Aus den Erwägungen:
Art. 53 StGB handelt von der Wiedergutmachung und sieht für den Fall, dass der Täter den Schaden gedeckt oder alle zumutbaren Anstrengungen unternommen hat, um das von ihm bewirkte Unrecht auszugleichen, vor, dass die zuständige Behörde von einer Strafverfolgung, einer Überweisung an das Gericht oder einer Bestrafung absieht, wenn die Voraussetzungen für eine bedingte Strafe erfüllt sind und das Interesse der Öffentlichkeit und des Geschädigten an der Strafverfolgung gering sind. Vorliegend ist von den mehreren, kumulativ zu erfüllenden Voraussetzungen diejenige hinsichtlich der Voraussetzungen für eine bedingte Strafe zweifellos gegeben und zu Recht nicht bestritten. Fraglich erscheint jedoch zunächst, ob die Angeklagte alle zumutbaren Anstrengungen unternommen hat, um das von ihr bewirkte Unrecht auszugleichen (der effektiv angerichtete Schaden wurde etwa zu einem Viertel gedeckt) und ob auch das Interesse des Geschädigten und der Öffentlichkeit an der Strafverfolgung gering ist. Da alle Voraussetzungen kumulativ erfüllt sein müssen, ist selbst bei Fehlen auch nur einer Voraussetzung Art. 53 StGB nicht anwendbar.
Die Staatsanwaltschaft sieht zwei der (mehreren) kumulativ geforderten Bedingungen nicht erfüllt: Den Unrechtsausgleich und das angeblich geringe Interesse der Öffentlichkeit an der Strafverfolgung.
a) Die Wiedergutmachung setzt zunächst voraus, dass der Täter den Schaden gedeckt oder alle zumutbaren Anstrengungen unternommen hat, um das von ihm bewirkte Unrecht auszugleichen. Der von der Angeklagten verursachte Schaden beträgt mehr als Fr. 40'000.00, die über die Darlehensaufnahme beim Vater zurückbezahlte Summe jedoch nur Fr. 10'000.00. Damit ist der Schaden nicht ausgeglichen. Zu prüfen bleibt, ob sie trotzdem alle zumutbaren Anstrengungen unternommen hat, das von ihr bewirkte Unrecht auszugleichen. Was unter dem Begriff der "zumutbaren Anstrengungen" zu verstehen ist, wird letztlich die Praxis bezeichnen müssen. In der kommentierten Textausgabe zum revidierten Strafgesetzbuch (Herausgeber: Hansjakob/Schmitt/Soll-berger, Luzern 2004) wird unter Bezugnahme auf Jositsch (Strafbefreiung gemäss Art. 52 ff. StGB, SJZ 2004, S. 8) "eine Art von Wiedergutmachung gefordert, die einer qualifizierten Form der aufrichtigen Reue entspricht und mit der der Täter sein Bestreben dokumentiert, die Tat aufzuarbeiten". Nur so sei gewährleistet, dass nicht der wohlhabende Täter sich sozusagen loskaufen könne. Aber auch derjenige Täter, dessen finanzielle Mittel einen vollständigen Ausgleich nicht zulassen, muss "an die Grenzen seiner finanziellen Möglichkeiten gehen" (Schwarzenegger/Hug/Jositsch, Strafrecht II, Strafen und Massnahmen, 8. Auflage, S. 64). Allein die Schadensdeckung im Rahmen des "Zumutbaren" kann nicht genügen, da dies schon Art. 48 lit. d StGB für eine blosse Strafmilderung voraussetzt. Die weitergehende Privilegierung des Täters, nämlich die völlige Strafbefreiung (oder richtigerweise ein Freispruch, vgl. dazu Schwarzenegger/Hug/Jositsch, a.a.O., S. 68) erfordert mehr als einen bloss zumutbaren Schadensausgleich in finanzieller Hinsicht. Dabei kann es nicht bloss darum gehen, den nicht gedeckten Teil des finanziellen Schadens durch andere vom Täter zu erbringende Leistungen (z.B. [gemeinnützige] Arbeit, Geschenke etc.) auszugleichen, ansonsten beim wohlhabenden Täter die qualifizierte Form der aufrichtigen Reue sich wieder in der vollständigen Bezahlung erschöpfen würde. Vergleichbar dem System der Geldstrafe, die für den Wohlhabenden und den Armen keinen Unterschied in der Bestimmung der Anzahl der Tagessätze und der Beantwortung der Frage nach dem bedingten oder unbedingten Vollzug macht, muss auch die qualifizierte Form der aufrichtigen Reue losgelöst von der Frage der finanziellen Leistungsfähigkeit des Täters beurteilt werden. Denn der wohlhabende Täter wird bei den von Art. 53 StGB realistischer Weise erfassten Fällen (vgl. dazu auch hinten bei lit. c) nur selten an die Grenzen seiner finanziellen Möglichkeiten stossen. Die blosse Rückerstattung des widerrechtlich Entzogenen genügt daher in der Regel nicht oder höchstens bei einem geringfügigen Delikt (BSK Strafrecht I – Riklin, Art. 53, N 13; a.M. offenbar Exquis, Sinn und Gesinnung, Bemerkungen zu Art. 53 rev.StGB, in: AJP 2005, S. 309 ff.). In der Botschaft des Bundesrats zum neuen Allgemeinen Teil des Strafgesetzbuchs wird ebenfalls das Gewicht weg von der blossen Schadensdeckung im Sinne des vollen finanziellen Ausgleichs hin zur Einstellung des Täters zum begangenen Delikt verschoben, wenn ausgeführt wird: "Es ist Aufgabe der zuständigen Behörde, im Lichte aller Umstände – namentlich der Schuld und der finanziellen Situation des Täters – zu beurteilen, ob dieser alle ihm zumutbaren Anstrengungen unternommen hat" (BBl 1999, 2066). Und zu diesen Umständen gehören ganz wesentlich die Fragen nach der Tatbegehung einerseits und der Einstellung zur Tat nach deren Entdeckung anderseits. Dies deshalb, weil das Ausmass der Schuld, das Verschulden, u.a. wesentlich von der Art und Weise der Herbeiführung des deliktischen Erfolges und über die Täterkomponenten auch durch das Verhalten nach der Tat bestimmt wird (vgl. dazu Art. 47 Abs. 2 StGB).
b) An diesen Ausführungen gemessen, bestehen erhebliche Zweifel an der Annahme, die Angeklagte habe eine Wiedergutmachung geleistet, die einer qualifizierten Form der aufrichtigen Reue entspricht. Dagegen spricht zunächst das Tatvorgehen: Die Angeklagte hat über einen längeren Zeitraum hinweg (rund elf Monate) regelmässig in zahlreichen Einzelakten einen erheblichen Betrag von über Fr. 40'000.00 zum Nachteil ihrer Arbeitgeberin veruntreut. Aus act. K/4 geht hervor, dass die Angeklagte im fraglichen Zeitraum an über 120 verschiedenen Tagen mehr als 10'500 Stornobuchungen vorgenommen hat. Pro Tag ergibt dies einen Betrag von rund Fr. 330.00. Diese Zahlen lassen die erhebliche kriminelle Energie erkennen, mit der die Angeklagte gehandelt hat. Dieses Verhalten kann mit dem blossen Verweis auf die Abhängigkeit und den von ihrem Exfreund auf sie ausgeübten Druck nicht erklärt werden. Anlässlich der Befragung an der mündlichen Berufungsverhandlung blieb die Angeklagte im Übrigen die Antwort schuldig, wie dieser Druck ausgeübt worden sei. Wenn er wirklich so gross gewesen wäre, hätte erwartet werden können, dass die Angeklagte bei ihrer Familie, bei Freunden oder selbst beim Arbeitgeber Hilfe gesucht und sich von ihrem Freund getrennt hätte. Grosse Bedenken, eine qualifizierte Form aufrichtiger Reue anzunehmen, bestehen aber auch angesichts des Verhaltens der Angeklagten nach der Aufdeckung ihres strafbaren und treuwidrigen Handelns. Die Staatsanwaltschaft weist zu Recht darauf hin, dass die Angeklagte selbst in diesem Zeitpunkt nicht "reinen Tisch" machte, sondern im Gegenteil versuchte, ihre Verfehlungen herunterzuspielen und die Anschuldigungen weitgehend als unwahr darzustellen, geltend machte, sie habe ihrem Exfreund nie Geld aus der Ladenkasse gegeben (obwohl ihr vom Arbeitgeber die "goldene Brücke" gebaut wurde, indem er sagte, sie sei vom Freund wohl unter Druck gesetzt worden), auf viele Fragen die Antwort verweigerte usw.. Dieses Verhalten in den Konfrontationseinvernahmen vom 1. März und 3. April 2006 (act. S/17 und S/21) war aus Sicht der Angeklagten durchaus legitim, war sie doch als Angeschuldigte weder zur Auskunftserteilung noch zur Wahrheit verpflichtet. Sie durfte auch bestreiten und bagatellisieren, ohne deswegen einen prozessualen Nachteil gewärtigen zu müssen. Aber ein solches Verhalten ist weder als Ausdruck besonderer Einsichtigkeit oder aufrichtiger Reue, und schon gar nicht als qualifizierte Form der aufrichtigen Reue zu bewerten. Für die vom Verteidiger im Berufungsverfahren geäusserte Vermutung, dass ihr der frühere Rechtsvertreter geraten hätte "andere Angestellte zu belasten" (was Anstiftung zu einer falschen Anschuldigung und damit zu einem Verbrechen gewesen wäre) und das Delikt generell zu bestreiten (Berufungsantwort S. 4; B/4), gibt es in den Akten keine Anhaltspunkte. Die Angeklagte hat diese Vermutung in der persönlichen Befragung auch nicht bestätigt. Weiter macht die Staatsanwaltschaft zu Recht geltend, die Angeklagte habe selbst für die Begleichung des geringen Betrages von Fr. 5'000.00 bis Fr. 6'000.00, den sie anerkannte, keine Anstrengungen unternommen. In der Einvernahme vom 3. April 2006 meinte sie dazu, dass sie jetzt nichts arbeite, sie müsse zuerst ihre Prüfung an der Kosmetikfachschule machen. Gleichzeitig hielt sie sich aber offenbar sehr häufig in einem DVD-Shop auf. Sie besuchte einen Kollegen, der dort arbeitete und lehnte zahlreiche Filme aus (act. S/21 S. 12 und 13).
c) Nicht gegeben erscheint aber auch das Fehlen jeglichen oder auch nur das Vorliegen eines nur geringen öffentlichen Interessesan einer Strafverfolgung. Unrichtig erscheint auf jeden Fall die Auffassung der Vorinstanz, dass die Interessen der Öffentlichkeit bzw. des Geschädigten in Art. 53 StGB alternativ zu verstehen seien, also das Vorliegen entweder des einen oder des andern geringen Interesses genügen solle. Eine solche Auslegung lässt sich wohl nicht einmal aus der zitierten Literaturstelle (Hansjakob/ Schmitt/Sollberger, a.a.O., S. 48) herleiten, auf jeden Fall aber nicht aus dem Wortlaut des Gesetzes, der jeder privat geäusserten Meinung vorgeht. Vorliegend ist zudem zu beachten, dass selbst der Geschädigte, wie der Vereinbarung mit der Angeklagten und seinem Schreiben ans Kreisgericht zu entnehmen ist (vgl. Beilage zu vorinst. act. 24 und act. 26), nicht etwa ein geringes Interesse an der Strafverfolgung, sondern ein Interesse an einer milden Bestrafung der Angeklagten geäussert hat. Keinesfalls kann jedoch gesagt werden, dass das öffentliche Interesse an der Strafverfolgung bei einer mehrfachen Veruntreuung mit einer Deliktssumme von über Fr. 40'000.00 gering sei und - bei Vorliegen entlastender persönlicher Umstände des Täters - einen Freispruch oder das Umgang nehmen von Strafe rechtfertigen würde. Eine Veruntreuung, begangen in zahlreichen Einzelakten während langer Zeit, unter Ausnützung eines vom Arbeitgeber entgegengebrachten grossen Vertrauens und mit einem hohen Schadensbetrag erfüllt diese Voraussetzungen klarerweise nicht. Der Gesetzgeber hat Vermögensdelikte mit einem die Summe von mehreren Hundert Franken übersteigenden Deliktsbetrag als Offizialdelikte ausgestaltet und damit der Parteiherrschaft von Täter und Geschädigtem entzogen. Zu Recht zieht die Staatsanwaltschaft einen Vergleich mit dem Begriff der "geringfügigen Tatfolgen" in Art. 52 StGB, die bei einem Schaden von über Fr. 40'000.00 zweifelsfrei verneint werden müssten. Aber auch ein Vergleich zum Privatstrafklageverfahren, das nur zur Anwendung kommen kann, wenn ein öffentliches Interesse offensichtlich fehlt, könnte gezogen werden. Nach einer Weisung der Anklagekammer an die Untersuchungsbehörden (vgl. GVP 2001 Nr. 72) darf eine Verweisung unter anderem dann nicht erfolgen (weil ein öffentliches Interesse an der Verfolgung besteht), wenn "dem Angeschuldigten zahlreiche strafbare Handlungen gegen einen Geschädigten oder mehrere strafbare Handlungen gegen mehrere Geschädigte zur Last gelegt werden". Dies würde beispielsweise bei mehreren Vermögensdelikten zum Nachteil von Angehörigen oder Familiengenossen zutreffen. Die Annahme eines geringen öffentlichen Interesses an der Verfolgung einer Veruntreuung mit einem Deliktsbetrag von mehr als Fr. 40'000.00 verbietet sich aber auch im Lichte der Strafzwecke. Es ist allgemein anerkannt, dass spezial- wie generalpräventive Gesichtspunkte bei der Strafzumessung Berücksichtigung finden sollen. Unzulässig ist nur, aus generalpräventiven Überlegungen ein schuldentsprechendes Strafmass zu überschreiten (Stratenwerth/Wohlers, StGB, Handkommentar, Art. 47 N 19; BGE 118 IV 350). Es geht dabei um die Verteidigung der Rechtsordnung in dem Sinne, dass die Strafe auch die Aufgabe hat, die durch die Tat verletzte Ordnung des Rechts gegenüber dem Täter durchzusetzen und künftigen Verletzungen durch ihn und andere vorzubeugen. Vor allem geht es um den Schutz der Rechtsgüter, den Verhängung und Vollzug der Strafe zu gewährleisten haben; aber auch um die Durchsetzung der Strafrechtsordnung selbst: Die Androhung der Strafe darf nicht auf dem Papier stehen bleiben, wenn sie nicht ihre Wirkung verlieren soll. Schliesslich kommt noch ein subjektives Element hinzu: Das Vertrauen des Volkes, im Schutz der Rechtsordnung als einer Friedensordnung zu leben, darf nicht erschüttert und damit auch dessen Rechtstreue selbst nicht gefährdet werden (vgl. dazu Dreher/Tröndle, Strafgesetzbuch und Nebengesetze, 45. Auflage, § 46 N 6 und 6a mit zahlreichen Hinweisen auf Judikatur und Literatur). Vorliegend sprechen spezial- wie generalpräventive Aspekte gegen eine Anwendung von Art. 53 StGB. Die vom Verteidiger angeführte labile psychische Verfassung der Angeklagten, ihr jugendliches Alter, die relative Unbekümmertheit, mit der sie beinahe täglich über einen langen Zeitraum delinquierte, die vorerst mangelnde Einsicht in der Strafuntersuchung und die erst nach einiger Zeit und intensiver Beratung einsetzende Bereitschaft, ein umfassendes Geständnis abzulegen und wenigstens einen Teil des Schadens zu ersetzen, vermögen nicht alle Bedenken zu zerstreuen, dass die Angeklagte die Schwere ihrer Verfehlungen eingesehen und ihre Einstellung nachhaltig geändert hat. Auch wenn es ihr und ihrem Vater nicht möglich war, für den Moment mehr als Fr. 10'000.00 für die Schadenswiedergutmachung aufzubringen, und der Angeklagten damit zugebilligt wird, im Zeitpunkt des Abschlusses der Vereinbarung an die aktuelle Leistungsgrenze gegangen zu sein, ist doch festzustellen, dass mit dem endgültigen Verzicht des Klägers auf mehr als Fr. 30'000.00 eine auch finanziell für die Angeklagte sehr vorteilhafte Regelung getroffen wurde. Das Gericht verkennt dabei die besonderen persönlichen Verhältnisse der Angeklagten im Zeitpunkt ihrer strafbarer Handlungen nicht, namentlich ihre Abhängigkeit von ihrem Exfreund, dem sie offenbar nicht genügend Widerstand entgegensetzen wollte oder konnte. Dies und die Tatsache, dass sie das veruntreute Geld weitgehend ihrem Freund überliess (immerhin profitierte auch sie davon über die Finanzierung eines aufwändigen Freizeitverhaltens) ist bei der Bestimmung der angemessenen Strafe zu berücksichtigen. Aber auch generalpräventive Momente können vorliegend nicht völlig ausser Acht gelassen werden: Das Vertrauen der Öffentlichkeit in die Durchsetzung des Rechts und die Geltung der Gesetze für alle, wäre ernstzunehmend in Frage gestellt, wenn bei einem erheblichen Deliktsbetrag von über Fr. 40'000.00, einer Vielzahl von Einzelhandlungen und einer lang andauernden Pflichtverletzung mit entsprechend hoher krimineller Energie, eine Veruntreuung nicht mehr bestraft würde, nur weil sich der Täter zur Rückerstattung eines Bruchteils des Schadens bei gleichzeitig endgültigem Verzicht des Geschädigten auf jede weitere Schadensdeckung bereit erklärt. Damit würde gerade dem sonst zu beachtenden Grundsatz, dass sich Verbrechen nicht lohnen darf (vgl. z.B. die Bestimmungen über die Einziehung und Ersatzforderungen) zuwidergehandelt und die "Androhung der Strafe würde auf dem Papier stehen bleiben" (vgl. Dreher/Tröndle, a.a.O., § 46 N 6).