1A.232/2006

{T 0/2}
1A.232/2006 /taa

Arrêt du 10 avril 2007
Ire Cour de droit public

Composition
MM. les Juges Féraud, Président,
Aeschlimann et Fonjallaz.
Greffière: Mme Truttmann.

Parties
X.________,
recourante,

contre

Y.________,
intimée,
Département du territoire de la République et canton de Genève, case postale 3918, 1211 Genève 3,
Conseil d'Etat de la République et canton de Genève, rue de l'Hôtel-de-Ville 14, 1204 Genève,
Tribunal administratif de la République et canton de Genève, case postale 1956, 1211 Genève 1.

Objet
constatation de la nature forestière, défrichement, plan localisé de quartier,

recours de droit administratif contre l'arrêt du
Tribunal administratif de la République et canton
de Genève du 19 septembre 2006.

Faits :
A.
Y.________ est propriétaire de la parcelle no xxx, de la Commune de Chêne-Bougeries, au lieu-dit "La Garance", comprise entre le chemin de la Chevillarde, le chemin Castoldi et la route de Malagnou.
Cette parcelle, d'une surface de 36'316 m2, est située en cinquième zone de construction, développement 3, au sens de l'art. 19 al. 3 de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 (LaLAT).
Une maison de maître datant de 1897 est érigée sur cette parcelle. Elle a reçu une valeur de classement lors du recensement architectural de la périphérie urbaine en 1991.
B.
D'après le plan établi par le Service des forêts le 15 juillet 2000, complété le 20 février 2006, différents peuplements boisés se trouvent sur la parcelle. Ceux-ci se divisent en quatre secteurs:
Le secteur n° 1 comprend un cordon boisé long de 150 mètres situé en bordure de la route de Malagnou, au sud de la parcelle. Marquant l'entrée de la ville, il revêt un grande signification paysagère. Composée d'essences indigènes (tilleul, frêne, pin, érable et épicéa), sa structure est complète et l'ambiance forestière du sous-bois et de l'étage intermédiaire est bien marquée. La largeur du cordon boisé varie entre 10 et 25 mètres et représente une surface d'un peu plus de 23 ares (2'339 m2). Le peuplement est âgé de plus de 50 ans et la lisière date de 30 ans;
Le secteur n° 2, d'une surface boisée de 429 m2, constitue un boqueteau développé naturellement autour de deux gros chênes. Il est traversé par un cheminement de parc. Également âgé de plus de 50 ans, le peuplement s'étend au maximum sur une largeur et une longueur de 30 mètres et se compose à 70 % d'érables, de frênes, de cerisiers, de tilleuls et de chênes et à 30 % d'ifs et de buis. Selon l'appréciation de l'inspecteur des forêts, il présente un intérêt significatif de structure paysagère (2/3), mais peu d'intérêt s'agissant des autres fonctions forestières (1/3).
Le secteur n° 3 se trouve au nord de la parcelle et représente une surface boisée totale de 2'076 m2. Il s'agit d'une lignée d'arbres, parfois double, d'une largeur de 9 à 14 mètres, qui évolue sur une longueur de 170 mètres. Composé pour 60 % de chênes et de frênes et de 40 % de marronniers, le peuplement est âgé de plus de 50 ans. Il ne comporte ni étage intermédiaire, ni sous-bois, mais sa structure paysagère est intéressante (2/3). Ses autres fonctions forestières sont de peu d'intérêt (1/3).
Le secteur n° 4 est constitué d'un cordon de chênes, de charmes et de frênes, d'une surface totale de 822 m2. Il est peuplé d'arbres de plus de 80 ans. D'une largeur de 4 à 6 mètres, il s'étend sur une longueur de 120 mètres. De même que le secteur n° 3, il ne comporte ni étage intermédiaire, ni sous-bois, mais sa structure paysagère est intéressante (2/3).
C.
En mai 1999, Y.________ a procédé à des coupes de bois sur sa parcelle, qui ont conduit l'association Pro-Ermitage (ci-après: Pro-Ermitage) à requérir l'intervention du département du territoire (ci-après: le département). Ce dernier a toutefois considéré que les coupes en question relevaient du simple entretien. Ces interventions ont néanmoins donné lieu à une sanction, au motif qu'elles avaient été effectuées à une période inopportune (période de nidification des oiseaux).
Le 22 juin 2000, le WWF Genève a sollicité de l'inspecteur cantonal des forêts l'ouverture d'une procédure de constatation forestière.
D.
Le 3 avril 2001, Y.________ a déposé auprès du département une demande de renseignements portant sur la construction de plusieurs immeubles de logements, d'un immeuble administratif, d'un garage souterrain de 373 places et d'un parking sur sa parcelle.
Un projet de plan localisé de quartier (ci-après: PLQ) a alors été élaboré. Celui-ci prévoit la construction d'un grand bâtiment administratif au sud de la parcelle, le long de la route de Malagnou. Ce bâtiment, à toiture partiellement végétalisée, a pour fonction de protéger du bruit les immeubles de logement prévus à l'arrière. Il est implanté en grande partie sur le secteur boisé n° 1, mais la lignée d'arbres se trouvant tout au bord de la route est conservée. La maison de maître est maintenue dans son gabarit. La construction de sept immeubles de logement de trois à cinq étages sur rez-de-chaussée, représentant un potentiel d'environ 130 appartements, est également prévue. L'emprise au sol des constructions projetées s'élève à 6'046 m2, pour la réalisation de 34'151 m2 de surface brute de plancher (dont plus de 20'000 m2 de logement), soit un indice d'utilisation du sol de 0,94. Des places de parc, essentiellement situées en sous-sol, sont prévues à raison de 1,3 places pour 100 m2 de logement (423 places). La réalisation de ces constructions implique la destruction des secteurs nos 1 et 2, ainsi que l'abattage d'arbres isolés, l'essentiel des arbres se trouvant à l'intérieur du parc, ainsi que l'intégralité des secteurs nos 3 et 4 étant néanmoins sauvegardés. Au nord de la parcelle, des plantations compensatoires d'une surface de 3'290 m2 sont projetées.
Une étude d'impact a simultanément été réalisée à ce projet. Les 31 octobre 2002 et 5 août 2003, le service cantonal de l'étude d'impact sur l'environnement a délivré un préavis favorable au projet.
Le 8 octobre 2003, Y.________ a déposé une demande de défrichement du secteur n° 1 auprès du département. A la même période, ce dernier a requis l'examen de la constatation forestière des secteurs boisés.
E.
Le PLQ a été mis à l'enquête publique du 28 novembre 2003 au 9 janvier 2004. Il a été adopté par le Conseil d'Etat le 2 février 2005.
Le 2 février 2005, le service des forêts a constaté la nature forestière du secteur no 1. Il l'a par contre niée s'agissant des autres secteurs. Par décision du même jour, le service des forêts a autorisé le défrichement du secteur n° 1.
F.
Le 7 mars 2005, Pro-Ermitage, E.________ et X.________ ont recouru auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre l'arrêté d'adoption du PLQ. Par acte séparé, ils ont également recouru contre les décisions du Service des forêts auprès de la Commission cantonale de recours en matière de constructions (ci-après: la Commission).
Le 5 avril 2005, le Tribunal administratif a suspendu la procédure relative à l'adoption du PLQ jusqu'à droit jugé sur la procédure pendante devant la Commission. Cette dernière a ordonné, par décision du 25 avril 2005, l'appel en cause de Y.________ dans la procédure.
Par décision du 12 septembre 2005, la Commission a rejeté le recours. Le 26 octobre 2005, Pro-Ermitage, E.________ et X.________ ont recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif.
Par arrêt sur partie rendu le 17 janvier 2006, le Tribunal administratif a déclaré le recours recevable et ordonné la reprise de l'instruction de la cause suspendue le 5 avril 2005, après avoir joint les procédures.
Par arrêt du 19 septembre 2006, le Tribunal administratif a rejeté le recours.
G.
Agissant par la voie du recours de droit administratif, X.________ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu par le Tribunal administratif le 19 septembre 2006 et cela fait, statuant à nouveau, de constater la nature forestière des secteurs n°s 1, 2, 3 et 4 situés sur la parcelle n° xxx de la Commune de Chêne-Bougeries, d'annuler l'autorisation de défrichement et l'arrêté du Conseil d'Etat statuant sur opposition au PLQ. Subsidiairement, elle demande de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle requiert en outre l'effet suspensif.
Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Conseiller d'Etat et le département concluent au rejet du recours. Y.________ s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et à la demande d'effet suspensif. Elle conclut préalablement à ce que la pièce n° 5 produite par X.________ soit écartée du dossier. Au fond, elle conclut à la confirmation de l'arrêt rendu par le Tribunal administratif le 19 septembre 2006. L'Office fédéral de l'environnement (OFEV) a déposé ses observations. Le Tribunal administratif ne s'est pas prononcé. Y.________ a admis intégralement la détermination de l'OFEV.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1.
La décision attaquée ayant été rendue avant le 1er janvier 2007, la loi fédérale d'organisation judiciaire (OJ) demeure applicable à la présente procédure de recours (art. 132 al. 1 LTF).
1.1 La décision attaquée, prise en dernière instance cantonale, porte sur la constatation de la nature forestière d'une surface boisée au sens de l'art. 10 LFo. Elle peut faire l'objet d'un recours de droit administratif conformément à l'art. 46 al. 1 LFo en relation avec les art. 97 et 98 lit. g OJ (cf. ATF 122 II 274 consid. 1a p. 277). Il en va de même s'agissant de la décision confirmant l'octroi de l'autorisation de défrichement au sens de l'art. 5 LFo (cf. ci-dessous consid. 3). A noter que le plan de quartier ne fait plus l'objet d'aucun grief à ce stade.
1.2 Selon l'art. 103 let. a OJ, la qualité pour recourir appartient à quiconque est atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Le recourant doit faire valoir un intérêt de droit ou de fait, c'est-à-dire être touché plus que quiconque par la décision attaquée. Tel est le cas en l'espèce: la forêt dont la recourante allègue l'existence se situe sur la parcelle directement voisine. Cela suffit pour reconnaître sa qualité pour agir, d'autant qu'en se prévalant de l'existence d'une forêt, elle entend également s'opposer aux constructions prévues par le plan de quartier.
1.3 Le recours de droit administratif peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'abus et l'excès du pouvoir d'appréciation (art. 104 let. a OJ). L'arrêt cantonal ayant été rendu par une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets, ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 105 al. 2 OJ).
1.4 Selon l'art. 47 LFo, les autorisations délivrées et les autres décisions prises sur la base de la LFo ne prennent effet que lorsqu'elles sont entrées en force. Par conséquent, le recours de droit administratif a, en vertu de la loi, effet suspensif, en ce sens que sont interdites, durant la procédure, toutes les modifications apportées au bien-fonds litigieux qui ne seraient pas admises s'il était de nature forestière (ATF 119 Ib 302). La requête d'effet suspensif formulée par la recourante est dès lors sans objet.
2.
2.1 En l'espèce, seuls sont litigieux les secteurs nos 2, 3 et 4, la nature forestière du secteur n° 1 n'étant pas remise en cause.
2.2 La notion de forêt est définie à l'art. 2 al. 1 LFo; elle s'entend de toutes les surfaces couvertes d'arbres ou d'arbustes forestiers à même d'exercer des fonctions forestières, sans égard à leur origine, à leur mode d'exploitation ou aux mentions figurant au registre foncier. Sont assimilés aux forêts, les forêts pâturées, les pâturages boisés, les peuplements de noyers et de châtaigniers (art. 2 al. 2 let. a LFo), les surfaces non boisées ou improductives d'un bien-fonds forestier (art. 2 al. 2 let. b LFO), ou encore les bien-fonds faisant l'objet d'une obligation de reboiser (art. 2 al. 2 let. c LFo). En revanche, ne sont pas considérés comme forêts les groupes d'arbres ou d'arbustes isolés, les haies, les allées, les jardins les parcs et les espaces verts, les cultures d'arbres en terrain nu destinées à une exploitation à court terme ainsi que que les buissons et les arbres situés sur ou à proximité immédiate des installations de barrage (art. 2 al. 3 LFo). Dans le cadre de la législation d'exécution qui leur appartient d'adopter (art. 50 LFo et 66 OFo), les cantons peuvent, dans les limites fixées par le Conseil fédéral, préciser la largeur, la surface et l'âge minimaux que doit avoir un peuplement sur une surface conquise par la forêt ainsi que la largeur et la surface minimales que doit avoir un peuplement pour être considéré comme forêt (art. 2 al. 4 LFo). Le cadre précité a été fixé à l'art. 1 al. 1 OFo de la façon suivante: surface comprenant une lisière appropriée: de 200 à 800 m2 ; largeur comprenant une lisière appropriée: de 10 à 12 mètres; âge du peuplement sur une surface conquise par la forêt: 10 à 20 ans. Si le peuplement en question exerce une fonction sociale ou protectrice particulièrement importante, les critères cantonaux ne sont pas applicables (art. 1 al. 2 OFo et 2 al. 4 LFo). En ce qui concerne le canton de Genève, l'art. 2 al. 1 de la loi cantonale sur les forêts, du 20 mai 1999 (LForêts), a fixé les critères quantitatifs de la manière suivante: âge d'au moins 15 ans, surface d'au moins 500 m2 et largeur minimale de 12 mètres.
2.3 Dans un parc, le peuplement ne sert qu'au délassement et non pas à l'exploitation sylvicole; les espèces d'arbres et arbustes se distinguent souvent de celles qui poussent habituellement dans la même région; la surface est arrangée et entretenue en fonction des critères prévalant pour l'aménagement des espaces verts; on y trouve également souvent des installations caractéristiques des parcs telles que bancs, murets, allées, etc. On peut être en présence d'un parc au sens de l'art. 2 al. 3 LFo même si tous ces éléments - espèces exotiques, installations caractéristiques - ne sont pas réunis; il faut en outre tenir compte de la tendance actuelle consistant à donner un aspect naturel aux parcs. L'existence d'un jardin ou d'un parc doit donc être jugée sur la base de l'ensemble des circonstances. L'appréciation se fait de manière objective, car à la suite d'un défaut d'entretien, il se peut qu'un parc retrouve les caractéristiques d'un bien-fonds forestier, sans égard à l'état antérieur ou aux intentions initiales du propriétaire (ATF 124 II 85 consid. 4d/cc p. 93; 120 Ib 339 consid. 4a p. 342).
2.4 Le Tribunal administratif a retenu que les arbres de la parcelle en cause avaient été plantés volontairement par les anciens propriétaires, d'une part, pour former des coulisses boisées obstruant la vue des propriétés voisines et de la route (secteurs n°s 1 et 4), et, d'autre part, pour constituer un parc d'agrément et de promenade (secteurs n°s 2 et 3). Cette situation était également attestée par la diversité des essences dont certaines étaient d'ailleurs exotiques, et par les cheminements de parc qui traversaient la parcelle.
S'agissant plus particulièrement du secteur no 2, l'autorité cantonale a estimé que le bosquet était trop petit pour être qualifié de forêt. De par sa disposition, il conservait au demeurant une allure d'aménagement de parc, formant un îlot d'arbres et d'arbustes au milieu du gazon.
Le Tribunal administratif a également considéré que l'argument de la recourante selon lequel le propriétaire de la parcelle aurait procédé à des défrichements intempestifs de nature à influer sur la décision de constatation de la nature forestière du secteur no 2 ne ressortait nullement du dossier. Cette affirmation n'était corroborée ni par le Service qui, alerté à cette époque, avait procédé à un contrôle, ni par la structure même du bosquet, qui s'était formé indépendamment de la coulisse boisée du secteur no 1, autour de deux arbres qui n'en faisaient pas partie à l'origine.
L'autorité cantonale a relevé que, malgré la surface importante du secteur no 3, la largeur du cordon était inférieure à 12 mètres sur une longue partie, qui n'était, par endroits, constituée que d'une rangée d'arbres. Ce secteur ne comportait en outre pas d'étages intermédiaires et était constitué à 40 % de marronniers. Hormis sa structure paysagère d'intérêt significatif, le secteur ne présentait que peu d'intérêt relativement aux autres fonctions forestières.
Enfin, le secteur n° 4 ne pouvait être qualifié de forêt car il ne formait qu'une haie de 4 à 6 mètres de large, ne comportant pas d'étages intermédiaires, dont le degré de couverture n'était que de 20 % et dont les fonctions forestières présentaient peu d'intérêt.
2.5 Selon la recourante, le Tribunal administratif aurait arbitrairement affirmé que la thèse du défrichement intempestif n'était en rien corroborée par les éléments du dossier. Le secteur no 2, rattaché au secteur no 1, ne formerait dès lors qu'une seule et même forêt.
Il résulte en l'espèce de l'état de fait établi par l'autorité cantonale, auquel le Tribunal fédéral est lié (cf. consid. 1.3), qu'interpellé en 1999 suite aux prétendus défrichements illicites, le département a jugé que les coupes effectuées relevaient du simple entretien, ce que la recourante ne conteste du reste pas. Il n'existe dès lors aucune raison de remettre en cause cette décision.
La recourante se réfère au demeurant sans succès aux photographies produites sous pièce 7. En effet, celles-ci mettent au contraire en évidence que le secteur no 2 était clairement délimité des massifs boisés environnants en 1998 déjà, comme le relève également l'OFEV.
Les clichés produits par la recourante sous pièce 5 ne sont pas de nature à remettre en cause cette appréciation, ce d'autant plus que l'on ignore effectivement, comme le fait valoir l'intimée, à quelle date ils ont été pris. Dans ces conditions, le Tribunal administratif pouvait retenir que le secteur n° 2 n'avait pas à être rattaché au secteur no 1.
2.6 La recourante soutient ensuite que le secteur no 3 devrait être qualifié de forêt car sa largeur moyenne atteindrait 12,22 mètres. L'argument tiré de la présence de marronniers serait au surplus mal fondé car, même sous déduction des 40 % d'espèces non forestières, la surface atteindrait 1'254,6 m2. Enfin, l'absence d'étages intermédiaires serait liée aux défrichements illicites effectués en 1999.
S'agissant du secteur no 4, il aurait été artificiellement séparé du secteur no 3, toujours suite aux coupes effectuées en 1999. Seule l'étroitesse du boisement pourrait justifier de dénier la qualité de forêt à ce secteur.
2.7 La recourante perd de vue que le Tribunal administratif a dénié la qualité de forêt aux secteurs nos 3 et 4, non pas tant parce qu'ils ne remplissaient pas les critères qualitatifs et quantitatifs posés par la LFo, mais parce qu'ils devaient être considérés comme faisant l'objet de l'exception prévue par l'art. 2 al. 3 LFo. Les arguments de la recourante tombent donc à faux.
Dans ces secteurs, comme l'ont relevé à la fois le Tribunal administratif et l'OFEV, tous les boisés remplissent certes des fonctions paysagères et biologiques à des degrés divers, mais la volonté du propriétaire de la parcelle de contenir et d'orienter le développement naturel des boisements en vue d'augmenter les fonctions d'agrément de ceux-ci est identifiable.
L'OFEV a en effet souligné, suivant en cela les constatations faites par les autorités cantonales, qu'un important et régulier travail d'entretien semblait avoir été effectué depuis plusieurs années sur le secteur no 3. L'espace situé entre les secteurs nos 3 et 4 était en outre clairement distinct de ceux-ci de par la nature du sol, herbacé, dépourvu de semis d'essences forestières et entretenu de manière régulière.
Il n'existe, à la lecture du dossier cantonal, aucune raison de s'écarter de cette appréciation, qui est conforme à la législation forestière. La recourante n'avance du reste aucun élément qui pourrait conduire à une solution contraire.
Il résulte de ce qui précède que le Tribunal administratif a valablement considéré qu'une nature forestière ne saurait être attribuée aux secteurs nos 2, 3 et 4.
3.
L'art. 3 LFo pose le principe selon lequel l'aire forestière ne doit pas être diminuée. La forêt doit être conservée en tant que milieu naturel dans son étendue et dans sa répartition géographique (art. 1 al. 1 let. a et b LFo). Il faut en outre veiller à ce que la forêt puisse remplir ses fonctions, notamment protectrice, sociale et économique (art. 1 al. 1 let. c LFo, cf. ATF 119 Ib 397 consid. 4 p. 401 ss).
Les défrichements sont interdits en vertu de l'art. 5 al. 1 LFo. Ils sont admis moyennant une autorisation exceptionnelle (al. 2). Une telle autorisation ne doit être accordée que si le requérant démontre que le défrichement répond à des exigences primant l'intérêt à la conservation de la forêt (art. 5 al. 2 LFo) et si les conditions suivantes sont remplies: l'ouvrage pour lequel le défrichement est sollicité doit pouvoir n'être réalisé qu'à l'endroit prévu (art. 5 al. 2 let. a LFo), il doit remplir, du point de vue matériel, les conditions posées en matière d'aménagement du territoire (art. 5 al. 2 let. b LFo) et le défrichement ne doit pas présenter de sérieux dangers pour l'environnement (art. 5 al. 2 let. c LFo).
Ne sont pas considérés comme raisons importantes les motifs financiers, tels que le souhait de tirer du sol le plus gros profit possible ou la volonté de se procurer du terrain bon marché à des fins non forestières (art. 5 al. 3 LFo). Les exigences de la protection de la nature et du paysage doivent être respectées (art. 5 al. 4 LFo). A cela s'ajoute que tout défrichement doit être compensé en nature dans la même région (art. 7 al. 1 LFo).
Une autorisation de défricher constitue donc une exception dont la garantie est liée au strict respect des conditions légales posées. En l'espèce, la recourante conteste uniquement la pesée des intérêts opérée dans l'application de l'art. 5 al. 2 let. a LFo.
En principe, le Tribunal fédéral revoit ces questions librement. Il s'impose toutefois une certaine retenue; et ce surtout lorsque l'autorité compétente doit recourir à des notions juridiquement indéterminées, comme c'est le cas en l'espèce, et dispose donc d'une certaine liberté d'appréciation, mais également dans la mesure où des considérations locales ou des aspects liés à la planification doivent être pris en considération, pour lesquels les cantons sont compétents en premier lieu. Les points relevant de l'aménagement du territoire ne sont en principe pas revus librement dans le cadre d'une procédure de défrichement. L'examen de l'autorité porte sur le rapport entre l'intérêt à la conservation de la forêt et ceux découlant de l'aménagement du territoire dans son ensemble (ATF 119 Ib 397 consid. 5a p. 400, 115 Ib 131 consid. 3 p. 135 et les références citées).
Selon la jurisprudence, l'exigence de l'art. 5 al. 2 let. a LFo est relative et une pesée globale des intérêts doit être opérée dans chaque cas; à ce propos, les critères restrictifs de l'art. 24 al. 1 let. a LAT - concernant les dérogations pour les constructions hors des zones à bâtir - ne sont pas directement applicables, la localisation de l'ouvrage ne devant pas nécessairement s'imposer de façon absolue à l'endroit prévu (ATF 119 Ib 397 consid. 6a; 117 Ib 325 consid. 2; 113 Ib 340 consid. 3; 112 Ib 469 consid. 3c et les arrêts cités).
3.1 Le Tribunal administratif a considéré que l'implantation du bâtiment administratif permettait la construction d'un nombre plus important de logements qui, grâce à l'écran créé, pouvaient être rapprochés de la route. Cette avancée des constructions au sud autorisait la conservation de nombreux arbres isolés du parc, ainsi que l'intégralité des secteurs n°s 3 et 4. Des mesures de compensation étaient également prévues. Du point de vue écologique, le cordon à défricher était très exposé à la pollution et se trouvait pris entre une route à grand trafic et un terrain à bâtir. Tout le périmètre était donc déjà largement bâti. Il était au surplus notoire que les possibilités de construire des logements sociaux à Genève étaient extrêmement réduites et que la crise était sans précédent. Dans ces circonstances, il n'était pas contraire à la loi de conclure que le bâtiment situé sur la zone à défricher ne pouvait être réalisé qu'à l'endroit prévu et que le défrichement primait les exigences relatives à la conservation de la forêt.
3.2 Selon la recourante, la crise du logement serait en effet notoire à Genève. Le bâtiment destiné à être construit sur le secteur no 1 serait cependant un bâtiment commercial. Or, ce ne serait pas dans ce secteur qu'il y aurait pénurie à Genève. L'argument selon lequel le cordon forestier serait de toute façon exposé à la pollution ne serait pas pertinent, ce d'autant plus qu'il serait globalement sain. Le Tribunal administratif aurait pour le surplus pris à tort en compte la fonction anti-bruit assumée par le bâtiment administratif.
3.3 Bien que le bâtiment destiné à être construit sur le secteur no 1 soit effectivement de nature administrative, son édification rend précisément possible la construction de davantage de logements, qui font l'objet d'une crise notoire à Genève. En effet, selon une expertise commandée par le département et réalisée par le Service cantonal de protection contre le bruit et les rayonnements non ionisants, en l'absence du bâtiment administratif, les bâtiments C ainsi que la maison de maître se situeraient dans un secteur où les valeurs-limites applicables de DS II seraient largement dépassées et leur construction ne pourrait par conséquent pas être autorisée.
Il apparaît dès lors que l'implantation du bâtiment administratif autorise effectivement la construction de davantage de logements, qui plus est sans porter atteinte à l'arrière de la parcelle qui est partiellement boisé. Par les mesures de compensation prévues, une forêt d'une superficie en fin de compte supérieure à celle de la forêt existante au bord de la route de Malagnou pourra être constituée. Ce dernier lieu est au demeurant peu propice à la promenade, puisque très bruyant. A noter que la rangée d'arbres au bord de la route est de toute façon conservée. Comme le relève le Conseil d'Etat, le plan de quartier permet donc d'augmenter l'intérêt qualitatif et la valeur de l'aire de renaturation.
Le Conseil d'Etat a encore précisé que cette solution ménageait judicieusement les impératifs de la protection de l'environnement et ceux d'une urbanisation mesurée. Elle s'inscrivait dans le cadre d'une politique de mise en valeur des zones de développement par l'adoption d'un plan de quartier, dont la poursuite était indispensable pour permettre la construction de logements.
Par ailleurs, l'OFEV a observé que le défrichement prévu ne concernait que le 6 % de la surface de la parcelle en cause.
Au regard de ce qui vient d'être dit et à la retenue dont doit faire preuve le Tribunal fédéral en la matière, il apparaît que la pesée des intérêts globale effectuée par le Tribunal administratif n'est pas critiquable. Il n'y a donc pas lieu d'annuler l'autorisation de défrichement.
4.
Dans un dernier grief, la recourante soutient que le plan de quartier devrait être annulé et remplacé si les autres décisions qui en forment le fondement venaient à être mises à néant.
La recourante ne contestant - à juste titre - pas le principe de la coordination des procédures, son grief est sans objet. Il ne résulte en effet pas de l'arrêt attaqué que le plan de quartier subsisterait dans sa forme actuelle si l'autorisation de défrichement venait à être annulée.
5.
Il s'ensuit que le recours de droit administratif doit être rejeté. La recourante, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 153, 153a et 156 al. 1 OJ). Y.________ a droit à des dépens (art. 159 al. 2 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours de droit administratif est rejeté.
2.
Un émolument judiciaire de 4'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3.
Une indemnité de 2'000 fr., à payer à Y.________ à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties, au Département du territoire, au Conseil d'Etat et au Tribunal administratif de la République et canton de Genève ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 10 avril 2007
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: