Aus den Erwägungen:
X wurde mit Urteil der Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen vom 29. September 2006 der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern schuldig erklärt und zu einer Zuchthausstrafe von vier Jahren verurteilt, unter Anrechnung der Untersuchungshaft von 978 Tagen. Das Kreisgericht Y hatte im erstinstanzlichen Verfahren eine ambulante Behandlung während des Strafvollzugs angeordnet; dies wurde im Berufungsverfahren nicht angefochten. Gleichwohl zog er das kantonsgerichtliche Urteil ans Bundesgericht weiter und beantragte die Aufhebung der Anordnung einer vollzugsbegleitenden ambulanten Therapie und stattdessen die Entlassung aus der Haft mit der Verpflichtung, so schnell wie möglich eine geeignete ambulante Therapie zu beginnen. Das Bundesgericht wies die Nichtigkeitsbeschwerde mit Urteil vom 19. Dezember 2006 (6S.515/2006) ab, soweit es darauf eingetreten war.
X befand sich ab 26. November 2003 in Untersuchungshaft und – mit seinem Einverständnis – ab 17. März 2006 im vorzeitigen Strafvollzug im Regionalgefängnis L. Am 17. Mai 2006 widerrief er die Zustimmung zum vorzeitigen Strafantritt, weshalb er erneut in Untersuchungshaft versetzt wurde und die geplante Verlegung in die Strafanstalt S, wo er das ärztlich empfohlene ambulante Intensivprogramm hätte absolvieren sollen, nicht zustande kam. Nach dem Urteil der Strafkammer vom 29. September 2006 wurde X am 18. Dezember 2006 ins Massnahmezentrum Bitzi (im Folgenden 'Massnahmezentrum') eingewiesen. Gestützt auf den Bericht vom 23. April 2007 liess er sich dort auf die verschiedenen Hilfsangebote nicht ein und störte den Betrieb der Wohngruppen. Am 4. Mai 2007 wurde er ins Gefängnis nach C verlegt, wo er sich seither aufhält.
Am 6. Juni 2007 beantragte das Justiz- und Polizeidepartement des Kantons St. Gallen der Strafkammer, für X eine stationäre therapeutische Massnahme anzuordnen. Die Staatsanwaltschaft unterstützt diesen Antrag. Der Verteidiger beantragt demgegenüber die Abweisung des Gesuchs. Auf die einzelnen Vorbringen der Verfahrensbeteiligten, die Stellungnahme des Massnahmezentrums sowie den Arztbericht zur Frage einer geeigneten Anstalt für die Durchführung einer stationären therapeutischen Massnahme wird, soweit erforderlich, in den nachfolgenden Erwägungen eingegangen.
Auf den 1. Januar 2007 sind der neue Allgemeine Teil des Strafgesetzbuchs und damit auch das neue Massnahmerecht in Kraft getreten. Gemäss Ziff. 2 Abs. 1 der Schlussbestimmungen der Änderung vom 13. Dezember 2002 sind die Bestimmungen des neuen Rechts über die Massnahmen (Art. 56 bis 65 StGB) und über den Massnahmevollzug (Art. 90 StGB) auch auf diejenigen Täter anwendbar, welche – wie der Verurteilte – vor deren Inkrafttreten eine Tat begangen haben oder beurteilt worden sind. Im vorliegenden Fall ist demnach das neue Massnahmerecht anwendbar.
Sind bei einem Verurteilten vor oder während des Vollzugs einer Freiheitsstrafe die Voraussetzungen einer stationären therapeutischen Massnahme nach den Artikeln 59 bis 61 StGB gegeben, so kann diese Massnahme nachträglich angeordnet werden (Art. 65 Abs. 1 StGB). Zuständig ist das Gericht, das die Strafe ausgesprochen hat. Der Vollzug einer Reststrafe wird in einem solchen Fall aufgeschoben.
Ein Wechsel von einer Freiheitsstrafe in eine stationäre therapeutische Massnahme bleibt während dem Strafvollzug immer möglich, selbst wenn die Freiheitsstrafe mit einer vollzugsbegleitenden ambulanten Behandlung verbunden ist (vgl. FELIX BÄNZIGER, Das neue Massnahmenrecht in Kürze, in: Bänziger/Hubschmied/Sollberger [Hrsg.], Zur Revision des Allgemeinen Teils des Schweizerischen Strafrechts und zum neuen materiellen Jugendstrafrecht, 2. Aufl., Bern 2006, S. 183). Die entsprechende bundesrechtliche Regelung gemäss Art. 65 Abs. 1 StGB, woran die rechtsanwendenden Behörden gebunden sind, kann demnach dazu führen, dass der damit verbundene Freiheitsentzug länger dauert als die ausgesprochene Freiheitsstrafe (dazu kritisch GÜNTER STRATENWERTH/WOLFGANG WOHLERS, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Handkommentar, Bern 2007, Art. 65 N 1). Dies trifft indessen nicht allein auf den Fall der nachträglichen Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme gemäss Art. 65 Abs. 1 StGB zu. Wird im Strafurteil für einen psychisch gestörten Täter eine stationäre Behandlung angeordnet und der Vollzug der Freiheitsstrafe aufgeschoben (vgl. Art. 57 Abs. 2 StGB), kann der mit der Massnahme verbundene Freiheitsentzug aufgrund ihrer Verlängerungsmöglichkeiten (vgl. Art. 59 Abs. 4 StGB) die ausgesprochene Freiheitsstrafe ohne weiteres überdauern. Entgegen der Auffassung des Verurteilten ist damit die nachträgliche Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme möglich, obwohl die ausgesprochene Freiheitsstrafe von vier Jahren am 18. November 2007 verbüsst wäre. Die Ausführungen des Verteidigers, wonach der Gesetzgeber die Umwandlung der ambulanten in eine stationäre Massnahme während des ablaufenden Strafvollzugs nicht als Grund für eine Aufhebung der ambulanten Behandlung vorsehe, gehen an der Sache vorbei. Es bleibt damit zu prüfen, ob die Voraussetzungen für die Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme erfüllt sind.
a) Nach eingehender Untersuchung stellte der Gutachter beim Verurteilten eine kombinierte Persönlichkeitsstörung, eine kompensatorische Pädosexualität, eine depressive Störung sowie ein Alkoholabhängigkeitssyndrom fest. Hinsichtlich der begangenen Straftaten erkannte er lediglich einen Zusammenhang mit der kompensatorischen Pädosexualität. Hierbei würden die Kinder vom Verurteilten als Ersatz für erwachsene Partnerinnen herangezogen. Im Gutachten wurde von einem langjährigen Behandlungsverlauf ausgegangen. Ohne geeignete (problem- und deliktorientierte) therapeutische Intervention wurde die Rückfallgefahr als hoch erachtet. Es liegt demnach eine schwere psychische Störung im Sinne von Art. 59 Abs. 1 lit. a StGB vor, welche zudem ursächlich für die begangenen Straftaten (sexuelle Handlungen mit Kindern) ist.
Der Gutachter hält längerfristig eine Verminderung der Rückfallgefahr für möglich, wenn es gelingt, den Verurteilten in ein "adäquates therapeutisches Setting" zu integrieren. Damit liegen hinsichtlich der Verhinderung weiterer, mit der psychischen Störung in Zusammenhang stehender Straftaten zumindest geringfügige Erfolgsaussichten vor, was ebenfalls für die Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme spricht. Dass er nicht therapierfähig sei, kann im jetzigen Zeitpunkt nicht gesagt werden.
b) Nach Auffassung der Verteidigung kann auf das Gutachten im Wesentlichen aus zwei Gründen nicht abgestellt werden: Einerseits sei es vor mehr als drei Jahren erstellt worden und berücksichtige daher die seitherige Entwicklung nicht. Andererseits habe sich der Gutachter ausdrücklich gegen eine stationäre Therapie ausgesprochen und stattdessen eine ambulante Massnahme als geeignet bezeichnet.
aa) Das psychiatrische Gutachten wurde am 1. September 2004 erstellt. Damals befand sich der Verurteilte seit knapp einem Jahr in Untersuchungshaft, welche mit Ausnahme einer kurzen Zeitspanne, während der er sich bis zum Widerruf seines Einverständnisses im vorzeitigen Strafvollzug befand (17. März bis 23. Mai 2006), bis zur zweitinstanzlichen Gerichtsverhandlung vom 29. September 2006 dauerte. Während der Untersuchungshaft gilt die Unschuldsvermutung, weshalb damals nicht resozialisierend auf den Angeklagten eingewirkt werden durfte. Folglich konnte erst nach dem zweitinstanzlichen Gerichtsverfahren und der Einweisung des Verurteilten ins Massnahmezentrum Bitzi am 18. Dezember 2006 mit der vollzugsbegleitenden ambulanten Therapie begonnen werden. Dort gelang der Einstieg in eine milieutherapeutische Deliktbearbeitung gemäss Zwischenbericht des Massnahmezentrums vom 23. April 2007 jedoch nicht. Am 5. Mai 2007 wurde er ins Bezirksgefängnis C versetzt, wobei die therapeutischen Gespräche in der Psychiatrischen Klinik Wil fortgesetzt wurden.
Bis zum heutigen Zeitpunkt wurde mit einer deliktorientierten Therapie nicht begonnen. Gestützt auf den ärztlichen Bericht vom 12. Mai 2007 ist zudem davon auszugehen, dass bis zum Vollzugsende vom 18. November 2007 keine Verminderung der Rückfallgefahr erreicht werden kann. Die behandelnden Ärzte führen dies darauf zurück, dass dem Verurteilten die Einsicht in die eigene Verantwortung bzw. in die Notwendigkeit der Bearbeitung der Delinquenz fehle. Er projiziere die Verantwortung auf sein Umfeld und bringe ständig zum Ausdruck, sich seit Jahren ungerecht behandelt zu fühlen. Andere Hinweise auf eine günstige Veränderung der Legalprognose sind zudem nicht ersichtlich, weshalb auf das Gutachten vom 1. September 2004 weiterhin abgestützt werden kann, auch wenn es rund drei Jahre alt ist.
bb) Im Gutachten vom 1. September 2004 wurde von einer stationären Therapie abgeraten, weil es "an den infrastrukturellen Möglichkeiten zur stationären Behandlung von Sexualstraftätern in der Schweiz fehlt." Der Gutachter riet von einer stationären Behandlung demnach nicht grundsätzlich ab, sondern wegen Fehlens einer geeigneten Anstalt. An dieser Einschätzung kann deshalb nicht mehr festgehalten werden, weil am 1. Mai 2006 das Massnahmezentrum Bitzi eröffnet wurde und damit – auch aus ärztlicher Sicht – eine geeignete Institution für die Durchführung einer stationären therapeutischen Massnahme zur Verfügung steht. Daran ändert auch nichts, dass ein erster Therapieversuch abgebrochen wurde. Das Massnahmezentrum sieht darin jedenfalls keinen Hinderungsgrund für die Durchführung einer stationären Behandlung. Es erachtet indessen eine längere Motivierungsphase als notwendig, um dann mit dem Verurteilten "hartnäckig und zielgerichtet an der Rückfallverhinderung zu arbeiten".
c) Zusammenfassend sind die Voraussetzungen für eine Änderung der Sanktion erfüllt. Entsprechend ist eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinn von Art. 59 StGB anzuordnen. Am 18. November 2007 wäre die vierjährige Freiheitsstrafe gemäss Urteil der Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen vom 29. September 2006 verbüsst. Die Reststrafe beträgt demnach 62 Tage; sie ist aufzuschieben (Art. 65 Abs. 1 StGB). Sind die Voraussetzungen für die bedingte Entlassung nach fünf Jahren noch nicht gegeben und ist zu erwarten, durch die Fortführung der Massnahme lasse sich der Gefahr weiterer mit der psychischen Störung des Täters in Zusammenhang stehender Verbrechen und Vergehen begegnen, so kann das Gericht auf Antrag der Vollzugsbehörde die Verlängerung der Massnahme um jeweils höchstens fünf Jahre anordnen (Art. 59 Abs. 4 StGB). Sollte sich der Verurteilte weiterhin weigern, sich auf die Therapieangebote einzulassen, wäre seine Therapiefähigkeit fraglich und es müsste – insbesondere aufgrund der Schwere seiner Delinquenz – auch die Anordnung einer Verwahrung geprüft werden (Art. 65 Abs. 2 StGB).