg sont justifiées commercialement, d'annuler par conséquent les bordereaux de rappels d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2010 et de clôturer sans reprise la procédure en rappel d'impôts ouverte contre elle; subsidiairement, d'annuler l'arrêt entrepris et de renvoyer la cause à la Cour de justice, respectivement au TAPI, pour complément et nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'Administration cantonale conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions se rallie à l'arrêt attaqué et à la réponse de l'Administration cantonale et conclut au rejet du recours. La recourante s'est déterminée.

Considérant en droit :

I. Recevabilité et points de procédure

1.

1.1. Le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte (cf. aussi l'art. 146 LIFD [RS 642.11]) et, s'agissant d'une matière harmonisée sous le titre 5 de la LHID (RS 642.14), en vertu de l'art. 73 al. 1 LHID également.

1.2. Le recours a par ailleurs été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par la destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière.

2.

2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Toutefois, conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, il ne connaît de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal que si le grief a été invoqué et motivé, à savoir exposé de manière claire et détaillée (ATF 150 II 346 consid. 1.5.3; 149 III 81 consid. 1.3).
Le Tribunal fédéral vérifie librement la conformité du droit cantonal harmonisé et son application aux dispositions de la LHID, sauf si cette loi fédérale laisse une certaine marge de manoeuvre aux cantons. Dans ce cas, le Tribunal fédéral limite son examen aux griefs de violation de droits constitutionnels, pour autant que ceux-ci aient été invoqués de manière conforme aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF 150 II 346 consid. 1.5.2; 144 II 313 consid. 5.3).

2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF.

II. Objet du litige

3.

Le litige concerne un rappel d'impôt en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2010.

III. Droit d'être entendu

4.

La recourante fait d'abord valoir plusieurs violations de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) et conclut en conséquence à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à "l'autorité inférieure" pour nouvelle décision.
Le droit d'être entendu est une garantie formelle, que le Tribunal fédéral examine en principe en premier lieu (cf. ATF 151 III 227 consid. 4.7; 149 I 91 consid. 3.2). Dans le cas d'espèce, il convient toutefois de commencer par traiter les griefs matériels que la recourante formule à l'encontre de l'arrêt attaqué, c'est-à-dire de vérifier si, comme elle le fait valoir, la Cour de justice a violé le droit en jugeant que les conditions d'un rappel d'impôt étaient remplies. En effet, si une telle violation devait être constatée, l'arrêt attaqué devrait alors de toute façon être annulé, sans qu'un renvoi soit nécessaire.

IV. Impôt fédéral direct

5.

La recourante invoque une double violation de l'art. 151 al. 1 LIFD. Elle fait d'abord valoir que c'est à tort que la Cour de justice a jugé que l'Administration cantonale disposait d'un motif de rappel d'impôt. Elle soutient ensuite que la Cour de justice a retenu à tort que la décision de taxation 2010 était incomplète car les redevances que la recourante versait à A.________ Luxembourg étaient entièrement justifiées par l'usage commercial.

5.1. Il convient de rappeler au préalable qu'en matière fiscale, en raison du principe de l'étanchéité des périodes fiscales, l'autorité n'est pas liée pour l'avenir par une taxation notifiée pour une période fiscale déterminée (ATF 147 II 155 consid. 10.5.1) et peut en principe apprécier les circonstances de fait et de droit différemment lors d'une période de taxation ultérieure (ATF 140 I 114 consid. 2.4.3; arrêts 9F_19/2025 du 26 septembre 2025 consid. 2.5.2; 9C_423/2024 du 28 avril 2025 consid. 5.3.3). Le contribuable ne peut en effet pas s'opposer à une reprise effectuée durant une procédure de taxation pour le seul motif que l'autorité fiscale n'y a pas procédé antérieurement (cf. ATF 147 II 155 consid. 10.5.1 et 10.5.2). Il n'y a donc en soi pas de droit au maintien d'une situation qui a été admise antérieurement, sauf si l'autorité fiscale a fourni des assurances expresses en ce sens au contribuable (cf. ATF 147 II 155 consid. 10.5.1 et les références). La situation est identique lorsqu'au terme d'un contrôle, l'autorité fiscale ne remet pas en cause fiscalement la structure qui a été adoptée par le contribuable. Admettre le contraire reviendrait à considérer qu'un contrôle portant sur le passé lierait davantage l'autorité fiscale qu'une taxation exécutoire (ATF 148 II 233 consid. 5.5.2). Partant, si l'autorité fiscale admet, le cas échéant au terme d'un contrôle, qu'une certaine charge est justifiée par l'usage commercial et qu'elle ne constitue pas une distribution dissimulée de bénéfice (cf. art. 58 al. 1 let. b 5e tiret LIFD), elle n'est pas liée par cette appréciation juridique et peut donc en principe - sous réserve d'assurances expresses fournies au contribuable - revenir sans conditions particulières sur cette appréciation au cours des procédures de taxation ultérieures.
La situation est différente en présence d'une décision de taxation entrée en force. En effet, l'autorité fiscale ne peut revenir sur une telle décision en défaveur du contribuable que si les conditions du rappel d'impôt, prévues à l'art. 151 LIFD en matière d'impôt fédéral direct, sont remplies (cf. ATF 151 II 345 consid. 2.2.1; 150 II 73 consid. 5.2.3 et 142 II 433 consid. 3.1 [numerus clausus des moyens permettant de revenir sur une décision de taxation entrée en force]). L'art. 151 LIFD définit ainsi le cadre dans lequel doivent se résoudre les tensions entre les principes de la légalité et de l'égalité de traitement, d'une part, et, entre les principes de la sécurité juridique et de la protection de la bonne foi, d'autre part (arrêt 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 7.2, dans RF 74/2019 p. 64 et RDAF 2018 II 618).

5.2. Aux termes de l'art. 151 al. 1 LIFD, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.

5.2.1. Le rappel d'impôt n'est soumis qu'à des conditions objectives. Il faut d'abord qu'une taxation n'ait, à tort, pas été établie ou soit restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale. Il faut ensuite qu'il existe un motif de rappel (ATF 151 II 435 consid. 4.1.2; 144 II 359 consid. 4.5.1 et les références). Les motifs permettant de procéder à un rappel d'impôt sont énumérés de manière exhaustive à l'art. 151 al. 1 LIFD (cf. ATF 150 II 73 consid. 5.2.3 et les références). Il s'agit, d'une part, de la découverte d'un crime ou d'un délit commis contre l'autorité fiscale et, d'autre part, de la découverte de moyens de preuve ou de faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale.

5.2.2. Selon la jurisprudence, il y a découverte de moyens de preuve ou de faits jusque-là inconnus lorsque l'autorité fiscale découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont elle disposait au moment de la taxation (ATF 148 V 277 consid. 4.2.2; 144 II 359 consid. 4.5.1 et les références). La recevabilité de ce motif de rappel d'impôt résulte d'une mise en balance entre l'obligation d'instruire d'office de l'autorité fiscale et l'obligation de collaborer du contribuable (arrêt 9C_333/2024 du 3 septembre 2025 consid. 4.1.3 et les références). En effet, l'autorité fiscale peut en principe considérer que la déclaration d'impôt est exacte et complète et elle n'est pas tenue, à défaut d'indices correspondants, de rechercher des informations complémentaires. En raison de la maxime inquisitoire, l'autorité doit cependant procéder à une analyse plus approfondie, lorsqu'il ressort manifestement du dossier que les faits déterminants sont incomplets ou peu clairs. Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante ou incomplète est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d'impôt font défaut (ATF 144 II 359 consid. 4.5.1; arrêt 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.1 non publié dans ATF 140 I 68 mais dans RDAF 2014 II 40 et RF 69/2014 p. 152), dans la mesure où la procédure de rappel d'impôt ne peut pas servir à pallier une instruction déficiente de l'autorité fiscale dans le cadre de la procédure ordinaire (arrêt 9C_534/2024 du 3 juin 2025 consid. 6.1). La rupture du lien de causalité est soumise à des exigences sévères, à savoir une négligence grave de l'autorité fiscale. Des inexactitudes qui ne sont que décelables sans être flagrantes ne permettent pas de considérer que certains faits ou moyens de preuve étaient déjà connus des autorités au moment de la taxation (arrêt 9C_689/2022 du 12 avril 2023 consid. 9.1 et les références, non publié dans ATF 149 II 177 mais dans Pra 2024 27 p. 3271; arrêt 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.1 non publié dans ATF 140 I 68).
Selon les termes de l'art. 151 al. 1 LIFD, la découverte doit porter sur des "moyens de preuve" ou sur des "faits". La découverte ultérieure par l'autorité fiscale qu'elle a mal apprécié les faits ou les preuves existantes ou qu'elle a mal appliqué le droit n'est pas un motif de rappel d'impôt (HÖSLI/GROSSMANN, Die "neue Tatsache" im Nachsteuerverfahren, dans Revue fiscale 11/2025 p. 771; CASANOVA/DUBEY, dans Impôt fédéral direct, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2e éd. 2017, n° 12 in fine ad art. 151 LIFD). Une décision de taxation entrée en force ne peut donc pas être modifiée en défaveur du contribuable par le biais du rappel d'impôt pour le seul motif qu'elle était entachée d'une erreur de droit initiale (arrêts 2C_217/2021 du 4 novembre 2021 consid. 5.1; 2C_652/2018 du 14 mai 2020 consid. 3.2.1 et 3.2.2; 2C_200/2014 du 4 juin 2015 consid. 2.4.3 in fine). Dans ce contexte, la question de la qualification juridique d'une dépense, c'est-à-dire le point de savoir si elle est ou non justifiée par l'usage commercial, est une question de droit, dont la mauvaise appréciation par l'autorité fiscale ne représente pas un motif de rappel d'impôt (cf. arrêt 2C_803/2019 du 26 février 2020 consid. 4.3). Le Tribunal fédéral a ainsi jugé que l'administration fiscale ne pouvait pas, après l'entrée en force d'une décision de taxation dans laquelle elle avait imposé une prestation en capital de manière distincte et privilégiée, revenir sur cette appréciation juridique au seul motif qu'elle a découvert que cette prestation n'avait, en réalité, pas le caractère de prévoyance, étant précisé que le contribuable n'avait pas omis de mentionner, dans sa déclaration d'impôt, qu'il exerçait encore une activité lucrative salariée (arrêt 2C_200/2014 du 4 juin 2015 consid. 2.4.3; cf. aussi arrêts 2C_217/2021 du 4 novembre 2021 consid. 5.3, dans StE 2022 B 26.13 Nr. 39; 2C_652/2018 du 14 mai 2020 consid. 3.2.2). De même, le Tribunal fédéral a jugé que comme l'autorité fiscale avait en l'occurrence admis, dans ses décisions de taxation, le caractère déductible des salaires que la contribuable, qui exerçait une activité indépendante, avait versés à ses filles et déduits de son revenu, elle ne pouvait pas revenir sur son appréciation juridique par le biais d'une procédure de rappel d'impôt et qualifier désormais ces salaires de distributions dissimulées de bénéfices imposables (arrêt 2C_803/2019 du 26 février 2020 consid. 4.3).

5.3.

5.3.1. Dans l'arrêt attaqué, la Cour de justice a retenu que l'Administration cantonale disposait d'un motif de rappel d'impôt dans la mesure où elle n'aurait découvert qu'après avoir procédé à la taxation de la période fiscale 2010 que la contribuable faisait en réalité partie d'un groupe de sociétés et que, partant, A.________ Luxembourg était une société proche. Pour la Cour de justice, le fait qu'au moment de procéder à la taxation de la période fiscale 2010, l'Administration cantonale avait déjà connaissance du fait que la recourante versait des redevances à A.________ Luxembourg n'était pas suffisant pour admettre qu'elle avait de ce fait connaissance de "tous les éléments pertinents"; il fallait dès lors encore déterminer si l'Administration cantonale disposait de tous les éléments pour pouvoir "apprécier si la recourante faisait partie d'un groupe de sociétés". En l'occurrence, la Cour de justice retient que ce n'est que lors du contrôle effectué en 2013, dans le cadre de la procédure de taxation 2011, que l'Administration cantonale a découvert "un faisceau d'indices concordant vers le fait que la recourante et A.________ Luxembourg étaient des proches au sens fiscal". Au moment de la taxation 2010, la recourante avait du reste toujours soutenu qu'elle ne faisait partie d'aucun groupe de sociétés. L'Administration cantonale l'avait certes admis à l'issue de la procédure ouverte au début des années 2000. Or, à ce moment-là, il n'apparaissait pas que les sociétés aient déjà été présentées comme faisant partie du même groupe dans les médias; en outre, la recourante n'avait pas indiqué à quel moment le site Internet du groupe avait été mis en ligne ni à quel moment elle avait créé son profil LinkedIn. En outre, au moment de procéder à la taxation de la période fiscale 2010 de la recourante, l'Administration cantonale ignorait également que le directeur général de la recourante était aussi président du conseil d'administration de A.________ Luxembourg et que la facturation des heures de développement par la recourante à A.________ Luxembourg était faite de manière globale, sans "time sheet". La Cour de justice en a conclu que l'on ne pouvait pas reprocher à l'Administration cantonale une négligence grave entraînant une rupture du lien de causalité adéquate entre la "déclaration lacunaire" de la recourante et la taxation insuffisante qui en est résulté.
Dans sa réponse, l'Administration cantonale se réfère à la motivation de l'arrêt attaqué. Elle se limite à ajouter que les "éléments" qu'elle a découverts étaient de nature à "éveiller le soupçon", de sorte que les conditions du rappel d'impôt étaient remplies.

5.3.2. La recourante conteste l'existence d'un motif de rappel d'impôt. De son point de vue, l'Administration cantonale ne pouvait pas prétendre avoir découvert des moyens de preuve ou des faits qui lui étaient inconnus quand elle a procédé à la taxation de la période fiscale 2010. Au moment de procéder à la taxation de cette période, l'Administration cantonale connaissait déjà l'existence de la Convention et des redevances litigieuses. Elle avait en outre procédé à la taxation de la période fiscale 2010 sans remettre en cause la déduction de ces redevances à titre de charges justifiées par l'usage commercial, alors même qu'elle lui avait préalablement demandé des renseignements à ce sujet, dans le cadre de la procédure de taxation de la période fiscale 2011. Le rappel d'impôt était en réalité motivé par une nouvelle appréciation juridique des faits par l'Administration cantonale, ce qui n'était pas admissible.

5.4. L'argumentation de la Cour de justice selon laquelle l'Administration cantonale ne savait pas, au moment de procéder à la taxation de la période fiscale 2010, que la recourante et A.________ Luxembourg faisaient partie d'un groupe de sociétés, n'emporte pas la conviction.
D'abord, il ressort des faits constatés dans l'arrêt attaqué que, dans le cadre de son contrôle ouvert en février 2000 et portant sur les années 1995 à 1998, l'Administration cantonale avait déjà examiné le caractère déductible des redevances versées par la recourante à A.________ Luxembourg. Or si l'Administration cantonale a procédé à ce contrôle, c'était nécessairement pour vérifier si ces redevances correspondaient bien à des charges justifiées par l'usage commercial (déductibles) et qu'elles ne représentaient pas des distributions dissimulées de bénéfices à une société proche, qui seraient alors soumises à l'impôt sur le bénéfice en vertu de l'art. 58 al. 1 let. b tiret 5 LIFD. Au cours de ce contrôle, l'Administration cantonale a procédé à une appréciation juridique du versement de ces redevances. Elle en a conclu qu'elles représentaient des charges justifiées par l'usage commercial, puisqu'elle a clôturé le contrôle sans reprise. Ensuite, la raison sociale de la recourante et celle de A.________ Luxembourg sont proches (utilisation du terme spécifique "A.________"); il ressort par ailleurs des faits constatés dans l'arrêt attaqué que les deux entités ont le même but social et que E.________ et F.________ avaient été administrateurs de ces deux entités (supra consid. A.a). Dans ces circonstances, l'Administration cantonale ne pouvait pas ignorer que ces sociétés étaient des entités proches. Cela est du reste corroboré par le fait que, lorsqu'elle a procédé à un contrôle de la recourante dans le cadre de la taxation de la période fiscale 2011 en avril 2013, c'était précisément pour "contrôler les prix de transferts pratiqués entre les sociétés du groupe" (supra consid. A.e). Ainsi, pour l'Administration cantonale, le fait que la contribuable et A.________ Luxembourg étaient des sociétés proches était connu. Dans ces circonstances, c'est en vain que la Cour de justice retient que l'Administration cantonale ne savait pas que les sociétés étaient proches parce qu'elles n'avaient pas été présentées comme faisant partie du même groupe "dans les médias" et que "la recourante n'avait pas indiqué à quel moment son site internet avait été mise en ligne ni à quel moment elle avait créé son profil LinkedIn".
Certes, l'Administration cantonale n'était pas liée par son appréciation juridique des redevances et pouvait la remettre en cause sans condition particulière lors de chaque procédure de taxation (supra consid. 5.1). Faute de motif de rappel, elle ne pouvait en revanche pas revenir sur une décision de taxation entrée en force pour modifier son appréciation juridique de ces redevances. Il s'ensuit qu'en ouvrant une procédure de rappel d'impôt des périodes fiscales 2004 à 2010, l'Administration cantonale entendait en réalité remettre en cause l'appréciation des preuves et la qualification juridique des redevances qu'elle avait admises jusqu'alors, ce qui ne constitue pas un motif de rappel d'impôt selon l'art. 151 al. 1 LIFD.

5.5. Le grief de violation de l'art. 151 al. 1 LIFD est donc admis en lien avec l'absence de motif de rappel d'impôt. Dans ces circonstances, il n'est pas nécessaire d'examiner si, comme la recourante le soutient également, la Cour de justice a violé l'art. 151 al. 1 LIFD en retenant que la condition de la perte fiscale était remplie. Ce qui précède conduit à l'admission du recours en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.

V. Impôt cantonal et communal

6.

La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (ATF 140 II 88 consid. 10). S'agissant des procédures de rappel d'impôt, l'art. 59 de la loi cantonale genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale (LPFisc; rs/GE D 3 17) correspond à l'art. 151 al. 1 LIFD et à l'art. 53 al. 1 LHID et cette dernière disposition ne laisse pas de marge de manoeuvre aux cantons. Le raisonnement développé en matière d'impôt fédéral direct peut donc être appliqué en matière d'impôt cantonal et communal, ce qui conduit également à l'admission du recours en tant qu'il concerne cet impôt.

VI. Conclusion, frais et dépens

7.

Au vu de l'issue du litige, le recours doit être admis et l'arrêt attaqué annulé. Les frais judiciaires de la procédure devant le Tribunal fédéral sont mis à la charge de la République et canton de Genève (art. 66 al. 1 et 4 LTF). La recourante a droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage des art. 67 et 68 al. 5 LTF et renverra la cause à l'instance précédente pour qu'elle détermine à nouveau le sort des frais et dépens de la procédure devant elle et devant le TAPI.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.

Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2010. L'arrêt de la de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, du 15 avril 2025 est annulé.

2.

La cause est renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle détermine à nouveau le sort des frais et dépens de la procédure antérieure devant elle et devant le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève.

3.

Les frais judiciaires, arrêtés à 11'000 fr., sont mis à la charge de la République et canton de Genève.

4.

La recourante a droit à une indemnité de dépens, fixée à 11'000 fr., à la charge de la République et canton de Genève.

5.

Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.

Lucerne, le 5 novembre 2025

Au nom de la IIIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

La Présidente : Moser-Szeless

La Greffière : Vuadens