Aus den Erwägungen:
a) Nach Art. 118 Abs. 1 und 3 StPO gilt als Privatklägerschaft die geschädigte Person, die ausdrücklich erklärt, sich am Strafverfahren als Straf- oder Zivilklägerin zu beteiligen und diese Erklärung gegenüber einer Strafverfolgungsbehörde spätestens bis zum Abschluss des Vorverfahrens abgegeben hat. Die so konstituierte Privatklägerschaft gilt als Partei (Art. 104 Abs. 1 lit. b StPO). Bund und Kantone können darüber hinaus weiteren Behörden, die öffentliche Interessen zu wahren haben, volle oder beschränkte Parteirechte einräumen (Art. 104 Abs. 2 StPO). Andere Verfahrensbeteiligte ist u.a. die Person, die Anzeige erstattet. Wird diese unmittelbar in ihren Rechten betroffen, so stehen ihr die zur Wahrung ihrer Interessen erforderlichen Verfahrensrechte einer Partei zu (Art. 105 Abs. 1 lit. b und Abs. 2 StPO).
b) Die Geschädigte ist eine zentrale Person im Strafprozessrecht. Als geschädigte Person gilt nach Art. 115 Abs. 1 StPO, wer durch die Straftat in ihren Rechten unmittelbar verletzt worden ist. Unmittelbar verletzt ist nach konstanter bundesgerichtlicher Rechtsprechung sowie herrschender Lehre in der Regel der Träger des Rechtsguts, welches durch die fragliche Strafbestimmung geschützt werden soll (BGE 138 IV 258 E. 2.2; 128 I 218 E. 1.5 mit Hinweisen; zuletzt Bger. 6B_94/2013 E. 1.1; BSK StPO-Mazzucchelli/Postizzi, Art. 115 N 21; Oberholzer, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3. Aufl., Bern 2012, Rz. 515; Schmid, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2. Aufl., Zürich/St. Gallen 2013, Rz. 682). Sodann gilt die zur Stellung eines Strafantrags berechtigte Person in jedem Fall als geschädigte Person (Art. 115 Abs. 2 StPO).
Es ist unbestritten, dass die SVA St. Gallen am xx.xx.xxxx gegen den Beschuldigten Strafklage erhob (act. A/1). Ob sie als Geschädigte gelten kann, ist indessen fraglich. Im Schrifttum werden in diesem Zusammenhang überzeugende Bedenken geäussert. So halten Mazzucchelli/Postizzi fest, dass Behörden der eidgenössischen oder kantonalen Zentralverwaltung, öffentlich-rechtliche Anstalten, öffentlich-rechtliche Körperschaften und öffentlich-rechtliche Stiftungen nur geschädigte Personen i.S.v. Art. 115 Abs. 1 StPO seien, soweit sie durch die Straftat in ihren Rechten wie ein Privater verletzt worden sind. Nicht geschädigt seien i.d.R. Verwaltungsträger des Gemeinwesens, wenn sich die Straftat gegen Rechtsgüter richte, für welche sie zuständig seien. Die Anerkennung der Geschädigteneigenschaft ohne eine spezifische gesetzliche Grundlage des Bundes oder des betreffenden Kantons würde zu einer unter dem Gesichtspunkt der Gewaltenteilung unhaltbaren Kontrolle der Strafverfolgungsbehörde durch die Verwaltung in Bezug auf Einhaltung des Legalitätsprinzips führen. Die öffentlichen Interessen würden in solchen Fällen von der Staatsanwaltschaft gewahrt. Nicht geschädigt sei etwa das kantonale Sozialamt bei Sozialhilfebetrug (BSK StPO-Mazzucchelli/Postizzi, Art. 115 N 39 f. mit Hinweis auf den Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern SK Nr. 2009/365 vom 30. November 2009, in: RStrS 2010 Nr. 697).
c) Die Sozialversicherungsanstalt ist eine öffentlich-rechtliche Anstalt des Kantons St. Gallen mit eigener Rechtspersönlichkeit (Art. 54 Abs. 2 IVG i.V.m. Art. 1 Abs. 2 EG-AHV [sGS 350.1]). Sie vollzieht die Bundesgesetzgebung über die Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung (Art. 2 Abs. 1 lit. a und b EG-AHV) und nimmt damit Funktionen im Dienst der Öffentlichkeit wahr. Sie erfüllt – analog der SUVA als selbständige öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes – öffentliche Aufgaben. Diese Tätigkeiten sind damit amtlich und die sie verrichtenden Personen Beamte i.S.v. Art. 110 Abs. 3 StGB (BGE 135 IV 201 E. 3.3). Der Sozialleistungsbetrug bzw. Sozialversicherungsbetrughat den betrügerischen Bezug von Sozialleistungen bzw. das betrügerische Verhalten zum Nachteil der entsprechenden Sozialversicherungen zum Gegenstand. Geschütztes Rechtsgut ist sowohl das öffentliche Vermögen (Vermögen des Ausgleichsfonds [Art. 79 ff. IVG]) als auch die Institution der Sozialversicherung als wichtiges staatliches Instrument, das sich am Gedanken des Solidaritätsprinzips orientiert und versucht, für Gerechtigkeit und das Wohlbefinden der Menschen zu sorgen (Käser, Sozialleistungsbetrug – Sozialversicherungsbetrug / Sozialversicherungsmissbrauch, Diss. Zürich 2012, Rz. 12 ff.). Folglich handelt es sich beim unrechtmässigen Bezug von Versicherungsleistungen um eine Straftat gegen ein Rechtsgut, für welches die SVA St. Gallen selbst zuständig ist. Damit fehlt ihr bei derart gelagerten Fällen die Geschädigteneigenschaft.
Die SVA St. Gallen im Strafverfahren als Privatklägerin, Partei oder andere Verfahrensbeteiligte i.S.v. Art. 105 StPO zuzulassen, würde zudem – entgegen ihrer Ansicht (act. B/14, S. 4 f.) – ihre Unparteilichkeit, Unvoreingenommenheit und Unbefangenheit (vgl. Art. 30 Abs. 1 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 EMRK) im Verwaltungsverfahren in Frage stellen. Zwar ist die SVA St. Gallen kein Gericht i.S.v. Art. 30 Abs. 1 BV, doch ergibt sich für Verwaltungsbehörden eine analoge Garantie aus Art. 29 Abs. 1 BV. Diese verlangt ebenso ein bestimmtes Mass an Unvoreingenommenheit der Entscheidbehörde (Steinmann, St. Galler Kommentar zu Art. 29 BV, Rz. 18 mit Hinweisen; Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., Zürich/St. Gallen 2010, Rz. 1668). Auch nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts handelt die SVA St. Gallen als zur Neutralität und Objektivität verpflichtetes Organ des Gesetzesvollzuges, solange in der Sache kein Beschwerdeverfahren angehoben ist (BGE 104 V 209 E. c; 114 V 228 E. 5a; Bger. 8C_845/2008 E. 3.1 mit Hinweisen). Das muss auch für die Prüfung und Abklärung des Rückforderungsanspruchs für allenfalls zu Unrecht ausgerichtete Rentenleistungen gelten. Auch hier ist die SVA St. Gallen an die Grundsätze einer rechtsstaatlichen Verwaltung gebunden. Wäre sie nun bereits im Strafverfahren gegen die beschuldigte Person als eine ihre eigenen Interessen vertretende Partei zugelassen, wäre im anschliessenden Administrativ- bzw. Verwaltungsverfahren die sachliche und unvoreingenommene Mitwirkung gefährdet, der verfassungs- und konventionsrechtlich gewährleistete Anspruch auf Unabhängigkeit und Unparteilichkeit verletzt. Die öffentlichen Interessen an der strafrechtlichen Verfolgung und Verurteilung der beschuldigten Person werden im Strafverfahren durch die Staatsanwaltschaft wahrgenommen; weitere Verwaltungseinheiten sind nur ausnahmsweise bei entsprechender gesetzlicher Grundlage zuzulassen (vgl. E. 4 hienach). Daran ändert nichts, dass die SVA St. Gallen über besondere sozialversicherungsrechtliche Fachkenntnisse verfügt, sind doch Staatsanwaltschaft und Gericht gehalten, sachverständige Personen beizuziehen, wenn sie nicht über die besonderen Kenntnisse oder Fähigkeiten verfügen, die zur Feststellung oder Beurteilung eines Sachverhalts erforderlich sind (vgl. Art. 182 StPO). So ist im vorliegenden Verfahren denn auch vorgesehen, ein polydisziplinäres Gutachten einzuholen, um die Auswirkung von allenfalls vorliegenden physischen und/oder psychischen Beschwerden auf die Arbeitsfähigkeit des Beschuldigten zu beleuchten (act. B/11).
d) Im Gegensatz zu Privat- und Haftpflichtversicherungen, bei denen sich zwei Parteien gegenüberstehen, die sich zu gegenseitigen Leistungen verpflichtet haben, besteht bei der IV ein hoheitliches Verhältnis, welches auf einer einseitigen Verfügung beruht. Bei sozialversicherungsrechtlichen Rückforderungsansprüchen handelt es sich folglich um Ansprüche öffentlich-rechtlicher Natur, die im Strafverfahren nicht adhäsionsweise geltend gemacht werden können (Bger. 1B_491/2012 E. 2.3 mit weiteren Hinweisen; Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern SK Nr. 2009/365 vom 30. November 2009, in: RStrS 2010 Nr. 697; Schmid, a.a.O., Rz. 702; BSK StPO-Mazzucchelli/Postizzi, Art. 119 N 10; Käser, a.a.O., Rz. 2 und Fn 484; Lieber, in: Donatsch/Hansjakob/Lieber [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], Zürich/Basel/Genf 2010, Art. 122 N 5 mit Hinweis auf BGE 131 I 455 E. 1.2.4; ferner Häfelin/Müller/Uhlmann, a.a.O., Rz. 760 f.). Die Rückerstattung zu Unrecht bezogener Leistungen beurteilt sich im Gebiet der IV in erster Linie nach Art. 25 ATSG und den dazu aufgestellten Grundsätzen (Meyer, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum IVG, 2. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2010 mit Hinweis). Die SVA St. Gallen kann sich demnach in einem Strafverfahren, welchem ein Versicherungsbetrug zugrunde liegt, gar nicht als Zivilklägerin (vgl. Art. 119 Abs. 2 lit. b StPO) beteiligen, was auch nicht bestritten wird (act. B/14, S. 1). Anders zu entscheiden wäre, wenn sie sich auf klassische Zivilansprüche im Zusammenhang mit anderen Straftatbeständen, etwa Diebstahl oder Hausfriedensbruch, berufen könnte. Als Zivilansprüche gelten solche, die ihren Grund im Zivilrecht haben und deshalb ordentlicherweise vor dem Zivilgericht durchgesetzt werden müssen. In erster Linie handelt es sich dabei um Ansprüche aus Schadenersatz und Genugtuung nach Art. 41 ff. OR (Bger. 6B_94/2013 E. 1.1 und 6B_1245/2013 E. 2.1, je zu Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG; Schmid, a.a.O., Rz. 702; ferner Käser, a.a.O.; vgl. zum Ganzen auch BStrGer SK.2004.8 E. 1.4). Dies trifft vorliegend – wie soeben dargelegt – gerade nicht zu, handelt es sich doch bei einer zu Unrecht bezogenen IV-Rente nicht um eine deliktische Handlung i.S.v. Art. 41 ff. OR.
a) Als Parteien sind im Prinzip nur die beschuldigte Person, die Privatklägerschaft und der verfolgende Staat zugelassen (Art. 104 Abs. 1 StPO). Die Zulassung weiterer Parteien hätte eine wesentliche Erschwerung des Verfahrens zur Folge, die mit den dadurch erzielten Vorteilen in einem Missverhältnis stünde (Botschaft StPO, BBl 2006 1163). Wie erwähnt können jedoch die Kantone Behörden, die öffentliche Interessen zu wahren haben, volle oder beschränkte Parteirechte einräumen (Art. 104 Abs. 2 StPO). Dabei handelt es sich um einen echten Vorbehalt zugunsten des kantonalen Rechts. In der bundesrätlichen Botschaft wird darauf hingewiesen, dass Abs. 2 an die bereits in einzelnen Kantonen vorhandenen Regelungen anknüpfe, wonach beispielsweise die Fürsorge-, die Sozial- oder die Umweltschutzbehörden bei Delikten in den jeweiligen Bereichen Rechtsmittel einlegen können (BBl 2006 1164; vgl. auch den Begleitbericht des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements zum Vorentwurf für eine Schweizerischen Strafprozessordnung, Bern 2001 [nachfolgend "Begleitbericht"], S. 82 f. mit Hinweisen zu den bisherigen kantonalen Regelungen). Sinn und Zweck dieser Bestimmung ist, gewissen Verwaltungsbehörden Parteistellung einzuräumen, damit diese – da unter Umständen fachlich spezialisiert – die öffentlichen Interessen besser vertreten können. Unter Art. 104 Abs. 2 StPO fallen etwa Umweltschutz-, Sozial-, Fürsorge-, Tierschutz-, Bau- oder Gesundheitsbehörden sowie Konkursämter. Zur Erlangung der Parteistellung bedarf es jedoch einer ausdrücklichen, formell-gesetzlichen Grundlage (Daphinoff, Das Strafbefehlsverfahren in der Schweizerischen Strafprozessordnung, Zürich 2012, S. 146;Schmid, a.a.O., Rz. 636; CR CPP-Bendani, art. 104 n. 28; einschränkend gar Commentario CPP, Galliani/Marcellini, art. 104 n. 6 f.).Allein die Tatsache, dass eine Behörde nach Art. 302 Abs. 2 StPO eine Anzeige erstattet hat oder ihr Entscheide gemäss Art. 84 Abs. 6 StPO mitzuteilen sind, begründet keine Parteistellung (Schmid, a.a.O., Rz. 636).
b) Der st. gallische Gesetzgeber hat vom soeben dargelegten, gesetzlichen Vorbehalt Gebrauch gemacht. Art. 38 EG StPO (sGS 962.1) sieht vor, dass dem zuständigen Departement bei Widerhandlungen gegen Bestimmungen des Tier- und Umweltschutzes, der Waldgesetzgebung sowie in Jagd- und Fischereiangelegenheiten Parteirechte eingeräumt werden (Abs. 1). Bei Vernachlässigung von Unterhaltspflichten können neben der geschädigten Person die Erwachsenenschutz- und Sozialbehörde Strafantrag einreichen und die Rechte der Privatklägerschaft ausüben (Abs. 2). Damit wurde die altrechtliche Regelung von Art. 50 Abs. 2 und 3 StP übernommen (vgl. EG StPO, Botschaft und Entwurf der Regierung vom 20. Oktober 2009, S. 11). Keine Parteirechte hat folglich die kantonale IV-Stelle. Ihre Beteiligung drängt sich deshalb auch unter Berücksichtigung des kantonalen Rechts nicht auf. Ohnehin ist fraglich, ob halbstaatlichen Unternehmen oder selbständigen öffentlich-rechtlichen Anstalten überhaupt Parteistellung eingeräumt werden könnte (ablehnend Schmid, a.a.O., Rz. 636 Fn 6; ebenso Lieber, a.a.O., Art. 104 N 14).
a) Art. 105 Abs. 1 lit. b StPO bezeichnet die Person, die Anzeige erstattet, als "andere Verfahrensbeteiligte", welcher bei unmittelbarer Betroffenheit ihrer Rechte, die zur Wahrung ihrer Interessen erforderlichen Verfahrensrechte zustehen (Art. 105 Abs. 2 StPO). Ein bloss mittelbares oder faktisches Betroffensein genügt nicht für die Einräumung von Parteirechten (BGE 137 IV 280 E. 2.2.1; Bger. 1B_432/2011 E. 5; BSK StPO-Küffer, Art. 105 N 31; Lieber, a.a.O., Art. 105 N 12; je mit weiteren Hinweisen). Unmittelbare Betroffenheit liegt etwa vor, wenn in die Grundrechte oder Grundfreiheiten eingegriffen wird, eine Schweigepflicht auferlegt oder Zwangsmassnahmen angeordnet werden (BGE 137 IV 280 E. 2.2.1; Bger. 6B_80/2013 E. 1.2; Schmid, Praxiskommentar, 2. Aufl., Zürich/St. Gallen 2013, Art. 301 N 4; Landshut, in: Donatsch/Hansjakob/Lieber [Hrsg.], a.a.O., Art. 301 N 12; vgl. auch Begleitbericht, S. 84). Der Anzeigeerstatterin stehen abgesehen vom beschränkten Anspruch auf Information über die Einleitung und die Erledigung des Strafverfahrens (Art. 301 Abs. 2 StPO) indes grundsätzlich keine weiteren Verfahrensrechte zu, wenn sie weder geschädigt noch Privatklägerin ist (Art. 301 Abs. 3 StPO).
b) Die SVA St. Gallen wurde wie dargelegt durch den von ihr zur Anzeige gebrachten gewerbsmässigen Betrug nicht unmittelbar geschädigt im Sinne von Art. 115 StPO. Ihr fehlt somit die Geschädigtenstellung und sie kann nicht als Privatklägerin am Strafverfahren teilnehmen (vgl. E. 3 hievor). Eine unmittelbare Betroffenheit ihrer Rechte ist ebenfalls zu verneinen. Es erscheint zwar nachvollziehbar, dass die Erkenntnisse aus dem Strafverfahren für das Rentenrevisionsverfahren von Bedeutung sind. Auch dürfte aus ihrer Sicht ein Interesse für ein koordiniertes Vorgehen seitens der Staatsanwaltschaft bestehen. Damit ist die SVA St. Gallen indes nicht in ihrer eigenen Rechtsposition bzw. lediglich indirekt in ihren Rechten betroffen. Eine unmittelbare Betroffenheit wäre vorliegend zu bejahen, wenn ihr von der Vorinstanz aufgrund des Nichteintretens auf die Zivilklage Verfahrenskosten auferlegt worden wären. Soweit die SVA St. Gallen ein Interesse im Hinblick auf die Beweisverwertung geltend macht, können ihre Bedenken zudem nicht geteilt werden. Der vorliegende Entscheid über die Verfahrensbeteiligung bzw. Parteistellung nimmt die Frage der Akteneinsicht nicht vorweg, da Behörden unabhängig ihrer Stellung im Verfahren grundsätzlich ein Einsichtsrecht zusteht (Art. 101 Abs. 2 StPO; vgl. auch Art. 33 EG StPO [sGS 962.1]). Auch der Anspruch auf Eröffnung des Strafurteils bleibt vom vorliegenden Entscheid grundsätzlich unberührt (Art. 301 Abs. 2 StPO).
c) Zu beachten gilt es ferner, dass Art. 105 StPO lediglich private Interessen abdeckt bzw. nicht-behördliche Personen umfasst (vgl. Riklin, StPO Kommentar, Zürich 2010, Art. 105 N 1; Goldschmid/Maurer/Sollberger, Kommentierte Textausgabe zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Bern 2008, S. 82). Die Botschaft führt dazu aus, dass Art. 102 E-StPO (Art. 104 StPO) den Begriff der Partei zunächst den privaten Hauptbeteiligten im Strafverfahren, also der beschuldigten Person und der Privatklägerschaft, vorbehält. Im Haupt- und Rechtsmittelverfahren komme die Parteistellung auch der Staatsanwaltschaft zu (BBl 2006 1162). Im Begleitbericht zum Vorentwurf wurde sodann festgehalten, dass Art. 115 VE-StPO (Art. 105 StPO) den Umstand berücksichtige, dass im Strafverfahren nicht nur die Interessen der Beschuldigten und der Privatklägerschaft, sondern auch die weiterer Privater tangiert sein könnten (Begleitbericht S. 83 f.). Für diese Auslegung spricht in systematischer Hinsicht, dass Art. 104 Abs. 2 StPO ausdrücklich von "Behörde" spricht. Die SVA St. Gallen verfolgt – wie bereits erwähnt – öffentliche Interessen, welche im Strafverfahren anderweitig – konkret durch die Staatsanwaltschaft – vertreten werden. Weitere Behörden, welche im Strafverfahren öffentliche Interessen zu wahren haben, sind auf Art. 104 Abs. 2 StPO bzw. die kantonale Gesetzgebung zu verweisen. Nach dem Dargelegten ergibt sich auch aus Art. 105 Abs. 1 lit. b und Abs. 2 StPO keine Stellung als Verfahrensbeteiligte. Der SVA St. Gallen als Anzeigeerstatterin stehen folglich keine über Art. 301 StPO hinausgehenden Verfahrensrechte zu.