Erwägungen
I.
In Ziffer 12 des öffentlich beurkundeten Kaufvertrags vereinbarten die Parteien ferner die unentgeltliche Eigentumsübertragung des Bastelraums Nr. 00000 (StWE-GS Nr. 000000) für den Fall, dass die Baubewilligung für zwei nachträglich geplante, im ursprünglichen Baugesuch nicht enthaltene Lukarnen bei den Nasszellen bis 30. Juni 2007 nicht rechtskräftig vorliegen würde.
Nachdem dieser Fall eingetreten war, erstritten sich A1 und A2 gerichtlich die Übertragung des Bastelraums (Urteil des Kreisgerichts) und sind heute als dessen Eigentümer im Grundbuch eingetragen.
b) Der ursprünglich zur Finanzierung des Mehrfamilienhauses errichtete Inhaberschuldbrief im Nominalwert von Fr. 364'000.-, der mittlerweile nur noch auf dem Grundstück Nr. 000000 eingetragen ist, wurde von der Bank C der Wohnbaugenossenschaft ausgehändigt, nachdem diese die mit dem Schuldbrief gesicherte Forderung beglichen hatte.
2. Am 9. August 2010 klagten A1 und A2 beim Kreisgericht gegen die Wohnbaugenossenschaft im Verfahren betreffend raschen Rechtsschutz (Art. 196 lit. b und 197 lit. a ZPO/SG) auf Herausgabe des Schuldbriefs; einem gleichzeitig gestellten Gesuch der Kläger, die Beklagte zur Hinterlegung des Streitgegenstandes beim Gericht zu verpflichten, wurde vom zuständigen Einzelrichter mit superprovisorischer Verfügung vom 10. August 2010 entsprochen.
Am 10. August 2010 wurde mit Verfügung des Konkursrichters über die Beklagte der Konkurs eröffnet, der streitige Inhaberschuldbrief in der Folge dem Konkursamt ausgehändigt.
Das Kreisgericht erachtete die Streitsache als dringlich im Sinne von Art. 207 Abs. 1 SchKG, stellte das Verfahren demzufolge nicht ein und wies die Klage - die Beklagte beteiligte sich nicht am Verfahren - mit Entscheid vom 17. Dezember 2010 ab mit der Begründung, dass die hiefür erforderliche gesetzliche Grundlage fehle, da die Kläger weder Schuldner noch Drittpfandeigentümer seien (vi-Entscheid, 8 Erw. 18).
3. Gegen diesen Entscheid (versandt am 17.12.2010; zugestellt am 20.12.2010) erhoben die Kläger mit Eingabe vom 30. Dezember 2010 Rekurs beim Kantonsgericht und erneuerten ihre Klagebegehren.
Der Rekursrichter hielt die Angelegenheit in Anbetracht der äusseren Beschaffenheit des beim Konkursamt lagernden Substrats (Papier) und der äusseren Verumständungen nicht für dringlich und verfügte am 12. Januar 2011 gemäss Art. 207 Abs. 1 SchKG die Einstellung des Prozesses.
Mit Verfügung vom 1. Februar 2011 stellte das Konkursamt den Konkurs über die Beklagte mangels Aktiven ein und teilte dem Rekursrichter am 21. März 2011 mit, dass auf entsprechende Veröffentlichungen hin kein Gläubiger innert nützlicher Frist die Durchführung des Verfahrens verlangt und sich gleichzeitig zur Übernahme des durch die Liquidation nicht gedeckten Teils der Verfahrenskosten verpflichtet und daran vorläufig den verlangten Kostenvorschuss geleistet habe; das Verfahren gelte somit seit dem 8. März 2011 als abgeschlossen. Einem am 22. März 2011 gestellten, auf die nach wie vor rechtsbeständige - dem Rekurs kommt aufschiebende Wirkung zu (Art. 405 Abs. 1 ZPO/CH i.V.m. Art. 220 ZPO/SG) - superprovisorische Verfügung vom 10. August 2010 abgestützten Ersuchen, den Inhaberschuldbrief zwecks Hinterlegung dem Kantonsgericht auszuhändigen, entsprach das Konkursamt am 24. März 2011 postwendend.
Am 25. März 2011 wurde die am 12. Januar 2011 verfügte Einstellung des Rekursverfahrens wieder aufgehoben und der Beklagten eine nicht erstreckbare Frist von zehn Tagen zur Rekursantwort angesetzt. Die an ihrem Domizil gemäss Handelsregister angeschriebene Beklagte verweigerte am 28. März 2011 die Annahme dieser mit eingeschriebenem Brief versandten verfahrensleitende Verfügung (Suchergebnis Track& Trace vom 04.04.2011; act. R/19); die Frist zur Rekursantwort - sie begann am Tag nach der Annahmeverweigerung, d.h. am 29. März 2011 zu laufen und endete am 7. April 2011 - verstrich unbenützt.
Auf die Überlegungen der Vorinstanz und die zur Begründung ihrer Standpunkte gemachten Ausführungen der Kläger wird, soweit notwendig, im Folgenden eingegangen.
II.
1. Nachdem der Konkurs über die Beklagte mangels Aktiven eingestellt und das Verfahren - da kein Gläubiger den für die Durchführung des Konkurses verlangten Kostenvorschuss geleistet hat - inzwischen abgeschlossen worden ist, kann das vorliegende Rekursverfahren fortgesetzt werden, denn die mit Konkurseröffnung aufgelöste (Art. 911 Ziff. 3 OR), sich nunmehr im Liquidationsstadium befindliche Beklagte (vgl. Art. 913 Abs. 1 i.V.m. Art. 738 ff. OR) ist mit unverändertem Domizil nach wie vor im Handelsregister eingetragen (Auszug vom 11.04.2011; vgl. dazu Art. 159 Abs. 5 lit. a HRegV) und daher bis zum Abschluss der Liquidation, insbesondere bis zum Abschluss des vorliegend hängigen Verfahrens, rechts-, partei- und prozessfähig (Art. 52 Abs. 1 ZGB; Claire Huguenin, Basler Kommentar, N 12 zu Art. 57/58 ZGB mit Hinweisen).
2. Die von Amtes wegen vorzunehmende Prüfung der Prozessvoraussetzungen ergibt, dass diese erfüllt sind (Art. 405 Abs. 1 ZPO/CH i.V.m. Art. 79, 217 lit. a und 219 Abs. 1 ZPO/SG).
Auf den Rekurs ist einzutreten. Zuständig ist der Einzelrichter für Rekurse im Obligationenrecht (Art. 16 lit. a ZPO/SG und Art. 16 Abs. 1 lit. d altGO).
III.
1. Der Vorinstanz ist insoweit beizupflichten, als die Kläger über keinen gesetzlichen, insbesondere keinen sachenrechtlichen Herausgabeanspruch gegenüber der Beklagten verfügen. Nicht sie waren es, sondern die Beklagte als Schuldnerin war es, welche die Gläubigerin (Bank C) vollständig befriedigte und von ihr daher die Rückgabe des verpfändeten Inhaberschuldbriefs verlangen konnte (Art. 88 OR und Art. 889 ZGB). Es liegt auch kein Fall von Art. 110 Ziff. 1 OR vor, bei welchem die Kläger als Intervenienten analog Art. 170 Abs. 2 OR Anspruch auf Herausgabe hätten (vgl. Rolf H. Weber, Berner Kommentar, N 70 zu Art. 110 OR).
2. Die Kläger berufen sich aber auch nicht auf einen gesetzlichen, sondern vielmehr auf einen vertraglichen Herausgabeanspruch, welcher sich aus dem - nach dem Vertrauensprinzip auszulegenden - Kaufvertrag vom 23. März 2007 ergebe. Indem sich die Beklagte, so die Kläger, - für den inzwischen eingetretenen Fall des Ausbleibens einer Baubewilligung für die Lukarnen - zur unentgeltlichen Übertragung des Eigentums am Bastelraum verpflichtet habe, sei "darin auch die Übergabe des unbelehnten Schuldbriefs enthalten", ansonsten sie (Kläger) ja jederzeit damit rechnen müssten, dass die Beklagte "den Schuldbrief als Faustpfand weitergibt" (Rekurs, 6 f. Ziff. III/8b).
3. Den Klägern ist beizupflichten. Sie können sich auf mit Ziffer 12 des Vertrags vom 23. März 2007 zusammenhängende sogenannte Nebenpflichten der Beklagten berufen. Solche können sich unmittelbar aus dem Gebot des Handelns nach Treu und Glauben ergeben (BGE 114 II 57 ff., 65 mit zahlreichen Hinweisen). Der Schuldner hat namentlich alles zu tun, um den Leistungserfolg zu sichern und alles zu unterlassen, was diesen gefährden könnte (Guhl/Koller, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9. Aufl., 11 § 2 Rz 25).
Als selbstverständliche Nebenpflicht der Beklagten - in Anbetracht der vertraglichen Verpflichtung zur unentgeltlichen Übertragung des Eigentums - erscheint vorliegendenfalls zunächst deren Pflicht, den Inhaberschuldbrief (ein Wertpapier) nicht zu verwerten (vgl. Art. 863 Abs. 2 ZGB), insbesondere nicht in Verkehr zu bringen, d.h. zu veräussern oder zu belehnen. Da der Schuldbrief auf dem Grundstück (Bastelraum) lastet und dessen Eigentümer (die Kläger) nunmehr - anders als bei der Gült (vgl. Art. 847 Abs. 3 ZGB) - Schuldner der verurkundeten Forderung mit persönlicher Haftbarkeit sind (Art. 842 ZGB), liegt auf der Hand, dass er in Händen eines gutgläubigen Erwerbers (vgl. Art. 865 ff. ZGB), dem gegenüber die Kläger keine Einreden mehr hätten, eine akute Gefahr der Beeinträchtigung von deren Vermögen darstellt.
Die schlichte Verpflichtung der Beklagten, den Schuldbrief im Rahmen der laufenden Liquidation nicht zu verwerten, genügt daher nicht. Denkbar wäre zwar noch die gerichtliche Verpflichtung der Beklagten, den Schuldbrief zu entkräften, im Grundbuch löschen zu lassen und erst dann den Klägern auszuhändigen (Art. 863 Abs. 1, 864 und 964 ZGB sowie Art. 64 Abs. 2 und 5 GBV). Angesichts des komplizierten Prozederes und des damit verbundenen Aufwandes für die Beklagte, mangels eines erkennbaren schützenwerten Interesses der Beklagten am Eigentum des Papiers und unter Berücksichtigung schliesslich des damit einher gehenden offensichtlichen Desinteresses der Beklagten, die sich weigert, sich am vorliegenden Prozess zu beteiligen, rechtfertigt es sich, zusätzlich zur vertragsgegenständlichen Hauptpflicht zur unentgeltlichen Übertragung des Eigentums am Grundstück (Bastelraum) auf eine leistungsbegleitende Nebenpflicht der Beklagten zur Verschaffung des Schuldbriefs bzw. auf einen entsprechenden Anspruch der Kläger zu erkennen. Dass ihnen damit zugleich die Möglichkeit, den Titel selber nach Gutdünken zu verwerten, zuteil wird, ist hinzunehmen, von einer Auflage, diesen nach Erhalt zu entkräften, abzusehen.
4. Die Sach- und Rechtslage ist klar (Art. 197 lit. a ZPO/SG), die Klage ist daher in Gutheissung des Rekurses zu schützen und die Beklagte zu verpflichten, den Inhaberschuldbrief herauszugeben.
Der von den Klägern weiter anbegehrten Androhung von Busse für jeden Tag der Nichtbeachtung der Herausgabebefehls bedarf es hier nicht mehr, da der Titel beim Kantonsgericht hinterlegt ist und nach Rechtskraft des vorliegenden Entscheides ohne Weiteres auszuhändigen ist.