Art. 80 Abs. 1, Art. 85 Abs. 1 und Art. 86 Abs. 2 KVG; Art. 4 Abs. 1 BV: Frist für den Einspracheentscheid. Mangels einer besonderen Bestimmung über die Frist, innert welcher der Krankenversicherer über eine Einsprache zu befinden hat, sind die von der Rechtsprechung im Zusammenhang mit ungerechtfertigten Verfahrensverzögerungen entwickelten Grundsätze anwendbar.
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A.- R., née en 1933, est assurée auprès de la Caisse-maladie SUPRA, notamment pour l'assurance obligatoire des soins. Elle souffre de la maladie d'Alzheimer et elle séjourne, depuis le 1er novembre 1996, dans l'établissement médico-social X. Pour ce séjour, la caisse a pris en charge un forfait dit "ambulatoire" de 60 francs par jour, conformément au tarif de la convention vaudoise d'hébergement médico-social.
Par lettre du 25 juin 1997, le mari de l'assurée a demandé à la caisse de verser pour son épouse les prestations prévues en cas d'hospitalisation, en lieu et place du forfait journalier de 60 francs.
A la suite d'un échange de correspondance entre les parties, la caisse a rendu une décision, le 6 octobre 1997, par laquelle elle a refusé d'allouer les prestations demandées.
Par écriture du 13 octobre 1997, le mari de l'assurée a formé opposition.
B.- Faisant valoir que la caisse tardait à statuer sur son opposition, R. a saisi le Tribunal des assurances du canton de Vaud par acte du 30 janvier 1998, remis à la poste le 10 février suivant. Elle concluait à ce que la SUPRA prît en charge ses frais de séjour dans l'établissement X, au titre de soins hospitaliers.
Par jugement du 14 septembre 1998, le tribunal des assurances a écarté préjudiciellement le recours. Il a considéré qu'il ne pouvait pas être saisi avant que la SUPRA ait statué sur l'opposition du 13 octobre 1997 et il a au surplus nié l'existence d'un retard injustifié assimilable à un déni de justice.
C.- R. interjette un recours de droit administratif dans lequel elle conclut à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue au fond.
La SUPRA conclut au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé à son sujet.
Considérant en droit:
1.a) Selon l'art. 80 al. 1 LAMal, lorsque l'assuré n'accepte pas une décision de l'assureur, celui-ci doit la confirmer par écrit, dans les trente jours à compter de la demande expresse de l'assuré. Toute décision peut être attaquée, dans les trente jours, par voie d'opposition auprès de l'assureur qui l'a notifiée (art. 85 al. 1 LAMal). Les décisions rendues sur opposition peuvent ensuite être attaquées par la voie du recours de droit administratif devant le Tribunal cantonal des assurances (art. 86 al. 1 LAMal). Le recours peut aussi être formé lorsque l'assureur n'a pas rendu de décision ni de décision sur opposition, en dépit de la demande de l'assuré (art. 86 al. 2 LAMal).
La loi n'impose à l'assureur aucun délai pour statuer sur l'opposition. La recourante soutient cependant que le délai de trente jours dans lequel une caisse est tenue de rendre une décision, conformément à l'art. 80 al. 1 LAMal, doit aussi s'appliquer aux décisions sur opposition. Saisi d'une opposition, l'assureur devrait statuer dans le même délai, car l'opposition constitue une demande de l'assuré pour qu'il soit statué sur ses droits dans un acte susceptible d'être déféré au juge.
b) L'art. 80 al. 1 LAMal est destiné à obliger un assureur-maladie, lorsqu'il existe un désaccord entre lui et un intéressé, à confirmer à bref délai sa position dans un acte formel qui doit notamment permettre au destinataire de la décision de déterminer exactement l'objet du litige, l'étape suivante étant alors la procédure de l'opposition, qui doit être formée dans un délai de même durée.
L'"opposition" ou la "réclamation" est une demande adressée à l'auteur d'une décision, dont elle vise l'annulation ou la modification ou tend à faire constater la nullité (GRISEL, Traité de droit administratif, p. 938). Elle constitue une sorte de procédure de reconsidération qui confère à l'autorité ayant statué la possibilité de réexaminer sa décision avant que le juge soit éventuellement saisi (ATF 123 V 130 sv. consid. 3a et les références citées). Du moment que la demande est adressée par une personne qui a qualité de partie, selon des exigences déterminées, à une autorité qui est obligée de statuer, l'opposition est un véritable moyen juridictionnel (ATF 123 V 131 consid. 3a; GRISEL, op.cit., p. 884; MOOR, Droit administratif, vol. II, p. 344, § 5.3.1.1; RHINOW/KOLLER/KISS, Öffentliches Prozessrecht und Justizverfassungsrecht des Bundes, no 587, p. 114 et no 1191, p. 229; KÖLZ/HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2ème éd., p. 169 ch. 566). En matière d'assurance-maladie, comme en matière d'assurance-accidents (voir l'art. 105 al. 1 LAA), la contestation éclate donc au moment où l'assuré forme son opposition; c'est à partir de ce même moment, d'ailleurs, que commence à courir le délai raisonnable dans lequel toute personne a droit à ce que sa cause soit entendue au sens de l'art. 6 par. 1 CEDH et qui couvre l'ensemble de la procédure, y compris la phase administrative ayant précédé la saisine du tribunal compétent (voir sur ce point la décision de la Commission européenne des droits de l'homme du 16 octobre 1996, JAAC 1998 no 122 p. 1010). Dans cette mesure, la procédure d'opposition fait partie du contentieux administratif au sens large (sur cette notion, voir MOOR, ibidem); en cela, elle se distingue de la procédure de prise de décision selon l'art. 80 al. 1 LAMal, dont elle n'est pas la simple répétition. Compte tenu de cette différence et en l'absence d'une norme qui obligerait l'assureur à se prononcer dans un délai déterminé sur l'opposition, on ne saurait appliquer, même par analogie, le délai de trente jours prévu par cette disposition.
La recourante s'appuie principalement sur l'avis d'EUGSTER (in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Krankenversicherung, note 1046 ad chiffre 411), qui ne peut toutefois pas être interprété en faveur de la thèse qu'elle soutient. Cet auteur considère, en effet, que le délai de trente jours fixé par l'art. 80 al. 1 LAMal a une simple valeur indicative pour la procédure d'opposition, en précisant bien qu'il peut être prolongé si des circonstances objectives le justifient (dans ce sens également, arrêt non publié O. du 29 mars 1999).
c) On ajoutera que le but de la procédure d'opposition est d'obliger l'assureur à revoir sa décision de plus près, parfois même en confiant l'examen du dossier à une autre personne que l'auteur de la décision contestée (ATF 123 V 131 consid. 3a, 118 V 186 sv. consid. 2b). Elle doit lui permettre, en particulier, de compléter au mieux le dossier, par des mesures d'instruction appropriées - souvent nécessitées par les nouveaux allégués de l'assuré - afin de décharger les tribunaux, ce qui est le but final recherché (MORGER, Das Einspracheverfahren im Leistungsrecht des Unfallversicherungsgesetzes [UVG], in: RSAS 1985, p. 241; MOOR, op.cit., vol. II p. 349 sv., ch. 5.3.2.2). Dans bien des cas, ce but ne pourrait pas être atteint si l'assureur était tenu, sous peine de commettre un déni de justice, de rendre sa nouvelle décision dans le délai - très bref - de trente jours à compter du dépôt de l'opposition.
L'argumentation de la recourante n'est dès lors pas fondée.
2.a) Il reste que la procédure d'opposition est soumise aux garanties de procédure de l'art. 4 al. 1 Cst. (voir à ce sujet RUMO-JUNGO, Das Verwaltungsverfahren in der Unfallversicherung, in: Schaffhauser/Schlauri (éd.), Verfahrensrecht in der Sozialversicherung, St. Gall 1996, p. 204 sv.), qui exige notamment qu'une procédure soit achevée dans un délai raisonnable (ATF 119 II 389 consid. 1b et les références; cf. aussi l'art. 29 al. 1 de la Constitution fédérale du 18 avril 1999). Ainsi, en l'absence de dispositions spéciales sur le délai dans lequel l'assureur-maladie doit statuer sur l'opposition, il faut appliquer les principes développés par la jurisprudence en matière de retard injustifié.
Il y a retard injustifié de la part de l'autorité lorsque celle-ci diffère sa décision au-delà de tout délai raisonnable. Le caractère raisonnable de la durée de la procédure s'apprécie en fonction des circonstances particulières de la cause. Il faut notamment prendre en considération l'ampleur et la difficulté de celle-ci, ainsi que le comportement du justiciable (ATF 119 Ib 325 consid. 5b et les références citées; RAMA 1997 no U 286, p. 339; SJ 1998, p. 247), mais non des circonstances sans rapport avec le litige, telle une surcharge de travail de l'autorité (ATF 108 V 20 consid. 4c, ATF 103 V 195 consid. 3c).
b) En l'occurrence, le mari de l'assurée a formé opposition le 13 octobre 1997. Il a notamment fait valoir qu'il existait une indication médicale pour l'hospitalisation de son épouse. Il alléguait, en outre, que l'établissement X répondait à la définition d'un établissement hospitalier, du fait que les soins y étaient donnés sous direction médicale et que l'établissement disposait du personnel et d'installations adéquates. Par un courrier du 27 novembre 1997, il a écrit à la caisse pour lui faire savoir qu'il attendait une décision jusqu'au 10 décembre 1997, faute de quoi il saisirait le tribunal des assurances. Cette correspondance a croisé une lettre du 26 novembre 1997, par laquelle la caisse informait l'opposant qu'elle avait demandé des renseignements médicaux complémentaires. Le 17 décembre 1997, la caisse a confirmé à celui-ci que ces renseignements complémentaires étaient indispensables.
On doit admettre que la nature de l'affaire justifiait une instruction assez approfondie de la part de la caisse, sur le plan médical notamment. Juridiquement, le litige posait en outre une question relativement complexe, à laquelle d'ailleurs le mandataire de la recourante a consacré plusieurs publications (par exemple DUC, Statut des assurés dans des établissements médico-sociaux selon la LAMal, in: RSAS 1996 p. 257 ss) et qui se situe dans le contexte d'un arrêt de principe que vient de rendre le Tribunal fédéral des assurances (ATF 125 V 177). Il s'est écoulé moins de quatre mois entre l'opposition et le recours devant le Tribunal des assurances. Cette durée n'apparaît pas excessive en regard des circonstances. L'appréciation du juge cantonal doit donc être confirmée.
Le recours de droit administratif est ainsi mal fondé.
3.(Frais judiciaires)