Aus den Erwägungen:
X verbüsste ab 7. November 2003 mehrere Freiheitsstrafen. Am 1. April 2005 wurde er bedingt aus dem Strafvollzug entlassen. Die Vollzugsbehörde des Kantons Appenzell Ausserrhoden setzte ihm eine Probezeit von zwei Jahren an, ordnete eine Bewährungshilfe an und berechnete den bedingt erlassenen Strafrest auf 155 Tage.
Während der zweijährigen Probzeit machte sich X erneut strafbar. Er wurde deswegen zu zwei Wochen Gefängnis (Strafbescheid des Untersuchungsamts Gossau vom 10. Oktober 2005), 45 Tagessätzen zu je Fr. 50.– und Fr. 400.– Busse (Strafbescheid des Untersuchungsamts Gossau vom 9. Januar 2007) sowie drei Monaten Freiheitsstrafe mit Gewährung des bedingten Strafvollzugs und einer Probezeit von drei Jahren und einer Geldstrafe (Urteil des Fürstlich Liechtensteinischen Landesgerichts vom 12. Februar 2007) verurteilt.
Aufgrund von weiteren Verfehlungen in der Zeit vom 30. Oktober 2005 bis 9. Februar 2007 wurde X mit Urteil der Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen vom 17. September 2007 – teilweise im Zusatz zum Strafbescheid des Untersuchungsamts Gossau vom 9. Januar 2007 – zu einer Freiheitsstrafe von 20 Monaten, einer Geldstrafe von zehn Tagessätzen zu je Fr. 10.– und einer Busse von Fr. 300.– verurteilt. Die Staatsanwaltschaft beantragte in jenem Verfahren zunächst, dass die bedingte Entlassung aus dem Strafvollzug zu widerrufen und eine vollziehbare Gesamtstrafe von 21 Monaten auszufällen sei, sofern die Strafkammer für diesen Entscheid zuständig sei. Dieser Antrag wurde an der Berufungsverhandlung wieder zurückgezogen, weshalb die Strafkammer nicht darüber befand.
Die Vollzugsbehörde des Kantons Appenzell Ausserrhoden wies das Amt für Justizvollzug des Kantons St. Gallen am 22. Januar 2008 darauf hin, dass die Strafkammer im Urteil vom 17. September 2007 nicht über die Rückversetzung von X in den Strafvollzug entschieden habe. Mit Verfügung vom 28. Januar 2008 beantragte das Amt für Justizvollzug daraufhin, X in den Strafvollzug zurückzuversetzen, nachdem dieser während der Probezeit der bedingten Entlassung Vergehen begangen habe.
Mit Eingabe vom 9. Februar 2008 beantragte der Verteidiger von X im Hauptpunkt die Abweisung des Antrags auf Rückversetzung in den Strafvollzug, soweit darauf überhaupt eingetreten werden könne. Andernfalls sei statt der Rückversetzung auf eine Ersatzmassnahme oder eine Gesamtstrafe mit Gewährung des bedingten Strafvollzugs für einen angemessenen Teil zu erkennen.
Die Staatsanwaltschaft trug am 12. Februar 2008 auf Vollziehbarerklärung des Strafrests von 155 Tagen, allenfalls auf Aussprechung einer Gesamtstrafe von 25 Monaten Freiheitsstrafe an.
a) Hat der Gefangene zwei Drittel seiner Strafe, mindestens aber drei Monate verbüsst, so ist er durch die zuständige Behörde bedingt zu entlassen, wenn es sein Verhalten im Strafvollzug rechtfertigt und nicht anzunehmen ist, er werde weitere Verbrechen oder Vergehen begehen (Art. 86 Abs. 1 StGB). Gemäss Art. 87 Abs. 1 StGB wird dem bedingt Entlassenen eine Probezeit auferlegt, deren Dauer dem Strafrest entspricht. Sie beträgt jedoch mindestens ein Jahr und höchstens fünf Jahre. Hat sich der bedingt Entlassene bis zum Ablauf der Probezeit bewährt, so ist er endgültig zu entlassen (Art. 88 StGB).
Begeht der bedingt Entlassene während der Probezeit ein Verbrechen oder ein Vergehen, so ordnet das für die Beurteilung der neuen Tat zuständige Gericht die Rückversetzung an (Art. 89 Abs. 1 StGB). Diese Regelung gilt seit Inkrafttreten des neuen Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuchs, d.h. seit 1. Januar 2007. Vor diesem Zeitpunkt hatte nicht das Gericht, sondern die Vollzugsbehörde über eine allfällige Rückversetzung in den Strafvollzug zu befinden, wenn sich der bedingt Entlassene während der Probezeit nicht bewährt hatte (Art. 38 Ziff. 4 aStGB). Im Zusammenhang mit dem Inkrafttreten des neuen Rechts wurden in Ziffer 1 Abs. 3 der Schlussbestimmungen der Änderung vom 13. Dezember 2002 die neurechtlichen Bestimmungen aufgeführt, welche auch auf Täter anwendbar sind, die nach altem Recht verurteilt wurden. Da der Gesetzgeber die Bestimmungen über die bedingte Entlassung (Art. 86 bis 89 StGB) nicht erwähnte, war zunächst unklar, ob jene auch auf Täter anwendbar sind, welche nach altem Recht verurteilt wurden. Die Staatsanwaltschaft zog deshalb im Berufungsverfahren ST.2006.139/ST.2007.53 ihren Antrag auf Prüfung der Zuständigkeit zur Anordnung der Rückversetzung zurück und die Strafkammer befand nicht darüber. In der Zwischenzeit hat das Bundesgericht in BGE 133 IV 201 E. 2.1 entschieden, dass die Regelung über die bedingte Entlassung in den Schlussbestimmungen versehentlich nicht aufgeführt worden sei. Die neurechtlichen Bestimmungen sind demnach im vorliegenden Fall anwendbar und die Strafkammer hätte im Urteil vom 17. September 2007 über eine allfällige Rückversetzung in den Strafvollzug befinden müssen. Entgegen der Auffassung des Verteidigers wurde im Berufungsverfahren mit dem Rückzug des Antrags auf Überprüfung der Zuständigkeit zur Anordnung der Rückversetzung in den Strafvollzug keine materielle Rechtskraft geschaffen; vielmehr ist darüber im vorliegenden Verfahren nach den neurechtlichen Bestimmungen zu entscheiden.
b) Der Verteidiger beantragt, auf das Rückversetzungsgesuch nicht einzutreten, weil die Bewährungsfrist von zwei Jahren nach der Entlassung vom 1. April 2005 am 31. März 2007 abgelaufen sei. Gemäss Art. 89 Abs. 4 StGB darf die Rückversetzung nicht mehr angeordnet werden, wenn seit dem Ablauf der Probezeit drei Jahre vergangen sind. Diese dreijährige Frist läuft im vorliegenden Fall erst am 31. März 2010 ab, weshalb auf das Rückversetzungsgesuch einzutreten ist. Im Übrigen kann ein Verurteilter in den Schranken von Art. 89 Abs. 4 StGB selbst dann in den Strafvollzug zurückversetzt werden, wenn die Gründe für die Rückversetzung erst nach Ablauf der Probezeit bekannt werden (vgl. BSK StGB I-Andrea Baechtold, N 8 zu Art. 89).
c) Die Begehung eines Verbrechens oder Vergehens während der Probezeit führt nicht in jedem Fall zu einer Rückversetzung in den Freiheitsentzug: Ist trotz des während der Probezeit begangenen Verbrechens oder Vergehens nicht zu erwarten, dass der Verurteilte weitere Straftaten begehen wird, so verzichtet das Gericht auf eine Rückversetzung. Es kann den Verurteilten verwarnen und die Probezeit um höchstens die Hälfte der von der zuständigen Behörde ursprünglich festgesetzten Dauer verlängern. Erfolgt die Verlängerung erst nach Ablauf der Probezeit, so beginnt sie am Tag der Anordnung (Art. 89 Abs. 2 StGB).
Selbst wenn an die Erwartung, dass keine weiteren Straftaten begangen werden, keine übermässig hohen Anforderungen gestellt werden und es genügt, wenn dies vernünftigerweise erwartet werden darf (BSK StGB I-Andrea Baechtold, Art. 89 N 3), sind diese Voraussetzungen beim Verurteilten nicht erfüllt. Namentlich trifft entgegen den Ausführungen der Verteidigung nicht zu, dass er "durch die im letzten Jahr und jetzt noch weiter laufenden Verfahren … sehr wohl ernüchtert und stark beeindruckt worden ist". Im Urteil der Strafkammer vom 17. September 2007 wurde die Gewährung des bedingten oder teilbedingten Strafvollzugs zufolge besonders ungünstiger Umstände ausgeschlossen. Es wurde erwogen, dass sich der Angeklagte grundsätzlich nicht um Vorschriften kümmere, sich keine Gedanken über sein Verhalten mache und immer wieder Gesetzesbestimmungen verletze; er sei unbelehrbar und renitent. Es gibt keine Hinweise, wonach diese Einschätzung nicht mehr zutreffen würde, weshalb auf das Urteil der Strafkammer vom 17. September 2007 (S. 9 und 10) verwiesen werden kann. Subsidiäre Anordnungen wie eine Verwarnung oder eine Verlängerung der Probezeit sind bei einer solch schlechten Prognose zudem nicht geeignet, einem Rückfall entgegenzuwirken. Bei der Bewährungshilfe und den Weisungen handelt es sich nicht um selbständige Ersatzmassnahmen; vielmehr können diese nur zusammen mit einer subsidiären Anordnung ausgesprochen werden (vgl. BSK StGB I-Andrea Baechtold, N 4 zu Art. 89 StGB).
d) Für den Fall, dass er mit seinen übrigen Begehren nicht durchdringt, beantragt der Verteidiger die Bildung einer Gesamtstrafe. Gemäss Art. 89 Abs. 6 StGB bildet das Gericht in Anwendung von Art. 49 StGB eine Gesamtstrafe, wenn aufgrund der neuen Straftat die Voraussetzungen für eine unbedingte Freiheitsstrafe erfüllt sind und diese mit der durch den Widerruf vollziehbar gewordenen Reststrafe zusammentrifft. Auf die Gesamtstrafe sind die Regeln der bedingten Entlassung erneut anwendbar. Der Staatsanwalt bezweifelt die Zulässigkeit der nachträglichen Bildung einer Gesamtstrafe.
Nach altem Recht wurde ein im Rückversetzungsverfahren entstandener Strafrest mit einer neuen, vollziehbaren Freiheitsstrafe kumuliert vollstreckt. Im Unterschied dazu hat der bedingt Entlassene gestützt auf den Wortlaut von Art. 89 Abs. 6 StGB einen Anspruch darauf, dass das für die Beurteilung der neuen Straftat zuständige Gericht aus dem Strafrest und der neuen Freiheitsstrafe eine Gesamtstrafe bildet. Dasselbe ergibt sich aus der Botschaft, wonach "das Gericht … eine Gesamtstrafe zu bilden hat" (BBl 1999 II 2123). Schliesslich scheint auch die neuere Literatur diese Auffassung zu vertreten (BSK StGB I-Andrea Baechtold, N 10 zu Art. 89; Günter Stratenwerth/Wolfgang Wohlers, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Handkommentar, Bern 2007, Art. 89 N 4). Der Verurteilte hat demnach einen Anspruch auf Bildung einer Gesamtstrafe aus dem Strafrest und der unbedingten Freiheitsstrafe für die im Urteil der Strafkammer vom 17. September 2007 beurteilten Delikte. Dass eine nachträgliche Bildung einer Gesamtstrafe zulässig ist, ergibt sich insbesondere aus der Gesetzessystematik. In Art. 89 Abs. 6 StGB wird hinsichtlich der Gesamtstrafe auf Art. 49 StGB verwiesen. Hat der Täter durch eine oder mehrere Handlungen die Voraussetzungen für mehrere gleichartige Strafen erfüllt, so verurteilt ihn das Gericht nach Art. 49 Abs. 1 StGB zu der Strafe der schwersten Straftat und erhöht sie angemessen. Dabei darf das Höchstmass der angedrohten Strafe nicht um mehr als die Hälfte erhöht werden. Wurde der Verurteilte entgegen der Vorschrift über das Zusammentreffen mehrerer strafbarer Handlungen (Art. 49 StGB) von mehreren Gerichten zu mehreren Freiheitsstrafen verurteilt, so kann er die Festlegung einer Gesamtstrafe verlangen. Hierfür zuständig ist das Gericht, welches die schwerste Strafe ausgesprochen hat (vgl. Art. 344 Abs. 2 StGB). Zufolge ausdrücklicher Verweisung auf Art. 49 StGB muss demnach auch eine Gesamtstrafe gemäss Art. 89 Abs. 6 StGB nachträglich festgelegt werden können.
e) Beim Zusammentreffen mehrerer gleichartiger Strafen ist gemäss Art. 49 Abs. 1 StGB zunächst eine Strafe für die schwerste Tat zu bestimmen und diese Einsatzstrafe für die übrigen Delikte alsdann angemessen zu erhöhen. Die einzelnen Strafen werden demnach nicht addiert; vielmehr wird mit dem Asperationsprinzip der Umstand berücksichtigt, dass das Mass des Strafübels mit zunehmender Dauer oder Betragshöhe nicht linear, sondern progressiv wächst (BSK StGB I-Andrea Baechtold, N 8 zu Art. 49). Dieses Prinzip gilt auch beim Zusammentreffen eines durch Widerruf vollziehbaren Strafrests mit einer neuen Freiheitsstrafe. Nebst dem Asperationsprinzip wurden aber in erster Linie praktische Überlegungen für die neue Regelung des Art. 89 Abs. 6 StGB ins Feld geführt. Unter altem Recht stand im Zeitpunkt des richterlichen Entscheids über die während der Probezeit begangene Straftat oft nicht fest, ob die Vollzugsbehörde die bedingte Entlassung widerruft. Aus Rücksicht auf die Unschuldsvermutung warteten die Vollzugsbehörden regelmässig zu mit der Rückversetzung bis zum richterlichen Entscheid über die Rückfalltat (BBl 1999 II 2123). Diese Unsicherheiten wurden beseitigt, indem die Gerichte in sämtlichen Fällen der Nichtbewährung während der Probezeit der bedingten Entlassung über eine Rückversetzung in den Strafvollzug zu entscheiden haben. Die Bildung einer Gesamtstrafe führt letztlich zu einer vereinfachten Anwendung der Vollzugsregeln. Namentlich der Umstand, dass die Regeln über die bedingte Entlassung auf die Gesamtstrafe erneut anwendbar sind (vgl. BBl 1999 II 2123), verhindert, dass die Vollzugsbehörde bei Nichtbewährung während der Probezeit der bedingten Entlassung mit mehreren einzeln zu vollziehenden Strafen konfrontiert ist. Es ist demnach davon auszugehen, dass mit der neuen Regel vor allem eine Vereinfachung herbeigeführt werden sollte. Diesem gesetzgeberischen Willen würde nun aber zuwiderlaufen, wenn sich das Gericht bei der Festlegung einer Gesamtstrafe auch mit den (bereits abgeurteilten) Einzelheiten der Vorstrafen nochmals vertieft befassen müsste oder – mit den Worten der Verteidigung – "die ganze Strafzumessung wieder offen ist". Hinzu kommt, dass die Rückversetzung in den Strafvollzug eine bereits rechtskräftig beurteilte Tat betrifft. Insofern entspricht diese Ausgangslage derjenigen beim Widerruf des bedingten Vollzugs einer Vorstrafe. Das Gesetz sieht für jenen Fall vor, dass die Gesamtstrafe in sinngemässer Anwendung von Art. 49 StGB zu bilden sei (vgl. Art. 46 Abs. 2 StGB). Zwar fehlt in Art. 89 Abs. 6 StGB beim Hinweis auf die Anwendung von Art. 49 StGB die Präzisierung "sinngemäss"; nach dem Gesagten muss es sich dabei aber um ein gesetzgeberisches Versehen handeln, wobei diese Lücke vom Gericht zu schliessen ist.
Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt hält in einem Urteil vom 10. Juli 2007 (E. 3.3, veröffentlicht in Swisslex) ebenfalls dafür, dass Art. 49 StGB im Zusammenhang mit Art. 89 Abs. 6 StGB sinngemäss anzuwenden sei und es sich nicht rechtfertige, die Gesamtstrafe wesentlich niedriger zu bemessen, als eine Kumulation der Einzelstrafen ergäbe. Allenfalls könne bei der Bemessung der Gesamtstrafe die Höhe des Verschuldens des Täters am Widerruf berücksichtigt werden, mithin wie rasch und wie massiv er nach der bedingten Entlassung rückfällig geworden sei. Die Strafkammer schliesst sich dieser Auffassung an.
Im vorliegenden Fall wurde der Verurteilte am 1. April 2005 mit einer Probezeit von zwei Jahren bedingt aus dem Strafvollzug entlassen. Bereits am 14. Mai 2005 machte er sich der groben Verkehrsregelverletzung und des Fahrens ohne Führerausweis schuldig. Am 30. Oktober 2005 lenkte er in angetrunkenem Zustand ein Fahrzeug (mind. 1,2‰). Weitere Trunkenheitsfahrten folgten am 22. Januar 2006 (0,62‰) und am 9. Februar 2007 (0,99‰). Zusätzlich liess er sich noch andere SVG-Delikte zu Schulden kommen. Nur gerade eineinhalb Monate nach der bedingten Entlassung fanden die SVG-Delikte ihre Fortsetzung. Selbst die drohende Rückversetzung in den Strafvollzug hinderte den Verurteilten demnach nicht, weiter zu delinquieren. Unter diesen Umständen erscheint – unter Berücksichtigung des Asperationsprinzips – eine Freiheitsstrafe nahe bei der Summe des Stafrests von 155 Tagen gemäss Verfügung der Justizdirektion von Appenzell Ausserrhoden vom 9. März 2005 und von 20 Monaten gemäss Urteil der Strafkammer vom 17. September 2007 als angemessen; die Gesamtstrafe ist auf 24 Monate festzulegen. Die im Entscheid der Strafkammer ausgesprochenen Geldstrafe (10 Tagessätze zu je Fr. 10.–) und Busse (Fr. 300.–; bei schuldhafter Nichtbezahlung der Busse eine Ersatzfreiheitsstrafe von 3 Tagen) bleiben unverändert; dasselbe gilt für die übrigen Punkte des kantonsgerichtlichen Urteils.
Erste Voraussetzung für die teilbedingte Strafe im Sinn von Art. 43 StGB ist, dass eine begründete Aussicht auf Bewährung besteht. Bei einer Schlechtprognose ist auch ein bloss teilweiser Aufschub der Strafe nicht gerechtfertigt. Denn wo keinerlei Aussicht besteht, der Täter werde sich in irgendeiner Weise durch den – ganz oder teilweise – gewährten Strafaufschub beeinflussen lassen, muss die Strafe in voller Länge vollzogen werden (Urteil des Bundesgerichts 6B_43/2007 vom 12. November 2007, E. 4.3.1). Oben (E. 7c) wurde mit Hinweis auf das Urteil der Strafkammer vom 17. September 2007 ausgeführt, dass die Prognose hinsichtlich der Bewährungsaussichten schlecht ist; es kann darauf verwiesen werden. Folglich kommt die Gewährung eines teilbedingten Strafvollzugs nicht in Betracht.