Eidgenössische Umweltschutzgesetzgebung und kantonales und kommunales Baurecht. 1. Eine Bestimmung eines kommunalen Zonenplans, die in allen Zonen Betriebe nachbarschädigender Art (von denen insbesondere Lärm-, Geruchs-, Rauchimmissionen und andere Gefahren ausgehen) verbietet, ist mit Inkrafttreten des eidgenössischen Umweltschutzrechts weitgehend gegenstandslos geworden und hat insofern keine selbständige Bedeutung mehr (E. 1b). 2. Aus der eidgenössischen Umweltschutzgesetzgebung ergibt sich eine Pflicht zur Koordination der Verfahren. Gemäss waadtländischem Recht hat die für die Spezialbewilligungen zuständige kantonale Behörde die Anwendung aller Bestimmungen über den Umweltschutz zu gewährleisten und die diesbezüglichen Bewilligungserteilungen zu koordinieren, welche dann grundsätzlich Gegenstand einer einheitlichen und gleichzeitigen Eröffnung durch die Gemeindeexekutive mit deren Baubewilligungsentscheid bilden (E. 2). 3. Fälle, in denen das kantonale und kommunale Recht im Verhältnis zum eidgenössischen Umweltschutzrecht eine selbständige Bedeutung bewahren kann (E. 3).
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La société Innomat SA a déposé le 29 septembre 1987 auprès de la Municipalité d'Yvonand, une demande de permis de construire en vue d'installer une usine de retraitement des matières plastiques sur la parcelle No 1871. Cette parcelle est comprise dans la zone industrielle A' du plan d'extension partiel "Aux Marais", approuvé par le Conseil d'Etat du canton de Vaud le 27 juin 1979. Selon l'art. 8 du règlement du plan d'extension partiel (ci-après RPEP ou règlement communal), cette zone est réservée aux établissements industriels, fabriques, entrepôts, garages ateliers ou industries, ainsi qu'aux entreprises artisanales. Le volume des constructions est limité à 5 m3 par mètre carré (art. 10 RPEP). La zone industrielle B du même plan est réservée aux établissements industriels, aux fabriques et aux entreprises artisanales non gênantes par leurs bruit, odeurs, fumées ou par les dangers qu'ils pourraient comporter (art. 11 RPEP). Dans le chapitre des dispositions applicables à toutes les zones, l'art. 21 du règlement communal prescrit encore que:
"dans toutes les zones, les entreprises pouvant porter préjudice au voisinage (bruit, odeurs, fumées, dangers, etc.) sont interdites, l'article 60 du règlement communal n'est pas applicable."
La Municipalité a mis la demande de permis de construire à l'enquête publique, qui a suscité plus de 200 oppositions. Elle a aussi transmis le dossier à l'autorité cantonale compétente pour statuer sur les autorisations spéciales requises. L'autorité cantonale a prescrit les conditions relevant du droit fédéral de la protection de l'environnement; en particulier, dans le domaine de la protection de l'air, elle a exigé une surélévation de 2,50 m de la hauteur des cheminées; en ce qui concerne la lutte contre le bruit, elle a fixé le degré de sensibilité des zones d'habitation situées dans le voisinage.
La Municipalité a refusé le permis de construire sur la base de l'art. 21 du règlement communal; elle a estimé, en outre, que la surélévation de la hauteur des cheminées nécessitait une enquête publique complémentaire. La Municipalité a notifié à Innomat la décision sur le permis de construire avec l'ensemble des autorisations cantonales spéciales. Innomat a recouru auprès de la Commission cantonale de recours du canton de Vaud contre le refus du permis de construire, et auprès du Conseil d'Etat du canton de Vaud contre la condition relative à la hauteur des cheminées. Après un échange de vues avec le Conseil d'Etat, la Commission cantonale a aussi été saisie du recours contre l'autorisation spéciale. L'autorité cantonale a modifié ensuite sa décision en remplaçant l'exigence concernant la surélévation des cheminées par des mesures techniques. Les opposants ont recouru auprès de la Commission cantonale contre cette décision.
La Commission cantonale a rejeté le recours d'Innomat par prononcé du 15 mars 1989. Elle a considéré que le projet n'était pas conforme à l'art. 21 du règlement communal en raison du bruit, des odeurs, des fumées et dangers que pourrait causer l'exploitation de l'usine. S'agissant du recours des opposants, elle a constaté qu'il devenait sans objet.
Innomat a formé contre le prononcé de la Commission cantonale un recours de droit public et un recours de droit administratif. Elle invoque à l'appui du recours de droit administratif que le droit fédéral de la protection de l'environnement prime l'art. 21 du règlement communal. Dans son recours de droit public, elle se plaint d'une application arbitraire de l'art. 21 du règlement communal. Le Tribunal fédéral a déclaré le recours de droit public irrecevable et a admis le recours de droit administratif.
Considérant en droit:
a) Selon les art. 97 OJ et 5 PA, le recours de droit administratif est ouvert contre les décisions fondées sur le droit public fédéral - ou qui auraient dû l'être - lorsque ces décisions émanent des autorités désignées à l'art. 98 OJ et que le recours n'est pas exclu par les art. 99 à 102 OJ (ATF 114 Ib 347 consid. 1, ATF 113 Ib 397 consid. 1b, ATF 112 Ib 165 consid. 1). Le recours de droit administratif est recevable notamment contre les décisions prises à tort en vertu du droit cantonal ou communal dans les domaines régis par le droit fédéral directement applicable (ATF 115 Ib 350 consid. 1b, ATF 114 Ib 216 consid. 1b, ATF 112 Ib 237 ss, ATF 109 Ib 144 consid. 2, voir aussi ATF 112 Ib 321 consid. 3). Il y a donc lieu d'examiner si l'autorité cantonale a appliqué le droit cantonal, respectivement communal, en lieu et place de la législation fédérale sur la protection de l'environnement.
b) L'art. 24septies Cst. donne à la Confédération la compétence générale de légiférer sur la protection de l'homme et de son milieu naturel contre les atteintes nuisibles ou incommodantes. Cette compétence n'est pas limitée aux principes (J.-F. AUBERT, Traité de droit constitutionnel suisse, supplément 1967-1982 p. 75 No 72). La loi fédérale sur la protection de l'environnement, adoptée en application de ce mandat constitutionnel, a été conçue notamment pour assurer la coordination des mesures de protection de l'environnement de la Confédération et des cantons grâce à une conception unifiée de la matière. Elle ne devait pas remettre en cause des dispositions déjà prises dans ce domaine par la Confédération ni les efforts entrepris par les cantons, mais plutôt les soutenir et les compléter. Le droit cantonal devait cependant être adapté au nouveau droit fédéral (message du Conseil fédéral relatif au projet de loi fédérale sur la protection de l'environnement, FF 1979 III p. 760).
aa) Jusqu'à l'entrée en vigueur de la loi fédérale, le 1er janvier 1985, les mesures des cantons en matière de protection de l'environnement relevaient essentiellement de l'aménagement du territoire (art. 3 al. 3 let. b LAT) et de la police des constructions (J. MATILE, A. BONNARD..., Droit vaudois de la construction, ad art. 123 LATC p. 202 ss). Les règles concernant la limitation quantitative des nuisances étaient alors intégrées dans les dispositions des plans d'affectation dont l'application était laissée à l'appréciation des autorités communales (par exemple, l'art. 21 RPEP).
bb) La loi fédérale sur la protection de l'environnement réglemente depuis lors la limitation des nuisances par l'introduction de valeurs limites objectives, fixées par voie d'ordonnances (art. 11 à 15 LPE). Les dispositions du droit cantonal ou communal, qui avaient pour seul but la limitation quantitative des nuisances, doivent être adaptées au nouveau droit fédéral et n'ont plus de portée propre, à l'exception des cas où une compétence cantonale est expressément réservée (ATF 115 Ib 386 consid. 1b, ATF 114 Ib 221 consid. 4a, ATF 113 Ib 399 consid. 3). La compétence des cantons est notamment réservée pour édicter des prescriptions plus sévères lorsque la fertilité du sol est menacée (art. 35 LPE) ou en cas d'immissions excessives dans le domaine de la protection de l'air (art. 5, 9 et 31 de l'ordonnance sur la protection de l'air du 16 décembre 1985, RS 814.318.142.1, Opair). Les cantons ne peuvent continuer à édicter ou appliquer leurs propres prescriptions en la matière qu'à titre transitoire, et seulement dans les limites fixées par l'art. 65 LPE.
cc) L'art. 21 du règlement communal a pour seule fonction la limitation quantitative des nuisances dans le périmètre du plan d'extension partiel "Au Marais". Il interdit dans toutes les zones (soit les zones industrielles A, A' et B) les entreprises pouvant porter préjudice au voisinage en raison du bruit, des odeurs, de la fumée ou des dangers qu'elles pourraient causer. Une telle disposition est devenue dans une large mesure sans objet par rapport au droit fédéral de la protection de l'environnement; en particulier, l'ordonnance sur la protection de l'air réglemente de manière beaucoup plus précise et complète la limitation des nuisances et fixe des mesures de contrôle concrètes et plus efficaces pour lutter contre la pollution de l'air (art. 12 à 16 Opair). La décision attaquée applique donc une disposition d'un plan d'affectation communal qui n'a plus de portée propre dans un domaine régi en grande partie par le droit fédéral directement applicable; elle peut donc en principe faire l'objet d'un recours de droit administratif lorsque, comme c'est le cas en l'espèce, aucune des causes d'exclusion du recours prévues aux art. 99 à 102 OJ n'est réalisée (ATF 115 Ib 352, ATF 114 Ib 216 consid. 1b, ATF 113 Ib 397 consid. 1b).
c) Seules les décisions appliquant les prescriptions cantonales en matière de protection de l'environnement qui ont conservé une portée propre par rapport au droit fédéral, notamment les dispositions cantonales sur les économies d'énergie, peuvent faire l'objet d'un recours de droit public. Il en va de même des décisions relevant du droit fédéral et cantonal de l'aménagement du territoire pour lesquelles le recours de droit administratif est exclu par l'art. 34 al. 3 LAT (ATF 115 Ib 386 consid. 1a, ATF 114 Ib 217 consid. 1c, 114 Ia 387 consid. 2). En l'espèce, la recourante dénonce dans son recours de droit public une application arbitraire de l'art. 21 du règlement communal, qui n'a plus de portée propre par rapport au droit fédéral. Le recours de droit public ne satisfait donc pas à l'exigence de subsidiarité posée à l'art. 84 al. 2 OJ; il est, partant, irrecevable (ATF 114 Ib 133 consid. 2).
2.a) L'usine de retraitement des matières plastiques projetée est soumise à l'étude de l'impact sur l'environnement au sens de l'art. 9 LPE. Cela résulte du chiffre 40.7 de l'ordonnance relative à l'étude de l'impact sur l'environnement du 19 octobre 1988 (RS 814.011, ci-après: OEIE ou ordonnance sur l'étude d'impact). L'étude d'impact doit permettre à l'autorité compétente pour autoriser le projet, d'apprécier la conformité de celui-ci aux prescriptions fédérales sur la protection de l'environnement (art. 3 al. 1 OEIE). Dans ce but, le requérant doit déposer, avec sa demande d'autorisation de construire, un rapport d'impact (art. 7 et 11 OEIE), qui est évalué par le service spécialisé de la protection de l'environnement (art. 13 OEIE). Lorsque la demande est pendante au moment de l'entrée en vigueur de l'ordonnance sur l'étude d'impact - ce qui est le cas en l'espèce - le dossier de la demande tient lieu de rapport d'impact, pour autant qu'il contienne les informations suffisantes pour permettre à l'autorité compétente de juger de la conformité du projet aux prescriptions fédérales sur la protection de l'environnement (art. 24 OEIE).
b) Les prescriptions fédérales sur la protection de l'environnement englobent non seulement la loi fédérale sur la protection de l'environnement et ses ordonnances d'exécution, mais aussi l'ensemble des dispositions de droit fédéral qui concourent à la réalisation du but constitutionnel de la protection de l'homme et de son environnement naturel contre les atteintes nuisibles ou incommodantes (art. 24septies Cst.). Il s'agit notamment des dispositions concernant la protection des eaux contre la pollution, la protection de la nature et du paysage, la sauvegarde des forêts, la chasse, la pêche (art. 3 al. 1 OEIE), ainsi que celles visant la protection des travailleurs (Message précité, FF 1979 III p. 757).
c) Les prescriptions fédérales sur la protection de l'environnement doivent être appliquées de manière coordonnée par les autorités cantonales qui désignent une autorité chargée de procéder à un examen global du projet, comme l'autorité compétente au sens de l'art. 5 al. 1 OEIE. L'autorité compétente doit en outre veiller à ce que les différentes autorisations requises pour la réalisation du projet fassent en principe l'objet d'une notification unique, qui en établisse la synthèse (ATF 116 Ib 57 consid. 4b; art. 3 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 2 octobre 1989, RS 700.1). La notification unique des différentes autorisations spéciales, coordonnées en première instance, implique aussi qu'une seule voie de recours soit ouverte contre les décisions faisant l'objet de la synthèse, auprès d'une seule autorité de recours qui puisse également procéder à l'examen de l'ensemble des intérêts en jeu (ATF 116 Ib 57 consid. 4b; ATF 114 Ib 351 ss consid. 4).
d) En droit vaudois, la coordination des différentes autorisations spéciales cantonales, dans le cadre du traitement d'une demande de permis de construire, est régie par les art. 104, 113 et 120 à 123 de la loi vaudoise du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (ci-après: LATC). La demande se rapportant aux autorisations spéciales est transmise avant l'ouverture de l'enquête publique aux départements intéressés (art. 113 al. 1 LATC). Elle fait l'objet de la même enquête publique que la demande de permis de construire (art. 122 al. 1 LATC). Dès la clôture de l'enquête, les oppositions sont communiquées aux départements intéressés par la municipalité (art. 113 al. 2 LATC). L'autorité cantonale statue, sans préjudice des dispositions relatives aux plans et aux règlements communaux d'affectation, sur les conditions de situation, de construction, d'installation et, le cas échéant, sur les mesures de surveillance. Elle fixe les mesures propres à assurer la salubrité et la sécurité, ainsi qu'à préserver l'environnement (art. 123 al. 1 et 2 LATC). Les autorisations spéciales sont communiquées à la municipalité qui procède à une notification unique aux constructeurs et aux opposants (art. 123 al. 3 LATC), avec sa décision sur la demande de permis de construire (art. 104 al. 2 LATC et 74 du règlement cantonal d'application de la LATC).
A l'exception des cas où le recours au Conseil d'Etat est réservé, les décisions de la municipalité sur les demandes de permis de construire et de l'autorité cantonale sur les autorisations spéciales - en particulier celles prévues à l'art. 120 let. c LATC - peuvent faire l'objet d'un recours auprès de la Commission cantonale (art. 15 LATC).
e) En l'espèce, le Département de l'industrie - autorité compétente pour statuer sur l'autorisation spéciale requise par la législation fédérale sur le travail - a coordonné les autres autorisations cantonales nécessaires; il a intégré dans sa décision les conditions fixées par le Laboratoire cantonal pour assurer le respect des prescriptions fédérales sur la protection de l'environnement en matière de protection de l'air et de lutte contre le bruit notamment. En outre, la Municipalité d'Yvonand a notifié à la recourante la décision sur le permis de construire et, simultanément, les autorisations cantonales. Cependant, il ne ressort pas du dossier que la Municipalité d'Yvonand ait communiqué à l'autorité cantonale compétente les oppositions soulevées lors de l'enquête publique (art. 113 al. 2 LATC), ni qu'elle ait notifié aux opposants les autorisations spéciales (art. 116 LATC applicable par le renvoi de l'art. 123 al. 3 LATC).
Les autorisations spéciales mentionnaient la voie du recours au Conseil d'Etat, qui n'a été utilisée par la recourante que pour contester la condition relative à la hauteur des cheminées. Il est vrai que le Conseil d'Etat a transmis le recours à la Commission cantonale, déjà saisie par la recourante de la question du refus du permis de construire; en outre, la décision du Département de l'industrie modifiant l'exigence relative à la hauteur des cheminées a été notifiée au comité d'opposants qui a pu la contester devant la même autorité de recours. Mais la Commission cantonale n'a pas appliqué la législation fédérale sur la protection de l'environnement; elle n'a statué que sur la base de l'art. 21 du règlement communal qui, on l'a vu, est devenu en grande partie sans objet pour la limitation des nuisances dans les domaines de la protection de l'air et de la lutte contre le bruit.
Au surplus, la notification des autorisations spéciales à la recourante seule ne pouvait porter préjudice aux autres parties (A. GRISEL, Traité de droit administratif p. 877-878); elle ne devait pas empêcher la Commission cantonale de procéder à l'examen de l'ensemble des prescriptions du droit fédéral de la protection de l'environnement, déterminantes pour statuer sur le recours d'Innomat.
3.a) Pour juger des atteintes à l'environnement dont se plaignent les voisins, le droit fédéral de la protection de l'environnement est tout d'abord déterminant (art. 2 Disp.Trans.Cst.). La Commission cantonale doit donc examiner en premier lieu si le projet contesté répond à toutes les exigences de la loi fédérale sur la protection de l'environnement et de ses ordonnances d'application, ainsi qu'aux autres prescriptions fédérales qui se rapportent à la protection de l'environnement. Ce n'est qu'après avoir constaté la conformité du projet à ces prescriptions qu'elle peut déterminer si le droit cantonal ou communal, qui a conservé une portée propre par rapport au droit fédéral de la protection de l'environnement, fait obstacle au projet (ATF 114 Ib 214 ss, 344 ss).
b) Le Tribunal fédéral n'a pas exclu que les prescriptions cantonales et communales puissent encore avoir une portée propre, notamment en ce qui concerne la définition de l'affectation d'une zone dans laquelle seules les entreprises moyennement gênantes sont admises. Le droit fédéral de la protection de l'environnement ne traite en effet pas des aspects particuliers relevant de l'urbanisme, qui peuvent être déterminants pour définir le caractère d'un quartier; il ne s'occupe pas non plus des effets indirects d'une installation sur la planification locale ou l'infrastructure, ni des autres inconvénients pour les habitants des quartiers voisins, tels la mise en danger des piétons (ATF 114 Ib 222 consid. 5).
c) Il n'est cependant pas nécessaire de trancher cette question dans la présente espèce. La définition de l'affectation de la zone industrielle A' ne comporte en effet aucune restriction particulière quant aux types d'entreprises admis (art. 8 RPEP), mais fixe seulement des règles applicables aux dimensions des constructions, notamment à leur volume (art. 10 RPEP). Il en va différemment de la zone industrielle B, qui est expressément réservée aux entreprises non gênantes pour le voisinage (art. 11 RPEP). L'art. 21 du règlement communal ne définit pas les caractéristiques d'une zone particulière; il se borne à poser des règles générales concernant la limitation des nuisances, applicables à toutes les zones. Comme cela a déjà été exposé (consid. 1b), cette disposition n'a plus de portée propre par rapport à la législation fédérale sur la protection de l'environnement et elle doit être adaptée au nouveau droit fédéral.
4.a) Lorsque le Tribunal fédéral annule une décision pour violation du droit administratif fédéral, il peut soit statuer lui-même sur le fond, soit renvoyer l'affaire à l'autorité inférieure (art. 114 al. 2 OJ). Il peut se substituer à l'autorité cantonale et statuer sur le fond si les investigations sont suffisantes pour juger de l'application des prescriptions fédérales sur la protection de l'environnement.
b) En l'espèce, la recourante a produit des dossiers techniques selon lesquels l'installation serait conforme aux dispositions de la législation fédérale sur la protection de l'environnement. Cependant, le Département fédéral de l'intérieur met en évidence certaines lacunes en ce qui concerne les effluents gazeux, notamment en raison des mélanges possibles des matières plastiques, et les exigences sur le déversement des eaux usées. De plus, la question de la hauteur des cheminées n'a pas été résolue par la Commission cantonale; elle reste en suspens. Le dossier accompagnant le projet ne permet pas, en l'état, d'apprécier sa conformité à la législation fédérale sur la protection de l'environnement. Le Tribunal fédéral n'est donc pas à même de se substituer à l'autorité intimée et de rendre une nouvelle décision sur le fond (art. 114 al. 2 OJ); il doit par conséquent lui renvoyer la cause afin qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants du présent arrêt.