Erwägungen
I.
1. Die A-AG (Gesuchstellerin 1) und die Stockwerkeigentümergemeinschaft B (Gesuchstellerin 2) stellten am 22. Oktober 2008 beim Kreisgericht ein Gesuch um vorsorgliche Beweissicherung.
Sie machten geltend, bereits 2005 sei im Wintergarten des Attikageschosses des Wohn- und Geschäftshaus C in einer infolge Wasserinfiltration erstellten Bodenöffnung im keramischen Plattenbelag, Wasser festgestellt worden. Darauf hin sei von der D-AG (Gesuchsgegnerin 3), die für den Bau des Wintergartens im Attikageschoss verantwortlich gewesen sei, eine fehlende Verkleidung beim Wintergarten-Eckelement angebracht worden. Anschliessend habe sich die E-AG (Gesuchsgegnerin 1), die die Bedachungsarbeiten am Haus ausgeführt habe, auf den Standpunkt gestellt, dass an der Flachdachabdichtung keine Beschädigung mehr bestehe und somit auch keine Veranlassung bestehe, weitere Abklärungen zu treffen oder Freilegungsarbeiten durchzuführen. Im Juli 2008 sei dann allerdings in die direkt unter der betroffenen Stelle des Wintergartenbereichs liegende Räumlichkeiten der F-AG massiv Wasser eingedrungen. Die Deckenverkleidung habe einen mit Wasser gefüllten Sack erhalten, der sich abgesenkt habe. Die G-AG (Gesuchsgegnerin 2) habe die Winkelbleche und Deckstreifen mit Dichtungsfalz über den Wasserrinnen erstellt, und die H-AG (Gesuchsgegnerin 4) sei als Architektin und Bauleiterin tätig gewesen. Die Gesuchstellerin 1 sei jeweils Vertragspartnerin gewesen, und die Gesuchstellerin 2 sei vom Schaden direkt betroffen. Die gravierenden baulichen Mängel, die im Rahmen der vorsorglichen Beweissicherung festgestellt werden sollen, würden insbesondere mit den Arbeiten der von den Gesuchsgegnerinnen selbst ausgeführten oder durch sie veranlassten Arbeiten zusammenhängen. Der Einbezug allfälliger weiterer Gesuchsgegner bleibe ausdrücklich vorbehalten (vi act. 1).
Am 19. Januar 2009 entschied die Präsidentin des Kreisgerichts folgendes:
1. Betreffend die Gesuchsgegnerinnen 2 bis 4 wird auf das Gesuch nicht eingetreten.
2. Mit Bezug auf die Gesuchsgegnerin 1 wird eine vorsorgliche Beweisabnahme bzw. Expertise zur Feststellung sämtlicher Mängel an der Decke und Deckenkonstruktion der unter dem Attikageschoss (Bereich Wintergarten) liegenden Räumlichkeit der F-AG sowie in der Bodenkonstruktion des Attikageschosses angeordnet.
3. Die Gerichtskosten bleiben bei der Hauptsache.
4. Parteientschädigungen sind keine geschuldet.
2. Gegen diesen Entscheid erhoben die beiden Gesuchstellerinnen am 30. Januar 2009 Rekurs. Sie beantragen, Ziffer 1 des Entscheids vom 19. Januar 2009 sei aufzuheben und das Verfahren betreffend vorsorgliche Beweissicherung mit Einbezug aller Gesuchsgegnerinnen fortzusetzen. Eventualiter sei Ziffer 1 des angefochtenen Entscheids in Bezug auf die Gesuchsgegnerin 2 aufzuheben und das Verfahren mit Einbezug der Gesuchsgegnerinnen 1 und 2 fortzusetzen; alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge (act. R1).
Die Gesuchsgegnerin 2 beantragt in der Rekursantwort vom 19. Februar 2009, der Rekurs sei abzuweisen (act. R7). Die übrigen Rekursgegnerinnen haben auf eine Eingabe verzichtet.
II.
Die von Amtes wegen vorzunehmende Prüfung der Prozessvoraussetzungen ergibt, dass diese erfüllt sind (Art. 79, 217 lit. a und 219 Abs. 1 ZPO).
Auf den Rekurs ist einzutreten.
III.
Strittig ist, ob die Vorinstanz zu Recht davon ausgegangen ist, den Gesuchstellerinnen würde es mit Bezug auf die Gesuchsgegnerinnen 2 bis 4 an einem Rechtsschutzinteresse an der vorsorglichen Beweiserhebung fehlen bzw. ob die Vorinstanz aufgrund der von den Gesuchsgegnerinnen 2 bis 4 vorgebrachten Einrede der (angeblichen) Verjährung von Mängelrechten auf das Gesuch mangels Rechtsschutzinteresse nicht eintreten durfte.
1. Die Vorinstanz führte aus, auch auf ein Gesuch betreffend vorsorgliche Beweiserhebung sei nur einzutreten, wenn ein Rechtsschutzinteresse an der vorsorglichen Beweiserhebung bestehe, was als Prozessvoraussetzung von Amtes wegen zu prüfen sei. Das Rechtsschutzinteresse als persönliches und aktuelles Interesse der gesuchstellenden Partei sei gegeben, wenn diese einen Nutzen ziehen könne beispielsweise aus der materiellen Beurteilung eines Anspruchs oder der Durchführung einer Beweissicherung. Die Gesuchstellerinnen 2 bis 4 würden vorbringen, das fragliche Werk im Jahr 2000 bzw. 2001 erstellt zu haben und dass allfällige Mängelrechte sowohl nach Art. 371 OR wie auch nach Art. 180 SIA Norm 118 (nach fünf Jahren) verjährt seien. Die Rechtslage spreche im Grundsatz für die Verjährung einer allfälligen Forderung der Gesuchstellerinnen im Zusammenhang mit dem im Juli 2008 aufgetretenen Wasserschaden gegenüber den Erstellern des Werks. Die Gesuchstellerinnen hätten lediglich verjährungsunterbrechende Handlungen behauptet, aber durch nichts belegt. Die Frage der Verjährung sei zwar nicht im vorliegenden Verfahren, sondern in einem allfälligen ordentlichen Prozess materiell zu beurteilen. Dies vermöge jedoch nichts daran zu ändern, dass es an den Gesuchstellerinnen liege, mindestens glaubhaft zu machen, dass sie aus der Feststellung der geltend gemachten Mängel einen Nutzen ziehen könne. Ein solcher Nutzen sei nicht ersichtlich, wenn zum Vornherein feststehe, dass allfällige Mängelrechte nicht mehr durchsetzbar seien (vi-Urteil, 5 f.).
2. Den Ausführungen der Vorinstanz kann nicht gefolgt werden. Verlangt jemand eine vorsorgliche Beweiserhebung nach kantonalem Recht, so hat er eine Beweisgefährdung glaubhaft zu machen. Dem Richter muss als wahrscheinlich dargetan werden, dass eine Verschiebung der Beweiserhebung diese wesentlich erschweren oder gar unmöglich machen könnte. Diese Anforderungen sind nicht hoch. Nicht entscheidend für die Zulassung einer vorsorglichen Beweiserhebung darf sein, ob überhaupt ein Prozess bevorsteht oder ob der anordnende Richter den Beweis für erheblich anschaut. Eine vorsorgliche Beweiserhebung kann auch nicht deshalb abgelehnt werden, weil eine Veränderung des Zustandes durch die gesuchstellende Partei selbst herbeigeführt und damit dessen spätere Erhebung verunmöglicht werden soll (Leuenberger/Uffer-Tobler, Kommentar zur Zivilprozessordnung des Kantons St.Gallen, N 4 zu Art. 199 ZPO). Anders etwa als bei den vorsorglichen Massnahmen ist nicht auch die Begründetheit eines (bestrittenen) materiellen Anspruchs glaubhaft zu machen (Vogel/Spühler, Grundriss des Zivilprozessrechts, 12 N 202). Dementsprechend ist auch die Frage nach dem Rechtsschutzinteresse unmittelbar im Zusammenhang mit der eigentlichen vorsorglichen Beweiserhebung zu beantworten und darf nicht auf einen - noch offenen / nicht angehobenen - Prozess über irgendwelche Ansprüche ausgeweitet werden, wie dies die Vorinstanz getan hat. Vorliegend ist das Rechtsschutzinteresse darin zu sehen, dass die Gesuchstellerinnen die dringend erforderlichen Reparaturen / Sanierungsarbeiten am Gebäude angehen und damit auch weiteren Schaden verhindern können, ohne dass sie den Verlust von Beweisen zu befürchten hätten. Mit der glaubhaft gemachten Beweisgefährdung (vgl. vi-Urteil, 7 Mitte) ist bei den unmittelbar betroffenen Gesuchstellerinnen auch ein Rechtsschutzinteresse zu bejahen.
Im Entscheid des Handelsgerichtspräsidenten vom 14. August 2006 (GVP 2006 Nr. 82), auf den die Vorinstanz verwiesen hat, wurde das Rechtsschutzinteresse nur deshalb verneint, weil die Gesuchstellerin nach Einreichung ihres Gesuchs Änderungen an der Anlage durchführen liess. Der Zustand der Anlage im Zeitpunkt der Einreichung des Gesuchs konnte deshalb nicht mehr festgestellt (und ausgebaute und gelagerte Teile auch zu einem späteren Zeitpunkt noch von einem Sachverständigen besichtigt) werden. Deshalb sei das Rechtsschutzinteresse der Gesuchstellerin nachträglich dahingefallen. Mit dem vorliegenden Fall ist dies nicht zu vergleichen. Die Gesuchstellerinnen mussten zwar nach eigenen Angaben Freilegungsarbeiten an der Schwelle zum Wintergarten sowie die "zwingendsten Sofortmassnahmen" in Auftrag geben (Gesuch, 5). Dass sie nach der Einreichung des Gesuchs Änderungen am Werk vorgenommen oder in Auftrag gegeben hätten und ihr Rechtsschutzinteresse insofern nachträglich dahingefallen wäre, wird von keiner Seite behauptet.
Die Vorinstanz hat sich im Übrigen widersprüchlich verhalten, indem sie zunächst - zutreffend - ausführte, dass die Frage der Verjährung nicht im vorliegenden Verfahren, sondern in einem allfälligen ordentlichen Prozess materiell zu beurteilen sei, sodann aber ein angeblich fehlendes Rechtsschutzinteresse an einer vorsorglichen Beweiserhebung doch mit (behaupteter) Verjährung begründete.
3. Die Beschwerde ist damit gutzuheissen und die vorsorgliche Beweiserhebung mit Einbezug aller Gesuchsgegnerinnen fortzusetzen.