Aus den Erwägungen:
II.
In der Überweisung der Privatstrafklage betreffend üble Nachrede, falsche Anschuldigung, evtl. Verleumdung, zur gerichtlichen Beurteilung war festgehalten worden, ein Vorbehalt gemäss Art. 304 Abs. 3 StP sei nicht indiziert. Die Vorinstanz erwog, die falsche Anschuldigung als Offizialdelikt könne im Privatstrafklageverfahren, das nur die Beurteilung von Antragsdelikten vorsehe, nicht beurteilt werden und trat daher auf den Antrag, den Beklagten der falschen Anschuldigung schuldig zu erklären, nicht ein. Sie merkte jedoch mit Verweis auf Art. 304 Abs. 3 StP an, da der Vorwurf der falschen Anschuldigung bereits im Untersuchungsverfahren erhoben worden sei, hätte der untersuchende Richter, nachdem die Voraussetzungen für die Verweisung in das Privatstrafklageverfahren offensichtlich nicht mehr gegeben gewesen seien, das Verfahren abschreiben und die Akten dem Staatsanwalt überweisen müssen.
b) Ehrverletzungen gemäss Art. 173-178 StGB sind nur auf Antrag strafbar. Antragsdelikte sind nach st. gallischem Prozessrecht grundsätzlich in der Form des Privatstrafklageverfahrens (Art. 294 ff. StP) zu behandeln, wobei dieses Verfahren direkt durch den Antragsteller oder mit einer Verweisungsverfügung des Untersuchungsrichters in Gang gesetzt wird. Bei Ehrverletzungsdelikten wird das Privatstrafklageverfahren regelmässig direkt angehoben. Entsprechend hob der Kläger vorliegend das Privatstrafklageverfahren direkt durch Einreichung des Vermittlungsbegehrens an (vgl. Art. 299 Abs. 1 lit. a aStP), da er am Vermittlungsvorstand vorerst (sinngemäss) eine Bestrafung des Beklagten wegen Ehrverletzungen, konkret wegen übler Nachrede, evtl. Verleumdung, sowie Beschimpfung, verlangte. Mit Klage vom 28. Juli 2006 bzw. im darauf folgenden Untersuchungsverfahren sah er sich aber veranlasst, neu eine Bestrafung wegen falscher Anschuldigung, übler Nachrede, evtl. Verleumdung, aber nicht mehr wegen Beschimpfung zu beantragen. Eine Klageänderung ist grundsätzlich zulässig, da in Privatstrafklagesachen das Rechtsbegehren am Vermittlungsvorstand nicht endgültig festgelegt wird. Der Kläger kann vielmehr – unter Vorbehalt der Strafantragsfrist – bis zum Abschluss der Untersuchung die Klage abändern oder neue Klagen hinzufügen (Art. 309 Abs. 1 StP). Vorliegend handelt es sich indessen nicht nur um eine blosse Klageänderung im Privatstrafklageverfahren.
c) Zu berücksichtigen ist, dass der neu erhobene Vorwurf der falschen Anschuldigung (Art. 303 StGB) kein Ehrverletzungs- oder anderes Antragsdelikt, sondern eine von Amtes wegen zu verfolgende strafbare Handlung (Offizialdelikt) darstellt, die in den sachlichen Zuständigkeitsbereich der Strafverfolgungsbehörden fällt und daher nicht im Privatstrafklageverfahren, sondern im ordentlichen Verfahren zu beurteilen ist (vgl. Art. 61 ff., Art. 166 ff. StP). Steht eine Ehrverletzung oder ein anderes Antragsdelikt mit einer von Amtes wegen zu verfolgenden strafbaren Handlung im Zusammenhang, werden sie ebenfalls im ordentlichen Verfahren untersucht und beurteilt (Art. 295 Abs. 1 StP), wobei ein Zusammenhang in zeitlicher, persönlicher oder sachlicher Hinsicht ausreicht (GVP 1977 Nr. 41; Oberholzer, Grundzüge des Strafprozessrechts, 2.A., Bern 2005, Rz. 1500). Gemäss Art. 4 der Weisung der Anklagekammer über das Privatstrafklageverfahren (GVP 2001 Nr. 72) genügt es für den Ausschluss des Privatstrafklageverfahrens nach Art. 295 Abs. 1 StP nicht, wenn lediglich das Zusammentreffen mit einer anderen, von Amtes wegen zu verfolgenden strafbaren Handlung behauptet wird. Vielmehr müssen in Bezug auf die andere strafbare Handlung konkrete Anhaltspunkte vorliegen, welche für sich zu einer Eröffnung der Untersuchung i.S. von Art. 173 StP führen. Sind die Voraussetzungen für die Eröffnung einer Strafuntersuchung wegen der von Amtes wegen zu verfolgenden strafbaren Handlung nicht gegeben, erlässt der Untersuchungsrichter diesbezüglich eine Nichteintretensverfügung und verweist im Übrigen die Ehrverletzung oder ein anderes Antragsdelikt in das Privatstrafklageverfahren. Anstände über die anwendbare Verfahrensart zwischen den Parteien und dem Vertreter der Staatsanwaltschaft oder dem untersuchenden Richter und dem Staatsanwalt entscheidet der Präsident der Anklagekammer (Art. 295 Abs. 2, Art. 304 Abs. 3 StP; vgl. auch Art. 5 der Weisung über das Privatstrafklageverfahren).
Art. 72 Abs. 1 GerG sieht für Eingaben an einen unzuständigen Richter (innerkantonal) eine vorbehaltlose Überweisungspflicht vor, wonach diese der zuständigen Behörde überwiesen werden müssen. Die Bestimmung erfasst alle schriftlichen Eingaben, welche Verfahrensbeteiligte dem Richter zustellen, soweit sie ein hängiges Verfahren betreffen oder ein solches einleiten (vgl. Holenstein, Gerichtsgesetz, Flawil 1987, Vorbem. zu Art. 70-72 N 1, Art. 72 N 2, Art. 84 N 8). Die vom Kläger beim Kreisgerichtspräsidium Werdenberg-Sargans mit Privatstrafklage vom 28. Juli 2007 bzw. im anschliessend geführten Untersuchungsverfahren erhobene Strafanzeige wegen falscher Anschuldigung ist als solche Eingabe zu betrachten. Infolge sachlicher Unzuständigkeit zur Überprüfung des neu erhobenen Vorwurfs der falschen Anschuldigung und der sich daraus ergebenden verfahrensrechtlichen Folgen hätte der mit der Untersuchung der Privatstrafklage befasste Gerichtspräsident die Angelegenheit an das örtlich zuständige Untersuchungsamt überweisen müssen. Dem Untersuchungsrichter hätte in der Folge der Entscheid oblegen, ob die Voraussetzungen für die Eröffnung einer Strafuntersuchung wegen falscher Anschuldigung gegeben und das ordentliche Verfahren durchzuführen (Art. 173, Art. 295 Abs. 1 StP) oder aber auf die Strafanzeige wegen falscher Anschuldigung nicht einzutreten (Art. 168 StP) und die Ehrverletzung in das Privatstrafklageverfahren zu verweisen gewesen wäre.
d) Zusammenfassend ist der vorinstanzliche Entscheid formell mangelhaft. Bereits die Überweisungsverfügung vom 13. Februar 2007 war formell mangelhaft, da der untersuchende Richter die Angelegenheit trotz des im Privatstrafklageverfahren erhobenen Vorwurfs der falschen Anschuldigung an den Einzelrichter überwiesen hat, anstatt sie gemäss Art. 72 Abs. 1 GerG an die Strafuntersuchungsbehörden zur Prüfung des Offizialdelikts zu überweisen. Die Vorinstanz hat zwar zutreffend erwogen, dass die falsche Anschuldigung als Offizialdelikt nicht im Privatstrafklageverfahren beurteilt werden kann. Sie ist jedoch auf die Privatstrafklage in diesem Punkt nicht eingetreten, anstatt sie zur korrekten Verfahrenserledigung an die Strafuntersuchungsbehörde zu überweisen. Im Weiteren hat sie im Privatstrafklageverfahren über die geltend gemachte Ehrverletzung materiell entschieden. Die Beurteilung der Ehrverletzung im (hängigen) Privatstrafklageverfahren hätte aber nur und einzig dann erfolgen dürfen, wenn der Untersuchungsrichter betreffend der neu angezeigten, von Amtes wegen zu verfolgenden falschen Anschuldigung eine Nichteintretensverfügung erlassen und im Übrigen die Ehrverletzung ins Privatstrafklageverfahren verwiesen hätte. Hätte der Untersuchungsrichter dagegen ein Strafverfahren wegen falscher Anschuldigung eröffnet, wäre auch die Ehrverletzung im ordentlichen Strafverfahren zu untersuchen und beurteilen gewesen. Die der Strafuntersuchungsbehörde obliegende Untersuchung und Beurteilung des Offizialdelikts der falschen Anschuldigung darf weder vom untersuchenden Kreisgerichtspräsidenten noch vom Einzelrichter des Kreisgerichtes oder dem Kantonsgericht vorweg genommen werden. Anstände über die Anwendung des ordentlichen Verfahrens oder des Privatstrafklageverfahrens hätte im Übrigen der Präsident der Anklagekammer zu entscheiden.
Der vorinstanzliche Entscheid ist somit aufzuheben und die Streitsache an die Vorinstanz zurückzuweisen, welche zunächst gemäss Art. 72 Abs. 1 GerG den neu erhobenen Vorwurf der falschen Anschuldigung zur Beurteilung an das zuständige Untersuchungsamt zu überweisen und das bei ihr anhängige Privatstrafklageverfahren vorläufig pendent zu halten hat. Je nach Entscheid des Untersuchungsrichters ist dann im Sinn der vorstehenden Erwägungen (Erw. 2b und c) weiter zu verfahren.