Biogas plant permit refused for unproven long-term viabilityGénéré par IA

1C_200/2023

Arrêt du 3 septembre 2024

Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges fédéraux Kneubühler, Président,
Chaix et Merz.
Greffier : M. Alvarez.

Participants à la procédure
A.________,
représenté par Me Marie-Claude de Rham-Casthélaz, avocate,
recourant,

contre

B.________,
représentée par Me Tobias Zellweger, avocat, rue de Hesse 16, 1211 Genève 1,
intimée,

Commune de Presinge,
Mairie de Presinge, route de Presinge 116, 1243 Presinge,
Commune de Puplinge,
Mairie de Puplinge, rue de Graman 70, 1241 Puplinge,
Commune de Choulex,
Mairie de Choulex, chemin des Briffods 13, 1244 Choulex,
toutes les trois représentées par Me François Bellanger, avocat,

Département du territoire de la République et canton de Genève, Office des autorisations de construire, Service des affaires juridiques, case postale 22, 1211 Genève 8.

Objet
Permis de construire une installation de biogaz,

recours contre l'arrêt de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 7 mars 2023 (ATA/224/2023 - A/4500/2019-LCI).

Faits :

A.

A.________ est propriétaire de la parcelle n o 10'006 de la Commune de Presinge, d'une surface de 40'425 m², sise en zone agricole. Cette parcelle est recouverte de forêts à raison de 4'395 m² au nord et un bâtiment d'une surface de 113 m² y est érigé au sud. Elle est bordée au sud par la route des Jurets et à l'est par la route de Jussy. Cette parcelle figure sur la carte de l'inventaire des surfaces d'assolement (ci-après: SDA), approuvé par le Conseil d'État de la République et canton de Genève le 13 février 2019.

B.

Le 23 décembre 2015, A.________, agriculteur exploitant des parcelles réparties sur 198 ha dans la Commune de Choulex et les communes avoisinantes, a déposé auprès du Département cantonal du territoire une demande d'autorisation de construire sur la parcelle n o 10'006; celle-ci porte sur la construction d'une ferme, d'une installation de production de biogaz, sur le remodelage topographique du terrain et implique l'abattage et le défrichement d'une forêt.
Au nord-est, à l'est ainsi qu'au sud de la parcelle se trouvent des terres agricoles exploitées; à l'ouest, elle est entourée par des locaux et une pépinière ainsi qu'une habitation située à environ 65 m de la parcelle et à environ 100 m du projet de construction; au nord-ouest on trouve un domaine d'habitation privée à environ 90 m de la parcelle, séparé par le bois et à environ 210 m du projet de construction; au sud-est enfin est située une maison d'habitation à 40 m de la parcelle séparée par la route de Jussy et à environ 95 m du projet de construction.
Il ressort notamment du rapport de financement du projet d'installation de biogaz de C.________ GmbH (ci-après: C.________) produit par A.________ le 1 er mars 2019, que le projet prévoit la méthanisation de 4'705 t par an de substrats, soit 1'838 t de fumier bovin et 2'678 t de fumier de cheval mélangés avec de la paille. Une notice d'impact sur l'environnement (ci-après: NIE), complétée et mise à jour à plusieurs reprises, pour la dernière fois en février 2019, accompagne également le projet.
Le 5 novembre 2019, après avoir recueilli les préavis des différents services de l'État concernés, le département a délivré à A.________ l'autorisation sollicitée. Le préavis du service cantonal de l'environnement et des risques majeurs (ci-après: SERMA) du 21 mai 2019 exige notamment du requérant la production auprès de l'Office cantonal de l'agriculture et de la nature (ci-après: OCAN), 30 jours avant toute intervention, des "contrats de prise en charge à prix coûtant issus du biogaz" (ch. 31).

C.

Par acte du 5 décembre 2019, les communes de Presinge, Puplinge et Choulex ont recouru ensemble au Tribunal administratif de première instance (ci-après: le TAPI) contre cette autorisation de construire. Par acte séparé du même jour, B.________, propriétaire de la parcelle n o 2'456 de la Commune de Presinge a également saisi le TAPI. Après avoir joint les causes et procédé à différents actes d'instruction, dont deux audiences de comparution personnelle et d'enquête, le tribunal a, par jugement du 8 mars 2022, déclaré irrecevable le recours interjeté par les communes de Choulex et de Puplinge et rejeté les recours de la Commune de Presinge et de B.________.
Le 2 mai 2022, les communes de Presinge, Puplinge et Choulex se sont pourvues contre ce jugement à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève. Par écriture séparée du même jour, B.________ a aussi recouru contre le jugement du 8 mars 2022. Par arrêt du 7 mars 2023, la Cour de justice a admis les recours, annulé le jugement du TAPI ainsi que l'autorisation de construire du 5 novembre 2019, estimant en particulier que ni la viabilité de l'exploitation au sens de l'art. 34 al. 4 let. c de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT; RS 700.1) ni la conformité du projet avec l'ordonnance sur la protection de l'air du 16 décembre 1985 (OPair; RS 814.318.142.1) n'étaient établies.

D.

Agissant par la voie du recours constitutionnel subsidiaire et celle du recours en matière de droit public, A.________ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt cantonal et de confirmer l'arrêt du TAPI ainsi que l'autorisation de construire. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département cantonal du territoire conclut à l'admission du recours. Les communes de Presinge, Puplinge et Choulex en demandent le rejet. B.________ conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Pour l'Office fédéral du développement territorial (ARE), également invité à se déterminer, l'arrêt attaqué ne prête pas le flanc à la critique. Le recourant réplique par trois écritures séparées sur chacune des réponses au recours et persiste dans ses conclusions. B.________ s'est encore déterminée le 14 décembre 2023, sans que cela ne suscite de plus ample réaction du recourant.

Considérant en droit :

1.

Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée, ce qui conduit à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 LTF; cf. JEAN-MAURIC FRÉSARD, in Commentaire de la LTF, 3 e éd. 2022, n. 31 ad art. 113 LTF). Le recourant a pris part à la procédure de recours devant la Cour de justice. En tant que destinataire du permis de construire notamment une installation de biogaz et propriétaire de la parcelle sur laquelle celle-ci est projetée, il peut se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Il bénéficie dès lors de la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public étant au surplus réunies, il convient d'entrer en matière.

2.

Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) et examine avec pleine cognition l'application du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Cela étant, et en vertu de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, les mémoires de recours doivent être motivés et contenir des conclusions. Il appartient à la partie recourante de discuter au moins brièvement les considérants de la décision litigieuse et d'expliquer en quoi ceux-ci seraient contraires au droit (art. 42 al. 2 LTF; ATF 142 I 99 consid. 1.7.1). Autrement dit, il doit exister un lien entre la motivation et la décision attaquée, dont les considérants doivent, au moins brièvement, être discutés (ATF 140 III 456 consid. 2.2.2). Les griefs de violation des droits fondamentaux sont en outre soumis à des exigences de motivation accrues (art. 106 al. 2 LTF), la partie recourante devant alors citer les principes constitutionnels qui n'auraient pas été respectés et expliquer de manière claire et précise en quoi ces principes auraient été violés (ATF 148 I 127 consid. 4.3). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF 147 IV 73 consid. 4.1.2).
Par ailleurs, le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, la partie recourante ne peut critiquer la constatation de faits que si ceux-ci ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. À défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 145 I 26 consid. 1.3; 142 III 364 consid. 2.4; 139 II 404 consid. 10.1). En outre, à teneur de l'art. 99 LTF, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.

3.

Dans une première partie de son mémoire, intitulée "Faits", le recourant commence par exposer longuement, sous forme d'allégués, son propre état de fait. Une telle argumentation, dans la mesure où elle s'écarte des faits établis dans l'arrêt attaqué ou les complète, sans qu'il soit indiqué, respectivement démontré que ceux-ci seraient manifestement inexacts ou arbitraires, est irrecevable (cf. ATF 147 IV 73 consid. 4.1.2; 140 III 115 consid. 2; 139 II 404 consid. 10.1).
Toujours au chapitre des faits, le recourant se prévaut encore de l'art. 99 LTF pour faire valoir des "faits nouveaux et preuves nouvelles". Là encore, il se borne à alléguer des faits ne ressortant pas des constatations cantonales sans toutefois expliquer en quoi ceux-ci auraient été arbitrairement ignorés par l'instance précédente, pas plus qu'il n'explique - alors que cette démonstration lui incombe également (cf. ATF 133 III 393 consid. 3; arrêt 1C_258/2023 du 12 juillet 2024 consid. 3.3) - en quoi ces faits répondraient à l'exception de l'art. 99 al. 1 in fine LTF, singulièrement qu'ils résulteraient de la décision de l'autorité précédente (à ce propos, cf. GRÉGORY BOVEY, in Commentaire de la LTF, 3e éd. 2022, n. 23 ss ad art. 99 LTF). Faute de répondre aux exigences de motivation du recours fédéral, ils sont également irrecevables. Le recourant répète encore ces faits dans les développements en droit de son mémoire, sans toutefois - là non plus, au mépris des exigences de motivation (cf. art. 106 al. 2 LTF) - démontrer l'arbitraire dans les constatations cantonales. Le Tribunal fédéral s'en tiendra partant aux faits établis par l'instance précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF).
À l'appui de son pourvoi, le recourant produit un bordereau et un onglet de 52 pièces. Dans la mesure où les pièces déposées ne ressortent pas du dossier cantonal et sont nouvelles, et qu'il n'est pas démontré qu'elles répondraient à l'exception prévue à l'art. 99 al. 1 in fine LTF, celles-ci sont irrecevables (art. 99 al. 1 i.i LTF).

4.

Sans que l'on comprenne ce qu'il entend en déduire, le recourant reproche à l'instance précédente de n'avoir pas formellement statué sur la qualité pour agir des communes de Choulex et Puplinge, niée par le TAPI dans son jugement du 8 mars 2022. On ne discerne toutefois pas en quoi il serait critiquable d'avoir laissé cette question indécise, dès lors que tant la Cour de justice que le TAPI ont reconnu la qualité pour agir de la Commune de Presinge, condition suffisante pour entrer en matière. Le recourant conteste ensuite également la qualité pour agir de cette dernière commune, se prévalant de la distance entre le village de Presinge et la construction projetée. Il reconnaît cependant que dès lors que le projet est situé sur son territoire, la commune jouit de la qualité pour recourir; elle n'aurait toutefois aucun intérêt digne de protection à l'annulation de l'autorisation. Il n'expose cependant pas que cette dernière condition ressortirait du droit cantonal de procédure (ce qui n'apparaît au demeurant pas être le cas, voir art. 145 al. 2 1ère phrase de la loi cantonale sur les constructions et installations diverses du 14 avril 1988 [LCI; RS/GE L 5 05]; cf. arrêt 1C_362/2011 du 14 février 2012 consid. 2.3.2; STÉPHANE GRODECKI, La qualité pour recourir des communes genevoises au Tribunal fédéral en droit de la construction, in RDAF I 2010, p. 251 i.f.) ni que celui-ci aurait en l'occurrence été appliqué arbitrairement. Le recourant ne discute enfin pas non plus la qualité pour recourir de l'intimée, pourtant reconnue par le TAPI, et sur laquelle n'est pas revenue l'instance précédente; cela scelle définitivement le sort de la présente critique.
Insuffisamment motivé, le grief est irrecevable.

5.

Le recourant se plaint encore d'une violation des art. 16a al. 1 et 22 al. 2 let. a de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700), de l'art. 34 al. 4 OAT ainsi que l'art. 1 al. 5 LCI. Il fait en substance grief à l'instance précédente de s'être écartée de l'appréciation du TAPI et d'avoir jugé que les données au dossier étaient insuffisantes pour vérifier la viabilité de l'exploitation au sens de l'art. 34 al. 4 let. c OAT.

5.1.

5.1.1. Aux termes de l'art. 22 al. 1 LAT, aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente. L'art. 22 al. 2 LAT prévoit que l'autorisation est délivrée si la construction ou l'installation est conforme à l'affectation de la zone (let. a) et si le terrain est équipé (let. b). Selon l'art. 16a al. 1bis LAT, les constructions et installations nécessaires à la production d'énergie à partir de biomasse ou aux installations de compost qui leur sont liées peuvent être déclarées conformes à l'affectation de la zone et autorisées dans une exploitation agricole si la biomasse utilisée est en rapport étroit avec l'agriculture et avec l'exploitation. Les autorisations doivent être liées à la condition que ces constructions et installations ne serviront qu'à l'usage autorisé. Le Conseil fédéral a précisé à l'art. 34a OAT les exigences que doivent remplir ces constructions et installations (arrêt 1C_164/2019 du 20 janvier 2021 consid. 4.1.1). Entre autres exigences, l'art. 34a OAT demande, à son al. 4, que les conditions de l'art. 34 al. 4 OAT soient remplies: l'autorisation ne peut être délivrée que si la construction ou l'installation est nécessaire à l'exploitation en question (let. a OAT), si aucun intérêt prépondérant ne s'oppose à l'implantation de la construction ou de l'installation à l'endroit prévu (let. b OAT) et s'il est prévisible que l'exploitation pourra subsister à long terme (let. c OAT).

5.1.2. Quant à l'art. 1 al. 5 LCI, également invoqué par le recourant, il porte sur les constructions de très peu d'importance dispensées d'autorisation de construire. Au vu de la nature et de l'ampleur du projet litigieux, on ne discerne pas que cette disposition de droit cantonal devrait s'appliquer dans le cas particulier; le recours est d'ailleurs muet sur ce point, si bien qu'il n'y a pas lieu de s'y attarder (cf. art. 106 al. 2 LTF).

5.2. La Cour de justice a examiné les différents éléments versés au dossier relatifs à la rentabilité du projet en lien avec l'art. 34 al. 4 let. c OAT. Elle a tout d'abord extrait du rapport C.________ du 1 er mars 2019, produit par le recourant, les éléments liés au financement du projet et au rendement énergétique escompté. Elle a également analysé le rapport de E.________ SA, déposé - dans sa version du 4 août 2020 - par la voisine intimée, et souligné les doutes émis par ses auteurs quant au rendement énergétique attendu d'un point de vue chimique et technique. La Cour de justice a également constaté que dans le préavis du SERMA du 21 mai 2019, faisant partie intégrante de l'autorisation de construire (cf. autorisation ch. 5), figurait une condition quant au prix de vente de l'électricité produite, exigeant la production à l'OCAN, avant le début des travaux, des "contrats de prise en charge à prix coûtant issus du biogaz" (préavis, ch. 31); quant à la valorisation de la chaleur produite, elle serait examinée dans une procédure séparée, ultérieure. À la lumière de ces éléments, la Cour de justice a retenu que les questions de l'utilisation de la chaleur produite, des prix de l'électricité ou de la chaleur avaient été abordées lors de l'examen de la demande par le département; elles n'avaient en revanche pas été "tranchées" par l'autorisation délivrée. D'autres éléments nécessaires ne figuraient pas non plus au dossier, le département n'ayant pas documenté son analyse. Or, en repoussant ces questions au-delà de l'entrée en vigueur de l'autorisation, la viabilité économique ne pouvait être établie; les conditions de l'art. 34 al. 4 OAT n'étaient ainsi pas remplies.

5.3. Le recourant conteste cette appréciation. Selon lui, le projet litigieux ne présenterait pas une importance suffisante pour justifier un "examen particulièrement détaillé au sens de la jurisprudence", la capacité de traitement du projet - de 4'705 t - étant inférieure "à la limite des 5'000 tonnes"; la Chambre administrative aurait ainsi appliqué "de manière inappropriée et arbitraire des critères d'appréciation erronés".

5.3.1. La limite que mentionne le recourant figure en réalité au ch. 21.2a de l'annexe à l'ordonnance relative à l'étude d'impact sur l'environnement du 19 octobre 1988 (OEIE; RS 814.011) et indique au-delà de quelle capacité de traitement l'installation est soumise à étude d'impact sur l'environnement (EIE), voire découle de la jurisprudence exigeant, à certaines conditions, qu'un projet, même conforme à la zone agricole, fasse préalablement l'objet d'une planification spéciale (cf. arrêt 1C_321/2019 du 27 octobre 2020 consid. 2.6); ces problématiques ne sont toutefois pas directement pertinentes pour l'issue du litige. On ne peut en revanche pas, contrairement à ce que semble soutenir le recourant, en déduire qu'un projet d'une capacité inférieure à 5'000 t ne devrait faire l'objet que d'un examen allégé. L'art. 34 al. 4 let. c OAT ne prévoit du reste pas une telle limite et la jurisprudence commande un examen concret et précis dans chaque cas particulier, en tenant compte de la structure et de l'importance de l'exploitation ainsi que des circonstances locales (arrêt 1C_535/2008 du 26 mars 2009 consid. 4.1 et les références), si possible par l'établissement d'un plan de gestion (ATF 133 II 370 consid. 5; arrêt 1C_157/2009 du 26 novembre 2009 consid. 3, in ZBl 112/2011, p. 217). Or, en l'espèce, le projet litigieux prévoit une installation d'engraissement de 5'000 m2 à laquelle sera jumelée une installation de méthanisation d'une capacité de 4'700 t (cf. NIE, p. 14 s.), devant prendre place hors de la zone constructible, de surcroît sur une parcelle figurant à l'inventaire des SDA; au regard de ces caractéristiques, il apparaît peu sérieux de prétendre que le projet serait de moindre importance et que la Cour de justice aurait appliqué "de manière inappropriée et arbitraire des critères d'appréciation erronés" en sanctionnant le défaut de contrats de vente d'électricité permettant de déterminer le rendement de l'installation au sens de l'art. 34 al. 4 let. c OAT.

5.3.2. Au sujet de ces contrats, on ne saurait pas non plus suivre le recourant lorsqu'il prétend que ceux-ci ne pourraient être conclus avant la délivrance d'une autorisation de construire. Outre qu'il se prévaut appellatoirement de faits ne ressortant pas des constatations cantonales (cf. consid. 3 ci-dessus), on ne discerne pas ce qui empêcherait la conclusion préalable de contrats de livraison avec Swissgrid ou encore avec les Services Industriels de Genève (SIG), éventuellement, comme le suggère l'intimée, sous condition au sens des art. 152 ss CO [RS 220]. L'argumentation servie à ce propos n'est au demeurant guère compréhensible: le recourant avance que les lois auraient changé depuis le préavis du SERMA du 21 mai 2019; pourtant, à l'examen, l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2018 (RO 2017 6839), de la loi fédérale sur l'énergie du 30 septembre 2016 (LEne; RS 730.0), dont se prévaut le recourant, est manifestement antérieure à cette date. On ne perçoit pas non plus en quoi l'obligation de reprise et de rétribution prévue à l'art. 15 LEne pallierait l'absence d'éléments suffisants pour déterminer la subsistance à long terme au sens de l'art. 34 al. 4 let. c OAT, la loi ne fixant pas la quotité de la rétribution, se limitant à exiger que celle-ci soit appropriée (art. 15 al. 1 LEne; voir également, art. 15 al. 3 let. a à c LEne); il en est d'ailleurs de même de l'art. 21A de la loi cantonale sur l'énergie du 18 septembre 1986 (LEn; RS/GE L 2 30), dont l'al. 2 exige que les conditions de reprise soient fixées par contrat entre les parties; or c'est précisément l'absence d'un tel contrat qui est sanctionnée, si bien que l'argument - servi de surcroît sans aucune motivation - n'apparaît pas pertinent et d'autant moins sérieux que la disposition invoquée a été abrogée le 1er janvier 2009 (cf. Mémorial du Grand-Conseil genevois [MGC] 2007-2008/X A 10197).
Enfin, s'agissant du nouveau système de soutien prétendument prévu depuis le 1er janvier 2023, il apparaît aux dires mêmes du recourant que celui-ci suppose une demande formulée après la délivrance d'une autorisation de construire, si bien qu'on ne discerne pas, faute à nouveau d'explications dans le recours, que cet aspect assouplirait l'examen de la subsistance à long terme exigé par l'art. 34 let. c OAT; rien ne permet d'ailleurs à ce stade de conclure que l'installation litigieuse répondrait aux critères de l'annexe 1.5 à l'ordonnance sur l'encouragement de la production d'électricité issue d'énergies renouvelables du 1er novembre 2017 ([OEneR; RS 730.03]; voir également annexe 5 à l'OEneR) pour bénéficier d'un tel soutien.

5.3.3. Le recourant critique ensuite longuement le rapport E.________, singulièrement les compétences de son auteur, et reproche à l'instance précédente d'avoir accordé crédit à cette expertise pour remettre en cause les conclusions du rapport C.________. Il reproduit ensuite certains chiffres figurant dans ce dernier rapport pour en conclure appellatoirement que le rendement du projet devrait être confirmé. Cette argumentation est vaine pour les motifs exposés ci-dessus: faute de connaître la teneur des contrats de revente d'électricité et les tarifs de reprise, l'examen de la viabilité au sens de l'art. 34 al. 4 let. c OAT n'est pas possible. De surcroît, de l'aveu même de ses auteurs, le rapport C.________ doit être considéré comme "un rapport sommaire ayant le caractère de document technique, économique et financier basé sur des données générales et réelles". Par ailleurs et contrairement à ce qu'affirme le recourant, la Cour de justice n'a pas favorisé le rapport E.________ au détriment du rapport C.________: comme l'explique pertinemment l'intimée, ces rapports traitent d'aspects différents du projet; si le rapport C.________ traite, on l'a vu, d'aspects économiques, le rapport établi par le bureau E.________ aborde des aspects chimiques et techniques que la Cour de justice pouvait apprécier dans le cadre de son examen d'ensemble du projet. L'instance précédente s'est au demeurant contentée d'émettre des doutes quant au potentiel méthanogène des intrants - en raison de la présence de paille - et donc du rendement thermique et électrique de l'installation (cf. rapport E.________, ch. 9 p. 26), sans toutefois condamner le projet pour ce motif. Le recourant fait enfin grand cas de la position du bureau d'ingénieurs D.________ SA, consulté par le département en cours d'instruction; cette intervention n'est toutefois pas documentée si bien qu'elle n'est à ce stade d'aucun secours pour l'examen de la réalisation de la condition de l'art. 34 al. 4 let. c OAT.

5.3.4. En ce qui concerne la chaleur "thermique", nécessaire - aux dires du département - pour que l'installation soit rentable, le recourant se prévaut également du rapport C.________. Celui-ci envisage trois variantes: utilisation sur place pour le séchage de céréales; alimentation de la prison de Champ-Dollon par des conduites d'eau chaude; séchage de plaquettes en bennes (rapport C.________, p. 19). Or, de l'aveu même du recourant, le choix n'a pas encore été fait. S'agissant plus particulièrement de l'alimentation de la prison de Champ-Dollon, seule variante examinée et chiffrée dans le rapport, force est de constater que sa faisabilité n'est à ce stade pas établie. La réalisation de cette variante suppose en effet la création d'une conduite d'une longueur de 1,2 km traversant une route cantonale ainsi que plusieurs parcelles; au vu des différents intérêts en présence que cela implique, il faut concéder à la Cour de justice que l'issue de la procédure d'autorisation n'est pas assurée. Dans ces conditions, il n'est sous cet angle pas non plus possible de déterminer si le projet est conforme à l'art. 34 al. 4 let. c OAT. Il n'est ainsi pas contraire au droit fédéral d'avoir jugé que la condition de la subsistance à long terme au sens de l'art. 34 al. 4 let. c OAT n'avait pas été établie à satisfaction.
Le grief est en conséquence écarté.

5.3.5. La non-conformité du projet à l'art. 34 la. 4 let. c OAT suffit à confirmer l'arrêt attaqué, sans qu'il soit nécessaire d'examiner la question de la compatibilité de l'installation litigieuse avec l'OPair. Le Tribunal de céans relève néanmoins que cette problématique ne paraît pas non plus avoir été instruite. Le préavis du SERMA du 21 mai 2019, censé couvrir l'ensemble des problématiques environnementales (cf. préavis, rubrique "contexte", p. 1), indique que le Service cantonal de l'air, du bruit et des rayonnements non ionisants (SABRA), compétent pour la thématique de la protection de l'air, a été consulté; le préavis du SERMA - tout comme ses précédents préavis - n'en contient pas pour autant d'analyse sur la question de la protection de l'air, singulièrement des odeurs émanant de l'installation. De plus, la recommandation - au sens de l'annexe 2 à l'OPair - "Bases relatives aux odeurs et à leur propagation, nécessaires pour déterminer les distances à observer pour les installations d'élevage", éditée par l'Agroscope en mars 2018, pourtant pertinente pour l'examen de cette problématique (cf. arrêt 1C_333/2019 du 5 novembre 2021 consid. 3.1), n'est pas mentionnée au nombre des bases légales et directives prises en considération pour l'établissement de la NIE de février 2019 (cf. NIE, ch. 5.1.1, p. 24). Le TAPI n'a du reste pas non plus procédé à une instruction ultérieure de cet aspect du projet. Le recourant ne discute d'ailleurs pas réellement le caractère incomplet du dossier; aux termes d'un long et appellatoire argumentaire, il prétend en revanche démontrer que son projet serait matériellement conforme aux exigences de l'OPair. Bien qu'il s'agisse de droit fédéral (cf. art. 106 al. 1 LTF), le Tribunal fédéral ne saurait se saisir de cette question, faute de disposer des faits pertinents nécessaires à son examen (cf. ATF 142 I 155 consid. 4.4.3; arrêt 1C_434/2022 du 25 août 2023 consid. 5.1), certains - à l'instar de la distance des constructions à proximité - étant d'ailleurs encore expressément discutés par les parties au gré de leurs écritures devant la Cour de céans.

6.

Se plaignant d'arbitraire, le recourant reproche encore à la Cour de justice d'avoir annulé l'autorisation de construire; selon lui, elle aurait à tout le moins dû renvoyer la cause aux instances cantonales pour instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Cette question relève cependant de l'application du droit cantonal de procédure (cf. arrêt 1C_227/2023 du 15 avril 2024 consid. 7.1). Or le recourant ne fournit à ce sujet aucune motivation: il ne prend ni la peine de citer la disposition applicable ni de démontrer que le droit cantonal instituerait une priorité en faveur du renvoi, encore moins que la Cour de justice aurait abusé de son pouvoir d'appréciation. Pour ce motif, le grief doit être déclaré irrecevable (cf. art. 106 al. 2 LTF). Quoi qu'il en soit, au regard des carences du dossier, qui portent sur un aspect essentiel pour juger de la conformité du projet au droit fédéral, il n'apparaît pas indéfendable d'avoir annulé l'autorisation de construire; cela est d'autant plus vrai que ces carences ne relèvent pas à strictement parler d'une instruction complémentaire par l'autorité, mais supposent certaines démarches qu'il appartient au recourant d'entreprendre - en lien notamment avec les contrats de vente d'électricité ou encore la valorisation de la chaleur "thermique" - s'il entend persister dans son projet.

7.

En définitive, les considérants qui précèdent conduisent à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire et au rejet du recours en matière de droit public, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). L'intimée, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens (art. 68 al. 2 LTF). Les communes de Presinge, Puplinge et Choulex n'y ont en revanche pas droit (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

1.

Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.

2.

Le recours en matière de droit public est rejeté dans la mesure où il est recevable.

3.

Les frais de justice, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.

4.

Une indemnité de 3'000 fr. est allouée à l'intimée, à titre de dépens, à la charge du recourant.

5.

Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et des communes de Presinge, Puplinge et Choulex, au Département du territoire de la République et canton de Genève, à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève, à l'Office fédéral du développement territorial ainsi qu'à l'Office fédéral de l'agriculture.

Lausanne, le 3 septembre 2024

Au nom de la I re Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Kneubühler

Le Greffier : Alvarez