Heritage inventory listing of villa and garage upheldGénéré par IA

1C_696/2024

Arrêt du 12 juin 2025

Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Haag, Président,
Merz et Mecca, Juge suppléant.
Greffier : M. Hausammann.

Participants à la procédure
A.________ SA,
représentée par Me Alexandre Böhler, avocat,
recourante,

contre

Département du territoire de la République et canton de Genève, Office du patrimoine et des sites, case postale 22, 1211 Genève 8.

Objet
Protection du patrimoine (mise à l'inventaire d'une villa et d'un garage),

recours contre l'arrêt de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, du 29 octobre 2024
(ATA/1257/2024 - A/476/2024-AMENAG).

Faits :

A.

A.________ SA est propriétaire de la parcelle n° 2'209 de la commune de Chêne-Bougeries (GE), située en cinquième zone de construction. D'une surface de 5'790 m2, ce bien-fonds abrite une villa à un logement (C306) datant de 1905 et 1906, un garage (C307) datant de 1908, ainsi qu'un chalet (C308) construit en 1931.
En février 2023, A.________ SA a déposé une requête en autorisation de démolir la villa.

B.

Le 20 mars 2023, une association de protection du patrimoine a demandé l'ouverture d'une procédure d'inscription à l'inventaire du bâtiment d'habitation construit sur la parcelle n° 2'209, considérant que, malgré son état de dégradation avancée, il s'agissait d'une villa Heimatstil caractéristique des constructions de villas consécutives à l'Exposition nationale de 1896 de Genève. Cette villa se situait en outre dans la zone de villas de U.________, abritant des bâtiments qui faisaient l'objet d'une procédure de conservation initiée par la commission cantonale des monuments, de la nature et des sites (ci-après: CMNS).
Une visite des lieux par un historien de l'art du service de l'inventaire des monuments d'art et d'histoire (ci-après: IMAH) rattaché à l'office cantonal du patrimoine et des sites du département du territoire (ci-après: OPS ou le département), accompagné d'un architecte-conservateur du service des monuments et sites (ci-après: SMS), a mis en avant l'intérêt architectural et patrimonial de la villa et du garage. Ces deux bâtiments se sont par ailleurs vu attribuer une valeur "exceptionnelle" par la mise à jour 2023 du recensement architectural cantonal. Le chalet construit en 1931 (C308) a, pour sa part, été qualifié d'intérêt secondaire.
Dans le cadre d'une procédure de mise à l'inventaire ouverte par le département, la commune de Chêne-Bougeries et la CMNS ont préavisé favorablement la mise à l'inventaire des deux bâtiments (C306 et C307).
Par arrêté du 9 janvier 2024, le département a inscrit à l'inventaire des immeubles dignes d'être protégés la villa et le garage construits sur la parcelle n° 2'209, en précisant que "les effets de cette mesure seront étendus à l'entier de la parcelle n° 2'209". Le même jour, quatre autres bâtiments situés sur des parcelles à proximité ont été inscrits à l'inventaire. Le recours interjeté par A.________ SA auprès de la chambre administrative de la Cour de justice de la République et du canton de Genève a été rejeté par un arrêt du 29 octobre 2024.

C.

Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ SA demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 29 octobre 2024 et de constater que les bâtiments C306 et C307 ne sont pas inscrits à l'inventaire des immeubles dignes d'être protégés, subsidiairement de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et décision. Plus subsidiairement, elle conclut à ce que la parcelle n° 2'209 ne soit pas inscrite à l'inventaire.
La Cour de justice renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de son arrêt. Le département se détermine et conclut au rejet du recours. La recourante réplique et persiste dans ses conclusions.

Considérant en droit :

1.

Le recours est dirigé contre une décision cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de la protection des monuments et des sites (art. 82 let. a LTF). Aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée. Bien que la procédure de mise à l'inventaire ait été traitée en parallèle à une requête pendante d'autorisation de démolir la villa, il s'agit d'une procédure indépendante aboutissant à une décision finale sur la question de la mise à l'inventaire qui peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral (cf. art. 90 LTF; arrêt 1C_98/2022 du 12 juin 2024 consid. 1.2). Pour le reste, en tant que propriétaire des bâtiments concernés par la mesure de protection litigieuse, la recourante est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué (cf. art. 89 al. 1 LTF). Les autres conditions de recevabilité sont réunies, de sorte qu'il convient en principe d'entrer en matière.

2.

La recourante se plaint premièrement d'une constatation manifestement inexacte des faits (art. 97 LTF).

2.1. Pour statuer, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits établis par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des situations visées à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (ATF 148 V 366 consid. 3.3; 147 I 73 consid. 2.2) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause. Conformément aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions sont réalisées. À défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 148 I 160 consid. 3; 148 V 366 consid. 3.3; 145 V 188 consid. 2).

2.2. En premier lieu, la recourante fait grief à la Cour de justice de n'avoir pas indiqué quels faits elle considérait comme établis. Cette critique est vaine. Il ressort clairement des considérants de l'arrêt attaqué sur quels faits l'instance précédente s'est appuyée pour fonder ses considérants. La cause n'est dès lors pas comparable à la jurisprudence citée par la recourante qui concernait de surcroît une affaire pénale (cf. arrêt 6B_635/2010 du 19 avril 2011 consid. 3.2.5).
S'agissant de l'état de la villa et du garage, la Cour de justice a relevé, dans sa partie en fait, que la villa avait été occupée illégalement et que son intérieur avait été en grande partie ravagé. Se fondant sur les rapports de l'IMAH et de la CMNS, mentionnant en particulier le "trou béant" dans le plancher cité par la recourante, elle a considéré que malgré l'état de dégradation avancé du bâtiment, la substance d'origine subsistait et que des travaux de réparation et d'assainissement pouvaient le restaurer. Les faits n'ont dès lors pas été établis de façon manifestement inexacte et tiennent compte des éléments pertinents. Les critiques de la recourante portent en réalité sur leur appréciation dans le cadre de la pesée des intérêts effectuée par les autorités précédentes, ce qui sera examiné ci-après. Il en va de même s'agissant de l'appréciation du rapport de visite du 14 mars 2023 établit par l'IMAH qui contiendrait, selon la recourante, de "nombreuses erreurs", de la présence abondante de bâtiments de type Heimatstil à Genève, amoindrissant à son avis l'intérêt public à la protection du patrimoine bâti, ainsi que du point de savoir si le préavis de la CMNS du 27 juin 2023 a été établi en conformité à la loi. Il n'y a pas lieu de compléter l'établissement des faits sur ces points.
Infondé, le grief lié à l'établissement des faits est rejeté.

3.

La recourante estime ensuite que l'autorité précédente aurait violé son droit d'être entendue, en refusant de procéder à un transport sur place et d'entendre des témoins. Elle fait aussi état d'un défaut de motivation de l'arrêt attaqué.

3.1. Le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) comprend le droit pour le justiciable d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (cf. ATF 148 II 73 consid. 7.3.1; 145 I 167 consid. 4.1). Cette garantie constitutionnelle n'empêche pas le juge de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude que ces dernières ne pourraient pas l'amener à modifier son opinion (ATF 145 I 167 consid. 4.1; 140 I 285 consid. 6.3.1). Le refus d'une mesure probatoire par appréciation anticipée des preuves ne peut être remis en cause devant le Tribunal fédéral qu'en invoquant l'arbitraire (art. 9 Cst.) de manière claire et détaillée (art. 106 al. 2 LTF; ATF 146 III 73 consid. 5.2.2; 144 II 427 consid. 3.1.3).
Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. implique, notamment, pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. Selon la jurisprudence, il suffit que la décision mentionne, au moins brièvement, les motifs sur lesquels elle se fonde, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (ATF 143 IV 40 consid. 3.4.3). La motivation peut pour le reste être implicite et résulter des différents considérants de la décision (ATF 141 V 557 consid. 3.2.1).

3.2. Dans le cas d'espèce, la cour cantonale a considéré que les nombreux documents, photographies, plans, préavis et rapports présents au dossier étaient suffisants pour examiner la conformité au droit de la mesure de protection du patrimoine contestée sans qu'il ne soit nécessaire de faire suite aux mesures d'instruction demandées.

3.2.1. Les critiques de la recourante ne permettent pas de qualifier d'insoutenable le raisonnement de la Cour de justice. L'état de délabrement du bâtiment, intérieur et extérieur, peut en effet se vérifier sans difficulté à l'aide des nombreuses photographies au dossier. Il n'était en outre pas indispensable d'aller sur place pour se rendre compte de l'étendue de la parcelle et de sa situation dans le quartier, notamment au vu des plans au dossier et des orthophotographies, qui peuvent être librement consultées sur le guichet cartographique cantonal (cf. arrêt 1C_312/2022 du 14 mars 2024 consid. 1.3) et permettent d'appréhender les dimensions du bien-fonds. Par ailleurs, dès lors que l'instance précédente a considéré que la mise à l'inventaire d'un bâtiment ne dépendait pas de son caractère visible pour le public, il n'était pas non plus nécessaire de se rendre sur place pour ce motif. En tant que le raisonnement de la cour cantonale repose sur l'avis de spécialistes en matière d'architecture et de conservation du patrimoine qui se sont rendus sur place, il ne saurait lui être reproché d'avoir jugé la cause sans procéder elle-même à un transport sur place.

3.2.2. Quant à l'audition des architectes de la recourante, cette dernière n'indique pas en quoi elle serait indispensable. Elle ne mentionne pas plus pour quelle raison les informations qu'ils seraient susceptibles de relater, à propos des immeubles locatifs et places de parc que la recourante entendait réaliser sur sa parcelle, respectivement des travaux nécessaires à la restauration des bâtiments existants (C306 et C307), n'auraient pas déjà été fournies dans le cadre de la procédure écrite antérieure. Une audition ne serait de surcroît pas le moyen de preuve le plus adapté pour recueillir ce type d'information à caractère technique. Finalement, il n'était pas insoutenable de considérer que l'interrogatoire des membres de la CMNS n'aurait rien apporté de plus à leur appréciation écrite.

3.3. La recourante soutient encore que l'autorité précédente ne se serait pas prononcée sur une contradiction ressortant de la décision du département: bien que la mesure d'inventaire s'étendra sur l'intégralité du bien-fonds, le département aurait retenu dans ses considérants qu'un projet de construction pourrait encore être réalisé sur la surface non bâtie de la parcelle n° 2'209.

3.3.1. Aux termes de l'art. 9 al. 1 de la loi cantonale sur la protection des monuments, de la nature et des sites du 4 juin 1976 (LPMNS; RS/GE L4 05), les immeubles inscrits à l'inventaire doivent être maintenus et leurs éléments dignes d'intérêt préservés. Le Conseil d'État peut en outre procéder au classement d'un monument ou d'une antiquité afin d'en assurer la protection (cf. art. 10 al. 1 LPMNS). Le classement a pour effet d'interdire tout changement à l'état primitif ou à la destination de l'immeuble sans l'autorisation de l'autorité compétente (cf. art. 13 al. 1 LPMNS). Selon la jurisprudence de la Cour de justice, l'inscription à l'inventaire se distingue du classement car la première est un instrument de surveillance, tandis que le second est une mesure de protection (cf. ATA/463/2004 du 25 mai 2004). Les contraintes d'une mise à l'inventaire sont ainsi moins lourdes que celles de tout propriétaire d'un bien-fonds situé en zone protégée ou soumis à une mesure de classement (ATA/783/2012 du 20 novembre 2012 consid. 14b).

3.3.2. Dans le cas d'espèce, la villa, le garage et la parcelle n° 2'209 ont été mis à l'inventaire, mais ne font pas l'objet d'une mesure de classement au sens de l'art. 10 al. 1 LPMNS. Compte tenu des dispositions cantonales et de leur interprétation par la Cour de justice, il n'apparaît pas que le dispositif de l'arrêté du 9 janvier 2024 entre en contradiction avec ses considérants. Il ne ressort en outre pas des dispositions cantonales que la parcelle elle-même ne pourrait pas faire l'objet d'une mesure de conservation. La mise à l'inventaire de l'intégralité de la parcelle n'interdira ainsi pas à la recourante de présenter tout projet de construction, aux conditions de l'art. 9 al. 1 LPMNS. Si les immeubles existants soumis à la mise à l'inventaire (villa et garage) devront certes être maintenus, la recourante conservera toutefois la possibilité de présenter un futur projet de construction sur la surface non bâtie de sa parcelle, sous réserve de la préservation des éléments dignes d'intérêt et d'un éventuel préavis de la CMNS (cf. art. 93 al. 1 de la loi cantonale sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 [LCI; RS/GE L5 05], par renvoi de l'art. 9 al. 1 LPMNS). La motivation de l'arrêté du département était dès lors suffisante pour pouvoir en saisir la portée et l'attaquer utilement, le grief de la recourante découlant en définitive de sa compréhension erronée des dispositions cantonales applicables.
À défaut de violation du droit d'être entendu de la recourante, le grief est rejeté.

4.

La recourante se plaint d'une application arbitraire des dispositions de droit cantonal relatives à la procédure d'établissement du préavis de la CMNS. Selon elle, ce document n'aurait pas été établi et signé par la personne compétente et aucune séance ni délibération n'auraient été tenues par l'autorité.

4.1. Appelé à revoir l'application faite d'une norme cantonale ou communale sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou encore si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat. Si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (ATF 150 I 50 consid. 3.2.7; 148 I 145 consid. 6.1; 140 III 167 consid. 2.1). Le grief de violation du droit cantonal est soumis à des exigences de motivation accrue (art. 106 al. 2 LTF; cf. ATF 142 II 369 consid. 2.1).

4.2. La commission des monuments, de la nature et des sites (CMNS) donne son préavis, consultatif, sur tous les objets qui, en raison de la matière, sont de son ressort (cf. art. 47 al. 1 LPMNS). Selon l'art. 3 al. 1 du règlement d'application de la loi sur la protection des monuments, de la nature et des sites du 23 mars 2023 (RPMNS; RS/GE L4 05.01), la CMNS peut déléguer certaines de ses attributions à des sous-commissions; elle en désigne la présidente ou le président; une liste des sous-commissions et des attributions qui leur sont déléguées est dressée en début de chaque législature. Les sous-commissions se réunissent chaque fois que le nombre ou l'importance des dossiers le justifie (art. 4 al. 2 RPMNS). Les fonctionnaires désignés par les départements chargés de l'application de la loi assistent aux séances avec voix consultative (art. 4 al. 3 RPMNS). Le secrétariat de la commission est assuré par le département (art. 4 al. 4 RPMNS).

4.3. Comme retenu par la Cour de justice, il ressort du préavis du 27 juin 2023 qu'il a été établi par la sous-commission "CMNS 1" et signé par une secrétaire, soit une fonctionnaire du département. Indépendamment de la recevabilité des critiques de la recourante qui se basent sur des faits ne ressortant pas de l'arrêt attaqué, elles doivent être rejetées au vu de leur caractère infondé. Les dispositions du règlement sur les commissions officielles du 10 mars 2010 (RCof; RS/GE A2 20.01) qu'elle cite n'imposent pas que le préavis de la CMNS soit signé par son Président ou qu'une séance soit nécessairement tenue. Certes le dossier ne contient pas de procès-verbal (cf. art. 23 RCof), il est toutefois possible que le préavis ait été rendu par voie de circulation (cf. art. 22a RCof). Il ressort en effet du rapport d'activité de la législature 2018-2023 de la CMNS, disponible sur le site internet du département du territoire, que sur les 166 dossiers préavisés par la sous-commission "CMNS 1" durant cette période, seuls 25 ont donné lieu à une séance. Par ailleurs, selon ce rapport, le secrétariat a notamment la mission d'établir et de transmettre les préavis émis par la CMNS. La Cour de justice a par conséquent retenu sans arbitraire qu'aucun élément concret ne suggérait que le préavis aurait été établi sans respecter les exigences légales et réglementaires. Cela entraîne le rejet du grief, pour autant qu'il soit recevable.

5.

Sur le fond, dans des griefs qui se recoupent, la recourante fait valoir une violation de la garantie de la propriété et des dispositions de la LPMNS.
Il est indéniable que l'inscription à l'inventaire de la parcelle n° 2'209, ainsi que de la villa et du garage existants, porte une atteinte importante au droit de la propriété de la recourante (art. 26 Cst.) en tant qu'elle a pour effet d'en interdire la démolition et d'obliger la propriétaire à préserver et à entretenir les éléments dignes de protection (cf. art. 9 al. 1 LPMNS). Pour être admissible, une telle mesure de protection doit reposer sur une base légale, être justifiée par un intérêt public et être proportionnée au but visé (cf. art. 36 al. 1 à 3 Cst.).

5.1. La recourante ne conteste pas que la mesure de protection litigieuse se fonde sur une base légale formelle, à savoir la LPMNS. L'art. 4 LPMNS dispose que sont protégés les monuments de l'histoire, de l'art ou de l'architecture et les antiquités immobilières situés ou découverts dans le canton, qui présentent un intérêt archéologique, historique, artistique, scientifique ou éducatif, ainsi que les terrains contenant ces objets et leurs abords (let. a), de même que les immeubles et les sites dignes d'intérêt, ainsi que les beautés naturelles (let. b). Il est procédé à un inventaire de tous les immeubles dignes d'être protégés au sens de l'art. 4 (art. 7 al. 1 in initio LPMNS).

5.2. Les restrictions de la propriété ordonnées pour protéger les monuments et les sites naturels ou bâtis sont en principe d'intérêt public (ATF 135 I 176 consid. 6.1; 126 I 219 consid. 2c; arrêt 1C_485/2020 du 28 juin 2021 consid. 4.1). Celui-ci prévaut, en règle générale, sur l'intérêt privé lié à une utilisation financière optimale du bâtiment (ATF 120 Ia 270 consid. 6c; 109 Ia 257 consid. 5d). Il appartient de façon prioritaire aux autorités des cantons de définir les objets méritant protection (cf. ATF 126 I 219 consid. 2c; 118 Ia 394 consid. 2b; cf. aussi ATF 129 I 337 consid. 4.1). Tout objet ne méritant pas une protection, il faut procéder à un examen global, objectif et basé sur des critères scientifiques, qui prenne en compte le contexte culturel, historique, artistique et urbanistique du bâtiment concerné. Les constructions qui sont les témoins et l'expression d'une situation historique, sociale, économique et technique particulière, doivent être conservés. Le critère esthétique n'est pas le seul à être appliqué; peut également être digne de protection ce qui est typique d'une époque ou représentatif d'un style, même relativement récent, de façon à sauvegarder des bâtiments industriels ou commerciaux qui ne sont pas nécessairement des oeuvres d'art (cf. ATF 135 I 176 consid. 6.2 et les références doctrinales citées; 118 Ia 384 consid. 5a; arrêts 1C_221/2022 du 24 juillet 2023 consid. 3.1; 1C_285/2017 du 27 octobre 2017 consid. 2.4). La mesure ne doit en revanche pas être destinée à satisfaire uniquement un cercle restreint de spécialistes; elle doit au contraire apparaître légitime aux yeux du public ou d'une grande partie de la population, pour avoir en quelque sorte une valeur générale (ATF 135 I 176 consid. 6.2; 120 Ia 270 consid. 4a; arrêts 1C_68/2019 du 18 octobre 2019 consid. 4.1.1; 1P.79/2005 du 3 septembre 2005 consid 4.2, in ZBl 2007 p. 83).
Sous la réserve des exigences de motivation accrues applicables aux griefs de violation des droits fondamentaux (cf. art. 106 al. 2 LTF), le Tribunal fédéral examine en principe librement si une restriction de la propriété répond à un intérêt public et respecte le principe de la proportionnalité. Il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il s'agit de trancher de pures questions d'appréciation ou de tenir compte de circonstances locales (ATF 142 I 162 consid. 3.2.2; 147 I 393 consid. 5.3.2; 140 I 168 consid. 4.2.1; 135 I 176 consid. 6.1), dont les autorités cantonales ont une meilleure connaissance que lui, notamment en matière de protection des monuments ou des sites (ATF 132 II 408 consid. 4.3 et les arrêts cités; arrêts 1C_485/2020 du 28 juin 2021 consid. 4.1 et 1C_52/2016 du 7 septembre 2016 consid. 2). Le Tribunal fédéral doit alors examiner, dans le cadre des griefs soulevés (art. 106 al. 2 LTF), si la décision attaquée se prononce de façon complète sur les motifs d'intérêt public invoqués pour justifier l'atteinte au droit de propriété et si, dans la pesée des intérêts, les intérêts privés ont été pris en considération de manière adéquate (cf. ATF 118 Ia 394 consid. 2b; arrêts 1C_503/2019 du 7 avril 2021 consid. 5.1; 1C_104/2019 du 21 avril 2020 consid. 3.1.1).

5.3. La recourante conteste premièrement le caractère digne de protection des bâtiments n° s C306 et C307 ainsi que de la parcelle n° 2'209. Elle remet notamment en cause les préavis et rapports reconnaissant un intérêt patrimonial à la villa, au garage et au bien-fonds.

5.3.1. Se référant à l'avis des spécialistes de la CMNS et de l'IMAH, la Cour de justice a relevé que la villa et le garage possédaient toutes les caractéristiques du Heimatstil, que la substance des constructions était dans un état de conservation remarquable malgré l'état d'entretien déplorable, que ces bâtiments disposaient d'une qualité architecturale intrinsèque et que l'agrandissement du garage avait été réalisé par un architecte réputé. Quant à la paternité de la villa, la cour cantonale a relevé qu'il ne faisait aucun doute qu'elle revenait à un excellent architecte et que l'ignorance de son identité n'amoindrissait pas son intérêt patrimonial. Elle a ajouté que l'absence de visibilité de la parcelle et des bâtiments depuis la voie publique était sans pertinence.

5.3.2. La recourante soutient que le Heimatstil bénéficierait déjà d'une protection importante à Genève et que la protection envisagée n'aurait aucune légitimité aux yeux du public.
Les qualités architecturales de ce style architectonique vernaculaire, très utilisé au début du XXe siècle dans le pays et qui se caractérise notamment par l'utilisation de bois en façade et de poutres sculptées évoquant l'histoire du patrimoine suisse, ont été mises en évidence tant par un historien de l'art de l'IMAH et un architecte conservateur du SMS que par les spécialistes de la CMNS. Étant donné son ancrage dans les traditions locales et régionales, ce style architectural est répandu à travers tout le pays, y compris à Genève. Cela étant, lorsqu'il s'agit d'apprécier le caractère digne de protection d'un bien typique d'une époque et représentatif d'un style de l'histoire architecturale helvétique, sa rareté ou son caractère unique ne saurait être déterminant.
Contrairement à ce qui est prétendu dans le recours, le caractère rare de la villa et du garage a du reste été clairement attesté par l'IMAH. Cet avis a été repris et confirmé par la CMNS qui est l'autorité cantonale compétente en matière de préservation des monuments et des sites (cf. art. 46ss LPMNS). Dans la mesure où elle est composée de spécialistes en matière d'architecture et de conservation du patrimoine, son préavis doit se voir accorder une certaine prééminence (cf. arrêts 1C_72/2017 du 14 septembre 2017 consid. 2.2 et 1C_582/2012 du 9 juillet 2013 consid. 5.2), en particulier lorsque sa valeur probante n'est pas remise en cause par des éléments sérieux et concrets. La recourante soutient certes que le rapport de l'IMAH contiendrait de "nombreuses erreurs". Ses critiques sont toutefois purement appellatoires et fondées sur sa seule interprétation subjective de la situation. Le rapport du 26 avril 2023 de l'IMAH ne fait pas état d'un "fanatisme" ou d'un manque d'indépendance de son représentant. Il a au contraire été établi par un historien de l'art assisté d'un architecte-conservateur, de façon motivée et circonstanciée, sur la base d'une analyse détaillée de l'évolution historique des bâtiments et du développement du quartier, ainsi qu'au terme d'une visite des lieux. Tenant compte de l'état dégradé des bâtisses observé lors de sa visite sur place, ce service spécialisé a émis des descriptions précises et pertinentes sur leurs valeurs architecturales et ne s'est pas contenté de se référer à de simples banalités comme prétendu sans aucun fondement par la recourante. L'expert de l'IMAH a indiqué que "l'asymétrie équilibrée, la polychromie des matériaux, le jeu très vif des contrastes volumétriques, les détails de façade évoquant l'histoire du patrimoine suisse, les corps bas formant espaces intermédiaires participent à l'affirmation d'une architecture du romantisme national helvétique". Il relève ainsi que la villa et le garage sont particulièrement représentatifs de la technique particulière du Heimatstilet que ces bâtiment avaient acquis une rareté extrême compte tenu de leur spécificités et bon état de conservation. Aucun élément ne laisse suggérer que son appréciation ne serait pas partagée par la communauté scientifique ou qu'elle ne serait pas tenue pour légitime de manière générale. Cet intérêt architectural et historique a d'ailleurs aussi été qualifié de certain par le bureau d'architectes mandaté par la recourante, bien qu'il relève que le montant estimatif des travaux pour une réhabilitation des constructions et installations posait la question de la pertinence intellectuelle d'une mesure de protection. Cette remarque n'a toutefois aucune valeur juridique, dès lors qu'il n'appartient pas à un expert privé de se prononcer sur la question de la proportionnalité et de l'opportunité de la mise à l'inventaire d'un bâtiment qui relève du pouvoir d'appréciation du juge (cf. arrêt 1C_72/2017 du 14 septembre 2017 consid. 6.5). S'agissant de l'état de dégradation du bâtiment en raison d'un défaut d'entretien, les autorités cantonales spécialisées ont considéré qu'il ne remettait pas en question son intérêt digne de protection, que l'ensemble des éléments d'origine étaient encore présents et qu'ils pourraient faire l'objet d'une restauration-rénovation.
À cela s'ajoute que les bâtiments de la recourante sont intégrés dans un quartier accueillant plusieurs biens aux qualités similaires qui ont fait l'objet d'une mesure de protection. Selon l'appréciation de l'IMAH, non remise en cause, la valeur d'ensemble de ces biens forment l'un des plus intéressant quartiers de villas datant de la "Belle Époque à Genève". Le maintien de la cohérence de ce quartier aux qualités architecturales reconnues justifie par conséquent la conservation des bâtiments litigieux, ce qui relativise le fait que les bâtiments érigés sur la parcelle n° 2'209 ne soient pas visibles depuis la voie publique (cf. arrêt 1C_485/2020 du 28 juin 2021 consid. 4.2.2 s'agissant d'un monument isolé non visible du public mais présentant un caractère unique). Cette dernière assertion de la recourante, selon laquelle les bâtiments ne seraient pas visibles, n'est du reste pas établie. Quant à la parcelle en elle-même, la recourante ne conteste pas que sa mise à l'inventaire est nécessaire afin de mettre en valeur la villa et le garage.

5.3.3. Il s'ensuit que la Cour de justice pouvait retenir le caractère digne de protection de la villa et du garage, ainsi que de la parcelle n° 2'209.

5.4. Il reste à examiner le caractère proportionné de la mesure de mise à l'inventaire au nom de l'intérêt public à la préservation du patrimoine. La recourante soulève notamment les importants coûts de transformation que cette mesure impliquerait, ainsi que l'intérêt public à la construction de logement.

5.4.1. Le principe de la proportionnalité exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive. En outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (ATF 140 I 168 consid. 4.2.1). Sous ce dernier aspect, une mesure de protection des monuments est incompatible avec la Constitution si elle produit des effets insupportables pour le propriétaire ou ne lui assure pas un rendement acceptable. Savoir ce qu'il en est dépend notamment de l'appréciation des conséquences financières de la mesure critiquée. Il incombe à l'autorité d'établir les faits de telle manière qu'apparaissent clairement toutes les conséquences de la mesure, des points de vue de l'utilisation future du bâtiment et des possibilités de rendement pour son propriétaire (cf. ATF 126 I 219 consid. 6c in fineet 6h; arrêts 1C_72/2017 du 14 septembre 2017 consid. 7.1; 1C_52/2016 du 7 septembre 2016 consid. 3.2; 1P.842/2005 du 30 novembre 2006 consid. 2.4).

5.4.2. En l'occurrence, la mesure de mise à l'inventaire prononcée par le département, puis confirmée par la Cour de justice, porte sur la villa et le garage, ainsi que sur l'entier de la surface de la parcelle n° 2'209. Contrairement à ce que soutient la recourante, cette dernière conservera la possibilité de construire sur la surface non bâtie de sa parcelle, aux conditions de l'art. 9 al. 1 LPMNS. Par ailleurs, la mesure de protection ne portera pas sur le bâtiment n° C308 (chalet) qui pourra lui aussi être modifié pour autant que cela ne porte pas atteinte aux qualités patrimoniales des biens protégés. La mesure de protection litigieuse, qui n'est pas un classement au sens de l'art. 10 al. 1 LPMNS, apparaît ainsi être la moins incisive parmi les possibilités offertes par la LPMNS pour atteindre le but d'intérêt public visé (cf. arrêt 1C_72/2017 du 14 septembre 2017 consid. 7.2); elle permettra de maintenir la villa et le garage, tout en laissant la possibilité à la recourante de réaliser un projet de logements.
La recourante se prévaut d'une violation du droit constitutionnel genevois, en lien avec la construction d'habitations en période de pénurie de logement dont souffre notoirement le canton de Genève (cf. art. 178 al. 3 de la Constitution de la République et canton de Genève [Cst-GE; RS 131.234]). Sur ce point, il convient de relever que la parcelle n° 2'209 est colloquée en cinquième zone de construction, soit une zone résidentielle destinée aux villas (cf. art. 19 al. 3 de la loi cantonale d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 [LaLAT; RS/GE L1 30]) qui limite de toute manière la surface des constructions à 25 % de la surface de la parcelle, respectivement jusqu'à 30 % de cette surface (cf. art. 59 al. 1 LCI). Dans ces limites, la recourante conservera du reste la possibilité de densifier sa parcelle, en construisant un bâtiment d'habitations sur la partie du terrain non bâti. Par ailleurs, selon le Plan directeur communal de Chêne-Bougeries (PDCom), il n'apparaît pas que ce bien-fonds se situe dans un périmètre de densification qui autoriserait une densification plus importante jusqu'à 60 % du terrain (cf. art. 59 al. 4 let. b LCI), comme soutenu par la recourante. Du reste, il ne ressort pas de l'art. 178 al. 3 Cst-GE que l'intérêt public à la construction de logements devrait nécessairement prévaloir sur celui à la protection du patrimoine, le peuple genevois soutenant également la mise en valeur et la conservation du patrimoine culturel (cf. art. 217 al. 1 Cst-GE). Le besoin en logements ne saurait par conséquent avoir un impact déterminant dans le cas d'espèce.

5.4.3. Selon la recourante, l'instance précédente aurait dû tenir compte de la difficulté excessive qu'entraînerait une rénovation de la villa et du garage. En outre, la mise à l'inventaire lui ferait perdre un revenu annuel brut de plusieurs centaines de milliers de francs.
Il n'est pas contesté que la villa se trouve dans un état de dégradation avancé qui nécessitera des travaux de restauration-rénovation pour la remettre en état. L'importance de ces travaux a été évaluée à environ 4'880'715 fr. pour la villa, ainsi que 120'000 fr. pour le garage, selon une expertise privée produite par la recourante. Se basant sur les observations du SMS, la Cour de justice a relevé que les coûts de cette rénovation étaient raisonnables en comparaison avec des bâtiments, d'un niveau de protection identique, qui ont récemment fait l'objet d'une rénovation complète pour des coûts similaires. En outre, les frais de la recourante pourraient en partie être compensés par une aide financière allant jusqu'à 10 % du coûts des travaux de rénovation (cf. art. 22 al. 1 LPMNS), si bien que la mesure litigieuse ne produirait pas d'effet insupportable. La recourante ne remet pas en cause cette appréciation (cf. art. 106 al. 2 LTF), de sorte que rien ne justifie de s'en écarter, en particulier au vu de la marge de manoeuvre dont disposent les autorités cantonales spécialisées pour apprécier les circonstances locales qui contiennent, en l'occurrence, des points de comparaison avec des biens similaires. Il convient par ailleurs d'ajouter, avec la cour cantonale, que l'état de dégradation avancé de la villa est la conséquence directe d'une absence d'entretien par la recourante pendant de nombreuses années et qui a ainsi pu en faire l'économie.
La recourante conservera du reste la possibilité de créer des logements d'habitation dans ses immeubles rénovés. Son sacrifice financier doit ainsi s'apprécier selon la différence de rendement qu'elle aurait pu obtenir si ses immeubles n'étaient pas inscrits à l'inventaire et celui qu'elle obtiendra avec cette mesure de conservation. Certes, la mise à l'inventaire des bâtiments et de la parcelle aura possiblement pour conséquence qu'un nombre plus restreint de logements d'habitation pourra être construit. Rien ne suggère toutefois que, malgré cette mesure, la recourante ne pourrait pas en retirer un rendement acceptable. Une démolition-reconstruction des bâtiments protégés aurait par ailleurs aussi entraîné des frais conséquents pour la propriétaire. Il n'est cependant pas possible d'en déterminer l'ampleur, la recourante n'ayant fourni aucune indication quant aux coûts et rendement qu'un éventuel projet de construction sans la mesure de protection aurait entraînés; ses allégations selon lesquelles ce projet aurait généré "plusieurs centaines de milliers de francs" ne reposent sur aucun élément concret (cf. art. 106 al. 2 LTF). Cela étant, la seule diminution des expectatives de rendement que pourrait entraîner l'inscription à l'inventaire n'est en elle-même pas suffisante pour empêcher la mesure de protection litigieuse, l'intérêt privé à une utilisation financière optimale de l'immeuble devant en principe céder le pas devant l'intérêt public lié à la protection des monuments et sites bâtis (cf. ATF 126 I 219 consid. 2c; arrêt 1C_72/2017 du 14 septembre 2017 consid. 7.3.2).

5.4.4. En définitive, la pesée des intérêts effectuée par la Cour de justice a correctement pondéré les intérêts privés de la recourante à construire sur sa parcelle, ainsi que l'intérêt public à la création de logements, avec l'intérêt public de maintenir des biens présentant une valeur patrimoniale certaine. Ainsi, même si elle est de nature à diminuer la création de logements ainsi que les expectatives de rendement de la société propriétaire, la mesure querellée, qui répond à un intérêt public important, ne porte pas atteinte au principe de la proportionnalité.

6.

Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité aux frais de la recourante, qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.

Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.

2.

Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.

3.

Il n'est pas alloué de dépens.

4.

Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département du territoire de la République et canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.

Lausanne, le 12 juin 2025

Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Haag

Le Greffier : Hausammann