Aus den Erwägungen:
II./1. b) Antragsdelikte sind nach st. gallischem Prozessrecht grundsätzlich in der Form des Privatstrafklageverfahrens (Art. 294 ff. StP) zu behandeln, wobei dieses Verfahren direkt durch den Antragsteller oder mit einer Verweisungsverfügung des Untersuchungsrichters in Gang gesetzt wird. Bei Ehrverletzungsdelikten wird das Privatstrafklageverfahren regelmässig direkt angehoben, wobei es nach der Strafprozessordnung durch Einreichung des Vermittlungsbegehrens eingeleitet wird (Art. 299 Abs. 1 lit. a StP). Innert zwei Monaten nach dem Vermittlungsvorstand ist die Klage beim Gericht einzureichen, andernfalls der Strafantrag als zurückgezogen gilt (Art. 303 Abs. 1 StP). Diese Regelung genügt den bundesrechtlichen Anforderungen eines gültigen Strafantrages offensichtlich nicht: Wenn innert der vom Bundesrecht gesetzten Frist von drei Monaten nur das Vermittlungsbegehren, nicht aber auch die Klage bei Gericht eingereicht wird, sind die Voraussetzungen dafür, dass das Verfahren ohne weitere Erklärung weiterläuft (BGE 105 IV 165) gerade nicht gegeben. Der Kläger hätte es vielmehr in der Hand, am letzten Tag der Dreimonatsfrist des Art. 29 StGB das Vermittlungsbegehren zu stellen, worauf dann ordentlicherweise innerhalb der folgenden 20 Tage der Vermittlungsvorstand abgehalten würde. Innerhalb weiterer zwei Monate nach Abhaltung des Vermittlungsvorstandes hätte dann der Kläger die Möglichkeit, die Klage beim Gericht anhängig zu machen und damit nun die Voraussetzungen zu schaffen, unter denen das Verfahren ohne weitere Erklärung weiterläuft. Durch diese Regelung wäre es dem Kläger möglich, die unbedingte Erklärung weit über die bundesrechtliche Frist von drei Monaten zurückzubehalten. Die im st. gallischen Privatstrafklageverfahren gewählte Regelung widerspricht daher dem Erfordernis einer rechtzeitig abzugebenden, unbedingten Erklärung, und gibt es dem Kläger in die Hand, die vom Bundesrecht geregelte Strafantragsfrist einseitig zu verlängern. Nach HAUSER/SCHWERI/HARTMANN (Schweizerisches Strafprozessrecht, 6.A., §88 N 26) wahrt das Begehren um Festsetzung einer Sühneverhandlung die Frist nach Art. 29 StGB nur, wenn die Privatstrafklage nach fehlgeschlagener Vermittlung vom Friedensrichter von Amtes wegen rechtzeitig an das Gericht geleitet wird. Wo der Privatstrafkläger selbst für die Rechtshängigkeit des Prozesses zu sorgen hat, muss er innert der Frist von drei Monaten entweder den Prozess mit dem Ausweis über den fehlgeschlagenen Sühneversuch beim Gericht einleiten oder dort seine Anklage direkt einreichen unter gleichzeitigem Begehren an den Friedensrichter, eine Sühneverhandlung durchzuführen. Bei der durch den Kläger erfolgten direkten Anhebung des Privatstrafklageverfahrens setzt ein gültiger Strafantrag also voraus, dass innert der Dreimonatsfrist von Art. 29 StGB Klage beim Gericht eingereicht wird. Die gegenteilige Bestimmung in Art. 299 Abs. 2 StP, wonach mit der Einreichung des Vermittlungsbegehrens die Antragsfrist nach Art. 29 StGB gewahrt werde, ist bundesrechtswidrig (im gleichen Sinn: NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 2. A., N 1523 ff.; BGE 103 IV 132).
Anders erscheint die Ausgangslage, wenn das Privatstrafklageverfahren nicht direkt, sondern nach einer Verweisungsverfügung des Untersuchungsrichters in Gang gesetzt wird: Bei anderen Antragsdelikten als Ehrverletzungen wird das Verfahren durch Einreichung des Strafantrags bei der Polizei oder der Staatsanwaltschaft eingeleitet (Art. 299 Abs. 1 lit. b). Gemäss Art. 295 Abs. 1 StP ist das ordentliche Verfahren auch bei Ehrverletzungen anwendbar, wenn diese mit einer von Amtes wegen zu verfolgenden strafbaren Handlung im Zusammenhang stehen. Art. 300 StP gibt nun aber dem Untersuchungsrichter die Befugnis, bei Vorliegen bestimmter Umstände eine Verweisungsverfügung zu erlassen, die Strafklage also zur Weiterbehandlung ins Privatstrafklageverfahren zu verweisen. Macht er davon Gebrauch, so setzt er dem Kläger eine Frist zur Einreichung des Vermittlungsbegehrens, verbunden mit der Androhung, dass bei Nichteinhalten der Frist die Klage als zurückgezogen zu gelten hat. Anders als bei der direkten Anhebung des Privatstrafklageverfahrens durch den Kläger selbst ist dieses Verfahren durch einen unbedingten, innert der bundesrechtlichen Frist von drei Monaten (bei der Polizei oder beim Untersuchungsrichter) gestellten Strafantrag eingeleitet worden. Dieser ist von Amtes wegen zunächst behandelt und dann ohne Zutun des Klägers ins Privatstrafklageverfahren verwiesen worden. Der einmal gestellte gültige Strafantrag muss dabei weiterdauern, da in vielen - wenn nicht den meisten - Fällen die dreimonatige Frist des Art. 29 StGB im Zeitpunkt der Verweisungsverfügung abgelaufen sein dürfte, der Kläger also seines bundesrechtlich garantierten Anspruchs auf Stellung eines Strafantrages innert der bundesrechtlichen Frist beraubt würde, wenn auch diesfalls nur von einer Fristwahrung durch Klageanhängigmachung beim Gericht auszugehen wäre. Da für den Kläger aber mit dem Wechsel vom ordentlichen zum Privatstrafklageverfahren neue und andere prozessuale Pflichten entstehen (u.a. Beweispflicht [Art. 305 StP], Kostenvorschusspflicht [Art. 313 StP] oder das Risiko der Kostentragung [Art. 314 StP]), erscheint es sachgerecht, dass er durch blosses Unterlassen der Einreichung eines Vermittlungsbegehrens von der Weiterführung des Verfahrens Abstand nehmen, die Klage also zurückziehen kann (Art. 300 Abs. 2 StP). Entschliesst er sich aber zur Weiterführung des Verfahrens, so hat er dies durch Einreichung des Vermittlungsbegehrens kundzutun. Damit ist auch das Interesse des Beklagten an einer raschen Klärung der Frage, ob das gegen ihn beim Untersuchungsrichter angehobene Verfahren weitergeführt wird, berücksichtigt.
Zu prüfen bleibt, welche Konsequenzen sich daraus ergeben, dass im Untersuchungsverfahren - die Beklagte wurde einzig am 15. November 2004 befragt - keine (verwertbare) Einvernahme vorliegt. Im ordentlichen Verfahren ist zwingend vorgeschrieben, dass der Angeklagte von den Strafverfolgungsbehörden sowohl zur Sache wie auch zur Person befragt werden muss, und dass er nur verurteilt werden kann, wenn er wenigstens einmal untersuchungsrichterlich einvernommen worden ist (Art. 75 Abs. 1 StP). Dieses Erfordernis gilt auch im Privatstrafklageverfahren, in dem Art. 306 Abs. 1 StP ausdrücklich vorsieht, dass der untersuchende Richter die Parteien über den Sachverhalt und die Beweismittel vernimmt. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz handelt es sich hierbei nicht um eine blosse Ordnungsvorschrift, deren Einhaltung für eine Verurteilung des Beklagten nicht unabdingbar wäre. Auch das Privatstrafklageverfahren - wiewohl es teilweise an die Regeln des Zivilprozesses angeglichen ist - behält den Charakter eines Strafverfahrens, das letztlich mit einer Verurteilung oder einem Freispruch endet. Zwar werden Beweise grundsätzlich nur auf Antrag der Parteien erhoben (Art. 305 Abs. 1 StP), doch richtet sich die Beweisabnahme im Übrigen - von wenigen Ausnahmen abgesehen - nach den Bestimmungen des ordentlichen Strafverfahrens (vgl. OBERHOLZER, a.a.O., N 1535). Dabei ist ein wesentliches Element der von Amtes wegen durchzuführenden Untersuchung, dass der untersuchende Richter den Beklagten zur Sache vernimmt. Der Verzicht auf eine Einvernahme lässt sich somit weder mit dem Wortlaut noch dem Zweck der gesetzlichen Regelung rechtfertigen.