I.
Das kantonale Steueramt veranlagte die A AG mit Einschätzungsentscheiden vom 2. Juni 2004 für die Steuerperioden von 1. November 1999 bis 31. Dezember 2000 und 1. Januar bis 31. Dezember 2001 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. … bzw. Fr. … (je zum Steuersatz von 10,0 %) und mit einem steuerbaren Eigenkapital von Fr. … bzw. Fr. … (je zum Steuersatz von 1,5 0/00). Das Steueramt stellte sich auf den Standpunkt, die Pflichtige habe Auflage und Mahnung vom 29. September 2003 bzw. 13. April 2004 nicht vollständig erfüllt und dergestalt Verfahrenspflichten verletzt, so dass in Anwendung von § 139 Abs. 2 des Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG) der gesamte Reingewinn nach pflichtgemässem Ermessen zu schätzen sei. Diesen veranschlagte es für die Steuerperiode von 1. November 1999 bis 31. Dezember 2000 auf Fr. … bzw. für die Steuerperiode von 1. Januar bis 31. Dezember 2001 auf Fr. …, wobei es Zinsen auf verdecktem Eigenkapital von Fr. … bzw. Fr. … hinzurechnete. Das deklarierte Eigenkapital erhöhte es sodann um Fr. … bzw. Fr. …
Die hiergegen erhobenen Einsprachen wies das kantonale Steueramt mit Entscheiden vom 24. März 2005 ab und auferlegte der Pflichtigen die Verfahrenskosten.
II.
Die Pflichtige liess gegen beide Einspracheentscheide Rekurs mit dem Antrag erheben, es sei "das Anfechtungsobjekt […] vollumfänglich aufzuheben"; "insofern" sei für die Steuerperioden von 1. November 1999 bis 31. Dezember 2000 und 1. Januar bis 31. Dezember 2001 "ein Unternehmensverlust von Fr. …" bzw. ein Reingewinn von Fr. … sowie ein Eigenkapital von je Fr. … festzusetzen; zudem stellte sie das Begehren auf Zusprechung einer Parteientschädigung.
Die Steuerrekurskommission I hiess den Rekurs – und die von der Pflichtigen gleichzeitig erhobene Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer derselben Steuerperioden – am 14. September 2005 teilweise gut, hob die Einschätzungsentscheide vom 2. Juni 2004 und die Einspracheentscheide vom 24. März 2005 auf und wies die Sache zum Neuentscheid im Sinn der Erwägungen an den "Steuerkommissär", d.h. das kantonale Steueramt, "ins Einschätzungsverfahren" zurück; die Verfahrenskosten, in deren Rahmen sie eine einzige Staatsgebühr für das Rekursverfahren betreffend Staats- und Gemeindesteuern und das Beschwerdeverfahren betreffend die direkte Bundessteuer festlegte, auferlegte sie den Parteien – der Pflichtigen als Rekurrentin und Beschwerdeführerin sowie dem Staat Zürich als Rekursgegner und der Schweizerischen Eidgenossenschaft als Beschwerdegegnerin – je zur Hälfte und verweigerte der Pflichtigen die in beiden Verfahren beantragte Parteientschädigung. Die Kommission stellte im Wesentlichen fest, dass das kantonale Steueramt die Einschätzungen nicht hinreichend begründet habe, was dieses im zweiten Rechtsgang zu verbessern habe. Da der Ausgang des Verfahrens materiell noch unentschieden sei, seien die Kosten hälftig den Parteien aufzuerlegen und entfalle die Zusprechung einer Parteientschädigung.
III.
Mit Beschwerde vom 24. Oktober 2005 liess die Pflichtige dem Verwaltungsgericht beantragen, es sei das vorinstanzliche Dispositiv insofern neu festzusetzen, als die Rekurse (gänzlich) gutzuheissen seien, die Staatsgebühr für die Staats- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer gesondert festzulegen seien und die Kosten – die entsprechende Staatsgebühr und die Hälfte der "übrigen" Kosten – vollständig dem Rekursgegner aufzuerlegen seien. Darüber hinaus verlangte sie eine Parteientschädigung für das Rekursverfahren und das verwaltungsgerichtliche Beschwerdeverfahren.
Die Steuerrekurskommission I und das kantonale Steueramt schlossen auf Abweisung der Beschwerde.
Der Einzelrichter überwies die Akten der 2. Kammer zur Behandlung.
Die Kammer zieht in Erwägung:
1.
Mit der Steuerbeschwerde an das Verwaltungsgericht können laut § 153 Abs. 3 StG alle Rechtsverletzungen, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, und die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts geltend gemacht werden.
Das Verwaltungsgericht hat sich infolgedessen auf die reine Rechtskontrolle zu beschränken; dazu gehört auch die Prüfung, ob die Vorinstanzen den rechtserheblichen Sachverhalt gesetzmässig festgestellt haben. Dem Gericht ist es daher verwehrt, das von der Rekurskommission in Übereinstimmung mit dem Gesetz ausgeübte Ermessen auf Angemessenheit hin zu überprüfen und so sein Ermessen anstelle desjenigen der Rekursinstanz zu setzen. Die Prüfungsbefugnis des Verwaltungsgerichts erstreckt sich lediglich auf rechtsverletzende Ermessensfehler, d.h. auf Ermessensüberschreitung und auf Ermessensmissbrauch.
Ihr Ermessen überschreitet die Behörde, wenn sie den Rahmen des ihr gesetzlich zustehenden Ermessens verlässt, indem sie nach Ermessen entscheidet, obwohl ihr das Gesetz kein solches einräumt. Ein Ermessensmissbrauch liegt vor, wenn die Behörde das Ermessen zwar im gesetzlich vorgegebenen Rahmen ausübt, dieses aber unter sachfremden Gesichtspunkten oder in Missachtung allgemeiner Rechtsprinzipien betätigt; das ist insbesondere der Fall, wenn die Ermessensbetätigung als unhaltbar, als willkürlich und rechtsungleich erscheint (RB 1999 Nr. 147).
2.
Die Pflichtige hat im Rekursverfahren nicht nur die Aufhebung der Einschätzungs- und Einspracheentscheide, sondern auch eine ziffernmässig bestimmte Festsetzung der Steuerfaktoren – des steuerbaren Gewinns und des steuerbaren Kapitals – verlangt. Demgegenüber hat die Steuerrekurskommission I im Rekursentscheid lediglich die Aufhebung der erwähnten Entscheide verfügt und ist den Einschätzungsanträgen der Pflichtigen nicht gefolgt, sondern hat die Sache zur Vornahme der Einschätzungen an das kantonale Steueramt zurückgewiesen.
Die Pflichtige ist infolgedessen mit ihren Rekursanträgen nicht vollständig durchgedrungen, sondern nur teilweise, was auch die Rekurskommission im angefochtenen Entscheiddispositiv zutreffend erkannt hat. Daran ändert nichts, dass von der Pflichtigen zu Recht gerügte schwerwiegende Verfahrensfehler des kantonalen Steueramts zur Aufhebung der Einschätzungs- und Einspracheentscheide geführt haben. Diese Mängel berechtigten die Rekurskommission, gestützt auf § 149 Abs. 3 StG die Sache zwecks Wahrung des gesetzlichen Instanzenzugs an das kantonale Steueramt zurückzuweisen. Entgegen der Auffassung der Pflichtigen hatte sie bei dieser Sach- und Rechtslage keinen Anspruch auf einen materiellen Entscheid der Rekurskommission über die Einschätzung und auf diesbezügliche Prüfung durch das Verwaltungsgericht (RB 2001 Nr. 93; RB 2000 Nr. 130).
3.
3.1 Vereinigt die Rekurskommission den Rekurs betreffend die Staats- und Gemeindesteuern und die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer im gleichen Verfahren, was zulässig ist, hat sie die beiden zu fällenden Entscheide – den Rekursentscheid (§ 149 f. StG) und den Beschwerdeentscheid (Art. 143 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG]) – grundsätzlich in Begründung und Dispositiv klar auseinander zu halten (BGE 130 II 509 E. 8).
Angesichts dessen, dass gemäss Art. 144 Abs. 5 DBG die Höhe der Kosten des Verfahrens vor der kantonalen Steuerrekurskommission auch für die direkte Bundessteuer durch das kantonale Recht bestimmt wird (vgl. § 23 ff. der regierungsrätlichen Verordnung über die Organisation und das Verfahren der Steuerrekurskommissionen vom 29. April 1998 [VO RK]), ist es jedoch nicht erforderlich, die Kosten für die vereinigten Verfahren hinsichtlich Rekurs und Beschwerde im Dispositiv des Entscheids gesondert festzusetzen. Da ferner die Regeln von § 151 Abs. 1-3 StG und Art. 144 Abs. 1-3 DBG über die Kostenauflage identisch sind, rechtfertigt sich des Weiteren, auf eine getrennte Kostenverlegung für Rekurs und Beschwerde im Entscheiddispositiv zu verzichten.
3.2 Somit ist es nicht zu beanstanden, dass die Rekurskommission eine einzige Staatsgebühr festgelegt hat. Diese beträgt laut § 24 Abs. 1 VO RK bei Streitwerten von mehr als Fr. 100'000.- bis Fr. 250'000.- mindestens Fr. 5'000.- und höchstens Fr. 8'000.-. Die Bemessung der Staatsgebühr im Einzelfall erfolgt laut Abs. 3 dieser Bestimmung unter Zugrundelegung des Gebührenrahmens entsprechend der Schwierigkeit der Streitsache und dem Umfang der erbrachten Leistungen. Die Festsetzung der Staatsgebühr liegt demnach im Ermessen der Rekurskommission und braucht, zumindest wenn sie sich wie hier im zutreffenden Gebührenrahmen bewegt, entgegen der Auffassung der Pflichtigen nicht weiter begründet zu werden.
Beim vorliegenden Streitwert im Verfahren vor Rekurskommission von rund Fr. 144'900.- kann es jedenfalls nicht als ermessensmissbräuchlich und daher nicht als rechtsverletzend beanstandet werden, dass die Rekurskommission die Staatsgebühr auf Fr. 6'000.- festgesetzt hat.
3.3 Die Rekurskommission hat zu Recht die Sache wegen schwerwiegender Verfahrensmängel an das kantonale Steueramt zurückgewiesen (vgl. vorn Erwägung 2). Dieses wird entsprechend der Begründung des Rekursentscheids verbesserte Einschätzungsentscheide zu fällen haben. Die Kommission hat demnach zutreffend erwogen, dass der Ausgang des Verfahrens mit Bezug auf die Festsetzung der Steuerfaktoren noch nicht feststehe und unentschieden sei, das Verfahren also zu Gunsten oder zu Ungunsten der Pflichtigen ausgehen könne. Sie hat unter diesen Umständen die Kosten rechtens ihr und dem Rekursgegner zu gleichen Teilen auferlegt.
4.
4.1 Für die Zusprechung einer Parteientschädigung im Rekursverfahren gilt laut § 152 StG das Verwaltungsrechtspflegegesetz vom 24. Mai 1959 (VRG) sinngemäss. Nach § 17 Abs. 2 VRG kann die unterliegende Partei oder Amtsstelle zu einer angemessenen Entschädigung für die Umtriebe ihres Gegners verpflichtet werden, namentlich wenn die in lit. a und b dieser Bestimmung näher umschriebenen Voraussetzungen erfüllt sind.
Im Beschwerdeverfahren gelten kraft Art. 144 Abs. 4 DBG für die Zusprechung von Parteikosten die Vorschriften von Art. 64 Abs. 1-3 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG) sinngemäss. Danach kann die Beschwerdeinstanz der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen (Abs. 1). Die Entschädigung wird in der Entscheidungsformel beziffert und der Körperschaft oder autonomen Anstalt auferlegt, in deren Namen die Vorinstanz verfügt hat, soweit sie nicht einer unterliegenden Gegenpartei auferlegt werden kann (Abs. 2). Einer unterliegenden Gegenpartei kann sie je nach deren Leistungsfähigkeit auferlegt werden, wenn sich die Partei mit selbständigen Begehren am Verfahren beteiligt hat (Abs. 3).
4.2 Die gesetzlichen Regelungen des kantonalen Rechts und des Bundesrechts für die Ausrichtung einer Parteientschädigung im Rekurs- bzw. Beschwerdeverfahren unterscheiden sich namentlich dadurch, dass eine Entschädigung bei den Staats- und Gemeindesteuern eines entsprechenden Begehrens bedarf (RB 1985 Nr. 5; RB 1968 Nr. 4), während sie bei der direkten Bundessteuer von Amtes wegen zugesprochen werden kann (Art. 64 Abs. 1 VwVG). Zudem wird auch das Ausmass der Entschädigung unterschiedlich umschrieben, indem bei den Staats- und Gemeindesteuern eine "angemessene Entschädigung für die Umtriebe" zu leisten ist und bei der direkten Bundessteuer "notwendige und verhältnismässig hohe Kosten" zu ersetzen sind.
Diese Unterschiede rufen grundsätzlich nach einer in Begründung und Dispositiv getrennten Entscheidung für die Zusprechung einer Parteientschädigung bei vereinigten Rekurs- und Beschwerdeverfahren betreffend Staats- und Gemeindesteuern sowie direkte Bundessteuer (BGE 130 II 509 E. 8). Indessen kann in denjenigen Fällen, in welchen mit derselben Begründung für beide Verfahren keine Parteientschädigung zuzusprechen ist, nicht beanstandet werden, wenn diese Entscheidung im Dispositiv für Rekurs und Beschwerde gemeinsam festgehalten wird. Das gilt vorab für den Fall, dass die steuerpflichtige Person gänzlich unterliegt, aber auch dann, wenn wie hier der Ausgang beider Verfahren unentschieden ist und sich Obsiegen und Unterliegen die Waage halten, so dass es sich rechtfertigt, die möglichen gegenseitigen Entschädigungsansprüche der Parteien "wettzuschlagen".
Das führt zur Abweisung der Beschwerde.
5.
Die Kosten dieses Verfahrens sind der unterliegenden Pflichtigen aufzuerlegen (§ 151 Abs. 1 in Verbindung mit § 153 Abs. 4 StG); angesichts ihres Unterliegens steht ihr keine Parteientschädigung zu (§ 17 Abs. 2 VRG in Verbindung mit § 152 und § 153 Abs. 4 StG).
Demgemäss entscheidet die Kammer:
Die Beschwerde wird abgewiesen.
Die Gerichtsgebühr wird festgesetzt auf
Fr. 3'000.--; die übrigen Kosten betragen:
Fr. 100.-- Zustellungskosten,
Fr. 3'100.-- Total der Kosten.
Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.
Gegen diesen Entscheid kann mit Bezug auf die Steuerperiode von 1. Januar bis 31. Dezember 2001 innert 30 Tagen, von der Zustellung an gerechnet, Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht erhoben werden.
Mitteilung an …