C/5682/2010

C/5682/2010

ACJC/221/2013

(1) du 22.02.2013 sur JTPI/11522/2012 ( OO ) , MODIFIE

Recours TF déposé le 15.04.2013, rendu le 10.07.2013, CONFIRME, 4A_208/2013

Descripteurs : ENTREPRISE; CONTRAT DE SOUS-TRAITANCE; HONORAIRES

Normes : CO.372; CO.373; CO.374

En faitEn droitPar ces motifs RÉPUBLIQUE ET CANTON DE GENÈVE POUVOIR JUDICIAIRE C/5682/2010 ACJC/221/2013 ARRÊT DE LA COUR DE JUSTICE Chambre civile du vendredi 22 fevrier 2013 Entre A_______SA, ayant son siège ______ à Genève, appelante d'un jugement rendu par la 21ème Chambre du Tribunal de première instance de ce canton le 13 septembre 2012, comparant par Me Grégoire Mangeat, avocat, rue du Marché 20, case postale 3465, 1211 Genève 3, en l'étude duquel elle fait élection de domicile, et B_______SA, ayant son siège ______ à Fribourg, intimée, comparant par Me Ridha Ajmi, avocat, boulevard des Pérolles 55, case postale 3, 1705 Fribourg, en l'étude duquel elle fait élection de domicile,

EN FAIT

1. Par jugement rendu le 27 août 2012, notifié à A______SA une première fois le 28 août 2012, puis une seconde fois le 17 septembre 2012 à la suite de la rectification de la date de la décision le 13 septembre 2012, le Tribunal de première instance a, après avoir préalablement rectifié la qualité de A______Sàrl en A______SA, condamné cette dernière à payer à B______SA la somme de 32'977 fr. 25 avec intérêts à 5% dès le 16 décembre 2009, prononcé à due concurrence la mainlevée définitive de l'opposition formée au commandement de payer, poursuite no 10 ______ X, condamné A______SA aux dépens, y compris une indemnité de procédure de 3'000 fr. valant participation aux honoraires d'avocat de B______SA et débouté les parties de toutes autres conclusions.
2. Par acte expédié le 27 septembre 2012 au greffe de la Cour, A______SA appelle de ce jugement. Elle conclut à son annulation et à l'octroi en sa faveur d'une indemnité équitable à titre de dépens.

B______SA conclut à la confirmation de la décision attaquée, à l'octroi en sa faveur d'une indemnité équitable à titre de dépens et à la condamnation de A______SA au paiement des frais de la procédure.

C. a. B______SA, dont le siège est à Fribourg, est une société active dans le domaine du bâtiment.

C______ et D______ en sont les administrateurs, avec signature individuelle.

b. A______Sàrl, dont le siège est à Genève - devenue A______SA le ______ par transformation au sens de la LFus, est également une société active dans le domaine du bâtiment.

E______ et F______ sont les administrateurs de la société anonyme, avec signature individuelle.

c. En date du 18 mai 2009, A______SA et B______SA ont signé un contrat de sous-traitance intitulé "contrat pose" pour l'exécution de travaux sur le chantier "Genève - G_______".

En qualité de sous-traitant, B______SA était chargée par A______SA - elle-même liée par un contrat avec H______SA - de réaliser des travaux portant sur le "bâtissage de cloisons, doublage et gaines y compris tous les détails, raccord et toutes sujétions selon plan de détails transmis, exécution hors jointage" pour le prix de pose "tout type de cloisons confondu à 31.-/m2 réel".

Les conditions générales intégrées au contrat prévoient notamment ce qui suit :

"1. Exécution et Mode de métré

(...) Une réception et un contrôle des travaux s’effectueront avant chaque paiement.

Les prix s’entendent selon les métrés contradictoires sur la base de prix unitaires de la liste annexée.

Seuls les travaux en régie dûment signés par la direction des travaux seront pris en compte, sur la base de CHF 50.-/h TTC. (...)

2. Mode paiement

Les demandes d’acompte seront établies sur la base d’un projet visé par notre société et selon les conditions de l’art. 1 au 25 de chaque mois.

Seuls les travaux réalisés seront pris en compte.

Un projet de facture sera établi 10 jours avant la fin estimée des travaux. Les métrés seront joints à ce document pour approbation.

Sur la base de ce projet, un métré contradictoire, ainsi qu’une réception des travaux seront effectués en présence des deux parties."

d. B______SA a fait parvenir à A______SA plusieurs documents intitulés "FACTURE" relatives à ce chantier, à savoir :

• Facture no D 0901 du 22 mai 2009 : 2’000 fr. HT pour le "montage d’une cloison côté cafétéria G______ niveau 1" pour 40 heures à 50 fr./h et 1'500 fr. HT pour le "montage d’une cloison côté réception G______ niveau 0" pour 30 heures à 50 fr./h, soit un montant total de 3'766 fr. TTC, payé par A______SA le 3 juin 2009.
• Facture no D 0902 du 27 mai 2009 : 4’000 fr. HT pour le "montage doublage couloir échafaudage niv. 0" pour 80 heures à 50 fr./h, soit 4'304 fr. TTC, payés par A______SA le 3 juin 2009.
• Facture no D 0903 du 26 juin 2009 : 16'000 fr. HT pour des "travaux effectués par 3 personnes", soit 17'216 fr. TTC, payés à hauteur de 16'140 fr. par A______SA le 2 juillet 2009.
• Facture no D 0904 du 24 juillet 2009 : 15’500 fr. HT pour "divers travaux effectués par 3 personnes" et 12'500 fr. HT pour le "doublage + cloisons posé au 2ème, 15ème et 16ème", soit un montant total de 30'128 fr. TTC, payé par A______SA le 3 août 2009.
• Facture no D 0905 du 31 août 2009 : 30'100 fr. HT pour "divers travaux effectués par 6 personnes" et 18'000 fr. HT pour le "doublage + cloisons posé au 2ème, 15ème, 16ème et 17ème" soit un montant total de 51'755 fr. 60 TTC, payé à hauteur de 34'400 fr. par A______SA le 4 septembre 2009.
• Facture no D 0906 du 29 septembre 2009 : 34'520 fr. 20 TTC pour des travaux effectués en août et septembre 2009, payés à hauteur de 30'000 fr. par A______SA le 8 octobre 2009. Les travaux effectués - aux étages 2, 4, 8, 13, 16 et 17 - y sont précisément décrits (type de travaux, temps consacré, tarif appliqué et sous-total). Selon B______SA, cette facture a été établie sur la base d'une note manuscrite non datée de I______ (pièce 27 appelant).
• Facture no D 0907 du 2 novembre 2009, 10'025 fr. 40 TTC pour des travaux effectués en octobre, non payés par A______SA. Les travaux effectués - aux étages 3, 4, 13, 16 et 17 - y sont également précisément décrits. e. Le 10 novembre 2009, B______SA a fait parvenir à A______SA un "décompte final pour le chantier G______", faisant état d'un solde à payer de 32'977 fr. 25. B______SA relevait en outre : "Votre proposition de frs 15'000.- présentée par M. I______ est incompréhensible et injustifiée. Nous avons accepté d’entrer en matière sur un certain nombre d’heures mais au maximum 20h et aussi sur le montant de garantie allant au maximum à frs 5'000.-, ce qui fait un montant de CHF 26'977.25 que nous vous demandons de verser sans délai." Ce courrier comportait une annexe intitulée "Métrage total G______" reprenant toutes les factures émises (D 0901 à D 0907) pour un montant total de 151'715 fr. 25 TTC, ainsi que les paiements effectués par A______SA (relatifs à D 0901 à D 0906) pour un montant total de 118'738 fr. et faisant apparaître le solde réclamé de 32'977 fr. 20. S'agissant de la facture du 26 juin 2009 (D 0903) portant sur un montant de 17'216 fr. TTC payée à hauteur de 16'000 fr et de la facture du 31 août 2009 (D 0905) portant sur un montant de 51'755 fr. TTC payée à hauteur de 34'400 fr., les travaux effectués y sont cette fois décrits (dates, type de travaux, temps consacré et sous-total). Est en particulier indiqué dans le descriptif des travaux effectués entre le 12 et le 18 août 2009 "Acompte pour métrage 2/15/16/17è [=] 18'000 fr.". f. Par courrier du 12 novembre 2009, A______SA a indiqué qu’elle considérait le document intitulé "Métrage total G______" comme n’étant pas "sérieux". Elle rappelait que le contrat de pose prévoyait une rémunération à 31 fr./m2 réel et qu'il ne s'agissait pas "d’un contrat de sous-traitance dans le vrai sens du terme". Elle indiquait en outre : "Jusqu’à ce jour, nous avons effectué divers paiements d’acomptes mensuels avec une grande promptitude, sans contrôle de quantité et de qualité du travail. Nous sommes aujourd’hui arrivés au terme de notre collaboration et donc au moment d’établir un décompte final et définitif. (...) Nous vous renvoyons donc votre décompte et nous vous faisons parvenir le décompte détaillé de vos travaux, établi par notre technicien. Vous remarquerez dans ce décompte qu’à ce jour vous nous êtes redevables d’un montant de CHF 25'404.36. Ce décompte n’est pas définitif car nous émettons une réserve sur d’autres travaux de pose que vous avez effectués sur ce chantier. Lorsque toutes ces réserves seront levées, nous vous ferons parvenir notre facture définitive avec son bulletin de versement. Toutes autres interventions de votre part comme évoquées dans votre lettre qui pourraient nous porter préjudice seraient interprétées comme tentative d’escroquerie, entraînant une plainte immédiate de notre part". Le décompte établi par A______SA comprend trois parties. La première partie intitulée "travaux selon métrés" fait état de travaux pour un montant total de 95'438 fr. HT, comptabilisés :
• à 31 fr./m2, respectivement à 41 fr. pour le "doublage KL étage 2",
• au mètre linéaire à 80 fr. pour les "caisson DIN" et "caisson 16ème", respectivement à 100 fr. pour les "piliers 16è et 17è" et
• à la pièce (13 pièces à 50 fr. et 72 pièces à 22 fr.). La deuxième partie intitulée "travaux complémentaires", fait état de travaux pour un montant total de 15'680 fr. HT, comptabilisés :
• à la pièce pour les "embrasure et caisson sur double porte, étage 17/18 raccord gaine 6, découpe doublage pour pose panneau plis",
• à 50 fr./h pour les "dépose châssis 16è, démontage cloison pour création bar, démontage, remontage plaque doublage noyaux et divers rhabillage sanitaire 13-8-4" et
• à 20 fr./m2 pour le "démontage cloison double porte étage 2 KL". Le montant total des deux premières parties s’élève à 119'562 fr. TTC, dont à déduire le montant total payé de 118'738 fr., faisant apparaître un solde à payer de 824 fr. 95. La troisième partie liste des montants complémentaires à porter en déduction pour une somme totale de 25'404 fr. 36 TTC concernant des travaux effectués par A______SA relatifs à des malfaçons, calculés sur la base de 78 à 85 fr./h, et un poste intitulé "suivi de vos monteurs par notre technicien" calculé sur la base de 80h à 110 fr./h.
  7. Par courrier du 16 décembre 2009, B______SA a mis A______SA en demeure de payer le solde de sa facture finale en lui impartissant un délai de 10 jours pour s'exécuter, sans succès.
  8. En date du 4 mars 2010, B______SA a fait notifier à A______SA un commandement de payer la somme de 32'977 fr. 25 avec intérêts à 5% dès le 16 décembre 2009, poursuite no 10 ______ X, fondé sur le "contrat de sous-traitance, chantier G______ - Genève, du 18 mai 2009", contre lequel A______SA a formé opposition le 11 mars 2010.
  9. Par courrier du 8 mars 2010, A______SA a adressé à B______SA une facture intitulée "G______ - Travaux à votre charge - effectués par nos soins" d’un montant total de 40'297 fr. 28 TTC, établie sur la base d’un décompte de A______SA. Celui-ci reprend les deux premières parties du décompte envoyé à B______SA le 12 novembre 2009; sa troisième partie est modifiée dans le sens que les montants à porter en déduction relatifs aux malfaçons sont chiffrés au montant réclamé, soit 40'297 fr. 27.
  10. Selon la correspondance produite, H______SA s'est plainte dès le mois d'octobre 2009 de défauts dans l'exécution des travaux confiés à A______SA. Les pièces produites ne permettent toutefois pas de déterminer si les malfaçons sont imputables à A______SA ou à B______SA.
  11. a. Par acte déposé le 17 mars 2010 au Tribunal de première instance, B______SA a assigné A______SA Sàrl en paiement de 32'977 fr. 25 et a sollicité le prononcé de la mainlevée définitive de l'opposition formée par A______SA au commandement de payer, poursuite no 10 ______ X, celle-ci devant dès lors aller sa voie.
  L'instance a été suspendue, sur requête des parties, entre le 1er octobre 2010 et le 15 septembre 2011. Une fois l'instance reprise, A______SA a conclu au déboutement de sa partie adverse, avec suite de dépens. b. B______ allègue que, peu après le début des travaux, il s’était avéré que le prix des tâches qui devaient lui être confiées (essentiellement en dehors des étages 14 à 17) devait être calculé sur la base d'autres méthodes de calcul que celle en m2, laquelle ne couvrait même pas les frais des travaux sous-traités, que immédiatement B______SA avait signalé au représentant de A______SA sur le chantier - I______ - que les travaux devaient être rémunérés à l'heure, que ce dernier avait manifesté l’accord de A______SA, tout en demandant à B______SA de noter les heures effectuées pour en discuter à la fin de chaque mois, ce qui avait été fait jusqu'à la fin de travaux. Cet accord avait été respecté et sur la base de chaque accord mensuel, des factures avaient été établies; plusieurs factures avaient été réglées par A______SA sur cette base. Lors de l'audience de comparution personnelle, C______ a précisé que le contrat avec A______SA portait sur 4 étages (14ème au 17ème) de l'immeuble de G______ à Genève et qu'il était convenu que son entreprise pose des cloisons et un doublage dans ces quatre étages. Pour ces travaux, il était convenu qu’un métré soit effectué et que la facturation soit faite sur cette base. Cet accord n'avait été remis en question par aucune des parties et le système de rémunération des travaux prévus à l'origine a été maintenu au système du mètre carré. Par la suite, d'autres travaux avaient été demandés, notamment au rez-de-chaussée (pose de cloisons provisoires), au 5ème, 6ème et 7ème et pour l’installation d’une gaine technique faisant toute la hauteur du bâtiment; pour ces travaux, il était convenu qu'ils soient payés en régie, à 50 fr./h. Pour ces travaux en régie, chaque fin de mois, D______ et I_____ se réunissaient et faisaient la liste du travail effectué. C’est sur la base de cette liste que les factures étaient établies. L'administrateur a assisté à certains de ces rendez-vous mensuels. C'était son associé qui avait établi les factures. Selon lui, les factures envoyées en fin de mois pour les travaux en régie étaient des factures et non des demandes d'acompte. En revanche, des demandes d'acomptes avaient bien été envoyées pour les travaux prévus contractuellement. Egalement entendu, D______ a confirmé qu'au début du chantier, A______SA avait demandé la réalisation de travaux supplémentaires que ceux convenus initialement. Il s'agissait d'élever une séparation entre les lieux du chantier et le restaurant de G______ qui devait rester fonctionnel pendant les travaux. L'accès au lieu de travail était très difficile, raison pour laquelle il avait été convenu de facturer le travail effectué à l'heure. Lorsque la séparation avait été terminée, D______ avait fait le point avec I______ et ils s'étaient mis d’accord sur le nombre d'heures effectuées. C’est sur cette base que la facture du 22 mai 2009 avait été établie. La place pour faire les travaux visés dans le contrat n'étant toujours pas accessible, A______SA avait également demandé à B______SA de mettre en place un couloir d'évacuation entre les nouvelles parties et l’ascenseur devant être payé à l'heure. Il s'était mis d'accord avec I______ sur le nombre d’heures effectuées et c'est sur la base de cet accord que la facture du 27 mai 2009 avait été établie. Toujours dans l’attente que l’espace soit libre pour faire les travaux prévus dans le contrat, B______SA avait effectué d'autres travaux complémentaires au contrat. La facture du 24 juillet 2009 portait sur des travaux initialement prévus - soit ceux à 12'500 fr. et des travaux supplémentaires - facturés en régie 15'500 fr. D______ a précisé que tant pour les travaux facturés aux métrés que pour ceux facturés en régie, un métré contradictoire avait été établi avec I______ et que les deux interlocuteurs s’étaient mis d’accord sur le montant facturé. D______ avait lui-même noté à la main le métrage et le montant convenu. I______ avait pris ce document pour vérifier la facture. La facture du 31 août 2009 portait également sur des travaux facturés aux métrés et en régie établie sur la base de la note manuscrite de I______ (pièce 27 intimée). La différence des montants (51'755 fr. 60 sur la facture, respectivement 57'167 fr. pour le décompte manuscrit) résultait du fait que les parties avaient convenu de réduire le montant à 51'000 fr. I______ lui avait indiqué que seuls 34'400 fr. avaient été payés en raison d'un manque de liquidités, mais que le solde serait payé en octobre 2009. La facture du 29 septembre 2009 avait été établie sur la base d'une note manuscrite établie par lui-même relative à des travaux effectués entre le 2 et le 25 septembre 2009. I______ lui avait indiqué que son solde serait payé en novembre 2009. S'agissant enfin de la facture du 2 novembre 2011 impayée, elle comportait notamment deux postes facturés au mètre carré sur la base de relevés contradictoires (cloison 16ème et moitié du métrage 3ème). De manière générale, D______ a déclaré que B______SA n'avait jamais fait de demandes de provision pour les travaux à venir. Une discussion intervenait en revanche chaque fin de mois, et une facture, pour le travail effectué, était établie. Entendu par le Tribunal en qualité de témoin, J______, plâtrier-peintre, a travaillé pour B______SA sur le chantier de G______ entre juin et septembre 2009, de manière irrégulière (parfois toute la semaine, parfois 2-3 jours de la semaine seulement). Il faisait partie d’une équipe de trois collaborateurs de B______SA et son travail consistait notamment à poser des cloisons. Sur le chantier, A______SA était représentée par I______ qui était tout le temps présent et donnait les ordres pour le travail à effectuer; il montrait les plans aux ouvriers le matin et leur disait quoi faire et contrôlait le travail; à midi et le soir, il relevait les métrés pour mesurer le travail effectué. Presque tous les jours, D______ et I______ contrôlaient ensemble le travail effectué; en particulier, ils calculaient ensemble les métrés, et ce même si le travail n'était pas terminé. Le témoin les avait parfois aidés à tenir le mètre pour faire les mesures. D______ et I______ notaient tous les deux des choses sur des papiers après avoir fait des mesures et se réunissaient pour des réunions mensuelles lors desquelles ils parlaient notamment de factures. Lors des réunions qui avaient lieu presque chaque jour, I______ et D______ paraissaient tout à fait d'accord sur les mesures, alors que lors des réunions mensuelles, ils ne semblaient plus s'accorder entièrement. Egalement entendu en qualité de témoin, K______, plâtrier-peintre, a été employé par B______SA comme stagiaire sur le chantier de G______ en mai et juin 2009. Il a déclaré avoir vu D______ et I______ discuter ensemble et prendre des mesures des murs et du travail effectué 3 ou 4 fois; ils n'avaient jamais l'air fâché. c. Contestant toute modification de l’accord relatif au mode de rémunération de la demanderesse, A______SA se réfère au contrat du 18 mai 2009, selon lequel les travaux effectués par B______SA devaient exclusivement être facturés :
• pour les travaux de cloisons, de gainage et de doublage sur la base d'un prix unitaire (31.-/m2), après que les métrés eurent été approuvés par ses soins et,
• pour les éventuels travaux confiés en régie (50 fr./h), sur la base de décomptes signés par ses soins. Faute d'établissement de métrés contradictoires et d’approbation des heures effectuées en régie, les documents intitulés "FACTURE" par B______SA constituent des demandes d'acomptes. Entendu en qualité de témoin par le Tribunal, I______, technicien chez A______SA, a contesté avoir établi des métrés contradictoires en fin de mois ou en fin de travaux, de même que la remise de métrés établis par D______ et le fait qu'ils auraient ensuite discuté contradictoirement. Il a précisé que c’était lui qui contrôlait, sur la base des métrés, que les "demandes d’acompte" correspondaient au travail effectué. A______SA faisait ensuite les paiements sur la base des instructions qu'il donnait sur les métrés. Il avait dit à D______ que certaines de ces demandes étaient excessives. Il a enfin contesté avoir vu le décompte manuscrit effectué par D______. S’agissant de la note manuscrite (pièce 27 appelant), il a indiqué l'avoir rédigée de sa main, mais ne plus se souvenir à quelle date et si ce document concernait la facture no D 0905 du 31 août 2009. Selon lui, il était usuel, dans le domaine de la construction, d'envoyer des demandes d'acompte en fin de mois pour les travaux effectués; à la fin du chantier, il devait y avoir une facture finale, sur la base d'un métré contradictoire, qui reprenait toutes les demandes d'acompte faites. Il était arrivé que A______SA anticipe sur les travaux en payant plus que ce qui était demandé, si B______SA avait besoin de liquidités. d. A l’issue de l’audience du 26 avril 2012, le Tribunal a déclaré les enquêtes closes et remis la cause pour plaider après enquêtes au 7 juin 2012. Le 1er juin 2012, B______SA a fait parvenir au Tribunal quatre décomptes manuscrits intitulés "décompte B______SA établi par A______Sàrl", relatifs aux factures des 22 mai, 26 juin, 31 août et 2 novembre 2009. Le Tribunal a constaté que l'écriture de ces décomptes ne correspondait pas à l'écriture de la note écrite par I______. Lors de l'audience de plaidoirie du 7 juin 2012, A______SA a contesté la force probante des pièces produites le 1er juin 2012, soulignant qu'il n'avait pas été établi que ces documents avaient été approuvés par A______SA. e. Dans son jugement, le Tribunal a, en substance, retenu, à l'instar des parties, que celles-ci avaient été liées par un contrat d'entreprise - plus précisément un contrat de sous-traitance - au sens des art. 363 ss CO. Ce contrat portait sur le "bâtissage de cloisons, doublages et gaines y compris tous les détails, raccord et toutes sujétions selon plan de détails transmis, exécution hors jointoyage". Il ne contenait aucune indication quant aux étages concernés. En outre, il ressortait des pièces produites que des travaux de "doublage" et de "pose de cloisons" - à savoir des travaux décrits dans le contrat - avaient été réalisés à d'autres étages que les étages 14 à 17, de sorte qu'on ne pouvait retenir, comme le soutenait B______SA, que seuls les travaux portant sur les étages 14 à 17 étaient visés par le contrat. Dès la signature du contrat et pendant les cinq mois qu'avait duré l'exécution des travaux, B______SA avait facturé, au fur et à mesure, la très grande majorité de ses prestations sur la base d'un taux horaire fixé à 50 fr. et non pas en se fondant sur les métrés effectués, sans que A______SA ne lui fasse part de son désaccord sur ce mode de procéder ou en sollicitant l'application du contrat. B______SA pouvait, de bonne foi, interpréter le comportement de A______SA comme une acceptation tant de l'établissement de factures intermédiaires, et donc de paiements partiels au sens de l'art. 372 al. 2 CO, que du mode de facturation proposé en dérogation du contrat. A______SA ne pouvait dès lors valablement remettre en cause ce mode de faire par courrier du 12 novembre 2009, en établissant un décompte se fondant quasi exclusivement sur les métrés de gaines et de cloisons posés ou en accusant B______SA de "tentative d'escroquerie" ou de "tentative d'intimidation". S'agissant du travail effectué, B______SA avait clairement facturé ses prestations à A______SA, à qui il appartenait de contester chaque poste qu'elle refusait de reconnaître. Cela n'ayant pas été fait, B______SA pouvait dès lors, également de bonne foi, interpréter le silence de A______SA, ainsi que les paiements intervenus, comme une acceptation des heures et du travail comptabilisés. E. L'argumentation des parties devant la Cour sera examinée ci-après, dans la mesure utile. EN DROIT

1. 1.1. Le jugement contesté ayant été rendu et notifié aux parties après le 1er janvier 2011, la procédure devant la Cour est régie par le nouveau droit de procédure (art. 405 al. 1 CPC). 1.2. La valeur litigieuse en cause étant supérieure à 10'000 fr. (art. 91 al. 1 CPC), seul un appel motivé et interjeté par écrit auprès de la Cour dans un délai de trente jours à compter de sa notification est recevable (art. 308 al. 1 et 2 et art. 311 CPC). Déposé en temps utile et selon la forme prescrite, le présent appel est donc recevable (art. 130, 131, 308 al. 1 let. a et 311 al. 1 CPC). La Cour revoit la cause avec un plein pouvoir d'examen (art. 310 CPC). Dans la mesure des conclusions prises en appel (art. 315 al. 1 CPC), la Cour applique la maxime des débats et le principe de disposition (art. 55 al. 1 et 58 al. 1 CPC).
2. Les parties ne contestent pas avoir été liées par un contrat d'entreprise - plus précisément un contrat de sous-traitance - au sens des art. 363 ss CO. S'agissant de l'objet du contrat, le raisonnement du premier juge - consistant à dire que rien ne permettait de retenir que le contrat visait uniquement des travaux portant sur les étages 14 à 17 - échappe à toute critique. En effet, le contrat ne contient aucune précision sur les étages concernés par les travaux sollicités. De plus, il ressort des pièces que des travaux tels que ceux décrits par le contrat ont été réalisés à d'autres étages.
3. La rémunération due à l'entrepreneur peut être calculée selon différents modes, à savoir sur la base d'un prix ferme (art. 373 CO) ou d'un prix effectif (art. 374 CO). 3.1. Lorsque le prix a été fixé à forfait, l'entrepreneur est tenu d'exécuter l'ouvrage pour la somme fixée, et il ne peut réclamer aucune augmentation, même si l'ouvrage a exigé plus de travail ou de dépenses que ce qui avait été prévu, sauf circonstances extraordinaires et imprévisibles (art. 373 al. 1 et 2 CO). 3.2. Si le prix n'a pas été fixé d'avance, ou s'il ne l'a été qu'approximativement, il doit être déterminé d'après la valeur du travail et les dépenses de l'entrepreneur (art. 374 CO). Le prix effectif peut être déterminé selon des tarifs professionnels, des prix "en régie" ou des normes professionnelles (CHAIX, op. cit., n. 10 ad art. 374 CO). 3.3. En l'espèce, le contrat du 18 mai 2009 prévoit la fixation du prix selon deux modes : une rémunération sur la base d'un prix ferme de 31 fr./m2 par métré contradictoire et une rémunération effective de 50 fr./h pour des travaux en régie dûment approuvés par la direction des travaux. Les parties ne remettent pas en cause leur accord sur ce point et s'accordent à dire qu'une partie des travaux a été réalisée en régie.
4. L'appelante reproche au premier juge d'avoir retenu que le contrat du 18 mai 2009 a été subséquemment modifié par les parties en ce sens que l'appelante aurait accepté l'établissement de factures intermédiaires et donc des paiements partiels au sens de l'art. 372 al. 2 CO, ainsi que le mode de facturation proposé par l'intimée en dérogation du contrat. Elle soutient que les "factures" no D 0901 à 0907 doivent être qualifiées de demandes d'acomptes, lesquelles ont été honorées partiellement ou entièrement par l'appelante après un examen approximatif de la rémunération prévisible des travaux effectués sur le chantier durant le mois en cause. La facture finale de l'intimée a été établie sans qu'il n'y ait, au préalable, eu d'accord relatif à l'établissement des métrés : l'intimée n'a pas transmis de décompte des métrés des travaux effectués à la fin du chantier et s'est contentée d'indiquer le montant des travaux contractuels, sans toutefois chiffrer le nombre de m2 effectué et sans avoir prouvé avoir réalisé les quantités d'unités indiquées dans sa facture. S'agissant des travaux en régie, aucun décompte d'heures de régie n'a été signé par l'appelante, ce que l'intimée ne conteste pas. L'appelante admet néanmoins que l'intimée a droit à une rémunération pour de tels travaux à hauteur de ce qu'elle a indiqué dans son décompte annexé à sa lettre du 12 novembre 2009. 4.1. Le prix est payable au moment de la livraison; si des livraisons et des paiements partiels ont été convenus, le prix afférent à chaque partie de l'ouvrage est payable au moment de la livraison de cette partie (art. 372 al. 1 et 2 CO). De par la loi, l'entrepreneur n'a pas de droit au paiement d'acomptes ou de paiements partiels sauf convention contraire, laquelle doit prévoir cumulativement des livraisons partielles et des paiements partiels. L'exigibilité du prix peut ainsi être fixée avant la livraison de l'ouvrage (acomptes, versements partiels) ou après la livraison (lors de l'envoi de la facture). Si l'entrepreneur réclame l'application de l'art. 372 al. 2 CO, il doit démontrer non seulement que des livraisons mais encore que des paiements partiels ont été convenus (arrêt du Tribunal fédéral 4A_306/2008 du 9 septembre 2008 consid. 4.1.1; GAUCH, op. cit., n. 1154; CHAIX, op. cit., n. 6, 10 et 19 ad art. 372 CO; ZINDEL/PULVER, Basler Kommentar, n. 3 et 21 ad art. 372 CO; BÜHLER, Zürcher Kommentar, n. 47 ad art. 372 CO). Les conventions contraires sur l’exigibilité du prix sont fréquentes et peuvent être expresses ou tacites. Ainsi, les parties peuvent convenir que le maître soit tenu de payer des "paiements préalables", payables avant que la prestation de l'entrepreneur ne soit fournie ou des "rétro-acomptes", exigibles en fonction des prestations déjà effectuées par l’entrepreneur. Ces acomptes doivent cependant être distingués des paiements partiels eu égard à leur caractère provisoire, en ce sens qu'ils sont versés pour être imputés sur la totalité de la rémunération. De tels acomptes se rencontrent notamment dans le contrat de construction, sans qu’on puisse pour autant parler d’un usage. La partie qui invoque une convention réglant la question de l'exigibilité différemment que dans la loi a la charge de cette preuve (GAUCH, op. cit., n. 1162 ss; CHAIX, op. cit., n. 21 ad art. 372 CO). La reconnaissance d'une facture par le maître se rapporte à la créance qu'elle contient : cette reconnaissance a le sens et les effets d'une reconnaissance de dette causale. Le simple paiement n'est pas un acte de reconnaissance. Cependant, le maître qui n'accepte pas le décompte qui lui est présenté doit contester chaque poste qu'il ne reconnaît pas (arrêt du Tribunal fédéral 4C_85/2005 du 2 juin 2006; GAUCH, op. cit., n. 1264 et 1266). 4.2. L'entrepreneur doit prouver l'existence de la modification du contrat, ainsi que le fait que des prestations qu'il a exécutées n'étaient pas comprises dans le forfait (arrêts du Tribunal fédéral 4A_183/2010 du 27 mai 2010 consid. 3.2 et 4A_291/2007 du 29 octobre 2007 consid. 4.3). 4.3. L'entrepreneur et le maître déterminent ordinairement ensemble les métrés - soit régulièrement à chaque étape des travaux soit uniquement à la fin - et reconnaissent réciproquement l'exactitude des métrés dans un document. Cette reconnaissance de métrés est une manifestation de pensée commune sur l'étendue de la prestation réalisée. Elle fait naître une présomption de fait que les métrés reconnus dans le document sont exacts. Le maître peut renverser la présomption de fait en apportant de simples contre-preuves sans avoir à prouver le contraire (GAUCH, op. cit., n. 921). 4.4. En l'espèce, les conditions générales du contrat du 18 mai 2009 prévoient, comme mode de paiement, que l'intimée devait établir, au 25 de chaque mois, des demandes d'acomptes pour les travaux réalisés, sur la base d'un projet visé par l'appelante, qu’un projet de facture serait établi dix jours avant la fin estimée des travaux (avec comme annexe les métrés joints pour approbation) et que, sur la base de ce projet, un métré contradictoire, ainsi qu'une réception des travaux seraient effectués en présence des deux parties (art. 2); chaque paiement devait être précédé par une réception et un contrôle des travaux (art. 1). 4.5. Nonobstant leur intitulé, les "factures" no D 0901 à 0907 ne sauraient formellement être considérées comme des factures, mais bien comme des demandes d'acomptes telles que prévues dans les conditions générales du contrat du 18 mai 2009. En effet, l'émission en cours de chantier de demandes d'acomptes correspond à la pratique développée dans le domaine de la construction. Le technicien de l'appelante, I______, a confirmé avoir traité ces documents comme des demandes d'acomptes. S'agissant des administrateurs de l'intimée, leurs déclarations divergent sur cette question : pour D______, il lui appartenait d'établir une facture lorsqu'une partie des travaux était achevée; pour C______, il s'agissait de factures concernant les travaux en régie et des demandes d'acomptes concernant les travaux à prix ferme. A réception des demandes d'acomptes, I______ a indiqué qu'il contrôlait que le montant correspondait approximativement à celui de la rémunération prévisible des travaux effectués et décidait du montant réel devant être payé sur la base de métrés qu'il effectuait. Or, il apparaît que si les deux premières "factures" (des 22 et 27 mai 2009 - D 0901 et 0902) ont été entièrement payées, tel n'a plus toujours été le cas dès la troisième facture (du 26 juin 2009 - D 0903). On comprend dès lors mal, à suivre l'intimée, pour quelle raison celle-ci aurait continué à réaliser des travaux pour l'appelante jusqu'à fin octobre 2009, alors que cette dernière n'avait pas payé l'intégralité des "factures" émises jusque-là et lui devait un solde de plus de 18'000 fr. en septembre 2009 déjà. En outre, d'une manière générale, les descriptifs des travaux des documents D 0901 à 0905 sont très imprécis et correspondent plus à des demandes d'acomptes qu'à des facturations partielles de prestations. A cela s'ajoute le fait que l'intimée a établi, le 10 novembre 2009, un décompte final détaillant les prestations comptabilisées dans les documents D 0901 à 0905, sur certains points, plus précis que lesdits documents, et qualifiant le montant de 18'000 fr. réclamé dans le document D 0905 d'"acompte". Par ailleurs, ce décompte contient tant les travaux effectués sur la base d'un prix ferme que ceux effectués en régie. Il ressort ainsi de ce qui précède qu'on ne saurait retenir que l'appelante a accepté l'établissement de factures intermédiaires et donc de paiements partiels au sens de l'art. 372 al. 2 CO en dérogation au contrat du 18 mai 2009, mais qu'il s'agit bien de demandes d'acompte telles que prévues par le contrat. 4.6. S'agissant du calcul de la rémunération, les demandes d'acomptes de l'intimée ont certes dû être établies sur la base de décomptes de métrés et/ou de régie faits par cette dernière. Elle n'a toutefois pas établi que ceux-ci avaient été dûment visés par l'appelante. Cette dernière a également dû établir des décomptes, puisqu'elle a indiqué que les acomptes réclamés étaient payés en tout ou partie sur la base d'estimations des travaux réalisés, estimations faites par son représentant sur le chantier. Les déclarations du témoin J______ le confirment : l'intimée et le représentant de l'appelante faisaient régulièrement des prises de métrés. Toutefois, rien ne permet de retenir qu'il s'agissait de métrés contradictoires (par opposition à des mesures individuelles, des vérifications courantes du travail effectué ou encore des études ou démonstrations du travail à effectuer), les décomptes manuscrits produits par l'intimée ne comportant aucune indication permettant de retenir que l'appelant les avait visés et acceptés. S'agissant en particulier du décompte établi de la main du représentant de l'appelante (pièce 27 intimée), celui-ci n'est pas daté, de sorte qu'on ne saurait exclure qu'il s'agisse d'une estimation faite avant la réalisation des travaux en question. Quand bien même on retiendrait que les demandes d'acomptes no D 0906 et 0907 - détaillant les prestations réalisées, contrairement aux demandes d'acomptes précédentes - sont suffisamment précises pour être considérées à la fois comme des demandes d'acomptes et des projets de décomptes devant être visés par l'appelante, il s'avère que cette dernière a précisément contesté ces deux demandes d'acomptes en refusant de les honorer en tout ou partie. Dès lors que l'intimée n'a pu établir que la quotité du travail (en métrés ou en régie) qu'elle soutient avoir effectué a été approuvée par l'appelante, qu'il n'existe pas de bons de régie signés par l'appelante et que l'intimée n'a pas transmis de décompte des métrés à la fin du chantier, on ne saurait retenir que l'appelante soit tenue à rémunérer l'entier du solde réclamé par l'intimée. Néanmoins, l'appelante a reconnu, dans ses décomptes annexés à ses courriers des 12 novembre 2009 et 8 mars 2010, qu'il existait un solde impayé de 824 fr. 95 dû à l'intimée pour les travaux effectués. S'il ressort en effet des pièces produites que H______SA s'est plainte de défauts d'exécution des travaux et a exigé la réparation de malfaçons, il n'est pas établi que ces défauts sont imputables à l'intimée et que l'appelante serait en droit de les mettre à la charge de la société sous-traitante. 4.7. Il ressort ainsi de ce qui précède que l'appelante doit un montant de 824 fr. 95 à l'intimée avec intérêts à 5% dès le 16 octobre 2009. Par conséquent, le chiffre 1 du jugement entrepris sera modifié en ce sens.
5. L'appelante obtient gain de cause dans une très large mesure, de sorte que l'intimée doit être considérée comme la partie succombante. 5.1. Lorsque l'instance d'appel statue à nouveau, elle se prononce sur les frais de première instance (art. 318 al. 3 CPC). L'intimée, qui n'obtient gain de cause que sur 2,5% de ses conclusions, sera condamnée aux dépens de première instance - dont les frais sont fixés à 2'900 fr. - y compris une indemnité de procédure d'un montant de 3'000 fr. valant participation aux honoraires d'avocat de sa partie adverse (art. 176 al. 1 et 2 et 181 al. 1 et 2 aLPC). 5.2. L'intimée sera également condamnée aux frais d'appel, arrêtés à 3'000 fr. (art. 104 al. 1, 105 al. 1 et 106 al. 1, 107 al. 1 let. f et 111 al. 1 et 2 CPC; art. 17 et 35 du Règlement fixant le tarif des frais en matière civile, du 22 décembre 2010 - RTFMC - E 1 05.10). Ces frais sont entièrement couverts par l'avance de frais de 3'000 fr. effectuée par l'appelante, laquelle demeure ainsi entièrement acquise à l'Etat. L'intimée sera dès lors condamnée à payer la somme de 3'000 fr. à l'appelante. L'intimée sera, par ailleurs, condamnée à verser à l'appelante la somme de 2'000 fr., débours et TVA inclus, à titre de dépens d'appel (art. 96 et 105 al. 2 CPC; art. 85 et 90 RTFMC; art. 25 et 26 LaCC).

PAR CES MOTIFS, La Chambre civile : A la forme : Déclare recevable l'appel interjeté par A______SA contre le jugement JTPI/11522/2012 rendu le 27 août 2012, et modifié le 13 septembre 2012, par le Tribunal de première instance dans la cause C/5682/2010-21. Au fond : Modifie le chiffre 1 du dispositif du jugement querellé. Condamne A______SA à payer à B______SA la somme de 824 fr. 95 avec intérêts à 5% dès le 16 octobre 2009. Annule le chiffre 3 du dispositif dudit jugement. Déboute les parties de toutes autres conclusions. Sur les frais : Condamne B______SA aux dépens de première instance, comprenant une indemnité de procédure de 3'000 fr. à titre de participation aux honoraires d'avocat de A______SA. Arrête les frais judiciaires d'appel à 3'000 fr. et les met à la charge de B______SA. Dit qu’ils sont entièrement compensés par l'avance de frais opérée par A______SA, laquelle est acquise à l'Etat. Condamne en conséquence B______SA à verser à A______SA 3'000 fr. à ce titre. Condamne également B______SA à verser à A______SA 2'000 fr. à titre de dépens d'appel. Siégeant : Monsieur Jean-Marc STRUBIN, président; Monsieur Grégory BOVEY et Madame Daniela CHIABUDINI, juges; Madame Barbara SPECKER, greffière. Le président : Jean-Marc STRUBIN

La greffière : Barbara SPECKER

Indication des voies de recours :

Conformément aux art. 72 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification avec expédition complète (art. 100 al. 1 LTF) par devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière civile.

Le recours doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14.

Valeur litigieuse des conclusions pécuniaires au sens de la LTF supérieure ou égale à 30'000 fr.