Aus den Erwägungen:
II.
c) Mit der Konkurseröffnung verliert der Schuldner das Recht, über sein Vermögen zu verfügen, soweit es gemäss Art. 197 ff. SchKG zur Konkursmasse gehört. Nach Art. 204 SchKG sind Rechtshandlungen, die er in Bezug auf dieses Vermögen nach der Konkurseröffnung vornimmt, den Konkursgläubigern gegenüber unwirksam und brauchen von ihnen bzw. der Konkursverwaltung nicht anerkannt zu werden. Unter Vermögen sind auch die Passiven und Verpflichtungen zu verstehen, die bei der Konkurseröffnung schon vorhanden waren und Anspruch auf anteilsmässige Befriedigung aus dem Ergebnis der Konkursliquidation haben. Die Beschränkung der Verfügungsmacht wirkt sich auch auf Prozesse des Schuldners aus, die den Bestand der Konkursmasse berühren und im Zeitpunkt der Konkurseröffnung hängig sind (vgl. Art. 204 SchKG; BGE 132 II 93 E. 1.3; BGE 1P.305/2002 vom 23. Januar 2003 E. 4.3; BGE 54 I 264 E. 2c; PKG GR 1980 Nr. 14 S. 56; Amonn/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 7. A., Bern 2003, § 41 Rz. 6 ff.). Bestreitet die Konkursverwaltung eine Forderung, so hat der Gläubiger am Ort der Konkurseröffnung Kollokationsklage nach Art. 250 SchKG zu erheben. Nur in diesem Verfahren und an diesem Ort kann die Forderung mit der Wirkung geltend gemacht werden, dass das Urteil einen rechtskräftigen Forderungstitel auch gegen die Masse zu bilden und sie zur Kollokation der Forderung zu verpflichten vermag. Von dieser Ordnung macht das Gesetz in Art. 207 SchKG eine Ausnahme, falls über eine solche Forderung bei der Konkurseröffnung schon ein Zivilprozess eines Gläubigers gegen den Konkursiten als Beklagten hängig war (BGE 54 I 264 f. E. 2c; PKG GR 1980 Nr. 14 S. 56 f.). Nach Art. 207 Abs. 1 Satz 1 SchKG werden – mit Ausnahme dringlicher Fälle – Zivilprozesse, in denen der Schuldner Partei ist und die den Bestand der Konkursmasse berühren, mit der Konkurseröffnung von Gesetzes wegen eingestellt (vgl. BGE 133 III 380 E. 5.1 = Pra 97 [2008] Nr. 17; BGE 118 III 42 E. 5b = Pra 84 [1995] Nr. 47 neues Fenster; BGE 116 V 288 E. 3e; BSK SchKG II-Wohlfahrt, Art. 207 N 14). Sie können im ordentlichen Konkursverfahren frühestens zehn Tage nach der zweiten Gläubigerversammlung, im summarischen Konkursverfahren frühestens zwanzig Tage nach der Auflegung des Kollokationsplanes wieder aufgenommen werden (Art. 207 Abs. 1 Satz 2 SchKG).
d) Der Adhäsionsprozess, in welchem ein Geschädigter als Zivilkläger im Strafverfahren gegen den Angeschuldigten Zivilansprüche geltend macht, gilt als Zivilprozess (BGE 1P.305/2002 vom 23. Januar 2003 E. 4.3). Das Bundesgericht hat bis anhin jedoch offen gelassen, ob sich die in Art. 207 SchKG getroffene Regelung auch auf Adhäsionsprozesse bezieht, d.h. ob ein solcher Prozess zu denjenigen gehört, den die Konkursmasse als Partei aufzunehmen und fortzuführen hat, wenn sie den Anspruch nicht anerkennen will. Es hielt in BGE 54 I 259 ff. fest, Voraussetzung hierfür wäre jedenfalls, dass der Adhäsionsprozess gegen den Konkursiten als Beklagten im Zeitpunkt der Konkurseröffnung hängig sei. Hiervon könnte man nur ausgehen, wenn das Strafverfahren sich im Zeitpunkt der Konkurseröffnung in einem Abschnitt befunden habe, in welchem dem Geschädigten ein Rechtsschutzanspruch auf Beurteilung seiner Zivilforderung im Strafverfahren zustand, was frühestens dann zutreffe, wenn der Angeschuldigte an das zuständige Strafgericht überwiesen und Anklage erhoben worden sei. Die blosse Konstituierung des Geschädigten als Zivilpartei schon in der Voruntersuchung könne keine Rechtshängigkeit im Sinn von Art. 207 Abs. 1 SchKG begründen (BGE 54 I 267 f. E. 2c; vgl. auch BGE 1P.305/2002 vom 23. Januar 2003 E. 4.3). Diese bundesgerichtliche Rechtsprechung wurde auch von kantonalen Gerichten bestätigt (vgl. PKG GR 1980 Nr. 14 S. 57). In der Lehre wird die Ansicht vertreten, Art. 207 SchKG gelte auch für Adhäsionsprozesse, wobei die in einem Strafverfahren eingereichten Adhäsionsklagen nur dann in diesem Verfahren erledigt werden dürften, wenn im Zeitpunkt der Konkurseröffnung bereits Anklage erhoben worden sei und die Zivilkläger ihre Forderungen schon geltend gemacht hätten (BSK SchKG II-Wohlfahrt, Art. 207 N 8). Habe das Adhäsionsverfahren zur Zeit der Konkurseröffnung noch nicht begonnen, sei die adhäsionsweise Geltendmachung zivilrechtlicher Ansprüche im Strafverfahren ausgeschlossen und dem Geschädigten bleibe nur der Weg der Eingabe seiner Forderung beim Konkursamt nach Art. 232 SchKG (BSK SchKG III-Hierholzer, Art. 250 N 67; vgl. BGE 1P.305/2002 vom 23. Januar 2003 E. 4.3 mit weiteren Hinweisen auf die Lehre).
Nach st. gallischem Strafprozessrecht ist eine Adhäsionsklage im Verlauf des Untersuchungsverfahrens schriftlich oder zu Protokoll einzureichen. Nach Abschluss der Untersuchung kann sie nur noch mit Zustimmung des Angeschuldigten anhängig gemacht werden (Art. 44 Abs. 2 StP). Die erstmalige Geltendmachung von Zivilansprüchen im Gerichtsverfahren ist verspätet und auf die Zivilklage wird nicht eingetreten, es sei denn, der Angeschuldigte stimme ihrer Behandlung zu (vgl. GVP 1969 Nr. 55; Oberholzer, Grundzüge des Strafprozessrechts, Bern 2005, Rz. 618). Erst nach Abschluss der Untersuchung steht indessen fest, ob Anklage beim Gericht erhoben wird und der Geschädigte einen Rechtsanspruch auf Beurteilung seiner Zivilforderung im Strafprozess hat (vgl. Art. 181 ff. StP).
Insgesamt folgt, dass die im Strafverfahren gegen den Angeklagten eingereichten Zivilforderungen der Kläger nur dann auch im Strafverfahren erledigt werden dürfen, wenn im Zeitpunkt der Konkurseröffnung die Untersuchung abgeschlossen bzw. bereits Anklage erhoben worden ist und die Zivilkläger ihre Forderungen bereits geltend gemacht hatten (vgl. BGE 1P.305/2002 vom 23. Januar 2003 E. 4.3; PKG GR 1980 Nr. 14 S. 57), wobei dies nach kantonalem Verfahrensrecht rechtzeitig erfolgt sein musste. Diese Voraussetzungen sind im zu beurteilenden Fall nicht gegeben. Zwar wurden sämtliche angefochtenen Zivilforderungen gemäss Art. 44 Abs. 2 StP im Untersuchungsverfahren angehoben und demnach sowohl nach kantonalem Verfahrensrecht rechtzeitig als auch zeitlich vor der Konkurseröffnung vom 18. November 2005. Anklage wurde indessen erst lange nach Konkurseröffnung am 31. Oktober 2006 erhoben. Die gegen den Angeklagten geltend gemachten Adhäsionsklagen waren daher im Zeitpunkt der Konkurseröffnung noch nicht rechtshängig. Unter diesen Umständen konnte im Adhäsionsverfahren vor dem Strafrichter ein die Konkursmasse bindendes Urteil über den Bestand der Zivilforderungen nicht mehr erwirkt werden; dem Strafrichter fehlte die Zuständigkeit zu deren Beurteilung. Die Fortführung des Prozesses an einem anderen Ort als dem Konkursort und in einem anderen Verfahren ohne Vorliegen der Voraussetzung von Art. 250 SchKG gestützt auf die kantonalen Verfahrensvorschriften bildet eine Verletzung der derogatorischen Kraft des Bundesrechts (vgl. BSK SchKG III-Hierholzer, Art. 250 N 67). Art. 207 SchKG kommt nicht zur Anwendung.
e) Demnach ist die Berufung im Ergebnis gutzuheissen. Auf die adhäsionsweise geltend gemachten Zivilklagen gemäss den angefochtenen Ziff. 6 lit. a und b wird mangels Zuständigkeit nicht eingetreten (vgl. BGE 133 III 386 E. 9 = Pra 97 [2008] Nr. 17; BGE 1P.305/2002 vom 23. Januar 2003 E. 4.3; PKG GR 1980 Nr. 14 S. 57). Entsprechend können den Zivilklägern im Strafverfahren auch keine Parteientschädigungen zugesprochen werden, weshalb Ziff. 9 des Urteilsdispositivs aufzuheben ist.
Der Konkurs des Angeklagten wird im summarischen Verfahren nach Art. 231 SchKG durchgeführt. Am ……. erfolgte die Auflage des Lastenverzeichnisses (vgl. http://www.amtsblatt-sg.ch). Die auch im summarischen Verfahren nach Art. 231 SchKG zwingende Auflage von Kollokationsplan und Inventar (Art. 231 Ziff. 3 SchKG) ist noch nicht erfolgt (vgl. http://www.konkurs.sg.ch). Es ist Sache der Konkursverwaltung zu prüfen, ob die adhäsionsweise geltend gemachten Forderungen der Kläger, soweit sie nach Art. 232 SchKG auch im Konkursverfahren eingegeben wurden, zu kollozieren sind. Wird eine Forderung abgewiesen oder nur teilweise anerkannt, kann der Gläubiger nach Art. 250 SchKG am Ort der Konkurseröffnung Kollokationsklage gegen die Konkursmasse erheben (vgl. BGE 54 I 267 E. 2c; PKG GR 1980 Nr. 14 S. 57 f.).
Unter Berücksichtigung der Stellungnahmen der Staatsanwaltschaft und des Verteidigers im Rahmen des zweiten Schriftenwechsels bleibt auf Folgendes hinzuweisen: Nach Art. 71 Abs. 3 StGB begründet die zur Durchsetzung der Ersatzforderung angeordnete Beschlagnahme bei der Zwangsvollstreckung der Ersatzforderung ausdrücklich kein Vorzugsrecht zu Gunsten des Staates. Diese Bestimmung bedeutet nichts anderes, als dass die Durchsetzung der Ersatzforderung, d.h. die Verwertung des vorliegend beschlagnahmten Betrages von Fr. …….. und die Verteilung eines allfälligen Erlöses, nach den Vorschriften des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts erfolgt. Zuständig ist somit nicht die sonst regelmässig zur Urteilsvollstreckung aufgerufene Staatsanwaltschaft und anwendbar ist nicht Strafverfahrens- oder Strafvollstreckungsrecht, sondern die Durchsetzung der Ersatzforderung erfolgt auf dem Wege des Konkurses und durch die dafür zuständige Behörde (vgl. Oberholzer, a.a.O., Rz. 1169; Schmid, Kommentar Einziehung - Organisiertes Verbrechen - Geldwäscherei, Bd. I, 2.A., Zürich 2007, § 2/StGB 70-72 N 181). Der Staat kann im zu beurteilenden Fall keine Vermögenswerte direkt zur Deckung der Ersatzforderung heranziehen, da diese gegenüber dem Angeklagten in dessen Konkurs angemeldet werden muss. Der sichergestellte Betrag in Höhe der Ersatzforderung fällt in die Konkursmasse und der Staat partizipiert daran mit den übrigen Gläubigern der dritten Klasse, weshalb sich die Vollzugsaufgabe der Staatsanwaltschaft auf die Anmeldung der Ersatzforderung im Konkurs und die Überweisung der beschlagnahmten Vermögenswerte an die Konkursverwaltung beschränkt (Schmid, a.a.O., § 2/StGB 70-72 N 185 sowie FN 912, 913; vgl. Art. 219 Abs. 4 SchKG). Die Ansprüche der Zivilkläger werden somit grundsätzlich nicht vor den Ansprüchen der übrigen Konkursgläubiger befriedigt, da bis zur (eventuellen) Verteilung des aus der Liquidation der Masse erzielten Erlöses der Ausgang des Konkursverfahrens abgewartet werden muss. Dannzumal steht auch die Höhe der Zivilforderungen der Kläger fest. Die Frage der Verwendung der Ersatzforderung zu Gunsten der Geschädigten stellt sich daher erst nach Abschluss des Konkursverfahrens. Verrechnung einer Ersatzforderung ist unter den Voraussetzungen von Art. 213 SchKG zulässig, wobei im Verhältnis zur Verwendung zu Gunsten des Geschädigten im Sinn von Art. 73 StGB davon auszugehen ist, dass die Rechte des Geschädigten gegenüber jenen der Gläubiger des Einziehungsbetroffenen zurückzutreten haben; die Ersatzforderung ist – wie ausgeführt – ohnehin zunächst vom Staat einzufordern (vgl. BGE 6S.203/2004 vom 15. Juni 2006 E. 4.1; BGE 133 III 384 E. 7.2 = Pra 97 [2008] Nr. 17; Schmid, a.a.O., § 2/StGB 70-72 N 186 sowie FN 915, § 3/StGB 73 N 53; vgl. auch Bommer, Offensive Verletztenrechte im Strafprozess, Bern 2006, 116, 123 ff., 127; BSK Strafrecht I-Baumann, Art. 73 N 15; Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil II, 2.A., Bern 2006, § 13 Rz. 131).