Erwägungen
I.
1. Die Klägerin bezweckt die Gestaltung, Herstellung und den Vertrieb werbefinanzierter Gemeindeagenden. Die Beklagte bezweckt den Betrieb einer Schreinerei für den Innenausbau von Ein- und Mehrfamilienhäusern, Büros, Ladengeschäften und sonstigen Räumlichkeiten sowie Herstellung, Montage, Ein- und Verkauf von Wohn-, Küchen- und Geschäftseinrichtungen und sonstigen Schreinereiprodukten. Gemäss Handelsregisterauszug der Beklagten waren für diese im vorliegend relevanten Zeitpunkt Herr Ba und Frau Bb mit Einzelunterschrift sowie Bc und C je mit Kollektivunterschrift zu zweien zeichnungsberechtigt.
2.1 Eine Aussendienstmitarbeiterin der Klägerin, D, nahm mit der Beklagten Kontakt auf und vereinbarte einen Termin in deren Geschäftsräumlichkeiten, um der Beklagten ihr Produkt vorstellen zu können. Anwesend war C und teilweise Bc. Nach dieser ersten Besprechung erklärte C gegenüber D, er werde die Angelegenheit mit seinem Chef besprechen und sie wissen lassen, ob ein Geschäft zustande komme oder nicht. Telefonisch teilte er ihr schliesslich mit, dass er die Sache mit Bc besprochen habe und sie ein Inserat in zwei Agenden erscheinen lassen wollten. Am 2. März 2006 unterzeichneten D für die Klägerin und C für die Beklagte in den Geschäftsräumlichkeiten der Beklagten zwei Verträge betreffend zweier Gemeindeagenden über drei Jahre (über gesamthaft Fr. 2'582.40 respektive Fr. 5'293.95). Am 6. März 2006 sandte C der Klägerin von seinem E-Mail Benutzerkonto bei der Beklagten ein Inserat und ein Foto für die Gemeindeagenden.
2.2 Die Agenden für das Jahr 2007 wurden mit den Inseraten der Beklagten gedruckt; die Rechnung blieb offen. Am 6. Juli 2007 liess die Klägerin der Beklagten das Gut zum Druck für die Agenden 2008 zukommen. Mit Schreiben vom 12. Juli 2007 teilte die Beklagte der Klägerin mit, sie habe mit ihr nie einen Vertrag abgeschlossen. Darauf teilte die Klägerin mit Schreiben vom 31. Juli 2007 mit, die Verträge seien gültig zustande gekommen, die Beklagte habe diese gekündigt respektive sei von ihnen zurückgetreten und schulde entsprechend einen Schadenersatz von Fr. 4'725.80. Mit Schreiben vom 15. August 2007 teilte die Beklagte mit, sie habe weder einen Vertrag unterschrieben noch eine Kündigung ausgesprochen.
2.3 Gestützt auf den Leitschein des Vermittleramts vom 29. Oktober 2007 (vi-act. 1) reichte die Klägerin am 28. Dezember 2007 (Teil-)Klage auf Bezahlung von Fr. 3'150.54 nebst Zins ein (vi-act. 2). Mit Klageantwort vom 22. Januar 2008 beantragte die Beklagte die Abweisung der Klage, im Wesentlichen mit dem Argument, C habe die Beklagte mit seiner (Einzel-)Unterschrift nicht verpflichten können. Mit Replik vom 4. Februar 2008 und Duplik vom 14. Februar 2008 hielten die Parteien im Wesentlichen an ihren Standpunkten fest. Die Hauptverhandlung fand am 10. März 2008 statt.
2.4 Im Anschluss an die Hauptverhandlung und nach Abwarten von Vergleichsgesprächen (vgl. act. B6, S. 1 Ziff. 3; vi-act. 11) erliess die Vorinstanz offenbar formlos einen Beweisbeschluss, wonach D und C als Zeugen einvernommen werden sollten.
D und C waren von der Klägerin für folgende Behauptungen als Zeugen offeriert worden (Klage, 4 Ziff. 9): D habe mit der Beklagten Kontakt aufgenommen und einen Besprechungstermin in den Räumlichkeiten der Beklagten vereinbart; anlässlich dieses Besuchs hätten "die Herren B (Geschäftsführer und Inhaber) sowie C" teilgenommen; D habe den Herren das Produkt erklärt und über die Möglichkeiten und Preise aufgeklärt, C habe danach gemeint, er werde die Angelegenheit nun mit seinem Chef besprechen und man werde D wissen lassen, ob ein Geschäft zustande komme oder nicht; C habe D sodann telefonisch mitgeteilt, er habe die Sache nun mit "Herrn B" besprochen und die Beklagte wolle in zwei Agenden ein Inserat schalten; ein zweites Treffen zur Vertragsunterzeichnung sei wiederum in den Räumlichkeiten der Beklagten vereinbart worden und C sei diesmal ohne Begleitung von "Herrn B" erschienen und habe die beiden Insertionsverträge unterzeichnet. Dieser Beweisantrag wurde von der Klägerin in ihrem Plädoyer wiederholt (vi-act. 10, S. 2 Mitte). Für weitere Behauptungen wurde D nicht als Zeugin offeriert.
Am 2. April 2008 wurden D und C zur Zeugeneinvernahme am 7. Mai 2008 vor dem Kreisgerichtspräsidenten vorgeladen. D teilte der Vorinstanz am 4. April 2008 telefonisch mit, sie habe vor 14 Tagen ein Kind geboren, welches sie stillen müsse. Da sie alleinerziehend sei, könne sie nicht für die Zeugeneinvernahme von X nach Y fahren. Sie sei jedoch bereit, in X vor Gericht zu gehen. Der Gerichtspräsident liess D wissen, am 7. Mai 2008 werde ein Zeuge in Y einvernommen und es werde dann je nach dem ein Rechtshilfeauftrag an das Bezirksgericht X gemacht. Die Aktennotiz das Telefonat mit D betreffend wurde beiden Parteien zugestellt (vi-act. 13; Beschwerde, 4 Ziff. 3; act. B6, S. 2).
2.5 Am 7. Mai 2008 wurde C von der Vorinstanz als Zeuge einvernommen. Von Seiten der Parteien nahm nur der klägerische Rechtsvertreter an der Einvernahme teil (vi-act. 15; act. B6, S. 2).
Mit Schreiben vom 15. Mai 2008 (vi-act. 16) stellte die Vorinstanz den Parteien das Protokoll der Einvernahme von C zu und forderte die Parteien auf, innert 10 Tagen mitzuteilen, ob aufgrund der Aussagen erneut Vergleichsgespräche aufgenommen würden. Um schriftliche Mitteilung innert derselben Frist wurden die Parteien für den Fall gebeten, dass sie auf der Einvernahme von D als Zeugin beständen. Es wurde in Aussicht gestellt, dass ohne weitere Parteiverhandlung das Urteil gefällt werde, wenn innert der gesetzten Frist keine Stellungnahme erfolge.
Innert erstreckter Frist teilte der beklagtische Vertreter nach Rücksprache mit dem klägerischen Vertreter der Vorinstanz mit, ein Vergleich zwischen den Parteien sei nach wie vor nicht möglich und bat um Fortsetzung des Verfahrens, insbesondere um Gelegenheit für eine Beweiswürdigungseingabe. Zur Einvernahme von D enthielt die Mitteilung nichts. Alsdann wurden die Parteien von der Vorinstanz aufgefordert, eine Stellungnahme zum Beweisergebnis einzureichen (vi-act. 18). Diese wurden von der Beklagten am 13. Juni 2008 und von der Klägerin am 16. Juni 2008 eingereicht. Zu einer allfälligen Einvernahme von D enthielten beide Stellungnahmen nichts.
2.6 Nachdem der Entscheid vom 29. Juli 2008 den Parteien zuerst im Dispositiv mitgeteilt wurde, verschickte die Vorinstanz am 28. Oktober 2008 das begründete Urteil. Die Vorinstanz wies die Klage im Wesentlichen mit der Begründung ab, die Beklagte sei durch die Unterschrift von C nicht gebunden worden. Weder sei er einzelzeichnungsberechtigt gewesen noch hätten von der Beklagten zu vertretende Gründe vorgelegen, aus denen die Klägerin in guten Treuen hätte schliessen dürfen, C sei berechtigt gewesen, für die Beklagte selbständig Insertionsverträge abzuschliessen.
3. Am 25. November 2008 reichte die Beklagte gegen den Entscheid vom 29. Juli 2008 Rechtsverweigerungsbeschwerde beim Kantonsgericht ein und beantragte, derselbe sei aufzuheben und die Streitsache im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Mit Stellungnahme vom 2. Dezember 2008 beantragte die Vorinstanz die Abweisung der Beschwerde. Mit Eingabe vom 5. Januar 2009 beantragte die Klägerin die Abweisung der Beschwerde und verwies zur Begründung auf die Eingabe der Vorinstanz.
II.
Die von Amtes wegen vorzunehmende Prüfung der Prozessvoraussetzungen (Art. 79, 254, 255 ZPO; Art. 82 ff. GerG) ergibt, dass diese erfüllt sind. Zu bejahen ist insbesondere die vor erster Instanz noch strittige örtliche Zuständigkeit. Diesbezüglich kann auf die zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz verwiesen werden (Urteil, 5 lit. b). Auf die Beschwerde ist einzutreten. Zuständig ist der Präsident der III. Zivilkammer (Art. 20 Abs. 2 Ziff. 2 ZPO; Art. 15 lit. d GO).
III.
1. Bei der Rechtsverweigerungsbeschwerde gilt das Rügeprinzip. Es ist im Einzelnen darzulegen, welche formellen und materiellen Rechtsverweigerungen geltend gemacht werden (Leuenberger/Uffer-Tobler, Kommentar zur Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen, Bern 1999, Art. 255 N 2b). Weiter gilt ein Novenverbot; neue Behauptungen und Beweismittel sind ausgeschlossen (Leuenberger/Uffer-Tobler, Art. 255 N 3).
2. Die Beklagte wirft der Vorinstanz vor, sie habe die Zeugin D nicht angehört und dadurch eine formelle Rechtsverweigerung im Sinne von Art. 254 Abs. 1 lit. a ZPO begangen (Beschwerde, 5 Ziff. 5).
Eine formelle Rechtsverweigerung liegt vor, wenn sich eine Behörde weigert, eine vorgeschriebene Amtshandlung vorzunehmen oder eine solche ungerechtfertigt verzögert (Vetsch, Die Rechtsverweigerungsbeschwerde des st. gallischen Zivilrechtspflegegesetzes, Zürcher Diss., Winterthur 1958, 108; Leuenberger/Uffer-Tobler, Art. 254 N 3a). Bei der formellen Rechtsverweigerung handelt es sich um Verletzungen von prozessualen Vorschriften der ZPO und des Bundesrechts. Als formelle Rechtsverweigerung im weiteren Sinn wird unter anderem die Verweigerung des rechtlichen Gehörs bezeichnet (Leuenberger/Uffer-Tobler, Art. 254 N 3c). Die Verletzung von Verfahrensvorschriften stellt grundsätzlich nur dann eine formelle Rechtsverweigerung dar, wenn die entsprechende Regelung klar und eindeutig ist. Verfügt die Behörde über einen Ermessens- beziehungsweise Beurteilungsspielraum, kann eine formelle Rechtsverweigerung nur angenommen werden, wenn der angefochtene Entscheid mit keinen sachlichen Gründen vertretbar ist (Leuenberger/Uffer-Tobler, Art. 254 N 3d). Selbst wenn ein Entscheid vor dieser beschränkten Kognition grundsätzlich standhalten würde, ist er allerdings aufzuheben, wenn der Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt ist. Der Gehörsanspruch gemäss Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 6 EMRK ist formeller Natur und führt damit ungeachtet der Erfolgsaussichten der Beschwerde in der Sache selbst zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids (Leuenberger/Uffer-Tobler, Art. 55 N 3b). Ob eine Gehörsverletzung vorliegt, ist mit freier Kognition zu prüfen (Leuenberger/Uffer-Tobler, Art. 254 N 3d).
Der Grundsatz des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) beinhaltet unter anderem das Recht auf Abnahme der offerierten und entscheidwesentlichen Beweise (Vogel/Spühler, Grundriss des Zivilprozessrechts, 8. Aufl., Bern 2006, § 6 N 83; Leuenberger/Uffer-Tobler, vor Art. 90 ff. N 2a/aa, je mit Hinweisen auf die Praxis). Das rechtliche Gehör ist nur verletzt, wenn der Richter taugliche und formgültig beantragte Beweise zu rechtserheblichen Tatsachen nicht abnimmt, obwohl er die Sachvorbringen dazu weder als erstellt noch als widerlegt erachtet (Leuenberger/Uffer-Tobler, vor Art. 90 ff. N 2a/bb). Die antizipierte Beweiswürdigung ist folglich möglich. Das heisst, dass das Gericht auf eine Beweisabnahme verzichten kann, wenn es zur Auffassung gelangt, eine bestimmte Beweisabnahme vermöchte, auch wenn durchgeführt, am Ergebnis nichts mehr zu ändern. Dies kann der Fall sein, wenn das angebotene Beweismittel objektiv oder subjektiv untauglich ist beziehungsweise sich ein unverrückbares Beweisergebnis nach Würdigung des Gerichts bereits aus den abgenommenen Beweisen ergibt (Leuenberger/Uffer-Tobler, Art. 101 N 3a).
3. Die Rüge der Beklagten ist schon deshalb unberechtigt, weil sie die Zeugenaussage von D gar nicht zu dem Thema offeriert hat, für welches sie sie heute offenbar verwendet haben will.
Der klägerischen Behauptung, wonach sie C und D als Zeugen dafür offeriert habe, ob dem Erstgenannten eine Stellung eingeräumt worden sei, aus welcher die Zweitgenannte eine Vollmacht habe ableiten dürfen (Beschwerde, 4 Ziff. 2), kann nicht gefolgt werden. Diesbezüglich gilt es vorab anzumerken, dass die Frage, ob D eine Vollmacht annehmen durfte, eine Rechtsfrage und als solche Beweisanträgen ohnehin nicht zugänglich ist. Selbst wenn man zu Gunsten der Klägerin davon ausginge, sie behaupte in ihrer Beschwerde, D habe tatsächlich aus der C eingeräumten Stellung geschlossen, dieser sei ermächtigt die beiden Insertionsverträge allein abzuschliessen, ist anzumerken, dass die Klägerin einen entsprechenden Beweisantrag vor der Vorinstanz gerade nicht gestellt hat. Wie in E. I/2.4 ausgeführt, wurde D als Zeugin nur für die tatsächlichen - weitgehend unstrittigen - Gegebenheiten vor und während der Vertragsunterzeichnung offeriert. Die Tatsachen, welche mit ihrer Aussage hätten belegt werden sollen, erachtete die Vorinstanz ohnehin als erwiesen (Anstellungsverhältnis von C; Anwesenheit eines zweiten kollektivzeichnungsberechtigten Mitglieds anlässlich des ersten Gesprächs; in den Räumlichkeiten der Beklagten; Aussagen von C, er habe die Verträge mit Bc besprochen und dieser sei einverstanden gewesen; E-Mail von C mit Foto für Inserat). Zur Frage, ob sie respektive die Klägerin (tatsächlich) geschlossen habe, C sei für den Abschluss der strittigen Insertionsverträge bevollmächtigt, wurde D hingegen nicht als Zeugin offeriert (vgl. Klage, 6 Ziff. 14; Replik, 3 Ziff. 4 f.; vi-act. 10, S. 2 ff.).
Bei dieser Ausgangslage kann aber das von der Klägerin vorliegend geltend gemachte, durch Art. 29 Abs. 2 BV und Art. 6 EMRK gewährleistete, rechtliche Gehör, insbesondere das Recht auf Beweisabnahme, gar nicht verletzt sein. Dieses Recht bezieht sich wie gesehen nur auf entscheidrelevante sowie formgültig beantragte Beweise. Zur Formgültigkeit gehört unter anderem die ausreichende Substantiierung eines Beweisantrags und der ihm zugrunde liegenden Behauptungen. Ein Beweisantrag wie ihn die Klägerin heute verstanden haben will, lag aber vor der Vorinstanz nicht vor. Von einer Verletzung des rechtlichen Gehörs der Klägerin kann deshalb vorliegend nicht ausgegangen werden.
4. Sodann kann sich die Klägerin schon deshalb wegen der Unterlassenen Befragung von D nicht auf eine Gehörsverletzung berufen, weil sie dem diesbezüglichen Verzicht zugestimmt hat.
Die Parteien wurden von der Vorinstanz mit Schreiben vom 15. Mai 2008 (vi-act. 16) aufgefordert, innert 10 Tagen schriftlich mitzuteilen, falls sie auf der Einvernahme von D beständen. Die Vorinstanz stellte in Aussicht, ohne Stellungnahme innert Frist würde ohne weitere Parteiverhandlung ein Urteil gefällt. Dass die Klägerin in der Folge durch Mitteilung an das Gericht zum Ausdruck gebracht hätte, auf der Zeugeneinvernahme zu bestehen, wird von ihr nicht behauptet und ergibt sich im Übrigen auch nicht aus den Akten. Entsprechend ist nicht ersichtlich, warum der Verzicht auf die Einvernahme von D eine Gehörsverletzung der Klägerin darstellen sollte. Aus Art. 92 Abs. 3 ZPO geht hervor, dass ein Verzicht auf ein beantragtes Beweismittel grundsätzlich möglich ist. Die Vorinstanz hat sodann die Parteien ausdrücklich darauf aufmerksam gemacht, dass ohne Reaktion der Parteien ein Urteil gefällt werde (und damit insbesondere auch von der Einvernahme von D abgesehen werde). Damit ist die Vorinstanz dem Erfordernis von Art. 78 Abs. 2 GerG, wonach in der Fristansetzung die Verwirkungsfolgen festzuhalten sind, ohne weiteres nachgekommen.
Mit der nachträglichen Geltendmachung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör bezüglich der Abnahme der Zeugenaussage von D verstösst die Klägerin gegen Treu und Glauben und ist damit nicht zu schützen. Eine Partei verhält sich widersprüchlich, wenn sie vorab auf die Abnahme eines Beweises verzichtet und dem Gericht - nachdem dieses einen zu Ungunsten dieser Partei lautenden Entscheid gefällt hat - vorwirft, durch das Unterlassen der entsprechenden Beweisabnahme ihr rechtliches Gehör verletzt zu haben. Es kann dabei auf die Praxis zur Geltendmachung von Ausstandsgründen verwiesen werden: Das Recht, einen Ausstandsgrund geltend zu machen, gilt als verwirkt, wenn es nicht umgehend geschieht. Ein nachträgliches (grundsätzlich verspätetes) Vorbringen wird nur dann als zulässig erachtet, wenn ein zentraler Gehalt der Garantie auf einen unvoreingenommenen Richter in schwerer Weise betroffen ist, weil diese Garantie unverzichtbar und unverjährbar gelte (Leuenberger/Uffer-Tobler, Art. 170 N 2a). Dass dem Recht auf die Stellung von Beweisanträgen eine solche absolute Natur zukommt, wird von der Klägerin nicht behauptet und ist nicht ersichtlich. Vielmehr ist allgemein anerkannt, dass nur formrichtig und fristgerecht angebotene Beweisanträge durch das Gericht überhaupt auf ihre Tauglichkeit und Erheblichkeit zu prüfen sind (vgl. statt vieler Steinmann, in: Ehrenzeller/Mastronardi/Schweizer/Vallender [Hrsg.], Die schweizerische Bundesverfassung, Kommentar, Art. 1-93, Zürich 2008, Art. 29 N 26 und Kofmel, Das Recht auf Beweis im Zivilverfahren, Diss., Bern 1992, 25, 44). Es steht den Parteien grundsätzlich frei, Beweisanträge zu stellen, dies zu unterlassen oder einmal gestellte Beweisanträge wieder zurückzuziehen. Wird auf die Stellung eines Beweisantrags verzichtet, besteht kein grundrechtlich geschützter Anspruch, damit in einem späteren Verfahrensstadium noch zugelassen zu werden. Entsprechend ist auch ein Verzicht auf einen einmal gestellten Beweisantrag zulässig und das rechtliche Gehör wird nicht dadurch verletzt, dass auf den einmal erklärten Verzicht nicht zurückgekommen werden kann.
5. Schlussendlich kann der Klägerin auch nicht gefolgt werden, wenn sie sinngemäss daraus eine Gehörsverletzung ableitet, dass ein Verzicht auf die Befragung in antizipativer Beweiswürdigung nur schon deshalb nicht habe erfolgen können, weil dem Antrag bereits stattgegeben worden sei (Beschwerde, 5 f. Ziff. 6).
Der klägerischen Auffassung widerspricht bereits der Wortlaut von Art. 99 Abs. 3 ZPO, gemäss dem das Gericht einen Beweisbeschluss bis zur Urteilsfällung aufheben oder ändern kann, wenn ihm dies geboten erscheint. Dies entsprich dem allgemeinen Grundsatz, dass ein Beweisbeschluss wie jede prozessleitende Verfügung ohne weiteres in Wiedererwägung gezogen werden kann (Leuenberger/Uffer-Tobler, Art. 99 N 10). Eine Wiedererwägung ist regelmässig angezeigt, wenn eine Partei durch ihr Prozessverhalten kundtut, dass sie an der Abnahme eines von ihr beantragten Beweises kein Interesse mehr hat und der Beweisantrag damit als zurückgezogen gilt. Der Rückzug eines Beweismittels kann dabei durchaus sinnvoll sein, erscheint es doch unnötig, einen zweiten Zeugen zum Beweis einer Behauptung anzurufen, die durch einen ersten (gegnerischen) Zeugen bereits weitgehend bestätigt wurde (vi-act. 20, erster Satz). Eine antizipierte Beweiswürdigung ist in solchen Fällen ohnehin nicht nötig, da nicht (mehr) beantragte Beweismittel nicht mehr gewürdigt werden müssen, nicht einmal antizipiert. Sodann bleibt festzuhalten, dass die Klägerin mit ihrer Klage vor Vorinstanz im Wesentlichen nicht deshalb unterlegen ist, weil sie den von ihr behaupteten Sachverhalt nicht hatte beweisen können, sondern weil die Vorinstanz zur (Rechts-)Frage, ob die Klägerin aus diesem Sachverhalt hätte schliessen dürfen, die Beklagte habe damit ihr gegenüber kundgetan, C sei für den Abschluss der beiden Insertionsverträge (einzel-)zeichnungsberechtigt, eine von der Klägerin abweichende (Rechts-)Auffassung vertrat.
Die Rechtsverweigerungsbeschwerde erweist sich nach dem Gesagten als unbegründet und ist abzuweisen.